להבחנה בין זיכוי מחמת הספק לזיכוי מלא יש גם השלכות מעשיות. למשל, פיצוי נאשם שזוכה בדין ניתן רק כאשר לא היה יסוד להאשמה. בית המשפט שלל מתן פיצויים כאלו במקרה של זיכוי מחמת הספק. שיעור ההשתתפות בהוצאות ההגנה של נבחר ציבור שזוכה יהיה נמוך יותר אם זוכה מחמת הספק. כן קבע בית המשפט שבעת שקילת מתן מעמד בישראל יכול משרד הפנים לדון במסוכנותו של המועמד ו"לא הרי זיכוי מוחלט המנקה את הנאשם מכל אשמה כהרי זיכוי מחמת הספק". היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, העלה את השאלה האם שר שזוכה מחמת הספק יכול מבחינה ציבורית לחזור למשרת שר. 
איזה גורם יכול לשלול פיצוי נאשם?
בית המשפט