当社は、社員が出張した場合、旅費規程や日当規程に基づき出張旅費や日当を支払っています。この際、実際にかかった費用に基づき精算を行うため、社員からは、支払の際に受け取った適格請求書等を徴求することとしています。この実費に係る金額について、帳簿のみの保存（従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等）により仕入税額控除を行ってもよいでしょうか。
社員に支給する出張旅費、宿泊費、日当等のうち、その旅行に通常必要であると認 められる部分の金額については、課税仕入れに係る支払対価の額に該当するものとし て取り扱われ、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます。
この社員に対する支給には、概算払いによるもののほか、実費精算されるものも含まれますので、実費精算に係るものであっても、その旅行に通常必要であると認められる部分の金額については、帳簿のみの保存で仕入税額控除を行うことができます。
（注） 帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる「その旅行に通常必要であると 認められる部分」については、所得税基本通達９－３に基づき判定しますので、所得税が非課税となる範囲内で、帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる ことになります。詳しくは、「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書 等保存方式に関する Ｑ＆Ａの 問 107」をご参照ください。
（参考）実費精算が貴社により用務先へ直接対価を支払っているものと同視し得る場合には、通常必要と認められる範囲か否かにかかわらず、他の課税仕入れと同様、一定の事項を記載した帳簿及び社員の方から徴求した適格請求書等の保存により仕入税額控除を行うこととなります。
その際、３万円未満の公共交通機関による旅客の運送など、一定の課税仕入れに当たるのであれば、当該帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます。詳しくは、「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問104」をご参照ください。
下請事業者と支払手段や下請代金の額を協議するに当たって、例えば下請事業者に見積依頼を行う際に、手形等により支払う場合の額に加えて、現金により支払う場合の額や手形等の現金化にかかる割引料等のコストの額についても合わせて報告するよう求めて、その報告に基づいて親事業者から下請事業者に対し現金により支払う場合の額等を示すことが考えられます。
社会保険診療に係る医療費について、「医療費通知」上の自己負担額（支払った医療費の額）は、診療報酬点数に単価（10 円）を乗じて算出される医療費の総額に被保険者の自己負担割合を乗じて算出されるため、10 円未満の金額まで記載されます。一方、ご質問のとおり、通常、医療機関等の窓口で支払う医療費の額は、 10 円未満の金額につき端数処理（四捨五入）が行われています。
そのため、「医療費通知」上の自己負担額と窓口で実際に支払った医療費の額が相違する場合がありますが、「医療費通知」に記載された「被保険者等が支払った医療費の額」に基づいて医療費控除の額を計算して差し支えありません。
なお、医療機関等の窓口で実際に支払った金額により医療費控除の額を計算しても差し支えありません。この場合は、①実際に支払った金額の合計額を「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」の「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄に記載するか、②実際に支払った金額を「医療費通知」の余白などに付記することになります。 
それぞれの営業所等への通勤日数に応ずる合理的な運賃等の額の合計額を1か月当たりの合理的な運賃等の額として計算し、これを一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分の通勤手当として非課税限度額の計算をすることとなります。したがって、各営業所等への通勤費の実費の合計額が150,000円以下であれば、非課税として取り扱われることとなります。
【関係法令通達】 所得税法第9条第1項第5号、所得税法施行令第20条の2
マイナンバー（個人番号）は、番号法で規定する場合以外は提供をしてはならないとされています。国税分野において、特定個人情報の提供を行うことができる場合としては、

 個人番号関係事務実施者からの提供（例：民間事業者が自身のマイナンバー（個人番号）及び従業員等のマイナンバー（個人番号）を記載した源泉徴収票を税務署へ提出）【番号法第19条第2号】


 本人（代理人）から個人番号関係事務実施者への提供（例：従業員等が本人のマイナンバー（個人番号）を記載した扶養控除等申告書を勤務先へ提出）【番号法第19条第3号】


 本人（代理人）から個人番号利用事務実施者である国税庁長官（税務署等）への提供（例：本人又は代理人が、本人のマイナンバー（個人番号）を記載した申告書等を税務署等へ提出）【番号法第19条第3号】


 本人から委託者への提供（例：申告書等作成のため、本人から税理士へマイナンバー（個人番号）を提供）【番号法第19条第5号】


 地方税法等に基づく、国税庁長官から市区町村長等への国税又は地方税情報の提供（例：国税庁長官から、マイナンバー（個人番号）を含む所得税申告書の情報を地方税当局へ提供）【番号法第19条第9号】


 租税に関する法律の規定による質問、検査等が行われる際の提供（例：税務調査の際、調査対象者がマイナンバー（個人番号）を含む情報を税務署へ提供）【番号法第19条第14号】

などがあります。
補助事業である研究 課題の遂行に必要な物品の購入、出張のための経費、実験補助等に必要な人件費など、幅広く使用することができます。また、研究成果の取りまとめ、研究成果の発表、研究成果の広報活動など、成果を普及、発信するための費用としても使用することができます。 
団体扱い保険の保険料についてマイナポータル連携で利用できる控除証明書等データが発行できるかについては、ご契約の保険会社等によりますので、ご確認願います。また、勤務先が、保険会社から受領した団体扱い保険支払情報のデータを、年調ソフトの管理者機能を利用して、各従業員が「年調ソフト」で取り込める控除証明書等データへ変換し配付する場合もあります〔問２－17参照〕。その場合は、当該控除証明書等データを「年調ソフト」に取り込むことができるようになります。（参考１）団体扱い保険については、書面の保険料控除証明書は発行されないのが通常ですので、これまでは支払保険料の額を保険料控除申告書に記載（入力）し、勤務先の確認を受ける方法で保険料控除を適用することができました。（参考２）勤務先によっては、既に団体扱い保険料の支払金額について保険会社から電子データで連絡を受けており、年末調整の際にあらかじめ保険料控除申告書等に反映させている場合もあります。
中間指針では、政府による避難等の指示があったことにより、その事業に支障が生じたため、現実に減収があった場合には、その減収分が損害として認められるとされています。従業員に対し既に支払った給与も、「本件事故により負担を免れた費用」ではないので、減収分を算定する際に算入されることとなります。
新制度においては休日保育を給付化することになりますので、休日保育加算の対象となる「原則、休日等に常態的に保育を必要とする保育認定子ども」が休日保育を利用する場合、当該休日保育の利用に対し、所得に応じた利用者負担とは別に、利用料を徴収をすることはできません。
なお、保護者のいずれもが急な出張等により保育が必要な状態になるなど、単発で休日保育を利用する場合についても、休日保育加算の対象とすることもできます。この場合は、休日保育加算により費用が賄われることになるため、保護者から利用料を徴収することはできません。
また、就労により認定を受けた保護者が、冠婚葬祭など保育認定を受けた事由とは異なる事由により、休日に保育を利用する場合には、一時預かり事業により利用することが考えられます。この場合は、保護者から一時預かり事業としての利用料を徴収することになります。
なお、休日の職員体制を充実させて休日保育を実施しているなど、公定価格による水準を超えて費用がかかる場合は、保護者の同意や私立保育所の場合は市町村への協議など、必要な手続きを経た上で、特定負担額や実費徴収により、水準を超える費用を徴収することも考えられます。