Entre fines de marzo de 1962 (derrocamiento de Arturo Fondizi) y julio de 1963 (asunción de Arturo Illia) la Argentina fue gobernada por José María Guido, siendo la indisciplina militar y las profundas divisiones dentro de las Fuerzas Armadas una de sus trágicas consecuencias. El senador nacional rionegrino y titular del Senado (por renuncia del vicepresidente Alejandro Gómez en 1958) atravesó su corto período presidencial en medio de los vaivenes castrenses que, en algunos momentos, estuvieron a punto de derrumbarlo, hasta que llegó a la convocatoria a elecciones presidenciales en 1963, sin el peronismo, y una crisis económica que no daba tregua. Del dramático listado, lo peor ocurrió cuando dos grupos castrenses se enfrentaron para dirimir el futuro de las Fuerzas Armadas y el destino del poder en la Argentina. Todo ante una sociedad que miraba atónita la ocupación de los espacios públicos con tropas y vehículos mecanizados. Fue el enfrentamiento entre Azules (legalistas) y Colorados.
Entre los colorados se destacan principalmente los generales retirados (y reincorporados) José Cornejo Saravia (Secretario de Guerra), Juan Carlos Lorio (comandante en Jefe) y Bernardino Labayru (jefe del Estado Mayor). El 14 de agosto de 1962, el general Juan Carlos Onganía, comandante del Cuerpo de la Caballería, elevó un memorándum al jefe del Ejército, general Juan Carlos Lorio, hablando de la "indisciplina relajada a límites que hasta ahora no se habían alcanzado" en la Fuerza y "la intransigencia antipopular de oficiales que en la época peronista fueron adictos al régimen o estuvieron distraídos respecto de sus proyecciones y buscaron o aceptaron para la dilucidación del problema, el concurso de otra fuerza armada." Según el entonces coronel Alejandro Agustín Lanusse había que reaccionar con toda energía la injerencia de los asuntos internos del Ejército. Además, los colorados estaban relevando a los mandos contrarios a los generales Onganía y Pascual Pistarini. En agosto de 1962, mientras los militares argentinos discutían el poder con el presidente José María Guido y se preparaban para el primer enfrentamiento armado entre Azules y Colorados, con la vista puesta en las elecciones presidenciales--y todavía no se sabía cuál iba a ser el destino del Partido Justicialista--, en Cuba comenzaba a prepararse un contingente que haría la primera intervención armada castrista en Salta, Argentina.
El 24 de agosto de 1962 los altos mandos militares mantuvieron una reunión con el Ministro del Interior, Carlos Adrogué, y aprobaron la integración de una Junta Militar que determinaría el curso del gobierno pero manteniendo a Guido como Presidente de la Nación. El planteo militar es aceptado por Guido: el 8 de septiembre disuelve el Parlamento. El 13 de septiembre se publica en "Clarín" un largo documento que Onganía le elevó a Lorio describiendo la crisis dentro del Ejército. Luego de innumerables reuniones, el 22 de septiembre los Azules avanzan desde Campo de Mayo con sus efectivos hacia la Capital Federal y enfrentan a los Colorados que responden a Lorio en Plaza Constitución, Parque Lezama, Chacabuco y Avellaneda. Se intercambian disparos y la disputa termina, al día siguiente, cuando la Fuerza Aérea da a conocer que apoyará al bando Azul.
En estas acciones surge como líder el general de brigada Juan Carlos Onganía, comandante de Campo de Mayo con su tesis del "profesionalismo castrense", contenido en el Comunicado 150, escrito por el periodista y analista político Mariano Grondona, cuya consigna más recordada era "quiera el pueblo votar". El final de la contienda militar septembrina provocó una suerte de período de alivio en el que la atención se volcó en la difícil situación económica-financiera. No se podía salir del clima recesivo porque la inestabilidad política lo impedía. En octubre, la Argentina se alineó con los Estados Unidos durante la crisis de los misiles soviéticos en Cuba y envió buques de la Armada a la "cuarentena" decretada por la OEA, aplicando el Tratado Interamericano de Asistencia Recíproca (TIAR).
