No sólo el Tribunal Supremo tiene serias dudas sobre la constitucionalidad de la Ley de Amnistía con la que Pedro Sánchez pretende ganarse el favor de los separatistas catalanes a cambio de sus votos, sino también la Audiencia Nacional, cuyos jueces, que instruyen causas relacionadas con el independentismo, dudan de la legalidad de la norma en cuanto a los plazos previstos en el texto y los delitos de terrorismo. Esa es la razón por la que también planteará una cuestión prejudicial ante los tribunales de la UE que paralizará de inmediato la aplicación de la ley hasta que estos no se pronuncien. La redacción de la ley, cuestionada a través de un informe del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), así como por la Comisión de Venecia, plantea dudas también al Tribunal de Cuentas. Los jueces que han llevado a juicio la responsabilidad contable en el supuesto desvío de fondos para el referéndum del 1-O y la acción exterior del Govern en el marco del procés, también se plantean hacer lo propio.
De modo que, desde la práctica totalidad de las instancias judiciales, se observan sombras de manifiesta inconstitucionalidad en la norma. El primero que moverá ficha será el Tribunal Supremo, por lo que en cuanto el Tribunal de la UE admita la cuestión de prejudicialidad, los efectos de la ley que será probada antes del verano quedarán suspendidos. A partir de ahí, el resto de órganos constitucionales podrán hacer lo mismo, pero la norma no será de aplicación desde el mismo momento en que el tribunal de justicia comunitario admita la cuestión del Tribunal Supremo.
Actualmente, en la Audiencia Nacional se investigan causas relacionadas con el independentismo como Tsunami o CDR. Ambas recaen sobre el Juzgado de Instrucción número 6 que, según las fuentes consultadas, cerrará el sumario sin procesar para que sea la Sala de lo Penal de la Audiencia la que decida si debe enjuiciarles o no debido a la amnistía. En este punto será cuando la Sala quien plantee la cuestión prejudicial, puesto que las directivas y tratados europeos no contemplan a priori que el terrorismo sea amnistiable. En definitiva, la aprobación de la ley de amnistía no es el final, sino el principio de un complejo proceso judicial que hasta que no culmine con un pronunciamiento mantendrá congelada la norma.