עוד במהלך שירותו בשם האימפריה העות'מאנית, ניהל בחשאי מגעים עם אויביה: רפובליקת רגוזה, הרפובליקה של ונציה, לסלו החמישי, מלך הונגריה, ואלפונסו החמישי, מלך אראגון. ב-28 בנובמבר 1443, תוך כדי קרב בניש נגד ההונגרים (בפיקודו של יאנוש הוניאדי), פתח סקנדרבג במרד. הוא ערק לצד ההונגרי יחד עם 300 אלבנים ששירתו בצבא העות'מאני. לאחר מסע ארוך לאלבניה כבש את קרויה (לאחר שזייף מכתב מן הסולטאן אשר סייע לו להיכנס לעיר). אחרי שכבש את טירת קרויה התנער מנאמנותו לנביא מוחמד ולסולטאן הטורקי, והכריז כי הוא נוקם בשם משפחתו ועמו. על התורן תלה דגל, שיהפוך אחר-כך לדגל אלבניה ועל פי הדיווחים קרא: "זה לא היה אני שהביא לכם את החופש, מצאתי אותו פה, ביניכם". סקנדרבג יצר ברית עם לאומן אלבני אחר, גיירגי אריאניטה (Gjergj Arianit Komneni), ונישא לבתו, ארדרוניקה (Marina Donika Arianiti). משלב זה ואילך לחם בראש כוח לא גדול (כ-20,000 לוחמים) נגד העות'מאנים, כשהוא משתמש בעיקר בשיטות גרילה. 
כמה לוחמים היו נגד העות'מאנים?
כ-20,000 לוחמים