בדצמבר 1841 הזמין אותו סרגיי אובארוב (Ува́ров), השר לענייני השכלה עממית של האימפריה הרוסית, לייעץ לו בתוכניותיו בתחום החינוך שמטרתן לקדם את מצב היהודים לקרב אותם לרעיונות המודרנה ולחזק את הזדהותם עם העם הרוסי. אובארוב תכנן לפתוח, במקום תלמודי התורה הדתיים, בתי ספר מתקדמים שבהם ילמדו את מקצועות הקודש והחול, והוא זימן את ליליינטל אליו לסנקט פטרבורג כדי שיסייע לו לעמוד על הלכי הרוח אצל הציבור היהודי ויפעל לשכנע את היהודים לקבלת את תוכניותיו. ליליינטל בא לסנקט פטרבורג והחל לפתח בהתלהבות תוכניות לימודים ורעיונות חינוכיים. הוא כתב לכמה מראשי המשכילים במערב אירופה – ובהם צונץ, אברהם גייגר ושד"ל – וביקש את עזרתם, לרבות בכך שישלחו את תלמידיהם לשמש כמורים בבתי הספר שיקים.
מה עשה בסנקט פטרבורג?
ליליינטל בא לסנקט פטרבורג והחל לפתח בהתלהבות תוכניות לימודים ורעיונות חינוכיים