緊張感を持って仕事に臨めるように、不良品1個に付き材料費相当額の１００円を給料から天引きすると内規に定めていますが問題ありませんか？また、その定めに従い実際に徴収した場合はどうでしょうか？
ご照会のような内規の定めは、違約金の定め、損害賠償の予定の禁止に反して無効になります（労基法１６）。また、給与から天引きすることは、賃金の全額払いの原則に反することになります（労基法２４①）ので、実際に徴収することも認められません。
使用者が労働者の故意または過失により自ら被った損害を回収したいのであれば、実際に被った損害額について労働者に請求できるだけであり、その場合であっても全額請求できるとは限らず、信義則による制限を受けることがあるとされています。
ご質問の文書は、継続して行う請負契約に適用される加工料等の単価を定めるものですので、第2号文書（請負に関する契約書）と第7号文書（継続的取引の基本となる契約書）に該当しますが、当該文書には契約金額の記載がありませんので、通則3のイのただし書の規定により第7号文書に所属が決定されます。
【関係法令通達】 印紙税法別表第一課税物件表の適用に関する通則3のイ、5、印紙税法基本通達第12条、第18条、別表第二
貴事業所の経理、税務部⾨の担当者に確認してください。
上限額以内であれば，各年度の事業計画に基づき経費を設定してください。（例  １年目：100万円，２年目：300万円，３年目：200万円）
調査によって異なりますが、例をあげると、

【経営統計】 
   ○ 農産物生産費調査の場合 ： 1農家当たり（128時間）約16万円
   ○ 畜産物生産費調査の場合 ： 1農家当たり（約186時間）約24万円
 ※上記は、令和4年度の手当額で計算したものです。
 注：受け持つ調査や農家等の数に応じて手当額は増減します。

【生産統計】
   ○ 水稲の刈取調査の場合 ：1枚の水田（約60株の刈取り、脱穀等）で約5千3百円
   ○ 野菜等の作付面積の把握調査の場合 ：1区画（農作物の確認等の約2時間）で約2千4百円
 ※上記は、令和4年度の手当額で計算したものです。
 注：受け持つ業務や数により手当額は増減します。

ご質問のとおり取り扱って差し⽀えありません。なお、消費税法上、売上値引きとして処理する場合には、対価の返還等の元となった適⽤税率（判然としない場合には合理的に区分）による必要があるほか、帳簿に対価の返還等に係る事項（※）を記載し、保存することが必要となりますので、ご留意ください。
※   ご質問のように、帳簿上、⽀払⼿数料として処理していたとしても、当該⽀払⼿数料を対価の返還等として取り扱うことが要件設定やコード表、消費税申告の際に作成する帳票等により明らかであれば問題ありません。
「買いたたき」(消費税転嫁対策特別措置法第３条第１号後段)に該当するか否かの判断における，「通常支払われる対価」とは，請負単価そのものではなく，消費税率引上げ前の請負単価に一定期間（本件では１か月）の実績件数を乗じて算出した金額の合計額に消費税率引上げ分を上乗せした額になります。したがって，例えば，①請負単価が一つのみであり，四捨五入の結果，切捨てになる場合，②請負単価が数円程度であり，四捨五入の結果，Q23のように消費税率引上げの前後を通じて変化がない場合には，上記一定期間（１か月）の実績件数を乗じて算出した金額の合計額に消費税率引上げ分を上乗せした額よりも低い対価しか支払われないことになるため，「買いたたき」に該当し，違反となります。ただし，複数の請負単価がある場合であって，１円未満の端数を四捨五入した税率引上げ後の新たな請負単価（税込み）を適用することにより，切り捨てられることとなる額と切り上げられることとなる額が均衡するよう合理的に処理されている場合には，「買いたたき」として問題になりません。
事業者の取扱いの過程で研磨又は切削されることが想定される固体状の製品は、研磨等の過程で対象物質が「粉状又は粒状」となり、環境中へ有意な量の排出が想定されるので、当該製品中に第一種指定化学物質が1 質量%以上含有されている場合は、法施行令第5条(→ p.Ⅲ-473)の要件を満たす製品に該当します。(なお、切断やくり抜きのように、環境への排出量がごく微量しか想定されない場合は、施行令第5条の要件を満たす製品には該当しません。)
対象物質の取扱量には、製品に含まれる量がすべて算入されますので研磨・切削される金属・プラスチック等の母材全体を取扱量に含めてください。
算式に従い単価を計算した結果については、加算項目ごとに10円未満端数切り捨てとなります。