「属」や「種」で限定することが不適切であるとする被告の主張については，被告の主張するような懸念があるとすると，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌」などと特定すればよいだけであり，「属」や「種」を限定する方法よりも包括的に規定する方法の方が当該技術分野において適切であるという被告の主張は誤りである。
（被告の主張）
(1)本件訂正発明の微生物の探索をすることが困難である（取消事由３－１）と
の主張に対して
ア審決に無効理由のすり替えがないこと
審決は，本件明細書の段落【００３２】等に記載されているように本件原出願日時点で既に複数のエクオール産生微生物が存在することが知られていたことから，少なくとも，本件明細書の記載に基づいてこれら既知のエクオール産生微生物の中から「ラクトコッカス２０－９２株」以外にも「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を得ることができる。したがって，サポート要件を満たすと正しく認定しており，原告らが指摘するように「エクオール産生能力を有する微生物」を探索することの困難性を捨象して判断を行ったわけではないし，無効理由をすり替えているわけでもない。
原告らは，「エクオール産生能力を有する微生物」をスクリーニングすることが困難か否かという点に拘泥しているが，「エクオール産生能力を有する微生物」自体は本件特許によって初めて見いだされたものでもないし，本件特許はそのような微生物自体を対象とするものでもない。既に公知のエクオール産生微生物が複数存在するという前提を踏まえると，そのような微生物の数が希少であるかどうかにかかわらず，そのような公知の「エクオール産生能力を有する微生物」を対象として公知のスクリーニング方法によって「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を得ることができるから，その点をもってサポート要件を満たすと判断した点に誤りはない。
イ「公知のスクリーニング方法」について
(ｱ)特定物質を生産する微生物（菌）をスクリーニングによって探索することは，当該技術分野における技術常識かつ日常的に行われている行為であって，当業者は，かかる技術常識及び本件明細書の記載に基づいてエクオール産生能力を有する微生物のスクリーニングを実行できる（甲２８の１）。エクオール産生微生物を特定するための具体的なスクリーニング手順の典型例は，以下のとおりである。
①脊椎動物(ヒト，ウシ，ヒツジ，ヤギ，サル，ラット他）の胃／腸内容物(糞便，ルーメン液他)，あるいはエクオール産生能をスクリーニングしたい微生物を固形培地（寒天培地等の一般的な固形培地が使用可能）に塗布し培養する。②上記①で出現したコロニーを，それぞれ，ダイゼインを含む栄養培地に植菌し，２～４日間程度３７℃で嫌気培養する。
③上記②のそれぞれの培養液を，所定の時間間隔(例えば，２４時間～９６時間程度）で抜き出し，ダイゼイン量及びエクオール量を定量しエクオールが検出された培養液を選択する。ここで，ダイゼイン量やエクオール量は，ＨＰＬＣ，ＬＣ－ＭＳ，ＧＣ－ＭＳなどを用いて定量する。
④上記③の培養液を希釈し，上記寒天培地に塗布し，出現したコロニーが単菌になるまで上記の操作を繰り返す。これにより，エクオール産生微生物を単離する。原告らは，スクリーニングにおける培地として非選択培地を用いる場合には過度の試行錯誤が必要であるなどと述べるが，新規な菌を探索する際に非選択培地を用いることは当該技術分野において汎用される条件であって，実際には，培地を希釈しても活性を有する菌を検体から単離するなど，効率的に行うための工夫がされているから，過度の試行錯誤ではない。
(ｲ)被告従業員Ｂの陳述書（乙１）に述べられているように，教科書的な書籍に記載されているような一般的な微生物の単離・同定の手法を用いることで，エクオール産生者の糞便からエクオール産生微生物を容易に特定することができ，実際に，被告の佐賀研究所における過去の研究では，エクオール産生者の糞便提供からエクオール産生微生物の単離まではおおよそ２週間程度ででき，エクオール産生者の比率検討等を含めた試験全体としても３か月程度の期間で行うことができた。原告らが指摘する上記陳述書の中で言及されている菌の安全性についても，法令には菌株を食品に用いる際の明確な基準はなく，各社において食品に用いるための一定の厳しい独自の基準を設けているのが通常であり，原告が主張するＢＳＬも全ての企業における技術常識とは限らないから，そのような指標のみによってスクリーニングの困難性を基礎付けることはできない。
(ｳ)Ｄ教授の意見書（乙２）においても，同様に，エクオール産生微生物のスクリーニングは，特殊な機器や手法を要するものではなく，一般的な教科書に記載された手法で行うことができる実験操作であり，実際に，研究室に所属する学生が食品（臭豆腐）からエクオールを検出することに成功しているとされている。原告らは，Ｄ教授の意見書について主張するが，腸内細菌が酸素の少ない環境に存在することは食品衛生学における技術常識であり，当業者は，腸内細菌のような絶対的嫌気性菌の培養においては，公知の高価ではない嫌気的な培養装置（乙１４，１５）を使用することができ，通常の知識の範囲内で絶対的嫌気性菌の培養及び単離を行うことができる。
原告らは，上記意見書に添付され，Ｔａｂｌｅ１に記載された微生物のうち５菌株についてエクオール産生能力がない可能性が高いと主張するが，同文献は，査読を受けた上で掲載された学術論文であり，当該文献中にエクオール産生微生物として記載されている以上，これらが「エクオール産生能力を有する微生物」であることには一定の信頼性があるものというべきである。また，原告の指摘するエクオール産生能を有することが不明なものを除いたとしても，上記Ｔａｂｌｅ１には，その他にも１９株（１５種）が挙げられていて，多数の「エクオール産生能力を有する微生物」の報告が存在すること自体に変わりはなく，「エクオール産生能力を有する微生物」をターゲットとする目的さえ定まると，そのような微生物のスクリーニングに格別の困難性はないことは十分裏付けられている。原告らは，甲６０を根拠にラクトコッカス・ガルビエ２０－９２株以外に食歴が明らかになっていないと指摘するが，現状で食歴が判明していない菌の中にも食品に用い得る安全性を満たすものが存在する可能性も否定できないから，原告らの指摘は無意味である。


(ｴ)原告らは，Ａ教授の陳述書（甲４８）によると，甲６で用いられているエクオール産生微生物であるｄｏ０３株を見つけるために４年の歳月を要したとしているが，Ａ教授と同じ甲６の共同執筆者であるＥ教授及びＣ教授からは，腸内細菌のスクリーニングの容易性について，ラットの腸内細菌について培養を始めてからｄｏ０３株の単離に成功するまで長い時間を要していないことが確認されている（乙１，３）。また，Ｅ教授の意見書（乙３）には，ｄｏ０３株を単離する際に特別な手法は使われておらず，甲６の研究当時，ラットの腸内からであれば，イソフラボンをエクオールに変換する能力のある細菌を単離することが比較的容易であると考えられていたことも述べられている。
原告らは，甲４８を引用して「エクオール産生能力を有する微生物」は極めてまれなものであると主張するが，甲４８の５頁～６頁によると，甲６の研究過程では，スクリーニングに用いるヒト糞便の入手が容易でなかったためにエクオール産生微生物の発見に苦労したことをスクリーニングの困難性として述べているだけであって，エクオール産生微生物に対するスクリーニング自体が常識外に困難であることを裏付けるものではない。気兼ねなく集めやすいラットの糞便からの腸内細菌を対象としてスクリーニングを行うようになった後，比較的短期間でエクオール産生微生物であるｄｏ０３株を発見することができたのであるから，むしろ過度の試行錯誤を伴うものではないことを示している。
(ｵ)スクリーニングの際の培養条件等について，前記のように特定物質を生産する微生物（菌）をスクリーニングによって探索することは，当該技術分野における技術常識であり，日常的に行われている行為であり，スクリーニングの目的ごとに必要とされる種々の工程が分類されて確立しているほどに，当該技術分野においては微生物のスクリーニングという手法が慣用的なものであって研究活動に不可欠なものである。
このような技術常識の下では，原告らが指摘する培養方法や微生物ごとの多様性などは，どのようなスクリーニング方法の実施においても多かれ少なかれ必然的に生じる実験的な試行錯誤のレベルにすぎず，当業者は適宜微調整して対応し得る程度のことである。当業者にとっては，目的とする発酵生成成分や発酵物の活性がターゲットとして設定されると，研究活動における通常の労力と試行錯誤の範囲内で，そのような生成成分や活性が得られるような微生物をスクリーニングにより特定できる。
また，エクオール産生微生物のスクリーニングの際に用いる培地や温度条件について，本件明細書の実施例には，ダイゼイン類とアルギニンを含む原料からオルニチン・エクオール産生微生物を用いてオルニチン及びエクオールを実際に発酵生成させた条件が記載されている（本件明細書の段落【０２２１】～【０２３０】）から，スクリーニングを行う場合には，当該発酵条件を参照し，同様の培養条件等を用いればよいことは当業者には明らかである。
スクリーニング対象となり得る細菌の数についても，当業者が通常の研究活動で行い得る程度の時間と労力の範囲内であって，過度の試行錯誤に該当するとまではいえない。原告らは，腸内には５０兆個から１００兆個の腸内細菌が存在するなどと，あたかもスクリーニングが非現実的なほど無数にターゲット微生物が存在するかのように述べるが，当業者は，腸内に存在する細菌の数は当然に把握した上で，種々の研究活動を行っているのであるから，その点に特段の事情が存在するとはいえない。また，その範囲についても，当業者は，キノコが含まれるなどと誤解することはなく，本件明細書の段落【００１８】の具体例を踏まえ，対象となる微生物の範囲を十分に理解できる。
(ｶ)本件明細書の段落【００３２】等に記載されているように，本件原出願日当時において既に公知のエクオール産生微生物が知られていたところ，より簡便には，これら公知のエクオール産生微生物に対してオルニチン産生能に関するスクリーニングを行うことでも，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を特定することができる。実際に，甲４５の実験報告書では，「ラクトコッカス２０－９２株」以外にも，エクオール産生能に加えてオルニチン産生能を有するものが存在することが実際に確認されたことが示されている。(ｷ)原告らの主張するＤＮＡの同定や生理・生化学性状試験は，外部機関に委託等により行うことができるから，そのような工程に期間を要するとしても，そのことだけで，スクリーニングの困難性や過度の試行錯誤の裏付けとなるものではないし，特許のサポート要件や実施可能要件の判断は，「学術上の成果」におけるそれと必ずしも一致するものではない。
ウ「エクオールを産生する微生物」が希少であったとしても，サポート要
件等の判断が左右されないこと
(ｱ)ある種の特定の機能を有する微生物であると，それにある程度の希少性が認められることは当然のことであって，その点を殊更に強調する理由はない。サポート要件の判断においては，実際にどの程度の数の「エクオール産生能力を有する微生物」及び「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」が存在するかとは関係なく，スクリーニングを行うことによって，そのような微生物を特定できる蓋然性が高いことを理解できることで足りる。当業者が「エクオール産生能力を有する微生物」を探索するための具体的なスクリーニング手順を理解し，実行できることは，前記イのとおりであり，スクリーニングの結果として得られる「エクオール産生能力を有する微生物」が，仮に希少種だったとしても，目的とする発酵生成成分や発酵物の活性がターゲットとして設定され，そのためのスクリーニング工程さえ明確であるならば，スクリーニングを行うこと自体に困難性はない。
実施可能要件についても，スクリーニングの結果として得られる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」が５種類であろうと１０００種類であろうと，その数の大小によりその判断が左右されるべきではない。原告らは，ＬＰＳＮに登録されている微生物の中で「エクオール産生能力を有する微生物」は僅かしか特定されていないと主張するが，被告が「エクオール産生能力を有する微生物」の単離に最初に成功して以後，多数の「エクオール産生能力を有する微生物」の報告が続いており，乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙されているように２０種を超える「エクオール産生能力を有する微生物」が単離されている。
(ｲ)「属」や「種」に限定がないとする原告らの主張は，仮にそのような「属」や「種」などの菌の分類上の定義を用いて包括的に規定した場合には，当該種に属する全ての菌が「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する」ものでない限り，かえってサポート要件等を満たす菌群の特定が困難なケースが生じ得ることになる。


また，用いる微生物を「菌株」単位に限定した場合には，本件訂正発明による新規な技術的思想を必要以上に狭めることにもなってしまう。そして，原告ら主張に係る特許庁の運用は，既に廃止されているし，甲６９の１（特許第６６３５４７９号公報）や甲７０の１（特許第６６５４６３９号公報）は，「物の発明」を対象とするものであって本件訂正発明のような「製造方法の発明」とは必ずしも同一視できない。引用文献（従来技術）との関係や明細書の記載内容を捨象して単に審査の最終結果のみを提示しても何ら意味をなさない。
甲３２の１（特許第６３９１９５６号公報）・甲３２の２（特許第４７４３１１４号公報）・甲３２の３（特許第４４９０３６１号公報）に例示されるように，当該技術分野においては，本件訂正発明と同様に「特定の成分を産生する能力を有する微生物」という形式で発酵に用いる微生物を特定することが広く用いられ，それが当業者にとっての常識的な特定手法の一つとなっており，「特定の成分を産生する能力を有する微生物」と特定することで，当業者は，その技術的意義を理解できる。本件訂正発明は，エクオール産生能力に加えてオルニチン産生能力を有する微生物を用いて，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することにより所定量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の発酵物を得ることができるという技術的思想を新規に見いだし，これによって発明の課題を解決したものである。
本件訂正発明で用いられる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」とは，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（本件明細書の段落【００３１】）と，アルギニンをオルニチンに変換する能力（本件明細書の段落【００３６】）とを有する微生物を意味するものであることが明確に定義されており，そのような能力を有しない微生物は，本件訂正発明にいう微生物には該当しない。
そして，本件明細書の実施例では，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であるラクトコッカス２０－９２株を用いて，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することによって，エクオールとオルニチンを含有する発酵物が得られることが実証されている（段落【０２２２】～【０２３０】）から，当業者は，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力と，アルギニンをオルニチンに変換する能力とを有する「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」を用いることで，本件訂正発明の課題が解決できることを理解できる。
エ食品素材の発酵に用いられる微生物の安全性について(ｱ)乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙されているエクオール産生微生物（菌）の２３種のうち５種類の菌は，既存の食品からも検出されている乳酸菌であり，食品素材への利用可能性が高いものである（乙１，２）。２３種のうちの５種という割合を考慮すると，原告が主張するように安全性を備える「エクオール産生能力を有する微生物」を特定することが極めて困難であるとはいえない。一般に，本件訂正発明のように微生物を用いた発酵で得られた生成物については，発酵後の生成物を滅菌し菌を除去することで，最終物中に菌が含まれないものにすることができるし，法令には菌株を食品に用いる際の明確な基準はなく，製品表示においても発酵に用いた菌種を開示する義務も設けられていない。単に「発酵生成物を食品として用いる」という観点だけでいうと，食品として用いる際の安全性を備える微生物が，ラクトコッカス２０－９２株に限られるものではなく，それ以外の微生物を特定できる蓋然性が高いことは，当業者には明らかである。(ｲ)甲３８や甲１４における「安全性の高い」，「食品に利用可能」とは，菌自体をヒトに摂取させる「プロバイオティクス」を想定した記載であり，本件訂正発明において用いられる「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」をスクリーニングで特定できるかという問題とは無関係である。甲４８についても，乙２の別添３の文献のＴａｂｌｅ１に列挙されているエクオール産生微生物を見ても明らかなとおり，エクオール産生微生物（菌）はラクトコッカス・ガルビエに属するものに限られず，他の種に属するものも多数存在するから，スクリーニングの困難性を示すものではない。
(2)エクオール生成量などの限定は「大豆胚軸」にラクトコッカス２０－９２株を用いたものに限られる（取消事由３－２）との主張に対して
ア発酵原料が「大豆胚軸」に限られないこと
前記（被告の主張）１(1)のとおり，本件明細書（特に，段落【００９３】）には，「ダイゼイン類を含む発酵原料」を用いることが記載されているし，原告実験（甲４６）は原告らの主張の根拠となるものではない。
イエクオール及びオルニチンの「上限値」について本件訂正発明におけるオルニチン及びエクオールの生成量の範囲は，これらが有用生理作用を有する成分であるという観点から規定されたものである（本件明細書の段落【００４２】，【００５０】）ところ，このような目的に照らすと，その生成量の「下限」のみを示せば十分である。また，このような生成量の上限が無限ではなく現実的な上限を有することは当業者には明白であり，技術常識に照らして判断することで足りる。また，生成量についていえば，発酵物全体からオルニチン又はエクオールの下限値を引いた値（［１ｇ－８ｍｇ］又は［１ｇ－１ｍｇ］）が実質的な上限値であることは明らかである。
ウエクオール及びオルニチンの「下限値」について(ｱ)本件明細書の実施例には，発酵工程における培養条件が具体的に記載されており（段落【０２２１】～【０２３０】），特に，【表２】には，原料中（発酵前）のダイゼイン類の含有量とそれによるエクオールの生成量（発酵後）が記載されており，【表３】には，原料中の遊離アルギニンの含有量とそれによるオルニチンの生成量が記載されている。


当業者は，これらの表に示される結果を見て，どの程度の量のダイゼイン類とアルギニンを原料として用いると，その発酵生成物としてどの程度のエクオールとオルニチンが得られるかを理解することできる。また，原料を増減させることで，目的物の生成量を調整できることも技術常識である。この点は，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む発酵原料」を用いる場合も同様であり，エクオールはダイゼイン類が代謝されて生じるものであるから，発酵原料中に含まれるダイゼイン類を適宜調節することで，本件訂正発明に規定される下限値を満たすエクオールを得ることができる。現に，乙１３においてイソフラボンを発酵原料とした場合にも乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが産生することが実証されている。(ｲ)ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物を用いる場合は，原料の変換効率が実施例に示されたラクトコッカス２０－９２株と多少異なるとしても，当業者は，本件明細書中の実施例の結果を踏まえて，原料中のダイゼイン類とアルギニンの量を適宜調整することでの所望のオルニチン及びエクオールの生成量を得ることができるし，本件訂正発明に規定される生成量の範囲とするために予備実験等を要するとしても，少なくとも過度の試行錯誤までは要することなく，本件訂正発明を実施することができる。
また，甲４５と同様の実験を行った乙４の結果によると，ラクトコッカス２０－９２株以外のストレプトコッカスＡ６Ｇ２２５とバクテロイデスＥ－２３－１５のいずれについても，本件訂正発明の下限値を満たす乾燥重量１ｇ当たり８．０ｍｇ以上のオルニチンが産生することが確認された。エクオールについても，原料のダイゼイン濃度に依存して生成量の増加が見られ，ダイゼイン１００ｍｇ／Ｌとして培地２について，乾燥重量１ｇあたり１．０ｍｇ以上のエクオールの産生が確認された。
(ｳ)本件明細書の段落【００５０】には，本件訂正発明に規定されるオルニチン含有量が記載されており，当業者は，オルニチンの含有量の技術的意義を十分に理解できるから，特許法施行規則２４条の２に違反することはない。なお，本件訂正発明に規定されるオルニチンの含有量の規定が特許法施行規則２４条の２に違反すると主張することは，審判段階では何ら主張されていなかった主張を，本件訴訟に至って追加するものであるから，新たな無効理由を追加していることとなり，許されない。
エ「嫌気的条件」について
「嫌気的条件」とは，「無酸素条件下で培養すること」にとどまる。それ以上，具体的なガスの割合は，限定・特定されていないのであって，仮に，市販の培養キットや混合ガスで発酵が進むものがなかった場合でも，当業者は，培養する微生物の性質などを踏まえて，ガスの成分比率を調整して発酵に適した条件とすることを通常行っている（乙１９）。
このようなガスの成分比率の調整は，当業者が通常の研究活動で行い得る程度の時間と労力の範囲内のものであり，何ら過度の試行錯誤ではない。(3)本件訂正発明の「課題」及び「技術的思想」（課題解決手段）の認定に基づ
く審決の判断の誤りの主張に対して
本件訂正発明が発明の課題（目的）を記載したにすぎないものであるとしても，それによりなぜサポート要件等を満たさないといえるのか，原告らは特許制度に反すると抽象的に述べるだけで，何ら具体的な理由を述べていない。課題の設定自体が新規な着想に基づくものであると，創出された新規な発明もそのような課題に対応にするものとなることは当然であり，本件についても，「ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を，オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することにより，所定量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の発酵物を製造できる方法を提供すること」という発明の課題自体が従来には存在しない新規なものであったから，それを実現した本件訂正発明が課題に対応した記載となることは妥当である。本件訂正発明が，発明の課題（目的）を記載したにすぎないものであり，特許制度に反するなどという原告らの主張は理由がない。
４取消事由４（甲６に基づく新規性・進歩性欠如についての認定及び判断の誤り）について
（原告らの主張）
(1)相違点の認定の誤り
アアルギニンジヒドロラーゼ経路に基づくオルニチン生成が甲６に記載さ
れているに等しいこと
(ｱ)甲６には，「アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いてエネルギーを得る」点及び「アルギニンジヒドロラーゼ経路」が記載されているところ，甲６で引用されている甲７（JAYF.SPERRY他「Arginine,a   Growth-LimitingFactorforEubacteriumlentum」JOURNALOF   BACTERIOGYVol.127No.2,１９７６年）の以下のＦＩＧ．２には，アルギニンからアルギニンジヒドロラーゼ経路によりエネルギーを得る場合にはオルニチンが生成されることが開示されており，アルギニンジヒドロラーゼ経路は本件優先日時点において技術常識であった（甲８［日本生化学会編「生化学実験講座１１アミノ酸代謝と生体アミン（中）」東京化学同人，昭和５１年］，甲９［Ｒ．Ｙ．スタニエ他「微生物学（上）」培風館，昭和５６年］，甲１０［日本微生物学会編「微生物学事典」技報堂出版，平成元年］）。甲６は，ｄｏ０３株の培養に甲７のEubacteriumlentum（以下「Ｅ．ｌｅｎｔｕｍ」という。）の例などを参考にしてアルギニンを使用しており，甲６にアンモニアが生成したとの記載があること及び甲７で開示されているｄｏ０３株とＥ．ｌｅｎｔｕｍが近縁種であることからすると，甲６においてもオルニチンが生成され，かつそれが分解されていないことを当業者は認識できる（甲４８）。(ｲ)甲６には，アンモニアが産生され，培地ブロスのｐＨが増加したことを認識した旨と，ＯＤ６００の吸光度が増加していることから，ｄｏ０３株がエネルギーを得て成長し，菌数が増加していることが分かり，アルギニンを菌代謝していることを認識した旨とが記載されているから，当業者は，ＯＤ６００の吸光度の増加から，ｄｏ０３株がＡＴＰエネルギーを得て成長し，菌数が増加し，アルギニンジヒドロラーゼ経路においてシトルリンを経てオルニチンまで代謝が進んでおり，アンモニアの産生によりｐＨが増加したことを認識できる。
イオルニチンの蓄積量について


