Thygesen begann bei Greve IF und Brøndby IF in der Jugend, ehe er zu BK Frem København ging, wo er in der Saison 2002/03 sein Debüt im Profifußball hatte. ###>==Biography==Thygesen started playing youth football with Greve IF and Brøndby IF, before getting his senior debut with Danish 1st Division club Boldklubben Frem in the 2002–03 season.