縄文時代には、自然物・自然現象に霊威が存在すると考えるアニミズム信仰が行われた。災いを避け豊作を祈る呪術において、土偶・石棒が使用された。また抜歯が通過儀礼として、屈葬が死者霊の災いの回避のため行われたとされる。
弥生時代には、集落で、銅鐸等の青銅製祭器を使用して、豊作祈願、収穫感謝の神祭りを行った。弥生晩期の邪馬台国の卑弥呼は、巫女としての宗教的権威による政治を行った。
古墳時代前期には、三角縁神獣鏡その他の呪術的・宗教的色彩の銅鏡・腕輪・農武具が、副葬品として使用された。弥生時代同様、農耕祭祀として、祈年（としごい）の祭りや新嘗（にいなめ）の祭り（「勤労感謝の日」はこれを受けたものである）が行われた。山、高木、巨岩、孤島、川淵などに神が宿ると考えられ、そこが後に神社所在地となった場合がある。氏神（祖先神）の祀りも始まったらしい。穢（けが）れや災いを避ける禊（みそぎ）・祓（はらえ）、吉凶占いの太占の法、裁判で証言の真偽判定に使う盟神探湯（くかたち）も行われた。
古墳時代後期（6世紀半ば）までには仏教が伝えられたとされる。
飛鳥時代の蘇我氏・王族による飛鳥文化は、在来信仰と融合させつつ仏教を取り入れた。信仰行為の一種としての仏像製作なども後の時代の含めて行われていく。歴史学的な評価は別論として、この時代の仏教信仰を象徴するのが聖徳太子であり、代表的寺院が法隆寺である。また、遣隋使やそれを継いだ遣唐使などにより中国仏教思想が盛んに持ち込まれた。700年前後の白鳳文化期は、天武天皇や豪族らにより仏教興隆が進められた。
一方で、日本の固有宗教（神道の前身）も仏教の影響により体系化がなされるようになり、大宝律令は中央行政組織の一官として神祇官を定めた。
奈良時代には、遣唐使らにより中国における最新の仏教思想が伝えられ、奈良の大寺院には南都六宗が形成され、仏教理論研究がされた。その中でも著名なものとして渡来僧鑑真がもたらした律宗があげられる。聖武天皇は、仏教をもとにする現世利益的な鎮護国家思想をもち、国分寺・国分尼寺建立や東大寺大仏造立を進めた。
また、行基がため池の造営などを通じて社会資本を充実させ、その信奉者を増やしたり、役小角などが体系だてられる以前の密教（雑密）と山岳信仰を結合させ、修験道を成立させるなど、仏教思想の民衆への浸透が見られるようになる。また、神道においては神宮寺（神社内の寺）を建てるなど、神仏習合思想も興った。
主に、遣唐使留学生らによって成立した宗派。奈良時代から、このように組織立てられていたものではなく、平安仏教に対抗する形で平安期以降に、このように認識されるようになった。鎌倉仏教は勿論、平安仏教とも異なり、特定の経典を信仰する教団というものではなく、仏教理論の学派という性質が強い。但し、平安期以降は他の仏教宗派の影響を受け教団化したものもある。
平安時代は、初期に最澄・空海らが、中国から南都六宗とは別の仏教教学である密教（天台宗・真言宗）を取り入れた。そして曼荼羅等の密教芸術が発展した。両宗が一面にもつ加持祈禱（かじきとう）による現世利益という信仰形態が貴族らに受け入れられた。神仏習合の傾向も強まり、摂関政治期には、神は仏の化身とする本地垂迹説が生まれた。
摂関時代以降には、末法思想の下、現世の利益ではなく来世の幸福を求める浄土教も、流行した。院政時代になると、法王らが熊野詣（神社）や高野詣（寺）を行った。寺院に所属しない民間仏教徒の聖（ひじり）・上人（しょうにん）が浄土教を全国に広めるなど、後の鎌倉仏教の萌芽が見られ、地方豪族により阿弥陀堂や浄土教美術が残された。平安時代末期に政権をとった平氏は、納経して（平家納経）、安芸の厳島神社を信仰した。
鎌倉時代は、仏教が祈祷などの貴族の行うものや、経典解釈研究のみでなく、農民・武士・商工業者等より広い階層が関われるものとして、大きな発展を見せる。「鎌倉仏教」の成立である。鎌倉仏教は大きく、浄土教系・禅宗系・法華宗系に分けられる。これらの新仏教の興隆の刺激を受け、南都六宗なども貧人・病人救済事業を行った。修験道も広く行われ、仏教建築・彫刻・絵画も引き続き制作された。
浄土教は、阿弥陀信仰を主とし、念仏（南無阿弥陀仏）により極楽浄土への往生を願うものである。平安末期から、源信や空也により説かれ、貴族階層から民衆まで広く進行されていたものではあるが、体系化されたものとしては、法然の浄土宗が嚆矢である。さらに、法然の弟子の親鸞は、その思想を徹底し、他力本願・悪人正機を説き、浄土真宗を成立させた。また、一遍は踊念仏などを通し、民衆層、特に商人など非農民層への布教に腐心し、時宗を成立させた。
坐禅により心的平安を得る禅宗はこの時期に中国から取り入れられ武士層に広まった。栄西が広めた臨済宗は鎌倉・京都といった都市部の武家に受け入れられ、喫茶の習慣など新たな文化を形成した。また、道元は、より坐禅を徹底する（只管打坐）曹洞宗を興し、これは、地方の武家を中心に広まった。
