(オ)本件国交大臣意見５は，「小型コウモリ類が生息する洞窟の周辺において樹林，草地等の改変を行う場合には，移動経路及び餌場を確保すること。また，移動経路及び餌場が出来る限り早く確保されるよう樹林，草地等の改変の工程を工夫すること。これらの検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とする。要するに，コウモリ類の移動経路，餌場の確保と樹林，草地等の改変の工程の工夫をすることによって，コウモリ類が継続して生息できるようにすることを求めるものである。
これに対し本件補正書では，「小型コウモリ類の移動経路及び餌場として事業実施区域西側及び北側に約５０ｍ幅の緑地を創出すること，また，Ａ，Ｄ洞窟の洞口周辺から国道周辺の樹林に至る範囲に緑地を創出することを追記した。」（６－１２－３１８～３１９頁，７－１６３頁），「事業による土地改変は段階的に実施し，樹林の伐採は，全体をー度に行わず，２～４年次に段階的に行うこと，また採餌場所，移動経路となる緑地を早期に創出することを追記した。」（６－１２－３１８・３１９頁，７－６３頁）とする。これは，移動経路，餌場として５０ｍ幅の緑地を創出し，また，土地改変の段階的実施と緑地を早期に創出するということである。
しかし，これらの記載はいずれも本件評価書（乙１９の６－１２－３１０頁）に記載されていたところと基本的に何らの変わりもないものであり，新たな対応ではなく，この点で，県は，本件国交大臣意見５に対応していない。また，いくら事業による土地改変は段階的に実施し，樹林の伐採は全体をー度に行わず，２ないし４年次に段階的に行うとしても，結果として，空港予定地になる前はコウモリ類の餌場となっていた広大な低木の茂み，草地の部分の植生は全てはぎ取られることになる。その周囲にいくら緑地が形成されるとしても，植栽には一定の期間が必要であり，その間コウモリ類が利用できない期間が発生する。また，採餌場所，移動経路となる緑地を早期に創出するにしても限度があり，前記のコウモリ類が利用できない期間の存在のために，コウモリ類が利用を放棄する可能性がある。この点で，県の対応では本件国交大臣意見５が求めるコウモリ類の生息継続を達成できない可能性があり，県の対応は，内容面でも本件国交大臣意見５への対応として不十分である。
以上に対し，被告は，樹林の伐採を工区ごとに段階的に行うこと，緑地の創出に当たっては早期に植栽を行うこと等の措置で本件国交大臣意見５に対応したというが，本件国交大臣意見５は，本件評価書に記載されていた移動経路と餌場に加えて，更に移動経路と餌場を設けることを要求している。しかるに，本件補正書には本件評価書に記載されていた移動経路と餌場の確保のことしか記載されていないので，本件国交大臣意見５に対応したとはいえない。また，被告は，本件国交大臣意見５は消失面積と同程度の緑地面積を創出することまでは要求していないと主張するが，仮にそうであっても，本件国交大臣意見５が消失面積のわずか３分の１程度に過ぎない創出緑地面積を不十分であると考えて移動経路及び餌場を確保することを要求したのであるから，少なくとも消失面積の３分の１よりも相当程度多くの緑地面積を創出するよう要求していることは明らかであり，そのような対応が本件大臣意見５に応えるものでないことは明らかである。(カ)本件国交大臣意見６は，「本事業の実施に当たっては，専門家の指導・助言を得た上で，工事の施工方法，時期等を検討し，これら小型コウモリ類の生息環境に急激な変化を与えないように配慮すること。特に，工事中の騒音・振動に対する環境保全措置については，小型コウモリ類の出産・ほ育の時期における工事を避けることも含め，適切な措置を講じること。また，これらの検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とする。これは，工事中の騒音・振動について，コウモリ類の出産・ほ育時期の工事を避けるなどの適切な措置を求めるものである。
これに対し本件補正書では，「事業による土地改変は段階的に実施し，採餌場所への移動経路が分断されないように配慮して，樹林の伐採は，全体を一度に行わず，２～４年次に段階的に行うことを追記した。」（６－１２－３１８・３１９頁，７－６３頁），「出産・ほ育の時期（５月～８月）及び冬期の休眠時期（１２月～３月）は，Ａ洞窟最奥部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同等の振動を出す作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等の騒音・振動を出す作業を避けることを記載した。」（６－１２－２６７・３２０頁，７－６５頁）とする。これは，出産・ほ育時期（５～８月）及び冬期の休眠時期（１２～３月）については振動ローラ（Ａ洞窟奥部，Ｄ洞窟から半径４０ｍ），大型ブレーカ（Ａ洞窟奥部，Ｄ洞窟から半径１００ｍ）等の作業を避けるというものである。しかし，その前半部分は本件国交大臣意見５に対する対応と全く同じであり，既に述べたことと同様に，本件国交大臣意見６に対する対応とはいえない。また，後半部分は本件評価書に記載された内容（乙１９の７－６０頁）と全く同じであり，新たな対応ではない。しかも，本件国交大臣意見６は，コウモリ類に配慮した工事を行うことを要求しているのであるから，出産・ほ育期には，コウモリ類に影響を与え得る大型重機の使用を全面的に中断しなければ意味がない。しかし，県は，「振動ローラと同等の振動を出す作業」「大型ブレーカと同等の騒音・振動を出す作業」に限定して中断をすると記載しており，裏を返せば，県はこれ以外の大型重機の使用はたとえ出産・ほ育期であっても継続するというであるから，その内容面からいっても，本件国交大臣意見６への対応にはなっていない（実際，原告ら代理人らが平成１９年６月に本件空港工事現場を視察した際に，出産・ほ育時期であるにもかかわらず，大型重機であるバックホーを使用して工事が行われていた。この件に関する県の弁解は，バックホーは大型ブレーカとは違うので問題ないというものであった。原告ら代理人らは，改善を申し入れたが，対応がされた形跡はない。）。県の対応は，単に一部の大型重機を使用しないということをもってコウモリ類に配慮したかのようなポーズをとっただけのものであって，工事に必要な大型重機があれば，たとえコウモリ類に影響があろうとも構わず使用するというものであるから，本件国交大臣意見６に対する対応にはなっていない。出産・ほ育期に空港建設工事を行うことの影響は重大であり，本件評価書及び本件補正書でも指摘している秋吉台の例を見ても，コウモリ類がその場所での出産・ほ育を放棄しかねないものである。現に本件空港予定地及びその周辺の地域（以下「α９地域」ということがある。）においてコウモリ類の数が減少している傾向を示していることは，工事がこの地域のコウモリ類の生息に深刻な影響を与えている結果と評価できる。


以上に対し，被告は，事業者は大臣意見を勘案して修正を必要とすると認めるときに措置を採ればよいのであるから修正措置を採らなかったことが評価法違反になるわけではないと主張するが，既に述べたとおり，事業者が２４条意見に対応しない判断をすることができるのは２４条意見に従わない方がより環境保全に資すると判断した場合のみであるし，その場合には判断の根拠を示す必要があるから，県に本件国交大臣意見６に従うか否かに関し広い裁量があるかのような被告の主張は失当である。
また，被告は，原告らが本件空港予定地でコウモリ類に深刻な影響を与えていると主張したことに対し，有意な減少はないとするが，コウモリ類が減少している傾向を示していることは，県の調査結果やＰ１９委員会の調査結果から統計処理して変動する数値の傾向を明らかにしたデータ（甲１２２の資料６）を見ると，冬眠期のコキクガシラとカグラの減少傾向は明らかというべきてあり，長期的な傾向からすると，平成１６年１月から平成２１年１月までの間にいずれも約半数程度に減少してきていることがうかがえる。
さらに，被告は，出産・ほ育時期（５～８月）及び冬期の休眠時期（１２～３月）については振動ローラ，大型ブレーカ等の作業を避けるという措置の根拠となる調査について，カグラが集団で生息するＮｏ．３９の洞窟で調査を行ったことについて，出産・ほ育期に行ったものではないこと，及びカグラ以外のコウモリの調査はできていないことを自認しているのであって，少なくとも出産期における影響の計測について科学的検討の結果実施されたものではなく，また，カグラ以外のコウモリへの影響がどうなるかについては何らの調査もされていないのであるから，前記の措置で足りるとの根拠は皆無である。むしろ，前述のように，コウモリ類が工事中において減少傾向を示していることは，前記の措置では不十分なものであったことを示しているといえる。
なお，被告は，α６島のα２９について，洞窟の直上を県道が通り，車両の往来が頻繁であると主張するが，大型重機が地面を掘削することにより生じる振動，騒音と，都市部とは比較にならないほどわずかな交通量による振動，騒音を同列に比較することはできない。このような県の採った方法が科学的であるというためには，Ｎｏ．３９の洞窟を調査時に現実に発生した振動・騒音とα２９の直上の県道を通過する車両によって生じる振動・騒音を比較すべきであるが，このようなデータも明らかにされていない。
(キ)本件国交大臣意見９は，「人工洞窟については，専門家の指導・助言を得た上で，補正評価書の公告後のできる限り早い段階で設置すること。また，小型コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状及び気温・温度等の生息条件，周辺の地形・地質や植生などの立地条件等を考慮しつつ，適切なものを整備すること。」とする。これに対し本件補正書では，「人工洞の設置にあたっては，小型コウモリ類が生息している既存の人工洞の形状，洞内環境を参考に，形状，規模，土盛り厚等について検討し，専門家の指導・助言を得た上で具体的な形状，規模を決定すること，またできる限り早い段階で設置することを追記した。」とする（７－７１頁）。
しかし，この記載は，本件国交大臣意見９の内容に対し，抽象的なレベルで従うとの趣旨を述べるものにとどまり，具体的な対応内容は示されていない（このようなことになった理由は，県による調査不備によって，どのようにすれば人工洞にコウモリ類が生息することになるかという点についての実証的なデータが欠如しているためである。実際，県は，本件補正書において，小型コウモリ類は人工洞の設置直後から利用するとは限らないことを自認している。）。本件国交大臣意見９は，検討することを要求しているのではなく，整備することを要求しているのに，どのようにすれば適切な整備ができるのかが分からず，そもそも人工洞を適切なものに整備することなどできない可能性もあることを認めているような状況であって，県の対応は，到底本件国交大臣意見９に対応したものとはいえない。
これに対し，被告は，本件国交大臣意見９は人工洞について「適切なものを整備すること」を求めているのであって，人工洞の形状や気温，湿度等について具体的な検討結果を評価書に記載することを求めているものではないから，具体的な検討結果の記載がなくても問題ないという。しかし，本件国交大臣意見９は，現実に適切な人工洞を整備することを要求しているのに，県は，本件補正書において「小型コウモリ類は，人工洞の設置直後から利用するとは限らない」と記載した上，どのようにすれば適切な人工洞の設置が可能であるかの道筋は一切示せていない。つまり，県の対応は，整備は困難である可能性があるが，検討するというだけのものであり，到底，本件国交大臣意見９に対応したとは評価できない。
(ク)本件国交大臣意見１０は，「小型コウモリ類の保全については，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場としての林地の保全等周辺の土地利用が極めて重要であり，小型コウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう，小型コウモリ類の保全，保全に関する情報の提供，石垣市や県等の関係機関への要請などを行うこと。また，その旨を評価書に記載すること。」とする。
これに対し本件補正書は，「本事業において実施された小型コウモリ類の調査結果，事後調査結果の情報を石垣市や県等の関係機関へ提供し，小型コウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう要請などを行うことを追記した。」としている（ｐ７－７３）。
しかし，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場所としての林地に該当するいかなる区域において，潜在的なものも含めいかなる形態の土地利用について，いかなる権限を有するいかなる機関の部署に対して，いかなる土地利用上の配慮を要請したのか，具体的な記載が全くない。このような記載では，本件国交大臣意見１０に対応したと評価することはできない。
この点，被告は，単に「情報提供及び要請を行う」旨記載すれば本件国交大臣意見１０への対応として足りるというが，少なくとも県が想定している情報提供や要請がコウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるという目的達成に十分なものであるかどうかを判断できるだけの具体的な記載は不可欠であると考えるべきである。県の対応では不十分である。


(ケ)本件国交大臣意見１１は，「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水が，α５川に流入し，又は，海域に浸出する経路及びその量について把握し，その結果を評価書に記載すること」というものである。本件空港の建設では，工事で流出する赤土によるα３サンゴ礁への影響が最重要課題となっており，本件国交大臣意見１１も，赤土汚染との関連で事業者に対し付けられた意見であることは明らかといえる。また，本件国交大臣意見１１は「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水が」となっており，事業実施区域への降雨のみならず，流入する水も調査評価の対象になっている。加えて，Ａ洞窟の最上流部は，事業実施区域外の川の水が流れ込んでおり，その水が流れる経路及び量を把握せよというのであるから，本件国交大臣意見１１が洞窟，つまり地下川の調査も求める趣旨であることは明らかである。さらに，事業実施区域全体への降雨の多くは，地下浸透して海域に浸出していることは県も認めているところであるから（県は，降雨量のうち地下水として流出する量を４９．６％と試算している（乙２３の６－６－２５頁）。），本件国交大臣意見１１は，その主要な経路である地下川の走り方（経路）及びそこの流量を，事業実施区域及びその周辺区域全体にわたって調査し，把握することを要求していることが明らかといえる。浸透した地下水がどのような経路をたどり，どれだけの水量があるのかは，赤土等流出防止対策を検討する大前提である。その意味でも，地下川の経路及び水量を調査せよというのは至極自然なことである。
これに対し本件補正書は，「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び表流水の流動について，新石垣空港地下水調査結果に基づき，α４岳南地下水流域及びその他３流域について水収支を算出し，その結果を追記した。」（６－６－２５～２６頁）としている。本件補正書の記述上，県が経路の調査評価の対象とする「水」を勝手に「表流水」に限定し，県自身が降雨全体の約半分と試算した地下浸透した水が流れる経路を調査対象としなかったことは明らかである。また，県は，本件補正書で水収支を明らかにしたというが，赤土の海域への浸出を防止する上では，地下水量が変わらないことよりも，地下水がどのような性質の場所をどのように流れているか，それに応じてどの地点でどのような対策を講じるかの方がより重要であることは論理的に明らかであり，本件国交大臣意見１１と本件補正書の記述を単純に比較するだけでも，県の対応が本件国交大臣意見１１の趣旨に沿わず，これに全く応えていないことが明白となる。地下水が流れる経路を把握しないまま工事を続行した場合には，浸透ゾーンの設置箇所を誤って海域に相当量の赤土を浸出させ，あるいは，供用後も，必然的に生じる地下洞窟河川の水量がやはり海域に相当量の赤土を浸出させ，さらにコウモリの生息環境に重大な影響を与えることが危惧される。地下川調査をしていないことの違法は重大である。この点，被告は，県はα４岳南地下水流域における蒸発散量，地表流出量及び地下水流出量といった水収支を算出し，そのデータに基づいてその他の三流域（α５川左岸地下水流域（西側），同地下水流域（東側）及びα４岳北地下水流域）の水収支を推定しているのであり，これが本件国交大臣意見１１に対応するものであることは明らかであり，原告らがいう「地下川」がどのようなものを指しているのか定かではなく，原告ら独自の想定物を前提に調査の不備をいうものにほかならないという。しかし，「地下川」が洞窟内を流れる地下水の流れを意味することは明らかである。本件補正書にも，Ａケイブシステム（Ａ，Ｄ，Ａ１，Ａ２及びＤ１洞窟），Ｂ，Ｃ，Ｅケイブシステムに水流の存在があることが記載されている（６－７－５頁）。また，本件補正書は，「経路」について全く触れていないことに照らしても，県が本件国交大臣意見１１に対応しなかったことは明らかである。県が地下川の入口（Ｃ１洞窟・Ｂ洞窟）の真上に浸透ゾーンを設置してしまうというミスをしたのは，正に本件国交大臣意見１１が求めた事項に対応しなかった結果であり，このような事象が生じていることからも本件国交大臣意見１１への対応を欠いていることが明らかである。(3)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全に関する本件許可処分
の違法性について
ア(ア)α３サンゴ礁は健全な姿を何とか保ち続けてきたが，変わらぬオニヒトデや赤土流出の脅威に加え，地球温暖化をも背景とする白化現象（造礁サンゴが共生藻を失って，透明なサンゴ組織を通して白い骨格が透けて見え，白くなる現象）や，ホワイト･シンドローム（特に卓状ミドリイシ類に多くみられ，サンゴの組織が白い帯状に壊死しながら広がっていくことが知られていている。病変部の拡大は速く，一般的に数か月から１年ほどで直径２ｍの卓状ミドリイシが死滅するといわれている。）などの病気，大型の台風など，様々の恐ろしい脅威にさらされ続け，これらの複合的な影響によってますます深刻な危機を迎えている。
(イ)赤土とは，県の面積の約５５％に分布している国頭マージという土のことである。ジャーガルと呼ばれる灰色系の土壌等も含めて赤土と呼び，これらによる濁水流出による環境汚染を赤土汚染と称することもある（甲２３）。国頭マージは，土壌粒子が小さく，水はけの悪い土である。晴天が続くと乾燥して地面にひび割れを起こし，そこへ大量の雨が降ると流水の道ができて，土が侵食されていく。沖縄の雨は，落ちながら土を掘って溶かすというほど強烈である。土砂降りのレベルすなわち２０ないし３０ｍｍの雨が沖縄では１年間に２０ないし３０回発生する（甲２５）。そのような特性とも相まって，国頭マージは，Ｖ字型に土がえぐられていく侵食を生じる。山地地帯には川があるので，この川を通って浸食された土がサンゴ礁の海へと流出する。樹木が土を覆っている自然の条件の下では，土は流れないが，人為的に植生の被覆がはがされ地肌がむきだしにされてしまうと，雨の影響をまともに受けて侵食が生じる（甲２７の１８２頁以下）。海に流れ出た赤土は，サンゴを始めとする様々な生き物たちに打撃を与える。まずは，懸濁の問題である。赤土自体に毒性などはないが，粒子が細かいため，一度水に混ざるとなかなか沈殿せず，長時間にわたって水を濁らせてしまう。すると，雨が止んだ後も日光がさえぎられ，サンゴは体内に共生している藻類による光合成ができなくなって，栄養不足になり，死んでしまうことがある。次に，堆積の問題である。サンゴが直接赤土を被った場合，サンゴの呼吸を妨げたり，サンゴの幼生が成長するためにはある時期に岩盤やサンゴ自体の骨格（造礁サンゴは石灰質の石の骨格を作る。）などに付着しなければならないが，その確率を低下させる。


海草の成長スピードは造礁サンゴの成長よりも速いのであるが，牧草地から排出される糞尿等の栄養物質を含む赤土流入によって海草が生育し，さらに，流入する赤土が海草に引っかかって溜まり海草が一層繁茂するというプロセスが進行しており，繁茂した海草が浅い部分の造礁サンゴを覆ってしまう結果，サンゴに光が届かなくなり，成長が止まる現象が起きていると指摘されている。また，底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）が３０ｋｇ／㎥を超えると，枝状のサンゴの出現頻度が減少し，大きな群体は消える。４００ｋｇ／㎥を超えると，濁った海に塊状のサンゴが点在するだけになり，漁業や観光などの資源は失われるという。
本件事業実施区域とα３地区の中間に位置するα５川は，土地改良事業が着手されるまでは赤く濁ることはなかった。１９７０年代に沖縄のサンゴ類がことごとく死滅する中でα３のサンゴが健全に生き延びていた理由の一つとして，α５川からは赤土がほとんど流出していなかったからだといわれてきた。現に，昭和６３年４月末の大雨の際，赤土が一気に海へ流れ出した結果，α５川河口からα３０と呼ばれる場所の近くに広がっていた枝サンゴの群落がほとんど死滅してしまった。その上α３サンゴ礁の広域にわたって赤土が堆積することにもなった。この地域は斜面が多いので地形的にも土壌の性質からみても土の流出しやすい条件がそろっている。また，この土地改良地区には排水溝が網の目のように走り，その全てが最終的にはα５川とつながるようになっている。防止対策が不備な工事現場や農地から流れ出す赤土が，全てα５川に集中する。本来であれば，自然の湿地帯の存在によって沈砂地の機能を果たすはずのα５川は，排水路工事のため，下流の一部分を除いてコンクリート張りにされ，直線化されてしまっている。そのため，α５川に排出された赤土はそのまま海に流入することになる。
平成７年に沖縄県赤土等流出防止条例（平成６年沖縄県条例第３６号）が施行されたことを受け，県内の開発事業に伴う赤土流出量は３分の１に減少したが，しかし，条例による濁水濃度の規制値である２００ｍｇ／ｌは，なお高水準である。そして，大きな発生源と考えられる農業用地からの流出量は，ほぼ横ばいのままである。α５川流域では，これまでにも流出防止対策事業が実施されてきたが，実際の対策は，これらの事業に同意した農家が所有するわずかな農地などにとどまり，十分な防止対策は確立されていない。環境省の平成１４年度の報告を見ても，「赤土に代表されるシルトの堆積については，本年度の調査では昨年と比較して若干の改善が見られた。ただし，これは台風による礁池の洗浄効果などの気象条件に拠るところが大きく，今のところ赤土流出対策の効果であるとは考えにくい。また，調査時期の相違から本調査の結果には反映されていないが，α５川周辺海域では昨年に引き続き大量降雨に伴う赤土流出によりサンゴ類に被害が発生しているなど，陸域からのシルトの流入が依然として深刻な海域汚染を引き起こしていることは間違いない。」としている。また，平成１６年１０月時点において，近年の保全対策事業は，現状では海域の赤土堆積量の減少につながっておらず，特に，α５川河口周辺においては，夏から秋にかけての集中的な降雨による人為的な汚染が恒常的に起き，生物群集に何らかの負の影響を与えている可能性がある，α５川河口周辺域の状況から，流域レベルでの流出防止対策を早急に推進する必要があるという指摘もある。さらに，環境省が平成１６年１１月から平成１７年２月までに石垣島周辺で行った調査結果でも，シルトの堆積状況及び底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）は，全体としては前年よりも改善傾向になっていたものの，これは平成１６年に台風が多く石垣島周辺に接近して底質の洗浄効果が高まったためと考えられるとされている。
(ウ)このように，サンゴは，深刻かつ多様な脅威にさらされており，それらの脅威は，それぞれ複合的・相乗的に悪影響を与えている。その中でも，赤土汚染は長きにわたってサンゴに悪影響を与え続けている主要な人為的要因である。赤土問題が極めて深刻な状態にあることを改めて認識し，今まで以上に対策を急ぐ必要がある。また，近年極めて深刻な影響をもたらす脅威として白化現象が注目されている。白化現象は，地球温暖化を背景とする高水温化を主因としつつ，赤土汚染などのストレスが複合的な原因として作用している可能性があるが，現状ではメカニズムの詳細がまだ分かっておらず，即効性のある対策は当面は望めない。このような中では，特定種優先型のサンゴ群集の保全対策を強化し，陸域の開発行為などに起因する赤土の流入を抑制するなどの自然環境の保全が一層重要である。
本件事業によって現状よりも赤土流出が増加するとすれば，それは赤土汚染，白化現象，オニヒトデ，病気等によって，既に深刻な脅威にさらされている本件事業予定地付近のα３の貴重なサンゴに対する致命的な脅威となるおそれがある。また，サンゴが白化現象のように影響が甚大であり，将来にわたってほぼ確実に継続し，かつ，現状では有効な対策が全く採れない脅威にさらされている状況では，その他の回避し得る脅威を少しでも取り除いていくこと以外にサンゴを保全する対策はない。その意味で，現状の赤土流出を少しでも抑制することが必要であり，まして新たな流出源を加えることなどはぜひ回避されなければならない。
イ本件補正書は，工事中に発生する赤土等が海に流出する経路として，α５川を想定しており，地下浸透後の地下水を経由しての赤土流出の危険性を全く考慮していない。そのため排水計画においても，浸透ゾーンを通じての地下浸透といわば地表の対策しか行っておらず，地下浸透後については，地下水の流れの調査すら行っておらず，全く対策が講じられていない。
しかし，本件事業予定地の地下には，α７と呼ばれる琉球石灰岩層が広がっている。琉球石灰岩，特にα７の琉球石灰岩は，浸食に弱く，地下水流に浸食されて洞窟ができやすい性質であることに加え，海岸に向かって背面（本件事業予定地の西側）が山に囲まれたボウル上の地形の底の部分に当たり，周囲に降った雨が集中する地帯であることから，大量の地下水が集中し，その結果多くの地下川・地下洞窟が密集しているという特殊性がある。


