当初の研究期間を終了しても研究費に残額がある場合にはどうしたらよいでしょうか？
当初予定した研究を完了しても研究費に残額が生じた場合には、無理に使うのではなく返還していただくことになります。なお、残額が生じたことで、以後の科研費の審査において不利益が生じることは一切ありません。 また、当初の研究期間を終了してもまだ研究が完了せず、研究費に残額がある場合には、研究期間を1年間延長して研究費を使用 することができます。その際には、事前に手続が必要となります。ただし、延長期間が終了しても研究費に残額がある場合に再延長はできませんので、その時点の残額は返還してください。なお、延長は次年度使用 予定額がない場合（０円）でも申請可能です。 
詳しい手続について示した「科研費ハンドブック（研究機関用）」のほか、研究者向けに概要を示した「科研費ハンドブック（研究者用）」があります。これらのハンドブックは、文部科学省及び日本学術振興会の科研費ホームページからダウンロードすることができます。文部科学省科研費ＨＰアドレスhttps: //www.mext.go.jp/a_menu/shinkou/hojyo/main5_a5.htm 日本学術振興会科研費ＨＰアドレスhttps://www.jsps.go.jp/j -grantsinaid/index.html   
装置類や測定機器を含む管理対象物品は全て、研究期間終了後に研究実施機関から防衛装備庁に所有権を移転し、返納していただくことになります（返納に係る費用等は研究実施機関の負担）。また、所有権移転の手続き完了までの間は、各研究実施機関において善良な管理者の注意をもって適切に管理していただきます。なお、申請があれば、防衛装備庁の業務に差支えがない場合に限り、一定の条件の下、物品の無償貸付又は有償貸付を認める場合があります。
令和２（2020）年度から、一定の要件の下で、科研費の複数の研究課題の直接経費同士を合算して使用することを可能としています。その範囲 は、物品費、旅費、人件費・謝金、その他の全ての費目を含みます。なお、補助金種目及び基金種目についてどちらも同様の取扱いです。  
研究代表者及び研究分担者は、科研費交付後に間接経費を研究機関に譲渡することとされています。これは、間接経費の趣旨が、研究機関の研究環境の整備等 に役立てようとするものであるからです。間接経費の取扱いについては、研究機関によって様々なケースがあり、研究者自身に一定額を配分するか否かは、各研究機関の考え方によって決められています。  
「海外における研究滞在等による研究中断からの研究再開届」（様式Ａ－１７、様式Ｄ－１７、様式Ｘ－１７（共通））を提出することで研究を再開することができます。具体的な事務手続や科研費の執行が可能となるタイミングについては【Q ５６１７】を参照してください。 
科研費では、バイアウト経費の支出上限は定めていませんが、科研費による研究遂行に支障が生じないよう、研究代表者（又は研究分担者）の責任において、研究費の適切な執行に努めてください。
承継職員等が企業等との共同研究及び受託研究を実施するに際し、当該職員の人件費相当分をエフォートに応じて研究経費に組み入れ、当該研究の相手方からこれを徴することは可能です。承継職員等の人件費は、運営費交付金でしか支弁してはならないというものではなく、大学が企業等から多様な形で資金を呼び込み、それにより支弁することは問題ありません。また、このことによって当該職員の退職時における退職金の額の算定に影響を及ぼすこともなく、退職金分の予算が国から措置されなくなるということもありません。
例えば、研究装置の製作や調査の委託、研究支援者の雇用、試薬等の単価契約など、複数年度にわたる契約が可能で、研究期間の経過に伴って進捗状況（出来高）が把握できるケースを想定しています。 