עם הקמת הממשלה ה-30 בשנת 2003 מונה לשר הבריאות. נוה הצליח להוציא את מערכת הבריאות ממשבר כלכלי קשה, להגדיל את סל הבריאות ולמנוע את סגירתם של בתי חולים רבים (בני ציון, יוספטל, השרון, ביקור חולים, פלימן ואברבנאל). נוה ניהל מאבקים רבים שהביאו לתוספות תקציב של כשני מיליארד שקל למערכת הבריאות. כמו כן הצליח להביא לביטולו של זמן ההמתנה הארוך של קשישים למיטה סיעודית (קודים גריאטריים). נוה קידם חקיקה ופעולות הסברה כחלק מהמאבק נגד העישון ונזקיו והצליח גם להביא לעליה מסוימת בשיעור תרומות האיברים בישראל. הוא קידם את הרפורמה בשוק התרופות ללא מרשם שאיפשרה מכירת תרופות אלה מחוץ לבתי המרקחת. נוה כיהן גם כיו"ר ועדת השרים לטקסים וסמלים וכנציג הממשלה בוועדה למינוי שופטים.
מתי מונה נוה לשר הבריאות?
בשנת 2003