עם פרוץ מלחמת העצמאות הצטרף לחי"ש של "ההגנה", ושירת בסיירת (בלשון אותם ימים – פלוגת הקומנדו) של חטיבת גבעתי – שועלי שמשון, תחת פיקודו של אריה שפק. אבנרי השתתף בעשרות קרבות, בין השאר במבצע נחשון (בכיבוש דיר מוחיסין), במבצע מכבי (בכיבוש אל קובאב), בניסיון כיבוש משטרת עיראק סווידאן, במבצע פלשת (ניסיון בלימת המצרים וניסיון כיבוש איסדוד), במבצע אנ-פאר, במערכה על נגבה, בקרבות על משלט עיבדיס, בקרבות בית עפה, במבצע מוות לפולש ובמבצע יואב (בכיבוש משלטי חוליקאת). לאחר קורס מפקדים קרביים, מונה אבנרי בנובמבר 1948 למפקד כיתה בפלוגה ג' של גדוד 54 של גבעתי (שפלוגה ב' שלו הייתה פלוגת "שועלי שמשון" בה היה חבר). הכיתה עליה פיקד הורכבה כולה מאנשי גח"ל, מתנדבים מחוץ לארץ שהשפה העברית ותנאי הארץ היו זרים להם. אבנרי נפצע קשה בבטנו ובזרועו ב-8 בדצמבר 1948 במשלט במרחק 300 מטר מהכוחות המצרים בעיראק אל-מנשייה, פציעה שהובילה לכריתת קטע ממעיו, לאשפוזו בבית חולים במשך כחמישה שבועות, ולאחר מכן, לשיכונו בבית ההבראה בגבעת ברנר.
באיזו פלוגה היה אורי אבנרי מפקד כיתה בנובמבר 1948?
פלוגה ג' של גדוד 54 של גבעתי