間接経費を研究分担者の所属研究機関に配分した場合、当該間接経費については、研究代表者の所属研究機関又は研究分担者の所属研究機関どちらが間接経費使用実績の報告を行うことになるのでしょうか？
間接経費使用実績 の報告は、間接経費を受け入れ執行した研究機関毎に作成することとしています。このため、研究分担者の所属研究機関が間接経費の配分を受け入れ執行した場合は、間接経費使用実績の報告を行うことになります。また、研究代表者の所属研究機関は、研究分担者の所属研究機関に配分した間接経費の額を除いて間接経費使用実績 の報告を行うことになります。  
（１）契約を締結する相手先がどこか（２）共同試験研究か委託試験研究かにより、契約書に記載する必要のある事項は異なります。特別試験研究費税額控除制度ガイドラインの目次「Ⅱ．個別の制度」より、どの類型に該当するかを確認した上で、それぞれのページを参照ください。
可能です。この場合においても、「共用設備」の購入と同様、各補助事業の負担額の割合及びその根拠等の考え方について、その合理性を十分説明できるようにしておくことが必要です。    また、この場合にも、購入にあたって負担額を支出した補助事業の遂行に支障のない範囲で、他の研究者等も利用できることが望ましいと考えられます。
新制度における幼保連携型認定こども園は、教育・保育施設（支援法第７条第４項）として教育・保育を一体的に提供していることから、学校法人会計基準により計算書類を作成する場合、基本的に管理経費に該当する経費等（昭和 46 年 11 月 27 日雑管第 118 号 「教育研究経費と管理経費の区分について（報告）」について（通知）の別紙 1.～7.に該当する経費及び地域型保育事業並びに地域子ども・子育て支援事業等（新制度移行後も私学助成を受けて預かり保育及び子育て支援活動等を実施する場合の当該事業を含む。）に係る経費）を除き、教育研究経費として取り扱うこととします。なお、都道府県知事を所轄庁とする学校法人にあっては、従来どおり、教育研究経費の科目及び管理経費の科目に代えて、経費の科目を設けることができます。
バイアウト経費は、研究時間の確保を目的として代行にかかる費用が発生した場合に、通常支払うことが想定されるものだけが対象になります。そのため、授業「準備」の代行に関してバイアウト経費を支出する場合には、例えば、研究機関内のルールとして、授業の準備時間分を明確に切り分けて講師謝金の単価を設定した上で、授業の「準備」時間分について当該研究プロジェクトに専念できる時間が増えたことを明確にして、当該授業準備時間分に見合った費用を設定するなど、適切な説明を果たせるよう研究機関内でのルール整備を行ってください。   
どちらの研究機関の旅費規程 に基づいて出張旅費を算出するかは、相手方の研究機関と協議の上決めることができます。 
具体的な確認事項については、今後、外部有識者からなる委員会において、履行状況調査に係る指針を定めて対応することとなりますが、「研究倫理教育責任者」が設置されていることや、研究機関に所属する研究者に対して、文部科学省が日本学術会議と学術振興会と連携して作成する標準的な倫理教育プログラムと同等の研究倫理教育がなされていることなどを確認することが想定されます。
ホームページに掲載している研究計画調書の様式は、コンピュータの動作環境等によって、文字化け等の不具合が発生する場合がありますが、個々の動作環境にかかるお問い合わせには応じかねますので、所属研究機関にご相談いただくか電子申請システムの「操作手引」（URL:http s://www -shinsei.jsps.go.jp/kaken/topkakenhi/shinsei_ka.html ）を参照し、適宜修正を施して使用してください。 
応募時点で、所属研究機関における科研費応募資格が確認されていれば、研究代表者として応募が可能です。任期付きで雇用 されている若手研究者等に対し、応募者の意思にかかわらず、雇用期間を超える形での応募を認めないといった運用を行わないようにしてください。 