ב-2003 מינה הנשיא ג'ורג' בוש (הבן) את פייפס לאחד ממנהלי "מכון השלום", אותו ייסד קונגרס ארצות הברית ב-1984, במטרה למנוע מלחמות בעולם. המינוי בוצע כנגד ועל אף התנגדות עזה של אחדים מבכירי המפלגה הדמוקרטית, וכן גופים פרו ערביים ופעילי זכויות אדם, שהעלו שוב טענות בדבר היות פייפס איש ימין, הדוגל בשימוש בכוח לפתרון סכסוכים ופרו ישראלי מדי לטעמם. ב-2008 היה פייפס אחד מיועציו של רודי ג'וליאני, ראש עיריית ניו יורק לשעבר, במירוץ הכושל שלו למועמדות המפלגה הרפובליקנית לנשיאות (מועמד הרפובליקנים בסופו של דבר היה ג'ון מק'קיין שהפסיד לברק אובמה).
מה המטרה של מכון השלום?
למנוע מלחמות בעולם.