El "Supercomputador", que se encuentra en la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile, contribuirá al estudio de la biodiversidad en territorios australes como Punta Arenas, Puerto Williams e incluso la Antártica, gracias a la alianza establecida entre esta unidad, el Instituto Milenio Biodiversidad de Ecosistemas Antárticos y Subantárticos (BASE) y el Centro de Modelamiento Matemático de la U. de Chile.
El Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC) es la unidad encargada de Guacolda-Leftraru, la unidad de supercómputo de mayor potencia en el país, equivalente a cientos de notebooks trabajando simultáneamente.
El objetivo de esta colaboración es aprovechar las capacidades de este supercomputador para analizar grandes volúmenes de datos sobre el Continente Blanco y su biodiversidad. De esta forma, se espera describir y predecir la distribución dinámica de las especies en el contexto de crisis climática que atraviesa el planeta.
El Dr. Guillaume Schwob, investigador postdoctoral francés del Instituto Milenio BASE, quien estudia la ecología microbiana, señala que su uso permitirá definir —por ejemplo— cuáles son las especies bacterianas que viven en la Antártica.
"Cuando trabajamos con microorganismos, recuperamos desde el ambiente (que puede ser abiótico como el suelo, sedimento de lago, agua de mar, o biótico como efectos de la presencia de animales, plantas o líquenes), pequeños fragmentos de ADN", explicó.
"Estos fragmentos son secuencias de cuatro letras y que tienen un tamaño aproximado de unas 400. Esto es muy importante porque el orden de las letras nos permite definir cuáles son las especies microbianas que viven en la Antártica", agregó Schwob.
Supercomputador y su rol en la Antártica
El especialista en ecología microbiana subraya que procesar datos de gran volumen requiere el uso de supercomputadores como Guacolda-Leftraru.
"Por ejemplo, en nuestro último estudio teníamos 47 millones de secuencias que se analizaron. Y si hubiésemos querido escribir estas secuencias en hojas de papel, habría sido el equivalente a 2 millones de páginas que se extenderían desde la ciudad de Punta Arenas hasta la base chilena Julio Escudero en isla Rey Jorge, en la Antártica, en una extensión cercana a los 1.200 kilómetros", afirma.
En este sentido, la capacidad de supercómputo será utilizada para analizar los datos de biodiversidad obtenidos por diversos estudios y avanzar hacia la exploración de preguntas sobre conservación y efectos del cambio climático en la Antártica.
Para ello, se realizará una descripción de las especies que habitan este territorio conociendo de qué forma llegan a lugares aislados, poco explorados y cuáles son las condiciones ambientales que les permiten permanecer en esos lugares, así como predicciones sobre la distribución de estas especies a futuro, en respuesta al cambio climático.
El Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC) es el centro nacional de supercomputación de Chile.
Está especializado en computación de altas prestaciones y la lidera el Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la Universidad de Chile, en una modalidad colaborativa con Red Universitaria Nacional (REUNA) y otras seis universidades.