オーバーが生じた場合、どのように輸入割当数量から減じればよいですか。また、輸入承認証の裏書はどのように記載すればよいですか。
オーバーとは、税関によって実検された現物の数量（通関数量）が送状数量を超える場合のことです。 通常、輸出者と輸入者の輸入契約に基づき貨物が送られることから、送状数量と通関数量は一致しますので、原則、割当数量の残数管理は送状数量を基準に確認します。
オーバーが生じた場合は、通関数量が送状数量を超過し、一致しません。 この場合、当該超過分が有償の場合には、超過分を含んだ通関数量を割当数量から減じることになります。 一方、当該超過分が無償かつ送状数量の３％以内の場合、超過分を含まない送状数量を割当数量から減じることになります。 また、当該超過分が無償かつ送状数量の３％を超える場合、送状数量と３％を超えた分の合計を割当数量から減じる必要があります（例えば、超過分が５％であった場合、３％を超えた分の２％と送状数量の合計を割当数量から減じなければなりません。）。
なお、ここでいう「超過」とは、輸入者の意図によらず超過したものをいいます（当初から契約又はインボイスに含まれているもの等（無償サンプルを含む。）は、ここでいう「超過」には該当しません。）。 輸入承認証の裏書には、実際はどれだけの数量が通関数量を超過したのか、裏書上判別できるよう、以下のとおり、通関数量欄の通関数量の下に記載してください。
酒税は、原則として、酒類が製造場から移出された時に課税原因が発生することとなりますが、酒類製造者が外国に輸出する目的で酒類をその製造場から移出する場合には、例外として、酒税が免除されます。
 この輸出免税の適用を受けるための手続は、以下のとおりです。

(1)  酒類の移出を行った酒類製造者が、その酒類に係る酒税納税申告書（期限内申告書に限ります。）に、輸出免税の適用を受けようとする酒類の税率の適用区分及びその区分ごとの数量を記載すること
(2)  酒類が輸出のため外国航路若しくは外国航空路に就航する船舶若しくは航空機に積み込まれたことを輸出港の所轄税関長が証明した書類、その事実を輸出の許可をした税関長がその書類に基づいて証明した書類又は輸出された酒類が外国に陸揚げされたことを証明した書類（以下これらを「輸出許可証等」といいます。）に基づいて、次の事項（以下「必要記載事項」といいます。）を帳簿に記載すること

・　その酒類の税率の適用区分及びその区分ごとの数量
・　輸出の年月日及び仕向地
・　輸出港の所轄税関
・　その酒類の輸出をした者が、その酒類の製造者以外の者であるときは、その輸出をした者の住所及び氏名又は名称
・　その他参考となるべき事項



※　輸出許可証等に必要記載事項が記載されている場合には、その輸出許可証等を保管していれば、別途、帳簿に記載する必要はありません。
　　なお、令和２年３月31日以前は、輸出免税の適用を受けるためには、(1)の要件に加え、輸出申告書の付表に基づき作成した輸出免税酒類輸出明細書を酒税納税申告書に添付する必要がありました。現在は、上記(2)のとおり、輸出許可証等に基づき必要記載事項を帳簿に記載していれば、輸出免税酒類輸出明細書を作成する必要はありません。
 また、輸出許可証等に記載されているインボイス番号を必要記載事項とともに帳簿等に記帳することにより、(2)の要件を満たすこととしており、この場合には、「輸出申告書の付表」の作成も不要となります。
 例えば、酒類製造者が輸出免税の適用を受けて輸出する場合、輸出業者が作成したインボイス番号を連絡するための書類を、必要記載事項を記帳した帳簿に併せて保存するような方法も認められます。

