幼保連携型認定こども園における教育研究経費と管理経費の区分（以下、「教管区分」という。）はどのように取り扱うのでしょうか。
新制度における幼保連携型認定こども園は、教育・保育施設（支援法第７条第４項）として教育・保育を一体的に提供していることから、学校法人会計基準により計算書類を作成する場合、基本的に管理経費に該当する経費等（昭和 46 年 11 月 27 日雑管第 118 号 「教育研究経費と管理経費の区分について（報告）」について（通知）の別紙 1.～7.に該当する経費及び地域型保育事業並びに地域子ども・子育て支援事業等（新制度移行後も私学助成を受けて預かり保育及び子育て支援活動等を実施する場合の当該事業を含む。）に係る経費）を除き、教育研究経費として取り扱うこととします。なお、都道府県知事を所轄庁とする学校法人にあっては、従来どおり、教育研究経費の科目及び管理経費の科目に代えて、経費の科目を設けることができます。
科研費（直接経費）については、当該研究課題の研究に直接関係するものであれば支出することができますが、研究代表者や研究分担者は、その経費使用に関する判断や使途に関する説明責任を負うことになります。   例えば、コピー機や薬品などの保管棚、実験台等の研究室に備える設備 などについても、科研費の研究課題の遂行 のために必要であれば、科研費で購入することができます。 
特定教育・保育施設及び特定地域型保育事業の運営に関する基準（平成 26 年内閣府令第 39 号。以下、「運営基準」という。）第 13 条第 3 項に規定する特定教育・保育の質の向上に係る対価として保護者の同意を得て支払いを受ける額（いわゆる特定負担額）に係る会計処理については、大科目は「学生生徒納付金収入」、小科目は「特定保育料収入」とすることを基本とする予定です。（なお、小科目には使途を示す費目を付記することも考えられます。例：特定保育料収入（施設整備費）など）
多子軽減の取り扱いについては、現行の幼稚園、保育所における取扱いと同様の措置を講じることとしています。具体的には、教育標準時間認定の子どもについては、幼稚園年少から小学校３年までの範囲において最年長の子どもから順に２人目以降の子どもが幼稚園、認定こども園を利用している場合、第２子について半額、第３子以降については無料となります。また、保育認定の子どもについては、小学校就学前の範囲において最年長の子どもから順 に２人目以降の子どもが保育所、認定こども園等を利用している場合、第２子について半額、第３子以降については無料となります。
公定価格における配置基準を上回る配置を行うことは可能です。また、公定価格における配置基準を下回る場合、幼稚園・認定こども園（１号認定）については、これまで私学助成において年齢別の幼稚園教諭等の配置基準の設定がなかったため、新制度施行後すぐに公定価格における配置基準を満たすことが困難な場合があることから、そのような場合に公定価格を調整することにより対応することにしています（認定こども園は１号と２･３号で等分して減算する）。この場合でも、幼稚園設置基準や認定こども園の認可・認定基準を満たすことが求められます。
加算Ⅲの加算額については、以下により計算します。なお、認定区分ごとに算定された加算額は、年齢区分に関わらず同額となります。
※計算の結果10円未満の端数が生じた場合は切り捨て
（教育標準時間認定の場合）
（年齢区分ごとの「別に定める額×平均利用子ども数」により算定した額を合算して得た額）
÷  各月初日の教育標準時間認定を受けた利用子ども数
（保育認定の場合）
（年齢区分ごとの「別に定める額×平均利用子ども数」により算定した額を合算して得た額）
÷  各月初日の保育認定を受けた利用子ども数
本経過措置は、旧幼保連携型認定こども園で２人の施設長がいた園が、新制度施行時点において新幼保連携型認定こども園へ移行しても同じ体制で円滑に移行できるよう設けられたものであり、ご指摘のような場合については、この経過措置は適用されません。
学校法人が幼稚園型認定こども園を構成する保育機能施設を設置する場合、制度上、当該認定こども園を構成する幼稚園との一体的な運営が行われているものであることから、「付随事業」と位置付けることが適当です。また、学校法人が地域型保育事業や地域子ども・子育て支援事業を実施する場合も、当該学校法人の行う教育事業と密接な関連性を有すると考えられるため、これらの事業を「付随事業」として位置づけることができます。なお、保育機能施設を設置する場合は、文部科学大臣所轄学校法人が認可保育所を設置する際の取扱いと同様に、適切な法人運営を確保する観点から、小規模施設等を除いては、保育機能施設の設置を寄附行為に記載することが望ましいと考えます。
分園を設置している場合の加算Ⅲの加算算定対象人数の計算方法については、本園・分園ごとに計算する項目と、本園・分園を合わせて１つの施設として計算する項目に分けて計算し、それらを合算してください。
なお、１号認定子どもの利用定員を設定しない場合、１号定員の定員数に応じて加える人数を加えません。
○本園・分園ごとに計算する項目
・保育所
定員数に応じて加える人数
a  年齢別配置基準による職員数
b  保育標準時間認定の児童がいる場合
・認定こども園
定員数に応じて加える人数
a  年齢別配置基準による職員数（２・３号に限る）
b  休けい保育士
c  調理員
d  保育標準時間認定の児童がいる場合〇２・３号の分園のみ計算する項目
・分園の場合
○本園・分園を合わせて１つの施設として計算する項目
・上記以外