当社の製造する「空気清浄機」の商品広告に使用するロゴの商標を登録したいと考えているのですが、願書（商標登録願）には第３５類「広告」と記載すれば良いでしょうか？
商標法上の役務とは、「他人のために行う労務又は便益であって、独立して商取引の目的たりうべきものをいう」と解されています。自己の商品を販売するための広告について商標を使用する行為は、役務としての「広告」にあたりませんので、貴社の例では第１１類「空気清浄機」を指定して出願されるのが良いでしょう。


マスキングをすることは可能です。
ただし、「使用商標」、「使用している商品・役務」、「商標の使用者」、といった早期審査の要件を満たすために必要な内容までマスキングしないようご注意ください。 証拠書類は、他の出願書類と同様に閲覧対象となります。 参照 
商標早期審査・早期審理ガイドライン（PDF：2304KB）　7ページ
使用による識別力の獲得を立証するための証拠については、新しいタイプの商標についても、これまでの文字、図形等の商標の場合と基本的に変わるものではありません。ただし、動き商標及び音商標の場合については、これらの商標の使用の立証には実際の使用例を記録した動画ファイル又は音声ファイルが必要になると考えられます。
詳細については、以下の「商標審査基準〔改訂第11版〕（PDF:1541KB）」で御確認ください。
商品の現物は受け付けておりません。商標が付された商品が掲載されたパンフレットやカタログ等の資料を提出してください。 参照 
商標の使用に関する説明書類を作成するにあたって（PDF：422KB）
規約にその旨を定めておけば可能。
照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第39条租税特別措置法施行令第25条の16第2項
商標権の存続期間は登録から10 年ですが、更新登録料を納めることで、更に10年延長することができます。10 
年ごとに更新手続を繰り返すことで、半永久的に権利を継続させることも可能となりますので、取得した商標権の下、安心して事業を行っていきたい方は更新の手続は忘れないようにしてください。存続期間の更新ができる期間、料金等については「存続期間の更新ができる期間、料金について教えてください」をご覧ください。
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科研費の研究のために使用するのであれば可能です。 
「運用通知」１（4）①のとおり、「固有の商品形状を有するものであって、その使用中に組成や形状が変化しないもの」に当たり、化審法上の製品に該当するため、化審法の手続は不要です。