「手形等(一括決済方式及び電子記録債権を含む。以下同じ。)により下請代金を支払う場合には、その現金化にかかる割引料等のコストについて、下請事業者の負担とすることのないよう、これを勘案した下請代金の額を親事業者と下請事業者で十分協議して決定するものとする。」の趣旨を教えてください。
下請代金の支払については、「できる限り現金で支払うものとする」としています。 現在、手形等を現金化する際の割引料等のコストについては、ほとんどの場合、下請事業者の負担となっており、結果として、下請事業者は、手形等により下請代金の支払を受けた場合に、これを現金化すると、下請代金の額の額面どおりの現金を受領できない状況にあります。
そのため、手形等を現金化する際の割引料等のコストについて、下請事業者の負担にならないように、これを勘案した下請代金の額を親事業者と下請事業者で十分協議して決定するよう、振興基準に規定したものです。
なお、「下請代金の支払手段について」は、別途ＦＡＱとして中小企業庁のホームページに掲載しているので、そちらもご覧になってください。
FAQ「下請代金の支払手段について」

原則、現場作業員を直接雇用している下請事業者が当該作業にかかるリスクアセスメントを実施し、必要に応じてリスク低減措置を講ずる必要があります。
しかし、複数の下請事業者が混在して作業を行う場合等、下請事業者だけではリスクアセスメントやリスク低減措置の実施等における決定等ができない場合には、元請事業者が作業場における監督者として現場全体のリスクアセスメントを行い、その結果を各事業者に提供することが必要です。また、下請事業者が行う個々のリスクアセスメントに参画・支援することが望まれます。
なお、元方事業者と関係請負人における安全衛生管理については、化学工業や自動車製造業、建設業などを対象としたマニュアルやリーフレット等を公表していますので、参考にしてください。

＜厚労省 安全衛生関係リーフレット等一覧＞
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/gyousei/anzen/index.html
ご質問の文書は、輸出物品販売場を経営するテナント(Ｂ社)が承認免税手続事業者であるＡ社に対して消費税の免税販売手続という売買に関する業務を継続的に委託するものです。また、対価の支払方法を定めていますので、第7号文書(継続的取引の基本となる契約書)に該当します(令第26条第2号)。
【関係法令通達】 印紙税法別表第一第7号文書、印紙税法施行令第26条第2号、印紙税法基本通達別表第1第7号文書7、消費税法施行令第18条の2第7項
複数の事業主体の選択肢を示すことは必須ではありませんが、未調整の関係者との合意形成のリスクと、影響の大きさに応じ、検討をお願いします。
照会意見のとおり解して差し支えありません。
【関係法令通達】 租税特別措置法関係通達31・32共-1
自動車税は、4月1日現在の所有者に対して課税される税（道府県税）ですから、買主が支払う自動車税の未経過期間に対応する金額は、自動車税そのものとして都道府県に対して支払うものではなく、当該未経過の期間内に継続して乗用できる中古車の購入代金の一部として支払うものです。したがって、車両本体価格と区分表示したとしても、自動車税相当額は資産の譲渡等の対価に含まれます（基通10−1−6）。また、未経過分の自賠責保険料相当額を区分して表示する場合も、自動車税相当額と同様、資産の譲渡等の対価の額に含まれます。一方、リサイクル預託金相当額については、「使用済自動車の再資源化等に関する法律」に基づき資金管理法人に預託されているものですから、中古車として転売する際のリサイクル預託金相当額は、売主から買主への預託金の譲渡となり、金銭債権の譲渡として非課税となります（法別表第ニ2、令9四）。
【関係法令通達】 消費税法第2条第1項第8号、第6条第1項、別表第二第2号、第28条第1項、消費税法施行令第9条第1項第4号、消費税法基本通達10−1−6
法人税基本通達9−4−1(注)では、「子会社等には、当該法人と資本関係を有する者のほか、取引関係、人的関係、資金関係等において事業関連性を有する者が含まれる（以下9−4−2において同じ。）」とされています。特定調停の当事者である債権者にとって、特定債務者は融資関係を有していることから、事業関連性を有する（特定債務者が個人であっても）子会社等に該当することとなります。
【関係法令通達】 法人税基本通達9−4−1(注)、9−4−2
照会意見のとおり解して差し支えありません。
【関係法令通達】 所得税法第33条租税特別措置法第33条第4項第2号租税特別措置法関係通達33-14河川法第76条
数量割当ての場合、輸入割当数量の決定や申請資格の判断のための輸入通関実績（消化実績）は、原則、送状数量となりますが、以下の場合には、御注意ください。
（１）ショーテイジが生じた場合 
税関による実検の結果、現品の数量が「送状数量」に満たない場合は、ショーテイジ分を除いた通関数量が輸入通関実績となります。（［Q５―４］参照） 
（２）オーバーが生じた場合 
税関による実検の結果、現品の数量が「送状数量」を超過した場合であって、当該超過分が有償の場合：超過分を含んだ通関数量が、輸入割当数量の決定や申請資格の判断のための輸入通関実績（消化実績）となります。 
当該超過分が無償の場合：送状数量が輸入通関実績となります（超過分は、輸入通関実績とはなりません）。 
（３）対外決済していない場合 
輸入割当ては対外決済する貨物であることを前提としております。輸入した貨物の代金を日本国内で送金して決済するなど、対外決済していない場合は、原則、その通関数量は輸入通関実績として認められません。 
（４）先着順割当てにおいて、輸入割当ての申請時の契約先と異なる者へ支払った場合 
輸入割当方式のうち先着順割当ては、輸入割当ての申請時に提出された契約書に基づき輸入割当てを行うため、申請時の契約先と異なる者へ支払った場合は、その支払分は輸入通関実績として認められません。 
なお、一定の要件を備えている場合（契約相手方からの送金指示書がある場合等）に限り、一部例外的に認められる場合があります。 
詳細については、個別に経済産業省まで御相談ください。