事前通知前の意見聴取の際に非違事項が指摘されることはあるのですか。また、その指摘を受けて修正申告書を提出した場合には、加算税が賦課されることになるのですか。
意見聴取における質疑等は、調査を行うかどうかを判断する前に行うものであり、特定の納税義務者の課税標準等又は税額等を認定する目的で行う行為に至らないものであることから、意見聴取における質疑等のみに基因して修正申告書が提出されたとしても、当該修正申告書の提出は、調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたものには当たりません。そのため、当該修正申告書の提出が、国税通則法第65条第５項に規定する調査通知前にされた場合には、加算税が賦課されることはありません。 【解説】 
  　平成25年１月の改正国税通則法の施行に伴い、意見聴取における質疑等のみに基因して修正申告書が提出されたとしても、国税通則法第65条第5項でいう「調査があったことにより」という要件を満たさないことから、当該修正申告書の提出は更正があるべきことを予知してされたものには当たらないと整理されました。 
  　これにより、事前通知前の意見聴取と調査の境界線が整理され、意見聴取という行為の位置づけがより一層明確化されました。 　なお、平成28年の改正により、調査があったことにより更正又は決定があるべきことを予知する前にされた修正申告等に対しても、国税通則法第65条第５項に規定する調査通知以後に修正申告書を提出した場合には加算税が賦課されることとされましたので、加算税が賦課されない場合は、意見聴取から調査通知までの間に修正申告書を提出したときに限られます。 《参考：事務運営指針》 
個人課税部門における書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について
資産税事務における書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について
法人課税部門における書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について
調査課における書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について
酒税に関する書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について
【参考法令等】 
　法第33条の２、第35条 
　国税通則法第65条
著作権に関する登録は，いわゆる形式審査により行われ，法令の規定に従った方式により申請されているかなど却下事由に該当しないかどうかをチェックします。したがって，真にその日に第一発行がなされたのかどうかとか，真にその当事者間で権利の移転があったのかなどの審査までは行いません（添付書類を公正証書として作成する必要もありません。）。
　 もっとも，真実と異なる書類を提出して文化庁に真実でない内容を登録させた場合には，刑法の「公正証書原本不実記載等の罪」に問われる可能性がありますので，正確な書類の作成を心がけてください。
刑法（明治四十年四月二十四日法律第四十五号）（抄）
（公正証書原本不実記載等）

第百五十七条公務員に対し虚偽の申立てをして，登記簿，戸籍簿その他の権利若しくは義務に関する公正証書の原本に不実の記載をさせ，又は権利若しくは義務に関する公正証書の原本として用いられる電磁的記録に不実の記録をさせた者は，五年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
2　（略）

