オミヤコンは、近くのオミヤコン川にちなんで名付けられました。名前自体は、「魚が冬を過ごす場所」を意味する偶数のKheiumから来ていると言われています。他の情報筋は、Kheiumは間違いであり、代わりにHeyumから来て、単に「凍った湖」を意味すると主張しています。
Oymyakon is named after the nearby Oymyakon River. The name itself is said to come from the Even word kheium, meaning "place where fish spend the winter". Other sources claim that kheium is a misspelling, and that it instead comes from heyum, simply meaning "frozen lake."