En el primer cuarto del siglo XIX uno de los grandes problemas que enfrentaba el pueblo de San Juan del Río era la salubridad pública. El tema de enfermedades y mortandad debido a que tanto en el interior como en los atrios de los templos católicos se sepultaba a los difuntos, causaba muchos estragos.
Hace doscientos años, ya en el México independiente, el Ayuntamiento del pueblo se preocupó por resolver este asunto. En acta de cabildo del 24 de marzo de 1823, presidido por el capitán Antonio García Manzo, la Junta de Sanidad de esta corporación "… inculca la necesidad de evitar las sepulturas de los cadáveres en el cementerio, así como la que urge para construir un camposanto del modo más conforme a la decencia para con las reliquias de los difuntos, en que se consulta al mismo tiempo a la salud de los vivos…".
En ese mismo momento, se acordó dirigir oficio al cura párroco para que atendiera esta disposición, respecto a que se utilice en adelante para cementerio provisional el camposanto del hospital y convento de San Juan de Dios, ubicado en la margen oriente del río San Juan. Es así como ese camposanto, hacia 1845, se convirtió en el Panteón de la Soledad, y que actualmente conocemos en la ciudad como Panteón 1.
En base a los motivos expuestos por la Junta de Sanidad, se ordenó que los cadáveres no se sepultaran más en los sitios donde habitualmente se hacía, que eran, como ya mencioné, dentro y fuera de las iglesias, lugares a los que gran cantidad de población se congregaba al asistir a los diversos servicios religiosos, adquiriendo con ello diversas enfermedades para las que incluso no había cura o vacuna, ni siquiera remedio para su tratamiento efectivo, que eran capaces de provocar epidemias y desde luego la muerte. Bastaba con acudir a la iglesia y luego salir a la casa o a cualquier parte para propagar las afecciones. Esta decisión del Ayuntamiento fue comunicada al párroco don Agustín Cesáreo de los Ángeles para su inteligencia, ya que él era el responsable del camposanto del templo de San Juan Bautista.
Por otro lado, para el año 1853, el Ayuntamiento autorizó construir otro panteón en la parte trasera del templo del Calvario, por estar fuera de la población. Igualmente a mediados del siglo XIX se funda el que conocemos como Panteón 2, de origen con el nombre de Panteón de los Dolores.
Desde el siglo XVI, las sepulturas dentro de los recintos religiosos católicos eran comunes, pero a raíz de la promulgación el 30 de enero de 1857 de la Ley para el Establecimiento y Uso de los Cementerios, las inhumaciones en los templos, ermitas, capillas, santuarios y lugares cerrados, o en los atrios, fue prohibida de manera absoluta, estableciendo que sólo podrían ser enterrados en sitios privilegiados los presidentes de la República, los obispos, arzobispos y los ministros de las cortes extranjeras. Es así como el Estado interviene en un asunto que desde la época del virreinato había sido materia exclusiva del clero.
Esto sirvió como antecedente para que, en el contexto de las Leyes de Reforma, en 1859, el servicio de panteones fuera secularizado, cesando con ello toda intervención clerical en los cementerios y camposantos; se ratificó la prohibición de enterrar cadáveres en los templos, así como la de hacer inhumación alguna sin autorización escrita de la autoridad civil competente.
Como vemos, antes de 1857, San Juan del Río se adelantó a controlar -por decirlo de alguna manera- este problema de salud pública, al exigir ya no se enterraran difuntos en los lugares que desde el siglo XVI se hacía.
En la actualidad, los cementerios son un servicio público otorgado por los gobiernos municipales, en términos de lo que establece el artículo 115, fracción III, inciso e), de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos; y su funcionamiento está previsto en reglamentos municipales cuyo objeto es regular el establecimiento, funcionamiento, conservación y vigilancia de los panteones o cementerios, así como los actos de inhumación, exhumación, reinhumación, cremación de cadáveres, de restos humanos, esqueletos y traslados.
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