ここで被控訴人原料が，上記本件訂正発明生産物に当たることについては，被控訴人らが認否しておらず，その事実を明らかにしないから，被控訴人らは，被控訴人原料が，上記本件訂正発明生産物に当たる事実を自白したものとみなすこととする（民事訴訟法１５９条１項）。そうすると，本件訂正発明生産物が本件特許の特許出願前に日本国内において公然知られた物でないときは，被控訴人原料は，本件訂正発明の方法により生産されたものと推定されることとなる。なお，被控訴人らが被控訴人原料の生産方法であると主張する被控訴人方法に照らしても，被控訴人原料が上記本件訂正発明生産物に当たることが認められる。イ次に，本件訂正発明に関し，特許法１０４条における「本件特許の特許出願」日とは具体的にはいつのことを指すかについて検討する。(ｱ)本件特許の優先権主張の基礎出願（乙Ｂ１の１～３。出願日平成１９年６月１３日。以下，優先権主張の基礎となる出願及び同出願に係る出願書類について，乙Ｂ１の１を「基礎出願Ａ」，乙Ｂ１の２を「基礎出願Ｂ」，乙Ｂ１の３を「基礎出願Ｃ」といい，これらを併せて「基礎出願」という。）には，次の記載がある。
ａ基礎出願Ａ（乙Ｂ１の１）
【発明の名称】エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む食品【請求項１】エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含有する，飲料。
【請求項３】
エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含有する，クリーム状食品。
【技術分野】
【０００１】
本発明は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品に関する。
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
これまでに，本発明者等は，エクオールを含有する食品素材として，大豆胚軸をエクオール産生微生物で発酵させることにより得られる大豆胚軸発酵物を見出した。当該大豆胚軸発酵物には，エクオールのみならず，イソフラボンやサポニン等の大豆由来の有用成分を含み，これによって有用生理効果を発現できるので，機能性素材として有用であることが明らかにされている。更に，当該大豆胚軸発酵物は，大豆胚軸由来のアレルゲンが低減されており，低アレルゲン素材としても有用であることが確認されている。・・・
【０００６】
更に，上記大豆胚軸発酵物からエクオールを含む有用成分を溶媒抽出することにより得られる抽出物についても，機能性食品素材として有用であることが分かっている。
【０００７】
そこで，本発明の目的は，エクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物を含む各種形態の食品を提供することである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１２】
エクオール含有大豆胚軸発酵物
本発明の食品素材に用いられるエクオール含有大豆胚軸発酵物とは，エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られる大豆胚軸発酵物である。
【００１３】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造は，エクオール産生微生物としては，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物が使用される。ここで，ダイゼイン配糖体としては，具体的には，ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン等が挙げられる。
【００１４】
上記エクオール産生微生物としては，食品衛生上許容され，上記能力を有する限り特に制限されない。例えば，ラクトコッカス・ガルビエ（Lactococcusgarvieae）等のラクトコッカス属に属する微生物；ストレプトコッカス・インターメディアス（Streptococcus    intermedius），ス   トレプ   トコッ   カス・   コンス   テラー   タス（Streptococcusconstellatus）等のストレプトコッカス属に属する微生物；バクテロイデス・オバタス（Bacteroidesovatus）等のバクテロイデス属に属する微生物の中に上記能力を有する微生物が存在していることが分かっている。エクオール産生微生物の中で，好ましくは，ラクトコッカス属，及びストレプトコッカス属等の乳酸菌であり，更に好ましくはラクトコッカス属に属する乳酸菌であり，特に好ましくはラクトコッカス・ガルビエが挙げられる。エクオール産生微生物は，例えば，ヒト糞便中からエクオールの産生能の有無を指標として単離することができる。上記エクオール産生微生物については，本発明者等により，ヒト糞便から単離同定された菌，即ち，ラクトコッカス20-92（FERMBP-10036   号），ストレプトコッカスE-23-17（FERMBP-6436   号），ストレプトコッカスA6G225（FERM   BP-6437号），及びバクテロイデスE-23-15（FERMBP-6435   号）が寄託されており，本発明ではこれらの寄託菌を使用できる。これらの寄託菌の中でも，ラクトコッカス20-92が好適に使用される。
【００１５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵原料として大豆胚軸を用いて製造される。大豆胚軸とは，大豆の発芽時に幼芽，幼根となる部分であり，ダイゼイン配糖体やダイゼイン等のダイゼイン類が多く含まれていることが知られている。本発明に使用される大豆胚軸は，含有されているダイゼイン類が著しく損失されていないことを限度として，大豆の産地や加工の有無については制限されない。例えば，生の状態のもの；加熱処理，乾燥処理，蒸煮処理等に供された大豆から分離したもの；未加工の大豆から分離した胚軸を加熱処理，乾燥処理又は蒸煮処理等に供したもの等のいずれであってもよい。また，使用される大豆胚軸は，脱脂処理や脱タンパク処理に供したものであってもよい。また，使用される大豆胚軸の形状については，特に制限されるものではなく，粉末状であっても，粉砕又は破砕された粒状又は塊状であってもよい。より効率的にエクオールを生成させるという観点からは，粉末状の大豆胚軸を使用することが望ましい。
【００１６】
大豆胚軸の発酵処理は，適量の水を大豆胚軸に加えて水分含量を調整し，これに上記エクオール産生微生物を接種することにより行われる。
【００１７】
大豆胚軸に添加される水の量は，使用するエクオール産生微生物の種類や発酵槽の種類等によって応じて適宜設定される。通常，発酵開始時に，大豆胚軸と水が以下の割合で共存していればよい：大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，水が４００～４０００重量部，好ましくは５００～２０００重量部，更に好ましくは６００～１０００重量部。
【００１８】


また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量については，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．５～３重量部程度が例示される。なお，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するエクオール産生微生物としては，具体的には，ラクトコッカス・ガルビエから選択することができ，具体的には，ラクトコッカス20-92（FERMBP-10036   号）が挙げられる。
【００１９】
更に，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）のｐＨについては，エクオール産生微生物が生育可能である限り特に制限されないが，エクオール産生微生物を良好に増殖させるという観点からは，発酵原料のｐＨを６～７程度，好ましくは６．３～６．８程度に調整しておくことが望ましい。
【００２０】
また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。このようにイソフラボンを発酵原料に別途添加しておくことにより，得られる大豆胚軸発酵物中のエクオール含量をより高めることが可能になり，その有用性を一層向上させることができる。
【００２４】
・・・大豆胚軸発酵物中のエクオール含量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。
【００２５】
当該エクオール含有大豆胚軸発酵物には，エクオール以外に，ダイジン，マロニルダイジン，アセチルダイジン，ダイゼイン，ジハイドロダイゼイン等のダイゼイン類（以下，これらの成分を「ダイゼイン類」と表記する）；ゲニスチン，マロニルゲニスチン，アセチルゲニスチン，ゲニステイン，ジハイドロゲニステイン等のゲニステイン類（以下，これらの成分を「ゲニステイン類」と表記する）等の各種イソフラボンも含まれており，これらのイソフラボンの有用生理活性をも発現することができる。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のイソフラボン（エクオールを含む）含有量については，使用するエクオール産生微生物や発酵条件等によって異なるが，通常，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，イソフラボンが５～２０ｍｇ，好ましくは５～１５ｍｇ，更に好ましくは８～１５ｍｇ程度が例示される。
【００３１】
更に，エクオール含有大豆胚軸発酵物には，大豆胚軸に由来するサポニンをも有している。エクオール含有大豆胚軸発酵物中のサポニンは，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，サポニンが１０～８０ｍｇ，好ましくは２０～５０ｍｇ，更に好ましくは３０～４０ｍｇ含まれている。
【００３２】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアルギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０ｍｇ，好ましくは８～１５ｍｇ，更に好ましくは９～１２ｍｇ程度が例示される。
【０１００】
以下に，参考例，実施例等に基づいて本発明を詳細に説明するが，本発明はこれらによって限定されるものではない。
参考例１－１～１－３   エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造表１に示す組成となるように，粉末状大豆胚軸，アルギニン，及び水を混合して，大豆胚軸溶液（原料）を調製した。この大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036   号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０１０１】
表１に，培養９６時間後の培養液における生菌数及びｐＨ，粉末状の大豆胚軸発酵物の取得量，及び粉末状の大豆胚軸発酵物中のエクオール濃度を示す。この結果から，エクオール産生菌を用いて粉末状大豆胚軸を発酵させることにより，高効率でエクオールが生成されることが確認された。
【０１０２】
【０１０３】
参考例１－４エクオール含有大豆胚軸発酵物の製造粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERM   BP-10036号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った。培養後，得られた発酵液（培養液）を１００℃，１分間の条件で加熱殺菌した後，８０℃の条件での乾燥処理し，更にホモゲナイダーにより粉末化処理することにより，粉末状の大豆胚軸発酵物を得た。
【０１０４】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３に示す。この結果からも，ラクトコッカス20-92株によって大豆胚軸を発酵させることにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認された・・・一方，アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。
【０１０５】
【表２】
【０１０６】
ｂ基礎出願Ｂ（乙Ｂ１の２）


基礎出願Ｂの出願書類の段落【００１５】～【００２０】，【００２６】，【００２７】，【００３３】，【００３４】，【００７０】～【００７７】には，基礎出願Ａの出願書類の段落【００１３】～【００１８】，【００２４】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】～【０１０６】に対応する記載がある。また，基礎出願Ｂの出願書類には，次の記載がある。
【発明の名称】エクオール含有食品素材，及びこれを用いた食品
【請求項１】
(A)エクオール産生微生物で大豆胚軸を発酵させて得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物又はその抽出物が(B)カカオマスに分散されてなる，食品素材。
ｃ基礎出願Ｃ（乙Ｂ１の３）
基礎出願Ｃの出願書類の段落【００１４】～【００２１】，【００２５】，【００２６】，【００３２】，【００３３】，【００５６】～【００５９】には，基礎出願Ａの段落【００１３】～【００２０】，【００２４】，【００２５】，【００３１】，【００３２】，【０１００】～【０１０２】に対応する記載がある。また，基礎出願Ｃの出願書類には，次の記載がある。
【発明の名称】エクオール含有抽出物，及びその製造方法
【請求項１】
エクオール含有大豆胚軸発酵物を抽出溶媒としてエタノール水溶液を用いて抽出処理し，抽出液を回収する第１工程を含む，エクオール含有抽出物の製造方法(ｲ)本件原出願（乙Ｂ２）において追加された記載「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とすることを明示する本件明細書の【００９３】や「ダイゼイン類」に適宜の栄養成分を添加することを明示する本件明細書の【００９５】に相当する記載は，基礎出願には存在せず，本件原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落【００９１】，【００９３】）。
また，公知のスクリーニング方法に関する本件明細書の【００３２】に相当する記載及び【００３６】の「エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法」により「オルニチン・エクオール産生微生物」を得ることに係る記載についても，基礎出願には存在せず，本件原出願において初めて付け加えられたものである（本件原出願の段落【００３０】，【００３４】）。
(ｳ)優先権主張の可否について
前記(ｱ)(ｲ)のとおり，基礎出願に明示的に発酵原料として記載されているのは「大豆胚軸」だけであり，「大豆胚軸」以外のものを発酵原料とできることを明示する記載が追加されたのは，本件原出願以降である。
しかし，基礎出願では，「ダイゼイン類」を資化してエクオールを産生する能力を有する微生物を使用するとされている上，基礎出願の実施例で使用されているラクトコッカス２０－９２株がそのような微生物の一例として記載されている（基礎出願Ａの段落【００１３】，【００１４】，基礎出願Ｂの段落【００１５】，【００１６】，基礎出願Ｃの段落【００１４】，【００１５】）。また，基礎出願では，「・・・大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，・・・栄養成分を添加してもよい。」と記載されており（基礎出願Ａの段落【００１８】，基礎出願Ｂの段落【００２０】，基礎出願Ｃの段落【００１９】），基礎出願において，「水」と「アルギニン」以外の栄養成分を添加することは排除されていない。さらに，基礎出願では，「また，使用する発酵原料（大豆胚軸含有物）には，更に，前記ダイゼイン類を含むイソフラボンを添加しておいてもよい。」と記載されており（基礎出願Ａの段落【００２０】，基礎出願Ｂの段落【００２２】，基礎出願Ｃの段落【００２１】），「ダイゼイン類」を含むイソフラボンを発酵原料とすることが想定されているということができる。そして，前記(ｱ)ａ，ｂのとおり，基礎出願Ａ，Ｂに記載された実施例においては，「大豆胚軸」にアルギニンを添加してラクトコッカス２０－９２株で発酵処理することにより，「大豆胚軸」に含まれるダイジンが代謝されてエクオールが生成するとともに，同株によりアルギニンがオルニチンに変換されて，粉末状の発酵物が得られることが，具体的な実験結果と共に記載されている（基礎出願Ａの段落【０１０３】～【０１０６】，基礎出願Ｂの段落【００７４】～【００７７】）。また，基礎出願には，「通常，大豆胚軸発酵物の乾燥重量当たり（大豆胚軸発酵物の乾燥重量を１ｇとした場合），エクオールが１～２０ｍｇ，好ましくは２～１２ｍｇ，更に好ましくは５～８ｍｇ含まれている。」「エクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０mg，好ましくは８～１５mg，更に好ましくは９～１２mg程度が例示される。」との記載があり（基礎出願Ａの段落【００２４】，【００３２】，基礎出願Ｂの段落【００２６】，【００３４】，基礎出願Ｃの段落【００２５】，【００３３】），発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１～２０ｍｇのエクオールが通常含まれている旨及び８～１５mgのオルニチンが含まれることが好ましい旨の記載があり，これらの下限値が本件訂正発明において特定されているということができる。そして，基礎出願Ａ及びＢの発明により得られる発酵物が食品素材であることはそれぞれの請求項の記載から明らかである。


ところで，証拠（乙Ｂ４（JOURNALOFBIOSCIENCE   ANDBIOENGINEERING,Vol.102,No.3,247-250.2006），１６（国際公開第２００５／００００４２号））によると，本件優先日当時，ダイゼインからエクオールが産生されること，ラクトコッカス２０－９２株がダイゼイン配糖体（例えばダイジン），ダイゼイン，ジヒドロダイゼインを含むダイゼイン類を資化してエクオールを産生すること，ダイジンの場合は，資化されてダイゼインを遊離し，遊離したダイゼインが更に資化されてジヒドロダイゼインとなり，最終的にエクオールが産生されることは，技術常識となっていたと認められる。そうすると，当業者は，基礎出願において，実質的に代謝されるのが「大豆胚軸」中のダイジンなどの「ダイゼイン類」であることを認識していたと認められる。
以上によると，基礎出願Ａ，Ｂの上記記載に接した当業者は，上記本件優先日当時の技術常識とを考え併せ，「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とした場合でも，ラクトコッカス２０-９２株のようなエクオール及びオルニチンの産生能力を有する微生物によって，発酵原料中の「ダイゼイン類」がアルギニンと共に代謝されるようにすることにより，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを含有する，食品素材として用いられる粉末状の発酵物を生成することが可能であると認識することができたというべきであるから，本件訂正発明を基礎出願Ａ，Ｂから読み取ることができるものと認められる。
したがって，本件訂正発明は，少なくとも基礎出願Ａ，Ｂに記載されていたか，記載されていたに等しい発明であると認められ，本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂに基づく優先権主張の効果を享受できるというべきである。そうすると，本件特許は，特許法１０４条の規定の適用については，本件優先日である平成１９年６月１３日に出願されたものとみなされるから，本件訂正発明生産物が同条の特許出願前に日本国内において「公然知られた物でない」か否かを検討するに当たり，本件優先日以降に公開された乙Ｂ３（国際公開第２００７／０６６６５５号。国際公開日２００７（平成１９）年６月１４日）を考慮することはできない。
ウ「公然知られた物でない」に当たるか
その物が特許法１０４条の「公然知られた」物に当たるといえるには，基準時において，少なくとも当業者がその物を製造する手がかりが得られる程度に知られた事実が存することを有するというべきところ，本件訂正発明生産物が，本件優先日当時に公知であった乙Ｂ１６，乙Ｂ２４に記載されていたとはいえず，また，乙Ｂ１６又は乙Ｂ２４から本件訂正発明を容易に想到することができないことは後記３(4)，(6)のとおりである。そうすると，本件優先日時点において，乙Ｂ１６又は乙Ｂ２４に触れた当業者が本件訂正発明生産物を製造する手がかりが得られたということはできない。
また，被控訴人らは，本件訂正発明生産物は，乙Ｂ１６の「実施例１」の「乾燥重量１ｇ当たり，１ｍｇ－３ｍｇのエクオールが生成」している発酵物「９９２ｍｇ」に栄養強化添加物である「９７．４８％」の純度のオルニチン（乙Ｂ６７の国際公開公報（ＷＯ２００６／０５１９４０））を「８ｍｇ」加えたものであるにすぎないから，「公然知られた物」であると主張するが，前記アのとおり，本件訂正発明生産物は，「オルニチン及びエクオールを含有する粉末状の発酵物であって，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールが生成され，食品素材として用いられる物」であるから，乙Ｂ１６に乙Ｂ６７を組み合わせたとしても，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールが生成された」物に当たらないから，上記被控訴人らの主張は採用できない。
なお，被控訴人らは，本件発明による生産物について，乙Ｂ４により公然知られた物に当たる旨の主張をしていたので念のため検討するに，乙Ｂ４に本件訂正発明が記載されていたとはいえず，また，乙Ｂ４から本件訂正発明を容易に想到できたものではないことは後記３(3)のとおりであり，乙Ｂ４によっても当業者が本件訂正発明生産物を製造する手がかりが得られたということはできない。したがって，本件訂正発明生産物は，本件優先日当時，「公然知られた物でない」といえる。
エ被控訴人方法の構成について
被控訴人らは，被控訴人原料の生産方法が原判決別紙「被告方法目録」記載の被控訴人方法であることについて自白が成立しているから，特許法１０４条の推定は働かないと主張する。そして，令和元年６月７日の原審第４回弁論準備手続期日において，当事者双方が，被控訴人方法の構成について原判決別紙「被告方法目録」記載のとおりである旨陳述している（当裁判所に顕著）。原審において当事者間に争いがないものとされた被控訴人方法と，当審で控訴人が主張する被控訴人方法とでは，前者における「α３前記酵素処理工程を経て得られたダイゼインを含む処理液と，●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●をアルギニンを含む培養液と共に混合して発酵処理をし，」との構成部分を，後者では「α３－１前記酵素処理工程を経て得られたダイゼインを，アルギニンを含むその他の成分と混合して培地とした上，これを滅菌処理して滅菌済培地とし，」と「α３－２●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●を同滅菌済培地に植菌して発酵処理をし，」との構成に変更するというものであるところ，同α３－１及びα３－２の内容は，α３の内容を更に具体化・詳細化しようとするものであり，また，控訴人は，原判決における本件訂正発明に係るクレーム解釈に基づく場合の構成としてα３－１及びα３－２とすべきと主張しているものであるから，まずは，原審において当事者間に争いがないものとされた被控訴人方法（α１～６によるものであって，α３をα３－１及びα３－２に変更しないもの）の構成について検討を進めることとする。
オ推定の覆滅について
被控訴人らは，被控訴人原料の生産方法が被控訴人方法であり，これが本件訂正発明の方法とは異なるから，本件訂正発明の方法を使用していないとの主張立証をしているものと解されるから，以下，被控訴人方法（まずは，α１～６によるものであって，α３をα３－１及びα３－２に変更しないもの）が本件訂正発明の方法とは異なるものであるか検討する。
(ｱ)アルギニンの添加について


ａ   被控訴人らは，被控訴人方法においては，構成要件Ａ’で選択されたダイゼイン類は，構成α１の「ダイゼイン配糖体」であり，ダイゼイン配糖体にアルギニンを添加する工程がないから，構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２を充足しないことが立証されていると主張する。
ｂ被控訴人らは，被控訴人方法にはアルギニンを添加する工程がないと主張するところ，被控訴人方法においては，構成α３において，ダイゼインを含む処理液と，●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●をアルギニンを含む培養液と共に混合して発酵処理をしているから，この工程が「アルギニンを添加」（構成要件A’）に当たるといえるか問題となる。
特許請求の範囲の記載のうち構成要件A’は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加する」というものであるが，被控訴人方法の構成α３においては，ダイゼインを含む処理液を，アルギニンを含む培養液と混合しているから，これによってダイゼインにアルギニンを添加しているということができる。被控訴人らは，構成α１の「ダイゼイン配糖体」が，構成要件Ａ’の「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」に当たるところ，被控訴人方法においてはダイゼイン配糖体にアルギニンを添加しているものではないから，構成要件Ａ’の「アルギニンを添加する」を充足しないと主張しているものの，特許請求の範囲の記載は上記のとおり「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加するというものであって，ダイゼイン類をダイゼイン配糖体に限定する理由はない。そして，構成α３において，上記ダイゼイン類の一つである「ダイゼイン」を含む処理液と「アルギニン」を含む培養液が混合されているから，被控訴人方法においては，ダイゼイン類であるダイゼインにアルギニンが添加されているというべきである。そうすると，被控訴人方法は構成要件Ａ’を充足する。
ｃ原判決は，構成α３の「アルギニンを含む培養液」は，本件発明の構成要件Ａ－２，Ａ－３の「アルギニンを含む発酵原料」に当たらず，被控訴人方法は本件発明のＡ－２，Ａ－３を充足しないと判断したが，本件訂正発明においても，構成要件Ｂ’－１に「アルギニンを含む発酵原料」とあるので，α３の「アルギニンを含む培養液」が構成要件Ｂ’－１の「アルギニンを含む発酵原料」に当たるか検討する。
構成要件Ｂ’－１は，「前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料を」というものであるが，これは，構成要件Ａ’においてダイゼイン類にアルギニンを添加したものを指すと解するのが自然である。そして，上記ｂのとおり，被控訴人方法の構成α３においては，「ダイゼイン」を含む処理液と「アルギニン」を含む培養液を，●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●と共に混合して発酵処理をしているところ，「ダイゼイン」を含む処理液と「アルギニン」を含む培養液の混合物を，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」である●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●で「発酵処理」しているから，上記混合物は発酵原料に当たるというべきである。そうすると，同混合物は，「前記ダイゼイン類と前記アルギニンを含む発酵原料」に当たるから，被控訴人らの主張する被控訴人方法を前提としても，被控訴人原料の生産方法は，本件訂正発明の構成要件Ｂ’－１を充足し，構成要件Ｂ’－１の発酵原料を微生物で発酵処理することを内容とする構成要件Ｂ’－２も充足する。この点，原判決は，本件発明について，アルギニンは，発酵処理をする前の発酵原料の調製をする段階において発酵原料に含まれているものであり，構成α３の「ダイゼインを含む処理液」が発酵原料に当たり，「アルギニンを含む培養液」は発酵原料ではなく，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分に当たるものと解した上で，被控訴人方法は発酵処理段階においてアルギニンが初めて現れるから本件発明の構成要件を充足しないと判断した。
しかしながら，本件特許請求の範囲及び本件明細書をみても，ダイゼイン類にアルギニンを添加した後に微生物を加えることと，ダイゼイン類とアルギニンと微生物を同時に混合することとの間に何らかの差異があることをうかがわせる記載はない。また，本件明細書をみると，【００９１】に「発酵原料（発酵に供される原料）」との記載があるものの，【００９３】には「ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではない」と発酵原料に特段の制限がないものとされており，そのほかには発酵原料を定義付ける記載はない。前記１(2)のとおり，本件訂正発明においてオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物による発酵に供されるのは，「ダイゼイン類」と「アルギニン」であり，ダイゼイン類にアルギニンが添加されたのちに微生物が添加されたとしても，ダイゼイン類に，アルギニンと微生物が同時に添加されたとしても，アルギニンが発酵に供されることに変わりがない。そうすると，被控訴人方法におけるアルギニンが，発酵原料ではないというべき理由がない。


原判決は，本件明細書の【００３３】の「当該エクオール含有大豆胚軸発酵物は，発酵原料として大豆胚軸を用いて製造される」との記載及び【００３６】の「大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（中略）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量については，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．５～３重量部程度が例示される。」と発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分を添加してもよいと記載されていることから，発酵効率の促進等を目的とする栄養成分は，発酵原料とは別の成分として扱われていると認定したが，ダイゼイン類を含む「大豆胚軸」が発酵原料に当たることと，ダイゼイン類を含む処理液とアルギニンを含む培養液のいずれもが発酵原料に当たると考えることは何ら矛盾するものではない。また，【００３６】の記載も，大豆胚軸にアルギニンを添加したものを発酵原料とみなすことと矛盾するものではない。したがって，原判決の判断には誤りがあるというほかない。そうすると，α３の「アルギニンを含む培養液」は，構成要件Ｂ’－１の「アルギニンを含む発酵原料」に当たると認めるのが相当であるから，被控訴人方法が構成要件Ａ’，Ｂ’－１，Ｂ’－２を充足しないことが立証されているとはいえない。
(ｲ)微生物の種類について
ａ構成要件Ｂ’－２は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」というものであり，「微生物」は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有するものである必要はあるが，特定の微生物に限定されているものではない。そして，本件明細書の発明の詳細な説明の記載をみると，【実施例】において，「微生物」としてはラクトコッカス２０－９２株のみが挙げられているものの，他方，【００３２】には，本件特許の特許出願時，エクオールを産生する能力のある微生物がいくつか知られていたことが記載され，【００３６】には，その中から，オルニチン産生能力を有する微生物を公知のスクリーニング方法により得ることができることが記載されている。そうすると，本件特許請求の範囲及び本件明細書の発明の詳細な説明の記載に接した当業者においては，公知のスクリーニング方法を用いて，通常の試行錯誤の範囲内において，ラクトコッカス２０－９２株以外についても「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物を見出すことができると理解するというべきであるから，構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２株に限定されるものではないというべきであって，被控訴人方法における腸内細菌（●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●）も，上記「微生物」との文言を充足するというべきである。
ｂ被控訴人らは，構成要件Ｂ’－２の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む」とは，いわゆる機能的クレームとして広範な微生物を包含する記載であるのに対し，本件明細書には，ラクトコッカス２０－９２株を適切なものとして発見した点に基本的な技術思想があることが記載され，あらゆる微生物を含むものとして記載されておらず，また，控訴人のホームページ（乙Ｂ１１）をみても，ラクトコッカス２０－９２株以外の上記微生物を見出すためには過度の試行錯誤を有するというべきであることなどを指摘して，構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，ラクトコッカス２０－９２株に限定して解釈されるべきである旨主張する。
しかし，構成要件Ｂ’－２の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物という文言に，広範な微生物を包含してしまうことについての合理的根拠はなく，上記ａに説示したとおり，本件明細書の記載等に接した当業者においては，公知のスクリーニング方法を用いて，通常の試行錯誤の範囲内において，ラクトコッカス２０－９２株以外についても「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物を見出し得る旨理解するというべきであるから，本件明細書において，ラクトコッカス２０－９２株を適切なものとして発見した点のみに基本的な技術思想があることが記載されているとはいえない。さらに，控訴人のホームページ（乙Ｂ１１）をみても，実際に市販できる程度に優れた微生物を見出すことには困難が伴うとしても，構成要件Ｂ’－２の「微生物」は，本件特許請求の範囲及び本件明細書の発明の詳細な説明の記載に照らし，実際に市販できる程度に優れた微生物である必要はなく，ある程度，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有する微生物であれば足りるというべきであるから，当業者に過度の試行錯誤を課することにもならない。
また，本件訂正発明の構成要件Ａ’の「ダイゼイン類」は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，ジヒドロダイゼイン」の３種のダイゼイン類のうち少なくとも１種であればよいものであって，「ダイゼイン配糖体」でなければならないものではなく，構成要件Ｂ’‐２の「微生物」は，「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力」を有するものである必要はあるが，特許請求の範囲の記載及び本件明細書をみても，上記「微生物」が糖を切断する能力を有するものである必要がある旨の記載はない。本件明細書の【実施例】における「微生物」として，糖を切断する能力を有する微生物であるラクトコッカス２０－９２株のみが挙げられているものの，構成要件Ｂ’‐２の「微生物」がラクトコッカス２０－９２株に限定されるものではない。そうすると，構成要件Ｂ’‐２の「微生物」が糖を切断する能力を有するものである必要はない。
以上によれば，α３の「●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●●」は，構成要件Ｂ’－２の「微生物」に当たると認めるのが相当であるから，被控訴人方法が構成要件Ｂ’－２を充足しないことが立証されているとはいえない。(ｳ)以上のとおり，被控訴人原料の生産に本件訂正発明の方法を使用していないことが立証されているとはいえないから，特許法１０４条の推定が覆滅されたと認めることはできない。
(2)争点１についての結論


