研究に必要な備品等について、本制度の経費と研究機関が自己負担する費用を合わせて購入することはできますか。
制度上は可能ですが、管理対象物品となる備品等を購入する際に、研究機関が自己負担する費用と合わせて購入することは想定していません。これは、研究終了後、防衛装備庁に当該物品等を返納する際に、所有権を明確にできない恐れがあるためです。自己充当分があったとしても、当該物品等の所有権が防衛装備庁に帰属することを許容していただけるのであれば、ご質問のような購入をしていただいても構いません。
機関の体制整備等の状況に不備がある場合の間接経費の削減措置は、「全ての競争的研究費制度」の間接経費に対して講じられることになります。一方、報告遅延の場合の間接経費の削減措置は、「不正の調査対象とされている競争的研究費制度」の間接経費に対して講じられることになります。 
例えば、平成27年度予算案では、日本学術振興会・科学技術振興機構・日本医療研究開発機構において、研究倫理教育に関する標準的及び分野別のプログラムや教材の開発及びe－learning教材の開発・普及に係る予算を計上しております。また、各配分機関が連携しながら、研究倫理教育責任者の知識向上のための研修会やシンポジウムを実施することなどを想定しております
本制度の対象となる気象観測は、原則として公共的な気象観測としています。公共的な気象観測とは、行政機関が行う気象観測に加えて、行政機関以外の者が行う気象観測についても「その成果を発表するための気象の観測（広く一般に観測データを発表するもの）」、「その成果を災害の防止に利用するもの」については、その公共性が認められるため制度の対象としています。
ただし、公共性の認められる気象観測であっても、研究・教育を目的としている気象観測、特殊な環境下での気象観測、臨時に行う気象観測などについては、対象外です。
詳しい手続について示した「科研費ハンドブック（研究機関用）」のほか、研究者向けに概要を示した「科研費ハンドブック（研究者用）」があります。これらのハンドブックは、文部科学省及び日本学術振興会の科研費ホームページからダウンロードすることができます。文部科学省科研費ＨＰアドレスhttps: //www.mext.go.jp/a_menu/shinkou/hojyo/main5_a5.htm 日本学術振興会科研費ＨＰアドレスhttps://www.jsps.go.jp/j -grantsinaid/index.html   
各研究機関において研究支援者等の採用にあたり雇用条件を決定する際に、研究機関の関係規定に基づいて適切に判断していただければよく、科研費の制度として一律にルールを定めているものではありません。このほか、赴任のための旅費の支給、賞与や残業代の支給 、産休の取扱いなどについても同様です。いずれにせよ、雇用に関する諸条件については、研究機関の規定や雇用契約の書面において明確にしておくことが必要です。 
照会に係る試験研究に専ら従事する技術者の人件費の額については、試験研究費の額に含めて差し支えありません。なお、現地における試験研究に技術者が専ら従事していることについては、調査報告書や勤務報告書等により確認できるように整理しておく必要があります。
【関係法令通達】 租税特別措置法第42条の4第19項第1号租税特別措置法施行令第27条の4第5項第1号
基盤的経費は、特定の研究活動又は研究者ではなく、研究機関を対象に措置されるものであり、その裁量は研究機関に委ねられております。ですので、各機関が規程に基づき、不正行為を行った研究者へ返還命令を行い、また、各機関の判断に基づき、例えば配分機関への返還など適切な対応を行っていただくことが求められます。
他府省等が配分する競争的資金等による研究活動の不正行為への対応については、別途他府省から示されるガイドライン等に基づき対応していただくことになります。
　なお、研究活動における不正行為の問題は、文部科学省の所掌の範囲に閉じるものではなく、政府を挙げて取り組むべき課題であることから、各府省とも連携・協調を図っていくことが不可欠であり、今後、文部科学省のガイドラインが示す対応策について、関係府省においても可能な限り統一的な運用がなされるよう、関係府省に働きかけを行う予定です。
　また、企業からの受託研究等については、企業における自己資金を原資とした研究ではありますが、公正な研究活動を推進するためにも、不正行為が発生した場合は、研究機関において適切に対応していただくことになります。