平成２５年３月２６日判決言渡
平成２２年（行ウ）第４６２号鉄道運賃変更命令等請求事件平成２４年（行ウ）第３８４号追加的併合申立事件
主文
１本件訴えのうち，以下の各部分をいずれも却下する。(1)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ１株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分の取
消しを求める部分
(2)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ３株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分の取
消しを求める部分
(3)国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項４号に基づきＰ２株式会社及びＰ１株式会社に対して上記(1)記載の鉄道線路使用条件の設定を変更するよう
命じることの義務付けを求める部分
(4)運輸大臣が平成１０年９月４日付けでＰ１株式会社に対してした旅客運
賃変更認可処分の取消しを求める部分
(5)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ２株式会社に対してした
旅客運賃上限設定認可処分の取消しを求める部分
(6)国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ２株式会社に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務
付けを求める部分
２原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１請求
１国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ１株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分を取り消す（以下「本件請求①」という。）。
２国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ３株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分を取り消す（以下「本件請求②」という。）。
３国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項４号に基づき，Ｐ１株式会社及びＰ２株式会社に対して，上記１記載の鉄道線路使用条件の設定について，Ｐ２株式会社が同社Ｐ４線の運行によってＰ１株式会社の営業区間（α１駅とα２駅の間）で取得する旅客運賃及び特別急行料金収入相当額を線路使用料としてＰ１株式会社に支払い，Ｐ１株式会社が同社の上記営業区間でＰ２株式会社が同社Ｐ４線の運行に要した経費をＰ２株式会社に支払う方式での鉄道線路使用条件に変更するよう命ぜよ（以下「本件請求③」という。）。
４（主位的請求）
運輸大臣（現在の国土交通大臣）が平成１０年９月４日付けでＰ１株式会社（当時の商号は「Ｐ５株式会社」）に対してした旅客運賃変更認可処分は無効であることを確認する（以下「本件請求④」という。）。
（予備的請求）
運輸大臣（現在の国土交通大臣）が平成１０年９月４日付けでＰ１株式会社（当時の商号は「Ｐ５株式会社」）に対してした旅客運賃変更認可処分を取り消す（以下「本件請求⑤」という。）。
５国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ１株式会社に対し，上記４記載の認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，同法１６条２項の定める適正原価・適正利潤の原則に基づき，上記３記載の鉄道線路使用条件変更命令により定められた線路使用料に基づいて算定された収入額と現時点における収入と原価を基準とするとともに，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命ぜよ（以下「本件請求⑥」という。）。
６国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ２株式会社に対してした同社のＰ４線に係る旅客運賃上限設定認可処分を取り消す（以下「本件請求⑦」という。）。
７国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ２株式会社に対し，上記６記載の認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命ぜよ（以下「本件請求⑧」といい，本件請求①から⑧までを併せて「本件各請求」という。）。
第２事案の概要
Ｐ１株式会社（旧商号は「Ｐ５株式会社」。以下，商号変更の前後を問わず「Ｐ１」という。）は，平成１０年９月４日付けで鉄道事業法１６条１項（平成１１年法律第４９号による改正前のもの）に基づく旅客運賃変更認可処分を受けて，Ｐ６線（α１駅とα２駅の間の３２．３ｋｍの路線）における旅客の運送を行っている。
また，Ｐ２株式会社（以下「Ｐ２」という。）は，Ｐ１が所有する鉄道線路（α１駅とα３駅の間）及びＰ３株式会社（以下「Ｐ３」という。）が所有する鉄道線路（α３駅とα２駅の間）等を使用して，Ｐ４線（α１駅とα４駅の間の５１．４ｋｍの路線）における旅客の運送を行っているところ，国土交通大臣は，平成２２年２月１９日付けで，鉄道事業法１５条１項に基づき，Ｐ１及びＰ３がＰ２との間で上記鉄道線路の使用について設定した各使用条件（線路使用料や旅客運賃収入の配分方法等を定めたもの）を認可する旨の各処分をするとともに，同法１６条１項に基づき，Ｐ２の申請に係るＰ４線の旅客運賃上限の設定を認可する旨の処分をした。


本件は，Ｐ６線の沿線住民である原告５名が，(1)Ｐ１及びＰ３がＰ２との間で設定した各鉄道線路使用条件はＰ１のみに不利益なもので，Ｐ１及びその利用者の利益を著しく害するものであり，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）があることからすれば，国土交通大臣がＰ１及びＰ３に対してした上記各使用条件の設定を認可する旨の各処分は，鉄道事業法１５条３項に規定する認可要件に違反する違法なものであると主張して，上記各処分の取消しを求める（本件請求①及び②）とともに，国土交通大臣が同法２３条１項４号に基づきＰ１とＰ２の間の鉄道線路使用条件を変更するよう命じることの義務付けを求め（本件請求③），(2)Ｐ１の旅客運賃は，距離と運賃が比例しておらず近距離の旅客運賃が異常に高くなっており，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものである」（平成１１年法律第４９号による改正前の鉄道事業法１６条２項２号）ことや，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）ではないことなどからすれば，運輸大臣（現在の国土交通大臣。以下同じ。）がＰ１に対してした旅客運賃変更認可処分は，平成１１年法律第４９号による改正前の鉄道事業法１６条２項に規定する認可要件に違反する違法なものであり，また，上記各使用条件の設定を認可する旨の各処分が取り消されるべき違法なものであって，Ｐ１に適正な線路使用料が支払われるべきことからすれば，上記旅客運賃変更認可処分は，後発的に，同項に規定する適正原価・適正利潤の原則に違反する違法なものとなったところ，これらの違法は重大かつ明白であると主張して，主位的に上記旅客運賃変更認可処分の無効確認を求め（本件請求④），予備的に同処分の取消しを求める（本件請求⑤）とともに，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務付けを求め（本件請求⑥），(3)国土交通大臣がＰ２に対してしたＰ４線に係る旅客運賃上限設定認可処分は，Ｐ１に対する旅客運賃変更認可処分と同様の理由により，鉄道事業法１６条２項に規定する認可要件に違反する違法なものであると主張して，上記旅客運賃上限設定認可処分の取消しを求める（本件請求⑦）とともに，国土交通大臣が同法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ２に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務付けを求める（本件請求⑧）事案である。
なお，本件訴えは，Ｐ６線の利用状況が様々に異なる原告１７名により提起されたものであるが，原告適格に関する審理がいたずらに複雑かつ長期化するのを避けたいという当裁判所の意向を踏まえて，原告らにおいて，原告を５名に絞るという的確な対応がされたものである。
１関係法令の定め
本件に関係する法令の定めの主たるものは，別紙「関係法令の定め」記載のとおりである（なお，別紙中の略称は，本文においても同様に用いることがある。以下同じ。）。
２争いのない事実等（証拠等により容易に認められる事実は，末尾に証拠等を掲記した。）
(1)原告らによるＰ６線の利用状況等
ア原告Ｐ７によるＰ６線の利用状況等（甲９，１１８，弁論の全趣旨）(ア)原告Ｐ７は，平成６年４月から，千葉県白井市内の現住所地に居住し，現在，東京都内に所在する勤務先まで日々通勤しており，自宅の最寄り駅であるＰ６線α５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，勤務先の最寄り駅であるＰ８Ｐ９線α６駅まで，鉄道を利用している。原告Ｐ７は，上記鉄道利用のために６か月通勤定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が１７万０４８０円（全区間分で２４万３４４０円）である。
(イ)原告Ｐ７と同居している息子は，現在，東京都内に所在する大学院に日々通学しており，Ｐ６線α５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，大学院の最寄り駅であるＰ１０Ｐ１１線α７駅まで，鉄道を利用している。原告Ｐ７の息子は，上記鉄道利用のために３か月通学定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が３万９１４０円（全区間分で６万０７４０円）である。なお，上記定期券の購入費用は原告Ｐ７が負担している。
(ウ)原告Ｐ７と同居している娘は，現在，東京都内に所在する大学に日々通学しており，Ｐ６線α５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，大学の最寄り駅であるＰ１０Ｐ１１線α８駅まで，鉄道を利用している。原告Ｐ７の娘は，上記鉄道利用のために１か月通学定期券（Ｐ６線α５駅からＰ８Ｐ９線α９駅まで）及び３か月通学定期券（Ｐ１０Ｐ１１線α９駅から同線α８駅まで）を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が１万３７３０円（全区間分で２万６４９０円）である。なお，上記定期券の購入費用は原告Ｐ７が負担している。
イ原告Ｐ１２によるＰ６線の利用状況等（甲１０，１１９，弁論の全趣旨）
(ア)原告Ｐ１２は，平成９年から，千葉県印西市内の現住所地に居住し，現在，東京都内に所在する勤務先まで定期的に通勤しており，自宅の最寄り駅であるＰ６線α５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，勤務先の最寄り駅であるＰ１３Ｐ１４線α１０駅まで，鉄道を利用している。原告Ｐ１２は，勤務先が負担する交通費は往復１０００円が上限であるため，在宅勤務を希望し，勤務先へはＰ１５（一定額をチャージ（入金）しておき，利用のたびに旅客運賃を支払うＩＣカード乗車券。以下同じ。）を利用して１か月に２回から５回程度出社するほか，Ｐ６線を利用して顧客先に出向くなどしている。原告Ｐ１２が勤務先に出社した際に支払う旅客運賃は，Ｐ６線区間分が往復１４４０円（全区間分で２２６０円）である。


(イ)原告Ｐ１２と同居している息子は，現在，千葉県内に所在する大学に日々通学しており，Ｐ６線α５駅から，Ｐ６線α１１駅を経由して，大学の最寄り駅であるＰ１６本線α１２駅まで，鉄道を利用している。原告Ｐ１２の息子は，上記鉄道利用のために１か月通学定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が１万０３００円（全区間分で１万６０１０円）である。なお，上記定期券の購入費用は原告Ｐ１２が負担している。
(ウ)原告Ｐ１２と同居している娘は，現在，千葉県内に所在する高等学校に日々通学しており，Ｐ６線α５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，高等学校の最寄り駅であるＰ１６本線α１３駅まで，鉄道を利用している。
原告Ｐ１２の娘は，上記鉄道利用のために１か月通学定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が１万３７３０円（全区間分で１万５８００円）である。なお，上記定期券の購入費用は原告Ｐ１２が負担している。
ウ原告Ｐ１７によるＰ６線の利用状況等（甲１３，１１０，１２０，弁論の全趣旨）
原告Ｐ１７は，平成６年頃から，千葉県白井市内の現住所地に居住し，現在，千葉県内に所在する予備校に日々通学しており，自宅の最寄り駅であるＰ６線α５駅から，Ｐ６線α１１駅を経由して，予備校の最寄り駅であるＰ１６本線α１４駅まで，鉄道を利用している。
原告Ｐ１７は，上記鉄道利用のために６か月通勤定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が１２万７８８０円（全区間分で１６万９０３０円）である。
エ原告Ｐ１８によるＰ６線の利用状況等（甲１６の１，弁論の全趣旨）原告Ｐ１８は，平成２１年１０月から，千葉県白井市内の現住所地に居住し，現在，企画制作関係の会社を経営しており，取引先への営業のため，自宅の最寄り駅であるＰ６線α１５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，東京都内のα１６（１か月に平均約６回訪問），α１７（同約２回訪問），α１８（同約２回訪問），α１９（同約２回訪問）等に所在する取引先の最寄り駅まで，鉄道を利用しているほか，個人的な勉強会（１か月に４回実施）のために，Ｐ６線α１５駅から，勉強会場所の最寄り駅であるＰ６線α１１駅まで，鉄道を利用している。
原告Ｐ１８は，訪問する取引先が様々な場所に存在するため，通勤定期券を購入するのではなく，Ｐ１５を利用しているが，例えばα１６の取引先を訪れた際に支払う旅客運賃は，Ｐ６線区間分が往復１２００円（全区間分で１９００円）である。
オ原告Ｐ１９によるＰ６線の利用状況等（甲１６の２，１１１，１１３，弁論の全趣旨）
原告Ｐ１８の妻である原告Ｐ１９は，平成２１年１０月から，千葉県白井市内の現住所地に居住し，現在，東京都内に所在する勤務先まで日々通勤しており，自宅の最寄り駅であるＰ６線α１５駅から，Ｐ６線α１駅を経由して，勤務先の最寄り駅であるＰ８Ｐ２０線α２０駅まで，鉄道を利用している。
原告Ｐ１９は，上記鉄道利用のために１か月通勤定期券を購入しており，その購入額は，Ｐ６線区間分が２万６１７０円（全区間分で３万９６２０円）である。
(2)本件に関係する各鉄道事業者
本件に関係する各鉄道事業者（国土交通大臣から鉄道事業の許可を受けた者。以下同じ。）による鉄道事業の状況と鉄道線路の使用関係は，以下のとおりで   ある（   これを   図示し   たもの   が別紙   「鉄道   線路の   使用関   係等」   である。）。
アＰ１
Ｐ１は，Ｐ６線（α１駅とα２駅の間の路線）における鉄道事業を営む株式会社であり，Ｐ２が５０パーセント（Ｐ２１株式会社を含むＰ２２グループ全体では５１パーセント）を出資するＰ２の子会社である。Ｐ１は，α１駅とα３駅の間では，第一種鉄道事業者（自らが所有する鉄道線路を使用して鉄道による旅客等の運送を行う鉄道事業者。以下同じ。）であり，α３駅とα２駅の間では，Ｐ３から鉄道線路を借り受けて鉄道事業を行う第二種鉄道事業者（自らが所有する鉄道線路以外の鉄道線路を使用して旅客等の運送を行う鉄道事業者。以下同じ。）である。
イＰ２
Ｐ２は，Ｐ４線（α１駅とα４駅の間の路線）等における鉄道事業を営む株式会社である。Ｐ２は，平成２２年７月１７日に運行を開始したＰ４線において，Ｐ２３（Ｐ４線の区間ではα２１駅及びα４駅のみに停車する特別急行料金の必要な列車）及びＰ２４（Ｐ４線の区間では主要駅のみに停車する特別急行料金の不要な列車）を運行している（甲３１，乙３１）。
Ｐ２は，Ｐ４線において，α１駅とα３駅の間ではＰ１から，α３駅とα２駅の間ではＰ３から，α２駅とＰ２５線接続点の間ではＰ２６株式会社から，Ｐ２５線接続点とα４駅の間ではＰ２５株式会社から，それぞれ鉄道線路を借り受けて鉄道事業を行う第二種鉄道事業者である。
ウＰ３
Ｐ３は，α３駅とα２駅の間の鉄道線路を所有し，同鉄道線路をＰ１及びＰ２に貸し付けている第三種鉄道事業者（自ら所有する鉄道線路を第二種鉄道事業者に専ら使用させる鉄道事業者。以下同じ。）であり，Ｐ２の１００パーセント子会社である。
(3)本件に関係する各認可処分等
アＰ１に対する旅客運賃変更認可処分等


(ア)Ｐ１は，平成１０年７月３１日付けで，改正前鉄道事業法１６条１項に基づき，運輸大臣に対し，Ｐ６線（当時の名称は「Ｐ２７線」。以下，名称変更の前後を問わず「Ｐ６線」という。）のうち当時開通していたα１駅とα２２駅の間（２８．５ｋｍ）に係る旅客運賃を下記のとおり変更する内容の旅客運賃変更の認可を申請した（乙３３）。記ａ普通旅客運賃（大人片道旅客運賃）    対キロ区間制３ｋｍまで                          ２００円３ｋｍを超え５ｋｍまで              ３００円
５ｋｍを超え９ｋｍまでの部分
２ｋｍまでを増すごとに７０円加算
９ｋｍを超え１１ｋｍまで            ５００円
１１ｋｍを超え１４ｋｍまでの部分    ５７０円
１４ｋｍを超え１７ｋｍまでの部分    ６３０円
１７ｋｍを超え２３ｋｍまでの部分
３ｋｍまでを増すごとに５０円加算
２３ｋｍを超え２９ｋｍまでの部分
３ｋｍまでを増すごとに３０円加算
ｂ定期旅客運賃（１か月）
上記の普通旅客運賃を基礎に，通勤定期は３０パーセント，通学定
期は５６パーセントの割引率を適用して算定した額
(イ)運輸大臣は，運輸省設置法６条１項（平成１１年法律第１０２号による廃止前のもの）に基づき，平成１０年８月６日付けで，上記認可申請を運輸審議会に諮問し，運輸審議会は，同年９月３日付けで，上記認可申請のとおり認可することが適当である旨の答申をした（乙３６）。(ウ)ａ運輸大臣は，平成１０年９月４日付けで，下記の条件を付して，改正前鉄道事業法１６条１項に基づき，上記認可申請のとおり認可する旨の処分（以下「Ｐ６運賃変更認可処分」という。）をした（甲３の１）。
記認可された上限運賃の範囲内で運賃を設定又は変更しようとするときは，あらかじめ運輸大臣に報告すること。
路線別又は区間別に異なる運賃を設定又は変更し，かつ，その最低額が最高額を２割以上下回るときは，別途認可を得ること。ｂ鉄道事業法は平成１１年法律第４９号により改正され，従前は旅客運賃の設定及び変更の認可であったもの（改正前鉄道事業法１６条１項）が，運輸大臣が認可した旅客運賃上限の範囲内での事前届出とされた（鉄道事業法１６条１項，３項）。
なお，平成１１年法律第４９号附則３条１項は，同法による改正前に認可を受けている運賃であって，改正後の１６条１項の運賃の上限に該当するものは，改正後の１６条１項により認可を受けた運賃の上限とみなすとしているため，Ｐ６運賃変更認可処分についても，旅客運賃上限に係る認可処分とみなされる。
(エ)Ｐ１は，平成１２年７月２２日，α２２駅とα２駅の間での列車の運行を開始し，これによりＰ６線（α１駅とα２駅の間の３２．３ｋｍの路線）全線が開通したところ，これに伴い，下記のとおり旅客運賃が設定された（乙３２，弁論の全趣旨）。
２９ｋｍを超え３３ｋｍまでの部分
４ｋｍまでを増すごとに３０円加算
(オ)Ｐ１は，平成２１年１１月３０日付けで，Ｐ６線の沿線自治体である千葉県，船橋市，松戸市，鎌ヶ谷市，印西市，白井市，α２３村及びα２４村並びにＰ２との間で，沿線自治体が５年間にわたり年間３億円の補助金を支出し，Ｐ１がＰ２Ｐ４線の運行により発生する増収分等の年間３億円を５年間にわたり拠出し，これを原資として，同Ｐ４線の運行開始時にＰ６線の普通旅客運賃を５パーセント弱値下げすること等を合意した（甲５０，乙２２）。
Ｐ１は，国土交通大臣に対して上記旅客運賃の変更を届け出て，Ｐ２Ｐ４線が運行を開始した平成２２年７月１７日から，普通旅客運賃を平均４．９パーセント引き下げるなどの旅客運賃の値下げを実施した（甲３１，弁論の全趣旨）。なお，上記値下げ後のＰ６線の旅客運賃は，別紙「Ｐ４線運賃・Ｐ６線新運賃・その他民鉄運賃・距離別比較グラフ」（以下「別紙グラフ」という。）の「Ｐ６線新運賃」のとおりである。イＰ１及びＰ３に対する鉄道線路使用条件設定認可処分等(ア)Ｐ１，Ｐ３及びＰ２は，平成２１年１２月１６日付けで，概要下記の内容の「Ｐ６線におけるＰ２株式会社の旅客運輸営業及び線路の使用に関する基本協定」（以下，同基本協定のうち，Ｐ１の所有する鉄道線路に係る使用条件を「Ｐ６線路使用条件」といい，Ｐ３の所有する鉄道線路に係る使用条件を「Ｐ２８線路使用条件」といい，両者を併せて「本件各線路使用条件」という。）を締結した（甲１の２から４まで，甲２の２から４まで，甲３２の２及び３，乙２２，弁論の全趣旨）。記
ａ鉄道施設の使用及び旅客運輸営業
Ｐ２は，Ｐ１の所有する鉄道施設（α１駅とα３駅の間）及びＰ３の所有する鉄道施設（α３駅とα２駅の間）を使用して旅客運輸営業を行い，Ｐ１及びＰ３にそれぞれ線路使用料を支払う。
ｂ線路使用料
(ａ)Ｐ２は，Ｐ１及びＰ３に対して，以下の合計額を線路使用料として支払う。
①資本費相当額等
Ｐ１及びＰ３の所有する鉄道事業用固定資産のうち，(ⅰ)Ｐ２も使用する資産額，(ⅱ)当該資産の残存平均耐用年数，(ⅲ)当該資産保有のために負担する金利を基礎として算出された額のうちＰ２の使用する割合に応じて算出される資本費相当額に，Ｐ２の使用割合に応じた租税相当額及び一般管理費相当額を加えた額（以下「資本費相当額等」という。）。
②加算額


(ⅰ)Ｐ６線内相互発着旅客（Ｐ６線内において乗降する旅客のうち，ある駅からある駅までの区間を乗車する旅客をいう。以下同じ。）に係る旅客運賃収入のうちＰ２に帰属する旅客運賃収入と，(ⅱ)Ｐ６線とα２で接続するＰ１６線相互発着旅客に係る旅客運賃収入のうち，Ｐ２に帰属する旅客運賃収入でＰ６線の区間の旅客運賃収入に相当する額の合計額を，Ｐ６線の輸送人キロ（各駅間の利用者数にその駅間の距離を乗じて算出される数値）に占めるα１駅とα３駅の間又はα３駅とα２駅の間の輸送人キロの割合により按分して得た額が，上記①の資本費相当額等を超える場合，当該按分して得た額と資本費相当額等との差額（以下「加算額」という。）
(ｂ)上記の線路使用料の定めは，Ｐ２がＰ１及びＰ３の所有する鉄道施設を使用する以上，使用割合に応じてその建設に要した費用等を負担すべきであるとの考え方に基づき，Ｐ２が資本費相当額等を支払うこととするとともに，Ｐ２がＰ６線区間内で列車を運行することによって生じるＰ１の旅客運賃収入減少額（Ｐ２に帰属する旅客運賃収入額）が資本費相当額等を上回る場合にはその差額を加算額として支払うこととするものである。
なお，Ｐ１はα３駅とα２駅の間ではＰ３から鉄道線路を借り受けているところ，Ｐ１とＰ３との間で締結されている昭和６３年３月１５日付けの線路使用条件（Ｐ１と住宅・都市整備公団が締結し，これをＰ３が承継したもの。）においては，Ｐ１は，同区間における旅客運賃収入全額を線路使用料としてＰ３に支払う一方，運行経費をＰ３から受け取ることになっているので，同区間におけるＰ１の旅客運賃収入が減少すれば，Ｐ３に支払われる線路使用料も減少するという関係になっていた。
ｃ収益の帰属（別紙「運賃配分の仕組み」参照）
(ａ)Ｐ６線内相互発着旅客（α１駅で接続するＰ１６線及び他社線連絡旅客を含む。）に係る旅客運賃収入について
①Ｐ６線内でＰ２の特急列車が停車する駅の相互発着旅客については，Ｐ１とＰ２の列車の運転本数（Ｐ６線通過列車を除く。）割合により両社に按分する。（上記別紙の【Ｄ】）
②Ｐ６線内でＰ２の特急列車が停車しない駅相互間の発着旅客とＰ６線内でＰ２の列車が停車する駅と停車しない駅相互間の発着旅客については，全てＰ１の帰属とする。（上記別紙の【Ｅ】，【Ｆ】）
(ｂ)Ｐ６線とα２駅で接続するＰ１６線（連絡他社線を含む。）相
互発着旅客に係る旅客運賃収入について
①Ｐ６線内でＰ２の列車が停車する駅の発着旅客については，全てＰ２の帰属とする。（上記別紙の【Ｂ】）
②Ｐ６線内でＰ２の列車が停車しない駅の発着旅客については，Ｐ２及びＰ１に帰属する。α２５駅とα２６駅の間の各駅（α２７駅を除く。）発着旅客にあってはα１１駅で，α１５駅とα２２駅の間の各駅（α５駅を除く。）発着旅客にあってはα２駅で，Ｐ１とＰ２を乗り継いだものとみなして，それぞれの旅客運賃を適用する。（上記別紙の【Ｃ】）
(ｃ)Ｐ６線通過旅客に係る旅客運賃収入について全てＰ２に帰属する。（上記別紙の【Ａ】）
(イ)Ｐ１は，平成２１年１２月１６日付けで，鉄道事業法１５条１項及び鉄道事業法施行規則３０条に基づき，Ｐ６線のうちα１駅とα３駅の間の区間（１９．８ｋｍ）について，本件各線路使用条件に係る契約書の写し及び線路使用料の算出の基礎を記載した書類を添付して，Ｐ６線路使用条件の設定に係る認可を申請した（甲１の２）。国土交通大臣は，平成２２年２月１９日付けで，上記認可申請のとおり認可する旨の処分（以下「Ｐ６線路使用条件認可処分」という。）をした。
(ウ)Ｐ３は，平成２１年１２月１６日付けで，国土交通大臣に対し，Ｐ６線のうちα３駅とα２駅の間の区間（１２．５ｋｍ）について，本件各線路使用条件に係る契約書の写し及び線路使用料の算出の基礎を記載した書類を添付して，Ｐ２８線路使用条件の設定に係る認可を申請した（甲２の２）。
国土交通大臣は，平成２２年２月１９日付けで，上記認可申請のとおり認可する旨の処分（以下「Ｐ２８線路使用条件認可処分」といい，Ｐ６線路使用条件認可処分と併せて「本件各線路使用条件認可処分」という。）をした。
ウＰ２に対する旅客運賃上限設定認可処分等
(ア)Ｐ２は，平成２１年１２月１６日付けで，鉄道事業法１６条１項に基づき，国土交通大臣に対し，Ｐ４線に係る旅客運賃上限を下記のとおりとする内容の旅客運賃上限設定の認可を申請した（乙２３）。なお，下記の旅客運賃上限の額のうち３３ｋｍまでの部分は，平成２２年７月１７日から値下げされる前のＰ６線の旅客運賃の額と同額である。記ａ普通旅客運賃（大人片道旅客運賃）    対キロ区間制３ｋｍまで                          ２００円３ｋｍを超え５ｋｍまで              ３００円
５ｋｍを超え９ｋｍまでの部分
２ｋｍまでを増すごとに７０円加算
９ｋｍを超え１１ｋｍまで            ５００円１１ｋｍを超え１４ｋｍまで          ５７０円１４ｋｍを超え１７ｋｍまで          ６３０円
１７ｋｍを超え２３ｋｍまでの部分
３ｋｍまでを増すごとに５０円加算
２３ｋｍを超え２９ｋｍまでの部分
３ｋｍまでを増すごとに３０円加算
２９ｋｍを超え４５ｋｍまでの部分
４ｋｍまでを増すごとに３０円加算
４５ｋｍを超え４９ｋｍまで          ９３０円４９ｋｍを超え５２ｋｍまで          ９５０円
ｂ定期旅客運賃（１か月）
上記の普通旅客運賃を基礎に，通勤定期は３０パーセント，通学定
期は５６パーセントの割引率を適用して算定した額


