支払金額が税法の定める一定の金額を超え、報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書などを税務署長に提出する必要があると判断できた段階で支払先からマイナンバー（個人番号）を収集しようと考えていますが、それでよいでしょうか。また、収集したが結果として法定調書の提出が不要になった場合、マイナンバー（個人番号）を廃棄する必要があると思いますが、その廃棄作業を行うまでの期間はどの程度許容されますか。
ご質問のように、法定調書の提出の要否が判断できた段階でマイナンバー（個人番号）を収集することができます。
また、収集した番号が不要となった場合には、毎年度末に廃棄を行う等の通常の事務の廃棄のタイミング等を捉えるなど、マイナンバー（個人番号）及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等勘案し、適切に対応してください。

（参考） 「特定個人情報の適正な取扱いに関する ガイドライン（事業者編）」に関するQ&A Q6-5
原則としては、全ての排出量を算定する必要がありますが、一方で、「Scope3基準」では、総支出額における調達品目ごとの支出割合を用いたデータ収集優先順位の考え方が示されています。「Scope3基準」では、サプライヤーの優先順位付けの考え方として、
①総支出額における支出額が80％以上のもの、
②残り20％の支出の内、個々に1％を超える支出があるもの
を対象とする内容が記されています。また、同様の考え方を用いたケースとして、以下の企業事例が掲載されています。AkzoNobel set out to identify the purchased goods and services that collectivelyaccounted for at least 80% of the total spend、as well as any category in the remaining20% that was individually more than 1% of total spend. （中略）Based on the analysisAkzoNobel focused data collection efforts on the raw materials that represented over95% of total spend（仮訳：アクゾノーベル社は、総支出額の80%分及び残り20%を構成する物品・サービスのうち単体で総支出額の1%を超える支出を対象に特定することを計画した。（中略）分析に基づくと、アクゾノーベル社は総支出の95％以上を示した原料にデータ収集作業を集中した。）出典：Corporate Value Chain (Scope 3) Accounting and Reporting Standard7.1 Guidance for prioritizing data collection efforts
　利用者が離職した場合は、速やかに、利用申出を行った地方出入国在留管理官署に「離職報告書」（別記第１１号様式）(Excel)を提出してください。 　郵送の場合には、封筒の表面に「オンライン関係提出資料」と記載してください。 　手続が完了した場合には、所属機関宛てに通知書を送付するとともに、利用者に認証IDの抹消が完了したことをお知らせするメールを送信します。 　なお、利用者が離職した後、同一機関（法人の場合は法人単位）で既に利用申出の承認を受けている利用者がいなくなった場合、新たに利用申出を行う際は、新規利用申出を行ってください。


「退職手当金等受給者別支払調書」の提出は必要ありません。
【関係法令通達】 相続税法第3条第1項第2号、第6号、第59条第1項、相続税法施行令第1条の3、相続税法基本通達3−29
マイナンバーカードの電子証明書を利用する場合には、 暗証番号が必要であり、一定回数間違えるとロックがかかります。 なお、ICチップから情報を無理にとりだそうとするとチップが壊れる仕組みを採用するなど、高いセキュ リティ対策を講じており、カードの紛失・盗難等により 個人情報が流出するものではありません。また、カードを紛失した場合は、24時間365日対応の 「マイナンバー総合フリーダイヤル（0120-95-0178）」 にご連絡いただくことで、マイナンバーカードの機能を 一時利用停止することができます。
扶養控除等申告書に記載した事項について異動が生じた場合には、異動が生じた後最初に給与の支払を受ける日の前日までに、その異動の内容、従業員の住所・氏名・マイナンバー（個人番号）、給与支払者の所在地・名称等を記載した申告書を給与支払者に提出する必要がありますが、この申告書は、当初提出を受けた申告書を補正する形で提出しても差し支えないこととしています。


したがって、ご質問のように扶養親族に該当しなくなった親族の情報については、二重線等で補正させても問題ありません。


また、当初提出する申告書と異動の際に提出する申告書は別の申告書となります。このため、一枚の申告書を補正する場合であっても、当初の申告書の保存義務がなくなるわけではありません。したがって、当初の申告書の記載事項である扶養親族のマイナンバー（個人番号）は当初の記載事項が確認できる程度に補正を行う必要があります。
所得税法上、扶養控除等申告書の提出者は、必要事項（氏名、住所、マイナンバー（個人番号）等）を記載した申告書を給与支払者に提出することとされていますので、一般的には従業員自身が必要事項を記載し、給与支払者に提出する必要があります。

しかしながら、給与支払者が扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）を印字し、従業員に交付して、従業員本人がその印字されたマイナンバー（個人番号）を確認することにより従業員本人がマイナンバー（個人番号）を記載した状況と同様の状態とすることについて、従業員本人と給与支払者の間で合意しているのであれば、ご質問による方法をとることも、番号法上可能であると解されます。
貴事業所の経理、税務部⾨の担当者に確認してください。
退職後に繰延支給される賞与が給与所得に該当し、源泉徴収票の作成が必要な場合には、繰延支給が行われなくなることが確認できるまで個人番号を保管することができると解されます。（平成27年4月更新）