ア原告は，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）は，抗体の構造を特定することなく，機能ないし特性（「結合中和」及び「参照抗体との競合」）のみによって定義された発明であるため，文言上ありとあらゆる構造の膨大な数ないし種類の抗体を含むものであるが，本件明細書に記載された具体的な抗体はわずか３グループないし３種類の抗体しかなく，また，参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとが結合中和するとはいえず，参照抗体と「競合する」抗体であることは，「結合中和」の指標にはならないから，本件明細書に記載されていないありとあらゆる構造の抗体についてまでも，本件明細書の記載から，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合中和抗体の提供という本件訂正発明１の課題を解決できると認識し得るものではないとして，本件訂正発明１及び９はサポート要件に適合しない旨主張する。
しかしながら，動物免疫法によるモノクローナル抗体の作製プロセスでは，動物の体内で特定の抗原に特異的に反応する抗体が産生され，その免疫化動物を使用して作製したハイブリドーマをスクリーニングし，特定の結合特性を有する抗体を同定する過程において，アミノ酸配列が特定されていくことは技術常識であるから，特定の結合特性を有する抗体を得るために，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ特定することが必須であるとは認められない。
そして，本件訂正発明１（請求項１）は，「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」，かつ，「ＰＣＳＫ９との結合に関して」，参照抗体（２１Ｂ１２抗体）と「競合する」ことを発明特定事項とするものであり，前記(1)イのとおり，当業者は，抗体のアミノ酸配列を参照しなくとも，本件明細書の記載から，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるものと認識できるものと認められる。
また，参照抗体と「競合する」抗体であれば，ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲとの結合を中和するものといえないとしても，本件訂正発明１は「ＰＣＳＫ９とＬＤＬＲタンパク質の結合を中和することができ」る抗体であることを発明特定事項とするものであるから，そのことは，上記認定を左右するものではない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
イ原告は，本件訂正発明１のように，物（抗体）の具体的な構造が特許請求の範囲において特定されておらず，その物が機能的にのみ定義され，スクリーニング方法によって特定された物の発明である場合には，機能的な定義やスクリーニング方法の特定は，サポート要件を基礎付けることにはならないし，このような請求項の記載形式を認めることは，特許法の目的である産業の発達を阻害し，特許制度の趣旨に反する事態が生じる旨主張する。
しかしながら，前記アのとおり，特定の結合特性を有する抗体を得るために，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ特定することが必須であるとはいえず，当業者は，抗体のアミノ酸配列を参照しなくとも，本件明細書の記載から，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるものと認識できるものと認められる。
また，本件訂正発明１の請求項の記載形式によって，原告が述べるような特許法の目的である産業の発達を阻害し，特許制度の趣旨に反する事態を招くということもできない。
したがって，原告の上記主張は理由がない。
(3)小括
以上によれば，本件訂正発明１及び９がサポート要件に適合するとした本件審決の判断に誤りはないから，原告主張の取消事由２は理由がない。４取消事由３（実施可能要件の判断の誤り）について
(1)実施可能要件の適合性について
前記３(1)アの認定事実によれば，本件明細書の記載から，本件訂正発明１の抗体及び本件訂正発明９の医薬組成物を作製し，使用することができるものと認められるから，本件明細書の発明の詳細な説明は，当業者が本件訂正発明１及び９の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものであることが認められる。
したがって，本件訂正発明１及び９は，実施可能要件に適合するものと認められる。
(2)原告の主張について
ア原告は，本件訂正発明１は，抗体の構造を特定することなく，機能的にのみ定義されており，極めて多種類の抗体を含むものであるが，本件明細書の発明の詳細な説明において本件訂正発明１に含まれ得る抗体として記載された具体的な抗体（３グループないし３種類の抗体）とはアミノ酸配列が全く異なる多種多様な構造の抗体も文言上含まれ得るし，当然ながら，今後発見される，いまだ全く知られていない抗体も全て含むものであり，本件訂正発明１の特許請求の範囲に含まれる全体の抗体を得るためには，当業者に期待し得る程度を超える過度の試行錯誤を要することは明らかであるから，本件訂正発明１は，実施可能要件を満たさず，また，本件訂正発明９も，これと同様である旨主張する。しかしながら，前記３(2)アの認定事実に照らすと，特定の結合特性を有する抗体を得るために，その抗体の構造（アミノ酸配列）をあらかじめ特定することが必須であるとはいえず，当業者は，抗体のアミノ酸配列を参照しなくとも，本件明細書の記載に従って，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得ることができるものと認められる。
また，前記３(1)イの認定事実に照らすと，当業者は，本件明細書の記載に基づいて，本件明細書に記載された参照抗体と競合する中和抗体以外にも，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる参照抗体と競合する中和抗体を得られるものと認められるから，本件訂正発明１の特許請求の範囲（請求項１）に含まれる抗体を得るために，当業者に期待し得る程度を超える過度の試行錯誤を要するものとはいえない。したがって，原告の上記主張は，理由がない。
イ原告は，本件訂正発明１は，抗体の有すべき機能（解決すべき課題）を発明特定事項としているが，実施可能要件は実質的な要件であるから，その物が有すべき機能を発明特定事項に記載したとしても，そのことによって当業者が当該発明に属する物の全てを使用できるとはいえず，実施可能要件を充足することにはならないし，この場合，実施可能要件違反にならないとすれば，機能的に定義された，いかなる広範囲のクレームであっても，実施可能要件を充足することが可能となり，実施可能要件の判断が形式的なものに貶められるから，本件訂正発明１は，実施可能要件を満たさず，また，本件訂正発明９も，これと同様である旨主張する。


平成２４年１０月３１日判決言渡同日原本受領    裁判所書記官平成２３年（行ケ）第１０２７４号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２４年９月２６日
判        決
原              告        株式会   社ダナ   フォー   ム同訴訟代理人弁護士        山      上      和      則
藤      川      義      人
同          弁理士        辻      丸      光一    郎
中      山      ゆ      み
吉      田      玲      子
伊佐    治              創
被              告        栄研化   学株式   会社同訴訟代理人弁護士        永      島      孝      明
安      國      忠      彦
明      石      幸二    郎
朝      吹      英      太
浅      村      昌      弘
同訴訟復代理人弁護士      安      友      雄一    郎同          弁理士        磯      田      志      郎
浅      村              
池      田      幸      弘
主        文
１特許庁が無効２０１０－８００１９５号事件について平成２３年７月２５日にした審決を取り消す。
２訴訟費用は被告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
主文１項と同旨
第２事案の概要
本件は，原告が，後記１のとおりの手続において，被告の後記２の本件発明に係る特許に対する原告の特許無効審判の請求について，特許庁が同請求は成り立たないとした別紙審決書（写し）の本件審決（その理由の要旨は後記３のとおり）には，後記４のとおりの取消事由があると主張して，その取消しを求める事案である。
１特許庁における手続の経緯
(1)被告は，平成１１年１１月８日，発明の名称を「核酸の合成方法」とする特許出願（特願２０００－５８１２４８号。国内優先権主張日：平成１０年１１月９日（特願平１０－３１７４７６））をし，平成１２年５月１８日の出願公開を経て，平成１４年５月３１日，設定の登録（特許第３３１３３５８号）を受けた。以下，この特許を「本件特許」といい，本件特許に係る明細書（甲３７）を「本件明細書」という。
(2)原告は，平成２２年１０月２５日，本件特許に係る発明の全てである請求項１ないし１１に係る発明（以下，請求項の番号に応じて「本件発明１」ないし「本件発明１１」といい，これらを併せて「本件発明」という。）について特許無効審判を請求し，無効２０１０－８００１９５号事件として係属した。(3)特許庁は，平成２３年７月２５日，「本件審判の請求は，成り立たない。」旨の本件審決をし，その謄本は，同年８月４日，原告に送達された。
２特許請求の範囲の記載
本件発明に係る特許請求の範囲の記載は，次のとおりである。なお，「／」は，本文中の改行箇所を示す。
【請求項１】次の工程を繰り返すことによる１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の増幅方法。／Ａ）３′末端と５′末端において，それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型を提供する工程／Ｂ）同一鎖にアニールさせた前記鋳型の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，／Ｃ）前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチドを，ループ部分にアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程Ｂ）で合成された相補鎖を置換してその３′末端を塩基対結合が可能な状態とする工程，および／Ｄ）工程Ｃ）において３′末端を塩基対結合が可能な状態とした鎖を工程Ａ）における新たな鋳型とする工程【請求項２】工程Ｃ）におけるオリゴヌクレオチドが，その５′側末端に工程Ｂ）において合成起点となった３′末端に相補的な塩基配列を備えたものである請求項１に記載の増幅方法
【請求項３】更に工程Ｃ）におけるオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖を工程Ａ）における鋳型とする工程を含む請求項２に記載の増幅方法【請求項４】融解温度調整剤の存在下で鎖置換相補鎖合成反応を行う請求項１に記載の方法
【請求項５】融解温度調整剤がベタインである請求項４に記載の方法【請求項６】反応液中に０．２～３．０Ｍのベタインを存在させる請求項５に記載
の方法
【請求項７】請求項１～６に記載のいずれかの増幅方法を行い，増幅反応生成物が生じたかどうかを観察することにより試料中の標的塩基配列を検出する方法【請求項８】増幅反応生成物に，ループに相補的な塩基配列を含むプローブを加え，両者のハイブリダイズを観察する請求項７に記載の方法【請求項９】プローブが粒子標識されており，ハイブリダイズによって生じる凝集
反応を観察する請求項８に記載の方法
【請求項１０】核酸の検出剤存在下で請求項１～６に記載のいずれかの増幅方法を行い，検出剤のシグナル変化に基づいて増幅反応生成物が生じたかどうかを観察す
る請求項７に記載の方法
【請求項１１】請求項７に記載の検出方法によって標的塩基配列の変異を検出する方法であって，増幅対象である塩基配列における変異が，増幅方法を構成するいず
れかの相補鎖合成を妨げるものである方法
３本件審決の理由の要旨
(1)本件審決の理由は，要するに，①本件発明は発明の詳細な説明に記載されたものであり，当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているから，本件特許が平成１４年法律第２４号による改正前の特許法（以下「法」という。）３６条６項１号（いわゆるサポート要件）及び同条４項（いわゆる実施可能要件）に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものとはいえず，②本件発明は後記アないしエの引用例１ないし４に記載の発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではないから本件特許が特許法２９条２項に違反してされたものとはいえず，③後記オの先願明細書に記載の発明は本件発明と同一ではないから本件特許が同法２９条の２に違反してされたものとはいえない，というものである。


ア引用例１：THE   JOURNALOFBIOLOGICAL   CHEMISTRYVol.266,No.21,   pp.14031-14038（平成３年（１９９１年）刊行。甲１の１・２）イ引用例２：DNA   REPLICATIONSECONDEDITION,   ARTHURKORNBERG,TANIA   A.BAKER,W.H.FREEMAN    ANDCOMPANY,    pp.700-703,pp.713-716,    pp.492-493&pp.504（平成４年（１９９２年）刊行。甲２の１～４）ウ引用例３：国際公開第９６／０１３２７号（平成８年公開。甲３の１・２）エ引用例４：国際公開第９７／０４１３１号（平成９年公開。甲４の１・２）オ先願明細書：特開２０００－３７１９４号公報（本件優先権主張日よりも前である平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，本件出願公開日よりも前である平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初に添付された明細書及び図面。甲９の１）
(2)本件審決が認定した引用例１ないし４に記載の発明（以下「引用発明１」ないし「引用発明４」という。）及び本件発明１とこれらの各引用発明との相違点（以下「相違点１」という。）は，次のとおりである（本件発明１とこれらの各引用発明との一致点については，明確な認定の記載がない。）。ア引用発明１：ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構を開発することを課題とするものであり，その増幅機構は図８に記述され，Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央にヘアピンを有する長い２本鎖ＤＮＡが合成され，このＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマ
ーとして伸長し鎖置換相補鎖合成を行うというもの
イ引用発明２：種々のウイルスの生体内におけるＤＮＡ複製機構を明らかにすることを課題とするものであり，例えば，アデノ随伴ウイルスの増幅機構は，図１９－６に詳述されているが，３′末端と５′末端の双方にループが形成された１本鎖核酸（鋳型）において，その３′末端から自己を鋳型とする相補鎖合成が開始され，２本鎖の複製型が一旦形成され，その親鎖の３′末端の反対側でニックが生じ，ニックからの伸長反応の結果，ヘアピン構造への転移が生じ，末端ヘアピンの再構成によって，どちらかの末端に３′末端が形成され，当該末端からの自己を鋳型とする相補鎖合成によって，次の新しい鋳型が提供されるというものウ引用発明３：ヘアピン構造を形成し得るプライマーを使用し，核酸を等温増幅する方法の提供を課題とするものであり，２本鎖ＤＮＡの末端にあるパリンドローム配列は動的平衡によってヘアピン構造を形成し，折り曲げられた末端はプライマーとして機能し，自己を鋳型とする相補鎖合成を行って，核酸の伸長反応が継続
的に生じるというもの
エ引用発明４：単一のプライマーを用いて，ヘアピン構造を有する核酸を増幅することを課題とするものであり，その詳細は，図１７に示されるとおり，標的ポリヌクレオチドの領域Ａに相補的な配列と，標的ポリオヌクレオチドの領域Ｂと同一の配列を有するプライマー（ＴＰ）を標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズさせ，３′末端からの伸長反応によって伸長生成物を生じさせ，これを熱変性によって鎖分離し，該伸長生成物が５′末端にヘアピン構造を形成した後に，ＰＣＲプライマー（Ｄ）をハイブリダイズさせ，該生成物を増幅するというものオ相違点１：本件発明１には，３′末端側に位置するループ部分にプライマーをアニールさせる工程（工程Ｃ））があるのに対し，引用発明１ないし４には，いずれもこの工程がない点
(3)本件審決が認定した本件発明１と先願明細書に記載の発明との一致点及び相違点（以下「相違点２」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：Ａ）３′末端と５′末端において，それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型を提供する工程を備える，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の増幅方法イ相違点２：本件発明１では，さらに，「Ｂ）同一鎖にアニールさせた前記鋳型の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，Ｃ）前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチドを，ループ部分にアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程Ｂ）で合成された相補鎖を置換してその３′末端を塩基対結合が可能な状態とする工程，およびＤ）工程Ｃ）において３′末端を塩基対結合が可能な状態とした鎖を工程Ａ）における新たな鋳型とする工程」を備えており，これらの工程を繰り返して核酸を増幅するのに対し，先願明細書に記載の発明について，先願明細書には工程Ｂ）ないしＤ）（特に，工程Ｂ））を備えることが明記されておらず，これらを繰り返して核酸を増幅することが記載されていない点
４取消事由
(1)実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り（取消事由１）(2)引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り（取消事由２）
ア引用発明１についての認定の誤り
イ相違点１に係る判断の誤り
(3)拡大先願に係る認定・判断の誤り（取消事由３）
第３当事者の主張
１取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕


(1)本件審決は，①本件発明では２つのアウタープライマー（ＯＰ）は鋳型の合成のために使用されており（本件明細書の図１～３），本件発明１の１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を増幅する方法において，２つのＯＰが必須ではないから，特許請求の範囲に２つのＯＰを記載する必要はない，②本件発明１は鋳型の合成と，当該鋳型の増幅からなる等温増幅の一連の反応から，後者のみを取り出して特許請求しているのであるから，目的の核酸の等温増幅が行えるように記載されていれば足りるところ，本件明細書の図１ないし３に示される反応機構からみても，本件発明１の増幅方法が等温条件下で行えることが自明である，③わずか一度の熱変性を行うことが本件発明の目的に反するとまではいえないから，２つのＯＰを用いなくても所定の鋳型核酸を合成することが可能であるとする。(2)しかしながら，前記(1)①及び②についてみると，本件発明の工程Ａ）の鋳型核酸の製造方法については，２つのＯＰを用いた方法以外に本件明細書には記載がない。したがって，当業者は，これ以外の上記鋳型核酸の製造方法の記載がない限り，これを容易に実施できないのであり，本件発明の特許請求の範囲の記載は，本件明細書のサポートを超えたものとなっている。また，本件発明は，いわゆるＬＡＭＰ法と呼ばれる等温増幅法であるが，ＬＡＭＰ法は，２つのターンバックプライマー（ＴＰ）と２つのＯＰとを必須としている（甲４０～４２）。しかも，前記(1)③についてみると，本件明細書の１６及び１７欄は，本件明細書の図５の核酸から合成した図６（Ｄ）及び（Ｅ）の核酸について説明しているものであるが，これらは，いずれもループを３′末端にしか有しておらず，５′末端にループを有しないから，そもそも本件発明に含まれない。なお，この核酸合成法は，１サイクルごとに熱変性が必要であり，本件審決が認定する一度の熱変性で実施できるものではない。
(3)以上のとおり，本件発明において２つのＯＰは，必須であり，これに反する本件審決の判断は，誤りである。
〔被告の主張〕
本件発明１は，工程Ａ）の鋳型の合成方法に関するものではなく，工程Ａ）において提供される鋳型を出発物質として，工程Ａ）ないしＤ）を繰り返すことによって，「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」を増幅する方法である。かかる本件発明１の増幅方法においては，２つのＯＰは，必須の構成要件ではないから，請求項に記載する必要はなく，現に，本件明細書の図２(7)から図３に例示された増幅機構においてもＯＰを使用していない。本件明細書にも，鋳型核酸の合成方法について「様々な方法によって得ることができる。」との記載があるとおり，核酸の合成方法は，限定されていない。よって，本件発明が２つのＯＰを必須とするものではないと認定した本件審決には何らの認定・判断の誤りもなく，本件特許は，法３６条４項及び同条６項１号に違反するものではない。
２取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，①引用発明１が解決課題及び課題解決手段において，特に工程Ｃ）において，本件発明１とは全く異なる発明であり，引用例１ないし４にはループ部分にプライマーをアニールさせることも記載されておらず，したがって，②引用例１ないし４に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明を当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，引用例１は，ウイルスの遺伝子の複製機能に関する学術論文であるが，そこには，等温での増幅方法を提供するという本件発明１と共通の課題を明確に記載しており，かつ，ステムループ構造を「ヘアピン構造」（甲２５）と呼び，プライマーを「直鎖ｓｓＤＮＡ」と呼んでいる（引用例１のFig.８の説明）。そして，本件明細書は，「アニール」を「核酸がワトソン－クリックの法則に基づく塩基対結合によって２本鎖構造を形成することを意味する。」と定義していることから，ここにいう「アニール」は，酵素の作用によるものも含む全ての結合を介した２本鎖の形成を意味する。以上によれば，引用例１におけるヘアピン構造に直鎖ｓｓＤＮＡが侵入してＤループを形成するということは，プライマーがループにアニールすることを意味することが明らかである。このように，引用例１には，ループ部分にプライマーをアニールさせることが記載されている。
(3)前記(1)②についてみると，まず，本件審決は，引用例１のステップ５では，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いて反応を起こしているから，酵素を用いなければ引用例１に記載された鋳型にフリーループを形成するはずがない（阻害要因）と当業者が考えるであろうとする。
しかしながら，酵素を用いなくても，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることや，そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得ることは，いずれも周知である（引用例２，甲５３～５８）。したがって，引用例１においてフリーループを形成して，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いないようにしても，Fig.８ステップ５の反応は起こり得るし，引用例１にも，その旨の記載がある（Fig.１）。したがって，引用例１には上記阻害要因はない。次に，本件発明のポイントは，①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるところ，①は，周知技術であり（引用例２，３，甲４６～５１，５９），②については，前記(2)に記載のとおり，引用例１に記載がある。そして，引用例１には，②のループにアニールしたプライマーの伸長反応が等温増幅反応のモデルになるという教示があり，この教示に従って①の３′末端から自己伸長反応するループに②を組み合わせて本件発明１の等温増幅法を想到することは，当業者には容易であるというべきである。


なお，遺伝子の増幅方法であるＰＣＲ法は，生体内の細胞分裂において起こっているところ，生体内での複製反応では，２本鎖のＤＮＡを分離して１本鎖にする際に，生体に害を及ぼさないように複雑なプロセスを要するが，人工的に実施する場合には，このような考慮を要しないため，試験管内で簡単に再現することが可能である。むしろ，引用例１のFig.８の説明には，同図の反応が試験管での増幅方法のモデルとなることが明確に記載されているから，引用例１の増幅機構が生体内での反応であることを根拠とする被告の主張は，失当である。また，「単一酵素で，特異性が高い等温増幅方法」という本件発明の効果を奏するためには，前記のとおり一対のＯＰが必須であるところ，本件発明１ないし１１は，これを必須としないため，当該効果を奏しない部分を含んでおり，進歩性が欠如している。
(4)以上のとおり，本件審決は，引用発明１の認定を誤り，相違点１の判断を誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１では，工程Ａ）において，「互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型」を提供することが必要となるが，引用発明１では，そのようなループが形成されない。引用例１のFig.８は，単に折り返しを有する２本鎖を図示しているにすぎない。(2)本件発明１の工程Ｃ）では，「ループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチドを，ループ部分にアニールさせる」ことが必要になるが，引用例１のFig.８の工程１から２は，２本鎖であるヘアピン構造に対し，組換え酵素（リコンナーゼ）により，２本鎖ヘアピン生成物や２本鎖の二量体中間体の切断，プロセシング，対合（組換え），合成及び解離という各反応を経て直鎖ｓｓＤＮＡを導入しているにすぎず，塩基対結合可能な領域を有するループが存在しないことが明白であり，塩基対結合が可能となるループにプライマーをアニールさせることとは明らかに異なる。
(3)そもそも，引用例１は，人工的な核酸増幅方法に関するものではなく，単に生体内におけるＴ４バクテリオファージの相同遺伝子組換え機構を観察して報告したものであって，特定の標的核酸を増幅させる核酸増幅反応に関するものではないばかりか，Ｔ４－ホロ酵素やｕｖｓＸタンパク質等の生体内に存在する物質の関与を必須とするものであるから，核酸の増幅方法への応用の可能性は，極めて抽象的なものである。
以上のように，引用発明１は，解決課題及び課題解決手段において，特に工程Ｃ）において，本件発明と比較自体が困難なほどに相違した発明であって，引用例２及び３に適用できるものでもない。
(4)原告は，ループ３′末端からの自己伸長反応が周知技術である旨を主張するが，引用例２に記載されているのは，アデノ随伴ウイルスの生体内での反応機構のモデルにすぎず，本件発明１とは解決課題及び解決手段が全く異なるし，引用例３の図５は，いわゆるヘアピン構造を有するプライマー及びそのプライマー由来の折り返し構造であって塩基対結合が可能な領域を有するループではない。したがって，本件発明１におけるループ構造からの自己伸長反応（工程Ｂ））は，公知でも周知でもない。原告が援用するその余の証拠も，いずれも異なるウイルス等の複製機構に関するものなどであって，周知技術を認定する根拠たり得るものではない。また，原告は，ループにプライマーがアニールすることが周知技術である旨（甲５３～５８）を主張するが，これらの証拠に記載の技術は，いずれも引用例１ないし３に適用し得る周知技術とは到底認められないものばかりである。(5)以上のとおり，原告の主張に理由はなく，本件発明の進歩性を肯定した本件審決の認定・判断は，至極正当である。
３取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，相違点２として，先願明細書に記載の発明について，先願明細書には工程Ｂ）ないしＤ）（特に，工程Ｂ））を備えることが明記されておらず，これらを繰り返して核酸を増幅することが記載されていない点を認定し，その理由として，①先願明細書の実施例１の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，②先願明細書の実施例２の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，③先願明細書の記載（【０１０６】【０１０７】【０１５９】【０１８３】）の解釈，④被告が別件訴訟で本件発明と先願明細書に記載の発明とが同一であると認めているとしても，そのこと自体が本件特許が無効であるか否かの判断を左右しないことを挙げている。
(2)前記(1)①についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰを用いたＰＣＲ産物，すなわち先願明細書の図３④に記載の核酸（以下「ダンベル型中間体」ともいう。）を提供する工程である（本件発明１の工程Ａ）に該当する。）。先願明細書には，本件明細書の図２及び３の「ループが形成される鋳型」に相当するものに対してＴＰがアニールした結果，本件発明１の工程Ａ）ないしＤ）が起きている旨の記載があるところ（【０１８３】），本件審決は，当該反応が起きている可能性を認めているにもかかわらず，先願明細書の図１７が不鮮明であること及び時間の経過に伴って分子量の増大を示すための図１７Ａ及びＢの２つの電気泳動のゲルが異なることを挙げて，先願明細書の実施例１の記載からは当該反応を読み取ることができないとする。