本件事業予定地の浸透ゾーンⅡが設置される付近だけでも，コキクガシラらが生息するＡないしＥ洞窟が存在しているとされたが，環境影響評価後にＣ１洞窟を始め，評価書作成時には未発見の洞窟が多数発見されている。こういった洞窟では，地下水や流れ込んだ雨水によって，地下川（地下河）を形成しているところも多く存在する。地下川には，雨天時には洞窟全体が完全水没するほど，水流がある（Ｂ洞窟やＡ１洞窟の天井でもベルホール（洞窟の天井に形成される半円状のくぼみ）が確認されている。）。そのため，事業地付近の海岸では，豊富に地下水が湧き出している。この湧出地点は，浸透ゾーンⅠ及びⅢと数百ｍしか離れていない。このような地点に事業用地から生じた濁水を集中させ，自然の浸透より大量の濁水を流し込むという計画を立てる以上，地下水の流れの経路すなわち地下川の状況を調査することは必須である。琉球石灰岩で洞窟が多数存在する地帯（カルスト地域）において，地下水系，特に地下川を調査することは，極めて初歩的かつ基本的な事柄である。しかし，本件の環境影響評価では，そのような極めて基本的な調査事項である地下水流・地下川については全く調査をしていない。ここに評価法上の重大な瑕疵がある。さらに，地下川が存在する以上，地下を通しての海域への赤土流出についても対策を講じる必要があるが，環境影響評価ではこの対策が全く講じられておらず，サンゴ礁保全のために万全を期すべき赤土対策にも重大かつ明白な欠陥が存在する。ウろ過は，水分にとけ込んだ粒子が他の物質に付着することよって水中の粒が取り除かれることによって起こる現象である。他方，α９地域の琉球石灰岩層は，圧密を受けておらずすき間だらけのため透水性はあるが，水中の物質を付着することはない。したがって，琉球石灰岩層では，この「吸着」によるろ過能力はほとんどない。また，本件補正書の工事期間中の赤土等流出防止対策は，台風や豪雨の場合でも，赤土の微粒子は，事業予定地の浸透ゾーンの地盤ないしその他の琉球石灰岩層に浸透し，時間が経過しても目詰まりは起こさず，浸透能力が低下することはないという仮定を前提としている。しかし，その担保はなく，これがそのとおり実現されると考えることには多大なリスクを伴うものである。濁水を地下浸透させるという手法を採る以上，工事期間を通じて浸透能力が維持されるか，目詰まりを起こして能力が低下しないかは通常危惧される問題であり，その科学的根拠が立証されないとしても，それが生じた場合の重大なリスクを考慮し，慎重な予防措置として対策を講じることが必要である。だからこそ，本件国交大臣意見１２でもその検討が求められている。
以上に対し，被告は，浸透ゾーンのろ過方式は，吸着によるものではなく，緩速ろ過方式であり，そのため目詰まりの危険はないという。しかし，県の透水実験でも，濁水の注入量の増加に従い，透水係数が徐々に低下する傾向が確認されている（乙２３の６－１－２４頁）。これは，濁水による目詰まりが生じていることを示すものにほかならない。そのため，県も不十分ながらも，浸透ゾーン上に赤土が堆積している場合には，その除去等の対策を講じるとしている。このような目詰まり対策を講じておきながら，緩速ろ過であるから目詰まりの危険はないというのは矛盾している。また，α９地域は，豊富な地下水流によって既に浸食を受けている地帯であり，さらに，琉球石灰岩は，元々，ある部分では密度があったとしても，他の部分では空げきにサンゴの破片等が詰まっているだけの部分もあるという均質性に欠けるモザイク状の地質である。直接洞窟地下川に濁水が流れ込むような切れ目が地表にあれば，緩速ろ過は全く機能しない。目視できる程度の大きさ（濁水を流すには十分すぎる大きさである。）の切れ目には，琉球石灰岩片を敷き詰めるというが，緩速ろ過が機能し得る程度の細かさの破片を敷き詰めれば，それは流出する危険が高く，反対に，流出しないような大きさの破片を敷き詰めれば，緩速ろ過は機能せず，石と石のすき間を濁水が流れるだけである。そして，濁水はすき間が多いところに集中する。浸透ゾーン全体にわたって水流を限界流速以下に落とすことで懸濁物質（水中に懸濁する浮遊物質の総称。以下「ＳＳ」ということがある。）を沈殿させるという機能が確保されることの保証は全くない（被告は，本件補正書の赤土防止対策が浸食による空間を含めて琉球石灰層群には大小の空げきが１０％から１３％存在していることを前提にしたものであるなどと主張している。しかし，ここで問題となっているのは，琉球石灰岩の切れ目の有無であって，空げき率とは無関係である。）。琉球石灰岩の表層から流入した水がそういった亀裂に至る前に琉球石灰岩のろ過機能によってろ過されることも十分に考えられるという被告の主張は，希望的観測にすぎず，環境に与える影響を「評価」し「対策」を講ずべしとする評価法の趣旨に反するものである。
エさらに，現実の工事による濁水が洞窟内に流れ込む要因として最も考えられるのは，洞口及び無数に存在する石灰岩の小さなすき間や切れ目から洞窟内に濁水が流れ込むことである。本件補正書の赤土等流出防止対策では，工事により発生した濁水は，水路を通じてろ過沈殿池，浸透ゾーンに集めることが計画されているが，その途中で石灰岩層の表面の亀裂や土で覆われている部分には無数の割れ目や穴が空いており，目視できる程度の亀裂ですら無数にあることが予測されるから，本件事業実施区域全体を補足するという対応は非現実的であって，全ての濁水を浸透ゾーンへ導くことは不可能である。被告は，このような切れ目の存在は確認されてないというが，琉球大学Ｐ５１教授の平成２２年３月２３日付け意見書（乙４８）の１５頁では，「工事現場において，雨水が仮設調整池からろ過沈殿池を通って浸透ゾーンに流れる過程において，一部の雨水が地表面から浸透することは否定できない。」としている。Ｐ１９委員会の調査でも，洞窟内の地下川の上流の流量に比べ，下流の流量の方が多いという結果が出ており（甲６３の表５・６），これは，他の洞窟を流れる水(支流)が合流したり，あるいは，地表からの水が流れ込んだりしている証拠である。本件補正書においても，降雨がＤ洞窟からＡ洞窟へ流入することが報告されている（乙２３の６－７－５頁）。そして，地表の切れ目から地下川に流れ込む濁水は，ろ過沈殿処理をされる前の高濃度の濁水である。台風あるいは局地的な集中豪雨で地盤が叩かれて生じた高濃度の濁水が前処理を経ないまま直接地下川に流れ込むことになる。被告は，細かい砕石を入れるなどして対応すると反論しているが，その有効性は，細かい砕石が水流などによって流出する可能性が高く疑問であるし，そもそも，無数に存在する切れ目を全て補足することは不可能である。


また，大雨などで洞窟内に流入した赤土を含んだ濁水は，洞窟内の地下川を下流の海域に向かって流れることになるが，ここではろ過されないことは明らかである。なお，本件補正書は，この洞窟内の地下川について，Ａ－Ａ１－Ａ２洞窟の地下水系と，Ｂ－Ｃ－Ｅ洞窟の地下水系の２水系を予測した（乙２３の６－７－５頁）。しかし，Ｐ１９委員会の色素追跡調査により，Ｂ洞窟地下水系は，Ｃ－Ｅ洞窟地下水系とは別の水系を成していることが明らかになり（甲６３），県も，その後の調査では，Ｂ洞窟地下水系とＣ－Ｅ洞窟地下水系が別の地下水系であることを認めざるを得なくなった。このことは，環境影響評価時の県の調査不足を根拠付けるものでもある。
オ琉球石灰岩層の地下洞窟を通った地下水は，パイピング空洞を通って，海岸湧水帯及び海中から湧出する。パイピング現象による水みちの存在は，次のとおり，海岸湧水帯の存在，名蔵れき層に地下水が作用して形成されたＥ洞窟の存在，砂取り場の空洞等から根拠付けられる。しかし，本件補正書は，パイピング現象について全く考慮していないため，何らの調査も対策も施そうとしていない。パイピング現象の存在を見過ごした本件補正書には，重大な欠陥があるといわざるを得ない。(ア)事業実施区域の海岸には，海岸全体から均等に水が流出しているのではなく，特定の箇所から集中的に地下水が湧き出す海岸湧水帯が存在する（甲第１４０号証の末尾の写真によっても，この海岸湧水帯を確認することができる。また，Ｐ１９委員会の調査でも，海浜の波打ち際，平均海水面付近に，砂の中から水が湧き出す直径１０ないし２０ｃｍの湧水孔が幅約８０ｍの区間に６０か所ほど存在していることが確認されている（甲６３）。）。この湧水帯は，Ａ１洞窟及びＥ洞窟の末端から海岸に向かう最短コース上に位置し，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸湧水帯の間をつなぐ特定の水みちが存在することを裏付けている（この点については，被告側は，何ら反論できてない。）。(イ)さらに，増水時には水圧が高まり，湧水帯よりも沖合の海底から地下水が湧き出す可能性もある。α３０の地形がリーフの切れ目から湧水帯に向かい深い谷状の地形が刻まれているのは，淡水の湧出のためにサンゴの成長が阻害されたためである。地元の人やダイバーからも，α３０付近で冷たい水が湧き出しているということを聞いている（証人Ｐ２０尋問調書２０頁）。また，サンゴ礁学会の調査でも，海岸よりも沖合の方が低い塩分濃度が観測されている（甲１４１の１１頁）。これは，陸水ではなく，海中での地下水（淡水）の湧き出しを示すものである（同調書２２頁）。このα３０と海岸湧水帯の直線上の先には，Ａ及びＥ洞窟が存在している。したがって，この水みちは，海岸湧水帯の先の海中に達している。
(ウ)この水みちは，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸までの名蔵層及び沖積層を通ることになる。この名蔵層及び沖積層に洞窟地下川の水が均等に浸透するのであれば，土砂の吸着作用によってろ過される。しかし，海岸湧水帯がある以上，洞窟地下川の水が，被告が主張するように均等に名蔵層及び沖積層へ浸透しているとは考え難い。そうなっていれば，海岸の特定の箇所のみから地下水が大量に湧出するという現象は生じないからである。
この名蔵層及び沖積層には，Ａ１洞窟及びＥ洞窟から海岸湧水帯に向かって最短距離を進む，パイピング現象によって形成された水みちが存在し，洞窟地下川の水は，そこを通って海岸から湧き出している。Ｐ１９委員会報告書（甲６３）に添付されている図７の写真は，工事によりなくなってしまったが，砂取場の壁面部分にあった空洞の写真である。この砂取場は，やはり，Ａ１洞窟及びＥ洞窟と海岸湧水帯を結ぶ中間点にある（甲１４０の末尾添付図面）。この砂取場には，このような空洞が多数形成されていたが，その形状，位置関係などからして，明らかに水流によって作られたパイピングによる空洞であり，この辺りにパイピング洞窟が形成される条件が整っていることを根拠付けるものである。
(エ)被告は，本件空港事業地域と海岸を結ぶ沖積層の動水勾配が限界動水勾配を下回っているからパイピング現象は理論上生じないという。しかし，被告の試算は，水が引力以外の圧力を受けずに均等に浸透するという条件の下，傾斜のみによる水圧のことしか考慮されておらず，その上流に当たる洞窟地下川の存在を看過している。α９地域の場合は，沖積層の上流に洞窟地下川が存在し，特に大雨時には水面が天井に達するほどの大量の水が流れ込む。地上の川であればはんらんするが，洞窟内の閉じられた空間の場合は，地下水は逃げ場をなくし非常に高い水圧が生じ，この圧力をもって，沖積層に水流がぶつかることになる。動物の巣穴などの小さな穴や切れ目があると，そこに水圧が集中し，傾斜がなくとも十分にパイピング現象を起こすだけの水圧（浸透流）が生じる（なお，洞窟内において増水により天井まで水がたまるような状況になると，水はその洞口からあふれ出すことになるから，空洞が分布する地域の地形上からも，パイピング現象を引き起こすような非常に高い圧力が洞窟全体に掛かることはないとの意見があるが，α９地域では，大雨のとき，通常の地下水面よりＡ１洞窟で３ｍ，Ｅ洞窟では２．５ｍの高さにある洞口から水が噴き出している（甲１７６）。水面から３ｍ，２．５ｍの高さにまで水が噴き出すということは，相当高圧の水圧が掛かっていることを意味しており，上記意見は，現地の状況を殊更に無視するものといえる。）。限界動水勾配に達していないからパイピング現象が生じないという被告の主張は，大雨の際には洞窟を水没させるほどの水量がある洞窟地下川の存在を見過ごしたもので，本件事業実施区域の実態からかけ離れた主張である。


(オ)本件事業実施区域の勾配であっても，現実にパイピング現象が生じていることは，Ｅ洞窟の存在によっても明らかである。被告は，Ｅ洞窟について，琉球石灰岩層と名蔵れき層の境界に存在し，琉球石灰岩層が地表側，名蔵れき層が地中側に位置するのであるから，先に琉球石灰岩層に溶出等によって空洞が形成され，その空洞を流れる地下水の影響によって，名蔵れき層中の砂れき分が浸食や吸い出しを受けて形成された物であって，パイピングによる空洞ではないと主張している。しかし，琉球石灰岩層と名蔵れき層の境界に洞窟が存在する地点は，Ｅ洞窟全体の一部分に過ぎず，Ｅ洞窟の大半は，名蔵れき層を貫通する形で存在している。Ｐ１９委員会報告書（甲６３）添付の図６（写真）をみても，天井まで名蔵れき層に覆われていることが明らかである。Ｃ洞窟とＥ洞窟をつなぐ空洞も名蔵れき層中をパイプ状に貫通しており，空洞に石灰岩は全く露出していない。
名蔵れき層は，半固結の砂れき層で一応は固まっているが，スコップなどで容易に掘り進むことができる程度の堅さであり，しかも，石灰岩のように水には溶けない。したがって，名蔵れき層中の空洞は，水圧によるパイピング現象で掘り進められ形成された洞窟であることが明らかである（乙第４８号証も，Ｅ洞窟がパイピング洞窟であることを何   ら否定   してお   らず，   むしろ   ，この   ことを   裏付け   るもの   である。）。
カ財団法人Ｐ１８（以下「Ｐ１８」という。）は，平成２０年４月，α３に設置している「Ｐ５２」が同年３月に実施した赤土等堆積状況の調査で，本件空港建設工事現場に近いα５川河口沖合３００ｍほどのポイント（Ｅ２）で，赤土堆積度が最も高いランク８を記録したことを発表した（甲８２）。ここでいうランク８は，「立っているだけで足がめり込む。見た目は泥そのもの」という程度に赤土等が堆積している状態である。サンゴが健康に生育できる限界はランク４～５であり，ランク５を超える場合は，人為的な原因によるものとされている。また，同年冬の堆積状況は，ランク８という高い濁度が確認されたこと以外に，過去と比較して顕著な違いが現れている。それは，通常であれば，赤土等は，河川等の陸水に混じって海に流入するものであるから，当然，海岸に近いところが濁度が高く，沖合に行くにしたがって濁度が下がるという関係にあるのに，α５川河口より北側の３か所（Ｅ点ないしＧ点），すなわち本件空港建設工事現場前面あるいは近傍の海域では，いずれも海岸側直近よりも沖合側で高い濁度が確認されているということである。これは，赤土が直接海中から湧き出したものであることを示すものである。さらに，赤土の堆積状況に変化が生じた平成１９年秋以降の調査では，赤土の堆積量が，本件空港建設現場前面のＧ地点・Ｆ地点で多くなる傾向が認められる（甲２０８）。かつては，α５川河口部のＥ地点の数値が高かったのと比較して，明らかな変化である。これも，工事により発生した赤土を含む濁水が海中から直接湧出していることを裏付けるデータである。
また，平成２０年６月７日の大雨の時に現地調査をしていたＰ１９委員会によって，海岸湧水帯付近の砂浜を掘り下げると，濁水が湧き出していること，α５川河口から流入した赤土とは別に，海岸湧水帯周辺は，他の地点と比較しても濁りが著しく，水深３０ｃｍ以深は全く視認できない状況であったことが確認されている（甲１２８）。このことも，正に地下の水路を通って濁水が直接海岸・海中に湧き出していることを裏付けるものである。
キ本件評価書では，濁水処理を行う浸透ゾーンの容量を確定するため，室内での浸透実験により透水係数を導き出し，その数値に基づき，要浸透面積，容量及び有効水深を定めた（乙２３の６－１－２３頁）。そして，実施設計段階で改めて，浸透実験を実施したところ，浸透係数が変更され，これに伴い，各浸透ゾーンの容量の拡大あるいは浸透係数の高い位置への浸透ゾーンの位置変更が行われることになった（甲２８号証）。このように変更した根拠は，現地で大型浸透試験（サンプルの直径は６０ｃｍ）をした結果，全地点において，室内実験値よりも低い透水係数値しか得られなかったため，必要容量，有効水深の変更あるいは透水性の高い位置への変更が迫られた（甲４３）。この浸透係数の変化は，室内実験で直径１０ｃｍのサンプルから６０ｃｍ径のサンプルでの実験に変更しただけで生じたというものであり，本件補正書の室内実験結果がいかに信ぴょう性のないものであるかを端的に示すものである。浸透係数の計算の誤りは，いうまでもなく，浸透ゾーンで確保する容量の誤りをもたらす。したがって，本件補正書の浸透係数で実施した場合には，想定内の雨量でも，濁水が浸透ゾーンからあふれ出したはずである。浸透係数に信ぴょう性がないことは，各浸透ゾーンの浸透係数が各地点の琉球石灰岩のサンプル一つだけの実験結果で導き出されていたことからも十分に予測可能であった。浸透ゾーンの浸透係数を算定するには，少なくとも，相当の数のサンプルでの実験結果によらなければならないことは明らかである。しかも，本件補正書では，琉球石灰岩とともに浸透ゾーンの地盤を構成する名蔵れき層については，何ら実験を行わずに，琉球石灰岩と同様な傾向と想定している（乙２３の６－１－２７頁）。琉球石灰岩層はモザイク状の不均質な地層であり，サンプルが採れるような固い部分があるかと思えば，その１ｍぐらい横には，サンゴの砂れきが詰まっているだけの部分もある（証人Ｐ２０尋問調書６頁）。このサンプル調査は，浸透ゾーン全体の岩盤を調査したとは到底いい難いものである。


したがって，わずか１０ｃｍ径の１サンプルのみで得られた結果に基づく浸透係数，これに基づき算定された容積での赤土防止対策で赤土流出防止が図られていると判断したことは，明らかに裁量判断の誤りである。さらに，６０ｃｍ径のサンプルによる実験結果も，わずか０．２８２６㎡の浸透面積での数値を示すものでしかない。実際の浸透ゾーンの面積は，この１万７２３２倍あるいは１６万２４２０倍である。実験値のわずかな誤差であっても，実際に浸透ゾーンを設置し濁水処理を開始した場合には，面積の拡大により致命的な誤りをもたらす。また，実際の浸透ゾーン内の地質では，同じ地質でも一定ではなく，浸透しにくい部分もあることは明らかである。実施設計段階での浸透実験が，どの程度のサンプルを採取して行われたものであるかは不明であるが，ここで出された数値も信用に値するものでないこと，ひいては濁水があふれ出る危険性が払しょくされていないことが明らかである。この点，被告は，本件補正書では，県が工事前に現地において面的な浸透実験を実施して検証し，必要に応じて対策を講ずることとし，そのとおり実行したのであるから，本件許可処分に誤りはないという。しかし，本件補正書に適切に対応する旨記載され，何らかの対応を採りさえすれば，その内容のいかんを問わずに環境配慮がされたものと判断するのであれば，環境影響評価を実施する意味は全くないに等しいものになる。
ク(ア)本件補正書では，浸透ゾーンないし調整池の設置規模を策定するに当たり，１日当たりの雨量を基に１０年確率規模の数値（日雨量２５９．４ｍｍ／日）を基準にしている。そして，この基準で９９．９５％をカバーし，非カバー日数は２日のみとしている（乙２３の６－１－１４）。しかし，この雨量を１時間雨量に換算すると，８４．４ｍｍ／時である。石垣島α１８では，平成１２年１１月１２日に１時間雨量１２７ｍｍの猛烈な集中豪雨を記録している。平成１９月１０月６日には１００ｍｍ／時，平成１８年４月２６日には８６ｍｍ／時と上記基準を上回る集中豪雨を記録している（甲４４）。石垣島は，夏から秋に掛けて台風の接近が多く，集中豪雨による環境汚染や赤土流出がα５川河口周辺でのハマサンゴ類の大量へい死の原因と指摘されていること，夏から秋に掛けての集中豪雨による恒常的な赤土堆積などの報告があることからも，局所的な集中豪雨は石垣島の地域的特性であるというべきであり，これを視野に入れた環境影響評価が行われなければならない（甲２８）。１日雨量を基準にしていることは，石垣島の地域的特性である局所的集中豪雨を過小評価するものである。
この点，被告は，浸透ゾーンないし調整池の規模の策定に当たり参考となる降雨量データは，浸透ゾーンに継続して流入する濁水処理に必要な浸透ゾーン容量を算定するためのものであるから，日雨量を用いることが相当であるし，平成１２年１１月１２日の集中豪雨も想定する日雨量を超えていないというものである。
しかし，日降雨量を基準にすると，当該雨量が２４時間，一定のペースで降り続けることを前提に容量を策定することになるが，本件補正書で基準にされた１０年確率の日雨量２５９．４ｍｍの１時間当たり雨量は１０．８ｍｍにすぎない。この規模で策定された容量では，平成１２年１１月１２日の集中豪雨の規模（１時間当たり１２７ｍｍ）の集中豪雨に対応できるかは明らかに疑問といわざるを得ない。１時間当たりでいけば，想定の１２倍もの雨量が流入することになるからである。２年に１度の規模の１時間当たり雨量ですら５８．８ｍｍで，県が想定している１時間当たり雨量の５．４倍に達している。また，平成１４年１０月２９日から３０日にかけての豪雨時の雨量は，現空港で，降り始めの午後４時からの２５時間の雨量が４３６ｍｍであり，上記の日雨量を上回っているが，この規模の豪雨が工事期間中に事業実施区域内に降ることはないという確証は，何一つ存在しない。
(イ)本件補正書は，国道を挟んで南側の地域には難透水性のトムル層が広がっているため，工事区域内で発生した濁水を一定量貯留し，規定の水質までの処理をした後に，機械処理方式を施し，ＳＳ濃度を２５ｍｇ／ｌ以下にしてα５川に排水するとしている。しかし，この関係について，本件補正書では，次の点について検討，記載されておらず，赤土等流出防止対策として万全であることを認めることはできない。ａ機械処理方式で使用する凝集剤について，本件補正書には，「使用を計画する凝集剤は，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本事業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合的に検討して決定する。凝集剤の決定にあたっては，生物への毒性実験等を参考にする。」とあるのみである。
しかし，これでは，凝集剤を使用した機械処理方式を採用するということ以上には何も述べていないに等しいし，その凝集効果や環境負荷について全く検討されていない。凝集剤の配合は，同じ地質でも異なり，配合を間違えると全く凝集効果が得られない。したがって，凝集効果による赤土等流出防止対策が図られているとは，到底認めることはできない。
また，凝集剤の決定に当たっては，環境負荷が小さい種類，使用量を総合的に検討するとのことであるが，例えば，ここで毒性の有無を確認する際の基準となる生物が何であるのかも，全く検討されていない。すなわち，凝集剤自体によるα５川あるいは海域に生息する動植物への悪影響の危険が全く考慮されていない。ｂまた，機械処理方式は，凝集剤の混合，プラント設備（機械）の作動など，人の手や機械を介しての処理方式である以上，作業ミスあるいは機械の作動不良等が生じる可能性がある。
したがって，処理水のＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の対応策が必要であるところ，ここでも「必要に応じ適切な措置を行う。」   ，「処   理に必   要な薬   剤など   は常に   確保し   ておく   ことと   する。」とするのみである。機械の作動不良についても「プラント設備の動力は，台風等による供給不能を考慮し発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備える。」と述べるにとどまり，機械自体の作動不良に対しては，何ら対策が採られていない（乙２３の６－１－４６頁）。また，この点に関しては，本件国交大臣意見１３に「機械処理設備の管理方法についても検討を行うこと。これらの結果を評価書に記載すること」との意見が示されており，この場合の「管理方法」は，上記事態への対応策も含まれているところ，本件補正書の記載はこれに全く対応していないに等しい。


処理水のＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の排水の停止などの対応や，機械にトラブルが生じたため，処理ができない間も調整池に流入し続ける濁水の処理等，当然に予想される事態への対応策についてのマニュアル等が検討される必要があるところ，これを欠いている以上，機械処理方式についても赤土等流出防止対策として欠陥があることは明らかである。
ｃ以上に対し，被告は，県が機械処理方式で用いる凝集剤は，無機凝集剤・有機高分子凝集剤のうち，実験等により土質に適合し，環境への負荷が小さいものを選択する，県は，凝集剤の選定に当たっては，生物への毒性実験を参考にする，工事実施中は，ＳＳ濃度が目標値の２５ｍｇ／ｌ以下を満足しているか常時記録し，必要に応じて適切な措置を行う等と述べているという。しかし，環境への負荷をどの程度の負荷まで許容することとするか，必要に応じた適切な措置の具体的内容，発電機にトラブルが生じた際のバックアップについて，何一つ明らかにされていない。
ところで，ＳＳ濃度は土壌の種類(懸濁物質の組成)やｐＨ，初期濁度，無機凝集剤や有機高分子凝集剤の種類，添加量及びその割合などで変化し，条件によってはこの数値を達成できない場合もある。本来は環境影響評価の過程において，現地の濁水試料を用いて，ジャーテストやシリンダーテストを行って適切な措置を明確にすべきであった。そのようなテストを繰り返していても様々な条件が逐次変化する実際の工事現場で，この数値を安定的に達成することは難しいのである。処分行政庁は，何ら資料・情報もないまま，事業主体が「適切に対応する」との一言で環境上の問題がないと判断したのと等しく，裁量権の逸脱があることは明らかである。(ウ)本件補正書は，総合評価として，赤土等流出防止対策は，環境保全措置として有効であると判断されることから，事後調査の必要はないとまとめている（乙２３の９－８頁）。
しかし，本件補正書の赤土等流出防止対策は，上記のとおり，防止対策としては種々の欠陥を有している。また，仮に本件補正書に記載してあるような効果があることを前提にしたとしても，防止対策を採る上で，人為的なミスや機械のトラブルが生じる可能性がある。これによって赤土等が流出する事態が生じた場合に，その被害の拡大を発見し，新たな対策を検討し，環境被害の拡大を食い止める契機になるのが，事後調査ないしは環境監視である。いわば，環境保全のための最後の安全装置である。
本件補正書の赤土防止対策は，神ならぬ人の計算値によって策定され，人の所為によって実施されるものである。それにもかかわらず，本件補正書は，判断の誤りや作業ミスはないとして，事後の調査ないし監視は不要と断じており，その態度はごう慢ですらある。これをもって環境上の問題はないと判断した本件許可処分に裁量権の逸脱があることは明らかである。
ケ以上のとおり，本件補正書の赤土等流出防止対策が不十分なものであることは明らかであり，α３のサンゴ礁は，今や待ったなしの危機の状態にある。このような状態の下で，このような欠陥だらけの赤土等流出防止対策を講じるのでは，赤土汚染によって，α３のサンゴ礁に壊滅的な被害を与えることになるのは必定である。
本件補正書は，調査の不足，事実評価の誤り等により影響評価を著しく誤っており，誤った環境影響評価に基づいてされた本件許可処分は，環境保全上の支障が生ずるか否かにかかわらず，違法となること（瑕疵ある評価書に基づく判断ゆえの違法）は既に主張したとおりであるが，さらに，本件評価書に記載された赤土等流出防止対策によっても赤土の流出という環境保全上の重大な支障を防止することができないのであるから，処分行政庁は，環境配慮を欠く場合であるのに，環境配慮がされるという誤った判断をしたものであって，その裁量を逸脱した違法がある。また，赤土が流出した場合の被害拡大の防止，あるいは，所期の対策が想定どおり機能しているかを確認するための事後調査や環境監視を行わないとして，その検証可能性や実効性確認の手段も欠いている点からも本件補正書は不十分であり，この点からも本件許可処分が裁量を逸脱したものであることが明らかである。
(4)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関する本件許可処
分の違法性について
ア(ア)石垣島に生息している３種のコウモリ類のうち，カグラコウモリ（Hipposiderosturpis）は，環境省のレッドデータブックで絶滅危惧１Ｂ類（近い将来における絶滅の危険性が高い種）に記載されている。八重山諸島（α６島，石垣島，α１７島，α３１島）の固有種であるが，α３１島では既に絶滅している可能性がある。またα１７島でもそれに近い可能性がある。石垣島でも繁殖洞が観光鍾乳洞化され，また様々な開発事業によるねぐらとしての洞窟の破壊や餌場としての森林の減少などによって，近年個体数が激減しているといわれている。本種は，亜熱帯に生息する南方系の種でありながら冬眠しており，特異な生理的適応をしているなど，学術上非常に重要な位置付けを有している。
また，ヤエヤマコキクガシラコウモリ（Rhinolophusperditus）は，環境省のレッドデータブックで絶滅危惧１Ｂ類に登載されている，八重山諸島（α６島，石垣島，α１６島，α３２島）の固有種である。石垣島では他の２種のコウモリ類と同様，繁殖洞の観光化や種々の開発による洞窟･森林の破壊などによって個体数の減少が著しい。本件事業に係る環境影響評価の詳細な調査でも，調査した島内の１００以上の洞窟のうち繁殖洞は５洞しか確認されていない。本種は，南方系のものとして日本列島へ北上してきた種と考えられているが，地理的に隣接している台湾や沖縄本島のコキクガシラコウモリと体のサイズや音声（ＣＦ音）において不連続性を示している。またα６島産のものがインド洋のアンダマン諸島に生息するアンダマンキクガシラコウモリに近いとして，α６島産のものをイリオモテキクガシラコウモリとして別種とする見解もある。このように，本種は，地理的な分布とその歴史的な背景の問題を含め，分類学的に未解決な問題を残すなど学術上非常に重要な位置付けを有している。


