譲渡所得とは，資産の譲渡による所得をいう（所得税法３３条１項）ところ，譲渡所得の本質は，資産の値上がりによりその資産の所有者に帰属する増加益（キャピタル・ゲイン）であり，譲渡所得に対する課税は，年々に蓄積された増加益を所得として，その資産が所有者の支配を離れて他に移転するのを機会にこれを清算して課税する趣旨のものである（最高裁昭和４１年(行ツ)第１０２号同４７年１２月２６日第三小法廷判決・民集２６巻１０号２０８３頁，最高裁昭和４７年(行ツ)第４号同５０年５月２７日第三小法廷判決・民集２９巻５号６４１頁参照）。そして，需給関係の変動その他所有者の意思によらない外部的条件の変化に基因する資産の値上がり益である増加益は，それが抽象的に発生しているにとどまる限りは，それを捕捉し評価して課税することが困難であることから，未実現の経済的利得として所得税の課税対象とされていないのであり，譲渡所得に対する課税においては，保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益を所得として，原則的に，その資産の譲渡によりそれが実現したときに所得税の課税対象としているものであるということができる（最高裁平成１５年(行ヒ)第２１７号同１８年４月２０日第一小法廷判決・裁判集民事２２０号１４１号参照）。
イ相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得に対する所得税の課税対
象について
所得税法６０条１項１号は，居住者が贈与，相続（限定承認に係るものを除く。以下同じ。）又は遺贈（包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。以下同じ。）により取得した資産を譲渡した場合における譲渡所得の金額の計算については，その者が引き続きこれを所有していたものとみなすと規定している。上記アの譲渡所得に対する課税の趣旨からすれば，贈与，相続又は遺贈であっても，当該資産についてその時における価額に相当する金額により譲渡があったものとみなし，贈与者，被相続人又は遺贈
－13－
者に譲渡所得があったものとして課税すべきであるが，上記の贈与等にあっては，その時点では資産の増加益が具体的に顕在化しないため，その時点における課税について納税者の納得を得難いことから，上記規定は，その課税を留保し，その後，受贈者等が資産を譲渡し，その増加益が具体的に顕在化した時点において，これを清算して課税することとしたものであり（平成１７年最判参照），受贈者等が贈与者等の保有期間中も当該資産を所有していたものとみなし，受贈者等に贈与者等の取得価額及び取得時期を引き継がせることにより，贈与等の時点においては，贈与者等の保有期間中の増加益に対する所得税の課税を繰り延べ，その後，受贈者等が資産を譲渡したときに，贈与者等の保有期間中の増加益と受贈者等の保有期間中の増加益とを合わせて当該資産の譲渡に係る譲渡所得とし，受贈者等に課税することとしている。そして，このことと，上記アとを併せ考えると，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得に対する課税においては，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益と相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益とを所得として，その資産の譲渡によりそれが実現したときに所得税の課税対象としているものであるということができる。
ウ相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相続人の保有期間中の増加益に相当する部分と本件非課税規定について原告は，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相続人の保有期間中の増加益に相当する部分については本件非課税規定により所得税を課されない旨を主張する。
確かに，相続人が被相続人から相続により取得した資産を譲渡した場合，当該資産の譲渡により相続人に帰属する所得は，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益と相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益とによって構成される（上記イ）ところ，
－14－
相続税の課税対象となる当該資産の相続開始の時における価額に相当する経済的価値の中には，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益が未実現のまま含まれているということができるが，相続税の課税対象が，相続人が相続により取得した財産の経済的価値であるのに対して，上記譲渡所得に対する所得税の課税対象となる被相続人の保有期間中の増加益は，被相続人の保有期間中にその意思によらない外部的条件の変化に基因する資産の値上がり益として抽象的に発生し蓄積された資産の増加益（被相続人がその資産を譲渡していれば被相続人に帰属すべき所得）が相続人によるその資産の譲渡により実現したものであるから，当該資産の譲渡により相続人に帰属する所得に所得税を課したとしても，実質的に同一の経済的価値に対する相続税と所得税との二重課税が行われることとなるとまでいうことはできない。
また，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得については，所得税法６０条１項１号の規定が置かれており，同規定が，取得価額の引継ぎの方法により，相続時においては，被相続人の保有期間中の増加益に対する所得税の課税を繰り延べ，その後，相続人が相続により取得した資産を譲渡したときに，被相続人の保有期間中の増加益と相続人の保有期間中の増加益とを合わせて当該資産の譲渡に係る譲渡所得とし，相続人に課税するものとしていること（上記イ）によれば，所得税法は，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益について，相続人が相続により取得した財産の経済的価値が相続人に対する相続税の課税対象となることとは別に，相続人に対する所得税の課税対象となることを予定しているものであるということができる。
そうすると，相続により取得した資産の譲渡に係る譲渡所得のうち被相続人の保有期間中の増加益に相当する部分については，本件非課税規定の適用により所得税の課税対象から除外し所得税を課さないものとするこ
－15－
とはできないこととなる。
エしたがって，本件譲渡に係る譲渡所得のうち亡Ａの保有期間中の増加益に相当する部分については本件非課税規定の適用はなく，この増加益に相当する部分は所得税を課されるものである。
(3)原告のその余の主張について
原告は，所得税法６０条１項１号は所得の範囲を画定する計算規定であり，本件非課税規定は所得に該当するものの中から所得税を課さないものを選別する規定であるから，同号に従って計算した結果，所得に該当するものであったとしても，そのことをもって本件非課税規定の適用が排除されるということはできない旨を主張する。


しかし，仮に，計算規定及び非課税規定の一般的な性質ないし両規定の一般的な関係として，原告が主張するような性質ないし関係があるということができるものとしても，個別の計算規定及び非課税規定がどのような性質を有し，また，両規定がどのような関係にあるかは，上記の一般的な性質ないし関係のみから直ちに決定されるものではなく，当該規定の文言や当該法令等の中における位置付けをも併せ考えて決定されなければならないものである。そして，このような見地からすると，所得税法は，被相続人の保有期間中に抽象的に発生し蓄積された資産の増加益について，相続人が相続により取得した財産の経済的価値が相続人に対する相続税の課税対象となることとは別に，相続人に対する所得税の課税対象となることを予定しているものであるということができることは，上記(2)ウのとおりである。これを敷衍すると，被相続人の保有期間中の増加益は，本来被相続人の所得であるから，相続人が相続により当該資産を取得したからといって，当然に相続人に対する所得税の課税対象となるものではないのであり，同法６０条１項１号の規定は，取得価額の引継ぎの方法により，相続時においては，被相続人の保有期間中の増加益に対する所得税の課税を繰り延べ，その後，相続人が相
－16－
続により取得した資産を譲渡したときに，被相続人の保有期間中の増加益を含む譲渡所得に係る所得税を相続人に課税することを明確に定めた規定であると解するほかないところ，仮に被相続人の保有期間中の増加益について本件非課税規定の適用があるものとするならば，同法はおよそ適用の余地のない定めをあえて設けていることとなるのであり，同法が６０条１項１号の規定と本件非課税規定をそのようなものとして定めているとは考え難いというべきである。
２本件通知処分の適法性
上記１によれば，原告の更正の請求には理由がないということができる。そして，原告は，上記１で検討した点のほかに本件通知処分の違法を主張していないところ，本件通知処分から，その余の違法をうかがうこともできない。したがって，本件通知処分は適法である。
第４結論
よって，原告の請求は理由がないから，これを棄却することとし，訴訟費用の負担につき行政事件訴訟法７条，民事訴訟法６１条を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官          川神裕
裁判官          内野俊夫
－17－
裁判官          佐野義孝
－18－
（別紙１）
関係法令の定め
１所得税法（平成２２年法律第６号による改正前のもの）の定め
(1)９条（非課税所得）
次に掲げる所得については，所得税を課さない。（１項）
ア（１号ないし１４号は省略）
イ相続，遺贈又は個人からの贈与により取得するもの（相続税法の規定により相続，遺贈又は個人からの贈与により取得したものとみなされるものを含む。）（１５号）
ウ（１６号及び１７号は省略）
(2)３３条（譲渡所得）
ア譲渡所得とは，資産の譲渡（括弧内は省略）による所得をいう。（１項）イ譲渡所得の金額は，次の各号に掲げる所得につき，それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となった資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し，その残額の合計額（括弧内は省略）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。（３項）
(ア)資産の譲渡（括弧内は省略）でその資産の取得の日以後５年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）（１号）(イ)資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの（２号）(3)３８条（譲渡所得の金額の計算上控除する取得費）譲渡所得の金額の計算上控除する資産の取得費は，別段の定めがあるものを除き，その資産の取得に要した金額並びに設備費及び改良費の額の合計額とする。（１項）
－19－
(4)５９条（贈与等の場合の譲渡所得等の特例）次に掲げる事由により居住者の有する山林（事業所得の基因となるものを除く。）又は譲渡所得の基因となる資産の移転があった場合には，その者の山林所得の金額，譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算については，その事由が生じた時に，その時における価額に相当する金額により，これらの資産の譲渡があったものとみなす。（１項）
ア贈与（法人に対するものに限る。）又は相続（限定承認に係るものに限る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものに限る。）（１号）
イ（２号は省略）
(5)６０条（贈与等により取得した資産の取得費等）居住者が次に掲げる事由により取得した前条１項に規定する資産を譲渡した場合における事業所得の金額，山林所得の金額，譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算については，その者が引き続きこれを所有していたものとみなす。（１項）
ア贈与，相続（限定承認に係るものを除く。）又は遺贈（包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。）（１号）
イ（２号は省略）
２国税通則法（平成２３年法律第１１４号による改正前のもの）の定め
２３条（更正の請求）
(1)納税申告書を提出した者は，次の各号の一に該当する場合には，当該申告書に係る国税の法定申告期限から１年以内に限り，税務署長に対し，その申告に係る課税標準等又は税額等（括弧内は省略）につき更正をすべき旨の請求をすることができる。（１項）
ア当該申告書に記載した課税標準等若しくは税額等の計算が国税に関する
－20－
法律の規定に従っていなかったこと又は当該計算に誤りがあったことにより，当該申告書の提出により納付すべき税額（括弧内は省略）が過大であるとき。（１号）
イ（２号及び３号は省略）
(2)税務署長は，更正の請求があった場合には，その請求に係る課税標準等又は税額等について調査し，更正をし，又は更正をすべき理由がない旨をその請求をした者に通知する。（４項）
－21－
（別紙２）
課税処分の経緯
１所得税の申告


主     文
１本件訴えのうち，公害健康被害補償不服審査会が平成１９年３月２２日付けで原告に対してした原告の審査請求を棄却する旨の裁決の取消請求に係る部分を却下する。
２熊本県知事が昭和５５年５月２日付けで原告に対してした原告の水俣病認定申請を棄却する旨の処分を取り消す。
３熊本県知事は，原告に対し，公害健康被害の補償等に関する法律４条２項に基づき，原告がかかっている疾病が，熊本県の区域のうち，水俣市及び葦北郡の区域並びに鹿児島県の区域のうち，出水市の区域に係る水質の汚濁の影響による水俣病である旨の認定をせよ。
４訴訟費用は，原告に生じた費用の３分の２と被告熊本県に生じた費用を被告熊本県の負担とし，原告に生じたその余の費用と被告国に生じた費用を原告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
１公害健康被害補償不服審査会が平成１９年３月２２日付けで原告に対してした原告の審査請求を棄却する旨の裁決を取り消す。
２主文２，３項同旨
第２事案の概要
１事案の要旨
原告は，熊本県知事に対し，公害健康被害補償法（昭和４８年法律第１１１号。なお，同法の題名は，昭和６２年法律第９７号により「公害健康被害の補償等に関する法律」に改められた。以下，同改正の前後を問わず「公健法」という。）４条２項の規定に基づく水俣病認定申請（以下「本件申請」という。）をしたところ，同知事は，本件申請を棄却する処分（以下「本件処分」という。）をした。原告は，本件処分を不服として，熊本県知事に対する異議申立てを経て公害健康被害補償不服審査会（以下「本件審査会」という。）に対して審査請求（以下「本件審査請求」という。）をしたところ，本件審査会は，本件審査請求を棄却する裁決（以下「本件裁決」という。）をした。本件は，原告が，本件処分及び本件裁決を不服として，これらの各取消しを求めるとともに，熊本県知事において，原告に対し，公健法４条２項に基づき原告がかかっている疾病が水俣市及び葦北郡の区域に係る水質の汚濁の影響による水俣病である旨の認定をすることの義務付けを求めた事案である。
２法令の定め
(1)公健法
ア公健法１条は，同法は，事業活動その他の人の活動に伴って生ずる相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁の影響による健康被害に係る損害を填補するための補償並びに被害者の福祉に必要な事業及び大気の汚染の影響による健康被害を予防するために必要な事業を行うことにより，健康被害に係る被害者等の迅速かつ公正な保護及び健康の確保を図ることを目的とする旨規定する。
イ公健法２条２項は，同法において「第二種地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じ，その影響により，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾病が多発している地域として政令で定める地域をいう旨規定し，同条３項は，前２項の政令においては，あわせて前２項の疾病（以下「指定疾病」という。）を定めなければならない旨規定する。ウ公健法４条２項は，第二種地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該第二種地域につき同法２条３項の規定により定められた疾病にかかっていると認められる者の申請に基づき，当該疾病が当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行う，この場合においては，当該疾病にかかっていると認められるかどうかについては，公害健康被害認定審査会の意見をきかなければならない旨規定する。
エ公健法１０６条２項は，認定又は補償給付の支給に関する処分に不服がある者のする審査請求は，公害健康被害補償不服審査会（本件審査会）に対してしなければならない旨規定する。
(2)公害健康被害の補償等に関する法律施行令
公害健康被害の補償等に関する法律施行令（昭和４９年政令第２９５号。なお，昭和６２年政令第３６８号による改正前の題名は「公害健康被害補償法施行令」であったが，以下，同改正の前後を問わず「公健法施行令」という。）１条は，公健法２条２項の政令で定める地域及び同項に規定する疾病は，別表第二のとおりとする旨規定し，公健法施行令別表第二は，４の項の中欄において，「熊本県の区域のうち，水俣市及び葦北郡の区域並びに鹿児島県の区域のうち，出水市の区域」を掲げ，その下欄において，「水俣病」を掲げ，なお，同別表備考は，同別表に掲げる区域は，昭和４９年６月１０日における行政区画その他の区域によって表示されたものとする旨規定する。
３関係通知の定め
(1)４６年事務次官通知（甲４）
環境庁事務次官は，昭和４６年８月７日，公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法（昭和４４年法律第９０号，以下「救済法」という。）３条１項に規定する認定（公健法４条２項に規定する認定に相当する。）に関し，関係各都道府県知事にあてて「公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法の認定について」と題する通知（昭和４６年環企保第７号，以下「４６年事務次官通知」という。）を発出した。４６年事務次官通知は，水俣病の認定の要件として，下記のとおり規定している。
第一水俣病の認定の要件
(1)水俣病は，魚介類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起る神経系疾患であって，次のような症状を呈するものであること。
(イ)後天性水俣病
四肢末端，口囲のしびれ感にはじまり，言語障害，歩行障害，求心性視野狭窄，難聴などをきたすこと。また，精神障害，振戦，痙攣その他不随意運動，筋強直などをきたすこともあること。
主要症状は求心性視野狭窄，運動失調（言語障害，歩行障害を含む。），難聴，知覚障害であること。
(ロ)胎児性または先天性水俣病
（省略）
(2)上記(1)の症状のうちいずれかの症状がある場合において，当該症状のすべてが明らかに他の原因によるものであると認められる場合には水俣病の範囲に含まないが，当該症状の発現または経過に関し魚介類に蓄積された有機水銀の経口摂取の影響が認められる場合には，他の原因がある場合であっても，これを水俣病の範囲に含むものであること。
なお，この場合において「影響」とは，当該症状の発現または経過に，経口摂取した有機水銀が原因の全部または一部として関与していることをいうものであること。


(3)(2)に関し，認定申請人の示す現在の臨床症状，既応症，その者の生活史および家族における同種疾患の有無等から判断して，当該症状が経口摂取した有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合においては，法の趣旨に照らし，これを当該影響が認められる場合に含むものであること。(4)法第３条の規定に基づく認定に係る処分に関し，都道府県知事等は，関係公害被害者認定審査会の意見において，認定申請人の当該申請に係る水俣病が，当該指定地域に係る水質汚濁の影響によるものであると認められている場合はもちろん，認定申請人の現在に至るまでの生活史，その他当該疾病についての疫学的資料等から判断して当該地域に係る水質汚濁の影響によるものであることを否定し得ない場合においては，その者の水俣病は，当該影響によるものであると認め，すみやかに認定を行うこと。
（以上）
(2)５２年判断条件（甲３，乙２１）
環境庁企画調整局環境保健部長は，昭和５２年７月１日，後天性水俣病の判断条件を取りまとめたものとして，関係各都道府県知事及び政令市市長にあてて「後天性水俣病の判断条件について」と題する通知（昭和５２年環保業第２６２号，以下「５２年判断条件」という。）を発出した。同通知は，後天性水俣病の判断条件として，下記のとおり規定している。記１水俣病は，魚介類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起る神経系疾患であって，次のような症候を呈するものであること。四肢末端の感覚障害に始まり，運動失調，平衡機能障害，求心性視野狭窄，歩行障害，構音障害，筋力低下，振戦，眼球運動異常，聴力障害などをきたすこと。また，味覚障害，嗅覚障害，精神症状などをきたす例もあること。これらの症候と水俣病との関連を検討するに当たって考慮すべき事項は次のとおりであること。
(1)水俣病にみられる症候の組合せの中に共通してみられる症候は，四肢末端ほど強い両側性感覚障害であり，時に口のまわりまでも出現するものであること。
(2)(1)の感覚障害に合わせてよくみられる症候は，主として小脳性と考えられる運動失調であること。また，小脳，脳幹障害によると考えられる平衡機能障害も多く見られる症候であること。
(3)両側性の求心性視野狭窄は，比較的重要な症候と考えられること。(4)歩行障害及び構音障害は，水俣病による場合には小脳障害を示す他の症候を伴うものであること。
(5)筋力低下，振戦，眼球の滑動性追従運動異常，中枢性聴力障害，精神症状などの症候は，(1)の症候及び(2)又は(3)の症候がみられる場合にはそれらの症候と合わせて考慮される症候であること。
２１に掲げた症候は，それぞれ単独では一般に非特異的であると考えられるので，水俣病であることを判断するに当たっては，高度の学識と豊富な経験に基づき総合的に検討する必要があるが，次の(1)の曝露歴を有する者であって，次の(2)に掲げる症候の組合せのあるものについては，通常，その者の症候は，水俣病の範囲に含めて考えられるものであること。
(1)魚介類に蓄積された有機水銀に対する曝露歴なお，認定申請者の有機水銀に対する曝露状況を判断するに当たっては，次のアからエまでの事項に留意すること。
ア体内の有機水銀濃度（汚染当時の頭髪，血液，尿，臍帯などにおける濃度）
イ有機水銀に汚染された魚介類の摂取状況（魚介類の種類，量，摂取時期など）
ウ居住歴，家族歴及び職業歴
エ発病の時期及び経過
(2)次のいずれかに該当する症候の組合せ
ア感覚障害があり，かつ，運動失調が認められること。イ感覚障害があり，運動失調が疑われ，かつ，平衡機能障害あるいは両側性の求心性視野狭窄が認められること。
ウ感覚障害があり，両側性の求心性視野狭窄が認められ，かつ，中枢性障害を示す他の眼科又は耳鼻科の症候が認められること。エ感覚障害があり，運動失調が疑われ，かつ，その他の症候の組合せがあることから，有機水銀の影響によるものと判断される場合であること。３他疾患との鑑別を行うに当たっては，認定申請者に他疾患の症候のほかに水俣病にみられる症候の組合せが認められる場合は，水俣病と判断することが妥当であること。また，認定申請者の症候が他疾患によるものと医学的に判断される場合には，水俣病の範囲に含まないものであること。なお，認定申請者の症候が他疾患の症候でもあり，また，水俣病にみられる症候の組合せとも一致する場合は，個々の事例について曝露状況などを慎重に検討のうえ判断すべきであること。
（以上）
４前提事実
以下の事実は，当事者間に争いがないか，掲記各証拠（書証番号は，特記しない限り枝番を含む。以下同じ。）又は弁論の全趣旨から容易に認めることができる。なお，当事者間に争いがない事実には認定根拠を付記しない。
(1)水俣病
水俣病は，α８湾又はその周辺海域の魚介類に蓄積された有機水銀化合物を経口摂取することによって起こる中毒性神経疾患である（ただし，その詳細は，後記第４において検討する。）。
(2)原告（乙１６，弁論の全趣旨）
原告は，大正▲年▲月▲日，熊本県葦北郡α１町（現水俣市）α２において出生した女性である。原告は，昭和１８年，Ｐ１（昭和▲年戦病死。）と結婚し（婚姻届は出さなかった。），同町α３に居住し，昭和２６年にＰ２株式会社（以下「Ｐ２」という。）に勤務するＰ３と再婚し，水俣市α４に転居し，昭和２７年に同市α５に転居し，昭和２８年には離婚してα２の実家に戻った。原告は，同年１１月，Ｐ４と結婚し（婚姻届は昭和３１年４月１９日に提出した。），昭和３０年に同市α６のα７開拓村に転居し，昭和４６年に兵庫県尼崎市に転居した。


(3)本件裁決に至る経緯等（甲１，２，乙１６，弁論の全趣旨）ア原告は，昭和５３年９月３０日，熊本県知事に対し，認定の申請に係る疾病の名称を水俣病とする「公害健康被害補償法認定申請書」を提出して公健法４条２項に規定する認定の申請（本件申請）をした。イ熊本県知事は，昭和５５年４月２１日，本件申請について熊本県公害健康被害認定審査会に対し，公健法４条２項の規定により意見を求めたところ，同審査会は，同年５月１日，熊本県知事に対し，原告は水俣病ではないと判定するとして，棄却相当である旨の審査結果を答申した。ウ熊本県知事は，同月２日，原告に対し，原告の申請に係る疾病は，魚介類に蓄積した有機水銀を経口摂取したことによって生じたものとは認められないとして，本件申請を棄却する旨の処分（本件処分）をした。エ原告は，同年７月３日，本件処分を不服として，熊本県知事に対して異議申立てをしたところ，同知事は，昭和５６年９月２８日，原告の上記異議申立てを棄却する旨の決定をした。
オ原告は，同年１０月２８日，本件処分を不服として，本件審査会に対し，審査請求（本件審査請求）をしたところ（以下，本件審査請求に係る審査手続を「本件審査手続」という。），本件審査会は，平成１９年３月２２日，原告の本件審査請求を棄却する旨の裁決（本件裁決）をした。(4)別件訴訟の経緯等（甲２１，２２，弁論の全趣旨）ア原告は，昭和６３年，大阪地方裁判所に対し，他の水俣病患者であると主張する者と共に，国，熊本県及びＰ２を被告として，原告らは，Ｐ５工場からのメチル水銀化合物を含む排水により汚染されたα８湾周辺地域の魚介類を摂取したことにより水俣病に罹患したものであるから，原告らに対し，Ｐ２は民法７０９条に基づく損害賠償義務を負い，また，国及び熊本県は水俣病の発生及び被害拡大の防止のために規制権限を行使することを怠ったことにつき国家賠償法１条１項に基づく損害賠償責任を負うなどと主張して，損害賠償を求める訴訟（いわゆる関西水俣病訴訟。以下「別件訴訟」という。）を提起した。
イ同裁判所は，平成６年７月１１日，原告の請求のうち，Ｐ２に対する損害賠償請求の一部を認容し，原告のＰ２に対するその余の請求並びに原告の国及び熊本県に対する各請求をいずれも棄却する旨の判決（以下「別件訴訟第１審判決」という。）を言い渡した。
ウ原告及びＰ２は，別件訴訟第１審判決を不服としてそれぞれ大阪高等裁判所に控訴したところ，同裁判所は，平成１３年４月２７日，別件訴訟第１審判決を変更し，原告のＰ２に対する請求についてその認容額を増額した上，原告の国及び熊本県に対する損害賠償請求についてもその一部を認容する旨の判決（以下「別件訴訟第２審判決」という。）を言い渡した。なお，別件訴訟第２審判決においては，メチル水銀中毒罹患を理由とする損害賠償請求事件において，要件としての因果関係の存在につき請求権者がなすべき因果関係の立証の程度は，通常の民事訴訟における場合と異なるものではなく，経験則に照らして全証拠を総合検討し，特定の事実が特定の結果発生を招来した関係を是認し得る高度の蓋然性を証明することであり，その判定は通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得ることが必要であることを前提として，複合感覚に障害を受けていれば，それだけで大脳皮質に障害を受けたことに起因する感覚障害でメチル水銀中毒の影響によるものと推認して差し支えないとした上，同訴訟の原告らが訴えている症状がＰ２が排出したメチル水銀中毒に起因すると推認することができる準拠としては，α８湾周辺地域において汚染された魚介類を多量に摂取していたことが証明されることに加え，①舌先の２点識別覚に異常のある者及び指先の２点識別覚に異常があって，頸椎狭窄などの影響がないと認められる者，②家族内に認定患者がいて，四肢末梢優位の感覚障害がある者，③死亡などの理由により２点識別覚の検査を受けていないときは，口周辺の感覚障害あるいは求心性視野狭窄があった者，のいずれかに該当する者は，メチル水銀に起因する障害が生じている患者と認定して差し支えない旨判示している。
エ国及び熊本県は，別件訴訟第２審判決を不服として，昀高裁判所に対して上告したところ，同裁判所は，平成１６年１０月１５日，原告に係る国及び熊本県の上告をいずれも棄却する旨の判決（以下「別件訴訟昀高裁判決」という。）を言い渡した。なお，国及び熊本県は，別件訴訟上告審において，上告受理申立て理由として，別件訴訟第２審判決は，同訴訟原告らがＰ２の排出したメチル水銀によって健康障害が惹起されたといえる関係があることについて，通常人が疑いを差し挟まない程度の真実性の確信を持ちうる程度の証明がないにもかかわらず，それがあると判断したものであり，経験則に反し違法であると主張していたところ，別件訴訟昀高裁判決は，同上告受理申立て理由について，所論の点に関する原審の事実認定は，別件訴訟第２審判決挙示の証拠関係に照らして首肯するに足り，上記事実関係の下においては，原審の判断は是認することができるとして，別件訴訟第２審判決に所論の違法はない旨判示した。
(5)本件訴えの提起（顕著な事実）
原告は，平成１９年５月１６日，当庁に対し，本件訴えを提起した。
第３争点及び争点についての当事者の主張
本件における主たる争点は，①本件処分の適法性，②公健法４条２項に基づく水俣病認定の義務付けの可否及び③本件裁決の適法性，の３点であり，これらについての当事者の主張は次のとおりである。
１争点①（本件処分の適法性）について
【原告の主張】
(1)公健法における水俣病の認定要件について
ア公健法制定の経緯と同法の規範目的・立法趣旨


