SARS-CoV-2 recovery efficiency, and quality control

Pepper mild mottle virus (PMMoV) was analyzed as a process control because it is an endogenous wastewater organism and can validate the virus concentration method. PMMoVs were quantified according to PMMoV RT-qPCR Kit for Wastewater (Promega, Madison, WI, USA). For the samples that didn't yield a positive amplification by RT-qPCR but yielded a detectable amplification of PMMoV, we assume the concentration of SARS-CoV-2 is below the LoD in the wastewater. Human coronavirus OC43 strain (OC43) was used as a surrogate to study the virus recovery rate in the concentration method because of the enveloped structure, which is similar with SARS-CoV-2. 100 μL of OC43 strain were spiked into 180 mL wastewater, followed by the Amicon ultrafiltration method. The HCoV-OC43 was quantified according to the method by Uppal et al., (2021). The recovery rate was calculated according to Equation (1). 
Recovery rate= (OC43 recovered)/(HCoV_OC43 spiked)•100% 
(1) 
The recovery OC43 in untreated wastewater was 24 ± 2 %, whereas it was 22 ± 10 % in spiked PBS. No significant difference was observed between the two groups (Mann-Whitney test, P value = 0.85). The result is shown in the Supplementary Figure 1. 
wastewater from June, 2021; B. Sequence reads in the wastewater from March 2021; C. 
Sequence reads in the wastewater from January 2021; D. Sequence reads in the wastewater from Novemver 2020. 

