科研費で取得した設備（資産）の取扱いはどのようになりますか？
直接経費により購入した設備等は、研究代表者又は研究分担者が所属する研究機関に寄付しなければなりません。また寄付した後は、研究機関の定めに従って取り扱ってください。     なお、研究代表者又は研究分担者が、補助事業期間中に他の研究機関に異動する場合であって、当該研究代表者又は研究分担者が寄付した設備等を、新たに所属することとなる研究機関において使用することを希望する場合には、研究機関は研究機関の定めに基づき、当該設備等を研究代表者又は研究分担者に返還してください。研究期間終了後（補助事業を廃止した場合も含む）５年以内に補助事業者が他の機関に異動し、異動先の研究機関で当該補助事業者が寄付した設備等の使用を希望する場合も同様に取り扱ってください（令和２(2020)年度以降に購入する設備 から適用）。 
減価償却資産に資本的支出をした場合は、その資本的支出の部分について、原則として、もとの減価償却資産と種類及び耐用年数を同じくする減価償却資産を新たに取得したものとして減価償却費を計算します（以下「本則」といいます。）（所得税法施行令第127条第1項）。また、平成19年3月31日以前に取得した減価償却資産について資本的支出をした場合には、その支出した金額をその減価償却資産の取得価額に加算することもできます（以下「特例」といいます。）（同条第2項）。
【関係法令通達】 所得税法第49条、所得税法施行令第127条、第132条、所得税基本通達49-1の2、49-31
科研費においては、同一法人内であっても、研究分担者に対しては分担内容を踏まえた分担金の配分が必要ですが、学校法人として一つの事務局で科研費の管理をしている場合は同じ事務局で管理していただいても構いません。なお、最終的な研究分担者ごとの使用額については、実績報告書提出時に研究代表者がまとめて報告することになります。また、実績報告書は大学と短大からそれぞれ提出していただきます。
研究費の不正使用に関しては、透明性と公正性を担保することに主眼があり、その基本的な考え方に沿って具体的な対応は機関側でご判断いただければ結構であると考えています。但し、研究活動の不正行為と、研究費の不正使用では、不正の性質の違いに基づき、調査に関与される方や問題の有無の判定方法等は異なりますので、それぞれに応じた対応を行っていただく必要があります。そのような点をご勘案の上、規程そのものを一つにまとめられるかどうかは、機関でご判断いただければ結構です。
共用設備に関する負担額の割合を決めるにあたっては、「当該設備の使用割合（見込）による按分」や「研究課題数による等分」が合理的な考え方としてあげられます。   負担額の割合を交付された研究費の規模に応じて按分する場合にも、それが合理的な考え方であることが求められます。    例えば、負担額を支出する補助事業が２つで、その研究費規模が５倍違う場合（Ａ事業が1000万円、Ｂ事業が200万円）に、600万円の共用設備を購入しようとすると、Ａ事業が500万円、Ｂ事業が100万円を支出することになりますが、当該設備の使用割合（見込）がＡ事業よりもＢ事業の方が高いとすれば、上記の「当該設備の使用割合（見込）による按分」とは大きく異なることになり、合理的な負担額の割合とは言えないと考えられます。研究費規模により負担額の割合を按分することについては、一律に判断することが難しいため、事前に文部科学省に相談してください。 
国庫債務負担行為を導入することで、他の補助金と異なり、研究期間の初年度に、研究期間最終年度までの交付 内定・申請・決定を行うことになりますので、毎年度実績報告書を提出していただきますが、額の確定は研究期間終了後に一度行われることになります。このため、平成 ２５(2013) 年度より、特別推進研究のみを対象とする研究者使用ルールを定めるとともに、機関使用ルールについても見直していますので、これらの使用ルールに従い適切に諸手続を行ってください。     なお、各年度に交付された研究費は、他の補助金と同様、年度を越えて使用することはできませんので、その一部を翌年度に使用する場合には、繰越手続や調整金を活用してください。    ※特別推進研究の平成２８(2016)年度新規採択課題からは、国庫債務負担行為による複数年度交付を取りやめ、補助金により措置されている他の研究種目と同一に扱うこととしました。 
科研費については、当該研究課題の研究遂行に直接必要なものであれば支出することができます。例えば、以下のようなものへの支出も可能ですが、研究代表者や研究分担者は、その経費使用に関する判断や使途に関する説明責任を負うことになります。その判断については、根拠が示せるように必要に応じて研究 機関でルールを定めてください。【支出が認められる例】・光熱水費についても、当該研究の遂行に使用されていることを特定（例えば、具体的な按分基準による算定など）することができれば、支出することは可能です。・学内の施設使用料（スペース・チャージ）についても、研究機関の規定等に基づき明確に算出できれば、支出することはできます。・レンタカー代についても、研究遂行のために直接必要であれば、支出することができます。レン タカー借用時に必要となる免責補償料（保険）も支出することもできます。・鉄道やバスなどの公共交通機関を利用することができない地域においてタクシーを利用することも、適宜判断して支出することができます。【支出が認められない例】・研究者を訪問する際の「手土産代」については、研究の遂行のために直接必要なものとは考えられませんので支出できません。 
科研費からの経費支出に当たっては、経費を支出しようとする事柄（「物品」や「料金」等）そのものに着目して支出の可否を判断するのではなく、「当該経費の支出が科研費の研究遂行上必要かどうか」といった観点で可否を判断することになりますので、単純にリスト化することは困難です。例えば、同じパソコン代金の支払いであっても、科研費の研究遂行上必要であれば代金を科研費から支出することができますが、科研費の研究遂行上必要ない場合は目的外使用に当たるため科研費から支出することはできません。  
環境保全活動に関わる支出の一部は、財務会計上は、在庫として残っている製品の原価（以下、「棚卸資産原価」という。）や売上原価に含められていることがあります。例えば、工場の人件費や設備の減価償却費などは、財務会計上、そのままその期の費用として損益計算書に載るわけではありません。それらは、いったん製品原価として集計された上で、その期に販売された部分については売上原価として損益計算書に計上され、売れなかった部分は期末の棚卸資産の原価として貸借対照表に計上されることになります。それでは環境会計ではどのように考えればよいのでしょうか。製品原価になるような費目で環境保全関連の支出があった場合、売上原価に対応する部分だけをその期の環境保全コストとすべきでしょうか。そして売れなかった部分は翌期以降の環境保全コストとして繰り越した方がよいのでしょうか。環境会計を財務会計と一致させようとするとそうなります。しかし、環境会計は財務会計とは本来、別のものですから、両者を無理に一致させようとする必要はありません。財務会計で確立した考え方を援用した方が便利であったり、分かりやすい場合には、環境会計でも同じ方法を採用しますが、売上原価や棚卸資産原価との対応まで考えようとするとかえって煩雑になるおそれがあります。環境庁のガイドラインでも、そのような方法は想定していません。したがって、環境保全活動に関連する人件費や諸経費は、売上原価と棚卸資産原価のどちらになるものも、環境会計上はすべて、その期の環境保全コストに含めればよいと思われます。製品が販売されたか、在庫として残っているかに関わらず、工場での環境保全活動は既に行われているのですから、その費用はその期の環境保全コストにする方が、より妥当であるとも言えるでしょう。