במהלך מלחמת העולם השנייה, ב-9 ביוני 1942 בשעה 16:40, הפציצו מטוסי הלופטוואפה את מלטה, ולאחר שנלכדו באש נ"מ בריטית, השליכו את פצצותיהם מעל מוסטה ונמלטו. שלוש פצצות במשקל של 500 ליברות (כ-225 ק"ג) כל אחת פגעו בכיפת המבנה, בעת שכ-300 איש המתינו בתוכו לתחילת המיסה. שתיים מהפצצות החליקו על הכיפה ונפלו אל הרחבה שמחוץ למבנה, ואילו השלישית פערה חור בכיפה ונפלה את תוך הכנסייה. הפצצה פגעה בשניים מהקירות ולבסוף נחתה על רצפת המבנה. אף לא אחת משלוש הפצצות התפוצצה ואיש לא נפגע. האירוע נודע כ"נס הפצצה" (Il-Miraklu Tal-Bomba), ובכל שנה ב-9 באפריל בערב נערך טקס לציון האירוע, ונאמרת תפילת טה דאום. העתק של הפצצה מוצג בכנסייה. 
מתי נערך הטקס?
ובכל שנה ב-9 באפריל בערב נערך טקס לציון האירוע, ונאמרת תפילת טה דאו