En diciembre de 1962, José María Guido volvió a enfrentar otra revuelta militar, esta vez en la Fuerza Aérea, encabezada por el brigadier Cayo Antonio Alsina que fue inmediatamente sofocada por los azules. A comienzos de 1963 el gobierno se prepara para convocar a elecciones presidenciales. El Ministro del Interior, Rodolfo Martínez, intenta generar la candidatura de Aramburu y cuando ésta no encuentra eco tantea la de Juan Carlos Onganía, que la rechaza el 10 de febrero. "Los políticos que deambulaban por los pasillos de la Casa Rosada no habían comprendido que se había derramado sangre para separar al Ejército de las política", comentaría años más tarde Roberto Bobby Roth en su libro "Los años de Onganía".
En esas horas el dirigente conservador Emilio Hardoy escribe en el semanario Primera Plana: "Por ensayar una política demasiado sutil, el gobierno no da más, los partidos no dan más y, lo que es peor, el país no da más. Las circunstancias históricas impedirán la participación del peronismo en las soluciones, porque lo contrario es, ni más ni menos, la contrarrevolución del 16 de setiembre de 1955. Si el Gobierno no lo entiende caerá y si los partidos no lo entienden se quedarán sin elecciones." El 30 de marzo, ante a la oposición militar que generaba la formación del Frente Nacional y Popular, Oscar Alende –con el aval de Alberto Iturbe, el delegado de Perón—se entrevista con el general Onganía dentro de un automóvil y le ofrece ser candidato a Presidente. La respuesta del Comandante en Jefe fue: "Yo, a Perón no le creo ni con escribano público". Luego, Martínez intenta impulsar un Frente Nacional y Popular que contenga a Unión Popular pero la Armada exige el quite de su personería legal.
Mientras se desarrollaba la crisis, el informe N° 9 del 19 de enero de 1963 del "residente" "Urano" del servicio de inteligencia checoslovaco (y cubano) en Buenos Aires, remitía a Praga con pedido de "enviar a Cuba" un trabajo que detallaba:
"Al comienzo del año 1963 continua la crisis política y económica. La solución política – las elecciones en junio 1963 están amenazadas por la inestabilidad y la oposición de la derecha respecto al peronismo. A favor de las elecciones está el Ejercito (Onganía), La Marina solo en forma parcial (el comandante y el vice) y la Aeronáutica es neutral. La Marina está en contra del peronismo en cualquier forma. Las diferencias en las opiniones pueden conducir hacia nuevos conflictos.
Al comienzo del año 1963 existe una aguda crisis económica, sin la expectativa de mejoras. Las bancarrotas, el estancamiento de la industria, desocupación y finanzas alarmantes. Por eso el esfuerzo de lograr la ayuda financiera de parte de los EE.UU. y del FMI, aun a precio de otras concesiones y garantías del capital extranjero. La gestión principal la conducirá el canciller Carlos Muñiz en enero en Washington". Intentado traducir a "Urano", se puede decir que, tras la crisis militar de septiembre de 1962, que terminó con la victoria del Ejército Azul (comandado por Juan Carlos Onganía), el gobierno del presidente José María Guido debatía en la intimidad los límites a los candidatos y los partidos para las elecciones presidenciales de 1963. En esos días se discutía el Estatuto de los Partidos Políticos que debía definir si podía presentarse un candidato peronista y si se iba a permitir la presentación de listas de candidatos a legisladores con el sello oficial del Partido Justicialista. En ese proceso, era de vital importancia la opinión de las Fuerzas Armadas y de los asesores civiles que las rodeaban.
El 27 de marzo renuncia Rodolfo Martínez y asume como Ministro del Interior el general Juan Enrique Rauch, con el politólogo Guillermo O'Donnell de subsecretario. En su brutal intolerancia Rauch mandó encarcelar a una serie de ex colaboradores o partidarios de Frondizi y Frigerio: Arnaldo Musich, Ernesto Sábato, Ricardo Rojo, Marcos Marchensky; empresarios financieros ligados con el Partido Comunista; ciudadanos acusados de delitos económicos, etc. La situación duró unas semanas y, finalmente, Rauch será reemplazado por el general Osiris Villegas. El 2 abril de 1963, a la salida de su casa, un comando civil "colorado" intenta asesinar a Villegas. En la intimidad, años más tarde lo contó así: "Sufrí un atentado terrorista a la salida de mi casa, en el cual estaban comprometidos algunos dirigentes radicales, que eran los que andaban acuciando a los colorados para desestabilizar al gobierno. Le doy nombres: El señor que me mando matar y en cuya casa se reunían era el doctor Arturo Mathov, que después el gobierno radical (de Arturo Íllia) cuando sale triunfante de las elecciones como premio lo manda como embajador a Colombia." Como prueba, Villegas tenía una grabación de un comisario donde se constatan las autorías del intento de asesinato. El mismo día 2 de abril otro vuelve a repetir un conato militar. A través de dos radios ocupadas por los sublevados se transmite una proclama firmada por el general (R) Benjamín Menéndez, en nombre de los Colorados, apuntando al gobierno de "fraudulento y anárquico, antidemocrático, inconstitucional e ilegal, sin sentido moral ni de Patria, huérfano de opinión".
