個人情報をコンピュータに入力するに当たり、入力者の記録を保存しておく必要はあるでしょうか。
個人情報保護法令及び本ガイダンスにおいては、個人情報の入力者を記録しておくことは求めていません。医療・介護関係事業者において、安全管理措置の一環として入力者の記録が必要と判断する場合には、当該記録を保存することも考えられます。
記録を保存することは、取扱規程等に基づく確実な事務の実施、情報漏えい等の事案発生の抑止、点検・監査及び情報漏えい等の事案に対処するための有効な手段です。記録として保存する内容及び保存期間は、取り扱う情報の種類、量、取り扱う職員の数、点検・監査の頻度等を総合的に勘案し、適切に定めることが重要であると考えます。（平成30年9月更新）
税法上、本人に対して交付する義務がある源泉徴収票や支払通知書等には、マイナンバー（個人番号）（※給与所得の源泉徴収票及び退職所得の源泉徴収票については、支払者の法人番号を含む。）の記載はしません。

なお、税法上、本人に対して交付する義務がない法定調書についても、支払内容の確認などのために本人に対して写しを交付する場合があるかと思いますが、そのような行為は、番号法上の特定個人情報の提供制限を受けることとなるため、本人及び支払者等のマイナンバー（個人番号）を記載することはできません。
（参考）
個人情報保護法28条に基づく開示請求による場合等においては、交付を受ける本人のマイナンバー（個人番号）に限っては提供できる旨、「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&A」（個人情報保護委員会）のQ5-7、Q5-8及びQ5-8-2に記載されています。
「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&Aはこちら。（個人情報保護委員会ホームページへ移動します）
（更新理由）
当初、従業員に交付する源泉徴収票等には、その従業員のマイナンバー（個人番号）を記載することとなっていましたが、平成27年10月2日に所得税法施行規則等の改正が行われ、企業の従業員など給与の支払を受ける方に交付する源泉徴収票などへのマイナンバー（個人番号）の記載は行わないこととされたため、内容を更新しました。詳しくは、「本人へ交付する源泉徴収票や支払通知書等への個人番号の記載不要について（PDF/207KB）」をご覧ください。
特定第一種水産動植物等の販売、輸出、加工、製造又は提供の事業を行う者です。事業を行う者や義務は下記のとおりです。届出義務 情報伝達義務 取引記録作成・保存義務適法漁獲等証明書添付義務採捕事業者（漁協等も含む）※１〇〇〇－
※１　採捕事業者（漁協等の場合は所属する者を含む。）が特定第一種水産動植物等の販売、輸出、加工、製造等の事業を行う場合
※２　専ら消費者に対し特定第一種水産動植物等を販売する者は、届出不要
※３　消費者に対し特定第一種水産動植物等を販売する場合は、伝達不用
※４　消費者に対し特定第一種水産動植物等を販売する場合は、譲渡し時の取引記録の作成・保存は不要（譲受け時の取引記録の作成・保存は必要）
そのような場合には，個々の作業指示を全て記載する必要はないが，少なくともそれにより下請事業者に下請代金の設定時には想定していないような新たな費用が発生する場合には，その旨記載し保存しなければならない。
「年金加入時のお勤め先情報」の入力では、システム上の制約により、検索条件に一致した事業所名称の候補が一定数を上回ると検索が中断されます。この場合は、以下の方法で検索条件（「お勤め先の名称」または「検索方法の選択」欄）を絞り込み、再度検索を実行してください。検索条件の絞り込み方法（1）　「検索方法の選択」で「部分一致」が選択されていると、候補数が膨大になる傾向があります。「部分一致」のチェックを外して検索してください。（2）　「お勤め先の名称」の一部を入力している場合は、より詳しい名称を入力していただいた方が候補を絞り込めます。（3）　「お勤め先の名称」をカナでなく、漢字で入力した方が、候補を絞り込みやすい傾向があります。（4）　「お勤め先の名称」の後に、お勤め当時の支店名などを入力することで、候補を絞り込めることがあります。（5）　上記の方法を行っても候補を絞り込めない場合は、「上記の中にない」を選択して操作を続けてください。※1　法人格（株式会社、有限会社、合資会社、合名会社、財団法人、社団法人、学校法人、宗教法人、社会福祉法人）は除いて入力してください。※2　相互会社の場合は相互会社まで入力して検索するなど、※1にある法人格以外の法人の名称は、法人格を含めて入力してください。
申請用総合ソフトのデータの書き出し機能を使って，外部ファイルに書き出すことができます。　データの書き出しについては，以下の手順で行ってください。（１）申請用総合ソフトを起動し，書き出す対象の申請情報等を選択し，「処理状況表示」画面の「ファイル」から「データの書き出し」をクリックしてください。　　なお，「Ctrl」キーを押しながら申請情報等を選択することで，複数の申請情報等をまとめて書き出すことができます。（２）「データの書き出し」画面が表示されるので書き出すデータの種類を選択後，「参照」ボタンをクリックしてください。（３）データの保存先を指定し，ご任意のファイル名（拡張子に「.zip」を含めた形でファイル名を入力してください。）を入力後「保存」ボタンをクリックしてください。（４）「データの書き出し」画面に指定した保存先が表示されるので，「データの書き出し」ボタンをクリックしてください。（５）「書き出し完了」画面が表示されるので，「OK」ボタンをクリックしてください。
システム更改のタイミングや、データ再登録のタイミングに切り替えるなど、業務現場や利用者に負担をかけない方式で導入することを推奨しています。
扶養控除等申告書に記載した事項について異動が生じた場合には、異動が生じた後最初に給与の支払を受ける日の前日までに、その異動の内容、従業員の住所・氏名・マイナンバー（個人番号）、給与支払者の所在地・名称等を記載した申告書を給与支払者に提出する必要がありますが、この申告書は、当初提出を受けた申告書を補正する形で提出しても差し支えないこととしています。


したがって、ご質問のように扶養親族に該当しなくなった親族の情報については、二重線等で補正させても問題ありません。


また、当初提出する申告書と異動の際に提出する申告書は別の申告書となります。このため、一枚の申告書を補正する場合であっても、当初の申告書の保存義務がなくなるわけではありません。したがって、当初の申告書の記載事項である扶養親族のマイナンバー（個人番号）は当初の記載事項が確認できる程度に補正を行う必要があります。