(ｱ)甲６において，アルギニンの添加は，菌の成長のために，アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いて，エネルギーを得るためにされているから，アルギニンは限りなく１００％オルニチンに代謝（変換）されるものと当業者に理解される。甲６において１％Ｌ－アルギニンを含む培地に含まれる遊離アルギニンが全てオルニチンに代謝（変換）された場合には，発酵物１ｇ当たり１５５ｍｇのオルニチンが産生することとなる。一方，本件訂正発明のオルニチンの量の下限値は８ｍｇである。
仮に，被告が主張するように，甲６のオルニチンの蓄積量が不明であるとか，オルニチンが別の物質に代謝されて消費されたか，あるいはオルニチン以外の代謝産物のために消費されたとしても，その蓄積量が１００％オルニチンに代謝（変換）された値である１５５ｍｇの約５％未満である８ｍｇ未満にまで減少するとは当業者は想定し得ない。
現に，甲７のＴＡＢＬＥ１では，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍによりオルニチンが産生・蓄積されることが開示されており，当業者は，ｄｏ０３株も同様にオルニチンを産生・蓄積するものと想定する。
(ｲ)大豆発酵食品の発酵中に微生物がアルギニンの異化作用により系内に含まれるアルギニンからオルニチンが生成することは古くから知られている（甲１５の１［平宏和「大豆発酵食品の成分よりみた発酵分解の意義」日本醸造協会雑誌６２巻４号３６７頁～３７３頁］，甲１５の２［伊藤寛ほか「みその乳酸菌の研究（第７報）アルギニンの分解」食糧研究所研究報告第１９号１２１頁～１２６頁，昭和４０年］）。しかも，アルギニンはこの種の微生物による発酵の際によく用いられる通常の培地中に少なからず含まれており，このことも技術常識である。原告において，これらの培地に含まれるアルギニンの量を分析したところ，ＢＨＩブロス，ＧＡＭ培地又は変法ＧＡＭ培地１００グラム当たり「１．１４～３．３５ｇ」のアルギニンが含まれていることが分かる（甲７４）。そして，これらの培地中のアルギニンのほとんどが「オルニチン」に変換されるとすると，発酵物の乾燥重量１グラム当たり「８．６～２５．４ｍｇ」のオルニチンが生成することになり，このことは原告がした再現実験（甲６７，甲７５の１）からも明らかである。ウ甲１１，１７及び６７の各実験（以下，併せて「原告再現実験」という。）
について
(ｱ)甲６の再現実験である甲１１の実験により，オルニチンが８５ｍｇ程度産生かつ蓄積されていることが確認されているし，甲１７の実験でも，本件訂正発明の構成要件を満たすオルニチンが得られていることが分かる。静置培養を採用した場合の再現実験である甲６７によっても同様であった。(ｲ)被告は，原告再現実験の実験条件について論難するが，①ダイゼインの供給源については，甲１１の実験では甲６に記載された「LCLaboratories」製のダイゼインを用いていること（甲６６），②甲６において，エクオール産生微生物を単離したエクオールアッセイ培地は，「フジフラボンＰ１０」，「ＣａＣＯ３」などを含む「ＧＡＭ培地」ではないこと，③エクオール生産の原料であるイソフラボンが水にほとんど溶解せず培養液の下部に沈降し，発酵の原料として利用しにくい状態となるため，振とう培養を採用することは技術常識であり，甲１１の実験は，甲６の記載のない技術常識で補ったにすぎず，上記(ｱ)のとおり，静置培養でも，本件訂正発明の構成要件を満たすオルニチンが得られている。
エ小括
以上の検討からすると，甲６発明は，正しくは，「エクオール産生能力及びオルニチン産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３及びアルギニンを，ダイゼインを含む培地に添加して培養し，ダイゼインからエクオールを得ると共にアルギニンからオルニチンを得る方法であって，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり０．６２ｍｇのエクオール及び７４．３ｍｇのオルニチンを得る方法」と認定されるべきであり，本件訂正発明と甲６発明との相違点は，「本件訂正発明が発酵処理により，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上のエクオールを生成することを規定しているのに対して，甲６発明がこの数量を明示していない点」（以下「相違点１」という。）となり，審決の相違点の認定は誤りである。
また，審決の相違点の認定は，本件明細書に記載がなく，特許法施行規則２４条の２の違反があるににもかかわらず，「オルニチンを有用な生成物として得ること」も相違点としている点でも誤っている。
(2)容易想到性の判断の誤り
ア前記(1)の相違点１は，実質的な相違点ではない。仮に，相違点１が実質的な相違点であるとしても，当業者は，少しでも多くの量のエクオールを得ることを目的としているから，甲６のＦＩＧ．１を見るなどして，ダイゼインの量を増やすと等量のエクオールが得られることを理解し，エクオール生成量を更に増加させようとして，実験報告書（甲１７）に示されるように原料となるダイゼインを多くすることを当然に試みるはずである。また，甲１９にも，原料となるダイゼインを増加させれば，エクオールの生産量が増加することが開示されている。したがって，相違点１は容易想到である。
イ仮に，本件訂正発明と甲６発明との間に審決が認定する本件相違点１があるとしても，甲６のｄｏ０３株がオルニチンを産生・蓄積していることは，前記(1)のとおり，アルギニンからのオルニチン生成に関する技術常識から明らかといえるから，オルニチン産生能力の点や発酵物がオルニチンを含有するかどうかという点は実質的な相違点とはいえない。


また，上記のようなアルギニンからのオルニチン生成に関する技術常識に加え，オルニチンが優れた生理活性成分であることも，本件優先日において，技術常識・周知技術であったことからすると，優れた生理活性成分であるオルニチン量を確認することは当業者が当然に行う事項であり，特許庁の審査基準に記載される「刊行物に記載されている事項から本願の出願時における技術常識を参酌することにより当業者が導き出せる事項」ともいえる。大豆イソフラボンとオルニチンとを組み合わせた食品も幾つか見受けられる（甲５３，５６）ことからすると，大豆イソフラボンの一つであるダイゼインが腸内細菌により代謝されて産生されるエクオールが備える，大豆イソフラボンと同様の生理機能に着目するとき，併せてオルニチンの生理機能にも注目することは，食品関係の技術分野の当業者には自然なことである。そして，８ｍｇ以上のオルニチンを生成する点についても，①８ｍｇという値は，オルニチンの健康食品としての摂取必要量である「８００ｍｇ／日」（甲５２）や１０００ｍｇ／日（甲５３）などと比較すると僅かな値でオルニチンの生理作用を発現するものではなく，技術的意義がなく，顕著な効果を奏するものでもないこと，②アルギニンなどの高価な原料を用いなくても安価な栄養成分から大量に効率よくオルニチンを生成する微生物が本件優先日当時知られていたことからすると，本件訂正発明の進歩性を基礎付けるものではなく，実質的な相違点ではない。
ウ被告の主張に対する反論
(ｱ)被告は，エクオール及びオルニチンの効果について主張するが，オルニチンの効果について本件明細書に一切記載がないことなどからすると，本件明細書に基づかない主張である。
Ｄ教授の意見書（乙７）及びＦ教授の意見書（乙８）やそこで引用されている文献は，更年期症状としての疲労感・倦怠感とエクオール又はオルニチンとがどのような関係を有するかについて現時点で見いだされた事項を述べているにすぎなかったり，オルニチンを食品として経口摂取した場合のオルニチンの濃度が，更年期症状とどのように関係するかについて科学的に証明していなかったりするものである。
(ｲ)オルニチンの数値範囲について，被告が主張する機能性表示食品における良質な睡眠というような機能（乙９の１・２）は，本件明細書には記載がない。しかも，このような機能を奏するためには，オルニチン含有量は約４００ｍｇであることが必要であるが，本件訂正発明の下限値のオルニチンの量は「８ｍｇ」であり，この量では被告が主張するオルニチンの効果としての「肝臓における代謝に関与して疲労感の改善の効果」も奏することはおよそ困難である。Ｆ教授の意見書（乙８，１６）の知見について，本件優先日よりも前のものであるかどうかについては何ら明らかにされていない。前者の意見書（乙８）では，「通常の食品からの低用量のオルニチン摂取（１０ｍｇ程度）」により肝臓のオルニチン含量が「約１００ｍｇ」となるメカニズムについての説明がないし，そのような低用量のオルニチンにより肝臓のオルニチン含量が「約１００ｍｇ」となるかどうかも明らかにされていない。後者の意見書（乙１６）でも経口摂取した全量がＯＴＣの基質になる前提で書かれているし，臨床的な実証を欠くものである。オルニチンの睡眠機能の研究者であるＧ博士は，「１０ミリグラム」程度のオルニチンを経口摂取しても，およそ肝臓の機能を改善するとは考え難いとしている（甲６４）。Ｈ准教授の陳述書（甲７３）も，ヒトが毎日「５２５０ｍｇ」程度のアルギニンを摂取し，これらの多量のアルギニンから常にオルニチンが肝臓において生成している状況において，仮に僅か「１０ｍｇ」のオルニチンを経口摂取し，その全量が肝臓に到達したとしても，肝臓の酵素活性に与える影響はほとんどないとしている。
また，前記のとおり，本件訂正発明の発酵物によりオルニチンの良質な睡眠などの機能が発揮されるように「４００ｍｇ」摂取しようとすると，エクオールの摂取量は「５０ｍｇ」以上となって一日の摂取量としては過剰となり，その安全性が懸念されることになる。
以上のとおり，オルニチンの数値範囲における被告の主張は失当である。(ｳ)エクオールの生成量について，被告は，甲６について，エクオールの生成量を「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上」となるように，「原料や発酵条件を設定する」動機付けはないと主張するが，本件明細書に記載されていない事項に基づく主張である。
(ｴ)前記イのとおり，甲６ではエクオールを食品又は医薬品などのヒトが摂取することを前提として議論されており，発酵物の用途が「食品素材として用いられるもの」であることは相違点とはならない。また，エクオールは，本件優先日当時，食品として用いられるものであることが公知となっており（甲１９，４３），発酵物を「食品素材」として用いることは，当業者が当然に行う事項である。被告が挙げている「発酵物が粉末状であること」についても，輸送特性や輸送コストの削減，保存性の改良，食品加工の容易さなどから食品原料を「粉末状」にすることは，通常の加工方法であるから，「発酵物を粉末状」とすることは，当業者にとって周知の事項であって，当然に想到することである。したがって，「発酵物が粉末状であること」は相違点ではない。
（被告の主張）
(1)相違点の認定の誤りの主張に対して
アアルギニンジヒドロラーゼ経路に基づくオルニチン生成が甲６に記載さ
れているに等しい事項とはいえないこと
原告らが根拠とする甲６中のアルギニンジヒドロラーゼ経路に関する記載部分は，ある菌の成長のためにはアルギニンが必要であり，それはアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いてエネルギーを得るからであるという一般論を述べた上で，実際の実験結果に関して，①アルギニンの菌代謝により，ＮＨ３が産生され，それらによって培養ブロスｐＨが増加したこと，②アルギニン追加により，ＯＤ６００が増加し，それによって，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンを用いていることが記載されているにすぎない。


甲６でアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いるとされている菌株は，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍであり，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンジヒドロラーゼ経路を用いるとは記載されていないし，実験的に確認もされていない。上記①のｐＨの点に関しては，甲６の表１にあるｐＨの増加がＮＨ３に由来するものかどうかは確認されていないし，仮にＮＨ３の増加に由来したとしても，アルギニンジヒドロラーゼ経路におけるシトルニンまでで反応が止まっている可能性もあり，オルニチンが生成されていることの確認にはならない。原告らは，甲７においてｄｏ０３株の近縁の株についてオルニチンが分解していないことが示されているとしても，甲６のｄｏ０３株でも同じような結果が得られることは自明ではない。また，上記②のＯＤ６００に関しても，甲６には，ＯＤ６００の増加がなぜアルギニンの菌代謝を示すのかについて説明はされていないし，アルギニンジヒドロラーゼ経路によりアルギニンが代謝されてＮＨ３が産生されたことは，実験的に確認されていない。特に，甲６には，「培地ブロスのｐＨが対照試料よりも増加したため，株ｄｏ０３はアルギニンを用いたようにも思われたが，しかし，ＯＤ６００は増加しなかった。」として，ＯＤ６００の増加が必ずしもアルギニンの菌代謝を示すとはいえないという結果も記載しているから，ＯＤ６００の増加によりアルギニンの菌代謝よりオルニチンが産生していることを意味していると解することはできない。そして，甲８～１０に関しても，単にアルギニンジヒドロラーゼ経路についての説明があるのみであって，甲６で用いられているｄｏ０３株において，アルギニンジヒドロラーゼ経路が現に機能することについては何ら具体的に言及されていない。さらに，原告は，発酵によってオルニチンとエクオールを得る製造方法に係る発明についての特許（特許第６００５４５３号［乙５］。以下「別件特許」という。）を取得しているところ，その審査過程においてされた拒絶理由通知（乙６）に対する意見書（甲３５）において，「アルギニンが含まれる培地で嫌気性微生物を培養しても，常にＬ－オルニチンが得られるとは言えません」，「引用文献４には，オルニチンについては開示されておらず，示唆もされないと考えます。一方，本願発明はＬ－オルニチンとエクオールの両方を生産する方法の発明に関します。」などと述べ，上記拒絶理由通知における引用文献４の発酵液中Ｌ－オルニチンが含まれると推測されるとの審査官の判断に反論しており，この原告自身の主張に照らしても，甲６にオルニチンの生成が記載されているに等しいとはいえない。
イオルニチンの蓄積量について
甲７の文献で用いられているＥ．ｌｅｎｔｕｍは，甲６で用いられているｄｏ０３株とは異なる菌であるが，なぜｄｏ０３株を用いる甲６においてもオルニチンが蓄積されるといえるのか不明であり，原告らは具体的な説明ができていない。甲６の共同執筆者であるＡ教授自身，オルニチンの生成に関して「その際，蓄積される量はわかりませんが」（甲４８），「オルニチンの生成量が必ずしも安定しない傾向があります」（甲６１）と述べているから，甲６では，少なくとも発酵物にオルニチンが蓄積されているかどうかは不明であり，甲６において，一定量のオルニチンを含有する発酵物が得られることまで認識されていたということはできない。甲６の共同執筆者であるＥ教授の意見書（乙３）によると，甲６におけるアルギニンの添加は，エクオール産生微生物の生育のためにすぎず，甲６の研究時点において，研究当事者の間でもオルニチンの生成については何ら関心が持たれておらず，甲６の実験系においてオルニチンが生成・蓄積したことを認識していなかったのであるから，当該文献を見た他の当事者がそのような認識・理解をする可能性は極めて少ない。
ウ原告再現実験について
原告再現実験は，①ダイゼインの供給源が同一のものであるかどうかが，甲６６のメールを考慮しても不明であること，②フジフラボンＰ１０が原告再現実験では用いられていないこと，③振とうの有無に違いがあること，④得られた実験結果について，甲６のＴＡＢＬＥ１によると，アルギニンを培地に添加することによりエクオールの生成量を約４倍に増加する結果となっているのに対し，甲１１の再現実験では，培地へのアルギニンの無添加及び添加のいずれの場合もエクオール濃度は３９．６ｍｇ／Ｌであり，アルギニンの添加にかかわらず，ほぼ等量のエクオールが生成する結果となっており（甲１１の表１），両者の結果は明らかに乖離していることからすると，甲６の再現実験とはいえないものである。甲６７の再現実験も，甲６のＴＡＢＬＥ１によると，アルギニンを培地に添加することによりエクオールの生成量は約４倍に増加する結果となっているのに対し，甲６７の再現実験では１．５倍程度の増加にすぎないから，甲６の再現実験とはいえないものであるし，甲１１の実験結果と甲６７の実験結果は整合しない。本件優先日時点における公知技術には，オルニチンが乳酸菌等のオルニチン脱炭酸能により分解されるというものもあること（甲３３［梅津雅裕ほか「硝酸還元菌および清酒乳酸菌によるアミン類の生成」醗酵工学５５巻２号６８頁～７４頁，昭和５２年］，甲３４［藤原伸介「天然に存在するポリアミンとその機能－植物・微生物を中心にして－」土と微生物３８号４５頁～６０頁，平成３年］）からすると，仮に，甲６の培養系において一時的にオルニチンが生成したとしても，発酵により分解され，「オルニチン及びエクオールを含有する発酵物」が生成していない可能性があると理解することが，当業者の常識である。甲１１の再現実験の結果についても，培地に添加されたアルギニンの初期量のうち，培養後に産生されたオルニチンと残存するアルギニンに相当する量は，約６７％にすぎないと算出され，培地にアルギニンを添加したとしても，最終産物に一定量以上のオルニチンが残存するとは必ずしもいえない。
エ以上からすると，甲６に，オルニチンが産生したこと及びその生成量が記載されているに等しいということはできず，審決の相違点の認定に誤りはない。
(2)容易想到性の判断の誤りの主張に対して
ア本件訂正発明についての動機付けがないこと及び本件訂正発明が顕著な
効果を有すること


本件訂正発明により製造される発酵物は，エクオール及びオルニチンのいずれも含有することにより，エクオールにより更年期女性のホルモンバランス異常による肝機能の低下を改善し，かつ，オルニチンにより肝機能を改善することで，脂質代謝異常をも改善し，同時に複数の側面から，更年期の女性の疲労感の改善効果を訴求できるという顕著な効果を有するものである（乙７，８）。これに対して，甲６発明は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することを主眼とするものであって，エクオールと共にオルニチンを含有する発酵物を得ることを課題とするものではない。そして，甲６には，オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物を用いてエクオールとオルニチンを含有する発酵物を得るという具体的な技術的思想は開示されておらず，エクオールを含む発酵物を機能性食品素材の用途に用いることは何ら想定されていないし，オルニチン自体に関する記載は一切されていない。また，原告がアルギニンジヒドロラーゼ経路が技術常識であった根拠とする甲７～１０にも，オルニチンが「優れた生理活性を示す成分」であることは何ら言及されていないし，エクオールとともにオルニチンを発酵により得ることについても何ら積極的な動機付けは開示されていない。さらに，甲６には，上記のような本件訂正発明の顕著な効果についても開示や示唆はない。したがって，本件訂正発明についての積極的な動機付けは存在しない。原告らの挙げた証拠（甲５３，５６）のうち，甲５６は，エクオールとオルニチンを組み合わせた食品に関するものではなく，少なくともエクオールという成分にオルニチンを組み合わせるという技術的思想を提供しているものではないし，甲５３には，当該食品が大豆イソフラボンを含有することは明示されていない。したがって，このような例だけをもって，エクオールとオルニチンを組み合わせることが食品関係の技術分野の当業者にとってごく自然なことということはできない。
イオルニチンの数値範囲について
オルニチンの生成量について，機能性表示食品におけるオルニチン含有量約４００ｍｇ（乙９の１・２）は，機能性表示を行う際の届出において睡眠障害という疾病の改善効果が統計的に認められる量として示されているものであるし，甲６４，７３で言及されているオルニチン量も同様である。
疾病を改善する目的ではなく，罹患前から継続的にオルニチンを摂取して，健康を維持する目的の場合には，上記の数値よりはるかに少ない量（オルニチンを多く含むとされている食品に含まれるオルニチン量）で健康上の効果を訴求できる。実際，酵素活性は食品から摂取できるオルニチン量（１０ｍｇ程度）でも効果が期待される（乙８，１６）。また，本件訂正発明のオルニチンの下限量は，オルニチンを多く含む食品のオルニチン含有量より多い。本件訂正発明の発酵物は健康食品として利用可能であるところ，健康効果が訴求できるか否かが問題となり得るとしても，医薬品のように疾病治療や症状改善を示すほどのオルニチン量を含有することを要しない。
したがって，本件訂正発明に規定されるオルニチンの下限量は，健康維持，疾病予防の効果を訴求するに足る有用性のある量であり，何ら効果が期待できるものではないとする原告らの主張は誤りである。
ウエクオール生成量の範囲について
甲６は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することを主眼とするものであって，発酵物を食品素材として用いることは何ら想定されていないから，甲６発明においてエクオール生成量を「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」の範囲内となるように，原料や発酵条件を設定する動機付けは存在しない。原告らは，甲１７の実験結果によると，甲６の実験条件から，ダイゼイン濃度を増加させることで「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」のエクオールが生成することを主張するが，甲１７の発酵条件は，甲６の実験とは同一ではなく，甲６の再現実験とはいえないから，原告らの主張は失当である。甲１９には，本件訂正発明で規定された量の２０分の１～５０分の１に当たる「１ｇ当たり０．０２～０．０５ｍｇ」（２～５ｍｇ／１００ｇ）程度の少量で十分であると記載されており，本件訂正発明の「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１ｍｇ以上」という量まで増加させることは何ら示唆されておらず，甲１９を参照したとしても，甲６発明においてエクオールの生成量を高めることの動機付けとはなり得ず，むしろ阻害要因があるといえる。
エその他の相違点について
本件訂正発明と甲６発明については，本件訂正発明に規定される「発酵物が粉末状」であること及び発酵物の用途が「食品素材として用いられるもの」であることも，相違点として認定されるべきである。
甲６は，学術的な観点からエクオールの産生機構を解明することを主眼とするものであって，本件訂正発明のように，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物を食品素材として用いることも，その際に好適な粉末状とすることも何ら想定されておらず，粉末状とすることについて開示や示唆もなく，甲６発明の発酵物において，本件訂正発明の上記構成を採用する動機付けは存在しない。このことは，甲６で用いられているグラム陽性菌ｄｏ０３株がラット由来のものであることからも示唆される。
第５当裁判所の判断
１本件訂正発明について
(1)本件明細書（甲２０）の記載
【技術分野】
【０００１】
本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物から有用成分が抽出されたエクオール含有抽出物，及びその製造方法に関する。また，本発明は，エクオール含有物から高純度のエクオールを効率的に精製する方法に関する。更に，本発明は，エクオール含有食品素材，及びエクオール含有食品に関する。
【背景技術】
【０００２】
大豆中に含まれるイソフラボン（大豆イソフラボン；ダイゼイン，ゲニステイン，グリシテイン）はエストラジオールと構造が類似しており，エストロゲンレセプター（以下，ERと表記する）への結合に伴う抗エストロゲン作用及びエストロゲン様作用を有している。これまでの大豆イソフラボンの疫学研究や介入研究からは，抗エストロゲン作用による乳癌，前立腺癌等のホルモン依存性の癌の予防効果や，エストロゲン様作用による更年期障害，閉経後の骨粗鬆症，高脂血症の改善効果が示唆されている。
【０００３】
近年，これら大豆イソフラボンの生理作用の活性本体がダイゼインの代謝物のエクオールである可能性が指摘されている。即ち，エクオールは大豆イソフラボンと比較してERとの結合能（特に，Eβとの結合）が強く，乳房や前立腺組織などの標的臓器への移行性が顕著に高いことが報告されている（・・・）。また，患者－対照研究では，乳癌，前立腺癌患者でエクオール産生者が有意に少ないことが報告され，閉経後の骨密度，脂質代謝に対する大豆イソフラボンの改善効果をエクオール産生者と非産生者に分けて解析するとエクオール産生者で有意に改善されたことも報告されている。
【０００４】


エクオールは，ダイゼインより腸内細菌の代謝を経て産生されるが，エクオール産生能には個人差があり，日本人のエクオール産生者の割合は，約５０％と報告されている。・・・従って，エクオール非産生者に，エクオールの作用に基づく有用生理効果を発現させるには，エクオール自体を摂取させることが有効であると考えられる。
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
これまでに，本発明者等は，エクオールを含有する食品素材として，大豆胚軸をエクオール産生微生物で発酵させることにより得られる大豆胚軸発酵物を見出した。当該大豆胚軸発酵物には，エクオールのみならず，イソフラボンやサポニン等の大豆由来の有用成分を含み，これによって有用生理効果を発現できるので，機能性素材として有用であることが明らかにされている。更に，当該大豆胚軸発酵物は，大豆胚軸由来のアレルゲンが低減されており，低アレルゲン素材としても有用であることが確認されている。・・・
【０００７】
一方，大豆胚軸発酵物中のエクオールの含有量は，製造に使用した大豆胚軸の種類，エクオール産生微生物の種類等によって異なるが，１重量％程度であることが多い。そこで，エクオール含有割合をより高めた素材が提供できれば，食品形態の多様化等に対応でき，様々なタイプのエクオール含有食品を容易に提供することが可能になる。・・・
【０００８】
・・・発酵法によって得られるエクオール含有物には，エクオール以外の代謝産物も含まれ，更には原料由来の多種の成分も残存する。またアレルゲンとなり得る物質が混在している場合もある。･･･
【００１０】・・・また，本発明は，エクオール含有物から高純度のエクオールを効率的に精製する方法を提供すること・・・エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含み，その風味が改善されている食品素材を提供すること・・・エクオール含有大豆胚軸発酵物を含み，良好な風味を呈する食品（特に，焼き菓子）を提供すること・・・エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品を提供することを目的とする。
【発明の効果】
【００２３】
本発明のエクオール含有抽出物の製造方法によれば，エクオール含有大豆胚軸発酵物から，エクオールを含む有用成分を効率的に抽出して，機能性食品素材として有用なエクオール含有抽出物を製造することができる。また，エクオール含有大豆胚軸発酵物に対して，エタノール水溶液を用いた抽出処理及びエタノールを用いた抽出処理を順次実施することによって，エクオール及びグリシテインを高濃度で含みながら，不快味の原因となるサポニンが低減されているエクオール含有抽出物が得られる。従って，当該エクオール含有抽出物には，呈味に悪影響を及ぼすことなく，食品に配合できるという利点がある。
【００２４】
また，本発明の精製方法によれば，エクオール含有物から，簡便且つ効率的に高純度のエクオールを得ることが可能になる。特に，本発明の精製方法は，エクオール含有物に，エクオールと構造が類似するイソフラボンが混在していても，これらのイソフラボンを除去して，エクオールを高純度に精製することができる。それ故，本発明の精製方法は，イソフラボンを多く含むエクオール含有発酵物から，エクオールを精製するために好適に使用できる。
【００２５】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵又はその抽出物がカカオマスに分散されてなる本発明の食品素材は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含みながら，苦味が抑制されており，良好な風味を有している。・・・
【００２６】
そして更に，本発明の各種形態の食品によれば，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物に基づく有用生理作用を享受することができる。
【発明を実施するための形態】
【００３０】
エクオール含有大豆胚軸発酵物とは，エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られる大豆胚軸発酵物である。
【００３１】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造に使用されるエクオール産生微生物としては，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物が使用される。・・・
【００３２】
上記エクオール産生微生物としては，食品衛生上許容され，上記能力を有する限り特に制限されず，従来公知のもの，或いは通常の方法でスクリーニングしたものを使用できる。例えば，ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcusgarvieae）等のラクトコッカス属に属する微生物；ストレプトコッカス・インターメディアス（Streptococcus    intermedius），ストレプトコッカス・コンステラータス（Streptococcusconstellatus）等のストレプトコッカス属に属する微生物；バクテロイデス・オバタス（Bacteroidesovatus）等のバクテロイデス属に属する微生物の中にエクオール産生能を有する微生物が存在していることが分かっている。エクオール産生微生物の中で，好ましくは，ラクトコッカス属，及びストレプトコッカス属等の乳酸菌であり，更に好ましくはラクトコッカス属に属する乳酸菌であり，特に好ましくはラクトコッカス・ガルビエが挙げられる。エクオール産生微生物は，例えば，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離することができる。上記エクオール産生微生物については，本発明者等により，ヒト糞便から単離同定された菌，即ち，ラクトコッカス20-92（FERMBP-10036号），ストレプトコッカスE-23-17（FERMBP-6436号），ストレプトコッカスA6G225（FERM    BP-6437号），及びバクテロイデスE-23-15（FERMBP-6435号）が寄託されており，本発明ではこれらの寄託菌を使用できる。これらの寄託菌の中でも，ラクトコッカス20-92が好適に使用される。
【００３４】
大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。
【００３６】


