עם כניסתו של גור לתפקיד הרמטכ"ל באפריל 1974 השתחרר חופי מצה"ל, וביולי אותה שנה מונה לראש המוסד במקומו של צבי זמיר. במסגרת תפקיד זה דחף לביצועו של מבצע לשחרור בני הערובה הישראלים שנחטפו בטיסת אייר פראנס לנמל התעופה הבינלאומי אנטבה באוגנדה (יוני 1976), וכהכנה למבצע יונתן רתם את "המוסד" למאמצי המודיעין בשדה התעופה באנטבה וכן בהכנות לנחיתתם ותדלוקם של המטוסים בניירובי שבקניה הסמוכה. בנוסף, במסגרת המבצע המתמשך זעם האל, חוסל עלי חסן סלאמה, ראש ארגון "ספטמבר השחור", בחוצות ביירות ב-22 בינואר 1979 באמצעות פיצוץ מכונית תופת ליד מכוניתו שחלפה ברחוב בדרכו לאירוע משפחתי.בתקופתו "המוסד" נקט בסדרה של פעולות חשאיות כדי לסכל את תוכנית הגרעין של עיראק. ל"מוסד", יוחסו מספר פעולות של פגיעה בציוד הכור עוד בצרפת, ואף חיסול מדענים שעסקו במיזם זה. חופי התנגד למלחמת לבנון הראשונה, נמנע מלקחת חלק בתכנונים ובהכנות למלחמה והטיל נושא זה על נחיק נבות. כיהן כראש המוסד עד 1982.
מה הייתה עמדתו בנוגע למלחמת לבנון הראשונה?
התנגד 