עם כניסת ג'עפרי לתפקידו, הוא יזם שני שינויים מבניים במשמרות המהפכה: ראשית, הוא הכפיף באופן מוחלט את מפקדת הבסיג' להנהגת משמרות המהפכה. שנית, הוא יצר 31 מפקדות אזוריות (אחת לכל מחוז איראני ושתיים במחוז טהראן המאוכלס בצפיפות). יצירת המפקדות האזוריות נועדה להקל על גיוס חיילים לכוח, ונראה כי נועדה להקל על ההתמודדות עם איומים פנימיים של כוחות אופוזיציה אלימים וגם כדי למנוע מצב של קריסת מערך ההגנה של הכוח במקרה של תקיפת המפקדה בטהראן.ב-26 בספטמבר 2007 קיבל הסנאט של ארצות הברית החלטה תקדימית ברוב של 76 תומכים מול 22 מתנגדים, להצהיר על משמרות המהפכה כעל ארגון טרור.ביולי 2012 הודו בפעם הראשונה באופן רשמי כוחות הביטחון בהודו כי משמרות המהפכה האיראניים הם שביצעו את פיגוע הטרור נגד רכב השגרירות הישראלית בניו דלהי.ב-21 באפריל 2019 הודיע המנהיג העליון של איראן עלי ח'אמנאי על מינויו של חוסיין סלאמי, שהיה עד אז סגנו של המפקד מוחמד עלי ג'עפרי, למפקד משמרות המהפכה.ב-8 באפריל 2019 הכריזה ארצות הברית על משמרות המהפכה כארגון טרור.
כמה מפקדות אזוריות יצר ג'עפרי?
31 מפקדות אזוריות