公健法は，公害対策基本法が，２１条２項において公害対策の一つの柱として公害被害救済制度の確立の必要性が謳われていたのを受けて，一部自治体における公害被害救済の実施等に促され制定されたものである。すなわち，厚生省は，昭和４３年９月２６日，「水俣病に関する見解と今後の措置」で，水俣病を公害病として認知し，水俣病の本態とその原因として「水俣病は，α８湾産の魚介類を長期かつ大量に摂取したことによって起こった中毒性中枢神経疾患である。…メチル水銀化合物が，工場排水に含まれて排出され，α８湾内の魚介類を汚染し，その体内で濃縮されたメチル水銀化合物を保有する魚介類を地域住民が摂食することによって生じたものと認められる」とし，厚生省としては，今後すみやかに公害に係る紛争の処理と被害の救済制度の確立を図るとした。厚生省のこの見解は，水俣病がＰ２の放恣な企業活動によって発生したものであること及び「環境汚染を媒介とした有機水銀中毒」というかつて人類の経験したことのない特殊な発症機構の病気（公害病）であることを明らかにしたことに重要な意義がある。
その後，昭和４４年１２月１５日に救済法が制定されたが，同法は，その１条（目的）で，「この法律は，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じたため，その影響による疾病が多発した場合において，当該疾病にかかった者に対し，医療費，医療手当及び介護手当の支給の措置を講ずることにより，その者の健康被害の救済を図ることを目的とする」と規定し，当面の緊急措置として，民事責任とは切り離した医療費等の給付を行う行政上の救済措置が講ぜられることになった。この点，昭和４５年１月２６日付け厚生事務次官通知は，同法の趣旨として，「公害に係る被害については本来必ず原因となる特定の有害物質があり，その特定の有害物質を排出する企業等の公害発生原因者の民事責任に基づく損害賠償の方途は開かれているものの，現段階ではその因果関係の立証や故意過失の有無等の判定等の点で困難な問題が多いという公害問題の特殊性にかんがみ，法（判決注：救済法の意）は当面の応急措置として緊急に救済を要する健康被害に対し，民事責任とは切り離した行政上の措置として特別の救済措置として制定されたものである」としている。
そして，公健法は，救済法の不備を補充して給付内容等を拡充したもので，民事責任を踏まえた制度であるとされているが，「公害対策基本法に基づき，公害病の特質を考慮して公害に係る健康被害者を迅速かつ適正に救済することを目的」とする点においてはもとより両者は趣旨において共通し，同一である。したがって，公健法に基づく認定制度は，法的な損害賠償の履行に先立って，公害被害者の迅速かつ公正な保護を図ることを目的として裁判よりも簡易化された画一定型的要件で迅速に給付を行うもので行政的手段による包括的処理を図ろうとする公的救済制度である。このように，公健法は，多数存在する健康被害を被った被害者の「迅速かつ公正な保護」を図ることを目的としている。すなわち，これらの「健康被害者」をできるだけ「迅速に」かつ「もれなく公平かつ適正」に救済することを目的・理念としているということであり，この目的・理念は，当然同法４条の認定要件の解釈などにおいて，何よりも優先する指導原理でなければならない。水俣病に関していえば，公健法は，Ｐ２の企業活動の結果としての広範なメチル水銀の影響により汚染された水俣病被害者をあまねく救済すべしという規範目的・趣旨を有しているということである。
イ公健法４条２項の認定要件の規範的意味内容
(ア)公健法４条２項は，前記第２の２(1)ウのとおり規定しており，同項の認定申請者の申請に基づき，当該都道府県知事は「当該疾病が，第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行う」との意味，内容及びその要件が問題となるところ，ここでは，まず，同項において「影響」という用語が使用されていることが重要である。この「影響」とは，一方の作用や働きが結果として他方に変化や反応を起こさせること，あるいはその変化や反応をいい，原子爆弾被爆者に対する援護に関する法律（以下「被爆者援護法」という。）１１０条等において使用されている「起因」よりは広い概念である。次に，水質汚濁の影響の有無に関して①当該申請者が指定された地域に一定期間居住して，当該地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響を受ける立場・地位にあったこと，水俣病に則していえば，α８湾又はその周辺海域の魚介類の多食等による「有機水銀への曝露」という条件を満たしている必要がある。すなわち，「有機水銀への曝露」という，いわゆる疫学条件の存在は，次の②の水俣病に該当するかどうかの実体的判断をなすための前提条件である。次いで，②当該申請者に発現している症状や疾病が，有機水銀への曝露の影響による疾病と認められるか否か，すなわち，公健法でいうところの「水俣病」の症状のいずれかと同一性が認められるか否かが問題となる（もとより，このことは，各時点での医学的知見に基づいて判断されるべきであるが，公健法制定当時の知見によれば後記のＰ６報告書に記載されている「水俣病に発現する症状のどれかと同一の症状の発現があれば，水俣病と認定してよい」との考え方に立法者は立っていたと思われる。）。
この①と②の要件が満たされれば，水質汚濁（すなわち有機水銀への曝露）の影響による健康被害としてこれを認定して，すべて公健法の救済措置を受けさせるべきであると解釈すべきである。ここにいう「認定」は，「既存の事実を公の権威をもって確定する確認行為」であり，認定は民事上の「賠償」の側面から制約を受けるべきものではない。認定は，行政上の確認行為として完全に独立して行われるべき性質のものである。そして，上記２つの要件を満たすかどうかは，もとより申請者の個別のケースごとに具体的に総合的に判断されなければならない。なお，昭和４４年３月厚生省の委託により設置されたＰ６を委員長とする水俣病の症状の検討委員会（以下「Ｐ６委員会」という。）は，その時点で判明している水俣病の症状について報告しているが，その中で臨床所見として「通常初期に四肢末端・口囲のしびれ感にはじまり，漸次拡大するとともに…」と指摘していたことが特に注目される。


(イ)これに対し，被告らは，公健法４条２項が二段階の認定を行うことを規定しているとして，同項に関する独自の文言解釈を主張する。しかし，同項が，形式的には「大気汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定」と「当該疾病，指定疾病にかかっていると認められるかどうか」との両者を一応区別して書き分けているようにも見受けられるのは，救済法から改められた公健法の下においては，第一種地域に係る疾患については因果関係ありとみなすための制度的な取決めとして，指定地域，曝露要件等の要件が新たに導入され，その要件が満たされる場合は，さらに「指定疾病に該当しているどうかを認定する」という仕組みが採用されたからであり，公健法が上記の類型を２つに書き分けているのは，主として第一種地域に係る疾患のためである。これに対し，第二種地域に係る疾患については，公健法制定後も救済法の時と比べて指定疾病の認定構造につき変更はなく，公健法の下でも，「申請に基づいて都道府県知事等は，公害被害認定審査会の意見を聞いて，その疾病が当該第二種地域にかかる水質の汚濁の影響によるものであるかどうかの認定を行う」ことになり，公健法の認定制度は，「原則として，救済法に基づく特異的疾患にかかる認定の方針を踏襲している」のである。そうすると，公健法の下においても，第二種地域の指定疾病該当性の認定及び審査の本質はあくまで「当該疾病が当該第二種地域に係る大気の汚染又は，水質の汚濁の影響によるものであるか否か」の実体的判断であって，「当該疾病が当該第二種地域につき定められた指定疾病にかかっていると認められるか」は，上記の「影響の有無についての実体的判断」に立ち入る前提となる必要条件，すなわち当該指定水域を汚染した工場の排出したメチル水銀への曝露条件の存否，換言すれば，「当該地域に係る水質の汚濁の影響を受ける立場・地位にあったか」否かを意味するものと解すべきである。したがって，曝露条件を満たす，すなわち，「指定疾病にかかっている」と認められたからといって，通常「当該疾病が当該第二種地域に係る水質の汚濁の影響によるものである」とは限らず，この点は，第一種地域における疾患の認定要件・認定構造とは異なる。(ウ)なお，公健法の制度の立案に携わった環境庁の担当者らの解釈においても，公健法４条２項の「水質の汚濁の影響による健康被害（疾病）に該当するかどうかは，単なる医学的判断ではなく，医学的判断を基礎とした総合的な法的な価値判断であることを示している（公健法４５条は，公害健康被害認定審査会の委員として，医学者だけでなく，法律学関係者も予定している。）。
そして，別件訴訟昀高裁判決は，水俣病を「α８湾又はその周辺海域の魚介類を多量に摂取したことによって起こる中毒性神経疾患である。その主要な症状としては，感覚障害，運動失調，求心性視野狭窄，聴力障害，言語障害等がある。個々の患者には重症例から軽症例まで多様な形態がみられ，症状が重篤なときは死亡するに至る。水俣病の原因物質は，有機水銀化合物の一種であるメチル水銀化合物であり，これは…Ｐ２…Ｐ５工場で生成され，同工場の排水に含まれて工場外に流出したものであった。水俣病は，このメチル水銀化合物が魚介類の体内に蓄積され，その魚介類を多量に摂取した者の体内に取り込まれ，大脳，小脳等に蓄積し，神経細胞に障害を与えることによって引き起こされた疾病である」としているとおり，水俣病は環境汚染を媒介とした特殊なメカニズムの公害病であり，メチル水銀中毒の一つである。そして，公健法上の水俣病は，汚染原因者の特定，指定地域制度，申立ての管轄など，同法の特殊なフレームの制約のある概念で，熊本水俣病，α９川（新潟）水俣病に限定されており，指定地域の解除もあり得るところの一つの制度ではあるが，政令に織り込む病名として「水俣病」を採用するのが相当であるとした昭和４５年３月のＰ６委員会の報告書（乙９３）は，「水俣病の定義は魚貝類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起る神経疾患とする」としており，この定義は，４６年事務次官通知及び５２年判断条件においても「魚貝類」を「魚介類」と表現を変えた点を除き，他は同一である。以上の定義からも明らかなごとく，水俣病の病態・本質に関して「水俣病にかかっているか」あるいは「水俣病と認定し得るか」否かのポイントは当該患者につき「魚介類を介してメチル水銀化合物が人体内に取り込まれ，大脳，小脳等に蓄積し，神経細胞に障害を与えることによって引き起こされた疾病，症状」が認められるかどうかという事実概念であることに変わりはなく，医学的知見は当該事実関係を認識するための経験則・手段の一つであるという位置づけとなる。
ウ因果関係の立証の程度の緩和
公健法４条１項の非特異的疾患については，個々に厳密な因果関係の証明を行うことが不可能であるため，疫学を基礎として人口集団につき因果関係があると判断される大気汚染地域に，一定期間居住等している者（曝露条件を満たしている者）で指定疾病にかかっているものについては，その疾病と大気汚染との間に因果関係ありとみなす制度上の取決めを行う必要があるとされ，「指定地域」「曝露条件」及び「指定疾病」の３つの要件が充足されれば，因果関係ありとみなして同法に基づく認定処分がされ，当該疾病が他原因によるものとの証明がなされない限り，因果関係を覆すことはできないことになる。
そして，公健法４条２項の第二種地域に係る指定疾病の認定についても，第一種地域に係る指定疾病のようにまず不可能に近いとはいえないとしても，公害の特殊性（水俣病に則していえば，有機水銀への直接曝露ではなく，環境汚染を媒介としての間接曝露であり，しかも熊本水俣病の場合，有機水銀の汚染の度合いを示す指標である毛髪水銀値や血中水銀値等の医学的データがほとんど採取されず，あるいは採取されても残されていないといった特性，特徴）から，水俣病の因果関係の判断（認定）には多大の手間と時間そして多くの困難が伴う点では同一であり，水質汚濁の影響によるものであるかどうかは，個別に判断されるべきとしても，公健法の前記立法趣旨，水俣病の病像の未解明性等からすれば，損害賠償請求訴訟における個別的因果関係の認定の場合よりも立証の程度は緩和されてしかるべきである。そして，申請人が水俣病に罹患しているかの判断においては，臨床医学上の知見に照らし申請人が水俣病に罹患していると明確に判断し得る場合はもちろん，そのような明確な診断に至らない場合でも相応の医学的知見に照らし，水俣病の疑いがあるとされる事例については，これを水俣病と認定するのがその立法趣旨に適合するものといえる（以上につき，東京地裁平成４年２月７日判決・判例時報平成４年４月２５日臨時増刊号１６８頁参照）。
(2)水俣病の意義・特質


ア前記のとおり，水俣病は，メチル水銀中毒の一つであるが，「魚介類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起こる神経系疾患」と定義され，Ｐ６委員会の報告書において，「魚介類への蓄積，その摂取という過程において公害的要素を含んでおり，このような過程は世界の何処にもみないものである」と指摘されていることは極めて重要である。水俣病は人類の歴史の中で未曾有の病気であり，まさに「水俣病の前に水俣病はなかった」のである。このように，発症のメカニズムにおいて水俣病は顕著な特異性があり，発症のメカニズムの証明には時間と手間も含めて，相当な困難を伴うことは明らかである。
イそして，水俣病は，Ｐ２が長期かつ多量に猛毒のメチル水銀を含む工場排水をα１０海に排出し，食物連鎖により濃縮したメチル水銀によって汚染された魚介類をα１０海沿岸に居住するおびただしい住民が相当期間にわたって食べ続けた結果発生した中毒性疾患であるから，その症状も，急性，慢性，不全型と多種多様である。この点，Ｐ７医師（以下「Ｐ７」という。）は，「水俣病の発生は一般的には１９６０年に終わったと信じられた。それは，一つは急性亜急性水俣病が集団的に発生するのが終わったということであった。しかし，それは医学的問題にとどまらず社会的・政治的要素が大きく作用したことも否定できない。当時，この急性・亜急性水俣病が集団的に発生した背景には，発病の可能性のあるような汚染を受けた住民がα１０海沿岸に１０万人を下らないとの事実があった」などとしていた。
ウまた，昭和４６年から昭和４７年にかけての熊本大学（以下「熊大」という。）の「１０年後の水俣病研究班」などの調査，研究によって従来の水俣病像が大きく変わり，急性劇症型のほかに慢性水俣病患者が多数存在することがわかり，さらに患者発生期間も昭和１６年から昭和４７年までと押し広げられた。すなわち，昭和４６年４月，熊大に「１０年後の水俣病研究班」が発足し（第２次研究班と呼ばれた。），大規模な疫学調査等を実施し，水俣市や天草郡α１１町等で大量の検診を行い，昭和４７年３月，その結果を熊本県知事に報告したが，この調査・研究によって，従来の水俣病像が大きく変わり，急性劇症型のほかに慢性型水俣病患者が多数存在することがわかり，さらにその患者発生期間も昭和１７年から４６年まで（翌年の報告では昭和１６年から４７年までとされた。）と押し広げられた。すなわち，症状としては，いわゆるハンター・ラッセル症候群（求心性視野狭窄，感覚障害，運動失調及び言語障害をいう。）を具備した典型症状を重篤に示す頂点から感覚障害のみを現す裾野まで，地域的にはα８湾周辺からα１０海全域まで広範囲に拡大していること，実態として多種，多彩な症状を示す多数の慢性型，不全型の水俣病患者が，潜在していることは，昭和４４年から昭和４８年にかけて公知の事実であった。そして，Ｐ７は，認定制度をはなれて水俣病の底辺とはいかなる者であるかを知るために，メチル水銀量と症状との関係を模式化した図面を作成し，メチル水銀汚染の場合，その代表的なものとして，いわゆるハンター・ラッセル症候群を示すが，「それよりさらに低濃度の場合（慢性中毒）は症状が次第にそろわなくなり不全型となり，あるいは軽症化し，あるいはある症状だけが目立ち非典型化する。さらに低い汚染の場合，水俣病の特有症状は不明瞭化し，一般的疾患（非特異的疾患）例えば肝・腎障害・高血圧などと区別できないレベルのメチル水銀の影響が考えられる。今日，慢性型の水俣病がわずかに明らかにされてきたといってもなお氷山の一角であることに変わりはない。例えば昭和４８年の２次研究班の約１０００人の住民検診で住民の３０％近くに水俣病にみられる症状がみられ，さらに従来患者はいないと考えられていたα１１地区にも同様患者がいることが明らかになった。」などとしている。換言すれば，この当時，救済を必要とする水俣病の未認定患者（しかも多彩な病像を呈する）が極めて広範囲にかつ多数にのぼっていることが一般的にも予見，予想し得る状況であったのであり，これらは裁判例においても明らかとされている。
(3)４６年事務次官通知の正当性
ア４６年事務次官通知の発出経緯等
前記のとおり，昭和４２年，公害対策基本法が，「国民の健康の保護」と「生活環境の保全」を終極的目的として制定された（同法１条参照）。そして，昭和４３年９月２６日に政府が「水俣病はＰ５工場から流された廃液に起因する」として水俣病を公害病として認知する公的見解を発表した以降も，水俣病の病像については，公的認定機関において実質上「ハンター・ラッセル症候群に合致しない患者」はすべて切り捨てられてきた。現に，熊本県公害被害者認定審査会が昭和４５年２月２０日付けで定めた「水俣病審査認定基準」（甲６）では，臨床所見として「求心性視野狭窄，聴力障害，知覚障害，運動失調」を定め，「この四項目はもっとも重要であり，これと疫学条件がそろえば水俣病と診断する」が，「この四項目の所見がそろわない症例の判定には慎重を要する」としており，この基準に従って現実に運用されていた。
ところが，昭和４４年１２月に救済法が制定され，水俣病患者審査会は公害被害認定審査会に切り替えられ，公害追求の世論の高まりを背景として水俣病患者らの認定申請が次第に増加していき，水俣病像をめぐる問題は新たな展開を示した。すなわち，救済法に基づく水俣病認定申請が多く棄却されていく中で，棄却された患者であるＰ８らが，医師の援助を受け，行政不服審査法に基づき厚生省に対し審査請求をし，同不服審査では，病像論をめぐり，ハンター・ラッセル症候群と公害としての水俣病との関係等が大きな論争点となったのである。
そして，環境庁長官は，昭和４６年８月７日，国としては初めてなされた水俣現場での事情聴取や実態調査などに基づき，上記Ｐ８ら９名を水俣病でないとした熊本県知事の棄却処分を取り消す裁決をし，同日，環境庁事務次官は，４６年事務次官通知を発し，以後水俣病の認定審査は，この４６年事務次官通知の判断基準に従って行われてきたところ，当時の環境庁長官大石武一（以下「大石」という。）は，「水俣病患者を一人でも見落としてはならない」という姿勢でこの判断基準を策定したと述べており，これは，「有機水銀の影響を受けた人たちをもれなく把握，救済する」という至当な考え方である。


この４６年事務次官通知の策定の基礎となったのは，新潟大学のＰ１０教授（以下「Ｐ１０」という。）の水俣病の判断要項であり，その要点は，①ハンター・ラッセル症候群のすべてがそろっていなければならないと杓子定規には考えない，②主要症状としての感覚障害は昀も頻度が高く，特に四肢末端，口囲，舌に著明で（障害部位の特異性），これが軽快し難いことを重視する，③感覚障害などの臨床症状のみをバラバラに切り離して考えず毛髪水銀値，家族歴その他諸々の疫学条件と関連させながら類似の神経疾患との鑑別診断はできる，ということであった。この点，４６年事務次官通知は，その冒頭において，救済法は「公害に係る健康被害の迅速な救済を目的としているものであるが，従来，法の趣旨の徹底，運用指導に欠けるところのあったことは，当職の深く遺憾とするところであり，水俣病認定申請棄却処分に係る審査請求に対する裁決に際しあらためて法の趣旨とするところを明らかにし，もって健康被害救済制度の円滑な運用を期するものであること」を明らかにしている。要するに，４６年事務次官通知は，「求心性視野狭窄，聴力障害，知覚障害，運動失調」の４項目がすべてそろえば水俣病と診断するそれまでの運用を批判的に検討し水俣病の主要症状のうちの「いずれかの症状があればよい」として，それまで熊本県の認定審査会が水俣病と認定しなかったような患者も水俣病と認定すべきであるという画期的内容のものであった。
イ４６年事務次官通知の正当性
４６年事務次官通知の内容は，前記第２の３(1)のとおりであるが，上記のとおり，同通知に示されているものは，救済法の立法趣旨，目的，理念に完全に合致しており，同通知に示された理念，考え方が実定法化されたのが公健法なのである。そして，４６年事務次官通知に従えば，有機水銀への曝露（いわゆる疫学条件）の要件について厳密な証明でなくとも，生活歴，食生活，家族歴等の状況証拠の積み重ねによって，通常水俣病を発症し得る程度に魚介類を摂取したと推認される程度の証明で足り，仮に水俣病にみられる「症状の一つ」（例えば感覚障害）でも濃厚な疫学的資料がそろっていれば，水俣病と判断することは可能であり，逆に疫学条件が薄い場合には症状の同一性判断はより厳密になされることになろう。４６年事務次官通知を踏まえると，慢性水俣病患者の各人の具体的事情に応じてより柔軟に各人の疫学条件と症状との相互の有機的関連の判断が可能となるのであり，このような４６年事務次官通知は，公健法の趣旨，理念に照らして正当である。
(4)５２年判断条件が不当であること
ア５２年判断条件の発出経緯等について
(ア)公害発生の原因企業が明白で，その原因企業の加害行為により，相当範囲の人たちが生命，健康に対する被害，損害を被った場合は，被害者は，直接，原因企業に対して責任を追及し，医療措置や損害賠償を求めて，これを実現するのが通常のやり方である。そして，水俣病の認定に関する処分は，昭和４８年に制定された公健法に基づき，指定地域を管轄する都道府県知事等が行うこととされているが，肝心の「水俣病であるか否か」の判断は，５２年判断条件発出までは，４６年事務次官通知に基づき行われており，この４６年事務次官通知は，水俣病患者の「幅広い救済」を可能にするそれなりに適正な判断基準であった。ところが，水俣病については，昭和３４年１２月３０日にＰ２と被害者らとの間で締結された，いわゆる見舞金契約（以下「本件見舞金契約」という。）により，それ以後に「見舞金の支給対象となる者」は，別に組織される協議会の「認定」した者に限るとされ，見舞金契約締結の５日前である同月２５日に厚生省管轄の「水俣病患者診査協議会」（以下「本件診査協議会」という。）が設置されて以降，水俣病の診断は，厚生省や熊本県が設置した公的機関，認定機関に独占されてきた。その後，認定機関は，所轄，名称，法的根拠の有無，根拠法規を変え，現在の認定審査会に至っているが，このような公的機関がＰ２からの受給対象者を選別するという「認定」の性格は不変である。さらに，昭和４８年７月９日，Ｐ２と患者各・代表との間でいわゆる「補償協定書」（甲９）が調印され（以下「本件補償協定」という。），Ｐ２は認定患者に一人当たり昀高１８００万円の補償金を支払うこととなった上，上記補償協定に基づくＰ２の補償金の支払は現実には熊本県のＰ２に対する貸付金（県債発行）によってその大部分が賄われるようになった。そして，昭和４８年秋に第一次石油ショックが起こり，「第三水俣病の否定」（運動失調の所見がとれないことが否定の根拠とされた。）を足がかりとして公害問題に対する産業界からの巻き返しが画策され，Ｐ２の経営危機がささやかれ出し，同社の補償金の負担能力に疑問が提起され出した正にその時期に策定されたのが，５２年判断条件である。


すなわち，４６年事務次官通知の下認定申請する人が急増したため，補償金の額が大きく増加し，Ｐ２の累計赤字は昭和５２年９月の中間決算時には３２１億円にも膨れあがり，同年６月７日には，Ｐ２社長が熊本県知事に対し，行政による水俣病患者補償金支払の一時肩代わりと長期延べ払い融資を申し入れるに至った。他方，昭和４８年秋ころから水俣病認定における判断条件の再検討の動きが起こっていたところ，昭和５０年６月には環境庁に水俣病認定審査会が設置されてＰ１０がその会長に就任し，従前と認定申請者の症状の質が特に変わったわけではないのに，水俣病と合併症との症状の類似性及び鑑別診断の困難性がことさら強調され，また，熊本県知事が昭和５２年５月３１日に環境庁長官に対して「補償協定による加害企業の民事責任履行にあたって当該企業の経営状態等が重大な障害となることのないよう適切な措置を講じられたい」等と要望する「水俣病認定業務促進に関する要望書」を提出し，さらに，認定申請者が増加し，多数の滞留認定申請者が生じていたなどの状況の下，５２年判断条件は発出された。上記の状況を受けて発出された５２年判断条件は，概して疫学的条件を重視せず，専ら臨床症状をもとに水俣病か否かを判断すべきとして，水俣病の症状は，単独では一般に非特異的であり，水俣病にあっては症状の組合せが認められるべきであるとして，具体的に４つのパターンを設定してこれらのパターンに該当するかどうかを水俣病認定の判断要件として明示している。この５２年判断条件は，感覚障害に加えて運動失調の存在を重視しており（しかし，小脳性運動失調は小脳の代償作用等により時間が経つとかなり改善される上，よほどはっきりしないと検診では拾いにくい。），のみならず，専ら旧来の激症型の水俣病患者のデータに依拠して認定条件を変更し，４つの組合せのパターンに該当要件を限定したものである。５２年判断条件は，４６年事務次官通知とは趣旨が全く違う異質なものとなっており，明らかに水俣病像の逆行・改悪である。この５２年判断条件の策定により，滞留していた認定業務が促進され棄却件数が著しく増大し，熊本県関係では，昭和５５年には８９０名の大量棄却を招き，認定者は４８名にすぎなくなった。水俣病像は，政治的に歪曲され水俣病患者を新たに生み出さない方向に逆行していったのである。
(イ)これに対し，被告らは，５２年判断条件は水俣病の病像及び臨床診断方法についての医学的知見に基礎を置きつつ，４６年事務次官通知を具体化したものであるとか，４６年事務次官通知には，「有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合」などの文言上あいまいなところがあり，昭和５２年判断条件はその趣旨を明瞭化し，具体化したものであるなどと主張する。
しかしながら，４６年事務次官通知においても医学的な鑑別診断が要求されており，水俣病の診断はあくまで医学的根拠を必要としていて，しかも，４６年事務次官通知の文言には被告らの主張するようなあいまいなところはなくその趣旨は明瞭である。４６年事務次官通知には，「症状」について，「疑わしい場合」とか「否定し得ない場合」という表現はどこにもない。４６年事務次官通知は，まず水俣病にみられる症状のいずれかがあること，次にそれらの症状の発現又は経過に関し経口摂取による有機水銀の影響が「否定し得ない場合」には症状との因果関係を積極の方向に解すべきとしているのであって，あいまいさは特に症状そのものについては全くなく，むしろ非常に明確で救済法の趣旨に沿う内容であり，国民の健康の保護の観点からするとこれを改訂する合理的理由，必要性は全くなかった。ところが，４６年事務次官通知の趣旨が「水俣病であると少しでも疑われる程度でも認定せよ」という趣旨であるとの故意の歪曲が一部からなされ，取り分けＰ２は，旧認定患者（４６年事務次官通知発出前に認定された患者）と新認定患者（同通知発出後に認定された患者）とをことさらに差別する宣伝を執拗に展開し，Ｐ２の社長も，かなり早い段階から，「水俣病の認定基準を甘くしたのが問題がこじれる原因となった」と環境庁を批判していた。さらに，一部の医師（審査会委員のＰ１１など）も，まず，恣意的に（症状について）「疑わしい場合」とか「否定し得ない場合」といった考えを持ち込み，そうしておいて，そういう場合の症状の「組合せ」や「拾い方」を問題とし，このような４６年事務次官通知の不理解ないしことさらな曲解に立脚して，「診断基準は曖昧だ」などと言い立てて４６年事務次官通知を変えさせようとしたのである。この点，Ｐ１０も，４６年事務次官通知が発出されたころは，「水俣病における感覚障害は昀も頻度が高く，その障害の部位や経過などからして特徴的なもので感覚障害一つでも，類似の神経疾患との鑑別診断は可能であると考えていた」ところ，５２年判断条件策定のころには，従前と認定申請者の症状の質が特に変わったわけでもないのに，「感覚障害はありふれた症状で水俣病の個々の症状はいずれも非特異的で，類似した神経疾患との鑑別のためには症候の組合せが必要である」旨強調するに至り，その考えを変節させている。また，別件訴訟第二審におけるＰ１２の証人尋問の結果等からも，５２年判断条件は，決して医学的，科学的根拠に基づき策定されたものではなく，専らＰ２からの補償金受給対象者の行政的線引きの観点から考案され，策定されたものであることが明らかになっている。しかし，患者の救済のための認定基準という公的制度が，Ｐ２と患者との間の私的な補償協定書に縛られるのは不当である。この点は，度重なる司法判断においても繰り返し同様の指摘がされてきたところである。イ５２年判断条件は医学的根拠・正当性を欠いており，公健法の趣旨・目
的からして水俣病の診断基準たり得ないこと
(ア)５２年判断条件は，その構造及び文理からすると，事実上は，同条件２(2)に規定する４種類の「症候の組合せ」のいずれかに該当することを，水俣病であると判断するための必要条件として要求しているものと解され，実際，審査をする側においても，５２年判断条件が水俣病であると判断するための必要条件として上記４種類の症候の組合せのいずれかに該当することを要求しているものと理解している。しかるに，上記のような５２年判断条件を正当化するに足りる医学的データは存在しない。