また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。・・・なお，オルニチン・エクオール産生微生物としては，エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法により得ることができる。オルニチン・エクオール産生微生物は，例えばラクトコッカス・ガルビエから選択することができ，その具体例としてラクトコッカス20-92（FERMBP-10036号）が挙げられる。
【００３８】
また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエクオール含量をより高めることが可能になり，その有用性を一層向上させることができる。
【００３９】
大豆胚軸の発酵は，使用するエクオール産生微生物の生育特性に応じた環境条件下で実施される。例えば，上記で具体的に列挙したエクオール産生微生物を使用する場合であれば，大豆胚軸の発酵は嫌気性条件下で行われる。
【００４０】
また，発酵温度としては，エクオール産生微生物の生育に好適な条件であればよく，例えば，２０～４０℃，好ましくは３５～４０℃，更に好ましくは３６～３８℃が挙げられる。
【００４１】
発酵時間については，エクオールの生成量，ダイゼイン類の残存量，エクオール産生微生物の種類等に応じて適宜設定できるが，通常１～１０日間，好ましくは２～７日間，更に好ましくは３～５日間とすることができる。
【００４２】
・・・大豆胚軸発酵物中のエクオール含量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。
【００４９】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵物には，大豆胚軸に由来するサポニンをも有している。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のサポニンは，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，サポニンが１０～８０ｍｇ，好ましくは２０～５０ｍｇ，更に好ましくは３０～４０ｍｇ含まれている。
【００５０】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアルギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。
【００５１】
上記の条件で発酵処理されて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵後の状態のまま，本発明の製造方法に供してもよいが，必要に応じて乾燥処理に供して乾燥固形物状にして本発明の製造方法に供することもできる。
【００８９】
エクオール含有物
本発明の精製方法において，精製処理に供されるエクオール含有物は，エクオールを含有する限り，特に制限されるものではなく，化学合成法によってエクオールが合成された反応産物であっても，また発酵法によってエクオールが産生された発酵物であってもよい。・・・本発明の精製方法に供されるエクオール含有物の好ましい一例として，エクオールを含有する発酵物が挙げられる。
【００９０】
以下，エクオールを含有する発酵物について説明する。
【００９１】
エクオールを含む発酵物は，エクオール産生微生物を用いて公知の方法に従って発酵することにより製造される。具体的には，エクオール産生微生物を，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物を，該ダイゼイン類を含む発酵原料（発酵に供される原料）に接種し，該微生物の生育環境下で発酵（培養）させることにより，エクオールを含む発酵物を得ることができる。
【００９３】
また，ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではないが，安全性の観点から，食品素材としても利用可能なものが好適である。ダイゼイン類を含む発酵原料としては，具体的には，大豆，大豆胚軸，大豆胚軸の抽出物，豆腐，油揚げ，豆乳，納豆，醤油，味噌，テンペ，レッドクローブ又はその抽出物，アルファルファ又はその抽出物等が挙げられる。これらの中でも，大豆胚軸は，ダイゼイン類を豊富に含んでいるので，ダイゼイン類を含む発酵原料として好ましい。
【００９４】
また，ダイゼイン類を含む発酵原料には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別途添加しておくことにより，得られる発酵物中のエクオール含量をより高めることが可能になる。
【００９５】
更に，ダイゼイン類を含む発酵原料には，必要に応じて，発酵効率の促進等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。
【００９６】
エクオールを含む発酵物の製造において，発酵原料の水分量，醗酵時間，発酵温度，発酵雰囲気等の発酵条件については，エクオール産生微生物の種類，発酵原料の種類，エクオールの産生量，ダイゼイン類の残存量等に応じて適宜設定すればよい。
【００９７】
本発明の精製方法において使用されるエクオール含有物としては・・・エクオール含有大豆胚軸発酵物が好適である。
【０１４２】
３．食品素材
更に，本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物が，カカオマスに分散されている食品素材を提供する。以下，本発明の食品素材について，含有成分等に分けて説明する。
【０１４４】


エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵後の状態のまま，本発明の食品素材に使用してもよく，また，必要に応じて乾燥処理に供して乾燥固形物状にして本発明の食品素材に使用することもできる。・・・また，加熱乾燥処理されたエクオール含有大豆胚軸発酵物は，必要に応じて粉末化処理に供して，粉末状にしてもよい。
【０１５４】
食品素材の形状
本発明の食品素材の形状については，特に制限されず，粉末状，粒状，チップ状，プレート状等のいずれであってもよく，使用される食品の種類に応じて適宜設定される。食品中で本発明の食品素材の食感を活かすという観点からは，好ましくは粒状又はチップ状であり，特に好ましくは１粒又は１チップ当たり30～1000ｍｇ程度の粒状又はチップ状である。
【０１５６】
本発明の食品素材は，必要に応じて，破砕，粉砕，整粒等の処理に供して，所望の形状に成形される。また，本発明の食品素材は，製造時に押出造粒により成形することもできる。
【０１５７】
上記食品素材の用途
本発明の上記食品素材は，エクオール含有食品の製造原料，或いは食品添加剤として使用され，様々な食品に配合される。即ち，本発明は，更に，上記食品素材を含有するエクオール含有食品を提供する。
【０１６２】
当該エクオール含有食品に含まれる本発明の食品素材の配合割合については，特に制限されず，本発明の食品素材中のエクオール含量，当該エクオール含有食品の形態等に応じて適宜設定される。一例として，当該エクオール含有食品の原料の総量当たり，本発明の食品素材が3～30重量％，好ましくは5～20重量％，更に好ましくは5～8重量％となる割合が例示される。また，当該エクオール含有食品に含まれるエクオールの割合としては，当該エクオール含有食品の原料の総量当たり，エクオールが0.002～0.1重量％，好ましくは0.004～0.05重量％，更に好ましくは0.005～0.03重量％となる範囲が例示される。このような割合で，本発明の食品素材を含有することにより，エクオール含有食品の良好な風味を保持しながら，エクオール含有大豆胚軸発酵物に基づく有用生理活性を有効に享受させることができる。
【０１６３】
当該エクオール含有食品は，本発明の食品素材と共に，該食品の他の原料を所定量混合し，該食品の種類に応じて，成形，焼成，冷却等の工程に適宜供することによって製造される。
【０１６４】
当該エクオール含有食品は，エクオール含有大豆胚軸発酵物を含み，エクオールを初めとして，種々の有用生理活性物質を含有しているので様々な生理活性や薬理活性を発現することができる。それ故，当該エクオール含有食品は，一般の食品の他，特定保健用食品，栄養補助食品，機能性食品，病者用食品等として使用できる。特に，本発明の大豆胚軸発酵物を含有する食品は，栄養補助食品として栄養補助食品として有用である。
【０１６５】
例えば，当該エクオール含有食品は，更年期障害，骨粗鬆症，前立腺肥大，メタボリックシンドローム等の疾患や症状の予防乃至改善，血中コレステロール値の低減，美白，にきびの改善，整腸，肥満改善，利尿等に有用である。中でも，当該エクオール含有食品は，特に，中高年女性における不定愁訴乃至閉経に伴う症状（例えば，骨粗鬆症，更年期障害等）の予防乃至改善に有用である。
【実施例】
【０２２１】
以下に，参考例，実施例等に基づいて本発明を詳細に説明するが，本発明はこれらによって限定されるものではない。
【０２２２】
参考例1-1～1-3エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造表１に示す組成となるように，粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して，大豆胚軸溶液（原料）を調製した。この大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０２２３】
表１に，培養９６時間後の培養液における生菌数及びｐＨ，粉末状の大豆胚軸発酵物の取得量，及び粉末状の大豆胚軸発酵物中のエクオール濃度を示す。・・・
【０２２４】
【０２２５】
参考例1-4エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０２２６】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３に示す。この結果からも，ラクトコッカス20‑92株によって大豆胚軸を発酵させることにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認された。また，ラフィノースやスタキオース等のオリゴ糖は，発酵前後でその含量が同程度であり，発酵による影響を殆ど受けないことが明らかとなった。一方，アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。
【０２２７】
【０２２８】
【０２２９】
参考例1-5～1-11エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造上記参考例1-3とは異なる７種のロットの粉末状大豆胚軸を使用すること以外は，上記参考例1-3と同様の条件で，粉末状の大豆胚軸発酵物（参考例1-5～1‐11）を製造した。
(2)本件訂正発明の概要


本件訂正発明は，オルニチン及び更年期障害等の改善効果が示唆されるエクオールを含有する食品素材として用いられる粉末状の発酵物の製造方法に関するものである（【請求項１】，段落【０００２】，【０００３】）。本件訂正発明は，アルギニンを添加したダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を含むものを発酵原料とし，それをオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することにより，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを含有する，食品素材として用いられる粉末状の発酵物を製造するというものである（【請求項１】，段落【０００１】，【００３６】，【００４２】，【００５０】，【００９１】～【００９６】，【０２２２】～【０２２７】，【０２２９】）。
本件訂正発明により製造された発酵物を食品素材に用いたエクオール及びオルニチンを含有する食品は，エクオールによる中高年女性における不定愁訴や閉経に伴う症状（骨粗鬆症，更年期障害等）の予防又は改善をはじめとした様々な生理活性や薬理活性を発現し，一般の食品の他，特定保健用食品，栄養補助食品，機能性食品，病者用食品等として使用できるものである（段落【０１４４】，【０１５７】，【０１６２】～【０１６５】）。
２取消事由１（訂正要件の認定及び判断の誤り）について
(1)訂正事項１について
ア訂正事項１は，訂正前の請求項１に記載されていた「少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料を」を「少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること，及び，前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料を」に訂正するものであり，「少なくとも１種のダイゼイン類，並びに，アルギニンを含む発酵原料」について，「ダイゼイン類にアルギニンを添加する」という限定を加えるものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的としたものである。
イ次に，訂正事項１が新規事項の追加に当たるかについて検討する。本件明細書の【００３６】，【００５０】，【０２２２】，【０２２６】等には，「大豆胚軸」にアルギニンを添加することが記載されている。この点，本件明細書の段落【００９３】には，「ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではない」として，「大豆，大豆胚軸，大豆胚軸の抽出物，豆腐，油揚げ，豆乳，納豆，醤油，味噌，テンペ，レッドクローブ又はその抽出物，アルファルファ又はその抽出物等」が発酵原料として使用可能であることが記載されていることからすると，本件明細書の段落【００３６】，【００５０】，【０２２２】，【０２２６】等に記載された「大豆胚軸」は，「ダイゼイン類を含む発酵原料」の一例として記載されたものと認められる。また，本件明細書の段落【００３１】では，用いられる微生物は，「大豆胚軸」には当初成分として含まれないジヒドロダイゼインを含む「ダイゼイン類」を資化して，エクオールを産生するものであることが記載されている。そして，本件明細書の段落【０２２５】～【０２２８】では，ラクトコッカス２０－９２株を用いて，「大豆胚軸」にアルギニンを添加したものを発酵原料とした場合に，「大豆胚軸」に含まれる本件特許の【請求項１】にいう「ダイゼイン類」であるダイジン，マロニルダイジン及びアセチルダイジンが，ラクトコッカス２０－９２株により資化されてエクオールが生成されるとともに，アルギニンがオルニチンに変換されたことが記載されている。
さらに，後述するとおり，本件原出願日当時，ダイジンからエクオールが生成される過程は，当業者の間で技術常識となっていて，ダイジン，ダイゼイン，ジヒドロダイゼインといった「ダイゼイン類」を発酵原料として，エクオールを生成することもまた技術常識となっていたから，本件明細書の上記各記載に接した当業者は，用いる微生物の種類によっては，「大豆胚軸」には含まれないジヒドロダイゼインからでもエクオールを生成できるし，本件明細書中にある「大豆胚軸」についても，実質的には「大豆胚軸」中の「ダイゼイン類」が微生物により資化されてエクオールが生成していると理解すると認められる。
以上からすると，本件明細書には，発酵原料として「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」を用い，そこにアルギニンを添加することが記載されているか，実質的に記載されているに等しいといえ，訂正事項１は，本件明細書に記載された事項の範囲内のものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。ウ原告らは，①本件明細書に開示されているのは「大豆胚軸」にアルギニンを添加して発酵を行うことだけであるし，本件明細書の実施例にある「大豆胚軸」に含まれないジヒドロダイゼインにアルギニンを添加することは本件明細書に記載されていない，②「大豆胚軸」が「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，およびジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の一例である，とする被告の主張は，ある原料から抽出した特定成分の一例が抽出前の原料そのものであると主張しているものであって，論理矛盾であると主張する。しかし，前記イで検討したとおり，本件明細書にはジヒドロダイゼインを含む「ダイゼイン類」にアルギニンを添加することが記載されているか，実質的に記載されているに等しいから，上記①は採用できない。
また，上記②について，前記第４（被告の主張）１(1)アのとおり，被告は，正確には，「『大豆胚軸』は，あくまで『少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料』の代表的な例として記載されている」と主張しているのであり，「大豆胚軸」が「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，およびジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」の一例であるとは主張していないから，原告らの主張は，その前提を欠くものである。また，本件明細書の段落【００９３】から被告の上記主張が是認できることは，前記イのとおりである。
(2)訂正事項２について
ア訂正事項２は，発酵物が粉末状であることを特定するものであり，訂正前の請求項１で製造された発酵物の性状を限定するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的としたものである。


イ本件明細書の段落【０１４４】，【０１５６】，【０２２２】，【０２２５】，【０２２９】には，「大豆胚軸」を発酵原料として生成されるエクオール含有大豆胚軸発酵物を粉末状にすることが記載されている。そして，前記(1)イで検討したとおり，本件明細書には，「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることが，記載されているか，実質的に記載されているに等しいといえるのであり，上記各段落では，「大豆胚軸」を用いた場合に生成される「エクオール含有大豆胚軸発酵物」が，「ダイゼイン類を含む発酵原料」を用いた場合に生成される「エクオールを含有する発酵物」の一例として記載されているものと解される。したがって，発酵物を粉末状に特定することの追加は，本件明細書に記載された事項の範囲内で行われたものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。
(3)訂正事項３について
ア訂正事項３は，訂正前の請求項１に係る発明における，発酵処理について，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを生成し，」と特定するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
イ本件明細書には，「大豆胚軸発酵物中のエクオール含有量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。」（段落【００４２】），「エクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。」（段落【００５０】）と記載されており，訂正事項３は，エクオール及びオルニチンの含有量を，本件明細書中に例示された「１～２０ｍｇ」，「８～１５ｍｇ」のうちの下限値により特定したものである。また，前記(1)イで検討したとおり，本件明細書には，「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることが，記載されているか，実質的に記載されているに等しいといえるのであり，上記段落【００４２】，【００５０】は，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のエクオール及びオルニチンの含有量について記載したものであると解され，訂正事項３は，本件明細書に記載された事項の範囲内のものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。ウ原告らは，①本件明細書には，「大豆胚軸」以外を発酵原料とした場合に１ｍｇ以上に該当する量のエクオール又は８ｍｇ以上に該当する量のオルニチンを生成することの記載がなく，実際に，原告実験の結果からすると，水と「ダイゼイン類」及びアルギニンだけでは発酵が進まずエクオールが生成されなかった（甲４６），②本件明細書には，１ｍｇ以上又は８ｍｇ以上であれば，どのような値であってもよいことの開示がない，③本件訂正発明において生成するオルニチンは，添加されたアルギニンから生成するもののみに限られるところ，本件明細書には，添加されたアルギニンから，８ｍｇ以上のオルニチンが生成した旨の記載はないと主張する。
(ｱ)上記①について
前記イのとおり，本件明細書の段落【００４２】，【００５０】は，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のエクオール及びオルニチンの含有量が記載されており，訂正事項３は，エクオール及びオルニチンの含有量を，上記各段落に表れた下限値をもって特定したものであるから，訂正事項３は，本件明細書に記載された事項の範囲内でされたものというべきである。なお，原告実験の結果（甲４６）は，訂正事項３が新規事項の追加に当たるかということとは無関係なものといえる。
(ｲ)上記②について
a   本件明細書の段落【００４２】の「大豆胚軸発酵物中のエクオール含量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常・・・エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。」との記載や本件明細書の段落【００５０】の「具体的には，・・・エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。」との記載からすると，上記段落【００４２】，【００５０】は，エクオール及びオルニチンの含有量の上限が同各段落に記載されたものに限られることを述べたものではないといえ，当業者が「ダイゼイン類」やアルギニンを適宜追加したり，発酵条件を調整したりするなどして，より多量のエクオール及びオルニチンが得ることを否定する趣旨のものではないというべきである。したがって，エクオール及びオルニチンの含有量の上限が特許請求の範囲で定められていないことは，本件明細書に記載された事項の範囲内のものであるといえる。
ｂ本件明細書には１００ｍｇのオルニチンを得る実施例が記載されていないとしても，本件明細書の記載が上記ａのようなものである以上，前記イの判断は左右されない。
(ｳ)上記③について
本件特許の【請求項１】では，最終的に発酵物中に存在するオルニチンが何に由来するのかについては，何の限定も付されていないのであり，本件訂正発明において生成するオルニチンが，添加されたアルギニンから生成するもののみに限られるとする原告らの主張は採用することができないから，上記③の原告の主張は，その前提を欠くものである。そして，本件訂正発明のオルニチンの含有量が本件明細書に記載された事項の範囲内のものであることは，前記イのとおりである。
(4)訂正事項４について
ア訂正事項４は，訂正前の請求項１において，製造される発酵物の用途を食品素材に特定するものであるから，特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。


イ本件明細書の段落【０１４４】等には「エクオール含有大豆胚軸発酵物」を食品素材として使用することが記載されているところ，前記(3)イで検討したところと同様に，上記「エクオール含有大豆胚軸発酵物」は，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合の「エクオールを含有する発酵物」の例として記載されていたものと解することができるから，発酵物の用途を食品素材に特定することの追加は，本件明細書に記載された事項の範囲内において行われたものであって，新規事項の追加に当たらないというべきである。ウ原告らは，「ダイゼイン類」の発酵物と，「大豆胚軸発酵物の発酵後の状態」のものとは，含まれる成分が全く異なるから，本件明細書の段落【０１４４】の記載は，「ダイゼイン類」を食品に使用することを記載したものとはいえないと主張する。
しかし，既に判示したとおり，本件明細書において，「大豆胚軸」は，「ダイゼイン類を含む原料」の一例であり，それを発酵させた「エクオール含有大豆胚軸発酵物」は，「エクオールを含有する発酵物」の一例といえるから，原告らの主張する点をもって，訂正事項４が新規事項の追加に当たるということはできない。また，本件明細書の段落【００９３】に掲げられている「ダイゼイン類を含む原料」である各種食品を発酵させたものが，食品用途に適さないものであると当業者が認識するとは考え難く，このことからしても，成分の相違から新規事項の追加に該当するというものではないことは明らかである。
(5)小括
以上からすると，原告らが主張する取消事由１は理由がない。３取消事由２（優先権主張についての認定及び判断の誤り）について
(1)基礎出願の記載事項等
ア基礎出願Ａ（甲２の１）
【発明の名称】エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む食品【請求項１】エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含有する，飲料。
【請求項３】
エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含有する，クリーム状食品。
【技術分野】
【０００１】
本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品に関する。
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
これまでに，本発明者等は，エクオールを含有する食品素材として，大豆胚軸をエクオール産生微生物で発酵させることにより得られる大豆胚軸発酵物を見出した。当該大豆胚軸発酵物には，エクオールのみならず，イソフラボンやサポニン等の大豆由来の有用成分を含み，これによって有用生理効果を発現できるので，機能性素材として有用であることが明らかにされている。更に，当該大豆胚軸発酵物は，大豆胚軸由来のアレルゲンが低減されており，低アレルゲン素材としても有用であることが確認されている。・・・
【０００６】
更に，上記大豆胚軸発酵物からエクオールを含む有用成分を溶媒抽出することにより得られる抽出物についても，機能性食品素材として有用であることが分かっている。
【０００７】
そこで，本発明の目的は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品を提供することである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１２】
エクオール含有大豆胚軸発酵物
本発明の食品素材に用いられるエクオール含有大豆胚軸発酵物とは，エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られる大豆胚軸発酵物である。
【００１３】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造は，エクオール産生微生物としては，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物が使用される。ここで，ダイゼイン配糖体としては，具体的には，ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン等が挙げられる。
【００１４】
上記エクオール産生微生物としては，食品衛生上許容され，上記能力を有する限り特に制限されない。例えば，ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcusgarvieae）等のラクトコッカス属に属する微生物；ストレプトコッカス・インターメディアス（Streptococcus    intermedius），   ストレプトコッカス・コンステラータス（Streptococcusconstellatus）等のストレプトコッカス属に属する微生物；バクテロイデス・オバタス（Bacteroidesovatus）等のバクテロイデス属に属する微生物の中に上記能力を有する微生物が存在していることが分かっている。エクオール産生微生物の中で，好ましくは，ラクトコッカス属，及びストレプトコッカス属等の乳酸菌であり，更に好ましくはラクトコッカス属に属する乳酸菌であり，特に好ましくはラクトコッカス・ガルビエが挙げられる。エクオール産生微生物は，例えば，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離することができる。上記エクオール産生微生物については，本発明者等により，ヒト糞便から単離同定された菌，即ち，ラクトコッカス20-92（FERMBP-10036号），ストレプトコッカスE-23-17（FERMBP-6436号），ストレプトコッカスA6G225（FERM   BP-6437号），及びバクテロイデスE-23-15（FERMBP-6435号）が寄託されており，本発明ではこれらの寄託菌を使用できる。これらの寄託菌の中でも，ラクトコッカス20-92が好適に使用される。
【００１５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵原料として大豆胚軸を用いて製造される。大豆胚軸とは，大豆の発芽時に幼芽，幼根となる部分であり，ダイゼイン配糖体やダイゼイン等のダイゼイン類が多く含まれていることが知られている。本発明に使用される大豆胚軸は，含有されているダイゼイン類が著しく損失されていないことを限度として，大豆の産地や加工の有無については制限されない。例えば，生の状態のもの；加熱処理，乾燥処理，蒸煮処理等に供された大豆から分離したもの；未加工の大豆から分離した胚軸を加熱処理，乾燥処理又は蒸煮処理等に供したもの等のいずれであってもよい。また，使用される大豆胚軸は，脱脂処理や脱タンパク処理に供したものであってもよい。また，使用される大豆胚軸の形状については，特に制限されるものではなく，粉末状であっても，粉砕又は破砕された粒状又は塊状であってもよい。より効率的にエクオールを生成させるという観点からは，粉末状の大豆胚軸を使用することが望ましい。
【００１６】
大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。
【００１７】


