thumb|300px|徳川慶喜（とくがわ よしのぶ）
幕府の15代将軍・徳川慶喜（とくがわ よしのぶ）は、1867年10月に二条城にて政権を朝廷にかえしました。土佐の藩主の山内豊信（やまのうち とよしげ）などが慶喜に朝廷に政権を返すことを助言しました。
この出来事のことを、つまり徳川幕府が朝廷に政権を返したことを大政奉還（たいせい ほうかん）と言います。
こうして、江戸幕府の約260年の時代は終わりました。
倒幕派は、幕府の再興をきらったので、政治を古来の天皇中心の政治にもどそうとして、王政復古の大号令（おうせいふっこの だいごうれい）を1867年12月に出した。
thumb|400px|戊辰戦争（ぼしん せんそう）
慶喜は、新政府から領地の一部を国に返すように命じらた。また、慶喜の政治への参加が認められなかった。旧幕府はこれに反発し、京都の鳥羽（とば）・伏見（ふしみ）で戦い1868年に起こし、旧幕府軍と新政府軍との戦いになった。この戦いを、鳥羽・伏見の戦い（とばふしみ の たたかい）と言う。この鳥羽伏見の戦いで幕府軍はやぶれた。
thumb|left|200px|西郷隆盛（さいごう たかもり）の想像図。エドアルド・キヨッソーネ作の版画（西郷の親戚を参考に想像で描写）
thumb|right|200px|勝海舟（かつ かいしゅう）
新政府軍は、鳥羽伏見の戦いで幕府軍をやぶり、西郷隆盛ひきいる新政府軍は江戸へと進み、1868年に江戸城を戦わずにして開城（かいじょう）させた。無血開城（むけつかいじょう）という。江戸城の開城の交渉では、倒幕派の西郷隆盛（さいごう たかもり）が、幕府の勝海舟（かつ かいしゅう）とが話し合った。
会津藩（あいづはん、今でいう福島県）は、江戸城の開城を不服とし、新政府軍とは対立した。また、東北の諸藩も、会津を支援した。江戸をおさえた新政府軍は北上し、会津藩の城を次々と落としていき平定していった。
会津の戦いでは、16歳～17歳の会津藩士の若い少年兵からなる白虎隊（びゃっこたい）が、会津藩が戦いにやぶれ、城下に火が上がるのを見て、自決した。
thumb|300px|五稜郭（ごりょうかく）
旧幕府軍は、会津の他にもいたので、新政府軍は、さらに北上し、新政府軍は1869年に北海道の函館（はこだて）の五稜郭（ごりょうかく）にたてこもった幕府軍をやぶり、榎本武明（えのもと たけあき）らのひきいる旧幕府軍は負けをみとめ降伏（こうふく）した。この江戸の北上から五稜郭までの一連の戦争を戊辰戦争（ぼしんせんそう）という。
戊辰戦争が終わり、新政府軍は日本国内を平定した。