日蓮は、仏の救済を来世に求める浄土教や、宗教的救済に価値を置かない禅宗に反発し、題目「南無妙法蓮華経」を唱える「唱題」の行を行えば「仏性」が顕現するという思想を説き、法華宗（日蓮宗）を成立させた。「仏性の顕現」の真の宗教的解釈は難しいが、一般には、題目を唱えることにより現世利益が得られるものと受け入れられたものである。
室町時代は、禅宗の臨済宗が足利幕府の保護で栄え、足利義満の金閣が禅宗様を折衷し、官寺制度の五山・十刹の制が作られ、中国の渡来僧らが水墨画などを伝えた。義政の銀閣も禅の精神に基づいた。一方で神道思想による日本書記研究がされ、吉田兼倶（かねとも）は反本地垂迹説により唯一神道を立てた。足利幕府が衰えると、五山の制に対するものとして、禅宗諸派が自由な布教を行った。日蓮宗が京都に進出し、他宗と争い、法華一揆を結び、天台宗延暦寺との対立（天文法華の乱）も行われた。なかでも、浄土真宗は蓮如らの活動により勢力を得、各地で一向一揆と呼ばれる活動を起こし、戦国大名に対抗した。
戦国時代には、1549年、イエズス会宣教師フランシスコ・ザビエルが鹿児島に到着し、大名の保護のもとキリスト教布教をした。宣教師らは教会堂などを建て、キリシタン大名が生まれた。織田信長はキリスト教の布教を認める一方で、1570年以降に比叡山延暦寺を焼き討ちし、一向一揆を屈服させ、仏教勢力を弱体化させた。豊臣秀吉も織田信長と同様に当初はキリスト教布教を認めたが、大名の入信の許可制化、バテレン追放令を発布しキリスト教禁止政策を行うようになった。しかし、貿易活動とキリスト教布教は一体であったため続けられていた。
江戸幕府は、皇子（みこ）らが出家・居住した寺院を朝廷の一員とみなして統制した。また、寺院法度で仏教宗派ごとに、諸宗寺院法度で仏教僧全体を、諸社禰宜神主法度では神社・神職を、寺社奉行の下で統制した。キリスト教に対しては、継続して禁教とし、絵踏を行い、寺請制度（檀家制度）で仏教への転宗を強制した。キリスト教とともに日蓮宗不受不施派を禁じ、誰もが檀那寺をもつようにした。神道・修験道・陰陽道は仏教に準じて容認された。江戸時代初期には、過酷な年貢とキリスト教徒弾圧に対し島原の乱がおこったが、鎮圧され、さきの絵踏が進められた。また家康を祖霊として祀る日光東照宮など霊廟建築が流行し、神社建築も行われた。
江戸時代中後期は、寺社が縁日・開帳・突富を催して人を集め、善光寺等への寺社参詣が盛んだった。伊勢神宮への爆発的参詣の御蔭参りが数百人規模でおこった。聖地・霊場の巡礼や、彼岸・盂蘭盆などの仏教的行事、庶民信仰の康申講が行われた。平田篤胤が日本古来の純粋な信仰を尊に仏教・儒教を排斥する復古神道を立て、各地の豪農・神職に浸透し、江戸時代末期には政治運動と結びついた。又、末期には天理教などの民間宗教（教派神道）が生まれていた。
徳川幕府が倒され、明治政府が成立した1868年には、神仏分離令により、古代からの神仏習合は禁止され、神道は「天皇の為の宗教」として改編された。その結果、廃仏毀釈が行われた。また、キリスト教禁止も継続し、隠れキリシタンは迫害を受けたが、欧米列強の抗議で黙認されるようになった。
戦前には、国家神道が国教とされ、「天皇の為」の宗教政策が布かれた。1872年に教部省を設けるなどの宗教政策に取り組んだが、十分な効果が挙げられず、1877年には廃止され、内務省の下部組織である社寺局にその業務を移管、以降は国家神道に関する事項を除いては、国民の信教活動に対して原則として不干渉の態度をとるようになった。即ち、大日本帝国憲法第28条において「日本臣民ハ安寧秩序ヲ妨ケス及臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於テ信教ノ自由ヲ有ス」と信教の自由を保障した。ただし、国家神道について、政府は「国家神道は儀礼であって、信仰ではなく信教の自由を侵すものではない」との立場から、社寺局から宗教局と分かれた神社局の管理の下、国費による神社の経営等が行われた。なお、一般の宗教政策は、管轄が文部省に移管した宗教局に委ねられたが、宗教政策自体が国政における地位を大きく下げていった。
帝国主義の時代とあって、内地・植民地・軍事占領地にも神社が建てられ、「天皇の為」の宗教政策が頒布された（皇民化政策）。国家神道は、後に靖国神社、護国神社による戦死者祭祀も司るようになった。戦時色が強まるのと平行して、参拝等が奨励されるようになり、太平洋戦争勃発直前の1940年には、国民教化を担う神祇院が神社局を後継して設立された。
1945年に太平洋戦争の敗北によって帝国主義政策が破綻すると、GHQによって軍国主義と天皇への強制崇拝の思想的基盤であった国家神道が撤廃された（神道指令）。戦後になると、日本国憲法に政教分離が明記され、信教の自由が保障された。