基盤的経費の措置による研究活動における特定不正行為に関し、研究費の返還に関する取扱いは各機関の判断とされておりますが、どのような趣旨でしょうか。
基盤的経費は、特定の研究活動又は研究者ではなく、研究機関を対象に措置されるものであり、その裁量は研究機関に委ねられております。ですので、各機関が規程に基づき、不正行為を行った研究者へ返還命令を行い、また、各機関の判断に基づき、例えば配分機関への返還など適切な対応を行っていただくことが求められます。
太枠線のチェック項目は全ての機関が実施する必要があります。なお、「研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン」にも記載されているとおり、機関の性格や規模、コストやリソース等を考慮して実効性のある対策として実施してください。

参考：研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン（実施基準）P3
  各節に示す「機関に実施を要請する事項」及び「実施上の留意事項」に掲げる内容は、機関の性格や規模、コストやリソース等を考慮して実効性のある対策として実施されることが必要である。
  また、企業等において、会社法に基づく内部統制システムの整備の一環等として規程等が既に設けられ、対策が実施されている場合や、大学等において、コンプライアンス関連の規程等により、これらを包括する体制等が整備されている場合は、本ガイドラインにおける対策をそれらに明確に位置付けた上でこれを準用することを可能とする。
一部基金種目については、500万円以下の研究費を既に基金で措置し、複数年度にわたる研究費の使用を部分的に可能とし、使い勝手の向上を図っています。また、一部基金種目は、補助金と基金により研究費が措置されるため、使用にあたって、補助金と基金の両方のルールが適用されることから、補助金又は基金のみの研究費と比較すると、管理が多少煩雑になっています。     このような状況を踏まえ、一部基金種目の管理を更に煩雑化させることのないよう、補助金のみを交付する研究課題を対象としています。     
競争的研究費等は、機関がその責任において適正に管理することを前提に配分されるものであり、不正の疑義が生じた場合の対応についても、その管理の一環であると考えます。 
科研費（基金分）の大きなメリットの一つは、補助事業期間中であれば、研究費の使用にあたって年度の制約はなくなるので、年度をまたぐ物品の発注・納品であっても行うことができることです。このことは、研究者が補助事業期間内に継続して安定的に研究を進める上でも、不正使用を防止する上でも大きな効果が期待できるところですので、研究機関においてはこのメリットを十分に活かせるよう、科研費（基金分）については、年度による制約のない対応をお願いします。 
不正防止計画は不正を発生させる要因を把握し、具体的不正防止計画を策定・実施することにより関係者の自主的取組により不正の発生を防止することが趣旨です。
　現状の経費執行体制を整理把握し、その中で不正を発生させる要因や問題点があるかどうかを検証確認し、内容により取組む優先順位をつけるなどガイドラインにおける実施上の留意事項を踏まえ機関の実情等に応じて対応して頂きたいと考えております。
不正の事実が一部でも確認、認定された場合に、配分機関が必要に応じ、採択又は交付決定の保留、交付停止、機関に対する執行停止の指示等、必要な措置を講じることができるようにするためです。なお、機関に対して、一部の認定をもって懲戒処分を実施することを求めているわけではありません。 
入園料については、基本的には、保育料とともに教育に要する費用を賄うために徴収しているものと考えられるものであり、新制度では、教育・保育に要する費用の対価として利用者に負担を求める費用は、原則として、所得段階に応じて市町村が定める利用者負担額を毎月徴収することにより賄うことが基本となります。また、公定価格中の利用者負担は月額 25700 円を限度とした所得階層別の国基準を定めることとしています。このため、現在の保護者負担（保育料＋入園料＋施設整備資金＋その他の納付金）がそれを上回っている場合など、各園の教育・保育に要する費用が公定価格では不足するときには、当該差額分の費用を「特定負担額（上乗せ徴収）」として各施設の判断で引き続き保護者から徴収することが可能です。なお、実費として徴収するものと利用者負担（基本負担額）及び特定負担額（上乗せ徴収）とは重複のないように設定する必要があります。新制度移行後も入園料として入園内定者から費用を徴収する場合、その費用の性格については、①教育・保育の対価としての性質②入園やその準備、選考などに係る事務手続等に要する費用の対価としての性質の大きく２つに分けられると考えます。（なお、入園の権利を保証するため、これらとは別に費用を徴収することは、一定の利用者負担により標準的な内容の教育・保育の利用を保証しようとする新制度の趣旨を鑑みると適切でないと考えられます。）このうち①については、特定負担額として一定の要件の下で徴収することが可能であり、特定負担額の徴収を行う場合には、その額や理由について、保護者に事前に説明し、書面の同意を得ることが必要となります。特定負担額の徴収の実施時期については、あらかじめ説明し同意を得ておくことにより、入園初年度にのみ徴収することも、利用者負担額と合わせて毎月徴収することも、その他のあらかじめ決められた時期に徴収することも可能であると考えられます。徴収時期や返還条件などについては、事前に保護者に説明・同意を得ることが、契約のトラブルを防ぐ観点からも重要と考えられます。上記の②に該当する、入園受入れの準備や選考など入園にかかわる事務手続きに要する費用については、教育・保育の直接の対価ではなく、上乗せ徴収や実費徴収などのルールの対象外ですが、これらに要する費用を徴収する場合にも、同様に、徴収時期や返還条件などについて保護者とトラブルのないよう、事前に入園申し込み
科研費は研究者から応募された研究計画調書に基づき審査を行い採否を決定しています。応募研究課題が複数年 度の研究期間で行われる場合には、その研究期間内に研究目的を達成することを前提として採択しているため、研究期間の途中 で、他の科研費を応募するために継続研究課題を辞退することは原則として認めていませんが、次のような例外があります。なお、具体的な応募方法等については、最新の公募要領で確認してください。○ 継続中の研究課題で、当初の研究期間が４年以上の特別推進研究、基盤研究（基盤研究（Ｂ・Ｃ）応募区分「特設分野研究」を除く。）又は若手研究の研究課題のうち研究期間が３年以上のものである場合には、研究計画最終年度前年度に新たな研究課題の応募ができます。ただし、若手研究の研究課題を基に新たに応募することができる研究種目は、３年の研究課題か、４年の研究課題かにより異なり、下記の表のとおりとなります。なお、応募した研究課題が採択されなかった場合には、継続研究課題の最終年度の研究計画を行うことができます。 【表 最終年度前年度応募の取扱い】研究計画最終年度前年度の応募が可能な継続研究課題  左記の継続研究課題を基に新たに応募することができる研究種目  特別推進研究、基盤研究（基盤研究（Ｂ・Ｃ）応募区分「特設分野研究」を除く。）の研究課題のうち、研究期間が４年以上の研究課題  特別推進研究、基盤研究（Ｓ）、基盤研究（Ａ・Ｂ・Ｃ）（応募区分「一般」）若手研究、若手研究（Ａ・Ｂ）の研究課題のうち、研究期間が４年の研究課題  基盤研究（Ｓ）、基盤研究（Ａ・Ｂ・Ｃ）（応募区分「一般」）若手研究、若手研究（Ａ・Ｂ）の研究課題のうち、研究期間が３年の研究課題  基盤研究（Ｓ）、基盤研究（Ａ・Ｂ）（応募区分「一般」）  