פייפס כתב וכותב רבות כנגד האסלאם הקיצוני והאסלאמיזם, תוך שהוא מבדיל הבדלה מוחלטת בינו לבין האסלאם כשלעצמו. לדעתו, האסלאם הרדיקלי הוא אמנם הבעיה העיקרית של המערב כיום, אבל הפתרון איננו מלחמה באסלאם כולו, אלא אדרבא, האסלאם המתון הוא הפתרון. כבר במרץ 1985 הוא הזהיר ש"עוצמת ההתקפה של האסלאם הרדיקלי כנגד ארצות הברית מחייבת מציאת פתרונות דחופים. בסתיו 1995 הוא כתב כי "(האסלאם הרדיקלי) הכריז באופן חד צדדי מלחמה על ארצות הברית ואירופה, בלי שמרבית האנשים במערב יבחינו בכך"ארבעה חודשים לפני פיגועי 11 בספטמבר 2001 במגדלי התאומים הוא כתב יחד עם סטיבן אמרסון, בצורה נבואית כמעט, כי אל-קאעידה מתכנן פיגוע גדול בארצות הברית וכי הוא מתאמן בלבנון, בעזרת איראן, בהריסת בניינים גבוהים.
כנגד מי כותב פייפס רבות?
 כנגד האסלאם הקיצוני והאסלאמיזם,