この点，被告らは，環境庁は昭和５０年に水俣病に関して水俣病認定検討会を設置し，水俣病に含めて考えられる症候の組合せを整理し，臨床上の診断基準に当たる具体的な水俣病の判断条件を定めたと主張し，同検討会が，臨床的には水俣病の出現には一定の傾向があるからその傾向すなわち水俣病の範囲に含めて考えられる組合せを整理して４つのパターンに整理したかのような主張をする。しかし水俣病の症候には一定の傾向があるといっても，肝心のその判断の根拠となる医学的データは全く明らかではない。かつて人類が経験したことのない新しい病気である水俣病の蓋然性というのは，要はコントロール群との対比による確率の問題なのであって，具体的な医学的データに基づかずに議論しても意味がない。また，症候群的診察特に症状の４通りのパターンに該当するかどうかでしか水俣病の診断はできないというのであれば，その理由を医学的データで示す必要があるが，今日まで，そのような医学的データは全く明らかにされていない。
そうすると，５２年判断条件の「症状の組合せの４つのパターン」の限定は，何ら医学的データの裏付けなくして，前記検討会が，水俣病の定義・範囲を単に主観的に定めたものにすぎないことになる。(イ)５２年判断条件の基底にある歪曲された病像論ところで，前記水俣病認定検討会が設置された昭和５０年ころから，Ｐ１０などの水俣病診断の方法論に異議を差し挟む人があらわれた。昭和４７年4月１０日から熊本県と鹿児島県の水俣病認定審査会の各委員を務めていたＰ１３の意見がその代表である。Ｐ１３は，①感覚障害は，飽くまで自覚的なものであって，客観的把握が難しく，他覚的症状に比べると説得力がなく，②疫学条件についても，これを決定的要素とは考えず，かつ疫学条件がそろっている場合でも，とりあえず，「水俣病ではないか」ということから出発し，③α１地区以外でも手足のしびれとか感覚障害のある人はいるのでα１地区だけにほかの原因の感覚障害がないというのはあり得ない，④４６年事務次官通知の文言にもかかわらず，水俣病認定審査はやはり，症状の組合せが必須と以前から思っていた，等と証言している。また，前記検討会に委員として参加していたＰ１４も，患者の生活状況や情報は，本人の申出に依拠しているため信頼度は低いとしているほか，前記検討委員会の委員長として昭和５０年から５２年当時主導的役割を果たしたＰ１０は，この段階において，疫学的条件というのは，本人が言うだけ客観性に乏しいとし，汚染条件の大小はむしろ不明な点があるから診断には臨床的事項が重要なのだとし，感覚障害というのは全部自覚的なものであると述べるに至った。これらの意見によると，疫学条件は患者の訴えに依存するから客観性・確実性に乏しく，また患者の自覚症状である感覚障害も客観性に乏しいから，水俣病の診断を専ら他覚的臨床症状をもとに判断するという基本姿勢に立つことになり，かつ水俣病にあらわれる各症状とりわけ感覚障害については，客観的把握が難しいとの前提で診断することになると，感覚障害以外の「症状の組合せ」を必須要件とせざるを得なくなり，組合せを要するとすると，その症状は，ハンター・ラッセル症候群を基礎とするクラシカルなタイプのものに限定されることになってしまう。このように，患者の訴えは主観的で，にわかに信用できないという患者不信感を前提にすれば，「症状の客観化，数量化が必要」との名目の下に「症状の複数の組合せ」論が必須ということが正当化され，ハンター・ラッセル症候群の一定の症状がそろわない場合は，他の病名をつけて容易に切り捨てることができることになる。
これに対し，初期のＰ１０のように患者の訴えにも十分耳を傾けてあるがままの症状を把握し，かつ水俣病における求心性視野狭窄や感覚障害の特異性，特徴に着目すれば，水俣病の診断に「症状の組合せ」ないし「症候群的判断」は不可欠ではない。まして，後記のとおり，別件訴訟第２審判決により認められた中枢性感覚障害の特殊性から，症候群的診断によらずに感覚障害のみでもメチル水銀中毒と判断できることが明らかとなっている。
(ウ)５２年判断条件所定の４種類の「症候の組合せ」は，広範囲にわた
る慢性水俣病被害の実態に即していないこと
５２年判断条件及びこれに基づく現実の運用は，いわゆるハンター・ラッセル症候群を基礎として，「一定の症候の組合せ」を必須条件とし，さらに，昭和５３年７月３日付けの「水俣病の認定に係る業務の促進について（通知）」と題する環境事務次官通知（同年環保業第５２５号，以下「新事務次官通知」という。）は，「水俣病の範囲」について枠をはめ一定の組合せによる症候群的診断を不可欠としている。しかも，その組合せも４つのパターンに限定しているのみならず，前記の「影響」の有無の判断の際の不可欠の前提要素である疫学的資料を無視ないし軽視し，疫学的資料と切り離して患者の症状それ自体から水俣病に該当するかどうかを孤立的に判断しようとする基本的姿勢，態度が明瞭である。しかし，医学的知見の集積により水俣病の症状の同一性を判断するについて，症状の組合せを必須とする必要がないことが漸次明らかとなっており，仮に症状の組合せを認定の必須条件とすると，実態として多数存在する慢性水俣病患者の大半が認定の網からこぼれることは必定である。そもそもハンター・ラッセル症候群は，元来は有機水銀製造工場で人体が一時的に直接被曝した事例において検証された症候であり，「環境汚染を媒介とした有機水銀中毒という特殊な発症機構の病気である水俣病」については，もちろん参考とはなるが，水俣病の本来の病像は，その実態に即した調査・研究の拡大によって独自に構築されるべきものであった。この点，新潟水俣病発生当初，患者のありのままの実態を直視し，「疑わしいものを広くすくいあげ，その中から共通の症状をもつ者を選ぶ」という水俣病解明の医学的方法論を構築していったＰ１０の経験・証言がすこぶる参考になる。


しかるに，前記のとおり水俣病の原因が不明の段階で原因追求の手がかりとして役立ち，それなりに有用であったハンター・ラッセル症候群がそのまま水俣病の概念となり，そしていつの間にか５２年判断条件において認定基準の中核に据えられてしまった点に大きな問題があり，しかも，有機水銀曝露歴を有する者に発現している健康障害が，水俣病に起因する可能性の程度が連続的に分布しているにもかかわらず，唯一の基準で訴訟上の因果関係の有無を「水俣病に罹患していると認めることができる，水俣病に罹患しているものと認めることができない」と割り切って判断するならば，それがどのような基準であってもそのような解決方法は水俣病被害の実態に即したものとはいえないのである。５２年判断条件においては，症状の同一性につき，「一定の症候の組合せ」というかなり厳格な因果関係を要求されて，これに合致するかどうかの類型的判断しかできない点が第一の問題であり，前記のとおり公健法４条２項のキーワードは「影響」の有無であり，症状は疫学的資料との相関関係の中で有機的総合的に判断されるべきであるのに，５２年判断条件及び新事務次官通知によるその運用においては両者が実際上分離され，両者の相関関係の中で「その症状に対し有機水銀がいかなる影響を与えたか」について柔軟かつ具体的に判断することがほとんどないがしろにされ，したがって，硬直的判断しかできない点が第２の問題点である。すなわち，５２年判断条件では，それが設定している「症状の組合せ」に該当し合致するかどうかの類型的判断がまず問題とされ，それに該当しないものは，仮に疫学的資料が十分にそろっていても具体的な「影響」の有無の有機的判断に立ち入ることなく個別的因果関係は一律に否定され，棄却されて切り捨てられてしまう。５２年判断条件の下では，たとえ濃厚な疫学的資料が存在したとした場合でも疫学的資料との相関関係の下でのその症状に対する有機水銀の影響の有無の個別判断は，事実上無意味不要となり，公健法４条２項が本来要請している具体的総合的判断が封殺されてしまっている。
(エ)まとめ
このように，５２年判断条件は，水俣病患者の迅速かつ公正な救済を目的とする公健法の立法趣旨・目的に適合せず，水俣病の合理的な診断基準としては適格性を欠いているといわざるを得ない。(5)有機水銀の曝露条件があって，四肢末端優位の感覚障害のある患者は，（明らかに他の原因によるものでない限り）公健法上水俣病と認定され，救
済されるべきであること
ア四肢末端優位の感覚障害が，水俣病診断の決め手となる症状であること(ア)前記のとおり，Ｐ１０は，昭和４１年の日本内科学会講演会の質問・討論において，「症例の中には，知覚障害のみのものも含まれている。毛髪中水銀量，魚の摂取状況と症状発生の時期，知覚障害の特異性と経過により，有機水銀中毒と診断したもので，アルキル水銀中毒症は必ずしも定型的ハンター・ラッセルの症状を呈しないことを強調したい。」と述べるほか，Ｐ８らの行政不服審査における参考人陳述や「新潟水俣病の追跡」（甲１００）において，知覚障害が昀も頻度が高く，特に四肢末端，口囲，舌に著明であること，またこれが軽快し難いことなどを指摘している。
(イ)また，Ｐ７は，Ｐ１５らの「熊本大学医学部１０年後の水俣病研究班報告書（第２年度）」の調査によると，「昀も基本的な症状と思われる知覚障害についても，その知覚障害のパターンを対照地区と比較すると，末梢性の両側の手袋足袋型の知覚障害及び口周辺の知覚障害は明らかにメチル水銀の影響によると考えられる。」と指摘し，「水俣病のように環境汚染によって全地区住民が汚染された場合，その地区の住民のもつ健康被害のどこまでがメチル水銀の影響であるかを追求するためには，全地区住民の健康の歪みをとらえなくてはならない。そのためには，汚染地区の住民一斉調査と非汚染地区の健康調査の対比によって地区住民の健康のかたよりをとらえる必要がある。」としている。そして，このような健康調査が現在に至るまで行政によって行われてこなかったことが，水俣病の症状把握と診断に限界をもたらしているのであり，行政の怠慢による未解明な部分を原告ら水俣病患者の不利益に解釈することがあってはならないことはいうまでもない。
そして，Ｐ７らが，いずれも汚染地域であるα１２地区及びα１３地区の住民（前者については全住民の８４．１％，後者については全住民）の検診を行ったところ，四肢末端の感覚障害は６５．５％という高率にみられた。
(ウ)さらに，Ｐ１６及びＰ１７らの研究によっても，上記の事柄が明らかにされている。


すなわち，Ｐ１６及びＰ１７は，汚染地区をα１０海に浮かぶ離島のα１４島（熊本県天草郡α１１町α１５）に，対照地区を宮崎県東臼杵郡α１６町の漁村α１７に設定し，疫学調査を実施した。これは厳密なコントロールを設けて行われた調査であり，その手法が普遍的な基準をクリアした正当なものであることは，世界的に権威があるとされるエンバイロメンタルリサーチ誌に厳正な審査の結果掲載されたことで証明済みである。調査の結果，感覚低下はα１５でみられた５つの神経学的所見の中で昀も高頻度（７３％）にみられ，α１５でみられた感覚低下の大部分はいわゆる手袋ソックス型の，四肢の末梢の感覚低下であった。対照地区のα１６町α１７では，四肢末端優位の感覚障害を呈した人は１４２人中１人（発生率約０．７％）しかいなかったが，α１１町には，１０９人中６５人（発生率約６０％）もいたことが判明した。そして，疫学においては，因果関係の程度を，曝露群と非曝露群の疾患の数を比較して，非曝露群に比較して曝露群において何倍当該疾患が多発しているかで示し，これを「相対危険度」という。また，曝露群に注目している症候のある患者がいるとしても，これらの症例の中には仮に曝露しなかったとしてもその症候に罹患したであろう人が含まれている可能性があることから，曝露群の症例の中から非曝露群の症例だけ差し引いた残りが，当該曝露による増加分といえ，この，曝露群の患者集団の中で曝露による増加分はどれくらいの割合を占めているかを明らかにするのが，曝露群寄与危険度割合（病因割合）である。これをＰ１６・Ｐ１７らの調査結果に当てはめると，α１１町ではα１６町より相対危険度（四肢末端優位の感覚障害の発生しやすさ）が２０８倍という考えられない数字となり，また，曝露群寄与危険度割合は，９９．５％であり，α１１町で四肢末端優位の感覚障害を呈する住民を水俣病患者と診断しても，間違える確率はわずか０．５％にすぎない。このことは，α１１町の６５人を全員水俣病と判断しても，せいぜい１人（正確には０．３人）しか間違わないが，逆に６５人全員が水俣病でないと判断すると，少なくとも６４人について間違いを犯すことを意味している。(エ)そして，日本精神神経学会の研究と人権問題委員会（以下「研究と人権問題委員会」という。）は，平成１０年９月１９日に学会報告として５２年判断条件に対する見解を発表しているところ，この見解は，５２年判断条件の作成過程において医学的根拠となり得る具体的データを見出すことができなかったこと，５２年判断条件に示された症候の組合せに基づく診断は科学的に誤りであることを発表するとともに，その過程において，①高度の有機水銀曝露群においては，水俣病（有機水銀中毒症）であって，水俣病にみられるとされている主要症候の中で四肢末梢優位の感覚障害のみを有するように観察される者が，少なくとも１０．１％の有病割合で存在すること及び②高度の有機水銀曝露を受けた者であれば，四肢末梢に優位な感覚障害をもって，水俣病であるとの診断を下すことが科学的に妥当である（水俣病であると誤って診断される可能性は無視できるレベルのものである）ことを明らかにしている。イ四肢末端優位の感覚障害は水俣病に特徴的であり，他疾患との鑑別は極
めて容易であること
(ア)前記のとおり，曝露地区とコントロール地区で四肢末端優位の感覚障害がどの程度存在しているかを調査したところ，四肢末端優位の感覚障害の曝露地区における発症率は，Ｐ１６・Ｐ１７の研究では，コントロール地区の２０８倍であり，日本精神神経学会の分析では，１１２．４倍多く発生していた。このように，四肢末端優位の感覚障害は，メチル水銀曝露を受けた地域以外では極めてまれな症状である反面，メチル水銀地域住民には多発する症状であることが疫学的に明らかにされている。
ところで，水俣病は中枢神経疾患であって，その感覚障害の原因は，主として，大脳皮質が損傷されることにある（いわゆる中枢説）が，中枢神経が両側に障害されて四肢末端優位の感覚障害を引き起こす症例は，現時点では有機水銀中毒以外には考えられていないのであり，極めてまれな症状である。水俣病のように大脳皮質中心後回の体性感覚野の両側に広範囲に障害が起これば，体性感覚野は全身の感覚をつかさどっているため，全身の感覚低下が起こることになるが，全身の中で，手，足，唇，舌が占める範囲が広いために，四肢末端，口周囲の感覚障害が優位に認識されるのである。
(イ)これに対し被告らは，次のとおり主張するが，いずれも理由がない。ａ被告らは，水俣病の感覚障害は大脳頭頂葉の中心後回領域及び脊髄末梢神経（知覚神経）に起因するものであると主張する。しかし，その具体的な症状判断の場面では，末梢神経障害だけを感覚障害の原因として水俣病患者であることを否定しようとしていた。すなわち，水俣病における感覚障害が末梢神経障害によるものであると考えれば，訴える症状が変動し，腱反射が亢進することはあり得ないことから，これらがあると「説明のつかない症状」ということで棄却され，他方，認定審査会における検診項目には，複合感覚（二点識別覚）などの検査は含まれていなかったのである。


この点，被告らは，複合感覚については，一次感覚が正常であることがその前提となっており，一次感覚に異常があり，複数の信号の認識自体ができない場合には，複合感覚も異常を示してしまうと主張する。しかし，一般的にはそうであるとしても，一次感覚に異常があってもその程度は様々であり，複数の信号が認識できていれば複合感覚検査結果の異常により，中枢性神経障害の判断ができる。臨床的には，四肢や半身に痛覚や触覚の鈍麻があった場合，この感覚障害が末梢性か中枢性かを判断するためには，識別（複合）感覚検査を実施し，腱反射や電気生理学的検査の結果を合わせて判断するのであり，「複合感覚の検査が異常であっても，その原因が中枢神経の障害を反映した結果か，一次感覚異常を反映した結果かは明らかでない」とはいえない。この点，Ｐ１８の「イラクのメチル水銀中毒」の症例では，口周囲，四肢末端あるいは全身性の痛覚・触覚の異常がありながら，二点識別覚や立体覚の明らかな異常を認めており，複合感覚検査を含めた検診が事実として行われ，診断に寄与していることがわかる。そして，水俣病による感覚障害が，メチル水銀により末梢神経が障害されることによるものであるとする被告らの主張には，医学的根拠はない。すなわち，被告らは，感覚障害が末梢神経系の損傷によるとの主張の根拠として，①Ｐ１９らの論文と，②Ｐ２０医師（以下「Ｐ２０」という。）らによる「水俣病の感覚障害に関する研究－剖検例から見た感覚障害の考察－」（以下「Ｐ２０論文」という。乙４２）をあげるが，①はメチル水銀中毒のラットと水銀病患者の腓腹神経の定量化したグラフが類似していることを報告するものであり，種の異なるラットのデータをそのままヒトに適用することはできない。また，②についても，病理という手法においては機能の劣化や免疫の障害等は認識できず，病理における病変は，あくまで病的変化の終末像でしかなく，その終末に至る過程の病的変化の総体を認識することはできない上，具体的にも，<ア>ヒトの正当な比較対照群を設けておらず，正常人と比較した定量的な解析がされていない，<イ>系統的な解析に基づいた病理解剖がされていない，<ウ>脊髄神経の前根（運動神経）と後根（感覚神経）の違いを考慮せずに，これらを単純に比較している，といった問題がある。かえって，Ｐ２１らの論文，Ｐ２２らの論文，Ｐ１８らの論文等において，メチル水銀中毒患者の末梢神経は損傷されていないことが明らかにされている。
この点，別件訴訟第２審判決は，５２年判断条件及びこれに基づく運用の面で前提とされていた水俣病における感覚障害は末梢神経障害によるものであるとの考え方が間違っていることを明らかにした。すなわち，同判決は，水俣病患者の感覚障害はもっぱら大脳皮質が障害されたことによる（いわゆる中枢説の採用）と推認し，感覚障害について，大脳皮質（頭頂葉中心後回の体性感覚野）に障害があると，大きな特徴として，複合感覚（識別感覚）の障害があらわれるとして，したがって，複合感覚に障害を受けていれば，それだけ大脳皮質に障害を受けたことに起因する感覚障害で，メチル水銀中毒の影響によるものと推認した。そして，別件訴訟昀高裁判決は，上記別件訴訟第２審判決の事実を前提とした上で，同判決に経験則違反の違法があるとはいえない，としたのであるから，当然に昀高裁も前記中枢説を採用したと考えられる。
ｂまた，被告らは，感覚障害には多数の原因があるほか原因不明のものも多く，識別しなければならない疾患が多数存在するので，四肢末端優位の感覚障害だけでは水俣病と認定できないと主張する。しかし，前述したとおり，そもそもコントロール地区の四肢末端優位の感覚障害の発症頻度は極端に少ない上，他疾患との鑑別は容易にできる。例えば，患者の生活歴，職歴などから重金属中毒等の原因の有無がわかるし，各種検査により脚気や糖尿病等と判別でき，経過をみることによって，一時的なものかどうかやどの病気の可能性が高いか明らかになるし，被告らがこれまで問題としてきた頸椎症や糖尿病性神経障害による感覚障害とは，その特徴が異なり鑑別は容易である。
(6)原告が水俣病であること
原告に四肢末端優位の感覚障害があることは当事者間に争いがないところ，前記のとおり，原告の症状が有機水銀の経口摂取に起因するものかどうかは，４６年事務次官通知の趣旨により，原告の生活史，家族における同種疾患の有無，既往症，現在の臨床症状と当該症状の発現又は経過の内容等によって，具体的に判断されなければならない。
ア原告の生活歴
原告は，大正▲年▲月▲日，水俣市（当時α１町）α２で出生し，尋常小学校卒業後は両親の農業を手伝い，昭和１８年７月にはＰ１と婚姻し，水俣町α３に居住し，夫と共に半農半漁の生活を送ったが，昭和▲年▲月に夫が戦死したため，長女と共にα２の実家に帰り，農業を手伝っていた。そして，昭和２６年，Ｐ３（昭和５４年に水俣病認定）と再婚して水俣市α４に転居し，夫がＰ２に勤務していたため，昭和２７年暮れころには同市α５のＰ２社宅に転居したが，昭和２８年３月３０日には夫と協議離婚した。原告は，同年１１月にＰ４と結婚して同市α６のα７開拓村で農業に従事し，夫は，夜間α３から船を出して夜振りを行い，原告が魚介類を売りに行くなどしたほか，原告は，夫と共にＰ２の排水口付近で１か月に１週間くらい大量のアサリを採っていた。原告は，昭和４６年２月に兵庫県尼崎市へ転居した。
イ食生活歴
原告は，小さいころから魚が好きで，昭和４６年ころまで，毎日，魚介類を入手し，ボラ，アジ，タチ，イリコ，カキなどを多食しており，水俣病が問題とされた後も，底の方にいるボラは食べると危険だと思っていたものの，他の魚ならよいと考えて食べ続けた。原告は，昭和２８年まで約１０年間は海岸線の近くに住み，濃厚な汚染を受けており，その後もやや山間部に転居したとはいえ，魚介類なしの生活は考えられなかったのであるから，十分に有機水銀曝露歴を有する。
ウ家族歴等
昭和２６年から２８年まで３年間婚姻関係にあったＰ３は，昭和５４年に水俣病の認定をされ，昭和２０年までの３年間にわたり同居していたＰ２３，Ｐ２４，弟夫婦Ｐ２５，Ｐ２６も水俣病に認定されている。また，Ｐ４のおばＰ２７も水俣病に認定されているほか，Ｐ４も昭和５２年に水俣病の認定申請をした。
エ現病歴及び自覚症状


原告は，生来健康であったが，昭和２６年ころから手首の痛みと軽い頭痛を覚えるようになり，この症状はその後も継続した。そして，昭和２６年ころからは両手足のしびれが生じ，昭和３２年ころ腰痛で病院を受診し，「○」といわれ，昭和３３，３４年ころからめまいがして倒れ，短時間意識を失うこともあり，病院などを受診し「○」といわれ，昭和４１年ころからは，風邪をひきやすくなりよく医者に通った。その後，昭和４４，４５年，たまに左足全体にカラス曲りが起こり，体が疲れやすくなった。関西に転居後は，朝起きるとめまいがして倒れたり，頭痛もひどくなり，足ががたがたして歩けず，途中で倒れることもあったほか，草履が脱げてもわからなかったりした。耳が少し遠くなり，言葉も少し遅くなり，茶碗を落とすこともあった。昭和４７年４月ころからは，殊に頭から額にかけて痛みがひどく，診療所で受診し，治療を受けた。原告は，昭和４８年４月に１回目の水俣病の認定申請をした後も両膝から下にしびれ感，感覚鈍麻が続き，診療所に通院したが，その間も首の痛みや足のしびれはよくならず，草履を履き忘れたり，洗濯物を干し忘れたり，食事が甘すぎたり辛すぎたりすると夫にしかられていた。昭和５０年７月初めころからは足の指先から膝にかけて両方ともけいれんがくるようになり，特に左足がひどく，同年９月にＰ２８病院に入院した。この際，四肢の知覚鈍麻，筋力低下，握力左右低下があり，検査の結果，○（○）を指摘され，同年１１月にＰ２９病院で○摘出手術を受け，その症状の一部は改善した。昭和５４年当時の自覚症状は，両手足がしびれる，頭が痛い，物忘れをする，手の節々が痛い，腰・肩・首が痛い，足がカラス曲りする，視力が落ちたというもので，いずれも増悪傾向にあった。
なお，被告らは，原告の発症経過に疑問を呈するが，昭和２０年代の終わりから昭和３０年代前半ころに両手足のしびれが生じたと考えるのが正当である。
オ感覚障害
(ア)原告には一貫して四肢末端優位の感覚障害が両側性に認められており，昭和６１年のＰ２８病院の検査では皮膚書字識別障害が認められ，複合感覚の障害も認められる。また，腱反射も一貫して亢進しており，末梢神経障害の可能性は少なく，これまでの多くの水俣病像に合致している。
そして，原告のレントゲン写真や生化学検査の結果からは，頸椎症や糖尿病による多発性神経炎ではないことが明らかであり，腱反射が低下，消失していないことから，多発性神経炎型のものとは考えられず，原告の上記生活歴等からして具体的な他原因は考えられず，水俣病によるものとしか考えられない。昭和５５年と昭和６１年のＰ２８病院での検診では，口周囲に感覚障害が認められており，この点からも水俣病による感覚障害というほかにない。
(イ)原告の○の影響について，手術の執刀医が，四肢末端の知覚障害のすべてがこの腫瘍のみによって出現したとは考えにくいと指摘しているほか，原告の症状の発現時期は昭和２８年から昭和３３年ころであるが，○が発見された昭和５０年までの約２０年間も○による症状が続いていたとは考えられない。○の発生は早くても昭和４５年ころとみるのが医学的常識である。また，○は右前頭～頭頂にあり，左への偏位は認められないから，○の神経系への影響は左半身に限定されるし，認定審査会の資料でも，手術前後の所見の比較において，感覚障害は変化はなく，いずれも四肢末端型の感覚障害を示している。手術によって著明に改善を示したのは，頭痛及び左下肢の麻痺であり，昭和５０年の手術後で明らかな左右差を認めるのは左下肢の脱力であって，これらから，○の影響は左下肢麻痺を主とする運動系の神経障害であると判定される。
カ運動失調
昭和５４年１０月に実施された原告の神経内科の検診録や精神神経科の検診録によると，各検査において「スロー」ないし「緩慢」などとされており，左側に○の後遺症などの影響があったとしても，右側の動作の緩慢さは無視できない事実として存在するところ，成書によると，スロー一般が運動失調の要素であると理解されている。
なお，昭和５５年，６１年には，原告に運動失調が認められており，それ以前の審査会の検診では十分把握されていなかった可能性もある。
キ眼球運動異常等
原告は，眼科の滑動性追従運動の検査において，軽度の眼球運動異常が認められている。そして，水俣病の判定において参考とされる眼球運動異常は小脳性のものに限定されていないところ，昀近の軽症例では，両側性に水平方向の滑動性追従運動の異常が認められ，衝動性運動は正常に保たれる傾向が認められるとされており，原告に認められる異常がこれに該当することは明らかであって，原告には昀近の軽症の水俣病患者例と同様の傾向があるといえる。そして，以上のような所見は，眼球運動で滑動性障害が両眼あり，構音障害があることも考えると，小脳性運動失調があることを支持するものである。運動失調の存在は，原告の日常生活上のボタンかけなどの手の巧緻性低下などの不便とも一致し，運動失調が左だけでなく右にも存在することは，病巣が右にあった○によっては説明することのできない障害であり，少なくとも，運動失調の疑いは否定できない。さらに，原告については，語音聴力の一部悪化が認められており，中枢性聴力障害の可能性が否定できないとされている。
ク視野狭窄
昭和５４年の精神神経科の検査では狭窄の疑いが認められ，昭和５５年，昭和６１年のＰ２８病院の検査ではより明確な所見が得られている。
ケ小括
以上のとおり，原告は，昀汚染期とされる昭和２０年代後半から昭和３０年代前半はもとより，関西に転居する昭和４６年まで，α８湾を中心とするα１０海の汚染された魚介類を多食し，同じ食生活を営んでいた家族からも多数の水俣病認定者が生じている。そして，原告の四肢末端優位の感覚障害，構音障害，滑動性眼球運動異常，協調運動障害，語音聴力一部悪化の事実は，その症状の発現時期，経過に照らしても他の病気では到底説明のつかないものであり，経口摂取した有機水銀の影響によるものとしか考えられない（少なくとも有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない）のである。
仮に，症状として四肢末端優位の感覚障害しか認められないことがあったとしても，その症状を明らかに説明できる他原因（他の病気）は考えられないのであり，４６年事務次官通知に照らして有機水銀の影響による水俣病というほかない。
なお，別件訴訟第２審判決は，別件訴訟１審原告の症状がメチル水銀の影響によるものであることについて，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得る高度の蓋然性を証明することが必要であるとした上で，原告が水俣病であることを認め，別件訴訟昀高裁判決もこれを是認している。
(7)まとめ


