Основна проблема фінансування досліджень ЄС полягала у зростаючій кількості різних проектів та інструментів із часто дуже різними правилами та практиками.
Перефразуйте цей текст: зростаюча кількість різноманітних проектів та інструментів, які часто дотримуються дуже різних правил і процедур, створила ключову проблему для фінансування досліджень ЄС.