Fue a partir de la segunda mitad del siglo XIX cuando Huelva volvió a comenzar a mirar hacia el norte, primero con la que sería la futura carretera nacional 435 para unir San Juan del Puerto con Cáceres a través de Valverde del Camino, Fregenal de la Sierra, Zafra y Mérida, un avance lento y por tramos durante décadas, y más tarde con el ferrocarril. Una historia de vertebración provincial inconclusa que ha dejado una Huelva invertebrada.
Como casi todo el desarrollo económico que situó a la provincia de Huelva a la vanguardia de España a finales del siglo XIX, la minería estuvo detrás.
Los actuales 185 kilómetros que unen Huelva y Badajoz, Andalucía y Extremadura, partió de la iniciativa privada que fue la que construyó y gestionó la línea. El 20 de agosto de 1881, se otorgaba una concesión por Real Orden a la Sociedad Sundheim & Doetsch que, tres años después, la traspasó a la Compañía del Ferrocarril de Zafra a Huelva. El primer tramo Valdelamusa-Huelva fue inaugurado en 1886 y el siguiente, hasta Zafra, en 1889.
Declarada Obligación de Servicio Público -OSP-, dentro del Plan de racionalización de los servicios de transporte ferroviario de viajeros de media distancia. En casi todo su trazado están presentes numerosas curvas, rampas, pendientes, puentes, túneles…, inconvenientes que aún influyen sobre el tráfico de esta línea que a pesar de que ha ido sufriendo un progresivo deterioro, el tráfico comercial ha permitido la no desaparición de ésta.
Su historia casi acaba en 1994, siete años antes se había cerrado la línea férrea Gibraleón-Ayamonte con su posterior desmantelamiento, al ser catalogada como una 'Línea Altamente Deficitaria'.
Fue entonces cuando la oposición de los municipios afectados, empresas y colectivos sociales interesados lo impidieron, decidiendo el entonces Ministerio de Obras Públicas y Urbanismo que la línea se mantuviera abierta al tráfico de mercancías y viajeros temporalmente hasta que se mejorase la carretera alternativa (N-435). Finalmente, la línea férrea fue subvencionada por la Junta de Andalucía, librándose del cierre.
Esta indefinición, con periodos rentables al viento de la extracción minera y la falta de inversión en la carretera nacional 435, que debía ser heredera del transporte de mercancías y viajeros, ha hecho que no se invirtiera en la línea férrea ante la constante amenaza de cierre de ésta. El nuevo futuro del transporte, marcado por un ferrocarril que reduzca al mínimo su huella en el medio ambiente, puede devolver el esplendor a una infraestructura que un día unió la costa onubense con el interior pero que nunca llegó a vertebrar realmente la provincia de Huelva.