b'\n_START_ARTICLE_\nBiologia systemowa\n_START_PARAGRAPH_\nBiologia systemowa \xe2\x80\x93 dziedzina nauki zajmuj\xc4\x85ca si\xc4\x99 systemami biologicznymi, takimi jak sieci interakcji bia\xc5\x82ek lub sieci \xc5\x9bcie\xc5\xbcek metabolicznych. Stosuje narz\xc4\x99dzia matematyczne, g\xc5\x82\xc3\xb3wnie z dziedziny teorii graf\xc3\xb3w, do badania cech system\xc3\xb3w, analizowania w\xc5\x82a\xc5\x9bciwo\xc5\x9bci ich komponent\xc3\xb3w i ich wp\xc5\x82ywu na dzia\xc5\x82anie ca\xc5\x82ej sieci, oraz modelowania system\xc3\xb3w. \xc5\x81\xc4\x85czy informacje zdobywane przez dziedziny nauki takie jak: genomika, transkryptomika, proteomika i metabolomika.\n_START_SECTION_\nInterakcje bia\xc5\x82ek\n_START_PARAGRAPH_\nJednym z podstawowych rodzaj\xc3\xb3w sieci s\xc4\x85 sieci przedstawiaj\xc4\x85ce interakcje mi\xc4\x99dzy bia\xc5\x82kami, kt\xc3\xb3re zachodz\xc4\x85 w organizmie. Podstawowymi metodami odkrywania interakcji bia\xc5\x82ko-bia\xc5\x82ko s\xc4\x85 Tandemowa Chromatografia Powinowactwa (ang.\xc2\xa0Tandem Affinity Purification, TAP), dro\xc5\xbcd\xc5\xbcowy system dwuhybrydowy i metody nazywanej w j\xc4\x99zyku angielskim "protein\xe2\x80\x93fragment complementation assay" (PCA). Sie\xc4\x87 wszystkich interakcji bia\xc5\x82ek potencjalnie kodowanych przez dany genom nazywamy interaktomem. Popularn\xc4\x85 baz\xc4\x85 danych interakcji bia\xc5\x82kowych jest baza String.\n_START_SECTION_\nInterakcje genetyczne\n_START_PARAGRAPH_\nM\xc3\xb3wi si\xc4\x99, \xc5\xbce mi\xc4\x99dzy genami A i B zachodzi interakcja, je\xc5\x9bli fenotyp mutanta podw\xc3\xb3jnego AB nie jest z\xc5\x82o\xc5\xbceniem fenotyp\xc3\xb3w mutant\xc3\xb3w A i B. Przewa\xc5\xbcnie oznacza to, \xc5\xbce produkty tych gen\xc3\xb3w nale\xc5\xbc\xc4\x85 do tego samego szlaku, w zwi\xc4\x85zku z czym uszkodzenie jednego z nich mo\xc5\xbce wp\xc5\x82ywa\xc4\x87 na dzia\xc5\x82anie drugiego. Interakcje genetyczne dzielimy na \xc5\x82agodz\xc4\x85ce i pogarszaj\xc4\x85ce. Interakcja \xc5\x82agodz\xc4\x85ca oznacza, \xc5\xbce fentoyp mutanta podw\xc3\xb3jnego jest l\xc5\xbcejszy ni\xc5\xbc przewidywany sumaryczny fenotyp mutant\xc3\xb3w pojedynczych; sytuacja taka mo\xc5\xbce przyk\xc5\x82adowo zachodzi\xc4\x87, kiedy geny le\xc5\xbc\xc4\x85 w tym samym szlaku, jeden wy\xc5\xbcej od drugiego, i mutacja genu le\xc5\xbc\xc4\x85cego wy\xc5\xbcej ca\xc5\x82kowicie unieruchamia szlak, w zwi\xc4\x85zku z czym mutacja drugiego w niczym nie zmienia fenotypu mutanta. Interakcja pogarszaj\xc4\x85ca, zwana te\xc5\xbc syntetyczn\xc4\x85, oznacza, \xc5\xbce fenotyp mutanta podw\xc3\xb3jnego jest ci\xc4\x99\xc5\xbcszy ni\xc5\xbc sumaryczny fenotyp mutant\xc3\xb3w pojedynczych; mo\xc5\xbce si\xc4\x99 tak zdarzy\xc4\x87, kiedy np. brak produktu genu A mo\xc5\xbce by\xc4\x87 rekompensowany produktem genu B i odwrotnie, ale uszkodzenie ich obu sprawia, \xc5\xbce ca\xc5\x82y szlak zostaje uszkodzony. Interakcje genetyczne bada si\xc4\x99 przewa\xc5\xbcnie badaj\xc4\x85c fenotypy pojedynczych i podw\xc3\xb3jnych mutant\xc3\xb3w. Analiza sieci interakcji genetycznych umo\xc5\xbcliwia m.in. wnioskowanie o funkcji genu na podstawie funkcji gen\xc3\xb3w, z kt\xc3\xb3rymi wchodzi w interakcje.\n_START_SECTION_\nSieci metaboliczne\n_START_PARAGRAPH_\nSieci metaboliczne sk\xc5\x82adaj\xc4\x85 si\xc4\x99 ze szlak\xc3\xb3w metabolicznych; ilustruj\xc4\x85 kolejne reakcje, kt\xc3\xb3rym poddawane s\xc4\x85 metabolity i podaj\xc4\x85 katalizuj\xc4\x85ce je enzymy. Popularn\xc4\x85 baz\xc4\x85 danych zawieraj\xc4\x85c\xc4\x85 m.in. sieci metaboliczne jest KEGG.\n_START_SECTION_\nZastosowania\n_START_PARAGRAPH_\nBiologia system\xc3\xb3w znajduje wiele zastosowa\xc5\x84 we wsp\xc3\xb3\xc5\x82czesnej nauce. Umo\xc5\xbcliwia poznawanie funkcji gen\xc3\xb3w poprzez analiz\xc4\x99 gen\xc3\xb3w, z kt\xc3\xb3rymi wchodz\xc4\x85 w interakcje. Pozwala na analizowanie wp\xc5\x82ywu pojedynczego komponentu sieci na ca\xc5\x82\xc4\x85 sie\xc4\x87 - dzi\xc4\x99ki temu mo\xc5\xbcemy wnioskowa\xc4\x87, jaki wp\xc5\x82yw b\xc4\x99dzie mia\xc5\x82a mutacja pojedynczego genu na zachowanie ca\xc5\x82ej kom\xc3\xb3rki albo na jakie szlaki metaboliczne wp\xc5\x82ynie uszkodzenie danego bia\xc5\x82ka (np. podczas choroby lub w ramach opracowywanej terapii). Potencjalnie stwarza dodatkowe mo\xc5\xbcliwo\xc5\x9bci dla medycyny - analizuj\xc4\x85c sieci mo\xc5\xbcemy dowiedzie\xc4\x87 si\xc4\x99, jakie kompotenty s\xc4\x85 kluczowe w ich dzia\xc5\x82aniu, i w zwi\xc4\x85zku z tym dzia\xc5\x82anie kt\xc3\xb3rych jest niezb\xc4\x99dne dla przywr\xc3\xb3cenia poprawnego funkcjonowania uszkodzonym systemom.'