Somalia ha expulsado al embajador de Etiopía del país y ha ordenado el cierre de dos consulados.
Acusó a Etiopía de infringir en la "soberanía y asuntos internos" de Somalia.
Somalia también ha llamado a su embajador de la capital de Etiopía, Adís Abeba, para "consultas exhaustivas".
El portavoz del Ministerio de Relaciones Exteriores de Etiopía, Nebiyu Tedla, dijo a la agencia de noticias Reuters que el gobierno no tenía información sobre el asunto.
La expulsión resalta una escalada en las tensiones diplomáticas en la región tras el acuerdo portuario entre Etiopía, sin acceso al mar, y la autoproclamada república de Somaliland a principios de este año.
Su independencia no ha sido reconocida a nivel internacional y Somalia condenó el acuerdo como un ataque a su soberanía.
En enero, Etiopía firmó un acuerdo con Somaliland para arrendar una franja de 20 km (12 millas) de costa, donde podría construir una base naval.
El acuerdo no es legalmente vinculante, aunque se considera un comunicado de intenciones y puede llevar a un tratado que imponga obligaciones a las partes que lo hayan firmado.
A cambio, Etiopía habría ofrecido a Somaliland un posible reconocimiento en el futuro, lo que enfureció a Somalia.
Somaliland se separó de Somalia hace más de 30 años, pero no es reconocido por la Unión Africana (UA) ni por la ONU como un estado independiente.
Tras este acuerdo, el presidente de Somalia, Hassan Sheikh Mohamud, lanzó una campaña diplomática y viajó a Eritrea y Egipto, dos países con relaciones tensas con Etiopía.
Somalia exigió una reversión pública del acuerdo por parte de Etiopía, lo cual no ha sucedido.
Somalia ha descrito el acuerdo como un acto de agresión, añadiendo que es un "obstáculo para… la paz y la estabilidad".
A principios de esta semana, delegados etíopes se reunieron con funcionarios de la provincia semi-autónoma somalí de Puntland, que tiene relaciones difíciles con el gobierno central.
Este año, Puntland dijo que operaría como un estado funcionalmente independiente en medio de una disputa por cambios constitucionales en Somalia.
Los dos consulados etíopes que Somalia ha ordenado cerrar se encuentran en Hargeisa y Garowe, las capitales de Somaliland y Puntland, respectivamente.
La posibilidad de enfrentamientos armados entre los dos países parece poco probable en este momento. Etiopía es uno de los países que contribuyen con soldados a una misión de mantenimiento de paz de la UA en Somalia, lo que complica la situación.
Ya existen preocupaciones de que el grupo islamista al-Shabab pueda estar utilizando las tensiones entre los dos países para reclutar combatientes e incrementar las amenazas de seguridad.
Un recrudecimiento en la disputa entre Somalia y Etiopía solo empeoraría la situación.