Table S1: GISAID Accession Numbers

EPI_ISL_1135856 EPI_ISL_1135857 EPI_ISL_1135860 EPI_ISL_1135861 EPI_ISL_1135862 EPI_ISL_1135864 EPI_ISL_1135865 EPI_ISL_1135868 EPI_ISL_1135870 EPI_ISL_1135871 EPI_ISL_1135873 EPI_ISL_1135874 EPI_ISL_1135875 EPI_ISL_1135876 EPI_ISL_1135883 EPI_ISL_1135884 EPI_ISL_1135887 EPI_ISL_1135888 EPI_ISL_1135889 EPI_ISL_1135891 EPI_ISL_1135892 EPI_ISL_1135894 EPI_ISL_1135898 EPI_ISL_1135903 EPI_ISL_1135905 EPI_ISL_1135906 EPI_ISL_1135908 EPI_ISL_1135910 EPI_ISL_1135914 EPI_ISL_1135915 EPI_ISL_1135919 EPI_ISL_1135920 EPI_ISL_1135923 EPI_ISL_1135924 EPI_ISL_1135927 EPI_ISL_1135928 EPI_ISL_1135930 EPI_ISL_1135932 EPI_ISL_1135938 EPI_ISL_1135939 EPI_ISL_1135940 EPI_ISL_1135941 EPI_ISL_1135942 EPI_ISL_1135944 EPI_ISL_1135947 EPI_ISL_1135948 EPI_ISL_1135949 EPI_ISL_1135950 EPI_ISL_1135956 EPI_ISL_1135965 EPI_ISL_1135967 EPI_ISL_1135969 EPI_ISL_1135970 EPI_ISL_1135975 EPI_ISL_1135978 EPI_ISL_1135979 EPI_ISL_1135981 EPI_ISL_1135984 EPI_ISL_1135985 EPI_ISL_1135986 EPI_ISL_1135989 EPI_ISL_1135993 EPI_ISL_1135994 EPI_ISL_1135997 EPI_ISL_1135998 EPI_ISL_1136002 EPI_ISL_1136004 EPI_ISL_1136007 EPI_ISL_1136008 EPI_ISL_1136014 EPI_ISL_1136052 EPI_ISL_1136053 EPI_ISL_1136054 EPI_ISL_1136058 EPI_ISL_1136059 EPI_ISL_1136060 EPI_ISL_1136061 EPI_ISL_1136062 EPI_ISL_1136063 EPI_ISL_1136247 EPI_ISL_1136248 EPI_ISL_1136249 EPI_ISL_1136250 EPI_ISL_1136251 EPI_ISL_1136253 EPI_ISL_1136254 EPI_ISL_1136255 EPI_ISL_1136256 EPI_ISL_1136257 EPI_ISL_1136258 EPI_ISL_1136259 EPI_ISL_1136260 EPI_ISL_1136261 EPI_ISL_1136262 EPI_ISL_1136263 EPI_ISL_1136264 EPI_ISL_1136265 EPI_ISL_1136266 EPI_ISL_1136267 EPI_ISL_1136268 EPI_ISL_1136269 EPI_ISL_1136270 EPI_ISL_1136271 EPI_ISL_1136272 EPI_ISL_1136273 EPI_ISL_1136274 EPI_ISL_1136275 EPI_ISL_1136276 EPI_ISL_1136277 EPI_ISL_1136278 EPI_ISL_1136279 EPI_ISL_1136280 EPI_ISL_1136281 EPI_ISL_1136282 EPI_ISL_1136283 EPI_ISL_1136284 EPI_ISL_1136285 EPI_ISL_1136286 EPI_ISL_1136287 EPI_ISL_1136288 EPI_ISL_1136289 EPI_ISL_1136290 EPI_ISL_1136291 EPI_ISL_1136292 EPI_ISL_1136294 EPI_ISL_1136295 EPI_ISL_1136296 EPI_ISL_1136297 EPI_ISL_1136298 EPI_ISL_1136299 EPI_ISL_1136300 EPI_ISL_1136301 EPI_ISL_1136302 EPI_ISL_1136303 EPI_ISL_1136304 EPI_ISL_1136305 EPI_ISL_1136306 EPI_ISL_1136307 EPI_ISL_1136307 EPI_ISL_1136308 EPI_ISL_1136309 EPI_ISL_1136310 EPI_ISL_1136311 EPI_ISL_1136312 EPI_ISL_1136313 EPI_ISL_1136314 EPI_ISL_1136315 EPI_ISL_1136316 EPI_ISL_1136317 EPI_ISL_1136318 EPI_ISL_1136319 EPI_ISL_1136320 EPI_ISL_1136321 EPI_ISL_1136322 EPI_ISL_1136323 EPI_ISL_1136324 EPI_ISL_1136325 EPI_ISL_1136326 EPI_ISL_1136327 EPI_ISL_1136328 EPI_ISL_1136329 EPI_ISL_1136330 EPI_ISL_1136331 EPI_ISL_1136332 EPI_ISL_1136333 EPI_ISL_1136334 EPI_ISL_1136335 EPI_ISL_1136336 EPI_ISL_1136337 EPI_ISL_1136338 EPI_ISL_1136339 EPI_ISL_1136340 EPI_ISL_1136342 EPI_ISL_1136343 EPI_ISL_1136344 EPI_ISL_1136345 EPI_ISL_1136346 EPI_ISL_1136347 EPI_ISL_1136348 EPI_ISL_1136349 EPI_ISL_1136350 EPI_ISL_1136351 EPI_ISL_1136353 EPI_ISL_1136354 EPI_ISL_1136355 EPI_ISL_1136356 EPI_ISL_1136357 EPI_ISL_1136358 EPI_ISL_1136359 EPI_ISL_1136360 EPI_ISL_1136361 EPI_ISL_1136363 EPI_ISL_1136364 EPI_ISL_1136365 EPI_ISL_1136366 