(イ)国土交通大臣は，平成２１年１２月１７日付けで，上記認可申請を運輸審議会に諮問し，運輸審議会は，平成２２年１月２６日及び同月２８日に公聴会を開催し，同年２月１８日付けで，国土交通大臣に対し，上記認可申請について申請のとおり認可するのが適当である旨の答申をした（乙２７）。
(ウ)国土交通大臣は，平成２２年２月１９日付けで，鉄道事業法１６条１項に基づき，上記認可申請のとおり認可する旨の処分（以下「Ｐ１６運賃上限認可処分」といい，Ｐ６運賃変更認可処分と併せて「本件各運賃認可処分」という。）をした。
(エ)Ｐ２は，平成２２年２月１９日付けで，国土交通大臣に対し，鉄道事業法１６条３項に基づき，Ｐ４線の旅客運賃の額をＰ１６運賃上限認可処分に係る旅客運賃上限の額（ただし，α１駅とα２駅の間の各駅相互間のみを利用する場合は，平成２２年７月１７日から値下げされたＰ６線の旅客運賃と同額）とする旨の届出をした（乙２２，２９）。なお，上記届出におけるＰ４線の旅客運賃は，別紙グラフの「Ｐ４線運賃」のとおりである。
３争点
（本案前の争点）
(1)原告適格の有無。すなわち，本件各請求に係る訴えについて原告らが原告適格を有するか否か。
(2)「重大な損害を生ずるおそれ」の有無。すなわち，本件請求③，⑥及び⑧に係る義務付けの訴えについて，これらの請求に係る処分がされないことにより原告らに「重大な損害を生ずるおそれ」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）があるか否か。
(3)出訴期間徒過の有無。すなわち，本件請求⑤に係る取消しの訴えが出訴期間を徒過しているか否か。
（本案の争点）
(4)本件各線路使用条件認可処分の適法性。すなわち，本件各線路使用条件認可処分が鉄道事業法１５条３項に違反する違法なものであるか否か（本件請求①及び②関係）。
(5)Ｐ６線路使用条件の変更命令の可否。すなわち，国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項４号に基づきＰ２及びＰ１に対してＰ６線路使用条件の変更を命じないことが裁量権の範囲を逸脱し，又はこれを濫用するものであるか否か（本件請求③関係）。
(6)Ｐ６運賃変更認可処分の適法性。すなわち，Ｐ６運賃変更認可処分が改正前鉄道事業法１６条２項に違反する違法なものであり，その違法は重大かつ明白であるか否か（本件請求④及び⑤関係）。
(7)Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否。すなわち，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことが裁量権の範囲を逸脱し，又はこれを濫用するものであるか否か（本件請求⑥関係）。
(8)Ｐ１６運賃上限認可処分の適法性。すなわち，Ｐ１６運賃上限認可処分が鉄道事業法１６条２項に違反する違法なものであるか否か（本件請求⑦関係）。
(9)Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否。すなわち，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことが裁量権の範囲を逸脱し，又はこれを濫用するものであるか否か（本件請求⑧関係）。
４争点に関する当事者の主張
争点に関する当事者の主張は，別紙「当事者の主張」記載のとおりであるところ，その要旨は以下のとおりである。
(1)争点(1)（原告適格の有無）について
（原告らの主張）
ア本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）について
(ア)鉄道事業法は，その文言上も仕組み上も，鉄道利用者を個別具体的に保護することを趣旨及び目的としており，そのことは，鉄道事業法の制定経緯及び改正経緯からも明らかである。また，ここでいう「利用者」には，鉄道に乗車する者だけではなく，旅客運賃の負担者も含まれるというべきである。そして，旅客運賃認可処分において考慮されるべき利益は，鉄道利用者の経済的利益及び日常生活・社会生活上の利益であるところ，違法な旅客運賃認可処分がされれば，日常的に鉄道を利用する沿線住民は，経済的にも日常生活・社会生活上でも重大な不利益を被ることになるから，その利益は個別具体的に保護されなければならない。
(イ)したがって，反復継続的に鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者（扶養義務者，雇用主等）は，旅客運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴えについて原告適格を有するというべきであり，このことは，旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴えについても同様である。
そして，原告らは，Ｐ６線を反復継続的に利用し又は扶養義務に基づき旅客運賃を負担しているから，本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）のいずれについても，原告適格を有するというべきである。
(ウ)なお，Ｐ２９特急最高裁判決（最高裁判所平成元年４月１３日第一小法廷判決・裁判集民事１５６号４９９頁）は，地方鉄道法２１条に基づく特別急行料金改定認可処分の取消訴訟における原告適格について判断したものであるが，その後，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護することを明らかにした鉄道事業法が制定され，平成１６年には行政事件訴訟法が改正されているし，上記判決の事案では，特別急行を利用する者だけが負担する特別急行料金部分のみが争われたものであるから，本件とは事案を異にし，本件には射程が及ばないというべきである。イ本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について(ア)鉄道事業法は，その文言上も仕組み上も，鉄道利用者を個別具体的に保護することを趣旨及び目的としており，総括原価主義（同法１６条２項）に基づく旅客運賃の算定制度においては，総収入額は原価総額を下回らなければならず，線路使用料収入が増加すれば，他の収入が変わらない限り，旅客運賃を値下げして旅客運賃収入を減らさなければならない関係が必然的に生じることになるから，旅客運賃認可制度（同法１６条）と同様に，鉄道線路使用条件認可制度（同法１５条）は，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護することを目的としているというべきである。


(イ)したがって，反復継続的に鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者（扶養義務者，雇用主等）は，鉄道線路使用条件設定認可処分の取消しの訴えについて，原告適格を有するというべきであり，このことは，鉄道線路使用条件の変更命令の義務付けの訴えについても同様である。
そして，原告らは，Ｐ６線を反復継続的に利用し又は扶養義務に基づき旅客運賃を負担しているから，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）のいずれについても，原告適格を有するというべきである。
（被告の主張）
ア本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）について
(ア)鉄道事業法が公共の利益という観点から同法１６条１項に基づく旅客運賃の認可を規定していることは明らかであり，同法が，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むものであると解することはできない。
したがって，鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃の認可において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，原告らは本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認を求めるにつき法律上の利益を有せず，本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(イ)また，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号は，公共の利益という観点から旅客運賃又はその上限の変更を命じることができる旨を規定しているにすぎず，その変更に関し，同法あるいは関係法令を子細にみても，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨の規定は見当たらない。
したがって，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，旅客運賃上限等の変更命令に係る各義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(ウ)なお，Ｐ２９特急最高裁判決は，平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法下におけるものであるが，同改正により行政事件訴訟法９条２項が追加された趣旨は，原告適格の有無について判断すべき事項について，法律の明文でこれらの事項を考慮すべきこと等を定めることにより，全ての事案において，これらの事項が適切に考慮されることが一般的に担保され，行政過程における利益調整の在り方が適切に考慮されて第三者の原告適格が実質的に広く認められることを期したものであり，原告適格の判断方法を実質的に変更することを意図したものではないから，上記改正の前後によってＰ２９特急最高裁判決の評価が変化すると解する余地はない。
イ本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について(ア)鉄道事業法が公共の利益という観点から鉄道線路使用条件設定の認可を規定していることは明らかであり，同法が，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むものであると解することはできない。したがって，鉄道事業法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定の認可において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，原告らは本件各線路使用条件認可処分の取消しを求めるにつき法律上の利益を有せず，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(イ)また，鉄道事業法２３条１項４号は，公共の利益という観点から鉄道施設の使用条件等の変更を命じることができる旨を規定しているにすぎず，その変更に関し，同法あるいは関係法令を子細にみても，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨の規定は見当たらない。したがって，鉄道事業法２３条１項４号に基づく鉄道線路使用条件の変更命令において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，Ｐ６線路使用条件の変更命令に係る義務付けの訴え（本件請求③）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(2)争点(2)（「重大な損害を生ずるおそれ」の有無）について
（原告らの主張）
原告らは，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づくＰ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令又は同法２３条１項４号に基づくＰ６線路使用条件の変更命令がされないことにより，多額の金銭的負担と移動の自由に対する制限を被るところ，これらの損害は重大であり，金銭によって償うことができないものである。
したがって，Ｐ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令（本件請求⑥及び⑧）又はＰ６線路使用条件の変更命令（本件請求③）がされないことにより，原告らに「重大な損害を生ずるおそれ」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）があるというべきであり，かつ，その損害を避けるためには上記各変更命令以外に適当な方法がないことは明らかである。
（被告の主張）
移動の自由の制限は，金銭的負担を避けるために自らの意思に基づいて生じる副次的なものであり，Ｐ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令又はＰ６線路使用条件の変更命令がされないことにより直接的に生じるものではないし，現行のＰ６線の旅客運賃と原告らが適正とする旅客運賃との差額に相当する金銭的損害は，事後の金銭賠償によって回復することが可能な性質の損害である。


したがって，Ｐ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令（本件請求⑥及び⑧）又はＰ６線路使用条件の変更命令（本件請求③）がされないことにより，原告らに「重大な損害を生ずるおそれがある」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）とはいえない。
(3)争点(3)（出訴期間徒過の有無）について
（被告の主張）
Ｐ６運賃変更認可処分は，平成１０年９月４日付けでされたものであり，処分の日から本件訴え提起までに１年を経過していることは明らかであるし，出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」も認められない。したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しの訴え（本件請求③）は，出訴期間を徒過して提起された不適法なものというべきである。
（原告らの主張）
本件各線路使用条件認可処分が適法にされれば，適正な線路使用料がＰ１に支払われるから，Ｐ６運賃変更認可処分は旅客運賃上限を減額するように変更されなければならないことになる。そうすると，Ｐ６運賃変更認可処分は，平成２２年２月１９日に違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことにより，後発的に瑕疵が生じ，違法となったものである。したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しの訴えについては，後発的違法が生じた平成２２年２月１９日から出訴期間が進行するというべきところ，本件訴えは，同年８月１７日に提起されたものであるから，出訴期間を徒過した不適法なものではない。
(4)争点(4)（本件各線路使用条件認可処分の適法性）について
（原告らの主張）
本件各線路使用条件は，Ｐ２の列車がＰ６線区間内を運行しているにもかかわらず，その旅客運賃はＰ２が取得し，Ｐ１はその旅客運賃を全く取得することができないという経済的に不合理な仕組みとなっており，いわばＰ２がＰ６線区間を「ただ乗り」しているところ，このような仕組みが可能となるのは，Ｐ１及びＰ３がＰ２の支配下にあるからである。このようにＰ１のみに不利益な本件各線路使用条件は，Ｐ１の経営を困難なものとし，更にはＰ１の利用者の利益を著しく害するものであって，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）があるというべきである。
したがって，本件各線路使用条件を認可した本件各線路使用条件認可処分は，鉄道事業法１５条３項に違反する違法なものであるから，取り消されるべきである（本件請求①及び②）。
（被告の主張）
本件各線路使用条件においては，Ｐ６線の区間においてＰ２に帰属する旅客運賃収入額が資本費相当額等を超える場合に，Ｐ２がＰ１及びＰ３に対して資本費相当額等に加算額を加えた線路使用料を支払うこととされ，Ｐ１及びＰ３の収支に対する影響が可及的に排除されているから，Ｐ１及びＰ３は，引き続き，鉄道線路の適切な維持管理を行うことが可能であり，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）はないといえる。
したがって，本件各線路使用条件は，鉄道事業法１５条３項に規定する認可要件を満たしているから，本件各線路使用条件認可処分は適法なものというべきである。
(5)争点(5)（Ｐ６線路使用条件の変更命令の可否）について
（原告らの主張）
本件各線路使用条件認可処分は違法であるだけでなく，これによりＰ１の旅客運賃は異常に高いものとなっているから，「利用者の利便その他公共の利益を阻害している」（鉄道事業法２３条１項柱書き）ことは明らかである。そうすると，国土交通大臣が，鉄道事業法２３条１項４号に基づき，Ｐ６線路使用条件について，Ｐ６線区間をＰ２の列車が運行したことによる旅客運賃収入をＰ１が取得することができる内容に変更するよう命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項４号に基づき，Ｐ１及びＰ２に対して，Ｐ６線路使用条件について，Ｐ２が同社Ｐ４線の運行によってＰ６線区間で取得する旅客運賃及び特別急行料金収入相当額を線路使用料としてＰ１に支払い，Ｐ２がＰ６線区間で同社Ｐ４線の運行に要した経費をＰ１がＰ２に支払う方式での鉄道線路使用条件に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求③）。
（被告の主張）
Ｐ６線路使用条件は，鉄道事業法１５条３項の要件を満たしているところ，同項の要件を満たす使用条件が「輸送の安全，利用者の利便その他公共の利益を阻害している」（同法２３条１項柱書き）ものではないことは明らかである。
したがって，Ｐ６線路使用条件について，鉄道事業法２３条１項４号に基づく使用条件変更命令を発する前提を欠いていることは明らかである。(6)争点(6)（Ｐ６運賃変更認可処分の適法性）について
（原告らの主張）
アＰ１の旅客運賃は，本件各線路使用条件認可処分が適法であることが前提となっているところ，本件各線路使用条件認可処分が違法なものであることによって，Ｐ１の旅客運賃は「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」（鉄道事業法１６条２項）に該当しなくなったから，Ｐ６運賃変更認可処分は後発的に違法となったものであり，その違法は重大かつ明白である。
イまた，Ｐ６線の旅客運賃は，初乗りから中間距離までの旅客運賃が異常に高く，運賃表のグラフがメタボのような曲線を描く「メタボ運賃」となっており（別紙グラフ参照），このような「メタボ運賃」は，近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担することになるので，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）に該当するし，旅客運賃の認可においては，利用者が公平に旅客運賃を負担するような配分になっているか，すなわち距離に比例した旅客運賃体系となっているかを審査すべきであるが，Ｐ６線の旅客運賃は「メタボ運賃」となっており，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）に該当しないから，Ｐ６運賃変更認可処分には原始的違法があり，その違法は重大かつ明白である。


さらに，Ｐ６運賃変更認可処分に当たってＰ１から提出されたＰ６収入原価表には平成９年度実績以外の記載がなく，原価計算期間を３年間と定めていた平成８年算定要領に反するし，Ｐ６収入原価表に記載された数字とＰ１の平成９年度損益計算書記載の数字が異なるから，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づいてされたものであって，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）であるかを適正に審査せずにされたという原始的違法があり，その違法は重大かつ明白である。
ウしたがって，原告らは，主位的に，Ｐ６運賃変更認可処分が無効であることの確認を求め（本件請求④），予備的に，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しを求める（本件請求⑤）。
（被告の主張）
ア運輸大臣は，申請書及び添付書類，Ｐ１からの説明等による審査，運輸審議会の答申を踏まえ，Ｐ１の申請に係る旅客運賃が，改正前鉄道事業法１６条２項の基準に適合すると認め，Ｐ６運賃変更認可処分を行ったものである。
イそして，行政処分の後，当該処分の根拠となった事実状態が変動した場合であっても，取消訴訟における行政処分の違法性判断は，当該処分を行った時の事実状態を基準として行われるべきであるから，Ｐ６運賃変更認可処分が後発的に違法となることはあり得ない。ウまた，鉄道事業者がどのような旅客運賃制度を採用するかは，当該鉄道事業者の経営判断に委ねられているから，近距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃が，遠距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃に比して相当程度高額になることも十分にあり得ることであるし，Ｐ６線の旅客運賃制度は全ての旅客に適用されるものであり，特定の旅客のみに異なる旅客運賃を設定し，不当に高額な旅客運賃を負担させるものではないから，「特定の旅客又は荷主に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）とはいえない。
さらに，平成８年算定要領における原価計算期間「３年間」とは，旅客運賃改定年度の翌年度以降の３年間を意味するし，平年度の収入及び原価を算定するに当たっては，経常的性格を有する損益及び鉄軌道事業部門に帰属する収入・費用以外のものは除外されることになるから，平成８年算定要領に従って算出されたＰ６収入原価表の数字と損益計算書における数字とが異なるのは当然のことである。
エしたがって，Ｐ６運賃変更認可処分は適法なものであって，もとより重大かつ明白な違法は存在しないというべきである。
(7)争点(7)（Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）について
（原告らの主張）
アＰ６線の旅客運賃は，近距離を移動する沿線住民にのみ不当に割高な「メタボ運賃」であり，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」であるから，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号に基づき，届け出られた旅客運賃の変更を命ずる義務を負っている。イ本件各線路使用条件認可処分は違法なものであり，Ｐ６線路使用条件が変更されれば，Ｐ１の収入額が増大することになるから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，上記変更された線路使用料を基準に，適正原価・適正利潤の原則（鉄道事業法１６条２項）に基づいて旅客運賃上限を変更するよう命ずる義務を負っている。
また，Ｐ６線の旅客運賃は，異常に高額であって鉄道利用者の利便を阻害しているだけでなく，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づき，適正原価・適正利潤の原則（改正前鉄道事業法１６条２項１号，鉄道事業法１６条２項）に適合するかが適正に審査されずにされたものであり，現時点で適切な原価計算に基づき算定し直されなければならないから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，旅客運賃上限の変更を命ずる義務を負っている。
さらに，平成２１年のＰ１の収支の実績をＰ６運賃変更認可処分の基礎とされた平成９年の収支の実績と比較すると，経常損益が約３４．５億円のマイナスから約３４．２３億円のプラスに転じており，総括原価方式によれば，平成９年度と平成２１年度の経常損益の差額分約６８．７３億円について，旅客運賃を減額させるために用いられなければならないから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，旅客運賃上限の変更を命ずる義務を負っている。
ウそうすると，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ１に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ１に対し，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，同法１６条２項の定める適正原価・適正利潤の原則に基づき，Ｐ６線路使用条件の変更命令により定められた線路使用料に基づいて算定された収入額と現時点における収入と原価を基準とするとともに，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求⑥）。
（被告の主張）


ア本件各線路使用条件認可処分及びＰ６運賃変更認可処分は，いずれも適法であるから，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃の変更を命じるべき理由はない。イ現行算定要領によると，総括原価の算定に当たり，払込資本金に対し１０パーセント配当に必要な額の鉄軌道事業分担額を「配当所要額（適正利潤）」として計上しなければならないとされているから，Ｐ１の平成２１年度実績を前提としても，損益計算書上の経費計１１４億８２３９万円に配当所要額約４６億５０００万円（平成９年度と同額と想定したもの）を加えた合計約１６１億円が同年度の総括原価となり，これは旅客運賃等による収入に運輸雑収入及び営業外収益を加えた１４９億円余を大幅に上回るから，収入が総括原価を上回る状況にあるとはいえない。ウしたがって，平成２１年度におけるＰ１の決算実績に照らしても，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限は，鉄道事業法１６条２項にいう「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」といえるから，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で設定された旅客運賃が，同法２３条１項柱書きにいう「利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるとき」に当たると解することはできない。
(8)争点(8)（Ｐ１６運賃上限認可処分の適法性）について
（原告らの主張）
Ｐ２Ｐ４線の旅客運賃は，鉄道利用者に混乱を生じさせないという理由で，Ｐ６線の旅客運賃と同額に設定されており，近距離の旅客運賃が異常に高い「メタボ運賃」となっているから，Ｐ１６運賃上限認可処分についても，Ｐ６運賃変更認可処分と同様に違法であって，取り消されるべきである（本件請求⑦）。
（被告の主張）
Ｐ６運賃変更認可処分は適法なものであるから，Ｐ１６運賃上限認可処分も同様に適法なものというべきである。
(9)争点(9)（Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）について
（原告らの主張）
Ｐ２Ｐ４線の旅客運賃は，Ｐ６線の旅客運賃と同額に設定されているから，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令と同様に，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ２に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ２に対し，Ｐ１６運賃上限認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求⑧）。
（被告の主張）
Ｐ１６運賃上限認可処分は適法なものであるから，Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けを求める請求に理由がないことは明らかである。
第３当裁判所の判断
１本案前の争点について
(1)争点(1)（原告適格の有無）について
原告らは，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴えについて，反復継続して当該鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者は原告適格を有する旨主張し，これを前提として，同法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え，同法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定認可処分の取消しの訴え，並びに同法２３条１項４号に基づく鉄道線路使用条件の変更命令の義務付けの訴えについても，上記の者は原告適格を有する旨主張する。そこで，まずは，本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）について，Ｐ６線の沿線住民でありＰ６線を利用している原告らに原告適格が認められるか否かを検討し，その後，旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧），本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②），並びにＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について，原告らに原告適格が認められるか否かを順次検討することとする。
ア本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）について
(ア)行政事件訴訟法９条は，取消訴訟の原告適格について規定しているところ，同条１項にいう当該処分の取消しを求めるにつき「法律上の利益を有する者」とは，当該処分により自己の権利若しくは法律上保護された利益を侵害され，又は必然的に侵害されるおそれのある者をいい，当該処分を定めた行政法規が，不特定多数者の具体的利益を専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むと解される場合には，このような利益もここにいう法律上保護された利益に当たり，当該処分によりこれを侵害され又は必然的に侵害されるおそれのある者は，当該処分の取消訴訟における原告適格を有するというべきである（最高裁判所平成１７年１２月７日大法廷判決・民集５９巻１０号２６４５頁参照）。なお，行政事件訴訟法３６条は，無効確認訴訟の原告適格について規定しているところ，同条にいう無効確認を求めるにつき「法律上の利益を有する者」の意義についても，取消訴訟の原告適格の場合と同義に解するのが相当である（最高裁判所平成４年９月２２日第三小法廷判決・民集４６巻６号１０９０頁参照）。
そして，行政事件訴訟法９条２項は，裁判所は，処分又は裁決の相手方以外の者について同条１項に規定する法律上の利益の有無を判断するに当たっては，当該処分又は裁決の根拠となる法令の規定の文言のみによることなく，当該法令の趣旨及び目的並びに当該処分において考慮されるべき利益の内容及び性質を考慮するものとし，この場合において，当該法令の趣旨及び目的を考慮するに当たっては，当該法令と目的を共通にする関係法令があるときはその趣旨及び目的をも参酌するものとし，当該利益の内容及び性質を考慮するに当たっては，当該処分又は裁決がその根拠となる法令に違反してされた場合に害されることとなる利益の内容及び性質並びにこれが害される態様及び程度をも勘案するものとする旨規定している。


