研究が終了しても研究費に残額がある場合にはどうしたらよいでしょうか？
当初予定した研究を完了しても研究費に残額が生じた場合には、無理に使うのではなく返還してください。残額が生じたことで、以後の科研費の審査において不利益が生じることは一切ありません。返還については、額の確定 後に手続を行っていただきます。なお、科研費（補助金分）の研究課題の大部分 については、一定の条件を満たせば、未使用額全額を上限に「調整金」を活用した次年度使用が可能です。ＦＡＱの【Ｑ６３０１】～【Ｑ６３２１】を参照してください。
科研費独自の定めはありません。出張旅費の証拠書類に関しては、研究機関として科研費の管理について説明責任を果たせるよう、適切なものを研究機関で定め、徴するようにしてください。 
科研費制度として、特に設けている基準はありません。その理由は、各研究課題の進捗状況等によって、どのような経費が研究課題の遂行のために必要であるか、一律に制度側で判断することは困難であり、明確かつ具体的な判断基準を設けることで、かえって科研費の使い勝手を狭めることにもなりかねないためです。科研費の使途に関する考え方については、【Ｑ４１０４】も参照してください。 
環境庁のガイドラインでは、環境保全コストを基本的には６種類に分類しています。この分類は、各環境保全コストが事業活動のどの部分に関係するかに焦点を当てています。まず、事業活動を「生産・サービス活動」、「管理活動」、「研究開発活動」及び「社会活動」の４種類に分けます。このうち「生産・サービス活動」は、抑制される環境負荷が事業エリア内で直接発生するか、上流・下流で発生するかによって二つに分けているので、ここまでで５種類となります。これに環境損傷コストを加えて、合計６種類としたのが環境庁のガイドラインの分類です。また、以上の分類に当てはまらないコストで環境保全に関連するコストが存在する場合には、範囲が不明確にならないように内容や理由の開示が求められます。

事業活動とのかかわり　環境保全コストの分類略称
生産・サービス活動　 (1)事業エリア内コスト
（同上）　(2)上・下流コスト
管理活動　 (3)管理活動コスト
研究開発活動　(4)研究開発コスト
社会活動　 (5)社会活動コスト
（事業活動区分と対応せず）　(6)環境損傷コスト

この分類のどこに含めるべきか判断に迷うコストもあるでしょう。例えば、製品リサイクルのための設計費は、生産・サービス活動に係る上・下流コストの方に分類する方法と研究開発コストに分類する方法の両方が考えられます。このような場合には、環境保全効果との対比という点から考えて、自社の実態に応じて適切と思われる方をとるとよいでしょう。なお、例えば、リサイクルシステム構築に伴う教育訓練のコストのように、特定の活動に関わる管理活動については、そのような特定の活動ごとに把握されている場合は、あえて(3)の管理活動コストに分類するよりも、その特定の活動の内容に応じて、(1)事業エリア内コスト、あるいは(2)上・下流コストに区分するべきでしょう。以上のような、環境庁のガイドラインの考え方とは別に、環境保全コストをコストの性格に応じて分類する考え方もあります。例えば、トヨタ自動車㈱では、環境投資の的確な実施により維持コストや潜在的維持コストを低減し、全体的な環境コストの効率性を高めていくという考え方に基づき、環境コストを環境投資と維持コストに分類しています（事例ｐ.171～p.174 参照）。
エフォートについては、当該研究にかける時間の配分について把握することが目的ですから、研究費の配分の有無にかかわらず入力していただく必要があります。なお、研究費の配分を受けていない研究課題のエフォートについては「その他の活動」として入力してください。
研究費の管理・監査体制の整備は、各研究機関の責任において実施していただくものです。責任をもって経理事務を遂行できる体制となっていれば、研究機関外の方が担当されていても構いません。なお、公募要領「５．１　研究実施機関の要件・責務等」もご確認ください。
繰越申請時点において、間接経費を全額執行してしまっている場合や年度内の執行計画が定まっている場合など（※）は、直接経費のみを繰り越すことがあっても差し支えありません。ただし、年度当初から研究者が病気などの事情により、ほとんど研究費を使用しないことが明らかな場合 などには、間接経費についても執行を見合わせることが適当と考えます。   ※  執行計画が適正に定まっている場合とは、実際の執行内容は固まっているものの、当該年度に支出が完了していない場合などであり、間接経費の使用に関する方針等を策定しているだけの場合は含みません。 
減額されることはありません。共同研究収入、受託研究収入及び特許収入等の外部資金の増加に伴う収入については、大学の増収努力として国立大学法人の運営費交付金の算定に影響しません。したがって、人件費を共同研究経費として企業から徴したことによって運営費交付金が減額されることはありません。
承継職員等が企業等との共同研究及び受託研究を実施するに際し、当該職員の人件費相当分をエフォートに応じて研究経費に組み入れ、当該研究の相手方からこれを徴することは可能です。承継職員等の人件費は、運営費交付金でしか支弁してはならないというものではなく、大学が企業等から多様な形で資金を呼び込み、それにより支弁することは問題ありません。また、このことによって当該職員の退職時における退職金の額の算定に影響を及ぼすこともなく、退職金分の予算が国から措置されなくなるということもありません。