前記(1)のとおり，被控訴人原料は，本件訂正発明の方法により生産されたものと推定されるから，その余の点について判断するまでもなく，被控訴人方法は本件訂正発明の技術的範囲に属する。
３争点２（本件特許は特許無効審判により無効にされるべきものであるか）に
ついて
(1)争点２－１（無効理由１（優先権の主張ができないことを前提とする乙Ｂ３に基づく新規性欠如）の有無）について
前記２(1)イ(ｳ)のとおり，本件訂正発明は，基礎出願Ａ，Ｂに基づく優先権主張の効果を享受できる。
したがって，被控訴人らの無効理由１の主張は前提を欠き，理由がない。(2)争点２－２（無効理由２（本件訂正発明の「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」に関するサポート要件違反・実施可能要件違反）の有無）について
アサポート要件について
(ｱ)特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か，また，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものである。
(ｲ)本件明細書（甲２）には，「ダイゼイン類」を資化してエクオールを産生する能力を有する微生物が複数挙げられるとともに，エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法により，オルニチン・エクオール産生微生物を得ることができると記載されている（【００３２】，【００３６】）。また，本件明細書には，「大豆胚軸」以外の大豆胚軸抽出物等の「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料として使用可能であること（【００９３】）や「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」の発酵物について，粉末状の食品素材として使用できることが記載されている（【０１４４】）。そして，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」にアルギニンを添加したものを発酵原料として，ラクトコッカス２０－９２株を用い，本件訂正発明に規定する量のエクオール及びオルニチンを含有する粉末状の大豆胚軸発酵物を製造する実施例が記載され（【０２２５】～【０２２８】），同発酵物を利用した様々な食品の例が記載されている（【０２７１】～【０６１６】）。
以上の本件明細書の記載に，前記２(1)イ(ｳ)のとおり，「ダイゼイン類」や「大豆胚軸」以外の「ダイゼイン類を含む原料」をエクオール産生微生物で発酵処理してエクオールを産生するのは，本件原出願日当時において技術常識であったことを総合すると，本件明細書では，「大豆胚軸」のみならず，特許請求の範囲に記載された「ダイゼイン類を含む原料」についてサポートされているということができる。よって，「大豆胚軸」のみサポートされているとする被控訴人らの主張を採用することはできない。
(ｳ)次に，実施例に記載されているラクトコッカス２０－９２株以外のオルニチン・エクオール産生微生物が，スクリーニング方法との関係でサポートされているかについて検討する。
ａ証拠（乙Ｂ４，１０，２４）によると，本件優先日当時までにヒトの糞便やラットの盲腸内容物等から，ｄｏ０３株，ＳＮＵ－Ｊｕｌｏｎｇ株，バクロイデスＥ－２３－１５，ストレプトコッカスＥ－２３－１７，ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５のようなエクオール産生微生物が複数，単離・同定されていたことが認められる。そうすると，エクオール産生能を有する微生物は，本件原出願日時点までにラクトコッカス２０－９２株以外にも複数発見されていたのであるから，それら既知のエクオール産生能を有する微生物を対象にして，当該微生物のオルニチン産生能を検討するという方法でも，オルニチン・エクオール産生微生物を得ることができる。このように既知のエクオール産生微生物を対象にオルニチン産生能を指標にしてオルニチン・エクオール産生微生物を得ることについて，格別の困難性はないといえる。
ｂ次に，本件原出願日時点において，いまだ発見されていないオルニチン・エクオール産生微生物について検討するに，本件明細書には，【００３６】に「公知のスクリーニング方法」によりオルニチン・エクオール産生微生物を得ることができると記載されている。そして，証拠（甲１６（福井三郎監修「バイオテクノロジーシリーズスクリーニング技術－微生物の潜在機能をさぐる」講談社，昭和６０年），甲１７（新井守ほか「微生物のスクリーニング法Ｉ」化学と生物５巻５号２９４～３０３頁，昭和４２年））によれば，本件原出願日当時，特定の性質を有する微生物をスクリーニングにより探索する一般的な手法は技術常識になっていたものと認められる。また，証拠（甲１９（特開２００６－２４２６０２号公報），甲２０（特開２００８－６１５８４号公報），乙Ｂ１０（腸内細菌学雑誌２１巻３号２１７－２２０頁，２００７））によれば，本件原出願日当時，エクオール産生微生物をスクリーニングする方法が知られていたこと及び当該方法は上記の特定の性質を有する微生物をスクリーニングにより探索する一般的な方法と特段異なるものではないことが認められる。
ｃそして，本件明細書（甲２）の【０２２４】，【０２２５】や証拠（甲１９，２０，乙Ｂ４，１０，１６，２４）には，ラクトコッカス２０－９２株やｄｏ０３株をはじめとする各種エクオール産生微生物の培養条件が記載されているところ，そこに記載された培養条件が，菌株ごとに特殊な条件が設定されているとは認められないので，培養条件の設定に困難を要したとはいえないし，当業者は，上記スクリーニングを実施するに当たって，上記各証拠に記載された培養条件を手掛かりにすることができたと認められる。
そうすると，エクオール産生微生物の探索に過度の試行錯誤が必要とされるということはできない。
ｄ以上の検討からすると，本件原出願日時点において，いまだ発見されていないオルニチン・エクオール産生微生物について，具体的なスクリーニングの方法などが実施例で開示されていないからといって，本件訂正発明が，本件明細書の記載によりサポートされていないということはできない。
したがって，本件訂正発明が，ラクトコッカス２０－９２株以外のオルニチン・エクオール産生微生物に対するスクリーニング方法との関係でもサポートされているというべきである。


(ｴ)さらに，本件訂正発明のエクオール及びオルニチンの量について検討する。ａエクオールの量について，本件明細書（甲２）の【００３６】，【００３８】，【００９４】～【００９６】には，エクオール含量や発酵効率の促進等の目的のために，適宜，発酵原料となるイソフラボンを追加したり，栄養成分を添加したりしてもよく，微生物の種類等に応じて適宜発酵条件を設定すべきと記載されているし，本件明細書の【０２２４】【表１】によると，同一条件下で，「大豆胚軸」の量を３倍に増やした場合，エクオールの生成量が増大していることが分かる。そうすると，当業者は，実施例にあるラクトコッカス２０－９２株以外の菌を用いる場合でも，本件明細書の上記記載や発酵に関する技術常識を踏まえ，「ダイゼイン類」を増量したり，栄養成分を添加したり，発酵条件を適宜調節したりすることで，本件訂正発明に規定された量のエクオールを得られると認識するといえる。ｂオルニチンについても，当業者が，原料となるアルギニンの量を増やしたり，発酵条件を適宜調整したりして，本件訂正発明に規定するような量でオルニチンを生成することが，格別の創意や工夫を要するような困難なものであったとはいえない。そして，このことは，本件訂正発明のオルニチンの上限値がないことによって左右されるとはいえない。したがって，当業者は，ラクトコッカス２０－９２株以外を用いる場合でも，本件訂正発明に規定された量でオルニチンが得られることを認識するといえる。
ｃ本件明細書の【００４２】，【００５０】には，有用生理作用を有する成分という観点からオルニチン及びエクオールの生成量が記載されているものであることからすると，本件訂正発明において，その生成量の下限のみを規定していることに問題があるということもできない。
(ｵ)以上の検討からすると，本件訂正発明はサポート要件に違反するものではないと認められる。
イ実施可能要件について
前記アで検討したところからすると，当業者は，過度の試行錯誤を要することなく，「大豆胚軸」以外のアルギニンが添加された「ダイゼイン類を含む原料」を発酵原料とし，ラクトコッカス２０－９２株以外の菌株を用いて，本件訂正発明が規定する量のエクオール及びオルニチンを含有する食品素材として使用可能な粉末状の発酵物を得られるといえるから，本件訂正発明は，実施可能要件に違反するものではないと認められる。
被控訴人らは，本件訂正発明の微生物には，「大豆胚軸」に含まれるダイジンから所定量のエクオールを産生する能力も備えていないものがあり，ダイジンとの関係において実施可能要件を満たさない部分を含んでいると主張する。しかし，本件明細書には，ラクトコッカス２０－９２株が，ダイジンからエクオールを生成できる菌であることが記載されている（【０２２７】【表２】）。また，本件訂正発明の「ダイゼイン類」の中には，ダイゼインやジヒドロダイゼインも含まれており，そのようなダイジン以外の「ダイゼイン類」とアルギニンからエクオールとオルニチンを規定量生成できるものも，本件訂正発明にいう微生物に該当し，ラクトコッカス２０－９２株以外の微生物についても，必ずダイジンからエクオールの産生能を備えていないと実施可能要件違反になるとはいえないから，被控訴人らの上記主張は採用できない。
ウ無効理由２についての結論
よって，被控訴人らが主張する無効理由２は理由がない。(3)争点２－３（無効理由３（乙Ｂ４に基づく新規性欠如・乙Ｂ４を主引例とする進歩性欠如）の有無）について
ア乙Ｂ４発明について
(ｱ)乙Ｂ４には，次の記載がある。
「エクオール産生菌を単離後，３７℃で２８時間，前培養した，１％Ｌ－アルギニンを含むＧＡＭブロスを，定量測定のため，蒸留水１リットルあたりＧＡＭブロス５９ｇ及びダイゼイン（最終濃度：２００μＭ）を含むエクオールアッセイ培地へ添加した。その後，培地を３７℃，嫌気下でインキュベートして，抽出し，以下のとおりＨＰＬＣで分析した。」（２４８頁左欄２３行～２９行）「エクオール産生能力を有する嫌気性グラム陽性ロッド状株をラット盲腸内容物から単離した。この株をグラム陽性菌ｄｏ０３株(ＡＢ２６６１０２)という。」（２４８頁右欄８行～１１行）
「ｄｏ０３株は，３７℃，嫌気下，４日間で２００μＭダイゼインをエクオールに変換した。」（２４８頁右欄２５行～２６行）
「アルギニンを含む培地において，エクオール比率は，ＯＤ６００および培地ブロスｐＨの増加と共に，０．６７±０．０１まで増加した。」（２４８頁右欄３８行～４０行）
「さらに，Ｅ．lentumのようなある菌の成長のために，アルギニンは必要である。なぜなら，それらの菌は，成長のために，アルギニンジヒドロラーゼ経路を用いて，エネルギーを得るからである（１９）。アルギニンの菌代謝により，ＮＨ３が産生され，それらによって，培地ブロスｐＨが増加した。アルギニン追加により,ＯＤ６００が増加し，それによって，ｄｏ０３株が成長のためにアルギニンを用いている。したがって，エクオール比の増加は，ｄｏ０３株の菌数の増加に起因する可能性がある。酢酸及びアルギニンの添加は，エクオール比を約１０％減少させた。培養液のｐＨがコントロールのｐＨよりも上昇したため，ｄｏ０３株は，アルギニンを利用したと思われるが，ＯＤ６００は増加しなかった。酢酸添加はＯＤ６００の減少を引き起こした。酢酸添加によって促進されるエクオール産生メカニズムは，まだ報告されていない。アンタゴニスト作用は，酢酸及びアルギニンの添加によって起こると思われる。」（２４８頁右欄４５行～６０行及び２５０頁１行）
(ｲ)乙Ｂ４発明の認定
上記(ｱ)のとおり，乙Ｂ４には，ｄｏ０３株によるダイゼインからのエクオールの生成については記載されているものの，発酵物１ｇ当たり１ｍｇ以上のエクオールが得られること，発酵物を粉末状にすること，食品用素材として用いることについての記載はなく，オルニチンについても全く記載がない。そこで，乙Ｂ４には，次の乙Ｂ４発明が記載されていると認定できる。「エクオール産生能力を有する微生物であるグラム陽性菌ｄｏ０３株及びアルギニンを，ダイゼインを含む培地に添加して培養し，ダイゼインからエクオールを得
る方法」
イ本件訂正発明と乙Ｂ４発明の対比


前記第２の３で引用する原判決５頁１３～２０行目記載の本件訂正発明と前記ア(ｲ)の乙Ｂ４発明を比較すると，本件訂正発明と乙Ｂ４発明は，次の点で相違すると認められる。
（本件相違点１）本件訂正発明では微生物が「オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物」であり，微生物により発酵原料の発酵処理によって「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」が生成して，発酵物が「オルニチン及びエクオールを含有する」ものであるのに対して，乙Ｂ４発明では微生物が「エクオール産生能力を有する微生物」であり，発
酵物が「エクオールを含有する」ものである点
（本件相違点２）本件訂正発明では，得られるものが食品素材として用いられる粉末状の発酵物であるのに対し，乙Ｂ４ではそのような特定がされていない点とい
う相違点
ウ本件相違点１について
(ｱ)前記ア(ｲ)のとおり，乙Ｂ４には発酵物におけるエクオールの量は記載されておらず，オルニチンについての記載はない。
もっとも，乙Ｂ４に参考文献として引用されている乙Ｂ５には，Ｅ．lentumにより，アルギニンジヒドロラーゼ経路でアルギニンがオルニチンに変換され，ＮＨ３とＡＴＰが産生されることが記載されており，乙Ｂ４には，ｄｏ０３株が，Ｅ．lentumと同様に，アルギニンの代謝を行い，ＮＨ３が産生されたとの記載がある。しかし，乙Ｂ４において，ｄｏ０３株のアルギニン代謝経路の詳細な分析はされていない。また，乙Ｂ４の執筆者の一人であるＢ教授は，意見書（甲３２）において，ｄｏ０３株について，オルニチンの生成や蓄積について，気にしていた記憶はなく，乙Ｂ４の他の著者とも話をした記憶がないとしている。同じく乙Ｂ４の執筆者の一人であるＣ教授も，陳述書（乙Ｂ３４，５２）において，ｄｏ０３株について，オルニチンの蓄積量は分からない（乙Ｂ３４），微生物がオルニチンを生産する量は安定しない傾向があると述べており（乙Ｂ５２），これらは，乙Ｂ４において，オルニチンの蓄積量が不明であるとする点で相互に一致している。(ｲ)被控訴人ダイセルは，乙Ｂ４の再現実験を行ったとしてその結果を提出するが（乙Ｂ６，２９，６４），これらは，乙Ｂ４の実験条件を忠実に再現したものであるまではいえない。
(ｳ)以上からすると，乙Ｂ４発明において，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８ｍｇ以上のオルニチンが生成することが開示されているとまでいうことはできない。そうすると，少なくとも本件相違点１は実質的な相違点といえるから，本件訂正発明が乙Ｂ４発明との関係で新規性を欠くとはいえない。
(ｴ)そして，乙Ｂ４には，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオール」を生成することについては記載も示唆ないから，本件相違点１は容易想到であるとはいえない。
エ本件相違点２について
本件相違点２について検討するに，乙Ｂ４にはエクオールを得る方法が記載されているにとどまり，エクオールとオルニチンを含む培養物を，粉末状の発酵物とし，食品素材として用いることについての記載も示唆もないから，本件訂正発明が，乙Ｂ４との関係で新規性を欠くとはいうことはできず，容易想到であるということもできない。
オ無効理由３についての結論
よって，被控訴人らが主張する無効理由３は理由がない。(4)争点２－４（無効理由４（乙Ｂ１６に基づく新規性欠如・乙Ｂ１６を主引例とする進歩性欠如）の有無）について
ア乙Ｂ１６発明について
(ｱ)乙Ｂ１６明細書及び図面には次の記載がある（頁数は乙Ｂ１６明細書中の頁数である。）。
「技術分野
本発明は，エクオール産生能を有する乳酸菌，該乳酸菌を含有する組成物および該乳酸菌を利用してエクオールを製造する方法に関する。」（１頁３～５行）
「背景技術」（１頁６行）
「本発明者らは，上記の着想から研究を重ねた結果，先に，抗エストロゲン効果，エストロゲン様効果などを発揮させるためのエクオール産生菌として，ヒ卜の糞便からバクテロイデスE-23-15(FERMBP-6435   号），ストレプトコッカスE-23-17(FERMBP-6436号)およびストレプトコッカスA6G225(FERM   BP-6437号）の３菌株を新たに単離・同定し，これらのエクオ一ル産生菌およびその利用に係る発明を特許出願した（国際公開WO99/07392)。
発明の開示
本発明者らは，引き続き研究を重ねた結果，先に単離・同定した微生物とは本質的に異なる新しい菌として，ダイゼイン配糖体，ダイゼインあるいはジヒドロダイゼインを資化してエクオールを産生する能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌を単離・同定するに成功した。本発明はこの乳酸菌の単離・同定を基礎として更に研究を重ねた結果，完成されたものである。」（２頁１３～２４行）」「本発明は，下記項１－１３に記載の要旨の発明を提供する。項１．ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインからなる群から選ばれる少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌を必須成分として含有することを待徴とするエクオール産生乳酸菌含有組成物。」（２頁２５～２９行）「項９．ダイゼイン類およびダイゼイン類含有物質からなる群から選ばれる少なくとも１種に，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌を作用させることを特徴とするエクオールの製造方法。項１０．ラク   トコッカス属に属す   る乳酸菌が，ラクト   コッカス・ガルビエ（Lactococcusgarvieae）である項９に記載の方法。」（３頁１１～１５行）
「Ⅱ．生化学的性質
・・・
(13)アルギニンジヒドラーゼ：    ＋」（４頁７～２０行）
「(2)ダイゼイン類およびダイゼイン類含有物質


本菌株ラクトコッカス20-92が資化するダイゼイン類には，ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインが含まれる。ダイゼイン配糖体の具体例としては，例えばダイジンを例示することができる。該ダイジンは，アグリコンとしてダイゼインを有するイソフラボン配糖体（ダイゼイン配糖体）である。該ダイジンの場合は，上記微生物により資化されて，ダイゼインを遊離し，該ダイゼインが更に資化されてジヒドロダイゼインとなり，それから最終的にエクオールが産生される。
本発明においては上記ダイゼイン類を基質として利用する。また，該基質としてはダイゼイン類に限らず，これを含有する各種の物質を利用することができる。該ダイゼイン類を含有する物質（ダイゼイン類含有物質）の代表例としては，大豆イソフラボンを例示することができる。大豆イソフラボンは，既に市販されており，本発明ではこのような市販品，例えばフジッコ社製「フジフラボンＰ１０」（登録商標）などを利用することもできる。また，大豆イソフラボンに限らず，例えば葛，葛根，レッドクローブ，アルファルファなどの植物自体およびこれらを起源とするイソフラボン誘導体もまた，ダイゼイン類含有物質に含まれる。更に，ダイゼイン類を含有する物質の他の具体例としては，上述した大豆，葛，葛根，レッドグローブ，アルファルファなどの食素材自体に加えて，それらの加工品，例えば大豆粉，煮大豆，豆腐，油揚げ，豆乳，大豆胚軸抽出物など，およびそれらの発酵調製物，例えば納豆，醤油，味噌，テンペ，発酵大豆飲料などを挙げることができる。これらはいずれもダイゼイン類を含有している。また，これらは，ダイゼイン類の他に，エストロゲン様作用を有するイソフラボン類，例えばゲニステインとその配糖体（ゲニスチンなど）；グリシテインとその配糖体（グリシチンなど）；ダイゼインおよびゲニステインの一部がメチル化された前駆体であるバイオチェインＡ（BiochainＡ）およびフォルモネチン（Formonetin）などを含有しており，本発明に好適に利用できる。」（９頁３～２８行）「（３－１）エクオール産生乳酸菌含有組成物」（１０頁１行）「本発明組成物は，上記有効成分としての微生物(菌体など）を含んでいればよく，他に特に必要ではないが，所望により，上記有効成分としての微生物の維持（もしくは増殖）に適した栄養成分を含有させることもできる。該栄養成分の具体例としては，前述したように各微生物の培養のための栄養培地，例えばBHI，EG，BL，GAM培地などを挙げることができる。
（中略）
上記本発明組成物はその摂取によって，摂取者の体内で所望のエクオール産生能を発揮する。」（１０頁１６～２６行）
「（３－３）エクオール含有本発明組成物
本発明組成物は，更にエクオールを含むこともできる。
（中略）
エクオ一ル含有本発明組成物の好ましい一具体例としては，大豆イソフラボンまたはこれを含有する食素材を適当な培地に添加し，該培地中で本発明微生物，好ましくはラクトコッカス20-92を発酵させて得られる発酵産物を挙げることができる。ここで，発酵は，より詳しくは，例えば基質を溶液状態にして滅菌した後，本発明微生物の生育可能な栄養培地，例えばBHI，EG，BL，GAM培地など，もしくは食品として利用可能な牛乳，豆乳，野菜ジュースなどに所定量の本発明微生物を添加して，37°C下に，嫌気状態あるいは好気的静置状態で，48-96時間程度発酵   (必要に応じてpH調節剤，還元物質    (例えば酵母エキス，ビタミンK1など）を添加できる）させることにより実施できる。上記において基質量は0.01-0.5mg/mL程度とすることができ，微生物の接種量は約1-5%の範囲から選択することができる。（中略）
得られる本発明組成物がエクオールを含むことは，例えば，後述する試験例１に示す方法により確認することができる。」（１１頁２５行～１３頁１行）
「実施例１
(1)発酵豆乳飲料の調製
下記処方の各成分を秤量混合して，発酵豆乳飲料形態の本発明組成物を調製した。
水溶性大豆蛋白の発酵培養物100mL
ビタミン·ミネラル            適量
香料                         適量水                           適量全量                        150mL上記水溶性大豆蛋白の発酵培養物は，水溶性大豆蛋白13gを水   10OmLに溶解したものに，ラクトコッカス20-92(FERM   BP-10036)を10
8-109個加えて，37℃で24-48
時間発酵させたものである。尚，利用した水溶性大豆蛋白はその1g中にダイゼイン類をダイゼイン換算量で1-2mg程度含んでいる。
(2)発酵乳の調製
下記処方の各成分を秤量混合して，発酵乳形態の本発明組成物を調製した。
ラクトコッカス20-92発酵乳    100mL
ビタミン·ミネラル        適量
香料                         適量水                           適量全量                        150mL尚，ラクトコッカス20-92発酵乳は，牛乳   1L(無脂乳固形分8.5%以上，乳脂肪分3.8%以上）にラクトコッカス20-92(FERM    BP-10036)を108-10
9個を加えて，37°C
で24-48時間発酵させたものである。
(3)発酵豆乳凍結乾燥粉末の調製
ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)約   109個を用いて，豆乳（大豆固形分含量10%，ダイゼイン含量:ダイゼイン換算量として10-15mg)100gを   37°Cで72-96   時間乳酸発酵させて，エクオールを生成させた。これを凍結乾燥して粉末とした。粉末中のエクオール含量は，HPLC測定の結果0.1-0.3   重量％であった。上記粉末を用いて，下記処方の各成分を秤量混合して，粉末形態の本発明組成物(食品形態および医薬品形態）を調製した。
発酵豆乳凍結乾燥粉末    2.2g
(エクオール              0.005g含有)
賦形剤（コーンス夕一チ）17g
ビタミン·ミネラル      適量
香料                      適量全量                      20g」（２１頁１４行～２２頁２０行）
「試験例１
増殖性とエクオール産生能（活性）および生成量試験
(1)試験方法
ラクトコッカス20-92株（10７－10９/g）を   BHIブロス（増殖用液体培地（基礎培地））５mL中で嫌気的条件下，37℃で24   時間培養した後，基礎培地で10２および10４に希釈して希釈液を調製した。


