מצב השימור של לווייתן הפרנסיסקנה מוגדר על ידי ארגון ה-IUCN כ"מצב לא ברור" (Date Deficient). עם זאת, דירוג זה מכסה על דאגה רווחת בקרב ה"משמרים" כי אוכלוסיית לווייתני הפרנסיסקנה לא תוכל לספוג את מספר התאונות המקריות שקורות בכל שנה. בדרך זו מצב האוכלוסייה יהא לא יציב, נתון בעל השלכה מסוכנת על המשך קיומה. סכנה נוספת המאיימת על המין היא היעדר מזון, וזאת בשל מכמורות הדיג המיוחדות המשמשות לדיג מקרקעית החוף. מרבית ההריגות המתועדות משנות ה-70 מקורן באורוגוואי, אולם מחקרים עכשוויים מצביעים על כך שהרשתות המדוברות בחופי ברזיל וארגנטינה מסוכנות יותר. מדענים מכל שלוש המדינות הביעו את דאגותיהם, וביקשו סיוע בינלאומי בהעלאת מצוקתו של הלווייתן לסדר היום. נכון ל-2006, לא קיימים נתונים על האוכלוסייה של לווייתן הפרנסיסקנה לה פלטה.
מה פוגע במזוני הלוויתנים?
מכמורות הדיג