שהרוח שינתה כיוון בסביבות השעה 11:00 לפני הצהריים, הונף הדגל המלכותית מעל אוניית הדגל "פלור דו מאר" שירתה ירייה אחת שסימלה את תחילת הקרב. הפורטוגזים החלו את הקרב, כאשר הספינה "סאו מיגל" פרצה בראש לעבר התעלה. הפרטוגזים הפגיזו בגובה נמוך, ישירות מעל המים ופגעו בספינות המוסלמיות.כאשר אוניות המלחמה משני הצדדים התנגשו, ספינת הדגל של חוסיין התמודדה מול הקרוול "סנטו אספריטו". קבוצת חיילים בפיקודו של רוי פררה הסתערה לעבר אוניית האויב, והצליחה להשתלט על מרכז האוניה. עוד לפני שהשתלטו על ספינת הדגל, הגיעה לעזרה אוניה ממלוכית נוספת, ותקפה את "סנטו אספריטו" מהצד הנגדי. חוסיין חיזק את כוחותיו עם מספר רב של חיילים מגוג'ראט, שהוצבו בכל הספינות. רוי פריירה נהרג, אך ברגע מכריע זה, ספינת "הריי גרנדה" נגחה שוב את ספינת הדגל של חוסיין, הסתערה עליה, מה ששינה את הכף לטובת הפורטוגזים.חוסיין ציפה שהפורטוגזים יטילו את כל כוחותיהם, ולכן הוא החזיק את הספינות הקלות לתגבורת בהמשך בתוך התעלה, כדי לתקוף את הפורטוגזים מאחור כאשר הם מתכתשים עם ספינות הקרב הגדולות. ג'ואו דה נובה, תמרן את ספינת הדגל "פלור דו מאר" כדי לחסום את הכניסה לתעלה ולמנוע מספינות המשוטים לצאת משם. מסת הספינות הצפופה היוותה יעד אידיאלי לתותחים הפורטוגזים. הם פגעו בספינות רבות, אשר חסמו את דרכן של הבאות אחריהן. סירות המשוטים לא הצליחו לפרוץ את דרכן החוצה לסייע בקרב. סירותיו של הזמורין הסתובבו אחרי חילופי אש קצרים ונסוגו מאזור הקרב. לאורך הקרב, "פלור דו מאר" ירתה מעל 600 פגזים. לאט לאט אך בטוח, הפורטוגזים איבטחו את מרבית הקרווליות, הציבו חלק מהספינות שלהם בין אוניות הקרב לחוף, וירו על כל הכוחות המוסלמים שניסו להגיע לחוף.בסופו של דבר, נותרה רק ספינה בודדת - אוניית הדגל המוסלמית, שהייתה גדולה יותר מכל כלי שיט אחר בקרב, היא עגנה קרוב מדי לחוף. לבסוף רוב הספינות הפורטוגזיות הגיעו אליה. הייתה זו אוניה מחוזקת, ועמידה ונדרש כוח אש גדול מתותחי הספינות הפורטוגזיות, והפצצה ארוכה כדי להטביע אותה בסופו של דבר בשעות בין הערביים. טביעתה סימן את סיום קרב דיו.
מה חוסיין ציפה?
שהפורטוגזים יטילו את כל כוחותיהם