ジム・ホーキンスは、彼の親友のゴンゾとリッツォと一緒にイギリスの宿に住んでいる若い孤児です。ジムは、パイレーツキャプテンフリントについてのビリーボーンズの物語を聞いています。ある夜、ボーンズの乗組員の盲目のピューが到着し、骨に黒い斑点を与えます。心臓発作で死ぬ直前に、骨はジムに宝の地図を与え、宝物を追いかけ、海賊の手、特に片足の男から安全に保つように頼みます。ちょうどそのとき、海賊の軍隊が宿を攻撃し、それを破壊しますが、ジム、ゴンゾ、リッツォは地図で逃げます。

このトリオは、宝物を見つけるために航海を手配するハーフウィットスクワイアトレラウニー（フォッツィーベア）に地図を持っていきます。少年たちは、ヒスパニオラにキャビンボーイズに乗って入隊し、トレローニー、リヴェーシー博士（ブンセンハニーデュー）、ビーカーを伴っています。船は、キャプテン・アブラハム・スモレット（カーミット・ザ・カエル）と彼の過度に厳格な最初の仲間であるアロー氏（サム・イーグル）によって指揮されています。少年たちは、骨が彼らに警告した片足の男であるクック・ロング・ジョン・シルバーに会いますが、ジムとシルバーは良い友達になります。船は航海しますが、スモレットは乗組員を疑っており、彼らが日陰の性格であると信じています。ゴンゾとリゾーは海賊であることが判明した3人の乗組員によって誘nされ、拷問された後、彼は安全な維持のために宝物の地図を閉じ込めています。

シルバーと乗組員の秘密の海賊はフリントの乗組員の一部であり、自分自身の宝物を求めていたことが明らかになりました。シルバーの愚か者アロー氏は船を離れて手rowぎボートをテストし、own死したと言い、アローの追service式中に手下が地図を盗ませます。ジム、ゴンゾ、リッツォはシルバーの裏切りを発見し、スモレットに知らせます。トレジャーアイランドに到着して、スモレットは乗組員全員に警官を救うように命令し、船に乗って海賊以外の乗組員を守り、島の海賊を捨てることを計画しています。しかし、彼の計画は、シルバーがジムをキャプテンに対して活用するためにジムを誘nしたことが発見されたときに崩壊します。島では、シルバーはジムを招待して、亡くなった父親のコンパスを使って宝探しに参加します。ジムが拒否すると、シルバーは彼からコンパスを強制的に取ります。ジムを救出するために、スモレット、ゴンゾ、リッツォが島に着地しました。しかし、彼らには知られていないが、シルバーは出発する前にヒスパニオラに乗って海賊の部隊を隠していたので、彼らはスモレットの不在で船を捕らえた。島では、スモレットと他の着陸党は豚の先住民族に捕らえられます。そこでは、スモレットが彼の魔法の恋人ベンジャミナ・ガン（ミス・ピギー）と再会します。

海賊は、フリントが宝物を隠した洞窟が空であることを発見し、銀に対する短い反乱につながる。シルバーは、彼が海賊であるにもかかわらず、彼はジムを気遣い、彼が逃げることを許していることを明らかにします。クルーが聖書のページを使用して死刑判決を下すのを免除した後、シルバーと彼の乗組員はスモレットとベンジャミナを捕らえました。スモレットは崖からぶら下がって彼の死に陥り、ベンジャミナがすぐに加わりました。ジムは友人を救い、生きているアロー氏と一緒に船に乗って海賊を怖がらせる彼自身の幽霊を描いているアロー氏と一緒に、グループはヒスパニオラの支配を取り戻し、スモレットとベンジャミナを救います。

グループは、銀だけが立っているまでスモレットの側にスウィートムが亡くなって、ビーチでの剣の戦いに残りの海賊を巻き込みますが、彼は自分自身が数え切れないことに気づきます。海賊が投獄されている間、シルバーは彼がまだアロー氏の鍵を持っていることを発見し、夜中に宝物で逃げようとします。ジムは彼に立ち向かい、自分の立場を捨てると脅し、シルバーは彼のピストルを引きます。涙を流したスタンドオフでは、どちらも自分の脅威に従うこともできず、ジムは、彼らが二度と通りを横切ることがない限り、彼らの失望に大いに道を渡ることを許可します。銀の列は離れていますが、ジムのコンパスを彼に戻し、彼の親切な心をほめたたえた前ではありません。しかし、アロー氏はジムとスモレットに、使用されたボートの銀が耐船せず、後にトレジャーアイランドに銀が取り残されていることを伝えています。

