ガイドライン（通則編）３－５－３－１の「（※３）（イ）」に「個人データを格納しているサーバや、当該サーバにアクセス権限を有する端末において、情報を窃取する振る舞いが判明しているマルウェアの感染が確認された場合」とありますが、個人データを格納しているサーバにおいてマルウェアを検知した場合には、漏えいのおそれがあると判断されますか。
ガイドライン（通則編）３－５－３－１（※３）は、漏えいが発生したおそれがある事態に該当し得る事例を示したものであり、単にマルウェアを検知したことをもって直ちに漏えいのおそれがあると判断するものではなく、防御システムによるマルウェアの実行抑制の状況、外部通信の遮断状況等についても考慮することになります。
一般に個人データを共同利用しようとする場合には、法第27条第５項第３号に基づき、①共同利用をする旨、②共同して利用される個人データの項目、③共同して利用する者の範囲、④利用する者の利用目的、⑤当該個人データの管理について責任を有する者の氏名又は名称及び住所並びに法人にあっては、その代表者の氏名をあらかじめ本人に通知又は容易に知りうる状態に置かなければなりません。
ご質問のように、法定調書の提出の要否が判断できた段階でマイナンバー（個人番号）を収集することができます。
また、収集した番号が不要となった場合には、毎年度末に廃棄を行う等の通常の事務の廃棄のタイミング等を捉えるなど、マイナンバー（個人番号）及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等勘案し、適切に対応してください。

（参考） 「特定個人情報の適正な取扱いに関する ガイドライン（事業者編）」に関するQ&A Q6-5
委託先は、委託（法第27 条第５項第１号）に伴って委託元から提供された個人データを、委託された業務の範囲内でのみ取り扱わなければなりません。委託先が当該個人データを統計情報に加工することが委託された業務の範囲内である場合には、委託先は当該加工を行うことができますが、委託された業務の範囲外で委託先が当該加工を行い、作成された統計情報を自社のために用いることはできません。（令和３年９月追加）
健保組合が個人データの取扱いを委託している場合において、委託先において個人データの漏えい等が発生した場合には、委託先から速やかに報告を受け、健保組合としても、事業者内における漏えい等事案の発生時の対応と同様に、迅速かつ適切に対応する必要があります。（「問２０２」参照）このため、個人データの取扱いを委託する際には、委託先において個人データの漏えい等が発生した場合における委託先と健保組合との間の報告連絡体制を整備しておくことが必要です。
貸与したデータを利用、保管又は管理する場所が複数ある場合は、それぞれの所属機関毎にセキュリティ要件を満たすことが必要ですので、所属機関毎に「個票データ等の管理方法等」を御提出ください。（セキュリティ要件については、詳しくはガイドライン第6の2（4）を御覧ください。）　また、1件の個票データ等のファイルを複数の利用者に貸与する場合は、当該利用者数を貸与ファイル数として取り扱いますので、申出書中「必要なファイル数」はその旨を踏まえ御記入ください。
本ガイドラインの趣旨に沿った適切な対応が実施されている場合には、そのような理解で差し支えありません。
以下が確保されている場合には、残存していないと使用者自身で判断して結構です。

分化誘導に使用する遺伝子組換えウイルスには生物多様性及び人の健康に影響を及ぼす遺伝子が組み込まれていないこと（分化誘導を目的とする挿入遺伝子はこれに該当しない）。
当該細胞が、法第2条に規定する「生物」に該当しないこと。
ウイルス粒子が残存していないことや検出限界以下となっていることが、合理的な根拠により推察・判断できる複数回の洗浄が行われていること。
非増殖性であること（増殖能を喪失する遺伝子改変がなされていること。また、当該細胞への感染後、感染性ウイルス粒子が出現しないことが合理的に説明可能であること）。
感染性試験を実施して、残存していないことを確認することが望ましい（上記工程を経た上で、更に過去の同種の細胞試薬の生産等から得られた知見・経験の蓄積により残存していないと判断できる場合には、必ずしも感染性試験まで実施する必要はありません）。
研究・検査用試薬としての使用に限られること（ex vivo遺伝子治療等医療目的で使用するものについては厚生労働省が示す考え方に従うこと）。
求められた場合には適切に説明できるよう、根拠資料等を管理・保管しておくこと。
染色体の遺伝子組換えを行った当該細胞試薬を法第2条に規定する生物に移植し、当該生物内で生着する場合、当該生物は細胞外で加工した核酸を有することになり、カルタヘナ法規制の対象である遺伝子組換え生物に該当すると考えられる。この為、当該細胞試薬がそのような形で使用される可能性がある場合には、譲渡の際に、移植後の生物は遺伝子組換え生物に該当し、カルタヘナ法の規定に従って適切に使用する必要がある旨情報提供すること。
なお、新たな科学的知見等が得られた場合、必要に応じて見直しを行います。判断に困る場合には、NITEまでご相談ください。
把握・蓄積する情報については、リスクの評価や低減措置の実効性の検証等に用いることが可能なものであり、本ガイドラインⅡ－２（３）（ⅶ）【対応が求められる事項】③イ～ハに定める情報のほか、例えば、電信送金における送金人情報（個人の場合は氏名・住所・生年月日及び口座番号又は取引識別番号、法人の場合は名称、所在地及び口座番号又は取引識別番号等）や、疑わしい取引の検知から届出までの期間と判断から届出までの期間、検知したものの疑わしい取引に該当しないと判断した取引情報等が考えられます。これは、各金融機関等の定期及び随時のリスク評価に利用されることが想定される情報であり、必要に応じて速やかに当局等に提出が可能である態勢を想定しています。