Table S1 Results of cross-species amplification at species level; for each loci, the amplification quality and the number of alleles per species are given; and overall loci, the average rates of amplification and polymorphism (p>0.95), and the mean number of alleles per locus are provided -expected null alleles (N) and amplification of echo-allele (echo -i.e. supplementary longer length amplified allele always co-appearing with a given allelle) are also reported. 

Hemichromis

+ -- - - - - - + - -- -- -- -- -- -- # all. 4 N N 3 1 2 2 2 3 N N N N N N all.

Table S1 (continuation)

 S1 
														Hemichromis	Chromidotilapia	Haplochromis
	Loci	niloticus	aureus	mossambicus	shiranus	saka	squamipinnis	macrochir	melanotheron	galilaeus	zillii	dageti	guineensis	bimaculatus	guntheri	sp. rockkribensis
	UNH-130 quality	++	++	-	++	+ (echo)	+ (echo)	++	++	++	++	++	++			++
	# all.	7	2	2+N	5	4+N	4	2	1+N	5	1+N	2	2	N	N	2
	Loci Species all.range UNH-131 quality	niloticus 178-236	aureus 183-189	mossambicus 179-236	shiranus Oreochromis 179-232	saka 174-216	squamipinnis 174-200	macrochir 176-186	melanotheron Sarotherodon galilaeus 176 184-242	zillii 183	dageti 183 Tilapia	guineensis 181-187	bimaculatus	Chromidotilapia guntheri	Haplochromis sp. rockkribensis 180-230
	UNH-008 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++
	# all.	3	1	1+N	5	6	6	2	2	6	1	1	1	2	1	1
	all.range	206-222	224	198	212-220	206-236	204-222	201-203	218-224	203-221	202	202	202	215-216	196	206
	UNH-102 quality	++		++	++	++	++	++	++	-				--	++	++
	# all.	4	N	2+N	7	7+N	7	2	5	2+N	N	N	N	2+N	1	1
	all.range	147-175		163-167	147-177	151-185	151-177	159-171	151-167	159-161				157-161	141	132
	UNH-103 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	+						
	# all.	3	2	3	8	10	10	3	5	4+N	N	N	N	N	N	N
	all.range	206-220	198-222	182-224	206-252	180-240	184-260	182-234	171-240	178-186						
	UNH-106 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	+	--	++	++
	# all.	4	4	2+N	6	4	5	1	4+N	5+N	2	1	4+N	1+N	4	3
	all.range	131-141	155-189	115-117	155-171	127-147	119-149	11 9	125-135	125-143	125-173	123	137-163	133	137-147	157-163
	UNH-115 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	+	-	++	
	# all.	3	1	3	4	7	3	1	1	5+N	1	1	2	1	1	N
	all.range	128-146	122	112-140	122-131	112-132	120-127	11 8	124	114-128	128	128	124-128	100	120	
	UNH-117 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	-	++	-
	# all.	1	1	1	1+N	2	1	1	2	2	1	1	1	1	1	1
	all.range	120	120	120	120	118-120	120	120	120-124	116-122	11 2	11 6	11 6	128	108	146
	UNH-120 quality	-	-	-	-	-	-	-	-	--	-	-	-	--	--	--
	# all.	5	3	2	8	11	8	2	2	2	1	1	1	N	N	2
	all.range															
	UNH-123 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++		++	++	+	++	++
	# all.	6	4+N	3	3+N	4	6	2	2	5	N	2	1	1	1	1
	all.range	154-212	195-232	184-206	162-174	162-184	166-178	176-180	153-162	162-196		156-162	162	144	142	160
	UNH-124 quality	++		++		+	+	+	++	++						
	# all.	4	N	3	N	1	2	1	1	5+N	2+N	N	N	N	N	N
	all.range	295-313		307-313		296	296-298	296	310	310-324	310-321					
	UNH-125 quality	++	++		++			+	++		++	++	++			++
	# all.	7	1	N	3	N	N	2	4	2+N	1	3	2	N	N	1
	all.range	134-170	158		138-142			174-198	142-166	156-158	154	158-162	154-186			194
	UNH-129 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++				--	++	-
	# all.	7	2	2	4	6	6	1	5	2+N	N	N	N	2	1	2
	all.range	189-215	199-201	199-203	187-201	185-209	183-209	209	175-217	183-209				193-201	203	237-253

Table S1 (continuation bis)

