印紙税納付計器により課税文書に該当しない文書に納付印を押した場合又は過大に納付印を押した場合、あるいは誤って登録免許税等の納付に使用した場合には、印紙税の過誤納として還付等が受けられるのでしょうか。
印紙税納付計器を使用する場合には、あらかじめ印紙税を現金で納付することになっていますから、結果として正当な印紙税納付に使用されなければ、必然的に印紙税が過大に納付されたことになります。収入印紙の場合には、登録免許税、手数料、罰科金等多目的の納付手段として用いられるものですから、実際に収入印紙を貼付するまでその納付目的は不明確ですが、印紙税納付計器により納付印を押す場合には、その使用目的を問わず印紙税の過誤納が生ずることになるのです。したがって、ご質問の事例の場合には、いずれも印紙税の過誤納としての還付が受けられることになります。
【関係法令通達】 印紙税法基本通達第115条
通常、契約書に基づき代金決済が行われ、取引の都度、請求書や領収書が交付されない取引であっても、仕入税額控除を受けるためには、原則として、適格請求書の保存が必要です。この点、適格請求書は、一定期間の取引をまとめて交付することもできますので、相手方（貸主）から一定期間の賃借料についての適格請求書の交付を受け、それを保存することによる対応も可能です。なお、適格請求書として必要な記載事項は、一の書類だけで全てが記載されている必要はなく、相互の関連が明確な複数の書類で記載事項を満たせば、それらの書類全体で適格請求書の記載事項を満たすことになりますので、契約書に適格請求書として必要な記載事項の一部が記載されており、実際に取引を行った事実を客観的に示す書類とともに保存しておけば、仕入税額控除の要件を満たすこととなります。ご質問の場合には、適格請求書の記載事項の一部（例えば、課税資産の譲渡等の年月日以外の事項）が記載された契約書とともに通帳（課税資産の譲渡等の年月日の事実を示すもの）を併せて保存することにより、仕入税額控除の要件を満たすこととなります。また、口座振込により家賃を支払う場合も、適格請求書の記載事項の一部が記載された契約書とともに、銀行が発行した振込金受取書を保存することにより、請求書等の保存があるものとして、仕入税額控除の要件を満たすこととなります。なお、このように取引の都度、請求書等が交付されない取引について、取引の中途で取引の相手方（貸主）が適格請求書発行事業者でなくなる場合も想定され、その旨の連絡がない場合には貴社（借主）はその事実を把握することは困難となります（適格請求書発行事業者以外の者に支払う取引対価の額については、原則として、仕入税額控除を行うことはできません。）。そのため、必要に応じ、「国税庁適格請求書発行事業者公表サイト」で相手方が適格請求書発行事業者か否かを確認してください。
【関係法令通達】 消費税法第30条第7項、第9項、消費税法基本通達1-8-1
ご質問の文書は、運送物品の種類、荷受人、出荷人及び運送保険についての事項が記載され、荷送人に交付されるものですから、単なる貨物の受取書ではなく、運送契約の成立の事実を証明する目的で作成されるものと認められますので、記載金額のない第1号の4文書（運送に関する契約書）に該当します。同様の文書で、運賃額の記載のあるものは、その金額に応じて印紙税が課税されます。なお、貨物とともに荷受人に送付される文書は、印紙税の課税対象から除かれている送り状に該当しますから、課税文書には該当しません（課税物件表第1号の4文書定義欄3）。
【関係法令通達】 印紙税法別表第一 課税物件表第1号の4文書定義欄3
課税物件表に掲名されている文書のうち、第1号文書（不動産の譲渡等に関する契約書）及び第2号文書（請負に関する契約書）に税込金額と税抜金額がそれぞれ記載されている場合には、その取引に係る消費税額等を含む金額と含まない金額の両方が具体的に記載されていることにより、その取引に当たって課されるべき消費税額等が容易に計算できることから、税抜金額が記載金額として取扱われます（平成元年3月10日付通達「消費税法の改正等に伴う印紙税の取扱いについて」の1（契約書等の記載金額））。
【関係法令通達】 消費税法の改正等に伴う印紙税の取扱いについて（平成元年3月10日間消3−2・最終改正　令和元年7月1日付課消4−55）
