הכהונה השנייה של הנשיא בוש החל מ-2005 הסתמנה בהחלשותו של המחנה הנאו-שמרן הניצי בממשל, על חשבון הריאליסטים בראשות מזכירת המדינה קונדוליזה רייס. לאורך זמן רב סירב צ'ייני להודות בטעויות שבוצעו במלחמה בעיראק, והוא נוקט בעמדה אופטימית יותר מזו של הנשיא בוש. החלפתו של רמספלד ברוברט גייטס הפרגמטי בתפקיד מזכיר ההגנה, פרישתם של מספר נצים נוספים מהממשל וההתנגדות הציבורית הרחבה בארצות הברית למלחמה בעיראק, שצ'ייני מצטייר כאחד מהאחראים ליציאה אליה, החלישה עוד יותר את השפעת משרד סגן הנשיא על קבלת ההחלטות בבית הלבן. אחת מהמחלוקות העיקריות בין שני האגפים בממשל, הוא היחס לאיראן. בעוד האגף הריאליסטי טוען כי יש לנסות להדבר עם איראן, סגן הנשיא מביע עמדה תקיפה נגד הדברות כזו ואנשי אגפו קבעו כי יש להציב לאיראן "קווים אדומים" שאם תחצה אותם, תעשה ארצות הברית שימוש בכוח כדי להפסיק את התקדמותה של איראן לעבר נשק גרעיני.צ'ייני עמד גם בראש צוות משימה לענייני מדיניות האנרגיה בבית הלבן.
מתי החל בוש לכהן?
2005