עם פרוץ המלחמה עבר מטה WJC מפריז לז'נבה, וב 1940 לניו יורק. משרד מיוחד הוקם בלונדון כדי לשמור על קשר עם היהודים באירופה הכבושה על ידי גרמניה הנאצית. ממשרדים אלו התקיימה פעילות במטרה להביא לידיעת העולם את זוועות מעשי הנאצים בתקווה להשפיע על דעת הקהל העולמית ובכך להציל יהודים רבים ככל האפשר. עיקר המאמץ התרכז בניסיון להשיג אשרות חירום לאנשי שם יהודים. כדי להוציאם מאירופה. עד 1942 הידיעות על המתרחש באירופה היו מפוזרות ולא זכו לאימון רב. ב 8 באוגוסט 1942 נציג ה WJC בז'נבה גרהארט ריגנר העביר לבעלות הברית ידיעות מהימנות על מהלך הפתרון הסופי בשטחי השלטון הנאצי. סטיפן וייז וה WJC עשו ניסיון להציג את המידע לציבור הרחב אך ללא הצלחה יתרה. משרד החוץ הבריטי ומחלקת המדינה של ארצות הברית, שמשיקוליהן הפוליטיים רצו להימנע מכל קישור בינם לבין גורל היהודים, העדיפו להתעלם מן המידע . על אף הקשרים האישיים הטובים שהיו בין סטיבן וייז ופרנקלין ד. רוזוולט נמנע הנשיא מכל פעולה לשינוי מדיניות ההגירה של ארצות הברית כך שתתאפשר כניסת פליטים יהודים לגבולותיה. ביטוי מובהק לכך היה כישלון ועידת ברמודה באפריל 1943 שבתגובה לה פרסם ה WJC הודעה ש" מה שמונע באמת הושטת עזרה ליהודים באירופה על ידי האומות, הוא לא החשש מסכנה שיש בתוכנית כזו אלא פשוט חוסר רצון להיתקל בבעיות בגללה"המנהיגות היהודית בראשות וייז וגולדמן העדיפה להמשיך לפעול מאחורי הקלעים, בגלל החשש מהתגברות האנטישמיות בארצות הברית. פעילות "קבוצת ברגסון" בראשות הלל קוק, שיצאה במסע תעמולה גלוי ואפקטיבי כדי להשפיע על דעת הקהל ולהביא את מקבלי ההחלטות לפעול להפסקת טבח היהודים ולקבלת פליטים יהודים, אתגרה את הנהגת ה WJC שערך ביולי 1942 ובמרץ 1943 עצרות המוניות בניו יורק. בינואר 1944 הורה רוזוולט על הקמת מועצה לפליטים שמטרתה הוגדרה כ"הצלת קורבנות הדיכוי של האויב הנתונים בסכנת מוות מיידית" פעולותיה של מועצה זו, וגם הניסיונות של הWJC להיעזר בצלב האדום כדי להעביר חבילות מזון ליהודים באירופה כמעט ולא הניבו תוצאות. פניה נואשת של מחלקת ההצלה של הWJC ב 9 באוגוסט 1944 למחלקת המדינה בבקשה להפציץ את תאי הגאזים באושוויץ נדחתה על הסף. בזכרונותיו, תיאר נחום גולדמן את הפעולות שנעשו בתקופת השואה כך:
מה הייתה מטרת המועצה לפליטים שהורה רוזוולט להקדים בינואר 1944?
הצלת קורבנות הדיכוי של האויב הנתונים בסכנת מוות מיידית