扶養控除等申告書などの一定の書類の提出を受けて作成した帳簿を備えている場合には、扶養控除等申告書への従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載を不要とすることができるとされていますが、給与支払者が扶養控除等申告書以外の方法で従業員等のマイナンバー（個人番号）を収集し、システム上で管理している場合などにも、最初は必ずマイナンバー（個人番号）を記載した扶養控除等申告書の提出をしなければならないのですか。（平成28年5月17日追加）

平成29年1月1日以後に支払を受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書について、一定の帳簿を備えていれば扶養控除等申告書に従業員等のマイナンバー（個人番号）の記載を不要とできる取扱いは、給与支払者が扶養控除等申告書などの一定の税務関係書類の提出を受けて作成された帳簿を備えていることが要件となっています(Q1-3-2参照)。


したがって、帳簿作成に当たっては、最初にマイナンバー（個人番号）の記載された扶養控除等申告書などの一定の税務関係書類が提出されていることが前提とされています。


なお、一定の場合には、扶養控除等申告書に直接マイナンバー（個人番号）を記載せずに、「記載すべきマイナンバー（個人番号）は給与支払者に提供済のマイナンバー（個人番号）と相違ない」旨を記載して提出することができることを明らかにしている（Q1-5-1）ところであり、この方法により提出を受けた扶養控除等申告書及びその申告書と紐付けられるよう管理されたマイナンバー（個人番号）に基づき帳簿を作成することは可能です。
保険会社が、前の保険契約を締結した際に支払調書作成事務のために提供を受けた個人番号は、後の保険契約に基づく支払調書作成事務のために利用することができると解されますので、保険契約の都度個人番号の提供を求める必要はありません。なお、保険代理店（保険窓販を行う銀行等を含む。）は、個人番号関係事務の委託を受けた保険会社が顧客から既に個人番号の提供を受けているか確認できる手法・システムを構築することが考えられます。
酒税は、原則として、酒類が製造場から移出された時に課税原因が発生することとなりますが、酒類製造者が外国に輸出する目的で酒類をその製造場から移出する場合には、例外として、酒税が免除されます。
 この輸出免税の適用を受けるための手続は、以下のとおりです。

(1)  酒類の移出を行った酒類製造者が、その酒類に係る酒税納税申告書（期限内申告書に限ります。）に、輸出免税の適用を受けようとする酒類の税率の適用区分及びその区分ごとの数量を記載すること
(2)  酒類が輸出のため外国航路若しくは外国航空路に就航する船舶若しくは航空機に積み込まれたことを輸出港の所轄税関長が証明した書類、その事実を輸出の許可をした税関長がその書類に基づいて証明した書類又は輸出された酒類が外国に陸揚げされたことを証明した書類（以下これらを「輸出許可証等」といいます。）に基づいて、次の事項（以下「必要記載事項」といいます。）を帳簿に記載すること

・　その酒類の税率の適用区分及びその区分ごとの数量
・　輸出の年月日及び仕向地
・　輸出港の所轄税関
・　その酒類の輸出をした者が、その酒類の製造者以外の者であるときは、その輸出をした者の住所及び氏名又は名称
・　その他参考となるべき事項



※　輸出許可証等に必要記載事項が記載されている場合には、その輸出許可証等を保管していれば、別途、帳簿に記載する必要はありません。
　　なお、令和２年３月31日以前は、輸出免税の適用を受けるためには、(1)の要件に加え、輸出申告書の付表に基づき作成した輸出免税酒類輸出明細書を酒税納税申告書に添付する必要がありました。現在は、上記(2)のとおり、輸出許可証等に基づき必要記載事項を帳簿に記載していれば、輸出免税酒類輸出明細書を作成する必要はありません。
 また、輸出許可証等に記載されているインボイス番号を必要記載事項とともに帳簿等に記帳することにより、(2)の要件を満たすこととしており、この場合には、「輸出申告書の付表」の作成も不要となります。
 例えば、酒類製造者が輸出免税の適用を受けて輸出する場合、輸出業者が作成したインボイス番号を連絡するための書類を、必要記載事項を記帳した帳簿に併せて保存するような方法も認められます。

