¿Qué es la genómica comparativa?
El núcleo del análisis genómico comparativo es el establecimiento de la correspondencia entre genes (análisis ortológico) u otras características genómicas en distintos organismos. Son estos mapas intergenómicos los que permiten rastrear los procesos evolutivos responsables de la divergencia de dos genomas. Una multitud de acontecimientos evolutivos que actúan a distintos niveles organizativos conforman la evolución del genoma. En el nivel más bajo, las mutaciones puntuales afectan a nucleótidos individuales. En un nivel superior, grandes segmentos cromosómicos sufren duplicación, transferencia lateral, inversión, transposición, deleción e inserción. En última instancia, genomas enteros participan en procesos de hibridación, poliploidización y endosimbiosis, que a menudo conducen a una rápida especiación. La complejidad de la evolución del genoma plantea muchos retos apasionantes a los desarrolladores de modelos matemáticos y algoritmos, que recurren a un espectro de técnicas algorítmicas, estadísticas y matemáticas, que van desde algoritmos exactos, heurísticos, de parámetro fijo y de aproximación para problemas basados en modelos de parsimonia, hasta algoritmos de Monte Carlo con cadena de Markov para el análisis bayesiano de problemas basados en modelos probabilísticos.

Muchos de estos estudios se basan en la detección de homología de secuencias para asignar secuencias a familias de proteínas.