さらに，リュウキュウユビナガコウモリ（Miniopterusfuscus）は，奄美大島以南の南西諸島（奄美大島，α３３島，α３４島，沖縄島，久米島，石垣島，α６島）に分布する固有種である。環境省のレッドデータブックの絶滅危惧１Ｂ類に登載されている。沖縄島では南部の繁殖集団が数年前から姿を消し，久米島では全く見られなくなったという情報がある。石垣島ではかつては数か所の大集団が知られていたが，他の２種と同様，森林伐採などによる餌場の急激な減少や様々な開発事業による洞窟の消失などによって，個体数は急激に少なくなっていると推測されている。本件事業に係る環境影響評価の詳細な調査でも，石垣島全体で１８００頭程度しか確認されていない上，出産･ほ育洞窟は確認されなかった（Ｐ１９委員会によるその後の調査で，本件事業実施区域内のＡ洞窟が本種の石垣島内で唯一の出産･ほ育洞窟である可能性が高いと推測されている。）。本種は，各島しょで遺伝的分化が進んでいると予想されており，中国福建省産の個体が同種かどうかも問題になっている。また，本種は，高速飛行に障害のないまっすぐな洞窟と，天井が高く人によるこう乱のない出産･ほ育洞を必要とする。
(イ)本件補正書によれば，石垣島には，平成１６年１月現在でカグラ８９００頭，コキクガシラ６７００頭及びユビナガ１８００頭，合わせて１万７４００頭のコウモリ類が生息するとされる。一方，本件事業実施区域及びその周辺のα７地域洞窟群に生息する個体数は，カグラ最大数約４０００頭，コキクガシラ３０００頭，ユビナガ１０００頭（ビデオ撮影法では１４００頭がカウントされたこともある。）である。これらを合計すれば８０００頭となり，全島の４ないし５割を占めていて，石垣島のコガタコウモリ類の最大の生息地域となっている。特に，ユビナガの個体数は約６割と高い値を示している。石垣島は，島としての最大幅が約３５ｋｍしかないため，森林が連続していて飛翔移動が容易な環境であれば，島全体に生息する各種のコウモリをそれぞれ１つの個体群として扱うことが可能で，季節的移動に加えて，幼獣の分散を考慮すると長い時間経過の中で，移動交流とランダムな交配が行われ，比較的均質な遺伝構成になっていたと予想される。しかし，今日，人為的な影響で移動経路の多くが分断されている状態にあり，α９地域とその周辺地域も分断されていると考えられる。県の標識再捕獲による調査結果では，ＡないしＥ洞窟のコキクガシラの最大移動距離は７．８ｋｍ，カグラで約１０．８ｋｍ，ユビナガコウモリで約２２ｋｍである（乙４５）。こうしたことから，島内部で個体群の分化が進行している可能性がある。カグラについては，県による遺伝的解析から，遺伝的な距離と地理的な距離の間に相関がみられ，３つの個体群に分けられている。西部，北部，α９地域を中心とする南東部の３個体群で，特に北部と他の地域のコロニー間でわずかではあるが遺伝的な分化がみられている。したがって，α９地域の個体が消滅すれば，それを含む南東部の個体群は消滅（激減）する可能性がある。また，今後，各個体群が小さくなれば，近交弱勢（交配可能な集団が小さくなるほど，致死的遺伝子が発現する可能性が高まること）の負の連鎖に落ち込むおそれも予測され，絶滅へつながる可能性も否定できないと指摘されている。また，コキクガシラでは，カグラほど遺伝的な解析が行われていないが，カグラと同様に２つの個体群に分けられる。さらに，ユビナガについては，全く遺伝的な解析がされていない。しかし，本種の場合には繁殖場所（出産・ほ育場所）が発見されておらず，Ｐ１９委員会の推測どおりにＡ洞窟が唯一の繁殖場所であれば，Ａ洞窟が繁殖場所として放棄された場合，個体数の激減を免れず，絶滅につながる可能性がある。(ウ)県の探索調査によれば，α９地域には主要とされるＡないしＥ洞窟のほかに，Ａ１洞窟，Ａ２洞窟，Ｄ１洞窟等，合わせて少なくとも１８洞窟が散在している。石垣島内には多数の洞窟が存在しているが，コウモリ類が利用している洞窟はその１ないし４割程度に過ぎない。ましてや，コウモリ類の生存にとって極めて重要な出産･ほ育場所に利用されている洞窟や冬季の休眠場所（１００頭以上）になっている洞窟は更に少ない。
しかし，このα７地域洞窟群の中には，少なくとも出産・ほ育洞窟が３か所，同様に冬季の休眠洞窟が４か所も存在している。α９地域にはこれら出産･ほ育洞窟や冬季の休眠洞窟を含め，多様な洞窟が散在し，また洞内に多様な環境が創出されていることによって，絶滅危惧種コウモリ類の各種数千頭にも及ぶ個体群が冬季，夏季を通じて同じ洞窟を利用するか，洞窟間を移動しながら共存している。日常の利用個体数が少ないからといってその洞窟が重要でないともいえない。そのような洞窟でも，環境変動などが起きたときの避難場所となり，そのような事態において個体群の生存を確保する重要な条件となり得るからである。ゴルフ場の設置や本件空港整備により生息環境が劣化した状況でも，ごく狭いこのα９地域に洞窟性コウモリ類総数８０００頭が存在することは驚異的なことである。これは，比較的狭い地域に集中して存在する多様な自然洞窟群がコウモリ類各種で微妙に違うねぐらとなる場所の選択を許容し，また，洞窟周辺地域が採餌場所を提供し，洞窟と採餌場所への移動経路もかろうじて確保されているからである。α９地域の小型コウモリの保全を考える上では，こうしたα７地域洞窟群の一体性を考慮しなければならない。
(エ)このように，コウモリ類は，石垣島の生物多様性ないし生態系の重要な構成要素となっており，かつ，学術的に重要な意義を有するものである一方，既に絶滅のおそれに瀕している。α７地域洞窟群はコウモリ類の生息場所，とりわけ越冬・繁殖場所としての重要性が高く，石垣島南東部の各個体群の中心的な位置を占める場所であるといえる。本件事業の実施によって，コウモリ類がα７地域洞窟群を利用できなくなれば，石垣島南東部の個体群の激減あるいは消滅は免れない。そして，そのような事態になれば，石垣島南東部の個体群の遺伝的形質が消失することになり，石垣島全体における各種の遺伝的多様性保全の観点から影響が非常に大きいと考えられる。
イ本件事業が実施されれば，α９地域に散在する洞窟は，破壊され，あるいは空港の下深くに消失し，直接的な改変を受けない洞窟であっても，工事中の建設機械の稼動による騒音や航空機の運行によるごう音によって，コウモリ類の生息環境が著しく悪化する。また，カグラやコキクガシラは，樹林内を移動経路として利用し，開けた空間を飛翔しないところ，今ある樹林の大半は伐採されることから，コウモリ類の餌場が減少するとともに，その餌場へのルートも分断され，コウモリ類に取り返しのつかない深刻な影響を与える。


これに対して，県の環境影響評価は，次のようにいくつもの点で誤っており，いずれもコウモリ類の生息環境の悪化を解消，低減できるものではない。本件事業の実施によって，コウモリ類各個体群が甚大な悪影響を受けることは明らかというほかない。
(ア)県が環境影響評価の過程でコウモリ類の主要な利用洞窟として継続的な調査をしてきたＡないしＥ洞窟は，わずか４０ｍ離れるＤ洞窟を除いて，全て本件事業実施区域内に存在する。また，本件評価書の縦覧の際に初めて明らかになったＡ１洞窟及びＡ２洞窟も本件事業実施区域内の洞窟である。
本件補正書によれば，これらの洞窟のうちＡ，Ａ１，Ａ２及びＥ洞窟は盛土部分に当たり，滑走路の直下など空港の下になってしまい，Ａ洞窟を除き洞口が閉塞される。また，Ｂ及びＣ洞窟は切土部分に存在するため洞口や洞窟の天井部分が大きく破壊される。Ａ洞窟はその最奥部（コキクガシラの出産・ほ育場所になっている。）が事業実施区域端部の着陸帯の下になるが，洞口は事業実施区域外にあるためそのまま盛土される。Ｅ洞窟は現在の洞口からボックスカルバートで盛土区域外まで導き，導水とともに浸透ゾーンⅠに開口させる。その開口部周辺に樹林帯を設置するとともに，このトンネル内に一定間隔でホールを設けコウモリ類の利用に配慮するとしている。さらに，Ａ１及びＡ２洞窟はそれぞれをトンネルで結んで，Ｅ洞窟のトンネルと合流させるとしている。Ｂ洞窟は破壊し，拡大した洞口を閉鎖する一方，コウモリ類の利用を可能にするため新たに別の洞口を創設し，その周辺に植栽するとしている。Ｃ洞窟については，破壊された天井部分をコンクリート板で覆い，浸透ゾーンⅡの地下を通してその外側までトンネルを伸ばし新しい洞口を設置，洞口付近は植林するとしている。県は，Ａ及びＤ洞窟が従来どおり残存するので，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を利用できなくなってもコウモリ類は，Ａ洞窟，Ｄ洞窟等に移動できるとして，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失の影響は小さいと予測している。また，移動先のねぐらや餌場への影響についても，それぞれの環境収容力の範囲内であるとして環境保全措置を講じる必要はないという。しかし，これらの洞窟保全策は，物理的な空間（空洞）を空港の地下に残すことにはなるが，温度や湿度，そして，空気の流れなど洞内の微気象は激変することが予測される。また，工事中の建設機械の稼動や供用後の航空機の離発着に伴う騒音・振動等によりコウモリ類の利用は困難であり，絶滅危惧種コウモリ類の保護には何の役にも立たない。コウモリ類は，環境変動や人為的なアクシデント等によってねぐらを変えていると予想され，利用している洞窟が複数存在することでかろうじて現在の個体数が維持されているといわれている。したがって，相互利用できる洞窟が減ってしまえば，選択幅が減少し，環境収容力は低下してしまって，それらを利用する地域個体群は減少することが予測される。Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失により，コウモリ類の生存にとってかけがえのないα７地域洞窟群の一体性は完全に損なわれ，その影響は決して小さいとはいえない。
(イ)県は，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失によるねぐらの多様性が低下し選択肢が減ることを補うためなどの目的から，環境保全配慮として人工洞の設置を行うとしている。そして，被告は，人工洞窟の設置はコウモリ類の緊急避難場所としての意味があり，戦時中に構築された人工洞窟を石垣島のコウモリ類が利用しているという実態があるという。しかし，この人工洞の設置について，Ｐ１９委員会は，その報告書で，コウモリ類に利用されやすい代替施設を創設する技術はまだ確立されておらず，コウモリ類をそこに誘導する技術も同様であるとして，その効果について重大な疑問を呈している。作った直後の人工洞窟にはコウモリは入らないから，生息場所を奪った後の保全対策にはならないというべきであり，実際にも，平成２１年度には，人工洞窟には入洞しているコウモリがほとんどいない状態であった（証人Ｐ２１，甲２１２の１１・１２頁）。


(ウ)県は，建設機械の稼動に伴う騒音及び振動の発生による環境影響のための環境保全措置として，出産・ほ育期（５月ないし８月）と冬期の休眠期（１２月ないし３月）には，大型ブレーカや振動ローラなどは，Ａ洞窟やＤ洞窟から一定の距離以内（大型ブレーカ等においてはＡ洞窟及びＤ洞窟から半径１００ｍ以内，また振動ローラ等においては同様に各洞窟から半径４０ｍ以内）を避けて作業を行うとしている。しかし，実際の工事は長期間にわたり，そして，多い時には何百台もの多種の建設機械が同時に稼動し，様々な騒音をまき散らす複合的な騒音状況を呈するのに，この保全策は，県がＡ洞窟やＤ洞窟とは全く異なる構造及び形質の別の洞窟で行った騒音･振動試験のデータに基づき，単純に騒音源からの距離によって予測し決められたもので，洞窟構造などの差異は一切考慮されていない上，この試験はわずか１日だけしか行われておらず，しかも，上記建設機械各１台だけを使って行われたものである。このように実際とかけ離れた条件の下で行われた調査データに基づき考えられた保全措置が適切かつ有効なものでないことは明らかである。さらに，試験調査された洞窟に生息していたのは，比較的鈍感とされるカグラであり，よりデリケートなコキクガシラにそのまま当てはめることもできない。この保全措置は，科学的根拠や前例が全くなく，建設機械の稼動に伴って発生する騒音や振動によるコウモリ類への影響を低減できるとは到底いえないものである。平成１７年にα９地域のコウモリ類生息実態調査をしたＰ１９委員会は，その報告書（甲４）の中で，単に出産・ほ育や冬眠時期を避ければ工事の影響を回避できると速断することはできないこと，調査の結果，Ａ洞窟につながる未知の洞窟の存在などが明らかになったから，それらの存在の有無や位置をまず確認しなければ，Ａ洞窟の広がりを確定することができず，工事の騒音に対する適切な影響の回避（洞窟と稼動重機の距離確保など）を策定することはできないことを指摘している。しかし，このような指摘を受けていたにもかかわらず，県は，工事を続けてきており，その結果，平成１６年１月から平成２１年１月にかけて，コウモリ類の個体数は減少傾向を示している状態になっている（甲１２２の資料６，証人Ｐ２１１３・１４頁）。(エ)県は，現空港の北側から約２５０ｍの飛行経路直下にあるコキクガシラ（繁殖集団ではない。）の生息する洞窟で騒音・振動測定を行った。そして，その結果に基づき，航空機の離発着に伴う騒音・振動が残存するＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況を変化させることはないと予測，評価し，環境保全措置を一切考えなかった。しかし，現空港近くのその洞窟は，Ａ洞窟やＤ洞窟とは全く異なり，洞口から急に落ち込む音の入り込みにくい構造をしている。また，県は，光が届かないから音も伝播しないという前提でＡ洞窟やＤ洞窟への騒音等の影響を予測しているが，これも大きな誤りである。光は洞窟内では反射しないので屈曲部があればさえぎられるが，音（音波）は洞窟内で反射するため屈曲部があるからといってさえぎられるとは限らず，光が届かないから騒音も伝播せず，影響がないと短絡的に結論を出せるものではない。洞窟内の音の伝播は，洞口からの距離だけではなく，各洞窟の内部構造によっても変わってくるものであり，それらの調査をすることもなく結論を出した県の予測・評価は適切なものとはいえない。そして，そもそも，現空港近くの当該洞窟の現空港供用前のコウモリ類の生息状況は不明であるから，当該洞窟をコキクガシラが現在利用しているという事実があったとしても，また，当該洞窟内の中間地点や奥部の騒音レベルがいかに小さいものであったとしても，それだけで生息状況に変化がなく，コウモリ類への影響はないとはいい切れないのである。
また，県は，Ａ洞窟やＤ洞窟がコウモリ類にとって極めて重要な出産・ほ育洞窟であることを知りながら，繁殖集団への影響については何の検証もしていない。県が行った航空機の騒音・振動がコウモリ類に及ぼす影響についての予測・評価は，このような重要な観点が抜け落ちていることからも，不十分，不適切といわざるを得ない。以上のように，県の予測，評価は，手法そのものに重大な瑕疵があり，そのような手法に基づいて出された結論は到底適切なものとはならない。
(オ)本件補足書は，本件事業の実施に伴って，事業実施区域の樹林が約３０ｈａ消失し，Ａ及びＤ洞窟から餌場への２つの移動経路が分断される。これについて県は，Ａ及びＤ洞窟をねぐらとする各個体の餌条件が変化するため，環境影響の程度が極めて小さいとはいえないとして採餌場所となる緑地と移動経路の創出のために，樹木を植栽する環境保全措置を行うとしている。
しかし，創出される移動経路は北東側の海岸林への１ルートのみであり，また，新たに創出される樹林は，本件補正書の図面で見る限り，移動経路部分を含めても消失する樹林の３分の１にも満たない１０ｈａ未満しかないと思われる。これでは，α９地域に生息するコウモリ類の餌量不足が生じ，個体群の維持に重大な影響が生ずるおそれがある。それにもかかわらず，県は，当該環境保全措置の効果として餌場の消失及び移動経路の分断が低減されるとして，本件補正書に現況との変化は極めて小さいなどと記載している。これは看過できない重大な問題である。
ウ被告は，石垣島に生息するコウモリ類の個体数を維持するためには本件事業実施区域周辺だけでなく，石垣島全体という視点が重要であるといい，県は，コウモリ類が石垣島全体で一つの個体群を形成しているとの分析を踏まえて，本件空港設置工事に伴うコウモリ類への影響を回避ないし低減するための保全対策を採っているのであるから，本件事業がコウモリ類を絶滅に追いやるものとはいえない，本件事業実施区域内の洞窟への影響のみを分断して個別に取り上げ，県のコウモリ類の保全措置を批判するのは当を得たものではないと主張している。この点，県は，本件事業実施区域において採り得る保全措置の効果が小さいあるいはないかもしれないと意識しており，Ａ及びＤ洞窟を始めとするα７地域洞窟群において生息するコウモリ類への本件事業の影響を十分に回避しようとすれば，本件事業実施区域自体を変更せざるを得ないことを認識する一方，本件事業実施区域について代替案は検討しないとの方針を有していた。そこで，上記保全措置で足りると強弁するため，環境影響評価の対象であるα７地域洞窟群に生息するコウモリ類を保全する必要性を過小評価し，コウモリ類は石垣島で単一の地域個体群を成しているから，石垣島の一部（α９地域）からコウモリが消失しても，地域個体群が絶滅したことにはならないといおうとしているのである。
しかし，コウモリ類が石垣島全体で単一の地域個体群を成しているとの論理は，次の点から失当である。


(ア)被告は，３種のコウモリ類がそれぞれ単一の地域個体群とする根拠として集団遺伝学的分析を挙げるが，集団遺伝学的分析の結果そのものからそのように断ずることは困難と考えられる。そもそも，分布する範囲の狭い野生動物は，一つの地域グループである地域個体群を成すとみられやすいが，その種に固有な生態に基づく何らかの障壁が存在し，移動ないし遺伝的な交流が困難となって，複数の地域個体群を形成しているとみるのが相当であることがある。（調査の範囲内で）石垣島に生息するコキクガシラについて４段階でグループ分けしたところ，各段階によって２から５の遺伝的変異の認められるグループが見いだされたとの報告がある（甲２，３）。しかし，集団遺伝学的分析によって判明することは，一定の範囲においても現在も行き来しているかどうかということではなく，過去から現在までの間に，一定の範囲で交流があったかどうかということに過ぎない（証人Ｐ２２尋問調書４２頁）。したがって，遺伝子調査は，石垣島で一個体であるとする根拠たり得ない。
また，被告は，α９地域における洞窟に生息する個体数に変動が認められ，このことは他地域との交流状況を強く推測させる事実であるという。しかし，カグラやユビナガについて標識調査で移動が認められるとしても，それから，標識調査を行っていないコキクガシラについても移動が認められるとするのは根拠が薄弱であって，単なる推測にすぎない。また，標識調査によって移動が確認されたとしても，直ちに石垣島全体で一つの個体群とまではいえず，交流の規模，程度が問題となるはずであるが，県の示すデータは交流があるかないかといえばあるという程度のものにすぎないから（「平成２０年度Ｈ２０新石垣空港モニタリング調査業務委託（その４）」（乙４７）の９９ないし１０３頁を見ても，α９地域内で移動しているコウモリの個体数に比   べ，そ   れ以外   の洞窟   に移動   してい   るコウ   モリは   わずか   である。），石垣島全体で一つの個体群であるということはできない。(イ)地球上には，１０００万から一億以上の種が存在しているといわれている。種は，生物を分類する単位であり，更に亜種に分類される。種・亜種に属する生物は，遺伝的な交流の在り方に応じた地域個体群として存在し，種個体群の内部を見ると，個体ごとの遺伝的な変異が見られる。この遺伝的な変異に富んでいることが種や個体群の多様性の前提となっており，逆に種地域個体群の外部を見ると，異なる種の個体群が集まって多様な生物群集を形成している。これと地形や気象，土壌，水，大気，陽光など無機物質とが系を織りなして形成しているのが生態系である。これらの種，遺伝子及び生態系の多様性は，適応進化（遺伝物質であるＤＮＡに頻繁に起こる化学的な変化である突然変異に，捕食関係，競争関係など生物間の相互作用などによる自然淘汰が働いてもたらされる。）と，遺伝的な交流を妨げる効果である隔離が加わって起こる種分化によって形成されてきた。人間の生存は，地球上の安定したエネルギーの流れ，栄養塩類や水を含む物質循環，そして，多様な生物間の相互作用に支えられている。前２者の物理的な作用にしても，生物の働きによって調節されている。他の惑星と異なり，極めて複雑で精密な生物圏の働きによって，地球表面には揺らぎのある物理的不均衡状態，つまり生物による動的平衡状態が生み出され，維持されているのである。その結果として，私たちを取りまく大気，水，土壌と多様な生物からなる自然環境が成立し，様々な経済的生産活動が可能となる。そこで，生物多様性に関する条約２条は，生物学的多様性ないし生物多様性について，全ての生物（陸上生態系，海洋その他の水界生態系，これらが複合した生態系その他生息又は生育の場のいかんを問わない。）の間の変異性をいうものとし，種内の多様性，種間の多様性及び生態系の多様性を含むと定義し，その保全を図ることとしている。
このように，おおまかには遺伝子，種及び生態系間の各階層のレベルで，それぞれ多様性が保全されなければならないが，種の内部ではその地域グループである地域個体群間の変異，各個体群の内部では更に狭い地域ごとの変異が見られる。そのような変異が地域個体群，そして，種の多様性を生み出す基礎となっているのであり，「地域個体群」と明確に枠決められるかどうかにかかわらず，地域的な遺伝的変異が喪失すると，その総和としての地域個体群，さらに，その総和としての種の絶滅確率が加速度的に高まってしまう。母数が少なくなればなるほど，偶然などの確率変動性による影響は大きくなり，更に負の連鎖に陥りやすいためである。
(ウ)仮に，３種のコウモリ類全てが石垣島で単一個体群だと仮定したとしても（石垣島全体で見た場合でも），既に主張したα７地域洞窟群の一体性を考慮すれば，α７地域洞窟群はそれら地域個体群の保全に不可欠な環境条件となっているから，Ａ洞窟とＤ洞窟が保全されるからといって石垣島全体でのコウモリ類への深刻な打撃のおそれを否定することはできず，本件事業の実施はその絶滅をもたらすおそれがある。
エ(ア)   Ｐ１９委員会のＰ２１・Ｐ５３により，平成１９年６月９日，Ａ洞窟から出洞してきた授乳中のユビナガの雌を捕獲した事実が明らかにされ，これによってＡ洞窟が石垣島において未発見であったユビナガの出産・ほ育場所であることが確認された（甲４，４６，２１２）。Ａ洞窟がコキクガシラ及びカグラに続き，ユビナガの出産・ほ育場所であることが確認されたことにより，Ａ洞窟が石垣島に生息するコウモリ類にとって更に重要でかけがえのない洞窟であることが明らかになった。
ところで，２００２年度（平成１４年度）新石垣空港モニタリング調査業務委託報告書には，Ａ洞窟で，平成１４年７月２３日に幼獣メス４頭，オス１１頭，同月２５日にメス１頭，オス３頭を捕獲し標識を装着したとの記載がある（甲３の７－１０頁表－５．１．７．１（３））。７月下旬はいまだほ育期であって，その時期にＡ洞へと幼獣が飛翔するのを捕獲したというのは，Ａ洞窟がそれら幼獣の出産・ほ育洞であったことを意味するものであり，Ａ洞窟を出産・ほ育洞と認定しなければならないはずである。α９地域にユビナガの出産・ほ育洞がある可能性は否定できず，Ａ洞窟がその可能性が高いことが県による調査の中にもあるのである。


