マドリッド協定議定書に基づき国際登録出願をする予定がある場合、海外において商標を使用していることを示す書類を提出するのでしょうか。
海外において商標を使用していることを示す書類は不要です。日本国内で既に使用（使用準備）していることを示す証拠書類を提出してください。 関連Q&A 
A-20 商標の使用（使用の準備を相当程度進めていること）には海外における使用も含まれますか。
可能です。対比説明においても国際予備審査報告書ではこのような見解が得られているというような記載に代えることも可能です。
質問の場合には、国内において行う広告の製作（企画、立案等）と国外で行う広告の掲載を請負っていると認められることから、消費税法施行令第6条第2項第6号の規定により広告会社の役務の提供を行う事務所等の所在地により内外判定を行うこととなります。なお、契約の内容が単に国外の広告媒体に広告を掲載することとなっている場合には、役務の提供場所が国外であることから国外取引となります。
【関係法令通達】 消費税法施行令第6条第2項第6号、消費税法基本通達5-7-15
国際出願が日本国を指定国としている場合において、優先権主張の基礎となっている国内出願は特許法第42条第1項及び特許法施行規則第28条の4第2項の規定により優先日から1年4月を経過した時にみなし取下げとなります。このようなみなし取下げとなる見込みの案件については、申請があってもスーパー早期審査の対象外となります。
このため、事前に国際出願の指定国の取下げを行う必要がありますが、方式審査等に要する期間が必要となりますので、スーパー早期審査の申請前に予め余裕をもって指定国の取下げの手続を行ってください。
出願時から「類似商品・役務審査基準」、「商標法施行規則」又は「商品・サービス国際分類表（ニース分類）」に掲載の商品・役務のみを指定している商標登録出願について、通常の審査よりも早く（出願から約6か月で審査を行うことを予定）審査を行うものです。
輸入して使用する場合であっても、国内で第二種使用等をする場合には、カルタヘナ法の規定に従って拡散防止措置を執る必要があります。

例えば、試薬の販売の場合、産業二種省令第四条及び第五条で定める「保管」及び「運搬」に当たって執るべき拡散防止措置を執る他、譲渡（運送業者等への委託による運搬は含まず）の際には法第二十六条に基づき情報提供を行う必要があります。この他、生産工程中における使用等に該当すると判断される場合で、GILSPリスト非掲載遺伝子組換え生物の場合には、拡散防止措置の大臣確認申請も必要となります。

なお、カルタヘナ議定書締約国からの輸入の場合、同議定書の規定（第18条第2項（ｂ）参照）に基づき、施行規則様式第12（第37条第1号関係）同様の内容を表示する文書が添付されることになっているので確認してください。カルタヘナ議定書非締約国（米国等）から輸入する場合、当該文書がない場合があるので、注意してください。（30302参照）

また、拡散防止措置を執らずに輸入する場合は「第一種使用」に該当し、当該生物の使用等の承認がなされている必要があります。概要については申請マニュアルの該当部分、詳細については当該生物等の所管官庁までお問い合わせください。
遺伝子組換え生物等の輸入にあたっては、カルタヘナ法以外の法令（植物防疫法など）の規制を受ける場合があるため、注意してください。
可能です。全部の団体が一度に登録されることが望ましいですが、外国等の模倣品に対抗するため速やかに産品を保護する必要がある場合もありますので、一部の団体で登録し、後で他の団体を追加することもできます。
経済産業省所管分野の第二種使用等については、経済産業省及びNITEが以下のホームページを通じて情報提供・発信しています。

経済産業省：https://www.meti.go.jp/policy/mono_info_service/mono/bio/cartagena/anzen-shinsa2.html
NITE（カルタヘナ法執行支援）：　https://www.nite.go.jp/nbrc/cartagena/index.html
なお、バイオセーフティに関する情報を一元的に収集、提供する情報基盤として、日本版バイオセーフティクリアリングハウス（J-BCH）のホームページを環境省が設けています。（https://www.biodic.go.jp/bch/）

このサイトでは、カルタヘナ議定書やカルタヘナ法の内容、カルタヘナ法に基づいて日本国内で使用が認められているＬＭＯのリスト等の情報を提供しています。

カルタヘナ法関係省庁の情報についても、原則として当該J-BCHに掲載することをもって情報提供を行うこととしています。ただし、第一種使用等をする遺伝子組換え生物等の生産、流通等を所管する観点から、あるいは第二種使用等を行う者の業を所管する観点等から、個別に情報を提供する必要があると認められる場合は、関係省庁のホームページ又は文書等により個別に連絡等を行うことがあります。

また、国外で使用されているＬＭＯの種類など国際的な情報については、カルタヘナ議定書に基づいて設けられるＢＣＨ（バイオセーフティクリアリングハウス：ＬＭＯに関する情報交換のためにカルタヘナ議定書事務局が運営するサイト）があります。(https://bch.cbd.int/)
提出国が同一で、書類の当事者及び公印名（発行者名）が同じであれば申請書は1枚で結構です。ただし、予備・保管目的の申請は受け付けません。