ここでは、運賃・料金計算に関連する用語を紹介する。
運賃と料金
運賃は、普通列車の普通車自由席を利用する運送のための対価のことで、乗車券を購入するのに必要な金額を指す。
料金は、それ以外の対価、すなわち特急料金や特別車両料金（グリーン料金）、指定席料金のことを指す。
幹線と地方交通線
JRの各線は利用規模に応じて国鉄時代末期の利用実態に応じた区分なので、現在の実態とは合わない場合もある。、幹線か地方交通線かが区別されている。
「おとな」と「こども」
「おとな」は12歳（中学生）以上、「こども」は6～11歳（小学生）と区分されている。「こども」は大人の半額5円の端数は切り捨て。である。ただし、グリーン券などは半額ではなく「おとな」と同額である。
「乳児」「幼児」という区分もあり、「おとな」「こども」1人につき2人まで無料である。ただし、座席を利用する場合や「幼児」が単独旅行する場合は「こども」運賃等が必要である。「おとな」「こども」1人につき3人以上の場合は、2人を超えた分について「こども」運賃等が必要となる。
電車特定区間
東京近郊と大阪近郊で設定されており、区間内相互発着で乗車する場合には区間外よりも割安な運賃が適用される。
特定都区市内制度・東京山手線内制度
特定都区市内にある駅とその特定都区市内の中心駅からの片道営業キロが200kmを超える駅との相互間の片道普通旅客運賃は、当該中心駅を起点または終点とした営業キロまたは運賃計算キロによって計算する制度。
東京山手線内は、東京山手線内の各駅と東京駅からの片道営業キロが100km超200km未満の駅との相互間の片道普通旅客運賃は、東京駅を起点または終点とした営業キロまたは運賃計算キロによって計算する。
いずれの場合も、そのゾーン内のどの駅からでも乗下車することができる。また東京駅 - 仙台駅のように乗車駅と下車駅の両方が特定都区市内の駅の場合は、こ東京都区内のどの駅からでも乗車でき、仙台市内のどの駅からでも下車できるようになる。但し、特定都区市内・東京山手線内では途中下車することができない。
JRの運賃・料金は乗車する距離によって決まる。各駅に（起点等からの）キロ数が設定されており臨時駅等では設定されていない場合がある。、そのキロ数を用いて運賃の計算を行う（後述）。
きっぷには、大きく分けると次のような種類がある。
列車に乗車する際には、下の金額を支払い必要なきっぷを購入する必要がある。
なおJR旅客会社は、JR東日本・JR東海・JR西日本（本州3社）、JR北海道、JR四国、JR九州の6社があるが、この会社区分によって運賃の計算方法に若干の違いがある。
優等列車等に乗車する際、乗車券のほかに必要になるきっぷは、詳しくは以下の通りである。
※快速・普通列車の自由席でも乗車整理券等が必要な場合がある。
前述の通り、運賃・料金はキロ数で決まる。しかしキロ数にはいくつかの種類があるので、その解説をする。
営業キロ
全社の幹線のみ、もしくは本州3社・JR北海道の地方交通線のみ利用する場合に利用するキロ数。また、会社等かかわらず特急の料金や有効期限の基準に利用される。
換算キロ
本州3社・JR北海道で地方交通線と幹線を両方利用する際に、地方交通線部分の計算に利用するキロ数。
擬制キロ
JR四国・JR九州で地方交通線を利用する際に使うキロ数。
運賃計算キロ
幹線と地方交通線を両方使う場合に利用するキロ数。幹線の営業キロ+地方交通線の換算（擬制）キロで求められる。
上記をまとめると、以下のようになる。
※ただし、加算額は営業キロで計算する。