令和2年4月以降、電子証明書を利用した電子申請ができなくなるのでしょうか。
電子証明書を利用した電子申請ができなくなることはありません。 令和2年4月以降、電子証明書に加えて「GビズID」を利用して電子申請ができるようになりました（利用は無料）。「GビズIDを利用した電子申請」と「電子証明書を利用した電子申請」のいずれかにより電子申請をすることができます。
電子証明書の発行を請求するには，申請書のほか，証明書発行申請ファイルを提出する必要があります。
   証明書発行申請ファイルには，専用ソフトウェアにより，法人の商号・名称，本店・事務所，代表者の資格・氏名や代表者の公開鍵を記録する必要があります。
   なお，代表者の公開鍵及び秘密鍵（公開鍵と対となり，電子署名をする際に使用する鍵）も専用ソフトウェアにより作成することとなります。
   法務省が提供している「商業登記電子認証ソフト」の操作等につきましては，「商業登記に基づく電子認証制度」のページの「商業登記電子認証ソフト」のダウンロード」のページから同ソフトの操作手引書をダウンロードすることができますので，ご参照ください。
   また，市販の専用ソフトウェアの操作等につきましては，各販売元にお問い合わせください。
電子証明書の発行を申請するには，申請書のほか，証明書発行申請ファイルを提出する必要があります。
証明書発行申請ファイルには，法人の商号・名称，本店・事務所，代表者の資格・氏名や代表者の公開鍵を記録する必要があります。この証明書発行申請ファイルは，専用ソフトウェアで作成し，ＣＤ，ＤＶＤ又はＵＳＢメモリに格納して提出します（これらの媒体は返却されます。）。

 
令和２年度においては、全ての施設・事業所の設置者から別紙様式２キャリアパス要件届出書の提出が必要です。ただ、それ以降については、満たしている状況に変更がないことが確認できる場合、提出を省略することができます。

令和５年 10 ⽉１⽇のインボイス制度の開始にあわせて登録を受けるための期限は、ご質問のとおり令和５年３⽉ 31 ⽇とされています。
ただし、４⽉以降の登録申請であっても、９⽉ 30 ⽇までに⾏われたものについては、インボイス制度が開始する令和５年 10 ⽉１⽇に登録を受けることが可能です。
※   免税事業者の⽅が令和５年 10 ⽉２⽇以後の⽇の登録を希望する場合には、登録申請書に登録希望⽇を記載する必要があります。
なお、インボイス制度への対応には事業者の皆様において事前の準備が必要となるほか、登録通知が届くまで⼀定の期間（※）を要することとなりますので、登録することをお決めになられた⽅についてはお早めの申請をおすすめします。
※   登録通知までに要する期間の⽬安は、国税庁 HP「インボイス制度特設サイト」に掲載されています。 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoic
e.htm
（参考）４⽉以降に申請する場合に、インボイス制度が開始する令和５年 10 ⽉１⽇に登録を受けたものとみなす宥恕規定の適⽤を受けるためには、申請書に「期限までの申請が困難な事情」を記載することとされていましたが、この「困難な事情」の記載は不要とされました。
できます。ただし、外務省の認証印は押印してしまうと取り消しができず、以降、別の用途で使用する場合に支障が出る可能性がありますので、厚生労働省医政局医事課（試験免許室免許登録係）が発行する各免許証英訳文証明書で代用できないか予め提出先に確認されることをおすすめします。
年末調整手続を電子化する場合、従業員から提供された年末調整申告書を電子データで受領することとなりますが、電子データを受領するに当たっては、従来は事前に税務署へ「源泉徴収に関する申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供の承認申請書」を提出し、承認を受ける必要がありましたが、令和３年４月１日以降に従業員からデータで年末調整申告書を受領する場合は、申請が不要となりました。ただし、従業員から年末調整申告書及び控除証明書等を電子データにより提供を受けるためには、電磁的方法による提供を受けるために必要な措置及び電磁的方法により提供する者の氏名を明らかにするために必要な措置が必要となります。
再度，かんたん証明書請求，供託かんたん申請の「電子納付」ボタン又は申請用総合ソフトの「納付」ボタンをクリックし，各金融機関のインターネットバンキングにアクセスすることで，手数料等の納付ができるようになります。 　また，直接ご契約の金融機関のホームページからインターネットバンキングを利用し，（１）収納機関番号，（２）納付番号及び（３）確認番号を入力して，手数料等を納付することもできます。
マイナポータル連携を利用し、控除証明書等データを取得するためにはマイナンバーカードまたはスマホ用電子証明書が搭載されたスマートフォンが必要です。マイナンバーカードの取得については交付申請から交付通知書（市区町村がマイナンバーカードの交付の準備ができた旨をお知らせする通知書）を発送するまで概ね１か月間となっています（マイナンバーカード総合サイトより）。スマホ用電子証明書の取得については、申請がおおむね8：00～19：30（平日・土日祝日とも）の場合は数分後、それ以外の時間帯の申請の場合は、おおむね翌8：00以降となっています（マイナポータル総合サイトより）。マイナポータル連携を利用しない場合は、マイナンバーカードの取得などの事前準備は必要ありませんので、勤務先から指示があってからの対応で十分と考えられます。
登記・供託オンライン申請システムで利用可能な電子証明書の拡張子は「.p12」です。　ご利用の電子証明書の拡張子が「.p12」以外の場合は，電子証明書の発行元認証局にお問い合わせください。