(24)評価書の再検討及び補正（２５条）
ア事業者は，上記(23)の意見が述べられたときはこれを勘案して，評価書の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるとき（当該修正後の事業が対象事業に該当するときに限る。）は，次の(ア)，(イ)又は(ウ)に掲げる当該修正の区分に応じ当該(ア)，(イ)又は(ウ)に定める措置をとらなければならない。（１項）
(ア)前記(5)イに掲げる事項の修正（事業規模の縮小，政令で定める軽微な修正その他の政令で定める修正に該当するものを除く。）前記(5)から後記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を経ること。
（１号）
(イ)前記(5)ア，前記(13)イからエまで，カ若しくはク又は前記(20)イ(イ)から(エ)までに掲げる事項の修正（上記(ア)に該当する場合を除く。）評価書について所要の補正をすること。（２号）(ウ)上記(ア)又は(イ)に掲げるもの以外のもの    前記(11)ア及び(12)アの主務省令で定めるところにより当該修正に係る部分について対象事業に係る環境影響評価を行うこと。（３号）
イ事業者は，上記ア(ウ)の規定による環境影響評価を行った場合には，当該環境影響評価及び評価書に係る環境影響評価の結果に基づき，主務省令で定めるところにより評価書の補正をしなければならない。（２項）ウ事業者は，上記ア(ア)に該当する場合を除き，上記ア(イ)又はイの規定による補正後の評価書の送付（補正を必要としないと認めるときは，その旨の通知）を，前記(21)ア(ア)又は(イ)に掲げる評価書の区分に応じ当該(ア)又は(イ)に定める者に対してしなければならない。（３項）
(25)環境大臣等への評価書の送付（２６条）
ア前記(21)ア(ア)又は(イ)に定める者（環境大臣を除く。）が次の(ア)又は(イ)に掲げる者であるときは，その者は，上記(24)ウの規定による送付又は通知を受けた後，当該(ア)又は(イ)に定める措置をとらなければならない。
(ア)内閣総理大臣等    環境大臣に上記(24)ウの規定による送付を受けた補正後の評価書の写しを送付し，又は上記(24)ウの規定による通知を受けた旨を通知すること。（１号）
(イ)（略）（２号）
イ事業者は，前記(24)ウの規定による送付又は通知をしたときは，速やかに，関係都道府県知事及び関係市町村長に評価書（前記(24)ア(イ)又はイの規定による評価書の補正をしたときは，当該補正後の評価書。後記(26)，(28)及び(29)において同じ。），これを要約した書類（後記(26)において「要約書」という。）及び前記(23)の書面を送付しなければならない。
(26)評価書の公告及び縦覧（２７条）
事業者は，前記(24)ウの規定による送付又は通知をしたときは，環境省令で定めるところにより，評価書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公告し，関係地域内において，評価書，要約書及び前記(23)の書面を公告の日から起算して１月間縦覧に供しなければならない。
(27)対象事業の実施の制限（３１条１項）
事業者は，上記(26)の規定による公告を行うまでは，対象事業（前記(20)ア，(24)ア又は評価法２８条の規定による修正があった場合において当該修正後の事業が対象事業に該当するときは，当該修正後の事業）を実施してはならない。
(28)免許等に係る環境の保全の配慮についての審査等（３３条）ア対象事業に係る免許等を行う者は，当該免許等の審査に際し，評価書の記載事項及び(23)の書面に基づいて，当該対象事業につき，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどうかを審査しなければならない。（１項）
イ上記アの場合においては，次の(ア)又は(イ)に掲げる当該免許等（後記ウに規定するものを除く。）の区分に応じ，当該(ア)又は(イ)に定めるところによる。（２項）
(ア)一定の基準に該当している場合には免許等を行うものとする旨の法律の規定であって政令で定めるものに係る免許等当該免許等を行う者は，当該免許等に係る当該規定にかかわらず，当該規定に定める当該基準に関する審査と前項の規定による環境の保全に関する審査の結果を併せて判断するものとし，当該基準に該当している場合であっても，当該判断に基づき，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当該免許等に必要な条件を付することができるものとする。（１号）
(イ)（略）（２号，３号）
ウ対象事業に係る免許等であって対象事業の実施において環境の保全についての適正な配慮がされるものでなければ当該免許等を行わないものとする旨の法律の規定があるものを行う者は，評価書の記載事項及び(23)の書面に基づいて，当該法律の規定による環境の保全に関する審査を行うものとする。
（３項）
(29)事業者の環境の保全の配慮等（３８条）
事業者は，評価書に記載されているところにより，環境の保全についての適正な配慮をして当該対象事業を実施するようにしなければならない。４環境影響評価法施行令（平成１７年政令第３７５号による改正前のもの。以下同じ。）
(1)免許等に係る法律の規定（３条）
評価法２条２項２号イ（前記３(2)イ(イ)ａ）の法律の規定であって政令で定めるものは，後記(5)別表第一の第一欄に掲げる事業の種類（第二欄及び第三欄に掲げる事業の種類の細分を含む。）ごとにそれぞれ同表の第四欄に掲げるとおりとする。
(2)第二種事業の規模に係る数値の比（５条）
評価法２条３項（前記３(2)ウ）の政令で定める数値は，０．７５とする。
(3)第二種事業（６条本文）
評価法２条３項（前記３(2)ウ）の政令で定める事業は，後記(5)の表の第一欄に掲げる事業の種類ごとにそれぞれ同表の第三欄に掲げる要件に該当する一の事業とする。
(4)環境の保全の配慮についての審査等に係る法律の規定（１４条）評価法３３条２項各号（前記３(28)イ(ア)又は(イ)）の法律の規定であって政令で定めるものは，後記(6)に掲げるとおりとする。
(5)別表第一（１条，３条，６条関係）（抄）
事業の種類第一種事業の要件    第二種事業の要件法律の規定
四評価法２条２
項１号ニに掲げる
事業の種類
イ飛行場及びそ
の施設の設置の事
業（長さが２５０


０ｍ以上である滑
走路を設けるもの
に限る。）
飛行場及びその施
設の設置の事業（
長さが１８７５ｍ
以上２５００ｍ未
満である滑走路を
設けるものに限る
ものとし，この項
のイの第二欄に掲
げる要件に該当す
るものを除く。）
事業主体が国以外
の者である場合に
つき，航空法３８
条１項
(6)別表第四（１４条関係）（抄）
一評価法３３条２項１号の法律の規定
であって政令で定めるもの
・・・（略）・・・航空法３９条１項
・・・（略）・・・
５飛行場及びその施設の設置又は変更の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針，環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令（平成１０年運輸省令第３６号。平成１８年国土交通省令第２０号による改正前のもの。以下「本件主務省令」という。）
(1)方法書の作成（２条）
ア環境影響評価法施行令別表第一の四の項のイ，ロ又はハの第二欄又は第三欄に掲げる要件に該当する対象事業（以下「対象飛行場設置等事業」という。）に係る事業者（以下単に「事業者」という。）は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に評価法５条１項２号（前記３(5)イ）に規定する対象事業の内容を記載するに当たっては，次に掲げる事項を記載しなければならない。（１項）
(ア)対象飛行場設置等事業の種類（設置の事業又は変更の事業の別及び変更の事業にあっては滑走路の新設を伴う事業又は滑走路の延長を伴う事業の別。次の(3)ア(ア)ａにおいて同じ。）（１号）(イ)対象飛行場設置等事業が実施されるべき区域（以下「対象飛行場設置等事業実施区域」という。）の位置（２号）
(ウ)対象飛行場設置等事業の規模（設置の事業又は滑走路の新設を伴う変更の事業にあっては滑走路の長さ，滑走路の延長を伴う変更の事業にあっては延長前及び延長後の滑走路の長さ。次の(3)ア(ア)ｃにおいて同じ。）（３号）
(エ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
（４号）
(オ)上記(ア)から(エ)までに掲げるもののほか，対象飛行場設置等事業の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るものに限る。）であって，その変更により環境影響が変化することとなるもの（５号）イ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に評価法５条１項３号（前記３(5)ウ）に掲げる事項を記載するに当たっては，入手可能な最新の文献その他の資料により把握した結果（当該資料の出典を含む。）を次の(3)ア(イ)に掲げる事項の区分に応じて記載しなければならない。（２項）ウ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に上記ア(イ)に掲げる事項及び上記イの規定により把握した結果を記載するに当たっては，その概要を適切な縮尺の平面図上に明らかにしなければならない。（３項）エ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る方法書に評価法５条１項４号（前記３(5)エ）に掲げる事項を記載するに当たっては，当該環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定した理由（次の(4)アに規定する標準項目を選定しなかった場合にあっては，その理由を含む。）を明らかにしなければならない。（４項）
(2)環境影響評価の項目等の選定に関する指針（４条）対象飛行場設置等事業に係る評価法１１条３項（前記３(11)イ）の規定による環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針については，次の(3)から(10)までに定めるところによる。
(3)事業特性及び地域特性の把握（５条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定するに当たっては，当該選定を行うに必要と認める範囲内で，当該選定に影響を及ぼす対象飛行場設置等事業の内容（以下「事業特性」という。）並びに対象飛行場設置等事業実施区域及びその周囲の自然的社会的状況（以下「地域特性」という。）に関し，次に掲げる情報を把握しなければならない。（１項）
(ア)事業特性に関する情報（１号）
ａ対象飛行場設置等事業の種類（イ）
ｂ対象飛行場設置等事業実施区域の位置（ロ）
ｃ対象飛行場設置等事業の規模（ハ）
ｄ対象飛行場設置等事業に係る区域の面積（ニ）
ｅ対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
（ホ）
ｆ対象飛行場設置等事業の工事計画の概要（ヘ）
ｇその他の対象飛行場設置等事業に関する事項（ト）
(イ)地域特性に関する情報（２号）
ａ自然的状況（イ）
①気象，大気質，騒音，振動その他の大気に係る環境（次の(4)ウ(ア)ａにおいて「大気環境」という。）の状況（環境基準の確保の状況を含む。）（(1)）
②水象，水質，水底の底質その他の水に係る環境（次の(4)ウ(ア)ｂにおいて「水環境」という。）の状況（環境基準の確保の状況を含む。）（(2)）
③土壌及び地盤の状況（環境基準の確保の状況を含む。）（(3)）
④地形及び地質の状況（(4)）
⑤動植物の生息又は生育，植生及び生態系の状況（(5)）⑥景観及び人と自然との触れ合いの活動の状況（(6)）
ｂ社会的状況（ロ）
①人口及び産業の状況（(1)）
②土地利用の状況（(2)）
③河川，湖沼及び海域の利用並びに地下水の利用の状況（(3)）
④交通の状況（(4)）
⑤学校，病院その他の環境の保全についての配慮が特に必要な施設
の配置の状況及び住宅の配置の概況（(5)）
⑥下水道の整備の状況（(6)）
⑦環境の保全を目的として法令等により指定された地域その他の対象及び当該対象に係る規制の内容その他の状況（(7)）
⑧その他の事項（(8)）


イ事業者は，前記(3)ア(イ)に掲げる情報を入手可能な最新の文献その他の資料により把握するものとする。この場合において，事業者は，当該資料の出典を明らかにできるよう整理するとともに，必要に応じ，関係する地方公共団体，専門家その他の当該情報に関する知見を有する者から聴取し，又は現地の状況を確認するよう努めるものとする。（２項）
(4)環境影響評価の項目の選定（６条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の項目を選定するに当たっては，本件主務省令別表第一に掲げる一般的な事業の内容によって行われる対象飛行場設置等事業に伴う環境影響を及ぼすおそれがある要因（以下「影響要因」という。）について同表においてその影響を受けるおそれがあるとされる環境要素に係る項目（以下「標準項目」という。）に対して，必要に応じ，項目の削除又は追加を行うことにより選定しなければならない。（１項）
イ事業者は，上記アの規定による選定に当たっては，対象飛行場設置等事業に伴う影響要因が当該影響要因により影響を受けるおそれがある環境要素に及ぼす影響の重大性について客観的かつ科学的に検討しなければならない。この場合において，事業者は，事業特性に応じて，次に掲げる影響要因を，物質の排出，土地の形状の変更，工作物の設置その他の環境影響の態様を踏まえて適切に区分し，当該区分された影響要因ごとに検討するものとする。（２項）
(ア)対象飛行場設置等事業に係る工事の実施（１号）(イ)対象飛行場設置等事業に係る工事が完了した後の土地又は工作物の存在及び当該土地又は工作物において行われることが予定される事業活動その他の人の活動であって対象飛行場設置等事業の目的に含まれるも
の（２号）
ウ上記イの規定による検討は，次に掲げる環境要素を，法令等による規制又は目標の有無及び環境に及ぼすおそれがある影響の重大性を考慮して適切に区分し，当該区分された環境要素ごとに行うものとする。（３項）(ア)環境の自然的構成要素の良好な状態の保持を旨として調査，予測及び評価されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（１号）
ａ大気環境（イ）
①大気質（(1)）
②騒音（(2)）
③振動（(3)）
④悪臭（(4)）
⑤上記①から④までに掲げるもののほか，大気環境に係る環境要素
（(5)）
ｂ水環境（ロ）
①水質（地下水の水質を除く。）（(1)）
②水底の底質（(2)）
③地下水の水質及び水位（(3)）
④上記①から③までに掲げるもののほか，水環境に係る環境要素
（(4)）
ｃ   土壌に   係る環   境その   他の環   境（上   記ａ及   びｂに   掲げる   ものを   除く。）（ハ）
①地形及び地質（(1)）
②地盤（(2)）
③土壌（(3)）
④その他の環境要素（(4)）
(イ)生物の多様性の確保及び自然環境の体系的保全を旨として調査，予測及び評価されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（２号）
ａ動物（イ）
ｂ植物（ロ）
ｃ生態系（ハ）
(ウ)人と自然との豊かな触れ合いの確保を旨として調査，予測及び評価されるべき環境要素（次の(エ)に掲げるものを除く。）（３号）
ａ景観（イ）
ｂ人と自然との触れ合いの活動の場（ロ）
(エ)環境への負荷の量の程度により予測及び評価されるべき環境要素
（４号）
ａ廃棄物等（廃棄物及び副産物をいう。次の(5)カにおいて同じ。）
（イ）
ｂ温室効果ガス等（排出又は使用が地球環境の保全上の支障の原因となるおそれがある物をいう。次の(5)カにおいて同じ。）（ロ）エ上記アの規定による項目の削除は，次に掲げる項目について行うものとする。（４項）
(ア)標準項目に関する環境影響がないこと又は環境影響の程度が極めて小さいことが明らかである場合における当該標準項目（１号）(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，標準項目に関する環境影響を受ける地域その他の対象が相当期間存在しないことが明らか
である場合における当該標準項目（２号）
オ上記アの規定による項目の追加は，次に掲げる項目について行うものとする。（５項）
(ア)事業特性により，標準項目以外の項目（以下この項において「標準外項目」という。）に関する環境影響が相当程度となるおそれがある場
合における当該標準外項目（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，次に掲げる地域その他の対象が存在し，かつ，事業特性が次のａ，ｂ又はｃに規定する標準外項目に関する環境要素に係る環境影響を及ぼすおそれがあるもので
ある場合における当該標準外項目（２号）
ａ標準外項目に関する環境要素に係る環境影響を受けやすい地域その
他の対象（イ）
ｂ標準外項目に関する環境要素に係る環境の保全を目的として法令等
により指定された地域その他の対象（ロ）
ｃ標準外項目に関する環境要素に係る環境が既に著しく悪化し，又は
著しく悪化するおそれがある地域（ハ）
カ事業者は，上記アの規定により項目の削除及び追加を行うに当たっては，前記(3)の規定により把握した事業特性及び地域特性に関する情報を踏まえ，必要に応じ専門家その他の環境影響に関する知見を有する者の助言を受けて行わなければならない。（６項）
キ事業者は，環境影響評価の手法を選定し，又は環境影響評価を行う過程において項目の選定に係る新たな事情が生じた場合にあっては，必要に応じ上記アの規定により選定した項目（以下「選定項目」という。）の見直しを行わなければならない。（７項）
ク事業者は，前記アの規定による項目の選定を行ったときは，選定の結果を一覧できるよう整理するとともに，選定項目として選定した理由及び同項の規定により項目の削除を行った場合にあってはその理由を明らかにできるよう整理しなければならない。（８項）
(5)調査，予測及び評価の手法（７条）
対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査，予測及び評価の手法は，事業者が，次に掲げる事項を踏まえ，選定項目ごとに次の(6)から(10)までに定めるところにより選定するものとする。


ア前記(4)ウ(ア)に掲げる環境要素に係る選定項目については，汚染物質の濃度その他の指標により測られる環境要素の汚染又は環境要素の状況の変化（当該環境要素に係る物質の量的な変化を含む。）の程度及び広がりに関し，これらが人の健康，生活環境又は自然環境に及ぼす環境影響を把握できること。（１号）
イ前記(4)ウ(イ)ａ及びｂに掲げる環境要素に係る選定項目については，陸生及び水生の動植物に関し，生息種又は生育種及び植生の調査を通じて抽出される学術上又は希少性の観点から重要な種の分布状況，生息状況又は生育状況及び学術上又は希少性の観点から重要な群落の分布状況並びに動物の集団繁殖地その他の注目すべき生息地の分布状況について調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できること。（２号）ウ前記(4)ウ(イ)ｃに掲げる環境要素に係る選定項目については，地域を特徴づける生態系に関し，上記イの調査結果その他の調査結果により概括的に把握される生態系の特性に応じて，上位性（生態系の上位に位置する性質をい   う。）   ，典型   性（地   域の生   態系の   特徴を   典型的   に現す   性質を   いう。）   及び特   殊性（   特殊な   環境で   あるこ   とを示   す指標   となる   性質を   いう。）の視点から注目される動植物の種又は生物群集を複数抽出し，これらの生態，他の動植物との関係又は生息環境若しくは生育環境を調査し，これらに対する環境影響その他の生態系への環境影響の程度を適切に把握できること。（３号）
エ前記(4)ウ(ウ)ａに掲げる環境要素に係る選定項目については，景観に関し，眺望の状況及び景観資源の分布状況を調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できること。（４号）
オ前記(4)ウ(ウ)ｂに掲げる環境要素に係る選定項目については，人と自然との触れ合いの活動に関し，野外レクリエーションを通じた人と自然との触れ合いの活動及び日常的な人と自然との触れ合いの活動が一般的に行われる施設又は場の状況を調査し，これらに対する環境影響の程度を把握できること。（５号）
カ前記(4)ウ(エ)に掲げる環境要素に係る選定項目については，廃棄物等及び温室効果ガス等に関し，それらの発生量その他の環境への負荷の量の程度を把握できること。（６号）
(6)標準手法（８条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査及び予測の手法（標準項目に係るものに限る。）を選定するに当たっては，各標準項目ごとに本件主務省令別表第二に掲げる標準的な調査及び予測の手法（以下この項において「標準手法」という。）を基準として選定しなければならない。この場合において，事業者は，次のイに定めるところにより必要に応じ標準手法より簡略化された調査若しくは予測の手法（次のイにおいて「簡略化手法」という。）を選定し，又は次のウに定めるところにより必要に応じ標準手法より詳細な調査若しくは予測の手法（次のウにおいて「重点化手法」という。）を選定するものとする。（１項）イ簡略化手法は，次の(ア)から(エ)までのいずれかに該当すると認められる場合に選定するものとする。（２項）
(ア)当該標準項目に関する環境影響の程度が小さいことが明らかであること。（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，当該標準項目に関する環境影響を受ける地域その他の対象が相当期間存在しないことが想定されること。（２号）
(ウ)類似の事例により当該標準項目に関する環境影響の程度が明らかであること。（３号）
(エ)当該標準項目に係る予測及び評価において必要とされる情報が，標準的な調査の手法より簡易な方法で収集できることが明らかであること。
（４号）
ウ重点化手法は，次の各号のいずれかに該当すると認められる場合に選定するものとする。（３項）
(ア)事業特性により，当該標準項目に関する環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあること。（１号）
(イ)対象飛行場設置等事業実施区域又はその周囲に，次に掲げる地域その他の対象が存在し，かつ，事業特性が次のａ，ｂ又はｃに規定する標準項目に関する環境要素に係る相当程度の環境影響を及ぼすおそれがあるものであること。（２号）
ａ当該標準項目に関する環境要素に係る環境影響を受けやすい地域そ
の他の対象
ｂ当該標準項目に関する環境要素に係る環境の保全を目的として法令
等により指定された地域その他の対象
ｃ当該標準項目に関する環境要素に係る環境が既に著しく悪化し，又
は著しく悪化するおそれがある地域
(7)調査の手法（９条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査の手法を選定するに当たっては，前記(6)に定めるところによるほか，次の(ア)から(オ)までに掲げる調査の手法に関する事項について，それぞれ当該(ア)，(イ)，(ウ)，(エ)又は(オ)に定めるものを，選定項目について適切に予測及び評価を行うために必要な範囲内で，当該選定項目の特性，事業特性及び地域特性を勘案し，当該選定項目に係る予測及び評価において必要とされる水準が確保されるよう選定しなければならない。（１項）(ア)調査すべき情報    選定項目に係る環境要素の現状に関する情報又は気象，水象その他の自然的状況若しくは人口，産業，土地利用，水域利
用その他の社会的状況に関する情報（１号）
(イ)調査の基本的な手法    国又は関係する地方公共団体が有する文献その他の資料の入手，専門家からの科学的知見の聴取，現地調査その他の方法により調査すべき情報を収集し，その結果を整理し，及び解析する
手法（２号）
(ウ)調査の対象とする地域（以下「調査地域」という。）    対象飛行場設置等事業の実施により選定項目に関する環境要素に係る環境影響を受けるおそれがある地域又は土地の形状が変更される区域及びその周辺の区域その他の調査に適切な範囲であると認められる地域（３号）(エ)調査に当たり一定の地点に関する情報を重点的に収集することとする場合における当該地点調査すべき情報の内容及び特に環境影響を受けるおそれがある対象の状況を踏まえ，地域を代表する地点その他の調
査に適切かつ効果的であると認められる地点（４号）
(オ)調査に係る期間，時期又は時間帯    調査すべき情報の内容を踏まえ，調査に適切かつ効果的であると認められる期間，時期又は時間帯（５号）
イ上記ア(イ)に規定する調査の基本的な手法のうち，情報の収集，整理又は解析について法令等により定められた手法がある環境要素に係る選定項目に係るものについては，当該法令等により定められた手法を踏まえ，適切な調査の手法を選定するものとする。（２項）


ウ上記ア(オ)に規定する調査に係る期間のうち，季節による変動を把握する必要がある調査の対象に係るものについては，これを適切に把握できるよう調査に係る期間を選定するものとする。（３項）
エ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，調査の実施に伴う環境への影響を回避し，又は低減するため，できる限り環境への影響が小さい手法を選定するよう留意しなければならない。（４項）
オ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，調査により得られる情報が記載されていた文献名，当該情報を得るために行われた調査の前提条件，調査地域の設定の根拠，調査の日時その他の当該情報の出自及びその妥当性を明らかにできるようにしなければならない。この場合において，希少な動植物の生息又は生育に関する情報については，必要に応じ，公開に当たって種及び場所を特定できないようにすることその他の希少な動植物の保護のために必要な配慮を行うものとする。（５項）
カ事業者は，上記アの規定により調査の手法を選定するに当たっては，長期間の観測結果が存在しており，かつ，現地調査を行う場合にあっては，当該観測結果と現地調査により得られた結果とを比較できるようにしなければならない。（６項）
(8)予測の手法（１０条）
ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の予測の手法を選定するに当たっては，上記(6)に定めるところによるほか，次の(ア)から(エ)までに掲げる予測の手法に関する事項について，それぞれ当該(ア)，(イ)，(ウ)又は(エ)に定めるものを，当該選定項目の特性，事業特性及び地域特性を勘案し，当該選定項目に係る評価において必要とされる水準が確保されるよう選定しなければならない。（１項）
(ア)予測の基本的な手法    環境の状況の変化又は環境への負荷の量を，理論に基づく計算，模型による実験，事例の引用又は解析その他の手法
により，定量的に把握する手法（１号）
(イ)予測の対象とする地域（次のエにおいて「予測地域」という。）
調査地域のうちから適切に選定された地域（２号）
(ウ)予測に当たり一定の地点に関する環境の状況の変化を重点的に把握することとする場合における当該地点選定項目の特性に応じて保全すべき対象の状況を踏まえ，地域を代表する地点，特に環境影響を受けるおそれがある地点，保全すべき対象への環境影響を的確に把握できる地
点その他の予測に適切かつ効果的な地点（３号）
(エ)予測の対象とする時期，期間又は時間帯    供用開始後定常状態になる時期，工事の実施による環境影響が最大になる時期その他の予測に適
切かつ効果的な時期，期間又は時間帯（４号）
イ上記ア(ア)に規定する予測の基本的な手法については，定量的な把握が困難な場合にあっては，定性的に把握する手法を選定するものとする。
（２項）
ウ上記ア(エ)に規定する予測の対象とする時期については，供用開始後定常状態に至るまでに長期間を要する場合又は予測の前提条件が予測の対象となる期間内で大きく変化する場合にあっては，必要に応じ上記ア(エ)に規定する時期での予測に加え中間的な時期での予測を行うものとする。
（３項）
エ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，予測の基本的な手法の特徴及びその適用範囲，予測地域の設定の根拠，予測の前提となる条件，予測で用いた原単位及び係数その他の予測に関する事項について，選定項目の特性，事業特性及び地域特性に照らし，それぞれその内容及び妥当性を明らかにできるようにしなければならない。（４項）
オ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，対象飛行場設置等事業以外の事業活動その他の地域の環境を変化させる要因によりもたらされる当該地域の将来の環境の状況（将来の環境の状況の推定が困難な場合及び現在の環境の状況を勘案することがより適切な場合にあっては，現在の環境の状況）を勘案して予測が行われるようにしなければならない。この場合において，将来の環境の状況は，関係する地方公共団体が有する情報を収集して推定するとともに，将来の環境の状況の推定に当たって，国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保全に関する施策の効果を見込むときは，当該施策の内容を明らかにできるよう整理するものとする。（５項）
カ事業者は，上記アの規定により予測の手法を選定するに当たっては，対象飛行場設置等事業において新規の手法を用いる場合その他の環境影響の予測に関する知見が十分に蓄積されていない場合において，予測の不確実性の程度及び不確実性に係る環境影響の程度を勘案して必要と認めるときは，当該不確実性の内容を明らかにできるようにしなければならない。
（６項）
(9)評価の手法（１１条）
事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の評価の手法を選定するに当たっては，次に掲げる事項に留意しなければならない。ア調査及び予測の結果並びに次の(12)アの規定による検討を行った場合においてはその結果を踏まえ，対象飛行場設置等事業の実施により当該選定項目に係る環境要素に及ぶおそれがある影響が，事業者により実行可能な範囲内でできる限り回避され，又は低減されており，必要に応じその他の方法により環境の保全についての配慮が適正になされているかどうかを評価する手法であること。（１号）
イ国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保全に関する施策によって，選定項目に係る環境要素に関して基準又は目標が示されている場合には，当該基準又は目標と調査及び予測の結果との間に整合が図られているかどうかを評価する手法であること。（２号）
ウ事業者以外の者が行う環境の保全のための措置の効果を見込む場合には，当該措置の内容を明らかにできるようにすること。（３号）(10)手法選定に当たっての留意事項（１２条）ア事業者は，対象飛行場設置等事業に係る環境影響評価の調査，予測及び評価の手法（以下この条において「手法」という。）を選定するに当たっては，前記(3)の規定により把握した事業特性及び地域特性に関する情報を踏まえ，必要に応じ専門家その他の環境影響に関する知見を有する者の助言を受けて選定しなければならない。（１項）
イ事業者は，環境影響評価を行う過程において手法の選定に係る新たな事情が生じたときは，必要に応じ手法の見直しを行わなければならない。
（２項）
ウ事業者は，手法の選定を行ったときは，選定された手法及び選定の理由を明らかにできるよう整理しなければならない。（３項）
(11)環境保全措置に関する指針（１３条）
対象飛行場設置等事業に係る評価法１２条２項（前記３(12)イ）に規定する環境の保全のための措置に関する指針については，次の(12)から(15)までに定めるところによる。
(12)環境保全措置の検討（１４条）