しかしながら，先願明細書には，ダンベル型中間体が増幅産物の最終生成物という記載はない（【０１３０】参照）から，先願明細書に記載の発明の技術的思想は，図３④のダンベル型中間体を得ることにあるのではなく，これを核にしたＴＰによる等温増幅反応である。そして，先願明細書の図１７Ａ及びＢには，ゲル濃度の相違を考慮したとしても，時間の経過に従った分子量の段階的増大が生じていることを示す複数のバンドが確認できるし（甲３８，３９），仮に，当該図１７Ａが不鮮明であるとしても，中間体の二次構造にはステムループ構造が双方の末端にある場合，片方の末端にある場合及び当該構造がない場合の３種類に限られる一方，当該図１７Ａには３個以上の複数のバンドが確認できる以上，分子量の増大すなわち３′末端からの自己伸長反応が起きていることは，明らかである（甲５２）。また，本件発明の実施例と先願明細書の実施例１とでは，ＯＰの使用の有無を除き反応条件が実質的に同一であって，かつ，ＯＰは，ダンベル型中間体の形成のみに関与してこれからの増幅反応には関与しないから，両者で同一の反応が起きていることは，明らかである（甲３８，３９）。
さらに，先願明細書によれば，先願明細書の実施例１の後段の反応は，一対のＴＰを用いた反応であるから（【００２５】），当該反応では本件発明１の実施例と同じ非直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きているといえる（甲３８）。よって，先願明細書の実施例１からは，本件発明１の自己伸長反応を読み取ることができる（甲２５，４３，４４）。
なお，先願明細書の図９④⑤の配列ａ′ｂ′は，本件発明の３′末端の「Ｆ１」に，ａｂは，本件発明の「Ｆ１ｃ」に，ｘ′ｙ′ｃ′ｄ′は，本件発明のＦ２ｃに，それぞれ該当するから，そこには，本件発明と同一の自己伸長反応（工程Ｂ））が記載されているということができ，このことは，先願明細書が図９について「自己伸長を例示する模式図」と記載していることからも明らかである。また，図９のプライマーは，配列ｃ′′が先願明細書の請求項１に記載の「第１のセグメント」に，配列ａｂが「第２のセグメント」に，それぞれ該当するから，先願明細書の実施例１のプライマーと同じであるから，ここでも自己伸長反応が起こることが明らかである。
(3)前記(1)②についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰと２つのＯＰを用いているのに対し，実施例２は，２つのＴＰのみを用いている点が相違するが，当該ＴＰは，本件発明のＯＰと同じ機能をするものであり，反応条件も本件明細書の実施例１と同様であるところ，本件審決は，引用例２の実施例２が本件明細書の実施例１と同様の工程の反応が生じる可能性を指摘しつつも，反応条件が全く同じではないために，本件発明１と同じ工程の反応が起きているとまでいえないとする。
しかしながら，本件審決も認定するとおり，先願明細書の実施例２の反応条件は，実質的に本件明細書の実施例１とも先願明細書の実施例１とも同じであるから，本件発明１と同じ反応が起きていないと判断すべき理由はない（甲３８）。しかも，先願明細書には，フォワードとリバースの双方にＴＰを用いた等温増幅反応では非直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きることが明記されているから（【００２５】），同じくフォワードとリバースにＴＰを用いた先願明細書の実施例２の増幅反応においては，本件発明１と同じ増幅反応が起きているといえる。よって，先願明細書の実施例２からは，本件発明１の反応を読み取ることができる。
(4)前記(1)③についてみると，本件審決は，先願明細書からは３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応が起こり，次いで，ループにＴＰがハイブリダイズし，鎖置換相補鎖合成反応が起きることを読み取ることができず（【０１０６】【０１０７】【０１８３】等），副反応により高分子量産物の複雑な多様性を形成し得，有害であることが記載されている（【０１５９】）とする。しかしながら，先願明細書の【０１８３】の「アンプリコン」は，実施例１の前段の反応で得られたＰＣＲ産物を意味しており（【０１８０】），【０１８３】の記載は，当該ＰＣＲ産物（ダンベル型中間体。ダンベル型中間体であるアンプリコンは，サイズが小さい１７０ｂｐのものである。）を鋳型核酸としてＴＰを用いて等温増幅を行った結果であって，その実証データは，電気泳動の結果，分子量の異なる複数のバンドの存在を示している（先願明細書の図１７Ａ及びＢ）。そして，先願明細書の【０１８３】には，これらの複数のバンドの存在から導き出される時間経過に伴う分子量サイズの段階的増大の理由が，「おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」旨の記載があり，ここで，アンプリコンの「二次構造」は，ステムループを意味し，かつ，「プライマー」とは，ポリメラーゼが合成を開始する「テンプレート」にアニールして，その３′末端から伸長反応を起こすものを意味するから，当該記載のうち，「アンプリコンをプライマー…として機能させる二次構造」とは，増幅産物（アンプリコン）の３′末端側のループの３′末端からの自己をテンプレートとして伸長反応を意味することが明らかである。
さらに，上記記載のうち，「アンプリコンを…テンプレートとして機能させる二次構造」とは，増幅産物（アンプリコン）の３′末端側のループにプライマーがアニールして伸長反応が起きることを意味するか，又は３′末端からの自己伸長反応そのものを意味する。
以上のとおり，先願明細書の【０１８３】には，本件発明１における①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ループにアニールしたプライマーからの伸長反応の２つの反応が起きていることが記載されている。
次に，先願明細書の【０１０６】及び【０１０７】は，引用例２を引用して「呼吸」という現象を説明しており，そこでは，先願明細書の図２の②から③へと変化する現象すなわち３′末端にステムループが形成される現象が起これば，その３′末端のステムループ構造から自己伸長反応が起きることは，著名な教科書である引用例２のFigure１９－６にも記載されているとおり，当業者には自明である。さらに，３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応については，先願明細書の図９④⑤や図２④等に記載がある。


また，先願明細書の【０１５９】には，電気泳動の複数のバンド形成が副反応であるという記載はなく，また，先願明細書の実施例１及び２にも，電気泳動の複数のバンドで確認できる増幅反応が副反応であるという記載はないから，両者は，無関係である。そして，先願明細書には，電気泳動の複数のバンドの形成自体が有害である旨の記載はない。
(5)前記(1)④についてみると，被告は，他の訴訟事件における準備書面及び技術説明資料（甲１０の１・２～甲１９）において，いずれも先願明細書に本件発明と同一の発明が記載されていることを自認している。したがって，被告は，信義則に基づき，先願明細書に記載の発明と本件発明の同一性を本件審判及び本件訴訟においては争えないというべきである。
(6)   むしろ   ，本件   明細書   には，「   ヘアピ   ンルー   プを形   成させ   て自身   を鋳型（template）とする相補鎖合成反応の報告は多い」，「３′末端に同一鎖上の塩基配列に相補的な配列を持たせ，末端でヘアピンループを形成させる方法が公知である（Gene71,29-40,1988）。このようなヘアピンループからは，自身を鋳型とした相補鎖合成が行われ，相補的な塩基配列で構成された１本鎖の核酸を生成する。たとえばPCT/FR95/00891では，相補的な塩基配列を連結した末端部分で同一鎖上にアニールする構造を実現している。」との記載があり，ここで引用されている文献（甲３等）の発行は，先願明細書の優先権主張日よりもはるかに前である。したがって，本件明細書の記載から，ループ部分の３′末端からの自己伸長反応は，周知技術であった。
なお，本件明細書の図２及び３並びに先願明細書の図３には，いずれもダンベル型中間体が記載されており，本件明細書で１本鎖として記載されている部分が先願明細書において２本鎖として記載されているのは，表現上の相違にすぎず，実質的な相違ではない。そして，これらのダンベル型中間体は，いずれもＴＰ伸長鎖によって形成されているから，その機能も同じであることは，明らかである。そして，ダンベル型中間体が同じであるのであれば，ダンベル型中間体及び一対のＴＰ（フォワード及びリバースにＴＰを用いること）を用いた増幅反応も同じであると考えるのが科学的に正しい認定であるというべきである。
(7)以上のとおり，本件発明（特に，本件発明１）は，先願明細書の実施例において起きている反応の一部である，ダンベル型中間体及び一対のＴＰからの核酸増幅反応を取り出して反応機構を説明したものにすぎず，新たな用途を提供するものでもない。このように，本件発明と先願明細書に記載の発明との間に相違点２は存在せず，本件審決は，先願明細書に記載の発明の認定を誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)先願明細書に記載の発明の技術的思想は，ＴＰである「第１のセグメントＢ′及び第２のセグメントＣを含む第１の初期プライマー（核酸構築物）」，ＴＰである「第１のセグメントＦ及び第２のセグメントＥ′を含む続く初期プライマー（核酸構築物）」，基質，緩衝液及びテンプレート依存性重合化酵素を提供する工程と，該特定の核酸配列及び該新規プライマー（核酸構築物）をインキュベートし，該特定の核酸配列を非線形に増幅する工程とを包含する増幅方法であって（先願明細書の図１～３），各末端において，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３④のダンベル型中間体）を得ることを目的とするものである（【０１３０】）。(2)原告は，先願明細書の実施例１の図１７Ａ（３０分インキュベーション）及びＢ（１８０分インキュベーション）に現れているバンド移動度の違いから，インキュベーション時間が長いほど分子量の大きなバンドが出現しており，これが「自己伸長反応」が起こったことを示すものであるから，そこには本件発明１の工程Ｂ）ないしＤ）が記載されている旨を主張する。
しかしながら，図１７Ａ及びＢは，電気泳動によって分子量の低い産物のバンドがより下方に移動する一方，より分子量の高い産物のバンドがより上方に留まることを示しているといえるが，両者は，異なる組成のアガロースゲルを使用しており（先願明細書【０１８２】），Ｂで用いられたゲル濃度の高いものは，よりサイズの小さいＤＮＡ長の分離に適しているから（甲３６），Ｂの移動度の方が小さいのは当然であって，Ａとの違いから「自己伸長反応」の発生を読み取ることはできない。次に，上記のような移動度の小さいアガロースゲルは，低分子量の増幅産物のバンドをより判別しやすくする目的で使用されるのであるから，先願明細書の実施例１は，分子量の大きな増幅産物を全く想定しておらず，現に，先願明細書は，図１７について，増幅産物の増量について記載するのみで（【０１８３】），その分子量の大小については何ら言及していない。
また，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，標的が存在しないコントロールにおいても増幅産物が生じており（【０１８３】），実施例１において複数のバンドが生じる原因は，分子量が異なる産物が複数存在するというだけではなく，産物が二次構造を形成しているかどうかもその原因となるのであるから（甲２５），図１７Ａ及びＢは，「自己伸長反応」を示すものとはいえない。
さらに，図１７Ａ及びＢは，いずれも不鮮明であり，いずれのバンドが先願明細書に記載の発明の最終産物であるダンベル型中間体に対応するものであるかも記載されていない（Ｂでは，バンド同士の密着により，どのようなバンドが生じているかは，判別不能である。）から，これらの図から段階的な分子量の増大やダンベル中間体の整数倍の伸長反応を読み取ろうとする見解（甲３８，３９）は，本件発明１に基づく後知恵にすぎない。
以上のとおり，先願明細書には，本件発明１の工程Ｂ）ないしＤ）を備えていることが明記されておらず，また，「自己伸長反応」の記載がないから本件発明１の「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」との構成を開示するものではない。
(3)原告は，先願明細書の実施例２の反応条件から，実施例１と同様の反応が生じているから本件発明１の反応を読み取ることができる旨を主張する。しかしながら，先願明細書の実施例２には，実施例１の記載以上の記載が存在しないから，「自己伸長反応」を含む増幅反応に係る発明が記載されていると解する余地はない。むしろ，実施例１の実験は，そのタイトルが「ＰＣＲ産物の等温増幅」であることから明らかなとおり，ＰＣＲで得られたダンベル型産物を等温でコピーすることを目的としていることが明らかである。


(4)先願明細書の「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載（【０１８３】）には，「自己伸長反応」とは記載されておらず，当該記載部分は，先願明細書の作成者が複数のバンドができた原因を抽象的に複数推測しているにすぎないことが明らかであって，先願明細書【０１８０】に記載のとおり，単に二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成されることを原因として移動度が変化し，複数のバンドが形成された可能性を示唆しているにすぎない（現に，ダンベル型中間体は，分子間でアニールして二次構造を形成することもある。）から，原告の主張に係るようなループ部の自己伸長を意味するものとはいえず，特許法２９条の２が求める同一の発明を記載したものとは到底いえない。また，原告は，先願明細書【０１５９】の「副反応」による高分子量産物が有害であるとの本件審決の認定を争っているが，前記(1)に記載のとおり，先願明細書に記載の発明は，ダンベル型中間体を得ることを目的とするものであるからそれ以外の産物を生じる反応は，「副産物」に該当するのであって，現に，複数のバンドがどのような産物に相当するのかの分析はされていない（【０１８３】）。さらに，原告は，引用例２を参照すれば先願明細書【０１０６】【０１０７】の「呼吸」から「自己伸長反応」を読み取れる旨を主張するが，引用例２は，アデノ随伴ウイルスの生体内での予想されるモデルに関するものであり，特許法２９条の２の適用に当たって参酌し得るような周知技術ではない。そして，先願明細書の図９④⑤は，原告が主張の根拠とする実施例１等の反応とは，プライマーの構造自体及び反応機構が異なる別反応であるから，ここに「自己伸長反応」が記載されているということはできない。
(5)別件の訴訟事件は，本件特許とは無関係な別件特許の進歩性が争われたものであって，先願明細書に対する特許法２９条の２の適用とは無関係であるし，被告の主張に矛盾抵触はない。
(6)原告は，被告が本件明細書の記載により「自己伸長反応」が周知であることを自認しており，引用例３にも同旨の記載がある旨を主張する。しかしながら，原告が援用する本件明細書の記載部分は，ループの３′末端からの自己伸長に関するものではなく，むしろ，他の部分ではヘアピンループを相補鎖合成に利用している点において新規である点を明記している。また，引用例３の図５ｉの記載も，ループからの自己伸長反応に関するものではない。そして，他に自己伸長反応が周知であるとする証拠はない。
(7)なお，先願明細書の出願人は，出願経過において「自己伸長反応」に関する記載を付加したところ，これが当初明細書に記載されていない新規事項であると指摘されたために，当該出願を取り下げている。このように，先願明細書に「自己伸長反応」が記載されていないことは，明らかである。(8)よって，先願明細書には，本件発明が記載されておらず，これと同旨の本件審決の認定は，正当である。
第４当裁判所の判断
１本件発明について
(1)本件明細書の記載について
本件発明は，前記第２の２に記載のとおりであるところ，本件明細書には，おおむね次の記載がある。
ア本件発明は，核酸の増幅方法として有用な，特定の塩基配列で構成される核酸を合成する方法に関する。
イ核酸の塩基配列の相補性に基づく分析方法は，遺伝的な特徴を直接に分析することが可能なため，遺伝的疾患等には非常に有力な手段であるが，試料中に存在する目的の遺伝子量が少ない場合の検出は，一般に容易ではなく，標的遺伝子そのもの等を増幅することが必要となる。ＰＣＲ法は，invitroにおける核酸の増幅技術として，現在最も一般的な方法であるが，実施のために特別な温度調節装置が必要であるし，１塩基多型（ＳＮＰｓ）の解析では，誤って混入した核酸を鋳型として相補鎖合成が行われた場合，誤った結果を与える原因となるので，ＰＣＲ法をＳＮＰｓの検出に利用するには，特異性の改善が必要とされている。ＬＣＲ法も，合成した相補鎖と鋳型との分離に温度制御が必要であり，ＳＤＡ法は，温度制御を省略できるが，鎖置換型のＤＮＡポリメラーゼに加えて，ニックをもたらす制限酵素を組み合わせる必要があり，コストアップの要因となっているほか，一方の鎖には酵素消化に耐性を持つように基質としてｄＮＴＰ誘導体を利用しなければならないので，増幅産物の応用が制限される。さらに，ＮＡＳＢＡ法は，複雑な温度制御を不要とするが，複数の酵素の組合せが必須であり，コストの面で不利であるし，複数の酵素反応を行わせるための条件設定が複雑なので，一般的な分析方法として普及させることは，難しい。このように，公知の核酸増幅反応においては，複雑な温度制御の問題点や複数の酵素が必要となることといった課題が残されている。ウ本件発明の課題は，新規な原理に基づき，低コストで効率的に配列に依存した核酸の合成を実現することができる方法，すなわち，単一の酵素を用い，しかも，等温反応条件の下でも核酸の合成と増幅を達成することができる方法の提供である。さらに，本件発明は，公知の核酸合成反応原理では達成することが困難な高い特異性を実現することができる核酸の合成方法及びこの合成方法を応用した核酸の増幅方法の提供を課題とする。


エ本件発明の発明者らは，鎖置換型の相補鎖合成を触媒するポリメラーゼの利用が，複雑な温度制御に依存しない核酸合成に有用であることに着目し，従来技術とは異なる角度から合成起点となる３′－ＯＨの供給について検討した結果，特殊な構造を持ったオリゴヌクレオチドを利用することによって，付加的な酵素反応に頼らずとも３′－ＯＨの供給が可能となることを見出し，本件発明を完成した。オ本件発明が合成の目的としている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸とは，１本鎖上に互いに相補的な塩基配列を隣り合わせに連結した核酸を意味する。さらに，本件発明は，相補的な塩基配列の間にループを形成するための塩基配列を含まなければならないが，これをループ形成配列と呼ぶ。本件発明によって合成される核酸は，実質的に，上記ループ形成配列によって連結された互いに相補的な塩基配列で構成される。すなわち，本件発明における１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結した核酸とは，同一鎖上でアニールすることが可能な相補的な塩基配列を含み，そのアニール生成物は，折れ曲がったヒンジ部分に塩基対結合を伴わないループを構成する１本鎖核酸と定義することもできる。カ本件発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部領域Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上の領域Ｆ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。最も望ましい態様においては，少なくとも，特定の塩基配列を持つ核酸の領域Ｘ２ｃ（Ｆ２ｃ又はＲ２ｃ）に相補的な塩基配列を持つ領域Ｘ２（Ｆ２又はＲ２）及び当該領域Ｘ２ｃ（Ｆ２ｃ又はＲ２ｃ）の５′末端側に位置する領域Ｘ１ｃ（Ｆ１ｃ又はＲ１ｃ）と実質的に同じ塩基配列を持つ領域Ｘ１ｃ（Ｆ１ｃ又はＲ１ｃ）とで構成され，領域Ｘ２（Ｆ２又はＲ２）の５′末端側に領域Ｘ１ｃ（Ｆ１ｃ又はＲ１ｃ）が連結されたオリゴヌクレオチドを利用した，相補鎖合成反応に基づいてその構造を与えることができる。
本件発明に基づくオリゴヌクレオチドとしては，３′末端側から領域Ｆ２－Ｆ１ｃを備えるＦＡと，同じく領域Ｒ２－Ｒ１ｃを備えるＲＡとがあるが，まず，鋳型となる核酸（３′末端側からＦ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ－鋳型領域－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３）の領域Ｆ２ｃに対してＦＡの領域Ｆ２をアニールさせ，これを合成起点として相補鎖合成を行う。次に，３′末端側から領域Ｆ３を有するアウタープライマーを鋳型となる核酸の領域Ｆ３ｃにアニールさせ，鎖置換型の相補鎖合成をＤＮＡポリメラーゼで行うことにより，ＦＡから合成した相補鎖は，置換され，塩基対結合が可能な状態となる（図１）。そして，リバースプライマーとしてのＲＡの領域Ｒ２が，塩基対結合が可能となったＦＡの領域Ｒ２ｃにアニールして相補鎖合成が行われ，ＦＡの５′側末端である領域Ｆ１ｃに至る部分まで行われる。この相補鎖合成反応に続いて，やはり置換型のアウタープライマーＲ３がアニールし，鎖置換を伴って相補鎖合成を行うことにより，ＲＡを合成起点として合成された相補鎖が置換される。このとき置換される相補鎖は，ＲＡを５′末端側に持ち，ＦＡに相補的な配列が３′末端に位置する（図２）。
なお，鋳型とすべき核酸が２本鎖である場合には，少なくともオリゴヌクレオチドがアニールする領域を塩基対結合が可能な状態とする必要があり，そのためには，一般に加熱変性が行われるが，これは，反応開始前の前処理として一度だけ行えばよい。


キ本件発明において，１本鎖核酸の３′末端側には，同一鎖上の領域Ｆ１ｃに相補的な領域Ｆ１が存在するので，当該領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃとは，速やかにアニールして相補鎖合成が始まるが，その際，領域Ｆ２ｃが塩基対結合が可能な状態で維持されたループを形成する。そして，上記領域Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ本件発明のオリゴヌクレオチドＦＡは，上記ループ部分にアニールして，相補鎖合成の起点となり，先に開始した領域Ｆ１からの相補鎖合成の反応生成物を置換しながら進む結果，自身を鋳型として合成された相補鎖は，再び３′末端において塩基対結合が可能な状態となる。この３′末端は，同一鎖上の領域Ｒ１ｃにアニールし得る領域Ｒ１を備えており，やはり同一分子内の速やかな反応により，両者は，優先的にアニールする。このようにして，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸は，次々と相補鎖合成と置換とを継続し，その３′末端Ｒ１を起点とする伸長を続けることになるが，当該３′末端Ｒ１の同一鎖へのアニールによって形成されるループには常に領域Ｒ２ｃが含まれることから，以降の反応で３′末端のループ部分にアニールするのは，常に領域Ｒ２を備えたオリゴヌクレオチドＲＡとなる。一方，自分自身を鋳型として伸長を継続する１本鎖の核酸に対して，そのループ部分（領域Ｆ２ｃ）にアニールするオリゴヌクレオチドを合成起点として相補鎖合成される核酸（ＦＡ）に着目すると，ここでも，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成が進行している。そして，この核酸の合成によって置換された核酸が（領域Ｒ２ｃを含むループを経て）相補鎖合成を開始すると，やがてその反応は，かつて合成起点であったループ部分（領域Ｆ２ｃ）に達して再び置換が始まる。こうして，ループ部分（領域Ｆ２ｃ）から合成を開始した核酸も，置換され，その結果，同一鎖上にアニールすることができる３′末端Ｒ１を得て，当該３′末端Ｒ１は，同一鎖の領域Ｒ１ｃにアニールして，次の相補鎖合成を開始する。このように，本件発明においては，１つの核酸の伸長に伴って，これとは別に伸長を開始する新たな核酸を供給し続ける反応が進行し，更に，鎖の伸長に伴い，末端のみならず，同一鎖上に複数のループ形成配列がもたらされる。これらのループ形成配列は，鎖置換反応により塩基対形成可能な状態となると，オリゴヌクレオチドがアニールし，新たな核酸の生成反応の起点となる。末端のみならず，鎖の途中からの合成反応も組み合わされることにより，更に効率のよい増幅反応が達成されるのである。以上のようにリバースプライマーとして本件発明に基づくオリゴヌクレオチドＲＡを組み合わせることによって，伸長とそれに伴う新たな核酸の生成が起きる。さらに，本件発明においては，この新たに生成した核酸自身が伸長し，それに付随する更に新たな核酸の生成をもたらすが，一連の反応は，理論的には永久に継続し，極めて効率的な核酸の増幅を達成することができるし，本件発明の反応は，等温条件のもとで行うことができる。ク本件発明の方法により蓄積する反応生成物は，領域Ｆ１－Ｒ１間の塩基配列とその相補配列が交互に連結された構造を持つ。ただし，繰り返し単位となっている配列の両端には，領域Ｆ２－Ｆ１（領域Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ）又は領域Ｒ２－Ｒ１（領域Ｒ２ｃ－Ｒ１ｃ）の塩基配列で構成される領域が連続している。これは，本件発明に基づく増幅反応が，オリゴヌクレオチドを合成起点として領域Ｆ２又はＲ２から開始し，続いて自身の３′末端を合成起点とする領域Ｆ１又はＲ１からの相補鎖合成反応によって伸長するという原理のもとに進行しているためである。ケ一連の反応は，鋳型となる１本鎖の核酸に対して，４種類のヌクレオチド（ＦＡ，ＲＡ，アウタープライマーＦ３及びアウタープライマーＲ３），鎖置換型の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ及びＤＮＡポリメラーゼの基質となるヌクレオチドを加え，ＦＡ及びＲＡを構成する塩基配列が相補的な塩基配列に対して安定な塩基対結合を形成することができ，かつ，酵素活性を維持し得る温度でインキュベートするだけで進行する。したがって，ＰＣＲ法のような温度サイクルは必要ない。
コこの反応は，融解温度調整剤を利用することによって，オリゴヌクレオチドのアニールを限られた温度条件の下で調製することができるし，ベタイン等は，そのisostabilize作用によって鎖置換効率の向上にも有効である。ベタインは，反応液中０．２ないし０．３Ｍ，好ましくは，０．５ないし１．５Ｍ程度の添加により，本件発明の核酸増幅反応の促進作用を期待できる。サ本件発明では，何らかの非特異的な反応が起きると，その生成物が以降の増幅工程に対して出発材料となる可能性を低く抑えることになる。この特徴は，遺伝子変異の検出に利用することができる。すなわち，本件発明では，各領域，特に相補鎖合成の起点となる各オリゴヌクレオチドの３′末端等が設計どおりに働かなければ本件発明の合成反応を進行させないから，この配列を検出すべき変異に対応するよう設計すれば，塩基の欠失や挿入といった変異の有無により核酸の相補鎖合成反応は，著しく阻害されることになり，本件発明による合成反応生成物を観察することによって，当該変異の有無等を総合的に分析することができる。このような特徴は，ＰＣＲ法などでは期待しにくい利点である。
シ本件発明によって合成された核酸は，大部分が塩基対結合を形成しているから，２本鎖特異インターカレーターである蛍光色素の存在下で実施すれば，生成物の増加に伴って蛍光強度というシグナルの増大が観察され，閉鎖系でリアルタイムな合成反応の追跡が可能となる。


