Das Programm stützt sich auf drei Ausrichtungen: Ausrichtung A regelt die grenzüberschreitende Zusammenarbeit zwischen Gebietskörperschaften in Grenzregionen an den Binnen- oder Außengrenzen der Europäischen Union auf der Grundlage gemeinsamer Entwicklungsstrategien, für deren Umsetzung die Mitgliedstaaten sowie die lokalen und regionalen Behörden verantwortlich zeichnen. Ausrichtung B sieht eine transnationale Zusammenarbeit zwischen nationalen, regionalen und lokalen Behörden in mehreren Mitgliedstaaten oder Beitrittskandidatenländern in den Bereichen Raumentwicklung, Verkehrsnetze und Umwelt vor.