培養終了後の培養液およびその各希釈液のそれぞれ0.2mLずつを，ダイゼイン含有基礎培地（BHIブロスにダイゼインを10μg/mL   となる量で添加したもの），牛乳および豆乳の各5mLと混合し，嫌気的条件下，37℃で培養した。培養時間は   10μg/mLダイゼイン含有基礎培地および豆乳では，8時間，24時間，48   時間，72時間および96時間とし，牛乳では8   時間，24時間および48   時間とした。培養開始前と各培養終了時点で，培養液0.1mLおよび   0.2mLをサンプリングし，それぞれ菌数測定およびエクオール産生能（活性）測定に供した。更に，10μg/mLダイゼイン含有基礎培地および豆乳については，培養開始前と各培養終了時点で培養液0.5mLをサンプリングして，該液中のエクオール産生量を測定した。菌数測定は次の通り行った。即ち，各サンプル0.1mLを   PBS(-)溶液（ニッスイ社製）で希釈して10４，10５，10６および10７希釈液を作成し，これら各希釈液の   0.1mLをGAM寒天培地に塗布して，好気的条件下に   37℃で24時間培養し，培地上に生育してくるコロニー数を計測して菌数とした。
エクオール産生能（活性）の測定は次の通り行った。即ち，各サンプル0.2mLをダイゼイン含有基礎培地5mL（各３本）と混合し，96時間，嫌気的条件下，37℃で培養し，培養終了後に各培養液0.5mLをサンプリングして，酢酸エチル   5mLで2   回抽出後，抽出液中のダイゼイン，ジヒドロダイゼイン（中間体）およびエクオールをHPLCで測定し，また，それらの総量からエクオールの占める割合を算出した。得られた結果を下記５段階でスコア化し，３検体の平均スコアをエクオール産生能（活性）の指標とした。
４：90%以上エクオール，
３：エクオール生成，ダイゼインが50%未満に減少（中間体あり），２：エクオール生成，ダイゼイン50%以上が残存（中間体あり），
１：中間体生成あり，エクオール生成なし
０：中間体およびエクオールの生成なし，ダイゼインの減少なし。エクオール産生量測定は，次の通り行った。即ち各サンプル0.5mLを酢酸エチル5mLで２回抽出し，抽出液中のダイゼイン，ジヒドロダイゼイン（中間体）およびエクオールをＨＰＬＣで測定した。各濃度を算出してエクオール産生量とした。
(2)試験結果
(2-1)菌数（増殖性）を調べた結果を図１に示す。図中，(1)はダイゼイン含有基礎培地を利用した場合の結果であり，(2)は豆乳を利用した場合の結果であり，(3)は牛乳を利用した場合の結果である。各図において横軸は培養時間（hr）を示し，縦軸は生菌数（Logcfu/ml）を示す。各図に示す結果より，本菌株の増殖性は良好であり，ダイゼイン含有基礎培地，豆乳および牛乳のいずれでも接種量の如何に関わらず培養８時間で定常状態に達した。菌数は，ダイゼイン含有基礎培地で109.1-9.4個／mL   を維持し，豆乳では10
8.5-8.7
個／mL，牛乳では108.0-8.4個／mL   を維持することが判った。(2-2)エクオール産生能（活性）を求めた結果を図２に示す。図２において，(1)はダイゼイン含有基礎培地を利用した場合の結果であり，(2)は豆乳を利用した場合の結果であり，(3)は牛乳を利用した場合の結果である。各図において横軸は培養時間(hr)を示し，縦軸はスコアを示す。該図に示される結果から，ダイゼイン含有基礎培地，豆乳および牛乳のいずれにおいてもエクオール産生能（活性）は経時的に増加する傾向が確認された。しかも，牛乳および豆乳を利用した場合でも，本菌株のエクオール産生能（活性）は維持されることが確認された。
(2-3)エクオール産生量測定結果
ダイゼイン含有基礎培地および豆乳（ダイゼイン換算量として約80μg/mL）中に産生されるエクオール量を測定した結果は，図３に示すとおりである。図３において(1)はダイゼイン含有基礎培地を利用した場合の結果であり，(2)は豆乳を利用した場合の結果である。各図において横軸は培養時間(hr)を示し，縦軸はエクオール濃度（μｇ/ml）を示す。
両培地とも，培養開始後48時間目以降からエクオール産生を認めた。豆乳を利用した場合では，接種量の変化によるエクオール生成量の違いが観察され，特に4.00%接種によって培養96時間で   57.0μg/mLの著量のエクオール生成が認められた。豆乳中にはエクオールの基質となるダイゼインが90%以上配糖体（グルコースが結合した状態）で存在しているが，測定したクロマトグラム上には該配糖体のピークは消失していることから，本菌株は配糖体を分解し（β－グルコシダーゼ活性）てダイゼインを生成した後，該ダイゼインをエクオールに代謝するものと考えられる。」（２３頁２２行～２５頁最終行）
「図面の簡単な説明
（中略）
図３は，試験例１に示す方法に従い求められた培養時間とエクオール産出量との関連を示すグラフである。」（２０頁２４行～２１頁１行）
【図３】
(ｲ)乙Ｂ１６発明の認定
上記(ｱ)のとおり，乙Ｂ１６には，ダイゼイン類およびダイゼイン類含有物質からなる群から選ばれる少なくとも１種に，ダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力を有するラクトコッカス属に属する乳酸菌を作用させることを特徴とするエクオールの製造方法が実施例１として開示され，上記乳酸菌の具体例として，ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)が示され，試験例１として，ラクトコッカス   20-92(FERMBP-10036)をダイゼイン含有基礎培地や豆乳と混合して培養した結果，【図３】のとおりエクオールが産生されたことが記載されている。そこで，乙Ｂ１６には，次の乙Ｂ１６発明が記載されていると認定できる。「ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインからなる群から選ばれる少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料（豆乳，ダイゼイン含有基礎培地など）を，エクオール産生能力を有する微生物であるラクトコッカス20-92(FERMBP-10036）で発酵処理することを含む，エクオールを含有する発酵物を製造する方法。」
イ本件訂正発明と乙Ｂ１６発明の対比


前記第２の３で引用する原判決５頁１３～２０行目記載の本件訂正発明と上記ア(ｲ)の乙Ｂ１６発明を比較すると，本件訂正発明と乙Ｂ１６発明は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料をエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，エクオールを含有する発酵物の製造方法。」である点で一致し，次の点で相違すると認められる。
（相違点Ａ１）本件訂正発明では，微生物が「オルニチン産生能力を有する」ことが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明では微生物が「ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036号）」であることが特定されているものの，「オルニチン産生能力を有する」ことは特定されていない点
（相違点Ａ２）本件訂正発明では，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加し，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明では，発酵原料が豆乳，ダイゼイン含有基礎培地などであることが特定されているものの，ダイゼイン類にアルギニンを添加し発酵原料がアルギニンを含むものであることは特定されていない点（相違点Ａ３）本件訂正発明では，オルニチンを含有する発酵物が生成することが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明ではこの点が特定されていない点（相違点Ａ４）本件訂正発明では，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１mg以上のエクオール及び８mg以上のオルニチンが生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明ではこの点が特定されていない点（相違点Ａ５）本件訂正発明は，製造される発酵物が粉末状であり，食品素材として用いられるものであることが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明ではこ
の点が特定されていない点
ウ相違点Ａ４について
所論に照らし，相違点Ａ４（本件訂正発明では，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１mg以上のエクオール及び８mg以上のオルニチンが生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ１６発明ではこの点が特定されていない点）について検討する。
(ｱ)新規性について
前記アのとおり，乙Ｂ１６明細書（２２頁）には，実施例１に係る記載として「ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)約   109個を用いて，豆乳（大豆固形分含量10%，ダイゼイン含量:ダイゼイン換算量として10-15mg)100gを   37°Cで72-96   時間乳酸発酵させて，エクオールを生成させた。これを凍結乾燥して粉末とした。粉末中のエクオール含量は，HPLC測定の結果0.1-0.3   重量％であった。」との記載がある。これによると，乙Ｂ１６発明では，ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)を用いて豆乳を発酵させてエクオールを生成し，冷凍乾燥して粉末を得ており，当該粉末中のエクオール含有量は0.1-0.3重量％であったとのことであるが，これは，「発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１～３mgのエクオールが生成された」ことを意味する。しかしながら，乙Ｂ１６には発酵処理によりオルニチンが生成されることは記載されておらず，実施例１により生成されるオルニチンの量の記載はない。また，実施例１では豆乳100gが用いられているところ，乙Ｂ１７の１（「保存中の無菌調製豆乳の品質評価指標について」日本食品工業学会誌１９８５年３２巻７号４５７～４６２頁のTable４）によると，豆乳１ml   中の遊離アルギニンの量は０．７μmol未満であるから，仮に豆乳に含まれるアルギニンがすべてオルニチンに変換されたとしても，豆乳１ml当たり０．１mgにも満たない量（０．７μmol×１３２．１６（オルニチンの分子量）≒０．０９mg）のオルニチンが生成されるのみであるから，上記乙Ｂ１６の記載のとおり，豆乳の大豆固形分含量が１０％であることや発酵後に乾燥して粉末にすることを考慮しても，実施例１において，乾燥重量１ｇあたり８mg以上のオルニチンが生成されていると認めることはできない。そして，前記アを含め，乙Ｂ１６には，その試験例の記載をみてもオルニチンの生成についての示唆はなく，ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)を用いて，豆乳を発酵原料として，乙Ｂ１６の試験例１の条件に従って行われた実験結果（甲１５）をみても，オルニチンの生成量は乾燥重量１ｇ当たり８mg未満であった。そうすると，相違点Ａ４が乙Ｂ１６に記載されているに等しいということはできない。
(ｳ)進歩性について
乙Ｂ１６のその余の記載を検討しても，ラクトコッカス20-92(FERMBP-10036)を用いて，ダイゼイン配糖体，ダイゼインおよびジヒドロダイゼインからなる群から選ばれる少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料（豆乳，ダイゼイン含有基礎培地など）を発酵処理することにより，乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンを生成することを示唆する記載はない。
そもそも乙Ｂ１６には「オルニチン」に関する記載が全く存在しないから，乙Ｂ１６発明においてオルニチンの生成量を一定以上とするために，発酵原料の組成や培養条件等を設定しようとする動機付けがあったということもできない。そうすると，相違点Ａ４について，乙Ｂ１６発明に基づいて当業者が容易に想到することができたということはできない。
(ｴ)被控訴人らの主張について


ａ被控訴人らは，乙Ｂ１６の試験例１において産生されるオルニチンの量について，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１１．４mgと計算される旨主張する。被控訴人らの主張は，本件明細書の【表３】においてアルギニンからオルニチンへと１００％（変換率約１５９％）を優に超える変換がなされていることを前提とするものであるところ，本件明細書の【表３】は，粉末状大豆胚軸１０重量％及びＬ－アルギニン０．１重量％を含む大豆胚軸溶液５ｍｌに，ラクトコッカス20-92株（FERMBP-10036   号）を植菌し，嫌気条件下で，３７℃で９６時間静置培養することにより発酵処理を行った結果を示したものであるのに対し（本件明細書の【０２２５】），乙Ｂ１６の試験例では，ラクトコッカス20-92株（10７－10９/g）をＢＨＩブロス（増殖用液体培地（基礎培地））5mL中で嫌気的条件下，３７℃で２４時間培養した後，基礎培地で希釈し，ダイゼイン含有基礎培地（ＢＨＩブロスにダイゼインを10μg/mLとなる量で添加したもの），牛乳および豆乳の各   5mLと混合して培養しており，発酵原料及び発酵条件が異なる。そして，発酵原料や培地中の固形成分の含有量により発酵物の乾燥重量が大きく変化し得るので，発酵原料が変わると乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンの量も変化するから，発酵原料として大豆胚軸溶液を用いた場合と豆乳を用いた場合で発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチンの産生量は大きく変化し得る。また培養条件が異なるとアルギニンからオルニチンへの変換率も異なり得る。
そうすると，乙Ｂ１６の試験例におけるオルニチンの産生量を推定するに当たって，本件明細書の【表３】を前提とすることが相当であるということはできない。ｂまた，被控訴人らは，乙Ｂ１６の図３（１）の再現実験（乙Ｂ５６の１）において，「ダイゼイン１０mg／Ｌ」の場合，オルニチン産生量は，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり１３．７mgであったから，乙Ｂ１６発明のオルニチン生産量は発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８mg以上である旨主張する。しかし，控訴人が行った再現実験（甲１５）では，オルニチンの産生量は発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８mg未満であり，これについては，両実験における培養前の培地中のアルギニンとオルニチンの量が相違することによる影響も考えられ，これらの実験について，どちらか一方のみに信用性を疑わせる事情があるものではないところ，乙Ｂ１６の試験例では培地とするＢＨＩブロスの組成が特定されていない以上，乙Ｂ１６発明においては，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンが産生されるとは限らないというほかない。
そうすると，乙Ｂ１６発明は「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンを産生するもの」であるということはできない。
ｃさらに，被控訴人らは，乳酸菌においては，生育不良等が生じないようにするために，アルギニンを添加することによってｐＨの低下を防ぐことは，本件優先日よりも前から当業者にはよく知られた事実であったとも主張する。しかしながら，証拠（乙Ｂ８３）によると，アルギニンの添加によってｐＨの低下を防ぐというのは，乳酸菌がアルギニンからオルニチンとアンモニアを遊離させることから，アンモニアの遊離によりｐＨを上昇させることを機序とするものと認められるところ，証拠（甲５６（「レンサ球菌の分類と病原性」魚病研究17(1),1982,   p.1-10,）・表５，甲５７（FEMSMicrobiologyLetters   144,1996,p.135-140）・Table２）によると，乳酸菌が必ずしもアルギニンジヒドロラーゼ活性（ＡＤＨ）を有する，すなわち，アルギニンからオルニチンとアンモニアを遊離させるものということはできないから，一般的に，乳酸菌にアルギニンを添加してｐＨ低下による生育不良等を防止することが技術常識であると認めることはできない。ｄ被控訴人らは，早晩公衆に利用可能となる物・方法については，実施する際の意図に違いがあったとしても，独占権を認めてまで創作のインセンティブを与える必要はないから，本件訂正発明と全く同一の技術的思想に想到することが動機付けられる必要はなく，物又は方法の面において客観的に同一といえる技術に想到することが動機付けられれば十分であるとも主張する。
そこで検討するに，主引用発明に副引用発明を適用することにより本願発明を容易に発明することができたかどうかを判断する場合には，①主引用発明又は副引用発明の内容中の示唆，技術分野の関連性，課題や作用・機能の共通性等を総合的に考慮して，主引用発明に副引用発明を適用して本願発明に至る動機付けがあるかどうかを判断するとともに，②適用を阻害する要因の有無，予測できない顕著な効果の有無等を併せ考慮して判断するのが相当であるところ（知的財産高等裁判所平成２８年（行ケ）第１０１８２号・第１０１８４号同３０年４月１３日判決参照），これは，引用発明に周知技術を適用して本願発明を容易に発明することができたかどうかを判断する場合にも妥当する。そして，進歩性の有無は，基準日時点での容易想到性により判断すべきであって，動機付けの有無を検討するに当たり，早晩公衆に利用可能となるか否かというような不確実かつ技術的内容には関係のない事情をもって，特許権を付与して保護を与えるか否かの判断に影響を与えるべきとはいえない。
また，仮に被控訴人らの主張を前提としても，本件においては，乙Ｂ１６にはそもそもオルニチンについての記載や示唆もないから，物又は方法の面において客観的に同一といえる技術に想到することの動機付けもないと言わざるを得ず，相違点Ａ４について当業者が容易に想到できないとの判断を左右しない。
エ無効理由４についての結論
したがって，その余の相違点について検討するまでもなく，本件訂正発明が乙Ｂ１６に記載されているに等しいと認めることはできず，また，乙Ｂ１６発明に基づいて当業者が本件訂正発明を容易に想到することができたと認めることもできない。よって，被控訴人らの主張する無効理由４は理由がない。(5)争点２－５（無効理由５（乙Ｂ１９の１に基づく新規性欠如・乙Ｂ１９の１を主引例とする進歩性欠如）の有無）について
ア乙Ｂ１９発明について
(ｱ)乙Ｂ１９の１には次の記載がある（なお，訳文は乙Ｂ１９の１の翻訳に相当する乙Ｂ１９の２によった。以下，乙Ｂ１９の２記載の表現による乙Ｂ１９の１を単に「乙Ｂ１９」という。）。
【０００１】


本発明は，鏡像異性のエクオール化合物，すなわち，S-エクオールおよびR-エクオールの製造および単離，および哺乳類およびヒトの疾患や体の異常の治療に用いる鏡像異性のエクオール化合物を含む食品および医薬組成物に関する。
【００６５】
S－エクオールの生合成
従来の食品技術を利用して，S－エクオールはバルクで製造することができ，また種々の食品においては現場で製造できる。ダイゼインやダイゼインを誘導できる他のイソフラボン誘導体を含むベース培養液，食物製品または植物抽出物を提供できる。ダイゼインまたは他のイソフラボンは，標準的なバクテリア性または酵素発酵プロセスによってS－エクオールに変換でき，S－エクオールを含有するバルク溶液や食物製品，または植物抽出物を提供できる。
【００６６】
食物製品としてのS－エクオールの製造は，ダイズイン，ダイゼイン，ホルモノネチンまたはプエラリンまたはそれらの共役物または混合物等の充分なスタート物質を含む食物に繁殖するバクテリアの代謝活動を利用することによって達成できる。図2に示すように，ダイゼインのエクオールへの変換は，3   つの主なステップを含む：1)グルコシド共役基の加水分解；2）イソフラボンアグリコンのジヒドロ中間体への変換；および3）ジヒドロ中間体のエクオールへの変換。3つのステップの各々に必要な代謝経路および酵素は，必ずしも1つのバクテリアに現れるわけではない。ヒトの研究事例ではこれらの反応を行うことに関連して作用するひとつかそれ以上のバクテリアがしばしば存在するということが示唆される。これらの研究では，エクオールは，少量であるかほとんど検出されないかも知れないが，ジヒドロダイゼインは，しばしば大量に血漿および尿に存在するという事実が証明された。エクオールは単一の微生物によってダイゼインから製造されるかも知れないが，それぞれに固有の代謝の特徴を持つバクテリア種の混合物を使う時，よりよいまたは更に効率的な変換を達成することができると思われる。S－エクオールへの効果的な変換をするための重要な条件には，バクテリア微生物または微生物の混合物，培養温度および微生物が利用できる酸素の量の選択などが含まれる。これらの状態は，当業界に精通した人々によく知られている技術によって最適化できる。この反応を遂行するために使う微生物は，食品工業で使用される標準的な技術によって不活性化でき，またはその製品において活性状態であり続けることが可能である。【００６７】
ダイゼインおよび/または他の構造的にS－エクオールに関係するイソフラボン，または中間複合物を変換する過程で有用なバクテリアは，バクテリアの菌種や「エクオール産生者」であるヒトやウマ，齧歯類，または他の哺乳類の胃腸管にコロニーを作ることが見出されたバクテリアの菌種を含むことができる。哺乳類の腸内バクテリアは，糞便で見出されるので，エクオール産生バクテリアもまたエクオール産生哺乳類の糞便中に見出せる。
【００６８】
発酵過程で有用な典型的なバクテリアは，最適変換速度およびエクオールの生合成を効率的に行うことを示すべきである。
【００６９】
典型的にはダイゼイン（または他の関連イソフラボン）を中間体を通じてS－エクオールへ変換するために，一つ以上のバクテリア菌種が必要である。その反応は，一般に3つの主な反応のうちの   1つ以上を含む：イソフラボングリコンからアグリコンイソフラボンへの変換；アグリコンイソフラボンからジヒドロイソフラボンへの変換；およびジヒドロイソフラボンから産物エクオールへの変換である。例えば，ウマの糞尿から単離した微生物の混合培養液および「エクオール産生者」として知られるヒトの胃腸管から単離した混合培養液は，インビボで行うようにグリコンダイセインを最終生成物であるS-エクオールに変換することができる。
【００７０】
グリコンをアグリコンに変換できる（例えばダイズインをダイゼインに）典型的なバクテリア菌種は，ENTEROCOCCUSFAECALIS，LACTOBACILLUSPLANTARUM，LISTERIAWELSHIMERI，「エクオール産生者」の哺乳類の腸管から単離された微生物の混合培養物，BACTERIODES   FRAGILIS，BIFIDOBACTERIUM    LACTIS，EUBACTRIA    LIMOSUM，LACTOBACILLUSCASEI，LACTOBACILLUSACIDOpHILOUS，LACTOBACILLUS   DELBRUECKII，LACTOBACILLUSPARACASEI   ，LISTERIA   MONOCYTOGENES，MICROCOCCUS    LUTEUS，PROPRIONOBACTERIUMFREUDENREICHIIおよび   SACHAROMYCESBOULARDII，およびそれらの混合物を含む。
【００７１】
アグリコンをエクオールに（例えばダイゼインをエクオールに）変換できる典型的なバク   テリア   菌種はPROPRIONOBACTERIA    FREUNDENREICHII，BIFIDOBACTERIUMLACTIS，LACTOBACILLUSACIDOpHILUS，LACTOCOCCUS   LACTIS，ENTEROCOCCUSFAECIUM，LACTOBACILLUSCASEIおよび   LACTOBACILLUSSALIVARIUS，および「エクオール産生者」の哺乳類の胃腸管から単離された微生物の混合培養物を含む。
【実施例５】
【０１５２】
食品中におけるダイゼインのエクオールへのバクテリア変換還元環境下でダイゼインを代謝させることができるバクテリアまたはバクテリアの組み合わせを見出す実験において，ほぼ20mg/l   のダイゼインを含むダイゼイン強化豆乳の諸試料に，異なるバクテリア単独またはいくつかの微生物の組み合わせを植え付けた。微生物を植えつけた豆乳を37℃で42   時間まで嫌気状態で培養した。実験期間の全体にわたってある時間間隔で試料を抜出し，イソフラボン含有量，特にダイゼイン含有量を分析した。ダイゼインのエクオールへの変換は，時間と共に当該反応物中のダイゼインレベルの低下を伴い，変わりに水素化産物，即ちエクオールが現れる。ダイゼインレベル以外で，イソフラボン含有量の著しい変化は微生物を植えつけた試料のいずれにも見当たらず，このことはイソフラボン（適当な代謝バクテリアが存在しないか不活性である時のダイゼインを含む）の安定性を明示している。結果を表Dに示す。調べた   7種の微生物を植えつけた試料のうち，４種は全培養期間中ダイゼイン濃度に変化を示さなかった。微生物を植えつけた試料のうちの３種は，水素化化合物の濃度変化に伴ってダイゼインレベルの実質的な低下を示した。この変化に作用した微生物はPROPRIONOBACTERIA   FREUNDENREICHII，以下を含む混合培養物：BIFIDOBACTERIUMLACTIS，LACTOBACILLUS    ACIDOpHILUS，LACTOCOCCUSLACTIS   ，ENTEROCOCCUS   FAECIUM，LACTOBACILLUS    CASEI，およびLACTOBACILLUSSALIVARIUS，およびウマの糞便から単離した混合培養物であった。初期レベルのほぼ50％のダイゼイン減失は，ウマの糞便混合培養物では15   時間未満で生じ，そして他の２種の培養物では25時間までかかった。
【０１５３】
【表４】
(ｲ)乙Ｂ１９発明の認定


上記(ｱ)のとおり，乙Ｂ１９の【実施例５】には，「ダイゼインを含むダイゼイン強化豆乳」に，「以下を含む混合培養物：BIFIDOBACTERIUMLACTIS，LACTOBACILLUSACIDOpHILUS，LACTOCOCCUSLACTIS，ENTEROCOCCUSFAECIUM，LACTOBACILLUS   CASEI，およびLACTOBACILLUSSALIVARIUS」を植え付けて培養したところ，エクオールが産生したことが記載されている。
そこで，乙Ｂ１９には，次の乙Ｂ１９発明が記載されていると認定できる。「ダイゼインを含むダイゼイン強化豆乳をエクオール産生能力を有する微生物である，BIFIDOBACTERIUMLACTIS，LACTOBACILLUSACIDOpHILUS，LACTOCOCCUS   LACTIS，ENTEROCOCCUSFAECIUM，LACTOBACILLUSCASEI，及び，LACTOBACILLUS   SALIVARIUSを含む「混合培養物」で発酵処理することを含む，エクオールを含有する発酵物を製造する方法。」
イ本件訂正発明と乙Ｂ１９発明の対比
前記第２の３で引用する原判決５頁１３～２０行目記載の本件訂正発明と上記ア(ｲ)の乙Ｂ１９発明を比較すると，本件訂正発明と乙Ｂ１９発明は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料をエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，エクオールを含有する発酵物の製造方法。」である点で一致し，次の点で相違すると認められる。
（相違点Ｂ１）本件訂正発明では，微生物が「オルニチン産生能力を有する」ことが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明では微生物として「LACTOCOCCUSLACTIS」を含むことが特定されているものの，当該微生物が「オルニチン産生能力
を有する」ことは特定されていない点
（相違点Ｂ２）本件訂正発明では，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加し，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明では，発酵原料が豆乳を含むダイゼイン含有基礎培地などであることが特定されているものの，ダイゼイン類にアルギニンを添加し発酵原料がアルギニンを含むものであることは特定されていない点（相違点Ｂ３）本件訂正発明では，オルニチンを含有する発酵物が生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明ではこの点が特定されていない点（相違点Ｂ４）本件訂正発明では，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１mg以上のエクオール及び８mg以上のオルニチンが生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明ではこの点が特定されていない点（相違点Ｂ５）本件訂正発明では，製造される発酵物が粉末状であり，食品素材として用いられるものであることが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明では
この点が特定されていない点
ウ相違点Ｂ１について
相違点Ｂ１（本件訂正発明では，微生物が「オルニチン産生能力を有する」ことが特定されているのに対して，乙Ｂ１９発明では微生物として「LACTOCOCCUSLACTIS」を含むことが特定されているものの，当該微生物が「オルニチン産生能力を有する」ことは特定されていない点）について検討する。
(ｱ)    乙Ｂ１９には，「エクオール産生能力」を有する微生物として   ，｢BIFIDOBACTERIUMLACTIS，LACTOBACILLUS    ACIDOPHILUS，LACTOCOCCUSLACTIS，ENTEROCOCCUSFAECIUM，LACTOBACILLUSCASEI，および   LACTOBACILLUSSALIVARIUS｣の「混合培養物」が開示されているものの，これらのいずれかの微生物がオルニチン産生能力を有することは記載されていない。
この点について被控訴人らは，「LACTOCOCCUSLACTIS」がアルギニンデイミナーゼ経路を介してアルギニンを代謝し，オルニチンを産生するという「オルニチン産生能力」を有していることは技術常識であったと主張する。ここで，LACTOCOCCUSLACTISは，かつて，ストレプトコッカスラクティス（又はラクチス）と呼ばれていたものであるところ（乙Ｂ２１），乙Ｂ２０（JournalofBacteriology,   Vol.150,No.3,1982,p.1024-1032）には，「ストレプトコッカス・ラクティスは，アルギニンデイミナーゼ経路を介して，アルギニンを代謝し，オルニチン，アンモニア，二酸化炭素及びＡＴＰを産生する」との記載がある。また，乙Ｂ７８（JournalofDailyResearch,vol.65,1998,   p.101-107）には，「アルギニンの利用促進とシトルリンとオルニチンの放出から，対数増殖後期におけるアルギニンデイミナーゼ経路の活性上昇が推測された」との記載がある。
しかしながら，甲５６の表５にあるように，ストレプトコッカス・ラクティスの中にもアルギニンデイミナーゼ経路の活性を有する菌株と有さない菌株があることから（YIT-2003はADH＋であるが，M-29C   はADH‐である。），ストレプトコッカス・ラクティスであることから直ちにオルニチン産生能力を有するものと認めることはできない。
そうすると，乙Ｂ１９のLACTOCOCCUSLACTIS   が，オルニチン産生能力を有する微生物であるか否かは明らかではないというほかない。また，乙Ｂ１９発明のその余の微生物についても，乙Ｂ１９にはオルニチン産生能力を有するとの記載はなく，また，本件優先日当時，その旨の技術常識があったと認めるに足りる証拠もない。したがって，相違点Ｂ１について，乙Ｂ１９に記載されているに等しい事項であるとはいえない。
(ｲ)上記(ｱ)のとおり，相違点Ｂ１は実質的な相違点であるところ，本件優先日当時，当業者は，乙Ｂ１９の記載から，乙Ｂ１９記載の微生物のいずれかがオルニチン産生能力を有することを導き出すことはできなかった。そして，乙Ｂ１９発明は，鏡像異性のエクオール化合物，すなわち，S-エクオールおよびR-エクオールの製造および単離，および哺乳類およびヒトの疾患や体の異常の治療に用いる鏡像異性のエクオール化合物を含む食品および医薬組成物に関するものであって（乙Ｂ１９の段落【０００１】），乙Ｂ１９には，オルニチンに関する記載は全くなく，オルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物を用いてエクオールとオルニチンを含有する発酵物を得ること等のオルニチンの産出を示唆する記載もない。
そうすると，本件優先日当時，当業者は，乙Ｂ１９発明から，相違点Ｂ１を容易に想到することができたということはできない。
エ無効理由５についての結論


