רבי יוסף חיבר פירוש על התורה, אמנם רובו אבד והגיעו לידינו רק קטעים מעטים ממנו. הוא מצוטט רבות בפירושי בעלי התוספות, ובעיקר בחזקוני (שבדרך כלל מביא את פירושיו בעילום שם). בנוסף לחיבורו על התורה, הוא חיבר גלוסות רבות על פירושי רש"י, שהגיעו לידינו בכמה כתבי יד. פירושיו מבוססים רבות על פירוש רש"י, כאשר לעיתים קרובות דברי רש"י מצוטטים כמעט מילה במילה. ייתכן שהתלות הגדולה שלו בפירוש רש"י היוותה גורם מרכזי במיעוט תפוצת פירושו, מה שהביא לכך שהוא לא שרד. בסוף פירושו הוא חיבר "קונטרס אחרון" או נספח לפירוש, שבו הוא רשם ביאורים נוספים שהתחדשו לו לאחר כתיבת הרובד העיקרי של פירושופירושו על נביאים השתמר רק בכתב יד אחד – כתב יד קירכהיים, שעקבותיו נעלמו במהלך השואה. אמנם לפני שנעלם נדפסו ממנו הפירושים לנביאים ראשונים על ידי שמעון עפנשטיין בין השנים 1906–1920. כתב היד היה חסר בתחילתו, והתחיל רק מיהושע פרק ח'. במסגרת "מפעל מקראות גדולות" של מכון Alhatorah.org הצליחו לשחזר מכתבי יד חלקים מהפרקים החסרים. לחלק מספרי המקרא הוא חיבר כמה פירושים: על הושע, רות ואיכה חיבר שני פירושים, ועל מיכה ואסתר חיבר שלשה פירושים.
מתי התחיל כתב היד?
התחיל רק מיהושע פרק ח'.