施行規則第 19 条第５号において、「個人情報に含まれる記述等と当該個人情報を含む個人情報データベース等を構成する他の個人情報に含まれる記述等との差異その他の当該個人情報データベース等の性質を勘案し」とありますが、ここでの「当該個人情報を含む個人情報データベース等」については、事業者が保有する個人情報データベース等全体を勘案する必要がありますか。
ここでの「当該個人情報を含む個人情報データベース等」とは、当該個人情報取扱事業者が匿名加工情報を作成する際に加工対象とする個人情報データベース等を想定しています。すなわち、匿名加工情報を作成する個人情報取扱事業者が保有する加工とは無関係の個人情報を含む全ての個人情報データベース等の性質を勘案することを求めるものではありません。
包括確認申請手続は、十分な知見や経験を有する事業者を対象にしたスキームであり、そのような事業者の安全委員会で判断が困難な場合には、基本的に個別申請いただく必要があると考えていますが、不明な点等があればＮＩＴＥ又は経済産業省までご相談ください（ただし、ＮＩＴＥ又は経済産業省で判断を行うことはありません）。

なお、通知の第5に「使用する供与核酸がＧＩＬＳＰの基準を満たすことについて経済産業省による明示的な事前の確認が必要な場合」とありますが、単に安全委員会での判断が難しいとの事情は、「明示的な事前の確認が必要な場合」には該当しません。
いずれも照会意見のとおりで差し支えありません。
【関係法令通達】 法人税基本通達9−5−1、9−5−2
税法上、本人に対して交付する義務がある源泉徴収票や支払通知書等には、マイナンバー（個人番号）（※給与所得の源泉徴収票及び退職所得の源泉徴収票については、支払者の法人番号を含む。）の記載はしません。

なお、税法上、本人に対して交付する義務がない法定調書についても、支払内容の確認などのために本人に対して写しを交付する場合があるかと思いますが、そのような行為は、番号法上の特定個人情報の提供制限を受けることとなるため、本人及び支払者等のマイナンバー（個人番号）を記載することはできません。
（参考）
個人情報保護法28条に基づく開示請求による場合等においては、交付を受ける本人のマイナンバー（個人番号）に限っては提供できる旨、「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&A」（個人情報保護委員会）のQ5-7、Q5-8及びQ5-8-2に記載されています。
「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）に関するQ&Aはこちら。（個人情報保護委員会ホームページへ移動します）
（更新理由）
当初、従業員に交付する源泉徴収票等には、その従業員のマイナンバー（個人番号）を記載することとなっていましたが、平成27年10月2日に所得税法施行規則等の改正が行われ、企業の従業員など給与の支払を受ける方に交付する源泉徴収票などへのマイナンバー（個人番号）の記載は行わないこととされたため、内容を更新しました。詳しくは、「本人へ交付する源泉徴収票や支払通知書等への個人番号の記載不要について（PDF/207KB）」をご覧ください。
個人情報の取扱いに関する事項を含んだ内容で改めて契約する方法もありますが、現行の契約において、「業務の適正な執行を図る」といった類の規定がある場合には、その「適正な執行」の一環として個人情報の適切な取扱いが含まれることを確認し、具体的な取扱い等を明確化するために確認書など補足の取り決め文書を作成するなどの方法も可能と考えられます。
個人情報を提供して仮名加工情報の作成を委託した場合においては、委託元と委託先が共同して作成したものとして、削除情報等を共有することは可能です。ただし、削除情報等を取り扱う者の権限を委託元においても明確に定めるなど、委託元も含め施行規則第32条に定める基準に従って適切な安全管理措置を講じる必要があります。
ホームページに掲載しておりませんが事務局としての案は準備しております。内容は一般的内容ですが、秘密保持や知的財産についてのルールを用意しております。ご覧になりたい場合は別途ご連絡ください。
番号法では、第19条各号に規定している場合を除き他人のマイナンバー（個人番号）を収集・保管することを禁止しており、第19条第5号において、特定個人情報の取扱いの全部又は一部を委託する場合のマイナンバー（個人番号）の提供を認めています。

このため、個人番号関係事務実施者ではない方がマイナンバー（個人番号）が記載された書類を保管するためには、保管を依頼した方との間で第19条第5号により特定個人情報の取扱いに関する委託契約を締結する必要があります。
カーナビゲーションシステムを購入したユーザーによるルート設定や訪問歴の記録は、当該カーナビゲーションシステムに含まれるデータをメモリに入れているにとどまり、「生存する個人に関する他の情報を加え」たことには該当しないことから、当該ユーザーにとっては個人情報データベース等に該当しません。ただし、当該ユーザーにおいて、新たに個人情報等を加えてデータベースの内容を変更した場合は、個人情報データベース等に該当し得るものと考えます。