Carlos III produjo una expulsión que, en razón de sus territorios, abarcaba no solo España sino toda América hispánica y Filipinas.
Si ha sido discutida la gran trascendencia del perjuicio intelectual y académico de esta expulsión, lo cierto en cualquier caso es que estos jesuitas hispánicos contribuyeron decisivamente a una madura Ilustración cristiana desplegada desde Italia, lugar de aceptación de los miembros de esta orden española.
En los países protestantes, el pietismo de August Hermann Francke y Nicolaus Ludwig von Zinzendorf, que propugnaba una religiosidad puramente espiritual y personal, se enfrentó igualmente a la ortodoxia puramente espiritual y personal, se enfrentó igualmente a la ortodoxia clerical establecida más frívola.
La religión se empieza a contemplar a través de criterios científicos y laicistas como si se estudiara a la naturaleza misma y desde un punto dew vista utilitarista que abandona las viejas y supersticiosas concepciones. Para la mayoría de los filósofos, la ilustración incluía un rechazo del cristianismo tradicional. Y la aparición de estas tendencias laicas culminó con la revolución francesa.
Inversamente, un espíritu universal como el de Leibniz da un gran apoyo a la creencia en Dios con su Théodicée, (1710). En un siglo caracterizado por la soberanía de la razón, el Ensayo sobre el entendimiento humano (1690) de John Locke reclamaba pruebas de los dogmas religiosos y entablo un combate general contra el dogmatismo.
En Inglaterra, el repudio de la tradición religiosa acrítica había derivado rápidamente hacia el deísmo, que ya solo reconocía a Dios, a la virtud y a la inmortalidad como los tres fundamentos de una religión natural universal; la obra del primer deísta John Toland Christianity not Mysterious (1696) había señalado el punto de partida de este movimiento que, en el siglo XVIII, contó a Gotthold Ephraim Lessing, a Voltaire y a Volney como a sus principales adeptos.
Pero la tendencia intelectual más radical en el "estudio" de la religión fue el materialismo francés del siglo XVIII. En 1745 un médico, Julien Offray de la Mettrie, publica su «Histoire naturelle de l´ame» (Historia natural del alma"), en la que llega a la conclusión de que esta es material.
Aunque la obra fue quemada por mano del verdugo a causa del mandato del Parlamento de París, el autor desarrolló su teoría y publicó en 1747 su libro principal, L'homme Machine, en que define al hombre como una máquina y defiende ostensiblemente un materialismo ateo.
Federico el Grande lo llamó a su Academia de Berlín, donde el filósofo acudió de buen grado, ya que era perseguido en Francia por sus concepciones políticas, reputadas de peligrosas.
Su seguidor, el barón de Holbach, expuso las teorías del materialismo francés en su Systeme de la Nature (1770) mezclándolos con los rescates el elementos de la doctrina empírica, el sensualismo de Condillac, el Determinismo ateo de Denis Diderot y la moral del egoísmo preconizada por Helvetius, llegando a la conclusión de que, en realidad, nada existe fuera de la materia eterna de la que provienen todos los movimientos de los cuerpos y que, por consiguiente, la concepción de Dios es inútil y la religión es una invención de los curas para aprovecharse ellos únicamente de la moral, por lo que solo puede perjudicar al bienestar del pueblo.
Sus ideas, divulgadas por el grupo que Jean-Jacques Rousseau llamaron coterie holbachique, empezaron a calar seriamente entre los pensadores libres y ya el propio Rousseau había defendido una religiosidad natural en su "Profesión de fe del vicario saboyano", dentro de su Emilio.
"Por vez primera se produce un rechazo firme de toda religión revelada en nombre del materialismo puro y una nueva visión del mundo se enfrenta a la concepción teológica que hasta entonces había sido valida". Algunos filósofos incluso, como Charles-Francois Dupuis, reducen la idea de Jesucristo a la de un mito solar.
Por otra parte, sociedades secretas como la Francmasonería, los Rosacruz y los Iluminati identificaban a Dios como un laico arquitecto racional del universo y consideraban la religión como una superstición vulgar; lo importante para ellos era construir el templo de la humanidad sobre las bases de la caridad activa y la ética como categorías superiores a toda religión. La primera gran logia masónica se fundó en Londres en 1717 y en 1723 James Anderson escribió sus Constituciones o estatutos.
La masonería se propagará por todo el mundo y, por ejemplo, tendrá una gran importancia en la secesión y constitución de la primera república residencial del siglo XVIII: los Estados Unidos, que no reconocen ninguna religión como oficial.
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