thumb|right|原子の図。真ん中にあるプラスの赤い丸と緑の丸が原子核。そのまわりにあるマイナスの黄色い丸が電子です。
原子（げんし）とは、物質（元素）を構成しているものの中で、もっとも小さな単位となるもののことです。その中身は、原子かく（原子核、げんしかく）というプラスの電気を帯びたつぶと、そのまわりを飛び回る電子（でんし）（マイナスの電気のつぶ）によってできています。原子1つの大きさはとても小さく、特別なけんび鏡でないと人間の目で見ることはできません。
物質は、基本的には、この原子かくのプラスの電気と、電子のマイナスの電気がつり合うようにできています。しかし、たまに電子の数が多くなりすぎたり、逆に少なくなりすぎたりして、電気的につりあわなくなってしまった原子も生まれます。このようなものをイオンと言います。ちなみに、電子が多くなりマイナスの電気が強くなったものは陰イオン（いんいおん）*、電子が少なくなりプラスの電気が強くなったものは陽イオン（よういおん）と言います。
物質の種類のちがいは、原子かくの大きさや電子の数のちがいによって生まれます。同じ量でも、重量が重い物質と、軽い物質があるのは、この原子かくの大きさや電子の数が異なるからなのです（原子かくが大きく、電子の数が多いものほど重い物質になります）。この原子1つの重さのことを原子量（げんしりょう）と言います。
分子（ぶんし）とは、この原子の集まりのことです。たとえば、
「水分子（みずぶんし）」は、「水素原子（すいそげんし）」2つと「酸素原子（さんそげんし）」1つが集まってできています。さらにこの水の分子がたくさんあつまると、ふだんわたしたちが目にしている水の状態になるわけです。
炭素（たんそ）の原子だけを集めていくと「炭素分子（たんそぶんし）」という分子ができます。これをたくさん集めていくと、黒炭（こくたん）（鉛筆のしんの材料になる物質）やダイアモンドになります。
このように、原子どうしを結びつけることによって、さまざまな分子・物質をつくることができます。