県独自の制度で認証されたCO2吸収量と、林野庁長官通知で紹介されている方法を用いて算定したCO2吸収量を比較して、大きい方で応募しても良いのか。
吸収量の算定方法については実施要領で示すものの中から、応募者が自由に選択してください。なお、林野庁長官通知で紹介している算定方法を用いて自ら算定した場合は、算定に使用したデータ(整備した面積、樹種、林齢等)の根拠がわかる資料をご提出ください。
「地球温暖化対策のための税」を導入した場合、施行から３年半を経た最終的な時点（平成28年度～）で、現在と比較すれば、月約100円程度のご負担になると試算されています。
ただし、これは、施行から３年半かけて実施されていくものであり、例えば、平成26・27年度については３分の２（月約70円）程度と考えられます。　また、「地球温暖化対策のための税」の導入に伴って実施される、ガソリンや軽油等に関する負担軽減策について考慮していない試算であることにも留意が必要です。
さらに、「地球温暖化対策のための税」の導入を機に、ライフスタイルをエコなものに見直していただくことで、税によるご負担は軽減されますので、ご家庭や職場でも、これを契機として、エコスタイルを実践していただければ幸いです。
（参考１）身近な地球温暖化対策 ～家庭でできる１０の取り組み～（環境省作成）より
☆冷房の温度を１℃高く、暖房の温度を１℃低く設定→　年間約33ｋｇのCO2の削減。年間約1800円の節約。
☆ジャーの保温を止める→　年間約34ｋｇのCO2の削減、年間約1900円の節約。
☆１日５分間のアイドリングストップを行う→　年間約39ｋｇのCO2の削減、年間約1900円の節約。
地方公共団体によっては、例えば、産業部門における区域全体の排出量について特定の企業の排出が占める割合が極めて大きいなど、産業構造等を考慮すると、全ての部門及び事業者を対象とした場合、設定可能な削減目標の数字に限界がある場合があります。
このような場合、例えば、特定の大規模排出事業者や部門については、当該事業者等の計画に沿って削減の取組が進められることを前提に、実行計画の削減目標については、その他の排出事業者や部門をターゲットとして設定することでも差し支えありません。
いずれにせよ、「実行計画（区域施策編）で定める目標が地球温暖化対策計画の目標（46％削減）と同等の目標」とは、地域特性や実情に応じて、可能な限り国の目標と同等の目標を設定いただくことを趣旨とし、一律に目標の数字のみで評価するものではないため、特定の部門に限定して（又は、除いて）目標を設定する、あるいは、設定可能な最大限の目標値が地方公共団体によって異なることは差し支えありません。
ただし、そのような目標を設定することや対象分野を限定した背景や合理的な理由について、計画提案書に具体的に記載いただくようお願いします。

ホールディングスとして使用するという内容で申請をいただければ、問題ありません。

特に絶対条件としているわけではありませんが、公募に関する最大の広報メディアとして環境省のホームページによる情報公開を行っていることから、使用できる環境に皆さんがあるという前提で手続きを考えています。多くの連絡については、メールによる通知等を使用することも考えていますが、申込や申請書類については紙媒体で郵送して頂く従来の方法に変わりはありません。
報告していただいたCO2吸収量を林野庁が認定するものではなく、そのままカーボンオフセットへ利用することはできません。
構いませんが、審査に付される研究計画調書は全てグレースケールでモノクロ印刷されたものになります。したがって、あらかじめモノクロ印刷した研究計画調書で確認してから応募されることをおすすめします。 
自社の温室効果ガス排出量を報告すべき制度が複数ある場合（国、自治体等）、それぞれで求められる算定式が違ったとしても、以下の①および②が満たされていればダブルカウントの懸念はなく、複数の報告先に同一のクレジット（それぞれの制度で調整に用いることが認められているもの）を用いて調整した排出量を報告することについて何ら問題はありません。
 ①算定のスコープ（バウンダリ）が同じであること。
 ②算定の対象期間が同一、又は同一期間を含むものであること。

なお、無効化通知書の『事業者記入欄』には算定・報告・公表制度における○○事業者の排出量調整に用いる旨記載すると記載してください（自治体の制度については任意）。
各地方公共団体において個別の判断に委ねられるため、回答は差し控えさせていただきます。