承継職員等の給与を運営費交付金から支出しなければ当該職員の退職金相当額の予算が措置されなくなるのか。
退職金の予算措置の対象となるのは、承継職員（国立大学法人法附則第４条の規定に基づき、国の職員から国立大学法人の職員に移行した者）及び承継職員の退職に伴う補充職員（以下、「承継職員等」という。）として整理され、退職金対象者台帳に掲載されている職員であり、給与がどの経費により支弁されているかを問うていません。
法人税法第23条の2第1項の規定の適用を受ける外国子会社から剰余金の配当等の額がある場合には、その評価会社の「1株当たりの利益金額」の計算上、受取配当等の益金不算入額を加算して計算します。この場合、「取引相場のない株式（出資）の評価明細書」の記載に当たっては、「第4表　類似業種比準価額等の計算明細書」の（2.比準要素等の金額の計算）の「受取配当等の益金不算入額」欄に当該受取配当等の益金不算入額を加算し、加算した受取配当等に係る外国源泉税等の額の支払いがある場合には、当該金額を「左の所得税額」に加算して計算します。ただし、租税特別措置法第66条の8第1項又は同条第2項に規定する外国法人から受ける剰余金の配当等の額のうち、その外国法人に係る特定課税対象金額に達するまでの金額については、すでに評価会社の法人税法上の課税所得金額とされているので、この部分については、類似業種比準株価計算上の「1株当たりの利益金額」に加算しません（同法第66条の9の4第1項及び同条第2項の規定により益金の額に算入しない剰余金の配当等の額についても同様です。）。
【関係法令通達】 財産評価基本通達183(2)法人税法第23条の2租税特別措置法第66条の8、第66条の9の4
公定価格の基本分単価の常勤職員の人件費については、引き続き都道府県による団体補助が行われることを前提に必要な退職金経費を賄うよう積算しているものです。
可能です。運営費交付金は（使途が定められている特殊要因運営費交付金を除き）、その執行残を損益計算書上の利益として出した上で、目的積立金として繰り越し、翌事業年度以降に使用することが可能です。また、初めから複数年に渡って使用することが予定されており、業務の達成度が客観的に測定できるものについては、規程を整備し、学内で意思決定することにより、運営費交付金債務のまま、翌事業年度に繰り越すことが可能です。なお、運営費交付金の「機能強化経費（機能強化促進分）」等、文部科学省が業務達成基準で収益化を行うものとして指定したものも、上記と同様に運営費交付金債務のまま、翌事業年度に繰り越すことが可能です。
退職以前に支給した給与等と合算した上で、「給与所得の源泉徴収票」を作成し、再交付してください。
【関係法令通達】 所得税法第226条第1項、所得税法施行規則第93条第1項第11号
ご質問のように、一定の住民の方を対象として、医療機関での診療などに係る医療費の負担について市区町村において独自の制度に基づいて助成（自己負担額の減免）が行われている場合があります。
また、「医療費通知」に記載される「被保険者等が支払った医療費の額」は、医療保険者が作成時点で把握している情報に基づいて記載されているため、公費負担医療制度や市区町村による医療費助成、減額査定、未収金などが「医療費通知」に反映されない（つまり、「被保険者等が支払った医療費の額」から助成分が差し引かれずに記載されている）場合があります。
ところで、医療費控除は、その年中に実際に支払った医療費を対象に控除額を計算することとなりますので、ご質問のように窓口で自己負担額の減免があるにもかかわらず、その金額が「医療費通知」に反映されていない場合は、この減免分を除く実際に負担した医療費の額に基づいて医療費控除の額を計算することになります。
したがって、具体的には、「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」のうち「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄へ実際に支払った医療費の合計額を記載し、「医療費通知」に減免分がある旨を付記（記載例は問 ９参照）した上で、「医療費控除の明細書」と「医療費通知」を確定申告書に添付してください。
なお、上記のような窓口での医療費の減免のほか、事後的に給付を受ける医療費を補填する保険金など（注）がある場合においても、支払った医療費の額からその医療費を補填する保険金などの額を差し引いて医療費控除の額を計算します。
（注）この保険金などは、①生命保険契約に基づいて支払われる医療保険金、②社会保険に関する法律やその他の法令の規定に基づき、医療費の支払を給付原因として支給される給付金（例えば、出産育児一時金、高額療養費）、③法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金などをいいます。詳しくはパンフレット『医療費控除を受けられる方へ』を参照してください。 
「前倒し使用」や「次年度使用」により交付される調整金は、単年度の補助金と同様の取扱いとなりますので、複数年度で契約し進捗状況（出来高）に応じて支払う研究装置の製作費の一部として支出することはできません。ただし、複数年度で単価契約をした試薬等について、当該年度の使用分を当該年度の調整金から支払うことは可能です。この他、具体的な手続については、研究機関を通じて、以下の担当までお問い合わせください。        日本学術振興会研究事業部研究助成第二課審査・評価第一係 03-3263-4254      
返還した金額は、医療費を補填する保険金等がなくなったことに相当するので、医療費控除の適用を受けた年分の控除額を是正することとなります。
【関係法令通達】 所得税法第73条第1項、所得税基本通達73-10
職員の勤務体制等を考慮し、現行の保育所運営費の水準をベースに設定することとしています。