大豆胚軸に添加される水の量は，使用するエクオール産生微生物の種類や発酵槽の種類等によって応じて適宜設定される。通常，発酵開始時に，大豆胚軸と水が以下の割合で共存していればよい：大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，水が４００～４０００重量部，好ましくは５００～２０００重量部，更に好ましくは６００～１０００重量部。
【００１８】
また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量については，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．５～３重量部程度が例示される。なお，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するエクオール産生微生物としては，具体的には，ラクトコッカス・ガルビエから選択することができ，具体的には，ラクトコッカス20-92（FERMBP-10036号）が挙げられる。
【００１９】
更に，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）のｐＨについては，エクオール産生微生物が生育可能である限り特に制限されないが，エクオール産生微生物を良好に増殖させるという観点からは，発酵原料のｐＨを６～７程度，好ましくは６．３～６．８程度に調整しておくことが望ましい。
【００２０】
また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエクオール含量をより高めることが可能になり，その有用性を一層向上させることができる。
【００２５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物には，エクオール以外に，ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン，ダイゼイン，ジハイドロダイゼイン等のダイゼイン類（以下，これらの成分を「ダイゼイン類」と表記する）；ゲニスチン，マロニルゲニスチン，アセチルゲニスチン，ゲニステイン，ジハイドロゲニステイン等のゲニステイン類（以下，これらの成分を「ゲニステイン類」と表記する）等の各種イソフラボンも含まれており，これらのイソフラボンの有用生理活性をも発現することができる。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のイソフラボン（エクオールを含む）含有量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，イソフラボンが５～２０ｍｇ，好ましくは５～１５ｍｇ，更に好ましくは８～１５ｍｇ程度が例示される。
【００３１】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵物には，大豆胚軸に由来するサポニンをも有している。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のサポニンは，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，サポニンが１０～８０ｍｇ，好ましくは２０～５０ｍｇ，更に好ましくは３０～４０ｍｇ含まれている。
【００３２】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアルギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。
【０１００】
以下に，参考例，実施例等に基づいて本発明を詳細に説明するが，本発明はこれらによって限定されるものではない。
参考例１－１～１－３   エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造表１に示す組成となるように，粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して，大豆胚軸溶液（原料）を調製した。この大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０１０１】
表１に，培養９６時間後の培養液における生菌数及びｐＨ，粉末状の大豆胚軸発酵物の取得量，及び粉末状の大豆胚軸発酵物中のエクオール濃度を示す。この結果から，エクオール産生菌を用いて粉末状大豆胚軸を発酵させることにより，高効率でエクオールが生成されることが確認された。
【０１０２】
【０１０３】
参考例１－４エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０１０４】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３に示す。この結果からも，ラクトコッカス20-92株によって大豆胚軸を発酵させることにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認された・・・一方，アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。
【０１０５】
【表２】
【０１０６】
イ基礎出願Ｂ（甲２の２）
【発明の名称】エクオール含有食品素材，及びこれを用いた食品
【請求項１】


(A)エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物が(B)カカオマスに分散されてなる，食品素材。基礎出願Ｂの段落【００１５】～【００２０】，【００２７】，【００３３】，【００３４】，【００７０】～【００７７】には，前記基礎出願Ａの段落【００１３】～【００１８】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】～【０１０６】に対応する記載が存在している。
ウ基礎出願Ｃ（甲２の３）
【発明の名称】エクオール含有抽出物，及びその製造方法
【請求項１】
エクオール含有大豆胚軸発酵物を抽出溶媒としてエタノール水溶液を用いて抽出処理し，抽出液を回収する第１工程を含む，エクオール含有抽出物の製造方法基礎出願Ｃの段落【００１４】～【００２１】，【００２６】，【００３２】，【００３３】，【００５６】～【００５９】には，前記基礎出願Ａの段落【００１３】～【００２０】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】～【０１０２】に対応する記載が存在している。
エ本件原出願（甲３）において追加された記載
「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることを明示する本件明細書の段落【００９３】や「ダイゼイン類」に適宜の栄養成分を添加することを明示する本件明細書の段落【００９５】に相当する記載は，基礎出願には存在せず，本件原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落【００９１】，【００９３】）。
また，公知のスクリーニング方法に関する本件明細書の段落【００３２】に相当する記載及び段落【００３６】の「エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法」により「オルニチン・エクオール産生微生物」を得ることに係る記載についても，基礎出願には存在せず，本件原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落【００３０】，【００３４】）。
(2)検討
ア本件優先日当時の技術常識等
(ｱ)本件優先日当時，大豆胚軸中に含まれるダイジンからエクオールが生成される過程，すなわち，エクオール産生微生物（ダイジンから直接にエクオールを産生することができないものも含む。）の働きによって，ダイジンからダイゼイン，ジヒドロダイゼインを経るなどしてエクオールが生成されるということは，当業者の間で技術常識になっていた（甲６，４０，弁論の全趣旨）。(ｲ)甲１９には，基礎出願の実施例でも用いられているラクトコッカス２０－９２株を用い，本件訂正発明にいう「ダイゼイン類」又は「ダイゼイン類を含む原料」であるダイゼイン，水溶性大豆たんぱく，粗精製大豆イソフラボン末，豆乳を用いて，エクオールを生成する実施例が記載されており（甲１９の２１頁１１行目～２６頁２２行目），甲１９のこれらの記載に証拠（甲４，６）と弁論の全趣旨を総合すると，発酵原料について，本件訂正発明にいう物質自体としての「ダイゼイン類」又は「ダイゼイン類を含む原料（ただし，大豆胚軸は除く。）」を用い，エクオール産生微生物の維持，増殖に必要な栄養成分を含む培地などを用いて栄養成分を適宜補うことにより，エクオール産生微生物の代謝によって，エクオールを生成することも本件優先日当時の技術常識であったと認められる。(ｳ)本件優先日当時，特定の性質を有する微生物（菌）を，スクリーニングによって探索し，他の微生物から単離・同定するための一般的な手順は，技術常識であった（甲３６の１［福井三郎監修「バイオテクノロジーシリーズスクリーニング技術－微生物の潜在機能をさぐる」講談社，昭和６０年］，甲３６の２［新井守ほか「微生物のスクリーニング法Ｉ」化学と生物５巻５号２９４頁～３０３頁，昭和４２年］，乙１，２，弁論の全趣旨）。
(ｴ)エクオール産生微生物（菌）については，本件優先日当時までにヒトの糞便やラットの糞便（盲腸内容物）などからラクトコッカス２０－９２株，ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５株，ルミノコッカスＥ－２３－１５株，バクロイデスＥ－２３－１５株，ｄｏ０３株のようなエクオール産生微生物が複数単離・同定されていた（甲６，甲１８［国際公開第９９／０７３９２号］，甲１９，甲４０，４７，４８，乙１～３，弁論の全趣旨）。
イ優先権主張の可否について
前記(1)でみたように，基礎出願に明示的に発酵原料として記載されているのは「大豆胚軸」だけであり，「大豆胚軸」以外のものを発酵原料とできることを明示する記載が追加されたのは，本件原出願以降である。


しかし，基礎出願では，「ダイゼイン類」を資化してエクオールを産生する能力を有する微生物を使用するとされている上，基礎出願の実施例で使用されているラクトコッカス２０－９２株がそのような微生物の一例として記載されている（基礎出願Ａの段落【００１３】，【００１４】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，【００１６】，基礎出願Ｃの段落【００１４】，【００１５】）。また，基礎出願では，「当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造は，エクオール産生微生物としては，ダイゼイン配糖体，・・・ジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物が使用される。」として，「大豆胚軸」には含まれないジヒドロダイゼインを資化する微生物も使用可能であると記載されている（基礎出願Ａの段落【００１３】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，基礎出願Ｃの段落【００１４】）ところ，この記載を素直に解釈すると，Ｊｕｌｏｎｇ７３２株のように「大豆胚軸」には含まれないジヒドロダイゼインからエクオールを生成する能力しか有しない微生物（甲７７）も利用可能であるとの趣旨の記載であると解することができる。基礎出願では，「・・・大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，・・・栄養成分を添加してもよい。」と記載されており（基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎出願Ｂの段落【００２０】，基礎出願Ｃの段落【００１９】），基礎出願において，「水」と「アルギニン」以外の栄養成分を添加することは排除されていないといえるし，上記ア(ｲ)で認定した技術常識からすると，むしろ，当業者は，上記記載を手掛かりに，「水」と「アルギニン」以外に適宜の栄養成分を添加することで，「大豆胚軸」以外の発酵原料でもエクオール及びオルニチンの生成が可能であることを認識するといえる。
基礎出願では，「また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。」と記載されており（基礎出願Ａの段落【００２０】，基礎出願Ｂの段落【００２２】，基礎出願Ｃの段落【００２１】），「ダイゼイン類」を含むイソフラボンを発酵原料とすることが想定されているということができる。
前記(1)ア，イのとおり，基礎出願Ａ，Ｂに記載された実施例においては，「大豆胚軸」を発酵原料とした場合に，ラクトコッカス２０－９２株により，「大豆胚軸」に含まれるダイジンが代謝されてエクオールが生成するとともに，同株によりアルギニンがオルニチンに変換されることが，具体的な実験結果と共に記載されている（基礎出願Ａの段落【０１０３】～【０１０６】，基礎出願Ｂの段落【００７４】～【００７７】）。
そして，上記アのとおり，本件優先日当時，①ダイジンからエクオールが生成される過程及び②エクオール産生微生物を用い，本件訂正発明にいう「ダイゼイン類」や「ダイゼイン類を含む原料」に適宜の栄養成分を添加するなどしてエクオールを生成することは，いずれも技術常識になっていたのであるから，当業者は，基礎出願において，実質的に代謝されるのが「大豆胚軸」中のダイジンなど「ダイゼイン類」であり，かつ，「ダイゼイン類を含む原料」に適宜に必要に応じて，栄養成分を添加するなどして用いることができると認識するものと認められる。さらに，基礎出願中には，甲４発明の明細書の段落【０００７】のような，大豆胚軸抽出物のデメリットについての記載はない。
以上判示したところからすると，基礎出願Ａ，Ｂの上記記載に接した当業者は，それと上記アで認定した本件優先日当時の技術常識とを考え併せ，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とした場合でも，必要に応じて栄養成分を適宜添加するなどして，ラクトコッカス２０-９２株のようなエクオール及びオルニチンの産生能力を有する微生物によって，発酵原料中の「ダイゼイン類」がアルギニンと共に代謝されるようにすることにより，エクオールのみならずオルニチンについても生成することが可能であると認識することができたというべきである。そして，そのことに，前記(1)ア，イで認定した基礎出願Ａ，Ｂの記載を総合すると，本件訂正発明を基礎出願Ａ，Ｂから読み取ることができるものと認められる。したがって，本件訂正発明は，少なくとも基礎出願Ａ，Ｂに記載されていたか，記載されていたに等しい発明であると認められ，本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂに基づく優先権主張の効果を享受できるというべきである。ウ原告らは，①基礎出願に係る発明は，「大豆胚軸」，「水」及び「微生物」で発酵可能とすることに特徴がある発明であり，「大豆胚軸」以外のダイゼイン類からエクオールを産生するという技術思想は排除されている，②本件で優先権主張を認めるのは，第三者の明細書の開示に対する信頼を裏切るものであって，優先権の趣旨に反する，③「大豆胚軸」を発酵原料とすることと，「ダイゼイン類」を発酵原料とすることは技術的に異なり，現に原告実験（甲４６）では，エクオールは生じなかった，④基礎出願には「公知のスクリーニング方法」が記載されていないから，基礎出願に基づく優先権を主張できないし，仮に本件原出願の記載が追加されたことにより初めてサポート要件及び実施可能要件を満たすこととなる場合には新規事項の追加に当たると主張する。
(ｱ)上記①，②について
本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂに記載されていたか，記載されていたに等しいということができることは，前記イで判断したとおりであって，基礎出願が，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」や「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として，適宜の栄養成分を添加してエクオールを生成することを，積極的に排除しているとはいえない。


基礎出願の「大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。」，「大豆胚軸に添加される水の量は，使用するエクオール産生微生物の種類や発酵槽の種類等によって応じて適宜設定される。・・・」という記載（基礎出願Ａの段落【００１６】【００１７】，基礎出願Ｂの段落【００１８】【００１９】，基礎出願Ｃの段落【００１７】【００１８】）は，「大豆胚軸」の発酵処理が「水」及び「微生物」だけでも可能であることを示しているものにすぎず，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」や「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることを積極的に排除する趣旨の記載であるとは認められないし，その他，基礎出願の記載内容から，基礎出願が，本件優先日当時の技術常識である「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類」を発酵原料とすることを積極的に排除していることを認めることはできない。したがって，原告らの上記①の主張は採用することができないし，それを前提とする上記②の主張も採用することができない。
(ｲ)上記③について
ａ前記(2)ア(ｲ)のとおり，「ダイゼイン類」や「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として，必要に応じて適宜の栄養成分を添加してエクオールを産生することは，本件優先日当時の技術常識であったと認められるから，当業者は，基礎出願の記載に必ずしもとらわれることなく，上記技術常識を考慮して，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とし，適宜，必要な栄養成分を添加するなどして，エクオール及びオルニチンを産生することができると認識するものと認められる。したがって，原告らの主張するような「大豆胚軸」と「ダイゼイン類」との技術的な違いや原告実験の結果が，前記アの判断を左右するものとはいえない。
ｂ上記(ｱ)のとおり，基礎出願は，必要に応じて適宜の栄養成分を添加してエクオールを生成するものであるから，仮に，原告実験の実験結果（甲４６）が正しく，ダイゼインと水とアルギニンのみでは発酵が進まず，エクオールが生成しないとしても，それが，基礎出願において，発酵原料を「大豆胚軸」に限定することにつながるものではない。したがって，本件において，原告実験の正確性についてこれを論じる意味はない。
原告らは，被告が令和２年８月２０日付けの準備書面でした，原告実験に対抗してされた実験に関する新たな主張やそれに伴う証拠（乙１９，２１）は，故意又は重過失により時機に後れてされたもので，訴訟の完結を遅延させるものであるから却下すべきであるとも主張するが，上記のように，本件において，そもそも原告実験の正確性を論じる必要がないことからすると，被告の上記主張立証が訴訟の完結を遅延させるものであるとは認められないから，被告の上記主張立証を時機に後れたものとして却下しないこととする。また，被告の上記準備書面におけるその余の主張についても訴訟の完結を遅延させるものとは認められないから却下しないこととする。
(ｳ)上記④について
①基礎出願では，エクオール産生微生物は，ラクトコッカス２０－９２株に限定されておらず，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離された菌が使用可能であるとされていて（基礎出願Ａの段落【００１４】，基礎出願Ｂの段落【００１６】，基礎出願Ｃの段落【００１５】），スクリーニングによりエクオール産生微生物を単離することについて記載されており，また，オルニチン・エクオール産生微生物についても，「エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの」（基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎出願Ｂの段落【００２０】，基礎出願Ｃの段落【００１９】）と記載されているから，実質的に「公知のスクリーニング方法」について言及されているといえること，②前記ア(ｳ)(ｴ)のとおり，特定の性質を有する微生物（菌）を，スクリーニングによって探索し，他の微生物から単離・同定する一般的な手法は，本件優先日当時の技術常識であり，実際に本件優先日当時までにヒトやラットの糞便からエクオール産生微生物がスクリーニングにより単離・同定されていたことからすると，本件明細書の段落【００３２】に相当する記載及び段落【００３６】の「エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法」により「オルニチン・エクオール産生微生物」を得るとの記載に相当する記載が，本件原出願の段階になって追加されたことで初めてサポート要件及び実施可能要件が満たされたということはできないし，「公知のスクリーニング方法」に関する上記記載が本件原出願の段階で追加されたことで，基礎出願に基づく優先権の主張ができなくなるということもない。
したがって，上記④の点についての原告らの主張は採用することができない。
(3)   小括
以上からすると，被告は，本件訂正発明について，少なくとも基礎出願Ａ，Ｂに基づく優先権を主張することができるといえるから，原告らが主張する取消事由２は理由がない。
４取消事由３（サポート要件・実施可能要件についての認定及び判断の誤り）
について
(1)サポート要件について
ア特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か，また，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものである。


イ前記１のとおり，本件明細書では，「ダイゼイン類」を資化してエクオールを産生する能力を有する微生物が複数挙げられるとともに，エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法により，オルニチン・エクオール産生微生物を得ることができると記載されている（本件明細書の段落【００３２】，【００３６】）。また，本件明細書には，「大豆胚軸」以外の大豆胚軸抽出物等の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として使用可能であること（本件明細書の段落【００９３】）や前記２のとおり「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」の発酵物について，粉末状の食品素材として使用できることが記載されている（本件明細書の段落【０１４４】）。そして，前記のとおり「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」にアルギニンを添加したものを発酵原料として，ラクトコッカス２０－９２株を用い，本件訂正発明に規定する量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の大豆胚軸発酵物を製造する実施例が記載され（本件明細書の段落【０２２５】～【０２２８】），同発酵物を利用した様々な食品の例が記載されている（本件明細書の段落【０２７１】～【０６１６】）。
以上の本件明細書の記載に，前記３(2)ア(ｲ)のとおり，「ダイゼイン類」や「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」をエクオール産生微生物で発酵処理してエクオールを産生するのは，本件原出願日当時において技術常識であったことを総合すると，本件明細書では，「大豆胚軸」のみならず，特許請求の範囲に記載された「ダイゼイン類を含む原料」についてサポートされているということができる。よって，「大豆胚軸」のみサポートされているとする原告らの主張を採用することはできない。
ウ次に，実施例に記載されているラクトコッカス２０－９２株以外のオルニチン・エクオール産生微生物が，スクリーニング方法との関係でサポートされているかについて検討する。
(ｱ)前記３(2)ア(ｴ)のとおり，エクオール産生能を有する微生物は，本件原出願日時点までにラクトコッカス２０－９２株以外にも複数発見されていたのであり，それら既知のエクオール産生能を有する微生物を対象にして，当該微生物のオルニチン産生能を検討するという方法でも，オルニチン・エクオール産生微生物を得ることができる。このように既知のエクオール産生微生物を対象にオルニチン産生能を指標にしてオルニチン・エクオール産生微生物を得ることについて，格別の困難性はないと認められる。
(ｲ)ａ   本件原出願日時点において，未だ発見されていないオルニチン・エクオール産生微生物について検討するに，本件明細書には，前記のとおり，段落【００３６】に「公知のスクリーニング方法」によりオルニチン・エクオール産生微生物を得ることができると記載されている。そして，前記３(2)ア(ｳ)のとおり，本件原出願日当時，特定の性質を有する微生物（菌）をスクリーニングにより探索する一般的な手法は技術常識になっていたものである。ｂこの点，原告らは，無数に存在する腸内細菌の中から希少なエクオール産生微生物を探索するのが困難であることを培養条件の設定の困難性とともに主張する。
しかし，証拠（甲６，甲１８，１９，甲２８の１，甲３７［特開２００６－２４２６０２号］，甲３８，甲３９［特開２００８－６１５８４号］，甲４２［特開２００６－２０４２９６号］，甲４４［特開２００８－６１５８４号］，乙１，２）及び弁論の全趣旨からすると，エクオール産生菌を探索する場合の一般的なスクリーニングの方法は，上記ａの特定の性質を有する微生物（菌）をスクリーニングにより探索する一般的な方法と特段異なるものではなく，例えば，①エクオールを産生する動物から採取した糞便等の試料やスクリーニングしたい菌を培地に塗布して培養する，②上記①で出現した菌のコロニーから釣菌し，イソフラボンを含む培地に植菌して嫌気条件下において培養し，所定の時間間隔でエクオール量などを測定する，③上記②でエクオールが検出された培養液を希釈し，イソフラボンを含む培地で嫌気条件下において更に培養し，出現したコロニーが単菌になるまで上記の操作を繰り返すといったような方法でエクオール産生菌を探索できることは，本件原出願日当時に，当業者に周知になっていたと認められる。
また，本件明細書の段落【０２２４】，【０２２５】や証拠（甲６，１８，１９，３７～３９，４２，４４）には，ラクトコッカス２０－９２株やｄｏ０３株をはじめとする各種エクオール産生微生物の培養条件が記載されているところ，そこに記載された培養条件が，嫌気条件の設定も含めて菌株ごとに特殊な条件が設定されているとは認められないので，培養条件の設定に困難を要したとはいえないし，当業者は，上記スクリーニングを実施するに当たって，上記各証拠に記載された培養条件を手掛かりにすることができたと認められる。
さらに，前記３(2)ア(ｴ)のとおり，本件原出願日前に発見されていたエクオール産生微生物のうち，ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５株，ルミノコッカスＥ－２３－１５株，バクロイデスＥ－２３－１５株についてはヒトの糞便から単離までが２週間程度で終了し，同定やその他の検討も含めた試験全体が３か月程度で終了しており（乙１），ｄｏ０３株についても，ラットの糞便を探索の対象としてから４か月程度で単離・同定に至っている（甲４８，６１，乙３，弁論の全趣旨）。これらのことからすると，エクオール産生微生物の探索に過度の試行錯誤が必要とされるということはできない。


