※明治・大正・昭和の日本は、形式的には天皇を統治する国ではあるが、実際は君主権の制限された、二重構造の国である[https://www.pu-kumamoto.ac.jp/~tosho/file/pdf/kad/8-12/KJ00000659900.pdf 永尾『現代日本の国家と天皇制』225]。維新後にのちに作られる大日本帝国憲法すらも、天皇の権限（統治権など）は大きいものの、形式的には君主権を制限した立憲主義である [https://www.toyo.ac.jp/uploaded/attachment/8000.pdf 『日本近代国制の生成と展開 － 明治憲法下における調停制度を素材として －』]。欧米の近代化を見習い、日本の政治でも改革をする事になり、日本中から能力・知能の高い優秀な人材を登用したりするための改革や、優秀な人材が活躍しやすくするための環境づくりの制度改革が行われた。
※ 文献によっては、五カ条のあとに、次のような文がある（検定教科書では紹介してない場合がほとんど）。
 我国未曾有ノ改革ヲ為ントシ、朕躬ヲ以テ衆ニ先シ天地神明ニ誓ヒ大ニ斯国是ヲ定メ万民保全ノ道ヲ立ントス衆亦此旨趣ニ基キ共心努力セヨ
意訳: わが国の未だかつてない改革をなすために、朕（ちん、意味: 天皇の自称）みずから民衆に先んじて、天地の神に誓い、大いに国のありかたを決めて万民の保全の道を立てようとする。民衆もまた、この趣旨にもとづいて心をひとつにし、努力せよ。
（※ この「我国未曾有」（以下略）の部分の訳は、扱った教科書もなく、高校教育界では、あまり訳が定まってない。）
このため、『五カ条の誓文』は天皇が神々に誓う型式で公布されたものと思われる。（※ 検定教科書で「神々」に「誓約」など記載されてるのは、上記のような文の加わった古い文献があるため。）
政府は1869年1月に、薩摩・長州・土佐・肥前（ひぜん）の4藩に版籍奉還（はんせきほうかん）を上表させた。つづいて6月、すべての藩に版籍奉還を命じた。
そして旧藩主を知判事として任命し、旧藩主には藩内の石高の10分の1にあたる家禄を与える事にした。
しかし版籍奉還のあとも、徴税と軍事の権限は旧藩主が保有した。
版籍奉還後の中央組織の再編で、祭政一致の理念から神祇官を太政官から独立させた。また、太政官の下に、外務省・大蔵省などの各省を置く組織となった。
新政府の直轄地は一部の地域に限られていた。新政府は、かぎられた直轄地から、税をきびしく徴収したため、税負担の軽減を期待していた民衆の期待は裏切られ、一揆が多発した。
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廃藩置県後（1871年以降）
               太政官制             |   内閣制度
   ┏━右院 
   ┃
   ┃          ┏━神祇官 → 教部省
   ┃  ┣━外務省
   ┃  ┣━━━━━━ 内務省
   ┃  ┣━大蔵省
   ┃  ┣━兵部省 → 陸軍省・海軍省
太政官 ━╋━ 正院 ━━╋━文部省
   ┃  ┣━工部省
   ┃  ┣━司法省
   ┃  ┣━開拓使
   ┃  ┗━宮内省
   ┃
   ┗━左院      -----     → 元老院
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1871年、薩摩・長州・土佐の3藩の兵を東京に集め、その武力を背景に同年7月、廃藩置県を断行した。
すべての知藩事は解任され、旧藩主は東京在住を命じられ、かわって中央政府から府知事・県令が派遣された。
廃藩置県の直後に政府組織も改編され、太政官は正院（せいいん）となり、さらに右院（ういん）と左院（さいん）がもうけられ、正院・右院・左院の三院制となった。そして正院の下に各省が置かれた。
正院は政府内の最高機関とされ、太政大臣・右大臣・左大臣の3大臣と参議が正院に置かれた。
左院は立法機関、および政府内や正院のための諮問機関（しもんきかん）。
右院は各省の連絡機関で、各省の長官をあつめて協議した。
神祇官は廃止され、神祇省に格下げされた。
民部省も廃止された。
これら一連の改革を通して、政府内では薩摩の西郷隆盛（さいごう たかもり）や長州の木戸孝允（きど たかよし）など、薩長土肥の出身者が権力をにぎるようになった。また、公家の岩倉具視（いわくら ともみ）など少数の公家が権力を握るようになった。特定の藩出身者などの特定勢力出身者が権力をにぎっていったので、のちに藩閥政治といわれるようになった。
などが、権力をにぎった。
版籍奉還後、明治政府は「四民平等」の理念にもとづき、江戸時代の身分制度を廃止した。このため、公家や大名は華族（かぞく）とし、大名や幕臣は士族（しぞく）とし、下級武士は卒（そつ）とし、農民や町民は平民（へいみん）とした。（卒は1872年に廃止された。）
そして1870年までには、平民も、苗字を持てるようになった。また婚姻では、平民も華族や士族と法律上は結婚できるようになった。また関所も1869年に廃止されており（※ 参考文献: 清水書院の教科書）、人々は移転や職業選択も自由になった。
また1871年には、身分の解放令（かいほうれい）が布告され、えた・非人（ひにん）などの称は廃止されて、そのような差別をされていた人たちも平民として扱われる事となった。 
そして1872年には、新たな族籍（ぞくせき）にもとづく戸籍が作られた（壬申戸籍（じんしん こせき））。