Más que el Ejército es una revolución de la Armada contra Guido, en un intento por impedir la conformación del Frente Nacional y Popular; dar marchas atrás al Comunicado 150 y la proscripción definitiva de los partidos de formación peronistas. Detrás de Menéndez están los almirantes Isaac Rojas, Arturo Rial y Sánchez Sañudo. La Flota de Mar se despliega, tropas de Infantería de Marina ocupan La Plata y aviones navales de la base Punta Indio bombardean el VIII Regimiento de Caballería Blindada de Magdalena que comandaba el coronel Alcídes López Aufranc y ocupan el V Regimiento de Infantería de Bahía Blanca. Esta vez hay heridos y muchos muertos. El Ejército Azul se moviliza y Onganía da a conocer su Comunicado 151 anunciando una acción violenta contra "los totalitarios que creen en la dictadura militar como solución nacional e intentan nuevamente negar al pueblo el derecho a construir su propio futuro… Ellos quieren pensar y decidir por usted. El Ejército argentino se compromete a eliminar a la minoría antidemocrática, causante principal de la crisis". La Fuerza Aérea vuelve a inclinar la balanza en favor de los Azules.
La Base Puerto Belgrano es ocupada por el Ejército y la Base Aeronaval de Punta Indio es prácticamente destruida. Cuando los efectivos del VIII Regimiento Blindado entraron en Punta Indio, 24 aviones navales se encontraban destrozados en la pista; cinco infantes de Marina resultaron muertos y el comandante de la Base, capitán de navío Santiago Sabarots había huido a Montevideo. En definitiva había realizado el mismo camino que en 1955: bombardeó la Plaza de Mayo y escapó a la capital uruguaya. Al finalizar los enfrentamientos quedo como saldo total 27 muertos y 87 heridos.
Tras los enfrentamientos volvieron a salir a la superficie los cuestionamientos al peronismo, "el hecho maldito del país burgués" como lo definió John William Cooke. O la vigencia del "oscuro coronel" del que habló el escritor Ernesto Sábato en su opúsculo "El otro rostro del peronismo", en el que le recordaba a Mario Amadeo que "durante diez años asistimos todos al desencadenamiento de la pesadilla peronista, viendo cómo se derrumbaban ante nuestros ojos una a uno los valores espirituales, cómo la gran marea iba sumergiendo, y arrastrando cosas queridas." En otras palabras, se volvía a debatir la presencia o no de Perón a la hora de las decisiones políticas en la Argentina y, como opinó por adelantado el dirigente conservador liberal Emilio J. Hardoy, en Primera Plana del 9 de abril de 1963: "Ningún argentino podrá presenciar el espectáculo grotesco del desembarco de Perón en la Argentina…".
El 9 de abril de 1963, el New York Times publica una nota de su corresponsal en Madrid, en la que se cuenta que Perón "está muy ocupado en estos días, recibe muchas visitas y el volumen de su correspondencia aumenta. Sus amigos dicen que después de la rebelión de la Marina la semana pasada, el Señor Perón –de 67 años de edad—asume más importancia en la política argentina que en ninguna otra época desde su caída en 1955 […] Los españoles íntimos del Señor Perón, tratan de presentarlo internacionalmente como una figura 'anticastrista'. Su influencia es que ninguna fuerza que no sea el peronismo, puede llevar a cabo reformas sociales en América Latina y evitar que un régimen comunista, como lo es el Premier Fidel Castro, resulte ganancioso. Muchos expertos en asuntos argentinos consideran aquí que esta posibilidad es remota, en vista de la amarga enemistad de la Marina argentina y de otras facciones de las Fuerzas Armadas con el Señor Perón. Sin embargo, hay rumores periódicos que el Señor Perón está listo para salir de Madrid."
