Es indudable que por el contexto actual la Copa Argentina parece quedar en un segundo plano para Atlético. Lo que no quita que sea un certamen al que muchos equipos apunten como una gran alternativa para soñar con un título histórico y una clasificación a copas internacionales.
Justamente cuando se habla de esta Copa, lo primero que se le viene a la mente al hincha "decano" es la edición 2017. En el mismo año en el que disputó su primera Copa Libertadores, el equipo dirigido por Ricardo Zielinski alcanzó la final del torneo, en la que cayó 2-1 contra River en Mendoza.
Aquella campaña generó buenos recuerdos y terminó clasificando a Atlético a la Copa Libertadores 2018, en la también terminaría haciendo historia. Su actual capitán, Guillermo Acosta fue parte de ese equipo; así también su manager Cristian Lucchetti.
La otra gran performance de Atlético en Copa Argentina fue en 2012. En esa primera edición de la época moderna, el equipo que militaba en la B Nacional, llegó a cuartos de final, tras dejar en el camino a Estudiantes de Caseros, Sportivo Italiano y Atlético Rafaela.
En busca de las semis y pese a haber jugado un gran partido ante Racing, terminó cayendo por 1-0 con un gol en contra de Deivis Barone sobre el final.
Pero el torneo no sólo tiene antecedentes felices para los hinchas "decanos" que también recuerdan con cariño el triunfo en el clásico 3-1 sobre San Martín en 2013. Facundo Sava logró en este certamen el único título de su carrera (en 2022 dirigiendo a Patronato, que obtuvo así el primer título de su historia).
Pese a que terminó descendiendo a la Primera Nacional, el "patrón" logró una consagración inolvidable, eliminando a River y Boca en el camino y venciendo 1-0 en la final a Talleres. Además, logró la clasificación a la Copa Libertadores 2023. En ese equipo también estaban Nicolás Castro, Justo Giani y Marcelo Estigarribia. Joaquín Pereyra, campeón de la edición 2018 con Rosario Central, es otro de los que obtuvo en este certamen su único título.
Así como hubo momentos felices, la Copa Argentina también generó tragos amargos para Atlético. De hecho, el último antecedente es negativo: en su debut en la edición 2023 cayó 3-1 ante Estudiantes de Río Cuarto tras haber arrancado ganando, lo que contribuyó a agudizar el mal momento del equipo que en ese entonces dirigía Lucas Pusineri.
Esa fue una de las cuatro veces en las que fue debut y despedida en este torneo: las otras fueron en 2016 cuando cayó 1-0 ante un Defensores de Belgrano que disputaba la Primera B Metropolitana; en 2015, cuando fue derrotado 2-0 por Lanús; y en 2014, cuando tropezó 1-0 ante Ferro.