最高管理責任者は、原則として機関の長が当たるものとするとありますが、大学を設置する学校法人の場合、学校法人の理事長と大学の学長のどちらを最高管理責任者とすべきですか？ また、複数の高等専門学校を設置する独立行政法人国立高等専門学校機構や複数の大学共同利用機関を設置する大学共同利用機関法人の場合はどうすべきですか？
競争的研究費等を適正に管理する上で、実質的にその責任を担うべき組織単位の長という責務を考慮し適切に最高管理責任者を定めていただければ、どちらを最高管理責任者としていただいても構いません。独立行政法人国立高等専門学校機構や大学共同利用機関法人の場合も同様に考えてください。 
事務相談は1回につき最大1時間としておりますが，全般的な確認は多大な時間を要し所定の時間内にはできませんので，「全般的に問題はないか」，「各書類の記載に不備がないか」といった御質問はお断りしております。事務相談を行う際は，具体的にどの箇所を確認したいのかあらかじめ整理してください。なお，記載の不備については，大学設置室による確認を前提とするのではなく，申請者又は届出者の責任ある体制の下で確認していただくようお願いいたします（書類不備によって審査上不利に取り扱われることになった場合でも，大学設置室は責任を負いかねます）。
各々の事業主が、それぞれ運営管理機関を選定する取扱いは可能。
合併において被合併法人と合併法人との間に50％超の保有関係がない場合に金銭等不交付要件及び共同事業要件に該当すれば適格合併に該当することとなりますが、この共同事業要件のうちの1つとして、被合併法人の被合併事業と合併法人の合併事業とが相互に関連するものであることという事業関連性要件（法令4の3一、法規3）が規定されています。この事業関連性要件における被合併法人の被合併事業とは、被合併法人が合併前に行う主要な事業のうちのいずれかの事業をいう（法令4の3一括弧書）こととされ、また、合併法人の合併事業とは、合併法人が合併前に行う事業のうちのいずれかの事業をいう（法令4の3一括弧書）こととされています。したがって、被合併事業については、合併前に行う主要な事業であることが要求されていますが、合併事業については、合併前に行う事業のうちのいずれかの事業とされていますので主要な事業であることは要求されていません。また、被合併事業について、合併前に行う主要な事業のうちのいずれかの事業とされていますので、主要な事業が複数存在することが想定されています。ただし、新設合併の場合には、合併法人は合併前に存在せず、その合併によって設立されますので、被合併法人同士の被合併事業について相互に関連するものであることが求められており、それぞれの被合併法人の主要な事業のうちのいずれかの事業が関連性を有していなくてはならないこととなります。この事業が「相互に関連するものであること」というのは、例えば、「○×小売業と○×小売業というように同種の事業が行われているもの」、「製薬業における製造と販売のように、その業態が異なっても薬という同一の製品の製造と販売を行うなど、それぞれの事業が関連するもの」、「それぞれの事業が合併後において、合併法人において一体として行われている現状にあるもの」などがこれに該当すると考えられます。ご照会の場合は、事務用品の製造卸売業を行う合併法人と事務用品の販売業を行う被合併法人が合併することによって、それぞれの事業が一体となってユーザーに直結した流通網の構築を目指して合理化を図るもの（何らかの相乗効果が生ずるようなもの）となっていることから、事業関連性があるものと考えられます。
【関係法令通達】 法人税法第2条第12号の8法人税法施行令第4条の3第4項第1号法人税法施行規則第3条
監事は機関全体の監査を行う際に、ガイドラインの定める事項が実施されているか確認していただき、最高管理責任者が実施する不正防止対策が適正であるか監査・意見を述べていただくことが重要となります。必ずしも監事を機関内に置く必要はない、又は、監事を置くことができない場合は、機関内外を問わず監査に相当する職務を果たしている方を充てていただく等が考えられます。
国立大学の組織の設置については、大学設置・学校法人審議会において、教育の質等の審査が行われますが、その際、審査の基準等は、公私立同様、学校教育法あるいは大学設置基準等に基づいて行われますので、国立大学のみ厳しい基準で審査を行っていることはありません。
可能ですが、法第 27 条第５項第３号の規定に基づき、各共同利用者を「責任を有する者」としていることが明確にされていることが必要です。
この場合、市町村に提出する監査報告書は、私学助成法第 14 条第３項に規定する監査報告書で足りるものとします。また、この場合でも、外部監査費加算の対象となります。なお、高等学校等を設置する知事所轄法人が新制度園を設置している場合においても、同様の取扱いとします。
ガイドラインの中の外部指導者に係る記載は、学校設置者や学校長の責任において、外部指導者に任せられる活動の範囲を増やし、現場の選択肢を増やすことができるよう意図したものです。
なお、外部指導者による引率の可否については大会により取扱いが異なりますので、各大会の開催要項等を御確認ください。
（参考）日本中学校体育連盟　開催基準・規程等
　https://nippon-chutairen.or.jp/sports/regulation/