A través de los documentos de Luís González Torrado, administrador, "delegado personal" en los Estados Unidos y posteriormente miembro del Comando Superior Peronista, el ex presidente Perón se entera:
--El 16 de abril de 1963, tras los enfrentamientos de Azules y Colorados y las decisiones que se van tomando, a nivel oficial, en Buenos Aires se le comenta a Perón que "la impresión que causa, vista Argentina desde aquí, es que está comandada por una jauría de locos". Queda claro que la observación, principalmente, recae sobre el texto del Comunicado Nº 200 de las tropas Azules, que considera que le está vedado el retorno al poder al justicialismo.
--El 18 de abril le informa sobre la conversación con el abogado amigo de Kennedy. Éste le comenta que "la información disponible tiene actualidad al 16 y proviene del alto nivel de tres sectores diferentes, CIA, State Department y Casa Blanca. 1) Se tiene la completa seguridad que de ir a elecciones libres, el peronismo obtendría por si solo alrededor del 70%; 2) Ante esta evidencia estan frente a un apremiante dilema de qué posición deben adoptar, inclusive pensando en el caso que el Movimiento fuera proscripto. Este abismo se les pronuncia, desde el momento que por ser los paladines de la democracia, no podrían cerrar los ojos ante un acto semejante donde la mayoría queda desalojada de sus posibilidades; 3) Ante los informes producidos por el Consejo Nacional de Seguridad (que Usted ya los conoce), el Ejecutivo, que debe resolver en definitiva la acción a seguir, se encuentra restringido en poder tomar una decisión concordante con la realidad apuntada, en razón que no está en fuerza para desoir a otros sectores de poder que gravitan dentro de la estructura interna del Gobierno americano y que, tradicionalmente, han sido declarados enemigos del peronismo….";
4) En razón de los expresado, han decidido inclinarse por la variante siguiente: a) Tratar de volcar toda la influencia necesaria para 'persuadir' a las FF.AA argentinas a que permitan al peronismo concurrir a elecciones y poder lograr un gobierno compartido, lo que estiman posible a través de un agrupamiento con otras fuerzas o partidos políticos que son aceptadas por su vocación democrática. En una palabra el famoso Frente; b) Dicha 'influencia' seria puesta decididamente, siempre y cuando el peronismo no pretendiera –en esta oportunidad—tomar el poder total y que los candidatos que presente tengan una total trayectoria política anticomunista."
5) "Cabe destacar que el Pentágono ha aceptado esta alternativa."
El Frente Nacional y Popular (Unión Popular, UCRI, Conservador Popular y afines) oficializó su fórmula presidencial con Vicente Solano Lima y Carlos Sylvestre Begnis con el público apoyo de Juan Domingo Perón. El victorioso bando Azul –el que sostenía que el pueblo debía votar—finalmente se tiño de "colorado" y avaló el decreto presidencial Nº 7165/62 que restablecía el decreto Nº 4161/56 que prohibía cualquier tipo de afirmación ideológica o propaganda peronista y llegaba a prohibir nombrar a Perón y su esposa María Eva Duarte. En junio de 1963, la Corte Suprema de Justicia ratificó la constitucionalidad del Decreto 4161 y fueron proscriptos los candidatos del Frente Nacional y Popular: El miércoles 19 de junio de 1963, bajo la consigna del ministro Osiris Villegas de "no habrá retornismo", el gobierno proscribe al neoperonista partido Unión Popular; el 3 de julio el Frente Nacional y Popular determina votar en blanco y al día siguiente "las 62″ se pliegan al voto en blanco. Como resultado de la medida, el 7 de julio de 1963 el candidato de la Unión Cívica Radical del Pueblo, Arturo Umberto Íllia, un médico bonaerense radicado en Córdoba, salió electo Presidente de la Nación con el 25, 2 % del electorado. El voto en blanco superó el 15%. Tres años más tarde, los generales Azules-Legalistas derrocarían a Illia e instaurarían la dictadura de Juan Carlos Onganía.