לאחר תש"ח, הוביל אלמוג קו נוקשה כלפי נובומייסקי, וזה התקשה לחדש את העבודה במפעל הדרומי. וכך, בשנת 1952 הוקמה החברה הממשלתית "מפעלי ים המלח", ונובומייסקי נושל למעשה ממפעל חייו. יהודה אלמוג מונה אז גם לראש המועצה הראשון בים המלח, כשנוסדה המועצה האזורית "תמר". בשנת 1965 נאלץ לפרוש מתפקידו עקב חילוקי דעות עם חברי המועצה.במהלך השנים תרם אלמוג רבות לפיתוח אתרים היסטוריים וישובים בים המלח. בין היתר יזם הקמת מלונות, יישובים, כבישים ושיקום אתרים ארכאולוגיים והיסטוריים, כמו מצדה. בין יוזמותיו היו "אגודת מצדה", מוזיאון בית היוצר בנווה זוהר ובניית "משכן לתרבויות ים המלח" במצדה.
אילו יוזמות יהודה אלמוג עזר לקדם?
"אגודת מצדה", מוזיאון בית היוצר בנווה זוהר