グラフィカル・ライブラリは通常、関数型プログラミング・スタイルではなく、OOPプログラミング・スタイルを使っていることに注意すべきだが、どちらのアプローチでもあなたのプロジェクトには問題なく使えるだろう。レンダリングやタンパク質のシミュレーション、リアルタイムのインタラクションに役立つ、お気に入りの言語が持っているライブラリを調べて、パラダイムではなく、それに基づいて決めるべきだ。
Either approach will work fine for your project, although you should be aware that graphical libraries usually use the OOP programming style and not the functional programming style. You should look up what libraries your favourite languages have that could help with rendering, protein simulations and real-time interactions, and decide based on that, not on the paradigm.