あらかじめ従業員の氏名や住所等を印字した扶養控除等申告書を交付しておき、従業員がその扶養控除等申告書を用いて扶養控除等の申告をした場合には、本人確認のうち身元確認は完了したものとして考えてよいですか。 （平成28年5月25日更新）


氏名や住所等を印字した書類を従業員に交付するまでの間に、事業者が従業員の本人確認を行っているのであれば、お示しの方法をとった場合、本人確認のうち身元確認については完了しているものと考えます。（本人確認に関するFAQ　Q2-1参照）
申告書のみを管轄の労働基準監督署または労働局に提出して頂き（郵送可）、領収済通知書はお近くの金融機関で納付してください。
詳細はこちら（答）「本人であることの確認」を以前に行った旨の記載又は証拠の添付は必要ありません。

申請前の確認はしていませんが，プレチェックの結果で疎明書類の詳細なご案内をしておりますので，そちらを御覧ください。
なお，プレチェックはこちらから行うことができます。
http://www.immi-moj.go.jp/ttp2/pre-check/index.html
地方税（個人住民税）の決定に反映させるためです。所得税の控除対象となる配偶者、扶養親族については、年間所得額要件（配偶者95万円以下、扶養親族48万円以下）があり、申告書に年間所得見積額を記入いただいています。この場合の年間所得はすべての所得を含んだ合計所得額です。一方、地方税（個人住民税）における控除対象の所得要件は「退職所得を除いた」年間所得額によって判断されます。日本年金機構に提出する「公的年金等の受給者の扶養親族等申告書」は地方税における申告書も兼ねているため、配偶者、扶養親族が、退職手当等を受ける（受ける見込みがある）場合、すべての所得を含んだ年間所得見積額とは別に、「退職所得を除いた年間所得見積額」を申告書に記入し、提出していただくことが必要です。「退職所得を除いた年間所得見積額」を申告すると、源泉徴収税額には影響しませんが、市区町村へ情報提供され、翌年度の地方税（個人住民税）の計算に反映されます。
書面の控除証明書等をスキャンする等によりデータ化したものは勤務先に電子データ（原本）として提供することはできません。控除証明書等データの勤務先への提供とは、法令上、①証明書に記載すべき事項が記録された情報で、②発行者の電子署名及びその電子署名に係る電子証明書が付されたものを電子データにより提供することです。ご質問のケースは、このうち②の要件を満たさないため、勤務先に電子データとして提供することはできません。従来どおり、保険会社等から交付を受けた書面の控除証明書等を提出又は提示する必要があります。
本人確認は、金融機関において行うこととなりますので、金融機関へ提出する際に本人確認書類の提示等が必要です。
一部のスマートフォンにおいて、扶養控除等（異動）申告書の入力画面で下記の操作を行った後、所得の見積額が次の画面（扶養控除等（異動）申告書の入力画面）へ正しく反映されない（元の数字が維持される）場合があることを確認しております。①「計算表」ボタンを押下する。②合計所得金額（見積額）計算表が表示されるので、任意の金額を入力する。③「計算する」ボタンを押下する。④「計算結果を反映する」ボタンを押下する。⑤扶養控除等（異動）申告書の入力画面が再表示された時、所得の見積額に④の計算結果が反映されない場合がある。所得の見積額が更新されない場合でも、申告書情報へは正常に計算結果が格納されていますので、そのまま申告書の入力を継続してください。「入力完了（申告する内容の確認）」ボタンを押した後に表示される、申告する内容の確認画面で入力結果を確認し、正しい所得の見積額が表示されていれば問題ありません。
申請者が、所属する青色申告会による「確認書※」をお持ちの場合は、青色申告会による収受日付印を税務署の収受日付印とみなすことができます。（※当該青色申告会では収受日付印を押した会員の確定申告書の全てを税務署に提出していること等を証明する書類。）