ところが，本件補正書は，この事実を黙殺して，「ａ）Ａ洞窟リュウキュウユビナガコウモリ」の項で「通年利用と判断できる（最大約１０００個体）。出産・ほ育場所としての利用は確認されなかった。」としており（乙２３の６－１２－１７２頁），また，甲３の７－９頁には，幼獣が捕獲されたことを前提とする記載はあるものの，注意深く読み取り，かつ，ユビナガの生態に詳しくなければ，事実が分からないような記載となっている。これは「他洞窟から移入してきたと見られる幼獣」とすることによって，意図的に事実を隠蔽しようとしたものとも読める。
(イ)被告は，Ａ洞窟の洞口付近で授乳中のユビナガの雌を捕獲したとしても，Ａ洞窟から出てきたものかどうか分からないとし，この事実からはＡ洞窟が出産・ほ育洞であるとは断定できないと主張している。しかし，Ｐ１９委員会のＰ２１らは，Ａ洞窟の洞口からの飛翔個体を追視し，洞口上の林内でそれを捕らえているのである。(ウ)被告は，乙第３３号証を引用した上で，乳頭の裸出のあるメスが出産・ほ育洞以外の洞窟で捕獲されていることから，乳頭の裸出のあるメスの存在と出産・ほ育洞であることとは関連性が薄いと主張している。
しかし，同号証の１２頁の記載からは，少なくとも２個体のうちの１個体は，出産・ほ育洞で見付かっており，乳頭の発達したコウモリのいる洞窟は，５０％の確率で出産・ほ育洞であったとみることができる。また，同記載は，乳頭が発達した個体で１年目，２年目に見付かったものの総数が７個体であり，そのうち１個体を除く６個体は出産・ほ育洞で見つかったことを示唆している。同号証の記載から，乳頭の発達した個体が出産・ほ育洞以外の洞窟で発見される方が一般的であるという結論を導くのはその趣旨を誤解しており，むしろ，乳頭の発達した個体が出産・ほ育洞で発見されるのが一般的であるといえるのである。
(エ)被告は，ユビナガに関する甲第２１２号証の記載につき，種々の理由を付けてその信用性に疑問を呈しているが，同記載は具体的かつ詳細なものであり，信用できるものである。また，被告の主張は過重な立証を要求するもの，あるいは，ユビナガの生態を知らない議論であって，いずれも失当である。
オ(ア)本件補正書は，Ａ及びＤ洞窟のねぐらの保全あるいは事業実施区域周辺の重要な種の個体群の存続を環境保全上の基本的考えとして（乙２３の６－１２－３１７・３２０頁），種々の環境保全措置を行うことによって事業実施におけるコウモリ類への影響は小さいとしている。しかし，予備的工事着手後，そのＡ及びＤ洞窟自体並びに事業実施区域周辺（全体）のコウモリ類の生息数が激減し，事業実施区域周辺（全体）の個体数も減少してきている。予備的工事後のコウモリ類に関する調査結果（現在のコウモリ類の生息状況）が本件補正書の重大な瑕疵を証明しているわけであり，コウモリ類保護への適切な配慮がされていないことのあかしとなっている。
被告は，石垣島に生息するコウモリ類について，平成２０年度までは有意な減少は生じておらず，コウモリ類の個体数が激減しているとの原告らの主張は誤りであるという。しかし，コウモリ類の個体数について，変動を考慮した上で，全般的な傾向を統計処理したところ，減少していることは明らかというべきである（甲１２２の資料６，証人Ｐ２１１３・１４頁）。コウモリの個体数に経年変化があるとしても，最大の数字で比較すれば，減少傾向にあるといえる。特に，本件空港の工事に着手する前（平成１６年１月）と比較して，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の状況を改変し従前のような利用ができない状態にする前の段階（平成２１年１月段階）でも，統計処理した値で見ると，平成１６年１月から平成２１年１月までの間に，２分の１ないし３分の１程度の減少があり，これを全般的な傾向からみて激減と評価することは妥当というべきである。
なお，県のコウモリ類の個体数に関するデータは，最大個体数という，証人Ｐ２２自身が説明することが不能な概念によって（証人Ｐ２２尋問調書１３・４０頁），計測した個体数で表示されている。しかし，県の使用する数字が実際のコウモリの生息数を表しているものかどうかは疑問がある（甲２１２の４～６頁）。
(イ)県は，平成１８年１０月末頃から最短距離で４０ｍとＤ洞窟に近い浸透ゾーンⅡの試験盛土工事（掘削工事）を開始した。県によると，平成２１年１１月末以降の休眠時期は，本件補正書（６－１２－２６７・３２０頁，７－６５頁）に記載されているとおりであり，Ｄ洞窟から１００ｍ以内では騒音・振動の大きい大型ブレーカによる掘削工事はしていないとのことである。
しかし，県のコウモリ類に係る事後調査（甲４５の１０・１２頁）によれば，Ｄ洞窟のコウモリ類の生息数は，平成１９年１月及び同年３月の調査とも平成１４年ないし平成１７年度調査における同時期の個体数に比べて著しく減少している（ユビナガは０頭で不変）。また，Ｐ１９委員会が平成１９年６月の出産・ほ育期に行った調査でも，Ｄ洞窟のカグラの個体数は７０頭，これは平成１８年度の同時期（２００頭）に比べて激減，加えて県が平成１４年ないし平成１８年に行った同時期の個体数の記録（１５０～４００頭）を見てもはるかに下回っており，Ｐ１９委員会報告書は，明らかに工事等の人為的な影響によるものと考えられるとしている（甲４６の４頁）。


(ウ)Ｃ洞窟についてみると，カグラは，Ｄ洞窟での調査による生息妨害を受けた平成１４年度以外はＣ洞窟を全く利用していなかった。しかし，平成１９年１月には８５０頭，同年３月にも６４０頭が利用し，平成１４年度と同程度の生息数になっている。他方，コキクガシラは，１月ないし３月には通常数百頭が利用しているが，平成１９年１月にはわずか２頭，同年３月に入っても１６０頭しか利用しておらず，カグラの侵入によってより弱小なコキクガシラが別の場所に追い出されたという事態になっている（甲４５の１０・１２頁）。(エ)さらに，Ｐ１９委員会報告書によれば，平成１９年６月におけるＡ洞窟のユビナガの個体数は８１頭で，平成１８年の同時期（１０００頭）に比べて激減していた。ユビナガの個体数は，県が平成１４年ないし平成１８年に行った同時期の個体数の調査結果と比べても下回っており，とても経年変動の範囲とみることはできない，明らかに工事等の人為的な影響が現れていると判断せざるを得ない（甲４６の３頁）。なお，Ａ洞窟は，掘削工事現場から最短で７５ｍ，また，人工洞設置工事の現場から最短で３０ｍ程度しか離れていない。(オ)α７地域洞窟群全体における各種個体数の総計（平成１９年６月）も，Ｐ１９委員会報告書によれば，前年同期に比べていずれも減少している。カグラは３３０頭が２３０頭に，コキクガシラは１５８０頭が１０３０頭に，ユビナガは１０３０頭が８０頭にそれぞれ大幅に減っている。個体数減少の主因は工事及び工事による周辺環境の劣化，採餌場所の消失等の影響が大きいと考えられるとされている（甲４６の５頁）。
(カ)以上のとおり，既にこれまでの予備的工事でさえ，そのＡ及びＤ洞窟のコウモリ類に重大な影響が出ている。また，α７地域洞窟群全体における各種個体数も同様である。この事実に鑑みれば，本件補正書の前提となる調査ないしその結果に対する評価に重大な瑕疵があったことは明らかというほかはない。Ｐ１９委員会は，本件補正書について既に破たんしていると指摘し（甲４６の４頁），Ａ洞窟とＤ洞窟が保全されれば，α９地域の個体群が維持できるとする短絡的な発想は払しょくすべきで，α７地域洞窟群の重要性を再評価する必要があるとしている（甲４６の５頁）。
カ本件の環境影響評価は，次のとおり，不適切，不十分な調査に基づいて進められたものである。
(ア)   Ｐ１９委員会は，平成１９年６月，調査を実施し，夜間にＡ洞窟から出洞してきたユビナガのほ育中の雌を捕獲し，これによって，Ａ洞窟がそれまで石垣島において未発見のユビナガの出産・ほ育洞であることを確認したこと（甲４６の１～３頁）は既に主張したとおりである。
Ａ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であることがそれまで分からなかったのは県の調査方法に問題があったからである。Ａ洞窟のように構造が複雑な鍾乳洞の場合，洞内で調査できる範囲は非常に限られており，そのような場合，出洞してきた成獣ユビナガを捕獲しその繁殖状態を調べる方法がその洞窟が出産・ほ育洞であるかどうかを見分ける最も適切で正確な方法であり，調査圧にも配慮した極めて一般的なやり方である。しかし，県は，とおり一遍に出産・ほ育期の捕獲調査はコウモリ類への影響が大きいとして，あくまで幼獣を視認で確認する調査法にこだわった（甲４６の３頁）。調査圧と調査の結果得られる重要事項のバランスを考えないこの不適切な調査方法のため，コウモリ類にとって極めて重要な出産・ほ育洞窟を確認できないまま，環境影響評価を行ったのである。
他方，Ｐ１９委員会の平成１８年の調査及びこれまでの県の調査でも，Ａ洞窟内の人の入れる場所ではユビナガの出産・ほ育コロニーは確認されていない。したがって，ユビナガの出産・ほ育は，Ａ洞窟内の人の入れない未知のねぐらで行われていると推測されている。自然洞は人が通れないくらいの狭い坑道であっても，その洞奥は広大な空洞が広がり，コウモリ類数千頭のコロニーが形成されていることもしばしばある（甲４６の３頁）。Ａ洞窟は県がこれまで明らかにしてきた以上の広がりを持つ洞窟であり，この場所がどこにあるかを確認しなければ，本件補正書に保全措置として記載されているコウモリ類の出産・ほ育期及び冬季の休眠期における大型ブレーカの稼動制限区域が確定できず，工事による洞窟破壊の危惧も払しょくできないのである。
(イ)   Ｐ１９委員会は，平成１９年の調査で，Ａ洞窟にはこれまで明らかになっている本件空港予定地から最も離れている西側の３つの洞口のほかに，洞内環境調査の結果から別の未知の洞口が存在していることを推測した。そして，その場所として予定地内に掛かるＡ洞窟奥部に近く，Ａ洞窟との連続性が示唆されているＤ１洞窟又はその周辺が考えられると指摘していた（甲４６の６～７頁）。Ｐ１９委員会は，その後平成１９年の調査でその洞口亀裂をＤ１洞窟付近で発見し，そこからコキクガシラ１５０頭が出洞するのを確認した。その際発見されたＤ１洞周辺の亀裂は１か所のみであったが，洞窟環境の調査結果では複数あると予想されている（甲４６の３～４頁）。Ｄ１洞窟は空港建設によって盛土される区域に隣接している。こうした亀裂が盛土によって閉鎖されることになれば，空気の流れが変わり，Ａ洞窟における洞内微気候の変化（好適な生息環境の破壊）は避けられない。また，Ａ洞窟の中央プール手前（甲４６の図１）より奥は，水面と天井とのすき間が非常に狭い部分が数か所あり，特に５ないし６月（出産・ほ育時期）の増水時にはそれらの部分が少なくとも数日は閉鎖してしまうことが考えられる。このような増水時の場合，亀裂が閉鎖されれば洞奥部（コキクガシラの出産場所）から洞外への移動経路も消失してしまい，出産・ほ育に利用しているコキクガシラには極めて重大な影響を与えることが予測され，出産・ほ育場所やねぐら場所の放棄につながるおそれが強い。さらに，洞窟亀裂が閉鎖されないとすれば工事中の騒音や振動がＡ洞窟内の洞奥部に直接進入してくることになり，いずれにしても洞内環境の悪化は避けられない。県は，これまで数年にわたってコウモリ類の生態調査をしているものの，洞窟内の空気の流れなど洞内環境調査はほとんどしておらず（温度，湿度の記録のみ），新たな洞口を発見することはできなかった。
(ウ)県は，本件国交大臣意見３に基づいて，Ａ１洞窟を平成１７年５月と同年６月に目視確認による調査方法で実施し，水没するためコウモリ類の利用は困難であると報告した。


しかし，Ｐ１９委員会の調査では，平成１８年の冬季（２月），夏季（６月）及び秋季（９月）並びに平成１９年の夏季（６月）に，いずれも数頭から１６頭のコキクガシラがＡ１洞窟で確認されている（甲４，甲４６）。また，Ｐ１９委員会は，平成１８年９月及び平成２２年６月にはＡ１洞窟の最奥部まで入洞し，コキクガシラの生息とグアノを目視観察し，Ａ１洞窟には増水時でも水没しない場所があることを発見した。これによって，Ａ１洞窟はほぼ周年を通じて，少数ではあるがコキクガシラがねぐら場所として利用していることが確認された（甲４，甲４６）。Ａ１洞窟は増水時には途中までしか入洞できず，洞内調査は難しいが，洞口でのバットディテクター（コウモリの出す超音波を人の耳で聞こえる可聴音に変換する装置で，周波数によってその種別を明らかにできる。）によるカウント調査によりで利用個体数を確認できるにもかかわらず，県は，同調査もせずに目視調査だけでいとも簡単に，コウモリ類の利用は困難であると結論付けた。これは，極めて不適切な調査方法による誤った結論であり，そのような調査に基づいてＡ１洞窟の評価を行うことは，非科学的とのそしりを免れない。
(エ)県は，平成１９年８月２３日に，浸透ゾーンⅡの掘削中に新たな洞窟が見付かったと発表した。水流があり洞窟延長は３００ｍ（歩行可能範囲は１１０ｍ，狭さく部分は１９０ｍ，うち事業地内９５ｍ）で，洞内には６ないし７ｍのホールもあり，Ｃ洞窟とつながっていると考えられており，コキクガシラ７０頭とカグラのものと思われるふんが洞内で確認されているという（甲１２）。しかし，既に開口部は掘削で大きく破壊されており，工事前にはこの洞窟をどの種のコウモリがどれくらいの数，どのように利用していたかを知る由もない。これほど大きな洞窟が今頃になって発見されたのは，洞窟探索調査が極めて不十分だったことを意味している。洞口が破壊された後でもこの新洞窟を７０頭ものコキクガシラが利用している事実から鑑みれば，この洞窟はＡないしＥ洞窟に並ぶ，予定地周辺地域では極めて重要な洞窟であった可能性がある。
(オ)   Ｐ１９委員会は，コウモリ類を除く洞窟内動物でも新種と思われる好洞窟性動物を発見した（甲４７の１・３頁）。
平成１８年及び平成１９年の調査でＤ洞窟のコウモリ類のグアノ（ふん）中から，ケシガムシ属の一種が発見された。本件補正書資料編の洞窟性生物出現種リストには記載・報告されていないものである。洞窟内のコウモリのグアノ中に見られるケシガムシ属の種として，ドウクツケシガムシがあり，世界で唯一，熊本県の一洞窟に生息していることが報告されている。熊本県により準絶滅危惧種に指定されているが，近年は生息が確認されておらず，絶滅が非常に心配されている。Ｄ洞窟で発見されたケシガムシ属の一種は，このドウクツケシガムシと発見環境が類似しており，未記載種（新種）の可能性が高いと専門家は指摘している。
このほかにも，Ｐ１９委員会の調査によって，好洞窟性のトカラコミズギワゴミムシがＡ１，Ｃ及びＥ洞窟の洞内で初めて確認された。県の調査が不十分なあかしである。また，真洞窟性で準絶滅危惧種（石垣島固有種）に指定されているムモンアメイロウマについては，本件補正書の中ではその保全措置について一切示されておらず，不十分極まりないといえる。
(カ)以上のとおり，コウモリ類及び洞窟内動物に関する県の環境影響評価は，その基本となるべき調査そのものが極めて不適切，不十分であった。そのため，Ｐ１９委員会の平成１８年ないし平成１９年の４回の調査だけでも，県の調査では明らかにできなかった環境影響評価を進める上では看過することはできない重大な事実が新たに発見されている。これらの重大な事実に配慮することなしに（できないままに）進められた環境影響評価は，当然のことながら環境の保全に適切に配慮されたものにはなり得ない。
キ「コウモリ類調査の手引き（１）」（甲１３５）の編集に関わっているＰ５４（ＮＰＯ法人）は，県の環境影響評価におけるコウモリ類調査を当初より随意契約で実施してきているコンサルタントであり（甲２，３），自ら編集した手引きを知らないわけはない。また，県がコウモリ類に関する専門的な助言を得るために設置した「Ｐ２４委員会」でも周年の調査を主張する委員などがいたにもかかわらず（甲５２の９頁），その後の同委員会における調査回数等についての論議はうやむやになってしまった（甲５３）。すなわち，事業主体である県の主導により，あえて不適切，不十分な調査が行われたことになる。
また，Ｐ５４の代表（理事長）であるＰ５５氏は，この「Ｐ２４委員会」の委員である。同氏は，奈良教育大学教授でありコウモリ類の専門家（分類学）ではあっても，県とともに環境影響評価手続を進める団体の代表であるため，第三者的立場の専門家等で構成されるべき委員会に加わるのは極めて公正さを欠くとして，Ｐ３３会やＰ４５会は，同氏の解任を求めている（県は，公正さを損ねるものではなく委員にふさわしい専門性と資質を有しているとしており，同氏は，今も委員のままである。）。
そして，「Ｐ２４委員会」は，Ｐ５５氏を含め５人で構成されているが，コウモリの研究や保護の専門家は，同氏を含めた２人だけであり，その人選に強い疑問の声が上がっている。「Ｐ２４委員会」が，県による早期事業推進の圧力に抗し得ない状況にあったことは容易に推測される。
ク以上のとおり，工事の実施後，既にコウモリ類への影響が現実的に発生していること，Ｐ１９委員会の調査によって県の不適切，不十分な調査が明らかになり，環境影響評価を進める上で欠かせなかった重大な事実がいくつも確認されてきていること，そして，県が環境影響評価書に対する本件国交大臣意見に適切に対応していないことなど，コウモリ類に関する県の環境影響評価は，環境の保全について適正な配慮がされたものとは到底いえない。
それにもかかわらず，処分行政庁が本件許可処分をしたことには，事実誤認，裁量権の逸脱があるから，評価法３３条に違反し，違法となることは明らかである。
（被告）
処分行政庁は，前記第２の３のとおり，本件補正書の記載事項及び本件国交大臣意見に基づき，主として，本件主務省令の別表第一（６条関係）に掲げる標準項目及び本件主務省令６条１項により必要に応じて追加した選定項目に着目し，本件事業において「環境の保全についての適正な配慮がされるものであるかどうか」を審査した。


本件補正書によれば，本件事業の実施が環境に及ぼす影響を予測・評価した結果は，環境保全措置等を実施することによって，環境影響は回避ないし低減されており，また，必要に応じ，損なわれる環境の有する価値が代償されていることから，全体としては，事業実施区域周辺に及ぼす環境影響の程度は小さいものと判断されていること（９－１ないし９－３５頁），また，本件国交大臣意見において指摘した２４項目についても，いずれも適切な対応がされるものと認められたことから，処分行政庁は，本件事業につき，環境配慮がされるものと判断した。
この処分行政庁の判断は，合理的な基準に基づき，評価法所定の所要の審査を行った結果である。本件空港の設置は高度の必要性が認められるものである上，本件事業は環境配慮がされるものと判断されたのであるから，処分行政庁が本件許可処分をしたことに裁量権の逸脱又は濫用がないことは明らかである。(1)評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方についてア本件事業は，「第二種事業」（評価法２条３項，環境影響評価法施行令６条，別表第一の四イ第三欄）に該当することから，処分行政庁は，航空法３９条に基づく本件許可処分の審査に際し，環境配慮審査の結果を併せて判断することとなる（評価法３３条１項，２項１号）。すなわち，処分行政庁は，飛行場設置許可の申請があったときは，その申請内容について，申請書及びこれに添付された書類や図面の記載内容等に基づき，また，航空法３９条２項に基づく公聴会の結果を踏まえて，同条１項各号の定める要件に適合するか否かを判断する。そして，申請内容が同項所定の要件を全て満たしていると判断した場合には，評価法３３条１項の審査の結果（環境保全上の支障を防止する法益）と航空法３９条１項各号の審査の結果（飛行場設置許可をすることによる法益）を比較考量し，評価法３３条２項に基づき，当該申請に係る飛行場の設置を許可するか否か，許可に必要な条件を付するか否かを判断する。そして，環境の保全に適正な配慮をして事業を実施するという場合，その配慮の仕方としては様々な方法が考えられるところであり，特に事業や環境保全措置の代替案がある場合にいずれを選択するかは事業者の自主的な判断に委ねられるべきものである。また，事業の可否は，当該事業を必要とする公共性，社会性やその雇用効果，経済効果なども考慮の上，更には時として政治的判断も加えられ，正に総合的見地から決せられるものである。そのため，主要諸国においても，環境影響評価は，主に環境を配慮した合理的な意思決定のための情報の交流を促進する手段として位置付けられ，個々の事業に係る政府の意思決定そのものに一般の人々が参加するための制度とはされていない。評価法は，こうした主要諸国の状況等にも鑑み，中央環境審議会答申において，我が国においても同様の考え方に立つのが適当であるとされたことを受けて立案されたものであり，事業に係る意思決定に反映させるべき環境情報の形成を図る観点から環境影響評価制度を規定したものであるとされている。そうすると，このような環境情報を得た上で許認可等処分を行うか否かは，結局，許認可等権者が上記の総合的見地から行う裁量的判断に委ねられているというほかなく，その裁量は広範なものであるから，評価法３３条２項に基づく上記の判断が違法となるのは，環境保全への考慮を全く怠ったと考えられるような例外的な場合に限られるのである。イ(ア)原告らは，環境の保全は許認可等処分をするための絶対的な考慮要素であって，他の考慮要素との相対的な比較衡量は許されないなどという。
しかし，評価法３３条１項は，「対象事業に係る免許等を行う者は，当該免許等の審査に際し，評価書の記載事項及び第２４条の書面に基づいて，当該対象事業につき，環境の保全についての適正な配慮がなされるものであるかどうかを審査しなければならない。」とし，同条２項は「前項の場合においては」として，本件許可処分のように「一定の基準に該当している場合に免許等を行うものとする旨の法律の規定であって政令で定めるものに係る免許等」の場合には，当該免許等に係る当該規定に定める「当該基準に関する審査と前項の規定による環境の保全に関する審査の結果を併せて判断」するものとしている（同条２項１号）。そして，この「併せて判断する」とは，同条１項の環境の保全についての審査の結果と免許等の審査の結果をつきあわせる趣旨であり，同項の審査の結果（環境保全上の支障を防止する法益）と免許等の審査の結果（免許等を付与することによる法益）と比較衡量し，総合的に判断する意であるとされている。原告らの上記主張によると，同条に基づく審査は絶対的な考慮要素を欠くか否かが基本となるようであり，「併せて判断する」ことができるのは，環境保全上極めて軽微な支障が生ずる可能性を完全には否定し切れないというレベル未満の支障が生ずる場合という，正に極限的な場合のみということになる。しかしながら，同条１項が，当該免許等の審査に際し，当該対象事業につき環境保全についての適正な配慮がされるものかどうかを審査することを要求し，その場合において，「併せて判断する」と規定したことからすれば，原告らが主張するような極限的な状況の場合のみ「併せて判断する」ことを要求しているものと考えることは到底できない。また，評価法において「当該免許等に係る法律の規定に反しない限りにおいて」という制約が課せられていないことから，原告らが主張するような「基準」が当然に導かれるわけでもない。
(イ)原告らは，環境影響評価制度が基準クリア型ではなくベスト追求型を志向するものであり，評価法３３条２項に基づく許認可等処分は行政事件訴訟法３０条の裁量処分には該当しないなどという。しかし，評価法は，環境基本法２０条が「国は，土地の形状の変更，工作物の新設その他これらに類する事業を行う事業者が，その事業の実施に当たりあらかじめその事業に係る環境への影響について自ら適正に調査，予測又は評価を行い，その結果に基づき，その事業に係る環境の保全について適正に配慮することを推進するため，必要な措置を講ずるものとする。」と規定したことに基づき制定されたものであり，環境基本法は，「環境への負荷の少ない健全な経済の発展を図りながら持続的に発展することができる社会が構築されることを旨と」するとして（４条），環境への負荷の低減と社会の発展の両立ないし統合を図っているのであって，環境の保全を絶対視して社会の発展を阻害してでも環境の保全を優先することまでを求めているものではない。また，環境影響評価制度は，環境基本法２０条の規定からも明らかなように，事業者において自主的に環境保全上の適正な配慮がされることを期するといういわばセルフコントロールの考え方を基礎としており，評価法３３条の横断条項は，事業者におけるセルフコントロールが不十分である場合に環境の保全上支障が生じないようにするための手段である。