したがって，その余の相違点について検討するまでもなく，乙Ｂ１９発明に基づいて当業者が本件訂正発明を容易に想到することができたと認めることもできないから，本件訂正発明について，乙Ｂ１９に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたとは認められない。よって，被控訴人らの主張する無効理由５は理由がない。(6)争点２－６（無効理由６（乙Ｂ２４に基づく新規性欠如・乙Ｂ２４を主引例とする進歩性欠如）の有無）について
ア乙Ｂ２４発明について
(ｱ)乙Ｂ２４の明細書（乙Ｂ２４の３枚目以降。以下「乙Ｂ２４明細書」という。）には次の記載がある。
「これらの知見をもとに，本発明者らは更に鋭意研究を重ねた結果，ダイゼインを資化してエクオールを産生する能力(代謝活性)を有する微生物と，ダイゼイン又はこれを含む適当な素材とを組合せた新しい組成物，及び上記微生物にてダイゼインを資化させて得られるエクオールを含む新しい組成物の開発に成功すると共に，それらの摂取が中高年女性の不定愁訴の予防及び緩和に有効であるという事実を発見した。本発明はかかる知見に基づいて完成されたものである。」（６頁１８行～７頁４行）
「本発明によれば，次に，ダイゼインを資化してエクオールを産生する能力を有する微生物を，ダイゼイン含有物に作用させて得られるエクオールを含有する，食品形態又は医薬品形態の組成物（以下「エクオール含有組成物」という）が提供される。」（７頁１１～１５行）
「（３）ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５
（StreptococcusA6G-225，FERMBP-6437）
Ｉ．培地上での発育状態
（略）
II．生理学的性質
（中略）
以上，菌の形状，生化学的性質，糖資化性及び有機酸産生の各点から，本菌株は，グラム陽性球菌であるストレプトコッカスインターメディアスに分類されるが，その基準株とは，Ｌ－ラムノース，Ｄ－トレハロースの同化性の点で異なっている。従って，本発明者は本菌株をストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（StreptococcusA6G-225）と命名し，平成９年７月７日に，工業技術院生命工学工業技術研究所に，微工研菌寄第Ｐ－１６３１４号として寄託した。尚，このものは，平成１０年７月２２日に，原寄託よりブタペスト条約に基づく寄託に移管されており，その受託番号は，FERMBP-6437である。」（１９頁７行～２３頁５行）「本発明エクオール含有組成物は，上記ダイゼイン含有物，好ましくは大豆イソフラボン又はこれを含有する食素材を基質として利用して，一般的な発酵方法に従い，上記微生物を培養することによって調製できる。
この方法は，より詳しくは，例えば基質を溶液状態にして滅菌した後，これに所定の微生物を添加して，３７℃下に，嫌気状態あるいは好気的静置状態で，４８～９６時間程度発酵（必要に応じてｐＨ調節剤，還元物質（例えば酵母エキス，ビタミンＫ１等）を添加できる）させることにより実施できる。上記培養は，例えばストレプトコッカスインターメディアス菌の場合は，より好ましくは次の如くして実施できる。即ち，嫌気性菌増殖用の変法ＧＡＭ培地（ModifiedGifuAnaerobic   Medium）に，基質としてダイゼインを０．０１～０．５mg／ｍｌの範囲で溶解する。予め，変法ＧＡＭ培地で１４時間程度前培養して増殖させた微生物の培養液を，ダイゼインを溶解させた変法ＧＡＭ培地に接種する。接種量は培地の１／１００容量とする。好気的条件下に，３７℃で，４８～９６時間静置培養する。
本発明は，かかる微生物を利用したエクオールの製造方法をも提供するものである。
上記発酵系内には，更に好ましくは上記微生物の維持，増殖に特に適した栄養成分を含有させることができる。該栄養成分としては，例えば乳果オリゴ糖，大豆オリゴ糖，ラクチュロース，ラクチトール，フラクトオリゴ糖，ガラクトオリゴ糖等のオリゴ糖を例示できる。これらの配合量は，特に限定されるものではないが，通常本発明組成物中に１～３重量％程度配合される量範囲から選ばれるのが好ましい。かくして，所望のエクオール含有培養物が得られる。」（２７頁２１行～２９頁７行）
「本発明のエクオール含有組成物は，上記の如くして得られるエクオール含有培養物又は単離されたエクオールを利用して，これを更に必要に応じて適当な他の食素材等を適宜配合して，適当な食品形態乃至医薬品形態に調製することができる。上記食品形態としては，例えば飲料，乳製品，発酵乳，バー，顆粒，粉末，カプセル，錠剤等を例示できる。」（２９頁１３～１９行）
「実施例３発酵豆乳凍結乾燥粉末の調製
ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）約１０７個／ｍｌの１ｍｌを用いて，豆乳１００ｇを３７℃で２４時間乳酸発酵させて，エクオールを生成させた。これを凍結乾燥して粉末とした。粉末中のエクオール含量は，０．１～０．３重量％であった。
上記粉末を用いて，下記処方の各成分を秤量混合して，発酵豆乳凍結乾燥粉末形態の本発明組成物を調製した。
発酵豆乳凍結乾燥粉末            ２．２ｇ
賦形剤               適量
ビタミン・ミネラル              適量香料                            適量全量                            ２０ｇ尚，賦形剤としては，コーンスターチ１７ｇを用いた。」（３２頁７行～２０行）
(ｲ)乙Ｂ２４発明の認定


上記(ｱ)のとおり，乙Ｂ２４には，「ダイゼインを資化してエクオールを産生する能力を有する微生物を，ダイゼイン含有物に作用させて得られるエクオールを含有する，食品形態又は医薬品形態の組成物（エクオール含有組成物）が提供される。」こと（乙Ｂ２４明細書の７頁１１～１５行），上記微生物の培養は，「変法ＧＡＭ培地」を用いで実施することが好ましいこと（２７頁２１行～２９頁７行），食品形態の例としては，「飲料，乳製品，発酵乳，バー，顆粒，粉末，カプセル，錠剤等」があげられること（２９頁１３～１９行），実施例３として，「ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）」を用いて，「豆乳」を乳酸発酵させて，「エクオールを生成」させ，「凍結乾燥して粉末とした」ところ，「粉末中のエクオール含量は，０．１～０．３重量％」すなわち，乾燥重量１ｇ当たり１～３mgであったこと（３２頁７～２０行）が記載されている。
以上の各記載からすると，乙Ｂ２４には，次の乙Ｂ２４発明が記載されていると認定できる。
「基質としてダイゼイン，例えば豆乳を含む発酵原料を変法ＧＡＭ培地でエクオール産生能力を有する微生物であるストレプトコッカスインターメディアス菌，特にストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）で発酵処理することを含む，エクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，粉末状の発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，１mg～３mgのエクオールを生成し，前記発酵物が，例えば飲料，乳製品，発酵乳，バー，顆粒，粉末，カプセル，錠剤等の食品形態として用いられる，製造方法。」
イ本件訂正発明と乙Ｂ２４発明の対比
前記第２の３で引用する原判決５頁１３～２０行目記載の本件訂正発明と上記ア(ｲ)の乙Ｂ２４発明を比較すると，本件訂正発明と乙Ｂ２４発明は，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を含む発酵原料をエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，エクオールを含有する粉末状の発酵物の製造方法であって，該発酵物が食品素材として用いられるものである製造方法。」である点で一致し，次の点で相違すると認められる。
（相違点Ｃ１）本件訂正発明では，微生物が「オルニチン産生能力を有する」ことが特定されているのに対して，乙Ｂ２４発明では微生物が「ストレプトコッカスインターメディアス菌，特にストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）」であることが特定されているものの，当該微生物が「オルニチン産生能
力を有する」ことは特定されていない点
（相違点Ｃ２）本件訂正発明では，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」にアルギニンを添加し，ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料を発酵処理することが特定されているのに対して，乙Ｂ２４発明では，変法ＧＡＭ培地で発酵することが特定されているものの，ダイゼイン類にアルギニンを添加し発酵原料がアルギニンを含
むものであることは特定されていない点
（相違点Ｃ３）本件訂正発明では，オルニチンを含有する発酵物が生成することが特定されているのに対して，乙Ｂ２４発明ではこの点が特定されていない点（相違点Ｃ４）本件訂正発明では，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１mg以上のエクオール及び８mg以上のオルニチンが生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ２４発明ではこの点が特定されていない点。
ウ相違点   C４について
所論に照らし，相違点Ｃ４（本件訂正発明では，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり１mg以上のエクオール及び８mg以上のオルニチンが生成されることが特定されているのに対して，乙Ｂ２４発明ではこの点が特定されていない点）について検討する。
(ｱ)新規性について
乙Ｂ２４発明では，本件明細書の【００３２】に記載されている微生物ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）が用いられているものの，乙Ｂ２４には，同微生物を用いた発酵処理によりオルニチンが得られることやその産生量についての記載がない。


被控訴人らは，乙Ｂ２４の開示するストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）及び変法ＧＡＭ培地を用いて培養を行うことで得られる発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチン量は，２５．４mgであるから，相違点Ｃ４は乙Ｂ２４に記載されているに等しいと主張するが，被控訴人らは，ダイゼインを発酵原料として変法ＧＡＭ培地を用いて本培養を行い，培地中のアルギニンが１００％オルニチンに変換されることを前提として上記オルニチンの量を算出しているのに対し，乙Ｂ２４においては，乙Ｂ２４発明の前提となる実施例３としてストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）を用いた培養が記載されているところ（乙Ｂ２４の明細書３２頁７～２０行），同実施例においては，ストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５（ＦＥＲＭＢＰ－６４３７）約１０７個／ｍｌの１ｍｌを用いて，豆乳１００ｇを３７℃で２４時間乳酸発酵させて，エクオールを生成させ，これを凍結乾燥して粉末としており，ダイゼインを発酵原料とするものではなくまた本培養に変法ＧＡＭ培地が用いられているものではないから，上記被控訴人らの算出は，その前提とする条件が同実施例とは異なる。そして，同実施例において，仮に前培養に変法ＧＡＭ培地が用いられており，これを含むストレプトコッカスＡ６Ｇ－２２５の１ｍｌと豆乳１００ｇが発酵されており，前培養で用いられた変法ＧＡＭ培地に含まれるアルギニンが変換されてオルニチンが産生されていたとしても，豆乳の量に比べて，前培養における変法ＧＡＭ培地に由来する量が少ないことや乾燥後の粉末に含まれる豆乳由来の固形物の量を考慮すれば，同実施例とは発酵原料や培地等が異なる条件を前提とした被控訴人らの上記算出をもって，同実施例により生成される発酵物の乾燥重量１ｇ当たりのオルニチン産生量が８mg以上になると認めることはできない。
そして，控訴人が乙Ｂ２４の実施例３に基づいて行ったとされる実験の結果（甲６０・実験報告書。もっとも同実験では，本培養に豆乳及び変法ＧＡＭブイヨンを混合して使用しており，実施例３とは本培養の培地が異なる。）によると，オルニチンの生成は認められたものの，その量は乾燥重量１ｇ当たり約０．１５～０．１６mgであったことからしても，実施例３により，乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンが生成されていると認めることはできない。
また，乙Ｂ２４には，ストレプトコッカスインターメディアス菌を用い，変法ＧＡＭ培地に基質としてダイゼインを０．０１～０．５mg／ｍｌの範囲で溶解し，予め変法ＧＡＭ培地で１４時間程度前培養して増殖させた微生物の培養液を，ダイゼインを溶解させた変法ＧＡＭ培地に接種し，好気的条件下に，３７℃で，４８～９６時間静置培養する旨の記載もあるが（２７頁２１行～２９頁７行），同培養方法については，アルギニンからオルニチンへの変換率や具体的な培養条件が必ずしも明らかではなく，被控訴人らの上記算出の前提に沿った条件であるということはできないから，同記載をもって，同培養方法により乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンが生成されることが記載されているということはできない。そうすると，相違点Ｃ４が乙Ｂ２４に記載されているに等しいということはできない。
(ｲ)進歩性について
上記(ｱ)のとおり，乙Ｂ２４には，発酵処理により乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンが生成されることの記載がない（記載されているに等しいということもできない）が，加えて，乙Ｂ２４発明が，ダイゼインを資化してエクオールを産生する能力を有する微生物を，ダイゼイン含有物に作用させて得られるエクオール含有組成物を提供する（乙Ｂ２４明細書７頁１１～１５行）ものであって，乙Ｂ２４にはオルニチンに関する記載が全くなく，何らの示唆もないことからすると，当業者が，乙Ｂ２４発明において，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８mg以上のオルニチンが生成するように培養条件等を変更しようとすることを想起したということはできない。
そうすると，相違点Ｃ４について，乙Ｂ２４発明に基づいて当業者が容易に想到することができたということはできない。
エ無効理由６についての結論
したがって，その余の相違点について検討するまでもなく，本件訂正発明が乙Ｂ２４に記載されているに等しいと認めることはできず，また，乙Ｂ２４発明に基づいて当業者が本件訂正発明を容易に想到することができたと認めることもできない。よって，被控訴人らの主張する無効理由６は理由がない。(7)争点２－７（無効理由７（本件特許に係る特許出願の分割要件違反を前提とする乙Ｂ２による新規性・進歩性欠如）の有無）についてア被控訴人らは，本件訂正発明の採用する①「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」を発酵原料として用いる構成，②「アルギニンを添加する」という構成，③「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８mg以上のオルニチン」を生成するとの構成は，いずれも分割出願直前の出願当初の明細書等である当初明細書に記載がなく，特許法４４条１項の「２以上の発明を包含する特許出願の一部を１又は２以上の新たな特許出願とする」の要件を満たさないと主張する。そこで，本件訂正発明の上記①～③の構成が，当初明細書に記載された事項の範囲内であるか検討する。イ当初明細書（乙Ｂ４７）には，次の記載がある。
【００３６】


また，大豆胚軸の発酵において，発酵原料となる大豆胚軸には，必要に応じて，発酵効率の促進や発酵物の風味向上等を目的として，酵母エキス，ポリペプトン，肉エキス等の窒素源；グルコース，シュクロース等の炭素源；リン酸塩，炭酸塩，硫酸塩等の無機塩；ビタミン類；アミノ酸等の栄養成分を添加してもよい。特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。この場合，アルギニンの添加量については，例えば，大豆胚軸（乾燥重量換算）１００重量部に対して，アルギニンが０．５～３重量部程度が例示される。なお，オルニチン・エクオール産生微生物としては，エクオール産生能とアルギニンからオルニチンへの変換能を指標として公知のスクリーニング方法により得ることができる。オルニチン・エクオール産生微生物は，例えばラクトコッカス・ガルビエから選択することができ，その具体例としてラクトコッカス20-92(FERMBP-10036   号）が挙げられる。【００５０】
また，前述するように，オルニチン・エクオール産生微生物を使用し，且つアルギニンを大豆胚軸に添加して発酵させることにより得られるエクオール含有大豆胚軸発酵物には，オルニチンが含有されている。このようなエクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０mg，好ましくは８～１５mg，更に好ましくは９～１２mg程度が例示される。
【００９１】
エクオールを含む発酵物は，エクオール産生微生物を用いて公知の方法に従って発酵することにより製造される。具体的には，エクオール産生微生物を，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物を，該ダイゼイン類を含む発酵原料（発酵に供される原料）に接種し，該微生物の生育環境下で発酵（培養）させることにより，エクオールを含む発酵物を得ることができる。
【００９３】
また，ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではないが，安全性の観点から，食品素材としても利用可能なものが好適である。ダイゼイン類を含む発酵原料としては，具体的には，大豆，大豆胚軸，大豆胚軸の抽出物，豆腐，油揚げ，豆乳，納豆，醤油，味噌，テンペ，レッドクローブ又はその抽出物，アルファルファ又はその抽出物等が挙げられる。これらの中でも，大豆胚軸は，ダイゼイン類を豊富に含んでいるので，ダイゼイン類を含む発酵原料として好ましい。
【０２２６】
原料として使用した粉末状大豆胚軸（表２及び３中，発酵前と表記する）及び得られた粉末状大豆胚軸発酵物（表２及び３中，発酵後と表記する）の含有成分の分析を行った。大豆イソフラボン類の分析結果を表２に，栄養成分の分析結果を表３に示す。この結果からも，ラクトコッカス20-92株によって大豆胚軸を発酵させることにより，高含量のエクオールを含む大豆胚軸発酵物が製造されることが確認された。また，ラフィノースやスタキオース等のオリゴ糖は，発酵前後でその含量が同程度であり，発酵による影響を殆ど受けないことが明らかとなった。一方，アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。
【０２２８】
【表３】
ウ①「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」を発酵原料として用いる構成について前記イのとおり，当初明細書の段落【００９１】には，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン，及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類を資化してエクオールを産生する能力（代謝活性）を有する微生物」との記載，段落【００９３】には，「ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではない」との記載があるから，当初明細書において，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種のダイゼイン類」を発酵原料として用いる構成が記載されているということができるから，上記①の構成は当初明細書に記載された事項の範囲内にあると認められる。
エ②「アルギニンを添加する」という構成について前記イのとおり，当初明細書の段落【００３６】には，「特に，エクオール産生微生物として，アルギニンをオルニチンに変換する能力を有するもの（以下，「オルニチン・エクオール産生微生物」と表記する）を使用する場合には，大豆胚軸にアルギニンを添加して発酵を行うことによって，得られる発酵物中にオルニチンを含有させることができる。」との記載があり，段落【０２２６】には「大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。」との記載がある。これらからすると，当初明細書には，発酵原料にアルギニンを添加することが記載されているといえるから，上記②の構成は，当初明細書に記載された事項の範囲内にあると認められる。
オ③「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８mg以上のオルニチン」を生成するとの
構成について
前記イのとおり，当初明細書の段落【００５０】には，「エクオール含有大豆胚軸発酵物に含まれるオルニチンの含有量として具体的には，エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０mg，好ましくは８～１５mg，更に好ましくは９～１２mg程度が例示される。」との記載があり，発酵物の乾燥重量１ｇ当たり８～１５mgのオルニチンが含まれることが好ましい旨の記載があるところ，上記③の構成は，当初明細書に例示された「８～１５mg」のうちの下限値により特定したものということができる。
そして，段落【００９３】に「ダイゼイン類を含む発酵原料としては，ダイゼイン類を含む限り，特に制限されるものではないが，安全性の観点から，食品素材としても利用可能なものが好適である。」「大豆胚軸は，ダイゼイン類を豊富に含んでいるので，ダイゼイン類を含む発酵原料として好ましい。」との記載があることから，大豆胚軸は「ダイゼイン類を含む原料」の一例に当たると認められるところ，上記段落【００５０】は，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のオルニチンの含有量について記載したものであると解される。そうすると，上記③の構成は，当初明細書に記載された事項の範囲内のものということができる。


カ無効理由７についての結論
したがって，①～③の構成はいずれも当初明細書に記載された事項の範囲内にある。そして，前記イの各記載は本件原出願の再公表広報（乙Ｂ２）における【発明の詳細な説明】の段落【００３４】【００４８】【００８９】【００９１】【０２２４】【０２２６】【表３】の各記載と同一であるから，①～③の構成は，本件原出願の明細書等に記載された事項の範囲内にあるといえ，さらには，本件原出願から分割出願した特願２０１３－１０８４３９号，さらにその一部を分割出願した特願２０１６－１５６３７２号の各明細書等に記載された事項の範囲内にあると推認できる。そうすると，本件出願は，適法に分割されたものと認められるから，本件原出願の出願日である平成２０年６月１３日に出願したものとみなされる。ところで，乙Ｂ２は上記出願日よりも後の同年１２月１８日に国際公開された文献であるから，乙Ｂ２を根拠として本件訂正発明について新規性・進歩性要件違反であるとすることはできない。
よって，被控訴人らの主張する無効理由７は理由がない。(8)争点２－８（無効理由８（本件明細書について，委任省令要件違反）の有無）
について
ア委任省令要件について
特許法３６条４項１号の委任する特許法施行規則２４条の２は，発明の詳細な説明の記載について，「発明が解決しようとする課題及びその解決手段その他のその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が発明の技術上の意義を理解するために必要な事項を記載することによりしなければならない」と規定するところ，被控訴人らは，本件明細書からはオルニチンを用いた本件訂正発明が，どのような課題をどのように解決したか明らかでないこと，「発酵物の乾燥重量１ｇ当たり」「８mg以上のオルチニン」という数値限定に対応する課題も効果も，本件明細書に記載がなく，当業者において本件訂正発明の課題やその解決手段を認識することはできないから，上記委任省令要件違反である旨主張する。
イ本件明細書の記載について
そこで検討するに，前記１(1)のとおり，本件明細書の【０２２６】には，「アルギニンについては，発酵処理によりオルニチンに変換されることが確認された。従って，大豆胚軸にアルギニンを添加してラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることが明らかとなった。」との記載があり，【０２２８】【表３】にも，発酵により，アルギニンからオルニチンが生成することが示されている。また，【００５０】には，「ダイゼイン類を含む原料」の一例である「大豆胚軸」を用いた場合のオルニチンの含有量について，「エクオール含有大豆胚軸発酵物の乾燥重量１ｇ当たりオルニチンが５～２０mg，好ましくは８～１５mg，更に好ましくは９～１２mg程度が例示される。」と記載されており，当業者は，本件訂正発明は，この好ましい量の下限を採用したものであると理解できる。
これらからすると，当業者は，本件訂正発明の技術上の意義は，ラクトコッカス20-92株で発酵処理することにより，エクオールのみならず，オルニチンをも生成させ得ることを明らかにし，エクオール及びオルニチンを含有する発酵物（オルニチンの含有量は乾燥重量１ｇ当たり８mg以上）の製造方法を提供したことにあること及び発酵処理によりこれを解決することが理解できるから，本件明細書の発明の詳細な説明の記載には，当業者が発明の技術上の意義を理解するために必要な事項が記載されているということができる。
ウ被控訴人らの主張について
被控訴人らは，本件明細書の【発明が解決しようとする課題】の【００１０】においてオルニチンに係る記載がないことを指摘するが，上記のとおり，特許法施行規則２４条の２は，「発明の詳細な説明の記載」に係る規定であるから，本件明細書全体の記載から理解できれば足り，必ずしも，発明の技術上の意義を理解するために必要な事項が「発明が解決しようとする課題」の項目に記載されている必要はない。
エ無効理由８についての結論
以上のとおり，本件明細書は，特許法３６条４項１号において委任する経済産業省令（特許法施行規則２４条の２）の要件を満たしているといえる。よって，被控訴人らの主張する無効理由８は理由がない。(9)争点２－１０（無効理由１０（特許法３９条２項後段）の有無）について
ア分割発明１及び４について
控訴人は，令和３年３月８日，特願２０１８－１４７５１４の分割出願（特願２０２１－３６３２３。優先権主張の基礎出願は本件特許と同じ。）をし，同出願は，同年６月１日，特許第６８９２９７２号（請求項の数は６）として登録された。同特許の特許請求の範囲の請求項１及び請求項４には次の記載がある。（乙Ｂ８８）
【請求項１】
オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法であって，ダイゼイン類及びアルギニンを，オルニチン産生能力及びエクオール産生能力
を有する微生物で発酵処理することを含み，
前記発酵物は，その乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ
以上のエクオールを含有し，
前記ダイゼイン類が，ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼイン
よりなる群から選択される少なくとも１種を含む，
前記製造方法。
【請求項４】
前記発酵物が，食品素材として用いられるものである，請求項１～３のいずれか１に記載の製造方法。
イ本件訂正発明と分割発明４の対比
本件訂正発明と上記特許の特許請求の範囲請求項４記載の発明（分割発明４）を比較すると，「ダイゼイン配糖体，ダイゼイン及びジヒドロダイゼインよりなる群から選択される少なくとも１種ダイゼイン類とアルギニンを含む発酵原料をオルニチン産生能力及びエクオール産生能力を有する微生物で発酵処理することを含む，オルニチン及びエクオールを含有する発酵物の製造方法であって，前記発酵処理により，前記発酵物の乾燥重量１ｇ当たり，８ｍｇ以上のオルニチン及び１ｍｇ以上のエクオールを含有し，及び，前記発酵物が食品素材として用いられるものである，前記製造方法。」である点で一致し，次の点で相違すると認められる。
（相違点Ｅ１）本件訂正発明では「少なくとも１種のダイゼイン類にアルギニンを添加すること」が規定されているのに対し，分割発明４ではそのような
特定がないこと
（相違点Ｅ２）本件訂正発明は「粉末状の発酵物」であることが規定されているのに対し，分割発明４ではそのような特定がないこと
ウ相違点Ｅ１について