(イ)そこで，上記の見地に立って，原告らが本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認を求めるにつき「法律上の利益を有する者」に該当するといえるかについて判断することとするが，その前提として，まず，本件各運賃認可処分の根拠法である鉄道事業法の趣旨及び目的について検討する。
ａ最初に，鉄道事業法の制定経緯等についてみるに，証拠（甲５５，甲６１，甲６７）及び弁論の全趣旨によれば，以下の各事実が認められる。
(ａ)そもそも我が国の鉄道については，明治３９年に制定された鉄道国有法が，「一地方ノ交通ヲ目的トスル鉄道」以外の鉄道は全て国の所有とする旨規定し（同法１条），いわゆる鉄道国有主義を採用し，昭和２４年に設立された日本国有鉄道が，日本国有鉄道法及び国有鉄道運賃法等による規制の下でその経営を行ってきた。他方で，鉄道国有法が例外的に国以外の者の経営を認めた「一地方ノ交通ヲ目的トスル鉄道」については，大正８年に制定された地方鉄道法によって，必要な規制及び監督が行われてきた。
日本国有鉄道は，第二次世界大戦後の我が国の経済復興と高度成長に大きな役割を果たしてきたが，この間のモータリゼーションの発達に伴う輸送手段や国民の輸送に対するニーズの高度化・多様化に適時適切に対応することが困難となり，経営が危機に瀕したことなどから，昭和６０年代に至り，これを分割して民営化することによって，利用者のニーズに沿ったサービスを適時適切に提供し得る経営力と経営の自主性を与えることで，再出発を図ることとされた。(ｂ)このように日本国有鉄道が民営化されることに伴い，既存の地方鉄道とともに，鉄道事業として一元的に規律する新たな法制度の整備が必要となったところ，地方鉄道法は，一地方の交通を目的とする鉄道を前提に大正８年に制定された法律であり，上記民営化後の新しい鉄道事業を規律する法律としては適切なものとはいい難かった。また，従前はほぼ全ての鉄道事業者が自ら敷設した鉄道線路を使用して鉄道による輸送を行っていたが，都市圏における土地取得費用等の高騰により，鉄道線路の敷設業務と鉄道による運送業務を異なる事業者が行うという，従前は想定されていなかった事態も増えることが予測された。このような事業者の様々なニーズに応じて自主性を発揮させ，鉄道事業の経営の活性化を図るために，鉄道事業者への規制を緩和し種々の手続を簡素化することが必要である一方，公共輸送手段としての鉄道事業の性質に鑑み，鉄道利用者の利便を確保し，鉄道事業の健全な発達を図るための所要の法規制も必要であると考えられるようになった。
(ｃ)以上のような鉄道を巡る社会事情の変化に対応して，鉄道事業の在り方を根本的に見直すこととし，鉄道国有法，日本国有鉄道法及び地方鉄道法等を廃止するとともに，新たな鉄道事業に関する一元的な法制度を整備するために，昭和６１年に鉄道事業法が制定された。
ｂ鉄道事業法は，上記のように，一方で規制を緩和し手続を簡素化することで鉄道事業の活性化を図り，他方で鉄道利用者の利益保護や鉄道事業の健全な発達等のために必要な法規制を行うという理念の下に，目的規定を置き，「この法律は，鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なものとすることにより，鉄道等の利用者の利益を保護するとともに，鉄道事業等の健全な発達を図り，もって公共の福祉を増進することを目的とする。」と規定した（改正前鉄道事業法１条）。鉄道事業法に上記のような規定が設けられたのは，鉄道事業の活性化等によって「鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なもの」にするが，鉄道事業法のいう「適正かつ合理的な」運営は，当然の前提として「利用者の利益の保護」，そして「鉄道事業等の健全な発達」に資するものでなければならないことを明示することで，上記の２つの基本的な理念を明らかにするとともに，それらの実現により，公共輸送手段としての鉄道の役割を全うして「公共の福祉の増進」という鉄道事業の究極的な目的を達成すべきことを明らかにしたものであると解される。
ｃこのように，鉄道事業法は，国有鉄道法及び地方鉄道法には存在しなかった目的規定を置き，同規定において，「適正かつ合理的な」運営は，当然に「利用者の利益の保護」等を前提とするものでなければならないことを明示することで，鉄道事業の合理化が図られる場合でも，「利用者の利益の保護」は当然の前提として確保されなければならないものであることを明らかにしたものと解される。なお，改正前鉄道事業法１条は，運輸の安全性の向上のための鉄道事業法等の一部を改正する法律（平成１８年法律第１９号）により改正されて，「輸送の安全を確保し」という文言が加えられたが，この改正は，「利用者の利益の保護」に加えて，「輸送の安全の確保」をも鉄道事業法の目的として追加したものであるから，上記で述べたことは現行の鉄道事業法においても何ら変わるものではないと解される。(ウ)次に，本件各運賃認可処分の根拠規定である改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項について検討する。
まず，改正前鉄道事業法についてみるに，同法は，１６条１項において旅客の運賃及び料金の設定について運輸大臣の認可を受けなければならないと規定するとともに，同条２項３号において，「旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれがないものであること」を認可の要件として明示していた。改正前鉄道事業法が上記のような規定を設けた趣旨は，鉄道の運送の対価である「運賃」や運送に直接附帯する役務の対価等である「料金」は，鉄道事業者の収益に直接影響を及ぼすものである一方で，鉄道利用者が直接これを負担するものであることから，旅客運賃等の設定を鉄道事業者の自由に任せることなく，運輸大臣の認可を要することとして，鉄道利用者の利益を保護するところにあり，改正前鉄道事業法１条が要請する「利用者の利益の保護」を旅客運賃等に関して具体的に確保しようとしたものであると解される。
また，現行の鉄道事業法１６条１項についてみても，平成１１年法律第４９号による改正により，認可の対象が旅客運賃等からそれらの上限に変更され，これに伴って，改正前鉄道事業法１６条２項３号の規定も削除されるに至ったが，同号は同法１条の目的規定が掲げる「利用者の利益の保護」という理念を旅客運賃等の認可において具体化したものであるところ，上記(イ)で述べた同法１条の趣旨，目的に鑑みれば，認可の対象が変わったことに伴って当該規定が削除された後も，旅客運賃等が，利用者の負担能力に鑑みて当該事業を利用することを困難にするおそれがあるならば，それは「利用者の利益の保護」を掲げる同法１条が容認するところではないと解すべきである。


そして，鉄道事業法は，１６条５項１号において，旅客運賃上限の範囲内で届け出られた旅客運賃が「特定の旅客に対して不当な差別的取扱いをするものであるとき」には，国土交通大臣がこれを変更することを命ずることができるとし，また，２３条１項１号において，「利用者の利便」を阻害している事実があると認めるときには，国土交通大臣が旅客運賃上限を変更することを命ずることができるとすることにより，鉄道事業者に対する事前規制を緩和しつつも「利用者の利益の保護」を図るという同法の目的を達成するため，国土交通大臣に旅客運賃又はその上限の変更を命じる権限を与えているものであると解される。(エ)さらに，鉄道事業法の関係法令をみると，国土交通大臣が同法１６条１項の規定による旅客運賃上限の認可をしようとするときは，運輸審議会に諮らなければならないとされているところ（同法６４条の２第１号），運輸審議会は，必要があると認めるときは公聴会を開くことができ，利害関係人の請求があったときは公聴会を開かなければならないとされている（国土交通省設置法１５条１項，２３条）。そして，運輸審議会一般規則５条６号は，上記の利害関係人として，「運輸審議会が当該事案に関し特に重大な利害関係を有すると認める者」を規定しているところ，後記のとおり，鉄道事業法施行規則７３条３号が，地方運輸局長が同法１６条１項の規定による旅客運賃上限の認可を行う場合に意見聴取をする「利害関係人」として，「利用者その他の者のうち地方運輸局長が当該事案に関し特に重大な利害関係を有する者と認める者」を規定していることからすれば，運輸審議会一般規則５条６号に規定する利害関係人についても，「利用者」が含まれるものと解するのが相当である。そうすると，鉄道利用者は，運輸審議会が特に重大な利害関係を有すると認めれば，公聴会の開催を請求することができるし，仮に上記のような利害関係人に該当するとは認められなかったとしても，公述人として公聴会において公述をすることができるものである（国土交通省設置法２３条，運輸審議会一般規則５条，３５条から３７条まで）。また，国土交通大臣の委任により地方運輸局長が旅客運賃上限に関する認可を行う場合には，運輸審議会に代わる手続として利害関係人等の意見聴取をすることができるとされているところ（鉄道事業法６５条１項），鉄道事業法施行規則７３条３号は，ここにいう利害関係人とは，「利用者その他の者のうち地方運輸局長が当該事案に関し特に重大な利害関係を有する者と認める者」であると規定しており，利害関係人の選定に関して「利用者」を特に例示してその他一般の者とは別異の扱いをしている。これは，旅客運賃上限の認可に関し，関係法令が，当該鉄道の利用者が特別の利害関係を有することを前提としていることの表れであると解される。
このように，鉄道事業法の関係法令は，旅客運賃上限認可処分について利用者が特別の利害関係を有することを前提に，国土交通大臣が上記処分を行うに当たり，鉄道利用者に一定の手続関与の機会を付与しているものということができる。
(オ)ところで，現在，我が国における輸送手段や国民の輸送に対するニーズは多様化・高度化しているが，依然として，鉄道は，人や荷物を大量，高速，定時に輸送する公共的存在として，我が国において重要な地位を占めている。特に，都市圏等で通勤や通学等に鉄道を利用する住民にとっては，居住地から職場や学校等に日々通うための「足」として，その仕事や学業を継続して続けていくために欠くことのできない移動手段となっているものである。さらに，土地の価格や建物の家賃の額等は，どの鉄道のどの駅が利用できるか，駅に近いか否かなどによって大きく変化し，通勤や通学等のために日々鉄道を利用する者にとっては，鉄道との関係が住居を選定するときの重要な要素になっている現状にある。他方で，鉄道の利用は，法的には利用者が鉄道事業者との間で運送契約を締結して行われるものであり，更に定期券による鉄道利用に至っては継続的契約関係を生じさせるものであると解されるが，その運送の対価である旅客運賃は鉄道事業者の約款により一方的に定められており，利用者としては，一方的に定められた旅客運賃を支払って鉄道を利用するか，それともそもそも鉄道を利用しないかの自由しか与えられていないものである。そして，通勤や通学等に日々鉄道を利用している住民にとって，鉄道を全く利用せずに，従前と同様に日々の通勤や通学等を継続するということがいかに非現実的であるかは，災害等において鉄道が不通になったときの大きな混乱等をみれば明らかである。そうすると，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分が違法にされ，違法に高額な旅客運賃が設定された場合，日々の仕事や学業等を行うための通勤や通学等の手段として当該鉄道を反復継続して日常的に利用する者は，その違法に高額な旅客運賃を支払って，引き続き鉄道を利用することを余儀なくされることになるし，また，その経済的負担能力いかんによっては，当該鉄道を日常的に利用することが困難になり，職場や学校等に日々通勤や通学等すること自体が不可能になったり，住居をより職場や学校の近くに移転せざるを得なくなったりすることになりかねない。すなわち，このように通勤や通学等のために当該鉄道を反復継続して日常的に利用する者にとっては，旅客運賃認可処分が違法にされた場合，仕事や居住場所などといった日常生活の基盤を揺るがすような重大な損害が生じかねないものである。
(カ)確かに，鉄道事業法が，その目的として「利用者の利益の保護」（１条）を掲げているからといって，直ちに，当該鉄道を利用するあらゆる者が旅客運賃認可処分の取消しを求めるにつき法律上の利益を有することになるとはいい難い。
しかしながら，上記(イ)から(エ)までで述べたとおり，鉄道事業法１条は，鉄道事業の合理化が図られる場合でも，「利用者の利益の保護」は当然の前提として確保されなければならないことを示し，改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項は，上記のような鉄道利用者の利益の保護のために，旅客運賃又はその上限について運輸大臣又は国土交通大臣の認可を経なければならないこととし，また，鉄道事業法の関係法令も，同認可に関して鉄道利用者が特別の利害関係を有していることを前提とし，事案によっては鉄道利用者が利害関係人として意見聴取の対象となり得るとしているのであって，このような法令の仕組みからすれば，鉄道事業法が，旅客運賃認可処分が違法にされた場合に，およそいかなる鉄道利用者であっても，その違法性を一切争うことはできないものとしたと解さなければならない合理的理由はないというべきである。


そして，行政事件訴訟法９条２項が，「法律上の利益」の判断における考慮要素として掲げる，本件各運賃認可処分の根拠規定である改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項の趣旨及び目的，鉄道事業法あるいはその関係法令の趣旨及び目的等は，上記(イ)から(エ)までで述べたとおりであるところ，行政事件訴訟法９条２項が，これらに加えて，処分において考慮される利益の判断の際に勘案すべきであるとしている，処分が違法にされた場合に害される利益の内容及び性質並びにこれが害される態様及び程度についてみるに，少なくとも居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的に鉄道を利用している者については，違法な旅客運賃認可処分が行われ，違法に高額な旅客運賃設定がされるならば，上記(オ)で述べたとおり，経済的負担能力いかんによっては，当該鉄道を利用することが困難になり，日々職場や学校等に通勤や通学等すること自体が不可能になったり，住居をより職場の近くに移転せざるを得なくなったりするなどの日常生活の基盤を揺るがすような重大な損害が生じかねないものである。そうすると，「利用者の利益の保護」を重要な理念として掲げ，その具体的な確保のための条項を置いている鉄道事業法が，上記のような重大な損害を受けるおそれがある鉄道利用者についてまで，違法な旅客運賃認可処分がされてもその違法性を争うことを許さず，これを甘受すべきことを強いているとは到底考えられないというべきであるから，改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項は，これらの者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含んでいると解すべきである。
したがって，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分に関し，少なくとも居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的に鉄道を利用している者が有する利益は，「法律上保護された利益」に該当するというべきである。
なお，前述のとおり，平成１１年法律第４９号による改正後の鉄道事業法１６条１項に基づく認可は，旅客運賃の金額そのものではなく，その上限についての認可であるが，その上限についての認可を得た鉄道事業者は，いわばいつでも自由にその上限まで旅客運賃を上げることができる権限を取得するのであって，その後，上限まで旅客運賃が上げられたとしても鉄道利用者はこれを争う機会はないのであるから，これを争う鉄道利用者にとっては上限まで旅客運賃が上げられた場合と何ら異なることがないのであって，「法律上保護された利益」の有無について，旅客運賃の金額そのものの認可の場合と別異に解する必要はないものというべきである。
(キ)以上によれば，少なくとも居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的に鉄道を利用している者は，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分により「法律上保護された利益」を侵害され又は必然的に侵害されるおそれのある者として，上記処分の取消し又は無効確認の訴えについて原告適格を有するものと解するのが相当である。被告が指摘するＰ２９特急最高裁判決は，鉄道事業法が制定される前の地方鉄道法２１条に基づく特別急行料金改定認可処分の取消しの訴えに関する原告適格について判断したものであるところ，上記(イ)で述べたとおり，鉄道事業法が，地方鉄道法には存在しなかった目的規定を置き，「利用者の利益の保護」が確保されなければならないものであることを明らかにしていることに鑑みれば，Ｐ２９特急最高裁判決の射程は，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴えには及ばないものと解するのが相当である。
(ク)そして，前記争いのない事実等(1)によれば，原告ら５名はいずれも，Ｐ１に旅客運賃を支払って，居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的にＰ６線を利用している者であると認められるから，いずれも，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し又は無効確認の訴えについて，原告適格を有するものというべきである（なお，原告らが扶養義務に基づいて旅客運賃を負担していると主張する原告Ｐ７及び原告Ｐ１２についても，自ら反復継続して日常的にＰ６線を利用していることが認められるから，原告適格を有するということができる。）。
(ケ)一方，Ｐ２が定めたＰ４線の旅客営業規則（乙４８）は，１３条１項において「列車に乗車する旅客は，その乗車に有効な乗車券を購入し，これを所持しなければならない。」と規定し，１３条の２第１項において「前条第１項の規定にかかわらず，Ｐ４線のうち，α１～α２間を乗車する旅客は，Ｐ１が発売する乗車券を購入し，これを所持するものとする。」と規定し，同条２項において，「前項に規定する乗車券を所持する旅客は，Ｐ４線の列車に乗車することができるものとする。」と規定している。上記旅客営業規則によれば，Ｐ２Ｐ４線のα１駅とα２駅の間（Ｐ６線区間と同一である。）においては，旅客は，Ｐ１に旅客運賃を支払って乗車券を購入し，Ｐ１とＰ２の両者から運送の役務の提供を受ける関係にあり，Ｐ１とＰ２は本件各線路使用条件に従って上記旅客運賃収入を配分することになるものと解されるところ，この点については，当事者間に争いがない。
また，前記争いのない事実等(1)によれば，原告らは，Ｐ６線区間内（α１駅とα２駅の間）でのみ日々列車に乗車しており，Ｐ６線とＰ４線が重なり合っていない区間（α２駅とα４駅の間）では列車に乗車していないことが認められる。
そうすると，原告らは，Ｐ１に対して，Ｐ６運賃変更認可処分により認可された旅客運賃を支払うことにより，Ｐ６線区間内において，Ｐ１の運行する列車又はＰ２の運行するＰ２４のいずれかに乗車しているものであるから，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し又は無効確認を求めるにつき「法律上の利益」を有するということはできるものの，Ｐ２に旅客運賃を支払っているわけではないから，Ｐ４線について認可されたＰ１６運賃上限認可処分の取消しを求めるにつき「法律上の利益」を有するものではないというべきである。
したがって，原告らは，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴え（本件請求⑦）について原告適格を有しないものというべきである。（なお，仮に，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴えについて原告らが原告適格を有するとしても，原告らは，同処分の違法性について，Ｐ６運賃変更認可処分の違法事由と同様の違法事由を主張しており，後に述べるとおり，Ｐ６運賃変更認可処分が違法なものと認められない以上，いずれにせよ請求は棄却されることになる。）


イ旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）につ
いて
(ア)鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令又は同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令は，いずれも申請によりされるものではないから，上記変更命令の義務付けを求める訴えは，いわゆる非申請型義務付けの訴え（行政事件訴訟法３条６項１号）に該当するものと解される。そして，いわゆる非申請型義務付けの訴えは，一定の処分をすべき旨を命ずることを求めるにつき「法律上の利益を有する者」に限り提起することができるところ（同法３７条の２第３項），ここにいう「法律上の利益」の有無については，取消訴訟の原告適格と同様に判断すべきものである（同条第４項）。
(イ)そこで，鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令又は同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けを求める訴えについて，原告らが原告適格を有するか否かを検討するに，同法１６条５項１号及び同法２３条１項１号は，旅客運賃又はその上限が同法が保護しようとしている「利用者の利益」を損なっている場合に，これを是正する権限を国土交通大臣に与えたものであると解することができる。
そして，上記アで述べたとおり，鉄道事業法１６条１項に規定する旅客運賃認可処分は，旅客運賃を支払って日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的に鉄道を利用している者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含んでいると解されることからすれば，同法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令又は同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令についても，上記のような鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含んでいるものと解するのが相当である。そうすると，鉄道事業法１６条１項に規定する旅客運賃認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有する者は，同法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けの訴えについても原告適格を有するものと解するべきである。
(ウ)したがって，原告らは，Ｐ１に対する鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）について原告適格を有するものというべきである。
一方，上記イ(ケ)で述べたとおり，原告らは，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有しない以上，Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑧）についても原告適格を有しないものというべきである。
ウ本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）につ
いて
(ア)取消訴訟の原告適格の判断基準については上記ア(ア)で述べたとおりであるところ，このような見地から，原告らが本件各線路使用条件認可処分の取消しを求めるにつき「法律上の利益を有する者」に該当するといえるかについて検討する。
(イ)まず，本件各線路使用条件認可処分の根拠法である鉄道事業法の趣旨及び目的についてみるに，上記ア(イ)で述べたとおり，鉄道事業法１条は，鉄道事業の合理化が図られる場合でも，「利用者の利益の保護」は当然の前提として確保されなければならないものであることを明らかにしているものであるものと解される。
(ウ)次に，本件各線路使用条件認可処分の根拠規定である鉄道事業法１５条１項についてみるに，同項は，第一種鉄道事業者及び第三種鉄道事業者が鉄道線路を第二種鉄道事業者に使用させようとするときは，使用料その他の使用条件について国土交通大臣の認可を受けなければならないと規定し，上記の認可要件について，同条３項は，鉄道線路使用条件が「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を除き，･･･（略）･･･認可をしなければならない。」と規定している。
鉄道事業法が上記のような規定を設けた趣旨は，鉄道線路の適切な維持管理及び鉄道利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供を図るためには，適正な鉄道線路の使用関係を構成し，鉄道事業の適正な運営を確保する必要がある一方で，鉄道線路使用条件は，旅客運賃や鉄道施設の変更等のように鉄道利用者に直接影響を及ぼすものではなく，飽くまでも鉄道事業者相互間の関係を規律するものであることから，鉄道事業の適正な運営を阻害しない限り，鉄道線路使用条件の内容を原則として鉄道事業者相互間の調整に委ねたものであると解される。また，鉄道事業法は，国土交通大臣が同法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定認可処分をするに当たって運輸審議会に諮問することを義務付けておらず，そのほか鉄道事業法の関係法令において，国土交通大臣が上記処分を行うに当たり，鉄道利用者に何らかの手続関与の機会が付与されていることをうかがわせる規定は見当たらない。(エ)さらに，鉄道線路使用条件設定認可処分が違法にされた場合に害される利益の内容及び性質並びにこれが害される態様及び程度をみるに，上記(ウ)で述べたとおり，鉄道線路使用条件は，飽くまでも鉄道事業者相互間の関係を規律するものであって，旅客運賃のように鉄道利用者に直接影響を及ぼすものではない。そして，鉄道事業法の規定をみても，同法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定の認可申請と同時に，同法１６条１項に基づく旅客運賃上限変更の認可申請をすべきものとはされていないから，同法が，鉄道線路使用条件の設定が旅客運賃上限に直接的な影響を及ぼすものと想定しているとは解されない。また，鉄道事業法１６条２項は，旅客運賃上限の設定又は変更の認可は「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものであるかどうか」を審査してしなければならないと規定し，事業運用に係る適正な費用と適正な利潤を加えたものが適正な料金であると考えるいわゆる総括原価主義を基本的に採用しているものの，「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」であれば旅客運賃上限の設定又は変更が認可されるものとしているから，そもそも認可された旅客運賃上限に基づく総収入が，適正な原価に適正な利潤を加えた額を相当程度下回っているならば，その後新たに線路使用料を受領することとなったとしても，これを加えた総収入が依然として「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたもの」を超えないことも十分に考えられ，そのような場合には，上記の旅客運賃上限は，鉄道事業法１６条２項に適合するのであって，何らの変更をする必要がないことになる。
そうすると，鉄道線路使用条件設定認可処分が違法にされた場合，そのことによって直ちに旅客運賃上限に影響が生じ，鉄道利用者に損害が及ぶことになるものではないということができる。


(オ)確かに，鉄道事業法は，その目的として「利用者の利益の保護」（１条）を掲げているものの，そのことから直ちに同法に規定するあらゆる処分について，鉄道利用者が当該処分の取消しを求めるにつき法律上の利益を有すると解することができるわけではないことは明らかである。
そして，行政事件訴訟法９条２項が，「法律上の利益」の判断における考慮要素として掲げる，本件各線路使用条件認可処分の根拠規定である鉄道事業法１５条１項や鉄道事業法の関係法令の内容及び趣旨は上記のとおりであるところ，上記処分が違法にされた場合に害されることとなる利益の内容及び性質並びにこれが害される態様及び程度を勘案しつつ，上記処分において考慮されるべき利益の内容及び性質を考慮したとしても，鉄道事業法１５条１項が，鉄道利用者の具体的利益を専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むと解することはできないといわざるを得ない。
そうすると，鉄道事業法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定認可処分によって，鉄道利用者が「法律上保護された利益」を侵害され又は必然的に侵害されるおそれがあるとは認められないから，鉄道利用者は，上記処分の取消訴訟における原告適格を有しないものというべきである。
(カ)したがって，原告らは，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について原告適格を有しないものというべきである。
エＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について上記ウで述べたとおり，原告らは，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴えについての原告適格を有しない以上，Ｐ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）についても原告適格を有しないものというべきである。
オ小括
以上によれば，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④及び⑤）及びＰ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）について原告適格を有するものと認められるが，その余の訴え（本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②），Ｐ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③），Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴え（本件請求⑦）及びＰ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑧））については，いずれも原告適格を有しないものというべきである。(2)争点(2)（「重大な損害を生ずるおそれ」の有無）についてア上記(1)イ(ア)で述べたとおり，鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令又は同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けを求める訴えは，いわゆる非申請型義務付けの訴え（行政事件訴訟法３条６項１号）に該当するものと解されるところ，いわゆる非申請型義務付けの訴えの訴訟要件については，当該処分がされないことにより「重大な損害を生ずるおそれ」があることが必要であり（同法３７条の２第１項），その有無の判断に当たっては，損害の回復の困難の程度を考慮するものとし，損害の性質及び程度並びに処分の内容及び性質をも勘案するものとされている（同条２項）。
いわゆる非申請型義務付けの訴えは，一定の処分を求める法令上の申請権のない者が第三者に対する規制権限の行使としての処分等の一定の処分をすべき旨を命ずることを求める訴えであり，法令上の申請権がない者にあたかも申請権を認めることと同じような結果をもたらすものであるから，そのような訴訟上の救済を認めるのは，国民の権利利益の実効的な救済と司法と行政の権能の適切な均衡の双方の観点から，そのような措置を行わなければならないだけの救済の必要性がある場合であることを要するものと解される。そうすると，非申請型義務付けの訴えの訴訟要件としての上記「重大な損害を生ずるおそれ」があると認められるためには，処分がされないことにより生ずるおそれのある損害が，事後的な金銭賠償等により容易に救済を受けることができるものでなく，裁判所が一定の処分を命ずる方法によるのでなければ救済を受けることが困難なものであることを要するものと解するのが相当である。
イ本件においては，前記のとおり，原告らは，Ｐ１に旅客運賃を支払って，居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的にＰ６線を利用している者であるから，違法に高額な旅客運賃が設定された場合，その経済的負担能力いかんによっては，当該鉄道を日常的に利用することが困難になり，職場や学校等に日々通勤や通学等すること自体が不可能になったり，住居をより職場や学校の近くに移転せざるを得なくなったりすることになりかねず，仕事や居住場所などといった日常生活の基盤を揺るがすような損害が生じかねないのであって，このような損害については，事後的な金銭賠償等により救済することが容易ではないものと認めるのが相当である。
そうすると，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令がされないことにより生ずる損害は，事後的な金銭賠償等により容易に救済を受けることができるものでなく，裁判所が一定の処分を命ずる方法によるのでなければ救済を受けることが困難なものであるということができ，その回復の困難の程度等に鑑み，上記変更命令の義務付けの訴えについては，上記「重大な損害を生ずるおそれ」があると認められるというべきである。ウまた，いわゆる非申請型義務付けの訴えの訴訟要件については，「その損害を避けるため他に適当な方法がない」こと，すなわち補充性の要件を満たすことが必要であるとされている（行政事件訴訟法３７条の２第１項）ところ，本件においては，原告らがＰ１に支払う旅客運賃について争う方法として他に適当な方法があるとは解されないから，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けを求める訴えは，補充性の要件を満たすものということができる。
エしたがって，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けを求める訴えは適法なものというべきである。