ス本件発明は，塩基対結合が可能な状態にあるループを常に形成する特徴を有するので，この領域に対して相補的な塩基配列を持つプローブをハイブリダイズさせれば，鋳型特異的な検出を行うことができる。しかも，この領域は，常に塩基対結合が可能な状態にあることから，ハイブリダイズに先立って加熱変性する必要がないし，上記ループを構成する塩基配列は，任意の長さとすることができるから，プローブのハイブリダイズを目的とする場合には，プライマーがアニールすべき領域とプローブがハイブリダイズすべき領域を別々にして両者の競合を避けることにより理想的な反応条件を構成できる。本件発明によれば，１本の核酸鎖上に塩基対結合が可能な多数のループがもたらされるから，核酸１分子に多数のプローブがハイブリダイズ可能であり，感度の高い検出を可能とするのみならず，例えばポリスチレンラテックスのような微粒子に固定したプローブを本件発明による反応生成物に加えることで，凝集反応に基づくラテックス粒子の凝集が観察される。凝集の強度を工学的に測定すれば，高感度に，しかも定量的な観察が可能である。セ本件発明による核酸の合成方法を支えているのは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるが，そのようなものとして知られているポリメラーゼ（１１種類の既存のポリメラーゼを列挙）のうち，ＢｓｔＤＮＡポリメラーゼ等は，ある程度の耐熱性を持ち，触媒活性も高いことから特に望ましい酵素である。本件発明の反応は，望ましい態様においては等温で実施することができるが，融解温度の調整などのために必ずしも酵素の安定性に相応しい温度条件を利用できるとは限らないから，酵素が耐熱性であることは，望ましい条件の一つである。また，等温反応が可能とはいえ，最初の鋳型となる核酸の提供のためにも加熱変性は行われる可能性があり，その点においても耐熱性酵素の利用は，アッセイプロトコールの選択の幅を広げる。
ソ本件発明の特徴は，ごく単純な試薬構成で容易に達成できることにある。例えば，本件発明によるオリゴヌクレオチドは，特殊な構造を持つとはいえ，それは，塩基配列の選択の問題であって，物質としては単なるオリゴヌクレオチドである。また，望ましい態様においては，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼのみで反応を進めることができるなど，全ての酵素反応を単一の酵素によって行うことができる。したがって，本件発明による核酸合成方法は，コストの点においても有利である。このように，本件発明の合成方法及びそのためのオリゴヌクレオチドは，操作性（温度制御不要），合成効率の向上，経済性そして高い特異性という，複数の困難な課題を同時に解決する新たな原理を提供する。(2)本件発明の課題，課題解決手段及び作用効果について以上の本件明細書の記載によれば，本件発明は，核酸の増幅に当たり，従来技術では，複雑な温度調節又は複数の酵素の組合せが必要であったという課題を解決するため，本件発明の構成，特に，３′末端及び５′末端にそれぞれ領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ及びＲ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１の塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有する核酸を提供し，当該第１の３′末端がこれを鋳型として相補鎖合成を行う一方で，当該合成起点となったループ内の塩基配列部分（領域Ｆ２ｃ）に別の第２の３′末端を含むオリゴヌクレオチドの相補的な塩基配列部分（領域Ｆ２）をアニールさせることで，これを第２の合成起点として相補鎖合成を行い，その際，第１と第２の各３′末端が，鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成により，他方の３′末端により合成された相補鎖を置換しあうことで，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を，等温条件かつ単一の酵素を利用するだけで増幅させることを可能とし，これによって操作性，合成効率の向上，経済性及び高い特異性を実現するという作用効果を有するほか，上記増幅方法を応用することで，増幅反応を促進し，あるいは核酸の観察等を容易にするという作用効果を有するものであるといえる。
２取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
(1)実施可能要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条４項が適用されるところ，同項には，「発明の詳細な説明は，…その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に，記載しなければならない。」と規定している。特許制度は，発明を公開する代償として，一定期間発明者に当該発明の実施につき独占的な権利を付与するものであるから，明細書には，当該発明の技術的内容を一般に開示する内容を記載しなければならない。法３６条４項が上記のとおり規定する趣旨は，明細書の発明の詳細な説明に，当業者が容易にその実施をすることができる程度に発明の構成等が記載されていない場合には，発明が公開されていないことに帰し，発明者に対して特許法の規定する独占的権利を付与する前提を欠くことになるからであると解される。
そして，方法の発明における発明の実施とは，その方法の使用をする行為をいうから（特許法２条３項２号），方法の発明については，明細書にその発明の使用を可能とする具体的な記載が必要であるが，そのような記載がなくても明細書及び図面の記載並びに出願当時の技術常識に基づき当業者がその方法を使用することができるのであれば，上記の実施可能要件を満たすということができる。イこれを本件発明についてみると，本件明細書には，前記１(1)カに記載のとおり，本件発明１の工程Ａ）の鋳型を提供する方法について，具体例を挙げつつ，様々な方法が可能である旨の記載があり，かつ，そこに記載の具体例は，いずれも一般的な技術に基づくものであるから，本件出願日当時の技術常識に照らして，当業者が使用可能であると認められる。
次に，本件発明１の工程Ｂ）それ自体は，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖合成を行うということであって，本件出願日当時の当該分野における技術常識にほかならない（引用例２参照）。


本件発明１の工程Ｃ）のうち，既存の核酸のループ形成配列（領域Ｆ２ｃ）と相補的な塩基配列（領域Ｆ２）を有するオリゴヌクレオチドをループ部分にアニールさせることそれ自体は，ループ部分に塩基対結合を生じていない塩基配列が存在すれば発生し得ることであって，これもまた，本件出願日当時の当業者の技術常識であったものと認められる。また，上記工程Ｃ）のうち，特定のＤＮＡポリメラーゼが触媒となって，他の核酸にアニールしたオリゴヌクレオチドの３′末端（プライマー）が塩基対結合の置換による相補鎖合成反応を示すことは，本件明細書でも多数の既存のＤＮＡポリメラーゼが鎖置換型ポリメラーゼとして紹介されていること（前記１(1)イ及びセ）から，やはり本件出願日当時の当業者の技術常識であったものと認められる。したがって，上記工程Ｃ）自体は，当業者が本件出願日当時の技術常識に照らして使用可能であったといえる。
さらに，本件発明１の工程Ｄ）は，工程Ａ）において，５′末端に領域Ｒ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１の塩基配列で構成されるループ形成配列をあらかじめ提供していたことによる論理的帰結であって，それ自体に何ら技術的な困難性が見当たらない。以上に加えて，本件発明２以下は，いずれも，本件発明１に他の構成が追加されたものであるが，これらの追加された各構成は，前記１(1)に記載の本件明細書の記載によれば，いずれも既存ないし既知の技術に立脚するものと認められ，当該各構成を使用することが本件発明２ないし１１の場合において不可能であると認めるに足りる証拠もないから，いずれも，本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用可能であるものといえる。したがって，本件発明は，いずれも本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用可能なものであるといえる。(2)サポート要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条６項１号が適用されるところ，同号には，特許請求の範囲の記載は，「特許を受けようとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであること」でなければならない旨が規定されている（サポート要件）。
特許制度は，発明を公開させることを前提に，当該発明に特許を付与して，一定期間その発明を業として独占的，排他的に実施することを保障し，もって，発明を奨励し，産業の発達に寄与することを趣旨とするものである。そして，ある発明について特許を受けようとする者が願書に添付すべき明細書は，本来，当該発明の技術内容を一般に開示するとともに，特許権として成立した後にその効力の及ぶ範囲（特許発明の技術的範囲）を明らかにするという役割を有するものであるから，特許請求の範囲に発明として記載して特許を受けるためには，明細書の発明の詳細な説明に，当該発明の課題が解決できることを当業者において認識できるように記載しなければならないというべきである。法３６条６項１号の規定する明細書のサポート要件が，特許請求の範囲の記載を上記規定のように限定したのは，発明の詳細な説明に記載していない発明を特許請求の範囲に記載すると，公開されていない発明について独占的，排他的な権利が発生することになり，一般公衆からその自由利用の利益を奪い，ひいては産業の発達を阻害するおそれを生じ，上記の特許制度の趣旨に反することになるからである。
そして，特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否か，あるいは，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否かを検討して判断すべきものである。
イこれを本件発明についてみると，本件明細書は，前記１(1)カに記載のとおり，本件発明の工程Ａ）の鋳型核酸の製造方法について記載した上で，本件発明１ないし３については，前記１(1)キないしケにその作用機序及び技術的思想に関する詳細な説明を記載しており，本件発明４ないし６については，前記１(1)コに，本件発明７ないし１１については，前記１(1)サないしスに，それぞれその構成及びその技術的意義に関する詳細な説明を記載しており，これらの記載は，いずれも当業者が本件発明の課題を解決できると認識できるものであると認められる。(3)原告の主張について
ア原告は，本件明細書には本件発明１の工程Ａ）の鋳型核酸の製造方法として２つのＯＰを用いた方法以外には記載がないから，当業者がこれを実施できず，また，本件発明のＬＡＭＰ法では２つのＯＰ及びＴＰが必須である旨を主張する。しかしながら，本件明細書には，原告も自認するとおり，上記工程Ａ）の鋳型核酸の製造方法が記載されている（前記１(1)カ）から，この点を問題として実施可能要件又はサポート要件違反を指摘する主張は，そもそも失当である。また，本件発明がそれ自体実施可能であり，本件明細書に記載のものであることは，前記(1)及び(2)に説示のとおりであるところ，前記第２の２に記載の本件発明の特許請求の範囲には，原告主張に係る２つのＯＰ及びＴＰについての記載はないばかりか，本件明細書の記載（前記１(1)カ）によれば，鋳型核酸は，様々な方法によって得ることができるとされており，それ自体実施可能であるとされているから，本件発明がＬＡＭＰ法であるか否かや，ＬＡＭＰ法において２つのＯＰ及びＴＰが必要であるか否かは，実施可能要件及びサポート要件とは関係がないものというほかなく，これらの要件に関する前記判断を左右するものではない。よって，原告の上記主張は，採用できない。
イ原告は，本件発明における工程Ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，加熱変性が必要であることから，本件発明が実施可能要件又はサポート要件に違反する旨を主張するもののようである。
しかしながら，本件明細書は，前記１(1)カ及びセに記載のとおり，本件発明における工程Ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，加熱変性を用いることについて記載しているものの，当該鋳型核酸の製造それ自体は，本件発明の特許請求の範囲には属していない。したがって，本件発明の方法以前の段階で加熱変性が実施されるからといって，本件発明が実施不可能となり，あるいは本件明細書に記載されたものでなくなるというものではない。
よって，原告の上記主張は，採用できない。
(4)小括
よって，本件発明は，いずれも実施可能要件及びサポート要件を満たすものというべきである。
３取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
(1)引用例１の記載について


本件審決が認定した引用発明１は，前記第２の３(2)アに記載のとおりであるところ，引用例１は，「THEJOURNALOF   BIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,   No.21,pp.14031-14038」に掲載された「Ｔ４バクテリオファージ由来ｕｖｓＸリコンビナーゼによるスナップバックＤＮＡ合成における増幅反応」と題する学術論文であり，そこには，おおむね次の記載がある。
ア観察に基づき，スナップバックＤＮＡ合成における増幅に関して，次のモデルを提案する。
(ア)工程１：Ｔ４ホロ酵素が，スナップバック機構により，直鎖ｓｓＤＮＡ鋳型を複製する。この反応の生成物は，長い２本鎖のヘアピンであり，それは，出発物質である直鎖ｓｓＤＮＡに対して相同である。
(イ)工程２：ｕｖｓＸタンパク質が，直鎖ｓｓＤＮＡ分子と工程１における２本鎖ヘアピン化合物との間の結合を触媒する。ｕｖｓＸタンパク質によって触媒されるＤＮＡ分岐点移動の，５′から３′への方向性（ｓｓＤＮＡへの侵入に関する）により，当該３′末端は，Ｄ－ループ構造に組み込まれ，そこで，ＤＮＡ複製を開始できる状態を保つ（脚注６：ヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっている。）。
(ウ)工程３及び４：このように開始されるＤＮＡ合成により，Ｄ－ループ中間体を，ダイマー長の直鎖２本鎖に分解し，当該直鎖２本鎖は，複製開始ＤＮＡ合成における鋳型としてもよい。
(エ)工程５及び６：ｕｖｓＸタンパク質が直鎖ｓｓＤＮＡ分子（出発物質）と２本鎖の二量体中間体の相同性タンパク質との間のシナプシスを触媒し，ＤＮＡ合成を開始する。「（ＤＮＡ）バブル移動」機構によるこの鋳型の複製によって，内部相補的であり，急速に復元するダイマー長の直鎖ｓｓＤＮＡ分子が生じる。(オ)工程７：この生成物の復元によって，工程１と同一のヘアピン構造が形成される。そして，これらの生成物は，新たなＤＮＡ合成に用いてもよく，それによって，これらの生成物は，増幅される。
イ前記アの方法は，Ｔ４ｕｖｓＸタンパク質の複製開始活性に基づく，当該タンパク質によるスナップバックＤＮＡ合成の増幅モデルであり，ｕｖｓＸタンパク質が触媒する，直線ｓｓＤＮＡプライマー／テンプレート（鋳型）と，スナップバック複製のｄｓＤＮＡ産物との再結合が，スナップバック産物と同じ配列を持つ２倍の長さの２重鎖を産生するＤＮＡ合成を開始する。このテンプレート（鋳型）における再結合で開始されたＤＮＡ合成は，スナップバック産物の産生を増幅させる。ウこのスナップバックのＤＮＡ合成反応は，比較的シンプルな，試験管内システムにおいて，高い精度のＤＮＡポリメラーゼを用いて実施されるＤＮＡの等温増幅プロセスの一例である。
エｕｖｓＸタンパク質の非存在下でも，３種のテンプレート（鋳型）の全てにおいて，ごくわずかながらＤＮＡ合成が起こった。
(2)引用例１に記載の発明及び本件発明１との相違点の各認定についてア前記(1)の引用例１の記載によれば，そこには，「Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央にヘアピン構造を有する長い２本鎖ＤＮＡを合成し，これに当該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，当該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして機能して鎖置換型の相補鎖合成を行うことによる，ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構」が記載されており，引用例１に記載の発明は，本件発明１とは，ＤＮＡの増幅方法である点で一致するものと認められる。なお，本件審決による引用発明１の認定は，引用例１に記載の発明の構成の一部を課題として認定し，あるいは引用例１に記載の図８をそのまま引用するものであって，引用例１に記載の発明の構成を必ずしも具体的に示しておらず，本件発明との対比をすべき発明を認定するものとしては，措辞が不適切であるが，そのことは，直ちに本件審決を取り消すべき違法を生ずるものではない。イこの点に関して，原告は，引用例１におけるヘアピン構造が本件発明１のループ部分に相当し，同じく直鎖ｓｓＤＮＡがプライマー（オリゴヌクレオチド）に相当するから，本件審決による引用発明の認定には誤りがある旨を主張する。しかしながら，本件発明１の工程Ａ）で提供される鋳型となる核酸のループ部分（ループ形成配列）は，前記１(2)に説示のとおり，３′末端及び５′末端にそれぞれ領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ及びＲ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１の塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有するものであり，かつ，当該領域は，本件発明１における工程Ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発明のヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものであるばかりか，前記(1)ア(イ)に記載のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっているとされていることからも明らかなように，本件発明１のループ形成配列における領域Ｆ２ｃ又はＲ２に相当する部分を欠くものである。


したがって，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，本件発明１のループ部分に相当するということはできず，むしろ，本件発明１のループ部分には領域Ｆ２ｃが存在すること，すなわち，本件発明１が「それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖状に備え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可能となるループが形成される（工程Ａ））」との構成を有する一方，引用例１に記載の発明にはこれが存在しないことは，両者の実質的な相違点であるというべきである（以下「相違点Ａ」という。）。また，本件発明１においてアニールされるオリゴヌクレオチドは，前記１(2)に説示のとおり，３′末端側のループ内の領域Ｆ２ｃ部分に相補的な塩基配列部分（領域Ｆ２）を含むもので，当該領域Ｆ２部分が当該領域Ｆ２ｃ部分にアニールするというものであり，かつ，当該オリゴヌクレオチドの構成及びそれに基づくアニールの方法は，いずれも工程Ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，アニールされる直鎖ｓｓＤＮＡの構成及びアニール（侵入）の方法が，いずれも本件発明１とは相違するというほかない。
したがって，引用例１に記載の発明における直鎖ｓｓＤＮＡは，本件発明１のオリゴヌクレオチドに相当するということはできず，むしろ，本件発明１が上記のようなオリゴヌクレオチド，すなわち，「３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチドを，ループ部分にアニールさせ（工程Ｃ））」るとの構成を有する一方，引用例１に記載の発明が「当該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入」するとの構成を有することは，両者の実質的な相違点であるというべきである（以下「相違点Ｂ」という。）。
(3)引用例１に記載の発明に基づく本件発明１の容易想到性についてア引用例１に記載の発明と本件発明１とでは，ＤＮＡの増幅方法である点で一致し，技術分野が同一であるといえる。他方，本件発明１と引用例１に記載の発明との間には，少なくとも前記(2)イに認定の相違点Ａ及びＢが存在する。イそこで，相違点Ａについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものであって，本件発明のループ形成配列における領域Ｆ２ｃ又はＲ２に相当する部分を欠くものであるから，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たって，あえて本件発明１の相違点Ａに係る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。ウ次に，相違点Ｂについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては，本件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールと全く異なる原理に基づくものであるから，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たって，引用例１に記載の発明の相違点Ｂに係る構成に代えて，本件発明１の相違点Ａに係る構成を前提とした本件発明１の相違点Ｂに係る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
(4)原告の主張について
ア原告は，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることが周知であり（引用例２），そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得ることも周知であるから，引用例１に記載の発明においても，ｕｖｓＸタンパク質を用いなくてもＤＮＡの増幅が可能であり，引用例１には，その旨の記載もある（前記(1)エ）と主張する。


そこで検討すると，引用例２は，「DNAREPLICATIONSECOND   EDITION（ＤＮＡ複製第２版）」という学術書であって，そこには，２本鎖の核酸の末端部分における現象であって，末端領域の塩基配列と，これに相補的な塩基配列の領域が内側に存在するという特殊な塩基配列を有する場合の現象として，平衡反応（呼吸）についての記載がある。しかしながら，引用例１にいうＤ－ループは，２本鎖を形成した核酸の中央部分に位置するものであり，かつ，上記平衡反応（呼吸）が生じている場合にみられるような特殊な塩基配列を有しているか否かは明らかではないばかりか，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，前記(3)イに説示のとおり，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たって，引用例１に記載の発明に対して引用例２に記載の上記現象を適用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，引用例１には，前記(1)エに記載のとおり，ｕｖｓＸタンパク質の非存在下でもごく僅かながらＤＮＡ合成が起こった旨の記載があるものの，当該ＤＮＡ合成の発生がごく僅かであることに加えて，引用例１には，当該ＤＮＡ合成が発生した理由ないし作用機序については何ら触れるところがないから，単にごく僅かのＤＮＡが発生したという現象を確認できるにとどまり，これをもって，引用例２に記載の技術を適用させるに足りる示唆ないし動機付けがあると認めるには足りない。むしろ，引用例１は，もっぱらｕｖｓＸタンパク質の使用を前提としたＤＮＡ増幅反応について論じた学術論文であるから，当業者は，引用例１の上記記載に基づいて，ｕｖｓＸタンパク質を使用せずに引用例１に記載の発明を実施することを動機付けられるものではない。したがって，原告の上記主張は，いずれも採用できない。イ原告は，本件発明１のポイントが，①ループの３′末端からの自己伸長反応と，②引用例１に記載のループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるが，①及び②が，いずれも周知技術であって，引用例１には，②が等温増幅反応のモデルになるという教示がある（前記(1)ウ）から，両者を組み合わせることが容易である旨を主張する。
しかしながら，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては本件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールとは全く異なる原理に基づくものであるから，上記②にいうループにアニールしたプライマー（オリゴヌクレオチド）の伸長反応が記載されているとはいえない。したがって，原告の上記主張は，前提を欠くものであって，採用できない。
(5)小括
よって，本件優先権主張日当時の当業者は，引用例１に記載の発明に基づき，本件発明１の相違点Ａ及びＢに係る構成を容易に想到することができなかったものというほかない。
また，本件発明２ないし１１は，いずれも本件発明１を引用する発明であるところ，本件発明１は，前記(3)イ及びウに説示のとおり，引用例１に基づいて当業者が容易に想到することができなかったものであるから，本件発明２ないし１１も，同じく容易に想到することができなかったものというべきである。４取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
(1)先願明細書の記載について
先願明細書（甲９の１）は，「核酸を増幅するため，核酸配列のための終結後標識プロセス，および減少した熱力学安定性を有する核酸を生成するための新規の方法」という名称の発明について記載された明細書及び図面であるが，そこには，別紙図１ないし３のほか，おおむね次の記載がある。なお，後記ウ(ア)の下線は，当裁判所が便宜上付したものである。
ア本発明は，組換え核酸技術の分野に関し，より詳細には，核酸増幅，核酸配列決定のための終結後標識及び減少した熱力学安定性を有する核酸の生成のためのプロセスに関する（【０００１】）。
イ本発明の特定の局面において，新規のプライマー及び核酸構築物は，少なくとも，テンプレートに結合し得，そして伸長のためにそれを使用し得る第１セグメント及び目的の標的の配列に実質的に同一であり，その結果，第１セグメントの伸長が伸長配列を有する第２セグメントの自己ハイブリダイゼーションによって形成される二次構造の形成を可能にする２つのセグメントを含む（【００９４】）。本発明における新規のプライマー又は核酸構築物のテンプレート依存性伸長は，自己ハイブリダイゼーションによって形成されるステムループ構造及び新規のプライマー又は核酸構築物を含む配列に同一又は相補的でない伸長配列を有する産物を作製し得る（【０１０３】）。この産物は，図１に例示され，そこにおける二次構造の形成は，テンプレートからの，伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全て又は一部の除去を提供し得る（【０１０４】【図１】）。
ウ実施例１：５３℃及び６３℃でのＢｓｔポリメラーゼによるＰＣＲ産物の等
温増幅
(ア)ＨＢＶプラスミドＤＮＡのＰＣＲ増幅


ＨＢＶマイクロタイタープレートアッセイからのＨＢＶポジティブコントロールを，ＰＣＲによる増幅のための標的として使用した。製造業者によると，このＤＮＡは，８０ｐｇ／ｕｌである。１ｕｌのＨＢＶ標的，１×ＰＥ緩衝液，４ｍＭのＭｇＣｌ２，２５０ｕｍのｄＮＴＰ，６単位のアンプリサーム及び１０ピコモルのＨＢＶオリゴプライマーＦＣ及びＲＣからなる５０ｕｌのＰＣＲ反応を実施した。ＦＣ配列＝５′－ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧ    ＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴ    ＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′ＲＣ配列＝５′－ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ    ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡ    ＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１７８】）この実施例において，ＦＣプライマーの３′末端における２９塩基及びＲＣプライマーの３′末端における３０塩基は，テンプレートとしてＨＢＶ標的ＤＮＡを使用して伸長し得る第１セグメントである。ＦＣ及びＲＣプライマーの５′末端における３０塩基は，テンプレートしてＨＢＶＤＮＡを使用して，プライマーの伸長によって合成された最初の３０塩基に相補的な第２のセグメントである。ＨＢＶ配列に基づいて予想されたＰＣＲ産物は，長さが２１１ｂｐであるべきである。ステムループ構造は，それぞれ，第２のセグメント及びその相補体により与えられる３０塩基のステム並びにＦＣ及びＲＣの第１のセグメントにより与えられる２９及び３０塩基対のループを伴って，この生成物のそれぞれの末端において起こり得る（【０１７９】）。
(イ)ＰＣＲ産物の分析
増幅は，０．５ｕｇ／ｍｌの臭化エチジウムの存在下で，０．５×ＴＢＥ緩衝液を用いて流した４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースゲル中の１０ｕｌのサンプルのゲル電気泳動によってアッセイした。ＵＶ照射下で，３つのバンドが出現し，それらは，ＤＮＡサイズマーカーによる判定で，長さがおよそ２１０，１８０及び１７０ｂｐであった。２１０ｂｐに対応するバンドは，予想された線状ＰＣＲ産物であり，そしておそらく他の２つのバンドは，同じサイズのアンプリコンに対応しており，ここで，二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成され，それによってそれらの効果的な移動度が変化している（【０１８０】）。
(ウ)ＰＣＲ産物の等温増幅
前記のＰＣＲ産物の種々の希釈物５ｕｌは，１×ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ緩衝液，２００ｕＭのｄＮＴＰ，２０ピコモルの正方向及び逆方向プライマー，８単位のＢｓｔポリメラーゼからなる１００ｕｌの反応混合物中で使用された。正方向プライマーは，ＦＣ又はＬＦＣのどちらかであり，逆方向プライマーは，ＲＣ又はＬＲＣのどちらかであった。ＦＣ及びＲＣプライマーの配列は，前記のとおりであり，ＬＦＣ及びＬＲＣプライマーは，ＦＣ及びＲＣプライマーだけの第１のセグメントに対応する次のような配列を有している。
ＬＦＣ＝５′－ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′ＬＲＣ＝５′－ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１８１】）