評価法３３条２項の「併せて判断」については，上記のとおり，環境影響評価制度が一義的には事業者の自主性に委ねられていることや，環境への負荷の低減と社会の発展の両立を指向し，その比較衡量を行わなければならないことからすれば，やはり許認可等権者の広範な裁量に委ねられていると解さざるを得ないのであって，例えば，環境配慮がされていない場合でも，許認可等を拒否する処分がされることもあれば，比較衡量の結果，許認可等を行う処分がされることもあるのである。
ウ手続の瑕疵により重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を欠くこととなった結果，環境保全上の支障が生じるおそれがある場合は，手続の適否も免許等に影響を及ぼすこととなる場合も全くないということはできない。しかし，それが飛行場設置許可処分の違法事由となるためには，そのような場合に該当するか否かの判断も評価法３３条１項の審査の一環としてされるものであるから，結局，この点についても確定評価書及び２４条意見に基づいて判断せざるを得ないのであって，確定評価書及び２４条意見に基づいて判断した結果，手続の瑕疵により重要な環境情報が見落とされており，その情報への配慮を欠く結果，環境保全上の支障が生じるおそれがあるということができる場合でなければならないし，その結果，当該処分が環境への配慮を全く怠ったということができるような場合に該当するということができなければならない。したがって，最終成果物たる後の評価書の存在を無視して，方法書や準備書，評価書の段階における手続の瑕疵を主張し，それをもって直ちに本件許可処分の違法性を基礎付けようとする原告らの主張は，それ自体失当である。
エ(ア)原告らは，評価書から存在を認識し得る手続的違法については，当然に許認可等処分の違法性を基礎付け得るなどという。しかし，評価法は，上記のとおり，事業者に一定の手続を履践させることによって，事業者において自主的に環境保全上の適正な配慮がされることを期するというセルフコントロールの考え方を基礎としており，まず，事業者が環境影響評価の意義を十分に理解し，評価法に規定する手続を実施することにより，事業計画の策定において環境保全上の適正な配慮がなされることが期待されるものであり，評価法３３条の規定は，セルフコントロールのみによっては，例えば事業者が重要な環境情報を見落とした結果，重大な環境の保全上の支障を招くおそれのある事業計画が策定されてしまうといったケースも生じ得ることから，そのようなケースに対応するため，国としても環境の保全上の支障が生じないことを確保する手段として定められたものである。評価法のこのような趣旨に鑑みれば，評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは審査の直接の対象ではないが，手続の瑕疵により重要な環境情報が見落とされ，その情報への配慮を欠く結果，環境保全上の支障が生じるおそれがある場合等には，手続の適否も免許等に反映されることとなる。しかし，原告らが主張するように，手続的な瑕疵があれば直ちに，環境保全上の支障の有無に関係なく，当該事業を許可することが違法となるものではない。なお，原告らは，行政処分を引き合いにして，評価法で定める「手続違反が取消事由となる」と主張するが，事業者が行う環境影響評価はそれ自体行政処分ではなく，また，処分行政庁が行う許可処分そのものの手続でもないから，行政処分になぞらえて評価法で定める手続違反が直ちに取消事由となるとの原告らの主張は明らかに失当である。(イ)原告らは，事業者が説明責任を果たしていないことを看過して許可処分が出された場合には，当該許可処分は，評価法３３条に反して違法となるなどという。
しかし，原告らが主張する「説明責任」の根拠となる規定は存在しない（仮に，評価法２１条２項の規定が原告らのいう「説明責任」に関する規定となると解したとしても，事業者の見解に不備があるというだけでこれが記載された評価書に対する審査を経てされた許可処分が違法となることの根拠となる規定は存在しない。）。この点をおくとしても，原告らの主張は具体性に欠ける上，事業者が評価法２１条２項の規定に基づき評価法１８条１項の意見の概要を記載するに当たって，例えば同種の意見が複数寄せられた場合には一括することや，長文の意見書が寄せられた場合には内容を要約すること等の対応を採ることは可能であり，また，事業の可否のみを表明する意見など環境の保全の見地からの意見と捉えられないものについては，特段対応すべき義務は生じないのであって，県が一つ一つの住民意見に対して事業者の見解を述べていないとしても何らの問題もない。さらに，原告らは，県が見解を述べているにもかかわらず，回答がないなどとしている（例えば，原告らは，「現空港を代替案として検討してほしい。」旨の意見に対する県の回答は，住民の意見に対する回答になっていないなどというが，その回答の前に空港の位置選定に関する経緯が記載されているのを無視しているし，そもそも，上記回答は，現空港の滑走路延長が種々の事情から不可能ないし極めて困難であるという趣旨の回答であると考えられるのであり，当該意見に対する一つの回答となっている。）。また，原告らが事業者の見解の不備であると主張する点は，非常にささいなものであり，立場によってどのようにでも解釈できるような内容にすぎない。事業者の見解に不備があった場合，それがどのようにささいなものであっても評価法２１条２項違反であり，そのような不備のある評価書に対する審査を経てされた許可処分は違法であるというような帰結には何らの合理性もない。
(ウ)環境影響評価の目的は，環境への負荷の低減と社会の発展の両立であり，仮に手続上の瑕疵があるとしても，必ずしも環境影響評価の目的自体が阻害されるわけではないことからすれば，手続上の瑕疵についても，環境への負荷の低減と社会の発展との比較衡量の中で考慮されれば足りるものである。行政事件訴訟法３０条により，その比較衡量における裁量権の逸脱又は濫用の存否が司法審査の対象になるにすぎないのであって，評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは審査の直接の対象ではないというべきである。オ原告らが依拠する平成２２年３月１４日付けＰ８及びＰ９意見書（甲１６４の１。以下「Ｐ８・Ｐ９意見書」ということがある。）に記載された意見には，次のとおり種々の点で問題がある。
(ア)Ｐ８・Ｐ９意見書では，「適正な配慮」について，評価法１１条３項を引いて環境基本法１４条に定める事項の確保を旨とするものであるという。しかし，評価法１１条３項は，事業者が対象事業に係る環境影響評価の項目等を選定するに当たり従うべきものとされる本件主務省令を定めるにつき，環境基本法１４条各号に掲げる事項の確保を旨とするというものであって，「適正な配慮」の中身について規定したものではない。


(イ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，適正な配慮は，単に法令の基準を遵守すること（基準クリア型）で足りるわけではなく，可能な限り環境負荷を低減し，最善の措置を採るべきこと（ベスト追求型）を意味し，まずは環境影響の回避策を採るよう努め，それが不可能なときに低減策を採り，低減策でも不十分な場合に代替措置を検討することが要請されているという。
しかし，「環境影響評価法第４条第９項の規定により主務大臣及び建設大臣が定めるべき基準並びに環境影響評価法第１１条第３項及び第１２条第２項の規定により主務大臣が定めるべき指針に関する基本的事項を定める件」（平成９年環境庁告示第８７号）における「環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針」に関する基本的事項の中で（第二の一(6)），「評価は，調査及び予測の結果を踏まえ，対象事業の実施により選定項目に係る環境要素に及ぶおそれのある影響が，事業者により実行可能な範囲内で回避され，又は低減されているものであるか否かについての事業者の見解を明らかにすることにより行うものとする。」と定められており，環境への影響回避，低減措置は，「その技術的な実行可能性に加え，措置の効果の程度，他の項目への影響の程度，事業目的との関係性等」との兼ね合いで実行可能な範囲内で採ることとされている。
したがって，Ｐ８・Ｐ９意見書が「ベスト追求型」について，極限まで回避，低減措置を採ることが求められているという趣旨でいうのだとすれば，その理解は失当である。
(ウ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，評価法２１条２項の規定の趣旨は，市民の意見に高い位置付けを与え，市民の参加権を確保することを明確にするものであるという。
この「市民の参加権」の具体的内容は定かではないが，評価法が範囲を限定せずに一般の市民が意見を述べることができることとしたのは（８条，１８条），一般の市民の意見を通じて環境情報を収集し，これを事業内容に適切に反映させるためであり，一般の市民が当該事業の環境影響評価に「参加する権利」があるとしても，その内容は，方法書や準備書について，「環境保全の見地からの意見」を一定の期間に書面によって述べることができるというものであって，それ以上でもそれ以下でもない。
(エ)Ｐ８・Ｐ９意見書は，「事業者の説明責任」なるものについて述べており，この責任の根拠は市民の参加権であると考えられる。しかし，評価法２１条２項の規定が「市民の参加権」を保障した規定であると解することができないのは上記のとおりであって，この責任の根拠そのものに問題がある。
カ原告らは，空港設置場所について代替案の検討をせずにされた環境影響評価は評価法に違反するという。しかし，「環境の保全のための措置（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）」を記載するよう求める評価法１４条１項７号ロの規定は，代替案の検討の状況を必ず記載しなければならないことまで要求しているものではない。原告らは，事業地に関する代替案として現に複数の候補地が存在するという場合には，評価法は，環境影響評価において立地に関する代替案の比較検討をすることを義務付けているという（甲１６４の１・７ないし８頁も同旨）。しかし，事業地に関する代替案として現に複数の候補地が存在する場合に，なぜ事業者が立地に関する代替案について環境影価として比較検討することが義務付けられるのか，その根拠は明らかではない。原告らの主張は失当である。
(2)環境影響評価手続の適法性について
ア処分行政庁による評価法３３条１項の審査は，確定評価書及び２４条意見に基づいてされるのであり（同項の「評価書の記載事項及び第２４条の書面」とは，本件の場合，本件補正書及び本件国交大臣意見を指す。），評価書作成までの一連の手続が適正に実施されているか否かは評価法３３条１項の審査の直接の対象ではないが，本件において事業者である県が行った環境影響評価手続に何ら瑕疵が見当たらないことは明らかである。このうち，処分行政庁が関与すべき手続として，処分行政庁は，環境大臣に対する評価書の送付及び求意見をし，処分行政庁としての意見を述べ，確定評価書の受領及び環境大臣への送付をした。処分行政庁は，評価法所定の手続を適切に履践しており，この点において何ら違法がないことは明らかである。
イ(ア)評価法には，環境影響評価に着手すべき時期に関する明文の規定は存在せず，評価法においては，環境影響評価の結果を事業計画や環境保全対策に反映させることを予定していることからすれば，事業計画が固まる前に環境影響評価を行うことが求められるというべきであり，事業者としてある程度具体的な事業計画を想定できる時期であって，その変更が可能な時期に開始されるよう個別の事業ごとに適切に検討されることが期待されているというべきである。したがって，本件方法書の縦覧（作成）に先立って，本件空港の基本計画案が確定していなければならないわけではない。
(イ)原告らは，公告，縦覧された本件方法書に設置される航空障害灯や進入灯の記載がないなどとと主張している。
しかしながら，方法書の記載事項については，評価法５条において，「第２条第２項第１号イからワまでに掲げる事業の種類ごとに主務省令で定めるところ」によるとされ，本件主務省令２条１項５号は既に決定されている内容に係る対象飛行場設置事業の内容に関する事項に限り記載すれば足りるとしている。本件においては，方法書の段階では航空障害灯の位置・形状等が決定されていなかったのである。なお，事業者である県は，その後，航空障害灯の位置や形状等が決まった段階でＰ２３委員会に報告し，調査方法等の助言の下で適正に環境影響評価準備書にそれらの記載を行っている。
(ウ)また，原告らは，本件方法書の大半が既に行った調査の結果であり，方法書の縦覧前に住民等の意見を聴取することもなく調査に着手し，ほとんどの調査を終えていたことは，評価法の手順を適正に経たものとはいえず，明らかに評価法違反であるという。
しかしながら，県が本件方法書の縦覧前に行った調査は，評価法に基づく調査に先立って，本件主務省令５条１項２号に掲げられる「地域特性」を把握する必要があったために，任意に行ったものである。他方，本件方法書作成後に行った調査は，評価法１２条に基づくものであり，両調査はその法的位置付けが全く異なっている。ウ(ア)原告らは，本件準備書について，①    コウモリ類の生息数など多数の調査データが改ざんされて記載されたこと，②県が実施したコウモリ類の調査報告書と全く逆の評価が記述されたこと，③コウモリに関する一部のデータが解析中として記載されていない上，投稿中で学術的な評価を経ていない未発表の「論文」が評価の根拠として引用されるなど準備書として未完成の状態のまま公告され，縦覧に供されたことから，本件準備書には，評価法１４条１項７号イが求めているその時点での真正かつ適正であるべき「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されているとはいえないなどと主張している。


しかしながら，本件準備書にはその作成に至るまでの調査結果に基づき評価法１４条１項７号イに規定する「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果を環境影響評価の項目ごとにとりまとめた」内容が適切に記載されていたというべきであり，原告らの主張は，次のとおり誤解又は曲解に基づくものであって，失当である。
ａまず，上記①の点であるが，コウモリ類の調査結果の数値の誤記等が一部存在したが，これは数値等の改ざんではないから，原告らの曲解にすぎない。なお，本件評価書は，調査結果を詳細に整理・解析するなどして正確に分かりやすく記載されており，当該数値の変更は予測結果に影響を与えるものではない。
ｂまた，上記②の点であるが，本件準備書は，平成１５年度までの調査結果を取りまとめて環境影響の予測を行い，環境保全措置を行うことも前提として評価を加えたものであり，コウモリ類調査報告書とは，その前提条件を異にするものであるから，これらを単純に比較するのは誤りである。
ｃさらに，上記③の点であるが，確かに，ごく一部のデータにつき解析中ではあったが，県は，平成１３年５月から平成１６年１月までの調査結果等に基づき予測・評価が可能であると判断し，平成１６年３月に本件準備書を作成したのである。そして，その後の調査結果を加味しても，当初の予測判断に誤りは認められなかった。なお，研究論文については，論文中に述べられている事実関係について引用しているものであり，同論文が未発表であるか否かは準備書の評価とは直接関係がない。
(イ)原告らは，評価法１４条１項７号及び同号を引用する評価法２１条２項１号により，準備書及び評価書には，環境保全のための措置（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）を記載しなければならず，この規定の括弧書は代替案の検討を求めるものと解した上で，本件準備書及び本件評価書には代替案の検討の状況が記載されておらず，違法であると主張している。
しかしながら，評価法１４条１項７号にいう「環境の保全のための措置」とは，事業位置の変更，基本的構造の変更から，工期の変更，運用条   件の変   更まで   含んだ   幅広い   概念で   あり，   また，   同号に   いう「（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）」とは，評価の方策としての複数案の比較検討や実行可能なより良い技術を導入したものであるか否かの検討の結果を記載する旨を明示したものと解されている。すなわち，評価法１４条１項７号及び２１条２項は，事業者が講じることとした環境保全措置及び当該措置を講じることとするに至るまでの検討の状況について準備書ないし評価書に記載することを義務付けているものであるが，必ず代替案の検討の状況を記載しなければならないことまでをも規定しているものではない。評価法は，環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続（１条）を定めたものであり，環境保全措置は事業者の創意工夫によって自由に検討し得るものである。原告らがいかなる代替案を検討すべきであると主張するのかは必ずしも判然としないが，仮にその代替案が施設の位置，構造等を変更した設計を指すものであるとしても，そのような代替案を検討するかどうかは事業者の判断に委ねられるべきものであり，当該検討が行われなかった場合にはもとより代替案の検討結果が評価書に記載されることはない。
したがって，あたかも代替案の検討が評価法上の事業者の義務であるかのような原告らの主張は失当である。
エ原告らは，２４条意見を反映していない場合には，環境影響の大きさその他の事項を考えるまでもなく，許認可等処分は直ちに違法になるという。
しかし，評価法は，当該事業について免許等を行う者は，必要に応じ，評価書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べることができると規定し（２４条），事業者は，同条の「意見が述べられたときはこれを勘案し，評価書の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるとき」に，各号の修正区分に応じた措置を採ることとすると規定する（２５条１項）。この規定からも明らかなとおり，免許等を行う者の意見（２４条意見）が述べられた場合，事業者は，その意見を勘案し，まず評価書の記載事項に検討を加え当該事項の修正を必要とするかどうかを判断すること，修正が必要であると判断する場合に評価法に規定する措置を講じることを要求しているのであって，評価法に規定する措置を講じるかどうかの判断は事業者に委ねられている。評価法は，２４条意見について，その指摘に従ってそれに沿う措置を必ず講じるよう求めているものではなく，例えば免許等を行う者が環境保全措置等として必要と考えて指摘した事項であっても，事業者による検討の結果，その指摘に係る事項の修正を必要と考えないという判断を許容するものであるから，免許等を行う者が考えるところの評価書の不備・不足等が修正・補完されていないからといって，事業者が２４条意見に対応したといえないということになるわけではない（すなわち，２４条意見に対応したといえるか否かは，評価書の不備・不足等が修正・補完されているか否かという観点からみなければならないことになるわけではない。）。このように，２４条意見に対して，原告らのいう「対応」がないからといって，評価法２５条の規定に反するものではなく，ましてそのことから本件許可処分が違法となるなどということはできない。


さらに，この点はおくとしても，県は，次のとおり，本件国交大臣意見を勘案して，本件評価書の記載事項に検討を加えた上，修正が必要である事項について評価法２５条１項の規定に基づく措置を講じているのであり，また，修正の必要を認めない事項についても，本件国交大臣意見を踏まえて相応の措置を講じているのであって，本件国交大臣意見に対する県の本件補正書における対応に不十分な点はない。(ア)本件国交大臣意見１は，それ以外の本件国交大臣意見が追加調査事項や検討事項をある程度明示してその結果や検討の過程などを評価書に記載するよう求めるものであるのに対し（ただし，本件国交大臣意見９及び２３は評価書への記載を求めていない。），明らかに，概括的かつ注意的な記載となっている。また，本件国交大臣意見１には，本件国交大臣意見２以下とは対応を別にするようには何らの明示もされていない。本件国交大臣意見１のこのような体裁及び記載内容をみる限り，本件国交大臣意見１は，事業者である県が環境保全措置を講じるに当たってその措置に万全を期するよう総括的に求めたものとみるほかないものである。少なくとも，原告らがいうように，本件国交大臣意見１が本件国交大臣意見２以下の他に独自の更なる対応（措置）を求めているというように解することはできない。この点をおくとしても，本件補正書には，ゴルフ場残地の利用だけでなく新たな土地を取得することが記載されているのであり，表現の修正にとどまるわけではないし，Ａ洞窟の奥部より海側の上部に設置するドレーン層を更に下流側に移動してより万全な対策を講じることを追記した点は，本件国交大臣意見４のほか，本件国交大臣意見１を踏まえてされたものであって，県は，本件国交大臣意見１に十分対応している。なお，原告らは，本件国交大臣意見１の指摘に対応せずに本件事業を遂行すれば，Ａ及びＤ洞窟においてもコウモリ類の保全を図ること，すなわちα９地域の個体群の保全は困難になるというが，何を根拠としてどのような経緯でコウモリ類の保全が困難というのか全く不明である。
(イ)本件国交大臣意見２を受けて，県は，本件空港の供用後に引き続きコウモリ類の利用が可能となるよう，Ｂ洞窟であれば，コウモリ類が出入りするためには，洞口周辺が，樹木に覆われ，洞口に日光が差し込まないようにすることが必要であることを踏まえ，工事によって洞口を閉ざす必然性まではないものの，当該洞口は閉鎖し，採餌場所や移動経路として創出する緑地に新たに洞口を設けるとして（本件補正書７－６９頁），Ｃ洞窟についても，浸透ゾーンⅡの地下部を利用してトンネルを設け，敷地外に創出する樹林となる緑地に新しい洞口を創出する（同７－７０頁），Ｅ洞窟については，ボックスカルバート端にはコウモリ類が利用できるよう樹林を植栽し，ボックスカルバート内にはコウモリ類に配慮し，一定間隔で天井部にホールを設ける（同頁）といった措置を講じることとして，可能な限りの保全措置を講じることとしている。
これに対して，原告らは，本件国交大臣意見２は，いかにしてコウモリ類を戻ってこさせるかという方策を要求しているなどというが，本件国交大臣意見２は，消失するとされるＢ，Ｃ及びＥ洞窟の可能な限りの保全を求めているのであって，原告らがいうような方策までを検討するよう求めているものではないことは明らかである。(ウ)本件国交大臣意見３に対し，本件補正書は，事業実施区域及びその周辺で，ＡないしＥ洞窟以外に確認されている１１洞窟について，平成１７年５月及び６月にコウモリ類の利用状況調査を実施したなどとした。この点について，原告らは，コウモリ類の生態を把握するためには，複数年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠であるとして，県の対応は，本件国交大臣意見３への対応に全くなっていないという。
しかし，原告らがその主張の根拠とする甲第５０号証（ⅵ頁）及び第５１号証（２０頁）の記載は，そこに記載された調査方法を唯一絶対のものとする趣旨のものではなく，原告らの主張は独自の見解を述べたものにすぎない。そもそも，環境の保全に適正な配慮をして事業を実施するという場合，その配慮の仕方としては様々な方法が考えられるところであり，特に事業や環境保全措置の代替案がある場合にいずれを選択するかは事業者の自主的な判断に委ねられるべきものであり，この点，県は，事業実施区域及びその周辺の洞窟について，平成１４度及び平成１５年度に実施した調査結果や本件国交大臣意見が出された後の調査結果，洞窟状況を総合的に判断して，コウモリ類が集団で継続的に利用する洞窟ではないと判断したものである。また，Ｐ２４委員会において，既に調査を行ってコウモリ類の生息が確認できない洞窟について調査を繰り返すことは不要である旨の意見が出たことから（証人Ｐ２２尋問調書３５・３６頁），上記の対応となったのであり，本件国交大臣意見３に対応していないとの非難は当たらない。なお，原告らは，平成１７年内に事業認可を受け，同年末の平成１８度政府予算案に事業費の計上を実現するためには形だけの短期間の調査を行うしかなかったと主張するが，何ら根拠のない主張である。(エ)本件国交大臣意見４について，原告らは，要求されている浸透方法についての再検討が行われていないなどという。
しかし，本件補正書（６－１２－２５６頁）によると，「ドレーン層近傍の地下水位の変化とＡ洞窟との関係について，Ｐ１２委員会を開催し，ドレーン層の位置，浸透方法及び影響等について検討を行った。」とし，「地下水・浸透水等は，透水性の異なる地層境界や透水性の大きい所を移動していく。このことから，ドレーン層に浸透した雨水は，フィルター層を通じ，面的に地下浸透が促され，線的にドレーン層が設置されたとしても，その一体にほぼ現況と同様に徐々に浸透するものと考えられる。」として浸透方法についても言及されているのであって，原告らの主張は事実誤認によるものというほかない。県は，上記検討の結果，ドレーン層の設置がコキクガシラが出産・ほ育に利用しているＡ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないと考えるとして，当該事項の修正を必要とするとは認めないこととしたが，本件国交大臣意見１及び４を踏まえ，洞窟への影響をより確実に回避するため，Ａ洞窟の範囲に相当する部分について，当該ドレーン層を更に下流側へ移動して，より万全な対策を講じることとしている。このように，県は，本件国交大臣意見４に対応している。
(オ)本件国交大臣意見５に対し，本件補正書は，「小型コウモリ類の移動経路及び餌場として事業実施区域西側及び北側に約５０ｍ幅の緑地を創出すること，また，Ａ，Ｄ洞窟の洞口周辺から国道周辺の樹林に至る範囲に緑地を創出することを追記した。」，「事業による土地改変は段階的に実施し，樹林の伐採は，全体を一度に行わず，２～４年次に段階的に行うこと，また採餌場所，移動経路となる緑地を早期に創出することを追記した。」としている（１３－５，６－１２－３１８ないし３１９，７－６３頁）。


この点，原告らは，これらの記載は本件評価書に記載済みで新たな対応はないなどという。しかし，県は，本件国交大臣意見５のうち「移動経路及び餌場を確保する」という点については，環境保全措置として「事業によって減少する採餌場所の創出」及び「事業によってねぐらから採餌場に至る移動経路の創出」という措置を講ずることとしていることから（乙１９の６－１２－３１０，７－５８頁），そのうち「移動経路及び餌場ができる限り早く確保されるよう樹林，草地等の改変の工程を工夫すること」という意見を勘案し，本件評価書の記載に検討を加え，樹林の伐採を工区ごとに段階的に行うこと，コウモリ類の移動経路を改変する時期を踏まえ，緑地の創出に当たっては早期に植栽を行うこと等の措置を講じることしたのであり（６－１２－３１８，７－６３頁），本件国交大臣意見５を受けて，評価法２５条１項３号に基づく措置を講じている。
また，原告らは，本件国交大臣意見５は，少なくとも消失面積と同程度の緑地面積を創出することを改めて求めたものであると主張する。しかし，本件国交大臣意見５の内容に照らし，この主張は論理の飛躍でしかなく，また，処分行政庁が消失面積と同程度の緑地面積を創出することを求めようとするのであれば，端的にそれを求めれば足りるのに，本件国交大臣意見にはそのような内容は含まれていない。原告らの主張はその前提を欠いており，失当である。
(カ)本件国交大臣意見６に対し，本件補正書は，「事業による土地改変は段階的に実施し，採餌場所への移動経路が分断されないように配慮して，樹林への伐採は，全体を一度に行わず，２～４年次に段階的に行うことを追記した。」としている（１３－６，６－１２－３１８ないし３１９，７－６３頁）。これに対し，原告らは，本件国交大臣意見５に対する対応と全く同じであり，本件国交大臣意見６に対する対応とはいえないなどというが，一つの対策が複数の本件国交大臣意見への対応となることも当然考えられるのあって，本件国交大臣意見５に対応する措置が同時に同意見６に対応することにはならないといった不合理な結論が導かれる理由はない。
また，本件国交大臣意見６に対し本件補正書が「出産・哺育の時期（５月～８月）及び冬期の休眠時期（１２月～３月）は，Ａ洞窟最奥部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同等の振動を出す作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等の騒音・振動を出す作業を避けることを記載した。」ともしていること（１３－６，６－１２－２６７，３２０，７－６５頁）に対し，原告らは，本件評価書に記載された内容と全く同じで，新たな対応ではないという。しかし，評価法２５条１項は免許等を行う者の意見を勘案して評価書の記載事項に検討を加えることを求めるものの，修正の措置を必ず講じることを要求しておらず，当該事項の修正を必要とすると認めるときに同項各号に定める措置をとらなければならないと規定するのみであるから，補正前の評価書と同様の内容であるからといって，同項に反するということになるわけではない。
さらに，原告らは，この県の対応が何ら科学的根拠のないものであって，コウモリ類が騒音や振動に敏感な出産・ほ育期に特に配慮した工事を求めた本件国交大臣意見６に対応していないのは明らかであり，その結果，現に本件地域においてコウモリ類の数が減少している傾向を示しているなどという。しかし，まず，本件空港予定地周辺におけるコウモリ類の生息状況について有意な減少は認められていない。また，科学的根拠がないとの点については，出産・ほ育時期において不用意に調査を行うことによって予期し得ない影響を与える可能性を否定できない以上，出産・ほ育時期に調査を行うことには困難を伴うこと，α９地域に所在する洞窟と可能な限り同質，同形状の自然洞窟であること，洞内に調査器機（ビデオカメラ）を設置することが可能な空間があること，コウモリ類が集団で生息していること，建設機械を稼働させるに適した場所があること等の観点を踏まえた調査を行った上，α６島のα２９の例（そこでは洞窟の直上を県道が通り，車両の往来が頻繁であるにもかかわらず，３種のコウモリ類は１年を通じて生息している状況が観察されている。）から，カグラの状況を他の２種のコウモリにも基本的に当てはめることが可能であると判断した結果であり，科学的根拠がないとの批判は当たらない。もっとも，騒音や振動の伝搬状況は，洞窟の形状等によっても影響されることが考えられるし，コウモリ類の種類ごとに騒音や振動によって受ける影響の度合等は異なることも考えられ，上記の調査による環境保全措置の効果に係る知見が十分であるとする根拠も見当たらないため，県は，事後においても引き続き調査を行うこと，環境影響の程度が著しいことが明らかとなった場合の方針についても，本件補正書に記載している（８－９～１１頁）。
(キ)本件国交大臣意見９に対し，本件補正書は，「人工洞の設置にあたっては，小型コウモリ類が生息している既存の人工洞の形状，洞内環境を参考に，形状，規模，土盛り厚等について検討し，専門家の指導・助言を得た上で具体的な形状，規模を決定すること，またできる限り早い段階で設置することを追記した。」としている（１３－６，７－７１頁）。この点，原告らは，本件補正書には具体的な対応内容は示されていないなどという。
しかし，本件国交大臣意見９は，その記載振りからも明らかなとおり，人工洞について「適切なものを整備すること。」を求めているのであり，人工洞窟の形状や気温，湿度等について具体的な検討結果を評価書に記載することを求めているものではない。本件国交大臣意見９は，本件評価書（７－６４頁）において，「事業実施区域周辺の小型コウモリ類３種が棲み分けられるような人工洞窟を設置する。小型コウモリ類は，人工洞の設置直後から利用するとは限らないため，可能な限り早期に設置することとする。」と記載されていることに対して，そのような環境保全措置を是としつつ，「補正評価書の公告後のできる限り早い段階で設置すること。」及び他の洞窟の形状等を考慮して「適切なものを整備すること。」の意見を述べたにすぎない。原告らは，「整備すること。」に特別の意味があるかのような主張をするが，本件国交大臣意見９は，人工洞を設置するのであれば早期かつ適切なものを整備することを求めたにすぎない。そして，県は，人工洞の設置に関する事項の修正を必要とするとは認めないものの，本件国交大臣意見９を踏まえ，本件補正書７－７１頁のとおりに追記したものである。
したがって，県は，人工洞の具体的な設置状況等を示してはいないが，上記意見を尊重して人工洞を設置していく旨表明しているのであるから，必ずしも本件国交大臣意見に対応していないとか，対応が不十分であるとはいえない。