 輸出免税に関する手続については、「酒類の輸出免税等の手続について」もご覧ください。
根拠法令等：酒税法第29条、同法施行令第36条
法令解釈通達
簡易課税制度を適用している場合は、インボイス制度の実施後も、インボイスを保存しなくても仕入税額控除を行うことができますので、仕入先との関係では留意する必要はありません。
簡易課税制度を適用していない場合も、取引への影響に配慮して経過措置が設けられており、免税事業者からの仕入れについても、制度実施後３年間は消費税相当額の ８割、その後の３年間は５割を仕入税額控除が可能とされています。
また、消費税の性質上、免税事業者も自らの仕入れに係る消費税を負担しており、その分は免税事業者の取引価格に織り込まれる必要があることにも、ご留意ください。
なお、免税事業者等の小規模事業者は、売上先の事業者と比して取引条件についての情報量や交渉力の面で格差があり、取引条件が一方的に不利になりやすい場合も想定されます。このような状況の下で取引条件を見直す場合、その設定方法や内容によっては、独占禁止法又は下請法若しくは建設業法により問題となる可能性があります。具体的に問題となりうる行為については、Ｑ７をご参照ください。
（参考）下請法及び建設業法並びに独占禁止法の優越的地位の濫用規制に関するご相談については、別紙の「下請法及び建設業法並びに優越的地位の濫用規制に係る相談窓口」までお問い合わせください。
免税事業者からの仕入れについて、インボイス制度の実施に伴う対応を検討するに当たっては、以上の点も念頭に置きつつ、仕入先とよくご相談ください。
また、免税事業者である仕入先との取引条件を見直すことが適当でない場合に、仕入税額控除を行うことができる額が減少する分について、原材料費や諸経費等の他のコストとあわせ、販売価格等に転嫁することが可能か、自らの売上先等と相談することも考えられます。
対象年度以前の在庫を使用した場合は、その量を対象年度の取扱量に含めてください。
各輸入発表で規定しているとおり、先着順割当ては、申請時に提出された輸入契約書の内容（契約年月日、契約数量、原産地、船積地域等）に基づき輸入承認証を交付するものであるため、どのような内容の変更であっても、輸入通関を行う前に、必ず経済産業省の確認を受ける必要があります。 　ただし、提出した輸入契約書に記載された契約相手方とは異なる者と交わした輸入契約は、合理的な理由がある場合を除き、変更契約とは認められません。  詳しくは、令和５年２月８日付けお知らせ「先着順割当て申請時に提出した輸入契約書の内容を変更した場合の手続きについて」を御覧ください。
輸入国政府（税関）は、輸入通関時にＥＰＡ税率を適用するかどうかを決定するため、提出された特定原産地証明書が真正のものかどうか、また、特定原産地証明書に記載されている産品が特定原産品であるか否かの確認の要請を輸出国政府に対して行うことができます。仮に我が国が輸入国政府から確認の要請を受けた場合、経済産業省又は経済産業省から要請を受けた日本商工会議所が必要な確認を行うことになります。なお、日メキシコＥＰＡ、日オーストラリアＥＰＡ及びＲＣＥＰに限っては、輸入国政府（税関）が、これと並行して、輸出者又は生産者にも確認の要請に係る連絡をすることができることになっています。また、輸入国政府は、必要に応じて、輸入国政府の立会いの下で輸出国政府が産品の輸出者や生産者の施設を訪問し、特定原産品であるか否かに関する情報を収集した上で、輸入国政府に提供することを輸出国政府に要請することができることになっています。詳しくはガイドライン「経済連携協定（EPA）に基づく原産地証明書（第三者証明制度）への検認について」 を御参照ください。
外国の出願番号等を記載していただければ、証明書の提出は省略することができます。外国の出願番号等が付与されていない場合には、出願した国（機関）及び出願日を記載し、外国出願の願書の写し等を添付することによって外国出願番号等の記載に代えることができます。
特殊輸入割当てとは、輸入割当品目の水産物であっても、日本から無償で輸出し、委託加工契約により加工した上で再度日本に輸入される貨物については、輸入発表に基づく輸入割当てを取得していなくても輸入が可能となる制度です。特殊輸入割当制度により輸入する場合は、「特殊事由による貨物の輸入について」（輸入注意事項５５第９０号）に基づく申請手続をしてください。
なお、この特殊事由による貨物の輸入については、水産庁による確認の後に、経済産業省に申請が必要なため、まずは水産庁に御相談ください。
確実に当該産地で生産された農畜産物が使用されていると差別化できる場合には、全額販売額に含めて問題ないと考えています。