令和４年３月２３日判決言渡同日原本交付    裁判所書記官平成３０年（ワ）第２４８１８号特許権侵害差止等請求事件
口頭弁論終結日令和４年１月１９日
判決
原告   株式会社ボンマーク
同訴訟代理人弁護士大   川直
同訴訟代理人弁理士高橋英   樹
高田守
同補佐   人弁理   士小澤次   郎
大西秀和
被告   アテネ株式会社
同訴訟代理人弁護士兼弁理士小林幸   夫
弓削田博
同訴訟代理人弁護士木村剛   大
河部康弘
藤沼光太
神田秀斗
平田慎二
同訴訟代理人弁理士牛   木護
清水榮松
高橋知之
中村聡
主文
１被告は、別紙被告製品目録記載１の製品を製造し、使用し、譲渡し、貸し渡し、若しくは輸出し、又は譲渡若しくは貸渡しの申出をしてはならない。
２被告は、原告に対し、５７３０万１３３２円及びこれに対する平成３１年２月２８日から支払済みまで年５パーセントの割合による金員を支払え。３原告のその余の請求をいずれも棄却する。
４訴訟費用は、これを３分し、その２を原告の負担とし、その余を被告の負担とする。
５この判決は、第１項及び第２項に限り、仮に執行することができる。
事実及び理由
第１請求の趣旨
１主文第１項同旨
２被告は、別紙被告方法目録記載の方法を使用してはならない。３被告は、別紙被告方法目録記載の方法によって生産した別紙被告製品目録記載２の製品（以下「被告製品２」という。）を使用し、譲渡し、貸し渡し、若しくは輸出し、又は譲渡若しくは貸渡しの申出をしてはならない。
４⑴主位的請求
被告は、原告に対し、１億７１７０万円及びこれに対する平成３０年８月９日から支払済みまで年５パーセントの割合による金員を支払え。
⑵予備的請求
被告は、原告に対し、１億５１６６万円及びこれに対する令和３年２月２５日から支払済みまで年５パーセントの割合による金員を支払え。
第２事案の概要
１本件は、原告が、被告に対し、被告が製造販売する別紙被告製品目録記載１の製品（以下「被告製品１」という。）は、その発明の名称を「メタルマスク及びその製造方法」とする原告保有の特許（以下「本件特許１」という。）の請求項１及び２の各発明の技術的範囲に属し、また、被告が被告製品を製造する方法（以下「被告方法」という。）は、その発明の名称を「ボール配列用マスクの製造方法」とする原告保有の特許（以下「本件特許２」という。）の請求項１の発明の技術的範囲に属し、これらの特許に係る原告の特許権を侵害するとして、被告に対し、被告製品１及び被告方法に係る差止めを求めるとともに、主位的に、不法行為に基づく損害賠償請求として、１億７１７０万円及び訴状送達の日（平成３０年８月８日）の翌日からの平成２９年法律第４４号による改正前の民法所定の遅延損害金の支払を求め、予備的に、不当利得に基づく返還請求として、１億５１６６万円及び訴えの変更申立書送達の日（令和３年２月２４日）の翌日からの同改正前の民法所定の利息の支払を求める事件である。
２前提事実（当事者間に争いのない事実並びに掲記した証拠及び弁論の全趣旨により認定できる事実をいう。なお、本判決を通じ、証拠を摘示する場合には、特に記載がない限り、枝番を含むものとする。）
⑴当事者
ア原告は、電子部品実装用メタルマスクや電子部品実装に関する周辺機器及びシステム、半導体パッケージ用精密版、ディスプレイ用マスク等の開発、製造、販売等を業とする株式会社である。
イ被告は、超微細電鋳加工製品等の開発設計、製造、販売等を業とする株式会社である。
⑵本件特許１
ア原告は、本件特許１に係る以下の特許権（以下「本件特許権１」という。）を保有している。（甲１、２）
登録番   号   特許第４１９２１９７
発明の名称   メタルマスク及びその製造方法
出願日    平成１９年４月５日
出願番   号   特願２００７－０９９６３２
登録日    平成２０年９月２６日
イ被告は、平成３０年１１月２９日、特許庁に対し、本件特許１に係る無効審判請求をし（無効２０１８－８００１３３）、後記⑸ア及びイの文献を提出するなどしたが、原告は、平成３１年３月７日、その特許請求の範囲の記載等の訂正請求をし（甲１６）、特許庁は、令和元年９月１８日付けで、原告の訂正請求を認めるとともに、被告の無効審判請求は成り立たないとする旨の審決をした（甲１８）。これに対し、被告は、審決取消訴訟を提起したものの、裁判所は、審決取消請求（乙４０）を棄却する旨の判決を言い渡し、当該判決は確定した（弁論の全趣旨）。ウ前記イの訂正後の本件特許１に係る明細書及び図面（以下「本件明細書等１」という。）のうち、特許請求の範囲の請求項１の発明（以下「本件訂正発明１－１」という。）及び請求項２の発明（以下「本件訂正発明１－２」という。）に係る記載は、次のとおりである（なお、下線部は、当該訂正による訂正部分である。）。
（本件訂正発明１－１）
「半田ペーストをプリント配線板に塗布形成するために形成された開口パターンと、前記プリント配線板への位置合わせ用のために前記開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の認識マーク、電解処理によって刻印された複数の認識マークと、
を備えたことを特徴とするメタルマスク」
（本件訂正発明１－２）
「開口パターンと、スクリーン印刷の位置合わせ用のために前記開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の認識マークと、を備えたことを特徴とするメタルマスク」。エ本件訂正発明１－１及び１－２（以下「本件訂正発明１」という。）の請求項の記載は、次のように構成要件に分説することができる。
（本件訂正発明１－１）
１Ａ半田ペーストをプリント配線板に塗布形成するために形成された開
口パターンと、
１Ｂ’前記プリント配線板への位置合わせ用のために前記開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された
複数の認識マークと、
１Ｃを備えたことを特徴とするメタルマスク
（本件訂正発明１－２）
１Ｄ開口パターンと、


１Ｅ’スクリーン印刷の位置合わせ用のために前記開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の
認識マークと、
１Ｆを備えたことを特徴とするメタルマスク
⑶本件特許２
ア原告は、本件特許２に係る以下の特許権（以下「本件特許権２」という。）を保有している。（甲６、７）
登録番   号   特許第６３０２４３０
発明の名称   ボール配列用マスクの製造方法
出願日    平成２７年６月８日
出願番   号   特願２０１５－１１５７７９
登録日    平成３０年３月９日
イ被告は、平成３０年１１月２９日、特許庁に対し、本件特許２に係る無効審判請求をし（無効２０１８－８００１３４）、本件後記⑹ウの文献を提出するなどしたが、原告は、平成３１年３月７日、その特許請求の範囲の記載等の訂正請求をし（甲１６）、特許庁は、令和２年２月１６日付けで、原告の訂正請求を認めるとともに（被告は、令和元年８月２２日の当該無効審判手続の第１回口頭審理において、当該訂正に係る訂正要件違反の主張を撤回した。）、被告による無効審判請求は成り立たないとする旨の審決をした（甲２１）。これに対し、被告は、審決取消訴訟を提起したものの、裁判所は、審決取消請求を棄却する旨の判決を言い渡し、当該判決は確定した（弁論の全趣旨）。
ウ前記イの訂正後の本件特許２に係る明細書及び図面（以下「本件明細書等２」という。）のうち、特許請求の範囲の請求項１の発明（以下「本件訂正発明２」という。）に係る記載は、次のとおりである（なお、下線部は、当該訂正による訂正部分である。）。
「メッキにより形成され、振込まれた導電性ボールが挿通する複数の開口部が形成されたマスク本体と、メッキにより形成され、導電性ボールが振り込まれる側ではなく基板の電極と対向する側となる前記マスク本来裏面の前記開口部以外に部分的に突出され、互いに分離独立した複数の突起とを備え、前記分離独立した複数の突起の先端部は、その周縁エッジ部が丸みを持ったＲ形状に形成されており、布ふき取り時の引っ掛かりを防止するボール配列用マスクの製造方法であって、ＳＵＳ母材上に前記分離独立した複数の突起形成用のレジスト層を形成する工程と、前記分離独立した複数の突起が所定の高さとなるようにＳＵＳ母材上にメッキすることにより、一次メッキ層を形成する工程と、一次メッキ層の形成が終わったら、前記突起形成用のレジスト層を除去する工程と、前記突起以外の一次メッキ層を取り除き、ＳＵＳ母材上に一次メッキ層による突起を残す工程と、前記ＳＵＳ母材上の前記突起間に複数の開口部形成用のレジスト層を形成する工程と、前記マスク本体が指定の厚さとなるようにＳＵＳ母材上及び前記突起上にメッキすることにより、二次メッキ層を形成する工程と、二次メッキ層の形成が終わったら、前記複数の開口部形成用のレジスト層を除去する工程と、前記ＳＵＳ母材から一次メッキ層及び二次メッキ層からなる突起とマスク本体のメッキ層を剥離する工程と、を備えたことを特徴
とするボール配列用のマスクの製造方法」
エ本件訂正発明２の前記請求項の記載は、次のように構成要件に分説することができる。
２Ａメッキにより形成され、振り込まれた導電性ボールが挿通する複数
の開口部が形成されたマスク本体と、
２Ｂ’メッキにより形成され、導電性ボールが振り込まれる側ではなく基板の電極と対向する側となる前記マスク本体裏面の前記開口部以外に部分的に突出され、互いに分離独立した複数の突起とを備え、２Ｃ’前記分離独立した複数の突起の先端部は、その周縁エッジ部が丸味を持ったＲ形状に形成されており、布拭き取り時の引っ掛かりを防止す
る配列用マスクの製造方法であって、
２Ｄ’ＳＵＳ母材上に前記分離独立した複数の突起形成用のレジスト層を
形成する工程と、
２Ｅ’前記分離独立した複数の突起が所定の高さとなるようにＳＵＳ母材上にメッキすることにより、一次メッキ層を形成する工程と、２Ｆ一次メッキ層の形成が終わったら、前記突起形成用のレジスト層を
除去する工程と、
２Ｇ前記突起以外の一次メッキ層を取り除き、ＳＵＳ母材上に一次メッ
キ層による突起を残す工程と、
２Ｈ前記ＳＵＳ母材上の前記突起間に複数の開口部形成用のレジスト層
を形成する工程と、
２Ｉ前記マスク本体が指定の厚さとなるようにＳＵＳ母材上及び前記突起上にメッキすることにより、二次メッキ層を形成する工程と、２Ｊ二次メッキ層の形成が終わったら、前記複数の開口部形成用のレジ
スト層を除去する工程と、
２Ｋ前記ＳＵＳ母材から一次メッキ層及び二次メッキ層からなる突起と
マスク本体のメッキ層を剥離する工程と、
２Ｌを備えたことを特徴とするボール配列用マスクの製造方法である。
⑷被告の行為
ア被告は、平成２３年１月頃から、業として、被告製品１を製造し、販売し、又は販売の申出をした（甲３、４）。原告は、被告製品１が、別紙被告製品説明書記載の構成ａないしｃを有し、本件訂正発明１の技術的範囲に属するメタルマスクであると主張する。
イ被告は、遅くとも平成３０年３月頃から、業として、被告方法により生産した被告製品２を販売し、又は販売の申出をしている（甲８）。被告方法が、別紙被告方法説明書の各構成を有し、これが本件訂正発明２の技術的範囲に属することは当事者間に争いがない。
⑸本件特許１に係る先行文献
ア本件特許１の特許出願前に、その発明の名称を「印刷用マスクおよびそれを用いたプリント配線板の半田印刷方法」とする特開平１０－１５１７２４号公報（以下「乙１２公報」という。）が存在していた（乙１２）。イ本件特許１の特許出願前に、その発明の名称を「マーキング方法」とする特開平１－１８０９９５号公報（以下「乙２６公報」という。）が存在していた（乙２６）。


ウなお、乙１２公報は、前記⑵イの確定した審決の「甲第１号証」であり、乙２６公報は、「甲第３号証」である。
⑹本件特許２に係る先行文献
ア本件特許２の特許出願前に、その発明の名称を「マスク及びマスクの製造方法」とする特開２０１０－２４７５００号公報（以下「乙２０公報」という。）が存在していた（乙２０）。
イ本件特許２の特許出願前に、その発明の名称を「導電性ボール配列用マスク及びその製造方法」とする特開２００６－３２４６１８号公報（以下「乙２１公報」という。）が存在していた（乙２１）。ウ本件特許２の特許出願前に、その発明の名称を「配列用マスク」とする特開２０１３－２２９５７７号公報（以下「乙２２公報」という。）が存在していた（乙２２）。
エ本件特許２の特許出願前に、その発明の名称を「配列用マスク」とする特開２０１４－１０７２８２号公報（以下「乙２３公報」という。）が存在していた（乙２３）。
オなお、乙２０公報ないし乙２３公報は、前記⑶イの審決の「甲第１号証」ないし「甲第４号証」である。
⑺なお、原告は、侵害論において、本件特許権１及び２につき前記訂正請求を前提として訂正の再抗弁を主張し、被告はこれに反論していたところ、損害論に移行後に前記審決が確定したことから、訴訟の経過及び弁論の全趣旨を踏まえ、当事者双方は、訂正の再抗弁に係る争点を請求原因事実に係る争点に繰り上げる趣旨を主張し直すものとして、侵害論においては、端的に訂正後の特許権１及び２に係る充足性及び有効性を争点とするものとして、下記３のとおり整理している。
３争点
⑴被告製品１の「近接」該当性（争点１）
⑵被告製品１に係る先使用の抗弁の成否（争点２）⑶本件訂正発明１に係る進歩性欠如の有無（争点３）⑷被告製品２に係る先使用の抗弁の成否（争点４）⑸本件訂正発明２に係る進歩性欠如の有無（争点５）⑹本件訂正発明１に係る原告の損害の額（争点６）⑺本件訂正発明２に係る原告の損害の額（争点７）
第３争点に関する当事者の主張
１争点１（被告製品１の「近接」該当性）について
（原告の主張）
⑴構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’の「近接」とは、一般的には「すぐ近くにあること」の意味であるが、認識マークの位置は、プリント配線板の大きさやパターンの配列によって様々であり、これを数値化することはできない。⑵しかし、認識マークは、メタルマスクとプリント配線板との位置合わせの為に用いられるものであるから、メタルマスクの開口パターンがあるメタル上に認識マークがあれば、位置合わせが可能となる。
そして、本件明細書等１の段落【００２７】にも、「図１１に示すメタルマスク１では、半田ペースト等をプリント配線板に塗布形成するための開口部（開口パターン）１ｃの近傍に、上記プリント配線板の位置合わせ用の複数の認識マークが配置されており、これらの認識マークは、上述の通り、電解処理によって刻印されている。」との記載がある。
そうすると、構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’の「開口パターンに近接して設けられ」とは、認識マークがメタルマスクのメタル上に配置されていれば足りると考えるべきである。このように考えたとしても、当業者であれば、本件明細書等１の記載から発明を特定して把握し、その権利範囲を確定することは可能であるといえる。
⑶したがって、被告製品１の認識マークが開口パターンに「近接」して設けられていることは明らかであり（別紙被告製品説明書の写真５以下）、被告製品１は、構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’を充足する。
（被告の主張）
構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’の「近接」とは、原告も認めるとおり、「近くにあること」を意味するから、少なくとも、認識マークが、いずれも開口パターンの近くに存在することが必須である。これに対し、原告の主張は、発明を特定するために請求項に記載された「近接」の意義を全く無視するものであるから失当であり、被告製品１において、複数の認識マークが、開口パターンの「近接」に設けられていることを立証し得ていない。
２争点２（被告製品１に係る先使用の抗弁の成否）について
（被告の主張）
⑴被告は、平成１７年２月１６日、日本国内の顧客に対し、被告の事業の一環として、平成３０年６月１２日付け公正証書（乙２）の添付写真にあるメタルマスク（以下「乙２メタルマスク」という。）を出荷した。乙２メタルマスクは、「交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の認識マーク」（乙２、３）を有し、本件訂正発明１－１の構成要件を充足する製品であったが、被告は、当時、当該発明の内容を知らなかった。また、本件訂正発明１－２は、本件訂正発明１－１を包含する発明であるから、被告が、現在も、被告製品１を含むメタルマスクの販売事業を実施している以上、仮に、被告製品１が本件訂正発明１の構成要件を充足するとすれば、被告は、被告製品１に関し、先使用による通常実施権を有する。⑵これに対し、原告は、乙２メタルマスクの認識マークが、交流電源による電解マーキングによって刻印されたものであることを争っている。アしかし、電解マーキング法によって、表面がエッチングされ、黒色被膜が生成されることは文献に記載されており（乙２６）、被告による実験の結果を踏まえても、乙２メタルマスクの認識マークのように、黒色であり、かつ、へこみ（ピット）が発生するマークが、電解マーキングにより生成されたものであることは明らかである（乙３）。
また、原告も、被告製品１の認識マークが「濃い色（黒色）」であることを理由に、これが交流電源による電解マーキングによって刻印されたものであると断定しているのであるから（原告準備書面３・１４頁）、乙２メタルマスクの認識マークが濃い色（黒色）（乙２、３）で着色されている以上、先使用が成立することは明らかである。


イなお、被告は、被告の認識マークの形成方法を書類上で「ハーフエッチング後カーボン処理」と表現したことがある（甲１３）。しかし、そこにいう「ハーフエッチング」及び「カーボン処理」と交流電源による電解マーキングとは、同一の工程をいう上、そもそも、当該書類は、乙２メタルマスクに関する書類ではないから、結論を左右するものではない。すなわち、「ハーフエッチング」とは、「カーボンをマーキング装置電源に電極端子として接続し、電解液を介してＮｉメタルに接触させる。ここに交流電流を流すと、電極端子が負極、Ｎｉメタルが正極となる時にＮｉメタルよりＮｉイオンが電解液中に溶け出す。」という工程をいい、金属を貫通しないため、「ハーフ」と表現しているものである。そして、その後、「電解液中に溶け出したＮｉイオンが化学反応により酸化し、極性が反転した時に酸化されたＮｉイオンがＮｉメタルに再電着されることで黒い被膜が形成される。」という工程を経るが、これらの工程全体を通し、カーボン電極を被加工物に接触させながら化学処理が行われることから、これを「カーボン処理」と表現したものである。他方、交流電源による電解マーキングは、金属イオンが溶出し、凹部が形成された後に金属イオンが付着するという化学処理が行われることを前提とする（原告準備書面４・３頁）。このように、凹部の形成の後に化学処理をするという技術的思想は、前記の「ハーフエッチング」及び「カーボン処理」と何ら異なるものではない。
⑶また、原告は、乙２メタルマスクが、真に平成１７年２月１６日に納品されたものであることを争う。
アしかし、乙２メタルマスクにある２００５年（平成１７年）２月１６日を示す黒色の刻印は、取引先の指示に基づき、「製作日（出荷日）」（乙５２、５３）を示す記載として付されたものである。被告が、実際の出荷日（納期、製作日）を示すため、このような刻印をしていたことは、他の顧客の事例からも裏付けることができるのであって（乙５６ないし６０）、乙２メタルマスクが同日までに完成していたことは確実である。イそして、当該刻印は、交流電源による電解処理により付されたものであり、「脱落を確実に防止することができる」（本件明細書等の段落【００１１】）ようにしたものであって、事後に脱落することがないものであるから、これが実際の納品日と異なるという事態は、敢えて実際の納品日と異なる納品日が記載された不自然な製品を納入したり、受領したりするという不自然な仮説を想定しない限り考え難い。
ウ他方、●（省略）●の持出証には、同社の従業員が、●（省略）●を持ち出したことが記載され（乙３６）、被告提出の公正証書には、被告の従業員（乙４９）が、平成３０年６月５日、同社の●（省略）●において、●（省略）●と刻印された乙２メタルマスクを引き取ったことが明確に記載されている。（乙１、２）
エそして、Ａ社の従業員の陳述書（乙２４）には、同社が厳重に管理する管理台帳によれば、納品された乙２メタルマスクの差し替え等がされていないことが記載されている。そうすると、乙２メタルマスクは、納品日以降、同社に保管されていたものであり、被告が引き取ったメタルマスクと同一のものであるというべきである。したがって、この点に関する原告の主張も失当である。
（原告の主張）
⑴乙２メタルマスクの認識マークが、「電解マーキング」であると断定するに足りる証拠はない。したがって、乙２メタルマスクが、本件訂正発明１の実施品であるということはできない。
ア被告は、乙２メタルマスクの写真以外に、その認識マークが電解マーキングであることを裏付ける設計図等の資料を何ら提出しない。そのため、これが客観的に明らかになっているとはいえない。
確かに、乙２メタルマスクの写真には黒色又は濃い色の認識マークが存在するが、どのような処理による着色であるのかは不明である。仮に、当該認識マークに、被告のいう「へこみ」が存在したとしても、それが電解処理（電解マーキング）により形成されたことが明らかとはいえないし、前記写真からは、その「へこみ」があるかどうかも不明である。また、乙２メタルマスクは厚物マスクであり、凹部に追加的な黒色皮膜を形成することが容易なものである。このように被告製品１と乙２メタルマスクとは別の製品であるから、被告製品１の黒色の認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されていたとして、乙２メタルマスクの認識マークも同様であると断定することはできない。イむしろ、被告が本件訴訟前に説明資料として交付した「納入品仕様変更申請書」（甲１３）には、認識マークの形成方法として、「ハーフエッチング後カーボン処理」と記載されていることを指摘し得る。当該記載によれば、乙２メタルマスクの認識マークは、「ハーフエッチング」で「へこみ」を形成するという工程の「後」に、「カーボン」を化学処理して着色するという工程を経るものであると考えられるが、「ハーフエッチング」とは、エッチングにより、メタルマスクに意図的に凹部を形成し、その凹部に何かを詰めるという方法である。
しかるに、交流電源による電解マーキングにおいては、金属イオンの溶出による凹みの発生と溶出した金属イオンの付着による皮膜の形成とは同時に進行するから、エッチングにより、意図的に凹みを形成する工程を経ることは不要である。このように、交流電源による電解マーキングと「ハーフエッチング後カーボン処理」とは、技術的思想が全く異なる。また、「カーボン」にしても、電解マーキングで用いられることのないものである。この点につき、被告は、電解処理の電極に「カーボン」を用いていると主張するが、それをあえて「カーボン処理」とは記載しないはずである。


⑵また、乙２メタルマスクが、平成１７年２月１６日に納品されたものであるかどうかも、客観的に明らかであるとはいえない。したがって、被告が、本件訂正発明１を実施していたということもできない。ア顧客に納品した製品で先使用を立証する場合、納品の日付に加え、当該顧客において、当該製品が保管され、何ら加工されていないこと、被告が当該製品を一時的に引き取るなどしておらず、納品された製品と当該製品とが同一であることなどが客観的に明らかにされなければならない。しかるに、被告が提出する証拠は、後記イの公正証書を除き、被告の内部資料等を中心とするものにすぎない。被告は、顧客である●（省略）●の「管理台帳」が存在すると主張するが、これを裏付ける客観的証拠は存在せず、当該製品の納品当時には在籍していなかった同社担当者の陳述書において、断片的に引用されるのみである上、仮に、その陳述書のとおりの「管理台帳」が存在したとしても、その記載の内容は不十分であり、「管理台帳」は、信用することができるものではない。したがって、先使用の事実が客観的に明らかにされているとはいえない。イまた、被告が提出する公正証書（乙１）についても、被告担当者の説明のままに記載されたにすぎないと考えられる内容のものであり、特に、メタルマスクを引き渡した者が誰であるかの確認もされていないこと、その保管者であるはずの●（省略）●の従業員が事実実験に立ち会っていないことなどに照らせば、その正確性、信用性に疑義がある。仮に、前記公正証書の記載のとおり、乙２メタルマスクが、●（省略）●から持ち出されたものであるとすれば、社外の者である被告担当者が、守衛のチェックなしに会社の資産であるはずの乙２メタルマスクを簡単に持ち出していることになり、●（省略）●において、これが適切に管理されていたかどうかが疑わしいというべきである。
この点について、被告は、●（省略）●の持出証なる資料（乙３６）を提出するが、当該持出証は、その作成者も明らかではなく、その開示先である被告担当者については、被告の当初の主張と異なる者の氏名が記載されている。そうすると、当該持出証を考慮しても、被告が納品したというメタルマスクと乙２メタルマスクの同一性には疑問がある。ウそもそも、メタルマスクの日付の刻印は、いつでも容易に作成することができ、出荷後に刻印することも可能なものである。被告は、被告の製品における日付の刻印は、出荷日を示すためのものであるとして、別の顧客に納品した製品に係る検収明細情報等の資料（乙５６ないし６０）を提出する。しかし、それらの資料は、社名の記載がなく、部品コードも不整合であるなどの不審点があるなど、被告の当該主張を裏付ける証拠とするには不十分なものである。したがって、この点からしても、乙２メタルマスクによる先使用の立証がされているということはできない。３争点３（本件訂正発明１に係る進歩性欠如の有無）について
（被告の主張）
本件訂正発明１は、以下のとおり、乙１２公報に記載された発明に乙２６公報に記載された事項を適用することにより、当業者が容易に想到し得たものであったから、進歩性欠如の無効事由を有する。
⑴乙１２公報に記載された発明及び相違点
ア乙１２公報には、以下の乙１２－１発明及び乙１２－２発明（以下「乙１２発明」という。）が記載されている。
（乙１２－１発明）
１２Ａクリーム半田をプリント配線板に印刷形成するために形成された
開口部と、
１２Ｂ前記プリント配線板への位置合わせ用のために設けられ、１２Ｃ電解めっき法により金属層が形成されたアライメントマークと、
１２Ｄを備えたことを特徴とする印刷用マスク
（乙１２－２発明）
１２Ｅ開口部と、
１２Ｆ半田印刷の位置合わせ用のために設けられ、１２Ｇ電解めっき法により金属層が形成されたアライメントマークと、
１２Ｈを備えたことを特徴とする印刷用マスク
イ乙１２－１発明と本件訂正発明１－１とは、以下の相違点１ないし３で相違し、乙１２－２発明と本件訂正発明１－２とは、以下の相違点４ないし６で相違するが、その余は一致する。
（相違点１）
構成要件１２Ｂについて、本件訂正発明１－１では認識マークが開口パターンに近接して設けられるのに対し、乙１２－１発明ではアライメントマークが開口部に近接して設けられるか否か明らかでない点
（相違点２）
構成要件１２Ｃについて、本件特許訂正１－１では認識マークが複数設けられるのに対し、乙１２－１発明ではアライメントマークが複数設けら
れるか否か明らかでない点
（相違点３）
構成要件１２Ｃについて、本件訂正発明１－１では認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されるのに対し、乙１２－１発明ではアライメントマークが電解めっき法によって金属層で形成される点
（相違点４）
構成要件１２Ｆについて、本件訂正発明１－２では認識マークが開口パターンに近接して設けられるのに対し、乙１２－２発明ではアライメントマークが開口部に近接して設けられるか否か明らかでない点
（相違点５）
構成要件１２Ｇについて、本件訂正発明１－２では認識マークが複数設けられるのに対し、乙１２－２発明ではアライメントマークが複数設けら
れるか否か明らかでない点
（相違点６）
構成要件１２Ｇについて、本件訂正発明１－２では認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されるのに対し、乙１２－２発明ではアライメントマークが電解めっき法によって金属層で形成される点ウなお、被告は、乙１２発明において、あらかじめ凹部が形成されることが必須の構成要素であるかのように主張する。しかし、乙１２発明は物の発明であるから、あらかじめ凹部を形成するというような時的要素を導入するのは不適切である。そして、本件訂正発明１のような交流電源による電解マーキングにおいても、刻印される部分に凹部は形成されるのであるから、凹部の形成の有無が実施的な相違点となることもない。
⑵相違点の検討
ア相違点１及び４
認識マークはプリント配線板との位置合わせのために設けられるものであるから、これと開口パターンとの位置関係を規定する必要がないことは、当業者の技術常識である。原告も、充足論において、「開口パターンに近接して」の文言が無用な限定であることを認めている。したがって、相違点１及び４は実質的な相違点とはいえない。
イ相違点２及び５
認識マークはプリント配線板との位置合わせ用に設けられるものであるから、プリント配線板が回転した場合などに備え、これを複数箇所に設けることは不可欠である。そして、複数のマークを設けることは、技術分野が密接に関連する金属製の被加工物に係る乙１３に記載されており、当業者が、これを適用し、相違点２及び５に至ることは容易であった。
ウ相違点３及び６


