ב-27 בדצמבר 2007 מונה קונטה לתפקיד המאמן בקבוצת בארי, שהייתה מועמדת לירידה בסרייה ב', במקומו של המאמן המפוטר ג'וזפה מטראצי. הוא הוביל את הקבוצה להיחלצות מהתחתית ולמיקום נוח במרכז הטבלה. בעונה שאחריה כבר הוביל את בארי לאליפות הסרייה ב' והעפלה לסרייה א'. לקראת סיום אותה עונה פוטר קלאודיו ראניירי מאימון יובנטוס, וקונטה נחשב למועמד מוביל לתפקיד, והוא אף הצהיר כי הוא מעוניין לאמן בעתיד את יובנטוס וכי הוא מרגיש מוכן לתפקיד. עם זאת, צ'ירו פרארה מונה למאמן יובנטוס. קונטה חתם על הארכת חוזה בבארי, אך מספר שבועות אחר כך, ב-23 ביוני 2009 הודיעה הנהלת הקבוצה כי הוחלט, בצעד הדדי, להיפרד מקונטה.
במקום מי מונה למאמן בקבוצת בארי?
במקומו של המאמן המפוטר ג'וזפה מטראצי