(3)争点(3)（出訴期間徒過の有無）についてア前記争いのない事実等(3)アによれば，Ｐ６運賃変更認可処分は平成１０年９月４日付けでされたものであることが認められるところ，本件訴えが提起されたのは，それから１０年以上が経過した平成２２年８月１７日であることは当裁判所に顕著である。そして，原告らがＰ６運賃変更認可処分の日から１年以内に本件訴えを提起しなかったことについて「正当な理由」（平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法１４条３項ただし書）があると認めるに足りる主張立証はない。したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しの訴え（本件請求⑤）は，１年間の出訴期間（平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法１４条３項本文）を徒過してされた不適法なものというべきである。イなお，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分は，平成２２年２月１９日に違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことにより，後発的に瑕疵が生じて違法となったから，同処分の取消しの訴えの出訴期間は，上記後発的違法が生じた平成２２年２月１９日から進行するというべきである旨主張する。
しかし，原告らの上記主張は，平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法１４条３項本文の文言に反する独自の見解というほかないし，そもそも行政処分の取消しを求める訴えにおいて，裁判所が判断すべきことは当該行政処分が違法に行われたかどうかの点であり，行政処分が行われた後に事情の変化があったからといって，新たな事情を前提として行政処分の当否を判断することはできないと解すべきである（最高裁判所昭和２７年１月２５日第二小法廷判決・民集６巻１号２２頁，最高裁判所昭和２８年１０月３０日第二小法廷判決・裁判集民事１０号３３１頁，最高裁判所昭和３４年７月１５日第二小法廷判決・民集１３巻７号１０６２頁参照）ことからすれば，Ｐ６運賃変更認可処分の後に本件各線路使用条件認可処分がされたことが，出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」（平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法１４条３項ただし書）に該当すると解する余地もないというべきである。したがって，原告らの上記主張は採用することができない。
(4)まとめ
以上によれば，本件各請求のうち，Ｐ６運賃変更認可処分の無効確認の訴え（本件請求④）及びＰ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）は適法なものということができるが，その余の訴え（本件請求①，②，③，⑤，⑦及び⑧）はいずれも不適法なものというべきである。
したがって，本案の争点のうち争点(4)（本件各線路使用条件認可処分の適法性），争点(5)（Ｐ６線路使用条件の変更命令の可否），争点(8)（Ｐ１６運賃上限認可処分の適法性）及び争点(9)（Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）については，いずれも判断の必要がないこととなる。
２本案の争点について
(1)争点(6)（Ｐ６運賃変更認可処分の適法性）について
アＰ６運賃変更認可処分の後発的違法について
原告らは，違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことによって，Ｐ６運賃変更認可処分は後発的に違法となったものであり，その違法は重大かつ明白であるから，Ｐ６運賃変更認可処分は無効である旨主張する。しかしながら，行政処分が無効であるというためには，処分に重大かつ明白な瑕疵がなければならないところ，行政処分の瑕疵が明白であるということは，処分要件の存在を肯定する処分庁の認定の誤認であることが，処分成立の当初から，外形上，客観的に明白であることを指すものと解すべきである（最高裁判所昭和３６年３月７日第三小法廷判決・民集１５巻３号３８１頁参照）。そうすると，行政処分の取消しの訴えについて上記１(3)で述べたところと同様，行政処分の無効確認の訴えについても，行政処分がされた時点において当該処分に重大かつ明白な瑕疵があったか否かを判断すべきものであって，当該処分後口頭弁論終結時までに生じた事情を参酌して当該処分に重大かつ明白な瑕疵があったか否かを判断すべきものではないと解すべきである。
したがって，原告らの上記主張は主張自体失当なものといわざるを得ない。
イＰ６運賃変更認可処分の原始的違法について
(ア)原告らは，Ｐ６線の旅客運賃は，初乗りから中間距離までの旅客運賃が異常に高い「メタボ運賃」となっており近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担することになることなどからすれば，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）に該当し，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）に該当しないから，Ｐ６運賃変更認可処分は違法であり，その違法は重大かつ明白である旨主張するので，以下検討する。
(イ)aそもそも鉄道事業における旅客運賃は，一義的には，輸送人員や費用等を踏まえ，各鉄道事業者の経営判断の下で設定されるものであって，改正前鉄道事業法１６条２項各号に規定する認可要件を満たせば，旅客運賃の設定が認可されるものである。
ｂそこで，まず，Ｐ６線の旅客運賃が，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）に該当するか否かについてみるに，ここでいう「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」とは，当該旅客運賃が合理的かつ正当な理由なく，特定の旅客を個別的に優遇又は冷遇するもの，例えば鉄道事業者が旅客の信条や宗教等によって異なる旅客運賃を適用する場合を指すものと解するのが相当である。
そして，前記争いのない事実等(3)ア及び弁論の全趣旨によれば，Ｐ６線の旅客運賃は，全ての旅客に同様に適用されるものであり，特定の旅客によって異なるものではないことが認められるから，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」に該当するということはできない。
ｃこれに対し，原告らは，Ｐ６線の旅客運賃が遠距離逓減されており，近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて割高の旅客運賃を負担していることをもって，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」である旨主張する。


しかしながら，Ｐ６線の旅客運賃はＰ６線のどの区間を乗車しても等しく適用されるものであるところ，Ｐ６線を利用する者は，一般に近距離を利用することも遠距離を利用することもあり得るのであって，およそ「近距離しか利用しない者」や「遠距離しか利用しない者」という「特定の旅客」を観念することはできないから，Ｐ６線の旅客運賃が遠距離逓減されているからといって，「特定の旅客」が不当な差別的取扱いを受けているものということはできず，原告らの上記主張は採用することができない。
なお，上記のとおり，そもそも鉄道事業における旅客運賃は，一義的には各鉄道事業者の経営判断の下で設定されるものであるところ，証拠（乙２２，５２，５３）によれば，遠距離逓減の程度の違いはあるものの，遠距離逓減制に基づく旅客運賃を設定している鉄道路線が存在することが認められるから，Ｐ１のみが特異な旅客運賃体系を採用しているものとも認め難い。
(ウ)ａ次に，Ｐ６線の旅客運賃が「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）に該当するか否かについてみるに，前記争いのない事実等(3)ア並びに証拠（乙３３）及び弁論の全趣旨によれば，Ｐ６運賃変更認可処分がされた当時の運輸大臣は，Ｐ１から提出されたＰ６収入原価表等の資料に加え，運輸審議会の答申を踏まえ，Ｐ６線の旅客運賃が「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」に該当するものと判断したものと認められ，その判断過程及び判断内容に何らかの瑕疵があると認めるに足りる証拠はない。ｂこれに対し，原告らは，旅客運賃設定又は変更の認可においては，利用者が公平に旅客運賃を負担するような配分になっているか，すなわち距離に比例した旅客運賃体系となっているかを審査すべきであるところ，Ｐ６線の旅客運賃は「メタボ運賃」となっているから，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」に該当しない旨主張する。
しかしながら，旅客運賃が「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）であるか否かについて，当該旅客運賃を設定する路線の各区間ごとに全て個別にみて，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」に該当するか否かを算定して審査することは現実的に困難であるし，改正前鉄道事業法１６条２項１号の文言に照らしても，そのような審査をすることが要求されているものとは解されない。
そうすると，旅客運賃設定又は変更の認可に当たっては，飽くまで当該旅客運賃を設定する路線全体をみて，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」であるか否かを審査することが要求されているものというべきであって，原告らが主張するように，Ｐ６線の旅客運賃が遠距離逓減制となっていることをもって，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」に該当しないということはできないから，原告らの上記主張は採用することができない。
ｃまた，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分に当たってＰ１から提出されたＰ６収入原価表には平成９年度実績以外の記載がなく，原価計算期間を３年間と定めていた平成８年算定要領に反するし，Ｐ６収入原価表に記載された数字とＰ１の平成９年度損益計算書記載の数字が異なるから，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づいてされたものである旨主張する。
しかしながら，証拠（甲１１２，乙５５）によれば，平成８年算定要領にいうところの「原価計算期間（平年度）」とは，旅客運賃を設定又は変更した場合に予測される原価を計算する期間，すなわち旅客運賃を設定又は変更する年度の翌年度以降の期間を指すものであって，過去の実績年度を指すものではないものと認められる。そして，証拠（甲１１２，乙３３）によれば，平成８年算定要領においては，上記の「原価計算期間（平年度）」は改定年度の翌年度以降３年間とされていたところ，Ｐ６運賃変更認可処分に当たって提出されたＰ６収入原価表には，平成９年度実績値に加えて，改定年度の翌年度以降３年分の「平年度３年間平均」の原価計算が記載されているから，Ｐ６運賃変更認可処分は，平成８年算定要領に則って行われたものである。また，証拠（甲１１２）によれば，平成８年算定要領においては，原価計算に当たって，経常的性格を担保するため，固定資産売却損益等の特別損益を除外することとされていることが認められるから，平成８年算定要領に基づき作成されたＰ６線収入原価表に記載された収入及び費用の数字と，企業会計原則等に基づき作成された損益計算書に記載された収益及び費用の数字が異なることは当然のことであって，上記数字が異なることをもって，Ｐ６運賃変更認可処分の審査資料とされたＰ６収入原価表に誤りがあったと認めることはできない。ｄそうすると，Ｐ６運賃変更認可処分について，不十分な資料に基づき，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」に該当するか否かを適切に審査せずにされたものであったということはできない。
ウ以上によれば，Ｐ６運賃変更認可処分について，改正前鉄道事業法１６条２項１号又は２号の規定する認可要件に違反する違法があるとは認められず，もとより重大かつ明白な違法があるとはいえない。したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の無効確認を求める原告らの請求（本件請求④）は理由がないというべきである。


(2)争点(7)（Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）についてア鉄道事業法１６条５項１号は，同法１６条３項に基づき届け出られた旅客運賃が「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき」に，国土交通大臣が上記旅客運賃の変更を命ずることができることを定め，また，同法２３条１項１号は，鉄道事業者の事業について「利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるとき」に，国土交通大臣が旅客運賃上限の変更を命ずることができることを定めている。これらの規定は，鉄道事業が極めて公益性の高い事業であることから，「鉄道事業等の健全な発達」を図るとともに，「利用者の利益」を保護する（鉄道事業法１条）ため，国土交通大臣に対して，上記各変更命令をする権限を与えたものであるところ，このような「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものである」か「利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実がある」かについては，鉄道事業の性質や内容等を踏まえた専門技術的かつ公益的な観点からの判断が不可欠であることから，上記変更命令をするかどうかについては，国土交通大臣の専門技術的かつ公益的な見地からの裁量に委ねられているものと解するべきである。イそして，上記のような裁量処分に係る義務付けの訴えの本案要件（本案の判断において請求が認容されるための要件）については，行政庁がその処分をしないことがその裁量権の範囲を超え又はその濫用となると認められることが要件とされていること（行政事件訴訟法３７条の２第５項）から，国土交通大臣がＰ１に対して鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令又は同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令をしないことが裁量権の範囲を超え又はその濫用となると認められるか否かについて検討する。
ウまず，鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令について検討するに，原告らは，Ｐ６線の旅客運賃が「メタボ運賃」となっており，近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担しているから，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき」に該当し，国土交通大臣は上記変更命令をすべき義務を負っている旨主張する。
しかし，Ｐ６線の旅客運賃が「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき」に該当するとはいえないことは，上記(1)イ(イ)で述べたとおりであるから，原告らの上記主張は理由がない。エ次に，鉄道事業法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令について検討する。
(ア)まず，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づき適正原価・適正利潤の原則に適合するかが適正に審査されずにされたものであり，現時点で適切な原価計算に基づき算定し直さなければならないから，国土交通大臣は，上記変更命令をすべき義務を負っている旨主張する。
しかしながら，Ｐ６線運賃変更認可処分が改正前鉄道事業法１６条２項１号に規定する認可要件を満たす適法なものであることは，上記(1)イ(ウ)で述べたとおりであるから，この点についての原告らの主張もまた理由がない。
(イ)また，原告らは，本件各線路使用条件認可処分は違法なものであり，Ｐ６線路使用条件が変更されれば，Ｐ１の収入額が増大することになるから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，上記変更された線路使用料を基準に，適正原価・適正利潤の原則（鉄道事業法１６条２項）に基づいて旅客運賃上限を変更するよう命ずる義務を負っている旨主張する。
ａしかしながら，本件各線路使用条件認可処分は，いずれも取消権限を有する機関により取り消されておらず，行政庁及び裁判所を含む何人もその効果を否定することができないものであるから，国土交通大臣がＰ１に対して鉄道事業法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令をすべき義務を負っているか否かについては，本件各線路使用条件認可処分が適法にされ，Ｐ１とＰ２及びＰ３の間では本件各線路使用条件が有効に存在していることを前提に検討すべきことになる。そして，前記争いのない事実等(3)並びに証拠（乙２２）及び弁論の全趣旨によれば，本件各線路使用条件においては，Ｐ２からＰ１に対して線路使用料として資本費相当額等（Ｐ１及びＰ３の所有する鉄道事業用固定資産のうち，Ｐ２も使用する資産額等を基礎に算出された額。前記第２の２(3)イ(ア)ｂ(ａ)①，(ｂ)参照。）及び加算額（Ｐ２がＰ６線区間内で列車を運行することによって生じるＰ１の旅客運賃収入減少額が資本費相当額等を上回る場合の差額。前記第２の２(3)イ(ア)ｂ(ａ)②，(ｂ)参照。）が支払われることにより，Ｐ２がＰ６線区間内で列車を運行することによるＰ１の収支に対する影響は可及的に排除されていることが認められる。
そうすると，Ｐ１がＰ２に対してＰ１所有区間を貸し付けていることによって，Ｐ１の総収入が増加してＰ１の旅客運賃上限が「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」（鉄道事業法１６条２項）に該当しなくなるということにはならないから，国土交通大臣がＰ１に対して鉄道事業法２３条１項１号に基づき旅客運賃上限の変更を命ずるべき理由はないというべきである。
ｂ一方，仮に，本件各線路使用条件認可処分に重大かつ明白な瑕疵があり同処分が無効であるならば，国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令をすべきか否かについては，本件各線路使用条件が有効に存在しないことを前提に検討すべきことになる。


(ａ)そこで本件各線路使用条件認可処分について，鉄道事業法１５条３項の認可要件に反する重大かつ明白な違法があるか否かについて検討するに，同法は，１５条１項において鉄道線路使用条件について国土交通大臣の認可を受けなければならないと規定するとともに，同条３項において，上記の認可要件について，鉄道線路使用条件が「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を除き，･･･（略）･･･認可をしなければならない。」と規定している。そして，同法が，上記のような規定を設けた趣旨は，上記１(1)ウ(ウ)で述べたとおり，鉄道線路の適切な維持管理及び鉄道利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供を図るためには，適正な鉄道線路の使用関係を構成し，鉄道事業の適正な運営を確保する必要がある一方で，鉄道線路使用条件は，旅客運賃や鉄道施設の変更等のように鉄道利用者に直接影響を及ぼすものではなく，飽くまでも鉄道事業者相互間の関係を規律するものであるため，鉄道事業の適正な運営を阻害しない限り，鉄道線路使用条件の内容を原則として鉄道事業者相互間の調整に委ねたものであると解される。
そうすると，鉄道事業法１５条３項が，鉄道線路使用条件設定の認可要件として規定している「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがある」か否かについては，鉄道線路使用条件の設定に関する鉄道事業者相互の経営判断を尊重しつつ，当該使用条件の設定が，鉄道線路の適切な維持管理や鉄道利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供に支障を及ぼすおそれがあると認められるか否かについて判断すべきものと解される。
(ｂ)そして，本件各線路使用条件においては，上記ａで述べたとおり，Ｐ２がＰ６線区間内で列車を運行することによるＰ１の収支に対する影響は可及的に排除されているのであるから，本件線路使用条件に基づきＰ２がＰ６線区間内で列車を運行することによって，原則としてＰ１に減収が生じることもなければ，線路使用料収入による増収が生じることもないことが認められるのであり，そうすると，Ｐ１によるＰ１所有区間の適切な維持管理に支障を及ぼすおそれが生じたり，Ｐ６線の利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供に支障が生じたりするような事態は生じないと認められる。
(ｃ)また，上記１(1)ウ(エ)で述べたとおり，総括原価主義の下においても，鉄道線路使用条件が設定され第一種鉄道事業者が線路使用料を受領することとなった場合，そのことによって直ちに，当該第一種鉄道事業者が設定している旅客運賃上限が「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」ではなくなるものではないと解されることからすれば，仮に，Ｐ１がＰ２及びＰ３との間で設定する鉄道線路使用条件が，本件各線路使用条件よりもＰ１に有利で，Ｐ１に増収が生じるようなものであったとしても，そのことが直ちにＰ１の旅客運賃上限の引下げにつながるわけでもないといえるから，本件各線路使用条件の設定により，直ちにＰ６線の旅客運賃が高止まりすることになって，Ｐ６線の利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供に支障が生じるおそれが生じるものともいえない。
(ｄ)したがって，本件各線路使用条件認可処分について，鉄道事業法１５条３項の認可要件に違反する違法なものであるとは認められず，もとより重大かつ明白な違法があるとはいえないから，国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限の変更を命ずるべき理由はないというべきである。なお，原告らは，Ｐ２がＰ１及びＰ３の間で本件各線路使用条件を設定したことが独占禁止法の禁止する優越的な地位の濫用等に該当する旨主張するが，上記のような独占禁止法違反が仮に存在したとしても，そのことから直ちに本件各線路使用条件認可処分が鉄道事業法１５条３項の認可要件を満たさない違法なものとなると解することはできない。
(ウ)さらに，原告らは，平成２１年のＰ１の収支の実績をＰ６運賃変更認可処分の基礎とされた平成９年の収支の実績と比較すると，経常損益が約３４．５億円のマイナスから約３４．２３億円のプラスに転じており，総括原価方式によれば，平成９年度と平成２１年度の経常損益の差額分約６８．７３億円について，旅客運賃を減額させるために用いられなければならないから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，旅客運賃上限の変更を命ずる義務を負っている旨主張する。しかしながら，証拠（甲５１の２，甲１０８，乙２２）及び弁論の全趣旨によれば，Ｐ１の平成２１年度損益計算書における経常損益はプラスとなっているものの，国土交通省がＰ１を含む中小民鉄事業者の旅客運賃算定に用いている現行算定要領においては，適正利潤として払込資本金の１０パーセントの配当所要額を計上することとされており，現行算定要領に基づき，想定される配当所要額を平成２１年度のＰ１の経常損益に計上すれば，Ｐ１の旅客運賃等の収入が原価及び利潤を超えることはないものと認められる。
そうすると，現時点において，Ｐ１の旅客運賃が，鉄道事業法１６条２項に規定する「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたもの」を超えるものとなっているとは認められない。したがって，国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限の変更を命ずるべき理由はないというべきである。オ以上によれば，国土交通大臣がＰ１に対して鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令をしないことが裁量権の範囲を超え又はその濫用となるとは認められないから，上記変更命令の義務付けを求める原告らの請求（本件請求⑥）は理由がないというべきである。
(3)まとめ
以上によれば，Ｐ６運賃変更認可処分の無効確認の訴え（本件請求④）及びＰ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）については，いずれも理由がないものというべきである。
第４結論
よって，本件訴えのうち主文第１項掲記の各部分はいずれも不適法であるからこれらを却下することとし，原告らのその余の請求はいずれも理由がないからこれらを棄却することとし，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条，６５条１項本文を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官        定      塚              誠裁判官        竹      林      俊      憲裁判官        馬      場      俊      宏
別紙
関係法令の定め
第１鉄道事業法
１１条（目的）


この法律は，鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なものとすることにより，輸送の安全を確保し，鉄道等の利用者の利益を保護するとともに，鉄道事業等の健全な発達を図り，もって公共の福祉を増進することを目的とする。
２２条（定義）
(1)１項
この法律において「鉄道事業」とは，第一種鉄道事業，第二種鉄道事業及び第三種鉄道事業をいう。
(2)２項
この法   律にお   いて「   第一種   鉄道事   業」と   は，他   人の需   要に応   じ，鉄   道（･･･（略）･･･）による旅客又は貨物の運送を行う事業であって，第二種鉄道事業以外のものをいう。
(3)３項
この法律において「第二種鉄道事業」とは，他人の需要に応じ，自らが敷設する鉄道線路（･･･（略）･･･）以外の鉄道線路を使用して鉄道による旅客又は貨物の運送を行う事業をいう。
(4)４項
この法律において「第三種鉄道事業」とは，鉄道線路を第一種鉄道事業を経営する者に譲渡する目的をもって敷設する事業及び鉄道線路を敷設して当該鉄道線路を第二種鉄道事業を経営する者に専ら使用させる事業をいう。
３１５条（鉄道線路の使用等）
(1)１項
第一種鉄道事業者及び第三種鉄道事業の許可を受けた者（以下「第三種鉄道事業者」という。）は，許可を受けた路線に係る鉄道線路を第二種鉄道事業者に使用させようとするときは，使用料その他の国土交通省令で定める使用条件について，国土交通大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも，同様とする。
(2)３項
国土交通大臣は，前二項に規定する使用条件又は譲渡条件が，鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を除き，前二項の認可をしなければならない。
４１６条（旅客の運賃及び料金）
(1)１項
鉄道運送事業者は，旅客の運賃及び国土交通省令で定める旅客の料金（以下「旅客運賃等」という。）の上限を定め，国土交通大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも，同様とする。
(2)２項
国土交通大臣は，前項の認可をしようとするときは，能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものであるかどうかを審査して，これをしなければならない。
(3)３項
鉄道運送事業者は，第１項の認可を受けた旅客運賃等の上限の範囲内で旅客運賃等を定め，あらかじめ，その旨を国土交通大臣に届け出なければならない。これを変更しようとするときも，同様とする。
(4)５項
国土交通大臣は，第３項の旅客運賃等又は前項の旅客の料金が次の各号のいずれかに該当すると認めるときは，当該鉄道運送事業者に対し，期限を定めてその旅客運賃等又は旅客の料金を変更すべきことを命ずることができる。一特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき。二他の鉄道運送事業者との間に不当な競争を引き起こすおそれがあるものであるとき。
５２３条（事業改善の命令）１項
国土交通大臣は，鉄道事業者の事業について輸送の安全，利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるときは，鉄道事業者に対し，次に掲げる事項を命ずることができる。
一旅客運賃等の上限若しくは旅客の料金（･･･（略）･･･）又は貨物の運賃若しくは料金を変更すること。
二，三･･･（略）･･･
四鉄道施設の使用若しくは譲渡に関する契約を締結し，又は使用条件若しくは譲渡条件を変更すること。
五から七まで･･･（略）･･･
６６４条（権限の委任）
この法律に規定する国土交通大臣の権限は，国土交通省令で定めるところにより，地方運輸局長に委任することができる。
７６４条の２（運輸審議会への諮問）
国土交通大臣は，次に掲げる処分等をしようとするときは，運輸審議会に諮らなければならない。
一第１６条第１項の規定による旅客運賃等の上限の認可二第１６条第５項の規定による旅客運賃等又は旅客の料金の変更の命令三第２３条第１項の規定による旅客運賃等の上限若しくは旅客の料金又は貨
物の運賃若しくは料金の変更の命令
四，五･･･（略）･･･
８６５条（意見の聴取）
(1)１項
地方運輸局長は，第６４条の規定により，旅客運賃等の上限に関する認可に係る事項がその権限に属することとなった場合において，当該事項について必要があると認めるときは，利害関係人又は参考人の出頭を求めて意見を聴取することができる。
(2)２項
地方運輸局長は，その権限に属する前項に規定する事項について利害関係人の申請があったときは，利害関係人又は参考人の出頭を求めて意見を聴取しなければならない。
９６６条（国土交通省令への委任）
この法律に定めるもののほか，この法律の実施のため必要な手続その他の事項は，国土交通省令で定める。
第２平成１１年法律第４９号（平成１２年３月１日施行）による改正前の鉄道事業法（以下「改正前鉄道事業法」という。）
１１条（目的）
この法律は，鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なものとすることにより，鉄道等の利用者の利益を保護するとともに，鉄道事業等の健全な発達を図り，もって公共の福祉を増進することを目的とする。
２１６条（運賃及び料金）
(1)１項
鉄道運送事業者は，旅客又は貨物の運賃及び料金（･･･（略）･･･）を定め，運輸大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも，同様とする。
(2)２項
運輸大臣は，前項の認可をしようとするときは，次の基準によって，これをしなければならない。
一能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むものであること。
二特定の旅客又は荷主に対し不当な差別的取扱いをするものでないこと。三旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれがないものであること四他の鉄道運送事業者との間に不当な競争を引き起こすこととなるおそれがないものであること。
(3)４項
鉄道運送事業者は，第１項後段の規定にかかわらず，当該鉄道事業に係る総収入を減少させないと見込まれる範囲内で，運輸省令で定めるところにより，適用する期間又は区間その他の条件を定めて，同項の認可を受けた運賃又は料金の割引を行うことができる。この場合には，当該鉄道運送事業者は，あらかじめ，その旨を運輸大臣に届け出なければならない。
３２３条（事業改善の命令）１項
運輸大臣は，鉄道事業者の事業について利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるときは，鉄道事業者に対し，次に掲げる事項を命ずることができる。
一運賃又は料金を変更すること。
二から七まで･･･（略）･･･
第３鉄道事業法施行規則
１３０条（鉄道線路の使用条件の認可申請）
(1)１項


