בין התפקידים הממשלתיים שבהם שימש פאולדינג היה מזכיר מנהלת הצי של ארצות הברית בין השנים 1815–1823 ונציג הצי בניו יורק בין השנים 1824–1838. ביוני 1838 מינה אותו הנשיא מרטין ואן ביורן כמזכיר הצי של ארצות הברית. בתפקיד זה הוא שמר על גישה שמרנית וכמשקל נגד לידע הרחב שלו בנושאים ימיים עמד חוסר ההתלהבות שלו לקבלת טכנולוגיות חדשות. הוא התנגד להכנסתן לשירות של אוניות משוטה בהכריזו שהוא "לעולם לא ייתן ידו לגוויעתן של הספינות הישנות שלנו ולהפיכת הצי שלנו לצי של מפלצות ים". על כל פנים, תקופת כהונתו כמזכיר הצי עמדה בסימן של התקדמות בהנדסת הקיטור, מאמצי חקר רחבים, הרחבת הצי ושכלולו.
מתי מונה כמזכיר הצי של ארצות הברית?
ביוני 1838