Ebner (49) ist gebürtiger Linzer und studierte in Wien Medizin. Nach seiner Turnusausbildung arbeitete er am ehemaligen AKH Linz zuerst in der Abteilung für Neurologie und später an der 2. Internen Abteilung. Dort absolvierte er schließlich auch die Facharztausbildung Innere Medizin sowie die Fachausbildungen Endokrinologie/Diabetologie und Nephrologie. Derzeit macht Ebner zudem die Fachausbildung Geriatrie.
Seit Oktober 2023 leitete er die Abteilung Innere Medizin in Rohrbach bereits interimistisch. Davor war er am Kepler Universitätsklinikum als stellvertretender Vorstand der Klinik Interne 2 tätig. Schwerpunktmäßig beschäftigt sich Ebner seit fast 20 Jahren mit den Themen Diabetes und Stoffwechselerkrankungen. Er lebt mit seiner Frau und den beiden Kindern in Linz. In seiner Freizeit tritt er unter anderem als Kontrabassist in Konzerten auf. Außerdem geht er gern ins Theater. Und diverse Reisen führen ihn immer wieder an seine liebste Urlaubsdestination: Süditalien.