לאחר פרישתו ממשחק פעיל, מונה קלופ ב-27 בפברואר 2001 למאמן מיינץ 05. יום לאחר מינויו ערך את משחק הבכורה שלו כמאמן, בניצחון 0–1 על דיסבורג. הוא המשיך בתפקידו כמאמן מיינץ עד לשנת 2008. במהלך תקופה זו הביא את מיינץ לעלייה ראשונה בתולדותיה לבונדסליגה, והעפיל עמה לגביע אופ"א בשנת 2005, במה שהיה להופעה הראשונה של המועדון במפעל בינלאומי. בסיום עונת 2006/2007 ירדה מיינץ לבונדסליגה השנייה, לאחר שסיימה במקום ה-16. לאחר שלא הצליח להעפיל בחזרה לבונדסליגה הראשונה, התפטר קלופ מתפקידו בסיום עונת 2007/2008. במהלך תקופתו במיינץ, רשם קלופ 109 ניצחונות, 78 משחקי תיקו ו-83 הפסדים.
כמה הפסדים היו לקלופ בתור מאמן מיינץ?
83 הפסדים