電子申請の場合、申請から確認書の発給まで、どの程度の日数がかかるのか。
事前確認申請から確認書の発給まで数日から一週間程度かかります。
手続き、入力が必要な情報の準備状況、申請者のパソコンの操作への熟練度によって入力にかかる時間は異なります。日常的にパソコンを利用されている方が、入力の必要な情報の全て揃っている状態で新規登録の手続きを実施する場合、入力にかかる時間の目安は 20 分程度です。なお、登録される事務所件数が多い場合には、その分時間がかかる場合があります。
製造者のホームページにそれらの情報が掲載されている場合は、それら情報の写しを提出して下さい。製造者のホームページでも不明な場合は、製造者に電話等で問合せ、問合せた先の情報等（担当者、連絡先、確認内容）を記した申請者の誓約書など、客観的に検証可能な書類を提出してください。
「商業登記に基づく電子認証制度」による電子証明書を取得するためには、申請者（登記所に印鑑を提出した会社代表者又はその代理人）が、本店の管轄登記所に、取得のための手続をする必要があります。
具体的な手続は次のとおりです。
(1) あらかじめ利用者用のソフトウェア（※）を用意し、このソフトウェアを用いて電子証明書の発行申請に必要な情報（鍵の情報や会社代表者に関する情報）を記録した証明書発行申請ファイルを作成します。
(2) 管轄登記所に(1)「電子証明書発行申請書」（登記所に提出した会社代表者の印鑑を押印するとともに、発行手数料分の収入印紙（登記印紙も使用可）を貼付します。）及び(2)上記（1）の証明書発行申請ファイル（ＣＤ、ＤＶＤ又はＵＳＢメモリに格納してください。これらの媒体は返却します。）を提出します。
(3) 管轄登記所では、（2）の発行申請を受けて、電子証明書の発行処理を行います。
(4) 電子証明書の発行処理が完了すると、その管轄登記所の窓口において、電子証明書の番号（シリアル番号）等が記載された「電子証明書発行確認票」が交付されます。
(5) 上記（4）の手続が終了した後は、電子証明書の番号と管轄登記所に提出した公開鍵を指定して、いつでもインターネットを通じて、電子認証登記所から電子証明書のデータを取得することができます。なお、この取得には、上記(1)の利用者用のソフトウェアが必要になります。
※法務省では、会社・法人の代表者等の電子証明書を取得するために必要な機能を搭載した利用者用のソフトウェア「商業登記電子認証ソフト」を提供しています。
「商業登記電子認証ソフト」及び電子証明書を取得するための手続の詳細については、法務省ホームページ「商業登記に基づく電子認証制度」を御覧ください。
なお、電子証明書発行申請書の様式については、法務省ホームページで御案内しています。 おって、商業登記電子証明書はオンラインによる発行申請も可能です（あらかじめ公的個人認証サービス電子証明書等を取得しておく必要があります。）。手続の詳細については、法務省ホームページ「オンラインによる商業登記電子証明書の請求について」を御確認ください。
各市区町村における郵送申請方式の受付開始日から3か月以内が受付期限となります。
第一種特定原産地証明書の発給申請をするには、事前に輸出する産品が特定原産品であることを確認する必要があり、輸出産品が該当する原産地規則を満たしていることを明らかにする資料を準備する必要があります。詳しくは「原産性を判断するための基本的考え方と整えるべき保存書類の例示」を御参照ください。
CSV形式届書総括票には、電子申請用ファイルに収録された届書毎の収録件数、作成年月日、事業所の名称・所在地等が印字されています。電子申請時に印字されている内容の入力を行います。電子申請用ファイル作成後に印字されますので、電子申請が完了するまで保管していただきますようお願いします。
１ 登録申請の処理状況の確認方法
登録申請書については、一時期に大量の登録申請書が提出された場合や、登録申請書に記載誤り等がある場合、内容の確認が必要になるなど、インボイス登録センターでの処理に一定の期間を要することとなります。
現時点における登録申請書を提出してから登録通知までに要する期間は、「インボイス制度特設サイト」の「適格請求書発行事業者の登録件数及び登録通知時期の目安 について」に掲載しています。まずはこの登録通知時期の目安をご確認いただき、当該目安を超えていた場合は、各国税局（所）インボイス登録センターへお問合せください。
２ ご自身の登録番号がわからなくなった場合の確認方法
既に登録を受けている事業者の方が自身の登録番号を確認したい場合には、各国税 局（所）インボイス登録センターの案内ページに記載の問合せ先にお問合せください。
（注）１ 法人番号を有する法人の登録番号は「T＋13 桁の法人番号」となります。法人番号については、「国税庁法人番号公表サイト」で検索できます。
２ 登録通知を e-Tax（電子データ）で受領することを希望された場合、e- Tax（電子データ）で確認ができます。具体的な確認手順は、「インボイス制度特設サイト」の「申請手続」にある「登録通知データ確認マニュアル」をご参照ください。
Pay-easy(ペイジー：税金・各種料金払込みサービス)に対応した金融機関のＡＴＭがご利用になれます。利用可能な金融機関は，以下URLからご確認ください。　□Pay-easy対応の金融機関一覧　また，ＡＴＭで電子納付を行う場合には，（１）収納機関番号，（２）納付番号及び（３）確認番号が必要になります。これらの番号を元に手数料等の納付を行ってください。 　収納機関番号，納付番号及び確認番号は，登記・供託オンライン申請システムにおいて申請を行った後，申請用総合ソフトの処理状況表示画面で「電子納付」画面を表示させた場合又はかんたん証明書請求，供託かんたん申請の処理状況照会画面で「電子納付情報表示」画面を表示させた場合に確認することができます。