ア事業者は，環境影響がないと判断される場合及び環境影響の程度が極めて小さいと判断される場合以外の場合にあっては，事業者により実行可能な範囲内で選定項目に係る環境影響をできる限り回避し，又は低減すること，必要に応じ損なわれる環境の有する価値を代償すること及び当該環境影響に係る環境要素に関して国又は関係する地方公共団体が実施する環境の保全に関する施策によって示されている基準又は目標の達成に努めることを目的として環境の保全のための措置（以下「環境保全措置」という。）を検討しなければならない。（１項）
イ事業者は，前項の規定による検討に当たっては，環境影響を回避し，又は低減させる措置を検討し，その結果を踏まえ，必要に応じ，損なわれる環境の有する価値を代償するための措置（次の(14)エ及びオにおいて「代償措置」という。）を検討しなければならない。（２項）
(13)検討結果の検証（１５条）
事業者は，上記(12)アの規定による検討を行ったときは，環境保全措置についての複数の案の比較検討，実行可能なより良い技術が取り入れられているかどうかの検討その他の適切な検討を通じて，事業者により実行可能な範囲内で対象飛行場設置等事業に係る環境影響ができる限り回避され，又は低減されているかどうかを検証しなければならない。
(14)検討結果の整理（１６条）
事業者は，前記(12)アの規定による検討を行ったときは，次に掲げる事項を明らかにできるよう整理しなければならない。
ア環境保全措置の実施主体，方法その他の環境保全措置の実施の内容（１号）
イ環境保全措置の効果及び当該環境保全措置を講じた後の環境の状況の変化並びに必要に応じ当該環境保全措置の効果の不確実性の程度（２号）ウ環境保全措置の実施に伴い生ずるおそれがある環境への影響（３号）エ代償措置にあっては，環境影響を回避し，又は低減させることが困難で
ある理由（４号）
オ代償措置にあっては，損なわれる環境及び環境保全措置により創出される環境に関し，それぞれの位置並びに損なわれ又は創出される当該環境に
係る環境要素の種類及び内容（５号）
(15)事後調査（１７条）
ア事業者は，予測の不確実性の程度が大きい選定項目について環境保全措置を講ずることとする場合又は効果に係る知見が不十分な環境保全措置を講ずることとする場合において，環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあるときは，対象飛行場設置等事業に係る工事の実施中及び土地又は工作物の供用開始後において環境の状況を把握するための調査（以下この条において「事後調査」という。）を行わなければならない。（１項）イ事業者は，事後調査の項目及び手法の選定に当たっては，次に掲げる事項に留意しなければならない。（２項）
(ア)事後調査の必要性，事業特性及び地域特性に応じ適切な項目を選定すること。（１号）
(イ)事後調査を行う項目の特性，事業特性及び地域特性に応じ適切な手法を選定するとともに，事後調査の結果と環境影響評価の結果との比較検討が可能となるようにすること。（２号）
(ウ)事後調査の実施に伴う環境への影響を回避し，又は低減するため，できる限り環境への影響が小さい手法を選定すること。（３号）ウ事業者は，事後調査の項目及び手法の選定に当たっては，次に掲げる事項をできる限り明らかにするよう努めなければならない。（３項）
(ア)事後調査を行うこととした理由（１号）
(イ)事後調査の項目及び手法（２号）
(ウ)事後調査の結果により環境影響の程度が著しいことが明らかとなっ
た場合の対応の方針（３号）
(エ)事後調査の結果の公表の方法（４号）
(オ)関係する地方公共団体その他の事業者以外の者（以下この号において「関係地方公共団体等」という。）が把握する環境の状況に関する情報を活用しようとする場合における当該関係地方公共団体等との協力又は当該関係地方公共団体等への要請の方法及び内容（５号）(カ)事業者以外の者が事後調査の実施主体となる場合にあっては，当該実施主体の氏名（法人にあっては，その名称）並びに当該実施主体との協力又は当該実施主体への要請の方法及び内容（６号）(キ)上記(ア)から(カ)までに掲げるもののほか，事後調査の実施に関し
必要な事項（７号）
(16)準備書の作成（１８条）
ア事業者は，評価法１４条１項（前記３(13)）の規定により対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法５条１項２号（前記３(5)イ）に規定する対象事業の内容を記載するに当たっては，次に掲げる事項を記載しなければならない。
(ア)前記(1)ア(ア)から(ウ)までに掲げる事項（１号）(イ)対象飛行場設置等事業の工事計画の概要（２号）(ウ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場及びその施設の区域の位置（３号）
(エ)対象飛行場設置等事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類
及び数（４号）
(オ)上記(ア)から(エ)までに掲げるもののほか，対象飛行場設置等事業の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るものに限る。）であって，その変更により環境影響が変化することとなるもの（５号）イ前記(1)イからエまでの規定は，評価法１４条の規定により事業者が対象飛行場設置等事業に係る準備書を作成する場合について準用する。この場合において，前記(1)イ中「その他の資料」とあるのは，「その他の資料及び次の(3)イの規定による聴取又は確認」と，前記(1)ウ中「上記イ」とあるのは「次の(16)イにおいて準用する上記イ並びに次の(16)ア(イ)」と，前記(1)エ中「５条１項４号（前記３(5)エ）」とあるのは「１４条１項５号（前記３(13)オ）」と読み替えるものとする。（２項）ウ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号イ（前記３(13)キ(ア)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(7)オ並びに(8)エ及びカにおいて明らかにできるようにしなければならないとされた事項，前記(7)カにおいて比較できるようにしなければならないとされた事項，前記(8)オにおいて明らかにできるように整理するものとされた事項並びに前記(9)ウにおいて明らかにできるようにすることに留意しなければならないとされた事項の概要を併せて記載しなければならない。（３項）


エ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号ロ（前記３(13)キ(イ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(12)の規定による検討の状況，前記(13)の規定による検証の結果及び前記(14)アからオまでに掲げる事項を記載しなければならない。（４項）オ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号ハ（前記３(13)キ(ウ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記(15)ウの規定により明らかにされた事項を記載しなければならない。（５項）カ事業者は，対象飛行場設置等事業に係る準備書に評価法１４条１項７号ニ（前記３(13)キ(エ)）に掲げる事項を記載するに当たっては，前記３(13)キ(ア)から(ウ)までに掲げる事項の概要を一覧できるようとりまとめて記載しなければならない。
(17)評価書の作成（１９条）
ア上記(16)の規定は，評価法２１条２項（前記３(20)イ）の規定により事業者が対象飛行場設置等事業に係る評価書を作成する場合について準用する。
（１項）
イ事業者は，評価２１条２項の規定により対象飛行場設置等事業に係る評価書を作成するに当たっては，対象飛行場設置等事業に係る準備書に記載した事項との相違を明らかにしなければならない。（２項）
(18)評価書の補正（２０条）
事業者は，評価法２５条２項（前記３(24)イ）の規定により対象飛行場設置等事業に係る評価書の補正をするに当たっては，補正前の対象飛行場設置等事業に係る評価書に記載した事項との相違を明らかにしなければならない。
（別紙）
本件許可処分の根拠及び適法性に関する被告の主張
第１航空法所定の手続的要件の充足について
前提事実のとおり，本件許可処分は，飛行場設置許可申請書の提出，航空法３８条３項の告示等，同法３９条２項の公聴会の開催，同法４０条の告示等の手続を経て行われたもので，航空法の定める手続的要件を充足している。
第２航空法所定の実体的要件の充足について
処分行政庁は，次に述べるとおり，本件申請が航空法３９条１項各号の要件を充足すると判断した。
１航空法３９条１項１号の要件（以下「１号要件」という。）の適合性処分行政庁は，本件申請の内容が航空法施行規則７９条１項各号に定める基準（なお，同規則に数値基準の定めがない場合は，空港土木施設設計基準（乙８）に従うこととした。）に適合しており，１号要件を充足すると判断した。同項各号が定める基準（以下，同項各号が定める基準について，それぞれ「１号基準」，「２号基準」のように当該基準の号番号に対応させて略称する。）のうち，陸上飛行場に係る要件は，１号ないし５号，５号の２，９号である。
(1)１号基準について
ア１号基準の内容
航空法施行規則７９条１項１号は，「飛行場の周辺にある建造物，植物その他の物件であって，国土交通大臣が航空機の離陸又は着陸に支障があると認めるものがないこと。ただし，当該飛行場の工事完成の予定期日までに，当該物件を確実に除去できると認められる場合は，この限りではない。」と規定する。ここに「航空機の離陸又は着陸に支障がある」とは，航空法４９条において禁止されている制限表面を突出した物件が存在し，航空機の離陸又は着陸に支障を生じさせる状態をいい，これに抵触した場合は，飛行場の工事完成の予定期日までに当該物件を除去できるという見込みが存在するか否か等を検討することになる。制限表面とは，進入表面，転移表面及び水平表面を総称したものである。このうち，進入表面とは，航空機（垂直に離着陸することができる特殊なものを除く。）が，飛行場から離陸し，又は飛行場に着陸するためには，ある角度をもって，飛行場からの上昇又は飛行場への進入をすることを要するものであり，飛行場からの上昇又は飛行場への進入のため必要な障害物件のない空間が必要であることから設けられた勾配を有する想像上の平面であり，着陸帯（航空法２条５項）の短辺に接続し，かつ，水平面に対し上方へ５０分の１以上で国土交通省令で定める勾配を有する平面であって，その投影面が進入区域（同条６項）と一致するものをいう（同条７項）。また，転移表面とは，航空機の離着陸，特に着陸に際し，滑走路の中心線から逸脱した進入又は進入復行がなされる場合に，航空機の運航の安全を図るために設けられたものであり，進入表面の斜辺及び着陸帯の長辺を含む平面であって上方及び外方に傾斜する特定の平面であり，その範囲は，航空法２条９項で定められている。さらに，水平表面とは，航空機が飛行場への離着陸に際し，飛行場及びその周辺の上空を低空で旋回飛行しなければならない場合があることから，この場合の航空機の安全を図るためのものであり，飛行場の標点の垂直上方４５ｍの点を含む水平面のうち，この点を中心として４０００ｍ以下で国土交通省令で定める長さの半径で描いた円周で囲まれた部分をいう（航空法２条８項）。
イ１号基準に適合していること
(ア)本件空港は，滑走路の長さを２０００ｍとする陸上飛行場であることから，「着陸帯の等級」はＣであるところ（航空法施行規則７５条２項），この場合における進入表面については４０分の１の勾配（同規則２条２号），水平表面の半径については３０００ｍとなる（同規則３条１号）。
(イ)本件申請書（添付書類を含む。以下同じ。）によれば，本件空港の制限表面の上に出る物件又はこれに著しく近接した物件として，アンテナ，電柱，樹木，地形等が存在することが認められる。これらの物件のうち，水平表面を超過する１４物件については，障害灯の設置による対応が予定されており，これによって航空機の離陸又は着陸に対する支障はないと認められた。
また，進入表面を超過する２７物件及び転移表面を超過する２１物件については，飛行場の工事完成の予定期日までに除去するとされていた。このうち，電柱等については，その設置者である県において確実に除去し得ると認められた。さらに，樹木及び地形で除去が必要とされている部分についても，設置者において任意で土地等を取得した上，伐採又は切土をすることが可能であることに加え，本件許可処分の告示後，設置者は，航空法４９条３項に基づき，制限表面の上に出る物件の除去をその所有者に対し求めることができること，本件空港の設置事業が土地収用法の収用適格事業であり（土地収用法２条，３条１２号），法的には土地収用法７条の適用も可能であること等から，地形についても，本件空港の工事完成の予定期日までに，確実に除去できると判断した。


以上の点を踏まえ総合的に判断し，処分行政庁は，本件申請は１号基準に適合するものと認めたものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(2)２号基準について
ア２号基準の内容
航空法施行規則７９条１項２号は，「滞空旋回圏（飛行場に着陸せんとする航空機の滞空旋回のために安全最小限と認められる飛行場上空の所定の空域をいう。・・・）が，既存の飛行場に設定された滞空旋回圏と重ならないこと。」と規定する。
処分行政庁は，航空機が着陸態勢に入ろうとする段階及び着陸態勢に入ってから着陸するまでの段階にあっては，その飛行態様は不安定な状態にあり，他の航空機との交錯はできる限り避ける必要があるため，他の飛行場との滞空旋回圏が重ならないか否かを専門的技術的観点から判断することとしている。
イ２号基準に適合していること
本件空港の供用を開始した場合，現空港は廃港となるため，従来の滞空旋回圏は消滅することとなる。また，石垣市内には現空港以外の空港は存しないため，本件空港の滞空旋回圏は，既存の飛行場に設定された滞空旋回圏と重ならないということができる。そこで，処分行政庁は，本件空港に着陸する航空機の安全は確保されると判断し，本件申請は２号基準に適合するものと認めたものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(3)３号基準について
ア３号基準の内容
航空法施行規則７９条１項３号は，「陸上飛行場にあっては，特別の理由があると認められる場合を除き，着陸帯の等級別に，左の表に掲げる規格   に適合   した滑   走路，   着陸帯   及び誘   導路を   有する   もので   あること。」と規定する。
イ３号基準に適合していること
(ア)本件空港は，前記のとおり，着陸帯の等級をＣとするものである（航空法施行規則７５条２項）。
そこで，本件空港の滑走路，着陸帯及び誘導路の規格については，航空法施行規則７９条１項３号に掲げる表の着陸帯の等級「Ｃ」欄の規格を有するものであることが必要である。
(イ)滑走路
滑走路については，幅につき４５ｍ以上であること，最大縦断こう配につき，①滑走路の末端から滑走路の長さの４分の１以下の距離にある部分では０．８％を超えないこと，②①以外の部分では１％を超えないこと，③最大横断こう配につき１．５％を超えないこととなる規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，滑走路の幅については４５ｍとされていることが認められた。また，滑走路の縦断こう配については，滑走路末端から滑走路の長さの４分の１の距離では最大でも０．７％，これ以外の部分では最大でも０．８％とされており，基準値を超えていないことが認められた。さらに，滑走路の横断こう配については，最大でも１．３％とされており，基準値を超えていないことが認められた。
(ウ)着陸帯
次に，着陸帯については，その長さにつき「滑走路の長辺を両短辺の側にそれぞれ６０ｍに延長して得たもの」（滑走路長に１２０ｍを加えた長さ），滑走路の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離につき，計器用（精密進入を行う着陸帯）として１５０ｍ以上であること，非計器用（精密進入を行わない着陸帯）として７５ｍ以上であること，非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分（滑走路の長さが１２８０ｍ以上の着陸帯については，滑走路の中心線から７５ｍ以内の範囲）の最大縦断こう配につき，１．７５％を超えないこと，最大横断こう配につき，①非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分では２．５％を超えないこと，②①以外の部分では５％を超えないことという規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，着陸帯の長さについては，長さ２０００ｍの滑走路の両端（過走帯）に６０ｍずつを加えた２１２０ｍとされていることが認められた。また，滑走路の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離については，１５０ｍとされており（着陸帯の幅員は３００ｍとされている。），精密進入を行う着陸帯として必要な着陸帯の幅があると認められた。さらに，非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分の最大縦断こう配については，１．５％とされており，基準値である１．７５％を超えていないことが認められた。加えて，着陸帯の横断こう配については，最大でも２．４４％とされており，非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分もそれ以外の部分のいずれの部分についても，基準値を超えていないことが認められた。
(エ)誘導路
さらに，誘導路については，その幅につき２３ｍ以上であること，最大縦断こう配につき１．５％を超えないこと，最大横断こう配につき１．５％を超えないこととなる規格を有する必要がある。本件申請書によれば，誘導路の幅については，２３ないし３０ｍとされていることが認められた。また，誘導路の縦断こう配については，最大でも１．３％とされており，基準値を超えていないことが認められた。さらに，誘導路の横断こう配については，最大でも１．３％とされており，基準値を超えていないことが認められた。
(オ)誘導路縁と固定障害物との間隔
加えて，誘導路縁と固定障害物との間隔については，３０ｍ以上となる規格を有する必要がある。
これを本件申請についてみると，本件申請書によれば，最も狭いところでも，３３．２５ｍの間隔が確保されていることが認められた。また，処分行政庁は，事業者である県に対し，将来においても，誘導路縁から３０ｍ未満の箇所には固定障害物を設置しない旨の確約を得た。
(カ)小括
このように，本件空港の滑走路，着陸帯及び誘導路は，いずれも航空法施行規則７９条１項３号に掲げる表の規格に適合することが認められたことから，処分行政庁は，本件申請は３号基準に適合するものと判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(4)４号基準について
ア４号基準の内容
航空法施行規則７９条１項４号は，「陸上飛行場・・・にあっては，滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること。」と規定する。
この点について，処分行政庁は，空港土木施設設計基準（乙８の３．７．３「設計荷重および設計反復作用回数の決定」）に従い判断することとした。すなわち，基本施設及びそれに附帯する施設の舗装の設計荷重は，   設計の   対象と   なる舗   装上の   設計年   数（通   常１０   年を標   準とする。）にわたる推定交通に基づき，就航対象機材ごとにその区分を決定し，就航対象機材の中で最も厚い舗装を必要とする設計荷重区分を選択することとした。
イ４号基準に適合していること


本件申請書によれば，本件空港の利用を予定する航空機の種類及び形式については，ボーイング７６７型旅客機等とされ，滑走路の強度については，単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２とされていること，滑走路及び誘導路についてはアスファルトコンクリート舗装され，エプロンについてはセメントコンクリート舗装されることが認められた。
上記のＬＡ－１２という設計荷重は，本件空港で就航予定の航空機のうち最も厚い舗装を要するボーイング７６７型機に対応するものである。したがって，処分行政庁は，本件空港で計画されている滑走路等は，これを使用する航空機の予想される運航回数に十分耐えるだけの強度を有するものであると認め，本件申請は４号基準に適合するものと判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(5)５号基準について
ア５号基準の内容
航空法施行規則７９条１項５号は，「陸上飛行場・・・にあっては，滑走路及び誘導路が，これらの上を航行する航空機の航行の安全のため，相互の間の十分な距離並びに接続点における適当な角度及び形状を有するものであること。」と規定する。
この点につき，処分行政庁は，空港土木施設設計基準に従い判断することとした。同基準（乙８の３．５．５「誘導路と滑走路およびその他の誘導路等との間隔」）によれば，滑走路と平行誘導路との中心線間隔は１８４ｍ以上にしなければならないとされている。また，取付誘導路は滑走路に対して直角に取付けられ，平行誘導路は滑走路と平行に滑走路の全長にわたって設置されることとされている（乙８の３．５．１）。
イ５号基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港の滑走路と平行誘導路との中心線間の間隔は１８４ｍとされており，相互間には十分な距離が確保されていること，滑走路と誘導路の接続点においても適当な角度（直角）及び形状を有することが認められた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は５号基準に適合するものと判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(6)５号の２基準の審査
ア５号の２基準の内容
航空法施行規則７９条１項５号の２は，「陸上飛行場・・・にあっては，滑走路及び誘導路の両側並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び表面を有するショルダーを設けること。」と規定する。この点につき，処分行政庁は，温暖地域における滑走路長１５００ｍ以上２１５０ｍ未満の滑走路を有する飛行場については，滑走路及び過走帯のショルダーの幅は７．５ｍ（空港土木施設設計基準３．２．７），誘導路及びエプロンのショルダーの幅は５．０ｍ（空港土木施設設計基準３．５．２及び３．６．４(4)）を標準とすることとした。
イ５号の２基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港の滑走路及び過走帯の縁には幅７．５ｍのアスファルト舗装したショルダーが設けられること，誘導路の両側及びエプロンの縁には幅５．０ｍのアスファルト舗装したショルダーが設けられることが認められたことから，処分行政庁は，本件空港の滑走路及び誘導路の両側並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び表面を有するショルダーが設けられるものと認めた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は５号の２基準に適合するものと判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(7)９号基準の審査
ア９号基準の内容
航空法施行規則７９条１項９号は，「次の表の区分により，飛行場標識施設（・・・）を有するものであること。ただし，舗装されていない滑走路又は誘導路で滑走路標識又は誘導路標識を設けることが困難なものについては省略してもよい。」と規定する。
この点，処分行政庁は，空港土木施設設計基準（乙８の３．８．２～５）に従い判断することとした。
イ９号基準に適合していること
本件申請書によれば，本件空港には飛行場名標識，滑走路標識（指示標識，滑走路中心線標識，滑走路末端標識，滑走路中央標識，接地点標識，接地帯標識，滑走路標識），過走帯標識，誘導路標識（誘導路中心標識，停止位置標識，誘導路縁標識）が，それぞれ空港土木施設設計基準の規格で適切な位置に設けられることとなっていること，また，風向指示器も適切な位置に設置されることが認められた。
したがって，処分行政庁は，本件申請は９号基準に適合するものと判断したものであり，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
(8)小括
以上のとおり，本件申請は，航空法施行規則７９条１項各号が定める基準のうち，陸上飛行場に係る同項１号ないし５号，５号の２及び９号の各基準にいずれも適合するものであることが認められたことから，処分行政庁は，本件申請が１号要件に適合するものと判断したものであり，その判断に違法な点がないことは明らかである。
２航空法３９条１項２号の要件（以下「２号要件」という。）の適合性
(1)２号要件の内容
航空法３９条１項２号は，申請に係る飛行場の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないものであることを要件としている。この要件は，飛行場周辺地域住民の利益を一般的公益として配慮するほか，主として，航空法４９条により制限表面による私権制限の対象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めた規定である。そして，当該飛行場の設置が私人の財産権等に対する著しい侵害となっていないかを審査する目的で，同条２項において公聴会の開催が義務付けられているものと解されることから，処分行政庁は，公聴会における公述内容等を踏まえて総合勘案した上で，飛行場の設置によって他人の利益を著しく害することとならないかどうかを判断することとしている。
(2)２号要件に適合していること
本件申請書によれば，飛行場敷地部分の多くは山林や畑であることが認められる上，その大部分の所有者からは，その土地を本件空港の設置者に売り渡す旨の同意が得られていること，制限表面による制約が及ぶ区域内には人口・建物が密集する市街地はなく，集落地域の建物もおおむね低層建築物であることが認められた。
また，平成１７年１１月１０日に石垣市で開催した公聴会においても，制限表面の設定によって建築物の高さが制限されることについて特段異論を述べる者はなく，飛行場の建設による自らの具体的な私法上の利益侵害を訴える趣旨の発言も一切なかった。
以上の点などを踏まえ，処分行政庁は，本件空港の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないと判断し，本件申請が２号要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱・濫用がないことは明らかである。
３航空法３９条１項３号の要件（以下「３号要件」という。）の適合性
(1)３号要件の内容