以上のとおり，原告は公健法上水俣病であると認められるから，原告の本件申請を棄却した本件処分は違法であって，取り消されなければならない。
【被告らの主張】
(1)公健法における水俣病の認定要件及びその基本的考え方ア公健法４条２項，２条２項，３項の規定からすると，同法４条２項の申請を受けた都道府県知事は，まず，①当該申請者が当該指定地域につき定められた指定疾病にかかっていると認められるか否かを認定・判断した上で（当該指定疾病罹患の認定），それが肯定される場合に，②当該指定疾病が当該指定地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものであるかどうかの認定・判断をする（当該指定疾病と当該指定地域との結びつきの認定）という二段階の認定を行うことになる。もっとも，後者の当該指定疾病と当該指定地域との結びつきの認定・判断は，実際上は，前者の当該指定疾病罹患の認定・判断で賄われてしまうため，「疾病にかかっていると認められる者」であると認められる場合には，通常，「当該疾病が当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである」ことも認められることになる。すなわち，公健法４条２項で定められている特異的疾患は，「当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾病」であり，かつ，我が国においてそのような原因とされる汚染物質に曝露する可能性がある生活環境は具体的には相当程度限定されているため，当該指定疾病罹患の要件の有無を当該申請者の曝露歴，生活歴等の具体的事実に基づいて認定・判断する過程において，事実上，当該第二種地域における汚染物質曝露が当該指定疾病罹患の原因であることの検討がされてしまうことになるのである。
そして，公健法の委任を受けた公健法施行令１条別表第二は，認定業務の対象とすべき疾病について「水俣病」としか規定していない。そうすると，ここでいう「水俣病」という概念は，医学上の水俣病以外にあり得ないから，公健法４条２項は，医学的に水俣病と診断し得る者を認定の対象とすることを明らかにするものであり，どのような者を水俣病と医学的に診断し得るかということについては，医学的知見にゆだねる趣旨と解するのが相当である。このように，公健法上の指定疾病は医学的知見に基づいて当該疾病に罹患していると診断されたものであることを前提としていると解されることからすると，公健法２条３項を受けた公健法施行令における指定疾病たる「水俣病」は，医学的知見に基づき「水俣病」と診断されるものでなければならない。
また，公健法が健康被害者の公正な保護を目的としていることに加え，同法における「水俣病」の認定が行政処分としてされるものである以上，判断の公平性，連続性，統一性が求められ，かつ，国民に対する行政責任を全うできるものである必要があり，公健法はそのことを要請していると解される。すなわち，申請者が「水俣病」にかかっているか否かを認定すべき行政庁としては，水俣病に関する研究の状況，医学界における研究結果の評価についての定説的な医学的知見に基づいて，できる限り具体的かつ明確な統一的判断条件をあらかじめ設け，その条件を満たすか否かという観点から判断することが公健法上要請されている。このような意味で，公健法における「水俣病」概念は，正しい医学的知見に基づくもの，すなわち，医学界の定説的な知見に基づくものでなければならない。公健法４条２項の内容が上記のようなものであることからすれば，同法上の「疾病（水俣病）にかかっていると認められる」という要件が充足されるためには，「定説的な医学的知見に基づいて水俣病にかかっていると認められること」が必要であるとの結論が導かれ，この意味で，公健法上の認定要件は，医学的概念である「水俣病」概念を取り込んだ規範的要件であるというべきであり，このことは，その立法過程における事情からも明らかである。
そして，公健法における「水俣病」の認定は，それが行政処分としてされるものである以上，判断の公平性，連続性，統一性が求められ，申請者が「水俣病」にかかっているか否かを認定すべき行政庁としては，水俣病に関する研究の状況，医学界における研究結果の評価についての定説的な医学的知見に基づいて，できるだけ具体的かつ明確な統一的判断条件をあらかじめ設け，その条件を満たすか否かという観点から判断することを要するのであって，５２年判断条件は，このような必要性にこたえるものとして策定された具体的審査基準であって，この意味において，５２年判断条件は，公健法の立法趣旨を体現したものである。
イ上記のとおり，公健法は，定説的な医学的知見に基づき水俣病と診断されることを求めていると解されるが，ひとくちに定説的な医学的知見に基づき水俣病と診断されることといっても，診断という概念自体，様々な確からしさのレベルを含むものであり，その得られた情報や疾患の特性等に応じて，どの程度の確度をもった診断であるかは，個別の事案においてそれぞれ異なる。
そして，公健法において求められている診断のレベルについては，公健法には明確な規定がない以上，その趣旨に照らして解釈・決定されるべきである。この点，４６年事務次官通知の趣旨を明らかにすべく出された環境庁企画調整局公害保健課長通知「水俣病認定申請棄却処分に係る審査請求に対する『裁決書』および『公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法の認定について（環境庁事務次官通知）』について」（以下「公害保健課長通知」という。乙１９）には，４６年事務次官通知について，「公害の影響による疾病の指定に関する検討委員会が行った研究報告書に集約されている水俣病研究の成果を基礎とするものであり，これを公害に係る健康被害者を広く迅速に救済する救済法の趣旨とするところに従って解釈し定めたものである」とされ，公健法附則３条においても，救済法において救済対象とされた者がそのまま公健法における補償対象とされる旨規定されており，公健法と救済法とでは，どのような場合に認定を行うかについての規定に大きな変更がないこと等に照らせば，公健法も，公害に係る健康被害者を「広く」迅速に救済することを趣旨としていることは明らかである。


そうすると，上述した，公健法における「水俣病」概念が定説的な医学的知見に基づき水俣病と診断されるものであることを前提にしていることと，公害に係る健康被害者を「広く」迅速に救済するという公健法の趣旨とを，矛盾なく両立させることが要請されているというべきであり，これを医学的な「診断」の確からしさのレベルについてより具体的にいえば，医学界の定説的な知見を基礎とした上で，定説的な医学的知見に反しない限度で可能な限り救済の間口を広げるような「診断」レベルを設定するということになり，これが，「水俣病であるとほぼ確実に診断し得るという，いわば確定診断のレベルではなく，相当の医学的検査を尽くし，医学的根拠をもって水俣病である可能性が水俣病でない可能性を上回ると判断し得るぎりぎりのレベル」なのであり，これを具体的審査基準の形で示して制定されたのが，５２年判断条件という症候群的診断なのである。ウ以上のとおり，公健法における「水俣病にかかっていると認められる」という法律要件が充足されるためには，①具体的な症候の存在などの事実が認められることを前提としつつ，②それらの前提事実を定説的な医学的知見に基づいて評価・判断した結果，「水俣病に罹患している」と医学的に認められる必要があり，このことは，公健法上の要請である。そして，公健法には，医学的評価・判断の対象である上記①の一定の具体的な事実が存在することの証明度を特段に軽減する旨の規定は存在しないことから，公健法上の認定処分の取消訴訟において，これらの医学的評価・判断の前提である一定の事実の存否が争われた場合に，それらの事実の存在を認定するためには，民事訴訟における原則どおりいわゆる高度の蓋然性，すなわち，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得るという程度の証明が必要である。
(2)水俣病の病像
ア水俣病の病理
水俣病は，工場排水に含まれるメチル水銀が魚介類に蓄積され，それを大量に経口摂取することによって起こる神経系疾患である。そして，体内に取り込まれたメチル水銀は，体内の様々な組織を一様に障害するのではなく，神経系の特定部位を強く障害することが病理解剖学的に確認されている。
すなわち，大脳については後頭葉の線野，特に鳥距野の前半部，頭頂葉の中心後回領域，前頭葉の中心前回領域及び側頭葉の側脳溝に面する横回領域が，小脳については虫部及び半球が，脊髄末梢神経については知覚神経が主として障害される。
なお，障害の程度は，症例により異なり，同一人の中でも部位ごとに多少の差があり一定したものではない。そして，メチル水銀に対する感受性には個人差があり，水俣病を発症するメチル水銀量にも個人差が認められているため，同程度のメチル水銀を吸収蓄積しても，万人が等しく水俣病になるわけではない。
イ水俣病の主要症候
水俣病にみられる症候としては，四肢末端優位の感覚障害，運動失調，平衡機能障害，求心性視野狭窄，歩行障害，構音障害，筋力低下，振戦，眼球運動異常，聴力障害などを挙げることができる。
(ア)このうち，感覚障害は，知覚障害ともいい，水俣病にみられるものは，両側性四肢の末端部ほど強く現れ，表在感覚，深部感覚及び複合感覚のいずれもが低下（鈍化）するものであるが，その程度はほとんど感覚の脱失に近いものからごく軽度のものまで様々であり，この症候は，大脳頭頂葉の中心後回領域及び脊髄末梢神経（知覚神経）の障害に起因するものである。なお，この感覚障害は，水俣病にだけ特異な症候ではなく，後記のとおりその原因には種々様々なものが存在することから，当該感覚障害だけをみて水俣病による感覚障害であるか否かを鑑別することは到底できない。
(イ)上記症候のうち，運動失調は，協調運動障害（運動の命令を出す大脳の中枢，それを伝える神経及び運動の原動力である筋肉のいずれにも異常がなく，振戦などの不随意運動もないにもかかわらず，意図した運動が円滑にできず，運動の方向や程度が変わってしまうこと），体幹運動失調（体位や姿勢を保持するのに必要な随意的あるいは反射的な筋の収縮が損なわれることによる起立時，座位時の姿勢の異常や歩行障害など）として出現し，水俣病にみられるものは一側に偏位することなく両側性に現れる。この運動失調は，専門の医師であれば，起立，歩行，言語の状態をよく観察することで判断できることが多く，また，ジアドコキネーシス（交互変換運動），指鼻試験，膝踵試験，脛叩き試験などにより確認される。この症候は，主として小脳の障害に起因するものであるが，運動失調の原因は様々であって，これは水俣病に特異な症候ではない。(ウ)前記症候のうち，平衡機能障害は，上記のような神経内科的所見（体幹運動失調）として認められるものと，視刺激によって誘発される異常眼球運動等の神経耳鼻科的所見として認められるものがあり，水俣病にみられるものは，主として小脳及び脳幹の障害に起因するものである。したがって，運動失調がある場合には，一般に平衡機能に異常が認められるが，平衡機能障害があっても，迷路の異常によるものもみられることから，小脳性運動失調がみられるとは限らない。
(エ)前記症候のうち，水俣病にみられる視野の異常は，視野の周辺部が見えなくなる求心性視野狭窄であり，両側性に出現し，中心部の視力はよく保たれている。この症候は，大脳後頭葉の鳥距野のうち前半部がより強く障害されることに起因するものである。そして，求心性視野狭窄についても，視神経炎後の不完全視神経萎縮，色素性網膜炎，緑内障，心因性視野狭窄など，類似の症候をきたす他の疾患が多数存在することから，その他の臨床所見及び検査所見により総合的に鑑別しなければならない。
(オ)水俣病にみられる眼球運動障害には，眼球が視標の動きにつれて滑らかに動かず，小刻みに動いたり，ある一点で停止して，しばらくしてから大きく動くといった滑動性眼球運動障害と，急速に視線を移したときに眼球の動きが行き過ぎたり，行き足りなかったりする衝動性眼球運動障害があり，いずれも，左右対称性かつ左右共同性の眼球運動障害である。この症候は，大脳の眼球運動中枢及び小脳の障害に起因するものである。
(カ)水俣病にみられる難聴は，後迷路性難聴（感音性難聴（振動として伝えられた音を電気的な信号に換え，神経を介して聴覚中枢に伝える系の障害による難聴）のうち，内耳で変換された電気的な信号を伝達し，音として認識する聴神経から中枢（脳）までのいずれかの部位が障害されることにより起こるもの）であり，大脳側頭葉の側脳溝に面する横回領域の障害に起因するものであると考えられ，後迷路性難聴であることは，聴覚疲労現象，語音聴力検査で確認する。
(3)水俣病の臨床診断方法


臨床医学においては，個人の有する症状の原因は「診断」によって明らかにされるところ，この診断という手続又は過程には，技術を用いて情報を集める部分と，それらの情報の持つ意味を医師が自らの知識，経験によって判断する部分とがあり，これにより患者に生じている異常を評価する。そして，診断の過程においてある疾患に特異な所見が得られるならば，その所見を検出する客観的な検査のみで診断が可能となるが，疾患によっては特異な所見がもともと存在しない場合があり，そのような場合には，医師が，患者の訴える症状を把握した上，これと各種の臨床検査の所見を総合して，いかなる疾患に罹患しているかを判断することになり，特に臨床検査の所見によって有力な情報が得られない場合には，症候（症状及び徴候・所見）の組合せによる症候群的診断によらざるを得ない。
ところで，症候の組合せに基づいて症候群的診断を行う場合，症候には出現頻度の差や他の疾患では通常みられない特異的なものかどうかといった違いがあるから，どのような組合せであっても診断価値が等しいというものではない。その中でも診断上の価値の昀も高い組合せが診断基準と呼ばれるものである。
そして，前記のとおり，水俣病は，メチル水銀が神経系を障害することにより，前記(2)で主要症候として掲げた各種の神経症状を呈する疾患であり，これらの主要症候がみられる場合に，直接生検などの方法によってメチル水銀による障害を証明できれば，水俣病の診断は明確であるが，障害部位の性質上生存中にそのような検査を行うことは実際上不可能である。また，前記の主要症候は，それぞれ単独では非特異的であり，他の疾患によってもそれらの症候を来す場合が多い。具体的には，水俣病の主要症候の一つである四肢末梢優位の感覚障害と同様の感覚障害を呈する疾病として，多発性神経炎（多発性ニューロパシーなどとも呼ばれる。）によるものがあり，その原因には，急性感染症，栄養障害（脚気等），内分泌障害（糖尿病等），代謝障害（尿毒症等），重金属・有機溶剤中毒，薬剤の副作用及び悪性腫瘍に伴う感覚障害があるほか，原因不明のものも多い。運動失調，平衡機能障害，眼球運動障害及び難聴は，腫瘍，多発性硬化症等の脱髄性疾患，各種中毒，血管障害，各種の変性疾患等の疾患で認められ，また，求心性視野狭窄は，網膜色素変性症や緑内障等の疾患で認められ，いずれも水俣病に特異な症候とはいえない。
したがって，水俣病の診断は，メチル水銀によって引き起こされる各種の症候の組合せからメチル水銀による神経系の障害を推定するという症候群的診断によらざるを得ない。また，メチル水銀による神経系の障害では，障害を受けた部位に対応する症候が必ずしもすべて出現するとは限らないのであるから，どのような症候の組合せがあればメチル水銀の影響が推定できるかが検討されなければならない。
(4)５２年判断条件の正当性
ア５２年判断条件の発出経緯
そこで，環境庁は，昭和５０年，水俣病に関して造詣の深い各分野の専門家１７名からなる水俣病認定検討会を設置し，水俣病の範囲に含めて考えられる症候の組合せを整理し，臨床上の診断基準に当たる具体的な水俣病の判断基準を定め，その結果を５２年判断条件として示したのであり，その発出に至る経緯は次のとおりである。
(ア)公健法制定に先立つ昭和４４年，公害の原因者たる加害企業による損害賠償がされるまでの間の応急的な行政上の特別の措置として，緊急に救済を必要とする健康被害者に対して医療費等を支給し，公害に係る健康被害者を迅速かつ適正に救済することを目的として，救済法が制定され，同法の趣旨を周知することにより円滑な運用を図るため，昭和４６年８月７日付けで４６年事務次官通知が発せられた。この４６年事務次官通知は，その時点における医学的研究の成果（新潟におけるＰ１０らの研究成果及び公害の影響による疾病の指定に関する検討委員会の検討結果等）を取り入れて作成されたものであったが，同通知については発出後まもなく以下のような問題点が生じた。
すなわち，①４６年事務次官通知第１(2)に「上記(1)の症状のうちのいずれかの症状がある場合」と記載されていたため，同通知第１(1)(イ)掲記のいずれか一つの症状でもあれば水俣病として認定すべきとしているかのような誤解が生じるとともに，②第１(3)の「有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合」というのが具体的にどのような場合であるのかが不明確であったことから，同通知の趣旨として広まった「疑わしきは救済」というニュアンスと相まって，わずかの可能性でもあれば上記「否定し得ない場合」に該当するかのように誤解されたのである。


そもそも，４６年事務次官通知の第１(2)において，いわゆるハンター・ラッセル症候群のすべての症候がそろわない場合でも水俣病の範囲に含まれるとされたのは，その時点における医学的研究の成果を取り入れたものであるが，その研究成果においても，いずれか一つの症候で水俣病であると診断できるという結論は得られておらず，当時において（現在においてもそうであるが），同通知第１(1)(イ)のいずれか一つの症状でもあれば水俣病と診断することができるというような医学的知見が存在したことはなく，同通知第１(1)(イ)についていずれか一つの症状でもあれば認定すべきであると解釈することは，医学的知見に明らかに反するものである。この点，昭和４６年９月２９日に，４６年事務次官通知の趣旨を明らかにすべく出された公害保健課長通知（乙１９）においても，４６年事務次官通知は「公害の影響による疾病の指定に関する検討委員会の行った研究報告書に集約されている水俣病の成果を基礎とするものであ」るとされているところ，同研究報告には一症状のみの水俣病の存在などは報告されていない。４６年事務次官通知第１の(2)(3)は，救済法の趣旨にかんがみ，医学的知見に基礎を置いた上で，医学的にみて水俣病又はその疑いがあると考え得る限りの者を含め，広く患者を救済しようとしたものである。すなわち，申請人の呈する健康障害とメチル水銀との影響との因果関係の医学的判断（水俣病か否かの医学的診断の確実性（確からしさ）の程度）について，水俣病とほぼ確実に診断し得るという，いわば確定診断のレベルではなく，相応の医学的検査を尽くしたにもかかわらず，医学的根拠をもって水俣病である可能性が水俣病である可能性を上回ると判断し得るぎりぎりのレベルを採用することによって，医学を基礎とした上で可能な限り救済の間口を広げたものといえる。したがって，４６年事務次官通知にいう「否定し得ない」とは，わずかでも可能性があれば「否定し得ない」ものとして認定すべきであるという意味ではなく，当然そこには，医学的な根拠が存在しなければならないとともに，医学的根拠をもって水俣病である可能性が他疾患である可能性よりも優位であることを要するのであり，その判断は，公害被害者認定審査会（公健法においては公害健康被害認定審査会）の水俣病に関する高度の学識と豊富な経験に基づく医学的判断にゆだねられている。このことは，当時の大石環境庁長官の昭和４７年の衆議院公害対策並びに環境保全特別委員会における答弁や，公害保健課長通知の内容においても現れているところである。
(イ)以上のとおり，４６年事務次官通知の趣旨は，その時点における医学的研究の成果を取り入れ，また，救済法の趣旨にかんがみ，医学的知見に基礎を置いた上で，医学的にみて水俣病又はその疑いがあると考え得る限りの者を含め，広く患者を救済しようとしたものであったが，上記(ア)のような誤解を生じさせることになった。そこで，環境庁は，医学的知見に基礎を置きつつ，４６年事務次官通知をより具体化することとし，昭和５０年に，新潟大学名誉教授であったＰ１０を始め，Ｐ１４熊大医学部教授，Ｐ１２鹿児島大学医学部教授ら水俣病についての代表的な専門家らのほか，水俣病研究に限定することなく，様々な神経症状に精通する神経内科の代表的専門家であるＰ３１病院長のＰ３２ら，当時の医学（神経内科学）界における第一線で活躍していた専門家１７名からなる水俣病認定検討会を設置し，臨床上の診断基準に当たる具体的な水俣病の判断条件を定め，その結果を５２年判断条件として示したものである。このように，５２年判断条件も，４６年事務次官通知も，「医学的にみて水俣病又はその疑いがあると考え得る限りの者を含め，広く患者を救済しようとする」趣旨においては同様であって，５２年判断条件は，４６年事務次官通知の表現によって生じた問題点に対応すべく，医学的専門家による検討会を経て，４６年事務次官通知の表現をより具体的なものとしたにすぎない。
この点，原告は，あたかも被告国が５２年判断条件を発出することによって救済範囲を極めて限られたものにしようとしたかのように主張するが，以上述べたことからすると，原告の同主張は明らかに失当である。
イ５２年判断条件の医学的正当性


(ア)前記(3)で述べたとおり，水俣病は，メチル水銀が神経系を障害することにより，主要症状として掲げた各種の神経症状を呈する疾患である。そして，これらの主要症候がみられる場合に，直接生検などの方法によってメチル水銀による障害を証明できれば，水俣病の診断は明確であるが，生存中にそのような検査を行うことは実際上不可能である。また，上記の主要症候は，それぞれ単独では非特異的であり，他の疾患によってもそれらの症候を来す場合があって，水俣病の診断は，メチル水銀によって引き起こされる各種の症候の組合せからメチル水銀による神経系の障害を推定するという症候群的診断によらざるを得ない。さらに，前記のとおり，メチル水銀による神経系の障害では，障害を受けた部位に対応する症候が必ずしもすべて出現するとは限らないから，上記の主要症候のすべてがそろうことを要求することも相当ではなく，どのような症候の組合せがあればメチル水銀の影響が推定できるかが検討されなければならない。そこで，環境庁は，前記のとおり，昭和５０年に水俣病に関して造詣の深い専門家からなる水俣病認定検討会を設置し，水俣病の範囲に含めて考えられる症候の組合せを整理し，臨床上の診断基準に当たる具体的な水俣病の判断条件を定め，その結果を５２年判断条件によって示したのであり，５２年判断条件は，上記の水俣病の病像及び臨床診断方法についての医学的知見に基礎を置きつつ，４６年事務次官通知を具体化したものである。そして，この５２年判断条件を策定するに当たっては，当時公表されていたＰ２２及びＰ１３らの研究並びにＰ１５熊大精神科教授のほか，上記水俣病認定検討会の座長であったＰ１０の研究等，当時発表されていた論文や専門家の医学的知見が参照されており，十分な医学的根拠を有することは明らかである。また，環境庁は，昭和６０年８月１６日熊本水俣病第２次訴訟控訴審判決が福岡高等裁判所で出されたことを契機として，その時点における水俣病の病態及び５２年判断条件が医学的にみて妥当なものであるかどうかにつき，同年に設けた「水俣病の判断条件に関する医学専門家会議」（以下「専門家会議」という。）に諮問した。同会議の委員は，Ｐ１０を始め，Ｐ１４，Ｐ１２ら水俣病についての代表的な専門家とともに，水俣病研究に限定することなく，様々な神経症状に精通する神経内科の代表的専門家であるＰ３２らをも人選しており，これらの専門家から構成された同会議が，会議に参加した豊富な医学的知見と臨床経験を持つ委員全員の総意をもって作成した意見書は，５２年判断条件について，「現時点では現行の判断条件により判断するのが妥当である。」と結論付けている。このように，５２年判断条件が，医学的知見に基礎を置き，適切かつ妥当であることは，医学の専門家の間でコンセンサスが得られている。
(イ)この点，原告は，水俣病患者には，ハンター・ラッセル症候群のうち四肢末端優位の感覚障害しかみられない者も存在し，四肢末端優位の感覚障害の所見のみから水俣病と診断することもできると主張する。しかしながら，仮に，原告が主張するように感覚障害の所見のみをもって水俣病と判断すると，偽陽性が著しく多くなることは，剖検例の分析結果からも明らかである。すなわち，Ｐ２０らによる「水俣病の感覚障害に関する研究－剖検例から見た感覚障害の考察－」（Ｐ２０論文）によれば，臨床検査上四肢末梢優位の感覚障害のみを呈する剖検例２１例中，メチル水銀の影響であったものはわずか２例であり，このことは四肢末梢優位の感覚障害を呈するものの中には他原因や原因不明のものが多くあることを示している。
そして，５２年判断条件を満たす病態は，いわゆるハンター・ラッセル症候群と感覚障害のみの病態との間に位置しており，偽陽性，偽陰性は完全には回避できないものの全体としては少なくなり，妥当な診断の正確性が得られるものである。
(ウ)また，原告は，５２年判断条件は，概して疫学的条件を重視せず，専ら臨床症状をもとに水俣病か否かを判断すべしとしている点において誤りであると主張する。
しかし，魚介類の傾向摂取によるメチル水銀曝露歴というのは，本人の魚介類を多食していた旨の申告によるところが多く，客観性という面で問題がある上，魚介類の汚染状況にも差があるため，そのメチル水銀の多量摂取を客観的に裏付けることは困難であること，メチル水銀に対する感受性には個人差があり，水俣病を発症するメチル水銀量にも個人差が認められること，ある地域において患者が多発した，つまり発症するほどのメチル水銀曝露歴を受けた者が多数いたとしても，その地域に居住しているすべての者について同程度のメチル水銀曝露歴があったともいえないことから，水俣病の診断においてメチル水銀曝露歴が果たし得る役割には限界がある。そして，疫学条件の存在は，指定疾病該当性の前提条件ではあるが，これを曝露歴と健康障害との因果関係の医学的診断において考慮することには限界があり，原告が指摘する疫学調査の結果も信用するに値しないことは，後記(5)エにおいて述べるとおりである。
(エ)さらに，原告は，被告らは，５２年判断条件にもとづき，「末梢神経障害では説明のつかない症状である腱反射の亢進や所見の変動を理由に水俣病を否定してきた」などと主張する。しかし，後記(5)アのとおり，そもそも，被告らは，いわゆる「末梢説」に立つものではなく，腱反射の亢進や所見の変動のみを理由として水俣病の認定申請を棄却したことはないのであり，原告の主張は完全に誤っている。
(5)原告の主張について
ア感覚障害による鑑別可能性に関する原告の主張について原告は，水俣病の感覚障害の原因が中枢神経障害であることを前提として，中枢神経の一部である中心後回の体性感覚野が障害されると認知及び識別的な機能の障害の方が強く生じ，いわゆる複合感覚，立体覚，皮膚書字覚が障害され，これらは他の病気には通常みられない特徴的な症状であり，こうした中枢神経の障害による感覚障害の症状をとりあげることにより，容易に他疾患との鑑別ができ，これらの感覚障害による諸検査で十分判断できると主張する。


