生成文法の中で、変換文法に関して有名で、しかし誤解に基づいて批判された概念が基底表示、または深層構造です。
例として現代日本語動詞の活用を取り上げます。「書」「嗅」の終止形、連用形と過去形を考えましょう。
(1) 書：終止形 [kaku], 連用形 [kakʲi], 過去形 [kaita]
(2) 嗅：終止形 [kaɣu], 連用形 [kaɣʲi], 過去形 [kaida]
一つの考え方は「母語話者は動詞の活用形をすべて記憶している」というものです。しかし活用には規則性が見られ、この考え方はそういった規則性をうまく活かすことができます。別の考え方は「母語話者は動詞語幹と屈折形態素をそれぞれ記憶しており、発音される形式は一般的な規則によって派生される」というもので、生成文法はこの考え方を採ります。なお、無標素性が指定されていない分節音を大文字で、有標素性が指定されている分節音を小文字で書きます。
(3) 書：語幹 [ⱽᴿKAK]
(4) 嗅：語幹 [ⱽᴿKAg]
また、過去の接辞は
(5) タ：[ᴬᶠᶠTA]
です。過去形の基底表示は次のようになります。
(6) [ⱽᴿKAK]+[ᴬᶠᶠTA]
(7) [ⱽᴿKAg]+[ᴬᶠᶠTA]
これらの基底表示の特徴は、動詞過去形に関する最小の知識を表している、という点です。派生には少なくとも「イ音便」と語幹末子音と過去形態素初頭子音の「有声性順行同化」が必要です。では、発音される形式（音声表示）がどのように派生されるかを見ましょう。単純化のため、ラベルとブラケットを省きます。
(8) 派生
① KAKTA,  KAgTA -基底表示
② KAKTA,  KAgdA …順行同化
③ KAKiTA,  KAgidA …母音挿入
④ kakita,  kagida … デフォールト規則
⑤ kagita,  kagida … 母音間有声化
⑥ kaɣita,  kaɣida … 弱化
⑦ kaʝita,  kaʝida … 調音点同化
⑧ [kaita],  [kaida] -音声表示
ここで重要なのは「イ音便」と「有声性順行同化」の適用順序です。イ音便は母音挿入による i の挿入で環境が備わります。しかし、母音挿入が先に行われてしまうと、同化に関わる子音が隣接しないことになります。そこで、母音挿入と順行同化の適用順序は次の通りでなければなりません。
(9) 順行同化 << 母音挿入