従業員やその扶養家族のマイナンバーを税や社会保障などの事務ごとに管理するのではなく、マイナンバーを管理・収集するためのシステムを新たに構築し、そのシステムと既存のシステムを連携させて事務処理を行ってもよいですか。
Q4-2-3のとおり、従業員からマイナンバーを取得する際に利用目的を明示しておく必要があり、その範囲を超えて利用できないように既存システムとの連携を制御するなどの措置をとる必要があります。 （2014年6月更新）
個人番号関係事務に関連する一連の業務の中で、個人番号関係事務を他の事務と区分し、個人番号を取り扱う従業者を限定する必要はありません。事業者が適切に「事務の範囲の明確化」、「事務取扱担当者の明確化」を行った上で、その明確化した事務・担当者の範囲を超えて個人番号の利用等ができないようアクセス制御等を行い、必要かつ適切な監督・教育を行えば十分であるという趣旨です。（平成30年3月更新）
番号法では、本人からマイナンバー（個人番号）の提供を受けるときに本人確認を行うこととされています。 このため、源泉徴収義務者の方は、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」などを提出する従業員本人の本人確認を行うこととなりますが、同申告書に記載されている配偶者や扶養親族等の本人確認は、従業員本人が行うこととなります。
ご質問のように、法定調書の提出の要否が判断できた段階でマイナンバー（個人番号）を収集することができます。
また、収集した番号が不要となった場合には、毎年度末に廃棄を行う等の通常の事務の廃棄のタイミング等を捉えるなど、マイナンバー（個人番号）及び特定個人情報の保有に係る安全性及び事務の効率性等勘案し、適切に対応してください。

（参考） 「特定個人情報の適正な取扱いに関する ガイドライン（事業者編）」に関するQ&A Q6-5
特定個人情報保護評価とは、特定個人情報ファイル（Q5-6参照）を保有しようとする者が、特定個人情報の漏えいなどが発生する危険性や影響に関する評価を行うことです。 特定個人情報保護評価を行う義務があるのは、（1）行政機関、（2）地方公共団体、（3）独立行政法人等、（4）地方独立行政法人、（5）地方公共団体情報システム機構、（6）情報連携を行う事業者（（1）から（5）まで以外で マイナンバー法 別表第二に掲げられている者をいい、具体的には健康保険組合など）です。 このため、情報連携を行う健康保険組合などを除き、民間事業者が特定個人情報保護評価を行う必要はありませんが、任意の判断で特定個人情報保護評価を実施することを妨げるものではありません。特定個人情報保護評価の詳細は、 個人情報保護委員会ホームページ でご確認ください。 （2014年6月更新）
マイナンバーの記載がなくても申告書の内容のとおり源泉徴収計算を行います。個人番号（マイナンバー）は、所得税法等の法令で定められた扶養親族等申告書の記載事項であるため、記載をお願いしています。 しかし、個人番号を記載していただけなかった場合でも、個人番号の記載がないことのみをもって、当該申告書を受理しないということはありません。また、この場合であっても提出された申告書の内容に従った源泉徴収計算を行います。なお、個人番号の記載がない場合、後日ご連絡させていただく場合があります。
給付型奨学金の申込者が、所得の要件を満たしているのか、申込者から提出されたマイナンバーを活用してJASSOが市町村民税の課税状況などの情報を確認しますので、申込者本人とその生計維持者（原則、父母）のマイナンバー関係書類をJASSOに送付する必要があります。資産についても、JASSOに申告する必要があります。  給付型奨学金と授業料等減免を受けるための要件は同一であるため、授業料等減免の申込者については、給付型奨学金の対象者として認定されていることをもって、授業料減免の対象者の認定を受けられますので、大学 等において重ねて所得や資産を確認する必要はありません。給付型奨学金の支援区分等の情報は、本人の同意のもと、JASSOのシステムを通じて授業料等減免を実施する大学等と連携する仕組みになります。  
　外国人本人の方などが在留申請オンラインシステムを利用するに利用に当たっては、ご本人がお持ちのマイナンバーカードに登録された電子証明書の有効性を検証しているほか、システムのログイン時には認証ＩＤとログイン用のパスワードを入力するため、複数の方法でご本人であることを確認することで、なりすましによる利用を防止します。







　基本的に可能ですが、その場合は、ネットワークへの参画による各研究所等への影響、拠点としての円滑な運営の確保、研究所等の全体の目的・研究活動との整合性等について十分検討することが必要です。詳細につきましては文部科学省学術機関課へお問い合わせください。
