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Pellegrini obtuvo 53,55% de los votos mientras que su adversario, el diplomático proeuropeo Ivan Korcok, recibió 46,44% de los sufragios, con el recuento de 99% de las urnas, según la Oficina de Estadística eslovaca.
Korcok, un exministro de Relaciones Exteriores, reconoció la derrota y felicitó a su adversario.
También expresó su esperanza de que "Peter Pellegrini será independiente y que actuará según sus propias convicciones y sin órdenes", en una alusión a la clara alianza entre el futuro presidente y el jefe del gobierno, Robert Fico.
Pellegrini, un economista de formación, es el presidente del Parlamento y afín al gobierno de Fico, que tras su llegada al poder en octubre cortó la ayuda militar a Ucrania, con la que Eslovaquia comparte una pequeña frontera.
En Eslovaquia, el jefe del Estado tiene funciones esencialmente protocolarias, aunque es el responsable de ratificar los tratados internacionales, nombra a los principales jueces y ejerce como comandante en jefe del ejército. Igualmente, puede oponer su veto a las leyes adoptadas por el Parlamento.
El presidente electo sucederá a la jefa de Estado saliente, Zuzana Caputova, que decidió no solicitar un segundo mandato.
El antieuropeo y prorruso Stefan Harabin, que hace dos semanas quedó tercero en la primera vuelta con un 12% de votos, no apoyó a ninguno de los dos candidatos finales.
"Salvar al Gobierno"
La invasión rusa de Ucrania hace más de dos años se convirtió en un importante tema de campaña en este país centroeuropeo de 5,4 millones de habitantes, miembro de la UE y de la OTAN.
Especialmente desde que el primer ministro populista Fico, aliado de Pellegrini, cuestionó la soberanía de Kiev y pidió hacer la paz con Moscú.
Pellegrini fue ministro en los anteriores gobiernos de Fico e incluso lo reemplazó al frente del ejecutivo en 2018.
"Me presento a la presidencia para salvar el gobierno de Robert Fico", declaró así Pellegrini en un debate televisivo con Korcok.
"Usted quiere proteger el gobierno. Yo quiero proteger a Eslovaquia", le replicó su rival.
El gobierno que funge desde octubre, compuesto por el partido Smer de Fico, la formación Hlas de Pellegrini y el pequeño partido de extrema derecha SNS, interrumpió la ayuda militar a Ucrania.
"Ivan Korcok es un belicista que apoyará sin dudar todo lo que Occidente le diga, incluyendo el arrastrar a Eslovaquia a la guerra", afirmó Fico en un video.
"La escena política eslovaca está dividida entre quienes apoyan proseguir la guerra a toda costa, y quienes exigen el inicio de negociaciones de paz", declaró Pellegrini a AFP. "Yo pertenezco a la segunda categoría", aclaró.
Korcok, muy crítico con el gobierno de Fico y apoyado por la oposición, se muestra decididamente a favor de Kiev.
"La Federación Rusa ha pisoteado el derecho internacional (...) Yo no creo que Ucrania tenga que renunciar a una parte de su territorio para lograr la paz", declaró Korcok a AFP.
"Yo no quiero que Fico y sus amigos lo acaparen todo en Eslovaquia, por eso he optado por Ivan Korcok. Es un auténtico político demócrata", declaró a AFP Frantisek Hazik, un hombre de 31 años que trabaja en la capital Bratislava.
La pensionista Helena Vaclavova, de 67, lo tiene claro también: "Yo sé que Peter Pellegrini solo quiere cosas buenas para el país, así que lo he votado. Nos defenderá de todo, y será un buen presidente".