[12] Navrhovatelé mají za to, že pandemický zákon je protiústavní. Prvním důvodem protiústavnosti je to, že stav pandemické pohotovosti není ústavně zakotven. Jelikož mimořádné stavy představují narušení obvyklého rozdělení mocí ve státě a její vychýlení směrem k posílení moci výkonné, není možné takové stavy nově konstituovat pouze na zákonné úrovni bez ústavního zakotvení. Pokud by byl připuštěn opak, hrozilo by, že jakákoliv politická frakce, která bude mít většinu v parlamentu, ustanoví nový mimořádný stav pouze ve svůj prospěch. Trvat na požadavku ústavní většiny je vedle možnosti přezkumu takové úpravy Ústavním soudem nezbytnou brzdou proti narušení principů právního státu a parlamentní demokracie. Druhým důvodem protiústavnosti je porušení pravidel pro řádný zákonodárný proces. Nejenže pandemický zákon nebyl přijat ve formě ústavního zákona, ale byl přijat ve stavu legislativní nouze. Předloha zákona neprošla standardním legislativním procesem a hodnocením dopadů regulace, přestože pandemie nemoci covid-19 byla vyhlášena takřka rok před přijetím zákona. Zákonodárci neměli dostatek času se s textem seznámit, nebyla respektována práva menšin v Parlamentu ani stanovené postupy podle legislativních pravidel vlády a jednacího řádu Poslanecké sněmovny. Zákonná úprava stavu legislativní nouze musí být vykládána maximálně restriktivně, ústavně vstřícně a odpovědně (nález Ústavního soudu ze dne 1. 3. 2011, Pl. ÚS 55/10). Zejména musí být šetřena práva opozice i jednotlivých poslanců mít dostatečný čas na seznámení se s návrhem zákona a na reakci na něj, třeba i v podobě pozměňovacích návrhů. Reálnou možnost seznámit se s návrhem zákona a reagovat na něj musí mít i veřejnost, neboť i jí je určena parlamentní diskuze. Kvalitu návrhů zákonů přijímaných ve stavu legislativní nouze negativně ovlivňuje okolnost, že vláda u nich často využívá výjimky podle čl. 17 Legislativních pravidel vlády, zkracuje připomínkové řízení, neprovádí zhodnocení dopadů navrhované regulace a nepředkládá návrh zákona Legislativní radě vlády. Vyhlášení stavu legislativní nouze tedy vládě umožňuje předložit do Parlamentu nijak neprodiskutovanou a neanalyzovanou legislativní předlohu s tím, že prostor pro parlamentní debatu a analýzu účinků navrhovaných pravidel ve sněmovně bude dramaticky omezen. Poslanecká sněmovna zrušila nouzový stav vyhlášený vládou k datu účinnosti pandemického zákona. Poslanci tedy byli evidentně přesvědčení, že pandemický zákon může nahradit nouzový stav. To se však nestalo a nyní vedle sebe máme jako nouzový stav, tak stav pandemické pohotovosti. To zesiluje potřebu přezkumu pandemického zákona ze strany Ústavního soudu. Navrhovatelé proto navrhli, aby Nejvyšší správní soud předložil Ústavnímu soudu návrh na zrušení pandemického zákona.