 輸出免税に関する手続については、「酒類の輸出免税等の手続について」もご覧ください。
根拠法令等：酒税法第29条、同法施行令第36条
法令解釈通達
年調ソフトには以下のような機能があり、これらを利用することで従業員が年末調整申告書データを効率的に作成することができます。・マイナポータル連携及び各種控除証明書等データのインポート・各種控除証明書等データの改ざん検知・控除証明書等データの内容について自動入力・控除額の自動計算※・年末調整申告書のプレビュー表示及び印刷・年末調整申告書データの作成及び保存・扶養控除、配偶者（特別）控除など、各種控除の該当有無の自動判定・年末調整申告書データへのマイナンバーカード及びスマホ用電子証明書による電子署名付与又はID・パスワード設定・控除額のシミュレート（かんたん検算機能）※所得金額調整控除額の計算は勤務先が行います。


○　年末残高調書は、債務者から住宅ローン控除の適用申請書の提出があった年分以後の年分について提出してください。適用申請書の提出があった年分より前の年分に係る調書を提出する必要はありません。
　なお、調書の提出期限は、適用申請書の提出があった年分の調書はその翌年１月31日、翌年以降の年分の調書はその年分の10月31日までとなります。

○　過去の年分の年末残高については、年末残高調書を提出する必要はありません。この場合、債務者の手続においては、別途、お手元の返済計画表等の書類により、ご自身の年末残高を把握することにより、住宅ローン控除の申告・適用を受けることができますので、債務者の方から過去の年分の残高について照会があった場合には、お伝えいただくようにお願いいたします。
　なお、その際の様式は、適宜の様式で差し支えありませんが、従来の年末残高証明書の様式を用いても差し支えありません（当該様式に、マイナンバーの記載は不要です。）。
インボイス制度の実施後も、売上げに係る消費税額から、仕入れに係る消費税額を控除（仕入税額控除）し、その差引税額を納税するという消費税の原則は変わりません。
また、インボイス制度の実施後も、簡易課税制度（注１）を選択している場合は、現在と同様、売上げに係る消費税額に一定割合（みなし仕入率）を乗じて仕入税額控除を行うことができます。一方、簡易課税制度を選択していない場合、仕入税額控除を行うためには、適格請求書（注２）（インボイス）の保存が必要となります。
インボイスは、課税事業者が適格請求書発行事業者（注３）の登録を受けることで、発行できるようになります。課税事業者間の取引では、売手は現在使用している請求書等の様式に登録番号等を追加することなどが必要になり、買手（簡易課税制度を選択していない場合）は受け取ったインボイス及び帳簿を保存することで仕入税額控除を行うことができます。
また、インボイスには消費税率や消費税額が記載されるため、売手は納税が必要な消費税額を受け取り、買手は納税額から控除される消費税額を支払うという対応関係が明確となり、消費税の転嫁がしやすくなる面もあると考えられます。
なお、インボイス制度実施に伴う事業者の対応として、インボイス制度の実施までに、適格請求書発行事業者となる売手では、端数処理のルールの見直しを含めた請求書等の記載事項やシステムの改修等への対応が必要となる場合があります。また、交付したインボイスの写しの保存等や、 仕入税額控除を行おうとする買手では、新たな仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの確認や、受け取ったインボイスが記載事項を満たしているかどうかの確認が必要となる場合があります。このような事業者の対応に向けては、改正電子帳簿保存法の活用を図るほか、デジタル化の推進のための専門家派遣や IT の導入支援などを行います。なお、簡易課税制度を適用している事業者は買手としての追加的な事務負担は生じません。
（注１）基準期間（個人の場合は前々年、法人の場合は前々事業年度）における課税売上高が 5000万円以下の事業者について、売上げに係る消費税額に、業種ごとに定められた一定割合（みなし仕入率）を乗じることにより、仕入税額を計算する仕組みです。適用を受けるためには所轄税務署長への事前届出が必要となります。
（注２）現行制度において保存が必要となる区分記載請求書の記載事項に加えて「登録番号」、