航空法３９条１項３号は，申請に係る飛行場の管理の計画が同法４７条１項の保安上の基準に合致するものであることを要件としている。上記管理計画に関する保安上の基準については，航空法４７条１項の委任を受けた航空法施行規則９２条１号ないし１５号において，施設の維持，点検，清掃，禁止行為の掲示，標識灯の設置，消火設備，救難設備，気象観測設備，飛行場手引書等に関する詳細な規定を設けている。
(2)３号要件に適合していること
本件申請書によれば，本件空港については，県において，新石垣空港管理事務所（職員１０名）を設置し，管理計画に基づいて沖縄県空港の設置及び管理に関する条例（昭和４７年沖縄県条例第２０号）に基づいて本件空港を適切に管理するものとしていること，所定の飛行場手引書（セイフティ編，セキュリティ編）を作成し，上記事務所内に備え付けるとしていること，上記飛行場手引書には，航空法施行規則９２条３号，５号ないし７号，９号，１２号ないし１４号の各規定を実行するものと認めるに足りる記載があったこと，制札等構造図及び配置図には同条４号を満たす記載があったことなどから，処分行政庁は，同規則９２条各号の要件を充足しており，本件申請は３号要件に適合するものと判断したものであって，その判断に不合理な点がないことは明らかである。
４航空法３９条１項４号の要件（以下「４号要件」という。）の適合性
(1)４号要件の内容
航空法３９条１項４号は，申請者が当該飛行場を設置し，及びこれを管理するに足りる能力を有していることを要件としている。この点につき，処分行政庁は，申請者が当該飛行場を設置し，管理するために必要な資金調達能力，技術力及び経営能力等を有しているか否かによって判断することとしている。
(2)４号要件に適合していること
申請者である県は，現空港のほかに１１空港の設置管理を行っており，現空港の管理体制の下で管理上の問題は生じていない上，本件空港についても職員を適切に配置して管理する体制を整備していく旨を確認することができたため，処分行政庁は，県が本件空港を設置し，管理するに足りる能力を有していると判断したものである。
なお，資金調達についてみると，設置費用は沖縄振興特別措置法に基づき９０％を国が負担するとともに，県も適切に予算措置を行う予定であり，また，管理費用は本件空港の使用料及び県の予算で確保することとなるものの，申請者が地方公共団体であることから，処分行政庁は，資金調達について問題があるとは考えられないと判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は４号要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
５航空法３９条１項５号の要件（以下「５号要件」という。）の適合性
(1)５号要件の内容
航空法３９条１項５号は，「飛行場にあっては，申請者が，その敷地について所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得することができると認められること。」と規定する。
ここに「確実に取得することが認められる」とは，取得しようとすれば，取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することをいう。具体的には，処分行政庁は，①飛行場用地の大半について，現に所有権を有する者から売り渡し等の同意を得ていること，②未同意用地については，申請者による交渉の継続等により確実に取得することができるという見込みが存在すること等の事情を総合勘案して判断することとしている。
(2)５号要件に適合していること
処分行政庁は，本件空港の建設予定地のうち，敷地面積の９９．６％についてはその地権者から用地取得の同意が得られていたこと，同意が得られていない用地のうち，０．３％は所在不明者２名が所有し，残り０．１％は空港建設に反対する６５４名が共有している状況であること，同意の得られていない地権者については県が今後ともねばり強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等により，県の責任において当該土地を取得する旨を確約していること，仮に同意が得られなかった場合でも，空港建設事業の公共性に基づき土地収用法の適用が可能であること等の諸事情を総合勘案し，申請者である県が本件空港の敷地について使用権原を取得することが確実であると判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は５号要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱・濫用がないことは明らかである。
６小括
以上のとおり，処分行政庁は，本件申請につき所要の審査をし，航空法３９条１項各号の要件に適合するものであると判断したものであり，この判断に何ら裁量権の逸脱，濫用があったと認め得る事情は存しない。したがって，本件許可処分は航空法所定の実体的要件を充足していることが明らかである。第３評価法３３条１項の審査及び同条２項の「判断」として本件許可処分を行っ
たことに何ら違法はないこと
１処分行政庁は，評価法所要の手続を履践していること評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは評価法３３条１項の審査の直接の対象ではないが，本件において事業者である県が行った環境影響評価の手続の詳細については，前提事実のとおりであり，その手続に何ら瑕疵が見当たらないことは明らかである。
このうち，処分行政庁が関与すべき手続については，前提事実のとおり，環境大臣に対する評価書の送付及び求意見をし，処分行政庁としての意見を述べ，補正後の評価書の受領及び環境大臣への送付をした。したがって，処分行政庁は，評価法所定の手続を適切に履践しており，この点において何ら違法がないことは明らかである。


２環境の保全の配慮についての審査等に何ら違法はないこと(1)処分行政庁は，本件補正書の記載事項及び本件国交大臣意見に基づき，主として，主務省令の別表第一（６条関係）に掲げる標準項目及び主務省令６条１項により必要に応じて追加した選定項目，すなわち，大気環境（大気質（窒素酸化物，粉じん等，浮遊粒子状物質），騒音（建設作業騒音，道路交通騒音，航空機騒音），振動（建設作業振動，道路交通振動）），水環境（水質（土砂による水の濁り，水の汚れ），地下水），土壌に係る環境・その他の環境（地形及び地質），陸上植物（重要な種及び群落），陸上動物（重要な種及び注目すべき生息地），水生生物（河川，海域），生態系（陸域生態系（地域を特徴付ける生態系），海域生態系（地域を特徴付ける生態系）），景観（主要な眺望点及び景観資源並びに主要な眺望景観），人と自然との触れ合いの活動の場（主要な人と自然との触れ合いの活動の場），廃棄物等（建設工事に伴う副産物，飛行場の施設の供用に伴う廃棄物）の各項目に着目し，本件事業において，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどうかを審査したものであり（評価法３３条１項），その詳細は，別紙「『新石垣空港整備事業に係る環境影響評価』の観点からの設置許可審査」記載のとおりである。
(2)このように，本件補正書によれば，本件事業の実施が環境に及ぼす影響を予測・評価した結果は，環境保全措置等を実施することによって，環境影響は回避ないし低減されており，また，必要に応じ，損なわれる環境の有する価値が代償されていることから，全体としては，事業実施区域周辺に及ぼす環境影響の程度は小さいものと判断されていること，また，本件国交大臣意見において指摘した２４項目についても，いずれも適切な対応がされるものと認められたことから，処分行政庁は，本件事業につき，環境の保全についての適正な配慮がされるものと判断したものである。このような処分行政庁の判断は，合理的な基準に基づき，評価法所定の所要の審査を行った結果であって，何ら違法がないことは明らかである。３本件許可処分は評価法３３条２項所定の「併せて判断」したものとして何ら
裁量権の逸脱・濫用はないこと
評価法３３条２項各号の「併せて判断する」とは，同条１項の審査の結果（環境保全上の支障を防止する利益）と免許等の審査の結果（免許等を付与することによる法益）とを比較考量し，総合的に判断する趣旨であると解されており，その判断が違法となるのは，環境への配慮を全く怠ったといえるような例外的な場合に限定される。ところが，本件空港の設置は高度の必要性が認められるものである上，本件事業は環境の保全についての適正な配慮がされるものと判断されたのであるから，処分行政庁が本件申請に対し許可を付与したことに裁量権の範囲の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
第４まとめ
以上のとおり，本件許可処分は適法である。
（別紙）
争点に関する当事者の主張
１争点(1)（第２原告らの原告適格の有無）について
（被告）
(1)ア本件許可処分は，知事を名宛て人とするものであり，原告らは，本件許可処分の名宛て人以外の第三者である。このような原告らに本件許可処分の取消しを求める原告適格が認められるためには，行政事件訴訟法９条１項にいう当該処分の取消しを求めるにつき｢法律上の利益を有する者｣に該当する必要がある。
そこで，原告らが原告適格を基礎付けるものとして主張する利益をみると，第１原告らは，本件許可処分により本件空港の「敷地」（航空法３９条１項５号）内に有する土地所有権が侵害されることを主張している。
他方，第２原告らは，「陸海一体となったα３サンゴ礁生態系」に愛着を持ち，県にα４岳陸上案を撤回させ，かけがえのない地球の財産である「陸海一体となったα３サンゴ礁生態系」を次の世代へ残したいと願い，原告となったといい，ある特定の自然環境（α３サンゴ礁生態系）を保全する利益が侵害されることを主張している。しかし，そのような利益は一般公益というほかなく，第２原告ら個々人の個別的利益とはいい難い上，次のとおり，航空法のみならず，その関係法令を参酌しても，ある特定の自然環境を保全する利益を個々人の個別的な利益として法的に保護する趣旨，目的を含むものと解することはできないから，第２原告らが本件許可処分の取消しを求める原告適格を有しないことは明らかである。
イ航空法３９条１項２号の「他人の利益を著しく害することとならない」との規定は，主として，航空法に基づく制限表面等による私権制限の対象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めたものであって，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益としても保護する趣旨の規定と解することはできない。そして，航空法の他の規定をみても，同法が第２原告らが主張するような自然環境に関する利益に対する侵害の防止を図ることを目的とすることをうかがわせるような規定は存在しない。そうすると，航空法の公共用飛行場の設置に関する規制が第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的な利益として法的に保障する趣旨，目的を含むと解する根拠は同法には見当たらないというほかない。
ウ評価法は，３３条の規定（いわゆる横断条項）によって，人の健康又は生活環境に係る被害が生じることや，広く公共のために確保されることが不可欠な自然の恵沢が確保されないことといった支障の生ずるおそれがないようにし，また，その手続規定を通じて，地域住民に限らず，広い範囲にわたって環境情報を収集することを趣旨，目的としているということはできる。
しかし，このうち，広く公共のために自然の恵沢を確保したり，あるいは，地域住民に限らず広い範囲にわたって環境情報を収集したりするといったことは，一般公益の確保を趣旨，目的とすることが明らかであって，個々人の個別的利益を保護することを趣旨，目的とするものということはできない。人の健康に係る被害という支障の生ずるおそれがないようにするという趣旨，目的を斟酌することで原告適格を基礎付ける余地はあるが，第２原告らは，そのような主張をするものでもない。評価法の諸規定をみても，評価法は，飛行場の設置許可に際し，横断条項や，その手続規定を通じて，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を，公益にとどまらず，個別具体的な利益として法的に保護すべきとする趣旨及び目的までをも含むものでないことは明らかである。そうすると，評価法の趣旨及び目的を参酌したとしても，航空法が第２原告らの主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益として保護しているということはできない。


エ評価法は，平成５年に制定，施行された環境基本法において，国の環境配慮義務（１９条）とともに，環境影響評価について規定され，国はその推進のため，必要な措置を講じること（２０条）とされていたことなどを受けたものである。この点，環境基本法は，環境の恵沢の享受と継承等（３条），環境への負担の少ない持続的発展が可能な社会の構築等（４条）及び国際的協調による地球環境保全の積極的推進（５条）という三つの基本理念を掲げ，これらを達成するため，国（６条），地方公共団体（７条），事業者（８条），国民（９条）の責務等を定めている。こうした環境基本法をみても，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益が公益を超えて法的に保護されていると解し得る規定は見当たらない。
オ自然環境は，一般的にはこれを保護することに価値があるとしても，具体的な場面においては，個々人の自然環境に対する考え方や利害の内容，程度は多種多様であり，自然環境の保全の必要性，保護の程度，保護の態様等を決するには，関係する多数の者の利害や意見の調整を要するものである。ある個人が最も望ましいと考える自然環境を他の者は必ずしも最適とは考えず，また，ある自然環境の保護行為が利害関係人の財産権，活動の自由，開発利益の享受等を制約するといった事態が生じ得るのであって，自然環境に対する侵害の有無をめぐる問題は，利害や意見の調整が広範かつ複雑なものである。
また，自然環境に関する利益を享受する立場にあるという地位を想定しても，これは国民が広く有する極めて一般的な立場にすぎないというべきであり，直ちに，そのような利益を個々人の個別的な利益と解することはできない。
したがって，第２原告らが侵害されると主張する利益の内容，性質，態様及び程度を勘案するとしても，第２原告らの主張するような自然環境に関する利益が，個々人の個別的利益として保護されているということはできない。
(2)以上からすると，航空法及び評価法は，飛行場の設置許可に関する規定を通じて，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的な利益として法的に保護すべきとする趣旨及び目的を含むものと解することはできず，第２原告らが主張する利益は，専ら一般的公益の中に吸収解消されるにとどまるものというべきである。
よって，第２原告らが主張するような自然環境に関する利益は，法律上保護された利益に該当しないから，第２原告らは，本件許可処分の取消しを求めるにつき｢法律上の利益を有する者｣に該当しないというべきである。(3)第２原告らは，第１原告らの一部が，第２原告らを受益者とし，１４７共有地の共有持分を自ら受託者として管理する旨の本件自己信託をしたから，第２原告らは本件自己信託の受益者として「法律上の利益を有する者」（行政事件訴訟法９条１項）に該当するなどと主張している。しかし，本件自己信託は，被告が本件答弁書において第２原告らに原告適格がないことを主張した後に施行された信託法３条３号で自己信託が認められたことから，平成２１年５月１８日付けで成立したものであるところ，本件自己信託の目的が，第２原告らが従前から本件訴訟において主張していた利益と同様のものであることに加え，本件訴訟の訴訟物と同じ本件許可処分が取り消されたときが信託の終了事由とされていることからすると，本件自己信託は，本件訴訟と強く関連付けられた信託行為であり，第１原告らが第２原告らと共同して本件訴訟を追行している中で，本件自己信託をする実質的な必要性が見いだせない上，土地収用の補償金が本件自己信託の受託者に帰属するとされているなど本件自己信託の受益者が具体的な利益を得られるようにされておらず，また，対抗要件としての信託の登記をした形跡さえない。これらの事情を考慮すれば，本件自己信託は，本来原告適格のない第２原告らに受益権を形式的に付与することによって原告適格に関する主張を補充することを目的としたいわば便法であると認められるのであって，訴訟信託を禁止した信託法１０条が典型的に想定した場面ではないにせよ，本来，原告として実体審理を受けられる立場にない者について，その地位を付与することを意図した信託という意味で，同条の趣旨に照らして無効であるというべきである。
また，本件自己信託が有効であるとしても，本件自己信託により，本件自己信託の受託者である第１原告らは，受益者である第２原告らに対し，本件自己信託の目的に反して１４７共有地の区画・形質の変更を行わないという債務及びこの目的に反して１４７共有地の持分を受益者たる第２原告ら以外の第三者に譲渡，貸与しないという債務を負い（原告らが主張するような，第２原告らが対価なく１４７共有地を使用できるという受益権は生じない。），第２原告らは，受託者たる第１原告らに対し，同じ内容の請求権を有することになる。しかし，その権利は，あくまでも，受託者に対する債権であって，ある特定の自然環境を保全する利益，あるいは自然環境に関する利益を享受する立場にあるという地位といったものは個々人の個別的利益とはいい難い上，航空法及びその関連法令がそうした利益を個々人の個別的な利益として法的に保護する趣旨，目的を含むものと解することができないことに照らしても，これが航空法その他の関係法令により保護された利益であるということはできず，第２原告らが行政事件訴訟法９条１項の法律上保護された利益を有するということはできない。
（第２原告ら）
(1)ア法令の規定から，その規定の趣旨がある利益を「一般的公益」として保護する趣旨なのか個々人の「個別的利益」としても保護する趣旨なのかを読み取ることは，一般的に非常に困難であり，このことは，裁判所の判断の安定性を損ない，あるいはその客観性に対する国民の信頼を損なうものといえる。行政事件訴訟法９条１項の「法律上の利益を有する者」の解釈として，原告の主張する利益を「一般的公益」と「個別的利益」に概念上区分し，処分の根拠法令や関連法令がどちらの意味で原告の利益を把握しているかということを各法令ごとに解明するという方法論（以下「公益・私益区別論」という。）は，判断基準としての安定性を欠いている。
また，今日においては，「国民相互間の多様な利益の調整」の機能を果たすことが行政の一大領域として非常に重要になってきており，それに対応して行政の活動領域は広範化かつ複雑多様化した。そのため，その特徴を「公益の実現」の一言で把握することはほとんど不可能であり，公益・私益を殊更に区別することで行政処分のチェックの在り方の決定的な違いを導き出すことに合理性を見いだすことは困難になっている。むしろ，根拠法令ないし関連法令によって処分に際して考慮されるべき利益であることを把握することが可能である限り，処分の名宛て人の利益のみならず，処分に際して考慮されるべき第三者の利益についても，それが適切に保護されているか否かにつきチェックするシステムが確保されるべきであり，この観点から第三者の原告適格は広く認められるべきである。


イそもそも平成１６年の行政事件訴訟法改正は，国民の利益調整が複雑多様化している現代行政にふさわしい行政事件訴訟制度とするための見直しの考え方として，法律の形式・規定振りや行政実務の運用等にとらわれずに法律の趣旨・目的や処分において考慮されるべき利益の内容・性質等を考慮するなど，原告適格が実質的に広く認められるために必要な考慮事項を規定するものとしている。そして，原告適格の拡大に関して，改正行政事件訴訟法９条２項は，同条１項の原告適格の規定における「法律上の利益」の解釈の際の配慮事項を定める形式で，原告適格が認められる範囲を拡張した。
そして，同条２項には，個別保護要件を原告適格判断の不可欠の前提とはしないことを明らかにするために，｢根拠となる法令の規定の文言のみによることなく｣との文言が挿入された。行政事件訴訟法改正前と同様に個別的利益があれば当然に原告適格があるが，改正前と異なり個別的利益がないから原告適格がないということにはならないのである。要するに，たとえ規定の文言からはその利益が保護されていることが明らかではない場合でも，規定の文言だけでなくその利益の実質を見ながら原告適格を判断していくべきであり，そういう意味で，改正行政事件訴訟法９条２項の下では個別的利益という概念は重要ではなくなっている。さらに，同項の規定は，原告適格の範囲の絞込みに個別保護要件の観念を使うことを前提とはしていないのであり，したがって，個別保護要件を理由に原告適格の範囲を絞り込むことは，立法趣旨に反することになる。改正行政事件訴訟法下においては，もはや公益・私益区別論を主張する意味はない。
(2)後記４において詳しく主張するとおり，環境基本法，生物の多様性に関する条約，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律，評価法及び新・生物多様性国家戦略との整合性の観点から，航空法３９条１項２号の「他人の利益」には，原告らの環境的利益，特にコキクガシラやアオサンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益が含まれる。
(3)ア(ア)評価法は「事業に係る環境の保全について適正な配慮がなされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に資すること」を目的とし（１条），この目的を達成するため「対象事業に係る免許等を行う者は，当該免許等の審査に際し，評価書の記載事項及び第２４条の書面に基づいて，当該対象事業につき，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどうかを審査しなければなら」ず（３３条１項），たとえ免許等の要件を規定する法の要件を満たしている場合であっても，環境の保全についての適正な配慮（以下「環境配慮」という。）がされていないと認められる場合には，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当該免許等に必要な条件を付することができると規定されている（同条２項１号）。対象事業の免許等の要件は事業者が満たすべきものであるから，評価法は，上記審査によって事業者がその負担において環境配慮を行うことを要求していることになる。
環境配慮は，「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」という利益を保護するために必要となるものである（評価法１条）。ここにいう「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」という利益を具体化するに当たっては，評価法が環境基本法２０条を受けて制定されたものであり，評価法は環境基本法の下に位置するのであるから，法体系上，環境基本法の趣旨を反映することが必要となる。そして，環境基本法３条は「環境の保全は，環境を健全で恵み豊かなものとして維持することが人間の健康で文化的な生活に欠くことのできないものであること及び生態系が微妙な均衡を保つことによって成り立っており，人類の存続の基盤である限りある環境が，人間の活動による環境への負荷によって損なわれるおそれが生じてきていることにかんがみ，現在及び将来の世代の人間が健全で恵み豊かな環境の恵沢を享受するとともに人類の存続の基盤である環境が将来にわたって維持されるように適切に行われなければならない」と規定している。同条の規定する「人間」とは個体としての「ヒト」を意味し，「人類」とは「ヒト」という種全体の集団を意味する。また，「健全で恵み豊かな環境」とは自然と触れて得られる人間性の回復や保健休養としての効用等の恵沢が豊かに存在している状態の環境をいい，「環境の恵沢」とは人間に対して環境が与える有形，無形の福利を意味する。
以上より，「現在及び将来の国民の健康で文化的な生活」の内容には「ヒトという種全体の存続」という極めて抽象的な利益の他に，「個体としてのヒトが，自然と触れて得られる人間性の回復や保健休養としての効用等の人間に対して環境が与える有形，無形の福利を享受すること」という具体的な利益が含まれることになり，評価法は，環境配慮を確保することによりこのような利益を保護しようとしていることになる。
(イ)対象事業に係る免許等を行う者が行う環境配慮がされているか否かの審査（以下「環境配慮審査」という。）は，評価書の記載に基づいてされるのであるが（評価法３３条１項），評価法は，環境配慮の実現については事業者による事業のセルフコントロールを基礎としており，評価書はそのような事業者によるセルフコントロールの成果物である。そして，評価書に対する外部意見の反映につき，環境影響評価における意見提出手続は，地域の環境情報を収集することが主たる目的となるとされてはいるが，他方で，意見には環境の保全上の理由を述べた上で反対あるいは賛成の意を表する意見も想定されており，準備書の記載事項を周知させるための説明会（評価法１７条１項）が実質的に意見交換の場として機能することは十分に想定され得るところであるし，評価法６０条は条例により公聴会等を開催することをも想定していると解されることからすれば，評価法は，外部意見については，単なる情報収集にとどまらず，意見提出者の事業に対する賛否，変更等の意見を評価書に反映させることまで想定していると解される。
評価法は，環境配慮の実現のためには，事業者による事業のセルフコントロールを基礎としつつも，その成果物たる評価書を媒介として外部の意見提出者を対象事業に係る免許等の審査に関与させることにより，意見提出者の意思を対象事業の免許等の審査に反映させるという構造を採っている。


(ウ)方法書については環境の保全の見地からの意見を有する者（以下「有意見者」という。）が意見を述べることができ（評価法８条１項。以下，この意見を「８条意見」という。），対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道府県知事も意見を述べることになるが（評価法１０条１項。以下，この意見を「１０条意見」という。），１０条意見は，８条意見の送付を受けた上で出される市町村長の意見（評価法９条）を勘案するとともに，８条意見の概要に配意することとされている（評価法１０条３項）。また，事業者が環境影響評価を実施するに当たっては，１０条意見を勘案するとともに，８条意見に配意して，対象事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定する（評価法１１条１項）。そして，準備書については有意見者が意見を述べることができ（評価法１８条１項。以下，この意見を「１８条意見」という。），関係都道府県知事も意見を述べることとなるが（評   価法２   ０条１   項。以   下，こ   の意見   を「２   ０条意   見」と   いう。），２０条意見は，１８条意見の送付を受けた上で出される市町村長の意見（評価法１９条）を勘案するとともに，１８条意見の概要及び１８条意見についての事業者の見解に配意することとされている（評価法２０条２項）。さらに，事業者が評価書を作成するに当たっては，２０条意見を勘案するとともに，１８条意見に配意することとなる（評価法２１条）。なお，評価書に対しては，環境大臣が意見を述べることができ（評価法２３条。以下，この意見を「２３条意見」という。），免許等を行う者等も２３条意見を勘案した上で意見を述べることができ（評価法２４条。以下，この意見を「２４条意見」という。），事業者は２４条意見を勘案して評価書を補正することとなる（評価法２５条）。
以上のように，評価書の作成過程において事業者が直接に考慮する意見は有意見者の意見と都道府県知事の意見であり，市町村長の意見及び環境大臣の意見は事業者が間接的に考慮するにすぎず，また，免許等を行う者等の意見は評価書を補正する際に勘案されるものである。しかも，都道府県知事の意見は，有意見者の意見の送付を受けた上で出される市町村長の意見を勘案するとともに，有意見者の意見の概要に配意して出されるものである。よって，評価書作成過程において，有意見者の意見は，他の意見と比較しても，最重要視されているといえる。なお，事業者が意見を考慮する際，有意見者の意見には配意し，都道府県知事や免許等を行う者等の意見については勘案するとして「配意」と「勘案」が使い分けられているが，これは行政主体から提出される意見は，それぞれの行政分野において責任を有する立場から述べられるものであり，意見を受ける側において十分慎重に受け止め，事業計画に反映することを検討する必要があるものであるのに対し，国民一般の意見は，様々な立場からの多様な方向性を持った幅広いものであることから，意見を受け取る側は，それぞれに意を配りつつ，その中から有用な環境情報を事業計画に反映させていくなどの対応を採ることとなるという，意見を受け取る側の受け止め方の違いから，それぞれの取扱いについて適切な用語を当てはめたものである。これは，すなわち有意見者の意見は賛否両方向にわたり様々であってその全てを反映することは性質上困難であることに配慮したものであって，有意見者の意見を都道府県知事や免許等を行う者等の意見と比較して軽視する趣旨を含むものではない。
このように，評価法は，免許等の審査において有意見者の意見を事業に対する賛成，反対，その他提案事項等も含め尊重すべきことを要求していると解されるのであるから，これらの者の利益が害されないようにすることは，評価法の要請である。
(エ)評価法７条は方法書の公告，縦覧について，評価法１６条は準備書の公告，縦覧について規定する。方法書の公告は，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法について環境の保全の見地からの意見を求めるためにされるものであり，公告事項としては，方法書の縦覧の場所，期間及び時間，方法書について環境の保全の見地からの意見を書面により提出することができる旨等が挙げられている（環境影響評価法施行規則３条５号，６号）。そして，公告の方法については，官報への掲載，地方公共団体の広報誌への掲載，日刊新聞紙への掲載という方法が定められており（同規則１条），公告内容の伝達対象を地域的に限定することは予定されていない。準備書の公告は「準備書に係る環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を求めるため」にされるものであり，公告事項としては，準備書の縦覧の場所，期間及び時間，準備書について環境の保全の見地からの意見を書面により提出することができる旨等が挙げられている（同規則７条１項５号，６号）。そして，公告の方法は方法書の場合と同様であり（同規則５条），公告内容の伝達対象を地域的に限定することは予定されていない。準備書及び方法書が縦覧に供されるのは対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域ないし関係地域内においてであるが（評価法１６条，１５条，７条，６条１項），上記公告は，その方法及び内容からすれば，同地域外の者に対しても縦覧の機会を与えるという趣旨を含むと解されるから，評価法が方法書及び準備書を縦覧しこれに対して意見を述べることを期待する者の範囲については，地域的限定を予定していないというべきである。他方，評価法８条１項は，方法書についての有意見者に限り，方法書に対する意見を述べることを認めている。８条意見はあくまで「環境の保全の見地からの意見」であり，事業に対する単なる反対あるいは賛成とのみ記した意見は事業者及び都道府県知事が配慮すべき対象とはならないとされる。また評価法１８条１項は準備書についての有意見者に限り，準備書に対する意見を述べることを認めており，１８条意見の意義も８条意見と同様に解釈される。
以上により，評価法が法的保護を与えることを想定するのは，全国民のうち，居住地域は問わないが，方法書あるいは準備書に対して環境の保全の見地からの意見を有する者（有意見者）であるということになる。
(オ)以上によれば，「個体としてのヒトが，自然と触れて得られる人間性の回復や保健休養としての効用等の人間に対して環境が与える有形，無形の福利を享受する」という利益を有する者のうち有意見者に当たるものが行政事件訴訟法９条１項にいう「法律上の利益を有する者」に該当すると解される。


