La figura de la autoridad tradicional indígena introducida por el propio Estado colombiano está en crisis. Como el concepto de autoridad tradicional es ambiguo e inestable, algunos indígenas distinguen entre "autoridades de papel", que son las registradas ante las entidades territoriales y el Ministerio del Interior, y las "autoridades ancestrales" para referirse a aquellas que, sin estar registradas ante el Estado colombiano, actúan efectivamente como tales en los asentamientos indígenas. Esta situación no es nueva. En el transcurso de la vida republicana se ha estimulado la búsqueda de grandes y poderosos "caciques" capaces de movilizar una extensa red de seguidores. En la vida real de pueblos indígenas numerosos esa ansiada y poderosa figura es difícil de encontrar, No obstante, si el Estado quiere caciques los indígenas se los darán. Si exige autoridades tradicionales también las tendrán.
Las reformas de tipo constitucional y legal sucedidas en el país después de 1991, la adopción de políticas públicas y programas de tipo social, así como la llegada de grandes proyectos mineros y energéticos han aumentado el dinamismo de la esfera de interacción entre el universo social indígena, las entidades estatales y grandes empresas privadas. El resultado de todo esto ha sido la proliferación de las figuras de representación entre los indígenas. En pueblos como el wayuu esto ha ocasionado una extrema fragmentación territorial; un incremento de las tensiones sociales entre miembros del mismo grupo de parientes uterinos asociado a un determinado territorio y enfrentamientos abiertos entre grupos familiares por el control de un territorio y de los recursos oficiales asignados a este. Los alcaldes y los asesores comunitarios externos tienen una perversa injerencia en el agravamiento de estas situaciones. Un caso preocupante es lo sucedido en el seno del pueblo arhuaco.
Durante los últimos gobiernos nacionales no se han establecido mecanismos de seguimiento por parte del Ministerio del Interior sobre el aumento geométrico del número de autoridades tradicionales en diversas regiones. Es urgente revisar como opera el concepto de autoridad en las diversas sociedades amerindias. Para dar solo un ejemplo, las mujeres chamanes wayuu pueden asumir transitoriamente el control de un grupo familiar ante la presencia de epidemias, sueños premonitorios o potenciales conflictos. Ellas ordenan sacrificios de animales, encierran a sus parientes varones, les someten a rituales y establecen prescripciones en el consumo de ciertos alimentos. Sin embargo, nadie las percibe como autoridades tradicionales.
Cada pueblo amerindio tendrá criterios propios para establecer su noción de autoridad interna. Los jefes tradicionales wayuu requieren usualmente de tres rasgos principales que inciden en su legitimidad: competencias; conocimientos y reconocimiento social dentro y fuera de su grupo familiar. Las competencias comprenden el conjunto de capacidades, aptitudes, e idoneidades para representar a su grupo, dirigir tareas u organizar eventos sociales como funerales. Ellas le permiten cumplir lo que se espera de ellos. Las autoridades de papel suelen carecer de esos atributos.
Esta crisis parece extenderse a diversas sociedades. Tal y como lo ha dicho Hanna Arendt, en un sentido geográfico y cultural más extenso, "el concepto de autoridad es inherente a la persona. Permanecer investido de la autoridad exige respeto para la persona o para la entidad. El mayor enemigo de la autoridad es, por eso, el desprecio y el más seguro medio de minarla es la risa".