(ク)本件国交大臣意見１０に対し，本件補正書は，「本事業において実施された小型コウモリ類の調査結果，事後調査結果の情報を石垣市や県等の関係機関へ提供し，小型コウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう要請などを行うことを追記した。」としている（１３－６，７－７３頁）。この点について，原告らは，具体的な記載が全くなく，このような記載では，本件国交大臣意見１０に対応したと評価することはできないなどという。
しかし，県は，本件国交大臣意見１０を受け，本件補正書（７－７３頁）において，同意見に沿うよう石垣市などの関係機関に対する情報提供及び要請を行う旨記載し，同意見に対応している。本件国交大臣意見１０が原告らの主張するような点まで本件補正書に記載することを求めているものと到底解することはできない。
(ケ)本件国交大臣意見１１に対し，本件補正書は，「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び表流水の流動について，新石垣空港地下水調査結果に基づき，α４岳南地下水流域及びその他３流域について水収支を算出し，その結果を追記した。」としている（１３－７，６－６－２５ないし２６頁）。この点について，原告らは，本件国交大臣意見１１が地下川の調査も求める趣旨であることは明らかである，赤土流出対策との関連で付けられた意見であり，地下川の経路及び水量を調査せよというのは至極自然なことであるのに，地下浸透した水が流れる経路や経路ごとの水量について全く対応していないのは，本件国交大臣意見１１を無視した対応というしかないという。しかし，本件補正書（６－６－２５・２６頁）は，α４岳南地下水流域における蒸発散量，地表流出量及び地下水流出量といった水収支を算出し，そのデータに基づいてその他の三流域（α５川左岸地下水流域（西側），同地下水流域（東側）及びα４岳北地下水流域）の水収支を推定しているのであり，これが本件国交大臣意見１１に対応するものであることは明らかである。原告らは，「地下川の経路及び水量」について調査していないなどとするが，そもそも原告らがいう「地下川」がどのようなものを指しているのか定かではなく，原告らが独自の想定物を前提にそれへの調査の不備をいうものにほかならない。本件国交大臣意見１１が「地下川の調査を求める趣旨」と解することはできないし，「地下川」なるものを調査していなくても本件国交大臣意見１１に対応していないことにはならない。
(3)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全についてア本件補正書は，本件事業の実施（工事）中は，①    土工事は，年度ごとに施行エリアを分割し，裸地面積を小さくし，土砂の流出を抑える発生源対策を講じることとしている上，②工事区域内で発生する濁水については，基本として浸透池，調整池において地下浸透処理をすることとし，さらに，③調整池の浸透能力を越える濁水については，機械処理方式により処理してα５川に放流することとし，加えて，④工事中は，Ｐ４８委員会（仮称）を設置し，赤土等流出防止対策が所要の機能を発揮していることを確認していくこととし，複数の方法を組み合わせて，α５川流域からの赤土等（濁水）の流出によるα３のサンゴ礁生態系への影響を回避あるいは低減するための保全対策を採っている。イ原告らは，県の赤土等流出防止対策に対して，赤土等流出防止対策として濁水を地下浸透させる方式を採用している以上，その濁水がどこに，どのような経路をたどって排出されるかを確認するのは当然であるにもかかわらず，県は，その検討を全くしていないなどと主張している。しかしながら，原告らのこの主張は，濁水が直接海域に流出することを前提としているところ，このような前提の科学的根拠は何ら証明されていない。
また，この点をおくとしても，本件補正書では，赤土等流出防止対策として，本件事業実施区域の流域区分を勘案した上で，あらかじめ発生源対策，場内仮設調整池及びろ過沈殿処理施設を組み合わせることにより（６－１－２９頁），浸透ゾーンに流入する濁水のＳＳ濃度を県条例の排出基準である２００ｍｇ／ｌ以下に低減することとした上，さらに，琉球石灰岩層に設置する浸透ゾーンには，厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設することにより浸透能を十分発揮できる措置を講じているから，県条例の排出基準を満たす濁水が浸透ゾーンにおいて更に濁度を低減されて排出されるのであって，浸透ゾーンからの排出水が県条例の排出基準を下回っていることは明らかである。
さらに，本件補正書は，事業実施に当たっては，地下水の濁りについてモニタリングの調査結果を踏まえ，環境の影響の程度に著しい変化が認められる場合には，浸透ゾーンへの濁水の流入を一時中断した上で，工事区域内の調整池等の容量を増やし，濁水の貯留，浸透ゾーンで処理する濁水の前処理の強化など適切な赤土等流出防止対策を講じるとしていることから（８－１２頁），浸透ゾーンを通過した濁水がどのような経路をたどって排出させるかの事前の検討が必要とする原告らの主張は当を得たものではない。なお，本件補正書は，浸透ゾーンの設置に当たっては，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう設置位置を検討することとして（６－１－５５頁），新たな洞窟が発見されこれを保全する場合においても，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう専門家の指導・助言を得た上で対策を講じることとしている。
ウ原告らは，本件空港設置予定地の琉球石灰岩は，元々，全く圧密を受けていない密度の低い石灰岩であり，既に地下水の浸食を受けている，この浸食は自然の流量・流速を超えた水流(水圧)によって引き起こされるものであるという。
しかしながら，そもそも，石灰岩は，主成分である炭酸カルシウムが，雨水に含まれる二酸化炭素によって溶け出し，再結晶することで岩盤として形成されるものであり，圧力を受けることで岩盤として形成される砂岩等とは形成過程が異なるものである。また，琉球石灰岩中の空洞は，地下水の水流（水圧）によって引き起こされる浸食ではなく，二酸化炭素を含む雨水及び地下水による溶出が主な要因である。なお，溶出の進行は極めて遅く，また，雨水及び地下水に接触している部分のみで進行するものである。


エ(ア)本件空港建設地に分布する地層（本件補正書６－７－１５頁において「Ｒｌ」とされているもの）は，主に石灰岩と石灰質未固結堆積物からなる琉球層群と総称される地層である。琉球層群は，氷河期と間氷期の繰り返しによる海水準面の昇降により，固結した琉球石灰岩と，サンゴ片，貝殻片，砂れき等の堆積物から成る未固結な層が交互に堆積して形成されたと考えられる。そして，石灰岩は，サンゴの死骸等が炭酸カルシウムの溶出により結合して形成されるものであるが，琉球石灰岩は，地質年代が約１００万年前と新しいため，固結して硬くなった部分と，未固結で圧縮強度もさほど高くない部分があり，そのため，琉球石灰岩には空げきが充てんされていない部分が残り，多孔質な部分が存在する。また，石灰質未固結堆積物の層も，粒子が固結していないため，空げきが存在する。琉球層群は，沖積砂れき層と同様の性質を持ち，沖積砂れき層の空げき率が１０ないし１５％であることからすると，おおむね同程度の空げき率であると考えられる（１０ないし１３％であるといわれている。）。そして，そのすき間はモザイク状に発達する。
琉球層群に接した水は，琉球層群にある空げきを通って浸透するところ，その経路がモザイク状に形成されているため直線的に浸透することができず，その浸透路長（流路）が長いものとなる。そして流路が長くなると流速が遅くなり，流速が遅くなると，最終的に限界流速に至り，懸濁粒子は運搬されずに沈殿し，地下に浸透する濁水がろ過される。例えば，直径０．０１ｍｍの粒子の限界流速は，秒速１．０２ｃｍであり，これを下回る流速は，直径０．０１ｍｍの粒子を運搬する能力を欠くこととなる。一方，現地の琉球石灰岩層の透水係数は秒速０．０１ｃｍでしかないところ，仮に動水勾配を１（高さの長さに対する比が１：１のことである。本地域の鍾乳洞が位置する場所から海岸線に至る地下水の動水勾配は０．０１（高さの長さに対する比が１：１００のことである。）ないし０．００５である。）としても，琉球石灰岩内における地下水の流速（流速＝透水係数×動水勾配）は秒速０．０１ｃｍでしかない。したがって，本地域の鍾乳洞が位置する場所から海岸線に至る地下水の動水勾配を前提とすると，琉球石灰岩内における地下水の流速は極めて低速であり，その運搬能力は直径０．０１ｍｍをはるかに下回る粒子しか運搬することができない程度のものである。なお，琉球層群の透水係数が秒速０．０１ｃｍであるということは，１時間当たり雨量３６０ｍｍの大雨が降っても雨水は琉球層群に浸透し，最終的には赤土の限界流速に達する能力があるということであり，大雨時でも浸透ゾーンの機能が保たれる（乙４８）。
浸透ゾーンは，この琉球層群の性質を活かし，濁水を地下に浸透させ，その流速を赤土の持つ限界流速以下に抑えて粒子をろ過する緩速ろ過と呼ばれる方式を採っているものであり，むしろ地層中に一定程度の空げきがあるからこそ濁水がろ過されるのである（空げきがなければそもそも水が浸透しない。）。また，琉球層群の透水性から，一部の濁水は浸透ゾーンに流入する前に地表面からも浸透するが，ここでも上述した琉球層群のろ過機能により地下水として浸透する過程においてろ過される（乙４８の１４・１５頁）。この点，原告らは，濁水のろ過機能は，ほんの数ｃｍ程度の空洞が生じることで失われるなどと，あたかも空洞があれば一律にろ過されないかのような主張をするが，堆積学や地質学の基本原理に対する理解を欠く主張である。さらに，原告らは，本件空港予定地の琉球石灰岩が浸食されており，ろ過機能について琉球石灰岩一般と同様の機能を有しないというが，北はα３５島から沖縄島本島南部，南は宮古島まで数多く建設されている地下ダムにおいて，その建設後に実施された揚水試験の結果，主要な帯水層である琉球石灰岩の有効貯留率（有効空げき率）はおおむね１０％ないし１３％の範囲内に収まっており，この空げきには，浸食による空間も含まれている。琉球層群のろ過機能は，浸食等があることを前提にするものである（乙４８）。なお，浸透ゾーンのろ過機能は，フィルターで懸濁微粒子を吸着するといったものではなく，吸着に限界があるということはない。琉球層群の空げきをセメントミルク等で人工的に埋めること，すなわち人工的に目詰まりを起こすこと自体困難である以上，自然に目詰まりを起こすことはより一層困難であると考えられるし，実際，河床・河川敷の下に分布している沖積砂れき層の空げきが河川の氾濫等により上流から運搬されてきた土粒子により充てんされ，目詰まりを起こして地下水の流れが遮断されることもなく，運用後約３０年経過した地下ダムが目詰まりを起こして地下水が貯留不可能になったこともない（乙５２）。自然に浸透する濁水によって琉球石灰岩層の空げきが埋まるようなことはおよそ考えられない。
(イ)浸透ゾーンのろ過の仕組みは上記のとおりであるが，県は，濁水を確実にろ過するため，次の方策を講じるとしている。
ａまず，浸透ゾーンにおいては，浸透機能を維持するため，石灰岩の上面にフィルター層として砂を１０ｃｍ以上敷設する。この砂は，琉球石灰岩を破砕した粒径１／１６ないし２ｍｍの砂であり，透水係数は同じく秒速０．０１ｍｍである。したがって，濁水がフィルター層として敷設された砂を浸透する過程においてもろ過現象が生じていることとなる。なお，浸透ゾーンの底面は，ほぼ水平で，敷設された砂の限界動水勾配以下になるよう設計されており，濁水が流れ込むことによって浸透ゾーンからフィルター層に使用する砂が流出することはない（乙２３の６－１－２７頁，乙４８の１５～１７頁）。


ｂまた，本件補正書では，浸透ゾーンに流れ込む濁水についても，土工事を年次ごとに施工エリアを限定して，大規模な土工自体を実施しないようにするほか，表土保護工や流出抑制工を施すなどの赤土等発生源対策を講じた上，発生した濁水についても，浸透ゾーンに直接流入させるのではなく，まず場内仮設調整池に流入させて赤土を自然沈降させ，次いでろ過沈殿処理施設に流入させて更にろ過処理を施した上で浸透ゾーンに流入させるといった他の方法を組み合わせて全体としてろ過機能の向上を図る（６－１－１０～１３頁）。(ウ)Ｐ２０教授は，意見書（甲１４０）及び証人尋問において，浸透ゾーンのろ過機能に疑問を呈する旨の意見を述べている。ａＰ２０教授は，浸透ゾーンに集中的に濁水を流し込むことで，琉球石灰岩のすき間に詰まっている土砂が流出してしまい，ろ過が全くされないことは十分に考えられることであると述べている。しかし，前記のとおり，浸透ゾーンに浸透した濁水は琉球層群の中で限界流速以下となるのであるから，地層内の土砂を押し出すことはあり得ないのであって（乙４８の１８・１９頁），濁水の流水によって琉球石灰岩のすき間に詰まっている土砂が流出することはあり得ない（同様の理由で，目視できる亀裂に琉球石灰岩を敷き詰めても，敷き詰めた琉球石灰岩が水流によって流出することはない。）。ｂＰ２０教授は，琉球石灰岩の割れ目に浸透した濁水について，部分的にはろ過されることもあると思われるが，全体としてはすき間の多い部分を水が流れるから，余りろ過されることはないという。しかし，前記のとおり，モザイク状に発達した空げきを濁水が流れる過程で限界流速以下となり，濁水を構成する赤土は運搬されず沈殿するのであって，十分にろ過能力を有する。さらに，Ｐ２０教授は，琉球石灰岩の中に長さ約５ないし１５ｍの亀裂が５ないし１０ｍ間隔で存在する可能性があり，こうした亀裂を濁水がろ過されずに通過し，洞窟に達するというが，地質調査においてこのような亀裂を生じさせるような断層等の地殻変動の痕跡は認められていない上，現在進められている琉球石灰岩の掘削工事においてもこのような亀裂は発見されていないことから，Ｐ２０教授が述べるような亀裂が存在する可能性はない（乙４８の１９・２０頁）。仮に，亀裂が存在しているとしても，琉球石灰岩の表層から流入した水がそういった亀裂に至る前に琉球石灰岩のろ過機能によってろ過されることも十分考えられるし（その場合，原告らのいう地下川に雨水が流入する前に懸濁粒子はろ過されていることとなる。），地下川等についてもその傾斜が緩ければ水流が限界流速以下に達するのであって，必ずしも当然に限界流速以上の水流が生じるとはいえない。オ原告らは，地下川を通じて濁水が直接海中に湧出する危険が極めて高いという。
しかしながら，「湧出」とは地下浸透した水が湧き出ることをいうのであり，沖積層や琉球石灰岩に浸透能があることは明らかである（乙２３の６－１－２３・２４頁）から，「地下川を通じて濁水が直接海中に」流入することと「湧出」することとは相容れず，原告らの上記主張は失当である。
仮に，原告らの上記主張が処理前の濁水が地下川に直接流れ込むことを前提とするのであれば，本件補正書は，「土工事に伴い，降雨時には濁水が発生する。この濁水は，浸透ゾーンに導入して地下浸透させて処理する計画である。しかし，濁水に含まれる土粒子が浸透ゾーンの浸透能を低下させることが室内実験により確認されていることから，浸透ゾーンの機能を十分に発揮させるために流入する濁水のＳＳ濃度を低下させるため・・・，発生源対策を行い，続いて場内仮設調整池において自然沈降によりＳＳ濃度をある程度低減し，当該処理水をコルゲート管等により浸透ゾーンの直前に設置するろ過沈殿処理施設に導入する。これらの手法を組み合わせることにより，浸透ゾーンに流入する濁水のＳＳ濃度を２００ｍｇ／ｌ以下とする」としており（６－１－２９頁），濁水は，県条例の排出基準を満たす濁度まで処理された上，浸透ゾーンにおいて更に濁度を低減された上，地下浸透されるのであって，処理前の濁水が地下川に直接流れ込むことはないのであるから，原告らの上記主張は前提を誤るものである。なお，海域に直接連続する地下川の存在については，確認されていない。
カ原告らは，Ｅ洞窟流末付近等で床に浸透した濁水は，パイピングによる空洞を通して濁水のまま海岸湧水帯又は海域へ流出するなどと主張している。
(ア)しかし，前記のとおり，本件空港建設事業地内で生じた濁水は浸透ゾーンを含め琉球層群内を浸透する過程でろ過されることから，そもそも工事現場で発生した濁水がろ過されないまま洞窟に達することはない。


(イ)また，原告らのいうパイピング現象とは，砂れき，砂，粘土などの未固結の土壌で生じ，浸透力によって土粒子が流出し，地盤内にパイプ状の水みちができる現象であり，未固結の地層で，周囲から地下水が集まり水圧が高まる場所に集中しやすいというものであるところ，Ｅ洞窟は，琉球石灰岩と名蔵れき層の境界に位置するものであり，琉球石灰岩が地表側，名蔵れき層が地中側に位置するのであるから（乙２３の６－７－５・６頁，６－７－１５～１８頁），先に琉球石灰岩層に溶出等によって空洞が形成され，その空洞を流れる地下水の影響によって，名蔵れき層中の砂れき分が浸食や吸い出しを受けて形成されたものであると認められ（乙２３の６－７－５・６頁参照），砂れき，砂，粘土など未固結の土壌で生じるパイピング現象による水みちが形成されたものではない。また，原告ら主張の砂採取場跡地周辺のくぼ地についても，パイピング現象によるものとは確認されていない。(ウ)そもそも，パイピング現象が生じるためには，今後施工する工事等において未固結の地層に周囲から地下水が集まる等地下水に水位差が生じ，土粒子の流出が起きる程度の水圧が必要となるが，今後施行する工事においてこうした現場条件が発生するおそれはない。また，パイピングが生じるのは土粒子が地下水の浸透流で動くからであり，土粒子が動くほどの流速が土中で生じなければパイピングは生じない。そこで，現地の動水勾配と土粒子が動き出す限界動水勾配を比較し，限界動水勾配を現地の動水勾配が上回るかを確認することなどによって，パイピング発生の可能性が判断できると考えられる。しかし，本件事業実施区域地下と海岸を結ぶ沖積層の動水勾配は，パイピングが生じる限界動水勾配を下回っている上，沖積層中の地下水の実流速も砂れきが運搬される限界流速に満たないことから，そもそもパイピング現象が生じる可能性はない（乙４８の２１・２２頁）。これに対し，Ｐ２０教授は，α９地域では，洞窟の中を地下水が流れるので，増水したときは水が逃げ場がなくなって，洞窟内の地下水の水圧が非常に高まり，その先にある沖積層に流れ出した水の水圧も限定的に非常に高まることになり，そこにパイピング空洞が形成されることは可能であると考えられるという。しかし，Ａ１洞窟及びＥ洞窟の下流側には吐出洞口が存在し，仮に洞窟の天井まで水が貯まるような状況になったとしても，水の逃げ場は存在するから，パイピング現象を引き起こすような水圧が洞窟の壁面に掛かることはない（乙４８の２２頁）。
(エ)Ｐ２０教授は，ほかにもパイピング現象について次のように述べている。しかし，それらの意見は科学的根拠に乏しいものといわざるを得ない。
ａＰ２０教授は，大雨が降った場合にはパイビング現象で海岸湧水帯に水が湧き出るが，そうでない場合にはパイプは形成されず，砂の間を浸透していき，海岸近くで合流して水が湧き出るという。しかし，そうであれば，通常の場合に海岸湧水帯で見られる湧水は，パイピング現象によるものではなく，砂の間を浸透してろ過された水が湧き出しているものといえる。そして，大雨の際にこれと異なる湧水の状況が確認されているわけでもなく，大雨の際にパイピング現象により水が湧き出すとの供述には根拠がない（甲第１２８号証２１頁，２５頁の図１１によれば，大雨の後，７０ｃｍ掘り下げて水の湧出を確認したとされているだけであり，掘り下げなくとも自然に水が湧き出してくるような状況すら確認されていない。）。ｂＰ２０教授は，Ｅ洞窟の洞口付近から海より，海岸林との間にあって掘削された場所には，直径１ｍ近いパイピングによる空洞が多数形成されていたとして，これを本件事業実施区域周辺でパイピング現象が生じる根拠としている。しかし，仮にそれらの空洞がパイピング現象による洞口だとすると，現実にはあり得ない動水勾配によってできたものということになる。また，パイピング洞だとする空洞は地表から２ないし３ｍ下にあるところ，仮に地表から２ないし３ｍ下にパイピングが形成されるには，２ないし３ｍの厚さの砂れきが重さで崩れずにパイプの形状が損なわれないことが必要であるところ，粘着性がほとんどない砂れき層が崩れないはずはない。Ｐ２０教授が指摘する空洞がパイピング現象によるものだというには，不可能なことを前提にしなければならない（乙４８の２２・２３頁）。
ｃＰ２０教授は，Ｅ洞窟について，水圧によるパイピング現象で掘り進められ形成された洞窟であると考えられるという。しかし，琉球層群中の未固結な層は，石灰岩層に比べて弱いため地下水の浸食を受けやすく，短期間で洞窟となりやすいところ，Ｅ洞窟は，琉球石灰岩の下の未固結な層が浸食されてできたものであり，パイピング現象によってできたものではない（乙４８の２３頁）。この点，Ｐ２０教授は，Ｅ洞窟の天井の一部が管状になっていることを捉えてＥ洞窟をパイピング洞窟であると主張しているにすぎず，根拠が余りに薄弱である。


以上のとおり，本件空港周辺においてパイピング現象が生じることはなく，赤土を含んだ濁水が海中に流入することはない。キ(ア)原告らは，Ｐ１８が平成２０年冬期（３月）に実施した赤土等堆積状況の調査において，α５川河口より北側３か所の地点で，いずれも海岸側直近より沖合側で高い濁度が確認されているなどとして，α９地域の地下水の大半が地下川を通じて海中で湧出しているとするＰ１９委員会報告書（甲６３）の予測が裏付けられたという。しかしながら，同報告書やＰ１８の調査結果では，海中に赤土を含んだ濁水が湧出しているとの事実自体は確認されていない。また，上記平成２０年冬期の調査結果がある一方で，Ｐ１８による平成２０年春の調査結果（乙３８）によると，原告らが指摘する箇所であるＧ，Ｆ及びＥの各地点の底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）は，Ｇ地点で６・５・３，Ｆ地点で７・６・４，Ｅ地点は６・６・３であり（数字の配列は，左から順に陸側から沖側に向かう地点のランクである。），陸側と沖側の中間地点の数値は，同年冬期の調査結果と比べて低下している上（Ｆ地点は同じ。），海岸に近い地点よりも中間地点で高い数値を示していた現象も解消されている。原告らは，α９地域の地下水の大半（８４％程度）が地下川を通じて海中で湧出しており，その際地下水とともに赤土が流出していると主張しているが，もし原告らの主張するような事態となっているのであれば，平成２０年冬期の調査時から同年春の調査時というごく短期間のうちに地下水系が変化するとは考えられないのであるから，３地点全てにおける海底の底質中懸濁物質含量（ＳＰＳＳ）が変化したことを合理的に説明できない。むしろ，このような短期間のうちに，３地点のいずれについても，海岸より沖合の方で高い数値が記録されるという現象が解消されたという事実からは，原告らの主張が憶測に基づくものであることが明らかである。
したがって，Ｐ１８の平成２０年冬期の調査結果が，α９地域の地下水の大半が地下川を通じて海中で湧出していることの根拠となるかのような主張は失当である。
(イ)原告らは，赤土を含んだ濁水が湧き出していることも確認されているとして，赤土を含んだ濁水がろ過機能のない地下洞窟やパイピングによる洞窟を通って流出する可能性を裏付けるものであると主張している。
しかし，原告らがその証拠として提示する甲第９０号証及び第９１号証の写真がどの地点を撮影したものであるかは不明である上，仮に撮影場所が本件空港設置工事場所付近の海岸湧水帯であったとしても，「湧水」の濁度若しくはＳＳ濃度の測定値が不明であって，上記主張はおよそ科学的根拠に基づくものとはいえない。
ク原告らは，本件補正書に記載された浸透係数について，実施設計段階で改めて浸透実験を実施したところ，浸透係数が変更され，これに伴い各浸透ゾーンの容量の拡大ないし浸透係数の高い位置への浸透ゾーンの位置変更が行われることになったとし，わずか１０ｃｍ径の１サンプルのみで得られた結果に基づく浸透係数，これに基づき算定された容積での赤土防止対策で赤土流出防止が図られていると判断したことは，明らかに裁量判断の誤りであるという。
しかしながら，県は，本件補正書（６－１－２７頁）において，浸透ゾーンの評価について，「実施に当たっては，工事着手前に現地において面的な浸透試験を実施し，検証することとし，必要に応じて対策を講ずることとする。」としていたところであり，そのとおり実行したのであるから，判断に何ら誤りはなく，原告らの上記批判は当を得ないものである。
ケ原告らは，本件空港建設予定地に分布する琉球石灰岩（大浜層）は，１５ないし７万年前の港川石灰岩に対比されることが明らかであるなどと主張し，これを那覇石灰岩と対比する乙第４８号証が不正確であるという。
しかしながら，本件空港建設予定地西側にある底原ダムの基礎地質は，琉球石灰岩の下部に名蔵れき層，ブネラ粘土層に相当する地層が約９０ｍの厚さに堆積しているものであるところ，この琉球石灰岩の厚さは，他の琉球列島の琉球石灰岩の最大厚さとよく一致している上，そのうち宮古諸島伊良部島では，上記地層に対応する約１００万年前までと決定されていることから，石垣島の琉球層群のほとんどは１３０万年前から４０万年前の地層といえるのであって（乙５３の６頁），この琉球石灰岩を那覇石灰岩と対比したことに何ら誤りはなく，港川石灰岩と対比することは誤りである。少なくとも，「新石垣空港建設地を含む石垣島全域に分布する琉球石灰岩である『大浜層』の堆積年代は，同時期に堆積した『名蔵層』（括弧内省略）から算出するナンノプランクトン化石，石灰質ナンノ化石の年代ならびにサンゴ化石の年代から，『後期更新世』と推定」されていること（甲２０２）が明らかに正確で正しいということはできない。コ(ア)原告らは，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定について，１日雨量を基準にしていることは，石垣島の地域的特性である局所的集中豪雨を過小評価するものであるという。
しかしながら，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定に当たり参考となる降水量データとしては，浸透ゾーンに継続して流入する濁水処理に必要な浸透ゾーン容量を算定する必要があることから，原告らの主張する１時間雨量ではなく，日雨量を用いることが相当である。なお，県は，浸透ゾーンの容量算定に当たり，日雨量として「２５９．４ｍｍ」の数値を用いたものであるが，原告らの指摘する平成１２年１１月１２日の石垣島α１８地区の日降雨量は１８３ｍｍであることから，原告らの指摘する局所的集中豪雨の記録日の降雨量を前提としても，県が想定した浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定は適切である。
(イ)原告らは，県によって策定された容量で，平成１２年１１月と同じ規模（１時間当たり１２７ｍｍ）の集中豪雨に対応できるかは明らかに疑問といわざるを得ない，１時間当たりでいけば，想定の１２倍もの雨量が流入することになるからである，この規模の集中豪雨が工事期間中に事業実施区域内に降ることはないという確証は何一つ存在しないなどという。