イ本件許可処分により影響を受ける自然は広範にわたるが，その代表的なものとしてα３サンゴ礁や本件空港予定地及びその周辺の洞窟群（α７地域洞窟群。）等が挙げられる。よって，これらと触れることにより人間性の回復や保健休養としての効用等を享受し，あるいはこれを享受する蓋然性があった者は，「個体としてのヒトが，自然と触れて得られる人間性の回復や保健休養としての効用等の人間に対して環境が与える有形，無形の福利を享受する」という利益を具体的に有する者といえる。よって，これらの者のうち，現在，本件許可処分がα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然に与え得る影響について環境の保全の見地からの意見を有している者は，評価法所定の有意見者に該当するといえる。したがって，α３サンゴ礁やα７地域洞窟群等，本件許可処分により影響を受ける自然と触れ合い，あるいは触れ合う蓋然性があった者のうち，現在，本件許可処分がα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然に与え得る影響について環境の保全の見地からの意見を有している者は，本件訴訟の原告適格を有するというべきである。
ウ第２原告らは，α３トラスト運動に積極的に関わり，かつ，昭和５８年に発足しα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然保護活動を行ってきたＰ３３会の会員である。第２原告らは，評価法上の環境保全利益を有する者であって，有意見者に該当する。本件許可処分によりα３サンゴ礁やα７地域洞窟群等の自然に悪影響が及んだ場合，第２原告らの利益侵害の程度は著しい。
(4)アさらに，第２原告らは，本件自己信託の受益者である。イ本件自己信託の効果として，委託者兼受託者は，本件自己信託の目的を達成するため１４７共有地の区画・形質の変更等に関する制限を受け，受益者である第２原告らに対してこの制限に反しない利用・処分を行なう義務を負い（信託法２９条），また，受益者の利益に反する行為の制限も受ける（同法３２条）。一方，受益者たる第２原告らは，委託者兼受託者に対して，委託者兼受託者が目的に反する１４７共有地の利用・処分をしないよう監督する権利を持つ（同法２条６項，７項）。また，受益者は，受託者が信託行為に違反する行為をするおそれがあり，かつ，信託財産に著しい損害を生ずるおそれがある場合，受託者に対してその行為の差止めの請求もできる（同法４４条１項）。
このように，受益者は，委託者兼受託者の１４７共有地の処分権行使について密接な関係を有し，１４７共有地の所有権は委託者兼受託者にあるものの，むしろ，自己信託関係の設定によって受益者こそが１４７共有地の利用・処分に直接的な利害関係を持つ者となったと評価することができる。第２原告らは，本件自己信託がされたことによって，所有者（共有者）の使用処分権を制限し，その限度で消極的に１４７共有地の使用権を得たといえるのであるから，所有者（共有者）の権利と同等か又はそれ以上といってよいくらいに本件空港の敷地に対して密接な利害関係を持つ立場となったといえる。そして，第２原告らの受益権は，対価なく土地を使用できる権利という点で使用貸借による権利（航空法施行規則８０第２項）に類似するものであるから，第２原告らは「土地に関する権利を有する者」（同項）に該当することが明らかである。ウ以上のことから，第２原告らも航空法３９条２項の「利害関係を有する者」に該当するのであり，法律上の利益を有する者（行政事件訴訟法９条）として本件処分の原告適格が認められる。
２争点(2)ア（航空法３８条２項及び３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号の要件充足の有無）について
（被告）
(1)本件許可処分は，航空法３８条の申請書の提出，同条３項の告示等，同法３９条２項の公聴会の開催，同法４０条の告示等の手続を経て行われたもので，同法の定める手続的要件を充足している。
(2)原告らは，所有者の氏名及び住所の告示及び現地における掲示（航空法３８条３項，航空法施行規則７８条１項，７６条１項４号）において，処分行政庁が本件共有地については共有者のうち１名の氏名及び住所しか示さなかったことが航空法３８条３項に違反するという。
しかし，同項に規定する告示及び掲示は，飛行場の設置に関して利害関係を有する者に対し，飛行場の設置の申請があった旨を知らせ，公聴会において意見を述べる機会を得させるためのものであるところ，本件においては，一部の共有者の氏名及び住所を省略したという事実はあるものの，当該氏名を省略された共有者は，「Ｐ３３会が中心となって再びα４岳陸上案予定地の土地を取得，空港建設のためには同土地を売却しないという」，「α３トラスト運動に参加している共有地主」であり，Ｐ３３会等は，公聴会の前に記者会見を行い，公聴会の日時・場所を認識した上で公聴会不参加（ボイコット）を表明していることから（乙３２），公聴会において意見を述べる機会が与えられたのに，これを放棄したことが明らかである。したがって，α３トラスト運動に参加している共有者について，氏名及び住所の記載を省略したとしても，公聴会において意見を述べる機会を与えるという航空法３８条３項の趣旨は損なわれていないのであるから，その手続に違法は認められないというべきである。
（原告ら）
(1)航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号によれば，飛行場の設置許可の申請者は，飛行場予定地又は予定水面及びそれらの所有者の氏名及び住所を記載した申請書を処分行政庁に提出しなければならない。申請書における飛行場予定地等の所有者の氏名及び住所の記載は，航空法３９条２項で定められている公聴会で公述の申出をした者が当該区域内に私法上の権利を有しているか否かを処分行政庁が確認する（公述人の選定をする場合等）には不可欠なものであり，この記載は，公聴会において意見を述べる機会を与えるという手続保障と密接に関連したものである。しかるに，県は，平成１７年９月１２日，本件申請を処分行政庁にした際，本件空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られていない本件共有地について，１名分を除き，所有者の氏名及び住所を本件申請書に記載しなかった。他方，同空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られた他の土地については，共有者が４名より多い場合でも，共有者全員の氏名及び住所が本件申請書に記載されている。


そうすると，同意をしなかった土地の共有者に対する取扱いは，手続保障の欠落である上，明らかに差別的であるから，航空法上の重大な瑕疵であるというべきである。そして，処分行政庁は，本件申請書の記載が航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号に違反した違法なものであり，かつ，その違法の程度が重大である。これを看過した本件許可処分は，航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項４号に照らし，違法である。
(2)航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号によれば，飛行場の設置許可の申請者は，飛行場の設置の許可の申請があった場合において，飛行場予定地又は予定水面及びそれらの所有者の氏名及び住所を告示し，かつ現地において掲示しなければならない。「飛行場予定地等の所有者の氏名及び住所」の告示及び掲示は，飛行場の設置に関して利害関係を有する者に対し，飛行場の設置を知らせ，自らの土地が飛行場の区域内に存しているかどうかを確認させ，もって，公聴会において意見を述べる機会を与えるという手続保障の観点から要求されているものである(甲１８)。
しかるに，県は，本件申請があった際，本件空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られていない本件共有地について，１名分を除き，所有者の氏名及び住所を告示し，現地で掲示することを怠った（甲９）。他方，本件空港の事業用地の譲渡で地権者から同意が得られた他の土地については，共有者が４名より多い場合でも，共有者全員の氏名及び住所を省略することはなかった。このことは，共有者全員の氏名及び住所を告示及び掲示することが手続保障の観点から不可欠なものであり，航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号により当然要求されていることの証左である。
そうすると，同意をしなかった土地の共有者に対する取扱いは，手続保障の欠落である上，明らかに差別的であるから，航空法上の重大な瑕疵であるというべきである。そして，処分行政庁は，告示及び掲示の懈怠が航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号に違反した違法なものであり，かつ，その違法の程度が重大であったにもかかわらず，これを看過して，本件許可処分をした。このような本件許可処分は，航空法３８条３項並びに航空法施行規則７８条１項及び７６条１項４号に照らし，違法である。
(3)確かに，Ｐ３３会を含む５団体が平成１７年１１月７日に公聴会ボイコットを表明している。しかし，α３トラスト運動に参加している共有地主全員がこれらの５団体のいずれかに属しているわけではないから，α３トラスト運動に参加している共有地主の中にはボイコットとは無関係である者も少なからず存在する。また，航空法３８条２項及び３項は個人に対し手続保障をする趣旨であるから，手続保障の放棄を理由に住所・氏名の記載を省略するのであれば，個人名を掲げてボイコットの意思を表明した者でなければならない。仮に，団体名義でのボイコットを理由とする省略を認めるとしても，少なくとも極めて強固に意思統一されている団体であって，団体名で表明した意思を全構成員個人の意思と同視してよい場合でなければならないはずであるが，例えば，上記５団体の構成員の多くが団体名で表明したボイコットの意思を知ったのは公聴会終了後に発行されたＰ３３会の会報によってであったことなどからすれば，上記５団体が強固に意思統一されている団体であるとは到底いえないし，被告がその点を根拠をもって認定した旨主張立証しているわけでもない。そして，県がα３トラスト運動のメンバーに対して，公聴会への参加を放棄する意思があるか否かについて個別に確認した事実も存在しないから，個人に対する手続保障を省略する根拠に欠けていたことは明らかである。
３争点(2)イ（１号要件のうちの４号基準の充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項１号は，「当該飛行場・・・の位置，構造等の設置の計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであること」と規定するところ，これは，飛行場を航空機が安全に離着陸できるものとするためには，処分行政庁の専門的技術的知見に基づく総合的判断が必要であることから，下位の国土交通省令で基準を定め，この基準に適合することを求めるものである。この規定を受けて，航空法施行規則７９条１項各号が定められているが，この基準自体も裁量的判断の余地を残すものである。航空法３９条１項１号の要件の充足の有無の判断には処分行政庁の専門的技術的な合理的判断に委ねられた部分があり，処分行政庁の行った判断が著しく不合理な場合に限り，違法となると解すべきである（行政事件訴訟法３０条）。(2)ア航空法施行規則７９条１項４号は，「陸上飛行場・・・にあっては，滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること。」と規定する。この点について，処分行政庁は，設計基準（乙８）３．７．３「設計荷重及び設計反復作用回数の決定」に従い，基本施設及びそれに附帯する施設の舗装の設計荷重につき，設計の対象となる舗装上の設計年数（通常１０年を標準とする。）にわたる推定交通に基づき，就航対象機材ごとにその区分を決定し，就航対象機材の中で最も厚い舗装を必要とする設計荷重区分を選択することとした。
本件申請書（乙３）によれば，本件空港の利用を予定する航空機の種類及び形式についてはＢ７６７型旅客機等とされ，滑走路の強度については単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２とされていること，滑走路及び誘導路についてはアスファルトコンクリート舗装され，エプロンについてはセメントコンクリート舗装されることが認められた。このＬＡ－１２という設計荷重は，本件空港で就航予定の航空機のうち最も厚い舗装を要するＢ７６７型機に対応するものである（乙８の３－５５頁）。


したがって，処分行政庁は，本件申請書（乙３）によって，本件空港で計画されている滑走路等はこれを使用する航空機の予想される運航回数に十分耐えるだけの強度を有するものであると認め，本件申請は航空法施行規則７９条１項４号に適合するものと判断したものであり，その判断は上記規定に適合するもので不合理な点がないことは明らかである。イ本件空港敷地内の地盤の概況は，滑走路建設長２０００ｍのうち，約２分の１の範囲において琉球石灰岩台地であり，この区域においては調査により洞窟の存在が確認されている（乙３５の資料２添付の「図－１．１．１計画地周辺の水文地質図」）。そして，県は，深さ２０ｍ以内に琉球石灰岩が分布していることを確認していたため，地盤性状を把握するための地質調査で一般的に用いられている電気探査（電流の流れにくさの分布状況から地盤性状を把握するもの。電流が流れにくい空洞などは電流がそれを避けるように流れるのを利用して洞窟の有無，その形状を調べるという調査方法）によって２０ｍの深さまで探査を行い，さらに，空洞が存在する可能性が高い箇所では，ボーリング孔に小型カメラを挿入して空洞内部を詳細に調べるボアホールカメラ撮影による観測を行い，空洞の位置，形状等を推定している（乙３４の資料２添付の「図４－１－４空洞分布概念図」）。その結果，断面１（甲１４６の１枚目下部の図面でいう解析断面①のこと）においては，重機荷重及び航空機荷重に対して，名蔵れき層を含めた地盤の安全率は１以上となり，安全であることが確認され，断面２（甲１４６の１枚目下部の図面でいう解析断面②のこと）においても，施工時の重機荷重，盛土荷重及び航空機荷重に対して，応力・変形上問題がないことが確認されている（乙２８の２頁）。
また，県は，上記の電気探査等のほか，平成１６年７月から，Ｐ４７協会による洞窟群実態把握，洞窟の測量を行い，その結果，Ｅ洞窟については当初の電気探査で推定した位置ではなく，滑走路方向に蛇行しながら発達していること，Ｅ洞窟の一部区間において，Ｅ洞窟下半に名蔵れき層が出現していることを確認したことを受けて，更なる調査を実施している。すなわち，県は，上記調査結果を踏まえ，名蔵れき層は，琉球石灰岩と比較して弾性係数が小さいため，Ｅ洞窟下半が名蔵れき層で構成されていた場合，盛土及び航空機荷重に対し，洞窟の安定性が確保できない可能性があるとして，Ｅ洞窟下半が名蔵れき層で構成されていた場合を想定した２次元弾塑性ＦＥＭ解析（滑走路下に存在する空洞について，空洞調査から得られた空洞の断面図を基に，空洞を構成する琉球石灰岩を細分化し，空港建設のための盛土荷重，工事に使用する建設機械荷重，空港供用後における航空機荷重が上に載った場合に琉球石灰岩の中に生じる力（応力）をコンピュータープログラムにより算出し，室内試験等から得られた琉球石灰岩の強さと比べる解析のこと）を実施し，洞窟の安定性を確認することとして調査を行い（甲１４６の１枚目），盛土，建設機械及び航空機による力が琉球石灰岩あるいは名蔵れき層の強さを上回る箇所が発生するか否かを判定した結果，荷重による力よりも琉球石灰岩あるいは名蔵れき層の強さが上回り，荷重の影響による空洞崩壊はないものとしている。
したがって，この地盤の上に飛行場を設置すること自体が危険なものであったということはできない。もっとも，飛行場設置のための広大な用地の造成工事においては，滑走路，誘導路，エプロン等に悪影響を与える軟弱地盤等が部分的に存在することは当然ながら想定される。しかし，部分的な補強は，現代における土木技術水準により十分対応することが可能であり，地盤の部分的な箇所の強度に関しては，工事に入った段階で，十分な調査を行い対策を検討することが予定されているものというべきである。飛行場の敷地内は広大である上，設置許可の段階において用地買収が完了していない場合もあり得るから，設置許可の時点までに地盤の部分的な強度の詳細について調査を終えられるものではなく（そのような調査を要求すれば，調査時間，労力，コストは極めて莫大なものとなる。），そもそも航空法もそのようなことを要求していない。本件許可処分は，本件空港設置場所の地盤全体については，特にぜい弱なものであるとはいえないものであることを前提として，地盤の個別箇所については，工事を進めていく中で，随時地盤の強度等を十分調査し，個々の地盤の強度に見合う対策を講ずることとしてされたものである。原告らの問題とする個々の地盤の部分的強度に対する対策は本件許可処分当時の計画なのであって，工事に入った段階における更なる対策を予定しているのであるから，本件許可処分の時点において処分要件が客観的に充足されていないなどという原告らの主張は明らかに失当である。ウ原告らは，本件空港建設予定地の地下に広がる琉球石灰岩は，さんご礁が隆起しただけで全く圧密を受けていない新しい石灰岩である上，地下水による浸食の結果，相当空洞化しているのであり，たとえ琉球石灰岩の空洞を埋めたとしても，本件空港建設の際の浸透ゾーンの設置によって増量するであろう地下水によって，強度の低い琉球石灰岩は浸食を受け，その結果，本件空港建設予定地地下の琉球石灰岩内の空洞が再び発生，拡大し，ついには滑走路予定地を含む本件空港建設予定地が陥没するに至るおそれがあるため，本件空港の滑走路は十分な強度を有していないなどとして，本件許可処分は航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の要件を満たしていないという。しかし，本件空港予定地の琉球石灰岩の「浸食」の速さについては，平成１７年８月７日の第１５回Ｐ２３委員会において，宮古島を含む石灰岩が雨水により溶出する速度について，専門家の委員から「１０００年で１ｍｍよりも早くはないと言える」（乙２６）と報告されているところであるから，原告らの上記主張は事実を誇張したものにすぎず，前提を欠き，理由がないというべきである。
また，処分行政庁は，本件空港敷地内に未発見の洞窟があり得ることを想定し，それでもなお現在の土木技術水準をもって補強等を実施すれば，本件空港の滑走路及び誘導路等について，航空機の想定される運行状況に十分耐え得るだけの強度を確保し得ると判断したのであって，本件空港敷地内に新たな洞窟が発見された場合にも，「設置許可処分当時の計画」に従って本件空港を建設すると判断したものではないから，本件許可処分当時の計画によっては完成時の本件空港滑走路及び誘導路等の地下の地盤が十分な強度を有しているとはいえないなどという原告らの主張は前提を誤るものである。


そもそも，飛行場の設置工事は広大な土地を造成する必要のある事業であることから，飛行場設置に係る計画策定に当たり，処分行政庁は，航空機の安全運航に万全を期する上で必要となる航空路，空域，制限表面及び空港施設計画等の観点で空港の設置場所によって検討すべき事項について，設置の許可申請前の整備計画策定段階及び予算要求段階であらかじめ申請者に対して調整や指導を行っているところである。空港整備法９条１項の規定により，地方公共団体が第３種空港を設置する場合，その滑走路等の新設又は空港用地の造成若しくは整備の工事を施行する場合には，その工事に要する費用は被告及び当該地方公共団体がそれぞれその１００分の５０（県においては，沖縄振興特別措置法及び沖縄振興特別措置法施行令により被告が１００分の９０）を負担することとされている。このため，当該地方公共団体は，事業年度ごとに，補助金等交付申請及び空港工事協議を処分行政庁に対して行い，これを受けて，処分行政庁は，補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律６条の規定に基づき，当該工事計画について，土圧，地盤沈下の可能性等，地盤に係る設計基準を含む空港土木施設設計基準への適合性を審査した上で，交付決定及び空港工事の同意を行うことになっている。本件空港においても，設置許可申請者となる県が，平成１４年度に本件空港の整備基本計画（案）を作成するに当たり，国土交通省に対し空港施設計画等の事前調整を実施しており，地盤に関する事項についても，処分行政庁は，赤土等流出防止対策及び施工計画を策定するに当たっての助言，指導を得るため，地盤工学等の専門家をメンバーとするＰ１２委員会（乙２７）を設置した旨の報告を受けていた。また，県が国土交通省に本件空港整備の新規事業採択要望を行った平成１６年度には，全体の空港整備計画の内容について審査を行い，地下空洞の影響については，Ｐ１２委員会において重機荷重，盛土荷重及び航空機荷重に対し安定性の検討がされ，いずれの荷重に対しても安定性が確保されていると評価したこと（甲１５）について確認を行った。飛行場の設置工事に当たっては，毎年度，こうした手続が行われており，この過程において県は，滑走路や誘導路の舗装強度等を確保するため，地盤特性に係る詳細な検証を行い，必要に応じ構造物の設置に要求される地盤強度の確保のための対策工事を実施しているところである。
さらに，本件空港設置予定地のように地下に空洞が存在する土地の強度を確保するための工法として，例えば地下空洞の規模が比較的大きい場合や空洞の形状や浸食状況等から充てん材料による空洞内への充てんが難しい場合には，開削工法により地下空洞部の上部及び不安定な地盤部を掘削除去し，空洞部を全て土砂等で埋め戻し，転圧を行うことにより地盤の所要強度を確保する方法が，また，地下空洞が比較的小さい場合や開削工法が条件により採用できない場合には，空洞外部から，けい砂，セメントミルクやモルタル等の充てん材料を充てんし，地下空洞内部を全て埋めることにより地盤の所要強度を確保する充てん工法がそれぞれ確立されているのであって，原告らの主張は，現代の土木技術の水準を無視したものというほかない。なお，原告らは，飛行場設置許可処分時において滑走路予定地の地盤の強度が不足していることがその瑕疵であるかのような主張をしているが，飛行場設置許可処分時の状態では強度に問題がある地盤であっても，現代における土木技術水準により強度を補強することにより航空法施行規則７９条１項４号を満たす滑走路等を構築することが可能ということであれば，同号に違反する瑕疵はないのであって，原告らの上記主張は失当である。
エ原告らは，第１０回Ｐ１２委員会において，本件空港の滑走路の真下に位置することとなるＥ洞窟の崩落の危険性が指摘されたことから，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の要件を客観的に欠くと主張している。
しかし，本件申請書によって，本件空港で計画されている滑走路等は，これを使用する航空機の予想される運行回数に十分耐えるだけの強度を有するものであると認められる。しかも，次のとおり，滑走路の真下に位置することとなる洞窟の対策も講じた上で，滑走路等を構築するのであるから，滑走路等の地盤に関しても問題を認めることはできない。すなわち，第１０回Ｐ１２委員会では，滑走路の真下に位置するＥ洞窟を含めた洞窟の崩壊の危険性の評価を行い，これを踏まえて，問題の認められなかったＡ１洞窟も対策範囲に含めた最適対策工法が検討され，Ａ１及びＥ洞窟のうち一部（ゾーン０１ないし０８）については，アーチ工法が最も適切な構造形式であり，Ｅ洞窟の他の部分（ゾーン０９ないし１２）についてはスラブ工法が最も適切な構造形式であると結論付けられた（甲１１）。県は，こうした検討委員会の検討を踏まえて，滑走路の真下に位置する洞窟に存在する危険性を回避する工法によって滑走路を設置するのであって，設置される滑走路等がこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであることは明らかである。
(3)原告らは，本件空港滑走路予定地における乱気流発生の可能性を指摘し，本件空港の滑走路が航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものとはいえず，航空法３９条１項１号に違反するという。しかしながら，そもそも，航空法施行規則７９条１項４号は，滑走路舗装体の強度についての基準を規定するものであり，一時的な自然現象である乱気流による風向や風速の影響を審査するものではない。飛行場の設置許可申請時においては，同規則７６条２項５号により風向風速図を申請書に添付することが義務付けられているが，これは，飛行場の予想就航率を確認するためのものである。また，この点をおくとしても，県は，平成１３年１月上旬から同年４月中旬までの３か月間の「乱気流調査」（乙２９）を行ったが，航空機の運航上問題となるような乱気流は見られなかった。なお，処分行政庁は，設置の許可の申請に当たっては，国際民間航空条約第１４附属書（ＩＣＡＯＡｎｎｅｘ１４）飛行場第Ⅰ巻飛行場設計及び運用（乙３０）において予想就航率は９５％以上とすべきとの勧告がされていることを踏まえ，風向と風速に基づく予想就航率を確認しているところであり，本件空港の設置許可の申請に当たっても，予想就航率が９５％以上であることを確認している。また，乱気流や横風にあおられるような気象条件下においては，飛行場の運用上，航空機の空港への離着陸は行われていない。
(4)原告らは，本件許可処分が地震により滑走路が水没するおそれがあることを看過した違法なものであると主張している。


しかし，そもそも，航空法施行規則７９条１項４号は，滑走路，誘導路及びエプロン舗装体の強度についての基準を規定するものであり，突発的な自然現象である津波による影響について審査するものではないから，原告らの主張は失当である。また，仮に，原告らが指摘する「沖縄県津波・高潮被害想定調査業務委託（宮古・八重山諸島沿岸域）報告書（概要板）」（甲７２）で予測された津波高さを基に滑走路設置位置付近の遡上高を読み取り，想定遡上高と計画滑走路高を比較しても（乙４３），約０．４ｍ（同Ｎｏ．１２＋４０地点）から４．６ｍ（同Ｎｏ．１９地点）滑走路の方が高い位置にあることから，滑走路が水没することはない。なお，付言すると，そもそも津波が遡上している状況下においては，飛行場の一般的な運用上，航空機の空港への離着陸は行われていないし，本件空港においても同様である。また，原告らは，航空法施行規則７６条１項３号が飛行場の標高を含めた標点の位置を申請書に記載することを義務付けており，この記載には津波により航空機の離着陸に支障が生じることがなく，滑走路を使用することが予想される航空機の予想される回数の運行に十分耐えるだけの強度を滑走路が有していると認められるか否かを確認するという意味もあるなどという。しかし，同号が標高を含む標点の位置を申請書に記載するよう求めているのは，その位置が滑走路位置及び制限表面の基点となるからであって，突発的な自然現象である津波による影響を審査するためにその記載を求めているものではない。
（原告ら）
(1)処分行政庁は，次のとおり，本件空港の滑走路直下に洞窟ないし空洞が存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし崩壊するおそれがあるのに，そうした滑走路陥没ないし崩壊のおそれを看過して本件許可処分をした。したがって，本件許可処分は，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なものである。ア航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の文理解釈からすれば，「陸上飛行場の滑走路及び誘導路等が，滑走路及び誘導路を支える地盤に関する点も含め，想定される利用頻度で同飛行場を滑走する航空機の荷重等に十分耐えるだけの強度を有すること」が飛行場設置許可をするための必要条件としての審査基準となっていることは自明の理である。実際，平成２０年の航空法施行規則の改正により，「空港等の種類，着陸帯の等級及び滑走路（陸上空港等及び陸上ヘリポートにあっては，基礎地盤を含む。）の強度又は着陸帯の深さ」が申請書記載事項とされ（同規則７６条５号），「陸上空港等及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路，誘導路及びエプロン（いずれも基礎地盤を含む。第７号及び第８５条第１号において同じ。）並びにこれらの強度に影響を及ぼす地下の工作物がこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること」（同規則７９条４号）が航空法３９条１項１号を充足するための要件として明示されることとなったが（甲１１３，１１４，１１５参照），この改正は，従来から基礎地盤等の強度が審査の対象となっていた点を明確化するためのものであると国土交通省自らが説明している（甲１１６）。
そして，「陸上飛行場の滑走路及び誘導路等が，滑走路及び誘導路を支える地盤に関する点も含め，想定される利用頻度で同飛行場を滑走する航空機の荷重に十分耐えるだけの強度を有すること」という審査基準を満たすか否かについては，必然的に当該地盤との関係での飛行場における航空機滑走の頻度，滑走する航空機の荷重，滑走路及び誘導路等の建造物の構造を考慮した上で個別具体的に判断することになり，設置許可処分当時の計画が実現した場合における滑走路及び誘導路等の直下の地盤の客観的強度（補強等がある場合はそれを含めた強度）と飛行場における航空機滑走の頻度，滑走する航空機等の荷重，滑走路及び誘導路等の建造物の構造との相関関係により決せられる。
イ(ア)平成１６年に行われた実測調査において，本件空港の滑走路の地下を横断して西に向かって伸びているとされていたＥ洞窟が，滑走路の地下をおおむね滑走路に沿って南に向かって延びていることが判明した。これを受け，県は，平成１６年１２月，処分行政庁に対し，Ｅ洞窟の安定性を確保できないリスクがあることを伝えていた。しかし，処分行政庁は，安定性を確保できずにＥ洞窟が崩壊し，その上にある本件空港の滑走路が陥没するおそれを看過して，本件許可処分をした。そして，本件許可処分当時，Ｅ洞窟には崩壊のおそれがあり，本件空港の滑走路の強度は客観的に不足していた。そうすると，本件許可処分は違法以外の何物でもなく，また，この瑕疵の治癒を認める余地もない。
平成１９年７月２３日に開催された第１０回Ｐ１２委員会において，Ｅ洞窟のうち滑走路の真下付近に位置する断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ－２の部分については，既に現状（初期段階）から危険な状態にあり，本件空港建設のためにＥ洞窟のうち断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ－２の部分の上を重機が通るとＥ洞窟が崩壊する可能性が生じることが明らかとなった（甲１１の１２頁）。さらに，盛土をして滑走路を整備し，実際に航空機を運用させた場合，断面１７Ｅ－２及び１８Ｅ－２の部分でＥ洞窟が崩壊する可能性が高いことが明らかになった（甲１１の１２頁）。また，同委員会において，Ｅ洞窟のうち断面１７Ｅ－１についても，滑走路建設のために盛土をした段階でＥ洞窟が崩壊する可能性が生じ，実際に航空機を運用させると，Ｅ洞窟が崩壊する可能性が高いことが明らかとなった（甲１１の１２頁）。さらに，同委員会は，石垣島地方で地震が発生した場合，断面１７Ｅ－１，１７Ｅ－２及び１８Ｅ－１の部分で，Ｅ洞窟が崩壊する可能性があることも明らかにした（甲１１の１４頁）。そして，同委員会は，このＥ洞窟崩壊が空港機能への影響を与えることを認めた（甲１１の１１頁）。Ｅ洞窟の崩壊は，同委員会が空港機能への影響を与えるとしていることから，その真上にある滑走路の陥没をも当然意味する。
したがって，平成１７年１２月１９日の本件許可処分当時を含めた平成１９年７月２３日に至るまでの計画が実現した場合の滑走路及び誘導路等の直下の地盤の客観的強度と飛行場における航空機滑走の頻度，滑走する航空機等の荷重，滑走路及び誘導路等の建造物の構造との相関関係から判断すると，本件許可処分当時の計画によっては完成時（計画実現時）の本件空港滑走路及び誘導路等の直下の地盤が十分な強度を有しているとはいえず，したがって，本件空港の滑走路及び誘導路等が航空機の想定される運航状況に十分耐えるだけの強度を欠いていることは明らかである。


