Znalecký posudek však bude v daném případě sloužit jen jako odborný skutkový podklad, neboť je nutno ho hodnotit stejně pečlivě jako každý jiný důkaz; ani on a priori nepoužívá větší důkazní síly, a musí být podrobován všestranné prověrce nejen právní korektnosti, ale i věcné správnosti. Hodnotit je třeba celý proces utváření znaleckého důkazu, včetně přípravy znaleckého zkoumání, opatřování podkladů pro znalce, průběhu znaleckého zkoumání, věrohodnosti teoretických východisek, jimiž znalec odůvodňuje své závěry, spolehlivosti metod použitých znalcem a způsobu vyvozování jeho závěrů. Znalec nesmí sám vyloučit některé z předložených podkladů jen proto, že nezapadají do jím vytyčené verze události. Vyvstanou-li pochybnosti o věcné správnosti znaleckého posudku, je orgán činný v trestním řízení povinen, v souladu se zásadou oficiality a zásadou vyhledávací (§ 2 odst. 4 a 5 tr. ř.), pokusit se odstranit vzniklé pochybnosti obstaráním důkazů dalších. V případě závažných skutkových rozporů a pochybností, které se nepodaří odstranit, musí soud postupovat podle pravidla in dubio pro reo a rozhodnout ve prospěch obviněného (nález ze dne 24. července 2013, sp. zn. I. ÚS 4457/2012, uveřejněn pod č. 132 ve sv. 70 Sb. nál. a usn. ÚS ČR). Soud prvního stupně na základě souhrnu všech ve věci provedených důkazů bude muset především vyhodnotit, zda obviněný jednal v nutné obraně ve smyslu § 29 tr. zákoníku, a příp. pokud tomu tak nebylo, zda obviněný jednal „v silném rozrušení ze strachu“ ve smyslu § 146a odst. 3 tr. zákoníku.