Naproti tomu otázky řízení je třeba posuzovat podle obecných procesních předpisů – správního řádu, v oblasti průmyslových práv, na rozdíl od práv k ostatním nehmotným statkům, je pak v jednotlivých právních předpisech i procesní úprava zvláštní. Rozhodující pro posouzení charakteru věci pak je právo hmotné, nikoliv právo procesní. Ochrana soukromých práv, byť jsou předmětem řízení před správním orgánem, není zajištěna soudním přezkumem ve správním soudnictví, ale postupem podle novelizované části páté občanského soudního řádu, tedy projednáním před obecnými soudy v plné jurisdikci. V takovém řízení rozhoduje soud i o věci samé, nejde tedy jen o kasační přezkum zákonnosti a subjektivním právům žalobce je tak poskytována vyšší ochrana. Proto zákonodárce stanovil v soudním řádu správním v ust. § 68 písm. b), že žaloba ve správním soudnictví je nepřípustná, jde-li o rozhodnutí správního orgánu v soukromoprávní věci, vydané v mezích pravomoci správního orgánu.