3　前二項の罪の未遂は，罰する。

また，登録事務の流れは下図のとおりです。
法第８条第４項((過少申告加算税の軽減措置))の規定の対象となる特例国税関係帳簿とは、所得税法施行規則第58条第１項（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（※１）、法人税法施行規則第54条（取引に関する帳簿及び記載事項）に規定する仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（※２）又は消費税法第30条第７項（仕入れに係る消費税額の控除）、第38条第２項（売上に係る対価の返還等をした場合の消費税額の控除）、第38条の２第２項（特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた場合の消費税額の控除）及び第58条（帳簿の備付け等）に規定する帳簿を指し、適用を受けようとする税目に係る全ての帳簿を規則第５条第５項の要件に従って保存し、かつ、あらかじめ本措置の規定の適用を受ける旨等を記載した届出書を提出する必要があります。※１上記の所得税法施行規則第58条第１項に規定する「その他必要な帳簿」とは、規則第５条第１項に規定する財務大臣の定める取引に関する事項（次の表のとおり、所得税に係る帳簿の種類に応じて、それぞれ以下の事項。）の記載に係るものをいいます。所得税に係る帳簿の種類財務大臣の定める取引に関する事項不動産所得を生ずべき業務につき備え付ける帳簿①手形（融通手形を除きます。以下、本表において同じです。）上の債権債務に関する事項②上記①以外の債権債務に関する事項（当座預金の預入れ及び引出しに関する事項を除きます。）③所得税法第２条第１項第19号に規定する減価償却資産及び同項第20号に規定する繰延資産（以下、本表において「減価償却資産等」といいます。）に関する事項④収入に関する事項⑤費用に関する事項事業所得（農業から生ずる所得を除きます。）を生ずべき業務につき備え付ける帳簿①手形上の債権債務に関する事項②売掛金（未収加工料その他売掛金と同様の性質を有するものを含みます。）に関する事項③買掛金（未払加工料その他買掛金と同様の性質を有するものを含みます。）に関する事項④上記①～③以外の債権債務に関する事項（当座預金の預入れ及び引出しに関する事項を除きます。）⑤減価償却資産等に関する事項⑥売上げ（加工その他の役務の給付その他売上げと同様の性質を有するもの及び家事消費その他これに類するものを含みます。）その他収入に関する事項⑦仕入れその他費用に関する事項事業所得（農業から生ずる所得に限ります。）を生ずべき業務につき備
いいえ。「SHIFT 事業モニタリング報告ガイドライン（Ver.3.1）」に則り新たに算定を行い、検証機関による検証を受ける必要があります。
文書回答手続は、納税者の皆様から、申告期限等の前に「具体的な取引等に係る税務上の取扱い」に関して、文書による回答を求める旨の申出があった場合に、一定の要件の下に、文書により回答するとともに、他の納税者の皆様の予測可能性の向上に役立てていただくために、その照会及び回答の内容等を公表するという納税者サービスです。詳しくは、「事前照会に対する文書回答等について」をご参照ください。
　一方、移転価格税制に係る事前確認及びこれに関する事前相談は、個別性・秘密性が極めて高いという事情があるため、文書回答手続とは別の手続として設けられています。
売手である適格請求書発行事業者は、交付した適格請求書、適格簡易請求書又は適格返還請求書（電磁的記録により提供を行ったものも含みます。）の記載事項に誤りがあったときは、買手である課税事業者に対して、修正した適格請求書、適格簡易請求書又は適格返還請求書を交付しなければならないこととされており、買手においては、追記や修正を行うことは認められていません。
ただし、買手が作成した一定事項の記載のある仕入明細書等の書類で、売手である適格請求書発行事業者の確認を受けたものについても、仕入税額控除の適用のために保存が必要な請求書等に該当しますので、買手において適格請求書の記載事項の誤りを修正した仕入明細書等を作成し、売手である適格請求書発行事業者に確認を求めることも認められます。
この際、例えば、相互に関連する複数の書類により、仕入明細書等を作成することも可能であることから、受領した適格請求書と関連性を明確にした別の書類として修正した事項を明示したものを作成し、当該修正事項について売手の確認を受けたものを保存することも認められます。
したがって、ご質問のように、受領した適格請求書に買手が自ら修正を加えたものであったとしても、その修正した事項について売手に確認を受けることで、その書類は適格請求書であるのと同時に修正した事項を明示した仕入明細書等にも該当することから、当該書類を保存することで、仕入税額控除の適用を受けることとして差し支えありません。
なお、これらの対応を行った場合でも、売手において当初交付した適格請求書の写しを保存しなければなりません。また、売手において、売上税額の積上げ計算を行う場合には、これらの対応により確認を行った仕入明細書等を適格請求書等の写しと同様の期間•方法により保存する必要があります。
（参考）仕入明細書等による適格請求書等の誤りの修正についての詳細は、「消費税 の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問 32」を、修正した適格請求書の交付方法の詳細については「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問 33」を、適格請求書と仕入明細書等を一の書類で交付することの詳細については、「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するＱ＆Ａの問91」を、仕入明細書を受領した場合における売上税額の積上げ計算の詳細については「消費税の仕入税額控除制度に
「福祉サービス第三者評価基準ガイドライン」や「幼稚園における学校評価ガイドライン」等に沿って第三者評価を受審しており、その結果をＨＰ等により広く公表している場合に加算を行うこととしています。
米国会計検査院（Government Accountability Office GAO）及び英国会計検査院（National Audit Office NAO）では、検査の効果を把握する取組を行っており、いずれも会計検査活動による指摘や勧告等と検査対象機関等で執られた是正、改善の措置との間に因果関係が認められる場合に、検査の効果としています。一方、検査の効果として金額で把握できる効果を公表していない国もあります。このような違いは、検査の効果に対する各国の考え方が異なることによるものと考えられます。米国会計検査院では、会計検査活動による指摘や勧告等に対する検査対象機関等の措置の状況をフォローアップするなどして、改善の措置が執られて効果が得られることとなった場合には、その規模を金額で把握しており、財務便益（Financial Benefit）として毎年度の年次報告書（Performance and Accountability Report）に記載しています。指摘や勧告等がもたらす効果については、米国会計検査院では検査対象機関の措置が執られた段階で将来にわたり発生する財務便益も含めた複数年（最大５か年）分を一括して計上しています。英国会計検査院では、会計検査活動による指摘や勧告等に対する検査対象機関等の措置の状況をフォローアップするなどして、改善の措置が執られて効果が得られることとなった場合には、その規模を金額で把握しており、財務効果（Financial Impact）として年次報告書(Annual Report and Accounts)に記載しています。指摘や勧告等がもたらす効果については、英国会計検査院では一つの報告書に関して繰り返し生じる効果がある場合に、適当な期間にわたり毎年効果を計上するなど、複数年間にわたり財務効果を計上しています。また、英国会計検査院では、財務効果の算定に当たり、会計検査院と検査対象機関の効果に対する寄与度を勘案して効果の金額に寄与率を乗じることにより財務効果を算定しています。
照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第33条第1項第2号、第34条の2第2項第4号