Konflikte im ARA-System gibt es seit jeher. Denn in diese relativ junge Sammel- und Verwertungeinrichtung (1993) wurden längst etablierte Altstoffsammler integiert. So hat es schon lange vor dem ARA-System eine Altpapier- und Glassammlung gegeben. Eben jene Gesellschaften, die jetzt unter den Kürzeln ARO und AGR firmieren, haben aus gutem Grund viel stärker ihre eigenen Interessen, als die Erfüllung der Verpackungsverordnung, im Auge.
Die ARA AG, die als Teuhänder aller acht Recyclinggesellschaften agieren sollte, wird indes von einigen als stetig stärker werdender Machtfaktor wahrgenommen. Auch sieht sich ARA-Geschäftsführer Christian Stiglitz viel lieber als Chef einer Konzernholding denn als Treuhänder oder "Inkassobüro". Die Branchenrecyclinggesellschaften hingegen wissen sich dank Entsorgungsvertrag als die eigentlichen Träger des Systems, sie sind für die Verwertung der Verpackungen und die Festsetzung der Tarife zuständig. Das Konfliktpotential wird durch die Dominanz von Handel und Getränkeindustrie verschärft, denn viele ARA-Lizenzpartner fühlen sich dem System ausgeliefert.