¿Qué es la genómica estructural?
La genómica estructural pretende describir la estructura tridimensional de cada proteína codificada por un genoma determinado. Este enfoque basado en el genoma permite un método de alto rendimiento para determinar la estructura mediante una combinación de enfoques experimentales y de modelización. La principal diferencia entre la genómica estructural y la predicción estructural tradicional es que la genómica estructural intenta determinar la estructura de cada proteína codificada por el genoma, en lugar de centrarse en una proteína concreta. Con las secuencias del genoma completo disponibles, la predicción de la estructura puede hacerse más rápidamente mediante una combinación de enfoques experimentales y de modelización, sobre todo porque la disponibilidad de un gran número de genomas secuenciados y de estructuras de proteínas resueltas previamente permite a los científicos modelizar la estructura de las proteínas a partir de las estructuras de homólogos resueltos previamente.

Dado que la estructura de las proteínas está estrechamente relacionada con su función, la genómica estructural tiene el potencial de informar sobre el conocimiento de la función de las proteínas. Además de dilucidar las funciones de las proteínas, la genómica estructural puede utilizarse para identificar nuevos pliegues proteicos y posibles dianas para el descubrimiento de fármacos. La genómica estructural implica la adopción de un gran número de enfoques para la determinación de la estructura, incluidos métodos experimentales que utilizan secuencias genómicas o enfoques basados en el modelado a partir de la homología de secuencia o estructural con una proteína de estructura conocida o basados en principios químicos y físicos para una proteína sin homología con ninguna estructura conocida.

A diferencia de la biología estructural tradicional, la determinación de la estructura de una proteína mediante un esfuerzo de genómica estructural suele producirse (aunque no siempre) antes de que se sepa nada sobre la función de la proteína. Esto plantea nuevos retos en la bioinformática estructural, es decir, determinar la función de una proteína a partir de su estructura 3D.

La genómica estructural hace hincapié en la determinación de alto rendimiento de las estructuras proteicas. Esto se lleva a cabo en centros dedicados a la genómica estructural.

Mientras que la mayoría de los biólogos estructurales buscan estructuras de proteínas individuales o grupos de proteínas, los especialistas en genómica estructural buscan estructuras de proteínas a escala de todo el genoma. Esto implica la clonación, expresión y purificación a gran escala. Una de las principales ventajas de este enfoque es la economía de escala. Por otro lado, a veces se cuestiona el valor científico de algunas estructuras resultantes. Un artículo de Science de enero de 2006 analiza el campo de la genómica estructural.

Una ventaja de la genómica estructural, como la Iniciativa sobre la Estructura de las Proteínas, es que la comunidad científica obtiene acceso inmediato a nuevas estructuras, así como a reactivos como clones y proteínas. Una desventaja es que muchas de estas estructuras son de proteínas de función desconocida y no tienen las publicaciones correspondientes. Esto requiere nuevas formas de comunicar esta información estructural a la comunidad investigadora en general. El núcleo de Bioinformática del Joint center for structural genomics (JCSG) ha desarrollado recientemente un enfoque basado en wiki, denominado Open protein structure annotation network (TOPSAN), para anotar las estructuras proteicas que surjan de los centros de genómica estructural de alto rendimiento.