Однако у проверяющих возникли вопросы к Избенко по одному из его расследований, вылившиеся в итоге в уголовное дело по обвинению его в особо крупной растрате (ч. 4 ст. 160 УК РФ). К поискам экс-полковника СКР подключили ФСБ. Чтобы его не вычислили, он отключил мобильный телефон. В итоге мужчину обнаружили в ДНР у родителей его гражданской супруги.
Задержали следователя 26 октября 2023 года. В тот же день ему предъявили обвинение в двух эпизодах растраты вверенного имущества, которое Александр Избенко якобы похитил в ходе расследования одного из уголовных дел.