「間接経費の削減」措置について、間接経費は競争的研究費の管理に必要な経費にも充当されていることから、間接経費を削除することは機関の管理体制を弱体化させことにつながるので適切な措置でないと考えます。この措置を定めたのはどうしてですか？
競争的研究費は国民の貴重な税金を原資としていることから、その配分先である機関において適切に使用・管理されることが確認できない場合は、当該機関に競争的研究費を配分するべきではないと考えます。しかしながら、機関において体制整備上の不備が確認された場合であっても、直ちに配分を停止するのではなく、猶予措置を設けて改善に向けた指導をすることが適切な対応であると考え、「配分の停止」措置の前段階の措置として「管理条件の付与」と「間接経費の削減」の措置を定めました。間接経費がガイドラインに基づく体制整備等のために使用されていること、間接経費が削減されることで削減対象となった機関がより厳しい状況に置かれるおそれがあることは理解し24 ています。その意味では、猶予措置である「管理条件の付与」の次の措置は「配分の停止」を位置付けるべきという考え方もできますが、両者の間にもう一つ猶予措置を設けることとし、改正前のガイドラインで既に定められていた「間接経費の削減」措置を採用しました。 
各区域で同じ措置を講ずる必要はなく、区域によっては取り扱う特定個人情報の量、利用頻度、使用する事務機器や環境等により、講ずべき措置が異なると考えられますので、例えば、管理区域については厳格に入退室を管理し、取扱区域については間仕切りの設置や座席配置の工夫、のぞき込みを防止する措置を行うなど、それぞれの区域に応じた適切な措置を講じていただくことになります。（平成27年8月追加・平成30年9月更新）
委託者は、委託先において、番号法で求められている安全管理措置が講じられているかを監督する義務があります。本ガイドラインの安全管理措置特有なものとしては、主に、「個人番号を取り扱う事務の範囲の明確化」、「特定個人情報等の範囲の明確化」、「事務取扱担当者の明確化」、「個人番号の削除、機器及び電子媒体等の廃棄」が挙げられます。
Aの準確定申告において必要経費に算入される償却費の額は41,667円、Bの確定申告において必要経費に算入される償却費の額は306,667円となります。
【関係法令通達】 所得税法第49条、所得税法施行令第120条の2第1項、第126条第2項、第134条、平成19年政令第82号附則第12条第2項、所得税基本通達49−1
研究開発に要した費用のうち、申告法人が負担した分が税制の対象となることから間接費用も対象になります。ついては、対象となる費用が算出可能であるのかについて、共同試験研究又は委託試験研究先とご相談ください。
文部科学省はこれまで、ガイドラインに基づく体制整備等の実施状況について現地調査を行ってきましたが、特に不正が発生した機関においては、機関の構成員が不正防止計画やルールで定められている事項の目的・必要性、さらには内容自体について十分に把握しておらず計画等を確実に実施できていない、計画等の実施状況について点検・評価していない、内部監査等において問題が指摘されたにもかかわらず改善がなされていない、改善すべき事項が不正防止計画の見直しに反映されていない、といったPDCAサイクルが形骸化している状況が多く確認されました。不正使用を防止するためには、機関において適切な管理体制を整備するだけでなく、実効性のある運用が重要であることから、PDCAサイクルを徹底することを求めています。 
補助金は実行委員会等が事業に要した経費の全部又は一部を補てんするものです補助金は実行委員会等が事業に要した経費の全部又は一部を補てんするものですたとえば、構成団体から見積書を徴取して当該構成団体に業務を発注し、その費用を支払うことは、実行委員会の中で経費が移し替えられているにすぎず、構成団体も含む実行委員会としては経費を要したものとは判断されません（内部発注）構成員等に対して謝金等を支払うことも同様です（内部謝金）また、これらの内部支出は、発注先の選定手続きの透明性だけでなく、価格の妥当性も担保できないため、補助対象外としています（詳細はp29参照）40
対象経費について、国費による部分に加えて、自己負担による経費を計上することも可能です。その場合も計上できる経費は対象経費のみである点にご注意ください。また、採択時点において、事業総額及びそのうち国費による部分の金額の上限を確定しますので、後から事業総額や国費による部分の金額を増額することはできませんので、ご注意ください。本事業では、当該採択事業実施期間中に収入が生じる場合は、対象経費から当該収入額を差し引くこととしていますが、自己負担による経費を計上した場合、収入額は自己負担による部分から差し引き、それでも収入額が生じた場合には、国費による部分から差し引くこととします。このため、自己負担分として計上いただいた額については、収入額を事業者において活用いただくことが可能となります。なお、減額変更は可能ですので、収入が生じない場合に、自己負担分の費用を支出しないといったことは可能です。
免税事業者であっても特定供給事業者に該当するため，特定事業者は免税事業者である納入業者に対しても消費税転嫁対策特別措置法で禁止する消費税の転嫁拒否等の行為を行ってはなりません。特定事業者は，本体価格に消費税を上乗せして対価を定める必要がありますが，免税事業者であることを理由として，消費税を上乗せせず対価を定めたり，仕入れ等の諸経費に係る消費税負担分のみを上乗せして対価を定めたりすることは，合理的な理由がない限り，「買いたたき」(消費税転嫁対策特別措置法第3条第1号後段)に該当し，違反となります。また，消費税を上乗せして対価を取り決めた後に，納入業者が免税事業者であることが判明し，それを理由として消費税相当分又はその一部の金額を減じて支払ったり，当該金額を徴収したりする場合，「減額」(消費税転嫁対策特別措置法第3条第1号前段)に該当し，違反となります。商品購入の要請等の他の消費税の転嫁拒否等の行為についても，同様です。