当社は、他の事業者が経営する食堂を社員食堂として従業員に利用させています。例えば、従業員が 1000 円分の喫食を行った場合、当社はその７割（700 円）を従業員から徴収し、差額 300 円を負担する形で食堂を経営する当該他の事業者に対して支払を行っています。適格請求書には、課税資産の譲渡等に係る税込価額として支払を行った全額が記載されているのですが、当社はどのように仕入税額控除を行うことになるのでしょうか。なお、従業員から徴収した代金は預り金として処理しています。
事業者が他の事業者が経営する食堂を社員食堂として従業員に利用させるという契約 を当該他の事業者と締結し、その従業員の食事代の全部又は一部を支払っているときは、給与として課税されるかどうかにかかわらず、その金額は課税仕入れに該当し、当該他 の事業者から受領した適格請求書及び一定の記載をした帳簿の保存により仕入税額控除 を行うことが可能です。
ただし、従業員から一部の代金を徴収し、預り金として処理している場合には、事業者が実際に負担した部分の金額のみが課税仕入れの対象となることから、ご質問の例であれば、喫食に係る代金の全額が記載されている適格請求書を保存していたとしても、貴社は 300 円を基礎として、仕入税額控除の適用を受けることとなります。
なお、仕入控除税額の計算に当たって、積上げ計算を行う場合、受領した一の適格請 求書に記載された課税資産の譲渡等に係る消費税額等のうち、課税仕入れに係る部分の 金額として算出した金額に１円未満の端数が生じる場合は、受領した一の適格請求書に つき、税率ごとに１回の端数処理を行う必要がありますが、その方法については切上げ、切捨て、四捨五入など、任意の方法とすることができます。
これまでの年末調整手続は、勤務先（給与等の支払者）が用紙を配付し、その用紙に従業員（給与等の支払を受ける方）が手書きして提出するなど、書面により行われていることが多いと思います。年末調整手続の電子化とは、以下の２つを実施することにより、年末調整手続をデータ処理することであり、これにより勤務先・従業員双方の年末調整に係る事務負担を軽減するための施策です。①従業員が控除証明書等を電子データで取得し、それを利用して年末調整申告書データを作成すること②勤務先が従業員から①の年末調整申告書データ及び控除証明書等データの提供を受け、これを利用して年税額等の計算を行うこと
民間事業者でも、従業員やその扶養家族のマイナンバーを取得し、給与所得の源泉徴収票や社会保険の被保険者資格取得届などに記載して、行政機関などに提出する必要があります。 また、証券会社や保険会社が作成する支払調書、原稿料の支払調書などにもマイナンバーを記載する必要があります。 （2014年6月更新）
個人事業者が棚卸資産を自家消費した場合のみなし譲渡に係る対価の額は、自家消費の時におけるその棚卸資産の価額（時価）によることとされていますが、その棚卸資産の課税仕入れに係る支払対価の額に相当する金額以上の金額で、かつ、通常の販売価額のおおむね50％に相当する金額以上の金額をそのみなし譲渡に係る対価の額としている場合は、これを認めることとされています（基通10-1-18）。したがって、通常の販売価額の70％に相当する金額をそのみなし譲渡に係る対価の額としている場合は、その額が課税仕入れに係る支払対価の額に相当する金額に満たない金額でない限り認められることになります。なお、棚卸資産以外の資産で事業の用に供していたものを自家消費した場合は、その資産の時価により課税されることとなります。
【関係法令通達】 消費税法第28条第3項第1号、消費税法基本通達10-1-18
従業員枠の子どもの保育料については、市町村が定める額を上限として、各企業の判断の下、事業主が設定することとしています。したがって、事業主が福利厚生・人材確保の一環として、事業主の負担において、従業員利用者の保育料を地域の子どもの保育料よりも安く設定することも可能です。
照会意見のとおりに解して差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第65条の7第1項第3号租税特別措置法施行令第39条の7第5項租税特別措置法関係通達（法人税編）65の7(1)−30の2
扶養控除等申告書を提出した従業員等について、その提出をした年の中途で、当該申告書に記載した事項に異動があった場合には、異動があった日の後、最初に給与等の支払を受ける日の前日までに、給与支払者に対して、異動の内容等を記載した扶養控除等申告書を提出する必要がありますが、この異動の内容等を記載した申告書を提出している場合には、Q1-3-8の届出書を提出しなくても差し支えありません。




（注）
1
異動の内容等を記載した扶養控除等申告書については、新たに扶養控除等申告書を提出するほか、当初提出した扶養控除等申告書の記載内容を補正する形で提出しても差し支えありません。


2
異動の内容等を記載した扶養控除等申告書については、その扶養控除等申告書の保存期限（扶養控除等申告書の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年を経過する日）まで保存する必要があります。


3
給与支払者が帳簿を備えているために、マイナンバー（個人番号）を扶養控除等申告書に記載していない場合で、従業員等のマイナンバー（個人番号）のみに異動があった場合には、異動の内容等を記載した扶養控除等申告書の提出は必要ありませんので、その場合はQ1-3-8の届出書を提出する必要があります。
本件のように他社へ引き抜かれるのを防止し、引き続きA社に勤務することを約するために支払われる慰留金は契約金として源泉徴収の対象となります。
【関係法令通達】 所得税法第204条第1項第7号、所得税法施行令第320条第6項、所得税基本通達204-29、204-30
納入業者（特定供給事業者）と本体価格で取引を行う場合，支払ごとに本体価格を合計し，当該合計金額から算出した消費税額をこれに加えた額が，貴社と納入業者との間で取り決めた対価となります。したがって，御指摘の事案のように本体価格で取引を行い，1か月ごとに支払を行うこととしている場合において，1か月よりも短い区切りで消費税額の計算と1円未満の端数の切捨てを行うことにより，1か月に納入された商品の本体価格を合計し消費税額を計算した場合と比べ支払総額を1円以上減じることは，「減額」（消費税転嫁対策特別措置法第3条第1号前段）に該当し，違反となります。