Ебіґейл виявила, що, незважаючи на свій інстинктивний бунт проти капітана, вона мусить погодитися з ним щодо цього.
Перефразуйте: незважаючи на себе та незважаючи на інстинктивну неприязнь до капітана, Ебігейл принаймні виявила, що цілком погоджується з ним у цьому відношенні.