しかし，人の感覚には，視覚，聴覚等の特殊感覚や内臓感覚を除くと，大きく分けて表在感覚（触覚，痛覚，温度覚等の皮膚あるいは粘膜の感覚），深部感覚（関節位置覚，振動覚，圧痛覚等の骨膜，筋肉，関節等から伝えられる感覚）及び複合感覚（二点識別覚，立体覚，皮膚書字覚等）の別があるところ，このうち複合感覚とは，表在感覚及び深部感覚により認識された複数の信号を，中枢神経によって分析・統合し，その関係を把握するという高次の感覚であるから，複合感覚については，一次感覚が正常であることがその前提となっており，一次感覚に異常があり複数の信号の認識自体ができない場合には複合感覚も異常を示してしまう。そのため，複合感覚の検査結果が異常であっても，その原因が中枢神経の障害を反映した結果か，一次感覚異常を反映した結果かは明らかではなく，複合感覚検査の異常により直ちに中枢神経障害があるとは判断できない。また，複合感覚検査のうち，原告が依拠し，また，別件訴訟第２審判決が正確な理解を誤った二点識別覚については，標準的な検査方法が確立されておらず，異常かどうかの基準となる正常値も存在しないなど，その検査実施の難しさ，検査結果の評価の難しさに関して様々な問題点が指摘されている。
なお，原告は，５２年判断条件及びこれに基づく診断面での運用は，水俣病における感覚障害は末梢神経障害いわゆる多発性神経炎型のものであるという考え方に立っているとして，被告らがいわゆる末梢神経障害説に立っていることを前提とする主張をするが，被告らは，メチル水銀は中枢神経及び末梢神経の両方を障害し，その結果として感覚障害等の様々な症状を呈すると主張しているものであり，原告がいうところのいわゆる「末梢説」に立っているわけではなく，５２年判断条件は中枢神経障害のみで水俣病の症候を呈する患者についても適切に診断することを可能とするものであるから，原告の主張はその前提を誤っている。そして，メチル水銀中毒によって中枢神経及び末梢神経が共に障害されることは，Ｐ２０らによる剖検による病理所見により客観的に証明されている上，国際的にも確認されているところである。
以上のとおり，水俣病においては感覚障害が中枢性，末梢性両方の関与によるものであり，５２年判断条件においてもこの両者を区別しているわけではないから，そもそも「感覚障害が末梢性か中枢性かを推定すること」に特段の意義は認められない上，ほとんどの症例において一次感覚障害を来しているのであるから，複合感覚検査の有用性は低いといわざるを得ない。
イＰ２０論文に関する原告の主張について
原告は，Ｐ２０論文に対する日本精神神経学会による批判（甲２０）や別件訴訟の控訴審におけるＰ２０の証言内容に基づき，病理より臨床所見の方がより正確に判断できるなどと主張する。
しかし，病理所見は臨床医学において重要な役割を果たしており，殊に神経疾患においては，他の臓器のように神経を直接検査することが困難であるため，臨床検査の客観性には限界があるところ，これとの対比において，剖検の所見においては非常に客観的で多くの知見が得られるのであり，原告の上記主張は，病理学や，臨床現場における病理所見の重要性に関する基本的な理解を欠いたものというほかない。原告は，別件訴訟の控訴審におけるＰ２０の証言をもって原告の上記主張を裏付けようとするが，原告の主張は，Ｐ２０の証言の一部分のみを恣意的に取り上げて，同証言に異なる意味づけをしようとするものにすぎない。
そして，昭和３０年から同５６年の間，熊大医学部病理学講座教授であったＰ３３及びＰ２０の水俣病関係の剖検数は４５０例に達し，世界的にみても昀多である上，その中には慢性期の患者も多く含まれている。原告は正常人と比較した定量的解析がなされていないとして，Ｐ２０の病理学的手法を批判するが，そもそも，病理診断は，病理専門医がそのトレーニングの過程で学問的及び経験的に習得した「正常像」と献体を比較して判断する定性的な判断であって，病理診断の際に，原告が述べるような定量的な解析（形態計測的な解析）を行うことはほとんどないし，厳密なコントロール群がなくとも医学的な根拠が失われるわけではない。また，原告は，Ｐ２０論文について，日本精神神経学会の会誌である精神神経学雑誌（甲２０）掲載の研究と人権問題委員会（委員長Ｐ３５）の学会活動報告中で取り上げられたＰ３６らの意見（以下「Ｐ３６論文」という。）を基に，Ｐ２０論文には疫学用語の誤用があり，それを修正するとＰ２０らの主張の数字上の根拠は失われるなどと主張する。しかし，Ｐ２０論文における説明に何ら不合理な点はなく，原告が主張するような，Ｐ２０論文の「数字上の根拠が失われる」などとの批判を受ける余地はない。Ｐ３６論文においては，事実の誤った解釈や，病理診断に対する理解不足に基づく偏った意見が目立つものである。
ウ原告が引用する各意見等について
原告が引用する各医師の意見及び調査結果は，「有機水銀の曝露条件があって，四肢末梢優位の感覚障害がある患者は公健法上水俣病と認定されるべきである」との原告の主張を根拠づけるものではない。(ア)原告は，Ｐ１０の発言内容として，①水俣病の症例の中には，知覚障害のみのものも含まれている，毛髪中水銀量，魚の摂取状況と症状発症の時期，知覚障害の特異性と経過により，有機水銀中毒と診断したもので，アルキル水銀中毒症は，必ずしも定型的なハンター・ラッセルの症状を呈しないことを強調したい，②中毒には軽症から重症まで毒物摂取量や個体の条件に応じて種々の症度の患者が存在する，水俣病認定申請する人々は皆純朴な人ばかりで，詐病を使う人などないこと，２年も経過観察すれば水俣病か否かは判断できる，といった発言をそれぞれ引用する。


しかし，Ｐ１０の上記①の発言自体から，単なる感覚障害のみで水俣病と認定できるとの趣旨は何ら読み取れないし，典型的なハンター・ラッセルの症状を呈しない場合であってもアルキル水銀中毒が存在することが，５２年判断条件の正当性を何ら弾劾するものではないことも当然である。そもそも，Ｐ１０は水俣病認定検討会の座長として５２年判断条件の策定に関与していたのであるから，その事実からもＰ１０が単に四肢末梢優位の感覚障害があれば水俣病と認定できるなどと考えていなかったことは明らかである。また，上記②の発言も，その全体をみれば，原告の主張するような趣旨ではないことは明らかである。なお，原告は，Ｐ１０の水俣病に関する医学的見解について，５２年判断条件策定当時の見解がそれ以前のものから変遷しており，信用できないかのように主張する。しかし，Ｐ１０が，原告が主張するように水俣病における感覚障害はその障害の部位や経過などからして特徴的なもので，感覚障害一つでも，類似の神経疾患との鑑別診断は可能であると考えていたなどと明確に述べている証拠は見あたらず，原告の主張は，その前提において失当というほかない。
(イ)原告は，Ｐ１０・Ｐ３７・Ｐ３８の調査の結果として，Ｐ１０らは，毛髪水銀値が４０．０から５９．９ｐｐｍである４４名を対象として臨床症状を検討した結果について，「自覚症の頻度は四肢のしびれ感が７３％ともっとも高く」，「他覚所見では四肢のしびれ感に対応する四肢の末梢性知覚障害が６１％と昀も高率で…認められる。」，「この中で，知覚障害のみを示す例が７例あり，その５例は家族内に患者や有症者を認めるケースであった。」との部分を引用する。
しかし，上記のとおりＰ１０らは，毛髪水銀値が明確に特定されたものを調査対象者としているから，毛髪から水銀が検出された事実がない原告を同列に扱うことができないことは明らかであり，上記調査結果をもって，原告の主張する，単に四肢末梢優位の感覚障害があるというだけで水俣病と診断できるという結論を導くことはできないことも明らかである。
(ウ)原告は，Ｐ７が，Ｐ１５らの「熊本大学医学部１０年後の水俣病研究班：“１０年後の水俣病に関する疫学的，臨床医学的ならびに病理学的研究（第２年度）”の図を引き合いに出して，「昀も基本的な症状と思われる知覚障害についても，その知覚障害のパターンを対象地区と比較すると，末梢性の両側のgloveand   stockingtype（手袋靴下型）の知覚障害および口周辺の知覚障害は明らかにメチル水銀の影響と考えられる」と述べた論述を引用する。
しかし，Ｐ７が引用する上記図によれば，α１地区における四肢末梢優位の知覚障害及び口周辺の知覚障害の症例数が対照地区であるα１８地区と比べて多いといえるが，だからといって，汚染地区においては，四肢末梢優位の感覚障害がみられれば，それだけで水俣病と診断できるわけではない。すなわち，Ｐ１５調査は，四肢末梢優位の感覚障害のみを有する者を調査したものではないから，汚染地区において四肢末梢優位の感覚障害のみを有する者が多いとはいえない。また，Ｐ１５調査（第１年度）は，臨床症状の組合せを設定して，その存在比率を，α１地区及びα１１地区と対照地区であるα１８地区との間で比較検討したところ，口周辺を含む四肢末梢優位の知覚障害のほかに求心性視野狭窄や構音障害等が認められたものについては，統計学的に有意な差が認められたのに対し，四肢末梢優位の知覚障害のみについては，統計学的に有意な差は認められず，「知覚障害だけの場合，メチル水銀の影響も考えられるが，他の原因の混入も考慮されなければならない。水俣病であると決定するためには，さらに疫学的な事項，すなわち，家族内発病の有無や魚介摂取状況，他の疾患の合併の有無などについて検討されなければならないだろう」としているのであり，Ｐ７の発言は，こうしたＰ１５調査の結果を正確に理解しないものであって，正当なものとはいえない。また，原告は，Ｐ７らによる，α１３地区の全住民及びα１２地区の全住民の８４．１％の検診を行い，そのうち６５．５％に四肢末端の感覚障害がみられたとの調査結果（甲１０２）を引用する。しかし，この調査を行ったのは，昭和４４年に結成された水俣病研究会（この研究会は，その年の６月に提訴された水俣病訴訟（通称，一次訴訟）を支援し，水俣病を告発する運動の一つとして発足されたものであるとされている。）に参加していたＰ７をチーフとするＰ３０総合調査団医学班であるが，調査に参加した医師の専門分野は記載されていない上，調査期間内には，「『治療についての患者との対話集会』などの講義が参加者，患者や家族，市民や支援者を相手にもたれ，夜のふけるのも忘れて行われたというのである。感覚障害の検査には熟練が必要であるにもかかわらず，上記調査結果からは，Ｐ７らの調査における診断方法も，診断した医師の専門分野も不明であり，科学的・客観的な調査が行われているとは言い難い。Ｐ７のいう６５．５％に四肢末端の感覚障害がみられたとするデータは，検者，被検者とも極めて強いバイアスがかかった調査結果であり，後述の研究と人権問題委員会の見解のように，このデータを，対照となる非汚染地域の調査結果と単純に比較しても，正確な結論が導き出せないことは明白である。また，仮に，この調査結果の数字が正しいとしても，上記と同様，そのことは，汚染地区において四肢末梢優位の感覚障害が多くみられたということを意味しているにすぎず，四肢末梢優位の感覚障害のみを呈する者が多くみられたという調査結果ではないから，上記調査結果をもって，原告の主張するように，単に四肢末梢優位の感覚障害があるというだけで水俣病と診断できるという結論を導くことはできない。
エ「曝露群寄与危険度割合」に基づく原告の主張について原告は，汚染地区を熊本県天草郡α１１町α１５，対照地区を宮崎県東臼杵郡α１９町α１７に設定したＰ１６・Ｐ１７らの疫学調査の結果，四肢末梢優位の感覚障害を呈した人は，対照地区であるα１７では１４２人中１人（発生率約０．７％）しかいなかったが，汚染地区であるα１５には１０９人中６５人（発生率約６５％）いたことが判明したとして，当該調査結果から，「曝露群寄与危険度割合」を９９．５％と計算し，汚染地区においては四肢末梢優位の感覚障害は顕著であるとして，有機水銀の曝露条件があって，四肢末梢優位の感覚障害がある患者は，明らかに他の原因によるものでない限り，公健法上水俣病と認定されるべきであると主張する。


(ア)しかし，疫学は，個体差を考慮せず，集団の統計的特徴に基づいて健康障害の要因を推定していく学問的方法論であるから，個人を観察の対象とし，個体差を常に考慮する臨床医学において，この疫学的手法を利用することにはおのずから限界があり，原告が，疫学研究のみの結果に基づいて病気の原因を決定するとの見解を前提としているのであれば，当該主張に理由がないことは明らかである。
そして，疫学においては，関連性の認められた要因を実際の人間集団に与え，特定の健康障害が発生するかどうかを確認するという，因果関係を評価するための理想的な研究手法を用いることはできないことから，①調査対象集団の構成員が一様ではない，②対象者に重大な危害や不利益が加わるような方法での疾病の検索が不可能であるため，その判定は主に臨床診断によることになり，疾病発症の十分な評価ができない，③対象となる人間の行動を制約・監視することが困難であることから，曝露状況の評価が困難である，といった限界がある。さらに，要因と疾病との間に統計学的関連が認められた場合であっても，真に関連性が認められるかを判断するには，バイアス（偏り。疫学的測定に紛れ込む誤差のうち，真値との差に方向性のある誤差である系統誤差をいい，偶然・確率的に起こる誤差である「偶然誤差」と区別される。この偏り（バイアス）は，誤差が起こる原因によって，「選択バイアス」（対象者を選択する過程から発生し，研究への参加を左右する要因に起因する系統誤差をいう。）と「情報バイアス」（試験参加者の疾病や曝露状態に関する不正確な情報から生じる偏りを指し，「思い出しバイアス」などが含まれる。）に大別される。）や交絡因子を考慮し，その影響をできるだけ排除する必要がある。そして，寄与危険とは，危険因子への曝露群がその因子のみによって発症した部分を示す指標で，危険因子への曝露によって罹患の危険がどれだけ増えたかを示すものである。この寄与危険の一類型として，曝露群の発生率のうち，その曝露が原因となっている部分の割合を寄与割合（寄与危険度割合又は曝露群寄与危険度）といい，曝露群での発生率から非曝露群での発生率を差し引いた上，曝露群での発生率で割ることにより得られる。したがって，例えば，寄与割合７５％というのは，あくまで，曝露群において認められた有病者集団のうち７５％については曝露によって生じた可能性があるというにとどまり，有病者全員の疾病について，曝露によって生じた可能性が７５％あるということを意味するものではないことは，上記の算出方法から明らかであり，寄与割合が７５％あるからといって，必ずしも，その有病者１名を取り出した場合に，その個人の当該疾病が当該曝露によって引き起こされた可能性が高いことを意味するものではない。
(イ)上記のとおり，疫学調査を行うときは，バイアスや交絡因子について考慮した上で，関連性の有無を判断することが極めて重要であり，これらを考慮していない疫学調査はその結果を活用する価値に乏しく，そこでの数値には何の意味もない。
そうであるところ，原告が「曝露群寄与危険度割合」を計算した際に基礎としたＰ１６・Ｐ１７らの疫学調査は，α１１を対象とするものであったところ，調査対象者の抽出に当たって，調査への参加に積極的なグループの住民のみを対象としたとされ，検査を実施する医師が，疾病に罹患している者を優先的に調査対象として選択してしまった可能性を指摘することができるほか，曝露があったとして自らの意思で積極的に調査に協力する者だけを調査対象としたおそれも指摘でき，その調査結果は，曝露地域全体の指標ではなく，偏ったものとなっていると考えられる。それにもかかわらず，Ｐ１６・Ｐ１７の論文には，このような選択バイアスを考慮し，その影響を排除しようとした形跡は全くうかがわれないばかりか，選択バイアスがなかったとの誤解を生じかねない表現すら使用されている。また，α１５地区における検診については，水俣病患者の掘り起こしを目的としていた社会医学研究会ないしこれを継いだ地域医療研究会の構成員が検査を行っていたのに対し，α１７地区においては，水俣病のコントロールをとる目的で検査を行い，被検者についてもその目的が告知されていたのであるから，盲検法が取られなかったことはいうまでもなく，α１５地区では検者が水俣病にみられる所見を積極的に確認する方向で検査を行い（診断バイアス），対照地区であるα１７地区では，被検者が水俣病にみられる所見が現れない方向で検査を受けていた可能性があるのであって，看過できない情報，観察による偏りがある。したがって，当該調査の結果は，これを活用する価値に乏しく，適切な曝露群寄与危険度割合を算出できるほどの精度を有していない。
なお，原告は，当該調査の手法が普遍的な基準をクリアした正当なものであることは，世界的に権威があるとされるエンバイロメンタルリサーチ誌に掲載されたことで証明済みであると主張するが，同誌に掲載されたＰ１６らの論文には，曝露群寄与危険度割合が計算・表示されているわけではないから，同誌のレフェリーは，当該調査の結果が曝露群寄与危険度割合を算出することができるほどの精度を有しているか否かについては何ら判定しておらず，横断研究としては受容できるとしてこれを掲載したにすぎない。
のみならず，原告は，Ｐ１６・Ｐ１７らの実施した疫学調査（甲１０４）を用いて相対危険度及び曝露群寄与危険度割合を算出したと主張するが，そもそも，原告が曝露群寄与危険度割合等の算出に用いた数値（甲第７５号証参考資料７頁から引用した値）とＰ１６・Ｐ１７らの実施した疫学調査との関連性について見い出すことができない上，この甲第７５号証における数値がどのようにして算出された値であるのかさえ全く明らかではない。このように，原告が，Ｐ１６・Ｐ１７らの疫学調査の結果であると主張して相対危険度及び曝露群寄与危険度割合の算出の基礎としたデータは，その真偽さえ明らかではなく信用できないものである。
さらに，Ｐ１６・Ｐ１７らの疫学調査は，感覚異常等の症状が曝露群であるα１５地区において非曝露群であるα１７地区と比較して高い値であるとするにすぎず，曝露群と非曝露群とのそれぞれの地域における有症状者とされる者のうち，感覚異常以外の症状が認められないこと，すなわち，被検者が感覚異常のみを有しているかを調査しておらず，同調査の結果は，四肢末梢優位の感覚障害のみによって水俣病に罹患していると医学的に診断することができることの根拠とはなり得ない。オ研究と人権問題委員会の５２年判断条件に対する見解について原告は，日本精神神経学会の研究と人権問題委員会が平成１０年９月１９日付けで学会活動報告として発表した５２年判断条件に対する見解（甲２０）に基づき，高度の有機水銀曝露を受けた者で，四肢末梢優位の感覚障害のみを有すれば，それだけで水俣病であると判断することができるという仮説を妥当なものとして採用することは，公害問題において当然の帰結であると主張する。


(ア)しかし，研究と人権問題委員会の見解において取り上げられている曝露群に関する調査のうち，Ｐ７によるものは，検者及び被検者共に極めて強いバイアスがかかった調査結果であることは容易に推認できるし，そもそもこの調査結果を他地域と比較することは極めて不合理である。(イ)また，疫学においては，情報バイアス，殊にその一種である疾病状態の不正確な測定という診断バイアスを排除する必要があり，取り分け，客観性に乏しく被検者の応答に頼らざるを得ないといった困難な診断を要する感覚障害においては，診断バイアスを排除するために，事前の診察内容の打合せ等の調整が必要となるところ，研究と人権問題委員会の見解は，既に終了した複数の疫学調査の結果を漫然と比較して曝露群寄与危険度割合を算出しており，個々の疫学調査結果についてバイアスの問題を無視しているというほかなく，複数の疫学調査を併せて用いる場合は診断バイアスを排除することができないにもかかわらず，その点を全く考慮していないという致命的な誤りを犯しており，信用できない。(ウ)さらに，研究と人権問題委員会の見解は，Ｐ３６が中心となって策定されたものと推認されるところ，Ｐ３６の別件訴訟における証言内容等からすると，Ｐ３６は，感覚障害の検査の困難性についての認識が乏しく，診断バイアスへの配慮を欠いているというほかない。なお，研究と人権問題委員会は，いわゆる精神科の学会である日本精神神経学会に属するものであるところ，現在の日本の医療環境に照らして，精神科を専門とする委員会が，神経疾患である水俣病について述べた見解の正当性には重大な疑義がある。
(エ)以上のとおり，研究と人権問題委員会の見解は，正確性を欠く調査結果や精度の異なる複数の調査結果を同列に扱って，バイアスや交絡因子を調整する工夫がないままに機械的に曝露群寄与危険度割合を算出するなどという偏った手法を採用したものであって，これを活用する価値に乏しいから，このように算出された曝露群寄与危険度割合９９．１％という数値には何らの意味もなく，これによって原告の前記主張が裏付けられるものではない。
カ別件訴訟第２審判決が定立した判断基準について原告は，別件訴訟第２審判決において，原告が水俣病患者であると認められたことから，原告は公健法上も水俣病であると認められると主張する。しかしながら，そもそも，別件訴訟と本件処分の取消訴訟の訴訟物は異なるから，別件訴訟において原告の請求が一部認容されたことは，本件処分の適法性判断に何ら影響するものではない。
また，別件訴訟第２審判決が示した前記第２の４(4)ウの判断については，次のとおり，医学的にみて明らかな誤りないし不適切といわざるを得ない点が含まれている。
すなわち，別件訴訟第２審判決は，前記第２の４(4)ウの①については，舌先又は指先の二点識別覚をもって判断の根拠としている。しかし，二点識別覚とは，皮膚上の二点をコンパスやノギスで同時に触れ，これを二点として識別できるか否かの検査であり，複合感覚の一つをみるものであるところ，表在感覚が障害されている場合に複合感覚検査をしても意味があるのか疑問であるし，二点識別覚検査のような感覚障害検査は，性質上，不可避的に被検者の応答に頼らざるを得ないという限界があり，神経疾患の検査の中でも客観性に乏しく，昀も難しい検査の一つであって，現時点ではその客観的かつ標準的な検査方法さえ確立しているとはいえず，神経疾患の局在診断あるいは原因的診断を下すのに，このような客観性の乏しい一検査の結果のみに頼ることはあり得ない。さらに，舌先の二点識別覚検査は，医学界において一般的に承認を得られた検査方法ではなく，その確実性，有用性などについては全く明らかではない。このように，二点識別覚検査の結果のみを用いて中枢神経の障害を診断できるとする医学的知見は存在せず，まして，二点識別覚検査の結果で水俣病の診断ができるとした研究は存在しない。したがって，上記の基準は別件訴訟第２審判決が独自に定立した基準であって，医学的根拠のないものである。さらに，前記第２の４(4)ウの②において判断根拠とされている「四肢末梢優位の感覚障害」については，同判決自身も，「四肢末梢優位の感覚障害はメチル水銀中毒以外の原因によっても生じうるものであるから，四肢末梢優位の感覚障害があることのみによっては，高度の蓋然性をもって，当該患者がメチル水銀中毒であるとまではいえない」と判示しているとおりであり，感覚障害が他の多くの原因によって生じ得ることは，たとえ家族内に認定患者がいる場合であっても変わらないのであるから，同判決は，自らが否定した「感覚障害のみによる水俣病の診断」を認めるという自己矛盾した判断を行ったことになり，上記の基準が医学的経験則に反していることは明らかである。
のみならず，前記第２の４(4)ウの③は，二点識別覚の検査を受けていれば，「口周囲の感覚障害」又は「求心性視野狭窄」がみられても，水俣病とは診断されないが，その検査を受けていない場合には，いずれかの症状だけで水俣病と診断されるという，そもそも到底医学的な基準としてはあり得ないものである。また，別件訴訟第２審判決は，口周囲の感覚障害のみで水俣病と認め得る理由を，「末梢神経のうち，顔面の神経は，その伝導路の途中に頸椎，腰椎などを通っていないから，加齢その他の原因による頸椎狭窄などの影響を受けることがない」としているが，顔面の知覚神経は三叉神経に支配されており，三叉神経は中脳より顔面に至るものであるから，大脳皮質のみならず，中脳及び顔面の間の神経伝導路に，血管障害，脳腫瘍，脳炎，その他の病変があれば，口周辺の感覚障害が生じ得るのであって，医学的知見として口周辺の感覚障害に特異性がないことは明らかであって，上記基準の定立は明らかな誤解に基づくものである。なお，別件訴訟昀高裁判決は，水俣病の病像論について踏み込んだ判断を示さなかったが，この点については，水俣病がどのような病気であり，個々人がこれに罹患しているかどうかは，専ら事実認定に関する事項（法律審である昀高裁判断を示すのにふさわしい事柄ではなく，本来，医学的，科学的に解明されるべき事項）であることを考慮して，原審の判断については，経験則違反等の違法があるとはいえないと判断したものと推測されるとされており，昀高裁において別件訴訟第２審判決が独自に考案した前記条件を是認したと認められるものではない。
(6)原告は水俣病ではないこと
ア原告には四肢末梢優位の感覚障害しか認められないこと
(ア)原告に係る検診結果等
原告は，昭和５３年９月３０日付けで本件申請をし，熊本県知事は，同年１０月７日付けでこれを受理し，昭和５４年１０月２６日から同年１１月２日にかけて，疫学調査のほか，神経内科，精神科，耳鼻咽喉科及び眼科の各検診を実施したが，その結果は，次のとおり，水俣病に係る症候のうち，原告に認められたものは四肢末梢優位の感覚障害のみであった。
ａ感覚障害について