ご質問の債務承認弁済契約書は、既に締結されている消費貸借契約について、現に負担する債務の弁済方法を定めるもの、すなわち当初の消費貸借契約の内容の重要事項である弁済方法又は対価の支払方法を変更するものですから、原契約書と同一の第1号の3文書（消費貸借に関する契約書）に該当します。ところで、この契約書の印紙税額を算定するには、記載されている金額（1億円又は5千万円）が契約金額に当たるかどうかが問題になります。この債務承認弁済契約書は、既に成立している消費貸借契約について、弁済未済額を確認するとともに、弁済期限を変更するものであり、契約金額（借用金額）を変更するものではありません。また、この契約書に記載されている金額は、既に成立している契約金額であり、この契約書によって新たに成立する金額ではありません。したがって、この契約書は、契約金額の記載のない消費貸借に関する契約書になります。
【関係法令通達】 印紙税法基本通達別表第一 第1号の3文書の3
課税文書の記載金額は、原則としてその文書に記載されている金額で、課税事項に関して直接証明の目的となっている金額をいいます。また、記載されている金額とは、契約金額等が具体的に記載されている場合に限らず、単価と数量が記載されていて、その文書上金額の計算ができる場合、あるいは金額を意味する記号、符号等が記載されていてその文書上金額を明らかにできる場合も含まれます。また、その文書に具体的な契約金額が記載されていない場合であっても、次のいずれかに該当するときはそれぞれに掲げる金額が記載金額になります（通則4のホ）。
【関係法令通達】 印紙税法別表第一 課税物件表の適用に関する通則4のホ
以下いずれかに該当する団体は、登録免許税納付義務の対象外となります。納付に関する通知メールを受領した場合でも、納付されないようご注意ください。
該当するかどうか不明な場合は、無人航空機ヘルプデスクまでお問い合わせください。
【登録免許税納付対象外団体】  （登録免許税法第 4 条）
・国機関
・沖縄振興開発金融公庫
・港務局
・国立大学法人
・大学共同利用機関法人
・地方公共団体
・地方公共団体金融機構
・地方公共団体情報システム機構
・地方住宅供給公社
・地方道路公社
・地方独立行政法人
・独立行政法人（その資本金の額又は出資の金額の全部が国又は地方公共団体の所有に属しているもののうち財務大臣が指定をしたものに限る。）
・土地開発公社
・日本下水道事業団
・日本司法支援センター
・日本中央競馬会
・日本年金機構
【無人航空機ヘルプデスク】 050-5445-4451
(平日 9 時 00 分〜17 時 00 分（土日祝を除く）)
主たる債務の契約書に併記した債務の保証に関する部分については課税されませんが、ご質問の場合は、消費貸借契約の年月日（XX年10月1日）と保証契約の年月日（XX年10月15日）が異なりますので、契約書に追記したことになり、新たに第13号文書（債務の保証に関する契約書）が作成されたことになります（法第4条第3項）。したがって、第1号の3文書（消費貸借に関する契約書）として1万円の収入印紙と、第13号文書として200円の収入印紙がそれぞれ必要になります。
【関係法令通達】 印紙税法第4条第3項
目的物の種類とは、取引の対象の種類をいい、その取引が売買である場合には売買の目的物の種類が、請負である場合には仕事の種類・内容がこれに該当します。また、取引の対象として特定する以上、テレビ、ステレオ、ピアノというような物品等の品名だけでなく、電気製品、楽器というように共通の性質を有する多数の物品等を包括する名称を用いる場合も含まれます。ご質問の(1)「特約販売契約書」は、営業者の間において継続して石油類を売買することについての契約書であり、ガソリン、灯油、軽油等を総称した「石油類」の文言は、「目的物の種類」を定めたものに該当します。また、「対価の支払方法」についても定めており、第7号文書（継続的取引の基本となる契約書）になります。また、(2)「商取引基本契約書」については、甲と乙との間において、甲の取扱商品を取引の対象として抽象的に定めたものであり、具体的に目的物の種類を定めたものではありませんので、令第26条第1号に規定する「目的物の種類」を定めるものには該当しません。したがって、第7号文書に該当しませんし、他の課税文書にもなりませんので不課税文書になります。
【関係法令通達】 印紙税法施行令第26条、印紙税法基本通達別表第一第7号文書の8