(エ)インキュベーションは，３０分，１８０分又は終夜のインキュベーションであった。反応温度は，５３℃又は６３℃のどちらかであった。３０分反応したものは，２％アガロースゲルを用いてゲル電気泳動で分析し，１８０分反応したものは，４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースを用いて分析した（【０１８２】）。(オ)「この分析結果を図１７に示す。３０分インキュベーションの後に取り出したサンプルの最初の組の中で，ＰＣＲ産物の１０－２希釈物だけが５３℃でいくらかの合成を示すが，６３℃からの反応物は，１０－２，１０－３および１０－４希釈物で合成を示している。これらのデータは，合成量は加えた標的ＤＮＡの量に依存するということを示している。１８０分の合成の後に取り出されたサンプルの組では，実質的により多くの合成が行われている。これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。これは，通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得るか，またはストランドスイッチングの徴候であり得る。５３℃で３時間インキュベーションした後，標的が少しもないようなコントロールでさえ，実質的な合成の証拠を示している。しかし，標的テンプレートを有するすべての５３℃の反応物にみられる，単一の標的依存性パターンが存在し，そして標的なしのコントロールに存在するパターンは実質的に異なることが留意され得る。これはおそらく標的が合成を開始した経路が異なっていることに起因する。６３℃でインキュベーションしたものは，全てのテンプレート希釈物で実質的な合成を示し，そして同じパターンが５３℃の反応によって生成されることを証明する。しかし，本実施例においては，６３℃では，標的非依存性増幅の証拠はない。１０－５の希釈でさえ実質的な量の合成があるということは，この系が実質的な増幅をし得ることを示している。終夜のインキュベーションもまたゲルによって分析され，そして３時間インキュベーションと同じパターンおよび同じ量を示した（データ表示なし）。」
（【０１８３】）
エ図１は，新規のプライマーによる直線的増幅を示す模式図である。図２は，新規のプライマー及び標準的なプライマーによる非直線的増幅を示す模式図である。図３は，一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。図１７は，ＰＣＲによって作製される標的の等温増幅のゲルアッセイを示す電気泳動写真である。
(2)「二次構造」の意義について
先願明細書にいう「二次構造」とは，前記(1)イ及び図１の記載によれば，ステムループ構造と同義であり，図１③ないし⑤，図２①及び③ないし⑤並びに図３①，③及び④において，領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′，領域Ｃ－Ｂ－Ｃ′，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′及び領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′により形成されるループ部分を意味するものと認められる。(3)等温増幅に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーの構成について先願明細書【０１７９】（前記(1)ウ(ア)）に記載のＦＣプライマー及びＲＣプライマーの塩基配列は，いずれも同【０１７８】（前記(1)ウ(ア)）に記載されており，それによれば，これらの塩基数は，ＦＣプライマーが４９塩基であり，ＲＣプライマーが５０塩基であると認められる一方，同【０１７９】には，ＦＣプライマーの第１セグメントが２９塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨及びＲＣプライマーの第１セグメントが３０塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨が記載されており，両者の塩基数の記載は，一致していない。むしろ，先願明細書【０１８１】（前記(1)ウ(ウ)）には，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーの第１セグメントに対応する配列として，塩基数が１９のＬＦＣプライマー及び塩基数が２０のＬＲＣプライマーの塩基配列が記載されていることに照らすと，ＦＣプライマーの第１セグメントの塩基数は１９であり，ＲＣプライマーの第１セグメントの塩基数は２０であると認められる。したがって，前記(1)ウ(ア)の下線部分のうち，「２９」は「１９」の，「３０」は「２０」の誤記であり，ＰＣＲ産物の等温増幅に使用されたＦＣプライマーは，３′末端側の１９塩基対（第１セグメント）及びこれに連続する３０塩基対（第２セグメント）からなる一方，ＲＣプライマーは，３′末端側の２０塩基対（第１セグメント）及びこれに連続する３０塩基対（第２セグメント）からなるものと認められる。
また，ここで，第１セグメントは，前記(1)ウ(ア)（【０１７９】）に記載のとおり，テンプレート（鋳型）としてＨＢＶ標的ＤＮＡ（ＨＢＶプラスミドＤＮＡ）を使用して伸長し得るものとして設計されているから，これと相補的な塩基配列と塩基対結合（アニール）を生じた場合，ＤＮＡポリメラーゼが触媒となって，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，いずれも第１セグメントに隣接する３′末端を合成起点として相補鎖合成反応を開始することになる。他方，第２セグメントは，前記(1)ウ(ア)（【０１７９】）に記載のとおり，ＦＣプライマー又はＲＣプライマーの上記相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基に相補的に設計されているから，第１セグメント及び第２セグメントは，第２セグメント及びその相補体により与えられる３０塩基対のステム並びに第１セグメント（ＦＣプライマーの場合１９塩基，ＲＣプライマーの場合２０塩基）からなるループを発生させ，これにより生成物に１個のステムループ構造（二次構造）を生じさせることになる旨が記載されているといえる。


さらに，上記ＦＣプライマーは，前記(1)ウ(ウ)（【０１８１】）に記載のとおり，正方向プライマーであるから，その「第１セグメント」は，図１①の太い矢印に記載された領域Ｂ′に対応する一方，上記ＲＣプライマーは，前記(1)ウ(ウ)（【０１８１】）に記載のとおり，逆方向プライマーであるから，その「第１セグメント」は，図３①の下側の矢印に記載された領域Ｆに対応するものと認められる。また，これらのプライマーの各「第２セグメント」は，同じく領域Ｃ（ＦＣプライマー）及びＥ′（ＲＣプライマー）にそれぞれ対応するものであり，これらのプライマーの３′末端の相補鎖合成反応により生成するステムループ構造は，例えば，図１③の領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′（ＦＣプライマー）及び図３④の領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′（ＲＣプライマー）により形成されるループ部分に対応するものと認められる。
(4)先願明細書に記載の増幅反応について
ア先願明細書の記載について
先願明細書には，前記(1)ウ(ウ)及び(エ)（【０１８１】【０１８２】）に記載のとおり，ＨＢＶプラスミドＤＮＡの２１１ｂｐのＰＣＲ産物を，直前のＰＣＲで使用したＦＣプライマー及びＲＣプライマーと同じプライマー及びＢｓｔポリメラーゼを使用して，５３℃及び６３℃で３０分，１８０分又は終夜のインキュベーションを実施した旨の記載があるが，このインキュベーションについて「ＰＣＲ産物の等温増幅」という標題が付されているから，当業者は，先願明細書から，当該インキュベーションにより当該ＰＣＲ産物を鋳型とする等温増幅が行われた旨を記載していることを読み取ることができる。
次に，上記インキュベーションによる等温増幅の結果について，先願明細書には，「これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。これは，通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣ及びＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。」との記載がある（前記(1)ウ(オ)。【０１８３】）ところ，「ＰＣＲ産物の等温増幅」という標題の実験の結果が，それまでにみられた「バンドと対照をなしている。」と記載されていることに照らすと，当業者は，上記記載部分から，ＰＣＲ産物の等温増幅により，これに先立つＰＣＲ増幅（前記(1)ウ(ア)。【０１７８】【０１７９】）及びこれによる産物の分析結果（前記(1)ウ(イ)。【０１８０】）とは異なる独自の等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるものといえる。
そして，上記独自の等温増幅反応が発生した理由について，先願明細書には，「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載がある（前記(1)ウ(オ)。【０１８３】）ところ，ここにいう「アンプリコン」とは，ＰＣＲ産物にほかならず，「二次構造」とは，前記(2)に説示のとおり，ステムループ構造を意味するものであるから，ここにいう「二次構造」（ステムループ構造）を有する「アンプリコン」（ＰＣＲ産物）とは，前記(1)ウ(イ)（【０１８０】）の記載に図１ないし３を参照すると，ＰＣＲ産物である①２１０ｂｐに対応するバンドで示される線状産物，②１８０ｂｐに対応するバンドで示される，一方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物，③１７０ｂｐに対応するバンドで示される両方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図３④。ダンベル型中間体）のうち，②及び③（ダンベル型中間体）を意味するものといえる。したがって，これらのＰＣＲ産物のうちダンベル型中間体に着目すると，上記記載部分は，「ダンベル型中間体をプライマー及びテンプレート（鋳型）として機能させるステムループ構造の存在」，すなわちステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，これが，上記独自の等温増幅反応の理由であると説明しているものと理解することができる。イ先願明細書の記載から理解される増幅反応の作用機序について先願明細書に記載の等温増幅反応の鋳型とされたＰＣＲ産物には，前記アに説示のとおり，両方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図３④。ダンベル型中間体）が含まれている。
他方，上記等温増幅の際に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，前記(3)に説示のとおり，第１セグメント（領域Ｂ′又はＦ）が鋳型の相補的な塩基配列（領域Ｂ又はＦ′）と塩基対結合（アニール）を発生させ，第２セグメント（領域Ｃ又はＥ′）が３′末端の相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基（領域Ｃ′又はＥ）に相補的になるように設計されているものである。さらに，Ｂｓｔポリメラーゼが鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであることや，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖合成を行うということは，前記１(1)セ及び２(1)イに説示のとおり，いずれも本件出願日当時，当業者の技術常識であったものと認められるが，同時に，本件優先権主張日当時においても，当業者の技術常識であったものと認められる。したがって，鋳型となる核酸としてダンベル型中間体に着目した場合，先願明細書の「アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との前記記載，すなわちステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，これが，上記独自の等温増幅反応の理由であるとの記載部分について，当業者は，上記技術常識及び先願明細書の記載から，次の増幅反応が発生していることを読み取ることが可能であるというべきである。


(ア)Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるから，鋳型であるダンベル型中間体を構成する鎖の各３′末端（例えば，図３④の下側の鎖の領域Ｃ′）を合成起点として，ダンベル型中間体を構成する２本の鎖の塩基対結合部分を置換しながら相補鎖合成を行うことになる。(イ)次に，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，いずれも鋳型と塩基対結合（アニール）を発生させる第１セグメントを備えているところ，ダンベル型中間体の下側の鎖を鋳型とする場合を例にとると，ＦＣプライマーの第１セグメント（領域Ｂ′）は，鋳型となる鎖のうち，塩基対結合を生じていないループ部分（図３④の下側の鎖の領域Ｂ）と塩基対結合（アニール）を発生させる。そして，前記のとおり，Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するから，ＦＣプライマーの３′末端は，ダンベル型中間体のステム部分及びそれに引き続く塩基対結合を置換しながら相補鎖合成を開始する。
(ウ)ダンベル型中間体の下側の鎖の３′末端は，塩基対結合の置換により相補鎖を合成して当該鎖の５′側末端まで到達するが，次いで，ＦＣプライマーの３′末端は，当該相補鎖を５′末端に至るまで置換して相補鎖合成を行うから，ダンベル型中間体の下側の鎖の３′末端が合成してきた塩基配列は，１本鎖となり，その結果，当該鎖は，３′末端に引き続く部分に新たなステムループ構造（３′末端側から，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′となる。）を形成した上で，再び自らを鋳型として３′末端から塩基対結合の置換による相補鎖合成を開始する。他方，ＲＣプライマーは，上記新たなステムループ構造のループ部分（領域Ｆ′）に対してアニールできる領域（領域Ｆ）を第１セグメントに備えているから，当該ループ部分に塩基対結合（アニール）を発生させ，先にＦＣプライマーが行ったのと同じ塩基対結合の置換による相補鎖合成を行うことになる。こうして，ダンベル型中間体は，そのうち１本の鎖の３′末端が，Ｂｓｔポリメラーゼの触媒により塩基対結合の置換による相補鎖合成を行うことに加えて，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーが相次いでアニールを繰り返すことで，それ自身がプライマーであると同時にテンプレート（鋳型）である増幅反応を繰り返す結果，１本鎖上に鋳型核酸の塩基配列が交互に連結された核酸が得られることになる。
(5)先願明細書に記載の発明について
以上のとおり，先願明細書には，ＰＣＲ増幅に引き続くインキュベーションにより「等温増幅」が発生した旨が記載されており，それが先行するＰＣＲ増幅とは異なる独自の増幅反応であって，その理由について「おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載があるが，当該記載は，ステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物（ダンベル型中間体を含む。）それ自体が，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーと相俟って，塩基対結合の置換による相補鎖合成を繰り返し，核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させているとの趣旨に理解することができる。そして，ここでみられる塩基対結合の置換による相補鎖合成反応は，３′末端からの自己伸長反応と呼んで差し支えない。このように，当業者は，先願明細書の記載及び本件優先権主張日当時の技術常識に基づき，上記増幅反応の作用機序を，前記(4)イに説示したものとして理解することが可能であったものと認められるから，先願明細書には，次の発明が記載されているものと認められる。
先願発明：３′末端側から領域Ｂ′－Ｃという構造を有するＦＣプライマー，３′末端側から領域Ｆ－Ｅ′という構造を有するＲＣプライマー及びＢｓｔポリメ
ラーゼを使用する等温増幅反応であって，
工程１：両方の末端にステムループ構造を有する核酸であって，３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有する核酸（ダンベル型中間体の下側の鎖）を鋳型として，
工程２：その３′末端からの自己伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域Ｂを備えるループを有し，その余の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核
酸を得，
工程３：このループにＦＣプライマーをアニールさせ，自己伸長反応を行うと同時に，上記工程２の自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，その結果，上記工程２の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備える新たなステムループ構造が形成され，工程４：上記工程３で新たに形成された３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有し，その余の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核酸を得ると同時に，上記工程３のＦＣプライマーの自己伸長反応により合成された相補的な塩基配列を置換し，３′末端から順に，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′－Ｄ′－Ｃ′－Ｂ′－Ｃである核酸を得，工程５：上記工程４の塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有する核酸に，ＲＣプライマーをアニールさせ，伸長反応を行うと同時に，上記工程４の自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，その結果，上記工程４の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対結合を可能とする領
域Ｆを備える新たなステムループ構造が形成され，
工程６：これら一連の，ステムループ構造の３′末端からの自己伸長反応と，その際に形成されるループへのプライマー結合に伴う自己伸長反応を繰り返すことによって，鋳型の領域Ｄとその相補的配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上
に延伸する方法
(6)本件発明１と先願発明との対比について


ア本件発明１及び先願発明の目的物及び材料について(ア)本件発明１及び先願発明の方法発明における目的物は，いずれも鋳型の有する領域と当該領域に相補的な配列を有する領域が交互に１本鎖の核酸上に延伸した核酸である点で一致する。なお，本件発明１では，この目的物が得られることをもって，核酸の増幅方法と表現しているが，両者の方法発明における目的物は相違しないから，本件発明１が「増幅」という表現を使用しているからといって，本件発明１における目的物と先願発明における目的物とが相違するということにはならない。
(イ)次に，本件発明１の酵素は，「鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼ」であるが，前記１(1)セに記載のとおり，当該ＤＮＡポリメラーゼは，Ｂｓｔポリメラーゼを含む一方，先願発明の酵素は，Ｂｓｔポリメラーゼであるから，両者の酵素は，一致する。
(ウ)また，本件発明１の鋳型核酸は，「３′末端と５′末端において，それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型」であるが，これは，先願発明の３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有する両末端にステムループ構造を有する核酸と一致する。(エ)さらに，本件発明１のプライマーは，「前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチド」であるが，本件発明１の鋳型が３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有する核酸であった場合，「前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列」は，領域Ｂ′となるので，先願発明のＦＣプライマーは，本件発明１のプライマーと一致する。また，前記(5)で説示したように，上記鋳型からの反応が進行すると，「前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列」は，領域Ｆとなるので，先願発明のＲＣプライマーは，本件発明１のプライマーと一致する。
(オ)以上のとおり，本件発明１と先願発明とでは，その目的物及び材料の点で一致している。
イ本件発明１及び先願発明の工程について
(ア)本件発明１の工程Ａ）は，鋳型を提供する工程であるところ，本件発明１と先願発明とでは，前記ア(ウ)に説示のとおり，最初の鋳型となる核酸が一致している。
(イ)本件発明１の工程Ｂ）は，工程Ａ）で与えられた鋳型核酸の３′末端からの自己伸長反応であり，この工程は，先願発明の工程２と一致する。(ウ)本件発明１の工程Ｃ）は，鋳型核酸の３′末端側のループにオリゴヌクレオチド（プライマー）がアニールし，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼにより相補鎖合成を行うものであり，その際，工程Ｂ）で合成された相補鎖を置換しながら相補鎖合成が進行し，その結果，工程Ｂ）で合成された相補鎖の３′末端が塩基対結合可能な状態となるという工程であるところ，本件発明１と先願発明とでは，前記ア(イ)及び(エ)に説示のとおり，使用するポリメラーゼ及びプライマーが一致するほか，本件発明１の工程Ｃ）のうち，プライマーのアニールと鎖置換型の相補鎖合成及び工程Ｂ）で合成された相補鎖の３′末端を塩基対結合可能な状態とする点は，いずれも先願発明の工程３と一致する。
(エ)本件発明１の工程Ｄ）は，工程Ｂ）で合成された相補鎖を新たな鋳型とすることを規定するものである。他方，先願発明の工程４では，同じく工程２の自己伸長反応により合成された核酸にＲＣプライマーがアニールし，一連の反応が進行するものであって，当該工程２は，前記(イ)に説示のとおり，本件発明１の工程Ｂ）と一致するから，先願発明においても，工程２の自己伸長反応により合成された核酸を新たな鋳型として一連の反応が進行しているということができる。したがって，本件発明１の工程Ｄ）は，先願発明の工程４と一致する。(オ)以上のとおり，本件発明１が特許請求の範囲に特定して記載した各工程は，先願発明における各工程と一致する。
ウしたがって，本件発明１は，先願発明と同一の発明であるといえる。
(7)被告の主張について
ア被告は，先願明細書に記載の発明が，ダンベル型中間体を得ることを目的とするものであって，現に，複数のバンドがどのような産物に相当するのかについての分析がされていない旨を主張する。
しかしながら，前記(4)アに説示のとおり，先願明細書に記載のＰＣＲ産物にはダンベル型中間体が含まれるところ，先願明細書には，「通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。」との記載があり（前記(1)ウ(オ)。【０１８３】），当業者は，当該記載から，ＰＣＲ産物の等温増幅により，これに先立つＰＣＲ増幅及びこれによる産物の分析結果とは異なる独自の等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるから，先願明細書に記載の発明がダンベル型中間体を得ることを目的とするとはいえず，また，先願明細書には，複数のバンドがＰＣＲ増幅の結果とは異なるものであることが明記されているといえる。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
イ被告は，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，使用されているゲルの条件が異なるから反応時間の経過から自己伸長反応を読み取ることができないし，先願明細書が分子量の大きな産物を想定していない旨を主張する。しかしながら，先願明細書に記載の等温増幅によって鋳型の領域Ｄとその相補的配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上に延伸された様々な分子量を有する核酸が得られていると理解できることは，等温増幅の時間が経過することにより分子量の大きな産物が得られたことを根拠とするものではないから，時間の経過により分子量の大きな産物が生じたことが確認できないからといって，自己伸長反応が読み取れないということにはならない。また，電気泳動の条件から，先願明細書の作成者が分子量の大きな産物を想定していなかったということはできるとしても，そのことは，当業者が先願明細書の記載から先願発明を読み取ることの妨げになるものではない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。


平成２４年９月２７日判決言渡同日原本交付    裁判所書記官平成２３年(ワ)第７５７６号（以下「第１事件」という。），同第７５７８号（以下「第２事件」という。）各特許権侵害差止等請求事件
口頭弁論終結日平成２４年６月１５日
判            決
当事者の表示      別紙当事者目録記載のとおり
主            文
１原告の請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及   び理由
第１当事者の求めた裁判
１原告
別紙請求目録記載のとおり
２被告ら
主文同旨
第２事案の概要
１前提事実（証拠等の掲記がない事実は当事者間に争いがない又は弁論の全趣旨により認定できる。）
（１）当事者
原告及び被告らは，いずれも医薬品の製造販売等を目的とする会社である。
（２）糖尿病及び経口血糖降下剤（両事件甲２０）
ア糖尿病
インスリン作用不足による慢性の高血糖状態を主徴とする代謝疾患群である。
１型糖尿病は，インスリンを合成・分泌する膵ランゲルハンス島β細胞の破壊・消失がインスリン作用不足の主要な原因である。２型糖尿病（「インスリン非依存型糖尿病」又は「ＮＩＤＤＭ」ともいう。）は，インスリン分泌低下やインスリン抵抗性をきたす素因を含む複数の遺伝因子に，過食（特に高脂肪食），運動不足，肥満，ストレスなどの環境因子及び加齢が加わり発症する。
イ経口血糖降下剤
２型糖尿病に適応があり，作用機序の異なる以下の薬剤がある。(ア)ビグアナイド剤（ＢＧ剤ともいう。）
主な作用は，肝臓での糖新生の抑制である。その他，消化管からの糖吸収の抑制，末梢組織でのインスリン感受性の改善など様々な膵外作用により，血糖降下作用を発揮する。
具体的な薬の種類としては，メトホルミン塩酸塩及びブホルミン塩酸塩がある。
(イ)チアゾリジン剤
インスリン抵抗性の改善を介して血糖降下作用を発揮する。具体的な薬の種類としては，ピオグリタゾン塩酸塩がある。
(ウ)ＤＰＰ－４阻害剤
ＤＰＰ－４の選択的阻害により活性型ＧＬＰ－１濃度を高め，血糖降下作用を発揮する。
具体的な薬の種類としては，シタグリプチンリン酸塩水和物，ビルダグリプチン及びアログリプチン安息香酸塩がある。
(エ)スルホニル尿素剤（スルホニルウレア剤又はＳＵ剤ともいう。文献によっては，「スルホニル」ではなく「スルホニール」，「スルフォニル」，「スルフォニール」と表記するものもある。以下，本文中では「ＳＵ剤」という。）
膵β細胞膜上のＳＵ受容体に結合してインスリン分泌を促進し，服用後短時間で血糖降下作用を発揮する。
具体的な薬の種類としては，第１世代としてトリブタミド，アセトヘキサミド，クロルプロパミド及びグリクロピラミドがある。また，第２世代としてグリベンクラミド及びグリクラジドが，第３世代としてグリメピリドがある。
(オ)即効型インスリン分泌促進剤
膵β細胞膜上のＳＵ受容体に結合してインスリン分泌を促進し，服用後短時間で血糖降下作用を発揮する。ＳＵ剤と比べて吸収と血中からの消失が早い。
具体的な薬の種類としては，ナテグリニド及びミチグリニドカルシウム水和物がある。
(カ)α－グルコシターゼ阻害剤
α－グルコシド結合を加水分解する酵素であるα－グルコシターゼの作用を阻害し，糖の吸収を遅らせることにより食後の高血糖を抑制する。具体的な薬の種類としては，ボグリボース，アカルボース及びミグリトールがある。
（３）ピオグリタゾン塩酸塩等に関する原告の特許及び原告製品アピオグリタゾン塩酸塩等に関する原告の特許（第１事件丙４，第２事件乙２の１・２，第２事件丙３の１・２）
原告は，ピオグリタゾン塩酸塩等について，以下の特許（以下「原告先行特許」といい，その発明を「原告先行特許発明」という。）に関する特許権を有していた。
特許番号      第１８５３５８８号
発明の名称    チアゾリジン誘導体
出願年月日    昭和６１年１月９日
登録年月日    平成６年７月７日
存続期間満了平成２３年１月９日
特許請求の範囲
「１式
で表される化合物またはその薬理学的に許容しうる塩
２式
で表される化合物またはその薬理学的に許容しうる塩を有効成分として
含有してなる糖尿病治療剤」
イ原告製品
原告は，これまで原告先行特許発明の技術的範囲に属する製品（製品名：アクトス。以下「原告製品」という。）を製造販売してきた。
（４）原告の有する特許権
原告は，以下の２つの特許（以下「本件特許Ａ」及び「本件特許Ｂ」といい，併せて「本件各特許」という。また，それぞれの出願明細書を「本件明細書Ａ」及び「本件明細書Ｂ」といい，併せて「本件各明細書」という。）に関する各特許権（以下「本件特許権Ａ」及び「本件特許権Ｂ」といい，併せて「本件各特許権」という。）を有する。
なお，特許請求の範囲の記載は，いずれも本件各特許に関する特許無効審判請求事件における原告による訂正後のものである。
ア本件特許Ａ
特許番号      第３１４８９７３号
発明の名称    医薬
出願年月日    平成８年６月１８日
優先権主張日平成７年６月２０日（以下「本件優先日Ａ」という。）
登録年月日    平成１３年１月１９日
特許請求の範囲
【請求項１】
「(1)ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩と，(2)アカルボース，ボグリボースおよびミグリトールから選ばれるα－グルコシダーゼ阻害剤とを組み合わせてなる糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。」
【請求項５】
「α－グルコシダーゼ阻害剤がボグリボースである請求項１記載の医薬。」
（以下【請求項１】に関する発明を「本件特許発明Ａ－１」，【請求項５】に関する発明を「本件特許発明Ａ－５」という。）
イ本件特許Ｂ
特許番号      第３９７３２８０号
発明の名称    医薬
出願年月日    平成９年１２月２６日