原告には，神経内科における検診で，両側前腕以下と右下腿以下，左下腿外側から下腿以下にかけて触・痛覚鈍麻がみられ，精神科における検診では，四肢に知覚障害がみられ，以上の検査から，四肢の感覚障害が認められた。
ｂ小脳性運動失調について
言語障害については，神経内科の検診の際には認められていないが，精神科検診では，構音障害がみられた。四肢の協調運動の検査については，神経内科の検診で，上肢ではジアドコキネーシス及び指鼻試験がいずれも正常であり，下肢では膝踵試験及び脛たたき試験で左側に脱力に伴う運動障害がある以外には認められず，精神科検診では，緩徐がみられたこともあるが，異常とは認められなかった。起立歩行の検査においては，神経内科の検査では，左の片足起立は不能で，つえ歩行であり，精神科での検査では，「歩行，起立不能」であった。以上のことから，原告には，時に構音障害がみられたものの，運動障害は○及びその手術の影響とみられる左下肢の脱力によるものと考えられ，小脳性の運動失調はないと判断されるべきものである。
ｃ求心性視野狭窄について
眼科検診において，両眼とも視野狭窄は認められなかった。
ｄ中枢性眼球運動障害について
滑動性追従運動で軽度の異常が疑われたが，有意な所見とはいえず，衝動性運動，前庭動眼反射は，共に異常が認められなかったことから，中枢性眼球運動障害はないものと判断されるべきものである。
ｅ後迷路性難聴について
前記のとおり，水俣病にみられる難聴は，伝音声難聴ではなく感音声難聴であり，感音声難聴のうちでも，大脳側頭葉の側脳溝に面する横回領域の障害に起因する後迷路性難聴である。そして，原告については，耳鼻咽喉科検診において行われた純音聴力検査の結果では，両耳，特に右側に伝音声難聴が認められ，中枢性神経障害に由来する感音声難聴とは異なっている。また，高音部には両側の閾値上昇がみられ，その結果のみからは，一見後迷路性難聴の可能性を全否定することはできないようにもみえるが，骨導値は正常であり，聴覚疲労現象は認められないことから，その閾値上昇は，外耳道，鼓膜，耳小骨のいずれかの部分の障害によるものと考えるべきものであった。また，語音聴力の一部悪化が認められたため，後迷路性難聴の可能性も完全には否定できなかったが，後迷路性難聴を判定するより客観的な検査である聴力疲労の検査では何ら異常を認めないのであるから，後迷路性難聴の可能性を否定できないにしても，その可能性は極めて小さいといえる。
ｆ平衡機能障害（視運動性眼振パターン）について視運動性眼振パターン検査は，正常範囲であることから，平衡機能障害を示唆する所見はないと考えられる。
(イ)原告には，原告が主張するような症候は認められないこと原告は，四肢末梢優位の感覚障害以外にも水俣病に係る症候が認められると主張するが，それらは検査結果の一部分を誇大に解釈したものにすぎず，到底認められるものではない。
ａ原告は，検診カルテの記述などから，原告は小脳性運動失調を有すると主張する。しかし，原告の○手術前である昭和４９年８月１８日の検診記録ではジアドコキネーシスや指鼻試験は正常であり，運動失調を認めておらず，昭和５３年５月２１日の神経内科の検診記録においても，小脳性運動失調に関する検査のうち，「Ⅵ上肢」の項目では，おおむねすべての項目において正常と判断されており，原告が指摘する「緩徐」という意味の「slow」との記載については，実際には「slowbutgood」（「緩徐なるも良好」の意。）と記載されており，運動失調はないという判断がされているし，同日の上記検診記録においては，小脳性運動失調を調べる他の検査（膝踵試験等）について，健側（右側）では全く正常の所見であり，かろうじて左側で「slow」や「－１」という記載を認めるも，左側は○術後による筋力低下であることは明らかであり，原告に小脳性運動失調の所見は認められない。さらに，昭和５４年１０月２７日の神経内科検診記録における検診医の「まとめ及び印象」でも，「Ataxia（運動失調の意）は認めない」と記載されており，昭和４９年の検診時にも小脳性運動失調が認められていないことを考え合わせると，原告に小脳性運動失調が認められないことは明らかである。
ｂ原告は，昭和５４年１０月２７日の神経内科検診記録中の記載をもって，原告は構音障害も有していたと主張するが，当該検査を行った検診医は，当該検診記録の「まとめおよび印象」の項目において，構音障害については言及しておらず，有意な所見なしとしており，この検診記録を要約転記した認定審査会資料においても，言語障害は「－」となっている。
なお，同月２８日の精神神経科の記録では，「口に何かがはさまったようないい方，時々言葉がもつれる」と記載されているが，この所見は構音障害において認められるoraldiadochokinesis   とは別の所見であるし，昭和４９年８月１８日，昭和５３年５月２１日，昭和５４年１０月２７日の神経内科の各診察ではこのような所見は認められておらず，有意な所見ともいえない。
そして，仮に原告に構音障害があるとしても，原告については上記のとおり小脳性運動失調とは認められないのであるから，それがメチル水銀の影響によるものとまでは判断できないというべきであり，したがって，原告には水俣病にみられる構音障害は認められないというべきである。
ｃ原告は，昭和５４年の検診において滑動性追従運動の異常が認められており，中枢性眼球運動障害を認めると主張する。
しかし，滑動性追従運動の検査で異常を示したのは，０．３Hzと０．５Hzの２種類で検査を行ったうちの０．５Hzの方のみであり，しかも，軽度の異常が疑われたにとどまる。滑動性追従運動の検査は，被験者の意志の関与が所見に大きく影響を及ぼすところ，原告については，他の眼球運動障害である衝動性運動障害や前庭動眼反射では正常となっており，０．３Hzの検査では正常波形を示したことを考えると，０．５Hzの検査のみで滑動性眼球運動の異常が疑われたことをもって，有意な所見とはいえず，中枢性の眼球運動障害であるとは到底判断できるものではない。
(ウ)小括


以上のとおり，原告に一貫して認められる水俣病に係る症候は，四肢末梢優位の感覚障害のみであり，その他の小脳性運動失調や構音障害，平衡機能障害，求心性視野狭窄を認めない。また，軽度の滑動性追従運動の障害が疑われるものの中枢性の眼球運動障害であると判断できず，メチル水銀の影響によると判断できるものではないし，聴力障害もメチル水銀の影響による可能性は極めて低く，水俣病と診断できる根拠となるレベルの所見ではなく，原告には，５２年判断条件の２(2)の水俣病にみられる症候の組合せは認められない。そうであるところ，５２年判断条件が，定説的な医学的知見に基づき，これに反しない限度で可能な限り救済の間口を広げるために設定された基準として合理的なものであることは前記のとおりであるから，原告が水俣病であるとは認められない。イ原告のメチル水銀曝露は濃厚なものではなく，発症時期も曝露時期とは
一致しないこと
(ア)原告の認定審査会資料においては，メチル水銀への曝露歴に関して，次のとおり記載されている。すなわち，原告の居住歴及び職歴として，水俣市α２で出生し，昭和１８年から昭和２５年まではα３に居住し，漁業に従事していたことが，同年から昭和３０年まではα２，α４及びα５町に居住し，農業及び家事に従事していたことが，同年から昭和４６年まではα７に居住し，農業に従事していたことが，同年から現在（昭和４８年）までは兵庫県に居住し，会社員であったことが，それぞれ記載され，家庭内認定者の有無については，いない旨記載され，魚介類の入手方法については，昭和２５年までは漁業で入手したが，その後は店や行商人から買ったり，漁師からもらったりしていた旨記載されている。(イ)また，上記認定審査会資料には，原告の病歴として，昭和４８年に手足のしびれがあり，手足，足先ほど強くしびれ，物をもっている感じがしないこと，足先が曲がっているような感じがあること，正座ができないこと，頭痛，後頸部痛，物忘れ，手関節痛，腰痛，肩凝り，足にカラス曲がりがあり，視力が低下した旨記載され，既往歴として，腰痛，頭痛が昭和４８年から昭和５４年にかけてあり，Ｐ３９診療所，Ｐ４０病院，Ｐ４１病院及びＰ２８病院を受診したこと，昭和５０年にＰ２９病院で○の手術を受けたこと，昭和５１年７月８日に，○切除後後遺症の体幹の機能障害による起立位保持困難により２級１種の身障者手帳の交付を受けたことが記載されている。
この点原告は，昭和２８年ころから手足のしびれが生じていた，疫学調査では昭和４８年ころからの自覚症状となっているが，生活歴や病歴に応じた十分な聴取が原告からなされておらず，医師でない行政職員による調査の限界を示しているなどして，水俣病に関する原告の症状が昭和２８年ころには発症していたかのように主張する。しかし，症状について詳細に記録されている疫学調査（乙１６の１７）に対し，「生活歴や病歴に応じた十分な聴取が原告からなされて」いないと主張する具体的根拠は全く述べられていない。また，原告の疫学調査においては，上記のとおり，水俣病にみられる症状の発症が昭和４８年と記載され，特に多足のしびれについては，昭和５４年１０月２８日の精神神経科の診察記録でも「発症：昭和４８年」という記載に加えて，昭和５３年ころの欄に「１年前より手足先のしびれ，カラスまがり」と記載されており，精神神経科の診察も，これらの症状が昭和４８年ころに発症したことを支持するものとなっている。
(ウ)上記のとおり，原告は，昭和２５年以降，漁業に従事しておらず，昭和４６年には兵庫県に転居したため，その後はα８湾の魚介類は摂取していない。そして，昀も濃厚な曝露を受けていた昭和３０年代には水俣病にみられる症状を発症せず，昭和４８年になって感覚障害の所見が認められたというのであるから，このようなものがメチル水銀の影響によるものとは考え難い。
さらに，原告が海岸線近くに住み，漁業に従事していた期間はわずかであり，その期間も濃厚な汚染以前のことである。原告は，出生後，兵庫県に転居するまでの間，大半は山間部に居住し，農業に従事していたのであり，濃厚な曝露は認められないことから，メチル水銀曝露条件は弱く，水俣病と診断するには根拠が薄弱である。
ウ原告の有する四肢末梢優位の感覚障害が○及びその手術の影響を受けて
いる可能性を否定できないこと
原告に昭和４８年から認められた四肢末梢優位の感覚障害は，その時期的な近接性のみからも，昭和５０年にＰ２９病院で手術を受けた○及びその手術の影響によるものである可能性が考えられるところ，実際に，原告の当該○の部位は，昭和５４年の神経内科の検診録で「perietal」（頭頂葉）と記載されており，同部位は中枢性の感覚障害を十分に来し得る部位である。以上に加え，上記のとおり，原告の感覚障害が，その発症時期等からメチル水銀の影響によるものとは考え難いことも併せて考慮すれば，原告の有する感覚障害は，むしろ時期的に近接する昭和５０年の○及びその手術の影響を受けているというべきである。
エまとめ
以上のとおり，原告の有する水俣病に係る症候は，四肢末梢優位の感覚障害のみである上，濃厚なメチル水銀曝露歴があったとは認め難く，上記感覚障害は，その発症時期等に照らし，○及びその手術の影響によるものというべきである。
そして，これらの事実の存在を前提とした上で，本件処分当時の定説的な医学的知見に基づいて評価・判断すると，医学的根拠をもって水俣病である可能性が水俣病でない可能性を上回ると判断することは到底できないことは明白であって，原告が水俣病にかかっていると認めることはできない。
よって，原告が「疾病（水俣病）にかかっていると認められる」という公健法上の認定要件を満たさないことは明らかであるから，本件処分は適法である。
２争点②（公健法４条２項に基づく水俣病認定の義務付けの可否）について
【原告の主張】
争点①で述べたとおり，４６年事務次官通知によれば，原告が水俣病であることは明らかであり，本件申請を棄却した本件処分は取り消されるべきものであって，原告を水俣病と認定する処分をすべきであることが公健法の規定から明らかであるから，熊本県知事に原告が水俣病であるとの認定をすることを義務付けるべきである（行政事件訴訟法（以下「行訴法」という。）３７条の３参照）。
そして，本件処分が取り消されただけでは，再認定申請での棄却，不服審査の請求等の果てしない繰り返しとなり，根本的な解決は望み得ない。
【被告熊本県の主張】


公健法４条２項は，同法２条３項の規定により定められた疾病にかかっていると認められる者が同法４条２項に基づく認定を申請することを認めているから，原告の水俣病認定の義務付けを求める訴えは，行訴法３条６項２号の申請型義務付け訴訟に該当するところ，申請型義務付け訴訟のうち，「申請又は審査請求を却下し又は棄却する旨の処分又は裁決がされた場合」（同法３７条の３第１項２号）の類型については，併合提起した処分又は裁決に係る取消訴訟等が認容されることが訴訟要件となるものと解される。しかるに，本件において，熊本県知事が行った本件処分が適法であって，取り消されるべきものに当たらないことは争点①について述べたとおりであるから，原告の上記義務付けの訴えは訴訟要件を欠き不適法であって，却下されるべきである。
３争点③（本件裁決の適法性）について
【原告の主張】
(1)５２年判断条件に正当性・相当性があることについての判断の理由の欠
缺又は理由不備の違法
本件審査会は，公健法に基づき，環境大臣の所轄の下に設置された審査庁であるが，職権行使の独立性及び身分保障を認める規定（公健法１１５条，１１６条参照）等からして，環境庁の発する通知等やそれらに基づく公健法の運用の実態等に必ずしも拘束されず，独立して職権行使することが義務付けられている。すなわち，原告の疾病が，有機水銀の経口摂取によって生じたか否かの判断をするについては，まず，公健法の立法目的趣旨を探求し，その本旨に立ち戻って本件処分の違法性一般を第三者的な審査機関としての公正な立場から厳正に判断すべき使命，責任を負っている。しかるに，本件審査会は，争点①で述べたとおり本来よって立つべき基礎である４６年事務次官通知を一顧だにせず，かえって，既に述べたとおり，科学的，医学的根拠を欠き，問題点の多い５２年判断条件を，何ら理由を示すことなく「非常に重いものとして受け止める」として，公健法の趣旨に背反する５２年判断条件に不当に呪縛された状態の下で審査・判断しているのであり，本来の第三者機関としての公正な任務，役割を放棄しているといわざるを得ない。本件審査会は，５２年判断条件に「拘束されない」としながら，「非常に重いものとして受け止めて」これに呪縛されざるを得ない理由を何ら明示していないのであって，その審査判断には前提問題についての理由欠缺又は理由不備の違法がある。
(2)５２年判断条件の正当性・相当性についての審理不尽の違法原告は，本件審査手続において，本件処分が５２年判断条件に準拠して行われたから違法・不当であり，取消事由があると主張していたが，本件審査会は，原告の主張を十分理解しないまま，具体的理由を明らかにすることなく５２年判断条件を一方的に是認した上で本件裁決を行っている。しかるに，本件裁決において「当審査会としては環境省の示す判断条件に拘束されるとは考えない。」と述べられているように，環境省が示す５２年判断条件が正当性を有するかどうかが問題なのであり，本件審査会は，この点について十分な審理を尽くさないまま本件裁決を行うという重大な違法を犯したものである。
(3)原告の昭和５０年の○手術以前の検診結果についての審理不尽の違法原告は，昭和５０年に○手術を受けているから，それまでに左半身優位に出現していた各種症状と○との関係を十分究明し，その症状の意味するところを明らかにする必要があった。
そして，原告は本件申請前に一度水俣病認定申請を行い，棄却された経歴があるところ，その関係で原告は昭和４９年に認定検診を受けており，○手術前の症状のデータを被告熊本県は所持している。
しかるに，熊本県知事は，平成１８年１２月２８日付け書面において，本件審査請求に係る本件処分時に使用された資料ではないため，提出できないとの意見を表明し，その点につき審理を行わないまま本件裁決に至っており，本件裁決には審理不尽の違法がある。
【被告国の主張】
本件審査請求の審理は，公健法の当事者主義及び行政不服審査法の各規定に基づき行われており，その審理手続に何ら違法な点はない。理由付記の不備ないし審理不尽に関する原告の主張はいずれも争う。
第４当裁判所の判断
１公健法における水俣病認定の枠組み
(1)公健法４条２項の構造
ア公健法２条２項は，同法において，「第二種地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じ，その影響により，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾病が多発している地域として政令で定める地域をいう旨規定し，同条３項は，同条２項の政令においては，あわせて同項の疾病を定めなければならない旨規定している。以上を前提として，同法４条２項前段は，第二種地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該第二種地域につき同法２条３項の規定により定められた疾病にかかっていると認められる者の申請に基づき，当該疾病が当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行なうと規定し，同法４条２項後段で準用する同条１項後段は，当該疾病にかかっていると認められるかどうかについては，公害健康被害認定審査会の意見をきかなければならない旨規定する。
以上のような公健法の規定からすると，公健法４条２項に基づく申請をした者が同項に基づく認定を受けるためには，①当該申請者が当該申請に係る指定疾病にかかっていること及び②当該疾病が，当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚染の影響によるものであること，以上の２つの要件を満たすことを要すると解される。
イこれに対し，原告は，上記①の要件は，当該申請者が指定された地域に一定期間居住して，当該地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響を受ける立場・地位にあったこと，水俣病に則していえば，α８湾又はその周辺海域の魚介類の多食等による「有機水銀への曝露」という条件を満たしていることを意味し，上記②の要件を判断するための前提条件であって，同②の要件は，当該申請者に発現している症状や疾病が，有機水銀への曝露の影響による疾病と認められるか否か，すなわち，公健法でいうところの「水俣病」の症状のいずれかと同一性が認められるか否かという問題であり，本件における主位的な問題は，あくまで当該疾病（申請者に発現している症状や疾病）が「当該地域の水質の汚濁」すなわち「メチル水銀への曝露」の「影響による疾病」と認められるかということであると主張する。


しかしながら，原告の上記主張は，公健法４条２項にいう「当該疾病」を，同項に基づく申請者に発現している症状や疾病を意味することを前提とするものであるところ，同法の文理に照らせば，同項にいう「当該疾病」は当該第二種地域につき同法２条３項の規定により公健法施行令に定められた疾病をいうものと解するのが自然であって，同法の規定からは，上記「当該疾病」について，その文理を離れて原告が主張するように解すべき根拠を読み取ることはできない。
この点，原告は，公健法における指定地域（例えば，新潟水俣病におけるα９川流域）外の住民（例えば，新潟県下のα２０川流域の住民）が有機水銀取扱工場の廃液の影響により感覚障害等の水俣病に罹患したとして，公健法上の救済を申し立てたとしても，「当該申請者が当該第二種地域につき定められた指定疾病」（水俣病一般ではない）にはかかっていないとして「水質汚濁の影響の有無」という実体的判断に立ち入るまでもなく，申立てを棄却（却下）することができると主張し，公健法２条３項に基づき公健法施行令において定められた指定疾病は，同条２項に基づき公健法施行令において定められた当該指定疾病に係る指定地域に限定されたものであり，それは，当該地域に係る水質の汚濁の影響を受ける立場・地位にあったかによって判断されるものであるかのような主張をする。しかしながら，公健法２条２項に規定する指定疾病は，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じる場合において，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾病をいうのであって，同項に規定する指定疾病は，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質による疾病であることを超えて，当該大気又は水質の汚濁自体によることはその要件とはされていない。したがって，公健法４条２項における指定疾病は，大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがないものであれば足り，それ以上に当該大気の汚染又は水質の汚濁に係る指定地域において生じた疾病に限定されるものではないというべきである。公健法施行令別表第二の１及び４の項並びに３及び５の項も，それぞれ異なる地域について同一の疾病を規定しており，当該疾病が，当該疾病に係る指定地域に固有のものではないことを前提としているものというべきである。
したがって，公健法４条２項の判断の枠組みに関する原告の上記主張を採用することはできず，同項の認定要件としては，①当該申請者が当該申請に係る指定疾病にかかっていること及び②当該疾病が，当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚染の影響によるものであることがそれぞれ独立の要件として必要になると解すべきである。
ウもっとも，公健法４条２項の認定の対象となる指定疾病は，特定の物質をその原因とする疾病（当該物質によらなければかかることがない疾病）であるから，上記①の当該申請者が当該申請に係る指定疾病にかかっているとの要件を満たすとの判断は，同時に当該指定疾病に係る原因物質への曝露があることをも意味することになる。そうであるところ，当該疾病の原因となる上記物質は，事業活動その他の人の活動に伴って生じる相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質に限られるのであるから（同法２条２項参照），そのような物質が自然界に多量に存在することは想定し難いところであり，当該物質への曝露の機会は，相当程度限定されたものになるものと解される。そして，後記のとおり，公健法２条２項に規定する指定疾病には，水俣病をはじめ，その症候が必ずしも当該指定疾病に特異的なものではないものもあり，当該指定疾病にかかっているかどうか判断するためには，当該指定疾病の原因物質への曝露の有無をも探求する必要がある場合も少なくないと考えられることからすると，上記①の要件を満たす場合，すなわち，公健法４条２項の認定の対象となる指定疾病にかかっていると認められる場合において，当該指定疾病に係る指定地域における居住等，当該地域における当該指定疾病に係る原因物質への曝露の機会が認められるときは，事実上，当該指定疾病は，当該第二種地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものであると推認され，これが当該地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁以外の影響によるものであることが明らかとならない限り，上記②の要件をも満たすものと判断して差し支えないというべきである。
そうすると，本件においても，原告が上記①の要件を満たす場合，すなわち，原告が公健法２条２項の規定に基づき公健法施行令別表第二に規定された疾病（水俣病）にかかっていると認められる場合には，その判断の過程において，同別表４の項中欄に掲げられた地域における居住等，原告につき同地域における水俣病の原因物質への曝露の機会が認められるときは，原告がかかっている水俣病は，当該地域に係る水質の汚濁の影響によるものであると推認することができ，原則として，上記②の要件も満たすことになる。したがって，本件処分の適法性を検討するに当たっては，まずもって，原告が上記①の要件を満たすと認められるか，すなわち，原告が「水俣病にかかっていると認められる」かどうかについて検討すべきことになる。
(2)「水俣病にかかっていると認められる」場合について
ア公健法における「水俣病」の意義
(ア)前記のとおり，公健法２条２項は，同法において「第二種地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じ，その影響により，当該大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかであり，かつ，当該物質によらなければかかることがない疾病が多発している地域として政令で定める地域をいうと規定し，同条３項は，同条２項の政令においては，あわせて同項の疾病を定めなければならない旨規定するところ，これらの規定を受け，公健法施行令別表第二４の項は，公健法２条２項の政令で定める地域として「熊本県の区域のうち，水俣市及び葦北郡の区域並びに鹿児島県の区域のうち，出水市の区域」を，同条３項の政令で定める疾病として，「水俣病」をそれぞれ規定しているものの，「水俣病」の定義規定等，これがいかなる疾病であるかについては，なんら規定が置かれていない。


(イ)ところで，救済法２条１項は，同法において，「指定地域」とは，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じたため，その影響による疾病が多発している地域で政令で定めるものをいう旨規定し，同条２項は，同条１項の政令においては，あわせて同項に規定する疾病を定めなければならない旨規定し，同法３条１項前段は，指定地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事は，当該指定地域につき同法２条２項の規定により定められた疾病にかかっている者について，その者の申請に基づき，公害健康被害者認定審査会の意見を聴いて，その者の当該疾病が当該指定地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行う旨規定しており，これらを受けて，公害にかかる健康被害の救済に関する特別措置法施行令（昭和４４年１２月２７日政令第３１９号，以下「救済法施行令」という。）別表６の項は，上記政令で定める地域及び疾病として，公健法施行令別表第二４の項と同様の規定を置いていた。
そして，公健法は，附則２条において，救済法を廃止する旨規定する一方，附則３条において，同法の施行の際に現に救済法３条１項の認定を受けている者は，政令で定めるところにより，公健法による認定を受けたものとみなす旨規定するほか，附則４条１項，２項も，公健法施行の際現に救済法３条１項の認定の申請をしている者に対しては，従前の例によりその認定をすることができ，この認定を受けた者は，政令で定めるところにより，公健法による認定を受けたものとみなす旨規定しており，先にみた救済法の規定内容と公健法のそれとの類似性に加え，上記のような公健法の下における救済法の位置付け等からすると，公健法が，救済法の下における認定制度を発展的に引き継いだ経緯が明らかであり，公健法２条２項に基づき公健法施行令別表第二が規定する「水俣病」は，救済法２条２項に基づき救済法施行令別表に規定された「水俣病」と同義であると解すべきである。
そうであるところ，証拠（乙１９，９１，９３）によれば，救済法施行令別表に「水俣病」が規定されるに至った経緯として，次の事実が認められる。すなわち，救済法施行令制定に先立つ昭和４４年，財団法人Ｐ４２協会は，厚生省から公害の影響による疾病の範囲等に関する研究を委託され，同年８月，Ｐ６を委員長とする公害の影響による疾病の指定に関する検討委員会（Ｐ６委員会）を設置し，公害に係る健康被害の救済制度の確立と円滑な運用に資するため，制度の対象とする疾病の名称，続発症検査項目等の問題について検討を行った。そして，Ｐ６委員会は，有機水銀関係について，政令に織り込む病名としては「水俣病」を採用するのが適当であること，水俣病の定義は，「魚貝類に蓄積された有機水銀を経口摂取することにより起こる神経系疾患」とすること，α８湾沿岸における水俣病とα９川沿岸における有機水銀中毒との相互関係については，疫学，臨床，病理，分析等の所見から同一の疾病であり，同一病名で統括することができること，水俣病という病名は，我が国の学会ではもちろん，国際学会においてもMinamataDisease   として認められ，文献上もそのように取り扱われていること，有機水銀中毒，アルキル水銀中毒，メチル水銀中毒等は経気，経口，経皮等によっても惹起されるが，水俣病は上記定義のごとく魚貝類に蓄積された有機水銀を大量に経口摂取することにより起こる疾患であり，魚貝類への蓄積，その摂取という過程において公害的要素を含んでいること，このような過程は世界のどこにもみないものであり，この意味において水俣病という病名の特異性が存在すること，などの意見を取りまとめ，こうしたＰ６委員会の意見を受けて救済法施行令別表に救済法２条２項に規定する疾病として「水俣病」が規定されるに至った。
以上のような救済法施行令に「水俣病」が規定されるに至った経緯に加え，水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（平成２１年法律第８１号，以下「水俣病特措法」という。）前文及び２条１項においても，メチル水銀により水俣病が発生したとの認識が示されていることなどからすると，公健法の下における「水俣病」とは，魚介類に蓄積されたメチル水銀を経口摂取することにより起こる神経系疾患をいうものと解するのが相当である。
イ水俣病に「かかっている」と認められる場合について(ア)公健法における水俣病の意義は上記のとおりであるところ，前記のとおり，公健法４条２条に基づく認定を受けるためには，「水俣病にかかっている」と認められることが必要であり，水俣病にかかっていると認められるためには，経験則に照らして全証拠を総合検討し，当該申請者が水俣病にかかっていることが証明される必要があり，その判定は，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得るものであることを要するものというべきである。
(イ)これに対し，被告らは，「水俣病にかかっていると認められる」という認定要件は，それ自体が医学的概念を取り込んだ規範的要件であって，具体的には「定説的な医学的知見に基づいて水俣病にかかっていると認められる」ことを意味すると主張する。
確かに，前記のとおり，公健法及び公健法施行令は，「水俣病」がいかなる疾病であるかについては特段の規定を置いておらず，その意義については医学的概念として医学における知見にゆだねる趣旨と解されるが，そのような医学的概念としての「水俣病」は，上記アのとおり認識されるのであって，このようにして認識されるところの公健法における「水俣病」に，「かかっている」か否かということ自体は，一般的，日常的な事実概念として理解できるものであり，それ自体が医学的概念であるということはできないから，裁判所における事実認定の対象となるものというべきである。


