「加算Ⅲによる賃金改善額の総額の３分の２以上が、基本給又は決まって毎月支払われる手当の引上げによるものであること」とされていますが、ここでいう「賃金改善額の総額」には賃金改善に伴い増加する「法定福利費等の事業主負担分」も含まれるのでしょうか。
「賃金改善額の総額」には賃金改善に伴い増加する「法定福利費等の事業主負担分」は含まれません。
労働組合などと使用者（多くの場合は会社ですが、個人の場合もあります。）の間で決められる労働条件や労使関係上の諸問題を取り扱っています。
　具体的には、賃金の引上げ、各種手当の額、夏・年末・年度末一時金、解雇、人員整理、配置転換、福利厚生、団体交渉の開催、団体交渉のルールなど様々です。
　ただし、法律の改廃など労使間では決められない事項について、労使の意見が一致しなくても、労働委員会では調整していません。
通勤手当は報酬に含まれます。厚生年金保険法でいう報酬とは、被保険者が事業主から労務の対償として支給されるすべてのものをいい、賃金、給料、手当などその名称にかかわらず対象になります。ただし、3カ月を超える期間ごとに受けるもの（賞与）及び臨時に支給されるものは除かれることとされています。通勤手当は、数カ月分を一括して現金又は定期券等により支給されるケースが多いのですが、支払上の便宜によるものと考えられるため、3カ月を超える期間ごとに支給される場合であっても「報酬」に含まれるものと取り扱われています。したがって、事業所の給与規定に定めのある通勤手当は、労務の対償として受けるものであると認められ、標準報酬月額の対象となる報酬に含まれます。
最低賃金の引上げにより労務費等のコストが上昇した場合や，原油価格の高騰に伴いエネルギーコストが上昇した場合，「下請代金支払遅延等防止法に関する運用基準」第４の５(2)ウ及びエのような方法で下請代金の額を定めることは，買いたたきに該当するおそれがある。
（参考：下請代金支払遅延等防止法に関する運用基準（抄））
　第４ 親事業者の禁止行為
　　５ 買いたたき
　　 (2) 次のような方法で下請代金の額を定めることは，買いたたきに該当するおそれがある。
ウ 　労務費，原材料価格，エネルギーコスト等のコストの上昇分の取引価格への反映の必要性について，価格の交渉の場において明示的に協議することなく，従来どおりに取引価格を据え置くこと。
エ 　労務費，原材料価格，エネルギーコスト等のコストが上昇したため，下請事業者が取引価格の引上げを求めたにもかかわらず，価格転嫁をしない理由を書面，電子メール等で下請事業者に回答することなく，従来どおりに取引価格を据え置くこと。
年俸制を導入した場合でも、実際の労働時間が一週又は一日の労働時間の法定労働時間を超えれば、原則として※、割増賃金を支払わなければなりません。
したがって、年俸制であることを理由として割増賃金の支払いを免れることはできません。
※「原則として」とあるのは、労基法４１により、以下の労働者には、労働時間、休憩及び休日に関する規定が適用されないためです。


(1)土地の耕作若しくは開墾又は植物の栽植、栽培、採取若しくは伐採の事業その他農林の事業（林業を除く。）または動物の飼育又は水産動植物の採捕若しくは養殖の事業その他の畜産、養蚕又は水産の事業に従事する者
(2)事業の種類にかかわらず監督若しくは管理の地位にある者又は機密の事務を取り扱う者
(3)監視又は断続的労働に従事する者で、使用者が行政官庁の許可を受けたもの
賃金改善の具体的な方法や対象・個々の職員ごとの賃金改善額については、事業者の判断により決定することが可能です。
ただし、個々の職員の改善額の設定に当たっては、合理的な理由なく特定・一部の職員に偏った賃金改善を行うなどの恣意的な改善とならないようにする必要があります。
認定計画に記載された基本賃金の一部を変更する場合、昇給の場合は変更届出、減額の場合は新たな外国人の追加として変更申請を 行ってください。
基本賃金を減額する変更は、「技能習熟に応じて昇給を行う」ことに抵触するため、原則として認められません。また、所定外賃金である固定残業手当で補填することは認められません。
結果として下請事業者が負担することとなった費用を親事業者が全て負担すれば，不当な給付内容の変更には該当しない。
貴見のとおり解して差し支えありません。
【関係法令通達】 法人税法第2条第6号、第9号の2イ、第12号の8ハ法人税法施行令第3条第1項、第4条の3第4項