年調ソフトで入力したマイナンバーは、年調ソフト内で保持されるのですか。【令和２年７月追加】
年調ソフトではマイナンバーを入力する画面はありますが、入力されたマイナンバーをソフト内には保持しません。年調ソフトでは、年末調整申告書を作成後、勤務先に提出するデータを出力する直前にマイナンバーを入力することができますが、入力されたマイナンバーは出力するデータに格納後、年調ソフトからは消去され、ソフト内にマイナンバーは残りません。なお、既に勤務先に対しマイナンバーを提供しているなど一定の場合は、従業員は扶養控除等申告書へのマイナンバーの記載を省略することができます。そのため、年調ソフトは勤務先へのマイナンバーの提供の有無を確認し、提供済みの場合には、マイナンバーを入力しないことができる仕様となっています。
マイナンバー制度導入により、情報を「一元管理」するようなことは一切ありません。情報の管理に当たっては、今まで各機関で管理していた個人情報は引き続きその機関が管理し、必要な情報を必要な時だけやりとりする「分散管理」という仕組みを採用しています。特定の共通データベースを作ることもありませんので、そういったところから芋づる式に情報が漏れることもありません。 （2022年12月更新）
法令や条例に定められた利用範囲を超えてマイナンバーを利用することはできませんし、むやみにマイナンバーの提供を求めたり、特定個人情報（マイナンバーをその内容に含む個人情報（Q5-6参照））を提供したり、収集・保管したりすることもできません。また、マイナンバーを取り扱う際は、その漏えい、滅失、毀損を防止するなど、マイナンバーの適切な管理のために必要な措置を講じなければなりません。具体的な措置については、個人情報保護委員会から ガイドライン（個人情報保護委員会ホームページ） が示されていますので、そちらをご覧ください。 なお、特定個人情報を不適正に取り扱った場合には、個人情報保護委員会から指導・助言や勧告・命令を受ける場合があるほか、正当な理由がないのに、その業務に関して取り扱った個人の秘密に属する事項が記録された特定個人情報ファイル（マイナンバーをその内容に含む個人情報ファイル（Q5-6参照））を提供した場合などには、処罰の対象（Q5-10参照）となります。 （2023年6月更新）
拒絶査定に対する審判請求書は電子特殊申請の対象外ですので、電子特殊申請で提出した場合には却下処分の対象となります。拒絶査定に対する審判請求書のように、令和 6 年 1 月より前にインターネット出願ソフトの出願機能のタブから提出できていたものは電子特殊申請では提出しないでください。また、拒絶査定に対する審判請求書に限らず、電子特殊申請の対象外の書類を電子特殊申請で提出した場合は却下処分の対象となりますので十分御注意ください。
マイナポータル連携とは、従業員が年末調整申告書データの作成中に保険料控除等で使用する控除証明書等データを、マイナポータルから自動取得する機能のことです。なお、年調ソフト（第５章参照）を利用した場合は、マイナポータル連携により取得した控除証明書等データの内容を、年末調整申告書に自動入力することが可能です。
社会保障・税番号＜マイナンバー＞制度の導入により、税務署等に提出する申告書・法定調書等の税務関係書類にはマイナンバー（個人番号）及び法人番号を記載していただくこととなりました。このため、国税当局においては、マイナンバー（個人番号）・法人番号が記載された申告書や法定調書等の受付・読み取りなどが可能となるよう、国税関係システムの整備を行いました。

また、番号法において、「国税庁長官は、法人等に対して、法人番号を指定し、通知する」と規定されていることから、国税庁は法人番号の“付番機関”となります。このため、法人番号の指定・通知等の業務を適切に行うために必要な体制整備やシステム構築を進め、平成27年10月からは、法人番号の指定・通知等の業務を行っています。
（参考）
番号法により、国税分野においてマイナンバー（個人番号）を利用することが可能とされました。また、番号法整備法や税法の政省令の改正により、申告書・法定調書等の記載事項に提出者及び一定の方（※1）のマイナンバー（個人番号）・法人番号を追加する、法定調書の対象となる金銭等の支払等を受ける方等（※2）が告知すべき事項にマイナンバー（個人番号）・法人番号を追加するなどの措置がなされました。

（※1） 控除対象扶養親族、事業専従者など
（※2） 配当等を受領する方、株式等の譲渡対価を受領する方など
ご質問のように、法定調書の提出の要否が判断できた段階でマイナンバー（個人番号）を収集することができます。
また、収集した番号が不要となった場合には、毎年度末に廃棄を行う等の通常の事務の廃棄のタイミング等を捉えるなど、マイナンバー（個人番号）及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等勘案し、適切に対応してください。

（参考） 「特定個人情報の適正な取扱いに関する ガイドライン（事業者編）」に関するQ&A Q6-5
本アプリでは、マイナンバーカードの券面事項入力補助APに登録されている、マイナンバー、氏名、生年月日、住所、性別を読み取ります。氏名、生年月日以外については、発行手続きが終わると破棄され、保存されません。それらの情報の利用用途等の詳しい情報は、アプリの利用規約に記載しています。 （2021年12月回答）
移行登録(令和4年6月1日より前に装着していたマイクロチップの登録)を希望する場合は、以下のExcelファイルに必要事項をすべて入力し、装着日の証明ができる書類と一緒に「infomc@nichiju.or.jp」までお送りください。
                    必要事項の入力にあたっては、以下のPDFに記載されている入力規則を守って入力してください。規則通りに入力されていない場合には取込みができませんので、再作成をお願いする場合があります。
                    
移行登録申請(令和5年3月)
file_downloadExcel形式Excel
移行登録申請入力規則(令和5年6月)
file_downloadPDF形式PDF