לטענתו של סטיליקו, מינה אותו תאודוסיוס לאפוטרופוס לשני הקיסרים, טענה שהייתה נכונה ככל הנראה, אך לא התקבלה על דעתו של הפרפקט הפראיטוריאני פלביוס רופינוס, ששלט מאחרי הקלעים בבירה המזרחית, ובין השניים התגלע סכסוך. בשנת 396 צעדו כוחות סטיליקו לתוך איליריה ודלמאטיה, לכאורה כדי לסייע במאבק בוויזיגותים, אך בפועל כדי לכרסם בשטחים עליהם שלט המזרח. הטקטיקה הוותיקה הזו, שבעבר נקטו אותה קיסרים כקונסטנטינוס הראשון, לא צלחה הפעם, כאשר רופיוס שכנע את ארקדיוס למשוך את חילות המזרח על סף ניצחון שלם במערכה, וסטליקו נאלץ לשוב על עקבותיו. הוא הותיר אחריו, עם זאת, מספר לגיונות גרמאנים, שהיו אמורים לשוב לשליטת המזרח. כאשר שבו אלו לקונסטנטינופול ורופינוס יצא לקדם את פניהם לשלום, הוא נדקר על–ידי החיילים למוות. פעולה זו, שהייתה ככל הנראה בהשראתו של סטיליקו, הובילה לקרע מתמשך בין חלקה המזרחי והמערבי של האימפריה.
מי שלט באמת באימפריה הרומית המיזרחית?
פרפקט הפראיטוריאני פלביוס רופינוס