優先権主張日平成７年６月２０日（以下「本件優先日Ｂ」といい，本件優先日Ａと併せて「本件各優先日」という。）
登録年月日    平成１９年６月２２日
特許請求の範囲
【請求項１】
「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩と，ビグアナイド剤とを組み合わせてなる，糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。」
【請求項２】
「ビグアナイド剤がフェンホルミン，メトホルミンまたはブホルミンである請求項１記載の医薬。」
【請求項３】
「ビグアナイド剤がメトホルミンである請求項１記載の医薬。」
【請求項７】
「０.０５～５mg／kg体重の用量のピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩と，グリメピリドとを組み合わせてなる，糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。」
（以下【請求項１】に関する発明を「本件特許発明Ｂ－１」，【請求項２】に関する発明を「本件特許発明Ｂ－２」，【請求項３】に関する発明を【本件特許発明Ｂ－３】，【請求項７】に関する発明を「本件特許発明Ｂ－７」という。）
（５）構成要件の分説
本件特許発明Ａ－１及び５，本件特許発明Ｂ－１ないし３及び７は，以下のとおり分説することができる。
ア本件特許Ａに関する各発明
(ア)本件特許発明Ａ－１
Ａ(1)ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩と，Ｂ(2)アカルボース，ボグリボースおよびミグリトールから選ばれるα
－グルコシダーゼ阻害剤とを組み合わせてなる
Ｃ糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。
(イ)本件特許発明Ａ－５
Ｄα－グルコシダーゼ阻害剤がボグリボースであるＥ請求項１記載の医薬。
イ本件特許Ｂに関する各発明
(ア)本件特許発明Ｂ－１
Ａピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩と，
Ｂビグアナイド剤とを組み合わせてなる，
Ｃ糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。
(イ)本件特許発明Ｂ－２
Ｄビグアナイド剤がフェンホルミン，メトホルミンまたはブホルミン
である
Ｅ請求項１記載の医薬。
(ウ)本件特許発明Ｂ－３
Ｆビグアナイド剤がメトホルミンである
Ｇ請求項１記載の医薬。
(エ)本件特許発明Ｂ－７
Ｈ０.０５～５mg／kg   体重の用量のピオグリタゾンまたはその薬理学
的に許容しうる塩と，
Ｉグリメピリドとを組み合わせてなる，
Ｊ糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。
（６）被告らの行為
被告らは，原告先行特許の存続期間が満了したことから，原告先行特許発明の技術的範囲に属し，原告製品と競合する別紙被告ら製品目録記載の各製品（以下「被告ら各製品」という。）について製造販売を企図し，厚生労働大臣から製造販売の承認を受けた。
また，被告らは，被告ら各製品について，すでに健康保険法に基づく薬価基準収載を得て製造販売を開始し，又は，今後，製造販売を開始する予定がある。
（７）本件訴訟に至る経緯
原告は，被告らに対し，被告らの行為が本件各特許権を侵害するものであるとして，平成２３年の薬価基準収載の申請について，１年間留保することを要求し，被告らがこれを留保すれば，被告らに対する本件各特許権の行使をしない旨の申入れをした。
これに対し，被告らが上記申入れを拒否したところ，原告は，被告らに対する本件訴えを起こした（なお，原告は，被告ら以外の製薬業者に対しても同様の申入れを行った。）。
２原告の請求
原告は，被告らに対し，本件各特許権に基づき，以下の各請求をしている。
（１）主位的請求
ア被告ら各製品の製造，販売等の各差止め（別紙請求目録記載１(１)ないし同(８)の各ア）
イ被告ら各製品に関する健康保険法に基づく薬価基準収載品目削除願の各提出（別紙請求目録記載１(１)ないし同(８)の各イ）ウ被告ら各製品の各廃棄（別紙請求目録記載１(１)ないし同(８)の各ウ）エ１５００万円の損害賠償並びに内５００万円に対する本件訴状送達の日の翌日から及び内１０００万円に対する本件訴えの追加的変更申立書送達の日の翌日からそれぞれ支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払（別紙請求目録記載１(１)ないし同(８)の各エ）
（２）予備的請求
ア別紙併用医薬品目録記載の各医薬品（以下「本件併用医薬品」という。）と組み合わせて糖尿病の予防・治療用医薬として使用される被告ら各製品の製造，販売等の各差止め（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各ア）イ前項の製品の各廃棄（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各イ）ウ本件併用医薬品と組み合わせて糖尿病の予防・治療用医薬として使用するとの効能効果を備えた被告ら各製品の製造，販売等の各差止め（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各ウ）
エ前項の製品の各廃棄（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各エ）オ被告ら各製品の添付文書，包装その他の媒体に，本件併用医薬品と組み合わせて糖尿病の予防・治療用医薬として使用するとの効能効果を記載することの各差止め（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各オ）カ本件併用医薬品と組み合わせて糖尿病の予防・治療用医薬として使用するとの効能効果を記載した被告ら各製品の添付文書，包装その他の媒体の各廃棄（別紙請求目録記載２(１)ないし同(８)の各カ）
３争点
（１）被告らの行為について，本件各特許権に対する特許法（以下「法」という。）
１０１条２号の間接侵害が成立するか
ア被告ら各製品は，「特許が物の生産についてされている場合において，その物の生産に用いる物」に当たるか                   （争点１－１）イ被告ら各製品は，「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当たるか                                             （争点１－２）ウ被告ら各製品は，「発明による課題の解決に不可欠なもの」に当たるか
（争点１－３）


エ被告らは，本件各特許発明が特許発明であること及び被告ら各製品がその発明の実施に用いられることについて悪意であったか（争点１－４）（２）被告らの行為について，本件各特許権に対する直接侵害が成立するか
（争点２）
（３）本件各特許発明は，特許無効審判により無効とされるべきものであるかア本件各特許発明は，特許法２９条１項柱書に違反するものであるか
（争点３－１）
イ本件各特許発明は，本件各優先日前に頒布された別紙引用例目録記載１の刊行物（以下「引用例１」という。）に記載された発明（以下「引用発明１」という。）と同一のものであるか                  （争点３－２）ウ本件各特許発明は，同目録記載２の刊行物（以下「引用例２」という。）に記載された発明（以下「引用発明２」という。）と同一のものであるか
（争点３－３）
エ本件特許発明Ａ及びＢ－７は，同目録記載３の刊行物（以下「引用例３」という。）に記載された発明（以下「引用発明３」という。）と同一のものであるか                                           （争点３－４）オ本件特許発明Ｂは，同目録記載４の刊行物（以下「引用例４」という。）に記載された発明（以下「引用発明４」という。）と同一のものであるか
（争点３－５）
カ本件特許発明Ｂ－７は，同目録記載５の刊行物（以下「引用例５」という。）に記載された発明（以下「引用発明５」という。）と同一のものであるか                                               （争点３－６）キ本件各特許発明は，引用発明１，２又は３に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか                     （争点３－７）ク本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明２及び４に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか         （争点３－８）ケ本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，同目録記載６及び７の刊行物（以下，それぞれ「引用例６」「引用例７」という。）に記載された発明（以下，それぞれ「引用発明６」「引用発明７」という。）に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか                 （争点３－９）コ本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか                           （争点３－１０）サ本件各特許発明には，実施可能要件違反又はサポート要件違反があるか
（争点３－１１）
（４）本件訴えのうち差止請求の可否                        （争点４）（５）本件訴えのうち薬価基準収載品目削除願の提出に関する請求の可否
（争点５）
（６）損害額                                              （争点６）
第３争点に関する当事者の主張
１争点１－１（被告ら各製品は，「特許が物の発明についてされている場合において，物の生産に用いる物」に当たるか）について
【原告の主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「特許が物の発明についてされている場合において，物の生産に用いる物」に当たる。
（１）本件各特許が物の発明についてされていること本件各特許は，【特許請求の範囲】において，「組み合わせてなる」「医薬」とされていることから明らかなように，「物の発明」についてされているものである。
（２）本件各特許発明における「物」及び「物の生産」の意義
ア本件各特許発明における「物」の意義
一般に，「組み合わせ」とは，「ある物とある物とをまとめること」を意味し，その具体的な態様については何ら限定されるものではない。本件各特許発明の構成要件のうち「組み合わせてなる」の文言についても，ピオグリタゾンと本件併用医薬品とを組み合わせて１つのまとまりのある医薬を作出した状態を意味するものであり，本件各特許発明に規定された各薬剤を単に併用することも含まれる。
すなわち，本件各特許発明における「物」は，医薬組成物である配合剤に限定されるものではない。
本件各特許とは別の３つの特許に関する特許公報（両事件甲６０～６３）でも，明細書の【発明の詳細な説明】において，「組み合わせてなる」等の「医薬」には，別々に製剤化された２剤を併用する態様が含まれるとする記載がある。このことからしても，当業者にとって，上記解釈は一般的なものである。
イ本件各特許発明における「物の生産」の意義
本件各明細書には，以下の記載がある。
「本発明の，インスリン感受性増強剤とα－グルコシダーゼ阻害剤，アルドース還元酵素阻害剤，ビグアナイド剤，スタチン系化合物，スクアレン合成阻害剤，フィブラート系化合物，LDL異化促進剤およびアンジオテンシン変換酵素阻害剤の少なくとも一種とを組み合わせてなる医薬；および一般式（II）で示される化合物またはその薬理学的に許容しうる塩とインスリン分泌促進剤および／またはインスリン製剤とを組み合わせなる医薬は，これらの有効成分を別々にあるいは同時に，生理学的に許容されうる担体，賦形剤，結合剤，希釈剤などと混合し，医薬組成物として経口または非経口的に投与することができる。このとき有効成分を別々に製剤化した場合，別々に製剤化したものを使用時に希釈剤などを用いて混合して投与することができるが，別々に製剤化したものを，別々に，同時に，または時間差をおいて同一対象に投与してもよい。」（段落【００３５】）上記記載によれば，本件各特許発明に関する「物の生産」には，以下の３類型が含まれる。
①各有効成分を別々に又は同時に，生理学的に許容されうる担体，賦形剤，結合剤などと混合し，医薬組成物とすること（医薬組成物類型）。②各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを使用時に希釈剤などを用いて混合すること（混合類型）。③各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを同一対象に投与するために併せまとめること（併せとりまとめ類型）。（３）被告ら各製品による本件各特許発明における「物の生産」被告ら各製品を用いて，以下の３つの態様により，本件各特許発明における「物の生産」がされる。
ア薬剤師による生産
(ア)薬剤師の行為
前記(２)イのとおり，本件各特許発明における「物の生産」には，③各有効成分を別々に製剤化した場合において，これらを同一対象に投与するために併せまとめることが含まれる。
したがって，薬剤師が，医師の処方箋に基づき，患者に対して交付するために被告ら各製品と本件併用医薬品を併せまとめる行為は，本件各特許発明における「物の生産」に当たる。
(イ)法６９条３項が適用されないこと
法６９条３項は，「二以上の医薬（略）を混合することにより製造されるべき医薬の発明又は二以上の医薬を混合して医薬を製造する方法の発明に関する特許権の効力は，医師又は歯科医師の処方せんにより調剤する行為及び医師又は歯科医師の処方せんにより調剤する医薬には，及ばない。」と規定している。


「混合」とは，２つ以上の医薬を物理的に混ぜ合わせることを意味するところ，上記薬剤師の行為は，被告ら各製品と本件併用医薬品とを「混合」するものではなく，単に併せまとめるものにすぎない。したがって，上記薬剤師の行為について，法６９条３項は適用されない。
仮に法６９条３項が適用されるとしても，これにより被告らが免責される理由は全くなく，被告らの行為に関する間接侵害の成立は妨げられない。
イ患者による「生産」
（ア）患者の行為
患者が被告ら各製品と本件併用医薬品を同時又は異時に服用することにより，本件各特許発明の薬効や治療上の効果が実現されることになる。したがって，上記患者の行為は，その患者の体内において本件各特許発明における「物の生産」をするものである。
（イ）被告らが免責されないこと
患者は被告ら各製品と本件併用医薬品について業として服用してはいないから，個々の患者の行為について本件各特許権の効力は及ばない。しかし，実施行為者が業として実施していない場合であっても，間接侵害は成立するから，被告らの行為に関する間接侵害の成立は妨げられない。
ウ医師による「生産」
（ア）医師の行為
医師は，本件各特許発明に規定された各薬剤の投与を実施することが適当であると判断したときには，患者の同意を得て処方せんを作成し，各薬剤の併用を指導する。
これにより，必然的に，前記薬剤師又は患者の行為が招来される。したがって，医師は，物理的には「物の生産」を行っていないものの，規範的にみれば，薬剤師又は患者の行為により「物の生産」を行っているものである。
（イ）法２９条１項柱書に違反しないこと
法２９条１項柱書により医療方法は特許の対象とならないものの，上記医師の行為は医療行為そのものではなく，医療行為を介在して「物の発明」である本件各特許権を侵害するものである。
したがって，上記解釈は法２９条１項柱書に違反するものではない。
【被告らの主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「特許が物の発明についてされている場合において，その物の生産に用いる物」には当たらない。
（１）本件各特許発明における「物」及び「物の生産」の意義
ア本件各特許発明における「物」の意義
（ア）「物の発明」における「物」の意義
法２条３項１号によれば，物の発明にあっては，その物の生産，使用，譲渡等，輸入若しくは輸入又は譲渡等の申出をする行為が「実施」に当たるとされている。
そうすると，患者の体内のみで生成されるようなものは，「譲渡等，輸入若しくは輸入又は譲渡等の申出」等の対象となり得ず，「物の発明」としての特許の対象とはなり得ないものである。
したがって，「物の発明」としての特許の対象となるのは，「プログラム等」（法２条３項４号）を除けば，民法８５条の「有体物」とほぼ同義であって物理的実在を有する「物」に限られる。
（イ）本件各特許発明の構成要件のうち「組み合わせてなる」「医薬」の意義「組み合わせてなる」「医薬」とは，有効成分が組み合わされることにより構成される医薬品を意味し，典型的には配合剤を意味するものである。
別々に製剤化された医薬品が含まれるとしても，「配合剤と同視できる固定処方のパッケージのキット」が含まれるにすぎない。また，本件各明細書には，以下の記載がある。
「【０００３】
【発明が解決しようとする課題】糖尿病は慢性の病気であり，かつその病態は複雑で，糖代謝異常と同時に脂質代謝異常や循環器系異常を伴う。その結果，病状は多種の合併症を伴って進行してゆく場合が多い。従って，個々の患者のそのときの症状に最も適した薬剤を選択する必要があるが，個々の薬剤の単独での使用においては，症状によっては充分な効果が得られない場合もあり，また投与量の増大や投与の長期化による副作用の発現など種々の問題があり，臨床の場ではその選択が困難な場合が多い。
【０００４】
【課題を解決するための手段】本発明者らは上記した状況に鑑み，薬物の長期投与においても副作用が少なく，且つ多くの糖尿病患者に効果的な糖尿病予防・治療薬について鋭意研究を重ねた結果，インスリン感受性増強剤を必須の成分とし，さらにそれ以外の作用機序を有する他の糖尿病予防・治療薬を組み合わせることでその目的が達成されることを見いだし，本発明を完成した。」
上記各記載によれば，本件各特許発明の課題は，「臨床の場ではその選択が困難な場合が多い」ことを解消することにあり，これを解決するには，いかなる医薬品を選択し，いかなる量を投与するかなどに関する医師の判断を必要としないように，予め適切な容量の各成分を組み合わせた状態にする必要がある。
したがって，上記各記載からしても，本件各特許発明における「組み合わせてなる」「医薬」とは，「配合剤」を意味するとしか理解することができない。
イ本件各特許発明における「物の生産」の意義
（ア）法１０１条の「物の生産」の意義
法１０１条の「物の生産」とは，供給を受けた「発明の構成要件を充足しない物」を素材として「発明の構成要件のすべてを充足する物」を新たに作り出す行為をいうものであり，加工，修理，組立て等の行為態様に限定はない。
しかしながら，供給を受けた物を素材として，これに何らかの手を加えることが必要であり，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為は含まれない。
したがって，原告が主張する「③各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを同一対象に投与するために併せまとめること」などは，「物の生産」に当たらない。
（イ）本件各特許発明における「物の生産」の意義
前記アのとおり，本件各特許発明における「物」は，「配合剤」又は「配合剤と同視できる固定処方のパッケージのキット」をいうものであり，「物の生産」もこれらを生産する行為をいう。
（ウ）前記【原告の主張】(２)イに対する反論
上記主張は，本件各明細書の【発明の詳細な説明】における記載を根拠として本件各特許発明の技術的範囲を拡大しようとするものであり，法７０条１項に違反しており，許されない。
（２）被告ら各製品による本件各特許発明における「物の生産」がないこと被告ら各製品は，完成された医薬品であり，医師の処方の対象となることはあっても，他の医薬品の生産のために用いられることはない。したがって，被告ら各製品により本件各特許発明における「物の生産」がされることはない。
具体的には，以下のとおりである。
ア薬剤師による生産はないこと
（ア）薬剤師の行為
前記(１)イ(ア)のとおり，「③各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを同一対象に投与するために併せまとめること」は，「物の生産」に当たらない。


したがって，薬剤師が被告ら各製品と本件併用医薬品を併せまとめる行為は，本件各特許発明における「物の生産」には当たらない。（イ）上記薬剤師の行為には法６９条３項が適用されること法６９条３項の趣旨は，医師が処方する際に特許権を侵害するか否かに関する判断を不要とする必要性があること，調剤行為には国民の健康の回復という社会的意義があることから，２以上の医薬の混合に関する調剤行為について特許権の効力を及ばさないとしたものである。このような趣旨からすれば，薬剤師が別々に製剤化された医薬品を併せまとめる行為も，法６９条３項の「混合」に含まれるか，少なくとも同条が類推適用されるべきである。
したがって，上記薬剤師の行為による直接侵害が成立しない以上，被告らの行為について，これによる間接侵害が成立することはない。
イ患者による生産はないこと
（ア）患者の行為
前記アのとおり，本件各特許発明における「物」は，「配合剤」又は「配合剤と同視できる固定処方のパッケージのキット」をいうものであり，これらの「組み合わせてなる」「医薬」が患者の体内において生産されることはない。
そもそも，前記(１)ア(ア)のとおり，患者の体内のみで生成されるような物は「物の発明」に関する特許の対象となるものではない。
（イ）被告らの行為に間接侵害が成立しないこと
個人による特許発明の利用は「業として」の利用ではないから，患者の行為について，本件各特許発明に関する直接侵害が成立することはない。
上記患者の行為による直接侵害が成立しない以上，被告らの行為について，これによる間接侵害が成立することはない。
ウ医師による生産がないこと
（ア）医師の行為
前記ア及びイのとおり，いかなる時点においても，被告各製品により本件各特許発明における「物の生産」がされることはない。
（イ）医薬の併用は，特許の対象とならないこと
医療方法に関する発明は，「産業上利用することができる発明」（法２９条１項柱書）には当たらないから，本来，特許を受けることができないものである。
医薬品を併用投与する行為は，患者に特定の医薬品を用いて治療するものであり，医療方法であるから，仮に，これが本件各特許発明の実施に当たるのであれば，本件各特許発明は，本来，法２９条１項柱書に違反するものとして特許を受けることができないものである。２争点１－２（被告ら各製品が，「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当たるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当たる。
（１）「日本国内において広く一般に流通しているもの」の意義ア「日本国内において広く一般に流通しているもの」とは，典型的には，ねじ，釘，電球，トランジスター等のような，日本国内において広く普及している一般的な製品，すなわち，特注品ではなく，他の用途にも用いることができ，市場において一般に入手可能な状態にある規格品，普及品を意味する。
イある物品について特許に規定された用途以外の他の用途がある場合に，当該特許発明の実施に供される構成部分のみを当該物品から除去できるときには，他の用途でその後も使用することができる。これに対し，除去できないときにまで間接侵害の成立が認められると，本来の特許権の効力を超えた他の用途についてまで特許権の効力を及ぼすことになるから，妥当でない。
したがって，特許発明の実施に供される構成部分のみを容易に除去できないときには，他の用途での使用可能性を保護するため，当該物品は「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当たるものとするべきである。
（２）被告ら各製品が「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当た
ること
ア原告は，原告製品を長期間にわたり製造販売してきており，一般の医療機関は，原告製品を容易に入手できた。
また，原告製品は，単剤として使用され又は本件併用医薬品以外の医薬品とも併用されるなど，本件各特許発明とは明らかに無関係な用途に広く用いられてきた。
したがって，原告製品は，「日本国内において広く一般に流通しているもの」に当たり，これと有効成分が同じである被告ら各製品も同様である。イ医師が被告ら各製品と本件併用医薬品を併用することがあるとしても，被告らがそれをコントロールすることはできないものであり，被告ら各製品は，本件各特許発明に用いられる構成部分のみを除去することが不可能なものである。
ウ前提事実(３)アのとおり，原告先行特許の存続期間は満了しており，被告ら各製品の製造販売は，本来，誰もが自由に行い得るものである。
【原告の主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「日本国内において広く一般に流通しているもの」には当たらない。
（１）「日本国内において広く一般に流通しているもの」の意義「日本国内において広く一般に流通しているもの」とは，広い用途を有するねじや釘のような普及品，汎用品をいい，単に市場において一般に入手可能であるものや，特許発明の実施用途以外の用途を有するものは含まれない。（２）被告ら各製品が「日本国内において広く一般に流通しているもの」には当
たらないこと
被告ら各製品は，用途が２型糖尿病の予防又は治療に限定されている上，医師の作成する処方せんがなければ入手することができないものであり，市場において一般に入手可能な状態にある規格品，普及品ではない。３争点１－３（被告ら各製品が，「その発明による課題の解決に不可欠なもの」に当たるか）について
【原告の主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「その発明による課題の解決に不可欠なもの」に当たる。
（１）「課題の解決に不可欠なもの」の意義
「課題の解決に不可欠なもの」とは，特許発明が新たに開示する従来技術に見られない特徴的技術手段について，当該手段を特徴付けている特有の構成ないし成分を直接もたらす，特徴的な部材，原料，道具等をいう。その発明にとって些末な部品等は含まれないものの，その発明にとって重要な部品等は，他に非侵害の用途があるものや公知の従来技術であっても含まれる。
（２）被告ら各製品が本件各特許発明の「課題の解決に不可欠なもの」に当たる
こと
ア本件各特許発明の課題は，２型糖尿病について，より高い治療効果を得ると共に可及的に副作用を低減した組合せ医薬を得ることにある。そして，被告ら各製品は，本件各特許発明が新たに開示する「ピオグリタゾンと本件併用医薬品との組合せ」という従来技術に見られない技術的特徴的手段について，「組み合わせてなる医薬の薬効成分」という当該手段を特徴付けている特有の成分を直接もたらす特徴的な部材である。イ仮に公知の従来技術は「課題の解決に不可欠なもの」に当たらないとしても，本件各特許発明は，被告ら各製品（原告製品）について，本件各併用剤と組み合わせるまでは発揮されなかった物質属性を新たに見出したものである。


この物質属性は公知の従来技術ではないから，この物質属性を伴う被告ら各製品は，「課題の解決に不可欠なもの」に当たる。
【被告らの主張】
以下のとおり，被告ら各製品は，「その発明による課題の解決に不可欠なもの」には当たらない。
（１）「課題の解決に不可欠なもの」の意義
請求項に記載された発明の構成要素であっても，その発明が解決しようとする課題とは無関係に従来から必要とされていたものは，「発明による課題の解決に不可欠なもの」には当たらない。
（２）被告ら各製品が本件各特許発明の「課題の解決に不可欠なもの」には当た
らないこと
ア本件各明細書には，副作用低減の効果に関する記載はなく，併用効果についても限られた記載しかないから，本件各特許発明の技術的課題に関する前記【原告の主張】(２)アは誤っている。
前記１【被告らの主張】(１)ア(イ)のとおり，本件各明細書の記載によれば，本件各特許発明の課題は，臨床の場で薬剤の選択や投与量などの選択をする必要がないようにすることであるから，課題を解決するためには予め適切な容量の各成分を組み合わせる必要がある。そして，被告ら各製品は，完成された単独の医薬品であり，他の医薬品と併用する場合にも医師の判断を必要とするものであり，上記課題を解決することができるものではない。
イ物の発明に関する「課題の解決に不可欠なもの」は，生産，譲渡等の対象となるものであるから，単なる物の特性などは，これに当たらない。本件各特許発明が新たに開示したのは，原告製品又は被告ら各製品を新たな用途に用いることであり，物質の構成等ではないから，本件各特許発明には「発明の課題の解決に不可欠なもの」に当たる部材がないのである。ウ前記【原告の主張】を前提とすると，従来から公知であった本件併用医薬品を製造販売する行為についても，本件各特許発明の間接侵害に当たることになるが，これが不当であることは明らかである。４争点１－４（被告らは，本件各特許発明が特許発明であること及び被告ら各製品がその発明の実施に用いられることについて悪意であったか）について
【原告の主張】
以下のとおり，被告らは，本件各特許発明が特許発明であること及び被告ら各製品がその発明の実施に用いられることについて悪意であった。（１）本件各特許発明が特許発明であることについての悪意原告は，平成２３年１月，厚生労働大臣が被告ら各製品について製造承認をした後，被告らに対し，本件各特許発明について明記した文書を送付した。したがって，被告らは，遅くともこの時点又は本件訴状送達の日において，本件各特許発明が特許発明であることを認識した。
（２）被告ら各製品がその発明の実施に用いられることについての悪意以下のとおり，被告ら各製品の添付文書の記載及び医療実態からすれば，被告らは，被告ら各製品が本件各特許発明の実施に用いられることについて悪意であったものである。
ア被告ら各製品の添付文書の記載
被告ら各製品の添付文書には，以下の記載がある。
「【効能・効果】
２型糖尿病
ただし，下記のいずれかの治療で十分な効果が得られずインスリン抵抗性が推定される場合に限る。
１.①食事療法，運動療法のみ
②食事療法，運動療法に加えて，スルホニルウレア剤を使用③食事療法，運動療法に加えて，α－グルコシダーゼ阻害剤を使用④食事療法，運動療法に加えてビグアナイド系薬剤を使用２.食事療法，運動療法に加えてインスリン製剤を使用」上記記載のうち②は本件特許発明Ｂ－７，③は本件特許発明Ａ－１，５，④は本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３の実施に当たる。したがって，これらの記載によれば，被告らが，被告ら各製品について本件各特許発明の実施に用いられることを認識していることは明らかである。
イ医療実態
(ア)原告製品は，１か月あたり１万５０００件ないし１万７５００件程度の利用実績がある。
このうち単剤で処方される割合は約２５％にすぎず，残りの７５％である約１万１０００件ないし１万３５００件では，他の糖尿病治療薬と併用されている。このうち約３７％がグリメピリドとの併用（本件特許発明Ｂ－７），約２５％がαグルコシダーゼ阻害剤との併用（本件特許発明Ａ），約２０％がビグアナイド剤との併用（本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３）である。
このように，本件各特許発明は，医療現場において，不可避的かつ大量に実施されているものである。
(イ)被告らは，被告ら各製品を販売する以前から本件併用医薬品を販売しており，被告ら各製品を製造販売した当初から，前記(ア)の医療実態を認識していた。
したがって，被告らは，被告ら各製品が原告製品と同様に本件各特許発明の実施に用いられることを認識していたものである。
【被告らの主張】
以下のとおり，被告らは，被告ら各製品が本件各特許発明の実施に用いられることについて悪意ではない。
（１）被告ら各製品の添付文書の記載
前記【原告の主張】(２)アの被告ら各製品の添付文書における記載は，食事療法，運動療法や本件併用医薬品等の他剤の使用により，十分な治療効果が得られない場合に，被告ら各製品の効能・効果があることを記載したものにすぎない。
被告ら各製品を単独で投与するか，他の医薬品と併用投与するか等については，医師が裁量で判断することであり，被告ら各製品が実際にどのように処方されるかについて，被告らは知りようがない。
（２）医療実態
原告提出の書証を前提としても，原告製品の利用実績のうちグリメピリドとの併用（本件特許発明Ｂ－７）は１７.１％，α－グルコシターゼ阻害剤との併用（本件特許発明Ａ）は６.５％，ビグアナイド剤との併用（本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３）は３.４％にすぎず，合計しても２７％にすぎない。前記【原告の主張】(２)イ(ア)は，３つ以上の医薬品を併用した事例を重複して計算したものであるが，原告の主張によれば，３つ以上の医薬品を併用した事例は本件各特許発明の技術的範囲には属さないものである。したがって，本件各特許発明が不可避的かつ大量に実施されているという医療実態などない。
５争点２（被告らの行為について，本件各特許権に対する直接侵害が成立するか）について
【原告の主張】
以下のとおり，被告らの行為については，本件各特許権に対する直接侵害が成立する。
（１）被告ら各製品による本件各特許発明における「物の生産」前記１【原告の主張】(２)と同じ。