本件訂正発明１の課題は、認識マークの脱落を確実に防止し、これを箔物に対しても容易に形成することであるが、そのような課題は、その出願前から周知であり（乙１２、１４、１５ないし１９）、後記⑶に詳述するとおり、当業者が、乙２６公報の記載事項（以下「乙２６記載事項」という。）に基づき、相違点３及び６に至ることは容易であった。
⑶乙２６記載事項の適用について
ア乙２６記載事項は、金属製の被加工物にマークを施すには、一般に「電解マーキング法」が採用されること、これは「第５図」に示すようにステンシルの孔部に電解液と被加工物を接触させ、電解液に接触するカーボン電極と被加工物との間に「交流を印加」することで被加工物の表面に皮膜を生成するものであり、生成された皮膜は被加工物の酸化物又は被加工物と電解液との反応生成物であることを内容とし、その「第５図」は、本件明細書等１の【図８】と同一である。そうすると、乙２６公報は、相違点３及び６にいう「交流電源による電解マーキングによって刻印された認識マーク」を開示するものであるということができる。
イそして、乙２６記載事項は、「工具」などの金属製の被加工物に、光の反射率を異ならせた皮膜で「文字や数字等のパターン」を表示する技術であり、自動化された製造・組立工程においては、このような部品や治工具の「パターン」も、ロボット上のカメラを通じ画像処理されることになるから、「工具」と同様の生産部材である治具であり、金属板たるメタルマスクに、「パターン」の一種であるアライメントマークを施し、これを読み取って位置合わせをする技術である乙１２発明とは、その技術分野が密接に関連し、作用、機能においても共通するということができる。また、電解マーキング装置は、本件訂正発明１の出願前から販売されており（乙２７）、これによって、ロゴやシンボルマーク、黒色マーキングが可能であることも知られていたから（乙３２、３３）、これをマークの一種である認識マークに使用し得ることは、当業者が容易に想到し得たことである。さらに、交流電圧を印加する黒色永久マークが、電気通信部品等の産業用部品に用いられる旨の刊行物も存在し（乙２８）、電気通信部品等の製造工程に使用されるメタルマスクに、交流電圧を印加する電解マーキングを適用し得ることも示唆されていた。
そうすると、前記⑵ウで指摘したとおり、本件訂正発明１の課題が、その特許出願時において周知であった以上、乙２６記載事項を乙１２発明に適用する動機付けがあるということができるから、当業者は、本件訂正発明１を容易に想到し得たというべきである。
ウこれに対し、原告は、本件訂正発明１の出願当時、電解マーキング法には課題があったから、乙２６記載事項を乙１２発明に適用するには阻害要因があったなどと主張する。
しかし、被告のいう乙２６公報の課題⑴（皮膜の退色、離脱、溶出等の問題）は、最適な相性を有する電解液を採用するという一定の創意工夫や努力で解消が可能なものであり、課題⑶（滲みや掠れの問題）も、電解液量を適正に管理することで解決可能なものであり、いずれも設計事項にすぎない。
また、乙２６公報は、ドリルなどの曲面にマーキングをする際の問題点を解決するための発明に係る公開特許公報であるから、同公報に記載された課題⑵（精度の問題）及び課題⑷（解像度、明瞭性の問題）が、そのような際に生じる課題にすぎないことは容易に理解し得る。実際、課題⑵を解決するには、当業者において、印加する電圧と電流密度及び通電時間を適正にする努力を要するが、被加工面が曲面である工具類とは異なり、メタルマスクは平板形状であり、制約条件が緩いから、何ら阻害要因となるものではない。このような理解は、プリント基板関連の技術常識を有するメタルマスク業界の当業者にとって、その技術常識に属するものであり、原告のいうような後知恵ではない。
そもそも、乙２６公報が問題とする課題⑵は、深さ又は厚みにおける精度であって、平面状のメタルマスクに形成される認識マークに妥当するものではない。これに位置精度が必要であることは確かであるが、マークが形成される部位の位置精度は、当該部位以外の表面を覆うレジスト膜のパターン精度によって決まり、そのパターン精度は、電解マーキング法による場合と電解メッキによる場合とで異なるところはない。そして、課題⑷（解像度、明瞭性の問題）が、画数の多い漢字などを刻印する場合の問題であり、単純な黒丸である位置合わせ用マークを刻印する場合に問題となるものではないことも、当時の技術常識から明らかである。位置合わせ用マークの正確性は、メタルマスクの開口位置との関係で決まり、明瞭性についても、メタルとドライフィルムを隙間なく密着することで確保し得るのであって、この点も阻害要因とならない。なお、原告は、位置合わせ用の認識マークに電解マーキング法を採用すること自体が当業者にとって予期し得ないことであったとして、乙１２発明に電解マーキング法を適用しようとすること自体が後知恵であると主張するが、前記イによれば、その主張は失当である。
以上のとおり、乙１２発明のアライメントマークの形成に関し、乙２６記載事項による従来技術としての電解マーキング法を適用することについて、何ら阻害要因は存在しないから、当業者は、乙１２発明に乙２６記載事項を適用し、本件訂正発明１を容易に想到し得たといえる。
（原告の主張）
⑴本件訂正発明１－１と乙１２－１発明とは、以下の相違点Ⅰで相違し、本件訂正発明１－２と乙１２－２発明とは、以下の相違点Ⅱで相違する。
（相違点Ⅰ）
本件訂正発明１－１では、認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されているのに対し、乙１２－１発明では、アライメントマークとして、エッチング法によって形成された凹部に電解めっきによって金めっ
き層が形成されている点
（相違点Ⅱ）
本件訂正発明１－２では、認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されているのに対し、乙１２－２発明では、アライメントマークとして、エッチング法によって形成された凹部に電解めっきによって金めっ
き層が形成されている点
⑵被告は、乙１２発明に乙２６記載事項を適用すれば、本件訂正発明１に至ると主張するが、その動機付けは存在せず、むしろ阻害要因がある。
ア技術分野、作用及び機能の共通性について


乙１２発明のアライメントマークは、位置合わせに用いられるから、画像処理を行うためのコントラストが必要であり、また、公差内に収める精度も必要になる。しかるに、乙２６記載事項は、工具類に文字等を表示することを内容とするものであり、製品名やメーカー名等を表示するためのものにすぎない。そうすると、両者は、適用される製品が異なるとともに作用及び機能をも異にするから、技術分野が関連するとはいえない。これに対し、被告は、アライメントマークも「パターン」に含まれるとした上、自動化された製造・組立工程においては、部品や治工具の「パターン」もロボット上のカメラを通じ画像処理されるから、両者の作用及び機能が共通すると主張する。しかし、当該主張は、上記のとおり、両者が異なるものであるにもかかわらず、これを「パターン」という広い概念で捉え直し、その共通性をいうにすぎず、無意味で失当である。
イ特許出願時の技術水準について
乙１２公報には、印刷用マスクのアライメントマークとして、エッチング法、レーザー加工法等で形成した凹部の内部に、化学蒸着法、電解めっき法、無電解めっきなどで金属層を形成するという方法のみが開示されている（段落【０００９】）。そうすると、本件特許１の出願当時において、位置合わせ用のマークを形成する上では、本件訂正発明１のような交流電源による電解マーキング法による方法とは異なり、あらかじめ形成した凹部に樹脂等の別の部材を付加する方法によって、必要な機能を確保することが前提となっていたということができる。
これに対し、被告は、電解マーキング法においても、凹部が形成されると主張する。しかし、交流電源による電解マーキングにおいて、金属イオンの溶出及び再溶出による凹みの発生と溶出した金属イオンの付着及び再付着による皮膜の形成とは同じ工程で行われるから、その凹みの発生部分を切り離して考えることはできない。他方、乙１２発明は、凹部を形成する工程が行われた後に、別途、当該凹部に別の部材を追加する工程を行うものである。したがって、両者の技術思想は異なるものであり、また、凹部の形成の有無は、実施的な相違点になるというべきである。むしろ、乙２６公報には、電解マーキング法が、⑴物理的及び化学的に安定した黒色皮膜を得ることが困難であり、皮膜の退色、離脱、溶出等の問題があること、⑵高精度を要求する工具類のマーキングには不適当であること、⑶電解液の補充の多少によって滲み、掠れが発生すること、⑷解像度に限界があり、明瞭さに欠けること、以上のような課題を有することが記載されている。そうすると、本件特許１の出願時において、電解マーキングによって、位置合わせ用のマークに必要な機能を確保できるという認識は存在しなかったというべきである。
実際、被告提出の文献をみても、位置合わせ用のマークを形成する方法としては、あらかじめ凹部や貫通孔を形成する方法が記載されているものしか存在ず、電解マーキングに触れる部分は、それによって、位置合わせ用のマークを形成し得ることを示唆するものではない。
ウ阻害要因について
上記イのとおり、乙２６公報には、電解マーキング法の問題として、課題⑴ないし⑷が記載されている。そして、印刷用マスクに形成されるアライメントマークにおいても、課題⑴にいう退色、離脱、溶出等は、これを採用する阻害要因となる。また、上記アのとおり、印刷用マスクに形成されるアライメントマークには、画像認識のためのコントラスト及び位置合わせのための精度が必要であるから、課題⑵及び⑷も同様に阻害要因となる。そして、課題⑶が、印刷用マスクに形成されるアライメントマークに当てはまることも明らかである。他方、乙２６公報には、電気めっきによる方法が採用されれば、これらの課題を解決し得ることが記載されているのであるから、電解めっきを採用する乙１２発明の印刷用マスクに対し、乙２６公報の記載に基づき、あえて課題があると指摘されている電解マーキング法を適用することには、明らかな阻害要因がある。これに対し、被告は、これらの課題について、解決する方法があり、あるいは、重要な点ではないなどと主張する。しかし、前記イで主張したとおり、本件特許出願時において、位置合わせ用のマークを電解マーキングによってメタルマスクに形成すること自体が、当業者には予期し得なかったことであり、被告の当該主張は、単なる後知恵である。被告は、特に課題⑵について、ドリルは円形形状であるが、メタルマスクは平板形状であるという相違があるなどと指摘する。しかし、乙２６公報は、被加工面が曲面であるとは記載されておらず、電解マーキング法そのものの課題を記載したものである。また、被告は、認識マークの位置精度は、レジスト膜のパターン精度によって決まるとも主張するが、レジスト膜を用いることは、被告提出の証拠には記載されていない。これらの主張も、本件明細書等１に記載された内容に基づいた後知恵である。
以上のとおり、被告の主張を踏まえても、乙２６公報に記載された当時の電解マーキング法に対する認識の下において、これを乙１２発明に適用することには明らかな阻害要因があったというべきであり、乙２６記載事項に基づき、当業者が相違点Ⅰ及びⅡを想到し得たとはいえない。⑶したがって、乙１２発明及び乙２６記載事項に基づき、本件訂正発明１が進歩性欠如の無効事由を有するという被告の主張は失当である。４争点４（被告製品２に係る先使用の抗弁の成否）について
（被告の主張）
⑴被告のメタルマスクの製造方法（以下「乙７製造方法」という。）が、本件訂正発明２の工程と同一であることは、品番「Ｍ０４－０２１－Ａ０＿Ｂａｌｌ」のメタルマスク（以下「乙７マスク」という。）を受注した際に作成される製造指図書（乙５）及び工程チェックシート（乙６）、これらを補足する工程フローメモ（乙７）の記載から明らかである。
ア構成要件２Ｄ’
乙７には、「ＳＵＳ：通常ＳＵＳ」、「ＤＦＲ」（ドライフィルムレジスト）、「ＬＤＩ」（レーザーダイレクトイメージング、露光）及び「現像条件」とあるから、「ＳＵＳ母材１上にレジストをラミネートし、所要の露光、現像処理を行い」（本件明細書等２の段落【００１５】）に相当する工程が記載されており、乙７製造方法が「ＳＵＳ母材上に突起形成用のレジスト層を形成する工程」を備えていることが示されている。
イ構成要件２Ｅ
乙７には、「ランド付きフタめっき工程」と「本めっき工程」の２段階工程が記載されているから、乙７製造方法が、構成要件２Ｅの「ＳＵＳ母材上にメッキすることにより、一次メッキ層を形成する工程」を備えることを示している。また、乙６及び乙７は、メッキの時間（「ＡＨ」）を指定するものであるが、構成要件２Ｅの「所定の高さ」には特段の限定が存在しないから、これも示されているといえる。
ウ構成要件２Ｆ


乙７には、「剥離」の工程として、「新アミン２時間」という記載があり、有機溶剤であるアミンにより、レジスト層を剥離する工程が記載されている。したがって、乙７製造方法は、構成要件２Ｆの「突起形成用のレジスト層を除去する工程」を備えている。
なお、乙６には、「一次メッキ」の行の「剥離槽」欄に「なし」と記載されているが、これは製造作業者のミスを防ぐための措置である。すなわち、上記「剥離」の工程には、乙６の「前処理」の行にあるとおり、「ＬＤＩマーク」、「外形線」、「テープ止め後」、「剥離」という手順が必須である。しかし、乙６の書式上、この手順を「一次メッキ」の行には記載し得ない。そのため、製造作業者が、「一次メッキ」の後、これらの手順を経ないまま、同じ行の「剥離槽」の工程に移るというミスを避けるため、「剥離槽」欄には、敢えて「なし」と記載し、「前処理」の行に「剥離」の手順を記載しているのである。
他方、「露光・現像」の行で形成したレジスト層を「一次メッキ」の行の前の「前処理」の行で剥離することは無意味である。乙７の上記記載と併せ読めば、乙６の「前処理」の行にある「剥離」の記載が、「一次メッキ」をした後に「剥離」することを意味することは明らかである。
エ構成要件２Ｇ
乙７には、「本めっき工程」の「パターニング」の段階において、「フタめっきを剥がしラミネート」との記載がある。乙７における「フタめっき」とは、「ランド付きフタめっき工程」という用法からも明らかなとおり、最初に形成される一次メッキを意味する。したがって、乙７製造方法は、構成要件２Ｇの「突起以外の一次メッキ層を取り除き、ＳＵＳ母材上に一次メッキ層による突起を残す工程」を備えている。
オ構成要件２Ｈ
乙７には、「本めっき工程」に「パターニング」との記載があるが、これはドライフィルムを焼き付けて、開口部や回路の配列を定めることを意味するから、乙７製造方法は、構成要件２Ｈの「複数の開口部形成用のレジスト層を形成する工程」を備えている。
そして、このような「開口部形成用のレジスト層」は、導電性ボールが挿通される開口部の前提となるものであり、導電性ボールは、突起により支持されるメタルマスクの中間に挿通されるのが通常であるから、乙６及び乙７と一体管理されている製品仕様書（乙８）に記載されるとおり、その「レジスト層」は、「ＳＵＳ母材上」の「突起間」に形成される。
カ構成要件２Ｉ
乙７には、「本めっき工程」として、「フタめっきを剥がし」た後、レジスト層を「ラミネート」し、「めっき」することの記載がある。この記載は、工程全体との関係において、「フタめっき」を剥がした後の一次メッキ層の上に更に「二次メッキ」をすること、すなわち、残存した一次メッキ層により形成された突起に二次メッキ層を積層させることを意味するものと理解するのが自然である。そうすると、乙７には、「一次メッキ層による突起上にメッキすることにより、二次メッキ層を形成する工程」が開示されているといえる。なお、「フタめっき」とは、被告独自の用語であるが、被告は、ＳＵＳ母材に「フタ」をするように一次メッキが施されることから、このように呼称しているものである。
そして、乙７には、その二次メッキの「指定の厚さ」に相当するメッキ条件も記載されているから、乙７製造方法は、「マスク本体が指定の厚さとなるようにＳＵＳ母材上及び突起上にメッキすることにより、二次メッキ層を形成する工程」を備えているといえる。
キ構成要件２Ｊ
乙７には、２段階目の「本めっき工程」について、「剥離：●（省略）●」とあり、これはレジスト層の除去工程を意味するから、乙７製造方法は、「二次メッキ層の形成が終わったら、複数の開口部形成用のレジスト層を除去する工程」を備えている。
ク構成要件２Ｋ
メタルマスクについて、ＳＵＳ母材が残存したままでは、開口部が適切な位置に形成されているか等の確認・検査ができない。したがって、乙７製造方法は、「ＳＵＳ母材から一次メッキ層及び二次メッキ層からなる突起とマスク本体のメッキ層を剥離する工程」を当然に備えている。⑵また、乙７製造方法で製造された品番●（省略）●（乙９）のメタルマスク（以下「乙９マスク」という。）が、本件訂正発明２に係る工程で製造されるメタルマスクに該当することは、乙９マスクに係る不具合品解析結果報告書（乙９）及び製造チェックシート（乙１０）の記載から明らかである。
ア構成要件２Ａ
乙１０には、「一次メッキ」、「二次メッキ」という記載があり、乙９には、「振り込まれた導電性ボールが挿通する複数の開口部」の形状を示す写真が掲載されている。したがって、乙９及び乙１０には、「メッキにより形成され、振り込まれた導電性ボールが挿通する複数の開口部が形成されたマスク本体」という構成が開示されている。
イ構成要件２Ｂ’
乙９には、「導電性ボールが振り込まれる側ではなく基板の電極と対向する側となるマスク本体裏面の開口部以外に部分的に突出され」た突起を示す写真（以下「乙９写真」という。）が記載されている。乙７製造方法を使用したマスクは、メッキが施されているから、そして、これらの突起が、「メッキにより形成され」ていることも明らかである。
ウ構成要件２Ｃ
乙９には、先端部に「周縁エッジ部が丸味を持ったＲ形状」を備えた突起を示す乙９写真が掲載されている。したがって、乙９には、乙７製造方法を使用したメタルマスクとして、「突起の先端部は、その周縁エッジ部が丸味を持ったＲ形状に形成されており、布拭き取り時の引っ掛かりを防止する配列用マスク」が開示されている。
なお、そもそも、本件明細書等２の段落【００１５】によれば、突起がＲ形状となるのは、専ら一次メッキ層の上から二次メッキ層を施すことによるものであるはずである。そうすると、前記⑴の乙７マスクの製造工程によって、一次メッキ層の上から二次メッキ層を施せば、必然的に乙９の写真のようなＲ形状のポストが完成することになる。


⑶そして、被告は、平成２６年３月２１日（乙７）までには、既に乙７製造方法を使用し、同月３１日（乙１１）までには、これを使用したマスクを完成していた。そうすると、上記⑴及び⑵のとおり、乙７製造方法が本件訂正発明２と同一である以上、被告は、本件特許２の出願日である平成２７年６月８日以前に、本件訂正発明２の内容を知らず、乙７製造方法を使用し、乙７製造方法を使用したメタルマスクを製造する事業を実施していたことになる。したがって、被告方法は、乙７製造方法と一致する以上、被告は、被告方法に係る発明の先使用権を有する。
⑷これに対し、原告は、乙５及び乙６が、乙７製造方法に係る資料であることを争い、乙７が、乙５及び乙６の附属資料であることを争うが、以下のとおり、いずれも失当である。
ア原告は、乙５に「段堀り／総厚」との記載があることから、乙５及び乙６が、乙７製造方法とは異なる「エリア抜き形状」に係るメタルマスクの製造工程を記載したものであると主張する。
しかし、「段堀り」とは、エッチングの工程があることを前提に、はんだペースト印刷用メタルマスクに用いられる表現である。これに対し、乙５は、少なくとも、「ハーフエッチング」を「無し」とし、品番に「Ｂａｌｌ」を含むボール搭載用メタルマスクの製造工程に係る資料なのであるから、いずれせよ、「段堀り」とは無関係な製品である。それにもかかわらず、乙５に「段堀り」とあるのは、従前の書式が流用されたからにすぎず、「段堀り／総厚」の欄に「７５／４０」と記入することで、一次メッキ層と二次メッキ層の厚さの合計と二次メッキ層の厚さが指示される。このことは、前者の数字が、「メタル厚」の欄に記入された「７５㎛」の数字と一致することからも明らかである。イ原告は、乙７が、被告の従業員が作成したメモにすぎないとして、これが乙５及び乙６の附属資料であることを争う。
しかし、乙７は、統一書式を使用した乙６の各欄に記入することができない詳細な工程等を明らかにしたものであり、そのような資料が存在することに不審点はない。乙７が、乙６を補充するための附属資料であることは、両者の作成日が近接し、これらがホッチキス止めで一体的に保管されていたことからも明らかである。（乙３７）
⑸また、原告は、乙９の信用性を争い、乙９マスクが、乙７製造方法で製造されたとはいえず、また、乙７製造方法によって、Ｒ形状の突起が形成されるともいえないと主張するが、以下のとおり、いずれも失当である。ア原告は、乙９が、乙９マスクの不具合の原因を調査した資料であり、その原因は「開口不良」であったとされるのに、乙９において、これと無関係な突起の形状が比較されていることに不審を示す。
しかし、被告は、当初、不具合の原因が不明であったことから、乙９マスクの「総合的」な精査を実施した上、その結果の全てを乙９に記載したにすぎず、原告の示す不審は的外れである。
イ原告は、乙９写真が、Ｒ形状の突起を生成しない別の製造方法に係る別資料（甲１５）にも掲載されていることを指摘し、乙９写真が、乙７製造方法に係る証拠となることを争う。
しかし、乙９写真は、当該資料において、「エリア抜き形状」によるメタルマスクの形状との比較のために使用されているにすぎず、「エリア抜き形状」によるメタルマスクの製造工程に関するものではない。ウ原告は、乙９マスクと乙７マスクとが異なる品番であると指摘する。しかし、品番は顧客の指示で付すものであり、例えば、「Ｍ」は、平成２４年の開発依頼に係る製品であることを意味するにすぎない。他方、乙９マスクと乙７マスクの製造チェックシートである乙６と乙１０に記載された製造工程は同一である。そして、記載された「めっき槽」の管理番号は異なるが、メッキの種類に異なるところはない。
（原告の主張）
⑴被告は、乙５ないし８の書類に記載された製造工程が、本件訂正発明２の製造方法と同一であると主張する。しかし、これらの書類は、いずれも被告の社内資料にすぎない上、以下に指摘するとおり、被告による先使用の事実を客観的に明らかにするものとはいえない。
ア乙５には、「段堀り」との記載がある。しかし、「段堀り」とは、エッチングなどで段を作るという意味であり、二段メッキによる「エリア抜き構造」や「ハーフエッチングにより段差の掘り込みを入れる構造」に使用される表現であって、本件訂正発明２のようなメタルマスクには使用されない表現である。したがって、乙７製造方法が、本件訂正発明２の製造方法と同一であるということはできない。
イまた、乙６をみても、「一次メッキ」の「剥離槽」欄には「なし」と記入されているのに、「二次メッキ」の同欄には●（省略）●と記入されており、二次メッキの後、まとめてレジストを剥離することを特徴とする工程が採用されていることは明らかである。このような製造方法は、後述の甲１５と同様に、二段メッキによる「エリア抜き構造」のメタルマスクを製造するものであり、本件訂正発明２の製造方法とは異なる。ウこれに対し、被告は、乙６と一体的に保管されていたという乙７が、乙６の記載を補完すると主張する。しかし、両者が、いつからホッチキス止めされていたのかなど、その保管管理の実態は明らかとされておらず、本件特許２の出願時において、両者が一体の書類であったかどうかは不明である。上記イのとおり、乙７は、最初のメッキ後の「剥離」に係る記載を含み、乙６とは異なる工程を示すものであって、その付属書類といえるか疑問である。
エそもそも、Ｒ形状のポスト（突起）を形成させることは、本件訂正発明２の大きな特徴とするところである。仮に、乙６の製造工程が、Ｒ形状のポストを形成させるメタルマスクに係るものであるとすれば、乙６において、そのための工程に係る記載が存在するはずである。しかるに、乙６には、そのような記載は何ら存在せず、乙７の記載と一致しない。そうすると、両者は異なる工程を示すと考えるべきである。


