専用ソフトウェアによる証明書発行申請ファイルの作成について教えてください。
電子証明書の発行を請求するには，申請書のほか，証明書発行申請ファイルを提出する必要があります。
   証明書発行申請ファイルには，専用ソフトウェアにより，法人の商号・名称，本店・事務所，代表者の資格・氏名や代表者の公開鍵を記録する必要があります。
   なお，代表者の公開鍵及び秘密鍵（公開鍵と対となり，電子署名をする際に使用する鍵）も専用ソフトウェアにより作成することとなります。
   法務省が提供している「商業登記電子認証ソフト」の操作等につきましては，「商業登記に基づく電子認証制度」のページの「商業登記電子認証ソフト」のダウンロード」のページから同ソフトの操作手引書をダウンロードすることができますので，ご参照ください。
   また，市販の専用ソフトウェアの操作等につきましては，各販売元にお問い合わせください。
電子証明書の発行を申請するには，申請書のほか，証明書発行申請ファイルを提出する必要があります。
証明書発行申請ファイルには，法人の商号・名称，本店・事務所，代表者の資格・氏名や代表者の公開鍵を記録する必要があります。この証明書発行申請ファイルは，専用ソフトウェアで作成し，ＣＤ，ＤＶＤ又はＵＳＢメモリに格納して提出します（これらの媒体は返却されます。）。

 
登記・供託オンライン申請システムのホームページに「かんたん証明書請求体験コーナー」がありますので，ご利用ください。
海外にある企業に在籍している場合でも、提出いただく申請書類に違いはありません（必要書類の詳細は「申請書類）」をご参照ください）。なお、申請様式（APEC商用渡航カード交付申請書）2ページ目に記載の「所属機関名称」と「在籍証明書（雇用関係を証する書類）」の発行元の名称に相違のないよう、ご自身の在籍企業名についてよく確認して記載の上申請してください。
必ずしも併記でなくても構いません。おっしゃるような方法での作成も認められています。ただし、その場合は２枚で１式となりますので、必ず２枚とも受入計画認定申請の際に添付してください。
受領場所は、輸出証明書の発行申請ごとに変更可能です。利用申請時は、農林水産省の機関（地方農政局等）及び一部の卸売市場等のうち、申請者又は委託先事業者が輸出証明書を受け取るのに都合が良い場所を選択してください。
受領場所の詳細は以下のページから確認してください。
https://www.maff.go.jp/j/export/e_shoumei/pdf/index
-4.pdf
1．e-Govを利用して電子申請する場合「e-Gov」から電子証明書またはGビズIDを利用して、簡単に電子申請ができます。詳しくは［電子申請（e-Gov)］ 2．届書作成プログラムを利用して電子申請をする場合無料でダウンロードできる「届書作成プログラム」を利用して、電子申請を行うことができます。ダウンロードは届書作成プログラム（ダウンロードページ）
電子計算機のプログラムを作成するという仕事の完成に対して報酬が支払われますので、請負に該当することになります。したがって、ご質問の場合には第2号文書（請負に関する契約書）に該当します。なお、一般に支援業務等といわれるような契約の相手方の指揮監督下において、単に労務だけを供給するような契約については、委任契約に該当しますので、支援業務等のみについて定めている契約書は、課税文書に該当しません。
【関係法令通達】 印紙税法基本通達別表第一 第2号文書の1
商業・法人登記に関するオンライン申請は、申請用総合ソフト（法務省が提供する登記・供託オンライン申請システムで取り扱う手続の全てを行うことができるソフトウェア）等を利用することにより行うことができます。
申請用総合ソフトを初めて利用されるときは、次の事前準備をしてください。
(1)登記・供託オンライン申請システムのユーザー登録を行う。
(2)パソコンの環境設定を行う。
(3)登記・供託オンライン申請システムのホームページから申請用総合ソフトをダウンロードし(無料）、必要な申請書を作成する。
なお、あらかじめ申請される方の電子証明書を取得しておく必要があります。必要な電子証明書は申請の内容によって異なりますので、御注意ください。
詳しくは、法務省ホームページの「商業・法人登記のオンライン登記申請について」を御参照ください。
準備ができましたら、登記・供託オンライン申請システムにアクセスし、申請書の情報を送付していただければ申請完了です。
登記が完了するまでの間は、処理状況をオンラインで確認していただくこともできます。

提出用ファイル「SHFD0006.csv」一つの中に、複数の届書を収録作成することにより提出はできます。ただし、提出用ファイル「SHFD0006.csv」を二つ以上に分けて作成した場合は、1枚のCD･DVDに収録しての提出はできません。提出用ファイル「SHFD0006.csv」一つのファイルにつき、1枚のCD･DVDに収録して提出してください。