そして，県は，同委員会において「空洞の崩壊の可能性がある箇所があることが確認され，・・・空洞崩壊対策工事を行うことにつき了承が得られたことから」，「現在，対策工事を施工するための実施設計を進めているところであり，今後，設計が完了次第，対策工事を実施する予定である｣としているのであり（被告準備書面(３)３１頁），被告も，第１０回Ｐ１２委員会の内容を踏まえ，空洞の崩壊の可能性がある箇所が確認されたことを認めている（同）。この空洞対策工事は決して軽微な補充工事ではないことからすれば，これらのことは，本件空港の設置許可申請者である県が本件許可処分時において航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号の要件が客観的に満たされていなかったことを認め，被告も本件許可処分時においてこの要件が客観的に満たされていなかったことを認めたことになる。行政処分の要件の存否は，行政処分時を基準として判断されるのであるから，同時点において処分要件が客観的に充足されていなければ，行政処分主体の過失の有無にかかわらず，当該行政処分には違法の瑕疵があり，取消事由が存することとなる。そうである以上，本件許可処分に取消事由があることは明らかである。
さらに，本件許可処分後の第１０回Ｐ１２委員会以降，本件許可処分当時のプランニングが変更され，Ａ１洞窟及びＥ洞窟の一部区間（ゾーン０１ないし０８）の上にアーチ状の構造物を設置し，Ｅ洞窟の一部区間（ゾーン０９ないし１２）の上に平板状の構造物を設置することとなり（甲１１の１９ないし２３頁），平成２２年７月に開催された第５回Ｐ４８委員会において，更にこのプランニングが変更され，従来の変更に加えてＣ１洞窟にボックスカルバートを設置し，Ｅ洞窟の上流部に耐圧管を設置することとなった（甲２２０の資料３・１－７ないし９頁）。このように複数回にわたるプランニング変更も，本件許可処分当時の計画がずさんであり，根本的な瑕疵を含んでいたことを示すものである。
(イ)被告は，たとえ崩壊の可能性がある洞窟が滑走路の下に存在するなどの理由により滑走路の強度が不足していたとしても，現代の土木技術の水準に従って事後的に補強をすれば強度に問題がなくなる見込みであり，実際に滑走路の真下に位置することとなるＥ洞窟の上に構造物を置くという対策も講じた上で滑走路等を構築するのであるから，滑走路等の地盤に関しても問題を認めることができず，本件許可処分は航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号には違反しないと主張し，本件許可処分後の平成１９年７月２３日以降に出された本件空港の滑走路の強度を確保する対策にも言及し，その主張の根拠としている。この被告の主張は，処分行政庁が本件許可処分をした時点において，滑走路の強度が客観的に不足しているという本件許可処分に関する取消事由（瑕疵）が存在するとしても，事後的にその瑕疵が治癒され得るから，本件許可処分の効力には問題がないという趣旨の主張であると思われる。
しかし，本件における滑走路の強度が不足しているという瑕疵は，飛行場における滑走路の重要性に鑑みれば，到底軽微な瑕疵とはいえない。加えて，この瑕疵は，形式的，手続的要件の欠落ではなく，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条４号が定める滑走路の強度という実質的要件の欠落であるから，本件において，瑕疵の治癒を観念する余地はない。また，本件で不備のある処分に該当するのは，本件許可処分であり，この処分をしたのは処分行政庁である。他方，不備を治癒する予定の機関は県であって処分行政庁ではない。この点からも本件で瑕疵の治癒を認める余地はない。
(ウ)仮に，Ｅ洞窟の上に構造物を置き，本件空港の滑走路の強度を確保する対策が本件許可処分の違法性の判断と関係するとしても，そのような対策ではＥ洞窟の崩壊を防止することができないから，このような対策は意味がない。
被告の主張するような構造物をＥ洞窟の上に設置した場合，Ｅ洞窟の天板に強い圧力が掛かる上（甲１９５），Ｅ洞窟の乾燥が進む（甲１９３の３頁）。また，県は，Ｅ洞窟の支流に浸透ゾーンⅡの水を流すことにし，Ｅ洞窟の吐水口の穴も大きくした（甲２００の１ないし２頁）。これにより，空気がＥ洞窟内を流れるので，Ｅ洞窟内の乾燥に拍車が掛かる（甲１９９の３頁）。そのため，琉球石灰岩のはく離現象が進行する（甲１９３の３ないし４頁，甲１９９の３頁）。こうしたはく離現象によりＥ洞窟の天井が崩落し，それに伴い水流が変化したり（甲１９３の４頁），大雨等で増水したりする等の事態が発生することによってＥ洞窟の名蔵れき層部分が削られれば，Ｅ洞窟は拡がり，構造物の幅を超え，盛土の圧力によってＥ洞窟が崩壊し，滑走路が陥没する（甲２００の１頁，６頁）。また，構造物の基礎が損壊し，構造物自体が崩れ，これによっても滑走路が陥没する（甲１９６の１頁）。そのため，たとえ被告の主張するような構造物をＥ洞窟の上に設置したとしても，Ｅ洞窟は崩壊し，その上にある本件空港の滑走路は陥没するのである。実際，平成２２年７月２２日から２３日に行われたＥ洞窟の調査において，Ｅ洞窟の乾燥が進み，はく離現象が多発していることが明らかになっており（甲２０３の１頁，４ないし５頁），こうした陥没のおそれは現実のものとなっている。加えて，本件許可処分後の第１０回Ｐ１２委員会以降，プランニング変更が複数回されていることも，本件許可処分以降に出された対策によれば大丈夫であるという根拠が乏しいことを示している。


ウ浸透ゾーンⅡには周辺の雨水が流れ込む（甲１９７の３頁）。そして，浸透ゾーンⅡ内の吸い込み穴はＡ洞窟やＢ１洞窟につながっており（甲１８９の４頁，同１９０の３０頁），浸透ゾーンⅡに流れ込んだ水はＢ１洞窟やＡ洞窟とつながったＡ１洞窟にも流れ込む。Ａ１洞窟は本件空港の滑走路の下を走っており，その吐水口は同滑走路の下にあるため，浸透ゾーンⅡに流れ込んだ水は，地下水として本件空港の滑走路の直下に溜まり，そこから粘土を巻き込んで流れることになり，本件空港の滑走路の直下で粘土が削られた分の空間が生じ，結果として同滑走路は陥没する（甲２００の２頁）。また，増水時には，Ｂ１洞窟は海抜２６ｍの高さまで冠水する（甲１９４の１頁）。そして，Ｂ１洞窟は琉球石灰岩でできているところ，琉球石灰岩は透水性が高いため，冠水時にはＢ１洞窟周辺の土壌に高い水圧を掛けることになる（甲１８７の２頁，同２２４の１頁）。その結果，土壌が滑走路を支え切れなくなり，滑走路は崩壊する（甲１９３の５頁，同１９４の１頁，同１９６の１８頁，同２００の２頁，７頁，同２２４の１頁）。
このように，浸透ゾーンⅡからの水がＡ１洞窟を経由して滑走路の直下を流れて土壌を削ったり，Ｂ１洞窟が冠水し，水圧が掛かったりするために滑走路が崩壊する危険があるにもかかわらず，処分行政庁は，こうした危険を看過し，本件許可処分をした。
エ本件空港設置に当たり，排水処理にドレーンが三つ使用されている。しかるに，そのうちの一つは，本件空港付近のケイブシステムを流れる水の出口（吐出口）と重なっており，増水時には大量の水が流れる。そのため，このドレーンに流れる水が周囲に漏れ出し，周辺の土壌を崩す可能性が高い（甲１９３の３頁）。また，残りの二つのドレーンは盛土内に設置されることになるが，浸透ゾーンＩに近いところに設置されているため，ドレーンに土が詰まった場合には，水の力により滑走路が破壊される可能性が高い（同）。
このように，不適切なドレーンの設置により，滑走路が崩壊する危険があるにもかかわらず，処分行政庁はこうした危険性を看過し，本件許可処分をした。
オ(ア)本件空港の滑走路直下には未知の空洞がある可能性が高く，このような未知の洞窟には，本件空港の設置に伴い，滑走路を整備するための盛土や航空機の着陸による圧力が掛かる。そのため，これらの未知の洞窟は，将来的に崩壊する可能性があり，そうした崩壊は，本件空港の滑走路の陥没につながる（証人Ｐ２０尋問調書３２頁）。また，本件空港の滑走路周辺には，そこに降った雨水のみならず，内陸部の石灰岩ではない地域の雨水も集まり，地下川となって流れ込んでくる（証人Ｐ２０尋問調書８頁，３５頁）。さらに，本件空港建設中，赤土を含んだ雨水等を浸透ゾーンに集めてから地下に集中的に浸透させる計画であるが，この浸透ゾーンは本件空港建設予定地地下の琉球石灰岩の真上にも存在する(乙２３の６－１－３４ないし３６頁，７－１３ないし１８頁)。その結果，本件空港の滑走路付近の地下川の水量は，浸透ゾーン設置時以前に比べ多くなるのは自明のことである。そうすると，盛土や航空機の着陸による圧力が直接引き起こす陥没とは別に，琉球石灰岩の中にできた空洞が土壌で埋まっている，又は琉球石灰岩の表面が厚く土壌で覆われているときに，地下水の働きで土壌が流され，土壌中に空洞ができ，その上の土壌が空洞中に崩壊するという形での陥没も本件空港の滑走路下で起こり得，こうした陥没も，本件空港の滑走路の陥没につながる（証人Ｐ２０尋問調書３３頁，甲２０４，甲２０５，甲２１１の２頁）。
しかし，県は，本件事業実施区域のカルスト台地の特徴を全く踏まえないまま，つまり地下川の影響や未知の空洞が存在する可能性を全く考慮しないまま，何らの対策も講じることなく本件申請を行った。そして，処分行政庁は，現存すると考えられる未知の空洞により滑走路が陥没する危険性を看過し，本件許可処分をした。
(イ)本件空港の滑走路直下付近には，主要な地下川が３本ないし５本あるが，それ以外に，未知の支流が相当数ある。そして，県は，これらの地下川を把握しておらず，現在の地下空洞探査技術では，小さな流路まで正確な位置を全て把握することは不可能である（甲２１１の１，２頁）。
そして，これらの地下川の流路は，①地震等何らかの原因によって空洞の天井が崩壊したり，土砂が流入したりするなどして地下川の流れがせき止められ，これまでのように流れることができなくなる，②流入する地下水の流量が増えて，現在の空洞だけでは排出することができなくなる，③地下水位が上昇し，あふれた水が高い位置にある空洞に流れ込む，④地下水位が下がり，高い位置にある空洞から低い位置にある空洞に流れが移るといったことで変化し，特に，地下水面勾配が急になる場合には，地下川による空洞の床への侵食が強くなって谷が形成されるが，その谷が別の空洞に連結すると一気に流れが変わることがある（甲２１１の２，３頁）。
このような変化の結果，水が流れなくなってそれまで水に満たされていた空洞が空になると，その上の地盤は水による支えを失って落盤することがあり，また，新しく水が流れ始めた空洞では，地下川の物理的浸食によって空洞が拡大する可能性があって，空洞の規模が大きくなるとそれを作っている物質の強度を超えた場合に落盤する。このような落盤は，地盤の強度，侵食の強さによるが，短ければ１年以下で起こることもあり得る（甲２１１・３頁）。そして，こうした落盤は，当然に本件空港の滑走路が陥没することを意味する。本件空港の滑走路の下に地下川が流れている限り，将来にわたって本件空港の滑走路の安全性が担保されることはなく，支流なども含め地下川の正確な把握は困難であるから，こうした落盤などを完全に食い止めることは不可能である。本件空港の滑走路が十分な強度を有するようにすることには元来無理があるのであり，県も，空洞に対して人工的に対処することの困難性を認めている（甲２１９の１８頁）。しかるに，県は，このような地層の実態や将来的に滑走路が陥没する危険性を考慮せず，本件申請を行い，処分行政庁は，そうした危険性を看過して，本件許可処分をした。


カ被告は，第１５回Ｐ２３委員会議事録（乙２６）を根拠に，本件空港建設予定地の琉球石灰岩の浸食の速さは１０００年で１ｍｍ未満であるという理由を挙げて，本件許可処分が航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号には違反しないと主張している。しかし，同委員会において検討され，１０００年で１ｍｍ未満の速度と結論付けられている浸食は，雨水に溶けた二酸化炭素と琉球石灰岩との化学反応により生じる浸食のことを指している。他方，原告らの主張する浸食は，そのような化学反応により生じる浸食のみならず，地下水の流れによる水圧で琉球石灰岩が物理的に削られることにより生じる浸食のことも含んでいる。そして，本件空港建設予定地の琉球石灰岩に対しては，地下水に含まれる二酸化炭素と琉球石灰岩の化学反応により生じる侵食に加えて，原告らの指摘した物理的な侵食が生じるのであるから，１０００年で１ｍｍ未満という数値よりも相当程度早いペースで進むことが明らかであり，実際の本件空港建設予定地の琉球石灰岩の浸食の速さは１０００年で１００ｍｍ程度と推定される（証人Ｐ２０尋問調書３５頁）。さらに，１０００年当たりの浸食のスピードは，石灰岩全体の浸食についてのものである一方，実際の浸食は，全体的に起こるのではなく，地下水が流れるところで集中的に起きるため，全体に関する１０００年当たりの浸食スピードは余り参考にならない（同調書３６頁）。被告の上記主張は失当である。
(2)本件許可処分は，滑走路において強い乱気流が発生するおそれがあることを看過しており，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なものである。
ア被告は，航空法施行規則７９条１項４号は滑走路舗装体の強度についての基準を規定するものであって，一時的な自然現象である乱気流による風向や風速の影響を審査するものではないという理由により，滑走路予定地における強い乱気流発生のおそれにより航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号違反の問題が生じることはないという。しかし，被告も認めるとおり，航空法施行規則７６条２項５号により，風向風速図を申請書に添付することが義務付けられている。この風向風速図の添付には，飛行場の予想就航率を確認するという意味のみならず，強い乱気流により航空機の離着陸に支障が生じることがなく，滑走路を使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を滑走路が有していると認められるか否かを確認するという意味もある。
したがって，処分行政庁が強い乱気流発生の十分な可能性を看過し，飛行場設置許可処分をした場合，当然，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反することになる。
イ県は，平成１３年１月から４月にかけて，本件空港の滑走路予定地周辺において，風向風速を観測し，高度別の１０分平均風向，風速に加え，毎１０分間の風速の変動度合（１０分風速標準偏差）を記録した(甲７)。また，航空機が離着陸に支障を来す規模の乱気流が発生するか否かを判断するために算定突風速度を算出する必要があるが，県は，その算出に用いられるピークファクターが２.０１以上３.２８以下であると算定した(甲７)。算定突風速度は，ピークファクターに１０分風速標準偏差を掛けたものであり，この数値が１０.６７以上になると，アメリカ航空宇宙局（ＮＡＳＡ）の乱気流階級にいう「強」と評価され，航空機の離着陸に支障を来すものとされる(甲７，８，乙２９)。
本件空港には，α４岳からの吹き下ろしの風が吹き付け，乱気流を滑走路に生じさせるおそれがあることに鑑みれば，どのような乱気流が生じても本件空港における航空機の離着陸に支障を来すことはないといえるか否かを確かめるためには，県が算出した１０分風速標準偏差を基に，地形に由来する要素による補正を掛け，その上で，ピークファクターの最大値である３.２８を使用して算定突風速度を算定する必要がある（なお，昭和４１年３月５日富士山風下で発生したＢＯＡＣ９１１機の墜落事故に代表されるように，山岳波の影響は大惨事に直結するものであるから，山岳により発生する乱気流の影響に関しては特に慎重な調査が要求されることは言をまたない）。こうした方法によりＰ４９研究会が算定したところ，本件空港滑走路予定地においては，算定突風速度が最大で１０.７１ないし１２.８２を記録した。すなわち，本件空港滑走路予定地では，アメリカ航空宇宙局（ＮＡＳＡ）の乱気流階級にいう「強」と評価される乱気流が発生して，航空機の離着陸に支障を来す可能性が十分にある。
これに対し，県は，平成１３年１月から４月にかけて行われた上記の観測（乙２９）により算出したデータを基に，本件空港滑走路予定地では，上記の乱気流階級にいう「強」と評価される乱気流は発生せず，航空機の離着陸に支障を来すことはないと主張している。しかし，県は，ピークファクターを３.０に設置して算定突風速度を算定しており，考えられる乱気流全てを想定してはいない(甲７，８)。また，県の主張の根拠となっている算定突風速度は，本件空港周辺の地形の影響による補正を掛けないで算出したものであるから，正確性に乏しい(甲７，８)。さらに，風況は年による変動が大きいため一般的には３ないし５年間，理想的には１０年間程度の観測が必要であるにもかかわらず，県はわずか３か月間の観測を行ったにすぎないのであるから，この点でも基礎データの信用性は乏しい。その上，県は，台風の影響等により１年のうちで最も強風下での運行を余儀なくされる夏のデータではなく，冬から春にかけて得られたデータを根拠に算定突風速度を算定しているため，算定突風速度は過小に算定されている(甲８)。
ウ以上より，処分行政庁は，航空機の離着陸に支障を来す乱気流の可能性を看過し，本件許可処分をしたということができる。乱気流で航空機の離着陸に支障を来す滑走路は，もはや滑走路を使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものとはいえない。したがって，本件空港は，航空法施行規則７９条１項４号の要件を満たさず，その結果，航空法３９条１項１号の要件も満たしていないというべきである。
なお，乱気流や横風が発生するタイミングは予測不可能であり，例えば，平成２０年３月１日，ドイツのハンブルク空港で，着陸しようとしたＰ５０航空機が強風にあおられ，墜落の危機に陥るというアクシデントが発生している(甲７１)。したがって，乱気流や横風にあおられるような気象条件下においては，飛行場の運用上航空機の空港への離着陸は行われていないとの被告主張は失当である。


(3)本件許可処分は，滑走路が津波により水没するおそれがあることを看過しており，滑走路が運航に必要な強度を有するとはいえないから，航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なものである。
ア県の「県津波・高潮被害想定（宮古・八重山諸島沿岸域）検討委員会」は，平成１９年１０月１５日，石垣島南方沖でＭ８クラスの地震が発生した場合，石垣市α２７付近で２５ｍを超える津波が発生する可能性があるという調査結果を発表した（甲１６）。また，県土木建築部海岸防災課が作成した「沖縄県津波・高潮被害想定調査業務委託（宮古・八重山諸島沿岸域）報告書（概要版）」によれば，石垣島周辺で発生する地震により，本件空港建設予定地に近いα３で２４ｍ，α２８で３３.５ｍの津波が発生するとされている（甲７２の３９頁）。さらに，明和８年（１７７１年）４月２４日に発生した「明和の大津波」は，本件空港建設予定地付近では高さ３０ｍ以上であった（甲１７）。そうすると，本件空港が供用された場合，津波により滑走路が水没する可能性が十分にあり，地震が石垣島周辺で起きた場合には，その直後に本件空港付近で津波が発生するから，航空機の離着陸に関する対策を講じる時間的余裕はない。
このように水没のおそれがある滑走路は，もはや滑走路を使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものとはいえない。したがって，本件空港は，航空法施行規則７９条１項４号の要件を満たさず，その結果，航空法３９条１項１号の要件も満たしていない。
イこの点につき，被告は，航空法施行規則７９条１項４号は津波による影響について審査するものではないという。しかし，航空法施行規則７６条１項３号は，飛行場の標高を含めた標点の位置を申請書に記載することを義務付けている。この記載には，津波により航空機の離着陸に支障が生じることがなく，滑走路を使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を滑走路が有していると認められるか否かを確認するという意味もある。
また，平成２０年の航空法施行規則改正により，本件空港のような陸上空港の新設又は改良において，津波のような変動波浪による損傷が滑走路等の機能を損なわず，継続して使用することに影響を及ぼさないことが航空法３９条１項１号を充足するための要件とされることとなった（航空法施行規則７９条７号）。この改正は，「陸上飛行場の滑走路及び誘導路等が，津波による影響を受けないという点で，これらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること」が同改正以前から航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号における飛行場設置許可をするための審査基準となっていたものの，津波に対する安全性を確保する航空法の趣旨を明確にするために，同規則７９条７号を大幅に変更するという形でされたものである（甲１１５）。
ウさらに，被告は，想定される津波の高さよりも本件空港の滑走路の高さが少なくとも０.４ｍ高いと主張する。しかし，仮に被告の主張が正しいとしても，０.４ｍの差は予測の誤差の範囲内というべきわずかな差に過ぎない。被告の主張は失当である。
４争点(2)ウ（２号要件充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項２号は，「当該飛行場・・・の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないものであること。」と規定するところ，「他人の利益」の内容について航空法は具体的な規定を置いておらず，「著しく害する」という規範的かつ抽象的な文言が採用されていること，２号要件の判断に当たっては，設置される飛行場の公共性の有無及びその程度とその設置によって侵害される他人の利益の侵害の程度，その侵害に対する補償措置等の内容を比較考量して行うべきものであることなどからすれば，２号要件を充足するか否かの審査に関する処分行政庁の判断は，その政策的な裁量的判断に委ねられているものと解すべきである。
したがって，２号要件の判断についても，処分行政庁のした判断が裁量権を逸脱又は濫用したものである場合に限り，違法になると解すべきである（行政事件訴訟法３０条）。
(2)ア申請に係る飛行場の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないものであることとの航空法３９条１項２号の要件は，飛行場周辺地域住民の利益を一般的公益として配慮するほか，主として，航空法４９条により制限表面による私権制限の対象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めた規定である。したがって，同号は，原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益として保護する趣旨の規定ではない。そして，当該飛行場の設置が私人の財産権等に対する著しい侵害となっていないかを審査する目的で，同条２項において公聴会の開催が義務付けられているものと解されることから，処分行政庁は，公聴会における公述内容等を踏まえて総合勘案した上で，飛行場の設置によって他人の利益を著しく害することとならないかどうかを判断することとしている。
イ本件申請書及びその添付書類（乙３）によれば，飛行場敷地部分の多くは山林や畑であることが認められる上，その大部分の所有者からは，その土地を本件空港の設置者に売り渡す旨の同意が得られていること，制限表面による制約が及ぶ区域内には人口や建物が密集する市街地はなく，集落地域の建物もおおむね低層建築物であることが認められた。また，平成１７年１１月１０日に石垣市で開催した公聴会においても，制限表面の設定によって建築物の高さが制限されることについて特段異論を述べる者はなく，飛行場の建設による自らの具体的な私法上の利益侵害を訴える趣旨の発言も一切なかった（乙１０）。なお，この要件が原告らの主張する自然環境に関する利益を個々人の個別具体的な利益として保護する趣旨をも含むものとは解されないことは前述したとおりである。
以上の点などを踏まえ，処分行政庁は，本件空港の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないと判断し，本件申請が２号要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
(3)原告らは，航空法３９条１項２号にいう「他人の利益」には，コキクガシラのような絶滅の危機に瀕している野生生物やアオサンゴのように世界的にも類を見ない大群落を形成している野生生物を生存させていく生物多様性を確保することによる利益が含まれるとの解釈を前提として，本件許可処分が同号に違反するものであると主張している。


