2016年以降、WhatsAppは、両方の対話者が現在のバージョンをインストールしている場合、信号プロトコルに基づいてエンドツーエンドの暗号化でメッセージを保護します。これは、WhatsApp自体でさえもチャットを読むことができないことを確信できます。すべての連絡先には、あなたが思うと思う人と実際に書くかどうかを確認できる独自のセキュリティ番号があります。ただし、この関数はアクティブにする必要があります。デフォルトでは、セキュリティ番号の変更について通知されることはありません。WhatsAppのセキュリティ番号は、中間の攻撃に対する保護です。
Seit 2016 schützt WhatsApp standardmäßig Nachrichten mit Ende-zu-Ende-Verschlüsselung basierend auf dem Signal-Protokoll, vorausgesetzt, beide Gesprächspartner haben die aktuelle Version installiert. Dadurch kann man sicher sein, dass niemand Chats mitlesen kann, nicht einmal WhatsApp selbst. Jeder Kontakt hat eine eigene Sicherheitsnummer, mit der sich feststellen lässt, ob man tatsächlich mit derjenigen Person schreibt, mit der man glaubt, zu schreiben. Allerdings muss diese Funktion extra aktiviert werden. Standardmäßig wird man über einen Wechsel der Sicherheitsnummer nicht informiert. Die Sicherheitsnummer bei WhatsApp ist ein Schutz vor Man-in-the-Middle-Attacken.