年末調整で住宅借入金等特別控除を受けようとする場合に、年末調整の時までに「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」の交付が受けられないときには、どのようにしたらいいでしょうか。
「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」は、年末調整に間に合うように年末残高の予定額に基づいて作成して交付することとされていますが、何らかの事情によって年末調整に間に合わず年末調整によって住宅借入金等特別控除が受けられないといったことも考えられます。このような場合は、確定申告によって住宅借入金等特別控除を受けることができますが、翌年1月31日までに「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」の交付が受けられたときは、その証明書を給与の支払者に提出して年末調整の再計算を受けることもできます。
【関係法令通達】 租税特別措置法関係通達41の2の2-1
年調ソフトにおけるマイナポータル連携の手順は以下のとおりです。①年調ソフトを起動し、従業員が本人の氏名、住所等を入力②「証明書電子データのインポート」画面から、「証明書の電子データをインポートする」を選択し、「マイナポータルから取得」を選択③マイナポータルへの認証画面が表示されるため、４桁の暗証番号（マイナンバーカード受領の際に設定したもの、もしくはスマホ用電子証明書の申請時に設定したもの）を入力の上、マイナンバーカードを利用する場合はマイナンバーカードをセット④画面の案内に従い、表示された一覧から必要な電子データを選択して取得指示⑤取得結果画面に４桁の「取得用コード」が表示されるため、年調ソフトに「取得用コード」を入力⑥取得用コード入力後、「証明書電子データのインポート」画面に取得した証明書データが表示されていることを確認⑦画面下部の「実行」を押下これらの手順で、取得した控除証明書等データが年調ソフトに自動入力されます。※民間のソフトウェア会社が提供する年末調整申告書作成用のソフトウェアの場合、手順が異なることがありますので、ご利用の年末調整申告書作成用のソフトウェアのマニュアル等をご確認ください。
年調ソフトにおけるマイナポータル連携の手順は以下のとおりです。

1 年調ソフトを起動し、従業員が本人の氏名、住所等を入力
2 「証明書電子データのインポート」画面から、「証明書の電子データをインポートする」を選択し、「マイナポータルから取得」を選択
3 マイナポータルへの認証画面が表示されるため、4桁の暗証番号（マイナンバーカード受領の際に設定したもの）を入力の上、マイナンバーカードをセット
4 画面の案内に従い、表示された一覧から必要な電子データを選択して取得指示
これらの手順で、取得した控除証明書等データが年調ソフトに自動入力されます。
5 取得結果画面に4桁の「取得用コード」が表示されるため、年調ソフトに「取得用コード」を入力
6 取得用コード入力後、データが取得されるので、任意のフォルダに保存（PC版）
※スマートフォン版については、自動で端末内の所定のフォルダに保存され、データ取得時に端末内の保存先フォルダが表示されます。
7 画面内の「インポートする電子データを選択」を押下し、6にて保存したファイルを選択
8 画面内に取得したデータが表示されるので、画面下部の「実行」を押下
※1 5において、取得用コードの入力を誤った場合、データの取得ができませんので、2からもう一度手続を実施してください。
※2 市販の年末調整申告書作成用のソフトウェアの場合、手順が異なることがありますので、ご利用の年末調整申告書作成用のソフトウェアのマニュアル等をご確認ください。
1　収用等の課税の特例（措法33、33の4）は、「資産について買取りの申出を拒むときは土地収用法等の規定に基づいて収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき」に適用することとされており（措法33二）、ここでいう「収用されることとなる場合」に当たるかどうかは、用地買収時点で判定することになります。したがって、照会の場合については、事業計画変更前の用地買収時点において、その事業計画の実施が確実と見込まれる場合には、その地権者の譲渡について収用等の課税の特例が適用されることになり、仮に、用地買収後に事業施行者である地方公共団体の財政事情等によって事業計画が変更され、当初の事業計画のために買収された用地がその計画どおりの用途に使用されなくなったとしても、そのことによって収用等の課税の特例が遡って適用できなくなることはありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第33条第1項第2号、第33条の4土地収用法第3条
年末調整手続の電子化は以下の①及び②を行うことにより効率化を図るもの（下表のＤ）ですが、部分的な対応でも下表のＡ～Ｃのとおり一定の効率化を図ることができます。①従業員が控除証明書等を電子データで取得し、それを利用して年末調整申告書データを作成すること②勤務先が、従業員から①の年末調整申告書データ及び控除証明書等データの提供を受け、これを利用して年税額等の計算を行うこと
個別対応が必要となります。申請先の国税局に電話でお問合せください。
年調ソフトの操作及び年末調整手続の電子化に関するご質問については、「年調ソフトヘルプデスク（0570-02-45639時から17時まで10月1日から12月28日は毎日１月４日から２月29日は休祝日を除く月曜から金曜）」にお問合せください。また、年調ソフトの使い方などに関する動画を国税庁ホームページのWeb-TAX-TVやYouTubeの「国税庁動画チャンネル」に掲載しています。なお、年末調整のしかたなど電子化以外のご質問や、法令解釈につきましては、冊子「年末調整のしかた」又は国税庁ホームページ「タックスアンサー（年末調整）」（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/code/bunya-nemmatsuchosei.htm）をご確認いただくか、国税局電話相談センター（所轄税務署の電話番号に架電し、音声案内に従い「１」を選択します。）にお問合せ願います。
マイナポータル連携とは、従業員が年末調整申告書データの作成中に保険料控除等で使用する控除証明書等データを、マイナポータルから自動取得する機能のことです。なお、年調ソフト（第５章参照）を利用した場合は、マイナポータル連携により取得した控除証明書等データの内容を、年末調整申告書に自動入力することが可能です。
減収証明の方法は制度ごとに異なりますが，例えば，日本政策金融公庫等の特別貸付については，「個人事業主は，影響に対する定性的な説明でも柔軟に対応」とされているなど，各支援策の運用は関係機関において柔軟に行われています。
このため，自分が利用できるか確信がもてない場合でも，まずは各数年間の収支の状況などを計算・整理したうえで，各制度の窓口に相談してみることをお勧めします。