EPI_ISL_1136367 EPI_ISL_1136368 EPI_ISL_1136369 EPI_ISL_1136370 EPI_ISL_1136371 EPI_ISL_1136373 EPI_ISL_1136374 EPI_ISL_1136375 EPI_ISL_1136376 EPI_ISL_1136377 EPI_ISL_1136378 EPI_ISL_1136379 EPI_ISL_1136380 EPI_ISL_1136381 EPI_ISL_1136382 EPI_ISL_1136383 EPI_ISL_1136384 EPI_ISL_1136385 EPI_ISL_1136386 EPI_ISL_1136387 EPI_ISL_1136388 EPI_ISL_1136389 EPI_ISL_1136390 EPI_ISL_1136391 EPI_ISL_1136392 EPI_ISL_1136396 EPI_ISL_1136399 EPI_ISL_1136402 EPI_ISL_1136403 EPI_ISL_1136404 EPI_ISL_1136405 EPI_ISL_1136406 EPI_ISL_1136407 EPI_ISL_1136410 EPI_ISL_1136411 EPI_ISL_1136413 EPI_ISL_1136418 EPI_ISL_1136424 EPI_ISL_1136425 EPI_ISL_1136427 EPI_ISL_1136428 EPI_ISL_1136430 EPI_ISL_1136436 EPI_ISL_1136438 EPI_ISL_1136439 EPI_ISL_1136440 EPI_ISL_1136441 EPI_ISL_1136442 EPI_ISL_1136444 EPI_ISL_1136445 EPI_ISL_1136449 EPI_ISL_1136450 EPI_ISL_1136451 EPI_ISL_1136455 EPI_ISL_1136456 EPI_ISL_1136457 EPI_ISL_1136458 EPI_ISL_1136459 EPI_ISL_1136460 EPI_ISL_1136464 EPI_ISL_1136479 EPI_ISL_1136482 EPI_ISL_1136485 EPI_ISL_1136486 EPI_ISL_1136487 EPI_ISL_1136489 EPI_ISL_1136490 EPI_ISL_1136491 EPI_ISL_1136493 EPI_ISL_1136494 EPI_ISL_1136499 EPI_ISL_1136500 EPI_ISL_1136501 EPI_ISL_1136502 EPI_ISL_1136503 EPI_ISL_1136504 EPI_ISL_1136519 EPI_ISL_1136537 EPI_ISL_1136538 EPI_ISL_1136539 EPI_ISL_1136540 EPI_ISL_1136541 EPI_ISL_1136543 EPI_ISL_1136544 EPI_ISL_1136547 EPI_ISL_1136550 EPI_ISL_1136551 EPI_ISL_1136552 EPI_ISL_1136567 EPI_ISL_1136568 EPI_ISL_1136578 EPI_ISL_1136579 EPI_ISL_1136580 EPI_ISL_1136581 EPI_ISL_1136582 EPI_ISL_1136589 EPI_ISL_1136590 EPI_ISL_1136592 EPI_ISL_1136593 EPI_ISL_1136594 EPI_ISL_1136596 EPI_ISL_1136602 EPI_ISL_1136603 EPI_ISL_1136604 EPI_ISL_1136605 EPI_ISL_1136606 EPI_ISL_1136607 EPI_ISL_1136608 EPI_ISL_1136610 EPI_ISL_1136611 EPI_ISL_1136616 EPI_ISL_1136617 EPI_ISL_1136618 EPI_ISL_1136622 EPI_ISL_1136623 EPI_ISL_1136624 EPI_ISL_1136625 EPI_ISL_1136626 EPI_ISL_1136627 EPI_ISL_1136628 EPI_ISL_1136629 EPI_ISL_1136631 EPI_ISL_1136632 EPI_ISL_1136633 EPI_ISL_1136634 EPI_ISL_1136635 EPI_ISL_1136636 EPI_ISL_1136637 EPI_ISL_1136638 EPI_ISL_1136648 EPI_ISL_1136649 EPI_ISL_1136650 EPI_ISL_1136651 EPI_ISL_1136652 EPI_ISL_1136674 EPI_ISL_1136675 EPI_ISL_1136676 EPI_ISL_1136677 EPI_ISL_1136679 EPI_ISL_1136680 EPI_ISL_1136681 EPI_ISL_1136682 EPI_ISL_1136685 EPI_ISL_1136687 EPI_ISL_1136688 EPI_ISL_1399174 EPI_ISL_1399175 EPI_ISL_1399176 EPI_ISL_1399177 EPI_ISL_1399178 EPI_ISL_1399179 EPI_ISL_1404604 EPI_ISL_1404605 EPI_ISL_1404606 EPI_ISL_1404607 EPI_ISL_1404608 EPI_ISL_1404609 EPI_ISL_1404610 EPI_ISL_1404611 EPI_ISL_1404612 EPI_ISL_1404613 EPI_ISL_1423001 EPI_ISL_1423002 EPI_ISL_1423003 EPI_ISL_1423004 EPI_ISL_1423005 EPI_ISL_1469498 EPI_ISL_1469499 EPI_ISL_1469500 EPI_ISL_1469501 EPI_ISL_1469502 EPI_ISL_1469503 EPI_ISL_1469504 EPI_ISL_1469505 EPI_ISL_1469506 EPI_ISL_1469507 EPI_ISL_1469508 EPI_ISL_1469509 EPI_ISL_1469510 EPI_ISL_1469511 EPI_ISL_1469512 EPI_ISL_1469513 EPI_ISL_1469514 EPI_ISL_1469515 EPI_ISL_1469516 EPI_ISL_1469517 EPI_ISL_1469518 EPI_ISL_1469519 EPI_ISL_1469520 EPI_ISL_1469521 EPI_ISL_1469522 EPI_ISL_1469523 EPI_ISL_1469524 EPI_ISL_1469525



  




  




  






Supplementary
Subhash C Verma