法第１５条第１項の国土交通省令で定める使用条件は，次のとおりとする。
一使用料及びその収受方法
二使用の開始予定日及びその期間
三管理の方法
四前３号に掲げるもののほか，鉄道事業の運営に重大な関係を有する事項
がある場合には，その事項
(2)２項
法第１５条第１項の規定により鉄道線路の使用条件の設定又は変更の認可を申請しようとする者は，次に掲げる事項を記載した使用条件設定（変更）認可申請書を提出しなければならない。
一氏名又は名称及び住所
二設定し，又は変更しようとする使用条件を適用する鉄道線路三設定し，又は変更しようとする使用条件（変更の認可申請の場合には，新旧の対照を明示すること。）
四変更の認可申請の場合には，変更を必要とする理由
(3)３項
前項の申請書には，次に掲げる書類を添付しなければならない。
一使用契約書の写し
二使用料の算出の基礎を記載した書類（･･･（略）･･･）
２３２条（旅客運賃等の上限の認可申請）
(1)２項
法第１６条第１項の規定により旅客運賃等の上限の設定又は変更の認可を申請しようとする者は，次に掲げる事項を記載した運賃（料金）上限設定（変更）認可申請書を提出しなければならない。
一氏名又は名称及び住所
二設定し，又は変更しようとする旅客運賃等の上限を適用する路線三設定し，又は変更しようとする旅客運賃等の上限の種類，額及び適用方法（変更の認可申請の場合には，新旧の対照を明示すること。）四変更の認可申請の場合には，変更を必要とする理由
(2)３項
前項の申請書には，原価計算書その他の旅客運賃等の上限の額の算出の基礎を記載した書類を添付しなければならない。
３７１条（権限の委任）１項
法及びこの省令に規定する国土交通大臣の権限で次に掲げるものは，地方運輸局長に委任する。
一から五まで･･･（略）･･･
五の二法第１５条第１項及び第２項の認可であって次に掲げるものイ年間の旅客の運賃及び料金の収入額又は収入予想額（･･･（略）･･･）３０億円を基準として国土交通大臣が告示で定める鉄道事業者に鉄道線路を使用させ又は譲渡する場合の使用条件又は譲渡条件に係るもの
ロ，ハ･･･（略）･･･
六法第１６条第１項の認可であって次に掲げるものイ前号イの告示で定める鉄道事業者の旅客運賃等に係るものロイに掲げるもののほか，普通旅客運賃，定期旅客運賃その他の基本的な旅客の運賃（･･･（略）･･･）に係るもの（軽微なものを除く。）以外のもの
七から十六まで･･･（略）･･･
４７３条
法第６５条第１項及び第２項の利害関係人（･･･（略）･･･）とは，次のいずれかに該当する者をいう。
一鉄道事業における基本的な旅客運賃等の上限に関する認可の申請者
二第一号の申請者と競争の関係にある者
三利用者その他の者のうち地方運輸局長が当該事案に関し特に重大な利害関
係を有すると認める者
第４国土交通省設置法
１１５条（所掌事務等）
(1)１項
運輸審議会は，鉄道事業法（･･･（略）･･･）･･･（略）･･･の規定により同審議会に諮ることを要する事項のうち国土交通大臣の行う処分等に係るものを処理する。
(2)３項
第１項   に規定   する事   項に係   る処分   等及び   前項に   規定す   る決定   等（･   ･･（略）･･･）のうち，運輸審議会が軽微なものと認めるものについては，国土交通大臣は，運輸審議会に諮らないでこれを行うことができる。
２２３条（公聴会）
運輸審議会は，第１５条第１項に規定する事項及び同条第２項の規定により付議された事項については，必要があると認めるときは，公聴会を開くことができ，又は国土交通大臣の指示若しくは運輸審議会の定める利害関係人の請求があったときは，公聴会を開かなければならない。
第５運輸審議会一般規則
１５条
国土交通省設置法（･･･（略）･･･）第２３条の規定による利害関係人とは，当該事案に関し，次の各号のいずれかに該当する者をいう。一許可，認可，特許，認定若しくは承認の申請者，同意を要する協議をした者又は行政不服審査法（･･･（略）･･･）による不服申立てをした者（･･･（略）･･･）
二事案において，行政手続法（･･･（略）･･･）第２条第４号に規定する不利益処分（･･･（略）･･･）の名あて人となるべき者
三事案の申請者と競争の関係にある者
四料率の変更を請求した者
四の二臨港地区の区域の案の変更を請求した者
五港湾管理者の設立に関する調停を受ける者
六前各号に掲げる者のほか，運輸審議会が当該事案に関し特に重大な利害関
係を有すると認める者
２３５条（公述の申出）
公聴会において公述しようとする者は，第３１条第１項の規定により公示した期限までに，公述申込書及び公述書を運輸審議会に提出しなければならない。この場合において，自己のために公述を申し込んだ者があるときは，その者に関しとりまとめて公述の申出をすることができる。
３３６条１項
公述申   込書に   は，公   述しよ   うとす   る者の   氏名，   住所，   職業，   年令（   ･･･（略）･･･）及び当該事案に対する賛否並びに利害関係人にあっては利害関係を説明する事項を記載しなければならない。
４３７条（公述人の選定）
(1)１項
運輸審議会は，第３５条の規定により提出された文書を審査して，公述内容が同類であるか，又は事案の範囲外にあると認めるときは，公述申込書に記載された者のうちから公述人を選定することができる。
(2)２項
運輸審議会は，前項の規定による選定を行なったうえ，さらに，議事の整理上必要があると認めるときは，利害関係人以外の者であって公述の申出をしたものについては，数を定めて公述人を選定することができる。この場合において，選定されなかった者の公述書は，事実の審理の資料に供するものとする。
別紙
当事者の主張
第１争点(1)（原告適格の有無）について
１原告らの主張
(1)本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）
について
ア鉄道事業法の趣旨及び目的等について


(ア)鉄道事業法は，鉄道利用者の利益を保護することを目的とし（同法１条），適正原価・適正利潤を基準として旅客運賃の認可をすることとしている（同法１６条２項）。すなわち，旅客運賃を当事者の自由な契約に任せれば，鉄道事業者が優越的な地位を利用して不当に高額の旅客運賃を設定し，鉄道利用者の利益を害することがあるので，旅客運賃の認可制がとられているのである。
改正前鉄道事業法１６条２項３号は，「旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれがないものであること」を認可要件として規定しており，これは，鉄道利用者の利便の保護・確保の観点から，旅客運賃が鉄道利用者の負担能力を考慮したものであるかどうかについて審査するための要件として設けられていたものである。そして，改正前鉄道事業法１６条２項３号の規定は平成１１年法律第４９号により削除されたが，これは，鉄道事業者の自主性・主体性を尊重するため，旅客運賃の設定について，認可された旅客運賃上限の範囲内の事前届出制とされたことに伴い，鉄道利用者一般の利益は旅客運賃上限の適切性について審査することにより十分対応することができること，また，鉄道事業者は経営維持のためには鉄道利用者数を増やして事業収入を最大にするべく努力することが通例であることから，上記規定を削除することとなったものであって，この改正は，鉄道利用者の利益を保護する趣旨を変更するものではない。
そうすると，鉄道事業法は，その仕組みだけでなく，その文言上も，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護しているというべきである。(イ)そして，ここでいう鉄道の「利用者」には，鉄道に乗車する者だけではなく，旅客運賃の負担者も含まれるというべきである。すなわち，鉄道事業法は，鉄道線路使用条件設定の認可（同法１５条），旅客運賃上限設定の認可（同法１６条），旅客運賃上限や使用条件の変更命令（同法２３条１号，４号）といった制度を置いているが，これは，独占企業の一方的な旅客運賃設定から消費者を守る法的仕組みであるから，乗車する者の利益を個別具体的に保護するのはもちろんのこと，旅客運賃を負担する者の利益を個別具体的に保護する趣旨も含まれている。また，鉄道利用者の利用形態は多種多様であって，将来乗車するかもしれない潜在的な利用者や１回的な利用者はともかく，日常的に当該鉄道を利用する沿線住民については，個別具体的な保護が与えられなくてはならない。
そうすると，反復継続的に鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者（扶養義務者，雇用主等）の利益は，鉄道事業法において個別具体的に保護されていると解するべきである。旅客運賃を負担する扶養義務者や雇用主等と，実際に鉄道に乗車する者のいずれもが原告適格を有しないということは極めて不合理であり，少なくともいずれかには原告適格が認められなければならない。イ処分において考慮されるべき利益の内容及び性質について違法な旅客運賃上限が認可されれば，旅客運賃が高額となり，日常的に鉄道を利用する者は，経済的な不利益を受けることになるところ，Ｐ６線の旅客運賃は他の鉄道路線の旅客運賃と比較して異常に高額であり（別紙グラフ参照），原告らが支出しているＰ６線の旅客運賃は各家計の少なくとも１割を占めているから，その生活に重大な影響を生じさせている。また，Ｐ６線は，地域独占的な性格を有する公共事業であるから，Ｐ６線沿線住民にとっては，移動するのにＰ６線を利用せざるを得ない。そして，Ｐ６線の利用者は，異常に高額な旅客運賃のために，利用したいときに自由にＰ６線を利用することができず，移動の自由が制限されるという，日常生活・社会生活上の不利益を受けている。
ウ鉄道事業法の制定経緯について
(ア)鉄道事業法制定時における国会の審議の中では，同法の趣旨が鉄道利用者の経済的利益を個別に保護することにあることが明らかにされている。すなわち，昭和６１年１０月に実施された衆議院及び参議院における各日本国有鉄道改革に関する特別委員会において，当時の運輸大臣は，鉄道事業法案について，「本法律案は，･･･（略）･･･地方鉄道法を廃止し，新たに鉄道事業に関する一元的な法制度を整備することにより，鉄道等の利用者の利益を保護するとともに鉄道事業等の健全な発達を図ろうとするものであります。」と説明しているし，参議院日本国有鉄道改革に   関する   特別委   員会で   は「国   及び各   旅客鉄   道株式   会社は   ，･･   ･（略）･･･地域鉄道網を健全に保全し，利用者サービスの向上，運賃及び料金の適正な水準維持に努める」との附帯決議がされ，衆議院日本国有鉄道改革に関する特別委員会では「各旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社は，経営の効率化，合理化に努め，経営の安定と活性化に維持するよう努めるとともに，輸送の安全の確保のために万全を期すこと」との附帯決議がされている。
(イ)また，昭和６１年１０月６日の衆議院日本国有鉄道改革に関する特別委員会において，委員から「利用者の声が反映できるような機関を設ける必要があるのではないかと思うのですが」と質問されたのに対し，当時の運輸大臣は，「運輸審議会の場というものを，私どもは，まさに委員御指摘のような利用される方々，地域の住民の声というものを集約し，判断をさせていただく場所，そのように考えております。」と答弁し，運輸審議会を鉄道利用者の意見を集約する場と明確に位置付けている。
そして，運輸審議会は，必要があると認めるときその他一定の場合に公聴会を開くとされており（国土交通省設置法２３条），公聴会では，利害関係人のほか，公述人の公述が認められている（運輸審議会一般規則５条，３５条以下）。
(ウ)このように，鉄道事業法は，日本国有鉄道法及び地方鉄道法を一元化し，その内容を引き継いでいるものの，鉄道利用者の保護を明文をもって規定したという点で，これまでの鉄道事業の根拠法から更に進んで，鉄道事業のあるべき姿を明らかにした法律であるといえる。そして，鉄道事業法は，１６条に規定する旅客運賃認可の仕組みを通じて，「旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれ」（改正前鉄道事業法１６条２項３号）がないように，鉄道利用者の個別的利益を保護しており，鉄道利用者を保護する手続の場として，運輸審議会を位置付けているものである。
エ鉄道事業法の改正経緯について


当時の運輸大臣が，参議院交通・情報通信委員会及び衆議院運輸委員会において，平成１１年法律第４９号による鉄道事業法改正の趣旨及び目的に関し，「鉄道事業について，需給調整規制の廃止を初めとする規制緩和等を通じて，鉄道事業者の自主性，主体性を尊重しつつ，事業者間の競争を促進し，もって利用者の利便の向上及び事業活動の活性化を図ることが求められているところであります。･･･（略）･･･このような趣旨から，このたびこの法律案を提案することとした次第であります。」と述べるなどしていることからすれば，上記改正が，旅客運賃の低廉化を通じての鉄道利用者の利便の向上を目的としてされたものであることは明らかである。そして，鉄道事業法が改正されて，改正前鉄道事業法１６条２項各号が全て削除されたのは，旅客の個別的利益を保護しない趣旨ではなく，旅客運賃の低廉化を通じて鉄道利用者の利益を保護するために，柔軟な旅客運賃設定を可能とすることを目的としたものであった。すなわち，上記改正後の鉄道事業法においても，「旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれがないものであること」という認可要件は，旅客運賃の低廉化を通じて鉄道利用者の利益を保護するという改正趣旨に含まれているものといえる。
オＰ１６運賃上限認可処分について
Ｐ６線区間内においては，Ｐ１が運行する列車及びＰ２が運行する列車のいずれにも乗車することができるから，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し及び無効確認の訴えと同様に，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴えについても，原告適格を有するというべきである。
カまとめ
(ア)鉄道事業法は，その文言上も仕組み上も，鉄道利用者を個別具体的に保護することを趣旨及び目的としており，そのことは，鉄道事業法の制定経緯及び改正経緯からも明らかである。また，ここでいう「利用者」には，鉄道に乗車する者だけではなく，旅客運賃の負担者も含まれるというべきである。そして，改正前鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃変更認可処分又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃上限設定（以下，これらの処分を併せて「旅客運賃認可処分」という。）において考慮されるべき利益は，鉄道利用者の経済的利益及び日常生活・社会生活上の利益であるところ，違法な旅客運賃認可処分がされれば，日常的に鉄道を利用する沿線住民は，経済的にも日常生活・社会生活上でも重大な不利益を被ることになるから，その利益は個別具体的に保護されなければならない。
(イ)したがって，反復継続的に鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者（扶養義務者，雇用主等）は，旅客運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴えについて原告適格を有するというべきであり，このことは，旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴えについても同様である。
そして，原告らは，Ｐ６線を反復継続的に利用し又は扶養義務に基づき旅客運賃を負担しているから，本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）のいずれについても，原告適格を有するというべきである。
(ウ)なお，最高裁判所平成元年４月１３日第一小法廷判決・裁判集民事１５６号４９９頁（以下「Ｐ２９特急最高裁判決」という。）は，地方鉄道法２１条に基づく特別急行料金改定認可処分の取消しの訴えにおける原告適格について判断したものであるが，その後，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護することを明らかにした鉄道事業法が制定され，平成１６年には行政事件訴訟法が改正されているし，上記判決の事案では，特別急行を利用する者だけが負担する特別急行料金部分のみが争われたものであるから，本件とは事案を異にし，本件には射程が及ばないというべきである。
(2)本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②関係）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について
ア鉄道事業法の趣旨及び目的等について
(ア)上記(1)ア(ア)のとおり，鉄道事業法は，その仕組みだけでなく，その文言上も，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護している。(イ)鉄道線路使用条件は，鉄道事業者間における契約であるものの，鉄道事業法は，これについて認可制を採用し，同法の仕組みに合致しないものは許容しない制度としている（同法１５条１項）。このように鉄道事業法が鉄道線路使用条件について認可制としたのは，鉄道線路使用条件（線路使用料等）の設定が，鉄道事業者の経営に対して大きな影響力を有し，当該鉄道事業者が運営する鉄道の利用者に対するサービス内容に影響を及ぼすことになることから，鉄道利用者の利益を保護することを目的とするものである。鉄道線路使用条件について，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を   除き･･･（略）･･･認可をしなければならない」（鉄道事業法１５条３項）とされているのも，適正原価・適正利潤の原則（同法１６条２項）を外れれば，鉄道利用者の保護に反し，鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすことになるからである。
そうすると，鉄道線路使用条件認可制度（鉄道事業法１５条）は，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護することを目的としているというべきである。
イ鉄道線路使用条件と旅客運賃の関係
鉄道事業法１６条２項は，適正原価・適正利潤の原則を定めており，旅客運賃は，いわゆる総括原価方式に基づいて定められることになる。この総括原価方式について，国土交通省鉄道局は，「Ｐ１０旅客会社，大手民鉄及び地下鉄事業者の収入原価算定要領」及び「中小民鉄事業者の収入原価算定要領」において算定方法を定めている。
Ｐ１に適用される「中小民鉄事業者の収入原価算定要領」（平成１２年３月１   日以降   の申請   から適   用され   るもの   。以下   「現行   算定要   領」と   いう。）においては，人件費，修繕費，経費，諸税，減価償却費，営業外費用及び配当所要額（適正利潤）が「原価」とされ，旅客運賃収入，貨物運輸収入，運輸雑収及び営業外収益が「収入」とされている。そして，総括原価方式においては，総収入額は原価総額を下回らなければならないから，線路使用料収入（運輸雑収）が増加すれば，他の収入が変わらない限り，旅客運賃を値下げして旅客運賃収入を減らさなければならない関係が必然的に生じることになる。
そうすると，鉄道利用者は，旅客運賃認可処分と同様に，鉄道線路使用条件設定認可処分についても利害関係を有するものというべきである。
ウまとめ


(ア)鉄道事業法は，その文言上も仕組み上も，鉄道利用者を個別具体的に保護することを趣旨及び目的としており，総括原価主義（同法１６条２項）に基づく旅客運賃の算定制度においては，総収入額は原価総額を下回らなければならず，線路使用料収入が増加すれば，他の収入が変わらない限り，旅客運賃を値下げして旅客運賃収入を減らさなければならない関係が必然的に生じることになるから，旅客運賃認可制度（同法１６条）と同様に，鉄道線路使用条件認可制度（同法１５条）は，鉄道利用者の利益を個別具体的に保護することを目的としているというべきである。
(イ)したがって，反復継続的に鉄道を利用している者又はその旅客運賃を法的義務として負担している者（扶養義務者，雇用主等）は，鉄道線路使用条件設定認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有するというべきであり，このことは，鉄道線路使用条件の変更命令の義務付けの訴えについても同様である。
そして，原告らは，Ｐ６線を反復継続的に利用し又は扶養義務に基づき旅客運賃を負担しているから，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）のいずれについても，原告適格を有するというべきである。
２被告の主張
(1)本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）及び旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）
について
ア鉄道事業法の趣旨及び目的について
鉄道事業法１条の文理からすれば，同法が，｢鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なものとすることにより」，「公共の福祉を増進すること」を目的としていることは明らかであり，「鉄道等の利用者の利益を保護」し，「鉄道事業等の健全な発達を図」ることは，その結果として実現されるべき利益であって，「公共の福祉を増進する」ことの例示と解すべきである。そうすると，鉄道事業法１条が「鉄道等の利用者の利益を保護する」と規定したのも，「鉄道等の利用者の利益」を個々の鉄道利用者に固有の個別的利益として保護する趣旨ではなく，一般公衆の利益として保護するという趣旨と解すべきであって，同法の趣旨及び目的において，個々の鉄道利用者の個別的利益は，「公共の福祉を増進する」という公益目的に吸収解消されているというべきである。
イ旅客運賃認可の要件，審査基準及び認可の手続について(ア)鉄道事業法１６条２項が「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものであるかどうかを審査して，これをしなければならない」と規定していることからすれば，同条１項に基づく認可の趣旨及び目的が鉄道事業の適正な運営の確保にあることは明らかであり，鉄道利用者の個々の利益を保護することを目的としていると解することはできない。
また，旅客運賃上限の認可に係る審査基準を定めた「鉄道事業法等に係る審査基準及び標準処理期間について」(平成８年鉄総第７５号。平成１９年６月２５日改正後のもの。）は，「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものであること。具体的には，運賃及び料金の上限が，効率的かつ合理的に鉄道事業を経営した場合における適正な原価に公正妥当な利潤を加えたものを回収し得るような水準を超えないものであること。」と規定しており，個々の鉄道利用者の利益を考慮すべきとはしていない。
そうすると，鉄道事業法１６条１項が旅客運賃上限の設定又は変更を国土交通大臣の認可にかからしめている趣旨は，鉄道事業の持つ公共的性格に鑑み，鉄道事業の適正な運営を確保するとともに，鉄道事業者が万一不当な旅客運賃の設定等をしようとする場合にこれを防止し，もって不特定多数にわたる一般利用者の利益，すなわち公共の利益を保護しようとしているところにあると解される。
(イ)ａ鉄道事業法６４条の２は，同法１６条１項の認可をしようとするときには運輸審議会に諮らなければならないと規定し，国土交通省設置法２３条は，利害関係人の請求があれば公聴会を開かなければならないとしているものの，運輸審議会一般規則５条各号は，鉄道利用者又は鉄道沿線の住民を利害関係人とする旨の明示の規定は置いていない。そして，運輸審議会一般規則３５条から３７条までによれば，運輸審議会の公聴会において利害関係人以外の者が公述することも可能であるが，鉄道利用者又は鉄道沿線の住民の公述が不可欠なものとされているわけではない。
ｂさらに，国土交通省設置法１５条３項によれば，運輸審議会が軽微なものと認めるものについては運輸審議会に諮ることなく認可をすることもできるのであるから，この場合には，公聴会が開催される余地はなく，鉄道利用者又は鉄道沿線の住民の公述の機会は与えられないことになる。
ｃなお，原告らは，昭和６１年１０月６日の衆議院日本国有鉄道改革に関する特別委員会において，当時の運輸大臣が「運輸審議会の場というものを，私どもは，まさに委員御指摘のような利用される方々，地域の住民の声というものを集約し，判断をさせていただく場所，そのように考えております。」と発言したことなどを根拠に，運輸審議会は，鉄道利用者の個別の意見聴取の場として位置付けられている旨主張する。
しかし，上記のような鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃の認可手続における運輸審議会や公聴会の位置付けに照らせば，運輸審議会が個別の鉄道利用者の意見聴取の場であると解することはできない。また，昭和６１年１０月６日当時の運輸省設置法（昭和６１年法律第９３号による改正前のもの）は，「運輸省に，公共の利益を確保するため次条第１項に掲げる事項について公平且つ合理的な決定をさせるため，運輸審議会を常置する。」（５条）と規定し，また，「運輸大臣は，次に掲げる事項について必要な措置をする場合には，運輸審議会にはかり，その決定を尊重して，これをしなければならない。」（６条１項柱書き）と規定し，「次に掲げる事項」として「地方鉄道･･･（略）･･･における運賃及び料金の認可又は変更の命令」（同項２号）と規定しており，運輸大臣は，公共の利益を確保するため，旅客運賃の認可又は変更等をする場合には，運輸審議会に諮ることとされていたのであるから，運輸審議会における旅客運賃設定の審議も「公共の利益の確保」という見地からされるものであったことは明らかである。
ｄ以上のように，鉄道事業法１６条１項に規定する旅客運賃の認可の手続において，個々の鉄道利用者又は鉄道沿線の個々の住民の関与が不可欠のものとされているわけではない。


