私が住んでいる市では中学生以下である子の医療費について助成を受けることができ、市内の医療機関で診療や医薬品の処方を受けたとしても、窓口でこれらに対する費用の支払が全額免除されています。一方、医療保険者から送付された「医療費通知」には、この助成により実際には負担していない医療費の額が自己負担額の欄（「被保険者等が支払った医療費の額」欄）に記載されていました。
この場合であっても、「医療費通知」に記載のある自己負担額に基づいて医療費控除を受けることができるのでしょうか。 
ご質問のように、一定の住民の方を対象として、医療機関での診療などに係る医療費の負担について市区町村において独自の制度に基づいて助成（自己負担額の減免）が行われている場合があります。
また、「医療費通知」に記載される「被保険者等が支払った医療費の額」は、医療保険者が作成時点で把握している情報に基づいて記載されているため、公費負担医療制度や市区町村による医療費助成、減額査定、未収金などが「医療費通知」に反映されない（つまり、「被保険者等が支払った医療費の額」から助成分が差し引かれずに記載されている）場合があります。
ところで、医療費控除は、その年中に実際に支払った医療費を対象に控除額を計算することとなりますので、ご質問のように窓口で自己負担額の減免があるにもかかわらず、その金額が「医療費通知」に反映されていない場合は、この減免分を除く実際に負担した医療費の額に基づいて医療費控除の額を計算することになります。
したがって、具体的には、「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」のうち「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄へ実際に支払った医療費の合計額を記載し、「医療費通知」に減免分がある旨を付記（記載例は問 ９参照）した上で、「医療費控除の明細書」と「医療費通知」を確定申告書に添付してください。
なお、上記のような窓口での医療費の減免のほか、事後的に給付を受ける医療費を補填する保険金など（注）がある場合においても、支払った医療費の額からその医療費を補填する保険金などの額を差し引いて医療費控除の額を計算します。
（注）この保険金などは、①生命保険契約に基づいて支払われる医療保険金、②社会保険に関する法律やその他の法令の規定に基づき、医療費の支払を給付原因として支給される給付金（例えば、出産育児一時金、高額療養費）、③法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金などをいいます。詳しくはパンフレット『医療費控除を受けられる方へ』を参照してください。 
別記様式の医療機関・施設等向け記入欄に、年月日、当該医療機関・施設等の名称及び担当者名の当該医療機関・施設等による記入又は押印があることをもって、居所に居住していることを証する書類とすることができます。
利用者負担、公定価格ともに、１号認定子どもに係る額と同額となります。
年調ソフトでは、当年４月分から８月分までの全ての月に対して納付されていない方や、免除期間等の過去分の保険料を納付しているだけの方など、年末までの納付の見込み額が計算されないような方に交付される社会保険料控除証明書データは、インポートした際に「支払った保険料の金額」が０円となりますので、当該保険料控除証明書データについては、インポートせずに社会保険料などを入力して保険料控除申告書を作成するか、インポート後に金額を変更してください。
はい。補助金採択後（交付決定後）になります。
申し込み可能です。その際は、相談対象者の情報のほか、代理人情報を入力してください。
医療費控除の対象とはなりません。
【関係法令通達】 所得税法施行令第207条、所得税基本通達73-4
 障害発生時の対応については、「電子処方箋管理サービスの運用について（令和５年１月26日改正）」にも記載していますので、併せてご確認ください。https://www.mhlw.go.jp/content/11120000/001044291.pdf
本ケースにおいて、短時間で復旧しない場合は、薬局で以下のどちらかの対応を行ってください。・患者に対し、発行元の医療機関から紙の処方箋を取得するよう依頼する。（電子処方箋管理サービスにデータが登録できない状態のため、引換番号はない）・発行元の医療機関に対し、処方内容を照会し、FAX 等で受領した内容を基に調剤を行う。（別途、紙の処方箋を郵送等の手段で入手。上記同様、引換番号はない） 上記と併せて、薬局から処方箋発行元の医療機関に対し、電子処方箋管理サービスに登録してある電子／紙の処方箋の電子ファイルを取り消すよう依頼してください。
照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 所得税法第38条地方税法第594条、第596条