Basándonos en el tema de la película Prometheus, ¿quiénes son los ingenieros?
El tema central de Prometeo se refiere al Titán epónimo de la mitología griega que desafía a los dioses y regala fuego a la humanidad, por lo que es sometido a un castigo eterno. Los dioses quieren limitar a sus creaciones por si intentan usurpar a los dioses. La película trata de la relación de la humanidad con los dioses -sus creadores- y de las consecuencias de desafiarlos. Una expedición humana pretende encontrarlos y recibir conocimientos sobre la creencia, la inmortalidad y la muerte. Encuentran seres superiores que parecen dioses en comparación con la humanidad, y la tripulación del Prometeo sufre las consecuencias de su búsqueda. Shaw es directamente responsable de los acontecimientos de la trama porque quiere que se afirmen sus creencias religiosas y cree que tiene derecho a obtener respuestas de su dios; sus preguntas quedan sin respuesta y es castigada por su arrogancia.  La película ofrece una resolución similar, proporcionando elementos de información pero dejando las conexiones y conclusiones al público, dejando potencialmente la pregunta sin respuesta Otras alusiones religiosas están implícitas en la decisión de los Ingenieros de castigar a la humanidad con la destrucción 2.000 años antes de los acontecimientos de la película. Scott sugirió que un Ingeniero fue enviado a la Tierra para detener la creciente agresión de la humanidad, pero fue crucificado, dando a entender que se trataba de Jesucristo Sin embargo, Scott consideró que una conexión explícita en la película sería "un poco demasiado en la nariz".

La inteligencia artificial, un tema unificador a lo largo de la carrera de Scott como director, es especialmente evidente en Prometheus, principalmente a través del androide David. David es como los humanos, pero no quiere ser como ellos, evitando un tema habitual en la "narración robótica", como en Blade Runner. David está creado a imagen de la humanidad, y mientras la tripulación humana de la nave Prometheus busca a sus creadores esperando respuestas, David existe entre sus creadores humanos pero no se impresiona; cuestiona a sus creadores sobre por qué buscan a los suyos Lindelof describió la nave como una prisión para David Al final de la película, el creador de David (Weyland) ha muerto y su programación fundamental terminará sin alguien a quien servir. Lindelof explicó que la programación de David se vuelve confusa y que podría estar programado por Shaw o por su propio sentido de la curiosidad. Tras la muerte de Weyland, David se queda con Shaw, y se muestra sincero e interesado en seguirla, en parte por supervivencia y en parte por curiosidad.

Otro tema es la creación y la pregunta "¿Quién soy? ¿Quién me hizo? ¿Por qué me has abandonado?" El desarrollo de la mitología en el universo exploró la creación judeocristiana de la humanidad, pero Scott se interesó por los mitos de creación grecorromanos y aztecas sobre dioses que crean a los humanos a su propia imagen sacrificando un trozo de sí mismos. Esta creación se muestra en el comienzo de la película, en el que un Ingeniero se sacrifica tras consumir el líquido oscuro, actuando como un "jardinero en el espacio" para dar vida a un mundo. Una de sus expediciones crea a la humanidad, que crea vida artificial (David) a su propia imagen. David introduce entonces el líquido oscuro a Holloway, que preña a una Shaw estéril, y el hijo resultante preña a un Ingeniero, creando el hijo de las tres generaciones. Scott comparó a los Ingenieros con los ángeles oscuros del Paraíso Perdido de John Milton, y dijo que la humanidad era su descendencia y no la de Dios.

Shaw es la única creyente religiosa de la tripulación y muestra abiertamente su creencia religiosa con un collar de una cruz cristiana. Lindelof dijo que, con sus conocimientos científicos, sus creencias se sentían anticuadas en 2093. Shaw se emociona cuando se entera de que fue creada por los Ingenieros y no por una deidad sobrenatural, pero en lugar de hacerle perder su fe, la refuerza. Lindelof dijo que hacer preguntas y buscar un significado es la razón de estar vivo, y por eso se deja que el público se pregunte si Shaw estaba protegida por Dios debido a su fe. Scott quería que la película terminara con la declaración de Shaw de que sigue buscando respuestas definitivas. Además de los temas religiosos, Lindelof dijo que Prometheus es pro-ciencia y explora si el conocimiento científico y la fe en Dios pueden coexistir.

Además de extraer varias influencias de Paraíso Perdido, Govindini Murty, de The Atlantic, señaló otras influencias, y escribió que "as impactantes imágenes que Ridley Scott concibe para Prometheus hacen referencia a todo, desde 2001 de Stanley Kubrick al Hombre de Vitruvio de Leonardo da Vinci y El planeta de los vampiros de Mario Bava. Scott también amplía el universo original de Alien creando una mitología claramente inglesa inspirada en el Paraíso Perdido de Milton y en los dibujos simbólicos de William Blake" En septiembre de 2021, se informó de un nuevo análisis de la película.
En la película Prometheus, los Ingenieros son una civilización avanzada de otro planeta que creó la vida en la Tierra. Son básicamente el dios de los humanos, ya que ellos los crearon. Son los responsables de crear las criaturas alienigenas para asesinar en masa la vida en la tierra.