この点，被告らは，他の立法例，例えば，被爆者援護法との相違から「水俣病にかかっていると認められる」という要件についての被告の主張が裏付けられると主張する。すなわち，被爆者援護法においては，１０条１項において，申請疾患が現に医療を要する状態にあること（要医療性）及び現に医療を要する負傷又は疾病が，原子爆弾の放射線に起因するものであるか，放射線以外の原子爆弾の傷害作用に起因するものであって，その者の治癒能力が原子爆弾の放射線の影響を受けているため上記状態にあること（放射性起因性）を医療給付の支給要件とし，同法１１条１項は，同法１０条１項に定める場合であることを原爆症の認定要件としており，このように，被爆者援護法の原爆症認定については，被曝，疾病及び両者の間の因果関係という個々の要件事実が証拠によって認められることによって充足されたと判断されるものと規定されているが，公健法４条２項は，原因物質への曝露を前提としつつも，申請者が定説的な医学的知見に基づいて水俣病にかかっていると認められること自体を一つの認定要件としており，通常の因果関係は認定要件として規定されておらず，この点において，公健法４条２項の認定は，被爆者援護法の原爆症認定とは明らかに異なるというのである。しかしながら，前記のとおり，公健法４条２項に規定する認定の対象となる疾病は，大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質（原因物質）によらなければかかることのないものであるから，当該疾病の意義ないし定義自体が，当該原因物質と疾患との間の因果関係を含んだものにならざるを得ない。「水俣病にかかっている」との要件は，前述した水俣病の意義に照らせば，その原因物質であるメチル水銀の摂取と当該申請者に発現している疾患との間の因果関係を含むものであるというべきであり，被爆者援護法における原爆症認定とその認定要件の構造が異なるものではないというべきである。
したがって，「水俣病にかかっていると認められる」という認定要件は，それ自体が医学的概念を取り込んだ規範的概念であって，この要件が認められるためには，定説的な医学的知見に基づいて水俣病にかかっていると認められることが必要であるとの被告らの主張は，採用することができない。
もとより，水俣病にかかっていると認められるか否かを判断するに当たっては，水俣病に係る医学的知見を参照すべきことは当然であるけれども，そのような医学的知見は，水俣病にかかっているか否かという事実を認定する際の経験則の一つを構成するものにすぎないのであり，公健法４条２項に規定する申請をした者が上記要件を満たすためには，そのような医学的知見を含む経験則に照らして全証拠を総合検討し，当該申請者が水俣病にかかっていると認められること，すなわち，当該申請者に一定の疾患が存すると認められることを前提として，当該疾患が魚介類に蓄積されたメチル水銀の経口摂取によって招来されたものであるとの関係を是認し得る高度の蓋然性が証明されることを要するものというべきであって，その判定は，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得るものであることを必要とすると解すべきである。(ウ)この点，原告は，公健法４条２項においては，「影響」という用語が使用されているところ，この「影響」という用語は，被爆者援護法における「起因」等という用語よりも広い概念であることや，公健法の立法趣旨や水俣病の病像の未解明性からすれば，損害賠償請求訴訟における個別的因果関係の認定の場合よりも立証の程度は緩和されるべきであると主張する。
しかしながら，前記アにおいて説示したとおり，申請者に存する疾患とメチル水銀の経口摂取との間の因果関係の有無は，公健法４条２項における「水俣病にかかっている」という要件該当性の問題であって，同項にいう「影響」の有無の問題ではない。そして，公健法４条２項は，「起因」等，直接上記因果関係の存在を同項の認定の要件とするような文言は用いていないものの，前記のとおり，公健法２条２項の規定により公健法施行令で指定された疾病については，その意義ないし定義自体に原因物質と疾患との間の因果関係の存在を内包しているのであって，公健法４条２項の認定は，原因物質の曝露との間の因果関係をもその要件としているものと解され，その点は，被爆者援護法における原爆症認定等と異なるところはないというべきである。
そして，行政処分の要件として因果関係の存在が必要とされる場合に，これを拒否する処分の取消訴訟において当該処分を受けた者がすべき因果関係の立証の程度は，特別の定めがない限り，通常の民事訴訟における場合と異なるものではないというべきところ（昀判平成１２年７月１８日・判例時報１７２４号２９頁参照），公健法４条２項に規定する認定については，その因果関係の立証の程度を緩和する特別の定めは存しないし，同法の趣旨ないし目的からそのような趣旨を読み取ることもできない。
すなわち，公健法は，同法２条１項に規定する第一種地域について同条３項に基づき政令に規定する疾病については，これが，大気の汚染又は水質の汚濁の原因である物質との関係が一般的に明らかではなく，又は当該原因である物質によらなくてもかかることがある疾病であって，当該原因物質と当該疾病との間の因果関係の立証が極めて困難であることから，同法４条１項に規定する認定については，上記のような意味の大気の汚染の原因物質に対する曝露との間の因果関係自体は当該「疾病にかかっている」という要件には含まないものとした上，当該疾病にかかっていると認められる者が，当該大気汚染に対する一定の曝露条件を満たす場合には，当該疾病と当該大気汚染との間に因果関係がある（当該疾患が当該大気汚染の影響によるものである）ものとして取り扱うこととして，個別具体的な因果関係の立証を不要としているところ，同条２項に規定する認定については，そのような因果関係の認定方法についての特別の規定を置いていない。また，水俣病に関しては，水俣病特措法５条１項が，同法に基づく救済の対象者として，「過去に通常起こり得る程度を超えるメチル水銀のばく露を受けた可能性があ…る者」と規定し，メチル水銀に対する曝露の事実に係る立証の程度につき，その可能性で足りるものとして，その程度を緩和しているところ，公健法４条２項は，上記因果関係の立証の程度についても，そのような特別の規定は置いてない。


そして，公健法は，事業活動その他の人の活動に伴って生ずる相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁の影響による健康被害に係る損害を填補するための補償並びに被害者の福祉に必要な事業及び大気の汚染又は水質の汚濁の影響による健康被害を予防するために必要な事業を行うことにより，健康被害に係る被害者等の迅速かつ公正な保護及び健康の確保を図ることをその目的とするものである（同法１条）。すなわち，同法は，大気の汚染又は水質の汚濁の原因者の汚染原因物質の排出による環境汚染によって生じた健康被害をその対象として，本来であれば，当該原因者と被害者との間で損害賠償等の民事上の問題として処理されるべき損害ないし健康被害について，これを填補する制度的な枠組みを設け，もって，公害被害者の迅速かつ公正な保護及び健康の確保を図ろうとするものであって，本質的には，民事責任を踏まえた損害ないし健康被害の填補を図る制度としての性格を有するというべきである。したがって，このような同法の基本的な性格ないし趣旨からは，同法４条２項に規定する認定の要件のうち因果関係の立証の程度につき，通常の民事訴訟におけるのに比して緩和すべきものとする趣旨を直ちに読み取ることは困難であるといわざるを得ない。
以上のとおりであるから，公健法４条２項の認定の要件としての因果関係の立証の程度を通常の民事訴訟における場合に比して緩和すべきであるとする原告の主張を採用することはできない。
もっとも，後記のとおり，水俣病が発見された後長期間が経過した現在においても，水俣病の病像については医学者の間でも争いがあり，必ずしも医学的知見が帰一しないという現在の状況の下においては，当該申請者の疾患が魚介類に蓄積されたメチル水銀の経口摂取によって招来されたものであるとの関係を是認し得る高度の蓋然性が証明されたといえるかどうかについては，水俣病に係る特定の医学的知見に拘泥することなく，証拠により認められるあらゆる事情を総合的に考慮し，健全な社会通念に照らして通常人において疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得るかという観点から判断すべきものである。
２水俣病に関する基礎的事実関係
以上を前提として検討するに当たり，前記前提事実に加えて，証拠（甲７５～７７，乙１，４，４１，４６，５７，６９，１０２，１２６）及び弁論の全趣旨によると，まず水俣病に関し，以下の事実を認めることができる。
(1)水俣病発見の経緯等
ア水俣病は，昭和２８年ころから熊本県水俣市及びα８湾周辺において集団的に発生した，有機水銀化合物の一つであるメチル水銀を摂取することにより引き起こされる中毒性神経障害である。そして，上記メチル水銀は，Ｐ５工場のアセトアルデヒド製造設備内で生成されたものであり，これが工場排水に含まれて排出され，α８湾及びその周辺海域の魚介類の体内に濃縮・蓄積されて，これを経口摂取することにより，人の体内に取り込まれ，上記の神経障害を引き起こすものであった。
イすなわち，α８湾周辺地域においては，昭和２５，２６年ころから，漁獲量が著しく減少し，カラスや水鳥が空から落ちたりするほか，昭和２８年ころには，猫の狂死なども確認されるようになっていたところ，昭和３１年５月１日，Ｐ４３病院長であったＰ４４は，α８湾沿いの漁村において４名もの脳炎らしき患者が発生していたことから，Ｐ５７保健所に対し，原因不明の中枢神経疾患が多発している旨報告し，これにより水俣病が公に認知されることになった。
そして，その後も類似の症状を呈する患者が続発したことから，同年８月２４日，熊大医学部において同学部のＰ４５教授を班長とする水俣病研究班（以下「熊大研究班」という。）が組織され，水俣病につき，疫学的，臨床学的及び病理学的研究が行われることとなった。そして，上記の患者のほとんどがα８湾から採れる魚介類を多量に摂食しており，また，魚介類を好んで食べる猫，鳥，水禽類も多数死亡していることが判明したため，水俣病は，α８湾周辺の魚介類を介しての何らかの中毒，特に重金属の中毒が強く疑われるに至った。そのため，熊本県衛生部は，同年１１月，現地の漁民に対し，α８湾の魚介を採らないよう指導したため，昭和３２年には一時的に患者の発生がなくなったかにみえたが，その後，現地の漁民が生活困窮のために再び出漁するようになり，再度患者が発生するに至り，昭和３６年末までの患者総数は８９名であるとされ，そのうち３６名が死亡するに至った。
ウ上記水俣病の原因については，昭和３２年７月に開催された厚生省厚生科学研究班により，何らかの化学物質に汚染された魚介類を多量に摂取することにより発症する中毒症であるとの結論が示されたものの，その原因物質としては，当初マンガン，タリウム及びセレン等の物質が疑われたものの，明らかとはならなかった。
その後，水俣病の臨床像及び病理像が，イギリスのＰ４６及びＰ４７らによる有機水銀中毒の報告例に酷似していることが明らかとなり，熊大研究班は，昭和３４年７月，文部省科学研究水俣病総合研究班会議において，水俣病の原因は，有機化合物，特に有機水銀が有力であるとの報告を行った。すなわち，Ｐ４６らは，１９４０年（昭和１５年），イギリスにおける４例の有機水銀中毒患者の臨床像について報告し，次いで，１９４５年（昭和２０年）には，１死亡例について脳病理所見を報告し，その中毒の特異性を明らかにしたが，そこでは，臨床的には，四肢の感覚障害，中心性視野狭窄，小脳性運動失調及び難聴を示し，病理学的には，大脳後頭葉の線野の萎縮，小脳顆粒細胞の脱落，側頭葉皮質の聴覚中枢，及び頭頂葉中心溝前後の損傷が認められることを報告していたところ，こうしたＰ４６らによって報告された有機水銀中毒による臨床的，病理学的所見は，水俣病患者らのそれとよく符合するものであった。
さらに，その後，水俣産のヒバリガイモドキ貝からメチル水銀が抽出され，さらに昭和３８年にはＰ５工場のアセトアルデヒド工場内のスラッジから塩化メチル水銀が取り出されるなどし，水俣病の原因物質はＰ５工場からの排水中に含まれるメチル水銀であることが明らかとなった。エところで，Ｐ５工場は，昭和２４年ころからアセトアルデヒド，次いで塩化ビニルの生産をはじめ，その後次第に大量生産に移行したが，水俣病の患者の発生もこれにやや遅れて始まり，以後増加し，上記アセトアルデヒド等の製造量と水俣病患者の発生との間には正の相関関係がみられる。Ｐ５工場は，昭和３３年９月，アセトアルデヒド工場排水の排出先をα８湾内のα２１港からα２２川河口に変更したため，昭和３４年ころからは，α８湾沿岸のみならず，α２２川河口の住民にも水俣病が発病するようになった。


また，Ｐ２は，昭和３４年１２月には，サイクレーター（排水浄化装置）を設置したことにより，同工場から排出されるメチル水銀は減少し，その後昭和４３年５月，Ｐ５工場におけるアセトアルデヒドの製造を中止し，これにより同工場からメチル水銀の含まれる工場排水が排出されることはなくなった。
そして，平成７年１月３１日末時点において，公健法４条２項に基づきα８湾周辺地域における水俣病と認定された者の総数は２９４７人であり，その居住地は，熊本県水俣市がその３割程度を占めているほか，同県α２３町，α２４町，α２５町，八代市，α１１町，α２６町，鹿児島県出水市，α２７町，α２８町及び阿久根市等，α１０海沿岸の広範囲に及んでいる。
(2)水俣病の病理
ア魚介類を介して経口摂取されたメチル水銀は，その大部分が消化管から体内に吸収され，血液を通じて体内に広く分布し，神経系のみならず，一般臓器組織の細胞にも広範囲に沈着している。なお，体内に取り入れられたメチル水銀が排泄されて半分になるいわゆる生物学的半減期は，健康人で約７０日であるとされている。
イ上記のとおり，体内に取り込まれたメチル水銀は，全身諸臓器組織に当初はほぼ均等に分布するが，これによる障害部位は特異的で，主として神経系に限定されており，一般臓器の障害はほとんどみられない。神経系のうち，昀もメチル水銀による障害を受けやすい部位は脳であり，大脳及び小脳のいずれについても神経細胞を中心として障害されるが，特にその障害を受けやすい部位があり，それが水俣病の特徴となっている。すなわち，メチル水銀により昀も障害されやすいのは，大脳皮質の後頭葉であり，特にそのうち鳥距野が障害されやすい。また，頭頂葉の中心後回や中心前回もこれに次いで障害されやすく，症例によって，中心後回が中心前回よりも強く障害される事例や，逆に中心後回よりも中心前回の方が強く障害される事例もある。さらに，大脳皮質のうち，側頭葉の聴中枢附近も障害されやすい部位である。その他，他の皮質領域も種々の程度障害を受けるが，アンモン角や海馬旁回などは障害を受けないとされている。さらに，小脳についても，小脳皮質病変が主変化であって，歯状核の病変は著しく軽いか，ほとんど無障害であるとされ，皮質においては，顆粒細胞の減少が見られるのに対し，大型のプルキンエ細胞等の障害は比較的軽い。そして，小脳におけるメチル水銀による顆粒細胞の減少には特徴があり，一般に，小脳半球（周辺部）及び虫部（中心部）の比較的深部中心性に障害が現れ，小脳回の深部のものに比較的早くかつ比較的強く現れるとされている。
ウ上記のほか，メチル水銀が末梢神経，殊に脊髄末梢神経のうち感覚神経（知覚神経）をも障害するか否かについては，被告らはこれらの末梢神経も障害されると主張するのに対し，原告は，メチル水銀によって末梢神経が障害されることはないと主張するところ，証拠（乙３，４６，４７，５５，７６）によれば，メチル水銀によって，末梢神経のうち感覚神経が障害される場合があることは否定できないものといわなければならない。(ア)すなわち，上記各証拠によると，熊大医学部病理学第２講座に所属していたＰ３４及びＰ２０らは，当初は，急性発症，亜急性発症及びそれらの経過例並びに慢性発症経過例を含む７２例の水俣病患者について，後に，これらを含めた８３例の水俣病患者について剖検を行い，その結果を報告しているが，そこでは，脊髄末梢神経は常に障害されており，この脊髄末梢神経については，運動神経よりも知覚神経優位の障害が観察され，運動神経にほとんど障害を認めない軽症例においても感覚神経が障害されているとされている（乙４６，７６）。また，新潟県α９川流域に発生した１５例の水俣病患者の剖検を行ったＰ４８らも，全例で脊髄の後根，すなわち感覚神経で変性が認められた旨報告しており（乙４７），これらの報告からすれば，メチル水銀は，大脳皮質や小脳等の中枢神経のみならず，末梢神経，殊に感覚神経をも障害するものと認めるのが相当である。
(イ)これに対し，原告は，末梢神経障害では，腱反射の喪失が一般的な臨床症状であることが知られているところ，水俣病患者については，しばしば腕橈骨筋反射とアキレス腱反射が保存されている上，初期に発見された水俣病患者については，大部分の症例について腱反射は正常か亢進していたことからすれば，メチル水銀によって感覚障害等の末梢神経は障害されないと主張し，これに沿う証拠（甲２６，４４）を提出する。しかしながら，上記甲第４４号証その他の証拠（甲３５，乙２３等）によると，腱反射は，その中心より上位に病変がある場合には，腱反射に対する抑制作用が正常に機能しないために亢進し，他方，反射の中心及びそれより末梢に病変があるときには減弱ないし消失することが認められるものの，前記のとおり，メチル水銀は，大脳皮質を初めとする中枢神経をも障害し，しかも，後述のとおり，その障害の程度は末梢神経の方が中枢神経より軽度であるというのである。そうであるとすれば，末梢神経が障害された場合であっても，中枢神経の障害の程度が大きいために，結果として腱反射が維持ないし亢進することも十分考えられるところであり，水俣病患者について腱反射が維持ないし亢進している例があることから，直ちにメチル水銀によっては感覚神経等の末梢神経が障害されないということはできず，この点についての原告の主張を採用することはできない。


(ウ)もっとも，上記(ア)の各報告によっても，メチル水銀による末梢神経の障害の程度は，大脳や小脳等の中枢神経の障害に比して軽度であるとされているほか，末梢神経では，神経繊維が障害されると，その障害を修復しようとするメカニズムが働き修復が行われ，その修復過程において，コラーゲン（膠原繊維）が増加して瘢痕を形成するところ，水俣病患者の剖検例でその感覚神経に観察された変性は，神経節細胞の脱落消失によるＷａｌｌｅｒ変性に次ぐ神経繊維の消失とこれに伴う上記修復過程における膠原繊維の増加等の新しい変性性変化のほか，このような修復による神経繊維の再生，再生不全，シュワン細胞核の増加等の陳旧性変性が多くみられるとされている。さらに，水俣病患者ないしメチル水銀中毒患者の末梢神経には注目すべき病変が見あたらないとする報告も存するところであり（甲８０，乙７５。もっとも，これらの報告において感覚神経につきどの程度詳細な検査が行われたかはなお明らかではなく，これらの報告をもっても，前記Ｐ３４及びＰ２０らの調査結果を左右するものとはいえない。また，甲第８２号証においては，メチル水銀中毒患者の感覚神経の伝導速度が正常であった旨報告されているが，上記のとおり，末梢神経が障害された場合であっても修復作用が働くというのであるから，感覚神経の伝導速度が正常であるからといって，直ちに感覚神経に障害がないという趣旨を読み取ることはできない。），水俣病における末梢神経の障害による影響は，中枢神経の障害によるそれとの比較において限定的であると解され，水俣病の主要症候の一つである四肢末端優位の感覚障害も，主として末梢神経障害ではなく中枢神経（大脳皮質のうち中心後回）の障害に由来するものと推認されることは後記のとおりである。
(3)水俣病の臨床像（水俣病の主要症候）
水俣病の主要な症状としては，以下のとおり，感覚障害，運動失調，視野狭窄及び難聴が知られており，これらの症候は併せてハンター・ラッセル症候群と呼ばれる。
ア感覚障害
(ア)水俣病における感覚障害
人の感覚は，視覚や聴覚等の特殊感覚及び内臓感覚を除くと，大きく分けて表在感覚，深部感覚及び複合感覚に分類される。このうち，表在感覚とは，皮膚又は粘膜の感覚であって，触覚，痛覚，温度覚等がこれに含まれるのに対し，深部感覚とは，筋肉や関節等の身体の内部から伝えられる感覚であって，関節位置覚，振動覚及び圧痛覚などが含まれる。また，複合感覚とは，２点識別覚や立体感覚のことであり，マッチ棒の先端で皮膚に書かれた文字等をあてることができるという書字覚などもこの複合感覚に含まれる。
水俣病における感覚障害は，上記表在感覚，深部感覚及び複合感覚のいずれもが低下（鈍化）するものであり，左右対称性に四肢の末端ほど強くみられ，口周囲あるいは舌尖部にみられることもある。そして，その程度は，ほとんど感覚がなくなってしまうものから正常人との区別が困難な軽微なものまで様々であるが，水俣病の重症例では，四肢末端における表在感覚，深部感覚及び複合感覚のいずれもが低下するのが原則であり，表在感覚については，触覚，痛覚及び温度覚のすべてが低下するのが一般的であるとされる。
そして，上記感覚障害のうち，表在感覚の障害については，治療に比較的よく反応するものの完全に消失するには至らず，また，深部感覚や識別覚については，治療に抗して長く残存する場合が多いとされる。
(イ)感覚障害の機序
前記のとおり，体内に取り込まれたメチル水銀は，大脳皮質のうち後頭葉の中心後回を選択的に障害するところ，この中心後回は，体性感覚の中枢であることからすれば，水俣病患者にみられる前記(ア)の四肢末端優位の感覚障害は，中心後回の障害によるものであると考えられる。なお，前記のとおり，メチル水銀は，中枢神経のみならず，末梢神経をも障害するものであることからすると，水俣病における感覚障害は，こうした末梢神経の障害によるものである可能性も考えられなくはないが，この点については，以下の諸点を指摘することができる。すなわち，①前記のとおり，水俣病における感覚障害は，表在感覚の障害のみならず，深部感覚や複合感覚の障害をも含むものであり，平成９年にＰ２８病院で実施された集団検診においても水俣病患者における二点識別覚に顕著な異常が認められているところ（甲５１），証拠（乙７５）によると，関節位置覚や識別覚等の深部や複合感覚の障害は，末梢神経の障害よりも，中枢性神経の障害でみられることが多いとされており，これらからすると，四肢末端優位の感覚障害の原因は，末梢神経の障害というよりも中枢神経（大脳皮質の中心後回）の障害にあるとみるのが合理的である。また，②前記認定のとおり，メチル水銀により末梢神経（感覚神経）が障害される例も観察されているものの，感覚神経の障害の程度は中枢神経の障害の程度に比して軽度であるというのであり，しかも，③中枢神経等，腱反射の中心より上位に病変がある場合には，腱反射に対する抑制作用が正常に機能しないために腱反射が亢進し，他方，反射の中心及びそれより末梢に病変があるときにはこれが減弱ないし消失するところ，証拠（甲２６，４４，乙５８）によると，水俣病患者の多くにおいて，腱反射は亢進しているか維持されているというのであるから，中枢神経の障害が末梢神経の障害に優越していることがうかがわれるのであって，こうした事情も，水俣病における感覚障害の原因が中枢神経（大脳皮質の中心後回）の障害に存することを示唆するものであるといえる。さらに，④先にみたとおり，末梢神経においては，神経繊維が障害されると，その障害を修復しようとするメカニズムが働き修復が行われ，水俣病における末梢神経の変性も，神経節細胞の脱落消失のみならず，その修復過程における膠原繊維の増大やその後の再生不全等として観察される場合も多いというのであるが，水俣病における感覚障害は，四肢末端優位に表在感覚，深部感覚及び複合感覚のいずれもが障害されるものであるところ，このうち表在感覚の障害については，治療に比較的よく反応するとされるが，深部感覚や識別覚（複合感覚）については，治療に抗して長く残存する場合が多いとされていることからも，水俣病における四肢末端優位の感覚障害の原因が上記のような修復作用の働かない中枢神経（大脳皮質の中心後回）の障害にあることがうかがわれる。