この点，原告らは，嫌気条件についても主張するが，上記エクオール産生菌のスクリーニング方法のところでみたように，腸内細菌が嫌気性細菌であることは，本件原出願日当時，技術常識であったと認められるし，嫌気条件を作り出す方法として，ガスパック法，嫌気グローブボックス法など様々な方法が本件原出願日前から知られていた（甲７６，乙１７）のであるから，種々の嫌気条件を設定し，適切な条件を見いだすことは，当業者によって容易であったと認められる。ｃそして，一旦，エクオール産生微生物が単離・同定された後においては，同微生物を対象に，さらに，アルギニンからオルニチンへの変換能を指標としてオルニチン・エクオール産生微生物を得るができることは，上記(ｱ)の既知のエクオール産生微生物の場合と同様であり，そこに格別の困難性があるとはいえない。ｄ以上の検討からすると，本件原出願日時点において，未だ発見されていないオルニチン・エクオール産生微生物について，具体的なスクリーニングの方法などが実施例で開示されていないからといって，本訂正発明が，本件明細書の記載によりサポートされていないということはできない。(ｳ)上記(ｱ)(ｲ)からすると，本件訂正発明が，ラクトコッカス２０－９２株以外のオルニチン・エクオール産生微生物に対するスクリーニング方法との関係でもサポートされているというべきである。
エ次に，本件訂正発明のエクオール及びオルニチンの量について検討する。(ｱ)エクオールの量について，本件明細書の段落【００３６】，【００９４】～【００９６】には，エクオール含量や発酵効率の促進等の目的のために，適宜，発酵原料となるイソフラボンを追加したり，栄養成分を添加したりしてもよく，微生物の種類等に応じて適宜発酵条件を設定すべきと記載されているし，本件明細書の段落【０２２４】にある【表１】によると，同一条件下で，「大豆胚軸」の量を３倍に増やした場合，エクオールの生成量が増大していることが分かる。そうすると，当業者は，実施例にあるラクトコッカス２０－９２株以外の菌を用いる場合でも，本件明細書の上記記載や発酵に関する技術常識を踏まえ，「ダイゼイン類」を増量したり，栄養成分を添加したり，発酵条件を適宜調節したりすることで，本件訂正発明に規定された量のエクオールを得られると認識するといえる。(ｲ)オルニチンについても，当業者が，原料となるアルギニンの量を増やしたり，発酵条件を適宜調整したりして，本件訂正発明に規定するような量でオルニチンを生成することが，格別の創意や工夫を要するような困難なものであったとはいえない。そして，このことは，本件訂正発明のオルニチンの上限値がないことによって左右されるとはいえない。したがって，当業者は，ラクトコッカス２０－９２株以外を用いる場合でも，本件訂正発明に規定された量でオルニチンが得られることを認識するといえる。
オ得られた発酵物を食品素材として用いる点についても，証拠（甲４７，乙１，１８）及び弁論の全趣旨によると，法令上，ある菌やそれを利用して生成された発酵物を食品に用いる際に明確な基準はなく，各当業者は，独自の基準を設けるなどして安全性検査を行っていると認められ，単離・同定された特定のオルニチン・エクオール産生微生物を対象に，各当業者が，そのような安全性検査を実施することは格別困難なことではなかったと認められる。また，エクオール産生微生物が希少であるとしても，前記ウで認定判断したところからすると，そのことから直ちにサポート要件が満たされなくなるというものではない。カ以上の検討からすると，本件訂正発明はサポート要件に違反するものではないと認められる。
(2)実施可能要件について
前記(1)で検討したところからすると，当業者は，過度の試行錯誤を要することなく，「大豆胚軸」以外のアルギニンが添加された「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とし，ラクトコッカス２０－９２株以外の菌株を用いて，本件訂正発明が規定する量のエクオール及びオルニチンを含有する食品素材として使用可能な粉末状の発酵物を得られるといえるから，本件訂正発明は，実施可能要件に違反するものではないと認められる。
原告らは，本件訂正発明の微生物は，「大豆胚軸」に含まれるダイジンからエクオールを産生する能力も備えていないと，ダイジンとの関係において実施可能要件を満たさない部分を含んでいると主張する。
しかし，少なくともラクトコッカス２０－９２株が，ダイジンからエクオールを生成できる菌であることは，本件明細書に記載されている（段落【０２２７】の【表２】）。また，本件訂正発明の「ダイゼイン類」の中には，ダイゼインやジヒドロダイゼインも含まれており，そのようなダイジン以外の「ダイゼイン類」とアルギニンからエクオールとオルニチンを規定量生成できるものも，本件訂正発明にいう微生物に該当し，ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物についても，必ずダイジンからエクオールの産生能を備えていないと，実施可能要件違反になるとはいえないから，原告らの上記主張は採用することができない。
(3)その他の原告らの主張について
ア原告らは，サポート要件・実施可能要件違反について，前記(1),(2)の中で判断を示したもののほかに，①エクオール産生能力を有する微生物は，「属」や「種」や「菌株」による限定が必要であるのに，本件訂正発明ではそれがされておらず，発明の範囲が広範となり，産業の発達を阻害する，②オルニチンの下限値である「８ｍｇ」の技術上の意義が本件明細書に開示されておらず，特許法施行規則２４条の２に違反する，③本件訂正発明は課題を記載したものにすぎないので，特許として保護を与えるべきではないし，本件訂正発明において，高い蓋然性をもって微生物がエクオールとオルニチンを生成する能力を有するといえないと，高い蓋然性をもって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」を産生する能力を有するとはいえないと主張する。
(ｱ)上記①について
エクオール産生能力を有する微生物について，必ず「属」や「種」や「菌株」の特定が必要であるというべき根拠はない。サポート要件及び実施可能要件が満たされているかどうかで判断すべきであり，それらの要件が満たされていれば，それで足りるというべきである。
原告らが提出する証拠（甲６８，丙１）も，上記判断を左右するものではない。
(ｲ)上記②について


上記②の主張について，原告らは，同主張がサポート要件及び実施可能要件違反の事情として主張するものであるとするが，実質的には審判段階でしていない特許法施行規則２４条の２違反の主張を新たにするものといえ，そのような主張をすることは，審決取消訴訟の審理範囲を超えるもので許されないというべきである。なお，①本件明細書の段落【００５０】には，発酵物中には，オルニチンが，乾燥重量１ｇ当たり８～１５ｍｇ含まれているのが好ましい旨記載されていること，②後述するように，本件原出願日当時，オルニチンは，様々な機能を有し，健康に有利な作用を持つ物質として，当業者の間で周知になっていたことなどからすると，特許請求の範囲のオルニチンの下限値の記載が，特許法施行規則２４条の２に反するとはいえない。
(ｳ)上記③について
本件訂正発明が課題を記載したものにすぎず，仮に，本件訂正発明において，発明の課題と発明の内容が一致していたとしても，それだけで，サポート要件又は実施可能要件が充足されなくなるというものではないし，原告らの主張するような「高い蓋然性」が必要となるというべき理由もない。
本件原出願日当時の技術常識及び本件明細書の記載に照らして，サポート要件及び実施可能要件が充足されているといえることは，これまで検討してきたとおりである。
イその他，原告らが主張するところは，既に判示したところに照らし，採用することができないことは明らかである。
(4)小括
よって，原告らが主張する取消事由３は理由がない。
５取消事由４（甲６に基づく新規性・進歩性欠如についての認定及び判断の誤り）について
(1)甲６の記載事項
甲６には，以下の記載がされている。
ア「エクオール産生菌を単離後，３７℃で２８時間，前培養した，１％Ｌ－アルギニンを含むＧＡＭブロスを，定量測定のため，蒸留水１リットルあたりＧＡＭブロス５９ｇ及びダイゼイン（最終濃度：２００μＭ）を含むエクオールアッセイ培地へ添加した。その後，培地を３７℃，嫌気下でインキュベートして，抽出し，以下のとおりＨＰＬＣで分析した。」（２４８頁左欄２３行～２９行）イ「エクオール産生能力を有する嫌気性グラム陽性ロッド状株をラット盲腸内容物から単離した。この株をグラム陽性菌ｄｏ０３(ＡＢ２６６１０２)という。」（２４８頁右欄８行～１１行）
ウ「ｄｏ０３株は，３７℃，嫌気下，４日間で２００μＭダイゼインをエクオールに変換した。」（２４８頁右欄２５行～２６行）エ「アルギニンを含む培地において，エクオール比率は，ＯＤ６００および培地ブロスｐＨの増加と共に，０．６７±０．０１まで増加した。」（２４８頁右欄３８行～４０行）
オ「さらに，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍのようなある菌の成長のために，アルギニンは必要である。なぜなら，それらの菌は，成長のために，アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いて，エネルギーを得るからである（１９）。アルギニンの菌代謝により，ＮＨ３が産生され，それらによって，培地ブロスｐＨが増加した。アルギニン追加により，ＯＤ６００が増加し，それによって，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンを用いている。したがって，エクオール比の増加は，ｄｏ０３の菌数の増加に起因する可能性がある。酢酸及びアルギニンの添加は，エクオール比を約１０％減少させた。培養液のｐＨがコントロールのｐＨよりも上昇したため，ｄｏ０３株は，アルギニンを利用したと思われるが，ＯＤ６００は増加しなかった。酢酸添加はＯＤ６００の減少を引き起こした。酢酸添加によって促進されるエクオール産生メカニズムは，まだ報告されていない。アンタゴニスト作用は，酢酸及びアルギニンの添加によって起こると思われる。」（２４８頁右欄４５行～６０行及び２５０頁１行）
(2)甲６発明及び相違点の認定
ア前記(1)のとおり，甲６には，ｄｏ０３株によるダイゼインからのエクオールの生成については記載されているものの，発酵物１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが得られることについては記載されていない。また，オルニチンについては全く記載がない。そして，発酵物を粉末状にして，食品用素材として用いることも記載されていない。そうすると，審決が認定したとおり，甲６には，「エクオール産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３株及びアルギニンを，ダイゼインを含む培地に添加して培養し，ダイゼインからエクオールを得る方法」である甲６発明が記載されていると認められる。
そして，本件訂正発明と甲６発明との間には，審決が認定した，①本件訂正発明では微生物が「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であり，微生物により発酵原料の発酵処理によって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」が生成して，発酵物が「オルニチン及びエクオールを含有する」ものであるのに対して，甲６発明では微生物が「エクオール産生能力を有する微生物」であり，発酵物が「エクオールを含有する」ものである点（本件相違点１）の他に，②本件訂正発明では，得られるものが食品素材として用いられる粉末状の発酵物であるのに対し，甲６ではそのような特定がされていない点という相違点（以下「本件相違点２」という。）があるものと認められる。
イ原告らは，①甲７をはじめとする証拠（甲７～１０）や原告再現実験（甲１１，１７，６７）からすると，甲６において，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり０．６２ｍｇのエクオール及び７４．３ｍｇのオルニチンを生産されていることが認定できるから，本件訂正発明と甲６発明との相違点は，「本件訂正発明が発酵処理により，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ以上のエクオールを生成することを規定しているのに対して，甲６発明がこの数量を明示していない点」となり，審決の相違点の認定は誤りである，②審決の相違点の認定は，「オルニチンを有用な生成物として得ること」も相違点としている点でも誤っていると主張する。
(ｱ)   上記①について
ａ前記のとおり，甲６には発酵物におけるエクオールの量は記載されていないし，オルニチンについての記載はない。


もっとも，甲６に参考文献として引用されている甲７には，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍがアルギニンジヒドロラーゼ経路でアルギニンをオルニチンに変換し，その際に，ＮＨ３とＡＴＰが産生されることが記載されており，甲６には，ｄｏ０３株が，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍと同様に，アルギニンの代謝を行い，ＮＨ３が産生されたとの記載がある。
しかし，甲７～１０は，いずれも，ｄｏ０３株の代謝について述べた文献ではなく，甲６において，ｄｏ０３株のアルギニン代謝経路の詳細な分析はされていない。原告は，別件特許（乙５）の取得過程で，拒絶理由通知（乙６）の中で，審査官から，「ＤＳＭ１９４５０株等の菌株をアルギニンを含む培地で培養して得られる発酵液中にＬ－オルニチンが含まれると推測される。」と指摘されたのに対し，意見書（甲３５）を提出し，その中で，「アルギニンが含まれる培地で嫌気性微生物を培養しても，常にＬ－オルニチンが得られるとは言えません。Ｌ－オルニチンが得られるためには，嫌気性微生物が，アルギニンをＬ－オルニチンに変換するための酵素を有することが必要です。しかしながら，ＤＳＭ１９４５０株がそのような酵素を有するオルニチン生産菌であることは引用文献１および２には開示されておらず，示唆もされていません」などと反論し，特許査定を得ているところ，アルギニンの代謝経路が文献上で明らかになっていないという意味では，ｄｏ０３株は，原告が上記意見書の中で主張しているＤＳＭ１９４５０株と同じである。また，仮に，ｄｏ０３株が，アルギニンを，Ｅ．ｌｅｎｔｕｍなどと同様に代謝に使用してエネルギーを得ているとしても，証拠（甲３３，３４）によると，細菌の中には，オルニチンを更に代謝するものが存在しているものと認められるから，当業者は，本件優先日当時，一旦生成されたオルニチンが必ず蓄積されるわけではないとの認識を有していたものと認められる。
そして，甲６の共同執筆者であったＥ教授は，陳述書（乙３）において，ｄｏ０３株について，オルニチンの生成や蓄積について，気にしていた記憶はなく，甲６の他の著者とも話をした記憶がないとしている。また，同じく甲６の共同執筆者であるＡ教授も，陳述書（甲４８，６１）において，ｄｏ０３株について，オルニチンの蓄積量は分からない（甲４８），微生物がオルニチンを生産する量は一定しないと述べており（甲６１），両者の陳述書は，甲６において，オルニチンの蓄積量が不明であるとする点で相互に一致している。なお，原告らがいうようにＥ教授の陳述書の記載が信用できないということはない。
ｂ原告再現実験（甲１１，１７，６７）については，いずれも本件優先日後にされたものであるから，仮にそれが，甲６の実験条件を忠実に再現したものであるとしても，それをもって，本件優先日当時，甲６に接した当業者が，甲６においてオルニチンが生成・蓄積していると認識することを裏付けるものとはいえない。
ｃ以上からすると，甲６に接した当業者が，甲６発明において，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上のオルニチンが生成すると認識するとは認めることはできず，原告らの上記①の主張は採用することができない。
(ｲ)上記②について
審決は，本件相違点１の認定に当たって，オルニチンを有用な生成物として得ることを認定しているわけではなく，本件相違点１の容易想到性の判断の中でオルニチンの有用性について言及しているものと解されるので，審決は「オルニチンを有用な生成物として得ること」を相違点としているものではない。したがって，原告らの主張は前提を欠き失当である。
(3)実質的な相違点及び容易想到性についての判断の誤りについてア(ｱ)前記(2)のとおり，本件訂正発明と甲６発明との間には本件相違点１，２が存在し，かつ，甲６からオルニチンの生成・蓄積が認定できない以上，少なくとも本件相違点１は実質的な相違点といえるから，本件訂正発明が甲１発明との関係で新規性を欠くとはいえない。
(ｲ)原告らは，仮に本件相違点１が存在するとしても，本件訂正発明のオルニチンの量が生理作用を発現しない僅かな量であることや他に安価に大量にオルニチンを生成する微生物が本件優先日当時に知られていたことからすると，本件相違点１が実質的な相違点ではないと主張する。
しかし，証拠（甲５２［小松美穂「オルニチンの機能性研究」食品と開発ＶＯＬ．４０Ｎｏ．１１    ６２頁～６４頁］，甲５６）及び弁論の全趣旨によると，本件優先日前に，オルニチンは，様々な機能を有し，健康に有利な作用を持つ物質として，当業者の間で周知になっていたと認められる。確かに，証拠（甲６４，７３，乙９の１・２）によると，睡眠の質の改善という機能の観点からは，多量のオルニチン摂取が必要であると認識されていることが分かるが，オルニチンの機能がそれに限られるとはいえず，かつ，本件訂正発明の下限量のオルニチンが，オルニチンを多く含む食品として知られているしじみのオルニチン含有量より多いこと（乙１０），被告が，本件訂正発明に規定されている量でも有利な健康効果が生じるとする研究者の意見書（乙７，８，１６）を証拠として提出していることからすると，本件優先日当時，当業者が，本件訂正発明で規定されている量のオルニチンでは，有利な健康効果が全く生じず，無意味であると認識していたとまではいえないので，本件相違点１が実質的な相違点ではないということはできない。そして，このことは，他に安価に大量にオルニチンを生成する微生物が知られていたとしても左右されることはない。
イ甲６には，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」を生成することについては記載も示唆ないから，本件相違点１は容易想到であるとはいえず，本件相違点２について判断するまでもなく，本件訂正発明が，甲１発明との関係で進歩性を欠くとはいえない。
(4)小括
以上からすると，原告ら主張の取消事由４は理由がない。
第６結論
よって，原告の請求には理由がないからこれを棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第２部
裁判長裁判官
森              義      之
裁判官
眞   鍋   美穂子
裁判官
熊     谷     大     輔


主文
被告人を懲役３年に処する。
未決勾留日数中１４０日をその刑に算入する。
理由
（罪となるべき事実）
被告人は，平成２８年４月１日から平成３０年３月３１日までの間，大阪市ａ区ｂｃ番ｄ号に本店を置くα株式会社のβ開発推進担当課長として，同年４月１日から令和元年６月３０日までの間，α株式会社のγ開発推進担当課長として，α株式会社が発注するプログラム作成等の業務の発注先業者の選定や同業務委託の代金額交渉などを実質統括し，発注先業者を選定して同業務委託代金額の交渉をする際，α株式会社が無用な支出等により損失を被らないようα株式会社のために誠実にそ
の職務を遂行すべき任務を有していたものであるが，
第１自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が発注する「ドローンによる屋内自律飛行に関する試作機およびコントロールアプリケーションの作成」業務に関し，平成２９年７月７日頃，発注予定先業者である株式会社δ従業員εに，正規の見積金額に同業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積書を作成させるなどし，同年８月７日，α株式会社と株式会社δとの間で，正規に支払うべき代金額に前記電子機器の購入代金相当額である４５２万０８８０円を加算した３０８８万８０００円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３０年４月１３日，α株式会社から，前記契約に基づく代金３０８８万８０００円を，東京都渋谷区ｅｆ丁目ｇ番ｈ号ζ銀行η支店に開設された株式会社δ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額４５２万０８８０円相当の財産上の損害を加えた。第２自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が発注する「映像メタデータ自動生成のフィールドトライアルに関するプログラムの作成」業務に関し，平成２９年９月５日頃，同業務の発注予定先業者である株式会社θ取締役ιに，正規の見積金額に同業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積書を作成させるなどし，同年１１月１３日，α株式会社と株式会社θとの間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である１６２０万円を加算した３４３４万４０００円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３０年４月２７日，α株式会社から，前記契約に基づく代金３４３４万４０００円を，大阪市ｉ区ｊｋ丁目ｌ番ｍ号ζ銀行κ支店に開設された株式会社θ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額１６２０万円相当の財産上の損害を加えた。
第３自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が発注する「ＡＩを活用したＦＡＱ自動生成に関するプログラムの作成」業務に関し，平成２９年１０月１６日頃，同業務の発注予定先業者である株式会社θ取締役の前記ιに，正規の見積金額に同業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積書を作成させるなどし，同年１１月２１日，α株式会社と株式会社θとの間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である３０２４万円を加算した５７２４万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３０年４月２７日，α株式会社から，前記契約に基づく代金５７２４万円を，前記株式会社θ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額３０２４万円相当の財産上の損害を加えた。
第４自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が発注する「腐食監視システムの作成」業務に関し，平成２９年１０月２４日頃，同業務の発注予定先業者である株式会社θ取締役の前記ιに，正規の見積金額に同業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積書を作成させるなどし，同年１２月１１日，α株式会社と株式会社θとの間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である１７２８万円を加算した２７００万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３０年２月２８日，α株式会社から，前記契約に基づく代金２７００万円を，前記株式会社θ名義の普通預金口座（当時のλ銀行）に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額１７２８万円相当の財産上の損害を加えた。


第５自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が株式会社μに対して発注する「多様なＳＤｘサービスを実現するホワイトボックスＣＰＥ開発に関するハードウェア及びプログラムの作成委託」業務に関し，平成２９年１０月２６日頃，同業務の再委託業務である「ＳＤｘ施策ホワイトボックス技術サポート」業務を受注する予定であった株式会社δ従業員の前記εに，株式会社δが株式会社μに対し請求すべき正規の代金額に，前記再委託業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積を提示させるなどし，平成３０年１月１５日，同金額の提示を受けた株式会社μとα株式会社との間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である１２９６万円を加算した３６１８万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，同年４月１３日，α株式会社から，前記契約に基づく代金３６１８万円を，横浜市ｎ区ｏｐ丁目ｑ番ｒ号ν銀行ξ支店に開設された株式会社μ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額１２９６万円相当の財産上の損害を加えた。第６自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社がο株式会社に対して発注する「多様なＳＤｘサービスを実現するホワイトボックスＣＰＥ開発に関するハードウェア及びプログラムの作成」業務に関し，平成２９年１２月８日頃，同業務の再委託業務である「ＳＤ－ＷＡＮソフトウェア・サポート」業務を受注する予定であった株式会社δの従業員の前記εに，株式会社δがο株式会社に対し請求すべき正規の代金額に，前記再委託業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積を提示させるなどし，平成３０年１月１２日，同金額の提示を受けたο株式会社とα株式会社との間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である１１８８万円を加算した３４８８万９９４０円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，同年４月２５日，α株式会社から，前記契約に基づく代金３４８８万９９４０円を，東京都港区ｓｔ丁目ｕ番ｖ号ｗｘ階π銀行ρ支店に開設されたο株式会社名義の当座預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額合計１１８８万円相当の財産上の損害を加えた。
第７自己及び大阪市ａ区に本店を置くコンピュータソフトウェアの開発及び販売等を業とする株式会社θの利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己及び株式会社θの利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が発注する「ホワイトボックスＣＰＥ付加機能におけるハードウェア及びプログラムの作成」業務に関し，平成３０年４月１１日頃，同業務の発注予定先業者である株式会社μ従業員Σに，正規の見積金額に，同業務に必要のない株式会社θに対する再委託業務である「ホワイトボックスＣＰＥの動作及び機能検証」業務の契約代金相当額を加算した金額の見積書を作成させるなどし，同年６月４日，α株式会社と株式会社μとの間で，正規に支払うべき代金額に前記再委託契約の契約代金相当額である４８６０万円を加算した９６１２万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３１年３月５日，α株式会社から，前記契約に基づく代金９６１２万円を，前記株式会社μ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額４８６０万円相当の財産上の損害を加えた。
第８自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社がο株式会社に対して発注する「ホワイトボックスＣＰＥ付加機能におけるハードウェア及びプログラムの作成」業務に関し，平成３０年４月中旬頃，同業務の再委託業務である「ホワイトボックスＣＰＥ付加機能におけるプログラムの作成」業務を受注する予定であった株式会社δ従業員の前記εに，株式会社δがο株式会社に対し請求すべき正規の代金額に，前記再委託業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積を提示させるなどし，同年６月４日，同金額の提示を受けたο株式会社とα株式会社との間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である１１１２万４０００円を加算した８４２４万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３１年３月５日，α株式会社から，前記契約に基づく代金８４２４万円を，前記ο株式会社名義の当座預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額１１１２万４０００円相当の財産上の損害を加えた。
第９自己の利益を図る目的で，発注先業者に対して正規に支払うべき代金に自己の利得分を加算させてα株式会社の資金から支払わせようと考え，その任務に背き，α株式会社が株式会社τに対して発注する「ホワイトボックスＣＰＥ付加機能におけるプログラムの作成」業務に関し，平成３０年４月２３日頃，同業務の再委託業務である「ホワイトボックスＣＰＥ付加機能におけるプログラムの作成」業務を受注する予定であった株式会社δ従業員の前記εに，株式会社δが株式会社τに対し請求すべき正規の代金額に，前記再委託業務に必要のない電子機器の購入代金相当額を加算した金額の見積を提示させるなどし，同年６月５日，同金額の提示を受けた株式会社τとα株式会社との間で，正規の代金額に前記電子機器の購入代金相当額である６２６４万円を加算した８２０８万円を契約金額とする業務委託契約を締結させ，平成３１年３月５日，α株式会社から，前記契約に基づく代金８２０８万円を，東京都港区ｙｚ丁目φ番ω号ν銀行υ支店に開設された株式会社τ名義の普通預金口座に振込送金させて支払わせ，もってα株式会社に対し，正規の代金額との差額６２６４万円相当の財産上の損害を加えた。
（法令の適用）


