Patrona Massima della Sardegna e delle genti di mare, per singolare privilegio la Madonna di Bonaria conosce ben tre distinte feste nel corso dell'Anno liturgico: al 25 marzo, quando si celebra la solennità dell'Annunciazione, al 24 aprile e alla prima domenica di luglio.
Nella prima festa si ricorda l'arrivo prodigioso del Simulacro della Vergine, avvenuto quel 25 marzo 1370. Nella spiaggetta davanti alla chiesetta dei padri Mercedari si era arenata una cassa di legno, gettata in mare da una nave durante una tempesta. Nessuno riuscì a sollevarla. Fu un bambino sordomuto a gridare: «Chiamate i frati!» I religiosi, senza alcuno sforzo, caricarono la cassa e la portarono in chiesa. Fra lo stupore generale vi trovarono una meravigliosa statua della Madonna con il Bambino in braccio e, nella mano destra, una candela miracolosamente accesa. La "Signora venuta dal mare" aveva scelto la sua casa, da quel giorno Santuario di Nostra Signora di Bonaria.
La seconda festa risale al 1870, quando il 24 aprile si celebrava il quinto centenario dell'arrivo della Madonna a Cagliari. Il Simulacro della Vergine fu incoronato con decreto del Capitolo Vaticano. In tale occasione il papa San Pio X inviò la sua benedizione apostolica, stabilendo che quello fosse il giorno liturgico per la celebrazione della festa di Nostra Signora di Bonaria.
Da lunedì 22 inizia l'Ottavario in onore della Madonna di Bonaria: ogni giorno la Messa alle 18, dopo il Rosario e le Litanie cantate. Mercoledì 24, alle 11,30, la celebrazione sarà presieduta dall'arcivescovo, Giuseppe Baturi mentre, al pomeriggio, quella delle 17,30 sarà celebrata dal cardinale Arrigo Miglio in memoria di tutte le vittime del mare.
Nella notte fra mercoledì e giovedì il consueto pellegrinaggio notturno da Sinnai a Cagliari: l'arrivo in Basilica è previsto per le 8,30 cui seguirà la celebrazione eucaristica. Nel pomeriggio la consacrazione dei bambini alla Madonna e l'omaggio floreale.I festeggiamenti proseguiranno sino al 30 aprile per concludersi, alle 18, con la Messa presieduta da monsignor Mosè Marcia, vescovo emerito di Nuoro. Nel corso dell'anno, infine, c'è spazio anche per una terza festa, nata ad opera di alcuni giovani soldati reduci della guerra contro gli Austriaci del 1866. È la Sagra estiva che si celebra la prima domenica di luglio. Il Simulacro della Vergine viene portato in processione sino al porto dove sale su un rimorchiatore, mentre tanti fedeli, imbarcati su altri battelli, seguono l'imbarcazione della Madonna. Insieme fanno un giro nel golfo degli Angeli. Giunti al largo, vengono gettate in mare corone di alloro - precedentemente benedette – in memoria dei caduti di tutte le guerre. Poi il ritorno a Bonaria, ove l'Arcivescovo chiude le celebrazioni con la sua benedizione.