בשנת 1998 הועלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד 932, ושימש בתפקיד עד שנת 2000, בין היתר בלחימה בדרום לבנון ובמהלך הנסיגה מלבנון. לאחר שהוחלט באוגוסט 2000 להדיח את מפקד יחידת דובדבן, הוצע לו לפקד על היחידה, אולם הוא פרש מההתמודדות על התפקיד מסיבות משפחתיות, ומונה למפקד גדוד גפן בבה"ד 1. בפברואר 2002 נהרג מפקד יחידת דובדבן, אייל וייס, במהלך פעילות מבצעית כתוצאה מקריסת קיר לבנים, ופדן מונה למפקד היחידה. במהלך תפקידו נהרג לוחם היחידה רועי דרור ממכת חום בתאונת אימונים. בעקבות כך הואשם תחילה בגרימת מוות ברשלנות, אישום שהוחלף בהמשך בעבירה קלה יותר - התרשלות. במרץ 2007 נגזר דינו בבית הדין הצבאי לאחר עסקת טיעון, הוא נידון לשישה חודשי מאסר על תנאי ולעיכוב דרגה עד ספטמבר 2009.
על איזו יחידה הוצע לנדב פדן לפקד והוא פרש מההתמודדות?
יחידת דובדבן