令和３年１０月６日判決言渡
令和３年(行コ)第２０号損害賠償（政務調査費不正支出）請求控訴事件（以下「第１事件」という。），同第２１２号訴えの追加的併合申立事件（以下「第２事件」という。）（原審・東京地方裁判所令和元年(行ウ)第５３８号）
主              文
１本件控訴を棄却する。
２控訴人が当審において追加した第２事件に係る訴えを却下する。３当審における訴訟費用は，控訴人の負担とする。
事実及   び理由
第１控訴の趣旨
１原判決の主文第１項及び第３項を取り消す。
２被控訴人は，Ａ党荒川区議会議員団及びＢに対し，各自３２万４２９８円に対する平成３０年４月９日から令和３年１月１３日まで年５分の割合による金員を支払うよう請求せよ。
３被控訴人は，Ａ党荒川区議会議員団及びＢに対し，各自１２３万７９９２円及びこれに対する平成３０年７月２１日から支払済みまで年５分の割合による金員を荒川区職員４２名に支払うよう請求せよ。
（控訴人は，上記２及び３のとおり，当審において，従前の請求の関連請求に該当するとして，被控訴人に対し，荒川区長であるＢ個人〈以下「Ｂ」という。〉に被控訴人及び荒川区職員４２名に対して金員を支払うよう請求することを求める訴え〈第２事件〉を追加して提起した。）
第２事案の概要等（以下，略称は，基本的に原判決のそれによる。）
１事案の概要
⑴本件は，東京都荒川区（荒川区）の住民である控訴人が，平成３０年度に荒川区が同区議会の会派の一つであるＡ党荒川区議会議員団（本件議員団）に交付した政務活動費について，本件議員団が新潟県α町（β町）において行った研修会（本件研修）に要した費用（交通費，会場費及び宿泊費。本件費用）３８万３１９０円（控訴人の主張額）は，荒川区議会政務活動費の交付に関する条例（平成１３年荒川区条例第１号。本件条例）等で定められた政務活動費を充てることができる政務活動に要する経費に該当せず，本件議員団が本件費用を政務活動費から支出したことは違法であり，本件議員団は，その全額を不当利得として荒川区に返還するとともに，地方税法の規定により，本件費用の額に対する平成３０年４月９日（政務活動費の交付を受けた日）から支払済みまで年１４．６％（ただし，最初の１か月を経過する日までは年７．３％）の割合による延滞金及び本件費用の額に３５％の割合を乗じて得た金額の重加算金にそれぞれ相当する額の金員を荒川区に支払うべきであり，併せて，上記研修会に私費で参加した荒川区の幹部職員４２名（本件職員ら）に，不法行為に基づく損害賠償としてその旅費相当額１２３万７９９２円を支払うべきであるとして，被控訴人に対し，地方自治法２４２条
の２第１項４号の規定に基づき，
ア被控訴人が，本件議員団に対し，３８万３１９０円並びにこれに対する平成３０年４月９日から支払済みまで年１４．６％（ただし，最初の１か月を経過する日までは年７．３％）の割合による延滞金及び本件費用（３８万３１９０円）に３５％の割合を乗じて得た金額の重加算金１３万４１１６円（１円未満切捨て）にそれぞれ相当する額の金員を支払うよう請求
すること，
イ被控訴人が，本件議員団に対し，１２３万７９９２円及びこれに対する平成３０年４月９日から支払済みまで民法（平成２９年法律第４４号による改正前のもの）所定の年５分の割合による遅延損害金を本件職員らに支
払うよう請求すること，
を求めた事案である。
⑵原審は，本件訴えのうち，被控訴人が本件議員団に対し，本件職員らに損害賠償金を支払うよう請求することを求める部分（上記⑴イ）については，住民訴訟として不適法であるとして，これを却下し（原判決主文第１項），上記⑴アについては，本件費用として３８万８４７０円を支出したことは，政務活動費の使途基準（本件使途基準）に適合しない違法なものであり，「本件議員団の平成３０年度の政務活動費の支出額から本件費用を控除した額（１２１５万５７０２円）」が「同年度に本件議員団に交付された政務活動費の額（１２４８万円）」を下回り，その差額（３２万４２９８円）が不当利得になるとして，被控訴人が本件議員団に対し，本件費用中３２万４２９８円を支払うよう請求することを求める限度で認容し（原判決主文第２項），その余の請求は棄却した（原判決主文第３項）。
⑶控訴人は，原判決中，上記却下部分（原判決主文第１項）及び棄却部分（原判決主文第３項）を不服とし，上記第１の２及び３に記載の限度で本件控訴の提起をするとともに，当審において，上記⑴ア及びイの関連請求に該当すると主張して，被控訴人に対し，荒川区長であるＢ個人に対して上記第１の２及び３のとおり，本件議員団に支払請求する金額と同額の金員を支払うよう請求することを求める訴え（第２事件）を併合して提起し，従前の本件議員団に関する請求と同一の訴訟手続内で審理，判断することを求めた。他方，被控訴人は，原判決の認容部分（原判決主文第２項）について，不服の申立てをせず，また，第２事件に係る訴えの提起（請求の追加的併合）に対しては，これに同意しないとの意見を述べた。
２関係法令等の定め，前提事実並びに争点及び当事者の主張の要旨関係法令等の定め，前提事実並びに争点及び当事者の主張の要旨は，次のとおり付加訂正するほか，原判決の「事実及び理由」中の「第２事案の概要」１ないし３（原判決３頁８行目から１２頁２行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
⑴原判決４頁１０行目の「本件条例の別表（第９条関係）」の次に「（甲７）」を加える。
⑵原判決４頁１６行目の「交通費，経費」を「交通費，旅費」と改める。⑶原判決５頁２３行目末尾に改行の上，次のとおり加える。「エＢは，平成３０年度当時，荒川区の区長であった者である（弁論の全趣旨）。」


⑷原判決６頁１２行目末尾に改行の上，次のとおり加える。「エ本件議員団は，平成３０年１０月９日，荒川区長から，平成３０年度下半期分の政務活動費６２４万円の交付を受けた。（甲１５の８）」⑸原判決６頁１３行目冒頭の「エ」を「オ」と，同１９行目冒頭の「オ」を「カ」と，同２２行目冒頭の「カ」を「キ」とそれぞれ改める。⑹原判決７頁１７行目末尾に改行の上，次のとおり加える。
「⑸本件議員団による支払
本件議員団は，令和３年１月１３日（原判決言渡しの日），荒川区に対し，３２万４２９８円を支払った。」
⑺原判決１１頁１４行目冒頭から同１５行目末尾までを削除する。⑻原判決１１頁１９行目の「３２万４２１８円」を「３２万４２９８円」と改める。
⑼原判決１１頁２１行目冒頭から１２頁２行目末尾までを次のとおり改める。「さらに，本件議員団は，上記利得に法律上の原因がないことを知らなかったことに過失があり，悪意の受益者と同視されるから，年５分の割合による利息ないし遅延損害金を付して，上記利得を返還すべきである。」
３第２事件について
⑴控訴人の主張
本件議員団は，β町への宿泊を伴う本件研修を計画し，先生役として，本件職員らを無報酬かつ自費でβ町まで同行させたが，荒川区の区長であるＢは，本件職員らの参加を知りながら，あるいはこれを知り得る立場にありながら，それを黙認した。これは，本件議員団の不正な政務活動費の支出に教唆者又は幇助者として加担したものであり，Ｂは，本件議員団と共同不法行為をしたものとして，本件議員団と連帯して，荒川区に対し損害賠償責任を負うほか，本件職員らに対しても，旅費相当額の賠償責任を負う。控訴人は，従前の請求の「関連請求に係る訴え」（行政事件訴訟法１９条１項）に該当するものとして，当審において，Ｂの損害賠償責任について，従前の請求と併合して審理することを求める。
⑵被控訴人の主張
第２事件に係る訴えは，従前の訴えとの関係で，請求権の内容やその相手方，対象とする財務会計行為又は怠る事実を異にするものであり，「関連請求に係る訴え」には当たらない。
被控訴人は，第２事件に係る訴えの提起（請求の追加的併合）について，同意しない。
第３当裁判所の判断
１争点⑴（本件議員団が本件職員らに損害賠償金を支払うよう請求することを求める訴えの適法性及びその当否）について
当裁判所も，原審と同じく，本件訴えのうち，被控訴人に対し，本件議員団が本件職員らに損害賠償金を支払うよう請求することを求める部分は，不適法であり，却下すべきものと判断する。その理由は，原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」１（原判決１２頁４行目から同１４行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。
２争点⑵（本件費用の支出の適法性）及び争点⑶（本件議員団が荒川区に返還すべき不当利得の有無及びその額）について
当裁判所も，原審と同じく，本件費用（３８万８７４０円）を政務活動費として支出することは，本件使途基準に適合しない違法なものであり，本件議員団は，荒川区に対し，不当利得として，本件費用のうち３２万４２９８円を返還すべきものと判断する。その理由は，次のとおり付加訂正するほか，原判決の「事実及び理由」中の「第３当裁判所の判断」２及び３（原判決１２頁１５行目から１９頁１４行目まで）に記載のとおりであるから，これを引用する。⑴原判決１３頁１行目の「議員としての活動」を「議員の議会活動の基礎となる調査研究活動」と改める。
⑵原判決１４頁１行目の「場合であっても，」から同９行目末尾までを次のとおり改める。
「場合であり，議員の調査研究その他の活動は多岐にわたり，個々の経費の支出がこれに必要か否かについては議員の合理的判断に委ねられる部分があることを考慮しても，経費の支出が調査研究のための必要性に欠けるものであったことがうかがわれる場合には，特段の事情のない限り，当該支出は，本件使途基準に適合しない違法なものと認めるべきところ（最高裁平成２１年(行ヒ)第２１４号同２２年３月２３日第三小法廷判決・裁判集民事２３３号２７９頁参照），本件においても，当該調査研究活動の内容やその客観的な目的，性質に照らし，議員としての調査研究活動との間の関連性が乏しい活動に伴う経費や，社会通念に照らして，調査研究その他の活動のための必要性，相当性に欠けるものであるときは，特段の事情のない限り，違法な支出と認めるのが相当である。」
⑶原判決１５頁１３行目の「連絡等に対しても，」の次に「後日対応を必然のものとせず，」を加える。
⑷原判決１６頁２０行目から同２１行目にかけての「結局のところ，」の次に「個別の議論や意見交換，情報交換の要素が一部含まれるとしても，」を加える。
⑸原判決１７頁１１行目の「議長」を「区長」と改める。⑹原判決１８頁１２行目の「不当利得返還義務を負う。」を「不当利得返還義務を負うところ，本件議員団は，令和３年１月１３日，荒川区に対し，３２万４２９８円を支払った（前提事実⑸）。」と改める。⑺原判決１８頁１４行目の「（平成３０年４月９日）からの延滞金相当額」を「（平成３０年４月９日）から令和３年１月１３日まで年５分の割合による金員」と改める。
⑻原判決１９頁１行目末尾に「控訴人は，本件議員団が本件費用の支出に法律上の原因がないことを知らなかったことに過失があるから，悪意の受益者と同視すべきであるとも主張するが，民法７０４条の解釈上，採用することはできない。」を加える。
⑼原判決１９頁１０行目冒頭から同１４行目末尾までを削除する。
３第２事件に係る訴え等について


令和３年５月２０日判決言渡
平成２９年（行ウ）第５５７号所得税更正処分等取消請求事件
主       文
１板橋税務署長が平成２８年４月２７日付けで原告に対してした平成２４年分の所得税に係る更正処分のうち，課税される所得金額のうち総所得金額が０円を超える部分，
納付すべき税額が円を
超える部分及び翌年分へ繰り越す純損失の金額が
円を下回る部分，並びに同更正処分
に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
２板橋税務署長が平成２８年４月２７日付けで原告に対してした平成２５年分の所得税及び復興特別所得税に係る更正処分のうち，課税される所得金額のうち総所得金額
が円を超える部分及び納付す
べき税額が円を超える部分，並
びに同更正処分に伴う過少申告加算税の賦課決定処分をいずれも取り消す。
３訴訟費用は被告の負担とする。
事実及   び理由
第１請求
主文１項及び２項と同旨。
第２事案の概要
１原告は，平成２４年１２月，保有していた４種類の債券（併せて以下「本件各債券」という。）を譲渡したこと（以下「本件各譲渡」という。）により損失（以下「本件損失」という。）を被ったところ，平成２４年分の所得税の申告において，本件損失の金額（円。以下「本件損失
額」という。）を譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額として計上し，その一部につき他の所得の金額から控除（損益通算）して総所得金額及び納付すべき税額を計算するとともに，本件損失額のうち上記損益通算により控除しきれなかった金額を翌年分へ繰り越す純損失の金額とする内容の申告をし，さらに，平成２５年分の所得税及び復興特別所得税（併せて以下「所得税等」という。）に係る申告において，平成２４年分から繰り越された純損失の金額を平成２５年分の総所得金額から控除して申告をした。これらの申告につき，板橋税務署長（処分行政庁）は，本件各債券は租税特別措置法（平成２５年法律第５号による改正前のもの。以下「措置法」という。）３７条の１５第１項１号に規定する公社債に当たり，かつ，本件各譲渡は同法３７条の１６第１項各号に掲げる譲渡のいずれにも当たらないから，本件損失額については，同法３７条の１５第２項の規定により所得税法の規定の適用上ないものとみなされ，その金額を損益通算及び純損失の繰越控除（併せて以下「損益通算等」という。）の対象とすることはできないとして，平成２４年分の所得税及び平成２５年分の所得税等につき，それぞれ更正処分（併せて以下「本件各更正処分」という。）及びこれらに伴う過少申告加算税の各賦課決定処分（以下「本件各賦課決定処分」といい，本件各更正処分と併せて「本件各処分」という。）をした。本件は，原告が，本件各債券は租税特別措置法施行令（平成２５年政令第１６９号による改正前のもの。以下「措置法施行令」という。）２５条の１５第２項４号（以下「本件規定」という。）に定める公社債に当たるから，措置法３７条の１６第１項２号，同条２項の規定により，本件損失額については同法３７条の１５第２項の規定は適用されず，その金額は譲渡所得の金額の計算上生じた損失の額として損益通算等の対象となるなどと主張して，被告を相手に，本件各処分（本件各更正処分については，主文１項及び２項に記載の部分）の取消しを求める事案である。
２関係法令の定め
本件に関係する所得税法，措置法，措置法施行令及び租税特別措置法施行規則（平成２７年財務省令第３号による改正前のもの。以下「措置法施行規則」という。）の規定は，別紙２―１から２－４までのとおりである。
⑴所得税法の定め
ア譲渡所得に関する定め
所得税法３３条１項は，譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいう旨を規定し，同条３項は，譲渡所得の金額は，資産の譲渡（同項１号参照）による所得につき，その年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し，その残額の合計額（以下「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする旨を規定する。所得税法３８条１項は，譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は，別段の定めがあるものを除き，その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする旨を規定する。
イ損益通算等に関する定め
所得税法６９条１項は，総所得金額等を計算する場合において，不動産所得の金額，事業所得の金額，山林所得の金額又は譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは，政令で定める順序により，これを他の各種所得の金額から控除する旨を規定する（損益通算）。所得税法７０条１項は，確定申告書を提出する居住者のその年の前年以前３年内の各年（その年分の所得税につき青色申告書を提出している年に限る。）において生じた純損失の金額（同法６９条１項に規定する損失の金額のうち損益通算してもなお控除しきれない部分の金額をいう〔同法２条１項２５号〕。ただし，同法７０条１項の規定により前年以前において控除されたもの及び同法１４２条２項の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となったものを除く。以下同じ。）がある場合には，当該純損失の金額に相当する金額（以下「繰越損失額」ということがある。）は，政令で定めるところにより，当該確定申告書に係る年分の総所得金額等の計算上控除する旨を規定する（純損失の繰越控除）。
⑵措置法の定め
ア公社債等の譲渡による所得を非課税とする定め
措置法３７条の１５第１項１号は，公社債（公債及び社債〔会社以外の法人が特別の法律により発行する債券を含む。〕をいう〔措置法２条１項５号，所得税法２条１項９号〕。ただし，新株予約権付社債を除く。以下同じ。）並びに公社債投資信託，公社債等運用投資信託及び貸付信託の受益権並びに社債的受益権（これらを以下「公社債等」と総称する。）の譲渡による所得には，所得税を課さない旨を規定し，措置法３７条の１５第２項１号は，公社債等の譲渡による収入金額が当該公社債等の所得税法３３条３項に規定する取得費及びその譲渡に要した費用の額の合計額又はその譲渡に係る必要経費に満たない場合におけるその不足額は，同法の規定の適用については，ないものとみなす旨を規定する。したがって，公社債等の譲渡により損失が生じても，損益通算等の対象とすることはできない。


イ割引債等の譲渡による所得に係る課税の特例の定め措置法３７条の１６第１項柱書は，同項各号に掲げる所得については，同法３７条の１５第１項の規定（上記アの非課税規定）は適用しない旨規定し，①措置法３７条の１６第１項１号（以下「法１号」ということがある。）は，割引の方法により発行される公社債（以下「割引債」という。）で国外において発行されるものを国内において譲渡したことによる所得として政令で定めるものを掲げ，②同項２号（以下「法２号」ということがある。）は，利子が支払われる公社債で割引債に類するものとして政令で定めるものを国内において譲渡したことによる所得として政令で定めるものを掲げ，③同項３号（以下「法３号」ということがある。）は，国内において発行される割引債で政令で定める者により発行されるものを譲渡したことによる所得として政令で定めるものを掲げ，④同項４号（以下「法４号」ということがある。）は，利子が支払われない公社債（割引債を除く。）を譲渡したことによる所得として政令で定めるものを掲げている（これら各号の規定と，後記⑶の令１号から４号までの規定を併せて，以下「本件各特例規定」という。また，本件各特例規定の定める公社債を「課税の対象となる公社債」ということがある。）。
措置法３７条の１６第２項は，同条１項各号（法１号から４号まで）に規定する公社債の譲渡については，同法３７条の１５第２項の規定は適用しない旨を規定する。したがって，上記各号に該当する公社債（課税の対象となる公社債）の譲渡により損失が生じた場合には，損益通算等の対象とすることができる。
⑶措置法施行令の定め
措置法施行令２５条の１５第１項は，措置法３７条の１６第１項各号（法１号から４号まで）に規定する政令で定める所得は，居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が，当該各号に規定する公社債を譲渡した場合における当該公社債の譲渡による所得とする旨を規定する。措置法施行令２５条の１５第２項柱書は，法２号に規定する割引債に類するものとして政令で定めるものは，利子が支払われる公社債のうち，同項各号のいずれかに該当するものとする旨規定し，①同項１号（以下「令１号」ということがある。）は，その利子の利率が著しく低いものとして財務省令で定めるものを掲げ，②同項２号（以下「令２号」ということがある。）は，その債券が元本に係る部分と利子に係る部分とを切り離してそれぞれ独立して取引されるものを掲げ，③同項３号（以下「令３号」ということがある。）は，その利子の計算期間が１年を超えるもの又はその利子の計算期間のうちに１年を超える利子の計算期間があるものを掲げ，④同項４号（本件規定。以下「令４号」ということがある。）は，その利子の利率のうち最も高いもの（最大値）を最も低いもの（最小値）で除して計算した割合が１００分の１５０以上であるもの（利子を付さない期間があるものを含む。）を掲げている（本件規定が定める基準を以下「１５０％基準」といい，また，令１号から４号までに規定する公社債をそれぞれ以下「令１号公社債」などという。）。
なお，後述のとおり，１５０％基準の判定時期を当該公社債の発行時と解すべきか否か，また，これが発行時であるとした場合に，上記の割合が１５０％以上であることが当該発行時において確実であることを要するか否かについては，当事者間に争いがある（以下においては，当該発行後に生じる実際の利子の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上であること又は最小値が０％であることを「１５０％要件」という。）。上記の判定時期を発行時とし，かつ上記の確実性を要するとする見解（被告の主張）によれば，当該公社債の発行条件からその発行期間中に１５０％要件を満たすことが確実である場合に限り１５０％基準を充足することとなる。他方，上記の判定時期を譲渡時とする見解（原告の主位的主張）によっても，当該譲渡時において１５０％要件を満たす場合に限り１５０％基準を充足することとなるが，上記の判定時期を発行時とし，かつ上記の確実性を要しない（可能性で足りる）とする見解（原告の予備的主張）によれば，発行期間を通じて現実には１５０％要件を満たさない場合であっても，１５０％基準を満たす余地があることとなる。
３前提事実（争いのない事実，顕著な事実並びに掲記証拠〔書証は特記しない限り枝番を含む。以下同じ。〕及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
⑴原告
原告は，平成２４年及び平成２５年当時，配当所得及び給与所得のほか，株式及び債券等の金融関係の投資による所得その他の所得区分の所得を有しており，所得税法１４３条に規定する青色申告の承認を受けていた（争いがない）。
⑵原告による本件各債券の保有（甲４，７～９，１２，１３，１６～１８，弁論の全趣旨）


ア原告は，平成２４年１２月４日（本件各譲渡の日のうち最も早い日）当時，①Ａを発行体とする米ドル円為替連動ユーロ円債（以下「本件Ａ債券」という。），②Ｂを発行体とする円金利スプレッド・為替デュアルリンク債（以下「本件Ｂ債券」という。），③Ｂを発行体とする米ドル円為替レート連動債（２００７年〔平成１９年〕３月２９日発行のもの。以下「本件Ｃ債券」という。），及び，④Ｂを発行体とする米ドル円為替レート連動債（２００７年〔平成１９年〕７月２３日発行のもの。以下「本件Ｄ債券」という。）の４種類の債券（本件各債券）を保有していた。イ本件各債券の発行条件は，別紙３の表１－１，２－１，３－１及び４－１のとおりである。本件各債券は，いずれも措置法３７条の１５第１項１号所定の公社債であり，同法３７条の１６第１項が定める法１号，３号及び４号のいずれにも当たらず，また，法２号の委任を受けた措置法施行令２５条の１５第２項が定める令１号から３号までのいずれにも当たらない。本件各債券に付された利子の利率（以下では公社債に付された利子の利率を単に「公社債の利率」などと表記することがある。）は，いずれも，その全部又は一部が，所定の時期の米ドル日本円為替レート等（以下単に「為替レート等」ということがある。），本件各債券の発行時においては未確定である指標に応じて定められている。そして，上記の発行条件（別紙３の上記各表）によれば，これらの利率がとり得る範囲の下限は，本件各債券のいずれについても０％とされているが，発行後の為替レート等の推移によっては，発行期間を通じて利率が変動しない可能性もあるものとされている。
ウまた，原告による本件各債券の保有状況（保有した数量及び取得日）は，別紙３の表１－２，２－２，３－２及び４－２のとおりである。また，原告が本件各債券を保有していた期間に実際に適用された本件各債券の利率の最大値及び最小値は，本件Ａ債券について５．２０％及び０．００％，本件Ｂ債券について６．２９１％及び０．１００％，本件Ｃ債券について１０．００％及び０．００％，本件Ｄ債券について１０．００％及び０．００％であった。
⑶本件各譲渡（甲６，１１，１５，２０，弁論の全趣旨）ア原告は，平成２４年１２月４日，自身が保有する本件Ａ債券及び本件Ｂ債券をいずれも証券会社に譲渡し，同月１１日に代金の支払を受けた。イ原告は，平成２４年１２月１０日，自身が保有する本件Ｃ債券及び本件Ｄ債券をいずれも証券会社に譲渡し，同月１７日に代金の支払を受けた。ウ本件各譲渡に係る譲渡価格は，別紙３の表１－２，２－２，３－２及び４－２のとおりであり，その合計は，同別紙の表５のとおり円である。
また，本件各譲渡に係る上記譲渡価格の合計額から，本件各債券の取得費（所得税法３３条３項，３８条１項参照）を控除した際に不足する金
額（本件損失額）は，別紙３の表５のとおり
円である。
⑷課税及び不服申立ての経緯等（後掲の証拠のほか，弁論の全趣旨）ア原告は，平成２５年３月１４日，板橋税務署長に対し，平成２４年分の所得税について，本件損失額を譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額として他の所得金額と損益通算して総所得金額の計算をし，総所得金額を
円，納付すべき税額を
円，翌年分へ繰り越す純損失の金額を
円とする確定申告をした。
イ原告は，平成２６年３月１４日，板橋税務署長に対し，平成２５年分の所得税等について，平成２４年分から繰り越した純損失の金額円を平成２５年分の所得金額から差し引き，同年分の総所
得金額を円，納付すべき税額を
円とする確定申告をした。
ウ原告は，平成２８年２月１８日，平成２４年分の所得税に係る修正申告
として，総所得金額を円，納付すべき
税額を円，翌年分へ繰り越す純損失の金
額を円とする修正申告書（以下「平成２４年分
修正申告書」という。）を提出した。
原告は，同日，平成２５年分の所得税等に係る修正申告として，総所得
金額円，納付すべき税額を
円とする修正申告書（以下「平成２５年分修正申告書」という。）を提出した（以下，平成２４年分に係る修正申告と併せて「本件各修正申告」という。）。
エ板橋税務署長は，平成２８年４月２７日付けで，原告に対し，本件各譲渡は措置法３７条の１６第１項各号（法１号から４号まで）に規定する公社債の譲渡に該当せず，本件損失額は，同法３７条の１５第２項の規定により，所得税法の規定の適用上ないものとみなされるため，譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額は０円であるなどとして，平成２４年分の所
得税について，総所得金額を円，納付すべき税
額を円，翌年分へ繰り越す純損失の金額を０
円とする更正処分（以下「平成２４年更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成２４年賦課決定処分」という。）をした（甲１）。
また，板橋税務署長は，同日付けで，原告に対し，平成２５年分の所得税等について，平成２４年更正処分がされたことにより平成２５年分の所得の金額の計算上差し引くべき繰越損失額は０円となったとして，総
所得金額を円，納付すべき税額を
円とする更正処分（以下「平成２５年更正処分」という。）及びこれに伴う過少申告加算税の賦課決定処分（以下「平成２５年賦課決定処分」という。）をした（甲２）。
オ原告は，平成２８年７月１５日，本件各更正処分（平成２４年更正処分及び平成２５年更正処分）のうち本件各修正申告における申告額を超える部分（繰越損失額については，下回る部分）及び本件各賦課決定処分（平成２４年賦課決定処分及び平成２５年賦課決定処分）の全部を不服として審査請求をしたところ，国税不服審判所長は，平成２９年６月６日付けで，原告の審査請求を棄却する裁決をし，同月９日，同裁決書謄本が原告に送達された（甲３）。
カ原告は，平成２９年１２月４日，本件訴えを提起した。
４税額等に関する被告の主張