（２）医師らの行為を道具として支配することによる直接侵害以下のとおり，被告らは，医師，薬剤師又は患者の行為を支配し，本件各特許発明における「物の生産」をしている。
ア医療実態
原告製品の利用実績は，前記４【原告の主張】(２)イ(ア)のとおりである。
医師は，患者の症状等を勘案し，本件各特許発明による併用投与の必要性があると判断した場合には，患者に対して処方せんを作成交付しなければならない（医師法２２条柱書）。
薬剤師は，この処方せんに基づき，患者に対し，被告ら各製品と本件併用医薬品を用意して，併せまとめて交付し，患者は，これらを服用する。したがって，被告ら各製品が医療機関に販売された後は，医師，薬剤師又は患者の意志にかかわらず，被告ら各製品と本件併用医薬品の併用が必要な患者には，不可避的に本件各特許発明が実施されることになる。
イ被告らの行為による医師らの行為に対する支配
前記４【原告の主張】(２)イ(イ)のとおり，被告らは，前記アの医療実態を十分に認識していた。
被告ら各製品は，不可避的に本件各特許発明の実施に用いられるものであるから，被告らは，医師，薬剤師又は患者の行為を道具として利用し，これを支配することによって本件各特許発明を実施しているものといえる。
（３）積極的教唆による直接侵害
被告らは，被告ら各製品のほかに本件併用医薬品を販売するなどして，被告ら各製品と本件併用医薬品を組み合わせて使用することにつき，医師らに対する積極的教唆をしており，これは本件各特許権の直接侵害に当たる。
ア医療実態及び被告らの認識
前記(２)と同じ。
イ被告らによる医師に対する積極的教唆
前記４【原告の主張】(２)アのとおり，被告らは，被告ら各製品の添付文書その他の情報提供文書において，本件各特許発明による効能・効果及び併用時の具体的用量を明記し，医師に対し，被告ら各製品について本件各特許発明の実施に用いることが可能であることを積極的に情報提供するなどしている。
これらの教唆行為は，本件各特許権に対する直接侵害に当たる。また，これらの教唆行為をすることにより，本件各特許発明の実施に直結する被告ら各製品を販売する行為（被告らの行為）も，本件各特許権に対する直接侵害に当たる。
【被告らの主張】
以下のとおり，被告らの行為について，本件各特許権に対する直接侵害が成立することはない。
（１）被告ら各製品による本件各特許発明における「物の生産」がないこと前記１【被告らの主張】(２)と同じ。
（２）医師らの行為を道具として支配することによる直接侵害被告らは，医療関係者又は患者の行為を支配して本件各特許発明に関する「物の生産」をしてなどいない。
ア医療実態
前記４【被告らの主張】(２)と同じ。
イ被告らによる医師の処方への支配などないこと
前記４【被告らの主張】(１)のとおり，患者に対する治療は，医師が裁量により判断することであり，被告らが，医師の処方を道具として利用，支配することなどありえない。薬剤師，患者の行為は，医師の処方に基づくものであるから，医師の処方について道具として観念できないときに，薬剤師，患者の行為を道具として観念する余地もない。
（３）積極的教唆による直接侵害
ア医療実態
前記(２)アと同じ。
イ被告らによる医師に対する積極的教唆はないことなど前記４【被告らの主張】(１)のとおり，被告ら各製品の添付文書には，食事療法，運動療法や本件併用医薬品を含む他剤の使用によっても十分な効果が得られない場合に，被告ら各製品を投与することによる効能・効果があると記載されているにすぎない。
被告ら各製品と他の医薬品との併用を前提とした記載もなく，併用を積極的に教唆するものではない。
そもそも，被告ら各製品の添付文書における記載は，厚生労働大臣の承認を得て記載したものであって，被告らが恣意的に記載することができるものでもない。
特許権侵害の教唆行為について直接侵害が成立することはないから，この点に関する原告の主張はそもそも失当である。
６争点３－１（本件各特許発明は，特許法２９条１項柱書に違反するものであるか）について
【被告らの主張】
前記１【被告らの主張】(２)ウ(イ)のとおり，本件各特許発明が医薬品を併用して投与する行為も技術的範囲に含むのであれば，本件各特許発明は，医療方法に関する発明であり，「産業上利用することができる発明」（特許法２９条１項柱書）には当たらない。
したがって，本件各特許発明は，特許法２９条１項柱書に違反するものとして，特許無効審判により無効とされるべきものである。
【原告の主張】
本件各特許発明は「物の発明」であり，「方法の特許」ではないから，特許法２９条１項柱書に違反するものではない。
７争点３－２（本件各特許発明は，引用発明１と同一のものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明１と同一のものである。
（１）引用例１に記載された発明（引用発明１）
ア引用例１の記載
引用例１には，インスリン抵抗性改善薬としてピオグリタゾン，α－グルコシダーゼ阻害剤としてアカルボース，ミグリトール及びボグリボース，ＳＵ剤としてグリメピリド並びにビグアナイド剤が，それぞれ記載されているほか，以下の記載がある。
「糖尿病状態になれば，病状と分泌不全と抵抗性とのバランスにより，以下の薬剤の組合せが試みられる（図６）。」「空腹時血糖が１１０mg／dlから１３９mg／dlであれば，空腹時の肝糖産生抑制するために就寝前にスルフォニール尿素剤の経口投与，あるいはインスリン抵抗性改善剤やビグアナイド剤の投与が試みられるが，やはりそれらとα－グルコシダーゼ阻害剤の併用が好ましい。次に空腹時血糖が１４０mg／dlから１９９mg／dlであれば，スルフォニール尿素剤単独投与，スルフォニール尿素剤とインスリン抵抗性改善薬との併用が試みられる。しかし同様にα－グルコシダーゼ阻害剤の併用という３者併用療法が好ましい。」「やはりα－グルコシダーゼ阻害剤の併用による食後過血糖のより効果的な是正が好ましい。さらに必要に応じてインスリン抵抗性改善薬との併用によりインスリン需要量の軽減が期待される。」
イ引用発明１の内容
前記アの記載によれば，引用例１には以下の各発明が記載されている。
(ア)引用発明１－Ａ－１
Ａピオグリタゾンと，
Ｂアカルボース，ボグリボース及びミグリトールから選ばれるα－グ
ルコシダーゼ阻害剤を併用することで，
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(イ)引用発明１－Ａ－５
Ｄα－グルコシダーゼ阻害剤がボグリボースである
Ｅ引用発明１－Ａ－１


(ウ)引用発明１－Ｂ－１
Ａピオグリタゾンと
Ｂビグアナイド剤を併用することで，
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(エ)引用発明１－Ｂ―７
Ｈピオグリタゾンと，
Ｉグリメピリドを併用することで，
Ｊ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
（２）本件各特許発明と引用発明１との対比
ア本件特許発明Ａ－１と引用発明１－Ａ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「アカルボース，ボグリボース及びミグリトールから選ばれるα－グルコシダーゼ阻害剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記１【原告の主張】によれば，別々の医薬を併用して糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うことも「組み合わせてなる」「糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬」に当たる。
また，併用に適した薬剤を組み合わせて配合剤とすることは設計的事項にすぎないから，本件特許発明Ａ－１の「組み合わせてなる」「糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬」という構成は，実質的にみれば，引用例１に記載されているに等しい事項であるともいえる。したがって，その余の構成要件Ｂ及びＣも，引用発明の構成Ｂ及びＣと同一である。
イ本件特許発明Ａ－５と引用発明１－Ａ－５との対比構成要件Ｄは，引用発明の構成Ｄと同一であり，前記アのとおり，構成要件Ｅも引用発明の構成Ｅと同一である。
ウ本件特許発明Ｂ－１と引用発明１－Ｂ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「ビグアナイド剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記アと同様の理由から，その余の構成要件Ｂ及びＣも，引用発明の構成Ｂ及びＣと同一である。
エ本件特許発明Ｂ－２及びＢ－３と引用発明１－Ｂ－１との対比前記ウのとおり，本件特許発明Ｂ－２の構成要件Ｅ及び本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｇ（本件特許発明Ｂ－１）は，引用発明１－Ｂ－１の構成と同一である。
また，本件優先日Ｂより前に，ビグアナイド剤としてフェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンがあることは広く知られており，引用例１に記載されたビグアナイド剤がこれらを意味することは当業者にとって自明の事柄であった。
したがって，本件特許発明Ｂ－２の構成要件Ｄ及び本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｆも，実質的にみて引用例１に記載されているに等しい事項である。
オ本件特許発明Ｂ－７と引用発明１－Ｂ－７との対比本件特許発明Ｂ－７の構成要件Ｈは，ピオグリタゾンの用量について「０.０５～５mg／kg体重」と限定している。
しかし，これは，体重６０kgの患者に対し３mg～３００mgという広範な使用量を定めたものであり，実質的には意味のない限定である。したがって，構成要件Ｈは引用発明の構成Ｈと同一であり，構成要件Ｉのうち「グリメピリド」について記述した部分も引用発明の構成Ｉと同一である。
また，前記アと同様の理由から，その余の構成要件Ｉ及びＪについても，引用発明の構成Ｉ及びＪと同一である。
（３）後記【原告の主張】に対する反論
刊行物に特定の技術的思想が開示されているというためには，出願時の技術水準を基礎として当業者が容易に実施しうる程度に開示されていれば足りる。
したがって，「刊行物に記載された発明」に当たるか否かについては当該発明の構成が引用例に記載されているか否かのみが問題であり，薬理効果を確認したことなどの「有効性及び安全性」に関する記載は必要ない。
【原告の主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明１と同一のものではない。
（１）引用例１の記載
引用例１には，ピオグリタゾンと本件併用医薬品を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。また，ピオグリタゾンは，インスリン抵抗性改善剤の例示として記載されているにすぎず，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，これと本件併用医薬品を組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆も全くない。
（２）引用発明１の内容及び本件各特許発明との対比前記(１)によれば，引用例１に引用発明１が記載されているとはいえない。よって，本件各特許発明は，引用例１に記載された発明（引用発明１）と同一のものではない。
８争点３－３（本件各特許発明は，引用発明２と同一のものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明２と同一のものである。
（１）引用例２に記載された発明（引用発明２）
ア引用例２の記載
引用例２には，ピオグリタゾン，アカルボース，ボグリボース及びグリメピリドについて記載されているほか，以下の記載がある。
「２）併用療法の可能性と危険性
血糖降下に対する併用療法については，インスリン製剤とＳＵ剤，ＳＵ剤とＢＧ剤との併用が古くから提唱され，症例によっては用いられている。とりわけ，前者に関してはＳＵ剤の二次無効例にインスリン治療への切り換え前に一時的に用いることが多い。後者については，両剤の作用メカニズムが異なることから理論的には，各単独に比べてより良い効果は十分期待できるので，乳酸アシドーシスと低血糖に注意して，処方を試みてもおもしろい。
しかし，新しい作用メカニズムをもった経口血糖降下剤が登場することになれば，各薬剤間での併用療法にも新しい展開がみられることが十分予測されるところである。その可能性を示せば図３となる。インスリン作用増強剤は，インスリン治療下の患者以外で十分効果が期待できるのに対し，糖質吸収阻害剤はあらゆる治療法との併用が可能である。ただし，インスリン製剤およびＳＵ剤との併用にさいしては，厳に低血糖に注意することが肝要である。ここでいう糖質吸収阻害剤は，ブドウ糖以外の糖質を意味し，万が一糖質吸収阻害剤で低血糖発作が出現したさいには，その解消はブドウ糖のみであることを忘れてはならない。」


上記図３の「インスリン作用増強剤」にはピオグリタゾンが，「糖質吸収阻害剤」にはαグルコシターゼ阻害剤が，それぞれ含まれる。また，「ＳＵ剤」には，グリメピリドが含まれる。「ＢＧ剤」は，ビグアナイド剤を指すものである。
イ引用発明２の内容
前記アによれば，引用例２には，以下の発明（引用発明２）が記載されている。
(ア)引用発明２－Ａ－１
Ａピオグリタゾンと，
Ｂα－グルコシダーゼ阻害剤を併用することで，
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(イ)引用発明２－Ａ－５
Ｄα－グルコシダーゼ阻害剤がボグリボースである
Ｅ引用発明２－Ａ－１
(ウ)引用発明２－Ｂ－１
Ａピオグリタゾンと，
Ｂビグアナイド剤を併用することで，
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(エ)引用発明２－Ｂ－７
Ｈピオグリタゾンと，
Ｉグリメピリドを併用することで，
Ｊ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
（２）本件各特許発明と引用発明２との対比
ア本件特許発明Ａ－１と引用発明２－Ａ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「α－グルコシダーゼ阻害剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記７【被告の主張】(２)アと同様の理由から，その余の構成要件Ｂ及びＣも，引用発明の構成Ｂ及びＣと同一である。
イ本件特許発明Ａ－５と引用発明２－Ａ－５との対比構成要件Ｄは引用発明の構成Ｄと同一であり，前記アのとおり構成要件Ｅも引用発明の構成Ｅと同一である。
ウ本件特許発明Ｂ－１と引用発明２－Ｂ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「ビグアナイド剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記アと同様の理由から，その余の構成要件Ｂ及びＣも同一である。エ本件特許発明Ｂ－２及びＢ－３と引用発明２－Ｂ－１との対比前記ウのとおり，本件特許発明Ｂ－２の構成要件Ｅ及び本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｇ（本件特許発明Ｂ－１）は，引用発明２－Ｂ－１の構成と同一である。
また，前記７【被告の主張】(２)エのとおり，本件優先日Ｂより前に，ビグアナイド剤としてフェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンがあることは広く知られており，引用例２に記載されたビグアナイド剤がこれらを意味することは当業者にとって自明の事柄であった。したがって，本件特許発明Ｂ－２の構成要件Ｄ及び本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｆも，実質的にみて引用例２に記載されているに等しい事項である。
オ本件特許発明Ｂ－７と引用発明２－Ｂ－７との対比前記７【被告の主張】(２)オと同様の理由から，構成要件Ｈは引用発明の構成Ｈと同一であり，構成要件Ｉのうち「グリメピリド」について記述した部分も引用発明の構成Ｉと同一である。
また，前記アと同様の理由から，その余の構成要件Ｉ及びＪも，引用発明の構成Ｉ及びＪと同一である。
（３）後記【原告の主張】に対する反論
前記７【被告の主張】(３)と同じである。
【原告の主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明２と同一のものではない。
（１）引用例２の記載
引用例２には，ピオグリタゾンと本件併用医薬品を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。また，ピオグリタゾンは，インスリン抵抗性改善剤の例示として記載されているにすぎず，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，これと本件併用医薬品を組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆も全くない。
（２）引用発明２の内容及び本件各特許発明との対比前記(１)のとおり，引用例２に引用発明２が記載されているとはいえない。よって，本件各特許発明は，引用例２に記載された発明（引用発明２）と同一のものではない。
９争点３－４（本件特許発明Ａ及びＢ－７は，引用発明３と同一のものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ａ及びＢ－７は，引用発明３と同一のものである。
（１）引用例３に記載された発明（引用発明３）
ア引用例３の記載
引用例３には，ピオグリタゾン，アカルボース，ボグリボース及びミグリトール並びにグリメピリドが記載されているほか，「新たな治療薬の参入によって今後のＮＩＤＤＭの薬物療法のあり方も変わってゆくものと思われる（図３）。」との記載があり，以下の図３が記載されている。上記図３のうち「ＡＤ４８３３」はピオグリタゾン，「ＨＯＥ４９０」はグリメピリドを指す。
イ引用発明３の内容
前記アによれば，引用例３には以下の発明（引用発明３）が記載されている。
(ア)引用発明３－Ａ－１
Ａピオグリタゾンと，
Ｂアカルボース，ボグリボース及びミグリトールから選ばれるα－グ
ルコシダーゼ阻害剤を併用することで
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(イ)引用発明３－Ａ－５
Ｄα－グルコシダーゼ阻害剤がボグリボースである
Ｅ引用発明３－Ａ－１
(ウ)引用発明３－Ｂ－７
Ｈピオグリタゾンと，
Ｉグリメピリドを併用することで


Ｊ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと（２）本件特許発明Ａ及びＢ－７と引用発明３との対比ア本件特許発明Ａ－１と引用発明３－Ａ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「α－グルコシダーゼ阻害剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記７【被告の主張】(２)アと同様の理由から，その余の構成要件Ｂ及びＣも，引用発明の構成Ｂ及びＣと同一である。
イ本件特許発明Ａ－５と引用発明３－Ａ－５との対比構成要件Ｄと引用発明の構成Ｄは，同一であり，前記アのとおり，構成要件Ｅも引用発明の構成Ｅと同一である。
ウ本件特許発明Ｂ－７と引用発明３－Ｂ－７との対比前記７【被告の主張】(２)オと同様の理由から，構成要件Ｈは引用発明の構成Ｈと同一であり，構成要件Ｉのうち「グリメピリド」について記述した部分も引用発明の構成Ｉと同一である。
また，前記アと同様の理由から，その余の構成要件Ｉ及びＪも引用発明の構成Ｉ及びＪと同一である。
（３）後記【原告の主張】に対する反論
前記７【被告の主張】(３)と同じである。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ａ及びＢ－７は，引用発明３と同一のものではない。
（１）引用例３の記載
引用例３には，ピオグリタゾンと本件併用医薬品を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。また，ピオグリタゾンは，インスリン抵抗性改善剤の例示として記載されているにすぎず，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，これと本件併用医薬品を組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆も全くない。
（２）引用発明３の内容及び本件特許発明Ａ及びＢ－７との対比前記(１)のとおり，引用例３に引用発明３が記載されているとはいえない。よって，本件特許発明Ａ及びＢ－７は，引用例３に記載された発明（引用発明３）と同一のものではない。
10争点３－５（本件特許発明Ｂは，引用発明４と同一のものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂは，引用発明４と同一のものである。
（１）引用例４に記載された発明（引用発明４）
ア引用例４の記載
引用例４には，ビグアナイド剤としてメトホルミン，インスリン感受性増強剤としてピオグリタゾンが記載されているほか，以下の記載がある。「チアゾリジンジオン系薬剤が，既にスルホニルウレアやメトホルミンで治療中の患者の併用療法において，インスリン感受性増強剤として有用な役割を果たす可能性がさらに高い。」
イ引用発明４の内容
前記アによれば，引用例４には，以下の発明（引用発明４）が記載されている。
(ア)引用発明４－Ｂ－１
Ａピオグリタゾンと，
Ｂビグアナイド剤を併用することで，
Ｃ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと
(イ)引用発明４－Ｂ－３
Ｆビグアナイド剤がメトホルミンである
Ｇ引用発明４－Ｂ－１
（２）本件特許発明Ｂと引用発明４との対比
ア本件特許発明Ｂ－１と引用発明４－Ｂ－１との対比構成要件Ａと引用発明の構成Ａは，いずれも「ピオグリタゾン」について記述するものであるから同一であり，構成要件Ｂのうち「ビグアナイド剤」について記述する部分も引用発明の構成Ｂと同一である。前記７【被告の主張】(２)アと同様の理由から，その余の構成要件Ｂ及びＣも，引用発明の構成Ｂ及びＣと同一である。
イ本件特許発明Ｂ－２及びＢ－３と引用発明４との対比前記アのとおり，本件特許発明Ｂ－２の構成要件Ｅ及び本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｇ（本件特許発明Ｂ－１）は，引用発明４－Ｂ－１の構成と同一である。
また，前記(１)イ(イ)のとおり，本件特許発明Ｂ－３の構成要件Ｆは，引用発明４－Ｂ－３の構成Ｆと同一である。
さらに，本件優先日Ｂより前に，ビグアナイド剤としてフェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンがあることは広く知られており，引用例４に記載されたビグアナイド剤がこれらを意味することは当業者にとって自明の事柄であった。
したがって，構成要件Ｄも，実質的にみて引用例４に記載されているに等しい事項である。
（３）後記【原告の主張】に対する反論
前記７【被告の主張】(３)と同じである。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂは，引用発明４と同一のものではない。
（１）引用例４の記載
引用例４には，ピオグリタゾンとビグアナイド剤（メトホルミン）を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。
また，ピオグリタゾンは，インスリン抵抗性改善剤の例示として記載されているにすぎず，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，ビグアナイド剤と組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆も全くない。
（２）引用発明４の内容及び本件特許発明Ｂとの対比前記(１)のとおり，引用例４に引用発明４が記載されているとはいえない。よって，本件特許発明Ｂは，引用例４に記載された発明（引用発明４）と同一のものではない。
11争点３－６（本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５と同一のものであるか）に
ついて
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５と同一のものである。
（１）引用例５に記載された発明（引用発明５）
ア引用例５の記載
引用例５には，ＳＵ剤としてグリベンクラミド又はグリクラジドで十分な効果が得られない患者に対し，ピオグリタゾンの併用投与試験を行ったことに関する以下の記載がある。なお，「ＡＤ－４８３３」とは，ピオグリタゾンを指すものである。


「ＳＵ剤を使用中のＮＩＤＤＭに対してＡＤ－４８３３（ＡＤ）を併用し，ＳＵ剤の血中濃度推移への影響，血糖，ＩＲＩの推移について検討した。」
「〔成績〕FPG（空腹時血糖）は１９４→１７３mg／dlと２１mg／dl低下し，」「〔結論〕ＳＵ剤とＡＤの併用投与により，ＳＵ剤の血中濃度に大きな影響及び副作用は認めず，危惧すべき相互作用はみられなかった。軽度の血糖改善を認めたが十分な効果を得るにはより長期の投与が必要と判断された。」
イ引用発明５
前記アによれば，引用例５には以下の発明（引用発明５）が記載されている。
Ｈピオグリタゾンと，
ＩＳＵ剤を併用することで
Ｊ糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療を行うこと（２）本件特許発明Ｂ－７と引用発明Ｂ－５との対比前記７【被告の主張】(２)オと同様の理由から，構成要件Ｈは引用発明の構成Ｈと同一である。
また，構成要件ＩのうちＳＵ剤として「グリメピリド」があることは，本件優先日Ｂより前に，当業者に公知の事実であった。
したがって，これも，実質的に記載されているものと同視することができる事項である。
前記７【被告の主張】(２)アと同様の理由から，その余の構成要件Ｉ及びＪも，引用発明の構成Ｉ及びＪと同一である。
（３）後記【原告の主張】に対する反論
上記のほかには，前記７【被告の主張】(３)と同じである。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５と同一のものではない。
（１）引用例５の記載
引用例５には，ピオグリタゾンとＳＵ剤を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。ピオグリタゾンは，インスリン抵抗性改善剤の例示として記載されているにすぎず，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，ＳＵ剤と組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆も全くない。
具体的な薬剤として，グリメピリドも開示されていない。（２）引用発明５の内容及び本件特許発明Ｂ－７との対比前記(１)のとおり，引用例５に引用発明５が記載されているとはいえない。よって，本件特許発明Ｂ－７は，引用例５に記載された発明（引用発明５）と同一のものではない。
12争点３－７（本件各特許発明は，引用発明１，２又は３に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明１，２又は３に基づき，当業者が容易に発明することができたものである。
（１）引用発明１ないし３の内容
前記７ないし９【被告らの主張】のとおり，引用例１ないし３には，ピオグリタゾンと，これと作用機序の異なるその他の経口血糖降下剤，すなわち本件併用医薬品との併用投与について，具体的な構成が開示されている。
（２）動機付け（本件各優先日における技術常識）
本件各優先日より前の時点において，糖尿病の治療では，作用機序の異なる医薬を組み合わせて患者に投与することが当たり前に行われており，それによる臨床効果も確認されていた。
また，作用機序の異なる医薬がそれぞれの効能を妨げず，少なくとも相加的な効果を奏することも，技術常識であった。
具体的には，①インスリン抵抗性改善剤とＳＵ剤又はビグアナイド剤，②α－グルコシダーゼ阻害剤とＳＵ剤，③ＳＵ剤とビグアナイド剤の併用について，効果が確認されていた。とりわけ，①については，ピオグリタゾンとＳＵ剤との併用の効果についても確認されていた。
併用が禁忌となる組合せや拮抗作用が認められたとする報告もなかった。このような本件各優先日における技術常識を前提とすれば，前記(１)の引用発明１ないし３の内容による構成について，当業者が実施する動機付けは十分に存在した。
（３）容易想到性（格別顕著な効果の不存在）
ア前記(１)及び(２)によれば，ピオグリタゾンと本件併用医薬品の併用を試みること及びそれにより相加的な治療効果が期待できることは，当業者及び医師等において容易に想到することができたものである。イ前記(１)のとおり，本件各優先日より前に，数多くの糖尿病治療薬が併用されており，作用機序の異なる糖尿病治療薬を併用することによる相加的な効果は当業者にとって自明のことであった。
本件各明細書に記載されたピオグリタゾンと本件併用医薬品との併用効果についても，当業者が予測することができる範囲内のものにすぎない。そもそも，本件各明細書には，ピオグリタゾンとボグリボース又はグリベンクラミドを併用することによる効果が記載されているにとどまり，その他の経口血糖降下剤を併用した場合との対比は，全くされていない。
【原告の主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，引用発明１ないし３に基づき，当業者が容易に発明することができたものではない。
（１）引用発明１ないし３の内容
前記７ないし９の各【原告の主張】のとおり，引用例１ないし３には，ピオグリタゾンと本件併用医薬品を併用することにより実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認した旨の記載，インスリン抵抗性改善剤の中からピオグリタゾンを選択し，これと本件併用医薬品を組み合わせることにより併用治療を行うことについての記載や示唆は全くない。
したがって，引用例１ないし３には，本件各特許発明の具体的構成が開示されていない。
（２）容易想到性がないこと（本件各優先日における技術常識と格別顕著な効果の存在）
ア医薬の分野では，現実に使用してみなければ実際の併用効果は分からないし，効果がある場合も，相加効果又は相乗効果があるかは，予測することができない。かえって，単独投与と比べ，効果に差がなかったり，効果が減弱されたりすることもある。
また，本件各優先日当時，ピオグリタゾンは臨床試験中であって，市場にはインスリン感受性増強剤自体が存在しなかった。
したがって，本件各特許発明により，ピオグリタゾンと本件併用医薬品の併用効果が実証される以前は，ピオグリタゾンと他の経口血糖降下剤との併用による効果があるという予測が存在したにすぎない。イ以下のとおり，本件各特許発明は，当業者が予測することが困難な格別顕著な効果を奏するものである。
(ア)本件特許発明Ａ