しかしながら，同号は，飛行場周辺地域住民の利益を一般的公益として配慮するほか，主として，同法４９条により制限表面による私権制限の対象となる私人の財産権に対し配慮すべきことを定めた規定である。したがって，原告らが主張するような自然環境に関する利益を個々人の個別的利益として保護する趣旨の規定ではないから，原告らの上記主張は，その前提を欠く。そして，原告らの主張は自己の法律上の利益に関係のない違法を主張するものとして失当である（行政事件訴訟法１０条１項）。また，野生生物は，所有権等の権利主体たる人格を有しないことからも，航空法３９条１項２号の「他人の利益」にはこれら野生生物の利益は含まれないことは明らかであって，この点においても，原告らの上記主張は失当である。
なお，本件補正書によれば，野生生物の生育環境を保全するために必要な措置等につき適正な配慮がされており，本件空港の設置により原告らの指摘する野生生物の生態系に対する影響は，事業者において実行可能な範囲内でできる限り回避ないし低減されていると認められるのであるから（乙２の８頁参照），いずれにしても原告らの上記主張は理由がないというべきである。
（原告ら）
(1)平成５年に施行された環境基本法の目的は，環境の保全について，基本理念を定め，並びに国，地方公共団体，事業者及び国民の責務を明らかにするとともに，環境の保全に関する施策の基本となる事項を定めることにより，環境の保全に関する施策を総合的かつ計画的に推進し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に寄与するとともに人類の福祉に貢献することである（１条参照）。そして，この目的を受けて，同法３条は「環境の保全は，環境を健全で恵み豊かなものとして維持することが人間の健康で文化的な生活に欠くことのできないものであること及び生態系が微妙な均衡を保つことによって成り立っており人類の存続の基盤である限りある環境が，人間の活動による環境への負荷によって損なわれるおそれが生じてきていることにかんがみ，現在及び将来の世代の人間が健全で恵み豊かな環境の恵沢を享受するとともに人類の存続の基盤である環境が将来にわたって維持されるように適切に行われなければならない。」と定めている。同条は，良好な環境の享受が人類の存続の基盤であることを明示しており，憲法１３条又は２５条により認められる環境権を最も明確に具体化したものである。このような環境基本法の目的及び認識を受け，同法６条及び７条は，被告及び地方公共団体に対し，環境の保全に関する基本的かつ総合的な施策を策定し，実施する責務を負わせている。そして，同法１４条は，環境の保全に関する基本的施策の実施については，「生態系の多様性の確保，野生生物の種の保存その他の生物の多様性の確保が図られるとともに，森林，農地，水辺地等における多様な自然環境が地域の自然的社会的条件に応じて体系的に保全されること」などの確保を旨として行われなければならないとしている。したがって，環境基本法１条，３条，６条，７条及び１４条は，生態系の多様性を確保するという利益を含む法的利益を対象とした環境権を有することを確認しているものというべきである。
次に，平成５年に締約され，また，発効した生物の多様性に関する条約は，生物の多様性の保全及びその構成要素の持続可能な利用の実現を重要な目的としている（１条参照）。また，同条約６条(ｂ)は，締約国に対し，生物の多様性の保全及び持続可能な利用について，可能な限り，かつ，適当な場合には，関連のある部門別の又は部門にまたがる計画及び政策にこれを組み入れることを求めている。さらに，同条約８条は，締約国に対し，生態系及び自然の生息地の保護並びに存続可能な種の個体群の自然の生息環境における維持を促進すること及び保護地域における保護を補強するため，保護地域に隣接する地域における開発が環境上適正かつ持続可能なものとなることを促進することを求めている。加えて，同条約１０条は，締約国に対し，生物資源の保全及び持続可能な利用についての考慮を自国の意思決定に組み入れることを求めている。被告は，これらの規定により，飛行場設置のような開発行為において，生態系の多様性の確保を可能な限り考慮しなければならないのである。
また，平成５年に施行された絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律は，野生動植物が，生態系の重要な構成要素であるだけでなく，自然環境の重要な一部として人類の豊かな生活に欠かすことのできないものであることに鑑み，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存を図ることにより良好な自然環境を保全し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に寄与することを目的としている(１条参照)。すなわち，絶滅のおそれのある野生動植物の保存により，生態系の多様性の確保を図っているのである。
そして，環境基本法２０条を受けて，評価法が制定され，評価法３３条以下により，対象事業に係る免許，許可等を行う者は，当該免許，許可等の可否の判断に際し，環境配慮審査をしなければならないものとし，その審査の結果を免許，許可等に反映させるものとしている。この審査においては，環境基本法の規定に鑑み，生態系の多様性を確保するという利益への適正な配慮がされているかも吟味されることになる。さらに，環境庁（現在の環境省）は，平成７年，生物多様性国家戦略を策定し，平成１４年にその改定を行っている。そして，改定された新・生物多様性国家戦略は，「人間生存の基盤である環境は，生物の多様性と自然の物質循環を基礎とする生態系が健全に維持されることにより成り立つ」，「生物多様性を尊重することは，適正な土地利用を行うことを通じて，トータルで長期的な安全性，効率性を保証する」，「生物多様性は，社会，経済，科学，教育，芸術，レクリエーションなど様々な観点から人間にとって有用な価値を持つ」，「生物多様性は人間生活を豊穣なものとし豊かな文化を形成するための根源となる」などと述べ，生物多様性の多元的な価値を説いている。
これらの環境基本法，生物の多様性に関する条約，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律，評価法及び新・生物多様性国家戦略との整合性という観点から，航空法３９条１項２号の「他人の利益」には，原告らの環境的利益，特に，コキクガシラ及びアオサンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益が当然に含まれるというべきである。
(2)この点につき，被告は，航空法の規定などに照らし，「他人の利益」には，私人の財産権は入るが原告らの環境的利益は入らないと主張している。しかし，次の理由によりこの主張は失当である。


まず，航空法は，航空機の航行の安全及び航空機の航行に起因する障害の防止を図るための方法を定め，並びに航空機を運航して営む事業の適正かつ合理的な運営を確保して輸送の安全を確保するとともにその利用者の利便の増進を図ることにより，航空の発達を図り，もって公共の福祉を増進することを目的としている（１条）。この「航空機の航行に起因する障害の防止」には，上記のように環境基本法，生物の多様性に関する条約，新・生物多様性国家戦略等が定められ，環境的利益が重視されるようになった現在では，「生態系の多様性を確保するという環境的利益が侵害されることを防止すること」も当然含まれるものと解される。次に，航空法３８条２項及び航空法施行規則７６条１項によれば，飛行場の位置，構造等の設置の計画，管理の計画等を飛行場設置許可申請書に記載することが義務付けられ，さらに，同規則７６条２項によれば，飛行場の工事設計図書等を申請書に添付することが求められている。これらの事項は，飛行場の設置予定地及びその周辺にどのような環境的影響が生じ，もって，原告らの環境的利益がどの程度影響を受けるかを判断するために必要な事項である。したがって，これらの規定は，環境的利益を考慮することを義務付けているのである。なお，同様の議論は，飛行場の設置許可申請があった場合の告示・掲示事項(航空法３８条３項，航空法施行規則７８条１項)にも妥当する。
さらに，航空法３９条２項においては，飛行場を利用する者も公聴会において意見を述べることができるとされている。原告らは，いずれも石垣島とのつながりを有するから，飛行場を利用する者に十分該当し得る。そして，環境基本法，評価法等が整備され，環境に対する関心が高まった現在において，当該飛行場が環境的利益を侵害していないかについて飛行場を利用する者が関心を抱き，意見を述べることは至極当然のことである。したがって，同項を根拠に航空法が環境的利益を考慮していないと解することは妥当でない。
加えて，航空法４３条は，飛行場について特に重要な変更を加える場合に，環境的利益についての判断を慎重に行うという意味で処分行政庁の許可を再度受けなければならないとする一方，飛行場の範囲，進入表面，移転表面又は水平表面に変更を生じない場合には，飛行場による環境的利益への影響の変化が類型的に小さいので，飛行場の設置許可申請があった場合の告示・掲示事項や公聴会についての規定を準用しなかったと解することは十分可能である。したがって，同条を根拠に，航空法が環境的利益を考慮していないと解することも妥当でない。
以上より，航空法３９条１項２号にいう「他人の利益」は，原告らの環境的利益，特にコキクガシラ，アオサンゴなどの野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益を含むものというべきである。
(3)飛行場の設置が他人の利益を著しく害するか否かの判断に当たっては，設置される飛行場の公共性の有無の程度，その侵害に対する補償措置等の内容を比較考量して行うべきものである（静岡地裁平成１２年１２月２２日判決・訟務月報４８巻９号２１６７頁）。そして，前述のように，環境的利益，特に生物多様性を確保することによる利益が重視されていることからすれば，この比較考量に当たっては，環境的利益への侵害も十分考慮すべきである。
環境的利益，特に生物多様性を確保することによる利益は，一度失われると二度と回復できないものである。そのため，諸外国では広く環境的利益への影響を考慮する際に予防原則（環境保全についての政策の決定に当たり，具体的な環境への影響が発生しておらず，その原因と思われる行為との因果関係を科学的に証明できない場合でも，予防的に規制していくという原則）が採用されている。我が国においても，平成４年に採択した生物多様性条約が「生物の多様性の著しい減少または喪失のおそれがある場合には，科学的な確実性が十分にないことをもって，そのようなおそれを回避しまたは最小にするための措置をとることを延期する理由とすべきでないことに留意」（前文）することを日本政府に求めていることや，平成１２年の第２次環境基本計画及び平成１８年の第３次環境基本計画において予防的な方策を講じることが決定されたことを踏まえ，予防原則が採用されるに至っている。
したがって，処分行政庁による飛行場の設置が他人の利益を著しく害するか否かの判断についての裁量は，環境的利益による予防原則による制約を受けるものと解するべきである。
既にα３におけるアオサンゴ生態系は危機的状況にあるところ，本件空港の建設による大量の赤土の流出や供用後の地下水脈の変更等により，アオサンゴ生態系が破壊され，アオサンゴの生息が不可能になる。また，本件空港の建設ないし供用によるごう音，振動等により，本件空港建設予定地付近に生息しているコキクガシラなどのコウモリ類の生存が不可能になり，種としての絶滅がもたらされる。そして，このようなアオサンゴ，コキクガシラなどの死滅は，原告らの生態系の多様性の維持による環境的利益を大きく侵害するものである。
そうすると，本件空港に公共性が認められることや処分行政庁に一定程度の裁量があることを考慮しても，原告らの受ける回復不可能な環境的利益の侵害に鑑みれば，本件空港の設置は，他人の利益を「著しく害する」ものであるというべきである。
５争点(2)エ（５号要件充足の有無）について
（被告）
(1)航空法３９条１項５号は，「飛行場にあっては，申請者が，その敷地について所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得することができると認められること。」と規定している。この規定は，飛行場設置事業の確実性に関するものであるところ，同号所定の「確実に取得することができる」とは，取得しようとすれば，取得が確実に実現することになるという見込みが存在することをいう。そして，取得の実現性については，取得のための法的手段（契約，収用等）の有無及び法的手段による目的達成の能否が考慮される。このような判断は，将来の予測に係る事項を含んでおり，その性質上，政策的又は専門的技術的判断を伴うものであるから，その要件適合性については，性質上，処分行政庁の裁量が認められると解すべきである。
したがって，処分行政庁のした判断が裁量権を逸脱・濫用した場合に限り，違法となると解すべきであり（行政事件訴訟法３０条），これを争う原告らにおいて，裁量権の逸脱・濫用があったことを基礎付ける事実を主張立証すべきである。
(2)処分行政庁は，取得しようとすれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することについて，具体的には，①飛行場用地の大半について，現に所有権を有する者から売り渡し等の同意を得ていること，②未同意用地については，申請者による交渉の継続等により確実に取得することができるという見込みが存在すること等の事情を総合勘案して判断することとしている。


そして，処分行政庁は，本件空港の建設予定地のうち，敷地面積の９９．６％についてはその地権者から用地取得の同意が得られていたこと（乙３のⅡ－２頁），同意が得られていない用地のうち，０．３％は所在不明者２名が所有し，残り０．１％は空港建設に反対する６５４名が共有している状況であること，同意の得られていない地権者については，県が今後ともねばり強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等により，県の責任において当該土地を取得する旨を確約していること（乙１１），仮に同意が得られなかった場合でも，空港建設事業の公共性に基づき，土地収用法の適用が可能であること等の諸事情を総合勘案し，申請者である県が，本件空港の敷地について，使用権原を取得することが確実であると判断した。
以上の点を踏まえ，処分行政庁は，本件申請は航空法３９条１項５号の要件に適合するものと認めたものであり，その判断に裁量権の逸脱又は濫用がないことは明らかである。
(3)原告らは，本件空港の計画区域内の土地の所有者である原告らの多数が，その土地を本件空港の建設用地に提供しない旨の強硬かつ明白な意思を内容証明郵便で表示していたにもかかわらず，処分行政庁は，これを看過して本件許可処分を行ったものであるとして，航空法３９条１項５号に違反する旨主張している。
しかしながら，同号の要件該当性の判断については，その性質上，処分行政庁の裁量が認められ，処分行政庁のした判断がその裁量権を逸脱又は濫用した場合に限り，違法となると解すべきであるところ，その裁量権の逸脱又は濫用が認められないことは既に主張したとおりであって，原告らのこの主張には理由がない。
（原告ら）
(1)航空法３９条１項５号にいう用地取得の確実性は，取得しようとすれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することを意味するところ，航空法施行規則７６条２項２号の２において，空港設置許可書に所有者等の同意書の添付が求められていることからすれば，この用地取得の確実性は申請時までに証明されなければならない。そして，航空法は，土地収用法の制定後に制定された法律であるから，立法者は，土地収用法が存在することを前提に，あえて５号要件につき（所有権その他の使用権原を）確実に取得することができると認められることと規定したことに鑑みれば，航空法３９条１項５号の趣旨は，飛行場の設置においては，土地収用法の手続によらず，任意買収等の交渉により確実に土地の所有権その他の使用権原を取得できることが認められなければならないことにあると解すべきである。
また，いわゆる成田空港問題に関する平成３年５月以降の運輸省の対応方針等に鑑みても，用地取得の確実性があるといえるためには，原則として，土地収用法による手続ではない任意取得の方法により，取得しようとすれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することが申請時までに証明されなければならないものというべきである。そして，この例外が認められるとすれば，①海面埋め立てが主で陸上の地権者が元来少数である空港で右地権者らが条件闘争に転じて交渉のテーブルに着いている場合，②事実上の同意を得ているものの，相続手続未了のためいまだ正式の地権者といえないために形式上は未同意地権者とせざるを得ない者が少数存在する場合，及び③同意を得たくとも居所不明で同意の取り付けようがない未同意地権者が１人，２人存在する場合のいずれかに該当するか，これらと同視できる特段の事情がある場合に限られるものというべきである（静岡空港建設反対運動をしていた団体の質問に対する平成６年１０月２４日の運輸省航空局飛行場部計画課長の回答参照）。しかるに，本件空港の建設予定地に関しては，本件許可処分の時点で，相続人の不存在及び不在といった理由で未同意地権者が２名存在したのみならず，本件空港建設予定地内にある１５５６㎡の土地を６５４名の地主が共有しており，そのほぼ全員が未同意地権者となっていた。その上，これら未同意地権者のうち，少なくとも約３００名が，平成１７年８月から１２月頃にかけて，処分行政庁に対し，「新石垣空港建設用地の不提供に関する通知」と題する内容証明郵便により，自ら所有する土地を本件空港建設用地に提供しない旨の意思を表示し，その意思表示は，同年８月から１２月にかけて処分行政庁に到達している。本件では，土地収用法による手続ではない任意取得の方法により，取得しようとすれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することが申請時までに証明されたとは到底認められず，かつ，証明が不要となる例外的事情があるとも認められないから，５号要件は充足されていない。
(2)本件における任意取得の状況，任意取得に応じない者の数，その意思と強固さの程度は上述のとおりである。また，自らの環境的利益，特にコキクガシラ，アオサンゴなどの野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益を守るという任意取得に応じない者の反対理由は合理的である。他方，現在の予定地に本件空港を建設する必要性は，代替案の検討もされていない以上，十分に示されたとはいえない。また，県の一連の対応と具体的対策は，本件空港設置の申請に至る経緯に照らせばずさんである。
したがって，本件許可処分は，処分行政庁の有する裁量を著しく逸脱しており，航空法３９条１項５号に違反した違法なものである。(3)仮に，５号要件にいう用地取得の確実性の判断において土地収用法による取得を考慮するとしても，本件の場合，次のとおり，土地収用法２０条３号及び４号を満たしていないから，５号要件は充足していない。アまず，土地収用法２０条３号は，土地収用のための事業認定を受けるための要件として，「事業計画が土地の適正且つ合理的な利用に寄与するものであること」を挙げている。この要件は，当該土地が当該事業の用に供されることによって得られる公共の利益と，その土地が事業の用に供されることによって失われる公共的又は私的利益とを比較考量し，前者が後者に優越すると認められる場合に満たされるものと解される（東京高裁昭和４８年７月１３日判決（日光太郎杉事件控訴審判決）・行裁集２４巻６・７号５３３頁参照）。


事業認定は，当該事業に必要な土地に着目して行われる処分であり，まず当該土地が当該事業にとって適正なものであることを要する（適地性）。しかるに，本件では，滑走路が陥没ないし崩壊するおそれがあり，滑走路付近において強い乱気流が発生するおそれがあり，かつ滑走路が津波で水没するおそれがあるため，滑走路が構造上十分な強度を有していないから，本件空港建設予定地は，空港としての適地性を欠いている。また，県は，新空港の利用客数の予想を平成３３年には現在よりも４０％以上も多い２６０万人と予想し，貨物の取扱量も同年には現在よりも２５％も多い１万３７００ｔと予想しており，本件許可処分はこれらの予想を前提としている。しかし，近隣にα１７空港，宮古空港といった２０００ｍ級の飛行場が多く存在していること，石垣島の観光資源はさんご礁などの自然環境であるところ，近年の急速なリゾート開発により，近い将来石垣島の自然環境が破壊され，観光資源が失われるおそれが大きいことなどからすれば，県の上記需要予想は明らかに過大である。これに対し，自然環境は一旦破壊されれば再生は不可能である。すなわち，原告らの環境的利益，特にコキクガシラ，アオサンゴなどの野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益は，失われてしまうと回復不可能である。また，平成１９年８月１日よりα３が海中公園に指定された趣旨から考えても，その環境は現状のまま保護・保全が図られるべきことは当然である。
以上からすれば，本件における比較考量において，本件空港建設予定地が事業の用に供されることによって得られるべき公共の利益は，その土地が事業の用に供されることによって失われる環境的利益に優越するとは到底認められず，本件は，土地収用法２０条３号の要件を満たさない。
イ次に，土地収用法２０条４号は，土地収用のための事業認定を受けるための要件として，「土地を収用し，又は使用する公益上の必要があるものであること」を挙げている。この要件は，当該事業に当該土地を強制的に収用する程の公益的必要性が認められるか否かによって判断される。
成田空港についてでさえ，地主らの激しい反対運動を前に，一旦申し立てた千葉県収用委員会への収用裁決申請が取り下げられた歴史的経緯からすれば，成田空港のような第１種空港とは公益的必要性において比すべきもののない第３種空港である本件空港のために，強固な反対意思を示している第１原告らを含めた地権者に対して土地収用制度を利用するほどの公益的必要性があるとは到底認められない。したがって，本件は，土地収用法２０条４号の要件も満たさない。
そうすると，土地収用法２０条３号及び４号の要件を満たさない以上，仮に航空法３９条１項５号にいう用地取得の確実性の判断において土地収用法による取得を考慮するとしても，本件は，５号要件を満たしていない。それにもかかわらずされた本件許可処分が処分行政庁の裁量権の範囲を逸脱しており違法であることは既に述べたとおりである。６争点(3)（評価法３３条１項の審査との関係での本件許可処分の適法性）に
ついて
（原告ら）
(1)評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方についてア評価法３３条１項の審査に基づく許認可等処分が違法になる場合評価法３３条２項の許認可等処分は，裁量権の範囲の逸脱又は濫用がある場合を除いて司法審査が及ばないという意味での裁量処分（行政事件訴訟法３０条参照）には当たらない。許認可等処分は，次のような場合には，評価法３３条違反となる。
(ア)環境配慮という絶対的考慮要素を欠いた場合評価法制定の経緯からすれば，環境配慮という要素の相対化が認められるのは，環境保全上全く支障のない場合又はせいぜい環境保全上極めて軽微な支障が生ずる可能性を完全には否定し切れないというレベル未満の支障が生ずるにすぎない場合に限られるというべきであり，このレベルを超えて環境保全上の支障が生ずる可能性が少しでもあるような場合には，環境配慮がされているとは到底いえず，絶対的な考慮要素を欠く場合に該当し，他の要素いかんにかかわらず，直ちに許認可等処分を行わない措置をとらなければならないというべきである。この点，事業者としては，許認可等処分までの一連の環境影響評価手続において多様な環境情報に接し，さらに，許認可権者等から直接意見を得て，環境保全についての適正な配慮を十分に行う機会が与えられていたのであるから，上記のように解釈しても，事業の決定・実施にとって何ら過大な制約を与えるものではない。
このように，環境保全上の支障を極めて軽微な支障が生ずる可能性を完全には否定し切れないというレベル未満にまで抑えられるだけの環境配慮がされていることは，絶対的な考慮要素として他の考慮要素との相対的な比較衡量が許されない。よって，これを欠く場合には他の要素いかんにかかわらず行政裁量は一切認められず，これを欠くにもかかわらず許認可等処分がされた場合には，当該処分は常に違法となる。
(イ)判断過程において考慮すべきでない事項を考慮し，考慮すべき事項を考慮せず，又は考慮要素の認識や評価を誤って許認可等処分をした
場合
許認可等権者が許認可等処分をするに至る過程において，考慮すべきでない事項を考慮し，考慮すべき事項を考慮せず，又は考慮要素の認識や評価を誤った場合には，当該判断は結果いかんにかかわらず違法となるのであるが（前掲東京高判昭和４８年７月１３日判決参照），この判断は，評価法３３条の審査の意義・性質により，特に科学的かつ客観的にされる必要がある。
環境影響評価制度における審査のプロセスは，準備書等の環境情報について十分なデータ，分析等が記載されているかどうか，環境保全についての適切な配慮がなされるものであるかどうかについて科学的かつ客観的な検討を加え，その妥当性を判断するプロセスであるから，評価法３３条の審査においては，許認可等権者は評価書に記載された情報を科学的かつ客観的な見地から取捨選択・評価し，環境保全への適正な配慮がされているか否かを審査しなければならないのである。したがって，評価法３３条の審査が，考慮すべきでない事項を考慮し，考慮すべき事項を考慮せず，又は考慮要素の認識や評価を誤った場合に該当するか否かを判断するに当たっては，情報の取捨選択や情報の評価が科学的かつ客観的な観点からされているか，科学的根拠に基づかない予測，許認可等権者の主観等及び事業者の判断等に影響を受けていないかという点から検討する必要がある。