オそして、乙７は、被告従業員の作成したメモにすぎず、被告も自認するとおり、「フタめっき」など、第三者に理解し得ない独自の言葉も使用されている。そのため、発明の構成が、具体的、客観的に構成されているとはいえず、当業者は、乙７を基に反復継続してメタルマスクを製造することはできない。まして、その記載時期も不明なのであるから、本件特許２の出願時において、その発明が完成していたとはいえない。⑵被告は、乙７製造方法によれば、乙９写真のようにＲ形状の突起が形成されると主張する。しかし、乙９は、被告の内部資料にすぎない上、以下のとおり、乙９写真が、乙７製造方法で製造されたメタルマスクに係る写真であるかどうかも疑問であることなどからすれば、当該主張も失当である。ア乙９マスクの品番は●（省略）●であるのに対し、乙７マスクの品番は●（省略）●であるから、乙９マスクが、乙７製造方法で製造されたメタルマスクであるかは客観的に明らかであるとはいえない。イ乙９マスクの製造工程とされる乙１０は、乙７マスクの製造工程とされる乙６と「めっき槽」の番号が異なり、両者が同一の製造工程であるかは明らかでない。また、単に一次メッキ及び二次メッキの工程があればＲ形状の突起が形成されるというものでもない。
ウ乙９マスクの不具合の原因は、「開口不良」にあるとされているのであるから、開口形状を分析すれば足り、突起形状を解析する意味はない。そして、乙９写真は、乙９の「開口形状（３Ｄ観察）」欄に掲載されていることからすれば、これが事後に差し替えられた可能性がある。エむしろ、乙９写真は、被告から開示された別の資料（甲１５）にも掲載されているが、当該資料は、構成要件２Ｉを備えず、Ｒ形状の突起を形成しない製造方法に係るものである。そうすると、乙９マスクも、同様の製造方法で製造されたと考えられ、これと乙９写真は整合しない。⑶また、被告は、いずれにせよ、一次メッキ層の上に二次メッキ層を施せば、当然にＲ形状の突起が形成されるなどとも主張する。しかしながら、構成要件２Ｇ及び２Ｉによって、突起の先端はＲ形状になるのであり、一次メッキ層の上から二次メッキ層を施せば足りるということはない。実際、被告が乙７マスクの製造方法に係る資料であるとする乙８の図面及び写真をみても、黒い点が記載されているにすぎず、それがポスト（突起）であるかも不明である。
５争点５（本件訂正発明２に係る進歩性欠如の有無）について
（被告の主張）
本件訂正発明２は、以下のとおり、乙２０公報に記載された発明に乙２１公報ないし乙２３公報に記載された発明を適用することにより、当業者が容易に想到し得たものであったから、進歩性欠如の無効事由を有する。
⑴乙２０公報に記載された発明及び相違点
ア乙２０公報には、以下の乙２０発明（以下「乙２０発明」という。）が記載されている。
（乙２０発明）
２０Ａ電鋳により形成され、振り込まれた導電性ボールが挿通する複数
の開口部が形成されたマスク本体と、
２０Ｂ’電鋳により形成され、導電性ボールが振り込まれる側ではなく基板の電極と対向する側となる前記マスク本体裏面の前記開口部を含む部位に形成された凹部と、前記凹部以外の部位に形成された凸部とを備え、２０Ｃ前記凹部の縁部は下方に向かった略円弧状に形成されており、２０Ｄ’前記凹部の縁部の突出を抑えたボール配列用マスクの製造方法で
あって、
２０ＥＳＵＳ母型上に前記凸部形成用のレジスト層を形成する工程と、２０Ｆ前記凸部が所定の高さとなるようにＳＵＳ母型上に電着すること
により、１次電着層を形成する工程と、
２０Ｇ１次電着層の形成が終わったら、前記凸部形成用のレジスト層を
除去する工程と、
２０Ｈ前記凸部以外の１次電着層を取り除き、ＳＵＳ母型上に１次電着
層による凸部を残す工程と、
２０Ｉ前記ＳＵＳ母型上の前記凸部間に複数の開口部形成用のレジスト
層を形成する工程と、
２０Ｊ前記マスク本体が指定の厚さとなるようにＳＵＳ母型上及び前記凸部上に電着することにより、２次電着層を形成する工程と、２０Ｋ２次電着層の形成が終わったら、前記複数の開口部形成用のレジ
スト層を除去する工程と、
２０Ｌ前記ＳＵＳ母型から、一体化した１次電着層と２次電着層を剥離
する工程と、
２０Ｍを備えたことを特徴とするボール配列用マスクの製造方法。イ乙２０発明と本件訂正発明２は、以下の相違点１及び２で相違するが、その余は一致する。
（相違点１）
構成要件２Ｂ’と構成要件２０Ｂ’について、突起（凸部）がマスク本体裏面に互いに分離独立して形成されているか否かが明らかでない点
（相違点２）
構成要件２Ｃ’は、「布拭き取り時の引っ掛かりを防止するボール配列用マスク」であるのに対し、構成要件２０Ｄ’は、「凹部の縁部の突出を
抑えたボール配列用マスク」である点
ウこれに対し、原告は、相違点１について、乙２０発明には、本件訂正発明２の「突起」が存在しない点でも相違すると主張する。しかし、乙２０発明は、複数回の「電気めっき」で「凹部」を形成するものである（乙２０公報の段落【０００２】や【０００７】）。この技術は、１次電着層の上に２次電着層が形成された部分を凸部とし、１次電着層がなく２次電着層のみで形成された部分を凹部とするから、凹部があるのに、凸部が存在しないということはあり得ず、開口部を除けば、マスク裏面は、凹部又は凸部のいずれかになる。


そして、本件明細書等２は、本件訂正発明２の「突起」が、「突条」であれば足りることを明記する（【０００７】、【００１６】）。この点につき、原告が、他の特許出願において、平面的な連続した枠状のリブ（突条）の存在を予定した開示をしていることからすれば（乙５０）、乙２０発明における前記凸部が、凹部を囲う枠状のものであったとしても、これは本件訂正発明２の「突起」に相当し、実質的な相違点は存在しない。また、原告は、乙２０公報に、凸部に係る明示がないと主張する。しかし、技術常識を考慮すれば、例えば、その【図１】が、下図のように、マスク全体の一部分のみを示したものであることは明らかであり、実際のマスクの多くは、複数の凹部と複数の凸部を備える。そのため、原告が指摘する段落【００１２】は一個の実施例にすぎず、凹凸の形状や数、配置パターンには様々な種類があり、それは単なる設計事項にすぎない。
⑵相違点１の検討
ア乙２１公報の段落【００８９】や【図２】には、マスク本体裏面に部分的に突出された突起部が形成され、これらの突起が互いに分離独立している発明（以下「乙２１発明」という。）が開示されている。そして、乙２０発明と乙２１発明は、いずれも、マスク及びマスクの製造方法に関する技術であり、被搭載体に導電性ボールを搭載する際に搭載不良の問題が発生するという課題を解決するため、被搭載体とマスクの間隔を確保するという作用や機能を有するものである点でも共通する。したがって、後者を前者に適用する動機付けがあり、当業者は、相違点１に係る構成に至ることを容易に想到したといえる。
なお、その具体的な適用方法としては、乙２０公報の【図１】⒨において、①１次電着層と２次電着層の合計の厚さを有する部分の形状・構造について、これを２次電着層の厚さのみから成る部分と上記合計の厚さを有する「突起」となる部分とを含むものに変更する方法と、②１次電着層と２次電着層の合計の厚さを有する部分の形状・構造は変更せず、凹部中央部の裏側の部分に、「突起」を新たに形成する方法がある。
【図１】
前記①
前記②
この点について、原告は、上記②の方法に対し、凹部中央部にレジスト膜を加えることになり、電着層の厚みのばらつきを助長すると主張する。しかし、メッキ槽における電流密度の粗密さは、マスク上に形成される絶縁物であるレジスト膜の配置形態により影響を受けるものであり、レジスト膜が形成される部位と形成されない部位との配置形態が平準化されていることこそが重要であるから、原告の当該指摘は失当である。イ原告は、乙２１公報に電着層による突起構造の記載がないことから、乙２１発明を乙２０発明に適用することは容易ではないと主張する。しかし、相違点１の容易想到性の検討において、電着層の有無は無関係である。この点について、被告は、乙２１発明の突起構造を乙２０発明の突起に置換することが可能であると主張しているにすぎず、その突起を形成する過程や突起の素材を問題としていない。前記アのとおり、乙２０発明と乙２１発明の技術分野や作用効果が共通する以上、当業者において、前者に後者を適用し、相違点１に至ることは容易であったというべきである。
ウ原告は、乙２１発明を適用すると、マスクの厚みが低下し、耐久性の向上という乙２０発明の目的に照らし、その阻害要因となると主張する。しかし、乙２０公報は、①凹部の厚み制御の容易性、②マスク全体の厚みの均一化、③作業の短縮化・効率化、④マスクの耐久性向上、⑤洗浄等の容易性という複数の課題を挙げた上（【０００７】）、上記②を主たる課題と記載するものである（【０００４】）。他方、乙２１発明の部分的に形成された突起を乙２０発明に適用したとして、これらの課題は何ら阻害されないのであるから、その適用に阻害要因はない。そもそも、乙２０公報は、耐久性低下について、「従来技術は、…必要のない部分にもダミーパターンを形成しなければならないため、ダミーパターンがないマスクと比較すると第１の金属のみの部分が多くなってしまう。すると、・・・耐久性が低下するという問題があった。」（【０００４】）と記載されている。すなわち、耐久性低下は、ダミーパターンを設ける場合の課題であり、これを設けない乙２０発明の課題ではない。また、印刷用マスクの場合、印刷スキージを用いて半田ペーストを開口部へ充填するため、マスクに大きなストレスが掛かるため、その厚みに相当程度のものが要請される。これに対し、ボール搭載用マスクの場合、単にブラシ等を用いて半田ボールを開口部へ重力により挿入するにすぎないため、これに掛かるストレスは極めて小さく、マスク本体の厚さが薄いことによる寿命低下は問題視されない。この点からも、ボール搭載用マスクとしての乙２０発明に対し、原告指摘の点は阻害要因とならない。もとより、マスク本体に厚みがある方が、相対的な耐久性は高いことは確かである。しかし他方で、乙２１発明のような分離独立した突起である方が、基盤に対する追随性が高いという有利な点があることも公知であった（乙５１）。そのため、当業者は、追随性の向上という利点を享受するため、分離独立した突起を採用し、耐久性の低下に対しては、突起の数を増やすことなどで対応することも可能であったのであり、耐久性の低下という問題点があるからといって、突起形状の採用を諦めることはない。
⑶相違点２の検討
アそもそも、構成要件２Ｃ’のうち、「布拭き取り時の引っ掛かりを防止する」という部分は、本件訂正発明２の構成を何ら限定するものではないから、相違点２は、実質的な相違点に当たらない。
仮に、これが実質的な相違点になるとしても、乙２２公報には、布が配列マスクの突起部に引っ掛かることを防止するため、突起部をＲ状とする発明（以下「乙２２発明」という。）が開示されており、乙２３公報にも同様の発明（以下「乙２３発明」という。）が開示されている。これらの発明は、配列用マスクに関する技術であり、乙２０発明と技術分野を同一にし、いずれも突起部を洗浄する際の作用効果に関するものである。したがって、乙２２発明又は乙２３発明の構成を乙２０発明に適用し、相違点２に係る構成に至ることは、当業者に容易であった。


イこれに対し、原告は、乙２２公報や乙２３公報に電着層の記載がないことから、これらを乙２０発明に適用することは容易であるとはいえず、また、耐久性の向上という目的との関係で阻害要因があると主張する。しかし、前者については、その容易想到性を否定する理由とならず、また、後者についても、乙２０発明の主たる課題を阻害するものではなく、適用の阻害要因とならないことは、上記⑵と同様である。ウまた、原告は、乙２０発明には布などの引っ掛かりが生じるという課題が存在せず、乙２２発明や乙２３発明を適用する動機付けがないと主張する。
しかし、マスクの凹部や凸部のパターンは種々あり、例えば、Ｔ字型のように凹部の縁部の輪郭が内側に窪む形であることもある。そして、乙２０公報の【図２】には、凹部の縁部に突出部が形成されることが示されているのであるから、原告主張の実施態様を前提にしても、布などの引っ掛かりという問題は生じる。そうすると、凹部の縁部に凸部が形成される以上、これに布などが引っ掛かるという課題は容易に想定可能である。
（原告の主張）
⑴相違点の認定について
ア被告は、乙２０発明が「凸部」を備えることを前提に、相違点１を認定するが、乙２０公報には、そのような記載は存在せず、「凹部が形成されたマスク」（【０００２】）が開示されるのみである。むしろ、段落【０００４】が、マスクの耐久性向上を課題として挙げることからすれば、乙２０公報が開示する発明は、開口部周辺にだけ凹部が形成され、凹部を除く部分には、優れた耐久性を確保するため、一律に安定した厚みが与えられたマスクを製造するための方法であり、被告が主張するような「凸部」の存在は想定されていないというべきである。この点につき、被告の主張は、凹部ではないところは全て凸部であるというものと理解される。しかし、凸部（突起）とは、周囲より部分的に高く突き出たところをいい、凹部とは、周囲よりも部分的に低くなったところをいう。このような一般常識に照らせば、乙２０発明は、被告のいう「凸部」を基準面として、部分的に凹部を形成するものと理解するのが相当である。
また、被告は、乙２０公報の【図１】を加工し、「凸部」があると説明するが、凹部に「輪郭」（【００１２】）があることも考慮すれば、被告のいう「凸部」が、マスクの大部分を占めているはずである。そのため、被告の加工した図を平面視すれば、例えば、次頁の図のようになると考えられ、これに「凸部」があるというのは、技術常識・言葉の用法から外れる。
さらに、被告は、同図のような枠状のものも、「突条」に当たるから、「突起」に当たるなどと主張する。しかし、「条」とは、「すじ。すじ状のもの」を意味するのであるから、「突条」が、筋状の突起を意味することは明らかであり、本件明細書等２においても、これが枠状のものを指すような記載はない。したがって、この点に係る被告の主張も失当である。むしろ、本件訂正発明２の「突起」は、分離独立しているため、水平方向の張力に対し、それぞれ別個に変位し、もって、本体の撓みや弛みを防止する効果を有するのに対し、上記の図において、開口部を取り囲む一様な厚さの部分は、そのような効果を有しないのであるから、作用効果という観点からも、これを「突起」ということはできない。イなお、被告は、乙２０発明の「略円弧状」（構成要件２０Ｃ）と本件訂正発明２の「周縁エッジ部が丸味を持ったＲ形状」（構成要件２Ｃ’）との相違点２が、実質的な相違点に当たらないとも主張する。しかし、乙２０公報に記載されたマスクは、上記アのとおり、突起部を備えていないから、その凹部の縁部における布やスポンジなどの引っ掛かりは、それほど生じるものではない。したがって、これを「略円弧状」としたとして、「周縁エッジ部が丸味を持ったＲ形状」と同等の解決を与えるものではないから、相違点２は実質的な相違点である。
⑵相違点１の容易想到性について
アまた、乙２１公報には、１次電着層に２次電着層を重ねた突起構造について、開示や示唆は一切されていない。
他方、物の製造方法は、製造すべき構造から遡って工程設計されるものであり、製造すべき構造に想到していない段階で、その想到していない構造を製造するための製造方法が設計されることはない。したがって、乙２１公報に記載された構造を乙２０公報に記載された製造方法に適用することが、当業者にとって容易であるはずはない。
イ乙２０公報に記載されたマスクは、安定した厚みを得て、耐久性を高めることを目的とするものである（【０００４】、【０００７】）。しかるに、乙２０公報に記載されたマスクに乙２１公報に記載された突起群を当てはめると、元のマスクの大部分が薄くなり、耐久性が低下することは明らかである。したがって、乙２１公報に記載された構造を乙２０公報に記載された構造に適用することは、乙２０公報に記載された発明の技術思想に反し、その阻害要因となるというべきである。これに対し、被告は、ダミーパターンを形成しなければ、耐久性の低下という課題は生じないと主張する。しかし、ダミーパターンのあるマスクを複数の突起に置き換えた場合を想定すれば、更に金属膜の薄い部分が多くなるから、元のダミーパターンのあるマスクに比してさえ、耐久性が低下することは明らかであり、被告の当該主張は失当である。また、被告は、耐久性の低下は、乙２０公報における主たる課題ではないと主張する。しかし、被告が根拠とする段落【０００４】は、耐久性の低下を含む課題を「解決しつつ」、厚みの均一化という課題を解決しようというものである。この場合にいう「つつ」は、動作作用を同時並行することを意味する言葉であり、その前後の課題に優劣はないというべきである。
さらに、被告は、ボール搭載用マスクは、大きなストレスを受けないから、マスク本体の厚さが薄いことによる寿命低下は問題視されていないなどと主張する。しかし、ボール搭載用マスクは、常に変形防止のために張力が掛けられているものであり、洗浄時の水圧等のストレスもあるのであるから、被告の当該主張は、全くもって考慮に値しない。ウ被告は、乙２０公報に記載されたマスクの「凹部中央部」に、新たに突起を形成するという方法もあると主張する。


しかし、乙２０発明は、開口部を取り囲むように、板厚の安定した一様な厚さの肉厚の部分を設けることで、マスク本体裏面へのフラックス等の付着を防ぐものであり、その内側である「凹部中央部」に、同じくフラックス等の付着を防止する手段である突起を設けるべき理由は存在せず、乙２０公報を見ても、そのような示唆は全く存在しない。むしろ、新たに「凹部中央部」に突起を形成するため、絶縁物であるレジスト膜を加える行為は、電流密度の粗密に起因する電着層の厚みのばらつきを助長するものであり、乙２０発明が、そのような事態を抑制する効果を有するものとされていることからすると（乙２０公報の段落【００１２】）、あえて上記の方法を採用するには阻害要因がある。なお、このような形で突起を形成したとしても、開口部を取り囲む肉厚の部分がその張力に抵抗するため、当該突起は、水平方向の張力に対し、本体の撓みや弛みを防止する効果を有しない。したがって、本件訂正発明２の「突起」の作用効果は生じず、これと同一の「突起」であるとはいえないから、いずれにせよ相違点１は解消されない。
⑶相違点２の容易想到性について
ア乙２２公報や乙２３公報にも電着層に係る記載は存在せず、これらを乙２０発明に適用することは容易であるとはいえず、また、耐久性の向上という目的との関係で阻害要因があることは、相違点１と同様である。イまた、乙２０公報には、凸部の引っ掛かりを防止するという動機は開示されていないから、これに乙２２公報や乙２３公報に記載された解決手段を適用するという動機付けも存在しない。
すなわち、突起の場合、その縁部は突起の外側を向くのに対し、凹部の場合、その縁部は凹部の内側を向くことから、マスクの裏面を布で拭いたような場合、突起の縁部は布の方向に対して直角から鋭角をなすのに対し、凹部の縁部は布の方向に対して直角から鈍角をなす。そのため、当業者であれは、このような立体的な形状の違いにより、乙２０公報の凹部の縁部は、乙２２公報や乙２３公報の突起の縁部に比し、通常、それほどの引っ掛かりを生じさせないことを容易に理解するからである。６争点６（本件訂正発明１に係る原告の損害の額）について
（原告の主張）
⑴被告製品１の売上高
ア被告の年間売上金額は少なくとも１５億円であり、そのうちメタルマスク製造が占める割合は７０％であるから（甲１１）、被告が製造販売するメタルマスクの年間売上金額は、１０億５０００万円である。そして、上記売上金額のうち、被告製品１の占める割合は、競業関係にある原告と同様であると考えられるから、原告における電解マーキングの使用割合である３５％を下らないと推測される。
したがって、被告製品１の売上高は、平成２０年１０月１日から令和２年８月３１日（現在）まで、合計４３億７９１３万円（＝１０．５億円×０．３５×１１年１１か月）を下らない。
イこれに対し、被告は、乙７８を提出し、被告製品１の売上高が合計５億２０９２万１２０４円にすぎないと主張する。
しかし、樹脂埋めによる認識マークの脱落が頻繁に生じることは、当業者に共通する問題であった。そのような状況下、被告は、遅くとも平成２３年１月には、これを電解認識マークに切り替えることを相応に進めていたと考えられるが、そうであるとすれば、被告提出資料から集計される電解認識マーク製品の割合は過少というべきである。
また、被告は、平成３０年１２月１７日、メタルマスクの認識マークについて、電解マーキングの採用を停止し、●（省略）●による処理を採用したと主張し、それを前提とする集計をするが、その根拠とされる乙７３は、作業手順書にすぎず、乙７４も、被告の社内資料にすぎないのであるから、客観的な立証がされているとはいえない。
ウ被告は、乙７５において、●（省略）●に対する３年間の受注数が、●（省略）●にすぎなかったと集計する。
しかし、●（省略）●のボール搭載マスク（植球鋼板）の発注量は、平成２９年に約７５０版であり、平成３０年には１２００版を超える規模であり（甲２５）、被告は、平成２８年に他社の半額程度の価格で新規参入し、その発注の大部分を引き受けるようになった。そして、●（省略）●は、その発注に電解処理による認識マークを採用しており、これを途中で変更する理由もないのであるから、被告の受注は全て損害の算定対象となる。
なお、被告提出の乙７９には、その品番からして、Ｆｌｕｘマスクであるものを「ＰＫＧ」と誤記されているものがあり、また、乙７５及び乙７８には、Ｆｌｕｘマスクに係る受注数が全く申告されていないと考えられる部分がある。したがって、被告提出資料の数字を信用することはできない。
エ被告は、乙７５において、●（省略）●との間の取引記録はなかったと整理する。
しかし、被告は、平成３０年１月まで、●（省略）●に対し、Ｆｌｕｘマスクを独占供給していたはずである。実際、原告の子会社の営業担当者は、平成２７年２月、●（省略）●において、被告製のＦｌｕｘマスクを撮影する機会を得たが（甲２６）、その際の記憶によれば、当該Ｆｌｕｘマスクには黒色の認識マークがあったということである。オ被告は、乙７８において、●（省略）●との間の取引が、●（省略）●にすぎなかったと集計する。
しかし、被告は、平成２８年に原告に取って代わられるまで、シ社と長期間の取引関係があり、原告とシ社との取引実績からして、月に２０版程度の受注はあったはずである。これに対し、被告は、●（省略）●との取引では色を付けないハーフエッチングの方式が採用されていた旨の資料（乙１０４）を提出するが、●（省略）●のマスクは、表面がくすんだ灰色である無光沢メッキであるため、そのような方式では認識マークの読み取りが困難であり、信用し難い。実際、●（省略）●のようなマスクにおいて、色を付けないハーフエッチングの方式を採用する企業は存在しない。カ被告は、乙７５において、●（省略）●との取引が●（省略）●であったと集計する。
しかし、原告の子会社が、●（省略）●から入手した●（省略）●におけるＢａｌｌマスク及びＦｌｕｘマスクの発注実績の情報によれば（甲２７）、●（省略）●は、平成２９年及び平成３０年の２年間のみでも、被告外１社に対し、合計８２０版ものＦｌｕｘマスクを発注していたと推計される。その他の事情も併せ考えると、被告提出資料の数字を信用することはできない。
⑵相当実施料率


ア本件訂正発明１に関する実施許諾契約は存在しないが、株式会社帝国データバンクが作成した特許庁の調査報告書において、「精密機器」の分野における特許のロイヤルティ率は、平均３．５％（最大値９．５％、最低値０．５％）であること、また、「その他」の分野における司法決定のロイヤルティ料率は平均７．３％（最大値１２．０％、最小値３．０％）であることが報告されている。（甲２２）
また、原告は、本件訂正発明１と同一の技術分野において、その発明の名称を「導電性ボール配列用マスク及びその製造方法」とする特許について、製品の販売先を限定した上、実施料率を１０％とする裁判外の和解をしたことがあり（甲２３）、その発明の名称を「クリーム半田用メタルマスクおよびスクリーン印刷用スキージ技術」とする特許について、実施料率を２０％とする合意をしたことがある。
イ本件訂正発明１は、認識マークの脱落を確実に防止するとともに、箔物に対しても容易に認識マークを形成することができるという顕著な作用効果を有し、廃液に係る環境負荷も低減する。従来技術であれば、凹部を形成し、樹脂等を充填して乾燥させる複数の工程が必要であった上、微細メタルマスクの大半は、このような方法の適用が困難な箔物であった。したがって、本件訂正発明１は代替性のない技術である。
これに対し、原告は、エッチングによる処理によっても、樹脂の脱落を防止し得ると主張するが、そうであるとしても、現実には市場に普及していない技術である。また、乙１２、１４ないし１９の方法は、これを箔物マスクに適用することには困難がある。実際、被告の主張によれば、被告自身、本件訴訟が提起された後、これらの代替技術を採用せず、「エッチングペン」という別個の処理方法を採用している。
また、被告は、貫通認識マーク（樹脂埋め）の方式が、代替手段になり得るかのようにも主張する。しかし、被告提出の乙９９によっても、当該方式に対応する「貫通＋黒」の売上金額及び売上比率は全体の●（省略）●であり、しかも、箔物マスクが使用される「ＰＫＧ」、「Ｆｌｕｘ」の売上げは皆無である。そして、電解マーキング法の売上割合が●（省略）●であることからしても、代替手段になり得ないことは明らかである。なお、本件訂正発明１が既知であったとする被告の主張は、先使用の抗弁及び進歩性欠如による無効の抗弁の繰り返しであり、時機に後れた攻撃防御方法として却下されるべきである。
ウ本件訂正発明１がなければ、被告は、高価格帯の箔物メタルマスクの製造販売による売上げの恩恵を得られなかった。また、本件訂正発明１の技術は、認識マークの脱落を確実に防止できる効果を有するため、顧客の購入動機に大いに影響を与えるものであり、さらに、複雑な工程を必要としないため、原告や被告のようなメタルマスクの製造販売業者の売上高及び利益に大いに貢献するものであるといえる。
実際、原告の台湾における売上高は、本件訂正発明１を出願し、その実施を始めた平成１９年に前年比２倍となり、翌年には前々年比３倍に達した。また、台湾市場の箔物マスク市場は、平成１８年当時、原告の外に２社が競合していたが、リーマンショック後、これらの２社はシェアの大部分を失い、当該市場においては、本件訂正発明１を実施する原告の外、本件訂正発明１を実施し、新た参入した被告のみが残っている。これに対し、被告は、被告において本件訂正発明１以外の要素も営業上の利点としていたと主張する。しかし、仮に、被告のメタルマスクの性能が高かったとして、被告が、本件訂正発明１によって、認識マークを施すことができなければ、顧客は、印刷マスクを設備に装着して被印刷物の位置合わせをすることができず、これを生産に使用することができないのであるから、この点は結論を左右するものではない。
エ原告と被告は、いずれもメタルマスクの製造販売業者であり、競業関係にあるところ、被告製品１の製造販売は、原告の差別化戦略を無にして顧客を奪う行為である。また、メタルマスクは受注生産品であるため、侵害品の販売等の事実を発見することが相対的に困難である。そして、本件のように発見された場合でも事後的に低額の実施料相当額を支払えば済むことになれば、被告の違法行為に対するインセンティブを与えるに等しい。オ以上のとおり、①本件訂正発明１と同じ分野において、実施料率を２０％とした事例があること、②本件訂正発明１は、重要で代替性のない技術であり、③その実施は、被告製品の売上げ及び利益に大いに貢献するものであること、④原告と被告は競業関係にあり、被告の違法行為に対するインセンティブを与えるべきではないこと、特許法１０２条４項の新設規定の趣旨などを考慮すれば、実施料率は、２０％とするのが相当である。
⑶消滅時効の抗弁について
これに対し、被告は、原告が、平成２２年７月６日の時点において、被告製品１の存在及び被告製品１が本件訂正発明１の技術的範囲に属することを知っていたとし、消滅時効の抗弁を主張する。
しかし、原告が指摘する資料は、原告の担当取締役が、顧客の担当者から競合会社である被告の状況を耳にしたという程度のものにすぎない。同取締役は、平成２２年７月６日頃の時点では、被告の方式は、「樹脂を埋めている」（甲３）ものであると推測されており、平成２３年２月２５日頃に至っても、新しい方式に切り替えたという情報は得たものの、「どのようにやっているのか確認が必要」（甲４）という段階であった。そして、被告製品１は、市場から製品を入手した上で分析することができないため、原告は、平成３０年６月１４日付けの実験結果報告書（甲５）を得るまで、被告製品１が本件特許１を侵害していることを認識していたわけではない。したがって、被告の消滅時効の抗弁は失当であり、原告の損害賠償請求権の消滅時効は完成していない。
⑷原告に生じた損害の額
アそうすると、本件訂正発明１について、原告に生じた損害は、前記⑴の売上高４３億７９１３万円に同⑵の実施料率２０％を乗じた８億７５８２万６０００円（特許法１０２条３項）に、弁護士費用相当損害額８７００万円を加えた９億６２８２万６０００円となる。したがって、被告は、民法７０９条に基づき、原告に対し、この損害を賠償する義務を負う。イ仮に、消滅時効の抗弁が成立するとしても、被告は、被告製品１が本件特許発明１の技術的範囲に属していることを知りながら、実施料の支払を免れ、原告に損失を及ぼしたのであるから、不当利得の返還として、民法７０３条、７０４条に基づき、原告に対し、少なくとも１億５１６６万円の実施料相当額を返還する必要がある。
（被告の主張）
⑴被告製品１の売上高


