b'\n_START_ARTICLE_\nGap (bioinformatikk)\n_START_SECTION_\nGaps i algoritmer for sekvenssammenstilling\n_START_PARAGRAPH_\nKostnader for et gap i sekvenssammenstilling deles ofte opp i GOP (gap opening penalty) og GEP (gap extension penalty). Den f\xc3\xb8rste st\xc3\xa5r for kostnader for \xc3\xa5 \xc3\xa5pne et gap, den siste st\xc3\xa5r for \xc3\xa5 forlenge et gap. Det er ofte billigere \xc3\xa5 forlenge et gap enn \xc3\xa5 \xc3\xa5pne et gap. Dette er fordi mekanismene som for\xc3\xa5rsaker mutasjoner i evolusjonen kan slette eller sette inn flere sammenhengende basepar p\xc3\xa5 en gang. Det er alts\xc3\xa5 mer sannsynlig at det har skjedd en mutasjon der flere baser har blitt satt inn eller fjernet p\xc3\xa5 en gang enn at det har skjedd mange mutasjoner der en og en har blitt fjernet/lagt til. Verdiene for GOP og GEP settes slik at de best reflekterer dette._NEWLINE_Vanligvis bruker man en s\xc3\xa5kalt affine gap kostnad, dvs. at GOP er konstant og GEP er produktet av en konstant og lengden av gappet._NEWLINE_Dette inkluderer ogs\xc3\xa5 s\xc3\xa6rtilfellet av lin\xc3\xa6r gap kostnad der GOP er p\xc3\xa5 0 slik at kostnadssummen er proporsjonal til lengden av gappet.'