 S1 
	Species Species				Oreochromis Oreochromis				Sarotherodon Sarotherodon		Tilapia Tilapia		Hemichromis	Chromidotilapia	Haplochromis
	Loci	niloticus	aureus	mossambicus	shiranus	saka	squamipinnis	macrochir	melanotheron	galilaeus	zillii	dageti	guineensis	bimaculatus	guntheri	sp. rockkribensis
	UNH-169 quality	++	++	++	+	+	+	++	++	++	++	++	++	++	++	++
	# all.	8	3	3	5	9	9	1	4+N	5	1	1+N	2	1	1	2
	all.range	124-166	132-192	148-168	152-184	144-220	144-240	140	136-168	136-156	136	136	134-136	144	172	134-144
	UNH-173 quality	++	++	++		+	+	++	++	-	++	-	-			
	# all.	2	2	1	N	3+N	5+N	1	1+N	4	1	3+N	2	N	N	N
	range all.range	172-188	174-180	172		178-188	176-188	160	154	136-172	124	136-142	124-140			
	UNH-132 quality UNH-174 quality	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	+ (echo)	+ (echo)	++			++
	# all. # all.	2 4	3 1	3 3	5 2+N	1 1	1 1	2 1	1+N 1	4+N 5	N 3	N 1	N 3	N N	N N	N 1
	all.range all.range	118-122 165-187	124-134 153	122-132 151-181	114-130 146-151	107 149	107 149	107-111 155	100 151	110-122 149-161	157-161	159	165-181			154
	UNH-135 quality UNH-189 quality	+ (echo) ++	+ (echo) ++	+ (echo) ++	+ (echo) ++	+ (echo) +	+ (echo) ++	+ (echo) ++	+ (echo) ++	+ (echo) -	+ ++	+ ++	+ -		-	
	# all. # all.	6 3	2 3	4 2	3 8	9 7	8 6	3 2+N	5 3	7 7	3 2	3 6	5 6	N N	N 2	N N
	all.range all.range	126-274 161-190	162-168 152-184	124-162 146-184	126-168 142-171	124-159 150-198	129-276 154-208	128-174 146-156	126-211 155-161	160-286 149-198	232-284 140-144	266-274 149-203	246-280 135-173		135-138	
	UNH-138 quality UNH-190 quality	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++	++ + or nul		++	+ -
	# all. # all.	7 2	1 1	1 1	8 8	8 3	8 2+N	3 2	2 1	9 2+N	5 3	3+N N	5 1+N	N N	N 1	1+N 1
	all.range all.range	160-198 168-177	180 170	150 141	168-218 143-192	178-238 141-145	172-250 141-143	178-186 141-149	154-164 145	144-232 147-159	148-230 186-198	144-154	154-165 202		133	158 198
	UNH-142 quality UNH-193 quality	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ --(or nul)	++ --(or nul)	++ --(or nul)	++ ++	++ --(or nul)	++ ++	++ ++	++ --	+ --	--(or nul)	+ --
	# all. # all.	3 3	1 2	4 2	5 2	8 N	5+N N	1 N	3 3	4 N	1 1	1 1	7 N	1 N	N N	2 N
	all.range all.range	156-160	156	146-172	152-168	156-192	152-178	172	146-160	142-154	142	142	142-186	142		170-176
	UNH-146 quality UNH-197 quality	++ + (echo)	++ + (echo)	++ + (echo)	++ ++	++ + (echo)	++ + (echo)	++ ++	++ + (echo)	++ -	++ +	++ -	++ -		+ -	-
	# all. # all.	3 6	1 2	1+N 2	1 6	6 7	4+N 9	2 1	3+N 5	4 9	2 4	1 5+N	3 6+N	N N	1 3+N	N 2
	all.range all.range	123-131 156-206	125 174-186	123 170-184	125 200-218	129-145 164-198	129-137 154-210	133-149 190	121-133 202-228	111-147 188-222	111-115 180-198	111 191-218	111-117 178-199		11 3 164-194	214-220
	UNH-149 quality UNH-207 quality	++ + (echo)	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ + (echo)	+ (echo) + (echo)	++ ++	--++	++ ++	+	++ ++	+
	# all. # all.	4 3	3 1	1 2+N	8 2	6 5	5 8	3 1	3 4	10 7	2 2	7 3	7 5	5 N	3 1	N 2
	all.range all.range	145-161 140-158	149-193 148	147 110-116	159-200 116-148	145-157 116-164	145-159 112-166	183-225 11 6	163-177 118-154	143-203 114-166	161-167 128-134	153-221 112-174	149-183 114-144	161-177	159-163 90	184-198
	UNH-154 quality UNH-211 quality	++ ++	+ (echo) ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	++ -	++ -	+	++	
	# all. # all.	8 6	1+N 2	1 2	9 7	9 9	9 8	2 2	6 8	7 5+N	2+N 2	2 1	3 4	2 N	1 N	N N
	all.range all.range	100-174 128-162	124 134-162	128 144-160	108-164 144-180	108-166 142-176	112-176 124-184	138-158 128-158	102-120 154-194	100-136 136-170	118-158 82-84	104-108 82	98-104 84-194	98-112	11 4	
	UNH-159 quality UNH-216 quality	++ ++	++ ++	++ ++	++ ++	+ ++	+ ++	+ ++	++ ++	++ ++	++ ++	+ +	++ ++	---	++	-++
	# all. # all.	5+N 2	2 1	3 2	4+N 9	7 7+N	8 8	2 1	3 4	5 7	2 2	3 7	5 6	1 4+N	1 N	1+N 2
	all.range all.range	229-267 126-138	239-243 128	229-257 160-174	221-247 152-178	227-267 160-186	227-249 146-168	255-259 176	217-237 136-170	229-241 136-190	208-218 160-174	231-234 138-168	210-245 150-174	209 168-212	205	211 160-190
	UNH-162 quality	++	++	++	++	++	++	++	++	++	++	+	+	--	+	
	# all. amplification rate	6 97%	2 88%	2 88%	8 88%	9 88%	9 88%	1 91%	2 97%	7 75%	4 75%	4 63%	6 63%	2 19%	2 47%	N 38%
	all.range P(0.95)	200-238 97%	198-200 57%	208-230 71%	186-216 93%	206-252 89%	204-242 89%	194 55%	181-210 77%	191-230 96%	212-244 42%	125-229 60%	205-240 80%	209-217 50%	202-204 20%	50%
	mean.all./Locus	4.3	1.8	2.1	5.2	5.9	5.8	1.7	2.8	4	1.5	2.4	3.6	2.3	1.4	1.6