武士の切り捨て御免の特権も廃止された。ちょんまげは、まず、まげをしなくてもいいと許可が出され、やがてちょんまげは禁止された。また、帯刀も禁止された（廃刀令）。
このような、明治時代に、江戸時代の封建的な身分を廃止したことを、一般に「四民平等」という。
なお、農業政策では、1871年に田畑勝手づくりを許可し、翌72年には田畑永代売買禁止を解除した。
士族や華族には廃藩置県後も禄（ろく）が与えられていたが、これが新政府の財政の30％ほどを占めていて財政圧迫をしていた。そのため、まず新政府は、家禄奉還の希望者をつのり、家禄を受けとる権利を政府に返す代わりに約6年ぶんの現金と公債を与えた。
そして1876年には金六公債証書を発行し、これにより家禄の支給をすべて廃止した（秩禄処分（ちつろくしょぶん） ）。
同76年、廃刀令も実施され、旧（一般）武士の特権は、制度上はすべて無くなった。
結果、下級士族は仕事をさがす必要が生じたが、巡査や教員や職業軍人など公務員になって成功したものを除くと、ほとんどの下級武士が没落した。
政府は、士族に開墾や新規事業の奨励のための資金貸付けの士族授産を行ったが、あまり効果は無かった。
軍隊の管理については兵部省が管轄することになった。
政府は、欧米の軍制に習った改革として、1873年（明治6年）に徴兵令（ちょうへいれい）を出し、満20才以上の男子に、3年の間、兵士になる兵役（へいえき）の義務を課した。この徴兵制は、江戸時代の武士だけに軍事が独占されていた時代とちがい、徴兵制では農村などの平民にも兵役の義務がかされ、士族・平民の区別なく徴兵をされた。
江戸時代は、武器を持てるのは武士だけの特権だった。このため、徴兵制によって軍事の特権のなくなった士族からは不満があった。また、農村などの平民からも、労働力をうばわれるので、農村からの不満があった。
（※ 範囲外: ） 新政府の徴兵制の主導者は、江戸時代の武士のような個人的な武芸にたよる戦闘では、近代的な兵器をあやつる戦争では勝てないことを知っていて、このため徴兵制を導入した。
ただし、徴兵制には、当初は免除規定がいくつかあって、一家の主（あるじ）や、長男や、徴兵のかわりに代金（代人料270円）を払った者などは徴兵を免除された。だが、のちに免除規定は廃止され1889年には、ほぼ全ての20才以上男子が徴兵された。
徴兵制の導入のとき、政府が「血税」という表現を使ったので、本物の生き血をとられると勘違いした人々のデマが生じて、これに特権をうばわれる士族による不満が重なり、一揆が各地で起こった（血税一揆）。
なお、警察制度については、1873年に新説された内務省（ないむしょう）が担当することとなり、内務省は地方行政や殖産興業を担当する省庁であるが、警察行政も担当した。翌1874年には東京に警視庁が創設された。
1871年、政府は、田畑の勝手作りを許可した。
翌1872年には、田畑の永代売買の禁令を解除し、地主に地券（ちけん）を与えて土地所有権を確定した。
ついで1873年、政府は地租改正（ちそかいせい）を行った。地租改正は1873年から行われ、1881年までにほぼ完了した。
地租の納税者は土地所有者であり、金納である。地租の金額は当初、地価の3％とされた。地価の決定のさい、政府は高めに地価を設定したので、不満をもつ農民たちによる一揆が各地で起きた（地租改正反対一揆）。
のちの1877年には、地租の税率（ぜいりつ）が引き下げられ、3%から2.5%へと税率が引き下げられました。
なお、一連の地租改正では、山林や原野などの共有地や入会地（いりあいち）は官有となった。
※ 入会地（いりあいち）とは、農村などでは、木材をひろうための山林などは、村民全員で共有していたので、そのような共有地のことを「入会地」（いりあいち）という。現代語でも、そのような農業関係者の共有の土地のことは「入会地」（いりあいち）という。
明治政府は、戊辰戦争などの戦費を調達するために太政官札（だじょうかんさつ）や民部省札（みんぶしょうさつ）などの紙幣を発行していたが、これらは不換紙幣（ふかん しへい）だったので信用されなかった。（不換紙幣（ふかんしへい）とは、金銀との交換が保証されてない紙幣のこと。なお、金銀との交換を保証された紙幣のことは、兌換紙幣（だかん しへい）という。 ）
これらの紙幣にくわえて、旧来の藩札や貨幣も流通しており、貨幣の状況が複雑であった。
このため、政府は通貨統一の必要にせまれれ、1871年（明治4年）に新貨条例（しんか じょうれい）を公布し、円（えん）・銭（せん）・厘（りん）を基本単位とする金本位制で十進法の新貨幣の制度を採用した。
しかし、これらの改革の結果にかかわらず、アジア地域では貿易に銀が使われたため、日本の貿易でも銀が使われたため、制度上は日本は金本位だったが、事実上は金本位と銀本位との金銀複本位だった。貿易では銀貨が流通していた。
さて政府は翌1872年に新紙幣を発行して、これを太政官札と引き換えることにより太政官札を回収し、旧紙幣回収に成功した。なお、この新紙幣は不換紙幣である。
また政府は、（アメリカのナショナル＝バンク制度を参考に、）1872年、渋沢栄一（しぶさわ えいいち）が中心となって国立銀行条例を公布し、兌換銀行（だかんぎんこう）を普及させようとした。
1873年には日本で初めての銀行である第一国立銀行が出来た。（第一国立銀行は「国立」といっても制度上は民間銀行である。）
しかし、民間には兌換義務は負担が重く、この頃に設立された銀行は4行と少なかった。そこで政府は1876年に、兌換義務のない銀行の設立を許可すると、いっきに多くの銀行が設立され、1879年までには153行の銀行が設立されていた。