In the Ching dynasty, scholars would frequent the temple in pursuit of study and inspiration.
據傳，乾隆年間有位叫楊謙的青年，從老家嘉義到彰化謀生，在南郊的窯廠工作。他篤信佛教，把自家奉祀的媽祖香火供在工寮，並多次在夜裡看到五彩霞光，而且靈跡一一顯應。附近善男信女於是捐地築廟，原名「南窯宮」，後因「窯」字不雅，改為「南瑤宮」。