間接経費はどのように管理すればよいのでしょうか。個々の研究者別に管理しなければならないのでしょうか。間接経費専用の口座を開設すべきでしょうか？
間接経費は、科研費交付後、研究機関に譲渡することとしています。譲渡後は、研究者が研究のために使用する直接経費とは切り離して、研究機関の長の責任の下、使用に関する方針等を作成し、それに則り、公正・適正かつ計画的・効率的に執行してください。また、使途の透明性確保に努めてください。その際、間接経費専用の口座を開設したり、個々の研究課題別に管理する必要はありませんが、使用実績を府省共通研究開発管理システム（e-Rad）により報告する必要がありますので、適切に管理してください。 
本欄に記入していただく研究費は、応募時点において、研究者が応募中及び受入予定の研究費を幅広く記入していただくことになりますので、国内外を問わず、競争的資金 のほか、民間財団からの助成金、企業からの受託研究費や共同研究費などの研究資金について全て記入してください。なお、所属研究機関内で、研究活動等を職務として行うため配分されるような基盤的経費は除きます。 
判明した時点で速やかにNITE又は経済産業省までご相談ください。
研究機関において、先方負担を伴う旅費の支払いの基準等で、先方負担分を除いて支払うことが 可能とされている場合には、支出は可能です。 
従来のガイドラインにおいては、競争的資金を活用した研究活動のみを対象としておりましたが、昨今、競争的資金のみならず、基盤的経費で行われた研究活動においても不正行為が認定される事案が発生していることに鑑み、今般のガイドラインの見直しにおいては、基盤的経費により行われる研究活動も対象としました。なお、基盤的経費は、特定の研究活動又は研究者ではなく、研究機関を対象に措置されるものであり、その裁量は研究機関に委ねられているため、基盤的経費により行われた研究活動における特定不正行為に関して、研究費の返還等に関する措置について、本ガイドラインでは一律に対応を定めておらず、研究機関において適切な対応が求められます。
診断費用は工事による必然性の高い費用とはいえないため含まれません。なお、該当する工事に付随する経費については含める事が出来ます。
例：養生費、廃材処分費、設計管理費、足場費用など
給与所得者の特定支出控除の対象となるのは、いわゆる通勤費、職務上の旅費、転居費、研修費、資格取得費、帰宅旅費及び勤務必要経費（図書費、衣服費、交際費等）とされています。ここでいう「研修費」について、研修とは、通常第三者が自己の有する技術又は知識を不特定多数の者に習得させることを目的として開設した講座等において、その第三者から訓練又は講習等を受けることによりその技術又は知識を習得するといった受動的立場での研修をいうものと解されます。
したがって、自身の研究発表のために学会に参加し、旅費及び宿泊費を自己負担しても、「研修費」として特定支出控除の対象とはなりません。
【関係法令通達】 所得税法第57条の２
ガイドライン上では、各研究機関は、研究者に対して一定期間研究データを保存し、必要な場合に開示することを義務づける旨の規定を設け、その適切かつ実効的な運用を図ることが求められております。必ずしも、個々の研究者がどのような研究データを保存しているか、研究機関がすべてを把握する必要はございませんが、例えば、部局単位で所属長などが、実験データの作成・管理が適切に行われているか適宜確認するなど、その実効性を担保していく必要はございます。
為替差損は、例えば、個別の取引における海外業者等への送金に付随して発生したりすることが考えられます。この場合、補助事業 期間中であれば、当該科研費 （直接経費）で負担することが可能です。なお、補助事業期間中であっても、当該科研費以外の支出が認められる経費で負担することを妨げるものではなく、また、補助事業期間終了後に為替差損が発覚した場合には、当該科研費以外の支出が認められる経費で負担することとなります。 