本件明細書Ａの実験例１では，「遺伝性肥満糖尿病ウイスター・ファティー（Wistarfatty）ラットにおける塩酸ピオグリタゾンとα－グルコシダーゼ阻害剤との併用効果」として，遺伝性肥満糖尿病ラットに塩酸ピオグリタゾン又はα－グルコシダーゼ阻害剤であるボグリボースをそれぞれ単独又は併用して１４日間経口投与した結果，血漿グルコース及びヘモグロビンＡ1が，単独投与よりも併用投与の場合に著しく低下したことが記載されている（本件特許Ａ明細書段落【００４３】）。この効果は相加的な効果ではなく，相乗的な効果である。本件優先日Ａより前には，チアゾリジン系インスリン感受性増強剤について他の血糖降下剤であるＳＵ剤（メトホルミン）と併用した場合に，単独投与と差がないことを報告した論文も存在していたことからすれば，ピオグリタゾンとα－グルコシダーゼ阻害剤との併用による上記相乗効果は，本件優先日Ａの時点において，当業者が容易に想到することができなかったものである。
(イ)本件特許発明Ｂ
本件明細書Ｂの実験例２には，ピオグリタゾンとＳＵ系インスリン分泌促進剤であるグリベンクラミドとの併用により，単独投与と比べて血糖降下作用の顕著な増強があったことが記載されている。この効果は相加的な効果ではなく，相乗的な効果である。ピオグリタゾンはインスリン抵抗性を改善してインスリンに対する感受性を高めて血糖低下作用を示す薬剤であったのに対し，ＳＵ剤には重大な副作用として低血糖が生じることが知られていた。ピオグリタゾンなどのチアゾリジン系薬剤及びＳＵ剤には，体重増加の副作用があることも周知であった。
これらのことからすれば，本件優先日Ｂの当時，これらの経口血糖降下剤は，無条件に併用することが可能なものであるとは考えられておらず，その併用には阻害要因が存在したものである。
13争点３－８（本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明２及び４に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明２及び４に基づき，当業者が容易に発明することができたものである。
（１）引用発明２及び４
前記８【被告らの主張】(１)及び１０【被告らの主張】(１)と同じ。
（２）動機付け（本件優先日Ｂにおける技術常識）
ア以下で付け加えるほかは，前記１２【被告らの主張】(２)と同様である。イ前記７【被告らの主張】(２)エのとおり，本件優先日Ｂより前に，ビグアナイド剤としてフェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンあることは広く知られていた。
したがって，トログリタゾンとビグアナイド剤を組み合わせてなる糖尿病治療薬について，トログリタゾンに代えてピオグリタゾンを用いることやビグアナイド剤としてメトホルミン以外を用いることは，当業者が容易に想到することができたものである。
（３）容易想到性（格別顕著な効果の不存在）
前記１２【被告らの主張】(３)と同様である。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明２及び４に基づき，当業者が容易に発明することができたものではない。
（１）引用発明２及び４
前記８【原告の主張】(１)及び１０【原告の主張】(１)と同じ。（２）容易想到性がないこと（本件優先日Ｂにおける技術常識と格別顕著な効果の存在）
前記１２【原告の主張】(２)と同様である。
14争点３－９（本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明６及び７に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明６及び７に基づき，当業者が容易に発明することができたものである。
（１）引用例６及び７に記載された発明
引用例６及び７には，トログリタゾンの臨床試験においてビグアナイト剤及びＳＵ剤との併用を行い，有効性を確認した旨の記載がある。
（２）動機付け（本件優先日Ｂにおける技術常識）
ア以下で付加するほかは，前記１２【被告らの主張】(２)と同様である。イインスリン抵抗性改善剤であるトログリタゾンをピオグリタゾンに代え，ビグアナイト剤としてメトホルミンを用いることは当業者にとって容易に想到することができた。
（３）容易想到性（格別顕著な効果の不存在）
前記１２【被告らの主張】(３)と同様である。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３は，引用発明６及び７に基づき，当業者が容易に発明することができたものではない。
（１）引用発明６及び７の内容
引用例６及び７には，トログリタゾンとＳＵ剤又はビグアナイド剤との併用試験が行われた旨の記載があるにとどまる。
ピオグリタゾンと本件併用医薬品を併用することにより，実際に糖尿病治療が行われたとする記載や，これらの医薬を併用することにより糖尿病治療に関する薬理効果を実際に確認したとする記載は全くない。したがって，引用例６及び７には，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３の具体的構成が開示されていない。
（２）容易想到性がないこと（本件特許発明Ｂの出願時における技術常識と格別顕著な効果）
前記１２【原告の主張】（２）と同様である。
15争点３－１０（本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５に基づき，当業者が容易に発明することができたものであるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５に基づき，当業者が容易に発明することができたものである。
（１）引用発明５の内容
前記１１【被告らの主張】(１)と同じ。
（２）動機付け（本件優先日Ｂにおける技術常識）等ア以下で付加するほかは，前記１２【被告らの主張】(２)と同様である。イ本件特許発明Ｂ－７の構成要件Ｈは，ピオグリタゾンの用量に関する限定をしているものの，前記７【被告らの主張】(２)オのとおり，実質的な意味のないものであるから，これは相違点ではない。
本件特許発明Ｂ－７では，ＳＵ剤がグリメピリドに限定されているのに対し，引用発明５ではグリベンクラミド又はグリクラジドを使用する構成が記載されている点で一応相違する。しかしながら，前記１１【被告らの主張】(２)のとおり，本件優先日Ｂより前に，ＳＵ剤としてグリメピリドがあることは公知の事実であったから，当業者において，引用発明５のグリベンクラミド又はグリクラジドを，グリメピリドに置き換えることは容易であった。


（３）容易想到性（格別顕著な効果の不存在）
前記１２【被告らの主張】(３)と同様である。
【原告の主張】
以下のとおり，本件特許発明Ｂ－７は，引用発明５に基づき，当業者が容易に発明することができたものではない。
（１）引用発明５の内容
前記１１【原告の主張】(１)と同じ。
（２）容易想到性がないこと（本件特許発明Ｂの出願時における技術常識と格別顕著な効果）
前記１２【原告の主張】（２）と同様である。
16争点３－１１（本件各特許発明には実施可能要件違反又はサポート要件違反があるか）について
【被告らの主張】
以下のとおり，本件各特許発明には実施可能要件違反又はサポート要件違反がある。
（１）本件各特許発明
ア原告が主張するとおり，本件各特許発明が複数の医薬を単に併用することも包含する発明であるのであれば，本件各明細書にはこのことを裏付ける記載がないから，サポート要件に違反する。
イ以下のとおり，本件各明細書には，当業者がその実施をすることができるに足りる記載もないから，実施可能要件にも違反する。(ア)本件各特許発明は，いずれも「臨床の場ではその選択が困難」という課題を解決するものであるから，その課題解決のためには，医師が，経口血糖降下剤を併用するに当たり，選択する必要がないものでなければならない。
(イ)配合剤であれば前記課題を解決することができるとしても，併用投与の場合には，その効果や安全性を予測することができないということになり，各医薬成分を投与するタイミング及び投与量などに関する具体的な記載や，製剤化の実例などに関する記載が必要不可欠なものである。しかしながら，本件各明細書には，実施例として，塩酸ピオグリタゾンと他の有効成分を賦形剤と混合した配合剤が記載されているだけであり，上記記載がない。
（２）本件特許発明Ａ－１
本件明細書Ａには，ボグリボースを用いた実験例が記載されているものの，アカルボース及びミグリトールについては何の実験例も記載されていない。特にアカルボースは，作用機序及び化学構造において，ボグリボースと異なるものである。
そうすると，本件優先日Ａの技術常識を前提としても，当業者において，アカルボース及びミグリトールについて，ボグリボースと同様に本件特許発明Ａ－１の課題を解決することができるとは認識することができないから，サポート要件及び実施可能要件に違反する。
（３）本件特許発明Ｂ
ア本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３
本件明細書Ｂには，ピオグリタゾンとビグアナイド剤の組み合わせに関する実施例がなく，その効果については何ら確認されていない。ビグアナイド剤は，α－グルコシダーゼ阻害剤やＳＵ剤とは別の薬群に属する薬剤であるから，それらの実施例をもって本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３の作用効果を裏付けることはできない。
したがって，本件明細書Ｂには，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３に関する薬理データ又はそれと同視すべき程度の記載が一切なく，当業者において，本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３の薬理効果や有用性を理解することは不可能であるから，実施可能要件又はサポート要件に違反する。
イ本件特許発明Ｂ－７
本件明細書Ｂにおいて，ピオグリタゾンとグリベンクラミドとの組み合わせの実施例は記載されているものの，グリメピリドとの実施例は記載されていない。
グリベンクラミドとグリメピリドは，実際の作用機序，効果，有用性が異なるものであるから，ピオグリタゾンとグリメピリドとの組み合わせについても効果が確認されているとはいえない。
したがって，本件明細書Ｂには，本件特許発明Ｂ－７に関する薬理データ又はそれと同視すべき程度の記載が一切なく，当業者において，本件特許発明Ｂ－７の薬理効果や有用性を理解することは不可能であるから，実施可能要件又はサポート要件に違反する。
【原告の主張】
以下のとおり，本件各特許発明は，実施可能要件又はサポート要件に違反するものではない。
（１）本件各特許発明
前記１【原告の主張】のとおり，本件各特許発明について，単剤として製造されたピオグリタゾンと単剤として製造された本件併用医薬品を併用することが，技術的範囲に含まれることは明らかである。
（２）本件特許発明Ａ－１
当業者が明細書の記載と出願時の技術常識に照らして有用性を推認することができる限り，薬理試験の結果や具体的な薬理効果が記載される必要は必ずしもない。
アカルボース，ミグリトールはボグリボースと同じα－グルコシダーゼ阻害剤であり，構造及び機能が酷似しているから，当業者は，本件明細書Ａの記載により，アカルボース及びミグリトールについても，ボグリボースと同様の併用効果を期待することができる。
（３）本件特許発明Ｂ
ア本件特許発明Ｂ－１ないしＢ－３
本件明細書Ｂには，ピオグリタゾンという特定のインスリン感受性増強剤に着眼すれば，それと相互補完的な作用機序を有する他の経口血糖降下剤と組み合わることにより，併用による効果の増強をし得るという知見が開示されている。
これによれば，当業者は，ピオグリタゾンとビグアナイド剤の併用によっても，ピオグリタゾンとボグリボースの併用と同様に，効果の向上と副作用の低減を図れるものと認識することができる。
したがって，本件特許発明Ｂ－１について，実施可能要件違反又はサポート要件違反はない。
また，本件特許発明Ｂ－２及びＢ－３は，本件特許発明Ｂ－１の「ビグアナイド剤」を，「フェンホルミン，メトホルミンまたはブホルミン」（本件特許発明Ｂ－２）及び「メトホルミン」（本件特許発明Ｂ－３）に限定したにすぎないものであるから，同様に，上記各要件を充足する。
イ本件特許発明Ｂ－７
グリメピリドとグリベンクラミドは，いずれもＳＵ剤であり，構造と機能が類似し，共通の作用効果を発揮することは，本件優先日Ｂの当時において，公知の事実であった。
したがって，当業者は，ピオグリタゾンとグリメピリドの併用によっても，ピオグリタゾンとグリベンクラミドの併用と同様に効果の向上と副作用の低減を図れるものと認識することができる。
よって，本件特許発明Ｂ－７も，実施可能要件又はサポート要件に違反するものではない。
17争点４（差止請求の可否）について
【原告の主張】
少なくとも，本件各特許権の侵害に用いられる被告ら各製品の製造販売等に関する差止請求（予備的請求）は，認容されるべきである。
【被告らの主張】


前提事実(３)のとおり，原告先行特許は，平成２３年１月９日に存続期間が満了したから，同特許に関する物質であるピオグリタゾンの製造販売は万人が自由に行うことができなければならない。
また，被告ら各製品は，単独でも使用される医薬品であるところ，本件訴えは，単独で使用される被告ら各製品についても，製造販売等の差止めを求める過剰なものである。
したがって，少なくとも本件訴えのうち被告ら各製品の製造販売の差止等を求める部分は許されない。
18争点５（薬価基準収載品目削除願の提出に関する請求の可否）について
【原告の主張】
厚生労働省の通達によれば，製造販売する医療用医薬品が薬価基準に収載された場合は，収載された日から３か月以内に製造販売して，医療機関等への供給を開始するとともに，継続して供給するべきものとされている。被告らは，被告ら各製品の薬価基準への収載を申請しており，薬価基準に収載された場合には，被告ら各製品を継続して供給する義務を負うことになる。そうすると，被告ら各製品の製造販売等に関する差止請求が認容されたとしても，被告ら各製品の製造販売が継続されるおそれは極めて高い。したがって，特許法１００条２項に基づき，薬価基準収載品目削除願の提出を求める必要がある。
【被告らの主張】
製造販売等の差止請求に加え，上記請求を認める必要性は全くない。薬価基準収載品目削除願の提出を命ずる判決が執行された場合には，その後に原告が敗訴したとしても，被告ら各製品に関する薬価基準収載が遡って回復されることはないから，相当性も欠いている。
19争点６（損害額）について
【原告の主張】
被告ら各製品は，平成２３年６月２４日，薬価基準に収載され，被告らによる製造販売が開始された。
これにより，平成２４年４月，原告製品の薬価は引き下げられ，原告製品の売上高が減少し，少なくとも１億８０００万円の損害を被った。よって，被告らは，原告に対し，少なくとも各１０００万円の損害賠償責任を負う。弁護士費用各５００万円も，被告らの行為と相当因果関係のある損害である。
【被告らの主張】
否認又は争う。
第４当裁判所の判断
被告ら各製品は，本件各特許発明における「物の生産に用いる物」には当たらないから，被告らの行為について本件各特許権に対する法１０１条２号の間接侵害が成立することはない。同様の理由により，被告らの行為について本件各特許権に対する直接侵害が成立することもない。
また，本件各特許発明は，いずれも特許無効審判により無効とされるべきものである。
以下，詳述する。
１争点１－１（被告ら各製品は，「特許が物の発明についてされている場合において，その物の生産に用いる物」に当たるか）について以下のとおり，被告ら各製品は，「特許が物の発明についてされている場合において，その物の生産に用いる物」には当たらない。
（１）「物の生産」の意義等
ア「物の発明」と「方法の発明」の区別
法文上，「物の発明」，「方法の発明」及び「物を生産する方法の発明」は明確に区別されており，特許権の効力の及ぶ範囲についても明確に異なるものとされている。
そして，当該発明がいずれの発明に該当するかは，願書に添付した明細書の特許請求の範囲の記載に基づいて判定すべきものである（最高裁平成１１年７月１６日第二小法廷判決・民集５３巻６号９５７頁参照）。イ法２条３項１号及び１０１条２号における「物の生産」の意義(ア)法１条によれば，「（法）は，発明の保護及び利用を図ることにより，発明を奨励し，もつて産業の発達に寄与することを目的とする」旨規定されている。
特許権者は，業として特許発明の実施をする権利を専用する（法６８条）ところ，その権利範囲を不相当に拡大した場合には，産業活動に萎縮的効果を及ぼすなど競争を過度に制限し，かえって産業の発達に寄与するという法の目的を阻害することにもなりかねないから，そのような事態を招くことがないようにしなければならない。
また，特許権の侵害に対しては，差止め及び損害賠償等の民事上の責任を追及されるばかりか，刑事上の責任を追及されるおそれもある（法１９６条，２０１条）。
したがって，特許権侵害が成立する範囲の外延を不明確なものとするような解釈は避ける必要がある。
(イ)「物の生産」の通常の語義等も併せ考慮すれば，「物の生産」とは，特許範囲に属する技術的範囲に属する物を新たに作り出す行為を意味し，具体的には，「発明の構成要件を充足しない物」を素材として「発明の構成要件のすべてを充足する物」を新たに作り出す行為をいうものと解すべきである。
一方，「物の生産」というために，加工，修理，組立て等の行為態様に限定はないものの，供給を受けた物を素材として，これに何らかの手を加えることが必要であり，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為は「物の生産」に含まれないものと解される。
(ウ)法１０１条は，特許権の効力の不当な拡張とならない範囲で，その実効性を確保するという観点から，それが生産，譲渡されるなどする場合には当該特許発明の侵害行為（実施行為）を誘発する蓋然性が極めて高い物の生産，譲渡等に限定して，特許権侵害の成立範囲を拡張する趣旨の規定であると解される。
加えて，法１０１条の間接侵害についても刑罰の対象とされていること（法１９６条の２，２０１条）なども考慮すると，間接侵害の成否を判断するに当たっても，前記(ア)と同様に，特許権の効力を過度に拡張したり，適法な経済活動に萎縮的効果を及ぼしたりすることがないように，その成立範囲の外延を不明確にするような解釈は避ける必要がある。法１０１条２号は，「物の生産」に用いる物の生産等について間接侵害の成立を認めるものであるが，ここでいう「物の生産」が法２条３項の規定する発明の「実施」としての「物の生産」をいうことは，明らかなものというべきである。
そうすると，法１０１条２号の「物の生産」についても，前記(イ)と同様に，「発明の構成要件を充足しない物」を素材として「発明の構成要件のすべてを充足する物」を新たに作り出す行為をいうものであり，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為は含まれないものと解される。このことは，法１０１条２号において「物の生産に用いる物」と規定され，「その物の生産又は使用に用いる物」とは規定されていないことからも，明らかであるといわなければならない。
（２）本件へのあてはめ
ア本件各特許は「特許が物の発明についてされている場合」に当たること前提事実のとおり，本件各特許発明の【特許請求の範囲】は，いずれも「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩」と，本件併用医薬品とを「組み合わせてなる糖尿病または糖尿病性合併症の予防・治療用医薬。」というものである。


したがって，本件各特許発明は，当該医薬品に関する発明，すなわち「物の発明」であると認めることができ，このこと自体は当事者間でも争いがない。
なお，「組み合せる。」とは，一般に，「２つ以上のものを取り合わせてひとまとまりにする。」ことをいい，「なる」とは，「無かったものが新たに形ができて現れる。」「別の物・状態にかわる。」ことをいうものと解される。したがって，「組み合わせてなる」「医薬」とは，一般に，「２つ以上の有効成分を取り合わせて，ひとまとまりにすることにより新しく作られた医薬品」をいうものと解釈することができる。
イ本件各特許発明における「物の生産」
（ア）はじめに
前記(１)イのとおり，法１０１条２号の「物の生産」は，「発明の構成要件を充足しない物」を素材として「発明の構成要件のすべてを充足する物」を新たに作り出す行為をいう。すなわち，加工，修理，組立て等の行為態様に限定はないものの，供給を受けた物を素材として，これに何らかの手を加えることが必要であって，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為は含まれない。
被告ら各製品が，それ自体として完成された医薬品であり，これに何らかの手が加えられることは全く予定されておらず，他の医薬品と併用されるか否かはともかく，糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療用医薬としての用途に従って，そのまま使用（処方，服用）されるものであることについては，当事者間で争いがない。
したがって，被告ら各製品を用いて，「物の生産」がされることはない。換言すれば，被告ら各製品は，単に「使用」（処方，服用）されるものにすぎず，「物の生産に用いられるもの」には当たらない。（イ）医師による，医薬品の併用処方が「物の生産」となるか否か原告は，本件各特許について，「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩」と本件併用医薬品とを併用すること（併用療法）に関する特許を受けたものであり，医師が「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩」と本件併用医薬品の併用療法について処方する行為は，本件各特許発明における「物の生産」に当たる旨主張する。前記(１)アのとおり，「物の発明」，「方法の発明」及び「物を生産する方法の発明」は，明確に区別されるものであり，特許権の効力の及ぶ範囲も明確に異なるものであり，「物の発明」と「方法の発明」又は「物を生産する方法の発明」を同視することはできない。
前記アのとおり，「組み合わせてなる」「医薬」とは，「２つ以上の有効成分を取り合わせてひとまとまりにすることにより，新しく作られた医薬品」をいうものと解されるところ，併用されることにより医薬品として，ひとまとまりの「物」が新しく作出されるなどとはいえない。複数の医薬を単に併用（使用）することを内容（技術的範囲）とする発明は，「物の発明」ではなく，「方法の発明」そのものであるといわざるを得ないところ，上記原告の主張は，前記アのとおり，「物の発明」である本件各特許発明について，複数の医薬を単に併用（使用）することを内容（技術的範囲）とする「方法の発明」であると主張するものにほかならず，採用することができない。
また，法２９条１項柱書は，「産業上利用することができる発明をした者は，次に掲げる発明を除き，その発明について特許を受けることができる。」と規定しているところ，医療行為に関する発明は，「産業上利用することができる発明」には当たらない。医師が薬剤を選択し，処方する行為も医療行為（医師法２２条）であるから，これ自体を特許の対象とすることはできないものと解される。
法６９条３項は，「二以上の医薬（人の病気の診断，治療，処置又は予防のため使用する物をいう。以下この項において同じ。）を混合することにより製造されるべき医薬の発明又は二以上の医薬を混合して医薬を製造する方法の発明に係る特許権の効力は，医師又は歯科医師の処方せんにより調剤する行為及び医師又は歯科医師の処方せんにより調剤する医薬には，及ばない。」旨規定するが，これも同様の趣旨に基づく規定であると解される。
このように，本件各特許発明が「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩」と本件併用医薬品とを併用すること（併用療法）を技術的範囲とするものであれば，医療行為の内容それ自体を特許の対象とするものというほかなく，法２９条１項柱書及び６９条３項により，本来，特許を受けることができないものを技術的範囲とするものということになる。
したがって，医師が「ピオグリタゾンまたはその薬理学的に許容しうる塩」と本件併用医薬品の併用療法について処方する行為が，本件各特許発明における「物の生産」に当たるとはいえない。
（ウ）薬剤師による，医薬品のとりまとめが「物の生産」となるか否か原告は，薬剤師が，被告ら各製品と本件併用医薬品とを併せとりまとめる行為が本件各特許発明における「物の生産」に当たるとも主張する。しかしながら，薬剤師は，医師の処方箋に従って，患者に対し，完成された個別の医薬品である被告ら各製品，本件併用医薬品等を単に交付するにすぎないのであって，その際，複数の医薬品を「併せとりまとめる」行為（一つの袋に入れるなどする行為）があったとしても，この行為をもって，医薬品を「組み合わせ（た）」ということは困難であるというほかない。
すなわち，前記アのとおり，「組み合わせてなる」「医薬」とは，「２つ以上の有効成分を取り合わせて，ひとまとまりにすることにより新しく作られた医薬品」をいうものと解されるところ，上記薬剤師の行為により医薬品としてひとまとまりの「物」が新たに作出されるとはいえない。そもそも，前記(１)イのとおり，法１０１条２号の「物の生産」とは，供給を受けた物を素材として，これに何らかの手を加えることが必要であるところ，薬剤師は，被告ら各製品及び本件併用医薬品について，何らの手を加えることもない。
これらのことからすれば，上記薬剤師の行為が，本件各特許発明における「物の生産」に当たるとはいえない。
（エ）患者による，医薬品の併用服用が「物の生産」となるか否か原告は，患者が，被告ら各製品と本件併用剤を服用することにより，その体内で本件各特許発明における「物」すなわち「組み合わせてなる」「医薬」の生産がされる旨主張する。
しかしながら，前記アのとおり，「組み合わせてなる」「医薬」とは，「２つ以上の有効成分を取り合わせて，ひとまとまりにすることにより新しく作られた医薬品」をいうものと解されるところ，患者が被告ら各製品と本件併用医薬品を服用するというだけで，その体内において，具体的，有形的な存在として，ひとまとまりの医薬品が新しく産生されているとはいえない。
そもそも，前記(１)イのとおり，法１０１条２号の「物の生産」には，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為は含まれないところ，患者が被告ら各製品と本件併用医薬品とを服用する行為は，素材の本来の用途に従って使用するにすぎない行為である。