(ウ)恣意的な環境影響評価手続に対し抑止効果を欠いた処分がされた場合環境影響評価手続は一次的には事業者によるセルフコントロールとしてされるわけであるが，評価法は，環境影響評価手続を事業者によるセルフコントロールに掛からせることにより，同手続が恣意に流れる危険があることを承知した上で，そうした事態を予防するための措置として，制裁措置を設けるのではなく，横断条項を置くことによる抑止効果で対応しようとしている。立法者自身，評価法は，許認可等権者によるチェックがなおざりになってしまうと環境影響評価手続の実効性を担保できず，骨抜きになってしまう可能性がある構造になっていることを承知していた。よって，横断条項は正に評価法の核となる条項であって，許認可等権者による審査は事業者に骨抜きの環境影響評価手続を行わせることのないよう厳しいものとならねばならないのである。評価法の存在意義は正にそこに掛かってくるのである。したがって，評価法３３条の審査は，たとえ当該事業により現実に環境保全上の問題が生じることはないと判断される場合や，当該事業が適切な環境保全措置を行っていると判断される場合であっても，環境影響評価手続が事業者の恣意的判断に基づいて行われた疑いがあれば，許認可等処分をしてはならないし，また，事後的に環境影響評価手続が事業者によって恣意的に行われた疑いが生じた場合には，現実に環境保全上の支障が生じたか否かにかかわらず，許認可等処分は取り消されなければならない。それが評価法の趣旨である。このような運用が定着して初めて，事業者に対する抑止効果が生じ，セルフコントロールを基本とする環境影響評価手続が事業者の恣意に流れることを予防でき，評価法の規定する環境影響評価手続が実効性あるものとなる。
このように，環境影響評価手続に恣意が含まれているおそれがあるにもかかわらず許認可等処分がされた場合には，その判断は違法となる。
(エ)第三者的視点による補完機能を欠く処分がされた場合評価法は，３３条に基づき許認可等が拒否されるという抑止効果によって，セルフコントロールを基本とする環境影響評価手続の適正を保とうとしている。しかし，評価法３３条の審査を行う主体は，当該事業の許認可等権者である。いうまでもなく，許認可等権者は，当該事業の主務官庁の長等であるから，当該事業に強い利害関係を有するものである。事業者が環境影響評価手続を行い，当該事業の許認可等権者がこれを審査するというのでは，結局，事業の内容のみから許認可等を判断するという既存の枠組みを脱することができず，環境保全の観点からの公正な審査は期待できない。そうなると，評価法３３条の審査による抑止効果も期待できないことになるから，結局，評価法は骨抜きになってしまう。
そこで，評価法３３条の審査は許認可等権者以外の第三者が行うべきではないかという問題意識が当然生じるが，立法者は，同条の審査が許認可等権者によりされるのみでは不十分であることを承知の上で，これを環境保全措置に精通した環境大臣（評価法制定時には環境庁長官）の意見により補うことを予定している。このように，２３条意見は，評価法の核を成す評価法３３条の審査に致命的に欠けている第三者的視点を補完するという決定的に重要な役割を果たすものである。そして，２３条意見は，環境の保全に関する行政を総合的に推進することを任務とし，関係行政機関の環境保全に関する事務を総合調整する環境大臣の意見であって，許認可等権者が意見を述べるに当たって相当の重みを持って受けとめられることが予定されているから，許認可等権者が評価法３３条の審査を行う際には，２３条意見に沿った審査がされなければならない。
したがって，合理的理由なくして２３条意見に沿わない審査がされ，許認可等処分がされた場合には，その判断は違法になるといわなければならない。
(オ)事後のフォローアップ機能を欠く処分がされた場合評価法３８条１項は「事業者は，評価書に記載されているところにより，環境の保全についての適正な配慮をして当該対象事業を実施するようにしなければならない。」と規定している。この規定は，事業を実施しようとする者が，実施に取り掛かる際の心構えを規定するものであるが，この心構えをもって事業実施に取り掛からなかった証左とみなされる程度に事業の着手後に事業内容を大幅に変更するような場合にはこの規定に対する違反が問われることとなり，もって事業開始後に環境保全措置が適切に講じられるようフォローアップを図っている。
しかし，評価書の記載は事業者自身によりされるものであるから，事業者が「評価書に記載されているところにより」フォローアップを行うというのでは，結局事業者による自作自演に終始し，事業者の恣意を規制することができない。そのため，評価法３３条２項は「当該免許等に必要な条件を付することができる」と規定し，許認可等処分をする場合であっても，条件を付して事業者を拘束することによってフォローアップを図っているのである。
以上のとおり，評価法３３条は，評価法３８条と併せて事業開始後に適切な環境保全措置が実施されることを担保するという機能があり，この機能に信頼を寄せているからこそ，フォローアップの不履行に対する指導，勧告，罰則等はあえて規定されていないのであるから，付すべき条件を付すことなく許認可等処分をするという判断がされた場合には，その判断は違法となる。
(カ)評価書の記載事項の判断過程に誤りがある場合に（たとえ記載内容に誤りがなくても）これを是正せずに許認可等処分がされた場合評価法３３条１項は，許認可等権者は「評価書の記載・・・に基づいて」環境配慮がされるものであるかどうかを「審査しなければならない」と明確に規定しており，評価書に基づく審査を行うことを許認可等権者に対して明文で義務付けている。そして，同項が評価書に基づいて審査を行うことを要求したのは，環境影響評価の手続の最終成果物たる評価書の内容を免許等に反映させることが必要であるからであるから，同条の「評価書」とは，評価法にのっとり作成された最終成果物であって，必要となる環境情報の全てを的確にカバーしているものを指す。
したがって，最終成果物である評価書が，必要となる環境情報の全てを的確にカバーできていないおそれがある場合には，そのような評価書は評価法３３条の「評価書」とはいえないのであるから，そのような評価書に基づいて審査がされた場合には評価法３３条の「審査」がされたとはいえない。
評価書の作成過程に過誤等がある場合，許認可等権者がどのような判断をしようとも，その判断は裁量権を逸脱した違法なものとなるのであり，ここにいう過誤等として，結論に全く影響を与え得ないような軽微な過誤等は除外するにしても，「看過し難い過誤」に限定する理由はない。
(キ)評価書の記載内容に誤りがあるのにこれを是正せずに許認可等処分
がされた場合


許認可等権者は，評価書の記載に基づいて環境配慮審査をするのであるから，評価書の内容に事実と異なる記載がある場合には，許認可等権者の判断には事実誤認があることになる。そして，事実誤認が裁量の逸脱，濫用に該当することは確立した判例法理であるから，評価書の内容に誤りがある場合には，たとえ環境影響評価手続が適正にされていようとも，また，現実に環境保全上の支障が生じたか否かにかかわらず，そのような評価書に基づいてされた許認可等処分は事実誤認に基づくものとして裁量を逸脱し，違法となる。
(ク)環境影響評価の手続違反を看過して処分がされた場合評価法３３条の審査においては，環境影響評価の過程及び手続の瑕疵も審査の対象となり，これを看過してされた許認可等処分は違法となる（甲１６４の１参照）。同条の明文では手続的瑕疵に触れていないが，手続的瑕疵の存在は補正後の評価書（以下「確定評価書」という。）の記載から認識できるので，確定評価書が審査の対象となっていれば手続的瑕疵の審査に支障はない。
例えば，評価法はベスト追求型かつ住民の参加権を確保した環境影響評価制度を規定しているので，事業者には評価に関連する具体的な根拠を説明することが求められるため，この説明がされていないにもかかわらずされた許認可等処分は，違法性の承継ないし手続違反の看過として違法となる。また，立地に関して複数案の検討が行われてきた経緯がある場合に環境影響評価において立地の代替案の比較検討が行われなかったにもかかわらずこれを是正することなくされた処分も，違法となる。
(ケ)合理的理由を示すことなく２４条意見に対応しなかった場合事業者は，２４条意見に対応して評価書を補正しなければならないことが原則であり，２４条意見に対応しないことが許容されるのは，２４条意見に従わない方がより環境保全に資すると事業者が合理的理由を示して判断した場合に限られる。よって，合理的理由を示すことなく２４条意見に対応しなかった場合には，環境影響の大きさその他の事項を考えるまでもなく，許認可等処分は直ちに違法になる。(コ)なお，手続違反は当該手続が設けられた趣旨が没却される点や行政処分の内容に影響を与え得る点を考慮して取消事由とされるのであって，行政処分の主体が手続違反を犯した点に対する制裁的意味合いを持つものではない。よって，手続違反を犯した主体が何者であるかにかかわらず，評価法３３条１項の審査を経てされる行政処分の内容に影響を与え得るような手続違反がある場合はもちろん，行政処分の内容に影響を与えないような手続違反であっても当該手続違反が当該手続の趣旨に反する重大なものである場合には，当該手続違反を根拠として行政処分が取り消されなければならない。手続違反を犯したのが県で，行政処分をしたのが処分行政庁であるという点は一切関係ない。また，取消訴訟に処分性が要求される趣旨は，処分性を訴訟要件とすることで濫訴を回避するという点にあり，決して処分性のない行政行為については違法を容認するという趣旨ではない。そして，行政処分は突如としてされるわけではなく，処分性のない多くの行政行為の積み重ねの末にされるものである。そうとすれば，行政処分の前に存在した行政行為の違法は後に控える行政処分に対する取消訴訟によって是正するというのが処分性によって取消訴訟の対象を絞った行政事件訴訟法の趣旨であると考えられる。そして，評価法もこれと整合的に解釈すべきであるから，評価書作成過程における手続違反はそれ自体の有効性を訴訟で争うことが困難である以上，後に控える許認可等処分に対する取消訴訟によって是正することを予定しているというべきである。よって，評価書ないし確定評価書作成過程における手続違反は，違法性を帯びた評価書ないし確定評価書に基づく評価法３３条１項の審査の結果された許認可等処分に対する取消訴訟によって是正することが評価法の考え方であるというべきである。
イ(ア)被告は，評価法３３条２項の審査が違法となるのは環境への配慮を全く怠ったといえるような例外的な場合に限られるというが，被告の主張する行政裁量の範囲は，評価法制定前の事案において妥当した行政裁量の範囲よりも更に広い行政裁量を説くものであって，評価法が制定された意義を無視するものである。
(イ)後述するように，事業者のセルフコントロールは事業者にベスト追求の責任と負担を負わせる趣旨であり，事業者の判断を尊重する趣旨ではない。評価法３３条の審査において，許認可等権者は，事業者の判断に対して「科学的かつ客観的」に検討を加えなければならないのであって，審査においてその基準を外れる事業者の判断を尊重する余地などはない。
また，評価法は，事業の経済的効果や社会的影響など環境影響以外の面も含めた「総合的な見地から」広く一般に周知して事業の可否に関わる総合的な判断をするための制度ではなく，あくまで環境影響に焦点を絞った評価を目的としており，許認可等処分をするに当たって，許認可等権者に対し，上記基準を逸脱した情報の取捨選択ないし情報の評価を禁じている。許認可等権者の審査は，環境保全の見地のみならず他の要素も含めた総合的な見地からされるとしても，環境保全上軽微でない支障が生ずる可能性がある場合には絶対的に許認可等処分をしてはならないし，そうでない場合であってもまた，不合理な比較衡量がされた結果許認可等処分がされれば，その処分は違法となる。なお，環境影響評価制度は，個々の事業に係る政府の意思決定そのものに一般の人々が参加するための制度ではなく，環境に配慮した合理的な意思決定のための情報の交流促進を目的としており，市民の意見表明の機会は，住民投票のように市民が直接意思決定を行う制度ではないものの，情報交流の促進を通じて市民の参加権を確保するという側面を有する（甲１６４の１参照）。
以上のことに鑑みれば，評価法３３条２項の審査が違法となるのは環境への配慮を全く怠ったといえるような例外的な場合に限られるとの被告の主張は理由がない。
(ウ)被告は，免許等の付与は，環境保全上の支障を防止する法益と免許等を付与することによる法益を比較衡量し，総合的に判断するものであるという。
しかし，評価法は，公共性の高低に関係なく平等に環境影響評価の実施及び横断条項の適用を規定しているのであるから，公共性が高い場合には環境影響評価が形骸化するような解釈が評価法の趣旨に反することは明らかである。横断条項の審査においては，環境保全上の支障が一定程度以上に抑えられているという絶対的考慮要素を満たした場合に初めて，免許等を付与することによる法益と比較衡量し，総合的に判断することが許されるのであって，環境保全上の支障が一定程度以上生ずる場合には，この法益がいかに大きくても，これと比較衡量をして免許等を付与することは許されない。評価法の「併せて判断する」という文言は，環境保全上の支障を一定程度以上に抑えるという絶対的考慮要素が満たされていることを前提として，それでもなお環境保全上の支障がゼロではない場合に，環境保全上の支障と免許等を付与することにより得られる法益を比較衡量し，総合判断により免許等を行わない処分をすることが可能であることを示すものである。(エ)被告は，環境影響評価制度が一義的には事業者の自主性に委ねられていることや，環境基本法の趣旨からしても環境への負荷の低減と社会の発展の両立を指向し，その比較衡量を行わなければならないことをも，比較衡量・総合判断の根拠として挙げている。


しかし，前者については，環境影響評価制度が事業者のセルフコントロールを基本としていることは，事業者の判断を尊重する趣旨ではなく，事業者にベスト追及の責任を負わせた趣旨である。つまり，事業者がベスト追求の責任を果たさず，事業者の判断では環境保全上の支障が十分に抑えられない場合には，むしろ積極的に許認可等処分を行わないことが望まれるのであって，事業者のセルフコントロールであることを環境保全上の支障が生じる場合であっても許認可等処分をすることができる根拠として挙げることは誤りである。また，環境基本法４条は，社会の発展を図るとは規定しておらず，持続的に発展できる社会を目指す旨を規定している。持続的に発展できる社会とは，環境に負荷を与えない社会のことであって，環境基本法の趣旨は，社会を発展させるとしても環境に負荷を与えないようにすべきであるというものであって，環境を保全するとしても社会の発展を阻害しないようにすべきであるという趣旨ではない。
(オ)被告は，環境影響評価制度が事業者のセルフコントロールを基本としており，評価法３３条は，セルフコントロールでは不十分な場合に備えて国が環境保全上の支障が生じないことを確保するための手段として定められたものであるとし，評価法３３条の審査においては，環境保全上の支障の有無のみが審査対象となり，手続的瑕疵は直接の審査対象とはならないという。
しかし，事業者のセルフコントロールは，事業者の判断を尊重するための制度ではなく，事業者にベスト追及の責任を負わせるための制度であるから，事業者のセルフコントロールを根拠に，国の審査の範囲を狭く解することは誤りである。むしろ，被告は，事業者がベスト追及型の環境環境影響評価を適切に行っているかどうかを積極的にチェックする必要がある。そして，評価法は，環境影響評価の結果が適切なものとなるよう所定の手続を要求しているのであるから，所定の手続が適切に行われなかった場合には，環境影響評価の結果が適切でないものとなるおそれが生じる。つまり，評価法所定の手続が実施されていない場合には，ベスト追求型の環境影響評価が適切にされたとはいい難い。
したがって，評価法が事業者のセルフコントロールを基本としていることは手続的瑕疵が評価法３３条の審査の対象から外れることの根拠とはなり得ないし，むしろ，事業者にベスト追求型の環境影響評価を適切に行わせるために，同条の審査は所定の手続が適切に行われたか否かも審査する場でなければならない。
(カ)また，被告は，事業者が行う環境影響評価はそれ自体行政処分ではなく，処分行政庁が行う許認可処分そのものの手続でもないから，行政処分になぞらえて評価法で定める手続違反が直ちに取消事由となることはないという。
しかし，事業者が行う環境影響評価が行政処分でないからこそ後に続く許認可等処分においてその違法性を争う余地を残す必要があるのであるし，環境影響評価が処分行政庁が行う許認可等処分そのものの手続でなくても，違法性承継の根拠は違反者に対する制裁ではなく，手続違反の事実それ自体にあるので，根拠法や手続主体が異なる手続であっても先行・後続関係にある一連の手続であれば先行行為（環境影響評価手続）の違法性を後続行為（許認可処分）が引き継ぐのである。
(キ)被告は，意見表明の機会は「環境保全の見地からの意見」を一定期間書面で述べることができるということ以上でも以下でもなく，評価法が市民の参加権の確保を趣旨としているということはできないという。
しかし，市民の意見表明が情報収集の手段であるということは，意見表明の一つの機能にすぎない。市民が述べる意見は，環境情報の提供を通して，環境影響が大きいから事業はやめてもらいたい，この環境情報に配慮した事業にしてもらいたいといった事業の賛否まで含み得るものである。市民からの環境情報の収集は，客観的な環境情報を収集するだけでなく，市民が主観的にその環境情報をどれだけ重視しているかという市民の意見を収集することでもある。そして，提供された市民意見に対する事業者の応答義務を定めたことによって，環境情報に対する市民の考え方や事業に対する市民の意見，及びそれらに対する事業者の対応が，評価書上で明らかにされることになる。その結果，評価書に基づいて行われる許認可手続においても，市民が当該環境情報をどれだけ重視しているか，市民が事業実施に対してどのような意見を持っているかという要素も考慮されることになる。よって，市民の意見表明は，単なる客観的な情報提供にとどまるものではなく，環境情報に対する市民の意見，事業の実施に対する市民の意見を許認可等に反映させるための制度であり，市民の参加権を確保する趣旨であると考えるべきである。
(ク)被告は，評価法が２４条意見における指摘に従ってそれに沿う措置を必ず講じるように求めているものではなく，事業者による検討の結果，その指摘に係る事項の修正を必要と考えないという判断を許容するものであるという。
しかし，評価法が事業者のセルフコントロールを基本とした趣旨は，①事業を行おうとする者が自らの責任と負担で事業の実施に伴う環境への影響について配慮することが適当であること，②事業者が事業計画を作成する段階で環境影響についての調査，予測，評価を一体として行うことにより，その結果を事業計画や環境保全対策の検討，施工・供用時の環境配慮等に反映できることの２点にある。つまり，評価法は，事業者に一定の基準をクリアさせることを要求し，かつ，それで足りるという制度は採用せず，事業者自身の負担と責任で最善の環境配慮を検討し，それを適切に事業に反映させる制度を採用したのである。すなわち，評価法は，事業者のセルフコントロールを基本とすることによって，基準クリア型ではなくベスト追求型の環境影響評価を要求しているということである（甲１６４の１参照）。事業者のセルフコントロールは，事業者にベスト追求型の環境影響評価を要求するための制度であって，事業者に環境配慮を行うか否か，及び行う場合にどのように行うか等に関する裁量を付与したり，事業者の判断を尊重したりするための制度ではない。よって，事業者のセルフコントロールであることが，事業者が大臣意見に従わなくてもよいことの理由になるかのような被告の主張は誤りである。(ケ)被告は，事業者には２４条意見に従わない自由があるかのように主張する。
しかし，事業者の自主的判断に委ねられているといっても，事業者の自主的判断がベスト追求に沿わないものであれば，許認可等を行わない処分や許認可等に条件を付すことで是正されなければならない。事業者にベスト追求の責任が課せられている以上，事業者が２４条意見に従わないことが許容されるのは，事業者が２４条意見に従わない方がベスト追求型の環境影響評価に資すると判断した場合のみと考えるべきである。
(2)環境影響評価手続違反を理由とする本件許可処分の違法性について
ア方法書段階での手続違反があること


本来，方法書（スコーピング）は，事業特性や地域特性を考慮しながら環境影響評価の項目及び手法の案を記載して住民等からの意見を聴取するためのものである。そして，事業者は，それらの意見を踏まえて具体的な環境影響評価の項目及び手法を決定し，その後に調査に入るなど環境影響評価の手続を進めていき，住民等の意見を反映して計画の見直しを図るという重要な意義を有する。スコーピングが不備であると，環境影響評価により調査予測すべき項目が欠けている場合やその項目が適切に選定されていないような場合が必然的に起こる。これらの場合には，それに不可欠な項目等についての十分な調査等がされない限り適法な評価書とはいえないことになる。そして，その瑕疵を看過してされた事業許可は違法となってしまう。このように，スコーピングの不備が必然的に違法状態を生起する以上，その不備自体が違法と評価されるべきである。
このように，方法書の手続の目的は，地域や事業の特性に応じて創意工夫のされた環境影響評価を可能にすること，及び事業の内容をより柔軟に変更できる計画の早期段階において，地方公共団体や住民，専門家等の意見を聴取することで，より良い環境配慮を事業計画に効果的・効率的に組み込むことを可能にすることにある。この目的を達成するために，事業者は，方法書の公告縦覧をし，現実に事業計画地付近で生活をしている住民や事業計画地に関心を有する住民から，例えば事業計画地及びその周辺に存在する貴重な動植物の生息地，湧き水や景勝地等の保護すべきポイントの情報を収集し，方法書手続時点の事業計画（案）をこれらの情報に配慮して変更していくという作業を行うことになる。そうすると，方法書の手続が意味を持つためには，最低限，①方法書が公告縦覧に供される時点において，住民に対して計画の概要が明らかにされていること，②特に，環境に対して与える影響が大きいと思われる設備等についてはその有無・内容・設置場所等が明らかにされていること，③公告縦覧により住民から入手した情報に基づいて評価法１２条の調査が行われることが必要である。①②が満たされなければ住民が情報を提供することができないし，③が満たされなければたとえ有力な情報を入手できてもそれが環境影響評価に反映されず，無意味だからである。
ところが，本件方法書の公告縦覧が行われたのは基本計画未発表の時点であったから，住民は，本件事業がどの場所に，自然環境のどの要素に，どの程度の影響を与えるかを判断する材料を与えられていなかった。そのため，どれほど有力な環境情報を保有している住民であっても，同事業に当該環境情報が関連性を持つのか否か，持つとしてもその程度はいかほどのものかを判断することができず，その結果，およそ環境情報を収集することが期待できない公告縦覧手続となってしまった（前記①の点の欠如）。この点，被告は，方法書の縦覧（作成）に先立って，本件空港基本計画案が確定していなければならないわけではないと主張するが，「確定」かどうかは別として，方法書が，事業特性や地域特性を考慮しながら環境影響評価の項目及び手法の案について住民等が意見を述べるための手続である以上，住民等が相当の意見形成をすることができる程度に具体性のある事業情報が公告縦覧されていることが評価法の趣旨と解される。
また，本件方法書には本件空港建設によって設置される航空障害灯や進入灯の記載がなく，県は，その公告公衆縦覧後に開かれたＰ２３委員会で初めてその設置を明らかにした。このことは非常に大きな問題である。なぜなら，それらの設置工事及び完成後の設備が夜間に発する光が野生生物の生態に大きな影響を与える可能性があり，それゆえ環境影響評価における重要な評価項目の一つとされているところ，障害灯や進入灯の設置位置，設置向き及び構造等が不明であれば，地形等の背景的要因による複合的影響も含めどの場所に生息するどのような種にどの程度の影響を与えるおそれがあるか，また影響を最小化する方法は何かについて大まかな予測を行うことはおろか，どのような情報を出せばよいかも判断する余地がないからである（前記②の点の欠如）。被告は，方法書の段階では航空障害灯の位置・形状等が決定されていなかったため，本件主務省令２条１項５号に照らし，その記載は必要はなかったと主張しているが，少なくとも本件空港建設予定地が決定されており，そこに航空障害灯を設置すべき高地になっている部分が存在することは明らかであり，そのため進入灯を設置する必要があることは空港を設置しようとする事業者にとっては常識というべき事柄であって，位置や形状が決まっていなかったから，記載がなくても問題ないという弁解は子どもだましにすぎない。むしろ，県の担当者は，本件方法書を準備する段階でこれらを設置すべき場所やその形状が分かっていたはずであるが，航空障害灯の設置が想定される場所は，近くに，絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律により国内希少野生動植物種に指定されている特別天然記念物で絶滅危惧１Ａ類のカンムリワシの営巣木が確認されているなど貴重な野生生物の宝庫であることが発覚することをおそれて意図的に航空障害灯の位置・形状等の決定時期を遅らせたことが合理的に推認できる。
以上のような状況で行われた公告縦覧手続では，住民から有力な環境情報を収集できないことは当然である。県のやり方からは，方法書の公告縦覧手続により地域住民から有力な環境情報を提供してもらい事業に役立てようという意識が微塵も感じられない。
その上，県の作成した本件方法書は，これから実施する環境影響評価の方法をどうするかという点が主体のものではなく，大半は既に実施された調査の結果をまとめたものであった。県は，実質上，本件方法書の縦覧前に住民等の意見を聴取することもなく評価法１２条の調査に着手し，ほとんどの調査を終えていた（被告は，県が方法書の縦覧前に行った調査は，評価法に基づく調査に先立って，本件主務省令５条１項２号に掲げる「地域特性」を把握する必要があったために，任意に行ったものであるというが，調査の大部分が本件方法書の公告縦覧前に行われたという事実に変わりはないから，方法書手続違反の存在という観点からはこのような反論は無意味である。）。県は，上記のような無意味な公告縦覧手続でさえ，同条の調査の後に行ったのであり，本来であれば方法書に基づいてこの調査は行われなければならないのであるから，このような順序の逆転は方法書の存在意義を無に帰し，環境影響評価制度を骨抜きにして，事業を既成事実化するものである。
以上のとおり，本件方法書の手続は，方法書手続の意義を完全に没却するものであることは明らかである。方法書の手続は，環境影響評価手続における調査対象事項を過不足ないものにするために評価法により採用されたものであり，調査対象の決定は環境影響評価手続全体の範囲を決定付ける。方法書の手続に不備があると，その後どれほど慎重な手続が行われたとしても重要な点を見落としていたということになりかねず，環境影響評価手続全体を無に帰すおそれがある。このように重要な方法書の手続を省略したといっても過言でないほど形骸化した手続を行った県の違反は，極めて重大である。
イ準備書段階での手続違反があること


準備書に不備があったために，対象事業の目的及び内容，調査等の項目及び手法，環境影響評価の結果，環境保全対策等に修正を加える必要があることを示唆する「環境の保全の見地からの意見」が出される機会が失われた場合，そのような意見に基づき準備書を修正するという評価法が予定する中心的な手続が無に帰することになるから，その違法性は非常に重大であり，取消事由となることが明らかな違法であるといわなければならない。
(ア)平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書，本件準備書及び本件評価書を対比すると，本件準備書には，平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書の記載よりもコウモリの生息数や洞窟の利用頻度が少なく記載され，本件評価書で平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書の記載に戻されている部分が極めて多数ある（数値等の変わり方は様々であるが，特に，空港建設予定地及びその周辺のＡないしＥ洞窟については，平成１５年度報告書よりも本件準備書の方が数値が小さい，あるいは利用頻度が少ない方向で数値等が変えられており，本件評価書では平成１５年度報告書と同様の数値等に戻されている部分が多数目につく。）。特に，ＡないしＥ洞窟の利用頻度について，コウモリ類調査委託業務報告書及び本件評価書では通年にわたり利用とされているにもかかわらず，本件準備書では一時的に利用とされていることは重大である。
ＡないしＥ洞窟は本件事業で破壊される等の影響を受ける洞窟である。これらの洞窟が一時的にしか利用されていないという記載を見ればこれらの洞窟はコウモリ類の生活の本拠ではないと推測されるが，通年にわたり利用されているという記載を見ればこれらの洞窟がコウモリ類の生活の本拠であると推測される。
本件準備書を見た関係都道府県知事，関係市町村長及び有意見者は，コウモリ類が本件事業の影響を受ける洞窟を生活の本拠としていることを知れば，洞窟にどれだけの影響があればコウモリの生活本拠として成立し得なくなるのか，生活の本拠を失うことがコウモリ類にどのような影響を与えるか，他に生活の本拠とし得る洞窟が石垣島内に存在するか，存在するとしても当該洞窟をすみかとしていた別のコウモリとの関係や餌の量等からして現実的であるのかといった点から様々な意見が寄せられることが期待でき，これらの意見に基づき検討すれば，ＡないしＥ洞窟に破壊等の影響を与えることを回避するために計画地の変更や計画地内における施設の配置変更，洞窟への影響をより低くするための保全措置を行う等修正が必要と判断される可能性が十分にあった。他方，ＡないしＥ洞窟が一時的に利用されるにすぎないと認識されれば，コウモリ類が生活の本拠を失うという視点からの意見が出されることは期待できない。
そうすると，ＡないしＥ洞窟がコウモリ類の生活の本拠であるにもかかわらずそうでないと誤認させるような不備は，対象事業の目的及び内容，調査等の項目及び手法，環境影響評価の結果，環境保全対策等に修正を加える必要性があることを示唆する意見が出される機会を失わせるほどの重大な不備である。
(イ)「新石垣空港コウモリ類調査業務（その２）報告書」（平成１５年３月県土木建築部作成）においては，「新空港の建設によって，Ａ洞窟とＤ洞窟（カグラコウモリ）のコロニーが脅かされることは明らかである。」と記載されているのに対して，本件準備書では「Ａ洞窟やＤ洞窟   がコウ   モリ類   に利用   されな   くなる   可能性   は低い   と考え   られる。」と正反対の評価が記載されていた。
この点，被告は，両評価は前提条件が異なるから特段おかしなことではない旨を主張しているところ，その趣旨は，主に環境保全措置を講じることを前提としているか否かが異なるということのようである。つまり，被告の主張は，本件事業はコウモリ類に悪影響を与えるものであるが，環境保全措置を講じることによりその悪影響は回避できるというものである。
しかし，被告がいう環境保全措置及びその効果こそ，正に準備書に記載されなければならない事柄である。つまり，準備書を作成し，これを市町村長，都道府県知事に送付するとともに公告し縦覧に供する手続は，多くの視点からの意見を募ることで準備書段階で暫定的に定められている環境保全措置の不備をできる限り洗い出し，最適のものへ近付けていくことをも目的とする手続である。そこでは当然，準備書段階において暫定的に予定されている環境保全措置及び事業者が予測する当該措置の効力に対する検証的意見も期待されている。よって，少なくとも環境保全措置がなければコウモリ類に無視できない影響を与えることが予想される本件のような場合においては，環境保全措置を講じるという前提を記載せずに，コウモリ類に与える影響は小さいという評価だけを準備書に記載することは無意味である。記載すべきは，その段階で事業者が予定している環境保全措置がどのようなものであり，事業者はその措置を採ることによって当該措置がない場合と比べてどのような効果を期待しているのかという点であり，この点について検証を受けるべく，関係都道府県知事，関係市町村長に送付するとともに公告し縦覧に供しなければならないのである。したがって，仮に，被告のいうとおり，準備書段階において，県が環境保全措置を採ることによってコウモリ類調査報告書と正反対の評価になると考えていたのであれば，想定していた当該措置の詳細を記述し，さらに，その措置を採らなければ本件事業はコウモリ類に悪影響を与えるものであるが，当該措置を採ることによりそれは回避できることを明確に記載しなければならなかった。そうすることによって，初めて当該環境保全措置に対する検証的意見が出されることを期待できるからである。
本件準備書のように，コウモリ類に与える影響は少ないという県の評価のみが記載されていると，本件事業は元々コウモリ類に大した影響を与えない事業であるとの誤解を招くことは当然である。そして，本件準備書にはコウモリ類調査報告書とは評価が異なるという事実すら記載されていないにもかかわらず，その点を指摘されると「前提条件が異なる」などと弁解をするところをみると，本件事業は環境保全措置を講じなければコウモリ類に悪影響を与えるものであるという事実を隠そうとしたものと疑われても仕方がないであろう。以上の次第で，上記不備がなければ環境保全措置の妥当性及び効果に関する様々な意見が寄せられた結果，環境保全措置が見直される可能性は十分にあったのであるから，上記不備が対象事業の目的及び内容，調査等の項目や手法，環境影響評価の結果，環境保全対策等に修正を加える必要性を示唆する意見が出される機会を奪うほどの不備であることは明らかである。


