En muchas ocasiones se ha acusado al uso del glifosato en cultivos transgénicos como la causa de la existencia de resistencias a herbicidas, cuando no es verdad. Según informa la Weed Science Society of America (WSSA), la resistencia a herbicidas es anterior a los cultivos modificados genéticamente a través de técnicas biotecnológicas. Los cultivos transgénicos celebran en 2016 su año 20 de siembra en el mundo, mientras que el primer caso de resistencia a herbicidas tiene ya 59 años de edad, en 2017 marcará el 60 aniversario del primer caso.
El primer caso conocido de resistencia a herbicidas se dio en1957, cuando se encontró una en Hawai una Commelina Diffusa que era resistente a un herbicida de auxina sintética. El mismo año, una zanahoria silvestre en Ontario (Canadá) resultó ser también resistente a algunos de los mismos herbicidas de auxinas sintéticas. Desde entonces, 250 especies de malas hierbas han desarrollado resistencia a 160 herbicidas diferentes, que abarcan 23 de los 26 mecanismos de herbicidas de acción conocidos, y se encuentran en 86 cultivos de 66 países.
La investigación de la WSSA muestra que las malezas resistentes evolucionan cuando se utiliza un único enfoque para el manejo de malezas en repetidas ocasiones, excluyendo otros controles químicos y culturales. Haciendo un enfoque diverso e integrado para el manejo de malezas se ayuda a evitar este suceso. Muchos productores han luchado con éxito contra la resistencia a herbicidas mediante la adopción de un rango más amplio de controles.