本件各処分における課税の計算に係る被告の主張は別紙４記載のとおりであり，原告は，後記５の争点に関する部分を除き，その計算の基礎となる金額及び計算方法を明らかに争わない。なお，同別紙で定義した略称は本文においても用いることとする。
５争点及び当事者の主張
本件の争点は，本件各処分の適法性であり，具体的には，①本件各債券が措置法施行令２５条の１５第２項４号（本件規定）に定める公社債（令４号公社債）に該当するか，②本件各処分が信義則又は租税公平主義に反し違法であるか，③原告が本件各修正申告において本件各債券が令４号公社債に該当することを前提に税額等の計算をしたことについて通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるか，という３点が争われている。これらの争点についての当事者の主張の要旨は別紙５のとおりである（同別紙で定義した略称は本文においても用いることとする。）。
なお，上記①に関し，本件各債券は，措置法３７条の１５第１項１号所定の公社債であり，課税の特例を定める同法３７条の１６第１項に定める法１号，３号及び４号のいずれにも当たらず，法２号の委任を受けた措置法施行令２５条の１５第２項に定める令１号から３号までのいずれにも該当しない（関係法令⑵，⑶，前提事実⑵イ）から，課税の対象となる公社債のうち令４号公社債の該当性のみが争われている。本件各債券が令４号公社債に該当すれば，課税の特例により，その譲渡による所得が課税の対象となり，本件各譲渡による損失額（本件損失額）につき損益通算等の対象とすることができることとなり，令４号公社債に該当しなければ，その譲渡による所得は課税の対象とはならず，本件損失額につき損益通算等の対象とすることができないこととなる。そのほか，上記②は，本件各債券が令４号公社債に該当しないとしても本件各処分が信義則違反等により違法となるかが争われているものであり，上記③は，本件各更正処分が適法であるとした場合でも通則法６５条４項にいう「正当な理由」により本件各賦課決定処分が違法となるかが争われているものである。
第３当裁判所の判断
１当裁判所は，本件各債券は措置法施行令２５条の１５第２項４号（本件規定）に規定する公社債（令４号公社債）に該当すると認められるから，本件各債券がこれに該当しないものとして本件各譲渡から生じた損失の額（本件損失額）につき損益通算等の対象とすることができないとした本件各更正処分(主文１項及び２項に記載の部分)及びこれを前提とする本件各賦課決定処分はいずれも違法であって取り消されるべきものであり，原告の請求は理由があるから認容すべきものと判断する。その理由の詳細は以下のとおりである。２争点①（本件各債券が令４号公社債に該当するか）について⑴前記前提事実⑵イのとおり，本件各債券は，いずれも，その発行期間の一部又は全部の期間に係る利率がその発行時においては確定しておらず，所定の時期の為替レートなど，その発行時においては未確定の指標に応じて定まるものとされている変動利付債である。そして，これらはいずれも，その発行条件に照らせば，発行後の為替レート等の推移によっては，その発行期間中に適用される利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上（利率の最小値が０％である場合を含む。以下同じ。）となる可能性があるものと認められ，現に，原告が本件各債券を保有していた期間に実際に適用された利率（前提事実⑵ウ）を見ても，本件各債券のいずれについてもその最大値を最小値で除して計算した割合は１５０％以上となっており，１５０％要件（関係法令⑶）を満たしている。他方，本件各債券の発行条件に照らせば，本件各債券の発行後に生じる利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％を下回る可能性も否定できず，これが実際に下回った場合には，１５０％要件を満たさないこととなる。
そこで，以下では，このような本件各債券が，本件規定に定める１５０％基準（その利子の利率のうち最も高いものを最も低いもので除して計算した割合が１００分の１５０以上であるもの〔利子を付さない期間があるものを含む。〕）を充足するものとして令４号公社債に該当するか否かについて検討する。
⑵本件各特例規定の趣旨等
ア譲渡所得に対する課税の趣旨
譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいう（所得税法３３条１項）ところ，譲渡所得に対する課税は，資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益（キャピタル・ゲイン）を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭和４１年（行ツ）第１０２号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁，最高裁昭和４７年（行ツ）第４号同５０年５月２７日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁参照）。譲渡所得の金額の計算上，当該所得に係る総収入金額からその資産の取得に要した金額等の資産の取得費を控除するものとされている（所得税法３３条３項，同法３８条１項）のも，資産の増加益（すなわち，資産の譲渡による収入金額のうち当該資産の取得に要した費用を超える部分）を清算して課税するという上記の趣旨によるものであると解される。
イ公社債等の譲渡による所得が非課税とされている趣旨これに対し，措置法３７条の１５第１項１号は，公社債等の譲渡による所得については，これが資産の譲渡による所得に当たるにもかかわらず，所得税を課さない旨を規定している。その趣旨は，公社債等の譲渡により得られる増加益は，通常の場合，株式の譲渡により得られる利益とは異なり経過利子を反映しているものと考えられ，個人が利払の中途で法人にこれを譲渡した場合には，譲渡時点での経過利子に対応する所得税相当額を譲渡人において実質的に負担することとなり，また，個人間の譲渡の場合には，譲受人が支払を受ける利子は一律に源泉分離課税の対象とされること（措置法３条，同法３条の３，所得税法１８１条参照）から，公社債等の譲渡による所得に対し課税しなくても，実質的に公社債等の値上がりにより当該公社債等の権利者に帰属することとなる増加益に対して所得税を課税したのと同様の結果となるためであると解される（乙１，２）。
そして，措置法３７条の１５第２項は，公社債等の譲渡による所得が上記のとおり非課税とされていることから，公社債等の譲渡により損失が生じた場合についても，これを損益通算等の対象とすることができないこととしているものである。
ウ本件各特例規定に該当する公社債についてその譲渡による所得が課税の
対象とされている趣旨


他方で，公社債の種類や内容等によっては，公社債の譲渡による所得を非課税とした上記イの趣旨が当てはまらないものもあることから，措置法３７条の１６第１項は，課税の公平を確保するため，上記イの例外（課税の特例）として，課税の対象となる公社債の類型を限定的に列挙しているものであり，これに伴い，同条２項は，これらに該当する公社債の譲渡により損失が生じる場合について，これを損益通算等の対象とすることができることとしているものである。
そして，措置法３７条の１６第１項１号（法１号）は，割引の方法により発行される公社債（割引債）で国外において発行されるもの（いわゆるゼロ・クーポン債〔クーポンすなわち利子の支払がない代わりに，額面よりも低い価格で発行される債券〕）を国内において譲渡したことによる所得として政令で定めるものを掲げている。その趣旨は，国外で発行される割引債については，これを償還前に譲渡した場合の譲渡益につき上記イの非課税規定の適用があるものとすると，国内で発行されている割引債（発行時にその償還差益が源泉分離課税の対象とされている。措置法４１条の１２参照）や，内外の利付債の利子に対する課税との関係で均衡を失し，課税の公平を欠くこととなるから，これを防止するために，このような国外で発行される割引債の譲渡による所得を課税の対象としているものと解される（乙３，５）。
また，割引債と異なり，利子が支払われる公社債（利付債）であっても，その内容等によっては，課税上，国外で発行される割引債と同様の経済的実質を有すると評価すべきものも存すると考えられるところ，このような公社債についても，法１号が国外で発行される割引債の譲渡による所得を課税の対象とした趣旨が妥当することから，法２号は，利子が支払われる公社債で割引債に類するものとして政令で定めるものについて，その譲渡による所得を課税の対象としている。このように，法２号が割引債に類する公社債の具体的内容について政令で定めることとしたのは，割引債（利子の支払がない代わりに額面より低い価格で発行される債券）と利付債（利子が支払われる公社債）とが一定の場合に同様の経済的実質を有するものとされるのは，あくまでも，上記のような課税の公平を含めた税務上の観点からの評価によるものであり，その評価については，かかる観点に基づく専門的，技術的な判断を要するものとして，その評価の基準の定立を政令の定めに委ねたものと解される。
エ令１号から３号までの趣旨
措置法施行令２５条の１５第２項は，上記ウのような法２号の委任を受け，同号にいう「利子が支払われる公社債で割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるもの」として，令１号において，その利子の利率が著しく低いものとして財務省令で定めるもの（令１号公社債。いわゆる低クーポン・ディープディスカウント債〔市場の実勢発行クーポンよりも低いクーポンを付け，投資家に対しては市場実勢金利並みの利回りを保証するため，発行価格を大幅にディスカウントして発行される債券〕）を，令２号において，その債券が元本に係る部分と利子に係る部分とを切り離してそれぞれ独立して取引されるもの（令２号公社債。いわゆるストリップス債）を，令３号において，その利子の計算期間が１年を超えるもの又はその利子の計算期間のうちに１年を超える利子の計算期間があるもの（令３号公社債)を，令４号（本件規定）において，その利子の利率のうち最も高いものを最も低いもので除して計算した割合が１００分の１５０以上であるもの（利子を付さない期間があるものを含む。）（令４号公社債）をそれぞれ掲げている。これらの公社債は，課税上，国外で発行される割引債と同様の経済的実質を有すると評価すべきものとして，その譲渡による所得が課税の対象とされているものである。
ところで，令１号から４号までに定める公社債のうち，令３号公社債及び令４号公社債は，昭和６２年税制改正によってその譲渡による所得が新たに課税の対象とされたものである。これらのうち，令３号公社債の譲渡による所得を課税の対象とした趣旨は，上記改正の当時，ユーロ市場等において，いわゆるディファード・ペイメント債（当初の数年間は利子の支払がなく，数年後に一括して利子が支払われる債券）が発行されていたところ，このような公社債の譲渡による所得を非課税とした場合には，これを保有する者が利払の直前に当該公社債を（利払を受けられる利益を売却価格に反映させて）譲渡することにより，その譲渡益として，実質的に非課税で保有期間に係る利子（経過利子）に相当する利益を得られることとなるため，課税の公平を確保する見地から，このような公社債の譲渡による所得を課税の対象としたものと解される。
オ令４号（本件規定）の趣旨
他方，令４号（本件規定）は，公社債の利率のうち最も高いもの（最大値）と最も低いもの（最小値）との比率を基準とし，前者を後者で除して計算した割合が１５０％以上となる公社債について，その譲渡による所得を課税の対象とするものであり（１５０％基準），利率の最小値が０％である場合（最大値を最小値〔０％〕で除することができない。）についても，その括弧書において利子を付さない期間がある公社債を含むと定めることにより１５０％基準を満たすものとしている。被告は，このような令４号の規定の趣旨につき，令３号公社債に類似するディファード・ペイメント方式の公社債（すなわち，公社債の利率に高低を設け，当初の利率を低率としながら，後の利率を高率とすることによって，利払の遅延という発行目的を達成するもの）についても，その譲渡による所得を課税の対象とするものであると主張する。しかし，昭和６２年税制改正において令４号を設けることとなった動機が，被告の主張するようなディファード・ペイメント方式の公社債の譲渡による所得を課税の対象とすることにあったとしても，同号は，公社債の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上であることを基準として定めているにすぎず，その文言からして，同号がディファード・ペイメント方式以外の公社債を除外するものとは解されない。そして，令４号がこのように定めているのは，公社債の利率に高低が設けられる仕組み・方式には，ディファード・ペイメント方式以外にも様々なものがあり得るところ，利率の最大値が最小値の１５０％以上となるような場合には，そのような利率の高低が設けられた仕組み・方式のいかんにかかわらず，課税の公平を確保する見地からその譲渡による所得を課税の対象とすることが相当であるとされたためであると解される。そうすると，令４号は，ディファード・ペイメント方式の公社債を含め，利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上である公社債を，法２号に定める「割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるもの」の一つとして掲げる趣旨であると解するのが相当である。
⑶１５０％基準該当性の判断方法について


ア本件各特例規定が定める課税の対象となる公社債のうち，法１号及び３号に規定する「割引の方法により発行される公社債」並びに法４号に規定する「利子が支払われない公社債」については，いずれも，利子の支払の有無及び割引の有無という公社債の発行条件によってこれに該当するか否かが判定されるものである。そうであれば，利子が支払われる公社債のうち「割引の方法により発行される公社債」に「類するもの」を掲げる法２号についても，これに該当するか否かは発行条件により定まる当該公社債の客観的な内容・性質から判定されることを前提としているものと解するのが合理的であるところ，現に，法２号の委任を受けた令１号から３号までの各規定についても，これら各号（令１号の委任を受けた財務省令の規定を含む。）の文言上，これらに規定する公社債に該当するか否かは，利子の利率，元本と利子の分離，利子の計算期間といった発行条件により定まる当該公社債の客観的な内容・性質によって判定されるものとなっている。そして，これら令１号から３号までの各規定については，上記⑵ウ及びエにおいて説示した趣旨に照らしても，公社債の発行条件の定めによって，措置法３７条の１５が公社債の譲渡による所得について非課税とした趣旨に反することとなり，課税の公平を欠くこととなるような公社債につき，課税上，国外で発行されている割引債と同様の経済的実質を有すると評価すべきものとして，その譲渡による所得を課税の対象としたものと解され，令４号も，上記⑵オにおいて検討したところに照らせば，これと同旨であるというべきである。
これらを併せ考慮すれば，令１号から３号までと並列して規定されている令４号（本件規定）も，ある公社債が同号に規定する公社債（令４号公社債）に該当するか否か（１５０％基準の充足の有無）は，発行条件により定まる当該公社債の客観的な内容・性質によって判定されるものであることを前提としているものと解するのが相当である。イこれに対し，原告は，本件規定の文言からは，令４号公社債の該当性につきその発行条件から一律に判定すべきものであることを読み取ることはできないとして，令４号公社債に該当するか否かは，当該公社債の保有時（取得時から譲渡時まで）の状況に応じて判定すべきである旨を主張する。しかしながら，措置法施行令２５条の１５第２項及びその委任の根拠規定である措置法３７条の１６第１項の規定の文理及び趣旨に照らし，ある公社債が令１号から４号までに規定する公社債に該当するか否かは，その発行条件により定まる当該公社債の客観的な内容・性質によって判定し得ることを前提としているものと合理的に解することができることは，上記アにおいて説示したとおりである。
そして，仮に，ある公社債が令４号公社債に該当するか否かについて，譲渡人が当該公社債を現に保有していた期間（譲渡までの期間）に実際に適用された利率に基づいて１５０％基準の充足の有無を判定すべきものとした場合，その発行条件において当初は低率な利率が適用され，後に高率の利率が適用されることが定められている公社債について，低率から高率への変動が生じる直前に当該公社債を譲渡したときは，当該譲渡までの期間（保有期間）にはかかる利率の変動がないために令４号公社債に該当せず，その譲渡による所得が課税の対象とならないこととなるが，本件規定は，まさに，こうした公社債（ディファード・ペイメント方式の公社債）の譲渡による所得を課税の対象とすることをその趣旨の一つとするものであるから（上記⑵オ参照），上記のような状況が生じることはおよそ予定していないものというほかなく，本件規定につきこのような結果を生じさせる解釈をとることはできない。したがって，この点についての原告の主張は採用することができない。⑷本件規定が定める公社債の利率の「最も高いもの」及び「最も低いもの」
の意義について
ア一般に，「利子が支払われる公社債」（利付債）には，発行時においてその利子の利率ないし額が確定している確定利付債のほか，発行時点においてそれらが確定していない変動利付債があるところ，本件各特例規定のうち令１号（その利子の利率が著しく低いものとして財務省令で定めるもの）の委任を受けた措置法施行規則１８条の１６は，令１号に規定する財務省令で定める公社債につき「確定利率により利子が支払われる公社債」で当該利率が所定のものとする旨を規定し，その対象を確定利率により利子が支払われる公社債に限定しているが，これに対し，同じく利率に関する基準を定める令４号（本件規定）については，同条に規定するような限定が付されていない。このような令１号（及びその委任を受けた措置法施行規則１８条の１６）との対比によれば，令４号は，変動利付債が令４号公社債に該当し得ることを排除していないものと解される。イそこで，変動利付債との関係で，令４号公社債該当性（１５０％基準充足性）の判定の基礎となる利子の利率の「最も高いもの」及び「最も低いもの」の意義をどのように解すべきかについて検討すると，上記アのとおり本件規定は変動利付債をその対象から除外していないことに加え，本件規定に該当するか否かは発行条件により定まる公社債の客観的な内容・性質に照らして判定すべきものであること（前記⑶ア）を考慮すれば，当該変動利付債の発行条件に照らし，発行期間においてとり得るものとされている利率のうち，その上限となる利率（以下「上限利率」という。）及び下限となる利率（以下「下限利率」という。）がそれぞれ「最も高いもの」及び「最も低いもの」に当たると解するのが，本件規定の文理に照らして素直な解釈というべきである。


ウこの点，被告は，令４号（本件規定）はディファード・ペイメント方式の公社債の譲渡による所得を課税の対象とすることを趣旨とするものであると主張する。しかし，前記⑵オのとおり，本件規定は，公社債の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上であるものと規定するのみであり，ディファード・ペイメント方式を採用しているか否かといったことをその要件として規定するものではない。のみならず，本件規定は，利率の高低の比率が一定以上であることをその要件として規定するのみであり，利率の高低の先後関係等については何ら規定していないから，本件規定に形式的に該当する公社債のうち，ディファード・ペイメント方式による公社債としての実質を有しないもの（利払の遅延を伴わない公社債）についても，本件規定の文言上，令４号公社債から除外されないと解すべきことは，前記⑵オに説示したとおりである。そうすると，本件規定は，公社債の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上であるものについては，それがディファード・ペイメント方式による公社債としての実質を有するか否かにかかわらず，一律に課税の対象となる公社債として取り扱うこととしたものと解するのが相当である。エなお，以上のように解することについては，法２号が「割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるもの」と規定していることとの関係で，本件各債券のようないわゆる仕組債（通貨スワップなどの金融手法を組み合わせた債券で，利率が変動するもの）も令４号公社債に当たり得ることとなるため，このような解釈を採ると，令４号（本件規定）が法２号による委任の範囲を超えることとならないかが問題となり得る。
そこで，この観点からも検討すると，前記⑵ウのとおり，そもそも，法２号が割引債に類するものとして政令で定めるものを課税の対象としたのは，課税の公平の確保を含めた税務上の見地から，国外で発行される割引債と同様の経済的実質を有すると評価すべき公社債についてもその譲渡による所得を課税の対象とすることとしたものであって，その具体的な内容の定めについて法２号の委任を受けが措置法施行令２５条の１５第２項各号も，かかる委任の根拠規定である法２号の趣旨に沿って，利子の利率，元本と利子の分離，利子の計算期間及び利率の高低といった発行条件を定めることにより，国外で発行される割引債と同様に課税の公平を欠く結果をもたらすこととなるか否かといった観点から令１号公社債から令４号公社債までを定めているものと解される。このことから，同項各号には，利率を著しく低く定めるもの（令１号）や，元本と利子を分離するもの（令２号）など，金融商品としての実質から見ても割引債に類似した性質を有するといえるものが定められている一方，昭和６２年税制改正によって追加された令３号では，ディファード・ペイメント債（すなわち，利子の支払があることを前提にその支払を遅らせる点で，金融商品としては割引債とは異なる性質を有する公社債）についても，その譲渡による所得を非課税とすると，課税の公平を欠く結果が生じるとして，課税の対象に加えられている。したがって，同じく昭和６２年税制改正によって追加された令４号についても，これと同趣旨のものと解される以上，金融商品としての実質において割引債と異なる性質を有する公社債（仕組債等）が含まれるというだけで，法２号による委任の範囲を超えることとなるものとは解されない。そして，令４号が，ディファード・ペイメント方式の公社債に限定することなく，利率の最大値が最小値の１５０％以上となる公社債を法２号に定める「割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるもの」の一つとして掲げているのは，前記⑵オのとおり，公社債の利率に高低が設けられる仕組み・方式にはディファード・ペイメント方式以外にも様々なものがあり得るところ，利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上となるような場合には，利率の高低を定める仕組み・方式のいかんにかかわらず課税の公平を確保する見地からその譲渡による所得を課税の対象とすることが相当であるとされたためであると解され，そのような判断が合理性を欠くものとはいえないから（後記⑹エ参照），令４号は，法２号による委任の趣旨に沿うものであり，その委任の範囲を超えるものではないというべきである。以上に照らせば，法２号が「割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるもの」と規定していることとの関係で，令４号を限定的に解釈しなければ委任の範囲を逸脱することとなるものではないから，ある公社債が令４号公社債に該当するか否かは，同号に規定する要件を充足するか否かによって形式的，客観的に判定すべきものと解するのが相当である。
オ小括
以上のとおり，本件規定は，公社債の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上であるものにつき，それが金融商品としての実質からみて割引債と同じ性質を有するか否か，あるいは，ディファード・ペイメント方式による公社債としての実質を有するか否かにかかわらず，課税上，国外で発行される割引債と同様の経済的実質を有すると評価すべき令４号公社債としてその譲渡による所得が課税の対象となるとしているものである。そして，発行時において利率等が確定していない変動利付債について，本件規定にいう公社債の利率の「最も高いもの」及び「最も低いもの」に当たるのは，当該変動利付債の発行条件に照らし，その発行期間においてとり得るものとされている上限利率及び下限利率であり，このような上限利率を下限利率で除して計算した割合が１５０％以上となる場合（下限利率が０％である場合を含む。）には，当該変動利付債は，その発行時の現況に照らして１５０％要件を満たす（実際の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上となるか，あるいは最小値が０％となる）現実的可能性がおよそないと認められるような特段の事情がない限り，１５０％基準を充足するものとして令４号公社債に該当するというべきである。
なお，変動利付債については，発行条件からはそのとり得る上限利率を具体的な数値でもって特定することができない場合も考えられるものの（本件Ｂ債券はこれに当たる。），このような場合においても，発行条件から特定される下限利率の１５０％以上となる利率をとり得るか否か，また，下限利率が０％であるか否かという観点から，発行条件から定まる当該公社債の客観的な内容・性質に照らして１５０％基準の充足の有無を判断することは可能であるから，上限利率を特定できない場合があることは，本件規定を上記のとおり解することの妨げとなるものではない。
⑸本件各債券についての当てはめ


