X性染色体には、性別間の身長の違いを説明する遺伝的変異体があります。

女性のX染色体遺伝子の二重量が発生中に問題を引き起こす可能性があるため、これを防ぐために、細胞に存在するX染色体の2つのコピーのうちの1つが沈黙するプロセスがあります。識別された高さのバリアントは、軟骨の発達に関与するX染色体上の遺伝子に影響を与え、高さの変異体を所有する個人は平均よりも短くなる傾向があります。

女性はX染色体バリアントの2つのコピーを持っているため、これが男性よりも短くなる傾向がある理由です。
There is a genetic variant on the X sex chromosome that accounts for height differences between the sexes. 

Because the double dose of X-chromosomal genes in women could cause problems during the development, therefore, to prevent this, there is a process by which one of the two copies of the X chromosome present in the cell is silenced. The height variant identified influences a gene on the X chromosome that is involved in cartilage development, and individuals that possess the height variant tend to be shorter than average. 

Since women have two copies of the X chromosome variant, this is the reason why they tend to be shorter than men.