ウ旅客運賃上限等の変更命令及びその手続について(ア)鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃変更命令についてａ鉄道事業法の趣旨及び目的や，同法１６条が個々の鉄道利用者の個別的利益を保護することを目的と   せず，公益的見地から基本   的には「旅客運賃の上限」について認可規制を及ぼすにとどめ（同条１項及び２項），「旅客運賃」そのものについては届出制にとどめていること（同条３項）からすれば，同条は，旅客運賃に係る個々の鉄道利用者の利害を公益に吸収解消されない個別的利益としてではなく，公益の中の一要素として考慮していると理解するのが自然である。このような理解からすれば，鉄道事業法１６条５項１号も，届出制の対象とされているにすぎない「旅客運賃」について，公益的見地からも看過することができないような「特定の旅客に対する不当な差別的取扱いをするもの」や「他の鉄道運送事業者との間に不当な競争を引き起こすおそれがあるもの」である場合に限って規制に乗り出す仕組みであるということができる。しかも，鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃変更命令は，それによって鉄道事業者の旅客運賃の体系を直接に変更する効果を生ずるものではなく，鉄道事業者自身が「特定の旅客に対する不当な差別的取扱いをするもの」とならないように旅客運賃の体系を自ら改訂することによって，その内容が実現されるにすぎない。
そうすると，鉄道事業法１６条５項１号は，鉄道事業が高度な公共性を有していて，一般公衆に与える影響が重大であり，また，特定の旅客に対する不当な差別的取扱いをすることや他の事業者との間に不当な競争を引き起こすことが明らかに公益に反するため，これらを禁止することで公益を実現しようと   する趣旨の規定であ   って，直接，個々の鉄道利用者の個別的利益又は利便を保護する趣旨までは含んでいないと解すべきである。
ｂ国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号の規定による旅客運賃変更命令をするときは，運輸審議会に諮らなければならないとされている（同法６４条の２第２号）。もっとも，運輸審議会において公聴会が開催されるのは，運輸審議会が必要と認めた場合や国土交通大臣の指示若しくは運輸審議会の定める利害関係人の請求があった場合に限られており（国土交通省設置法２３条），しかも，運輸審議会の審査方法等を定める運輸審議会一般規則５条は，上記の利害関係人の範囲について，鉄道利用者又は鉄道沿線の住民を列挙していない。また，鉄道事業法や鉄道事業法施行規則を子細にみても，旅客運賃変更命令をするに当たり，鉄道利用者又は鉄道沿線の住民の関与を保障している規定は存在しない。
このように，鉄道事業法及び同法と目的を共通にする関係法令において，個々の鉄道利用者は，旅客運賃上限等の変更命令の手続に関与することが保障されているわけではなく，その個別的利益又は意向が旅客運賃の決定に反映されることにはなっていない。
(イ)鉄道事業法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令についてａ鉄道事業法２３条１項１号は旅客運賃上限の変更命令について規定しているところ，同項柱書きは「利用者の利便」が阻害されていることを事業改善の命令の要件の一つとして掲げているが，同法の趣旨及び目的が，個々具体的な鉄道利用者の利益を保護するというものではなく，一般公衆の利益を保護するということにあることからすれば，上記「利用者の利便」も「一般的公益の中に吸収解消された不特定多数者の鉄道利用者の利便」という意味に解すべきであって，「個々具体的な鉄道利用者の個別的な利便」は含まれないと解すべきである。ｂ国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項１号に基づき鉄道事業者に対して旅客運賃上限の変更を命ずる場合には，運輸審議会に諮らなければならないとされている（同法６４条の２第３号）が，運輸審議会における手続は，同法１６条１項による旅客運賃上限の認可の場合と同様であり，同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の手続の上でも，鉄道利用者又は鉄道沿線の個々の住民の関与が不可欠のものとされているわけではない。
エ改正前鉄道事業法における旅客運賃認可制度について原告らは，改正前鉄道事業法１６条２項が，旅客運賃の認可要件として，「旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力にかんがみ，旅客又は荷主が当該事業を利用することを困難にするおそれがないものであること」（同項３号）と定めていたことを根拠に，鉄道事業法が鉄道利用者の利益を個別的に保護しているなどと主張する。
しかしながら，改正前鉄道事業法１６条２項３号が旅客運賃の認可要件として上記のとおり規定していたのは，旅客運賃変更認可に際し，利用者の負担能力も考慮しなければならないことを定めた趣旨であり，同条が定める認可要件は，鉄道事業の高度の公共性に鑑み，一般公衆に与える影響が重大であるとの視点から設けられたものであって，同法１条が，同法の目的について「公共の福祉を増進することを目的とする」と規定していることを考え併せると，同法１６条２項３号所定の「運賃及び料金を負担する能力」も，鉄道を利用する国民又は地域住民一般の所得・家計の状況，鉄道の利用実態といった国民一般の経済生活上における負担能力を意味し，個々の鉄道利用者の個別的な負担能力を想定したものではないと解すべきである。
また，改正前鉄道事業法１６条２項１号が，旅客運賃の認可要件として「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むものであること」と規定していたのは，公益的な鉄道事業を維持，存続させるためには，旅客運賃の収入が適正な原価の上に立ち，かつ，適正な利潤を含む水準のものであることを要するという総括原価主義に立つことを明らかにしたものである。そして，総括原価主義のみによって旅客運賃を定めると，旅客運賃が国民一般の経済水準に照らして極めて高額となる可能性があり，このような場合には，当該鉄道需要の減退を招き，鉄道事業者として十分な鉄道輸送サービスの提供が困難になりかねず，鉄道利用者の立場からみても，当該鉄道を利用することが困難となりかねない。そこで，このような事態を招くことなく鉄道事業の維持，発展を確保するために，旅客運賃認可において，鉄道利用者の負担能力も考慮し，できるだけ多くの者が当該鉄道を利用することができるように運賃を設定する必要があるとの趣旨で，改正前鉄道事業法１６条２項３号が設けられていたものである。
そうすると，改正前鉄道事業法の旅客運賃認可制度も，個々の鉄道利用者の個別的利益を保護することを目的とするものであったとはいえない。
オ鉄道事業法の制定経緯について
原告らは，鉄道事業法が制定された際の国会での説明等を根拠として，鉄道事業法の制定経緯からすれば，鉄道事業法は個々の鉄道利用者の個別具体的利益を保護していると主張する。


しかし，鉄道事業法制定時の運輸大臣の発言や附帯決議は，同法が不特定多数の一般利用者とは区別された個々の鉄道利用者の個別的利益を保護するものであることを読み取ることができるものではなく，そこで使用されている「利用者サービスの向上」，「運賃及び料金の適正な水準維持」との表現等からすれば，立法担当者及び国会は，同法は，鉄道事業者に対し，鉄道利用者の利便確保のために努力すべきであるとする一般的な義務を負わせたにすぎず，個々の鉄道利用者の個別的利益を保護する趣旨のものではないと理解していたことが読み取れる。また，鉄道事業法の国会審議時の概要説明をみても，同法の制定過程において，特に個別利用者の保護を目的として法律が整備されたとの事情はなく，鉄道事業法の前身である地方鉄道法にはなかった目的規定（１条）が盛り込まれたのも，「鉄道等の利用者の利益を保護」とは「公共の福祉を増進する」ことの内容の例示であると理解すべきであり，保護の対象となる「利用者」も利用者一般を指すことを明らかにする趣旨であると解するのが合理的である。そうすると，鉄道事業法の制定経緯に照らしても，同法が個々の鉄道利用者の個別的利益を保護しているとは解されない。
カ鉄道事業法の改正経緯について
原告らは，平成１１年法律第４９号による鉄道事業法改正の趣旨及び目的について，同改正時の国会において，当時の運輸大臣が「鉄道事業者の自主性，主体性を尊重しつつ，事業者間の競争を促進し，もって利用者の利便の向上及び事業活動の活性化を図ることが求められているところであります。･･･（略）･･･このような趣旨から，このたびこの法律案を提案することとした次第であります。」などと述べたことなどを根拠に，上記改正が鉄道利用者の利便の向上を目的としてされたものであるなどとして，鉄道事業法は，個々の鉄道利用者の個別的利益も保護していると主張する。しかしながら，国会審議の場における運輸大臣の発言を全体としてみれば，立法担当者が，鉄道事業法の改正の趣旨及び目的について，不特定多数の一般利用者とは区別された個々の鉄道利用者の利便等の向上を，個々の鉄道利用者に固有の個別的利益として図るという点にあるとの認識を有していたとは解されない。かえって，平成１１年４月１６日の衆議院運輸委員会において，当時の運輸省鉄道局長は「鉄道事業は公共の福祉，すなわち利用者利便の増進の観点から一定の責務を有する」と述べていたことからすれば，改正法案の審議過程において，当時の運輸大臣等が「利用者の利便」という言葉を使用していたとしても，「利用者の利便」は，公共の利益の中に吸収解消され，公共の利益の一例として使用されていることは明らかであるから，運輸大臣等の発言は，鉄道事業法改正の趣旨及び目的が鉄道利用者一般の利便の向上を図るという点にある旨を説明したものというべきである。
また，平成１１年法律第４９号による改正により，①認可の対象が旅客運賃の上限のみとなり，②「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものであるかどうかを審査する」という要件以外の認可要件が削除されたが，これは，旅客運賃の設定について規制を緩和し，行政の監督，関与の度合いを限定的なものにすることによって鉄道事業者の自主性，主体性を尊重しつつ，事業者間の競争を促進し，もって利用者の利便性の向上及び事業活動の活性化を図る目的でされたものである。このように，旅客運賃上限のみを認可制とし，改正前鉄道事業法１６条２項３号を削除したのは，旅客運賃上限の認可を通じて得られる限度で一般の利用者の保護を図りつつ，実際の旅客運賃等の設定については，鉄道事業者の自主性，主体性に委ねることが公益の増進につながるという配慮によるものである。
仮に，原告らが主張するとおり，個々の鉄道利用者の個別的利益が鉄道事業法上保護されており，同法の趣旨に高額な旅客運賃の発生を防いで個別の鉄道利用者を経済的に保護することが含まれているとすれば，認可の対象を，旅客運賃の上限ではなく旅客運賃そのものとすることで，厳格に規制すべきということになるものと思われるが，実際にはそれとは反対の方向で法改正がされている。
そうすると，平成１１年法律第４９号による改正の前後を問わず，鉄道事業法１６条の趣旨が個々の鉄道利用者の保護にあるとはいえず，同改正の趣旨が公益の増進にあることは明らかである。
キまとめ
(ア)以上によれば，鉄道事業法が公共の利益という観点から同法１６条１項に基づく旅客運賃の認可を規定していることは明らかであり，同法が，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むものであると解することはできない。
したがって，鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃の認可において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，原告らは本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認を求めるにつき法律上の利益を有せず，本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(イ)また，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号は，公共の利益という観点から旅客運賃又はその上限の変更を命じることができる旨を規定しているにすぎず，その変更に関し，同法あるいは関係法令を子細にみても，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨の規定は見当たらない。
したがって，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，旅客運賃上限等の変更命令に係る各義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。


(ウ)なお，Ｐ２９特急最高裁判決は，鉄道事業法の前身である地方鉄道法２１条に基づく地方鉄道事業者の特別急行料金改定認可処分の取消訴訟において，当該地方鉄道事業者の路線周辺に居住し通勤定期券を購入するなどして，その特別急行旅客列車を利用している者の原告適格について，「地方鉄道法（･･･（略）･･･）２１条は，地方鉄道における運賃，料金の定め，変更につき監督官庁の認可を受けさせることとしているが，同条に基づく認可処分そのものは，本来，当該地方鉄道の利用者の契約上の地位に直接影響を及ぼすものではなく，このことは，その利用形態のいかんにより差異を生ずるものではない。また，同条の趣旨は，もっぱら公共の利益を確保することにあるのであって，当該地方鉄道の利用者の個別的な権利利益を保護することにあるのではなく，他に同条が当該地方鉄道の利用者の個別的な権利利益を保護することを目的として認可権の行使に制約を課していると解すべき根拠はない。そうすると，たとえ上告人らがＰ２９株式会社の路線の周辺に居住する者であって通勤定期券を購入するなどしたうえ，日常同社が運行している特別急行旅客列車を利用しているとしても，上告人らは，本件特別急行料金の改定（変更）の認可処分によって自己の権利利益を侵害され又は必然的に侵害されるおそれのある者に当たるということができず，右認可処分の取消しを求める原告適格を有しないというべきである」と判示しているところ，同判決は，本件における被告の主張と同趣旨のものと理解することができる。
Ｐ２９特急最高裁判決は，平成１６年法律第８４号による改正前の行政事件訴訟法下におけるものであるが，同改正により行政事件訴訟法９条２項が追加された趣旨は，原告適格の有無について判断すべき事項について，法律の明文でこれらの事項を考慮すべきこと等を定めることにより，全ての事案において，これらの事項が適切に考慮されることが一般的に担保され，行政過程における利益調整の在り方が適切に考慮されて第三者の原告適格が実質的に広く認められることを期したものであり，原告適格の判断方法を実質的に変更することを意図したものではないから，上記改正の前後によってＰ２９特急最高裁判決の評価が変化すると解する余地はない。
(2)本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②関係）及びＰ６線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）について
ア鉄道事業法の趣旨及び目的について
上記(1)アと同様である。
イ鉄道線路使用条件設定の認可要件及び審査基準について(ア)鉄道事業法１５条３項が「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を除き･･･（略）･･･認可をしなければならない。」と規定しているその文理によれば，同条１項に基づく認可の趣旨及び目的が「鉄道事業の適正な運営の確保」にあることは明らかであり，鉄道利用者の個別的利益を保護することを目的としていると解することはできない。
また，鉄道事業法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定の認可に係る審査基準を定めた｢鉄道事業法等に係る審査基準及び標準処理期間について」（平成８年鉄総第７５号。平成１９年６月２５日改正後のもの。）は，「鉄道線路を使用させる第一種鉄道事業者又は第三種鉄道事業者及び鉄道線路を使用する第二種鉄道事業者が共に適正な事業運営を確保し，安定的な鉄道線路の使用関係を維持することができる使用条件であること」と規定しており，個々の鉄道利用者の利益を考慮すべきとはしていない。
(イ)そうすると，鉄道事業法１５条１項の趣旨は，鉄道事業が，生産，流通，人の移動等の面からみて，産業のみならず国民の日常生活にとって不可欠な事業であり，強い公共性を有するものであることに鑑み，安定的な鉄道線路の使用関係を維持し，もって公共の福祉を増進することを目的とするものであると解される。
ウ鉄道線路使用条件変更命令及びその手続について(ア)鉄道事業法２３条１項４号は，鉄道施設の使用条件等の変更命令について規定しているところ，同項柱書きは「利用者の利便」が阻害されていることを事業改善の命令の要件の一つとして掲げているが，同法の趣旨及び目的が，個々具体的な鉄道利用者の利益を保護するというものではなく，一般公衆の利益を保護するということにあることからすれば，上記「利用者の利便」も「一般的公益の中に吸収解消された不特定多数者の鉄道利用者の利便」という意味に解すべきであって，「個々具体的な鉄道利用者の個別的な利便」は含まれないと解すべきである。
(イ)鉄道事業法２３条１項４号に基づく鉄道施設の使用条件等の変更命令について，鉄道利用者又は鉄道沿線の個々の住民の関与が予定されている規定は存在しない。
エ鉄道線路使用条件と旅客運賃の関係について
原告らは，鉄道線路使用条件設定認可処分は旅客運賃認可処分と同様に鉄道利用者に重大な影響を及ぼすし，鉄道事業法１６条２項が予定する総括原価方式の下では，当該鉄道事業者が収受する線路使用料が増えれば，旅客運賃を含む他の収入を減らさなければならない関係が必然的に生じるから，鉄道線路使用条件設定認可処分の取消しの訴えについても，個々の鉄道利用者は原告適格を有する旨主張する。
しかしながら，そもそも鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃上限認可処分の取消しの訴えについて，個々の鉄道利用者に原告適格は認められないのであるから，原告らの主張はその前提において理由がない。また，鉄道事業法１５条に規定する鉄道線路使用条件設定の認可制度と同法１６条に規定する旅客運賃上限変更の認可制度は別個独立した制度であって，原告らが主張するような相互的な関連性はなく，また，線路使用料が増額することによって旅客運賃を値下げしなければならない状態が必然的に生じるものでもない。そして，原告らの主張を前提にすると，線路使用料の額を変更する場合には，常に旅客運賃上限を変更して鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃上限の変更申請をしなければならないことになるが，同法の規定上，同法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定の認可申請の際に，同法１６条１項に基づく旅客運賃上限変更の認可申請を行うことは要求されていないし，実際にも，線路使用料等の鉄道線路使用条件の変更認可に当たって，同法１６条１項に基づく旅客運賃上限の変更認可は行われていない。


さらに，鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃上限の認可をする際には，旅客運賃上限が，能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたもの（総括原価）を超えないものであるかどうかについて審査することになる（同条２項）ところ，認可された旅客運賃の下での総収入が，総括原価を大きく下回ることもあり得るのであり，その場合，たとえ線路使用料等の旅客運賃以外の収入が増加したとしても，それらの総収入が総括原価の額を上回らない限り，なお当該旅客運賃は同条２項に適合するものといえ，同法の規定上，当然に減額が求められることになるものではない。そして，Ｐ６運賃変更認可処分についてみると，その申請のあった新旅客運賃によっても，Ｐ１の総収入が総括原価を６０億円以上も下回ることが見込まれており，Ｐ１がＰ２から収受する線路使用料が増加した場合に，必然的に旅客運賃収入を減額しなければならないというものではないというべきである。
オまとめ
(ア)以上によれば，鉄道事業法が公共の利益という観点から鉄道線路使用条件設定の認可を規定していることは明らかであり，同法が，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含むものであると解することはできない。
したがって，鉄道事業法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定の認可において，鉄道利用者個々人の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，原告らは本件各線路使用条件認可処分の取消しを求めるにつき法律上の利益を有せず，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
(イ)また，鉄道事業法２３条１項４号は，公共の利益という観点から鉄道施設の使用条件等の変更を命じることができる旨を規定しているにすぎず，その変更に関し，同法あるいは関係法令を子細にみても，不特定多数者である鉄道利用者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々の鉄道利用者の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨の規定は見当たらない。したがって，鉄道事業法２３条１項４号に基づく鉄道線路使用条件の変更命令において，個々の鉄道利用者の個別的利益は，たとえ当該鉄道沿線の住民の利益であっても，公共の利益の保護を通じて間接的に保護されているところの反射的利益又は事実上の利益にすぎず，法律上保護された利益とはいえないから，Ｐ６線路使用条件の変更命令に係る義務付けの訴え（本件請求③）について，原告らは原告適格を有しないというべきである。
第２争点(2)（「重大な損害を生ずるおそれ」の有無）について
１原告らの主張
(1)鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令又は同法２３条１項４号に基づくＰ６線路使用条件の変更命令がされないことにより原告らが被る損害は，現行のＰ１の旅客運賃と適正旅客運賃の差額についての金銭的負担と，移動の自由に対する制限であるところ，これらの損害は重大であり，金銭によって償うことができないものである。
(2)金銭的負担について   は，Ｐ１の旅客運賃が異常に高い（別紙グラフ参照）ので，やむなく他の路線で遠回りをしたり，遠方の駅まで自転車を使ったりした損害を事後の国家賠償請求訴訟で回復することはできないし，Ｐ６線沿線に居住することを断念して転居して過去の旅客運賃の差額を請求したり，勤務先や通学先を旅客運賃の比較的安いところにしたりした場合も，その損害が後の国家賠償請求訴訟で償われることはない。ほぼ同じ距離のＰ３０線の定期旅客運賃（３２．１ｋｍから３３．０ｋｍまでの１か月通勤定期旅客運賃が１万３０８０円）と比較すれば，Ｐ６線の定期旅客運賃（α１駅とα２駅の間の３２．３ｋｍの１か月通勤定期旅客運賃（値下げ前）が３万４４４０円）が異常に高いことは明らかであり，原告らは経済的に重大な損害を被っているものである。
(3)また，移動の自由の制限についても，形式的には自らの意思により選択したものであったとしても，実際上は高額な旅客運賃のために余儀なくされたものであるし，Ｐ１には都心へ直結する路線を保有する競合他社がなく，実際上移動の方法について選択する余地はない。そして，Ｐ１の高額な旅客運賃を回避するために遠回りすることによって生じる身体の疲れや時間の増加についても考慮すると，移動の自由を制限されたことによる損害は，金銭によって償うことができない損害である。
(4)以上によれば，原告らは，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づくＰ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令又は同法２３条１項４号に基づくＰ６線路使用条件の変更命令がされないことにより，多額の金銭的負担と移動の自由に対する制限を被るところ，これらの損害は重大であり，金銭によって償うことができないものである。
したがって，Ｐ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令（本件請求⑥及び⑧）又はＰ６線路使用条件の変更命令（本件請求③）がされないことにより，原告らに「重大な損害を生ずるおそれがある」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）があるというべきであり，かつ，その損害を避けるためには上記各変更命令以外に適当な方法がないことは明らかである。
２被告の主張
(1)鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限等の変更命令又は同法２３条１項４号に基づくＰ６線路使用条件の変更命令がされないことにより原告らが被るという損害は，Ｐ６線の旅客運賃が高額であることによる金銭的負担と移動の自由の制限であると解される。しかしながら，移動の自由の制限は，仮にそれが生じるとしても，金銭的負担を避けるために自らの意思に基づいて生じる副次的なものであり，上記の各変更命令がされないことにより直接的に生じるものではなく，上記各条項がこれを保護しているとは解されない。
そして，原告らが被るという金銭的負担とは，要するに現行のＰ６線の旅客運賃と適正とする旅客運賃との差額にすぎないところ，このような損害は，事後の金銭賠償によって回復することが可能な性質の損害である。また，そもそも，首都圏の主な路線と比較して，Ｐ６線の旅客運賃が高額であると一概にいえるものではないし，定期的にＰ６線を利用することを前提としても，その利用者が支払う旅客運賃の額が著しく高額であるとまではいえないのであって（例えば，Ｐ６線の全区間であるα２駅からα１駅までの通勤定期券の１か月運賃ですら３万４０６０円である。），Ｐ６線の旅客運賃と適正とする旅客運賃の差額が著しいとも考え難い。


(2)以上によれば，Ｐ１及びＰ２の旅客運賃上限等の変更命令（本件請求⑥及び⑧）又はＰ６線路使用条件の変更命令（本件請求③）がされないことにより，原告らに「重大な損害を生ずるおそれがある」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）とはいえないことは明らかである。
第３争点(3)（出訴期間徒過の有無）について
１被告の主張
(1)Ｐ６運賃変更認可処分は，平成１０年９月４日付けでされたものであり，処分の日から本件訴え提起までに１年を経過していることは明らかである。また，Ｐ６運賃変更認可処分がされてから本件訴え提起までに約１０年経過していることを併せ考えると，出訴期間を徒過したことについての「正当な理由」が認められないことも明らかである。
(2)なお，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分は違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことにより後発的に違法となったから，出訴期間は後発的違法が生じた時点から進行すると解すべきである旨主張するが，行政処分の後，当該処分の根拠となった事実状態が変動した場合であっても，取消訴訟における行政処分の違法性判断は，当該処分を行った時の事実状態を基準として行われるべきであるから，原告らの上記主張は採用の余地がない。(3)したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しの訴え（本件請求③）は，出訴期間を徒過して提起された不適法なものといべきである。
２原告らの主張
(1)本件各線路使用条件認可処分が適法にされれば，適正な線路使用料がＰ１に支払われるから，Ｐ６運賃変更認可処分は旅客運賃上限を減額するように変更されなければならないことになる。そうすると，Ｐ６運賃変更認可処分は，平成２２年２月１９日に違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことにより，後発的に瑕疵が生じ，違法となったものである。(2)仮に，後発的に違法となった場合でも出訴期間は当初の処分時から起算されるとすると，後発的に違法となった処分について救済方法がなくなるので，法治国家とはいえないし，裁判を受ける権利が侵害される。(3)したがって，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しの訴えについては，後発的違法が生じた平成２２年２月１９日から出訴期間が進行するというべきところ，本件訴えは，同年８月１７日に提起されたものであるから，出訴期間を徒過した不適法なものではない。
第４争点(4)（本件各線路使用条件認可処分の適法性）について
１原告らの主張
(1)本件各線路使用条件について
アＰ２によるＰ１及びＰ３の支配について
(ア)Ｐ２は，Ｐ１の株式の５０パーセント（Ｐ２２グループでは５１パーセント）保有し，その重要事項の決定権を有している（会社法３０９条，３２９条等）ので，Ｐ１を意のままに経営することが可能である。そして，Ｐ１の取締役及び監査役の過半数は，Ｐ２出身者で占められており，Ｐ２の取締役がＰ１の代表取締役を務めている。また，Ｐ３は，Ｐ２の１００パーセント子会社であり，Ｐ２の取締役がＰ１の代表取締役を務めている。
(イ)以上のとおり，Ｐ２は，Ｐ１及びＰ３に対して強い影響力を持ち，その経営を意のままに行うことが可能な状態であったことから，Ｐ２が一方的に利益を上げるための本件各線路使用条件が締結されたものである。
イ本件各線路使用条件の経済的不合理性について
(ア)Ｐ６線路使用条件について
ａＰ２Ｐ４線開通前は，Ｐ１はＰ１６本線α２８駅まで，Ｐ２はＰ６線α２駅まで，それぞれ相互乗り入れ運転を行っていた。この相互乗り入れ運転の下では，Ｐ６線区間内（α１駅とα２駅の間）の旅客運賃収入はＰ１に帰属していた。ところが，本件各線路使用条件においては，Ｐ２がＰ６線区間内で列車を運行させたことによる旅客運賃収入は同社が取得することとなった。
しかし，Ｐ２Ｐ４線が開通した後も，Ｐ２がＰ１の所有する鉄道線路上で自社の列車を運行させていることには変わりがないのであるから，従前どおり，Ｐ１が，同社が所有する鉄道線路（α１駅とα３駅の間。以下「Ｐ１所有区間」という。）上をＰ２の列車が運行したことによる旅客運賃収入の全額を取得すべきである。
ｂＰ２が運行する列車は，Ｐ６線区間だけでなく，Ｐ３１線区間（α１駅とα２９駅の間）を経由して，Ｐ８Ｐ９線区間（α２９駅とα３０駅又はα３１駅の間）及びＰ３２線区間（α３０駅からα３２駅の間）に乗り入れているが，Ｐ２がＰ８Ｐ９線区間及びＰ３２線区間で列車を運行したことによる旅客運賃収入は，全て東京都交通局又はＰ３２株式会社が取得し，Ｐ２は収入を得ていない。
Ｐ１所有区間についても，旅客運賃収入をＰ１が全額収受するのが合理的であって，現にＰ２Ｐ４線の開通前は，このような方式で旅客運賃の配分が行われていたものである。
ｃまた，Ｐ２がＰ６線区間内でＰ２４を運行することにより，Ｐ６線区間内で列車の本数が増加したとしても，鉄道利用者に便利になることがあっても，Ｐ１には旅客運賃収入が入らないのであるから，Ｐ１には何らの利益も生じない。
ｄ以上のとおり，Ｐ６線路使用条件は，一方的にＰ１に不利益をもたらすものであって，経済的に不合理なものである。
(イ)Ｐ２８線路使用条件について
ａＰ２８線路使用条件においては，Ｐ３が所有する鉄道線路（α３駅とα２駅の間。以下「Ｐ３所有区間」という。）をＰ２の列車が運行するにもかかわらず，Ｐ３がＰ１から受領する線路使用料の減少分，すなわちＰ１の旅客運賃収入の減少分が補填されるだけで，Ｐ３には何らの増収も生じない。
ｂまた，Ｐ３所有区間を列車が運行することによる線路使用料についての考え方は，Ｐ１とＰ２とでは異なっている。すなわち，Ｐ３所有区間で列車を運行する場合，Ｐ１は，従前から締結されていた線路使用条件に基づき，線路使用料として同区間内の旅客運賃収入全額を支払うことになっているが，Ｐ２は，本件各線路使用条件に基づき，Ｐ１と比較して非常に負担が少ない資本費相当額等を支払うにすぎず，しかもその支払の原資はＰ１の旅客運賃減少分であるから，Ｐ１にのみ著しく不利益で不公平な内容となっている。