上記⑷オの観点から，本件各債券が１５０％基準を充足するか否かについて検討すると，本件各債券はいずれも利子が支払われる公社債であり，その発行期間における利率の全部又は一部が発行時において確定していない変動利付債であるところ，その発行条件（別紙３参照）によれば，発行期間においてとり得る利率の最小値（下限利率）はいずれも０％であって，また，その発行時の現況に照らし，実際の利率の最小値が０％となる（１５０％要件を満たす）現実的可能性がおよそないと認められるような特段の事情もうかがわれない。
したがって，本件各債券は，いずれも１５０％基準を充足するものとして，本件規定に定める公社債（令４号公社債）に該当するものと認められる。
⑹そのほかの被告の主張について
ア被告は，前記⑷オに関し，本件規定は「１００分の１５０以上であるもの」と明確に規定しているから，その文理に照らし，同規定が「１００分の１５０以上である可能性があるもの」についてまで課税の対象としていると解することは困難である旨主張する。
しかしながら，本件規定の文理において問題となるのは，「１００分の１５０以上であるもの」の意義ではなく，その利子の利率のうち「最も高いもの」と「最も低いもの」の意義（又は「その利子の利率」の意義）であるところ，前記⑷イにおいて説示したとおり，本件規定が変動利付債をその対象から除外していないことや，本件規定に該当するか否かは発行条件により定まる公社債の客観的な内容・性質に照らして判定すべきものであることを考慮すると，変動利付債については，当該公社債の発行条件に照らしてとり得る利率が「その利子の利率」に当たり，その上限利率及び下限利率がそれぞれ「最も高いもの」及び「最も低いもの」に当たると解することが，本件規定の文理に照らしても素直な解釈というべきである。
この点，被告は，１５０％基準を満たすためには発行時において１５０％要件を満たす可能性があるだけでは足りず，それが確実であることを要する旨主張する。しかし，令４号公社債の該当性は公社債の発行条件から一律に判定されるべきものであることを前提として，本件規定を被告の主張のように解釈するためには，変動利付債については，当該公社債の発行条件に照らして発行期間における利率の上限となり得る利率の範囲及び下限となり得る利率の範囲をそれぞれ想定した上で，前者の範囲内での最小値が「最も高いもの」に当たり，後者の範囲内での最大値が「最も低いもの」に当たると解することになろうが，このような解釈は，技巧的である上，変動利付債において発行条件からそのような利率の範囲及びその最大値又は最小値を確定することは困難であることが多いと考えられることに照らしても，採用し難いものである。また，そもそも，１５０％基準に該当するためには１５０％要件を満たすことが確実でなければならないことを所与の前提とすることも，以下においてさらに検討するように，法的根拠を欠くものといわざるを得ない。イ被告は，本件各特例規定のうち本件規定以外のものはいずれも発行時においてその要件を満たすことが確実であることを前提とした規定振りとなっているから，本件規定についても，これらと同様に解すべきである旨主張する。
しかしながら，令４号の定める要件（１５０％基準）につき，前記⑷オのとおり解したとしても，令４号は，発行時においてその規定する要件（１５０％基準）を満たすことが確実である公社債を対象とする規定であるということができるのであり，この点において，本件各特例規定における他の規定と異なるものではない。一方，本件各特例規定がその対象となる公社債としていかなる要件を定めているのかという問題については，それぞれの規定の文理及び趣旨等に照らして個別に検討すべきものであるところ，令４号については，利率をその要件としている上，変動利付債がその対象から除外されていないために，変動利付債について適用する場合にその利率のうち「最も高いもの」及び「最も低いもの」の意義（換言すれば，１５０％要件を満たすことが確実であることを要するか否か）が問題となり得るのである。これに対し，本件各特例規定のうち令１号及び４号を除くものはいずれも利率をその要件として規定しておらず，また，令１号は確定利付債のみを対象としているのであるから，これらの規定における規定振りやその内容が，令４号における上記問題についての解釈に対して直ちに影響を及ぼすものではないというべきである。
ウ被告は，本件規定が１５０％要件を満たさない可能性のある公社債にも適用されると解するのは相当でない旨主張する。
しかしながら，前記⑵オのとおり，本件規定は，公社債の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上となることに着目して，課税の公平を確保する見地からその譲渡による所得を課税の対象とするものであるところ，当該公社債の発行条件から１５０％要件を満たす（実際の利率の最大値を最小値で除して計算した割合が１５０％以上となるか，あるいは最小値が０％となる）ことが確実である場合に限定して本件規定を適用するかどうかは，現実に１５０％要件を満たすこととなる可能性が相当程度に上ると考えて特段の限定を付さない定めとするか，その可能性が低いと考えて限定要件あるいは除外要件を付した定めとするかといった，立法裁量ないし立法政策に属する事項というべきである。そして，本件規定においては，そのような限定要件や除外要件が付されていないのであるから，１５０％要件を満たさない場合が一部に存するとしても本件規定を適用すべきものとする立法上の選択がされたものというほかない。
エ被告は，本件各債券のような，いわゆる仕組債に当たる変動利付債については，令４号（本件規定）が設けられた昭和６２年税制改正当時には，令４号公社債に該当するものとして想定されていなかったのであるから，その後の社会情勢等の変化に伴い上記のような債券が一般の個人投資家向けに販売されるようになったからといって，変動幅の下限すら確定していない変動利付債までもが令４号公社債に該当すると解することはできない旨主張する。


しかしながら，昭和６２年税制改正当時において仕組債が令４号公社債に該当するものとして想定されていなかったとしても，そのことから直ちに本件規定が仕組債をその対象から除外しているものと解することはできない。むしろ，同改正後，仕組債が個人投資家の間で広く取引されるようになるなど金融市場の状況に変化が見られるようになったにもかかわらず，平成２５年税制改正に至るまでの間，このような状況の変化を踏まえた立法的な手当てはされなかったものである。また，仕組債は，為替レートや株価などと連動して利率が変動するため，その利子には経過利子でないものが含まれることとなるから，そのとり得る利率の上限利率を下限利率で除して計算した割合が１５０％以上である場合には経過利子でないものの割合も相応に高くなるものといえ，このような公社債の譲渡による所得を課税の対象に含めたとしても，公社債の譲渡による所得につき非課税とした措置法３７条の１５の趣旨に反することとなるものではなく，上記のような状況の変化を踏まえた立法的な手当てが必要とされていたということもできない（なお，平成２５年税制改正においても，仕組債の譲渡による所得について課税の対象から除外されたものではない。）。そうすると，前記⑷オにおいて説示した本件規定の解釈は，ある公社債が仕組債に該当するか否かにかかわらず妥当するものというべきである。
オ被告は，平成２５年税制改正の立案担当者が執筆した文献（甲２６）の記載によれば，少なくとも本件各債券のような「株価に連動する債券など金利以外の要因により譲渡損益が発生する金融商品」については，同改正以前の規定によっては課税の対象とすることができなかった旨主張する。しかしながら，平成２５年税制改正の立案担当者の認識によって本件規定の解釈が左右されるものでないことはもとより，被告が指摘する上記文献の記載を見ても，同改正の立案担当者において金利以外の要因により譲渡損益が発生する金融商品の譲渡益につき課税の対象とすることができないものと認識していたことを直ちに読み取ることはできない。すなわち，同文献には，「金融商品の多様化により，株価に連動する債券など金利以外の要因により譲渡損益が発生する金融商品や，譲渡益が非課税であることを利用して，収益の分配を行わずに受益権等を譲渡することにより投資収益を回収する金融商品も販売されている状況にあります。」と記載されているところ，この記載からは，同改正前の法令の下において，「株価に連動する債券など金利以外の要因により譲渡損益が発生する金融商品」の譲渡益が常に非課税とされているとの認識が示されているものとまでは読み取ることができず，上記記載は，平成２５年税制改正前の措置法３７条の１５及び３７条の１６並びに措置法施行令２５条の１５の規定に関し，必ずしもその趣旨と金融市場の実情とが合致していないことを指摘したにとどまるものというべきである。カしたがって，被告の上記各主張はいずれも採用することができない。
３結論
以上説示したところによれば，本件各債券は，いずれも令４号公社債に該当するものと認められるから，本件各譲渡による損失（本件損失）については，措置法３７条の１６第１項２号，同条２項の規定により同法３７条の１５第２項の規定が適用されず，その額を譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額として損益通算等の対象とすることができるものというべきである。そうすると，原告の平成２４年分の所得税及び平成２５年分の所得税等の計算上，本件損失額を損益通算等の対象としなかった本件各更正処分及びこれを前提とする本件各賦課決定処分は，その余の点について検討するまでもなく，いずれも違法であって，取り消されるべきものである。よって，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第５１部
裁判長裁判官        清    水    知恵    子裁判官        釜    村    健      太裁判官川山泰弘は，異動のため署名押印することができない。裁判長裁判官       清    水    知恵    子
（別紙２－１）
○所得税
法（
譲渡所得）第三十三条譲渡所得とは、資産の譲渡（建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下この条において同じ。）による所得をいう。２（省略）３譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額。以下この条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。一資産の譲渡（前項の規定に該当するものを除く。次号において同じ。）でその資産の取得の日以後五年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）二資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの４，５（省略
）（
譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）第三十八条譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は、別段の定めがあるものを除き、その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする。２（省略
）（
損益通算）第六十九条総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額を計算する場合において、不動産所得の金額、事業所得の金額、山林所得の金額又は譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、政令で定める順序により、これを他の各種所得の金額から控除する。２（省略
）（
純損失の繰越控除）第七十条確定申告書を提出する居住者のその年の前年以前三年内の各年（その年分の所得税につき青色申告書を提出している年に限る。）において生じた純損失の金額（この項の規定により前年以前において控除されたもの及び第百四十二条第二項（純損失の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）がある場合には、当該純損失の金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、当該確定申告書に係る年分の総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額の計算上控除する。２，３（省略）４第一項又は第二項の規定は、これらの規定に規定する居住者が純損失の金額が生じた年分の所得税につき確定申告書を提出し、かつ、それぞれその後において連続して確定申告書を提出している場合に限り、適用する。５第一項及び第二項の規定による控除は、純損失の繰越控除という。（別紙２－２）
○租税特別措置法（平成二十五年法律第五号による改正前のもの）（


公社債等の譲渡等による所得の課税の特例）第三十七条の十五次に掲げる所得については、所得税を課さない。一公社債（第三十七条の十第二項第三号に規定する新株予約権付社債を除く。）並びに公社債投資信託、公社債等運用投資信託及び貸付信託の受益権並びに社債的受益権（次項第一号において「公社債等」という。）の譲渡（所得税法第五十七条の四第三項第四号に掲げる新株予約権付社債についての社債の譲渡で同号に定める事由によるものを除く。次項第一号において同じ。）による所得二（省略）２次に掲げる金額は、所得税法の規定の適用については、ないものとみなす。一公社債等の譲渡による収入金額が当該公社債等の所得税法第三十三条第三項に規定する取得費及びその譲渡に要した費用の額の合計額又はその譲渡に係る必要経費に満たない場合におけるその不足額二（省略
）（
割引の方法により発行される公社債等の譲渡による所得の課税の特例）第三十七条の十六次に掲げる所得については、前条第一項の規定は、適用しない。一割引の方法により発行される公社債で国外において発行されるものを国内において譲渡したことによる所得として政令で定めるもの二利子が支払われる公社債で割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるものを国内において譲渡したことによる所得として政令で定めるもの三国内において割引の方法により発行される公社債で政令で定める者により発行されるものを譲渡したことによる所得として政令で定めるもの四利子が支払われない公社債（割引の方法により発行されるものを除く。）を譲渡したことによる所得として政令で定めるもの２前項各号に規定する公社債の譲渡については、前条第二項の規定は、適用しない。（別紙２－３）
○租税法特別措置法施行令（平成二十五年政令第百六十九号による改正前のもの）（
割引の方法により発行される公社債等の譲渡による所得の課税の特例）第二十五条の十五法第三十七条の十六第一項各号に規定する政令で定める所得は、居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者が、当該各号に規定する公社債を譲渡した場合における当該公社債の譲渡による所得とする。２法第三十七条の十六第一項第二号に規定する割引の方法により発行される公社債に類するものとして政令で定めるものは、利子が支払われる公社債のうち、次の各号のいずれかに該当するものとする。一その利子の利率が著しく低いものとして財務省令で定めるもの二その債券が元本に係る部分と利子に係る部分とを切り離してそれぞれ独立して取引されるもの三その利子の計算期間が一年を超えるもの又はその利子の計算期間のうちに一年を超える利子の計算期間があるもの四その利子の利率のうち最も高いものを最も低いもので除して計算した割合が百分の百五十以上であるもの（利子を付さない期間があるものを含む。）３法第三十七条の十六第一項第三号に規定する政令で定める者は、独立行政法人住宅金融支援機構、独立行政法人住宅金融支援機構法（平成十七年法律第八十二号）附則第三条第一項の規定による解散前の住宅金融公庫、沖縄振興開発金融公庫、独立行政法人都市再生機構、独立行政法人都市再生機構法（平成十五年法律第百号）附則第四条第一項の規定による解散前の都市基盤整備公団及び都市基盤整備公団法（平成十一年法律第七十六号）附則第六条第一項の規定による解散前の住宅・都市整備公団並びに外国政府、外国の地方公共団体及び国際機関とする。（別紙２－４）
○租税法特別措置法施行規則（平成二十七年財務省令第三号による改正前のもの）（
割引の方法により発行される公社債等の譲渡による所得の課税の特例）第十八条の十六施行令第二十五条の十五第二項第一号に規定する財務省令で定める公社債は、確定利率により利子が支払われる公社債で当該利率が年〇・五パーセント未満（その発行の日から償還期限までの期間が十年以上十五年未満のものにあつては年〇・四パーセント未満とし、当該期間が八年以上十年未満のものにあつては年〇・三パーセント未満とし、当該期間が七年以上八年未満のものにあつては年〇・二パーセント未満とし、当該期間が七年未満のものにあつては年〇・一パーセント未満とする。）のものとする。項目発行条件等
債券の種類（通称）米ドル円為替レート連動ユーロ円債
発行体Ａ
発行日２００３（平成１５）年４月３日
満期日２０３３（平成４５）年４月３日
額面金額２５,０００,０００円
発行価格額面表示金額の１００％
利子計算開始日発行日(２００３（平成１５）年４月３日)利払日２００３（平成１５）年１０月３日（当日を含む）から満期日（当日を含む）までの各年の４月３日及び１０月３日
利息（年利）イ　ＦＸ*がクーポントリガー**以上の場合
年利５．２０％
*　ＦＸとは，利払日の１０営業日前の日の午後３時（東京時間）にロイター社スクリーン「ＪＰＮＵ]に発表されるアメリカ合衆国ドル（以下「米ドル」という。）円為替レートのビッドレートをいう（以下の各表において同じ）。
**　クーポントリガーとは、金利を変更する計算式を適用するＦＸの水準として定められた数値であり、本件Ａ債券は、９７.９９である。
ロ　ＦＸがクーポントリガーを下回っている場合
次の計算式に従って計算した日本円での額面表示金額当たりの金額（1円未満の端数は四捨五入をし、ゼロ未満にはならないものとする。）（２６,６９７.１８×ＦＸ）－２,５００,０００円
繰上償還
２００４（平成１６）年４月３日（当日を含む）から２０３２（平成４４）年４月３日（当日を含む）までの各年４月３日に係るＦＸが１１７.９９以上となった場合には、それぞれ各年４月３日に、元本金額の１００％が年次で償還される。
項目内容
保有額円
購入日（約定日）発行時に購入したが記録保存なし
購入日（受渡日）発行時に購入したが記録保存なし
譲渡日（約定日）２０１２（平成２４）年１２月４日譲渡日（受渡日）２０１２（平成２４）年１２月１１日
譲渡価格円
（表１－２）　原告による本件Ａ債券の保有及び譲渡の状況
（別紙３）
（表１－１）　本件Ａ債券の発行条件
（表２－１）　本件Ｂ債券の発行条件
項目発行条件等
債券の種類（通称）円金利スプレッド・為替デュアルリンク債
発行体Ｂ


発行日２００７（平成１９）年３月２９日
満期日２０３７（平成４９）年３月３０日
額面金額１００,０００,０００円
発行価格額面表示金額の１００％
利子計算開始日２００７（平成１９）年３月３０日
利払日２００７（平成１９）年９月３０日（当日を含む）から満期日（当日を含む）までの各年の３月３０日及び９月３０日
利息（年利）イ　ＦＸ≺９９.９０の場合
年利０.１０％
ロ　ＦＸが９９.９０以上の場合
次の計算式に従って計算した日本円での額面表示金額当たりの金額（１円未満の端数は四捨五入、下限利率０.００%）
９.００×（１０年円スワップレート*－２年円スワップレート）*　円スワップレートとは、利払日の１０営業日前の日の午後３時（東京時間）にＴｅｌｅｒａｔｅ「１７１４３」に表示される当該年限のスワップ金利をいう。
繰上償還
２００８（平成２０）年３月３０日（当日を含む）から２０３６（平成４８）年９月３０日（当日を含む）までの各年３月３０日及び９月３０日に係るＦＸが１１４.９５以上となった場合には、それぞれ各年３月３０日及び９月３０日に、額面金額で償還される。
項目内容
保有額円
購入日（約定日）２００７（平成１９）年３月８日
購入日（受渡日）２００７（平成１９）年３月３０日譲渡日（約定日）２０１２（平成２４）年１２月４日譲渡日（受渡日）２０１２（平成２４）年１２月１１日
譲渡価格円
（表２－２）　原告による本件Ｂ債券の保有及び譲渡の状況
（表３－１）　本件Ｃ債券の発行条件
項目発行条件等
債券の種類（通称）米ドル円為替レート連動債
発行体Ｂ
発行日２００７（平成１９）年３月２９日
満期日２０３７（平成４９）年３月３０日
額面金額１００,０００米ドル
発行価格額面表示金額の１００％
利子計算開始日２００７（平成１９）年３月３０日
利払日２００７（平成１９）年９月３０日（当日を含む）から満期日（当日を含む）までの各年の３月３０日及び９月３０日
利息（年利）次の計算式に従って計算した金額（１セント未満の端数は四捨五入、上限利率１０.００％、下限利率０.００％）
（ＦＸ－９９.９０）×１.００％
繰上償還
２００８（平成２０）年３月３０日（当日を含む）から２０３６（平成４８）年９月３０日（当日を含む）までの各年３月３０日及び９月３０日に係るＦＸが１１４.３５以上となった場合には、それぞれ各年３月３０日及び９月３０日に、額面金額で償還される。
項目内容
保有額米ドル
購入日（約定日）２００７（平成１９）年３月８日
購入日（受渡日）２００７（平成１９）年３月３０日譲渡日（約定日）２０１２（平成２４）年１２月１０日譲渡日（受渡日）２０１２（平成２４）年１２月１７日
譲渡価格米ドル
２００７年３月８日ＴＴＭ　   １１５.８９
２０１２年１２月１０日ＴＴＭ    ８２.５５
（表３－２）　原告による本件Ｃ債券の保有及び譲渡の状況
（参考）円換算レート
（表４－１）　本件Ｄ債券の発行条件
項目発行条件等
債券の種類（通称）米ドル円為替レート連動債
発行体Ｂ
発行日２００７（平成１９）年７月２３日
満期日２０３７（平成４９）年７月２４日
額面金額１００,０００米ドル
発行価格額面表示金額の１００％
利子計算開始日２００７（平成１９）年７月２４日
利払日２００８（平成２０）年１月２４日（当日を含む）から満期日（当日を含む）までの各年の１月２４日及び７月２４日
利息（年利）
年利１０.００％
ロ　２００８（平成２０）年１月２４日（当日を含む）から２０３７（平成４９）年７月２４日（当日を含む）までの期間
次の計算式に従って計算した金額（１セント未満の端数は四捨五入、上限利率１０.００％、下限利率０.００％）
（ＦＸ－１０９.９０）×１.００％
繰上償還
２００８（平成２０）年１月２４日（当日を含む）から２０３７（平成４９）年１月２４日（当日を含む）までの各年１月２４日及び７月２４日に係るＦＸが１１８.９０以上となった場合には、それぞれ各年１月２４日及び７月２４日に、額面金額で償還される。
項目内容
保有額米ドル
購入日（約定日）２００７（平成１９）年６月２７日購入日（受渡日）２００７（平成１９）年７月２４日譲渡日（約定日）２０１２（平成２４）年１２月１０日譲渡日（受渡日）２０１２（平成２４）年１２月１７日
譲渡価格米ドル
２００７年６月２７日ＴＴＭ　   １２３.０２
２０１２年１２月１０日ＴＴＭ    ８２.５５
（表４－２）　原告による本件Ｄ債券の保有及び譲渡の状況
（参考）円換算レート
イ　２００７（平成１９）年７月２４日から２００８（平成２０）年１月
２４日（当日を除く）までの期間
（単位：円）
項目本件Ａ債券本件Ｂ債券   本件Ｃ債券本件Ｄ債券
譲渡価額（ａ）


取得費（保有価額）（ｂ）
譲渡所得の金額（－は損失）
（ａ）－（ｂ）
譲渡価額合計
取得価額合計
譲渡損失合計
（表５）　本件各債券の譲渡に係る譲渡損益
（別紙４）
課税の根拠及び計算
１平成２４年更正処分の根拠
原告の平成２４年分の所得税の納付すべき税額等は，次のとおりである。⑴総所得金額                                 円上記金額は，次のアからカまでの各金額の合計額である（所得税法〔平成２４年分については平成２５年法律第５号による改正前のもの，平成２５年分については平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。〕２２条２項及び６９条１項）。なお，以下において，金額の前に記載した「△」は，特に断りのない限り，損失の金額であることを表すものである。ア事業所得の金額                           円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した事業所得の金額と同額である。
イ不動産所得の金額                 円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した不動産所得の金額と同額である。
ウ配当所得の金額                           円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した配当所得の金額と同額である。
エ給与所得の金額                                     円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した給与所得の金額と同額である。
オ雑所得の金額                                                   円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した雑所得の金額と同額である。
カ譲渡所得の金額                                                 円本件各譲渡により生じた損失の金額（本件損失額）は，所得税法の規定の適用上ないものとみなされるから，譲渡所得の金額は０円となる。⑵株式等に係る譲渡所得等の金額                   円上記金額は，次のア及びイの各金額の合計額であり，原告が平成２４年分修正申告書に記載した株式等に係る譲渡所得等の金額と同額である。ア上場株式等に係る譲渡所得等の金額        円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した上場株式等に係る譲渡所得等の金額と同額である。
イ上場株式等に係る配当所得の金額                 円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した上場株式等に係る配当所得の金額と同額である。
⑶所得控除の額の合計額                             円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した所得控除の額の合計額と同額である。
⑷課税総所得金額                             円
上記金額は，前記⑴の総所得金額円から前記⑶の
所得控除の額の合計額円を控除した後の金額（ただし，国税通則法〔平成２４年分については平成２５年法律第５号による改正前のもの，平成２５年分については平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下「通則法」という。〕１１８条１項の規定により１０００円未満の端数を切り捨てた後のもの。後記２⑷及び⑸において同じ。）である。⑸納付すべき税額                                 円上記金額は，次のアの金額からイ，ウ及びエの各金額を控除した後の金額である。
なお，上記「納付すべき税額」の前に記載した「△」は，還付金の額に相当する税額を表す。
ア課税総所得金額に対する税額                 円
上記金額は，前記⑷の課税総所得金額円に所得
税法８９条１項に規定する税率を乗じて算出した金額である。イ配当控除額                                     円
上記金額は，前記⑴ウの配当所得の金額円に１
００分の５を乗じて計算した金額である（所得税法９２条１項３号イ）。ウ源泉徴収税額                               円上記金額は，次の及びの各金額の合計額である。
修正申告額                             円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した源泉徴収税額である。
更正処分時の認容額                    円上記金額は，原告が，平成２４年中に，Ｃの組合員として，同組合から分配を受けた利益に係る源泉徴収額である。
エ予定納税額                                     円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した予定納税額と同額である。
⑹翌年へ繰り越す純損失の金額                                       円前記⑴カのとおり，本件各譲渡により生じた本件損失額は，所得税法の規定の適用上ないものとみなされるから，翌年へ繰り越す純損失の金額は，円となる。
⑺翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額        円上記金額は，原告が平成２４年分修正申告書に記載した翌年へ繰り越す株式等に係る譲渡損失の金額と同額である。
２平成２５年更正処分の根拠
原告の平成２５年分の所得税等の納付すべき税額等は，次のとおりである。⑴    総所得金額                               円上記金額は，次のアからキまでの各金額の合計額である(所得税法２２条２項及び６９条１項)。
ア事業所得の金額                           円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した事業所得の金額と同額である。
イ不動産所得の金額                    円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した不動産所得の金額と同額である。
ウ配当所得の金額                           円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した配当所得の金額と同額である。
エ給与所得の金額                             円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した給与所得の金額と同額である。
オ雑所得の金額                             円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した雑所得の金額と同額である。
カ譲渡所得の金額                             円上記金額は，原告が平成２５年分修正申告書に記載した譲渡所得の金額と同額である。
キ本年分で差し引く繰越損失額                                   円前記１⑹のとおり，平成２４年分の所得税について，翌年へ繰り越す純損失の金額は円であるから，平成２５年分で差し引く繰越損失額も円となる。
⑵    株式等に係る譲渡所得等の金額          円上記金額は，次のアの金額からイの金額を差し引いた後の金額であり，原告が平成２５年分修正申告書に記載した株式等に係る譲渡所得等の金額と同額である。