以上の諸点を考慮すれば，水俣病における四肢末端優位の感覚障害の原因は，専ら，メチル水銀により中枢神経（大脳皮質の中心後回）が障害されることにあるものと推認して差し支えないというべきである。なお，被告らは，上記①のＰ２８病院等における二点識別覚検査につき，このような感覚障害検査は，被検者の感覚を検査するものであり，性質上，不可避的に被検者の応答に頼らざるを得ないという限界があるため，神経疾患の検査の中でも客観性に乏しく，昀も難しい検査である上，Ｐ２８病院で実施された舌先の二点識別覚検査は医学界では承認されておらず，その確実性，有用性などが明らかになっていないなどと主張し，これに沿う証拠（乙４９，７２等）を提出する。しかしながら，一般的にみて，感覚障害の検査に困難な場合が多いとしても，Ｐ２８病院において行われた上記検査について，証拠（甲６０）に照らしても特にその手技等に不十分な点があった様子はうかがわれないし，また，前記のとおり，上記Ｐ２８病院における二点識別覚の検査において，水俣病患者とそれ以外の者との間で顕著な差異が観察されているのであるから，舌先の二点識別覚の検査が一般的ではないからといって，直ちにその有用性ないし意義を否定することは相当でなく，この点についての被告らの主張を採用することはできない。
イ運動失調
(ア)水俣病における運動失調（乙５，７，１０，６８，６９）身体の運動が円滑に行われるためには，それぞれの動きを担当する筋肉が一定の目的に向かって収縮・弛緩等を行いながら調和を保って働くこと（協調運動）が必要であるが，筋・腱・骨・関節等の運動器に異常がなく，また，脱力，筋トーヌス（緊張）の亢進や振戦等の不随意運動も認められないのに意図した運動（随意運動）が円滑に行うことができない場合を，運動失調といい，この運動失調は，協調運動失調（四肢の運動時に認められることから，四肢失調ないし動的失調とも呼ばれる。）及び平衡機能障害（起立，歩行時に認められることから，体幹失調ないし静的失調とも呼ばれる。）に分類されるほか，その障害部位によって，大脳性，小脳性（小脳虫部型，小脳半球型，全小脳型），脊髄後索性及び前庭迷路（中耳）性に分類される。
水俣病においてみられる運動失調は，主として小脳（全小脳）の障害に起因する小脳性運動失調である。また，小脳全体の障害による運動失調では，四肢の随意運動の協調性に関する機能と起立，歩行などの姿勢をとる機能の両方が侵されるため，協調運動障害と平衡機能障害との双方がみられる。
すなわち，水俣病患者においては，言語は緩徐で，長く引っ張った不明瞭な言葉づかいで，あたかも甘えたようになるなどの言語障害がみられるが，こうした言語障害は，小脳の障害による構音障害によるものである。また，歩行は動揺性であたかも酔っぱらったかのようであり，急激な方向転換，停止も困難であって，甚だしい場合には，起立も困難となり，座位をとっても上体をかろうじて支え得る程度となる。以上のほか，水飲み，煙草吸い，マッチつけ，ボタンかけ，書字などが極めて拙劣となり，多くは粗大な振戦を伴う。さらに，水俣病患者においては，大脳の眼球運動中枢（後頭葉の眼球運動野）及び小脳が障害されることによって，左右対称性かつ左右共同性の眼球運動異常もみられる。
(イ)運動失調の検査
運動失調のうち，協調運動障害の代表的な検査として，交互変換試験，指－鼻－指試験及び膝－踵試験などがある。このうち，交互変換試験とは，手を外向きや内向きに回すなどさせるものであり，小脳障害においては，この運動が遅く，かつ不規則になる（反復拮抗運動障害）。また，指－鼻－指試験とは，患者の人差し指を自分の鼻先と検者の指先へと交互に繰り返して触れさせる試験であり，うまく自分の鼻先や検者の指先に触れられない場合をジスメトリーと呼び，指が目標（鼻，指先）に近づくにつれて大きく震える場合には，小脳性振戦があるといえる。また，平衡障害については，座位，立位の観察，片足立ち試験，ロンベルグ試験，普通歩行及びつぎ足歩行等の検査により判断することができる。
眼球運動異常については，指標追跡検査として滑動性指標追跡及び衝動性指標追跡があるほか，視運動性眼振検査（ＯＫＮ）及び迷路検査などが実施される。
ウ視野狭窄（乙６７）
(ア)水俣病における視野狭窄
視野とは，視線を固定した状態で見える全範囲をいい，この視野の異常には，視野の一部が点状あるいは斑状に欠ける暗点視野（中心視野），視野の半分が見えなくなる半盲（視野欠損）及び視野の広さが狭くなる狭窄の３種類に大別されるところ，水俣病にみられる視野の異常はこのうち狭窄に該当し，その中でも視野の周辺部分が見えなくなる求心性視野狭窄である。
水俣病における視野狭窄は，大脳皮質の後頭葉における鳥距野の前半部（周辺部視野の中枢）が障害されることにより生じるものであり，左右対称に発現し，視野狭窄が著しい場合であっても，中心部分の視力は末期まで保たれる傾向にある。
(イ)視野狭窄の検査
視野の測定方法には目的に応じて数種類存在するが，視野全体を把握するのに昀も適していて，かつ代表的なものとして，ゴールドマン視野計を用いるものがある。これは，指標を，大きな明るいもの，小さい明るいもの，小さい暗いものの順に大きさと輝度を変化させながら検査を行い，それぞれの条件の下で指標を周辺から中心に動かし，被検者がその指標を見ることができた点を記録していき，この点の軌跡を視野図に表すものである。
エ難聴
(ア)水俣病にみられる難聴
聴覚は，音を振動として伝達する部分と，伝えられた振動を電気的な信号に変え神経を介して大脳の聴覚の中枢に伝達する部分とに分けられ，前者の障害による聴力低下を伝音声難聴と，後者のそれを感音声難聴といい，このうち，感音声難聴は，さらに，迷路（内耳）が障害されることによって起こる迷路（内耳）性難聴と聴神経から中枢までに原因のある後迷路性難聴とに区別される。
水俣病にみられる難聴は，大脳の聴覚を司る部分である側頭葉横回領域の神経細胞が脱落することにより起こるものであり，後迷路性難聴に分類される。
(イ)難聴の検査


聴力の測定に当たっては，標準純音聴力検査（純音による気導骨導検査）を行うことになる。なお，上記気導とは，音が外耳道を通り，中耳の鼓膜及び耳小骨を介して内耳に伝わることをいい，骨導とは，音が体表あるいは直接骨を介して内耳に伝わることをいい，上記気導骨導聴力検査は，オージオメーターという聴力測定装置を用い，純音（ジーという変化のない音）を検査音として，気導あるいは骨導により左右それぞれの耳の聴力を測定してその結果をオージオグラムという記録用紙に記入され，伝音声難聴と感音声難聴に区分することができる。すなわち，上記検査においては，伝音声難聴では骨導聴力は正常で，気導聴力が低下するのに対し，感音声難聴では，気導聴力及び骨導聴力がほぼ一致して低下することになる。
もっとも，上記検査においては感音声難聴においては内耳性難聴と後迷路性難聴とに鑑別することが困難であるため，これらを区別するためには，さらに語音による聴力検査や自記オージオメトリーの検査（自動的に記録される聴力検査の一種）が必要となる。すなわち，後迷路性難聴は，ただ単に音を聞く能力（純音聴力）は正常であっても，言葉を聞く能力（語音聴力）が非常に悪いものもあるため，これを確認するために語音聴取閾値検査（数字を使った語音聴力検査）と語音弁別検査（言葉を使った語音聴力検査）を行い，また，自記オージオメトリーでは，持続音を用いた場合と断続音を用いた場合とで，難聴の種類によりそれらの覚鋸歯状曲線のパターンが異なることから，これを利用して感音声難聴の鑑別診断が可能であるとされる。
(4)遅発性ないし不全型の水俣病について（甲２５，６４，６５，１００，乙２，５８，５９，６３，６４，７４）
ア前記のとおり，メチル水銀の生物学的半減期は約７０日であり，1   日に０．３㎎以上のメチル水銀を摂取することにより１年で３０㎎以上蓄積し得ることになり，多量のメチル水銀を摂取すれば急性発症するが，その量が少なければ，発症するまでの潜伏期間が長くなり，その摂取量いかんによって，急性発症から慢性発症まであり得るところである。そして，そうした発症の機序においては，上記のようなメチル水銀の蓄積のみならず，単個壊死細胞の累積（壊死した神経細胞は再生できない。）による影響も作用しており，Ｐ３４は，人体例では発症までに数年ないし十数年を要するものもあるとしている（乙２）。
イ水俣病発見後初期に観察された水俣病患者には，上記(3)のハンター・ラッセル症候群のいずれもの症候を備える者が多く観察された。この点，熊大研究班のＰ２２及びＰ１３らが水俣病発見後比較的初期の段階である昭和３５年に発表した論文（乙５８）においては，当時観察された水俣病患者３４名のうち，求心性視野狭窄並びに表在性知覚障害及び深部知覚障害は検査し得た患者の全員に認められ，聴力障害は８５．３％の者に，言語障害や歩行障害を含む運動失調は８割以上の者に認められた旨報告されている。
しかし，その後，Ｐ５工場からのメチル水銀を含む排水の排出がなくなった後も水俣病患者は出現し続け，しかも，前記ハンター・ラッセル症候群の症候のうち一部のみを備える患者も観察されている。
３判断の枠組み
(1)昭和５２年判断条件について
５２年判断条件は，後天性水俣病の判断条件として，前記第２の３(2)のとおり規定しているところ，これは，その規定内容からすれば，水俣病と認定するためには四肢末端優位の感覚障害のみでは足りず，ハンター・ラッセル症候群の他の症候との一定の組合せを要求するものであるといえる。そして，被告らは，この５２年判断条件は，現在においても，定説的な医学的知見に基づき，これに反しない限度で可能な限り救済の間口を広げるために設定された基準として，合理的なものであると主張する。そして，後記のとおり，ハンター・ラッセル症候群のうち，本件処分時において原告に明らかに認められるものは，四肢末端優位の感覚障害に限られるから，５２年判断条件によれば，原告が水俣病にかかっているとは認められないことになるため，５２年判断条件の妥当性について検討する必要がある。
ア５２年判断条件発出に至る経緯等
前記前提事実に加え，証拠（甲５～９，１１，１８，１９，３５，３９，乙２１）及び弁論の全趣旨によると，５２年判断条件の発出経緯として，次の事実を認めることができる。
(ア)前記のとおり，水俣病は，昭和３１年公に認知されたがその原因は不明とされ，その後，熊大研究班による研究等により，α８湾周辺の魚介類を介しての何らかの中毒であることが強く疑われるに至り，さらに，その臨床所見がＰ４６及びＰ４７が報告した有機水銀中毒のそれに類似していたことから，昭和３４年７月，文部省科学研究水俣病総合研究班会議において，熊大研究班により水俣病の原因は，有機化合物，特に有機水銀が有力であるとの報告がなされ，その後，水俣産のヒバリガイモドキ貝からメチル水銀が抽出され，さらに昭和３８年にはＰ５工場のアセトアルデヒド工場内のスラッジから塩化メチル水銀が取り出されるなどしたため，水俣病の原因物質はＰ５工場からの排水中に含まれるメチル水銀であることが明らかとなり，昭和４３年，α８湾周辺を中心とするα１０海沿岸の地域及びα９川の中下流の流域において発生が報告された水俣病の原因は，それぞれＰ２及びＰ４９株式会社の各工場から排出されたメチル水銀であることが政府の統一見解として発表された。(イ)Ｐ２は，昭和３４年１２月３０日，水俣病患者との間で，死亡者については弔慰金３０万円を，生存者については年金１０万円を支払うことなどを内容とする本件見舞金契約を締結した。本件見舞金契約は，同契約締結後発生した患者に関し，その３条で「本契約締結日以降において発生した患者（協議会の認定した者）に対する見舞金については甲（Ｐ２）はこの契約の内容に準じて別途交付するものとする。」と規定し，以後本件見舞金契約に基づく給付を受けることができるのは，後記本件診査協議会により水俣病であると認定された者に限られることを明らかにしていた。そして，熊本県は，これに先立つ同月２５日，Ｐ５０熊大医学部教授，Ｐ２２，Ｐ５１Ｐ５２病院院長，Ｐ５３水俣市医師会副会長，Ｐ４４Ｐ５５病院嘱託，Ｐ５６Ｐ５７保健所長，Ｐ５８県衛生部長を委員として本件診査協議会を設置し，水俣病かどうかの判定は同協議会で行うこととした。


なお，本件診査協議会は，昭和３６年９月１４日，厚生省により水俣病患者診査会に改組され，その委員もＰ５９，Ｐ３４，Ｐ１１Ｐ５２病院副院長及びＰ６１Ｐ５５病院院長（Ｐ４４と交代）を加えた１０名となり，さらに，昭和３９年２月２８日には，熊本県において制定された水俣病患者審査会設置条例に基づく水俣病患者審査会として改組され，後記のとおり，昭和４４年の救済法の制定により，同法に基づく公害被害者認定審査会として承継されていった。
(ウ)昭和４４年１２月１５日，事業活動その他の人の活動に伴って相当範囲にわたる著しい大気の汚染又は水質の汚濁が生じたため，その影響による疾病が多発した場合において，当該疾病にかかった者に対し，医療費，医療手当及び介護手当の支給の措置を講ずることにより，その者の健康被害の救済を図ることを目的とした救済法が制定され，同月２７日には，救済法施行令が制定され，これらはいずれもその一部を除き，昭和４５年２月１日施行された。
救済法においては，α１０海沿岸地域における水俣病について，指定地域の全部又は一部を管轄する都道府県知事（熊本県知事ないし鹿児島県知事）は，当該指定地域につき水俣病にかかっている者について，その者の申請に基づき，公害被害者認定審査会の意見をきいて，その者の当該疾病（水俣病）が当該地域に係る大気の汚染又は水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を行うものとし（３条１項），同認定を受けた者は，公害医療手帳の交付を受けた上で（同条３項），医療費，医療手当及び介護手当の支給を受けることができるものとされていた（４条，７条，９条）。
(エ)熊本県公害被害者認定審査会は，昭和４５年２月２０日，水俣病審査認定基準を定めたが，そこでは，疫学的事項のほか，臨床所見として，「Ａ求心性視野狭窄，聴力障害，知覚障害，運動失調，Ｂ    知能障害，性格障害，Ｃ構音障害，書字障害，歩行障害，企図振戦，Ｄ    不随意運動，流涎，病的反射，けいれん」を掲げ，臨床診断としては，(1)Ａの４項目は昀も重要であり，この４項目と疫学的条件がそろえば水俣病と診断する，(2)Ａの４項目のない症例の判定には慎重を要する，(3)ＢはＡに伴っていることが多いので，実際的には問題はないが，もしＢのみの症状（Ａを欠く）では，水俣病を診断するには慎重を要する，(4)Ｃは主として脳症状であり，Ｃのみを呈する場合には一応可能性ありとして要再検とする，(5)Ｄのみの症例は他の疾患の可能性が強い，(6)類似疾患を鑑別する必要があり，例えば，糖尿病等代謝性疾患に伴う神経障害，動脈硬化症，頸椎変性症等に伴う神経障害，心因性症状等を除外すること，などとされており（甲６），基本的にはハンター・ラッセル症候群のいずれもの症候を具備することを，その認定基準としていたものといえる。
(オ)熊本県公害被害者認定審査会は，上記(エ)の認定基準にのっとり，昭和４５年６月１９日，Ｐ８を含む１１名の申請者につき不認定処分をしたところ，同申請者の一部が，同年８月，行政不服審査法に基づき，環境庁長官に対して審査請求をした。当時環境庁長官であった大石は，昭和４６年８月７日，上記水俣病不認定処分を取り消す裁決をするとともに（甲７），環境庁事務次官は，同裁決書を添付した上で関係各都道府県知事に宛てて４６年事務次官通知を発出した。４６年事務次官通知の規定内容は前記第２の３(1)のとおりであるが，要旨，水俣病の主要症状は，求心性視野狭窄，運動失調（言語障害，歩行障害も含む。），難聴及び知覚障害であり，これらのいずれかの症状がある場合において，当該症状が明らかに他の原因によるものであると認められる場合には水俣病の範囲に含まないが，当該症状の発現又は経過に関し魚介類に蓄積された有機水銀の経口摂取の影響が認められる場合には，他の原因がある場合であっても，これを水俣病の範囲に含むものであり，この場合において「影響」とは，当該症状の発現又は経過に，経口摂取した有機水銀が原因の全部又は一部として関与していることをいい，認定申請人の示す現在の臨床症状，既往症，その者の生活史及び家族における同種疾患の有無等から判断して，当該症状が経口摂取した有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合においては，救済法の趣旨に照らし，これを当該影響が認められる場合に含むものであるとしており，前記(エ)の熊本県公害認定審査会において定められた水俣病の認定基準を緩和するものであるといえる。
(カ)以上のような状況の下，熊本地方裁判所は，昭和４８年３月２０日，水俣病患者のＰ２に対する損害賠償請求を認容する判決を言い渡し，Ｐ２に対し，死者に関しては１８００万円を，生存者のうち重症者については１７００万円を，軽症者については１６００万円など総額９億３７３０万円余りを支払うよう命じたところ，同判決については控訴されることなく確定した。
Ｐ２は，上記判決を受けて，同年７月９日，水俣病患者団体との間で，本件補償協定を締結した。本件補償協定においては，Ｐ２は，水俣病患者に対し，患者の区分に従い，Ａランクの患者には１８００万円の，Ｂランクの患者には１７００万円の，Ｃランクの患者には１６００万円の各慰謝料等を支払うほか，治療費，介護費及び終身特別調整手当を支払うものとされ，同日以後水俣病認定を受けた者をもその対象とするものであった。
なお，昭和４９年９月１日には公健法が施行され，救済法の下における認定制度を引き継ぎ，公害被害者認定審査会は，公害健康被害認定審査会として改組された。公健法の認定制の下においては，水俣病の認定を受けた者については，療養の給付及び療養費，障害補償費，遺族補償費，遺族補償一時金，児童補償手当，療養手当並びに葬祭料の給付の支給を受けることができるものとされた。


(キ)上記(オ)の４６年事務次官通知の発出並びに上記(カ)の熊本地方裁判所判決及び本件補償協定の締結を受け，熊本県知事に対するに水俣病認定申請者数は，それまで年間２桁であったのに，昭和４６年には３２７名に，昭和４８年には１９３０名となるなど急増し，熊本県においては認定申請から検診，診査までの滞留期間が長期化し，多数の滞留認定申請者が生じる状況となった。なお，熊本県における水俣病の認定申請者数及びその処分結果は，別紙２水俣病の申請者，認定・棄却者数一覧記載のとおりである。このような状況の下，熊本県は，昭和５２年２月，国会に対し，昭和４８年の熊本地裁判決以降水俣病認定申請が急増しているところ，行政庁としては熊大を中心とする認定検診は月約５０人が限度であり，認定審査会の審査も月約８０人が限度である上，水俣病の病象が確立していない現在において，４６年事務次官通知の「否定し得ない」ものまで含めた判断は極めて困難であり，結局，処分可能な答申は月２０件から３０件にすぎないことから，迅速な救済という法律の趣旨に対応できない状況にあるとして，現行制度の下においては不作為の違法状態を早急に解決することは不可能であることから，現行制度の抜本的な改正を速やかに行い，国において直接処理するよう配慮されたい旨の陳情を行うとともに，環境庁長官に宛てても，水俣病認定業務については国において直接処理する措置を講じられたい旨要望するが，それが実現されるまでの間の対策として，①現在における答申保留のような事例についても明確な判断を可能ならしめるような基準を明示されたい，②死亡者等であって「わからない」として答申された事例についてもその処分の基準を明確化されたい，③本件補償協定による加害企業の民事責任の履行に当たって，当該企業の経営状態等がその重大な障害となることのないよう，適切な措置を講じるとともに，今後熊本県が水俣病問題を処理していくに当たって，いかなる財政負担を必要とする事態が生じた場合であっても，絶対に同県に対し過大な負担をかけない措置をとることを確約されたい，等の要望を行った。
また，Ｐ２においても，上記水俣病申請者数の急増を受け，昭和５２年９月末までに水俣病患者に対する補償金の総額は３０７億円にも及び，累積赤字が同月の中間決算時には３２１億円までふくらんでいた。(ク)以上のような状況を受け，環境庁は，昭和５０年６月，水俣病の認定の考え方については既に４６年事務次官通知で明らかにされ，「当該症状が経口摂取した有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合には水俣病として救済する」ということになっているが，実際に水俣病の認定を行うに当たっては，種々の問題があることから，水俣病の専門家にこれらの問題点や水俣病の病像についての検討を依頼することにより，「有機水銀の影響が否定し得ない場合」とは具体的にいってどういう場合であるかについて，臨床，疫学両面から，具体的な判断条件の整理を行うことができれば，水俣病の認定及び関連業務を円滑に行うことに役立つものと考えられるとして，水俣病の専門家からなる水俣病認定検討会を設置した。なお，同検討会は，Ｐ１０を会長として，新潟県及び新潟市，熊本県並びに鹿児島県の各公害被害者認定審査会の委員である１７名の医師により構成されていた。同審査会は，昭和５０年６月２日に第１回全体会議を開催した後，７回にわたる分野別小委員会及び２回にわたる全体会議を経て，昭和５２年２月１８日，同検討会での議論の結論を５２年判断条件としてまとめた，環境庁は，同年７月１日，これを環境庁企画調整局環境保健部長通知として発出した（５２年判断条件）。
なお，環境庁長官は，上記５２年判断条件の発出に当たり談話（甲１２）を発表したが，そこでは，水俣病認定業務については昭和４８年ころから認定申請者が著しく増加するとともに，その症候につき水俣病の判断が困難な事例が増大してきたこともあり，認定申請から検診，診査までの滞留期間が長期化し，保留扱いとなる事例が増加していたため，環境庁においては熊本県及び関係各省との間で事態の打開策につき鋭意検討を重ね，昭和５２年６月２８日には水俣病に関する関係閣僚会議が開催され，水俣病対策の推進について申合せが行われたところ，５２年判断条件の発出はこの申合せの趣旨に基づくものであり，３８００人に及ぶ滞留認定申請者を抱える熊本県の認定業務を促進するとともに，水俣病に関する総合的な調査研究体制を確立することにより，水俣病事件という現実を，でき得る限り解明克服するために，環境庁として，関係各省と緊密な連携を保ちつつ，熊本県と一体となり，新たな展望に立った諸施策を積極的に推進しようとするものであって，このような考え方に基づき，水俣病認定業務の促進のために，水俣病の判断条件を明らかにすることとし，また，汚染者負担の原則を維持するためにも，Ｐ２があくまで補償を遂行することができるよう関係各省の指導協力を要請し，かつ，また，認定業務の促進のために熊本県に加重な財政負担がかからぬよう環境庁としても十分努力するつもりである，とされていた。(ケ)さらに，昭和５３年１１月１５日には，水俣病にかかった者の迅速公正確実な救済のため，公健法等による水俣病に係る認定等の申請をした者で認定等に関する処分を受けていない者に関する処分を行う期間の特例を臨時に設けることにより水俣病の認定に関する業務の促進を図ることを目的として，水俣病の認定業務の促進に関する臨時措置法（同年法律第１０４号）が制定され，公健法に基づく水俣病の認定を申請した者で都道府県知事による認定に関する処分を受けていないものは，環境庁長官に対して，当該認定等の申請に係る水俣病が公健法２条２項の規定により定められた第二種地域に係る水質の汚濁の影響によるものである旨の認定を申請することができるものとされた。
イ５２年判断条件の性格


(ア)上記アにおいて認定したところを総合すると，昭和４４年１２月に救済法が制定され，さらに昭和４９年には公健法が施行され，これらにより公害被害者認定審査会ないし公害健康被害認定審査会の意見に基づく水俣病の認定制度が整備されたが，昭和４６年に４６年事務次官通知が発出されて水俣病認定の要件が事実上緩和されたほか，昭和４８年には熊本地方裁判所が水俣病患者のＰ２に対する損害賠償請求を認容する判決を言い渡したことなどから，昭和４６年ないし昭和４８年ころから水俣病の認定申請者数が急増するとともに，その症候につき水俣病の判断が困難な事例が増加したため，熊本県においては，その認定審査能力を大きく超過することとなり，認定申請から検診，診査までの滞留期間が長期化して保留扱いになる事例が増加するなど滞留認定申請者の増加が問題となり，国に対しても，４６年事務次官通知の「否定し得ない」ものまで含めた判断は極めて困難であり，現行制度の下においては不作為の違法状態を早急に解決することは不可能であることから，現行制度の抜本的な改正を速やかに行い，国において直接処理する措置を講じられたい旨要望するとともに，それが実現されるまでの間の対策として，答申保留となっているような事例についても明確な判断を可能ならしめるような基準を明示されたい等の要望を行うなどしていたところ，環境庁は，こうした要望を受け，水俣病の専門家からなる水俣病認定検討会を設置し，同検討会において５２年判断条件が取りまとめられた経緯が明らかである。
ところで，前記認定のとおり，４６年事務次官通知は，その文理の上では，臨床所見としてハンター・ラッセル症候群のうち一つの症候しか認められない水俣病も存し得ることを前提として，そのような症状が「経口摂取した有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合」には，これが水俣病の範囲に含まれるものとしているが，上記「有機水銀の影響によるものであることを否定し得ない場合」かどうかの判断の準則は明示しておらず，その判断に際しては，メチル水銀への曝露歴等，諸般の事情を総合的に考慮し得るものとなっていた。他方，５２年判断条件においては，水俣病の判断条件として，メチル水銀への曝露歴の存在を前提とした上，四肢末端ほど強い両側性感覚障害を含む複数の症候の組合せを必要とするものとしており，少なくとも，その文理の上では，４６年事務次官通知におけるよりも限定された水俣病像を採用しているということができる。そして，その症候については，これを「認められる」場合と「疑われる」場合とに分けた上で，水俣病であると判断することができる症候の組合せを具体的に列挙し，「否定し得ない場合」といった判断要素は含まれておらず，４６年事務次官通知に比して，より記述的な判断基準となっているといえる。
以上のような５２年判断条件の発出経緯，すなわち，熊本県において多数の滞留認定申請者が生じ，国においても従来判断保留となっていたような事例についても明確な判断を可能ならしめるような基準を明示することが求められていた状況で，環境庁により設置された水俣病認定検討会において５２年判断条件が取りまとめられたことに加え，上記のような４６年事務次官通知と対比した場合における５２年判断条件の規定内容に照らすと，５２年判断条件は，水俣病にかかっているかどうかをより明確かつ類型的に判断することができるようにすることにより迅速な審査を可能とし，水俣病に係る認定業務を促進して急増する水俣病認定申請に対応するため，４６年事務次官通知における認定要件に比してより客観的に把握し得る認定申請者の臨床所見を中心的な判断要素に据えた上，そのような症候のみから水俣病にかかっていると認めるに足りるだけの症候の組み合わせを抽出し，列挙したものであると理解するのが相当である。
(イ)この点，原告は，５２年判断条件は，専らＰ２からの補償金受給対象者の行政的線引きの観点から考案され，策定されたものであると主張する。
確かに，前記認定のとおり，昭和３４年にＰ２と水俣病患者との間で，Ｐ２が水俣病患者について死亡弔慰金ないし年金を支払うことを内容とする本件見舞金契約が締結され，昭和４８年にはＰ２と水俣病患者団体の間で，Ｐ２が水俣病患者についてその患者区分に従い１６００万円ないし１８００万円の慰謝料を一時金として支払うほか，治療費，介護費及び終身特別調整手当を支払うことなどを内容とする本件補償協定が締結されたが，これらの協定等においては，救済法及び公健法の各施行後については，これらの法律に基づく水俣病認定に際して当該認定申請者が水俣病にかかっているかどうかを判断することになる公害被害者認定審査会ないし公害健康被害認定審査会により水俣病と認定された者がその支給対象となるものとされていた。そして，その後，水俣病認定申請者が急増するに従いＰ２が負担する補償金総額も急増し，昭和５２年９月末には水俣病患者に対する補償金総額が３０７億円にも膨らむなどＰ２の財政をひっ迫し，熊本県においても国に対してＰ２が本件補償協定等による民事責任を履行するに当たってその経営状態等が重大な支障となることのないよう適切な措置を講じられたい旨要望していたというのであり，これらに加え，Ｐ２においても，４６年事務次官通知に基づき水俣病認定された者について補償を行うことに難色を示していたところである（甲８，１５～１７）。５２年判断条件は，このような状況の下で取りまとめられたものであり，このような５２年判断条件を取り巻く状況等からすると，水俣病認定検討会において水俣病の判断基準を取りまとめるに当たり，個々の委員において，Ｐ２による本件補償協定に基づく補償金の支払能力の点を念頭においていた可能性を否定することはできない。そして，水俣病にかかっているかどうか自体は医学的に規定し得るものであるとしても，その判断基準をどの程度の確度のものとして設定するかということ自体は，医学的知見によって定まるものではなく，当該判断基準を設定する趣旨ないし目的によって規定されるものであるから，５２年判断条件を策定するに当たっては，上記の観点から，その判断基準がより確度の高いものとして設定され，あるいはＰ２からの高額の補償金の支給を受けるに値するだけの深刻な健康被害が生じている場合に限定され，水俣病と判断される範囲が狭められている可能性を指摘することができる。
しかしながら，上記のとおり，５２年判断条件の策定に当たった水俣病認定検討会の個々の委員においてＰ２の補償金の支払能力の点を考慮し，こうした点がその判断基準に影響を与えている可能性は否定できないものの，先に認定した５２年判断条件発出に至る経緯からは，当該検討会ないしこれを設置した環境庁自体において，判断基準の明確化による審査の迅速化及び認定業務の促進という前記(ア)の趣旨を超えて，Ｐ２の補償金負担軽減のために水俣病認定の判断基準を厳格化するという目的ないし意図を有していたことまで読み取ることは困難であるといわざるを得ず，５２年判断条件が専らＰ２からの補償金受給対象者の行政的線引きの観点から考案され策定されたものであると認めることはできない。