当医療法人は，病院を開設していますが，消費税転嫁対策特別措置法の特定事業者に該当しますか。
医療法人が病院や診療所を開設し，医薬品等の納入業者と継続的な取引があれば，特定事業者に該当します。また，国，地方公共団体又は独立行政法人などが病院や診療所を開設している場合，当該国，地方公共団体又は独立行政法人なども，上記と同様に納入業者と継続的な取引があれば，特定事業者に該当します。
照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 所得税法第59条第1項第1号租税特別措置法第40条第1項所得税基本通達33-4
経済的利益には該当しません。
【関係法令通達】 所得税法第36条第1項、第2項、健康保険法第161条、第162条
照会意見のとおりに解して差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法第65条の7租税特別措置法施行令第39条の7租税特別措置法関係通達（法人税編）65の7(1)−30の3
ご質問のように、一定の住民の方を対象として、医療機関での診療などに係る医療費の負担について市区町村において独自の制度に基づいて助成（自己負担額の減免）が行われている場合があります。
また、「医療費通知」に記載される「被保険者等が支払った医療費の額」は、医療保険者が作成時点で把握している情報に基づいて記載されているため、公費負担医療制度や市区町村による医療費助成、減額査定、未収金などが「医療費通知」に反映されない（つまり、「被保険者等が支払った医療費の額」から助成分が差し引かれずに記載されている）場合があります。
ところで、医療費控除は、その年中に実際に支払った医療費を対象に控除額を計算することとなりますので、ご質問のように窓口で自己負担額の減免があるにもかかわらず、その金額が「医療費通知」に反映されていない場合は、この減免分を除く実際に負担した医療費の額に基づいて医療費控除の額を計算することになります。
したがって、具体的には、「医療費控除の明細書」の「１ 医療費通知に関する事項」のうち「(2) (1)のうちその年中に実際に支払った医療費の額」欄へ実際に支払った医療費の合計額を記載し、「医療費通知」に減免分がある旨を付記（記載例は問 ９参照）した上で、「医療費控除の明細書」と「医療費通知」を確定申告書に添付してください。
なお、上記のような窓口での医療費の減免のほか、事後的に給付を受ける医療費を補填する保険金など（注）がある場合においても、支払った医療費の額からその医療費を補填する保険金などの額を差し引いて医療費控除の額を計算します。
（注）この保険金などは、①生命保険契約に基づいて支払われる医療保険金、②社会保険に関する法律やその他の法令の規定に基づき、医療費の支払を給付原因として支給される給付金（例えば、出産育児一時金、高額療養費）、③法令の規定に基づかない任意の互助組織から医療費の補填を目的として支払を受ける給付金などをいいます。詳しくはパンフレット『医療費控除を受けられる方へ』を参照してください。 
法第８条第４項（過少申告加算税の軽減措置）の規定は、令和４年１月１日以後に法定申告期限が到来する国税について適用されます。
具体的には、令和４年１月１日以後に国税関係帳簿の備付けを開始する場合には、個人事業者であれば令和４年分の所得税について、法人であれば令和４年１月１日以後に開始する事業年度の法人税について、それぞれ適用が可能となります。
他方、令和３年度税制改正前の法の承認を受けて規則第５条第１項に定める特例国税関係帳簿の全てについて電磁的記録による保存等を行っている場合には、個人事業者であれば令和３年分の所得税について、法人であれば令和４年１月１日以後に法定申告期限が到来する事業年度の法人税について、それぞれ適用が可能となります。
なお、優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置の適用に当たっては、修正申告書又は更正に係る課税期間の初日（新たに業務を開始した個人のその業務を開始した日の属する課税期間については、同日）から引き続き、優良な電子帳簿の要件を満たしている必要があることから、令和３年度税制改正前の法の承認を受けて電子帳簿を保存等している保存義務者についても、例えば、令和３年分の所得税についてその軽減措置の適用を受けようとする場合には、その所得税の課税期間の初日である令和３年１月１日から、承認を受けて電子帳簿の保存等を行っている必要があります。
いずれも照会意見のとおりです。
【関係法令通達】 法人税法施行令第60条法人税法施行規則第20条第2項
法第８条第４項((過少申告加算税の軽減措置))の規定の適用を受けようとする国税の法定申告期限までに、法第８条第４項((過少申告加算税の軽減措置))の規定の適用を受ける旨等を記載した届出書（以下「特例適用届出書」といいます。）の提出が必要となります。【解説】規則第５条第１項((特例国税関係帳簿の適用届出書))に規定する「あらかじめ」の適用に当たっては、法第８条第４項((過少申告加算税の軽減措置))の規定の適用を受けようとする国税の法定申告期限までに提出があれば、あらかじめ提出があったものとして取り扱うこととしています（取扱通達８－５）。また、令和４年１月１日前において現に令和３年度の税制改正前の承認を受けている国税関係帳簿（以下「承認済国税関係帳簿」といいます。）について、当該承認済国税関係帳簿が規則第５条第１項に定める特例国税関係帳簿（所得税法上の青色申告者が保存しなければならないこととされる仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（所得税法施行規則58①）、法人税法上の青色申告法人が保存しなければならないこととされる仕訳帳、総勘定元帳その他必要な帳簿（法人税法施行規則54）又は消費税法上の事業者が保存しなければならないこととされる一定の帳簿（消費税法30⑦、38②、38の２②、58））である場合には、法第８条第４項に規定する過少申告加算税の軽減措置の適用を受けることが可能です。その場合においても、あらかじめ、特例適用届出書の提出が必要となりますので注意してください（令３改正法附則82⑦）。
動機付け支援として行われる特定保健指導の指導料は、医療費控除の対象となる医療費に該当しません。
【関係法令通達】 所得税法第73条第2項、所得税法施行令第207条、所得税法施行規則第40条の3第1項第2号