防除で捕獲した動物はどのように処分すればよいですか？
動物の種類に応じて、関連法令（動物愛護管理法、外来生物法等）に留意しながら適切に処置することが必要です。ここでは、主に哺乳類や鳥類、カメなどの爬虫類を想定して回答します。
防除で捕獲した動物については、殺処分を想定することが基本となります。
生き物を殺すことに抵抗を感じるかもしれませんが、防除では多数の動物が捕獲されることから、その全てを適切に飼養し続けることは現実的には困難です。長期的な見通しをもって冷静に判断することが必要です。
動物の愛護及び管理に関する法律（以下、「動物愛護管理法」。）の第44条では、愛護動物をみだりに殺し、又は傷つけることが禁止されています。なお、人の占有していない野生の外来種については、動物愛護管理法の対象とはなりませんが、その処分に当たっては、できる限り対象となる動物に苦痛を与えない方法をとるようにしましょう。
【参考】環境省ウェブサイト　動物の殺処分方法に関する指針
https://www.env.go.jp/nature/dobutsu/aigo/2_data/laws/shobun.pdf
殺処分の方法としては、哺乳類や鳥類の場合には薬剤や二酸化炭素を用いた手法、爬虫類の場合には冷凍による手法が一般的です。なお、殺処分後の処理方法とコストについても検討しておくことが必要です。
生き物を殺すことについて反発の声が上がることも想定されますが、外来種の防除では、生き物をみだりに殺しているわけではなく、在来の生物の命を守るなど、生態系等の保全のために必要な行為であることを地域住民に理解してもらうために、事業の目的やその効果を説明することも必要です。
もし、殺さずに済む方法があればそれを採用しても構いませんが、あとで再び捨てられたり逃げ出したりしないよう、十分な注意が必要です。なお、特定外来生物に指定されている種類をペットとして飼養したり、生きたまま譲渡したり運搬することは外来生物法で禁止されています。（動物園等における展示等、特別に許可を得た場合を除く。）
平成27年12月に国内で初の特定外来生物の根絶事例となったカナダガンでは、27羽が許可を得た動物園などに引き取られましたが、残りはやむを得ず殺処分となりました。
酒類の製造免許、酒母若しくはもろみの製造免許又は酒類の販売業免許に関する処分について不服がある場合には、(1)行政不服審査法の定めるところにより不服申立てを行うか、(2)裁判所に処分の取消しの訴えを提起するかのいずれかを選択することができます。　免許に関する処分とは、例えば、

免許の申請に対し拒否処分がなされた場合
免許の取消処分（申請に基づく取消しを除きます。）がなされた場合
製造場又は販売場の移転申請に対し不許可処分がなされた場合

等をいいます。　なお、(1)行政不服審査法の定めるところにより不服申立てを行おうとする場合には、処分があったことを知った日の翌日から起算して3か月以内に国税庁長官に対して審査請求を行う必要があります。　また、(2)裁判所に処分の取消しの訴えを提起しようとする場合には、原則として、税務署長による処分又は国税局長による裁決があったことを知った日から6か月以内に提起しなければならないこととされています。
根拠法令等：国税通則法第80条、第114条、第115条行政不服審査法第4条、第18条行政事件訴訟法第8条、第14条
動物検疫所は、輸入検査が終了したペットを預かることはしておりません。空港までどなたか（日本にいらっしゃるご家族や友人など）にペットをお迎えに来ていただくようお願いします。
短期間の旅行であっても、海外にあらいぐま（きつね、スカンク）を連れていくときは輸出検疫を、日本に帰国するときは輸入検疫を受けなければなりません。 （旅行先が指定地域（狂犬病の発生のない国・地域）以外の場合）  帰国予定日の40日前までに到着予定空港の動物検疫所への届出が必要です。係留期間は180日になります。 （旅行先が指定地域（狂犬病の発生のない国・地域）の場合）  帰国予定日の40日前までに到着予定空港の動物検疫所への届出が必要です。輸出国政府機関が発行する検査証明書により、

（1）マイクロチップによる個体識別  （2）日本から輸出された後、指定地域（狂犬病の発生のない国 ・地域）のみにおいて飼養されていたこと （3）当該指定地域（狂犬病の発生のない国 ・地域）に過去2年間狂犬病の発生がなかったこと （4）出発前の検査で、狂犬病（犬の場合にはレプトスピラ症についても必要です）にかかっていないか又はかかっている疑いがないこと

が確認できる場合には、帰国時の係留期間が12時間以内となります。なお、マイクロチップの装着を日本で行っている場合は、輸出検疫証明書に記載しますので、輸出検査時に確認できる書類を提出してください。あらいぐま（きつね、スカンク）を連れて海外旅行を計画される場合には、事前に余裕を持って動物検疫所にご相談ください。
（A1－2）本件に係る検疫要求の対象となっている病害虫は、飛翔性を有しているため、除去によるまん延のおそれがあることから、日本での除去は認められません。
食品衛生法上は、食品の販売者に安全性を確保する責任があります。かかるクジラを販売した結果、食中毒が発生した場合には、販売者（定置網所有者等）が責任を負うことになります。DNA 分析を行ったからといって、食品衛生上問題のあるものを販売してよい訳ではありません。したがって、DNA 分析を依頼する前に、最寄りの保健所に相談のうえ、販売に供するのかどうか判断するようにしてください。なお、販売に供さない場合であっても、混獲の報告書（※１）の提出及び混獲したクジラの適切な処理が必要になります。（問 29 関連）
原則として、入網したミンククジラを逃がす努力をお願いします。ただし、人命の危険を冒して、あるいは、漁具を大幅に破損してまで、クジラを逃がす必要はありません。漁業の許可及び取締り等に関する省令の規定では、混獲の報告 （※１）、DNAの分析などを行うことを条件として、ミンククジラ資源の有効利用 ができることになっています。これは、利用しようとする時点で生きているか、死んでいるかの判断を必要とはしていません。したがって、入網したクジラの状態や網の状況、他の漁獲物の状況などを考慮して漁業者の判断 で処理することが認められます。ただし、特にミンククジラについては、現在捕鯨業の対象となっており、捕獲枠も設定されていますので、安全面に配慮しながら、解放することができないか可能な範囲でご検討ください。
(1)　所得区分について事業の廃業に伴う残務処理が終ると考えられる期間内に処分した土地に係る所得は事業所得とし、その一定期間経過後に処分した土地に係る所得は譲渡所得とします。
【関係法令通達】 所得税法第27条、第33条
また、分析費用も負担しなければならないのでしょうまた、分析費用も負担しなければならないのでしょう混獲したミンククジラを食用として利用したという観点から、DNA分析を行う必要があります。また、分析費用も負担しなければなりません。