バイアウト経費を研究計画調書に計上し採択された場合、必ずバイアウト経費を支出しなければならないのでしょうか。例えば、業務を代行する適任者が見当たらず、結果的にバイアウト経費として使用する予定がなくなるなどの場合どうすればよいでしょうか。
科研費の研究計画調書には、応募者が実施しようとする研究計画を踏まえ、経費の計上をしていただくことが基本であり、バイアウト制度についても同様です。他方、採択後において、様々な理由から、バイアウト経費より（本来の）研究経費により重点をおかなければならない場合も想定されます。このため、「研究計画調書に計上したバイアウト経費を必ず支出しなければならない」ということではありません。代替手段を検討いただくとともに、交付申請書に記載の研究目的の範囲内で進捗状況に応じて研究計画を変更するなど、適切に経費を執行してください。さらに、必要に応じ、交付申請時点で研究経費を見直したり、研究開始後に交付申請書に記載の研究目的の範囲内で進捗状況に応じて研究計画を変更したりすることも可能です。 
お見込みのとおりです。選定後は、選定した事業ごとに決定した採択額の範囲内でのみ認められます。
研究機関より電子申請システムを通じて、日本学術振興会へ研究計画調書等の提出、受付が行われた後に、差し替え等を行うことは一切できませんので、提出いただく前に十分確認をお願いします。
各研究機関において研究支援者等の採用にあたり雇用条件を決定する際に、研究機関の関係規定に基づいて適切に判断していただければよく、科研費の制度として一律にルールを定めているものではありません。このほか、赴任のための旅費の支給、賞与や残業代の支給 、産休の取扱いなどについても同様です。いずれにせよ、雇用に関する諸条件については、研究機関の規定や雇用契約の書面において明確にしておくことが必要です。 
制度上は可能ですが、管理対象物品となる備品等を購入する際に、研究機関が自己負担する費用と合わせて購入することは想定していません。これは、研究終了後、防衛装備庁に当該物品等を返納する際に、所有権を明確にできない恐れがあるためです。自己充当分があったとしても、当該物品等の所有権が防衛装備庁に帰属することを許容していただけるのであれば、ご質問のような購入をしていただいても構いません。
中核機関では事業総括や科学技術コーディネーター等が研究管理に従事される部分については管理が必要であり、その部分については、ガイドラインに基づく体制の整備を行っていただく必要があると考えています。
　また、ガイドラインの報告の対象としては、再委託先までを対象とはしていませんが、中核機関は、文部科学省や科学技術振興機構に対して事業の遂行に全面的に責任を負う立場にありますので、委託先の研究実施機関においてガイドラインの第1節から第7節に規定される、体制整備、報告の提出、文部科学省等の行う現地調査への協力等が行われるようにするとともに、中核機関として行う資金管理等についても遺漏なきようご対応いただきたいと考えます。
本事業は新規調査研究のモデル事業であり、委託費での支出となりますので、補助率はなく、この事業の範囲内では自治体負担は生じません。
繰越申請時点において、間接経費を全額執行してしまっている場合や年度内の執行計画が定まっている場合など（※）は、直接経費のみを繰り越すことがあっても差し支えありません。ただし、年度当初から研究者が病気などの事情により、ほとんど研究費を使用しないことが明らかな場合 などには、間接経費についても執行を見合わせることが適当と考えます。   ※  執行計画が適正に定まっている場合とは、実際の執行内容は固まっているものの、当該年度に支出が完了していない場合などであり、間接経費の使用に関する方針等を策定しているだけの場合は含みません。 
次年度の事業に関する準備経費は、補助対象期間として認められた期間に実施する事業の経費としては一切計上できません（補助対象外経費としての計上も不可）。