Ｐ１がＰ３に支払う線路使用料について，Ｐ２がＰ１に支払うのと同じ資本費相当額等に改めれば，Ｐ１の負担は大幅に減少し，Ｐ１は，現状では将来にわたって利益を得られないＰ３所有区間内での列車の運行により，年間８億円程度の利益を得られるようになる。ｃ以上のとおり，Ｐ２８線路使用条件は，一方的にＰ３及びＰ１に不利益をもたらすものであって，経済的に不合理なものである。ウ以上によれば，本件各線路使用条件は，Ｐ６線区間内を列車が運行しているにもかかわらず，その旅客運賃はＰ２が取得し，Ｐ１はその旅客運賃を取得することができないという経済的に不合理な仕組みとなっており，いわばＰ２がＰ６線区間を「ただ乗り」しているところ，このような仕組みが可能となるのは，Ｐ１及びＰ３がＰ２の支配下にあるからである。本来，Ｐ２は，Ｐ１所有区間においてＰ２４及びＰ２３を運行することによる旅客運賃及び特別急行料金を全て含め，経済的に合理的に算出された線路使用料をＰ１に対して支払うべきであり，このような支払がされれば，Ｐ１の収入が増えることになる。
(2)本件各線路使用条件認可処分について
ア鉄道線路使用条件に関する契約が鉄道事業者間の私的な合意であるにもかかわらず，鉄道事業法１５条１項が認可制としているのは，鉄道利用者の利益（同法１条）が害されないようにするためである。すなわち，線路使用料等は，鉄道事業者による鉄道事業の運営に非常に大きな影響を与え，不利な使用条件を押しつけられた鉄道事業者は，鉄道線路の適切な維持管理に加え，旅客運賃その他鉄道利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供という公共的任務を適切に果たすことができなくなり，鉄道利用者の利益が害されることになる。
そうすると，鉄道事業法１５条３項にいう「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」についても，単に鉄道事業者が鉄道線路の維持管理をすることができればよいのではなく，鉄道事業者相互が経済的に合理的な計算に基づく利益を得られ，更には鉄道利用者の利益が損なわれないようにすることを含むものと解するべきである。
イ本件各線路使用条件は，Ｐ２の不当な支配によりＰ１に一方的に不利益なものとなっており，私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律（以下「独占禁止法」という。）が禁止する優越的な地位の濫用等の不公正な取引方法（同法２条９項５号，同項６号ホ，１９条）に該当するものであって，Ｐ１の経営を困難なものとし，更にはＰ１の利用者の利益を著しく害するものである。
ウしたがって，本件各線路使用条件認可処分は，本件各線路使用条件が「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」があるにもかかわらず，これを認可したものであるから，鉄道事業法１５条３項に違反する違法なものである。
(3)まとめ
以上によれば，本件各線路使用条件は，Ｐ２の列車がＰ６線区間内を運行しているにもかかわらず，その旅客運賃はＰ２が取得し，Ｐ１はその旅客運賃を全く取得することができないという経済的に不合理な仕組みとなっており，いわばＰ２がＰ６線区間を「ただ乗り」しているところ，このような仕組みが可能となるのは，Ｐ１及びＰ３がＰ２の支配下にあるからである。このようにＰ１に一方的に不利益な本件各線路使用条件は，Ｐ１の経営を困難なものとし，更にはＰ１の利用者の利益を著しく害するものであって，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）があるというべきである。
したがって，本件各線路使用条件を認可した本件各線路使用条件認可処分は，鉄道事業法１５条３項に違反する違法なものであるから，取り消されるべきである（本件請求①及び②）。
２被告の主張
(1)本件各線路使用条件について
アＰ２Ｐ４線が開業したことによってＰ１の旅客運賃収入及びＰ３の線路使用料収入が減少することとなるが，本件各線路使用条件においては，Ｐ６線区間においてＰ２に帰属する旅客運賃収入額が資本費相当額等を超える場合，Ｐ２がＰ１及びＰ３に対して資本費相当額等に加算額を加えた線路使用料を支払うこととされているので，結果として，Ｐ１及びＰ３の収支に対する影響が可及的に排除されている。
イなお，原告らは，本件各線路使用条件に基づく旅客運賃収入の配分について，本来Ｐ１に帰属すべきＰ６線区間内の旅客運賃及び特別急行料金収入をＰ２が全て取得するものであって，経済的に不合理なものであるなどと主張する。
しかし，本件各線路使用条件に基づく旅客運賃収入の配分は，基本的に，列車を運行させている事業者がその旅客運賃及び特別急行料金収入を取得するという合理的な内容のものである。
また，上記旅客運賃収入の配分方法によれば，Ｐ１がＰ２に鉄道線路を貸与したことによりＰ１が利益を得る場合は限られている（資本費相当額等がＰ２に帰属する旅客運賃収入を上回る場合に限られる。）が，Ｐ２がＰ６線区間内においてＰ２４を運行することによって，Ｐ１は，費用を負担することなく，Ｐ６線区間内における列車の運行数や特急列車の本数を増加させることができ，これによる都心方面との連絡旅客の増加や，沿線地域の開発に伴うＰ６線内利用者数の増加が見込まれるのであるから，Ｐ２とＰ１は互恵関係に立つというべきである。かえって，原告らが主張するように，Ｐ２において，同社がＰ６線区間内で運行する列車の旅客運賃全てをＰ１に線路使用料として支払わなければならないとすれば，Ｐ２は同区間における旅客運送業務に対する対価を一切得ることができないこととなるのであって，このようにＰ２のみに不利益となるような内容の協定を締結する方が，よほど「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）があるといわざるを得ない。そうすると，本件各線路使用条件に基づく旅客運賃収入の配分が経済的合理性のないものということはできない。
(2)本件各線路使用条件認可処分について
ア鉄道線路使用条件については，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれがあると認める場合を除き，･･･（略）･･･認可をしなければならない」（鉄道事業法１５条３項）ところ，Ｐ１及びＰ３から申請のあった鉄道線路使用条件については，上記(1)のとおり，Ｐ２に鉄道線路を使用させたとしてもＰ１及びＰ３の収益が減少しない仕組みがとられており，Ｐ１及びＰ３の収支に与える影響が可及的に排除されている。そうすると，Ｐ１及びＰ３は，引き続き，鉄道線路の適切な維持管理を行うことが可能であることが認められ，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」はないといえる。


イなお，原告らは，鉄道事業法１５条３項にいう「鉄道事業の適正な運営の確保」には鉄道利用者の経済的利益も含まれるとの理解を前提に，本件各線路使用条件はＰ１の経営を困難なものとし，更にはＰ１の利用者の利益を著しく害するものであるから，これを認可したＰ６線路使用条件認可処分は違法であるなどと主張する。
しかし，鉄道事業法１５条３項は，自由経済社会の下，鉄道線路使用条件の設定についても鉄道事業者間の自由な経済活動に委ね，行政上の規制は制限的に行われるべきことを前提として，申請に係る鉄道線路使用条件については原則として認可すべきとした上で，鉄道事業の公共性に鑑み，例外として，鉄道事業等の運営を適性かつ合理的なものとする（同法１条）観点から最低限度の規制を認めたものである。すなわち，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」があるとして規制が認められるのは，鉄道事業の公共性に由来する公益を保護するためであって，鉄道利用者の利益の保護は，公益を保護することの反射的な効果として図られているにすぎないというべきである。
そして，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」があるか否かを判断するに当たって，鉄道事業者相互が経済的に合理的な計算に基づく利益を得られるか否かを考慮しなければならないとすると，本来鉄道事業者間の自由な経済活動に委ねられるべき鉄道線路使用条件について，広く行政上の規制を及ぼすことを認めることになり，鉄道事業法１５条３項の趣旨に明らかに反することになるというべきである。ウまた，原告らは，Ｐ２８線路使用条件認可処分について，Ｐ１に著しく不利益であるため，上記認可処分はＰ１の適正な事業運営の確保に支障があると主張する。
しかし，Ｐ２８線路使用条件認可処分は，Ｐ３とＰ２との間における鉄道線路使用条件に関する認可処分であり，そこにおいて考慮されるべきは，Ｐ３とＰ２の「適正な事業運営の確保に支障がある」か否かであって，Ｐ１の事業運営に支障があるか否かは考慮されるべきものではないから，原告らの上記主張は上記認可処分の違法性とは無関係であるから，主張自体失当である。
エさらに，原告らは，Ｐ３所有区間において，Ｐ２とＰ１の鉄道線路使用条件が異なることについて，Ｐ１に一方的に不利益な内容となっているなどと主張する。
しかし，鉄道線路使用条件設定の認可要件（鉄道事業法１５条３項）は，鉄道事業等の運営を適正かつ合理的なものとする観点から，最低限度の規制として設定されたものである。そして，同一区間における鉄道線路使用条件であっても，条件について合意する鉄道事業者が異なれば，当該鉄道事業者間の自由な経済活動によって設定されるのが原則であることから，条件を設定する鉄道事業者が異なれば，異なる条件の下で鉄道事業法１５条１項に基づく認可がされることはむしろ当然であり，鉄道線路使用条件が異なることのみをもって，その認可処分が違法となるものではない。オしたがって，本件各線路使用条件認可処分は鉄道事業法１５条３項に規定する認可要件を満たす適法な処分であるというべきであるから，その取消しを求める原告らの請求（本件請求①及び②）は理由がない。
(3)まとめ
以上によれば，本件各線路使用条件においては，Ｐ６線の区間においてＰ２に帰属する旅客運賃収入額が資本費相当額等を超える場合に，Ｐ２がＰ１及びＰ３に対して資本費相当額等に加算額を加えた線路使用料を支払うこととされ，Ｐ１及びＰ３の収支に対する影響が可及的に排除されているから，Ｐ１及びＰ３は，引き続き，鉄道線路の適切な維持管理を行うことが可能であり，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項））はないといえる。
したがって，本件各線路使用条件は，鉄道事業法１５条３項に規定する認可要件を満たしているから，本件各線路使用条件認可処分は適法なものというべきである。
第５争点(5)（Ｐ６線路使用条件の変更命令の可否）について
１原告らの主張
(1)鉄道事業法２３条１項４号は，「鉄道事業者の事業について輸送の安全，利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるとき」に，旅客運賃上限を変更することを命ずることができるとしているところ，鉄道事業が極めて公益性の高い事業であることから，国土交通大臣は，上記の要件を満たす場合には，積極的に使用条件の変更を命じ，利用者の利便その他公共の利益を回復，改善，確保しなければならない。
そして，総括原価主義（鉄道事業法１６条２項）に基づく旅客運賃の算定制度においては，総収入額は原価総額を下回らなければならず，線路使用料収入が増加すれば，他の収入が変わらない限り，旅客運賃を値下げして旅客運賃収入を減らさなければならない関係が必然的に生じることになる。一方，線路使用料が不合理に安ければ，鉄道線路を貸し付ける第一種鉄道事業者は，自ら運行する鉄道の旅客運賃を高くするしかないから，鉄道利用者の利便が阻害されることになる。
(2)本件においては，本件各線路使用条件認可処分が違法であるだけでなく，これによりＰ１の旅客運賃は異常に高いものとなっているから，「利用者の利便その他公共の利益を阻害している」（鉄道事業法２３条１項柱書き）ことは明らかである。
そうすると，国土交通大臣が，鉄道事業法２３条１項４号に基づき，Ｐ６線路使用条件について，Ｐ６線区間をＰ２の列車が運行したことによる旅客運賃収入をＰ１が取得することができる内容に変更するよう命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
(3)したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項４号に基づき，Ｐ１及びＰ２に対して，Ｐ６線路使用条件について，Ｐ２が同社Ｐ４線の運行によってＰ６線区間で取得する旅客運賃及び特別急行料金収入相当額を線路使用料としてＰ１に支払い，Ｐ２がＰ６線区間で同社Ｐ４線の運行に要した経費をＰ１がＰ２に支払う方式での鉄道線路使用条件に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求③）。
２被告の主張


(1)Ｐ６線路使用条件認可処分によって認可されたＰ６線路使用条件は，鉄道事業法１５条３項の要件を満たしているところ，同項の要件を満たす使用条件が「輸送の安全，利用者の利便その他公共の利益を阻害している」（同法２３条１項柱書き）ものではないことは明らかである。(2)したがって，Ｐ６線路使用条件については，鉄道事業法２３条１項４号に基づく使用条件変更命令を発する前提を欠いていることが明らかであるから，「行政庁がその処分をすべきであることがその処分の根拠となる法令の規定から明らか」とはいえず（行政事件訴訟法３７条の２第５項），Ｐ６線路使用条件の変更命令の義務付けを求める原告らの請求（本件請求③）に理由がないことは明らかである。
第６争点(6)（Ｐ６運賃変更認可処分の適法性）について
１原告らの主張
(1)Ｐ６運賃変更認可処分の後発的違法についてＰ１の旅客運賃は，本件各線路使用条件認可処分が適法であることが前提となっているところ，上記のとおり，本件各線路使用条件認可処分は違法なものであり，これによって，Ｐ１の旅客運賃は「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」（鉄道事業法１６条２項）に該当しなくなった。
なお，仮に，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について原告らが原告適格を有しないとしても，本件各線路使用条件認可処分の違法性は，Ｐ６運賃変更認可処分に承継されるというべきである。したがって，Ｐ６運賃変更認可処分は後発的に違法となったものであり，その違法は重大かつ明白である。
(2)Ｐ６運賃変更認可処分の原始的違法について
ア近距離運賃が異常に高いこと
(ア)鉄道事業法は，鉄道事業者に対して鉄道事業の適正な運営を求め，これにより鉄道利用者の利益を守るための法律であるから，乗車する者・距離・区間において不当な差別があってはならず，旅客運賃負担は公平であるべきである。また，鉄道事業法は，旅客運賃は鉄道利用者が負担するものであるとともに，鉄道事業者の収益に直接影響を及ぼすものであることから，旅客運賃を認可制としたものである（同法１６条１項）。
そうすると，旅客運賃の認可は，単に当該申請運賃の収入がどの程度で，それが総括原価を超えるか否かに尽きるものではなく，利用者が公平に旅客運賃を負担するような配分になっているか，すなわち距離に比例した旅客運賃体系となっているかを審査すべきものである。(イ)Ｐ６線及びＰ４線以外の各鉄道路線の旅客運賃をみると，Ｐ６線に比べて，著しく安いだけでなく，距離に比例して旅客運賃が高くなっており，初乗り旅客運賃と最遠距離の旅客運賃がほとんど正比例する運賃表のグラフとなる。しかし，Ｐ６線の旅客運賃は，初乗りから中間距離までの旅客運賃が異常に高くなっているので，運賃表のグラフがメタボのような曲線を描いている（別紙グラフ参照。以下「メタボ運賃」という。）。
なお，遠距離逓減制は，走行距離が非常に長くなる路線において採用されるものであり，約３２ｋｍしかないＰ６線において，このような遠距離逓減制を採用するのは適切ではない。
このような「メタボ運賃」は，近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担することになるので，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）に該当し，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）に該当しないというべきである。(ウ)したがって，Ｐ６運賃変更認可処分は，改正前鉄道事業法１６条２項の認可要件を満たしていないにもかかわらずされた違法なものであり，その違法は重大かつ明白であるというべきである。
イ認可処分が不十分な資料に基づきされたこと
(ア)旅客運賃認可処分は，改正前鉄道事業法１６条２項１号に規定する「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」であるか否かを基準とし，当時の運輸省が策定した「中小民鉄事業者の収入原価算定要領」（平成８年１２月策定のもの。以下「平成８年算定要領」という。）に基づき審査されることになる。そして，将来に向けて「能率的な経営の下における適正な原価」であるか否かは，これまでの実績が「能率的な経営」であったことを示す数字の裏付けが必要であるところ，平成８年算定要領においては，「原価計算期間（平年度）は，３年間」と定められていた。
しかし，Ｐ１が提出した平成１０年７月３１日付け「鉄道事業の旅客運賃変更認可申請書」に添付された「収入・原価表」（以下「Ｐ６収入原価表」という。）には，平成９年度実績以外の記載がなく，比較対象のない単年度だけの数字だけで「能率的な経営」の有無を判断することはできず，過去に「能率的な経営」を行えなかった鉄道事業者が，将来だけは「能率的な経営」を行うことができると判断することもできない。そうすると，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づいてされたものであって，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）であるかを適正に審査せずにされた違法なものというべきである。(イ)また，Ｐ６収入原価表に記載された平成９年度の実績においては，「雑収入」が８３３万４０００円，「収入合計」が１００億５２１４万７０００円，「支出合計」が１３５億９８５６万円，「差引損益」が△３５億５３５０万７０００円であるのに対し，Ｐ１が公表している平成９年度損益計算書においては，それぞれ「営業外収益」が２億６９６８万７０００円，「収益」（営業収益及び営業外収益）が１０３億１３４９万９０００円，「費用」（営業費及び営業外費用）が１３７億６４３０万３０００円，「経常損失」が△３４億０８０３万円といずれも異なっている。
そうすると，Ｐ６運賃変更認可処分は，不正確な数字に基づいてされたものであって，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）であるかを適正に審査せずにされた違法なものというべきである。(ウ)したがって，Ｐ６運賃変更認可処分は，改正前鉄道事業法１６条２項の認可要件を満たしていないにもかかわらずされた違法なものであり，その違法は重大かつ明白であるというべきである。
(3)まとめ


以上によれば，Ｐ１の旅客運賃は，本件各線路使用条件認可処分が適法であることが前提となっているところ，本件各線路使用条件認可処分が違法なものであることによって，Ｐ１の旅客運賃は「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」（鉄道事業法１６条２項）に該当しなくなったから，Ｐ６運賃変更認可処分は後発的に違法となったものであり，その違法は重大かつ明白である。
また，Ｐ６線の旅客運賃は，初乗りから中間距離までの旅客運賃が異常に高く，運賃表のグラフがメタボのような曲線を描く「メタボ運賃」となっており（別紙グラフ参照），このような「メタボ運賃」は，近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担することになるので，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）に該当するし，旅客運賃の認可においては，利用者が公平に旅客運賃を負担するような配分になっているか，すなわち距離に比例した旅客運賃体系となっているかを審査すべきであるが，Ｐ６線の旅客運賃は「メタボ運賃」となっており，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）に該当しないから，Ｐ６運賃変更認可処分には原始的違法があり，その違法は重大かつ明白である。さらに，Ｐ６運賃変更認可処分に当たってＰ１から提出されたＰ６収入原価表には平成９年度実績以外の記載がなく，原価計算期間を３年間と定めていた平成８年算定要領に反するし，Ｐ６収入原価表に記載された数字とＰ１の平成９年度損益計算書記載の数字が異なるから，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づいてされたものであって，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（改正前鉄道事業法１６条２項１号）であるかを適正に審査せずにされたという原始的違法があり，その違法は重大かつ明白である。
したがって，原告らは，主位的に，Ｐ６運賃変更認可処分が無効であることの確認を求め（本件請求④），予備的に，Ｐ６運賃変更認可処分の取消しを求める（本件請求⑤）。
２被告の主張
(1)Ｐ６運賃変更認可処分の後発的違法について原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分は違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことにより後発的に違法となった旨主張するが，行政処分の後，当該処分の根拠となった事実状態が変動した場合であっても，取消訴訟における行政処分の違法性判断は，当該処分を行った時の事実状態を基準として行われるべきであるから，原告らの上記主張は採用の余地がない。(2)Ｐ６運賃変更認可処分の原始的違法についてア運輸大臣は，申請書及び添付書類，Ｐ１からの説明等による審査，運輸審議会の答申を踏まえ，Ｐ１の申請に係る旅客運賃が，能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むものであり，特定の旅客又は荷主に対し不当な差別的取扱いをするものでなく，旅客又は貨物の運賃及び料金を負担する能力に鑑み，旅客又は荷主が該当事業を利用することを困難にするおそれがないものであり，他の鉄道運送事業者との間に不当な競争を引き起こすこととなるおそれがないものであったことから，改正前鉄道事業法１６条２項の基準に適合すると認め，Ｐ６運賃変更認可処分を行ったものである。
イ原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分当時のＰ６線の旅客運賃体系について，近距離の旅客運賃が遠距離の旅客運賃に比べて異常に高額であり，特定の鉄道利用者を不当に差別的に取り扱うものであるから違法である旨主張する。
(ア)しかし，鉄道事業者がどのような旅客運賃制度を採用するかは，当該鉄道事業者の経営規模，旅客流動量，沿線の状況等の路線の特性を勘案する必要があるため，法令による規制が及ばない部分については，当該鉄道事業者の経営判断に委ねられている。
(イ)また，旅客運賃制度は鉄道事業者や路線によって様々であるが，大別して，①対キロ制（キロ当たり賃率に乗車区間の営業キロを乗じて旅客運賃額を計算する制度），②対キロ区間制（一定の距離を基準に区間を設定し，乗車区間に応じた旅客運賃を算出する制度），③区間制（ほぼ等距離に区分できる駅を基準として２以上の区間に分割した上で，区間に応じて旅客運賃を算出する制度），④均一制（乗車キロに関係なく旅客運賃を均一とする制度）に分けられる。Ｐ６運賃変更認可処分当時のＰ６線の旅客運賃制度は，上記の②対キロ区間制が採用されていた。鉄道事業における旅客運賃の遠距離逓減については，主に，上記①の対キロ制と上記②の対キロ区間制の旅客運賃制度において採用されており，長距離で利用するほど「旅客運賃÷利用キロ数」が低くなるように設定されているのが一般的である。例えば，Ｐ１０各社の旅客運賃制度は対キロ制（Ｐ１０Ｐ３３の１００ｋｍまでは，対キロ区間制）であり，１１ｋｍ以上乗車した場合の旅客運賃は，距離帯によって賃率が減少するという遠距離逓減制が採用されている。
そして，各鉄道事業者が様々な旅客運賃制度を採用し，遠距離逓減を採用する路線も存在することから，必ずしも距離に比例して１ｋｍ当たりの旅客運賃が増額する旅客運賃制度を採用する必要はない。さらに，遠距離逓減制を採用した上で，具体的にどのような旅客運賃を設定するかについては，鉄道事業者の経営判断に委ねられていることから，近距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃が，遠距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃に比して相当程度高額になることも十分にあり得ることである。このことは，Ｐ６運賃変更認可処分当時のＰ６線と同様の旅客運賃制度を採用している事業者として，Ｐ３４，Ｐ３５等があり，大都市近郊の路線においても，旅客運賃の上昇割合が大きい路線，小さい路線，遠距離逓減が大きい路線，小さい路線等様々な旅客運賃制度を採用する路線があるため，Ｐ６線の旅客運賃制度が他の路線の旅客運賃制度と比較して特異なものということができないことからも明らかである。
(ウ)さらに，Ｐ６運賃変更認可処分当時のＰ６線の旅客運賃制度は，全ての旅客に適用されるものであり，特定の旅客のみに異なる旅客運賃を設定し，不当に高額の旅客運賃を負担させるものではないから，「特定の旅客又は荷主に対し不当な差別的取扱いをするものでないこと」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）という認可要件に反しないことは明らかである。
ウまた，原告らは，平成８年算定要領において，「原価計算期間（平年度）は，３年間」と定められているのに，Ｐ１が提出したＰ６収入原価表には，平成９年度実績以外の記載がなく，かつ，Ｐ６収入原価表記載の数字とＰ１の平成９年度損益計算書記載の数字が異なることから，Ｐ６運賃変更認可処分は違法であるなどと主張する。


