現在業務ソフトウェアを運用している筐体と同一筐体内、かつ同一データベース内で個人番号を管理することはできますか。
個人番号を同一筐体内、かつ、同一データベース内で管理することはできますが、個人番号関係事務と関係のない事務で利用することのないように、アクセス制御等を行う必要があります。
税法上、本人に対して交付する義務がある源泉徴収票や支払通知書等には、マイナンバー（個人番号）（※給与所得の源泉徴収票及び退職所得の源泉徴収票については、支払者の法人番号を含む。）の記載はしません。

なお、税法上、本人に対して交付する義務がない法定調書についても、支払内容の確認などのために本人に対して写しを交付する場合があるかと思いますが、そのような行為は、番号法上の特定個人情報の提供制限を受けることとなるため、本人及び支払者等のマイナンバー（個人番号）を記載することはできません。
（参考）
個人情報保護法28条に基づく開示請求による場合等においては、交付を受ける本人のマイナンバー（個人番号）に限っては提供できる旨、「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&A」（個人情報保護委員会）のQ5-7、Q5-8及びQ5-8-2に記載されています。
「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&Aはこちら。（個人情報保護委員会ホームページへ移動します）
（更新理由）
当初、従業員に交付する源泉徴収票等には、その従業員のマイナンバー（個人番号）を記載することとなっていましたが、平成27年10月2日に所得税法施行規則等の改正が行われ、企業の従業員など給与の支払を受ける方に交付する源泉徴収票などへのマイナンバー（個人番号）の記載は行わないこととされたため、内容を更新しました。詳しくは、「本人へ交付する源泉徴収票や支払通知書等への個人番号の記載不要について（PDF/207KB）」をご覧ください。
国税分野の手続において事業者の方が従業員や顧客のマイナンバー（個人番号）を電子メールなどにより電子的に提供を受ける場合には、従業員や顧客に対して一に限り発行したID及びパスワードの入力により、身元確認を行うことができます。  この場合のID及びパスワードは、事業者の方が従業員や顧客に発行する際、番号法や税法などで定めるものと同程度の本人確認書類による本人確認を行っている必要があります。（関係告示はこちら） なお、この場合であっても番号確認は必要になりますのでご留意ください。
可能。（ただし、企業型 DC を行っている場合は、個人型 DC と同時加入可能な旨を企業型規約に定めている必要がある。）
国際的租税回避の防止を目的として、銀行等の口座情報を税務当局間で自動的に交換するための国際的な統一基準（以下「共通報告基準」）がOECDにおいて策定されているところであり、交換の対象となる情報にはマイナンバー（個人番号）も含まれています。

そのため、日本と共通報告基準に基づく自動的情報交換が可能な租税条約等がある国・地域(注)に所在する金融機関から、所在地国・地域の法令に基づいて、税務当局へ報告を行うためにマイナンバー（個人番号）の提供を求められることがあります。この場合、当該外国金融機関にマイナンバー（個人番号）を提供することは問題ありません。

 (注) 令和4年9月1日現在、共通報告基準に基づく自動的情報交換の実施に参加する又は今後参加を予定している164カ国・地域（日本を除く。）のうち、日本と共通報告基準に基づく自動的情報交換が可能な租税条約等がある国・地域は※2のとおりです。 

※1 非居住者に係る金融口座情報の自動的交換のための報告制度の導入について（平成28年7月）（PDF/233KB）

 ※2 自動的情報交換の実施時期に関する国際的な状況（令和4年9月1日現在）（PDF/269KB） 

    ※3 AEOI：STATUS OF COMMITMENTS（OECDホームページ内の自動的情報交換の実施時期に関する国際的な状況の一覧へ移動します。）
当該保守サービスを提供する事業者（以下本項において「保守サービス事業者」という。）がサービス内容の全部又は一部として情報システム内の個人データを取り扱うこととなっている場合には、個人データを提供したことになり、本人の同意を得るか、又は、「個人データの取扱いの全部又は一部を委託することに伴って・・・提供」（法第 27条第５項第１号）しているものとして、法第 25 条に基づき当該保守サービス事業者を監督する必要があります。
（例）

○ 個人データを用いて情報システムの不具合を再現させ検証する場合
○個人データをキーワードとして情報を抽出する場合

一方、単純なハードウェア・ソフトウェア保守サービスのみを行う場合で、契約条項によって当該保守サービス事業者が個人データを取り扱わない旨が定められており、適切にアクセス制御を行っている場合等には、個人データの提供に該当しません。

（例）
○システム修正パッチやマルウェア対策のためのデータを配布し、適用する場合
○保守サービスの作業中に個人データが閲覧可能となる場合であっても、個人データの取得（閲覧するにとどまらず、これを記録・印刷等すること等をいう。）を防止するための措置が講じられている場合
○保守サービスの受付時等に個人データが保存されていることを知らされていない場合であって、保守サービス中に個人データが保存されていることが分かった場合であっても、個人データの取得を防止するための措置が講じられている場合
○不具合の生じた機器等を交換若しくは廃棄又は機器等を再利用するために初期化する場合等であって、機器等に保存されている個人データを取り扱わないことが契約等で明確化されており、取扱いを防止するためのアクセス制御等の措置が講じられている場合
○不具合の生じたソフトウェアの解析をするためにメモリダンプの解析をする場合であって、メモリダンプ内の個人データを再現しないこと等が契約等で明確化されており、再現等を防止するための措置が講じられている場合
○個人データのバックアップの取得又は復元を行う場合であって、バックアップデータ内の当該個人データを取り扱わないことが契約等で明確化されており、取扱いを防止するためのアクセス制御等の措置が講じられている場合
社会保障・税番号制度が導入されたことによる、e-Taxに関連する手続の主な変更点は、以下の2点となります。

個人の方がe-Taxで申告手続等を行う際に必要な公的個人認証サービスに基づく電子証明書は「住民基本台帳カード」に組み込まれていましたが、社会保障・税番号制度導入に伴い、「マイナンバーカード」に組み込まれておりますので、e-Taxを利用して申告手続等を行う際には、原則として、「住民基本台帳カード」に代えて、「マイナンバーカード」を使用することとなります。
なお、「マイナンバーカード」の交付開始以前に発行された「住民基本台帳カード」に組み込まれた電子証明書は、有効期間内であれば継続して使用することができます。
社会保障・税番号制度導入に伴い、税務署等に提出される申告書や法定調書等の税務関係書類に、原則として、個人番号又は法人番号を記載することが義務付けられましたので、書面の場合と同様にe-Taxで送信する申告書や法定調書等の入力事項に個人番号又は法人番号が追加されました。
扶養控除等申告書に記載された個人番号を取得するに当たり、源泉徴収票作成事務がその利用目的として含まれていると解されますので、個人番号を源泉徴収票作成事務に利用することは利用目的の範囲内の利用として認められます。（平成27年4月追加）
もちろん、できます。ただし、労働者個人を相手方にすることはできません。