ア被告製品１の売上高は、平成２３年１月３１日から平成３１年２月２８日まで、５億２０９２万１２０４円である。（乙７８）この金額は、被告の生産管理システム上の売上げのうち、「認識マーク区分」が、電解マーキングを意味する「Ｂ方式」又は電解マーキング若しくは樹脂埋めを意味する「黒」であるもの及び「備考欄指示」の記載があるものを抽出集計したものである。
ただし、被告は、平成３０年１２月１７日、メタルマスクの認識マークについて、電解マーキングの採用を停止し、新たに●（省略）●による処理を採用した（乙７３、７４）。そのため、上記抽出集計における最終受注日は、平成３１年２月２８日となっている（乙７９）。イ原告は、甲２５に記載された●（省略）●の発注実績を基に、乙７５に集計した●（省略）●に対するＦｌｕｘマスクの版数が過少であると主張する。
しかし、甲２５記載の「植球鋼板」は、●（省略）●において、ＦｌｕｘマスクとＭｉｃｒｏＢａｌｌマスクの両方を含む言葉であり（乙１０１）、原告の主張は、その誤った読み方に基づくものにすぎない。また、被告が、他社の半額程度の価格で新規参入したという情報は虚偽であり、顧客が、電解マーキングを採用した以上、これを中途で変更しないというのも事実に反する（乙１０３、１０８）。したがって、原告の当該主張は失当である。
なお、原告は、乙５９に誤記があるなどとして、被告提出資料の正確性を論難するが、被告における製品分類を正解しないものであり、被告による製品の抽出集計の結果は正当である。
ウ原告は、被告が●（省略）●に納入したマスクに黒色の認識マーク（甲２６）があることを根拠に、●（省略）●に対する売上げの存在を主張する。
しかし、甲２６の認識マークは、本件特許１の技術的範囲に属さず、また、本件訴訟の対象から除かれた「エリアブラック工法」で形成されたものであるから、原告の主張は失当である。
エ原告は、原告と●（省略）●との間の取引実績を根拠に、乙７８における●（省略）●に対する売上げが過少であると主張する。しかし、被告が●（省略）●に納入するマスクは、電解マーキングを使用しないで認識マークを形成したものであったから（乙１０４）、原告の当該主張は根拠がない。これに対し、原告は、乙１０４にあるような色を付けないエッチング方式では、●（省略）●の使用するマスクの場合、認識マークを読み取ることができなくなるなどと主張するが、そのような事実はない（乙１１０）。
オ原告は、乙７５や乙７８における被告の●（省略）●に対する売上げが過少であるなどと主張する。
しかし、被告の生産管理システムにおいて、例えば、平成３０年度以降について、●（省略）●における売上実績を検索してみても、その版数はゼロという結果になる。（乙１０５）
⑵相当実施料率
ア原告は、相当実施料率を算定する際の考慮要素として、他の特許に係るライセンス契約の事例を挙げる（甲２３、２４）。しかし、それらの特許は、認識マークの電解処理と関わるものではなく、本件訂正発明１と課題も異にするものであって、本件特許１に係るライセンス料率を定める上では、全く参考にならない。したがって、原告の主張は、このような無関係な技術分野を抽象的に一括することを前提にするものであって、失当である。
イ原告は、本件特許が代替性のない技術であると主張する。しかし、認識マークの形成方法としては、電解マーキングによる以外に、樹脂埋め及びエッチングが知られていた。そして、本件明細書等１によっても、電解マーキンのエッチングに対する技術的優位性は示されておらず、顧客によっては、樹脂埋め（貫通認識マーク）を指示する場合もあった（乙９５、９６、９９）。すなわち、電解マーキングには有用な代替技術があり、競合他社が、本件訂正発明１を回避することは可能であった。したがって、その相当実施料率が高額となることはあり得ない。
しかも、本件特許１に係る認識マークの技術は、その出願前から既知であり、被告が、先使用していたものである。このことは、先使用の抗弁の根拠とした製品以外の製品からも立証することができる（乙８３ないし８５）。また、仮に、電解マーキング法を印刷用メタルマスクの認識マーク形成に転用したことに進歩性を認めるとしても、周知の技術（乙３２、３３）を周知の課題（乙１２、１４、１５ないし１９）に適用したというにすぎず、その技術的価値は限定的である。したがって、その相当実施料率は自ずと低額になるというべきである。
ウ被告は、「はんだバンプ」の大きさや位置精度、開口部の開口精度、メッキの硬度等を「売り」とし、その営業活動をしている（乙９１）。そのため、被告製品１の売上げが、直ちに本件特許１による認識マーク形成方法の採用に由来するということはできない。
実際、顧客が、被告に対し、電解マーキング法によるよう指示する例は少なく、むしろ、樹脂埋め法によるよう指示した例もある（乙９５）。実際、電解マーキング法は、被告の印刷用メタルマスクの売上げの約４分の１を占めるにすぎず、被告の売上げに寄与していない。これに対し、原告は、本件訂正発明１を実施しなければ、完璧な認識マークを形成することができず、これを受注し得なかったように主張するが、その客観的な証拠はない。その上、原告は、原告自身が、本件訂正発明１によって、その売上げを向上させたことの具体的な立証をしない。エむしろ、原告は、そのウェブサイトにおいて、「電解処理」に関する表示をしておらず、これを押し出していない。すなわち、原告は、本件特許１の実施品を営業の主軸に据えていないのであり、これをライセンスする場合の料率が高額になるとは考え難い。
オ以上のとおり、電解マーキング法が、既知、既使用の一般的な技術であり、代替技術も存在すること、被告及び原告が、電解マーキング法に力点を置いた営業活動は行っていないことなどからすれば、本件特許１のライセンス料率は１％程度と算定するのが相当である。
⑶消滅時効の抗弁
原告は、遅くとも平成２３年１月から被告製品１が製造販売されていたと推測されることを立証趣旨として、甲３及び甲４を証拠提出するが、甲３の作成日は、平成２２年７月６日である。
そうすると、原告は、平成２２年７月６日の時点で、被告製品１の存在及び被告製品１が本件特許１の技術的範囲に属することを知っていたといえるから、当該時点において「加害者及び損害を知った」といえる。したがって、原告の請求の対象である損害賠償請求権は、平成２５年７月６日から順に消滅時効が完成することになる。そこで、被告は、令和２年１１月２日付け準備書面もって、上記時効を援用する。
７争点７（本件訂正発明２に係る原告の損害の額）について


（原告の主張）
⑴被告は、遅くとも平成３０年３月９日から現在まで、被告方法を使用して被告製品２を生産し、販売等している。その売上げは、月１５枚程度であると考えられ、その価格は１枚２８万円である。（甲１２）⑵したがって、被告が被告方法によって生産した被告製品２を販売等したことにより得た売上高は、合計１６８０万円（２８万円×１５枚×１２か月×４／１２）を下らないと計算される。
⑶本件訂正発明２の技術分野、市場、コスト構造、類似事例、実務慣行に鑑みれば、特許法１０２条３項の損害額算定の基礎となる本件特許発明２の相当実施料率は３０％を下らないというべきである。
⑷よって、本件訂正発明２について、原告は、上記１６８０万円に相当実施料率３０％を乗じた５０４万円の損害を受けたといえ、これに対する弁護士費用相当損害としては、その１０％を認めるのが相当である。
（被告の主張）
否認し、又は争う。
第４当裁判所の判断
１本件訂正発明１の内容
⑴本件明細書等１（甲２）には、次のとおりの記載（ただし、下線部は訂正請求による訂正部分である。）があることが認められる。
ア技術分野
「この発明は、認識マークを備えたメタルマスクとその製造方法に関するものである。」（【０００１】）
イ背景技術
「各種電子部品をプリント配線板に実装するため、従来から、メタルマスクを使用したスクリーン印刷法によって、半田ペースト（クリーム半田）等をプリント配線板に塗布形成する方法が採用されている。一般に、メタルマスクを使用したスクリーン印刷法では、コンベヤ等によってメタルマスクの下方を移動、停止する各プリント配線板に対して、順次半田ペースト等の塗布形成が実施される。このため、メタルマスクには、その片面或いは両面に、プリント配線板への位置合わせ用の認識マークが形成されており、半田ペースト等の塗布前に、上記認識マークを基準として、メタルマスクと各プリント配線板との位置合わせが行われている。」（【０００２】）
「従来では、メタルマスクに認識マークを形成するに際し、半田ペースト等をプリント配線板に塗布するための開口部（開口パターン）をメタルマスクに形成した後、メタルマスクの所定位置にエッチング液を用いて凹部を形成（ハーフエッチング）し、この凹部にトナー（カーボンの微粉末と接着剤との混合物）を詰めて乾燥させる方法が採用されていた。」
（【０００３】）
「また、メタルマスクに認識マークを形成するための従来技術として、電鋳法によって製造されるメタルマスクにおいて、開口部の形成と同時に認識マークの凹部を形成するものが提案されている（例えば、特許文献１参照）。なお、特許文献１記載の方法は開口部と認識マークとの相対位置精度を向上させるためのものであるが、上記方法によってメタルマスクの所定位置に凹部を形成した場合であっても、認識マークを完成させるためには、この凹部にトナーを充填して乾燥させる工程が更に必要であった。」
（【０００４】）
ウ発明が解決しようとする課題
「特許文献１記載のものを含め、トナーを用いて認識マークを形成する従来のメタルマスクでは、認識マークの凹部からトナーが取れてしまう場合があり、かかる場合に、プリント配線板への位置合わせができなくなるといった問題が生じていた。」（【０００６】）
「なお、上記トナーの凹部からの脱落は、メタルマスクの洗浄時に発生することが多い。特に近年では、メタルマスクの開口部が密集しているため、半田ペースト等の除去に超音波洗浄が多く用いられている。このため、キャビテーション効果等によってトナーが凹部から脱落し易くなり、上記問題が多発する要因となっていた。」（【０００７】）「また、メタルマスクが製造ラインに組み込まれた後に、認識マークのトナーが脱落してしまうと、製造ラインを停止させて、トナーを再度凹部に充填する作業が必要となってしまう。更に、メタルマスクの使用者が上記充填作業を行うことができない場合には、例えば、メタルマスクの製造元の技術者を呼び寄せて上記充填作業を行ってもらう必要がある。このため、一旦トナーの脱落が発生すると、メタルマスクをその一部に含む製造ラインの生産性が著しく低下するといった問題もあった。」（【０００８】）
「また、従来の方法では、認識マークの凹部を形成するためにエッチング液を使用するため、廃液が出て環境的にも好ましいものではなかった。」
（【０００９】）
「更に、従来の方法では、凹部にトナーを充填して認識マークを形成するため、この凹部にはトナーを充填するための所定の深さ（例えば、５０㎛以上の深さ）が必要となる。したがって、トナーを用いて認識マークを形成する方法は、箔物メタルマスクに適用することが困難であり、特に両面に認識マークを形成する必要がある場合には、その適用は不可能であった。」（【００１０】）
「この発明は、上述のような課題を解決するためになされたもので、その目的は、認識マークの脱落を確実に防止することができるとともに、箔物に対しても容易に認識マークを形成することができるメタルマスク、並びに、その製造方法を提供することである。」（【００１１】）
エ課題を解決するための手段
「この発明に係るメタルマスクは、半田ペーストをプリント配線板に塗布形成するために形成された開口パターンと、プリント配線板への位置合わせ用のために開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の認識マークと、を備えたものである。」
（【００１２】）
「また、この発明に係るメタルマスクは、開口パターンと、スクリーン印刷の位置合わせ用のために開口パターンに近接して設けられ、交流電源による電解マーキングによって刻印された複数の認識マークと、を備えたものである。」（【００１３】）
オ発明の効果
「この発明によれば、半田ペーストをプリント配線板に塗布形成する際に用いられるメタルマスクにおいて、認識マークの脱落を確実に防止することができるとともに、箔物に対しても容易に認識マークを形成することができる。」（【００１６】）
「また、この発明によれば、スクリーン印刷に用いられるメタルマスクにおいて、認識マークの脱落を確実に防止することができるとともに、箔物に対しても容易に認識マークを形成することができる。」（【００１７】）
カ発明を実施するための最良の形態


「先ず、電鋳法やレーザ加工により、メタルマスク１の所定位置に、半田ペースト等をプリント配線板に塗布形成するための開口部（開口パターン）…を形成する。そして、…メタルマスク１の両面（認識マークを形成する面）上に、レジスト液或いはドライフィルム等を使用して、それぞれ薄膜状のレジスト２（感光膜）を形成する…」（【００２０】）「次に、メタルマスク１の両面に形成された各レジスト２上に、ポジタイプ用の認識マーク部３ａが設けられたフィルム３を乗せて焼き付ける…。なお、上記工程においては、当然のことながら、フィルム３に設けられた認識マーク部３ａをメタルマスク１の認識マークを形成する位置に合わせてフィルム３を配置し、その後、露光する。」（【００２１】）「上記露光工程が終了した後、フィルム３を各レジスト２上から剥離し、レジスト２のうち、上記露光工程において硬化しなかった部分（未硬化レジスト部２ａ）のみを現像液によってメタルマスク１の両面上から除去する…。…メタルマスク１の両面上に、認識マーク形成部１ａの部分のみ開
口したレジスト２が完成する…」（【００２３】）
「次に、メタルマスク１の所定位置（認識マーク形成部１ａ）に、認識マークを電解処理によって刻印（電解マーキング）する。具体的な工程は以下の通りである。先ず、図７に示すように、電極４とメタルマスク１表面の認識マーク形成部１ａとを電解液５に浸し、上記電極４及びメタルマスク１を交流電源６に接続する。すると、メタルマスク１側が陽極となった際に、認識マーク形成部１ａの表面から金属イオンが電解液５に溶け出す。電解液５に溶け出した上記金属イオンは、電解液５中でＯＨ基と反応、化学変化を起こし、黒色等の濃い色に変化する」（【００２４】）
【図７】【図８】
「そして、極性が切り換わりメタルマスク１側が陰極になると、電解液５中で黒色等に変化した金属イオンがメタルマスク１に戻り、これによって、メタルマスク１の所定位置（上記認識マーク形成部１ａであった位置）に、他の部分よりも濃い色の皮膜１ｂが形成される。即ち、上記皮膜１ｂが認識マークとなる（図８参照）。なお、図８にも示したように、皮膜１ｂを形成する工程では、メタルマスク１の表面から金属イオンが電解液５中に溶け出すため、認識マークが形成される部分は、極浅く掘り込まれた状態になる。例えば、皮膜１ｂの表面は、メタルマスク１の他の部分の表面よりもｔ＝５～１０㎛程度深い位置に配置される。」（【００２５】）「上記工程によってメタルマスク１の表面に認識マーク（皮膜１ｂ）を形成した後、同様の手順、即ち、上記電解マーキング工程によって、メタルマスク１の裏面にも認識マークを形成する。そして、メタルマスク１の両面の所定位置に認識マークを形成した後、剥離液によってメタルマスク１の両面上から全てのレジスト２を除去し（図９参照）、図１０及び図１１に示すメタルマスク１を完成させる。」（【００２６】）
【図９】【図１０】    【図１１】
「なお、図１１は本発明の実施の形態１におけるメタルマスを示す平面図である。図１１に示すメタルマスク１では、半田ペースト等をプリント配線板に塗布形成するための開口部（開口パターン）１ｃの近傍に、上記プリント配線板への位置合わせ用の複数の認識マークが配置されており、これらの認識マークは、上述の通り、電解処理によって刻印されている。」
（【００２７】）
「この発明の実施の形態１によれば、認識マークは、電解処理によってメタルマスク１に刻印されるため、メタルマスク１の洗浄時であっても決して脱落することはない。したがって、超音波洗浄が必要なものに対しては、特に有効な手段となる。また、従来のように認識マークを形成するためにエッチング液を使用することはないため、環境的にも優しく、廃液の後処理等も不要になる。なお、電解液としてほぼ中性のものを使用すれば、中和等の後処理も不要になる。」（【００２８】）
「更に、ｔ＝５～１０㎛程度の厚みがあれば認識マークを形成することができるため、箔物メタルマスクに対しても容易に適用が可能である。したがって、箔物メタルマスクの両面に認識マークを形成する必要がある場合には、有効な手段となる。特に、メタルマスク１の両面（プリント配線板への対向面とこの対向面の反対面）に刻印された認識マークの一部が、平面視重なって配置されている場合には、好適である。」（【００２９】）
⑵本件訂正発明１の技術的特徴
本件訂正発明１の特許請求の範囲及び上記⑴の記載内容によれば、本件訂正発明１は、位置合わせ用の認識マークを備えたメタルマスクに関するものであり、トナーを用いて認識マークを形成する従来の技術では、特に洗浄時において認識マークとして充填したトナーが凹部から脱落するという問題があり、また、トナーを充填する凹部に所定の深さが必要なため、箔物メタルマスクに適用することが困難であるという問題があった。そのため、本件訂正発明１は、交流電源による電解マーキングで極浅く彫り込まれた部分に認識マークとなる皮膜を形成する方法を採用することによって、上記技術的課題を解決するものであり、箔物メタルマスクを含め、認識マークが脱落することがないメタルマスクを提供するものである。
２争点１（被告製品１の「近接」該当性）について本件明細書等１の記載によれば、本件訂正発明１は、位置合わせ用の認識マークを備えたメタルマスクに関するものであり、構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’には「位置合わせ用のために前記開口パターンに近接して設けられ」と記載されている。そうすると、上記にいう「近接」とは、位置合わせとしての機能を果たすことができるだけの近さにあることをいうものと解するのが相当である。これを本件についてみると、別紙被告製品説明書の写真５ないし９及び弁論の全趣旨によれば、被告製品１の開口部付近に、位置合わせとしての機能を果たし得る程度の位置に、黒色の印があることが認められる。そうすると、被告製品１の認識マークは、位置合わせとしての機能を果たすことができるだけの近さにあるといえるから、構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’の「近接」を充足するものと認めるのが相当である。


これに対し、被告の主張は、構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’の「近接」が「近くにあること」を意味すること自体を争うものではなく、また、被告製品１が上記黒色の印を備え、これが位置合わせ用の認識マークとして機能していることを争うものではないことからすると、上記判断を左右するものとはいえない。したがって、被告の主張は、採用することができない。３争点２（被告製品１に係る先使用の抗弁の成否）について⑴証拠（乙１、２、５２、５３）及び弁論の全趣旨によれば、被告は、平成３０年６月５日、●（省略）●において、乙２メタルマスクを受け取ったこと、乙２メタルマスクには、●（省略）●との記載があること、被告は、顧客の指示に応じ、乙２メタルマスク上に、製品の品番や作成日などをマーキングすることがあること、乙２メタルマスクには、円形で黒色に観察される部分（以下「被告認識マーク」という。）があること、以上の事実を認めることができる。
⑵上記認定事実を前提として、被告は、被告認識マークが交流電源による電解マーキングによって刻印されたものであると主張する。しかし、被告が提出する証拠によっても、被告認識マークがどのような処理によって着色されたものかは明らかではなく、被告認識マークを走査型電子顕微鏡（ＳＥＭ）等で観察した画像（乙２）が、樹脂埋めやエッチングによる認識マークを観察した画像（乙３）よりも、電解マーキングによる認識マークを観察した画像（乙３）に相対的に類似することを認め得るにすぎない。そうすると、被告認識マークは、電解マーキング以外の方法によって形成された可能性が残るものといえる。
のみならず、証拠（甲１３）及び弁論の全趣旨によれば、被告は、顧客に対し、被告認識マークの形成方法を「ハーフエッチング後カーボン処理」（甲１３）であると説明していたことが認められる。このような説明を前提とすれば、被告認識マークの製造は２つの工程を要するのに対し、電解マーキングによる認識マークの製造は、金属イオンの溶出と化学変化した金属イオンの付着とが交互になされる１つの工程で足りることになるため、被告認識マークの製造と電解マーキングによる認識マークの製造とは、技術的に異なるものである可能性が極めて高い。
これらの事情に加え、被告が、電解マーキング以外の方法によっては、被告認識マークのようなものが形成されないことにつき、具体的に立証していないという事情をも踏まえると、被告認識マークが、交流電源による電解マーキングによって刻印されたことを認めるに足りないというべきである。⑶これに対し、被告は、「ハーフエッチング後カーボン処理」という記載につき、電解処理による金属の溶出を「ハーフエッチング」と表現し、その際の電極にカーボンを用いることを「カーボン処理」と表現したにすぎないと主張するが、本件明細書等１の記載によれば、電解マーキングという技術自体は、エッチングで認識マークを形成するという従来技術のほかに、当時から知られていたものであるから、被告が、被告認識マークの生成方法について、電解マーキングと直截に記載せずに、あえてこれを「ハーフエッチング後カーボン処理」と記載することは、当時の技術常識に照らし、極めて不自然である。そうすると、被告の主張は、上記判断を左右するに至らない。⑷したがって、被告認識マークは「交流電源による電解マーキング」（構成要件１Ｂ’及び１Ｅ’）によるものと認めることはできず、その余の点を検討するまでもなく、乙２メタルマスクを理由とする先使用の抗弁は理由がない。
４争点３（本件訂正発明１に係る進歩性欠如の有無）について
⑴乙１２発明の内容
ア乙１２公報には、以下の記載がある（ただし、明らかな誤記と認められる部分は訂正している。）。
「本発明は、印刷用マスクおよびそれを用いたプリント配線板の半田印刷方法に関する。さらに詳しくは、プリント配線板上の半導体素子実装部分にクリーム半田を印刷する際に用いられる印刷用マスク、および該印刷用マスクを用いたプリント配線板の半田印刷方法に関する。」（【０００１】）
「従来、半田バンプを形成する方法として、メタルマスクやプラスチックマスク等の印刷用マスクおよびプリント配線板に、それぞれ該印刷用マスクと該プリント配線板との位置決めのためのアライメントマークをあらかじめ形成させておき、所定の位置に印刷用マスクとプリント配線板とが積層するように両者のアライメントマーク同士を整合させたのち、クリーム半田を印刷する方法が採用されている。」（【０００３】）「しかしながら、前記印刷方法では、印刷用マスクのアライメントマークは、印刷用マスクに設けられた凹部または貫通孔に、カーボン樹脂等の顔料を練り込んで着色された樹脂を充填して形成されているため、印刷後に印刷用マスクに付着した半田粒子を洗浄した際には、顔料自体が有する離型性によってカーボン樹脂が剥がれるという欠点がある。」（【０００５】）
「本発明は、前記従来技術に鑑みてなされたものであり、アライメントマークに充填された充填物質の離脱等が発生しがたく、該アライメントマークを確実にしかも容易に認識することができる印刷用マスク、およびそれを用いたプリント配線板の半田印刷方法を提供することを目的とする。」
（【０００９】）
「本発明の印刷用マスクは、半田印刷用の開口部が設けられた印刷用マスクであって、その一方の面にプリント配線板との位置決めのためのアライメントマークとして凹部が形成され、前記凹部の少なくとも底面に、前記一方の面の色と異なる色を有する金属層が形成されたものである。」
（【００１１】）
「また、前記凹部は、前記基板において、通常、プリント配線板に設けられているアライメントマークと対応する位置に設けられる。かかる凹部を設ける位置およびその数は、任意であり、プリント配線板に応じて適宜選定すればよい。」（【００１８】）
「前記凹部の形状、大きさ、深さ等は、特に限定がなく、任意である。その一例として、例えば、形状および大きさとして直径５０～１００μm程度の円形があげられ、また深さとして５～２０μm程度があげられる。」
（【００１９】）
「前記凹部は、例えば、エッチング法、レーザー加工法等によって形成させることができる。」（【００２０】）
「本発明においては、前記凹部の少なくとも底面に、該凹部が設けられる面の色と異なる色を有する金属層が形成されている点に、１つの大きな特徴がある。」（【００２１】）
「このように、前記凹部の少なくとも底面に前記金属層が形成されている場合には、該金属層は、前記基板との接着強度に優れているので、例えば印刷用マスクを洗浄する際などに外的応力が加わった場合であっても、該金属層が離脱するなどの不都合が発生することがない。」（【００２２】）
「本発明において、印刷用マスクの一方の面に設けられた凹部に金属層を形成する方法としては、例えば、化学蒸着法、電解めっき法、無電解めっき法等によって金属層を形成する方法があげられるが、本発明はかかる方法のみに限定されるものではない。なお、これらの方法のなかでは、作業性、コスト等の点から、電解めっき法等のめっき法によって金属層を形成する方法が好ましい。」（【００２４】）