הטיפול בקרדיומיופתיה היפרטרופית נועד למנוע אירועים של מוות לבבי פתאומי ולהקל על התסמינים. נגד קוצר הנשימה והכאבים בחזה ניתנים חוסמי בטא, שמורידים את קצב הלב ומאריכים את הדיאסטולה לאפשר מילוי חדרי מוגבר, וכן מפחיתים את כיווציות הלב. נוגדי קרישה מפחיתים את הסיכוי להיווצרות קרישי דם ותסחיפים בעת פרפור עליות. כמו כן, ישנן התערבויות ניתוחיות של כריתת חלק מהמחיצה הבין-חדרית, שלעיתים משולבת בהחלפת המסתם הצניפי. הזרקת אלכוהול למחיצה משרה אוטם מקומי מבוקר. באשר להארכת חיים, השתלת דפיברילטור מיועדת לחולים עם סיכון גבוה לפיתוח אירוע של מוות לבבי פתאומי. 
מתי משתילים דפיברילטור?
השתלת דפיברילטור מיועדת לחולים עם סיכון גבוה לפיתוח אירוע של מוות לבבי פתאומי.