相手国の入国条件を確認したところ、輸入許可証（パーミット）を取得する必要があり、事前に証明書が必要なのですが、動物検疫所で証明書を発行してもらえますか。
まず、相手国が要求している証明書の内容と、どこが発行する証明書が必要なのかを確認してください。日本国政府機関発行の証明書が必要と言われた場合は、動物検疫所にご相談ください。
輸入検査の結果、検疫有害動植物が発見されれば不合格となり、その検疫有害動植物の種類により消毒、廃棄、返送などの措置が必要となります。
輸出国の植物防疫機関が発行した「検査証明書（植物検疫証明書又はphytosanitary certificateとも言います。）」が必要です。なお、検査荷口を特定するための関係書類（B/L、インボイス等の写し）が必要になる場合もあります。また、1つの貨物に多数の品目や品種（多種類の苗木、多種類の種子、多種類の切花など）がある場合には、パッキングリストが必要になります。
入管庁に必要書類を提出してください。国交省に提出する書類はありません。詳細につきましては、入管庁にご確認ください。
「マイクロチップ装着証明書」がないと登録できませんので、装着した獣医師に再発行を依頼してください。
韓国向け水産物の輸出にあたっては、産地、魚種、品目によって下記の証明書が必要となります。

原発規制関係証明書（放射性物質検査証明書又は産地証明書）
衛生関係証明書（動物衛生証明書又は衛生証明書）
魚種・品目ごとの証明書（漁獲証明書等）

各証明書の発行対象及び発行に必要な手続きについては以下の通りです。
1. 原発規制関係
8県産（青森、岩手、宮城、福島、茨城、栃木、群馬、千葉）は輸入停止のため、輸出ができません。8都道県産（北海道、東京、神奈川、愛知、三重、愛媛、熊本、鹿児島）は放射性物質検査証明書が必要です。
上記の都道府県産以外であれば、産地証明書が必要となります。
（参考）大韓民国による原発関連の規制について
なお、産地の考え方、製品形態による輸入規制対象に係る解説等は以下のQ&A（5-3、7-5-6等）を参照ください。
諸外国・地域による輸入規制に関するQ&A
証明書の申請手続き等については、農林水産省HPでご確認ください。農林水産省の輸出証明書発給システムでのインターネット申請を行っていただくことになります。
輸出証明書のインターネット申請手続き
上記のHPの情報をご確認いただいた上で、手続き等に関して不明な点があった場合は、審査拠点となる地方農政局等へご相談ください。なお、一部の道県でも証明書を発行しています。
2. 衛生関係
輸出する魚種・品目により衛生証明書が必要となる場合がありますので、以下を御確認ください。
2-1. 動物衛生証明書
韓国が指定する生きている水産動物（活の二枚貝、活マダイ、活ブリ等）、冷蔵又は冷凍のエビ類、カキ類並びにアワビ類（ただし頭部及び殻が除去されたエビ類並びに加熱加工品を除く。）については、動物衛生証明書が必要です。輸出の都度、証明書発行機関である都道府県水産部局に必要な書類を添えて申請してください。詳しい手続きについては、以下の農林水産省HPの韓国向け輸出水産動物等の衛生証明書発行等に関する取扱要領を御確認の上、証明書発行機関に御相談ください。証明書発行機関のリストについても同HPを参照ください。
大韓民国向け輸出水産動物等の取扱いについて
2-2. 衛生証明書関係
冷凍食用鮮魚類頭部（※1）及び冷凍食用鮮魚介類内臓（※2）の輸出には、その冷凍魚類頭部等を最終的に処理（国内で処理を行わない場合にあっては保管をいう。）する施設があらかじめ施設認定を受けていることが必
連れていくことは可能ですが、それぞれの国ごとに出入国の条件を満たす必要があります。事前に、日本にある各国大使館（外部リンク）又は相手国の検疫当局にご確認下さい。
動物検疫所ウェブサイトから「変更届出書」の様式をダウンロードされるか、最寄りの動物検疫所から入手してください。入手した様式に必要事項を記入の上、到着予定の空港（港）を管轄する動物検疫所にFAX若しくは郵送により又は、直接提出してください。
NACCSにて届出ている場合には、その内容を変更することで、変更届出を行うことが可能です。
生産国内での栽培地検査が必要とされる病害虫の条件は、重大な影響を及ぼす病害虫であり、現在のところ日本の輸入植物検査において的確な検査方法が確立されていないものの、生産地のほ場で栽培中に検査が可能なものが対象となっています。詳しくは、このホームページの中にある「栽培地検査対象植物一覧表（植物防疫法施行規則別表一の二）」をご参照ください。このような栽培地検査を必要とする苗や種子を輸入する場合には、生産国の植物防疫機関による検査を受け、栽培地検査において該当する病害虫が発生していない旨記載された「検査証明書（植物検疫証明書又はphytosanitary certificateとも言います。）」を取得してください。