Complotti e cospirazioni all'ombra del Cupolone non sono mai mancati e nemmeno il regno di Francesco fa eccezione. Anzi lui stesso, sin dall'inizio del suo pontificato - forse intuendo che vi erano sacche di forte resistenza alla sua visione di Chiesa da riformare - ha iniziato a parlarne pubblicamente, quasi volesse denunciarlo. Ad oggi sono decine gli episodi in cui ha fatto capire che i corvi non hanno mai smesso di svolazzare sul Palazzo Apostolico e certamente per mettergli i bastoni tra le ruote, rendendogli il cammino programmato più complesso. Subito dopo l'operazione al colon, per esempio, quando fu sottoposto ad un intervento delicato di cinque ore e gli venne asportato un lungo pezzo di intestino, riferì che durante quel delicato frangente c'era chi lo voleva morto e aveva persino a iniziato a manovrare immaginando un conclave imminente. Fortunatamente la fibra di Francesco è buona, lui si riprese presto, ma l'idea di avere sempre a che fare con un ambiente dove le manovre di corte e le cospirazioni erano, a suo dire, dietro l'angolo, ha reso il clima nel piccolo stato pontificio particolarmente pesante.
Uno dei blog meglio informati, Messa in Latino, di stampo conservatore, è arrivato a descrivere un clima generale «da Corea del Nord».
Naturalmente in questi anni in Vaticano sono state portate avanti indagini e verifiche anche amministrative e sono stati introdotte nuove norme, proprio per cercare di arrivare ad un buon grado di trasparenza. I gendarmi hanno poi sequestrato diverso materiale anche ricorrendo a sistemi mai visti prima come, per esempio, la perquisizione fatta dai gendarmi nel Palazzo Apostolico davanti alle Guardie Svizzere allibite, poiché in quel momento stava per essere infranto per sempre un divieto secolare. La sicurezza del palazzo, infatti, non sarebbe spettata alla gendarmeria ma al piccolo esercito elvetico a servizio del Papa dai tempi di Giulio II. Nel frattempo venivano anche piazzate progressivamente telecamere in diversi ambienti dentro al Vaticano, anche in are che prima erano sprovviste, come la Fabbrica di San Pietro. La progressiva tendenza al controllo interno sembra essere totale ed è stata portata avanti dietro placet papale già ai tempi dell'ex comandante della Gendarmeria, rimosso poi da Papa Francesco senza troppi complimenti in circostanze ancora poco chiare nel 2019.