私の大学では、間接経費を獲得しても、当該研究者 自身には配分されない仕組みになっていますが、おかしいのではないでしょうか。
研究代表者及び研究分担者は、科研費交付後に間接経費を研究機関に譲渡することとされています。これは、間接経費の趣旨が、研究機関の研究環境の整備等 に役立てようとするものであるからです。間接経費の取扱いについては、研究機関によって様々なケースがあり、研究者自身に一定額を配分するか否かは、各研究機関の考え方によって決められています。  
公募要領に記載あるとおり、この事業の実施に伴い必要な経費として、直接経費（機械設備費、労務費、事業費）の３０％を上限に計上できる経費ととなっております。なお、間接経費を計上する場合は、補助事業者ごとにその使用実績をとりまとめた上で、毎年度の間接経費の執行実績報告書を翌年度の６月３０日までに、提出する必要があります。「競争的資金の間接経費の執行に係る共通指針」に基づき、補助事業者の長の責任下で、使途の透明性を確保し、適切な執行を行うとともに、その内容について説明できるようにしておく必要があります。
各大学等が自己財源で行っている減免措置の取扱いは、これまで通り各大学等の判断によることとなります。 
科研費（補助金分）については、当該研究者の所属研究機関の事務担当者は、日本学術振興会に育児休業等の期間延長に伴って変更される研究の再開予定日を速やかに連絡してください。    なお、科研費（基金分）については、取扱いが異なりますので、ＦＡＱの【Ｑ５２０３】を参照してください。 
対象経費について、国費による部分に加えて、自己負担による経費を計上することも可能です。その場合も計上できる経費は対象経費のみである点にご注意ください。また、採択時点において、事業総額及びそのうち国費による部分の金額の上限を確定しますので、後から事業総額や国費による部分の金額を増額することはできませんので、ご注意ください。本事業では、当該採択事業実施期間中に収入が生じる場合は、対象経費から当該収入額を差し引くこととしていますが、自己負担による経費を計上した場合、収入額は自己負担による部分から差し引き、それでも収入額が生じた場合には、国費による部分から差し引くこととします。このため、自己負担分として計上いただいた額については、収入額を事業者において活用いただくことが可能となります。なお、減額変更は可能ですので、収入が生じない場合に、自己負担分の費用を支出しないといったことは可能です。
事情によっては認められることもありますが，原則として認めておりません。そういった実態が発生したら文化庁国語課に御相談ください。

　一つの研究施設又はその一部が重複して複数の単独拠点及びネットワーク型拠点となることはできません。詳細につきましては文部科学省学術機関課へお問い合わせください。

空白地域では当然のことと思います。本事業に採択されてから，派遣されるアドバイザーに相談しながら，外国人住民にどのような日本語教育のニーズがあるか調査していただくことを御提案いたします。
ガイドライン上では、研究機関に所属する（どの研究機関にも所属していないが専ら特定の研究機関の施設・設備を使用して研究する場合を含む）研究者に係る告発があった場合は、当該研究機関が調査を行うこととしておりますので、名誉教授や客員教授が専ら当該研究機関において、研究活動を行っていた場合については、当該者に対する特定不正行為の疑惑に関する告発は当該研究機関で調査いただくこととなります。
　また、日本学術振興会特別研究員についても、当該者が専ら研究活動を行う受入れ研究機関が調査を行うこととなります。