手順３で，必要事項を入力した後，「電子証明書取得実行」をクリックすると，管轄登記所で受領した電子証明書発効確認票のシリアル番号と違うシリアル番号が表示されますが，操作手順を誤ってしまったのでしょうか？
操作手順に誤りはありません。
　　「電子証明書取得実行」の画面で表示されているシリアル番号は，電子証明書を取得される方のシリアル番号ではなく，電子証明書を発行する電子認証登記所登記官の電子証明書のシリアル番号です。これは，利用されているパソコン環境において，電子認証登記所との通信ができているかどうかを確認するために表示されるものです。
　　「電子証明書取得実行」の画面で表示されているシリアル番号とハッシュ値の組合せが「電子認証登記所登記官の電子証明書について」のページに記載されている電子認証登記所登記官のシリアル番号とハッシュ値の組合せと一致している場合は，電子認証登記所との通信ができているということになりますので，「続行」をクリックしてください。
　　一致していない場合は，電子認証登記所とは異なる通信先と通信している可能性がありますので，「中断」をクリックして，通信先を確認してください。

氏名が全角文字で入力されていない、姓名の間に空白が入っていないなど、指定された入力方法に沿っていない可能性がありますので、ご確認下さい。
（１）　バックアップ機能によりバックアップファイルを取得している場合には復元できます。（２）　登記・供託オンライン申請システムＨＰの処理状況照会からログインし，申請番号及び処理状況確認番号を入力し，処理状況照会画面にて申請データの進行状況を確認することができます。ただし，公文書や電子納付などの機能は利用できません。　　　 　　　　バックアップを定期的に取得するようお願いします。
１ 登録申請の処理状況の確認方法
登録申請書については、一時期に大量の登録申請書が提出された場合や、登録申請書に記載誤り等がある場合、内容の確認が必要になるなど、インボイス登録センターでの処理に一定の期間を要することとなります。
現時点における登録申請書を提出してから登録通知までに要する期間は、「インボイス制度特設サイト」の「適格請求書発行事業者の登録件数及び登録通知時期の目安 について」に掲載しています。まずはこの登録通知時期の目安をご確認いただき、当該目安を超えていた場合は、各国税局（所）インボイス登録センターへお問合せください。
２ ご自身の登録番号がわからなくなった場合の確認方法
既に登録を受けている事業者の方が自身の登録番号を確認したい場合には、各国税 局（所）インボイス登録センターの案内ページに記載の問合せ先にお問合せください。
（注）１ 法人番号を有する法人の登録番号は「T＋13 桁の法人番号」となります。法人番号については、「国税庁法人番号公表サイト」で検索できます。
２ 登録通知を e-Tax（電子データ）で受領することを希望された場合、e- Tax（電子データ）で確認ができます。具体的な確認手順は、「インボイス制度特設サイト」の「申請手続」にある「登録通知データ確認マニュアル」をご参照ください。
迷惑メールに分類されている可能性があります。迷惑メールにもない場合は、ご登録先の自治体に、登録しているメールアドレスをご確認ください。
申請書等の入力内容については、「電子申請対象申請書等一覧」より詳細をご確認いただけます。
コンピュータシステムにより処理されている登記記録については，オンライン（インターネット）を利用して登記所に対して交付請求をすることができます。オンラインで請求された登記事項証明書は，指定された登記所で受け取る方法又は御指定の送付先へ送付する方法のいずれかを選択することができます。登記所の管轄区域及び連絡先等についてはこちらを御覧ください。オンラインで登記事項証明書を請求する方法には，次の２つの方法があります。いずれの方法であっても，登記・供託オンライン申請システムに申請者情報を登録（初回のみ）する必要があります。１かんたん証明書請求を利用して請求する方法①登記・供託オンライン申請システムのホームページの「かんたん証明書請求」（http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/flow/kantan/gaiyo.html）アクセスし，登記・供託オンライン申請システムにログインする。②登記・供託オンライン申請システムの専用入力フォームに，登記事項証明書を請求するために必要な情報（請求者の住所・氏名，不動産の所在，地番又は家屋番号等）を入力し，請求書を作成する。③作成した請求書を登記・供託オンライン申請システムに送信する。２申請用総合ソフトを利用して請求する方法①登記・供託オンライン申請システムのホームページ（http://www.touki-kyoutaku-net.moj.go.jp/download.html）から，「申請用総合ソフト」をダウンロード（無料）する。②申請用総合ソフトに用意されている「登記事項／地図・図面証明書送付請求書」の様式を用いて，登記事項証明書を請求するために必要な情報を入力して請求書を作成する。③作成した請求書を登記・供託オンライン申請システムに送信する。いずれの場合も，手数料（オンラインで請求した登記事項証明書を指定した登記所で受け取る場合は，１通当たり４８０円。オンラインで請求した登記事項証明書を請求した登記所から送付して受け取る場合は，１通当たり５００円。なお，登記事項証明書の１通の枚数が５０枚を超える場合には，以後５０枚ごとに１００円加算されます。）は同じです。請求手続の詳細は，法務省ホームページ「オンラインによる登記事項証明書等の交付請求（不動産登記関係）について」（http://www.moj.go.jp/MINJI/minji73.html）を御
「中長期在留者用」と「所属機関用」の操作マニュアルがあります。中長期在留者が、入管法第１９条の１６の規定に基づく届出を行う場合は「中長期在留者用」を参照してください。また、中長期在留者を受け入れている所属機関の担当者が、入管法第１９条の１７の規定に基づく届出を行う場合又は利用者情報登録をしている中長期在留者からの依頼に基づいて、中長期在留者本人に代わって、入管法第１９条の１６の規定に基づく届出を行う場合は「所属機関用」を参照してください。なお、操作マニュアルについては、「電子届出システム」のトップ画面にある「よくある質問（Ｑ＆Ａ）」リンクから本Ｑ＆Ａとともに確認できます。
申請先の国税局に電話で連絡いただければ、修正の依頼をかけることができます。状況が「修正依頼中」となったら、修正ボタンから修正し、再度申請してください。