When the Japanese occupied Taiwan, the local people used the temple as a rallying point and were able to launch telling blows against the Japanese army.
台灣北部的一場大地震，使得祖師廟部份損毀，因此道光十三年，地方人士籌募款項，擴建為較具規模的廟宇。甲午戰爭，清廷戰敗，馬關條約中，清廷將台灣割給日本。日軍佔領台灣時，祖師廟二度毀於戰火。