企業グループやホールディングスとしてロゴマーク使用申請を行うことはできますか？

ホールディングスとして使用するという内容で申請をいただければ、問題ありません。

構成員の地域や県が異なっていても申請できますが、各宿泊施設が存在する地域をまたがる周遊ルートで連携しているなど、構成員同士が一定の関係性を有している必要があります。
ロゴの色を変えたり、形を変えたり（縦横比の変更、影をつける、引き伸ばす等）といったように、デザインを変更することはできません。また、会社ロゴの横に、ロゴやホイールを入れる場合には細かいルールがあります。以下のガイドラインをご確認ください。＜ガイドライン＞

ロゴ使用のためのガイドライン（日本語訳）［外部リンク］（PDF:4940KB）
よくある質問（日本語）［外部リンク］（PDF：331KB）


＜ガイドライン掲載ページ＞

SDGsピンバッジの購入、SDGsロゴおよびアイコンの使用（国際連合広報センター）［外部リンク］

＜ロゴの色に関する注意＞

※特に黒色のロゴや白抜きのアイコンの使用に関しては要注意です。（上記のガイドラインから抜粋）
黒色版のロゴは、白の背景でのみ用い、色付きの背景では決して用いるべきではない。
白のアイコンは所定の色または黒色の背景に収めなければならない。
各アイコンの色を反転させる場合は、背景を白色としなければならない。

＜アイコンの禁止事項＞


拡張したり、押しつぶしたり、歪めたりしない。
要素の位置を変えない。
陰付けをしない。
トリミングしない。
四角形以外の背景に収めない。
アイコン間で色を交換しない。
アイコンの色を変えない。
突き出したり、斜角を付けたりしない。
活字書体を変えない。
一部のSDGsアイコンを混合、対比またはグループ分けすることで、恣意的な類型を作らない。ただし、SDGsアイコンは一列あるいは左寄せでグループとして表示できる。
SDGsアイコンのグラフィックは、当該アイコンから取り出して使わない。
原則として可能です。ただし、代表者を定めて届け出ている場合は例外です（特許法第14条参照）。なお、出願人間のその後のトラブル回避の面から、他出願人等との事前合意をとっておくことが適切です。
企業全体（本社、工場、支店、営業所など事業者が設置しているすべての事業所）のエネルギー使用量（原油換算値）が合計して1500kL／年以上であれば、「エネルギー使用状況届出書」を各経済産業局へ届け出て、「特定事業者」、又は「特定連鎖化事業者」の指定を受けなければなりません。該当する可能性がある場合には、前年度１年間の事業者全体のエネルギー使用量の計測、記録を行ってください。

　交流年のイベントとして認定されれば、交流年の名称及びロゴマークの使用が認められ、今後開設予定の交流年サイトの公式行事カレンダーに登録されます。
対象となります。ただし、原則として拠点を日本国内に有する企業又は団体等に限ることとしています。

事業所編入及び権利義務承継に係る申請についてはＢ企業グループ企業年金基金が行うため可能（申請はＣ社の厚生年金適用事業所の承認後でよい）。
規約にその旨を定めておけば可能。