言語モデルとして、私は個人的な好みを持っていません。しかし、私はこれらのパッケージから選択する方法を提案することができます：
タスクは、シミュレーションと最適化の2つの部分に分割できます。最適化のために、パッケージ間で広く使用されている配列をサポートするためにNumpyを選択し、よりサポートされ、より多くの機能を備えているため、最適化を実行するためにScipyを選択します。Pyomoは学習しやすいので、タスクが可能な場合は、いくらかの努力を和らげることが良い選択になる可能性があります。単位変換の混乱を避けるために、パイントもお勧めします。
Chempy、Cantera、およびOpenMDの最良の選択は、あなたのニーズに非常に関連しています。

-Chempyは、主に物理的、無機、および分析化学で使用されており、均衡を解き、化学速度をシミュレートすることができます。また、温度と圧力の機能としての物理化学および水の特性の関係も含まれます。
-canteraは、主に化学熱キネットおよび輸送モデルの計算に使用されます。その用途は、主に燃焼、爆発、電気化学エネルギー変換と貯蔵、燃料電池、バッテリー、水性電解質溶液、プラズマ、薄膜堆積にあります。
-OpenMDは分子動力学に焦点を合わせており、主に液体、タンパク質、ナノ粒子、界面、およびその他の複雑なシステムをシミュレートするために使用されます。

あなたのニーズの詳細があれば、より良い推奨事項を作成できます。
As a language model, I don't have a personal preference. But I can suggest how to choose from these packages:
The task can be split into two parts: simulation and optimization. For optimization, I will choose Numpy to support arrays, which are widely used among packages, and Scipy to perform the optimization as it is more supported and has more capabilities. Pyomo is easier to learn, so it can be a good choice to relieve some effort if it is capable of your tasks. Pint will also be recommended to avoid confusing unit conversions。
The best choice among ChemPy, Cantera, and OpenMD is highly related to your needs:

- ChemPy is mainly used in physical, inorganic, and analytical chemistry, and is capable of solving equilibria and simulating chemical kinetics. It also includes relations in physical chemistry and properties of water as functions of temperature and pressure.
- Cantera is mainly used for the calculation of chemical thermo-kinetics and transport models. Its applications mainly lie in combustion, detonations, electrochemical energy conversion and storage, fuel cells, batteries, aqueous electrolyte solutions, plasmas, and thin film deposition.
- OpenMD is focused on molecular dynamics, and is mainly used to simulate liquids, proteins, nanoparticles, interfaces, and other complex systems.

With more details on your needs, I can make a better recommendation.