しかしながら，浸透ゾーンないし調整池の設置規模の策定に当たり基本となる降水量データは，浸透ゾーンに継続して流入する濁水処理に必要な浸透ゾーン容量を算定するために必要となるものであって，短時間の集中豪雨も想定した上で，降雨の継続時間は２４時間を原則としていることから，原告らの主張する１時間雨量ではなく，日雨量を用いることが適切である。なお，原告らは，日雨量について，当該雨量が２４時間一定のペースで降り続けることを前提とした雨量と理解しているようであるが，本件補正書（６－１－１５頁）に記載されている１時間雨量及び日雨量とは，降雨強度式を用いて算定した確率雨量を示すものであるから，これは誤解である。また，原告らは，想定の１２倍もの雨量が流入すると主張するが，本件補正書（６－１－１５頁）のとおり，２００年に１度の確率規模の１時間雨量１２５．８ｍｍの場合でも日雨量（２４時間）では４０２．９ｍｍと算定されているにとどまるから，この点でも原告らには誤解がある。県は，本件補正書（６－１－１５頁）に記載されているとおり，本件空港の最寄りの観測所である石垣島地方気象台の３１年間の降雨データに基づき降雨量を算出しており，同データには台風時等の降雨が全て含まれている。しかも，計画規模として設定した１０年確率規模の降雨に対する日降雨量のカバー率は総降雨日数４２９４日に対し９９．９５％となっており，極めて高いカバー率となっている。したがって，浸透ゾーン及び調整池の設置規模の算定に用いた降雨強度は適切である。
サ原告らは，機械処理方式で使用を計画する凝集剤について，凝集剤を使用した機械処理方式を採用するということ以上には何も述べていないに等しく，その凝集効果や環境負荷について全く検討されていないと主張し，また，ＳＳ濃度が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の対応策についても，処理水が２５ｍｇ／ｌを超えた場合の排水の停止などの対応や，機械にトラブルが生じたため，処理ができない間も調整池に流入し続ける濁水の処理等，当然に予測される事態への対応策について，マニュアル等が検討される必要があるところ，これを欠いている以上，機械処理方式についても赤土等流出防止対策として欠陥があることは明らかであるという。
しかしながら，本件補正書は，複数の方法を組み合わせて，α５川流域からの赤土等（濁水）の流出によるα３海域のサンゴ礁の生態系への影響を回避ないし低減するための保全対策を採っているのであり，機械処理方式の採用はそのうちの一方法にすぎない。しかも，県は，機械処理方式で用いる凝集剤について，「使用を計画する凝集剤は，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本事業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合的に検討して決定する。凝集剤の決定にあたっては，生物への毒性実験等を参考にする。」と明確に表明し（６－１－４２頁），機械処理施設の維持管理についても，「機械処理施設の稼働中は処理水の放流は，処理水のＳＳ濃度が目標値の２５ｍｇ／ｌ以下を満足しているか常時記録し，必要に応じ適切な措置を行う。」，「プラント設備の動力は，台風等による電源の供給不能を考慮し発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備える。」と明確に表明している（６－１－４６頁）のであるから，原告らの上記主張には根拠がない。
シ原告らは，本件補正書の赤土防止対策が神ならぬ人の計算値によって策定され，人の所為によって実施されるものであるにもかかわらず，本件補正書は，判断の誤りや作業ミスはないとして，事後の調査ないし監視は不要と断じているなどいう。
しかしながら，原告らが引用する「土砂による水の濁りに係る環境影響評価の結果の概要」（乙２３の９－７・８頁）及び「水の汚れに係る環境影響評価の結果の概要」（同９－９・１０頁）の各「事後調査及び環境監視」欄の「環境保全措置として有効であると判断されることから事後調査の必要はないと判断した。」との記載は，本件事業に起因する水の濁りや水の汚れの原因となる赤土等流出防止対策の基本方針として，工事に当たっては，施工や環境の専門家からなる「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討し実施し，工事中においては，赤土等の流出防止対策が所要の機能を発揮していることを確認するためのモニタリング調査を実施するとともに，現場状況に応じた適切な施工を行うため，情報化施工（施工段階における進捗状況，施工範囲，裸地面積等の情報を逐次把握し，予測される台風等の降雨による影響を予測し，迅速な赤土等流出防止対策を行うこと）及び観測施工（施工中における海岸周辺の地下水状況の観測を通し，予測結果との比較を行いながら，施工による影響を把握するとともに，環境保全のための処置を講じながら施工を行うこと）を実施するとされていること（同２－９頁），地下水については，ＳＳ濃度の調査等の環境監視が実施されること（同９－１１頁）を前提とするものであり，原告らのいうような判断の誤りや，作業ミスはないとして，事後の調査ないし監視は不要と断じた趣旨のものではない。なお，上記モニタリング調査については，平成１８年度から実施されている。
(4)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全についてア原告らは，本件空港の建設によって予定地内及びその至近のコウモリ類の利用する主要な５洞窟のうち３洞窟は破壊されたり，洞口が付け替えられたり，著しい改変を受け，残りの２洞窟も工事中の建設機械の稼働及び供用後の航空機の騒音振動で洞内環境は激変する，コウモリ類の生存にとってかけがえのないα７地域洞窟群の一体性は，本件事業によって完全に消失してしまうから，絶滅危惧種コウモリ類の生息に取り返しのつかない重大な影響を与えるのは自明のことであるなどという。しかしながら，県は，本件事業に伴い，①採餌場所や移動経路としての幅約５０ｍの緑地（グリーンベルト）を創出し，②出産・ほ育の時期（５月ないし８月）や休眠時期（１２月ないし３月）は，工事の実施を一部制限して，工事に伴う騒音・振動の影響を低減することとしている。さらに，県は，本件事業に伴い，コウモリ類については，石垣島全体がコウモリ類の生息地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく維持するためには，事業実施区域周辺のみにとどまらず石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとの見地に立って，長期的な視野での環境保全配慮として，③コウモリ類が利用可能な人工洞窟を設置すること，④洞窟周辺の用地を取得して周辺環境の保全を図ること，⑤一部改変される洞窟については，コウモリ類が利用可能となるよう新たに洞口を設けることなどの対策を行うこととし，さらに，これらの環境保全措置の効果に係る知見が不十分であることを踏まえ，⑥工事中及び供用後において，事後調査結果により環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，専門家の指導・助言を得た上で，しゃ音壁の設置や植林を行うなど，環境影響の回避・低減措置の強化改善を図ることとしている。


現在Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟に生息しているコウモリ類は，Ａ及びＤ洞窟を含むその他の洞窟に移動し，生息できるものと考えられ，環境収容力の範囲内であり，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失の影響は小さいと予測される。コウモリ類の移動先として可能性が高いのは，現在，既に移動が確認されている洞窟であるところ，標識調査の結果，コキクガシラ，カグラ及びユビナガの３種とも，Ａ，Ｃ，Ｄ及びＥ洞窟相互の間で，また，Ａ，Ｃ及びＤ洞窟と石垣島内の他の洞窟との間で移動していることが確認されている（乙２３の６－１２－１５６・１６３ないし１６７・２５２・２５３頁）。そして，次のとおり，移動先のねぐら及び餌場の条件は移動してきた個体数を受け入れることが可能であると考えられる。
(ア)カグラについては，Ｂ及びＥ洞窟では，通年で平均個体数は１個体以下，Ｃ洞窟では，通年で平均個体数は約３個体であり（乙２３の６－１２－２４７・２４８頁），少ないことから，これらの洞窟がなくなることによって，これら洞窟以外のねぐらの個体数が激変することはなく，受け入れ可能と考えられる（同６－１２－２５１頁）。(イ)ユビナガについては，Ｂ及びＥ洞窟では利用そのものが確認されておらず，Ｃ洞窟では通年で平均個体数が約１個体以下であり（乙２３の６－１２－２４９頁），少ないことから，これら洞窟がなくなることによって，これら洞窟以外のねぐらの個体数が激変することはなく，受け入れ可能と考えられる（同６－１２－２５１頁）。(ウ)コキクガシラについては，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を通年で合計最大約４７０個体が利用しており，冬期の休眠場所としては合計最大約３２０個体が利用している（乙２３の６－１２－２５１及び２５４頁）。一方，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟以外の洞窟のうち，通年利用の移動先として考えられるのは，現在利用が確認されているＡ，Ｎｏ．２８，Ｎｏ．６２及びＮｏ．３８－２の洞窟であるところ，それぞれの洞窟で約１０ないし１９２０個体の変動が確認されている（同６－１２－２５４頁）。また，冬期の休眠場所の移動先として考えられるのは，同じくＡ，Ｎｏ．２８，Ｎｏ．６２及びＮｏ．３８－２であるところ，それぞれの洞窟で０ないし約５１０個体の変動が確認されている（同６－１２－２５５頁）。
したがって，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟で確認された合計個体数は，想定される移動先の洞窟で確認されている個体数の変動の幅の範囲内であることから，移動先のねぐら及び餌場の環境収容力の範囲内であると考えられる。
このように県は，コウモリ類が石垣島全体で１つの個体群を形成しているとの分析を踏まえて，本件空港設置工事に伴うコウモリ類への影響を回避ないし低減するための保全対策を採っているのであるから，本件航空設置事業がコウモリ類を絶滅に追いやるものであるとはいえない。本件事業実施区域内の洞窟への影響のみを分断して個別に取り上げ，県のコウモリ類の保全対策を批判するのは当を得たものとはいえない。原告らは，Ａ及びＤ洞窟のコウモリ類の生息数が，予備的工事着手後激減，事業実施区域周辺（全体）の個体数も減少してきているというが，以上の観点から失当である。
イ原告らは，人工洞の設置は非科学的な措置であるなどという。しかし，これは，コウモリ類の緊急避難場所等としてのねぐらの選択肢を増やすために実行可能な範囲内で提案された保全対策であり，石垣島のコウモリ類が戦時中に構築された人工洞を利用しているという実態を踏まえて，その設置を決めたものである（乙１９の７－６４頁，同２３の６－１２－５７頁，同３１）。そして，本件国交大臣意見を踏まえて，コウモリ類が生息している既存の人工洞の形状，洞内，洞口環境を参考に，形状，規模，盛土厚等について検討し，更に専門家の指導・助言を得た上で，具体的な形状，規模を決定するとしている（乙２３の７－７１頁）。現段階で，コウモリ類による人工洞の利用はごくまれであるが，それは，設置から３年足らずの期間が経過したにすぎないからであって，今後，洞内外の環境が整うことによって利用されるであろうことは，コウモリ類が人工洞を実際に利用していることからも明らかである。ウ原告らは，工事に伴う騒音・振動によるコウモリ類への影響に対する県の検討について，実際は，工事は長期間にわたり，そして多いときには何百台もの多種の建設機械が同時に稼働し，様々な騒音を撒き散らす複合的な騒音状況を呈するのであり，このように実態とかけ離れた条件の下で行われた調査データに基づき考えられた保全措置が適切かつ有効でないことは明らかであるという。
しかし，県は，上記のとおり，一定の時期には工事の実施を一部制限するなどの環境保全措置を講ずるとともに，事後調査結果により環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には専門家の指導・助言を受けて環境影響の回避・提言措置の強化改善を図ることとしている。原告らの主張する「実態」と同一条件を再現するためには，空港建設工事に着工する以外に方法はないところ，本件許可処分前の調査として係る方法が相当でないことは明らかである。
また，原告らは，Ａ洞窟やＤ洞窟とは全く異なる構造や形質の別の洞窟で行った騒音・振動試験であるというが，そもそも，同じ構造の洞窟が存在するとは考えられないし，洞窟は石灰岩が溶食されて形成されるのであるから，形質が全く異なる洞窟も考え難い。県の調査は，本件空港建設事業実施前の時点で，空港建設予定地のゴルフ場において工事と全く同一の作業を実施することが不可能であるという制約の中で，建設機械のうち，作業に伴って発生する騒音・振動が大きい大型ブレーカ及び振動ローラを用い，Ａ及びＤ洞窟で確認されたカグラが利用していたＮｏ．３９洞窟において，作業時に発生する騒音・振動レベルやこれらに対するカグラの反応について確認するために実施されたものであり，Ａ及びＤ洞窟における建設機械の騒音・振動レベルを予測するに当たっては，距離減衰の近似式を用いて算出したものであり，合理性が認められる。


さらに，原告らは，本件補正書では光が届かないから音も伝播しないという前提でＡ洞窟やＤ洞窟への騒音等の影響を予測しているが，大きな誤りであるという。しかし，県は，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの飛行経路直下にあるコキクガシラの生息が確認されているＮｏ．７７洞窟において航空機の離着陸時の騒音・振動の調査を実施した結果，離着陸のため飛行機が通過した時の騒音は，洞口では９５．９ないし９８．４ｄＢ(Ａ)であったが，洞口から洞奥に進むにつれて騒音の値は小さくなり，洞口が見通せる約１３ｍ奥の洞内では７３．０ないし７３．８ｄＢ(Ａ)，洞口が見通せない約２３ｍ奥の洞内では２８．３ないし２８．７ｄＢ(Ａ)となって，暗騒音の２８．２ｄＢ(Ａ)に近い値を示し，洞口を見通せない屈曲部では騒音の値が小さくなることが判明したこと（乙２３の６－１２－３０８頁）に基づいて判断したのであり，その判断は合理的である。エ原告らは，県がコウモリ類の採餌場所となる緑地と移動経路の創出のために樹木を植栽する環境保全措置を講じるとしていることについて，α９地域に生息するコウモリ類の餌量不足が生じ，個体群の維持に重大な影響が出るおそれがあるという。
しかし，県は，コウモリ類の環境保全措置等として，Ａ及びＤ洞窟の保全を図るため洞窟周辺の土地を取得し，また，採餌場所及び移動経路となる緑地帯の創出，出産・ほ育時期及び休眠時期における工事の抑制，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の保全対策，人工洞の設置等の各種環境保全対策を実施する一環として樹木の植栽措置を講じているのであり，そのうち樹林の植栽措置のみを取り上げ環境保全措置の効果を議論することは当を得ない。また，本件事業により，採餌場所の一部としての二次林や主要な採餌場所への移動経路の一部の二次林は伐採されることとなるが，主要な採餌場所である山地林，海岸林はほとんど伐採されない。さらに，事業周辺洞窟からのコウモリの移動が確認された洞窟周辺には，α１２岳やα１３岳を中心とした樹林が広がっており，餌場環境としては，条件のよい場所であると考えられることから（乙２３の６－１２－２５１頁），直ちに餌不足が生じたり，個体群の維持に重大な影響が出るとは考え難い。県が各種保全対策の一つとして実施する緑地帯の創出は，ゴルフ場内の採餌場所が減少することによる影響を低減させ，主要な採餌場所に至る移動経路が分断される影響を低減させるものであり，その効果として，当該措置を講じた後の環境の状況は，現況との変化は極めて小さいと判断される。
オ原告らは，予備工事着手後コウモリの生息数が激減しているとし，県は，Ａ及びＤ洞窟の保全をコウモリ類の保護のとりでにしてきたが，既にこれまでの予備的工事でさえそのＡ及びＤ洞窟のコウモリ類に重大な影響が出ているなどという。
しかし，コキクガシラ，カグラ及びユビナガの平成２０年度までにおけるそれぞれの個体数（出産・ほ育期，移動期及び越冬期のそれぞれの時期における個体数）について，有意な減少は認められていない（乙４６の２３～３３頁，証人Ｐ２２尋問調書１２・１３頁）。少なくとも，原告らが主張するようにコウモリの生息数が激減している状況をうかがうことはできないのであって，α９地域におけるコウモリの生息数が「激減」していることを前提とする原告らの主張は失当である。カ原告らは，①    Ａ洞窟が石垣島唯一のユビナガの出産・ほ育洞窟であること，②Ａ洞窟に通じる亀裂があること，③    Ａ１洞窟のコウモリ類による利用の事実があること，④未知の重要な洞窟が存在していること，⑤新種を含む好洞窟性動物が存在することを挙げて，県の環境影響評価は，不適切，不十分な調査に基づいて進められたものであるという。
しかしながら，次のとおり，原告らのこれらの主張はいずれも理由がない。また，そもそも，原告らの上記主張は，本件申請に関しても，評価法３３条２項１号によって審査された結果，環境保全上支障があるものと判断されるときは，評価法に定められている要件を欠くものとして，許可処分を行ってはならないことになるとの独自の見解を前提とするものであり，その前提において失当である。
(ア)原告らは，Ｐ１９委員会の調査により，Ａ洞窟が石垣島に唯一存在するユビナガの出産・ほ育洞窟であることが確認されたという。しかし，Ａ洞窟内においてユビナガの幼獣の存在は確認されておらず，Ａ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であることを示す「直接的な証拠」は存在しない。当該洞窟が出産・ほ育洞かどうかはその洞窟内で幼獣を現認する方法が確実であり（証人Ｐ２２尋問調書１５・１６・５４頁），この点は，ユビナガについて，授乳期の６月に出産・ほ育洞ではない洞窟で，乳頭，乳房が裸出し発達している雌が捕獲された事例があること（乙３３）からも明らかである。洞窟の洞口付近で授乳中のユビナガの雌を捕獲したとしても，捕獲したというユビナガが当該洞窟から出洞したかどうか確定できないければ，直ちに当該窟内にほ育集団を形成しているはずであるということはできないし，仮に当該洞窟から出洞したとしても，出産時に移動する可能性を踏まえれば，当該洞窟が出産・ほ育洞であると直ちにいうことはできない。甲第４号証によると，平成１８年６月２３日のＡ洞窟の調査において，出洞するコウモリの数をバットディテクターで計測したところ，ユビナガ合計１０００個体が出洞したというが，バットディテクターとは，コウモリが発信する超音波を探知する機械であり，人間の耳では聞くことが生理的に不可能な周波数の音を人間の耳に聞こえる周波数に変換するものであって，これによって数を計測することは不可能ではないが正確な数を計測することはできない（証人Ｐ２２尋問調書１８・１９頁）。しかも，甲第４号証には，１０００個体という数及び出洞した洞口が記載されているだけであり，１０００個体のユビナガが出洞した時刻，出洞に要した時間等は何ら記載されておらず，その正確性を示す基本的な資料も存在しない。この記載に見合うほどの数のユビナガの出洞を確認したという事実があったとしても，そのとき出洞したユビナガの雌雄の比率は不明であるし，仮に，その多くが妊娠している雌であるとしても，出産時に移動する可能性も考えられるのである。


(イ)原告らは，Ｐ１９委員会がＡ洞窟にはこれまで明らかになっている本件空港予定地から最も離れている西側の３つの洞口のほかに別の未知の洞口が存在していることを推測していたところ，その洞口亀裂をＤ１洞窟付近で発見し，そこからコキクガシラ１５０頭が出洞するのを確認した，こうした亀裂が盛土によって閉鎖されることになれば，空気の流れが変わりＡ洞窟における洞内微気候の変化（好適な生息環境の破壊）は避けられないとして，県の調査が不適切，不十分であったと主張している。
しかしながら，原告らの上記主張は，原告らが発見したという洞口亀裂がＡ洞窟に通じていることが前提となっているところ，この前提は推測にとどまり，確認されていないのであるから，原告らの上記主張は憶測を述べたものといわざるを得ない。
(ウ)原告らは，Ａ１洞窟について，ほぼ周年を通じて少数ではあるがコキクガシラのねぐら場所として利用されていることが確認されたとし，調査時に水没しておりコウモリ類の利用が確認されなかった旨の県による調査結果（乙２３の６－１２－１８０頁）について，不適切な調査方法による誤った結論であると主張している。
しかしながら，仮に，原告らの主張する数頭ないし１６頭のコキクガシラによるＡ１洞窟の利用が認められたとしても，コキクガシラ（成獣のみ）は，現在までに生息場所が確認されただけでも石垣島全体で５１６８ないし５９９９頭程度生息していることが認められ，そのうち，Ａ洞窟を利用するコキクガシラ（成獣のみ）は１３００ないし１４２０頭程度いると認められる（乙２３の６－１２－１５６ないし１６２頁）。このように，原告らの主張を前提としてもなお，石垣島全体を生息地とするコウモリ類にとってＡ１洞窟の重要性が高いとはいい難く，原告らの上記主張は当を得ないものである。なお，県は，Ａ１洞窟における調査において，平成１４年７月７日にカグラ１個体を確認したのを最後に，平成１７年５月３０日，同年１０月９日，平成１８年７月４日，平成１９年１月１８日，同月２０日，同年６月７日，同年７月１６日の調査では，コウモリ類を確認できなかった（そのうち，平成１９年１月１８日，同月２０日の調査では目視調査のみならず，バットディテクターを用いて調査を実施した。）。また，平成１７年５月２５日，同年６月２２日，平成１８年１月１４日，同年６月３日，同年１１月２３日に調査に赴いた時には，洞口が水没し入洞が不可能であった。こうした調査結果に基づき，県は，Ａ１洞窟について，コウモリ類の継続的な利用は困難であると判断しているものであるから，その判断に不合理な点はない。(エ)原告らは，浸透ゾーンⅡの掘削中に新たな洞窟が見付かったが，これほど大きな洞窟が今頃になって発見されたのは，洞窟探索調査が極めて不十分だったことを意味していると主張している。しかしながら，県は，将来新たな洞窟が発見される可能性を想定した上，本件補正書（８－１１頁）において，「新たな・・・洞窟が見つかった場合は，小型コウモリ類の利用状況を調査し，利用が確認された場合は，小型コウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用できるよう，専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全をはかる。」としていたのであるから，新たな洞窟が発見されたからといって直ちに県の調査が不十分であったことにはならないし，新洞窟発見の事実が従前の環境影響評価に影響を及ぼすものでもない。
なお，本件補正書は，上記洞窟について，コウモリ類の現在利用状況の調査を実施しているところであり，今後，専門家の指導・助言を得た上で，コウモリ類が継続して洞窟を利用できるよう可能な限り保全対策を講じることとしている。
(オ)原告らは，Ｄ洞窟のコウモリのグアノ（糞）中から，ケシガムシ属の一種が発見され，好洞窟性のトカラコミズギワゴミムシがＡ１洞窟，Ｃ洞窟，Ｅ洞窟の洞内で初めて確認されたほか，真洞窟性で準絶滅危惧種（石垣島固有種）に指定されているムモンアメイロウマについては，環境影響評価書の中ではその保全措置について一切示されておらず，不十分極まりないといえるとし，これらのことをもって，県の調査が不十分なあかしであると主張している。
ａしかしながら，   原告らの主張する「ケシガムシ属の一種」については，環境保全措置の対象となり得る未記載種（新種，重要な種）に該当するのかにわかに特定し難いものである上，県は，将来重要な生物が新たに確認される可能性を想定した上，本件補正書（８－４頁）において，「今後，重要な生物が新たに確認された場合は，専門家の指導，助言を得た上で，必要な調査を実施し，Ｐ５６委員会（仮称）に諮り，適切な措置を講じることとする。」としているのであるから，新たな生物が発見されたからといって直ちに県の調査が不十分であったことにはならないし，新たな生物発見の事実が従前の環境影響評価に影響を及ぼすものでもない。
ｂ次に，「トカラコミズギワゴミムシ」については，環境省レッドリスト，沖縄県レッドデータブック若しくは絶滅のおそれのある野生生物の種の保存に関する法律により保護される種，又は天然記念物等に選定されておらず，本件補正書にいう「重要な種」の選定基準に該当しないことから，環境保全措置等の検討の対象とはならないものである。
ｃさらに，「ムモンアメイロウマ」は，県が平成１３年度ないし平成１５年度に実施した新石垣空港洞窟性生物調査において，「カマドウマの一種(Ａｔａｃｈｙｃｉｎｅｓ属の一種)」としてＡ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ洞窟で生息を確認しており，本件補正書においては旧名の「カマドウマの一種(Ａｔａｃｈｙｃｉｎｅｓ属の一種)」として記載されている（乙１９の資－２２１頁）。
なお，「ムモンアメイロウマ」は，平成１７年３月に刊行された「改訂・レッドデータおきなわ」で準絶滅危惧種に選定されたことから，これに伴い県は，他の希少種と同様の保全対策を講じることとしたものである。
このように，県は，コウモリ類を除く洞窟内動物についても，他の希少種と同様に，事業実施に伴う環境影響の回避・低減措置の強化改善を図ることとしているのであるから，県の貴重動物の調査や保全対策を批判する原告らの上記主張は，当を得たものとはいえない。
キ原告らは，石垣島における３種のコウモリ類がそれぞれ単一の地域個体群であると断ずる根拠が示されていないなどという。(ア)しかし，県が実施した集団遺伝学的分析の解析結果によれば，コウモリ類が石垣島全体で１つの個体群を形成しているということができる（乙１９の資－４５０ないし４５３頁，乙２３の６－１２－１５６・２４４・２４５頁）。


