Bis April 2009 arbeitete Šilhavý dann erneut als Co-Trainer bei der tschechischen Nationalmannschaft, im Oktober 2009 löste er Pavel Tobiáš beim SK Dynamo České Budějovice ab. ###>He took up his post at Dynamo České Budějovice on 14 October 2009, replacing Pavel Tobiáš at the club, who were bottom of the league at that time.