Table S2

 S2 Cross-species amplification results per taxonomic groups (genus, tribe & total of species) with the number of alleles, calculated i) per locus and ii) over all loci (with amplification and polymorphism rates, mean alleles number per locus & mean alleles number per locus and species); expected null alleles (N) are reported. 


	Taxonomic groups Loci	Oreochromis	Sarotherodon	Tilapia	Tilapiines	non-Tilapiines	Total
	UNH-008	16+N	6	1	20+N	4	22+N
	UNH-102	16+N	5	0+N	17+N	4+N	19+N
	UNH-103	27	8	0+N	31+N	0+N	31+N
	UNH-106	20	6+N	7+N	28+N	8+N	30+N
	UNH-115	12	4	3	14	2+N	15+N
	UNH-117	2+N	3	2	6+N	3	9+N
	UNH-123	20+N	6	2+N	23+N	3	26+N
	UNH-124	6+N	5	2+N	12+N	0+N	12+N
	UNH-125	12+N	4+N	5	16+N	1+N	17+N
	UNH-129	16	6	0+N	19+N	5	21+N
	UNH-130	19+N	5+N	4+N	25+N	2+N	26+N
	UNH-132	12	5+N	0+N	14+N	0+N	14+N
	UNH-135	23	7	8	33	0+N	33+N
	UNH-138	25	8	11+N	38+N	1+N	38+N
	UNH-142	15+N	4	7	18+N	3+N	18+N
	UNH-146	9+N	5	4	16+N	1+N	16+N
	UNH-149	19	9	14	31	6+N	31+N
	UNH-154	28+N	8	6	32+N	3+N	33+N
	UNH-159	17+N	7	9	26+N	3+N	29+N
	UNH-162	22	7	10	34	4+N	35+N
	UNH-169	28	7+N	2+N	31+N	3	31+N
	UNH-173	10+N	3+N	5+N	17+N	0+N	17+N
	UNH-174	10+N	3	4	11+N	1+N	12+N
	UNH-189	21+N	8	12	36+N	2+N	37+N
	UNH-190	14+N	3	4+N	18+N	2+N	19+N
	UNH-197	25	11	13+N	36+N	5+N	38+N
	UNH-207	13+N	8	9	23+N	3+N	26+N
	UNH-211	24	11	5	31	0+N	31+N
	UNH-216	18+N	7	11	25+N	6+N	29+N
	amplification rate	88%	86%	67%	82%	34%	72%
	P (0.95)	76%	85%	59%	74%	36%	70%
	mean.all.nb./Locus	17.8	6.4	6	24.3	3.4	25.7
	mean.all.nb./Loc./sp.	3.7	3.3	2.4	3.7	1.6	3.2

SUPPLEMENTARY MATERIALS

Table S3 Number and percentage of shared alleles between species by taxonomic groups (genus, tribe & total of species), calculated per locus and in average over all loci (calcul of percentage excludes null alleles).