甲が所有する土地の上に、甲と乙が共有で所有する家屋があり、この家屋には、甲は居住していますが、乙は別の家屋に居住しています。この家屋と敷地を譲渡した場合、甲は、家屋の共有持分とその敷地の全部について、居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例を適用してよろしいですか。
甲が所有する土地は、甲がその全部を居住の用に供している家屋の敷地であることから、家屋は共有であるとしても、その土地の全部を居住用家屋の敷地と認めることが相当です。したがって、甲所有の家屋(持分2分の1)とその敷地の全部について、居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例を適用して差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第35条第1項、第2項

 以下の方法が考えられますが、詳細は、弁護士等の専門家にご相談ください。
 (1) 不明共有者がいる場合の持分取得・譲渡制度を使って、持分を集約するか、持分の移転権限を与えてもらったうえで、承認申請をすることができます。
（※ 遺産共有のケースであるため、相続開始後１０年経過している必要があります。）
 (2)（※ 相続開始後１０年が経過していないケース）
 持分について所有者不明土地管理人を選任してもらい、管理人が、裁判所の許可を得て、他の相続人と共に承認申請をする、又は他の相続人に持分を譲渡した上で、他の相続人において承認申請をすることができます。
照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第33条第1項第2号、第34条の2第2項第4号
照会のとおり、租税特別措置法第39条第１項に規定する取得費加算の特例の適用に当たっては、甲に係る相続税の課税価格の計算の基礎に算入された株式の価額（１株当たりの価額）が高い方から譲渡したものとして取り扱うことができます。また、相続の開始前３年以内に甲から贈与により株式を取得し暦年課税により贈与税の申告を行っていた場合でも同様に取り扱うことができます。
【関係法令通達】 租税特別措置法第39条第１項相続税法第19条第１項、第21条の15第１項
 専門資格を有しない方が、業務として登記申請手続を代理して行うことはできません。
　司法書士法又は土地家屋調査士法では、司法書士又は土地家屋調査士以外の者が反復継続する意思を持って登記手続の代理をすることや、書類の作成や相談を受けることを禁止していますので、このような法令に違反することがないように注意する必要があります。
　もっとも、例えば、同居している親族に、既に作成した申請書等を法務局へ提出することを依頼した場合や会社の従業員が自社の登記申請書の作成や提出を行う場合などは、その親族や従業員が法令違反に問われることはないものと考えられます。
しかし、専門資格を有しない知人がたまたま登記手続に詳しいので、申請書の作成等を依頼したという場合などは、個々の事情によっては、その知人が司法書士法又は土地家屋調査士法違反に問われるおそれがあります。
そのため、御自身で登記手続をすることが難しい場合には、司法書士や土地家屋調査士に依頼されることをお勧めします。      

租税特別措置法第31条の2第4項は、個人が、その有する土地等につき、同法第34条の2の規定の適用を受けるときは、当該土地等の譲渡は、同法第31条の2第1項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当しないものとみなす旨規定しており、照会の場合のように、土地等の譲渡に係る対価の一部についてのみ同法第34条の2の規定の適用を受けるときであっても、当該土地等の譲渡そのものが同法第31条の2第1項に規定する優良住宅地等のための譲渡に該当しないこととなります。したがって、照会の場合、事業用地の譲渡価額相当額を超える部分(300万円)を含め、代替地の譲渡価額の全部について同法第31条の2第1項の適用はありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第31条の2第1項、第4項、第34条の2租税特別措置法関係通達34の2-5(1)
非居住者または外国法人が内国法人の株式を譲渡し、下記の要件に該当する場合には、譲渡益が課税される。① 譲渡年以前3年以内のいずれかの時において、その内国法人の特殊関係株主等がその内国法人の発行済株式または出資の総数または総額の25%以上に相当する数または金額の株式または出資を所有していたこと。② 譲渡年において、その内国法人の特殊関係株主等が最初にその内国法人の株式または出資の譲渡をする直前のその内国法人の発行済株式または出資の総数または総額の5%以上に相当する数または金額の株式または出資の譲渡をしたこと。組合型のファンドを通じて内国法人の株式に投資している場合、当該ファンドが上記の「特殊関係株主等」に該当することとなり、ファンドレベルで25%、5%の判定をすることになる。ただし、ファンドのLPの投資先である内国法人に対する出資割合が25%未満である等一定の要件を満たす場合には、「外国組合員の課税所得の特例の適用に関する届出書」を譲渡の日を含む事業年度の確定申告書の提出期限まで（個人の場合には翌年3月15日まで）に税務署に提出することで、LPレベルでその判定をすることができる。また、2021年の税制改正により、当該申告書を電子的に税務署に提出できるようになった。
一の文書に同一の号の課税事項が2以上区分して記載されているものは、印紙税法上その同一の号の課税文書になるのですから、その所属する号の課税事項に関係する当事者全員が共同作成者になります（基通第45条）。また、共同して作成した課税文書の印紙税は、法第3条第2項の規定により共同作成者全員が連帯して納めることになりますから、ご質問の文書については、甲、乙、丙、丁はその文書の記載金額1,000万円に対する印紙税の全額について連帯して納めなければなりません。現実に誰がいくら負担するかは甲、乙、丙、丁の協議で決定することは差し支えありませんが、印紙税法上、乙は200万円に相当する部分だけを負担することを主張することはできません。
【関係法令通達】 印紙税法第3条第2項、印紙税法基本通達第45条
その住宅の購入に係る所有権留保契約の内容からみて、その所有権の留保が当該住宅の譲渡代金の回収を担保することだけを目的としてなされたものであり、かつ、買主である被相続人乙が、当該住宅を自己の財産と同様に使用・収益・処分することが可能であると認められる限り、照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 相続税法第11条の2第1項