(ア)しかし，平成８年算定要領は，原価計算期間について，旅客運賃改定年度の翌年度１年間であったものを３年間に変更したものであるところ，その目的は，旅客運賃改定周期の長期化を実現することにより，経営効率化インセンティブをより高め，規制コストの縮小を図るとともに，経営の安定性を確保することにあったから，平成８年算定要領における「原価計算期間（平年度）は，３年間とする。」との規定の「３年間」とは，旅客運賃改定年度の翌年度以降の３年間を意味する。そして，Ｐ６収入原価表には「平年度３年間平均」の原価と計算が記載されているから，Ｐ６収入原価表の記載等に基づいてされたＰ６運賃変更認可処分に何ら瑕疵はない。
(イ)旅客運賃を定めるに当たり考慮されるべき原価及び収入の算定は，平成８年算定要領に従って行われることになっているが，平成８年算定要領においては，収入・原価の算定方法における一般原則として，「①経常的性格を担保するため，固定資産売却損益等の特別損益は，これを除外する。②鉄軌道事業部門を他の事業部門と区別して収支を算定する。なお，鋼索鉄道は，これを鉄軌道事業部門と区分するものとする。イ明らかに鉄軌道事業部門に帰属する収入及び原価は，これを鉄軌道事業部門に帰属させる。ロ他部門と関連する収入及び原価は，一定の配賦基準で按分した鉄軌道事業分担を鉄軌道事業部門に帰属させる。③投融資については，これを独立の事業部門として処理することとする。」との規定が置かれている。そのため，平年度の収入及び原価を算定するに当たっては，損益計算書上の数字から，経常的性格を有する損益及び鉄軌道事業部門に帰属する収入・費用以外のものは除外されることになるのであるから，平成８年算定要領に従って算出されたＰ６収入原価表の数字と損益計算書における数字とが異なるのは当然のことである。なお，Ｐ１の平成９年度損益計算書上の「営業外収益」の「その他の収益」の数字には経常的性格を有しない収益である利子補給金，工事立会費，事業保険解約配当金等が，「減価償却費」の数字には経常的性格を有しない費用である負担金工事（特別利益）に係る償却分が，「その他費用」の数字には経常的性格を有しない費用である利子補給金の支出分等が，それぞれ含まれているものと推測される。
(ウ)そうすると，Ｐ６収入原価表には平成９年度実績以外の記載がなく，かつ，Ｐ６収入原価表記載の数字とＰ１の平成９年度損益計算書記載の数字が異なることをもって，Ｐ６運賃変更認可処分が違法であるとはいえない。
エしたがって，Ｐ６運賃変更認可処分に原始的違法が存在するとはいえない。
(3)まとめ
以上によれば，当時の運輸大臣は，申請書及び添付書類，申請者からの説明等による審査，運輸審議会の答申を踏まえ，Ｐ１の申請に係る旅客運賃が，改正前鉄道事業法１６条２項の基準に適合すると認め，Ｐ６運賃変更認可処分を行ったものである。
そして，行政処分の後，当該処分の根拠となった事実状態が変動した場合であっても，取消訴訟における行政処分の違法性判断は，当該処分を行った時の事実状態を基準として行われるべきであるから，Ｐ６運賃変更認可処分が後発的に違法となることはあり得ない。
また，鉄道事業者がどのような旅客運賃制度を採用するかは，当該鉄道事業者の経営判断に委ねられているから，近距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃が，遠距離利用した場合の１ｋｍ当たりの旅客運賃に比して相当程度高額になることも十分にあり得ることであるし，Ｐ６線の旅客運賃制度は全ての旅客に適用されるものであり，特定の旅客のみに異なる旅客運賃を設定し，不当に高額な旅客運賃を負担させるものではないから，「特定の旅客又は荷主に対し不当な差別的取扱いをするもの」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）とはいえない。
さらに，平成８年算定要領における原価計算期間「３年間」とは，旅客運賃改定年度の翌年度以降の３年間を意味するし，平年度の収入及び原価を算定するに当たっては，経常的性格を有する損益及び鉄軌道事業部門に帰属する収入・費用以外のものは除外されることになるから，平成８年算定要領に従って算出されたＰ６収入原価表の数字と損益計算書における数字とが異なるのは当然のことである。
したがって，Ｐ６運賃変更認可処分は適法なものであって，もとより重大かつ明白な違法は存在しないというべきである。
第７争点(7)（Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）について
１原告らの主張
(1)鉄道事業法１６条５項１号は，旅客運賃が「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものであるとき」に，国土交通大臣は，同条１項の旅客運賃上限の範囲内で届け出られた旅客運賃（同条３項）を変更すべきことを命ずることができるとし，同法２３条１項１号は，「鉄道事業者の事業について輸送の安全，利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるとき」に，国土交通大臣は，旅客運賃上限を変更することを命ずることができるとしている。
鉄道事業法がこのような変更命令に関する条項を置いているのは，旅客運賃が鉄道利用者の利便に直結する重要な要素であることから，鉄道利用者の利益を保護し，鉄道事業者の独断による不当に高額な旅客運賃の設定を防止するためである。
(2)Ｐ６線の旅客運賃は，近距離を移動する沿線住民にのみ不当に割   高な「メタボ運賃」であり，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするもの」であるから，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号に基づき，届け出られた旅客運賃の変更を命ずる義務を負っている。(3)本件各線路使用条件認可処分は違法なものであり，Ｐ６線路使用条件は，Ｐ２が同社Ｐ４線の運行によってＰ６線区間で取得する旅客運賃及び特別急行料金収入相当額を線路使用料としてＰ１に支払い，Ｐ２がＰ６線区間で同社Ｐ４線の運行に要した経費をＰ１がＰ２に支払う方式での鉄道線路使用条件に変更されるべきものであり（本件請求③），これにより，Ｐ１の収入額が増大することになるから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，上記変更された線路使用料を基準に，適正原価・適正利潤の原則（鉄道事業法１６条２項）に基づいて旅客運賃上限を変更するよう命ずる義務を負っている。


また，Ｐ６線の旅客運賃は，異常に高額であって鉄道利用者の利便を阻害しているだけでなく，Ｐ６運賃変更認可処分は，不十分な資料に基づき，適正原価・適正利潤の原則（改正前鉄道事業法１６条２項１号，鉄道事業法１６条２項）に適合するかが適正に審査されずにされたものであり，現時点で適切な原価計算に基づき算定し直されなければならないから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，旅客運賃上限の変更を命ずる義務を負っている。
さらに，平成２１年のＰ１の収支の実績をＰ６運賃変更認可処分の基礎とされた平成９年の収支の実績と比較すると，原価が約２２．８２億円減少し，収入は約４５．９１億円増加しており，その結果，経常損益は約３４．５億円のマイナスから約３４．２３億円のプラスに転じている。そして，総括原価方式によれば，平成９年度と平成２１年度の経常損益の差額分約６８．７３億円について，旅客運賃を減額させるために用いられなければならないから，国土交通大臣は，鉄道事業法２３条１項１号に基づき，旅客運賃上限の変更を命ずる義務を負っている。
(4)以上によれば，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ１に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ１に対し，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，同法１６条２項の定める適正原価・適正利潤の原則に基づき，Ｐ６線路使用条件の変更命令により定められた線路使用料に基づいて算定された収入額と現時点における収入と原価を基準とするとともに，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求⑥）。
２被告の主張
(1)本件各線路使用条件認可処分及びＰ６運賃変更認可処分は，いずれも適法であるから，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃の変更を命じるべき理由はない。(2)原告らは，Ｐ１の損益計算表上認められる経常損益は，平成９年度の約３４．５億円のマイナスから平成２１年度には約３４．２３億円のプラスに転じたのであり，総括原価方式によれば，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，平成９年度と平成２１年度の経常損益の差額分約６８．７３億円がＰ１の旅客運賃を減額させるために用いられるよう，Ｐ１に対し，旅客運賃上限等の変更命令をしなければならない旨主張する。
アしかし，鉄道事業法１６条２項にいう「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないものである」か否かは，現行算定要領において，実績に基づき算定された改定年度の翌年度以降の３年間における総括原価と総収入によって審査されることになっている。それにもかかわらず，原告らは，平成２２年度以降平年３年間における総括原価と総収入の対比ではなく，平成９年度と平成２１年度における経常損益を対比して，その差額分について旅客運賃を減額すべきである旨主張しているのであって，このような主張は，鉄道事業法１６条２項の趣旨を正解しないものである。
イ原告らの主張するＰ１の平成２１年度実績を前提としても，Ｐ１の平成２１年度における総収入が総括原価を上回っているとはいえない。すなわち，現行算定要領によると，総括原価の算定に当たり，払込資本金に対し１０パーセント配当に必要な額の鉄軌道事業分担額を「配当所要額（適正利潤）」として計上しなければならないと定めている。そのため，鉄道事業者については，現行算定要領により，損益計算書上利益が出ていたとしても，資本金相当額のおよそ１０パーセントについては，配当に充てなければならないことになる。
そして，Ｐ１の平成２１年度における払込資本金額は定かではないが，平成９年度当時と大きな変化はないと考えれば，同年度の払込資本金額に基づき算定された配当所要額相当額が，４６億５６０５万６０００円であるから，平成２１年度においても，現行算定要領に基づいて同額を配当所要額として計上しなければならないことになる。そうすると，現行算定要領に基づき，平成２１年度の損益計算書上の経費計１１４億８２３９万円に配当所要額約４６億５０００万円を加えた合計約１６１億円が同年度の総括原価となるのであり，これは，同年度におけるＰ１の旅客運賃等による収入に運輸雑収入及び営業外収益を加えた１４９億円余を大幅に上回るから，収入が総括原価を上回る状況にあるとはいえない。(3)以上によれば，平成２１年度におけるＰ１の決算実績に照らしても，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限は，鉄道事業法１６条２項にいう「能率的な経営の下における適正な原価に適正な利潤を加えたものを超えないもの」といえるから，Ｐ６運賃変更認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で設定された旅客運賃が，同法２３条１項柱書きにいう「利用者の利便その他公共の利益を阻害している事実があると認めるとき」に当たると解することはできない。
したがって，「行政庁がその処分をすべきであることがその処分の根拠となる法令の規定から明らか」とはいえず（行政事件訴訟法３７条の２第５項），旅客運賃上限等の変更命令の義務付けを求める請求に理由がないことは明らかである。
第８争点(8)（Ｐ１６運賃上限認可処分の適法性）について
１原告らの主張
Ｐ２Ｐ４線の旅客運賃は，鉄道利用者に混乱を生じさせないという理由で，Ｐ６線の旅客運賃と同額に設定されており，近距離の旅客運賃が異常に高い「メタボ運賃」となっているから，Ｐ１６運賃上限認可処分についても，Ｐ６運賃変更認可処分と同様に違法であるというべきである。
２被告の主張
Ｐ６運賃変更認可処分は適法なものであるから，Ｐ１６運賃上限認可処分も同様に適法なものというべきである。
第９争点(9)（Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の可否）について
１原告らの主張


Ｐ２Ｐ４線の旅客運賃は，Ｐ６線の旅客運賃と同額に設定されているから，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令と同様に，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ２に対して旅客運賃上限等の変更を命じないことは，裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用するものである（行政事件訴訟法３７条の２第５項）。
したがって，国土交通大臣は，鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づき，Ｐ２に対し，Ｐ１６運賃上限認可処分に係る旅客運賃上限及びその範囲内で届け出られた旅客運賃について，特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをすることがないよう距離に比例した原則の下に変更するよう命じなければならないというべきである（本件請求⑧）。
２被告の主張
Ｐ１６運賃上限認可処分は適法なものであるから，Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けを求める請求に理由がないことは明らかである。
（判決要旨）
【主文】
１本件訴えのうち，以下の各部分をいずれも却下する。(1)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ１株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分の取消し
を求める部分
(2)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ３株式会社に対してした同社とＰ２株式会社の間の鉄道線路使用条件の設定を認可する旨の処分の取消し
を求める部分
(3)国土交通大臣が鉄道事業法２３条１項４号に基づきＰ２株式会社及びＰ１株式会社に対して上記(1)記載の鉄道線路使用条件の設定を変更するよう命じ
ることの義務付けを求める部分
(4)運輸大臣が平成１０年９月４日付けでＰ１株式会社に対してした旅客運賃
変更認可処分の取消しを求める部分
(5)国土交通大臣が平成２２年２月１９日付けでＰ２株式会社に対してした旅
客運賃上限設定認可処分の取消しを求める部分
(6)国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ２株式会社に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務付け
を求める部分
２原告らのその余の請求をいずれも棄却する。
３訴訟費用は原告らの負担とする。
※本件は，事案の概要２(1)ないし(3)に記載したとおり，大きく３つのカテゴリーに分かれており，(1)第１が，Ｐ１及びＰ３がＰ２との間で設定した鉄道線路使用条件に関するもの，(2)第２が，Ｐ１の旅客運賃に関するもの，(3)第３が，Ｐ２の旅客運賃に関するものである。そして，上記(1)について請求の趣旨記載の本件請求①ないし③，上記(2)について同④ないし⑥，上記(3)について同⑦，⑧の請求がされた。
本判決は，上記(2)のＰ１の旅客運賃に関する訴え（本件請求④ないし⑥）について，原告らの原告適格を認め，他の(1)と(3)に関する各請求（本件請求①ないし③，⑦，⑧）については原告適格がないとした。
そして，原告適格があるとした本件請求⑤は，既に出訴期間が経過しており不適法な訴えであるとし，結局，本件請求①ないし③，⑤，⑦，⑧に係る訴えを不適法なものとして却下し，本件請求④と⑥については，原告適格その他の訴訟要件の存在が認められるから適法な訴えであるとし，実体法上の判断として理由がないとして棄却したものである。
【事案の概要】
１Ｐ１株式会社（以下「Ｐ１」という。）は，平成１０年９月４日付けで鉄道事業法１６条１項（平成１１年法律第４９号による改正前のもの）に基づく旅客運賃変更認可処分を受けて，Ｐ６線（α１駅とα２駅の間の３２．３ｋｍの路線）における旅客の運送を行っている。
また，Ｐ２株式会社（以下「Ｐ２」という。）は，Ｐ１が所有する鉄道線路（α１駅とα３駅の間）及びＰ３株式会社（以下「Ｐ３」という。）が所有する鉄道線路（α３駅とα２駅の間）等を使用して，Ｐ４線（α１駅とα４駅の間の５１．４ｋｍの路線）における旅客の運送を行っているところ，国土交通大臣は，平成２２年２月１９日付けで，鉄道事業法１５条１項に基づき，Ｐ１及びＰ３がＰ２との間で上記鉄道線路の使用について設定した各使用条件（線路使用料や旅客運賃収入の配分方法等を定めたもの）を認可する旨の各処分をするとともに，同法１６条１項に基づき，Ｐ２の申請に係るＰ４線の旅客運賃上限の設定を認可する旨の処分をした。


２本件は，Ｐ６線の沿線住民である原告５名が，以下のとおり，請求の趣旨記載の８つの請求（本件請求①ないし⑧）をする事案である(1)Ｐ１及びＰ３がＰ２との間で設定した鉄道線路使用条件はＰ１のみに不利益なもので，Ｐ１及びその利用者の利益を著しく害するものであり，「鉄道事業の適正な運営の確保に支障を及ぼすおそれ」（鉄道事業法１５条３項）があることからすれば，国土交通大臣がＰ１及びＰ３に対してした上記使用条件の設定を認可する旨の各処分（以下「本件各線路使用条件認可処分」という。）は，鉄道事業法１５条３項に規定する認可要件に違反する違法なものであると主張して，上記各処分の取消しを求める（本件請求①及び②）とともに，国土交通大臣が同法２３条１項４号に基づきＰ１とＰ２の間の上記使用条件を変更するよう命じることの義務付けを求めている（本件請求③）。(2)Ｐ１の旅客運賃は，距離と運賃が比例しておらず近距離の旅客運賃が異常に高くなっており，「特定の旅客に対し不当な差別的取扱いをするものである」（改正前鉄道事業法１６条２項２号）ことや，「能率的な経営の下における適正な原価を償い，かつ，適正な利潤を含むもの」（同項１号）ではないことなどからすれば，運輸大臣（現在の国土交通大臣）がＰ１に対してした旅客運賃変更認可処分（以下「Ｐ６運賃変更認可処分」という。）は，改正前鉄道事業法１６条２項に規定する認可要件に違反する違法なものであり，また，上記使用条件の設定を認可する旨の各処分が取り消されるべき違法なものであって，Ｐ１に適正な線路使用料が支払われるべきことからすれば，Ｐ６運賃変更認可処分は，後発的に，同項に規定する適正原価・適正利潤の原則に違反する違法なものとなったところ，これらの違法は重大かつ明白であると主張して，主位的に上記処分の無効確認を求め（本件請求④），予備的に同処分の取消しを求める（本件請求⑤）とともに，国土交通大臣が鉄道事業法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ１に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務付けを求めている（本件請求⑥）。
(3)国土交通大臣がＰ２に対してしたＰ４線に係る旅客運賃上限設定認可処分（以下「Ｐ１６運賃上限認可処分」といい，Ｐ６運賃変更認可処分と併せて「本件各運賃認可処分」という。）は，Ｐ１に対する旅客運賃変更認可処分と同様の理由により，鉄道事業法１６条２項に規定する認可要件に違反する違法なものであると主張して，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しを求める（本件請求⑦）とともに，国土交通大臣が同法１６条５項１号及び同法２３条１項１号に基づきＰ２に対して旅客運賃上限等を変更するよう命じることの義務付けを求めている（本件請求⑧）。
【争点及び当事者の主張の骨子】
別紙のとおり
【判決理由の要旨】
１本案前の争点について
(1)争点(1)（原告適格の有無）について
ア本件各運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④，⑤及び⑦）について
(ア)本件各運賃認可処分の根拠法である鉄道事業法は，目的規定（１条）において，「適正かつ合理的な」運営は，当然に「利用者の利益の保護」等を前提とするものでなければならないことを明示することで，鉄道事業の合理化が図られる場合でも，「利用者の利益の保護」は当然の前提として確保されなければならないものであることを明らかにしている。また，本件各運賃認可処分の根拠規定である改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項は，旅客運賃等の設定を鉄道事業者の自由に任せることなく，認可を要することとして，「利用者の利益の保護」を旅客運賃等に関して具体的に確保しようとしたものである。さらに，鉄道事業法の関係法令をみると，旅客運賃認可処分について利用者が特別の利害関係を有することを前提に，鉄道利用者に一定の手続関与の機会を付与している。
(イ)鉄道は，人や荷物を大量，高速，定時に輸送する公共的存在として重要な地位を占めており，特に，都市圏等で通勤や通学等に鉄道を利用する住民にとっては，居住地から職場や学校等に日々通うための「足」として，その仕事や学業を継続して続けていくために欠くことのできない移動手段となっている。他方で，鉄道利用の対価である旅客運賃は鉄道事業者の約款により一方的に定められており，利用者としては，一方的に定められた旅客運賃を支払って鉄道を利用するか，それともそもそも鉄道を利用しないかの自由しか与えられていない。
そうすると，旅客運賃認可処分が違法にされ，違法に高額な旅客運賃が設定された場合，日々の仕事や学業等を行うための通勤や通学等の手段として当該鉄道を反復継続して日常的に利用する者は，その違法に高額な旅客運賃を支払って，引き続き鉄道を利用することを余儀なくされることになるし，また，その経済的負担能力いかんによっては，当該鉄道を日常的に利用することが困難になり，職場や学校等に日々通勤や通学等すること自体が不可能になったり，住居をより職場や学校の近くに移転せざるを得なくなったりするなどし，仕事や居住場所などといった日常生活の基盤を揺るがすような重大な損害が生じかねない。
(ウ)「利用者の利益の保護」を重要な理念として掲げ，その具体的な確保のための条項を置いている鉄道事業法が，上記のような重大な損害を受けるおそれがある鉄道利用者についてまで，違法な旅客運賃認可処分がされてもその違法性を争うことを許さず，これを甘受すべきことを強いているとは考えられないから，改正前鉄道事業法１６条１項及び鉄道事業法１６条１項は，これらの者の具体的利益を，専ら一般的公益の中に吸収解消させるにとどめず，それが帰属する個々人の個別的利益としてもこれを保護すべきものとする趣旨を含んでいると解すべきである。(エ)したがって，改正前鉄道事業法１６条１項又は鉄道事業法１６条１項に基づく旅客運賃認可処分に関し，少なくとも居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的に鉄道を利用している者が有する利益は，「法律上保護された利益」に該当するというべきであり，このような者は，旅客運賃認可処分の取消し又は無効確認の訴えについて原告適格を有するものと解するのが相当である。そして，原告ら５名はいずれも，Ｐ１に旅客運賃を支払って，居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的にＰ６線を利用している者であると認められるから，いずれも，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④及び⑤）について，原告適格を有する。


(オ)一方，原告らは，Ｐ２に旅客運賃を支払っているわけではないから，Ｐ４線について認可されたＰ１６運賃上限認可処分の取消しを求めるにつき「法律上の利益」を有するものではなく，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴え（本件請求⑦）について原告適格を有しない。イ旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥及び⑧）について鉄道事業法１６条１項に規定する旅客運賃認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有する者は，同法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けの訴えについても原告適格を有するものと解するべきである。したがって，原告らは，Ｐ１に対する鉄道事業法１６条５項１号に基づく旅客運賃の変更命令及び同法２３条１項１号に基づく旅客運賃上限の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）について原告適格を有する。一方，原告らは，Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有しない以上，Ｐ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑧）についても原告適格を有しない。
ウ本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について(ア)本件各線路使用条件認可処分の根拠規定である鉄道事業法１５条１項は，鉄道線路の適切な維持管理及び鉄道利用者への良好かつ安定的な鉄道輸送サービスの提供を図るためには，適正な鉄道線路の使用関係を構成し，鉄道事業の適正な運営を確保する必要がある一方で，鉄道線路使用条件は，旅客運賃や鉄道施設の変更等のように鉄道利用者に直接影響を及ぼすものではなく，飽くまでも鉄道事業者相互間の関係を規律するものであることから，鉄道事業の適正な運営を阻害しない限り，鉄道線路使用条件の内容を原則として鉄道事業者相互間の調整に委ねたものであると解される。また，鉄道事業法の関係法令において，国土交通大臣が鉄道線路使用条件設定認可処分を行うに当たり，鉄道利用者に何らかの手続関与の機会が付与されていることをうかがわせる規定は見当たらない。さらに，鉄道線路使用条件は，飽くまでも鉄道事業者相互間の関係を規律するものであって，旅客運賃のように鉄道利用者に直接影響を及ぼすものではなく，鉄道線路使用条件認可処分が違法にされた場合，そのことによって直ちに旅客運賃上限に影響が生じ，鉄道利用者に損害が及ぶことになるものではない。
(イ)そうすると，鉄道事業法１５条１項に基づく鉄道線路使用条件設定認可処分によって，鉄道利用者が「法律上保護された利益」を侵害され又は必然的に侵害されるおそれがあるとは認められないから，鉄道利用者は，上記処分の取消訴訟における原告適格を有しないというべきである。したがって，原告らは，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②）について原告適格を有しない。
エＰ１に係る線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）につ
いて
原告らは，本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴えについて原告適格を有しない以上，Ｐ１に係る線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③）についても原告適格を有しない。
オ小括
以上によれば，原告らは，Ｐ６運賃変更認可処分の取消し又は無効確認の訴え（本件請求④及び⑤）及びＰ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）について原告適格を有するが，その余の訴え（本件各線路使用条件認可処分の取消しの訴え（本件請求①及び②），Ｐ１に係る線路使用条件の変更命令の義務付けの訴え（本件請求③），Ｐ１６運賃上限認可処分の取消しの訴え（本件請求⑦）及びＰ２に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑧））については，いずれも原告適格を有しない。
(2)争点(2)（「重大な損害を生ずるおそれ」の有無）について（本件請求⑥の関係）
原告らは，Ｐ１に旅客運賃を支払って，居住地から職場や学校等への日々の通勤や通学等の手段として反復継続して日常的にＰ６線を利用している者であるから，違法に高額な旅客運賃が設定された場合，仕事や居住場所などといった日常生活の基盤を揺るがすような損害が生じかねないところ，このような損害については，事後的な金銭賠償等により救済することが容易ではない。そうすると，Ｐ１に対する旅客運賃上限等の変更命令がされないことにより，原告らに「重大な損害を生ずるおそれ」（行政事件訴訟法３７条の２第１項）があると認められるから，上記変更命令の義務付けを求める訴えは適法である。(3)争点(3)（出訴期間徒過の有無）についてＰ６運賃変更認可処分の取消しの訴え（本件請求⑤）は，出訴期間を徒過してされた不適法なものである。
(4)本案前の争点に関するまとめ
以上によれば，本件各請求のうち，Ｐ６運賃変更認可処分の無効確認の訴え（本件請求④）及びＰ１に対する旅客運賃上限等の変更命令の義務付けの訴え（本件請求⑥）は適法であるが，その余の訴え（本件請求①ないし③，⑤，⑦及び⑧）はいずれも不適法である。
２本案の争点について
(1)争点(6)（Ｐ６運賃変更認可処分の適法性）について（本件請求④の関係）ア原告らは，違法な本件各線路使用条件認可処分がされたことによって，Ｐ６運賃変更認可処分は後発的に無効となった旨主張するが，行政処分の無効確認の訴えにおいては，行政処分がされた時点において当該処分に重大かつ明白な瑕疵があったか否かを判断すべきものであって，当該処分後口頭弁論終結時までに生じた事情を参酌して当該処分に重大かつ明白な瑕疵があったか否かを判断すべきものではないから，原告らの主張は主張自体失当である。イ原告らは，Ｐ６線の旅客運賃は，初乗りから中間距離までの旅客運賃が異常に高い「メタボ運賃」となっており近距離の利用者が遠距離の利用者に比べて不当に割高の旅客運賃を負担することになるから，これを認可したＰ６運賃変更認可処分は違法である旨主張する。