ここでは、微生物学で扱う''微生物''とは何なのかについて触れておく。そもそも微生物には細菌の他に真核生物の原虫、真菌、藻類、さらに生物とは呼べそうにないウイルス、ウイロイド、プリオンなども含まれる。そのうち、特にヒトへの病原性を有する病原微生物を中心にここでは細菌、真菌、寄生虫(原虫を含む)を扱っていくこととする。ウイルスはその研究手法などが大きく異なる事から、病理学 感染症を中心に、一部ウイルス学でも取り上げる事とする。細菌の詳細については細菌学、真菌については菌類学、寄生虫については寄生虫学でも取り上げる。
以下の4項目について、代表的な寄生虫を取り上げる。この分類はあくまで便宜的なもので、原虫、吸虫などを明確に定義する事に大きなメリットはない。但し、吸虫、線虫などはその寄生虫の特徴をよく捉えた呼称と言えるだろう。