起点賃金水準に合算する
「基準翌年度から加算当年度までの公定価格における人件費の改定分」 は、「決まって毎月支払われる手当」及び「基本給」に係る部分のみが対象となるのでしょうか。
お見込みのとおりです。
「基準翌年度から加算当年度までの公定価格における人件費の改定分」による賃金改善のうち「決まって毎月支払われる手当」及び「基本給」による全額のみを合算します。
業務経費の全体が課税対象となるため、人件費等の不課税対象経費に係る消費税相当額を計上する必要があります。また、外税方式での計上分についてもその消費税分を「消費税相当額」として計上してください。
最低賃金の引上げにより労務費等のコストが上昇した場合や，原油価格の高騰に伴いエネルギーコストが上昇した場合，「下請代金支払遅延等防止法に関する運用基準」第４の５(2)ウ及びエのような方法で下請代金の額を定めることは，買いたたきに該当するおそれがある。
（参考：下請代金支払遅延等防止法に関する運用基準（抄））
　第４ 親事業者の禁止行為
　　５ 買いたたき
　　 (2) 次のような方法で下請代金の額を定めることは，買いたたきに該当するおそれがある。
ウ 　労務費，原材料価格，エネルギーコスト等のコストの上昇分の取引価格への反映の必要性について，価格の交渉の場において明示的に協議することなく，従来どおりに取引価格を据え置くこと。
エ 　労務費，原材料価格，エネルギーコスト等のコストが上昇したため，下請事業者が取引価格の引上げを求めたにもかかわらず，価格転嫁をしない理由を書面，電子メール等で下請事業者に回答することなく，従来どおりに取引価格を据え置くこと。
「前倒し使用」や「次年度使用」により交付される調整金は、単年度の補助金と同様の取扱いとなりますので、複数年度で契約し進捗状況（出来高）に応じて支払う研究装置の製作費の一部として支出することはできません。ただし、複数年度で単価契約をした試薬等について、当該年度の使用分を当該年度の調整金から支払うことは可能です。この他、具体的な手続については、研究機関を通じて、以下の担当までお問い合わせください。        日本学術振興会研究事業部研究助成第二課審査・評価第一係 03-3263-4254      
1 号認定子どもの公定価格には給食材料費が含まれておらず、給食材料費は実費徴収として徴収することが基本となります。また、人件費の不足分は特定負担額（上乗せ徴収）として徴収することが可能です。実際に費用徴収を行う際には、対象経費により特定負担額や実費に分解することなく、全体をまとめて特定負担額又は実費のいずれかにより徴収することも可能です。なお、市町村が定める利用者負担額とは別に、実費徴収等を徴収するか否かは施設の判断であり、給食に係る費用や特定負担額の費用徴収を行わないことも可能です。
いずれも雑所得として取り扱われます。
【関係法令通達】 所得税法第34条、第35条
原則として、実際に修繕等が行われその修繕等が完了した日の属する年分の必要経費になりますが、一定の要件を満たす場合には、支払期日の属する年分の必要経費に算入して差し支えありません。
【関係法令通達】 所得税法第37条、所得税基本通達37-2
「給与所得の源泉徴収票」の「支払金額」欄に含めることになります。
【関係法令通達】 所得税法第28条、第226条第1項、所得税法施行規則第93条、所得税基本通達28−4
科研費（補助金分）の繰越 しの場合には、研究者の自己都合などによるケースは認められませんでしたが、科研費（基金分）の未使用分の翌年度への持ち越しについては、特に理由が限定されるものではありません。 なお、科研費は研究計画の応募に対して審査・採択を経て研究費を交付するものですから、明らかに不適切な理由によって研究を行わない（研究費を使用しない）といったことまで認められるわけではありません。こうした場合には、研究を廃止するなどの措置をとることになります。