(ウ)本件準備書には，絶滅危惧種コウモリ類に関する一部のデータが解析中として記載されていない上，投稿中で学術的な評価を経ていない未発表の「論文」が評価の根拠として引用されるなどしていた。解析中として記載されなかったデータが存在する場合，準備書を見た者は，そこに記載されている環境影響の予測が正しいかどうか判断できないから，この点に関する意見を差し控えざるを得ないし，解析結果を加味した場合に準備書の記載にそごが生じるかどうかという点も判断しようがない。しかも，沖縄の復帰以後激減し，環境省レッドデータブックの絶滅危惧１Ｂ類に指定されていたコキクガシラなどコウモリ類の保護が最大の焦点になっていたにもかかわらず，これら絶滅危惧種コウモリ類に関する一部のデータが解析中として記載されていなかったことは，後に修正すれば足りるという性質のものではない。準備書として一応の体裁は整えられているように見えるとしても，焦点となっている最も重要な部分において未完成の状態のまま公告され縦覧に供された事実は消えないのであり，本件準備書には，評価法１４条１項７号イが求めているその時点での真正かつ適正であるべき「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されているとはいえない。
この点，被告は，他のデータに基づき環境影響の予測・評価は十分にでき，実際，解析結果のデータを加味しても当初の予測判断に誤りは認められなかったという。しかし，被告の主張は，県が他のデータで十分であると判断したというものであり，解析結果を加味しても予測判断に誤りはないと判断したのも県である。被告の主張は，当該事業の環境影響評価に，関係自治体，環境保全の見地から意見を有する者を参加させ，その検証にさらすという評価法の趣旨に真っ向から反する主張であるというほかない。
解析中のデータが絶滅危惧種コウモリ類に関わるものであったことに照らし，上記不備がなければ絶滅危惧種コウモリ類に対する影響に関する意見が寄せられた可能性があり，この意見に基づき絶滅危惧種コウモリ類に関する環境保全措置が見直される可能性が十分にあった。よって，上記不備が対象事業の目的及び内容，調査等の項目や手法，環境影響評価の結果，環境保全措置等に修正を加える必要性を示唆する意見が出される機会を奪うほどの不備であることは明らかである。
ウ代替案が検討されていないこと
本件方法書第２章８頁では，「（５）新石垣空港建設位置の選定」の項目で，代替案を検討した経緯を記載している。しかし，方法書のこの箇所での位置選定に関する経緯の検討は，平成１３年８月に設置されたＰ１委員会においてされた議論の概略が示されたのみの極めて不十分なものであり実質を伴っていない（しかも，このＰ１委員会での決定は，全員一致というルールを踏みにじり，自然環境に配慮すべきであるという意見を多数の意見で押しつぶしたものであり，十分な議論がされた結果ともいい難い。）。そして，本件の環境影響評価手続では，他に代替案の検討はされていない。
この点，被告は，代替案を検討するかどうかは事業者の判断に委ねられるべきものであり，当該検討が行われなかった場合には，もとより代替案の検討結果が評価書に記載されることはないと主張する。確かに，環境保全措置を決定する過程で常に代替案の検討が必要となるわけではないし，代替案検討の必要性の判断は環境影響評価手続の主体である事業者が行うことが原則であることは，被告の主張するとおりである。しかし，新石垣空港設置事業に関しては，長年にわたり複数の事業計画地が検討されてきた経緯があり，α４岳陸上案以外にも複数の有力候補地が存在した。しかも，環境影響評価手続開始時においては，一応α４岳陸上案がＰ１委員会によって決定されていたものの，その決定経緯は極めてずさんなものであり，α４岳陸上案を建設地とする合理的な根拠は存在しなかった。すなわち，α４岳陸上案については過去に何らの環境調査も行われていない唯一の候補地であったため，Ｐ１委員会の審議の中では，公益委員を含めて数人の委員から，α４岳陸上案の調査をしてから比較検討するべきであるとの意見が出ていたにもかかわらず，県は，調査には時間が掛かる等の理由を述べ，決まってから調査するとしてこれらの委員の提言を受け入れなかった。そのため，環境保全の観点から候補地の比較検討を行う際，同委員会に県が提供した資料（甲７３の自然環境の改変（環境保全上の課題）比較一覧表）においては，α４岳陸上案の自然環境に関するデータは，同案の比較的近くに位置するα４岳東案及びα２１案のデータをほぼ機械的に足し合わせたデータでしかなく，環境影響評価実施以降その保全が重要な議論の対象になっているコウモリ類やカンムリワシのことは一切記載されていなかった。このようなずさんな資料に基づいて，環境保全の観点からの審議は行われ，さらに，選定委員の一人である自然保護団体の職員が，環境保全の観点からα４岳陸上案に反対したにもかかわらず，委員会発足当初からの原則であった全会一致による位置選定というルールを強引に突破して，α４岳陸上案が強行的に選定された。このような経緯をそんたくすれば，事業地の変更が現実的な選択肢であったことはもちろん，むしろ，環境影響評価の結果を踏まえて初めてα４岳陸上案の妥当性を検討し得るというべき状況であったのである。
また，過去２度のα３における新石垣空港建設事業が国際的にまで広がったサンゴ礁保全運動によって白紙撤回をせざるを得ない状況に追い込まれた経緯を踏まえ，しかも，α４岳陸上案がそのα３海域至近の陸上部に空港を建設するというものであることを考慮すれば，事業地を選択する際の視点として，自然環境保全上の観点は特別に重視されなければならないものであることは論を待たない。しかも，事業計画地の変更という選択肢が自然環境に与える影響を最も大きく左右する環境保全措置の一つとして位置付けられる。
このように，計画段階において複数の候補地があり，しかも，その段階での環境保全上の検討が不十分であり，環境影響評価手続開始時点においても他の候補地への変更が現実的な選択肢として残されており，候補地を選択するに当たって環境保全上の観点が特に重視されるような場合，環境影響評価手続を行う事業者は，事業計画地の適否を再検討しなければならない義務を負うというべきであり，環境影響評価手続がこれに違反することは，許認可等処分の取消事由となるほど重大な違法であるというべきである。このことは，事業計画地の変更という環境保全措置の特殊性からしても裏付けられる。すなわち，いかなる環境保全措置を講じるかが原則として事業者の判断に委ねられるのは，事業者が手抜きの環境保全措置の検討を行ったとしても評価法３３条１項の審査によって許認可等がされないという形で是正され得るからである。しかし，事業計画地の変更という環境保全措置に関しては，それが環境影響評価手続において検討され，その結果が評価書ないし確定評価書に記載されていなければ，評価法３３条１項の審査が行われる際には当該事業計画地が既成の前提として扱われてしまい，許認可等権者が事業計画地の変更という環境保全措置の適否を審査することなく許認可等が行われてしまう可能性が高い。このように，事業計画地の変更という環境保全措置は，他の環境保全措置とは性質を異にするものであり，このことからしても，事業計画地の変更という環境保全措置を検討するか否かを決める際の事業者の裁量は，他の環境保全措置と比べて相当程度狭いと考えなければならない。


本件評価書は，評価法２１条２項１号，１４条１項７号ロ括弧書きに反するものである。また，本件においては，事業計画地の変更という環境保全措置の検討すなわち代替案の検討を行うことが事業者の義務であったというべきであり，それにもかかわらず環境影響評価手続において代替案の検討がされなかったことには本件許可処分の取消事由となる重大な違法がある。
エ説明責任が果たされていないこと
本件補正書の４－１頁以下に記載されている方法書に対する住民意見の概要とこれに対する事業者の見解，及び１１－１頁以下に記載されている準備書に対する住民意見の概要とこれに対する事業者の見解において，事業者の見解が住民意見に対する回答になっていないものがあり，これが看過されたまま許可が出された点は説明責任不履行による違法事由となる。
また，本件補正書における本件方法書及び本件準備書に対する住民意見への事業者の見解は，一つ一つの住民意見に対して述べられたものではなく，いくつもの住民意見を無理やり一つの項目にまとめ，それらに共通する意見やあるいは一部の意見を恣意的に選択して表明する方法で述べられている。そのため，次のように，事業者の見解が明らかにされていない住民意見（意見の一部も含む。）も多く，これも当然のことながら説明責任不履行による違法事由となる。この点，被告は，意見を一括したり要約したり，環境の保全の見地からの意見と捉えられないものについて対応しないことは問題ないという。しかし，原告らが主張しているのは，環境の保全の見地からの意見について一括ないし要約の仕方が不適当であるということであって，一括ないし要約それ自体を否定しているわけではない。
(ア)本件補正書の４－１８頁の最上列では，立地を検討するに当たって現空港拡張案を候補に入れないのはおかしい旨の指摘がされているが，この点に関する事業者の見解は「現空港の滑走路延長ができない理由は準備書に記載しています。」というものである。当該住民意見の趣旨は，それぞれ長所と短所がある案を比較検討するに当たって，現空港拡張案だけ最初から検討に値しないとして比較の対象にすら含めないのはおかしいとして，現空港拡張案を候補に入れなかった点を問う趣旨であるのに，事業者の見解は現空港拡張案の短所を指摘するのみであって，比較の対象に含めない理由にはなっておらず，住民意見に対する回答にはなっていない。
この点，被告は，環境影響評価実施前の位置選定経緯とともに，現空港の滑走路延長が種々の事情から不可能ないし極めて困難であるという趣旨を示しているから，回答はされているという。しかし，この住民意見は，環境影響評価実施前の位置選定経緯とは別に，環境影響評価手続において代替案として検討してもらいたいという趣旨と解されるから，環境影響評価実施前の位置選定経緯を示しても回答にならない。また，この住民意見は，客観的に見れば極めて合理的と思われる現空港拡張案をなぜ検討対象から外すのかというもっともな疑問を提示する趣旨と解されるから，単に現空港拡張案のデメリットを指摘するだけでは不十分である。現空港拡張案を検討対象からすら外すという不自然な選択に対して現実に疑問が寄せられているのであるから，県は現空港拡張案を検討対象に加えるべきであったし，少なくとも，環境影響評価実施前の位置選定経緯よりも進んだ比較検討結果を示す必要があったというべきである。
(イ)本件補正書の４－２２頁の下から３番目の列には，基本計画が発表されないうちに環境影響評価手続に入るのは順序が逆ではないかとの意見があるが，これに対する事業者の見解は一切ない。(ウ)本件補正書の１１‐５頁最上列及び次の列には，赤土が地下浸透ではろ過されず地下水脈あるいは地下の空洞を通って海へ流入するおそれがあるとの意見の中に，「地下水系ルートさえ把握していない」という指摘があるにもかかわらず，それに関する事業者の見解は一切ない。この点，被告は，県が濁水浸透ろ過に関する見解を述べているので足りるというが，地下水系ルートを把握していないことに対する疑問が呈されているのであるから，県は，地下水系ルートを把握する必要はないと考えたのか，把握することが望ましいが把握しなくても問題ないと考えたのか，それとも把握できなかったのかという点について，理由とともに回答を示す必要があったというべきである。(エ)本件補正書の１１－３３頁の最下列では，コウモリ類の餌場確保について，関係機関に要請するだけでは関係機関の協力が得られない可能性があるから不確実である，周辺緑地の公有地化等，緑地を確実に担保する手段とその面積を明記する必要があるとの住民意見に対して，「事業実施区域周辺の餌場となりうる場所については緑地の確保を関係機関に要請してまいります。」との事業者の見解を記載するのみであり，実質的な回答が全くない。
オ２４条意見に対応していないこと
(ア)本件国交大臣意見の第１項（以下，本件国交大臣意見の項目番号により，その第１項を「本件国交大臣意見１」，その第２項を「本件国交大臣意見２」というように呼称する。）は，「小型コウモリ類が出産・ほ育の場として利用しているＡ洞窟及びＤ洞窟については，その保全に万全を期すること。」とする。これは，本件工事によって，Ｂ，Ｃ，Ｅの各洞窟を元のままの状態で保全しないことにした結果として，この地域でのコウモリ類の生息を確保するためには，残されたＡ及びＤ洞窟の保全が不可避となることに鑑み出された意見であり，Ａ及びＤ洞窟がこの地域に生息するコウモリ類の出産・ほ育の場所であり続けることができるよう確実な措置を採ることを求めるものである（本件国交大臣意見１には抽象的な表現が用いられているが，あえて本件国交大臣意見２以下とは別個に付されているのであるから，本件国交大臣意見２以下とは別個の取り組みを指示していると解するのが当然であり，２４条意見が「環境の保全上の支障の防止」のレベルにとどまらず，より高い「環境の保全」のレベルを確保する観点から事業者の自主的な取組を促進するために述べられるものであることからしても，本件国交大臣意見１は，本件国交大臣意見２以下と別個に，より高い環境保全への取り組みを指示していると解すべきである。）。これに対し，県は，本件補正書に，Ａ，Ｄ洞窟について，コウモリ類の採餌場所への移動経路及び洞口環境並びに周辺環境の保全に万全を期すために，Ａ，Ｄ洞口周辺の土地を取得することを追記した旨（６－１２－２５６頁，３１７－３１８頁，７－６３頁），Ａ洞窟の奥部より海側の上部に設置するドレーン層は，Ａ洞窟の奥部には影響を及ぼすことはないと考えられるが，Ａ洞窟奥部への影響をより確実に回避するため，ドレーン層を更に下流側に移動して，より万全な対策を講じることを追記した旨を記載した（６－１２－２５６～２５８頁）。


しかし，Ａ及びＤ洞窟洞口周辺環境の保全のための土地の取得は，本件評価書にも，土地の取得を前提として「ゴルフ場残地を利用して」という表現で記載されており（乙１９の７－５８頁），本件国交大臣意見を受けての対応として新たに記載されたものではない。また，Ａ洞窟奥部の上部に設置するドレーン層を下流側に移動をすることは，本件国交大臣意見４で求められたものであり，本件国交大臣意見２以下の他に独自の更なる対応（措置）を求める本件国交大臣意見１への対応ではない。県は，本件国交大臣意見１に何ら対応していないというべきである。本件国交大臣意見１の指摘に対応せずに本件事業を遂行すれば，Ａ及びＤ洞窟においてコウモリ類の保全を図ることは困難になる。Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の改変によるコウモリ類への悪影響は，少なくとも残存するＡ及びＤ洞窟の最大限の潜在能力によって低減することが必須であるから，そのＡ及びＤ洞窟においてコウモリ類の保全が困難になれば，コウモリ類の絶滅の危険は飛躍的に高まる。(イ)本件国交大臣意見２は，本件事業の実施に伴い消失するとしているＢ，Ｃ及びＥ洞窟については，できる限りコウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用できるよう，実態，機能等について専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全し，また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載することとする。これは，消失するＢ，Ｃ及びＥ洞窟の残存する空間を小型コウモリが利用できるように保全，工夫することを求めるものである。
これに対し，本件補正書では，「Ｂ，Ｃ，Ｅ洞窟は，地下水の水みちであり，地下の空洞として残存することから，Ｂ洞窟は新たな洞口を創設する。Ｃ洞窟はトンネルを設け，敷地外に創出する緑地に新たな洞口を創設する。Ｅ洞窟は洞口部に溢水の受け皿枡を設置し，ボックスカルバートで導水することから，コウモリ類の利用に配慮して，ボックスカルバート内の工夫，洞口付近への樹林の植栽等を行う。また実施に向けては，さらに専門家の指導助言を得た上で，具体的な形状等を決定することを追記した。」とする（７－６８～７１頁）。これらは，地下に空洞として残存するこれらの洞窟を空港敷地外までトンネルなどでつなげて新たな洞口や緑地を創設するというものである。しかし，本件評価書にも記載されているとおり，工事中は事業地の植生が完全にはぎ取られた状態になっており，従前の状況と全く異なった状態が現出しており，当然ながらコウモリ類の利用は期待できない。そのため，本件空港の供用後においても，一旦利用できない状態になって空洞のみが残っている場所に再びコウモリ類が戻って来るかは極めて疑わしい。特に，Ｅ洞窟については航空機が着陸する滑走路の直下に当たるため，一層疑問である。要するに，空洞に出入りできるようにするというだけでは，コウモリ類の継続利用は期待できないのである。本件国交大臣意見２はコウモリ類の継続利用を要求するものであるから，空洞に出入りできることは当然の前提として，工事期間中にコウモリ類の利用がなくなってしまった空洞や，滑走路の直下に残された空洞に，いかにしてコウモリ類を戻ってこさせるかという方策を要求しているのに，本件補正書では，その前提部分だけを記載しているに過ぎず，本件国交大臣意見２に対応したとは到底いえない。被告は，本件国交大臣意見２はコウモリ類を戻ってこさせる方策まで検討するよう求めているものではないというが，本件国交大臣意見２はＢ，Ｃ及びＥ洞窟についてコウモリ類の継続利用を確保することを要求しているのであるから，まずは工事の影響によってコウモリ類が移動しない方策が重要であるが，工事の影響によってコウモリ類が移動してしまった場合には，戻ってこさせる方策が継続利用確保の方策となる。また，被告は，乙第４６号証や証人Ｐ２２の証言を根拠に，工事によってコウモリ類が減少したり戻ってこなくなったりすることはないともいうが，今後の工事進行に伴うコウモリ類への影響を予測することは極めて困難であり（甲４参照），このような楽観的な予測を根拠に対策を採らないとすることはできず，コウモリ類が減少したり戻ってこなくなったりする場合を想定して対策を講じなければならない。


(ウ)本件国交大臣意見３は，「事業実施区域及びその周辺で，Ａ～Ｅ洞窟以外に確認されている洞窟については，コウモリ類の利用について，追加調査を行うこと。調査の結果，コウモリ類の利用が確認された場合は，できる限りコウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用できるよう，専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全すること。また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とする。これは，事業用地内の洞窟の周辺は植生が消失させられ，コウモリ類が生息し得ない環境になるため，事業地外の洞窟からコウモリ類が発見された場合には，その洞窟におけるコウモリ類の生息状況の調査，それに基づく保全措置が極めて重要なものとなるから，事業実施区域及びその周辺で確認されているＡないしＥ洞窟以外の洞窟のコウモリ類の利用についての追加調査を求め，コウモリ類が確認されれば継続して利用できるように保全することを求めるものである。これに対し，本件補正書では，「事業実施区域及びその周辺で，Ａ～Ｅ洞窟以外に確認されている１１洞窟について，平成１７年５月，６月に小型コウモリ類の利用状況調査を実施した。調査の結果，数個体が確認された⑨，⑩洞窟は，事業実施区域外であり，事業により改変されることはない。事業実施区域内の②，④洞窟の空間は残存し，引き続き水みちとなるようボックスカルバートで飛行場の外側に導水する計画であるが，ボックスカルバートについては小型コウモリ類が洞窟への新たな出入り口として利用できるよう配慮することを追記した。」としている（６－１２－１７７～１８１頁，７－７０～７１頁）。要するに，県は，事業実施区域及びその周辺の１１洞窟について，平成１７年５月及び６月だけ追加調査を行ったということである。しかし，コウモリ類の生態を調査する場合に，平成１７年５月及び６月の時期の調査だけでは，各洞窟のコウモリ類の利用を調査したことにならない。コウモリ類は，季節に応じて利用する洞窟を変えるため，通常は複数年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠である。国土交通省の外郭団体がまとめた「コウモリ類の調査の手引き(2)，(3)」をみても，複数年かつ通年の調査が必要であることが指摘されている（甲５１の１０，１１頁）。県は，自らの事業日程に合わせてこのような短期間の形だけの調査を行ったにすぎない。県は，この調査結果等に基づき１１洞窟についてコウモリ類が集団で継続して利用する洞窟でないと結論付けているが，全く科学的なものとは評価できない（甲１２２の６頁，証人Ｐ２１）。県の対応は，本件国交大臣意見３への対応には全くなっていない。さらに，「洞窟の空間は残存し，引き続き水みちとなるようボックスカルバートで飛行場の外側に導水する計画である」とする点については，前述の本件国交大臣意見２で指摘したのと同様，空間に出入口を付けるだけではコウモリ類の継続利用は期待できず，出入口を付けた上でどう継続利用を促すかという本題に触れていない点で，やはり本件国交大臣意見への対応とは評価できない。
被告は，最低でも１年間の調査が必要であると指摘した甲第５０号証及び第５１号証の記載は，唯一絶対の調査方法を記載したものではないという。しかし，被告は，わずか２か月間の調査が妥当であった根拠を何一つ挙げることができていない。仮に，甲第５０号証及び第５１号証の記載が被告主張のようであったとしても，例外を一切認めない趣旨ではないという程度のことであって，原則として１年以上の調査が必要であることは明らかであり，わずか２か月間の調査で１年以上の調査の代替となり得るという特別事情がない以上，十分な調査であったと考える根拠はない。また，被告は，環境保全措置は事業者の自主的判断に委ねられるべきものであると主張しているが，事業者の自主的判断が行われることは事業者の判断を尊重する趣旨ではなく，事業者にベスト追求の責任と負担を負わせたものであることは既に述べたとおりである。
(エ)本件国交大臣意見４は，「ヤエヤマコキクガシラコウモリが出産・ほ育を行うＡ洞窟奧部の上部にドレーン層が設置される場合は，Ａ洞窟奥部の地下水に影響を及ぼすことがないよう，ドレーン層の位置，浸透方法についてさらに検討を行い，それらの見直しを含めた追切な措置を講じること。また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とする。これは，現状のままではドレーン層がＡ洞窟奥部の地下水に悪影響を及ぼすから，ドレーン層の位置と浸透方法を再検討して，ドレーン層がＡ洞窟奥部の地下水に影響を及ぼすことがないようにすることを求めるものである。
これに対し本件補正書では，「Ａ洞窟の奥部より海側の上部に設置するドレーン層が地下水へ及ぼす影響を検討したところ，Ａ洞窟の奥部には影響を及ぼすことはないと考えられるが，Ａ洞窟奥部への影響をより確実に回避するため，ドレーン層をさらに下流側に移動して，より万金な対策を講じることを追記した。」（６－１２－２５６～２５８頁）としている。これは，Ａ洞窟奥部の上部に設置するドレーン層を下流側に移動（１０ｍ）するというものである。
しかし，本件国交大臣意見４で要求されている浸透方法についての再検討は行われていない。この点で，県が本件国交大臣意見に対応していないことは明らかである。また，ドレーン層を１０ｍ下流に動かしたところでＡ洞窟の上部にドレーン層があることは変わらず，ドレーン層を通じてＡ洞窟内に赤土を含む雨水が流入することにも変わりはない。それにもかかわらず，ドレーン層から流入した赤土を含む雨水がＡ洞窟奥部に影響を与えることを回避するための方策は一切採られていない。Ａ洞窟奥部に影響を与えないことが本件国交大臣意見４の趣旨であるから，県の対応は，本件国交大臣意見４に全く対応していないに等しい。
この点，被告は，ドレーン層の設置がコキクガシラが出産・ほ育に利用しているＡ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないという見解を前提として，洞窟への影響をより確実に回避するため，ドレーン層の位置を下流側に移動させたものであるから，対策として十分である旨主張している。しかし，本件国交大臣意見４がＡ洞窟奥部への影響を懸念して適切な措置を講じることを指示した以上，県は，Ａ洞窟奥部への影響はあり得ることを前提として適切な措置を講じなければならなかった。既に述べたとおり，事業者が２４条意見に従わない判断をすることができるのは，従わない方がより環境保全に資すると判断した場合のみであるから，Ａ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないという独自の判断を根拠に本件国交大臣意見４の要求を軽減して対応することは許されない。