これらのことからすれば，上記患者の行為が，本件各特許発明における「物の生産」に当たるとはいえない。
ウ本件各明細書の【発明の詳細な説明】の記載についてなお，本件各明細書（両事件甲２，４）の【発明の詳細な説明】には，いずれも，以下の記載がある。
「本発明の，インスリン感受性増強剤とα－グルコシダーゼ阻害剤，アルドース還元酵素阻害剤，ビグアナイド剤，スタチン系化合物，スクアレン合成阻害剤，フィブラート系化合物，LDL異化促進剤およびアンジオテンシン変換酵素阻害剤の少なくとも一種とを組み合わせてなる医薬；および一般式（II）で示される化合物またはその薬理学的に許容しうる塩とインスリン分泌促進剤および／またはインスリン製剤とを組み合わせ（て）なる医薬は，これらの有効成分を別々にあるいは同時に，生理学的に許容されうる担体，賦形剤，結合剤，希釈剤などと混合し，医薬組成物として経口または非経口的に投与することができる。このとき有効成分を別々に製剤化した場合，別々に製剤化したものを使用時に希釈剤などを用いて混合して投与することができるが，別々に製剤化したものを，別々に，同時に，または時間差をおいて同一対象に投与してもよい。」（段落【００３５】）この記載によれば，本件各特許の対象である「組み合わせてなる」「医薬」の生産には，①各有効成分を別々に又は同時に，生理学的に許容されうる担体，賦形剤，結合剤などと混合し，医薬組成物とすること（医薬組成物類型），②各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを使用時に希釈剤などを用いて混合すること（混合類型）だけでなく，③各有効成分を別々に製剤化した場合において，別々に製剤化したものを同一対象に投与するために併せまとめること（併せとりまとめ類型）も含まれるものとも解され，原告はこれを根拠に，③の類型も本件各特許発明の技術的範囲に含まれると主張する。
しかしながら，特許発明の技術的範囲は，願書に添付した【特許請求の範囲】の記載に基づいて定めなければならず（特許法７０条１項），願書に添付した明細書の記載及び図面，とりわけ【発明の詳細な説明】の記載を斟酌することにより，【特許請求の範囲】に記載されていないものについて特許発明の技術的範囲に含めるような拡大解釈をすることは許されない。前記イで検討したところによれば，本件各特許発明における【特許請求の範囲】に記載された技術的範囲に上記①及び②は含まれるものの，上記③は含まれないと考える。
したがって，上記③についても，本件各特許発明の技術的範囲に含まれるとする原告の主張は採用することができない。
エ顕著な効果について
原告は，本件各特許発明について，複数の医薬を併用することにより顕著な効果を奏することを見出した点に特徴があり，このような発明についても保護を図る必要が極めて高いなどと主張する。
しかしながら，仮に，そうした保護の必要性があることを前提としたとしても，そのことから複数の医薬を併用することについて「組み合わせてなる」「医薬」に関する発明の技術的範囲に含まれるものであるという解釈とは結びつかないのであって，上記原告の主張は失当である。
（３）小括
以上によれば，被告ら各製品を用いて本件各特許発明における「物の生産」がされることはないから，被告ら各製品は，本件各特許発明における「物の生産に用いられるもの」には当たらない。
２争点２（被告らの行為について，本件各特許権に対する直接侵害が成立するか）について
（１）原告は，被告らが，医師，薬剤師又は患者の行為を支配し，本件各特許発明における「物の生産」をしていると主張する。
しかし，上記主張は，被告ら各製品が，本件各特許発明における「物の生産に用いるもの」に当たることを前提とするものであるが，前記１のとおり，被告ら各製品を用いて本件各特許発明における「物の生産」がされることはない。
原告の主張は前提となる事実を欠いているから，採用することができない。そもそも，製薬会社が，診療に当たる医師を道具として利用し，支配しているなどといえないことは，多言を要しない。
（２）原告は，被告らが被告ら各製品の添付文書の記載等により医師に対する積極的教唆をしている旨主張する。
しかし，被告ら各製品の添付文書には，概ね，以下の記載があることが認められる（第１事件甲９～１１，１３～１８，第２事件甲９（枝番省略））。
「【効能・効果】
２型糖尿病
ただし，下記のいずれかの治療で十分な効果が得られずインスリン抵抗性が推定される場合に限る。
１.①食事療法，運動療法のみ
②食事療法，運動療法に加えて，スルホニルウレア剤を使用③食事療法，運動療法に加えて，α－グルコシダーゼ阻害剤を使用④食事療法，運動療法に加えてビグアナイド系薬剤を使用２.食事療法，運動療法に加えてインスリン製剤を使用
【用法・用量】
１.食事療法，運動療法のみの場合及び食事療法，運動療法に加えてスルホニルウレア剤又はα－グルコシターゼ阻害剤若しくはビグアナイド系
薬剤を使用する場合
通常，成人にはピオグリタゾンとして１５～３０mgを１日１回朝食前又は朝食後に経口投与する。なお，性別，年齢，症状により適宜増減するが，４５mgを上限とする。
２.食事療法，運動療法に加えてインスリン製剤を使用する場合通常，成人にはピオグリタゾンとして１５mgを１日１回朝食前又は朝食後に経口投与する。なお，性別，年齢，症状により適宜増減するが，３０mgを上限とする。」
上記のうち【効能・効果】の記載は，単に，他の経口血糖降下薬による治療により十分な効果が得られない場合で，かつ，インスリン抵抗性が推定される場合に，被告ら各製品の適応があることについて記載しているものにすぎず，被告ら各製品が「本件併用医薬と組み合わせてなる」「医薬」として用いられることを前提とした記載であるとは解することができない。また，【用法・用量】の記載も，単に上記適応例における被告ら各製品の使用方法について記載したものであるとしか解することはできず，当該記載が積極的教唆に当たるなどと評価することはできない。
そもそも，特許権に対する直接侵害が成立するのは特許発明の「実施」に限られ，教唆者が「実施」の主体であると評価される場合は別論として，教唆行為それ自体が直接侵害に当たると解する余地はない。３争点３－４（本件特許発明Ａ及びＢ－７は，引用発明３と同一のものであるか）について
以下のとおり，本件特許発明Ａは，本件優先日Ａより前に頒布された引用例３に記載された引用発明３と同一のものであるから，本件特許発明Ａにかかる特許は，特許無効審判により無効とされるべきものである（なお，本件特許発明Ｂ－７にかかる特許については，後記４のとおり。）。
（１）本件各優先日における技術常識
ア本件各明細書の記載について


本件各明細書には，本件各特許発明について，概ね，以下の記載がある。（ア）本件各特許発明は，インスリン感受性増強剤とそれ以外の作用機序を有する他の糖尿病予防・治療薬とを組み合わせてなる医薬に関する（【０００１】）。
（イ）ピオグリタゾンは，障害を受けているインスリン受容体の機能を元に戻す作用を有するインスリン感受性増強剤の１つであり，その作用は，比較的緩徐であって，長期投与においてもほとんど副作用がない。しかしながら，本件各特許発明の特定の組合せを有する医薬については知られていない（【０００２】）。他方，糖尿病治療に当たっては，個々の患者のそのときの症状に最も適した薬剤を選択する必要があるが，個々の薬剤の単独での使用においては，症状によっては充分な効果が得られない場合もあり，また投与量の増大や投与の長期化による副作用の発現など種々の問題があり，臨床の場ではその選択が困難な場合が多い（【０００３】）。
（ウ）本件各特許発明は，インスリン感受性増強剤を必須の成分とし，さらにそれ以外の作用機序を有する他の糖尿病予防・治療薬を組み合わせることで，薬物の長期投与においても副作用が少なく，かつ，多くの糖尿病患者に効果的な糖尿病予防・治療薬としたものである（【０００４】）。本件各特許発明の医薬は，糖尿病時の高血糖に対して優れた低下作用を発揮し，糖尿病の予防及び治療に有効である。また，この医薬は，高血糖に起因する神経障害，腎症，網膜症，大血管障害又は骨減少症などの糖尿病性合併症の予防及び治療にも有効である。さらに，症状に応じて各薬剤の種類，投与法又は投与量などを適宜選択すれば，長期間投与しても安定した血糖低下作用が期待され，副作用の発現も極めて少ない（【００４５】）。
（エ）本件各特許発明においてインスリン感受性増強剤と組み合わせて用いられる薬剤としては，α－グルコシダーゼ阻害剤やビグアナイド剤などがある。
α－グルコシダーゼ阻害剤は，アミラーゼ等の消化酵素を阻害して，澱粉や蔗糖の消化を遅延させる作用を有する薬剤であって，具体例には，アカルボース，ボグリボース及びミグリトールなどがある。ビグアナイド剤は，嫌気性解糖促進作用，末梢でのインスリン作用増強，腸管からのグルコース吸収抑制，肝糖新生の抑制及び脂肪酸酸化阻害などの作用を有する薬剤であって，具体例には，フェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンなどがある（【００３０】）。（オ）本件各特許発明においてピオグリタゾン又はその薬理学的に許容し得る塩と組み合わせて用いられる薬剤としては，インスリン分泌促進剤などが挙げられる。
インスリン分泌促進剤は，膵β細胞からのインスリン分泌促進作用を有する薬剤であって，例えばＳＵ剤が挙げられる。ＳＵ剤は，細胞膜のＳＵ剤受容体を介してインスリン分泌シグナルを伝達し，膵β細胞からのインスリン分泌を促進する薬剤であって，具体例には，グリベンクラミドやグリメピリドがある（【００３３】）。
（カ）本件各特許発明の医薬は，生理学的に許容され得る担体等と混合し，医薬組成物として経口又は非経口的に投与することができ，経口剤としては，例えば錠剤等が挙げられ，本件明細書の記載に従って製造することができる。本件各特許発明におけるインスリン感受性増強剤は，成人１人当たり経口投与の場合，臨床用量である０.０１ないし１０mg／kg体重，好ましくは０.０５ないし１０mg／kg体重，さらに好ましくは０.０５ないし５mg／kg体重である（【００３５】～【００３９】）。（キ）本件各特許発明の医薬は，各薬剤の単独投与に比べて著しい増強効果を有する。例えば，遺伝性肥満糖尿病ウイスター・ファティー・ラットにおいて，２種の薬剤をそれぞれ単独投与した場合に比較し，これらを併用投与すると高血糖あるいは耐糖能低下の著明な改善がみられた。したがって，本件各特許発明の医薬は，薬剤の単独投与より一層効果的に糖尿病時の血糖を低下させ，糖尿病性合併症の予防あるいは治療に適用し得る。また，本件各特許発明の医薬は，各薬剤の単独投与の場合と比較した場合，少量を使用することにより十分な効果が得られることから，薬剤の有する副作用（例，下痢等の消化器障害など）を軽減することができる（【００４０】）。
（ク）各群５ないし６匹からなる１４ないし１９週齢の雄の前記ラットを４群に分け，塩酸ピオグリタゾン（１mg／kg体重／日，経口投与）又はα－グルコシダーゼ阻害剤であるボグリボース（０.３１mg／kg体重／日，５ppmの割合で市販飼料に混合して投与）をそれぞれ単独又は併用して１４日間投与した後，ラットの尾静脈から血液を採取し，血漿グルコース（mg／dl）及びヘモグロビンＡＨ1（％）を測定したところ，次の結果を得た。これから明らかなように，血漿グルコース及びヘモグロビンＡ１は，塩酸ピオグリタゾン又はボグリボースの単独投与よりも，併用投与により著しく低下した（実験例１。【００４３】）。
①対照群（薬剤投与なし）
血漿グルコース：３４５±２９
ヘモグロビンＡ1：５.７±０.４
②塩酸ピオグリタゾン単独投与群
血漿グルコース：２１５±５０
ヘモグロビンＡ1：５.２±０.３
③ボグリボース単独投与群
血漿グルコース：３２６±４６
ヘモグロビンＡ1：６.０±０.６
④塩酸ピオグリタゾン及びボグリボース併用投与群
血漿グルコース：１１４±２３
ヘモグロビンＡ1：４.５±０.４
（ケ）各群５匹からなる１３ないし１４週齢の雄の前記ラットを４群に分け，塩酸ピオグリタゾン（３mg／kg／日，経口投与）又はインスリン分泌促進剤であるグリベンクラミド（３mg／kg／日，経口投与）をそれぞれ単独又は併用して７日間投与した後，一晩絶食し，経口ブドウ糖負荷試験（２ｇ／kg／５mlのブドウ糖を経口投与）を行った。ブドウ糖負荷前，１２０分後及び２４０分後にラットの尾静脈から血液を採取し，血漿グルコース（mg／dl）を測定したところ，次の結果を得た。これから明らかなように，ブドウ糖負荷後の血糖値の上昇は，塩酸ピオグリタゾン又はグリベンクラミドの単独投与よりも，併用投与により著しく抑制された（実験例２。【００４４】）。
①対照群（薬剤投与なし）
０分：１１９±９
１２０分：２４１±５８
２４０分：１３７±１０
②塩酸ピオグリタゾン単独投与群
０分：１０２±１２
１２０分：１３６±１７
２４０分：１０２±９
③グリベンクラミド単独投与群
０分：１１８±１２
１２０分：２２２±６１


２４０分：１０６±２４
④塩酸ピオグリタゾン及びグリベンクラミド併用投与群
０分：１０８±３
１２０分：８６±１０
２４０分：６０±５
イ本件各特許発明の課題及び技術的思想等について本件各特許発明の特許請求の範囲の記載及び本件各明細書の記載によれば，本件各特許発明は，糖尿病治療に当たって，薬剤の単独の使用には，十分な効果が得られず，あるいは副作用の発現などの課題があった一方で，インスリン感受性増強剤でありほとんど副作用がないピオグリタゾンを，消化酵素を阻害して，澱粉や蔗糖の消化を遅延させる作用を有するα－グルコシダーゼ阻害剤（アカルボース，ボグリボース又はミグリトール）と組み合わせた医薬，あるいは，嫌気性解糖促進作   用等を有する   ビグアナイド剤   （フェ   ンホル   ミン，   メトホ   ルミン   又はブ   ホルミ   ン）や   膵β細胞から   のイン   スリン   分泌促   進作用   を有す   るＳＵ   剤であ   るグリ   メピリドとを組み   合わせた   医薬については知られていなかったことから，ピオグリタゾンとそれ以外の作用機序を有する上記併用剤とを組み合わせることで，薬物の長期投与においても副作用が少なく，かつ，多くの糖尿病患者に効果的な糖尿病予防・治療薬とすることをその技術的思想とするものであるといえる。
ウその他の文献について
本件各優先日前に刊行された文献には，概ね，以下の記載がある。（ア）「経口血糖降下剤の使い方と限界」（medicinavol.３０，no.８・１４７１～１４７３頁。平成５年８月刊行。第１事件乙５，丙１４，第２事件丙１９）
「食事及び運動という２つの基本治療によって十分な血糖コントロールが得られないインスリン非依存型糖尿病（ＮＩＤＤＭ）に対しては，主たる作用機序がインスリン分泌促進であるグリベンクラミドなどのＳＵ剤の投与が行われるが，ＳＵ剤は，全てのＮＩＤＤＭに有効であるとは限らず，当初から効果が認められない一次無効例（約２０％）のほか，年々５ないし１０％ずつ無効例（二次無効例）が増加し，約５年後にはインスリン療法に移行せざるを得ないことになる。」
「近い将来に市販が予定されているＳＵ剤グリメピリドは，グリベンクラジドより強い臨床効果を示すが，インスリン分泌促進効果は，さほどではない。末梢でのインスリン抵抗性を改善する薬剤としては，近く市販予定のトログリタゾンや，臨床試験中のピオグリタゾンがある。また，直接的な血糖降下作用はないが，多糖類の分解を抑制して糖質の吸収を遅延させることにより食後の過血糖の是正が期待されるα－グルコシターゼ阻害剤として，アカルボースがある。将来は食事療法からインスリン療法までへの移行過程において，作用機序の異なる経口剤の併用が幅広く行われる可能性もある。」
（イ）「新しい経口血糖降下剤の開発状況と展望」（medicinavol.３０，no.８・１５４１～１５４２頁。平成５年８月刊行。第１事件乙６，丙１３，第２事件丙２０）
「近年，ＮＩＤＤＭの病態に基づいた治療薬として，インスリン抵抗性の改善作用を有する薬剤（インスリン感受性増強剤）や，食後の血糖上昇を抑制する薬剤（α－グルコシダーゼ阻害剤）などの開発が活発に行われるようになっている。
インスリン感受性増強剤であるピオグリタゾンは，トログリタゾンと同様に，インスリン分泌作用がなく，インスリン抵抗性の改善により血糖降下作用を示す。
新しいＳＵ剤であるグリメピリドは，グリベンクラミドに比し，そのインスリン分泌促進作用が弱いにもかかわらず，同等若しくはそれ以上の血糖降下作用を有する。
α－グルコシダーゼ阻害剤であるアカルボースは，食後の血糖上昇を抑えようとする薬剤である。」
「以上のような近年開発中の経口血糖降下剤が臨床の場に登場すれば，単独投与だけでなく，従来からのＳＵ剤やインスリンを含めて，それぞれの薬剤の特徴を生かした併用療法も考えられ，個々の患者の病態に即した，より有用な治療の選択が可能になるものと思われる。」
（ウ）引用例３
「ＮＩＤＤＭに対するＳＵ剤治療は，一応の合理性を持つものであるが，二次無効，肥満の助長及び低血糖などの限界がある。これからの経口剤としてはＳＵ剤とは異なる作用機序を持ち，食後血糖を低下させ，かつ，低血糖を起こしにくいという特徴を持つものなどが臨床上好ましいものといえる。また，インスリン抵抗性改善に働くものは，これからのＮＩＤＤＭ治療に必須なものといえよう。」
上記記載に加え，インスリン分泌促進薬であるグリメピリド，臨床上での有用性が期待されているインスリン感受性増強剤であるトログリタゾン及びピオグリタゾン並びにα－グルコシダーゼ阻害剤であるボグリボース，アカルボース及びミグリトールについて作用機序や，α－グルコシダーゼ阻害剤には腹部膨満及び下痢などの消化器症状という副作用があることを含む一般的な説明が記載されている。
また，「（ピオグリタゾンが）用量的には３０mg／日で十分な血糖降下作用を発揮するものと思われる。」旨の記載があるほか，ボグリボースとＳＵ剤との併用により血糖値の低下という成果が得られている旨の記載がある。
さらに，「以上紹介した薬剤はいずれもすでに臨床治験を終了あるいは進行中であり，近い将来に臨床の第一線に登場する可能性の高いものである。治療の最終目標である合併症の発症・進展防止のために厳格な血糖管理が薬物療法に求められる役割であるとの観点から今後は個々の病態に応じたきめ細かい治療が要求される。新たな治療薬の参入によって今後のＮＩＤＤＭの薬物療法の在り方も変わっていくものと思われる（図３）。」との記載に加え，以下の図３が記載されている。
（エ）引用例１
α－グルコシダーゼ阻害剤として臨床効果の有用性が報告されているアカルボース及びボグリボース等，インスリン感受性増強剤であるピオグリタゾン及びトログリタゾン等並びに新たなＳＵ剤であって将来有用なものとして期待されるグリメピリドの作用機序や，α－グルコシダーゼ阻害剤には腹部膨満等の副作用があることを含む一般的な説明について記載があるほか，以下の記載がある。


「さて，糖尿病状態になれば，病状と分泌不全と抵抗性とのバランスにより，以下の薬剤の組合せが試みられる（図６）。空腹時血糖が１１０mg／dl以下で食後血糖が２００mg／dl以上であればα－グルコシダーゼ阻害剤をまず試みる。空腹時血糖が１１０mg／dlから１３９mg／dlであれば，空腹時の肝糖産生抑制するために就寝前にスルフォニール尿素剤の経口投与，あるいはインスリン抵抗性改善剤やビグアナイド剤の投与が試みられるが，やはりそれらとα－グルコシダーゼ阻害剤の併用が好ましい。次に空腹時血糖が１４０mg／dlから１９９mg／dlであれば，スルフォニール尿素剤単独投与，スルフォニール尿素剤とインスリン抵抗性改善薬との併用が試みられる。しかし同様にα－グルコシダーゼ阻害剤の併用という３者併用療法が好ましい。さらに空腹時血糖が２００mg／dl以上であれば，基礎インスリン分泌の補充と食後の追加分泌の補充が必要であるので，毎食前の速効型インスリンと夜間の中間型インスリンの投与が基本であるが，やはりα－グルコシダーゼ阻害剤の併用による食後過血糖のより効果的な是正が好ましい。さらに必要に応じてインスリン抵抗性改善薬との併用によりインスリン需要量の軽減が期待される。」，「α－グルコシダーゼ阻害剤やインスリン抵抗性改善薬という最近の新しい糖尿病薬の開発により，インスリン追加分泌不全やインスリン抵抗性増大という耐糖能異常の状態での予防的投与に基づく糖尿病の発症予防が将来期待される。」
（オ）「経口血糖降下薬による治療の現状   ２ビグアニド剤」（「医薬ジャーナル誌」３０巻４号１１４１頁。平成６年４月刊行。第１事件乙１５，丙５，第２事件丙３８）
嫌気性解糖促進作用や末梢でのインスリン増強作用等の作用機序を有する，フェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンを含むビグアナイド剤の作用機序，禁忌及び副作用についての説明が記載されている。
（カ）引用例７
ＮＩＤＤＭにおける血糖値の低下に対するインスリン感受性増強剤であるトログリタゾンの効果を検討するために，食事療法では血糖調節が十分ではない群の患者にトログリタゾンを単独投与する一方，他の経口血糖降下薬であるＳＵ剤又はビグアナイド剤では血糖調節が十分ではない群の患者に，ＳＵ剤又はビグアナイド剤に加えてトログリタゾンを併用投与（いずれも１２週間）したところ，血糖調節に著しい改善又は中程度の改善がみられた者の率がいずれの群でも３９％であったという臨床試験の結果が記載されている。
エ本件各明細書及び上記ウの各文献の記載によれば，本件各優先日より前に，以下の点については，糖尿病又は糖尿病性合併症の予防・治療用医薬に関する当業者の技術常識であったことが認められる。（ア）２型糖尿病に対して，従前から，主に膵β細胞からのインスリン分泌を促進するＳＵ剤であるグリベンクラミドの投与がされてきており，新たなＳＵ剤としてグリメピリドも存在する。
（イ）インスリン受容体の機能を元に戻して末梢のインスリン抵抗性を改善するインスリン感受性増強剤として，ピオグリタゾン（臨床治験中）及びトログリタゾン（近く市販予定）が存在する。
（ウ）消化酵素を阻害して食後の血糖上昇を抑制するα－グルコシダーゼ阻害剤としてアカルボース，ボグリボース及びミグリトールが存在し，これらには下痢などの消化器症状という副作用がある。
（エ）嫌気性解糖促進作用等を有するビグアナイド剤としてフェンホルミン，メトホルミン及びブホルミンが存在する。
（オ）以上のとおり，ＳＵ剤，インスリン感受性増強剤，α－グルコシダーゼ阻害剤及びビグアナイド剤は，いずれも血糖値の降下に関する作用機序が異なる。
（２）引用例３に記載された発明（引用発明３）
ア引用発明３の構成
（ア）前記(１)ウ(ウ)のとおり，引用例３の図３には，ピオグリタゾン等とα―グルコシターゼ阻害剤がそれぞれ書き込まれた各長方形から伸びている各矢印の先端に「併用」との書込みのある長方形が記載されており，そこから「血糖良好」の長円形のほか，「インスリン」との書込みのある長方形に向かって，それぞれ矢印が伸びている。
（イ）前記(１)エのとおり，インスリン受容体の機能を元に戻して末梢のインスリン抵抗性を改善するインスリン感受性増強剤と消化酵素を阻害して食後の血糖上昇を抑制するα－グルコシダーゼ阻害剤とでは血糖値の降下に関する作用機序が異なることは，本件各優先日当時における当業者の技術常識であった。
そして，作用機序が異なる薬剤を併用する場合，通常は，薬剤同士が拮抗することは考えにくいから，併用する薬剤がそれぞれの機序によって作用し，それぞれの効果が個々に発揮されると考えられる。２型糖尿病患者に対してインスリン感受性増強剤とα－グルコシダーゼ阻害剤とを併用投与した場合に限って両者が拮抗し，あるいは血糖値の降下が発生しなくなる場合があることを示す証拠は見当たらない。むしろ，前記１)ウ(エ)のとおり，引用例１には，「空腹時血糖が１１０mg／dlから１３９mg／dlであれば，空腹時の肝糖産生抑制するために就寝前にＳＵ剤の経口投与，あるいはインスリン抵抗性改善剤やビグアナイド剤の投与が試みられるが，やはりそれらとα－グルコシダーゼ阻害剤の併用が好ましい。次に空腹時血糖が１４０mg／dlから１９９mg／dlであれば，ＳＵ剤単独投与，ＳＵ剤とインスリン抵抗性改善薬との併用が試みられる。しかし同様にα－グルコシダーゼ阻害剤の併用という３者併用療法が好ましい。さらに空腹時血糖が２００mg／dl以上であれば，基礎インスリン分泌の補充と食後の追加分泌の補充が必要であるので，毎食前の速効型インスリンと夜間の中間型インスリンの投与が基本であるが，やはりα－グルコシダーゼ阻害剤の併用による食後過血糖のより効果的な是正が好ましい。さらに必要に応じてインスリン抵抗性改善薬との併用によりインスリン需要量の軽減が期待される。」という記載がある。この記載によれば，２型糖尿病患者に対するインスリン感受性増強剤（インスリン抵抗性改善薬）とα－グルコシダーゼ阻害剤との併用投与という技術的思想は，それ自体，本件各優先日当時における当業者に公知であったことが認められる。また，前記のとおり，臨床試験中のインスリン感受性増強剤としてピオグリタゾンが存在することや，α－グルコシダーゼ阻害剤としてアカルボース，ボグリボース及びミグリトールが存在することについても，同じく当時の当業者の技術常識であったものということができる。