נולד באורנג', ניו ג'רזי, לריצ'רד ופטרישיה קלי, וגדל בווסט אורנג'. למד ב"בית הספר התיכון מאונטיין" וסיים אותו בשנת 1982. בשנת 1987 קיבל תואר ראשון בהנדסת חשמל מהמכללה הימית של אוניברסיטת המדינה של ניו יורק ובשנת 1996 קיבל תואר שני בהנדסת מערכות תעופה מאוניברסיטת טנסי שבנוקסוויל.קלי נשוי בשנית ולו 2 בנות מנישואיו הראשונים. ב-2018 התחתן עם לאמיקו קאודרר, קצינת פניות הציבור של נאס"א במרכז החלל ג'ונסון. אחיו התאום מארק קלי הוא אסטרונאוט לשעבר ונשוי לגבריאל גיפורדס, חברת הקונגרס לשעבר מאריזונה שנפצעה קשה בניסיון התנקשות בינואר 2011. מארק וסקוט הם תאומים זהים.
באיזה תיכון הוא למד?
"בית הספר התיכון מאונטיין