法定調書の提出義務がある方が法定調書に記載するために金銭等の支払等を受ける方からマイナンバー（個人番号）の提供を受ける際には、法定調書の提出義務がある方が本人確認を行う必要があります。  ただし、雇用契約成立時等に本人であることの確認を行っており、知覚（対面で確認）することにより本人に相違ないことが明らかと判断できる場合には、身元確認のための書類の提示は必要ありません。この場合であっても、番号確認は行う必要があります。  詳しくは、国税庁ホームページの「国税分野における番号法に基づく本人確認方法」（PDF/3152KB）の例6（P37）をご覧ください。  この他、国税庁では、本人確認に関する告示を定めておりますので、「行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律施行規則に基づく国税関係手続に係る個人番号利用事務実施者が適当と認める書類等を定める件（国税庁告示）」をご覧ください。
団体扱い保険については、以下の手続きを経ることで、従業員が年調ソフトに取り込むことが可能となります。①団体扱い保険支払情報のデータ取得ご契約の保険会社に対して、団体扱い保険支払情報をデータで発行してもらうよう依頼します。②年調ソフト管理者機能へ取り込み、エクスポート「年調ソフト」を入手し、「管理者メニュー」の「団体扱保険ファイルの変換」※1を選択し、保険会社から受領した団体扱い保険支払情報のデータを取り込みます。③で使用するデータが作成されますので、適宜の場所に保存します。次に、保存した③で使用する電子的控除証明書（XML）作成用のデータについては、「契約者」の項目に、「氏名コード」が出力されていますので、その「氏名コード」を「従業員の氏名」に変換します。なお、「氏名コード」の「従業員の氏名」への変換は、事前に、一定のルールに則って作成した「氏名コードと氏名の紐づけデータ」※2を、「管理者メニュー」の「氏名コード変換CSVファイルのインポート」機能を利用し「年調ソフト」に取込んでおくことで、自動化することができます（「氏名コード」の「従業員の氏名」への変換が不要となります）。※１「団体扱保険ファイルの変換」機能ではCSVファイル、DATファイル、TXTファイルを扱うことができます。※２「氏名コードと氏名の紐づけデータ」の作成方法については、国税庁ホームページに掲載している操作マニュアルをご確認ください。③「電子的控除証明書等作成用ソフト」へのインポート、電子署名の付与「電子的控除証明書等作成用ソフト」をe-Taxホームページから入手し、②のデータをインポートします。次に、支払情報の確認として給与担当者等の電子署名を付与して、控除証明書等データを作成します。電子署名の種類としては給与担当者のマイナンバーカードなどが利用できます。「電子的控除証明書等作成用ソフト」は以下のURLからダウンロードできます。https://www.e-tax.nta.go.jp/download/kojosoft-download.htm④従業員への配付③で作成した控除証明書等データを各従業員に配付します。
従業員が事業に必要なものとして購入した消耗品等の代金を貴社が負担する場合には、それは貴社が負担すべき費用を従業員から立替払いを受けたことになります。
原則として、本来宛名の記載を求められない適格簡易請求書であったとしても、書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称として仕入税額控除を行う事業者以外の者の氏名又は名称が記載されている場合には、当該適格簡易請求書をそのまま受領し保存したとしても、これをもって、仕入税額控除を行うことはできません。
しかしながら、当該従業員が貴社に所属していることが明らかとなる名簿や当該名簿の記載事項に係る電磁的記録（以下「従業員名簿等」といいます。）の保存が併せて行われているのであれば、宛名に従業員名が記載された適格簡易請求書と、当該従業員名簿等の保存をもって、貴社は当該消耗品費に係る請求書等の保存要件を満たすこととして、仕入税額控除を行うこととして差し支えありません。
なお、従業員名簿等がなく、立替払を行う者である従業員を特定できない場合には、宛名に従業員名が記載された適格簡易請求書と、従業員が作成した立替金精算書の交 付を受け、その保存が必要となります（詳しくは、「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問94」をご参照ください。）。