ヒスパニオラの乗組員は夕日に航海しますが、スキューバダイビングラットの観光客が海から宝物を回復する前ではありません。
Jim Hawkins is a young orphan who lives in an inn in England with his best friends Gonzo and Rizzo. Jim listens to Billy Bones' tales about the pirate Captain Flint, who buried his treasure trove on a remote island and executed his crew so only he would own the island's map. One night, Bones' crewmate Blind Pew arrives, giving Bones the black spot. Just before dying of a heart attack, Bones gives Jim the treasure map and begs him to go after the treasure and keep it safe from pirate hands, especially a one-legged man. Just then, an army of pirates attack the inn, destroying it, but Jim, Gonzo, and Rizzo escape with the map.

The trio takes the map to the half-wit Squire Trelawney (Fozzie Bear), who arranges a voyage to find the treasure. The boys are enlisted aboard the Hispaniola as cabin boys, accompanied by Trelawney, Dr. Livesey (Bunsen Honeydew), and Beaker. The ship is commanded by Captain Abraham Smollett (Kermit the Frog) and his overly strict first mate, Mr. Arrow (Sam Eagle). The boys meet the cook Long John Silver, the one-legged man whom Bones warned them of, but Jim and Silver become good friends. The ship sets sail, but Smollett is suspicious of the crew, believing them to be of shady character. After Gonzo and Rizzo are kidnapped and tortured by three of the crew who have turned out to be pirates, he has the treasure map locked up for safe keeping.

It is revealed that Silver and the secret pirates in the crew had been part of Flint's crew and want the treasure for themselves. Silver fools Mr. Arrow into leaving the ship to test out a rowboat, says he drowned, and has his minions steal the map during Arrow's memorial service. Jim, Gonzo, and Rizzo discover Silver's treachery and inform Smollett. Arriving at Treasure Island, Smollett orders the entire crew save the officers to go ashore, planning to keep himself and non-pirate crew aboard the ship and abandon the pirates on the island. However, his plan falls through when it is discovered that Silver has kidnapped Jim to have leverage against the captain. On the island, Silver invites Jim to join them in the treasure hunt using his late father's compass. When Jim refuses, Silver forcibly takes the compass from him. Smollett, Gonzo, and Rizzo land on the island in an effort to rescue Jim. However, unbeknownst to them, Silver had hidden a squad of pirates aboard the Hispaniola before leaving, and they capture the ship in Smollett's absence. On the island, Smollett and the rest of the landing party are captured by the native tribe of pigs, where Smollett reunites with his jilted lover Benjamina Gunn (Miss Piggy), the tribe's queen.

The pirates find that the cave in which Flint hid the treasure is empty, leading to a brief mutiny against Silver. Silver reveals that, even though he is a pirate, he cares for Jim and allows him to escape. After reprimanding the crew from using a page from the Bible to deliver a death sentence, Silver and his crew capture Smollett and Benjamina. Smollett is hung from a cliff to fall to his death, joined soon by Benjamina after she reveals where the treasure is hidden to save his life. Jim rescues his friends and with an alive Mr. Arrow, who portrays his own ghost to scare the pirates aboard the ship, the group regains control of the Hispaniola and rescues Smollett and Benjamina.

The group engages the remaining pirates in a sword fight on the beach with Sweetums defecting to Smollett's side until only Silver is left standing, but he surrenders when he finds himself outnumbered. While the pirates are imprisoned, Silver discovers he still has Mr. Arrow's keys and tries to escape with the treasure during the night. Jim confronts him and threatens to give his position away, while Silver draws his pistol. In a tearful standoff, neither can bring themselves to follow their threats and Jim allows Silver to leave as long as they never cross paths again, much to their disappointment. Silver rows away, but not before returning Jim's compass to him and complimenting his kind heart. However, Mr. Arrow informs Jim and Smollett that the boat Silver used was not seaworthy, and Silver is later stranded on Treasure Island.

The crew of the Hispaniola sails away into the sunset, but not before some scuba-diving rat tourists recover the treasure from the sea.