タンパク質間相互作用のシミュレーションにどのようなツールを使うかによります。しかし、手作業でツールを書くのであれば、C言語のような手続き指向のプログラミング言語が最適だろう。
It mostly depends on what tools you're using to simulate the protein-protein interactions. Either can work well, though if you're writing the tools by hand a procedural oriented programming language such as C would probably work best.