平成３１年２月２１日判決言渡
平成３０年（行ケ）第１００９６号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成３１年１月２２日
判決
原告         吉川化成   株式会   社同訴訟   代理人   弁護士          朝野修   治
鈴木   章
同訴訟   代理人   弁理士          森治被告         ミサワホーム株   式会社被告         城東テ   クノ株   式会社上記両名訴訟代理人弁護士        岩坪   哲
速見禎   祥
溝   内   伸治郎
主文
１原告の請求を棄却する。
２訴訟費用は原告の負担とする。
事実及   び理由
第１請求
特許庁が無効２０１７－８００１３７号事件について平成３０年６月１２日にした審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，特許無効審判請求に対する不成立審決の取消訴訟である。争点は，進歩性判断（相違点の容易想到性の判断）の誤りの有無である。
１特許庁における手続の経緯
被告らは，名称を「台輪，台輪の設置構造及び設置方法」とする発明について，平成１２年８月３０日（以下，「本件出願日」という。），特許出願（特願２０００－２６１３７２号）をし，平成２２年９月１７日，その設定登録を受けた（特許第４５８９５０２号。請求項の数５。以下，「本件特許」という。甲１５）。被告らは，平成２９年６月２日，明細書（特許請求の範囲の記載を含む。）を訂正する訂正審判請求をし（訂正２０１７－３９００４１。以下，「本件訂正」という。），特許庁は，同年７月１８日，本件訂正を認める審決をし，同審決は，そのころ確定した（甲１４，弁論の全趣旨）。
原告が，平成２９年１０月１３日付けで本件特許の請求項１～５に係る発明についての特許無効審判請求（無効２０１７－８００１３７号）をしたところ（甲１６），特許庁は，平成３０年６月１２日，「本件審判の請求は，成り立たない。」との審決をし，その謄本は，同月２０日，原告に送達された。
２本件発明の要旨
本件訂正後の本件特許の請求項１～５に係る発明（以下，請求項の番号に従って「本件発明１」のようにいい，本件発明１～５を合わせて「本件発明」という。）の特許請求の範囲の記載は，次のとおりである（甲１４，１５。なお，本件訂正後の本件特許の明細書及び図面〔甲１４，１５〕を「本件明細書」という。）
(1)本件発明１
【請求項１】
基礎上端に複数接続されて敷き込まれることで，基礎と基礎上に構築される建造
物本体との間に介在される台輪において，
複数の台輪のそれぞれは，
前記基礎の長手方向に沿って配置される台輪本体と，
この台輪本体の長手方向の両端部にそれぞれ設けられた接続部とを備え，前記台輪本体の両端部の接続部には，それぞれ嵌合部と当該嵌合部に嵌合可能な
形状の被嵌合部とが幅方向に並んで配置され，
前記両接続部の嵌合部と被嵌合部は，長手方向に隣接する他の台輪本体の接続部の被嵌合部と嵌合部に幅方向へ移動しないようにそれぞれ嵌合して接続するように
構成されており，
前記嵌合部と前記被嵌合部との形成位置が前記台輪本体の長手方向の向きを逆に
しても接続可能となっていること
を特徴とする台輪。
(2)本件発明２
【請求項２】
基礎上端に複数接続されて敷き込まれることで，基礎と基礎上に構築される建造物本体との間に介在される長尺板状に形成されたプラスチック製の台輪において，
複数の台輪のそれぞれは，
前記基礎の長手方向に沿って配置される台輪本体と，
この台輪本体の長手方向の両端部にそれぞれ設けられた接続部とを備え，前記台輪本体の両端部の接続部には，それぞれ嵌合部と当該嵌合部に嵌合可能な
形状の被嵌合部とが幅方向に並んで配置され，
前記両接続部の嵌合部と被嵌合部は，長手方向に隣接する他の台輪本体の接続部の被嵌合部と嵌合部に幅方向へ移動しないようにそれぞれ嵌合して接続するように
構成されており，
前記嵌合部と前記被嵌合部との形成位置が前記台輪本体の長手方向の向きを逆に
しても接続可能となっており，
前記嵌合部は台輪本体の上下面に渡って形成された上下方向に延在する溝部を備
え，
前記被嵌合部は前記溝部に嵌る突部を備えること
を特徴とする台輪。
(3)本件発明３
【請求項３】
請求項１又は２に記載の台輪において，
前記台輪本体には，換気孔が前記台輪本体の幅方向に貫通するようにして形成さ
れていること
を特徴とする台輪。
(4)本件発明４
【請求項４】
請求項１～３のいずれかに記載の台輪が基礎上端に基礎の長手方向に沿って複数接続されて敷き込まれ，基礎と基礎上に構築される構造物本体との間に介在された
台輪の設置構造であって，
隣接する台輪どうしは接続部どうしを嵌合することで接続され，嵌合した接続部のうちの一方が前記基礎に固定されていることを特徴とする台輪の設置構造。
(5)本件発明５
【請求項５】
基礎上端に請求項１～３のいずれかに記載の台輪が基礎の長手方向に沿って複数接続して敷き込まれ，これら複数の台輪を隣接する台輪の接続部どうしが互いに嵌合し接続された状態で，基礎上に設置する台輪の設置方法であって，嵌合する接続部のうちの一方を前記基礎上面に固定することを特徴とする台輪の設置方法。
３審判における請求人（原告）の主張（無効理由）本件発明は，その出願前に頒布された刊行物である甲１～３に記載された発明及び周知技術（甲２～１３）に基づいて，当業者が容易に発明することができたものであるから，特許法２９条２項の規定により特許を受けることができないものであり，本件特許は，同法１２３条１項２号に該当し，無効とすべきである。甲１：実願昭５８－７４５７８号（実開昭５９－１８１１０３号）のマイクロフ
ィルム


甲２：実願平４－５５５７０号（実開平６－１０４１３号）のＣＤ－ＲＯＭ甲３：実願昭５６－５９７８３号（実開昭５７－１７２８１０号）のマイクロフ
ィルム
４審決の理由の要点
(1)本件発明１について
ア甲１発明の認定
甲１には，次の発明（以下，「甲１発明」という。）が記載されている。「ポリプロピレン，硬質ポリエチレン等の合成樹脂より成る方形若しくは長方形基盤１の板面中央部に，平面略太十字状をなすアンカーボルト２の挿通孔Ｈを穿ち且つ基盤１の片側壁に突部ｔを突設すると共に反対側壁には該突部ｔと係合する凹部ｈを形成し，前記挿通孔Ｈの周辺に釘孔ｒを穿設したコンクリート基礎と土台間に
介装する通気用の台座であって，
予め基盤１の挿通孔Ｈよりアンカーボルト２をその下端の向きに応じて挿入して該下端をコンクリート基礎３中等間隔に埋設して，基盤１をコンクリート基礎３の長手方向に沿って間隔を空けて複数配置した後，その各釘孔ｒより釘を打込んで固着し，該基盤１上面に突出したアンカーボルト２の上部を土台４に予め穿設してあるボルト孔より挿入して上方に突出せしめて，該台座上に突出したアンカーボルト２の上端に座金８を介在してナット７で締着することにより，コンクリート基礎３と土台４間に等間隔の通気孔を介して強固安定的に固着せられ，突部ｔ，凹部ｈのサイズは略同一であり，突部ｔ，凹部ｈはそれぞれ係合面に沿
って並んで配置されており，
コンクリート基礎３及び土台４が長間であったり，或はこれらが平面鍵形若しくはＴ字形に構成されてある場合は上記突部ｔと凹部ｈを順次係合して接続することにより耐荷力を増大したり各形状に順応して介在固着せられる，通気用の台座。」
イ一致点の認定
本件発明１と甲１発明とを対比すると，次の一致点１で一致する。
（一致点１）
「基礎と基礎上に構築される建造物本体との間に介在される台輪において，
複数の台輪のそれぞれは，
前記基礎の長手方向に沿って配置される台輪本体と，
この台輪本体の両端部にそれぞれ設けられた接続部とを備え，前記台輪本体の両端部の接続部には，嵌合部と当該嵌合部に嵌合可能な形状の被
嵌合部とが配置され，
前記両接続部の嵌合部と被嵌合部は，隣接する他の台輪本体の接続部の被嵌合部と嵌合部に嵌合面に沿う方向へ移動しないようにそれぞれ嵌合して接続するように
構成されている，
台輪。」
ウ相違点の認定
本件発明１と甲１発明とを対比すると，次の相違点１～３で相違する。
(ｱ)相違点１
本件発明１は「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる」台輪であるのに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
(ｲ)相違点２
本件発明１は，接続部が「台輪本体の長手方向の両端部にそれぞれ設けられ」ているのに対し，甲１発明は，接続部が台座の長手方向の両端部に設けられているのか明らかでない点。
(ｳ)相違点３
接続部に関して，本件発明１は「台輪本体の両端部の接続部には，それぞれ嵌合部と当該嵌合部に嵌合可能な形状の被嵌合部とが幅方向に並んで配置され，」「嵌合部と前記被嵌合部との形成位置が前記台輪本体の長手方向の向きを逆にしても接続可能となっている」のに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
エ相違点についての判断
(ｱ)相違点１について
甲２には，土台保護板を基礎の長手方向に沿って複数接続することが記載されている（以下，「甲２事項」という。）。
しかし，甲１発明は，台座を間隔を空けて配置し「基礎３と土台４間に等間隔の通気孔」を形成させることが前提となっている通気用の台座であるから，甲２事項のように台座間に間隙を生じないように複数接続することには阻害要因があるというべきであり，甲１発明に甲２事項を適用する動機付けはない。また，甲１発明の「基礎３及び土台４が長間であったり，或はこれらが平面鍵形若しくはＴ字形に構成されてある場合は上記突部ｔと凹部ｈを順次係合して接続する」点は，上記のように甲１発明は台座を間隔を空けて配置することを前提としつつ，耐荷力を増大したり形状に順応するために台座を部分的に隣接させるものであるから，本件発明１の「布基礎の長手方向に沿って複数隣接して配置される」ものではないし，また，あくまで部分的に台座を隣接させるにとどまる以上，甲１発明のこの構成から本件発明１の「布基礎の長手方向に沿って複数隣接して配置される」構成を得ることは，当業者が容易に想到し得る事項であるともいえない。布基礎の直線部分において台座を長手方向に隣接して配置することが設計事項であるということもできない。
(ｲ)相違点２について
甲１発明の台座は「方形若しくは長方形」であるから，長方形の態様を含んでおり，長方形の台座に対して，突部，凹部をその長手方向の両端部に設けることは，台座の配置方向等を勘案して当業者が適宜選択しうる事項にすぎない。そして，突部，凹部が長手方向の両端部に設けられることにより，一致点１に係る「嵌合面に沿う方向」は，本件発明１の「幅方向」と一致することになる。したがって，甲１発明において，相違点２に係る本件発明１の構成とすることは，当業者が容易に想到し得たことである。
(ｳ)相違点３について


甲１発明は，「基礎と土台間に介装する通気用の台座に関するものであってアンカーボルトによる締着並に釘打ちを自在ならしめ確固安定的に固着せられると共に・・・側壁の突部はラス等の下地材張設に際しその下端部を当接することにより該下地材の張設作業を常に容易に然も正確に遂行せしめるようにしたもので」あり，「基礎上端に隣接して設置される複数の台輪の設置作業を容易に行うことができる」（本件明細書【０００５】），「台輪の接続部に他の台輪の両接続部のうちのどちらでも嵌合部と被嵌合部とを嵌合接続することで，台輪どうしを接続することができる」（同【００１３】，【００６３】）との本件発明の課題は何らの記載も示唆もない。また，甲１発明の突部ｔ，凹部ｈは，本件発明１のように「それぞれ嵌合部と当該嵌合部に嵌合可能な形状の被嵌合部とが幅方向に並んで配置され」ているものではないし，さらに，突部ｔは「下地材の張設に際しては基盤側壁の突部が測定具の用を兼ねる」ものであるから，基盤の一方側に突部ｔを実施例のように並べて設ける必要性があり，突部ｔと凹部ｈを並べて配置することは想定できない。そして，甲６は型枠ブロックの組積みに関するものであり，甲７は芝生保護材に関するものであり，甲８は鉄道，高速道路等で使用する情報ケーブル等各種の配線を収容保護する配線路を構築敷設するための配線路用ブロックに関するものであり，甲１０は乗用玩具とともに用いられる乗用玩具用レールに関するものであり，甲１発明の建築における基礎と土台間に介装する台座と比較して，それぞれ，その適用箇所，技術分野が大きく異なるものである。さらに，甲６（図２），甲７（平面図），甲１０（図３，１０）に記載された接続形式（凹凸の形状や嵌合の形態など）は，甲１発明にどのように適用できるのか，あるいは，仮に甲１発明に適用したとしても接続形式として機能するのか定かでないほど，甲１発明の接続形式とは異なるものとなっている。これらのことから，甲６～８，１０に記載された技術を，甲１発明に適用する動機付けはないというべきである。
甲２は，土台保護板に関するものであり，本件発明１の台輪と共通する技術分野であるが，係合突片１３，係合凹所１４は「向きを逆にしても接続可能」となっておらず，相違点３に関する技術事項は記載されていない。甲９には，２分割タイプの金具の噛み合い部として切欠，突起が記載されており，切欠，突起の形状は本件発明１と似通っている部分はあるものの，二つの金具の１か所の接合に関するものであり，「向きを逆にしても接続可能」とはなっていないし，そのようにする必要性もないから，相違点３に関する技術事項とはいえない。その他の証拠である甲３～５，１１～１３においても，相違点３に相当する構成は開示されていない。
嵌合部，被嵌合部の形成については，凹凸の数を含めて様々な態様があり得るから，原告主張のように２種類に集約できるものではない。
(ｴ)結論
本件発明１は，前記(ｱ)(ｳ)のとおり，相違点１，３に係る本件発明１の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないため，甲１～１３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。
(2)本件発明２について
ア相違点の認定
本件発明２と甲１発明とを対比すると，相違点１～３に加えて，次の相違点４で相違する。
（相違点４）
嵌合部に関して，本件発明２は「嵌合部は台輪本体の上下面に渡って形成された上下方向に延在する溝部を備え」るのに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
イ相違点についての判断
(ｱ)相違点４について
例えば，甲２に係合凹所１４は保護板１１の上下面に渡って形成されていることが記載されているように，嵌合，被嵌合形状として，部材の上下面に渡る溝部を形成することは一般に広く用いられている周知技術にすぎず，このような周知技術を採用することは当業者が通常行い得る行為であり，また，この周知技術を甲１発明の「凹部」に適用することに格別の阻害要因は見受けられず，当業者が容易に想到し得る程度のことにすぎない。
(ｲ)結論
本件発明２は，前記(1)エ(ｱ)(ｳ)のとおり，相違点１，３に係る本件発明２の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないため，甲１～１３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。
(3)本件発明３について
ア相違点の認定
本件発明３と甲１発明とを対比すると，相違点１～３及び相違点４（請求項２を引用した場合）に加えて，次の相違点５で相違する。
（相違点５）
本件発明３は「台輪本体には，換気孔が前記台輪本体の幅方向に貫通するようにして形成されている」のに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
イ相違点についての判断
(ｱ)相違点５について
甲３には，「台輪本体をその幅方向に貫通するようにして形成された換気孔」を設けることが記載されている（以下，「甲３事項」という。）。しかし，甲１発明は，台輪を間隔を空けて複数配置し，その間隙を換気孔（通気孔）としていることから，台輪本体にさらに換気孔を設ける必要性はなく，甲３事項を適用する動機付けはないというべきである。また，甲１発明の実施例となる甲１の第１図，第４図等の基盤１の形状を参照しても，方形状であることや，凹部，突部の存在から，幅方向を貫通するように換気孔を改めて設けるためには比較的大きな構成の変更が必要となることが予測され，そのような意味からも，甲１発明において台輪そのものに改めて換気孔を設けることは想定されていないというべきである。
その他の証拠である甲２，４～１３には，相違点５に相当する構成は開示されていない。
甲１１，１２に開示されたパッキン（台座）は，台座部分は換気機能は有するものの，甲３事項のような貫通する孔ではなく「溝」が形成されており，甲１２は，間隔を空けて配置される台座であるのか明らかではない。また，甲１３に開示されたものは，アルミ合金枠体２が換気機能を有するのか，貫通する孔を有するのかが明らかでない。したがって，甲３事項のような貫通する孔を「一定の間隔を空けて配置される台座においても」適用する証拠として十分なものとはいえず，甲３事項を甲１発明に適用する動機付けはない。
(ｲ)結論


本件発明３は，前記(ｱ)及び(1)エ(ｱ)(ｳ)のとおり，相違点１，３，５に係る本件発明３の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないため，甲１～１３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。
(4)本件発明４について
ア一致点の認定
本件発明４と甲１発明（ただし，「コンクリート基礎３と土台４間に配置された台座の設置構造」と限定したもの。(4)において，以下同じ。）とを対比すると，一致点１に加えて，次の一致点２で一致する。
（一致点２）
「基礎と基礎上に構築される構造物本体との間に介在された台輪の設置構造」
イ相違点の認定
本件発明４と甲１発明とを対比すると，相違点１～３及び相違点４（請求項２を引用した場合）並びに相違点５（請求項３を引用した場合）に加えて，次の相違点６，７で相違する。
(ｱ)相違点６
本件発明４は「基礎上端に基礎の長手方向に沿って複数接続されて敷き込まれ」，「隣接する台輪どうしは接続部どうしを嵌合することで接続され」た「台輪の設置構造」であるのに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
(ｲ)相違点７
本件発明４は「嵌合した接続部のうちの一方が前記基礎に固定されている」のに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
ウ相違点についての判断
(ｱ)相違点６について
相違点６は，相違点１と実質的に同じであるから，前記(1)エ(ｱ)のとおりである。
(ｲ)相違点７について
甲１には「その各釘孔ｒより釘を打込んで固着」する旨の記載はあるものの，「嵌合した接続部のうちの一方が前記基礎に固定されている」ようにすることを示唆する記載はなく，その他の証拠である甲２～１３においても，相違点７に相当する構成は開示されていない。
甲１の上記記載から見て，釘孔を選択的に使うことまで想定されていない。
(ｳ)結論
本件発明４は，前記(ｱ)(ｲ)並びに(1)エ(ｱ)(ｳ)及び(3)イ(ｱ)のとおり，相違点１，３，５～７に係る本件発明４の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないため，甲１～１３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。
(5)本件発明５について
ア一致点の認定
本件発明５と甲１発明（ただし，「コンクリート基礎３上に配置された台座の設置方法」と限定したもの。(5)において，以下同じ。）とを対比すると，一致点１に加えて，次の一致点３で一致する。
（一致点３）
「基礎上に設置する台輪の設置方法」
イ相違点の認定
本件発明５と甲１発明とを対比すると，相違点１～３及び相違点４（請求項２を引用した場合）並びに相違点５（請求項３を引用した場合）に加えて，次の相違点８，９で相違する。
(ｱ)相違点８
本件発明５は「基礎の長手方向に沿って複数接続して敷き込まれ，これら複数の台輪を隣接する台輪の接続部どうしが互いに嵌合し接続された状態」であるのに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
(ｲ)相違点９
本件発明５は「嵌合する接続部のうちの一方を前記基礎上面に固定する」のに対し，甲１発明はそのような特定がなされていない点。
ウ相違点についての判断
(ｱ)相違点８について
相違点８は，相違点１と実質的に同じであるから，前記(1)エ(ｱ)のとおりである。
(ｲ)相違点９について
相違点９は，相違点７と実質的に同じであるから，前記(4)ウ(ｲ)のとおりである。
(ｳ)結論
本件発明５は，前記(ｱ)(ｲ)並びに(1)エ(ｱ)(ｳ)及び(3)イ(ｱ)のとおり，相違点１，３，５，８，９に係る本件発明５の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないため，甲１～１３に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。
第３原告主張の審決取消事由
１取消事由１（本件発明１に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）審決は，相違点１，３に係る本件発明１の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないと判断したが，以下のとおり，いずれも誤りである。(1)理由１－１（相違点１の容易想到性判断の誤り）ア甲１の第４図には，基礎が交わる角部の施工に関する記載ではあるが，布基礎の直線部分において台座を長手方向に隣接して配置することが記載されている。
また，甲１には「基盤１の片側壁に楔状突部ｔ，反対側壁に該突部と係合する楔状凹部ｈが形成されてあるので基礎３及び土台４が長間であったり，或はこれらが平面鍵形若しくはＴ字形に構成されてある場合は第４図に示したように上記突部と凹部を順次係合して接続することにより耐荷力を増大したり各形状に順応して介在固着せられる利点をも具有するものである。」と記載されているように，台座の支持力が不足する場合は，当然に，複数の台座を隣接して配置することになるから，台座を長手方向にどのように配置するかは，アンカーボルトの位置に加え，台座の支持力を考慮して行う設計的事項であると認められる。
したがって，甲１発明は，「布基礎の長手方向に沿って複数隣接して配置される」構成を備えるものであって，相違点１に係る本件発明１の構成である「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる」との構成を備えたものであるか，少なくともこれを排除しないものである。
イ(ｱ)本件発明１は，「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる・・・台輪」と特定しているだけで，台輪間に通気孔となる間隙を一切設けない構成を特定したものではないと認められるが，仮に，上記構成を特定するものであるとしても，上記構成は，甲２～５に記載されているように，周知の技術であり，また，甲１発明（特に，突部と凹部を順次係合して接続することで複数の台座を隣接して配置する構成）とこの周知技術とを組み合わせ，台輪間に通気孔となる間隙を一切設けない構成とすることに阻害要因はない。


(ｲ)被告らは，本件発明１の相違点１に係る構成の「敷き込まれ」は，「隙間を空けないように並べる」の意味で用いられていると主張するが，被告らが引用する乙１と同じ「建築用語集」には，「建て込み」の意義として，「柱や型枠など部材を縦にして，所定の位置に据え付けることを一般に建て込みといい，水平に据え付ける敷き込みに対する言葉である。」と記載されている（甲２２）から，「敷き込まれる」の意義は，「（隙間なく）敷き並べること」という狭義の意義に限定されず，「所定の位置に水平に据え付ける」の広義の意義がある。そして，被告らが示した被告城東テクノ株式会社の本件発明１の実施品の施工現場写真（被告第２準備書面２頁）を見ても，基礎上端面には台輪が敷かれていない部分が存在するから，相違点１に係る本件発明１の構成の「敷き込まれる」は，「（隙間なく）敷き並べること」という狭義の意義ではなく，「所定の位置に水平に据え付ける」の広義の意義で解釈すべきである。
また，被告らは，相違点１に係る本件発明１の構成の「敷き込まれる」は，本件発明１の特許請求の範囲の文言からすると，基礎と建造物本体の間に「隙間を空けないように敷き並べる」意味であると明確に理解できるし，本件明細書（【０００１】～【０００３】，【００３８】，【図８】，【図１６】）の記載を参酌すると，「隙間を空けないように並べる」という意味であると理解できると主張するが，「敷き込まれる」は，一般的に用いられている技術用語とはいえないし，本件明細書の記載を参酌しても，「敷き込まれる」の意義が「隙間を空けないように並べる」ことに限定され，「所定の位置に水平に据え付ける」という広義の意義が排除される理由はない。(ｳ)被告らは，甲１発明の台座は，土台とコンクリート基礎との間にあえて空間（通気孔部分）を設けることにより，通気を確保するものであるから，甲２の土台保護板における，土台となる角材をコンクリート基礎からの湿気から保護し，コンクリート基礎と土台の間に侵入する雨水を排除するという課題は，意図されていないと主張する。
しかし，甲１発明は，台座を間隔を空けて配置することによって基礎３と土台４の間に通気孔を設けるようにするものである一方で，当然に，甲２記載のコンクリート基礎から角材への湿気の到達の防止等の課題（台輪〔台座〕の基本的な課題）を意図しているといえる。
甲１発明や甲２等に記載された技術は，コンクリート基礎と建物本体との間に介在させる台輪という極めて限定された用途に用いられるものであって，明細書中に課題等が明記されていないとしても，当業者（極めて限られた製造業者数社）は，文献記載の構成を適宜取捨選択して採用することに困難性はないといえる。このことは，古くから用いられている比較的短尺の台輪と，それより後から開発された長尺の台輪との間における構成についても同様である。
したがって，甲１発明に甲２事項を適用する動機付けはある。(ｴ)被告らは，甲３～５には，相違点１に係る本件発明１の構成は開示されていないと主張するが，甲３～５に記載された長尺の台輪は，甲１発明の比較的短尺の台座の使い勝手を改善するために，布基礎の長手方向の全長にわたって配置することを前提とするものであるから，布基礎の長手方向の寸法に合わせて，台輪を複数隣接して配置するようにすることは，必然の事項にすぎないものといえる。そして，比較的短尺の台輪と，長尺の台輪との間における構成について，適宜取捨選択して採用することに困難性はない。
したがって，相違点１に係る本件発明１の構成は，周知技術である。ウ以上によると，甲１発明において，相違点１に係る本件発明１の構成とすることは，当業者が容易に想到し得たことである。
(2)理由１－２（相違点３の容易想到性判断の誤り）ア(ｱ)種々の相互に接続して用いられる部材の端部にそれぞれ設けられた嵌合部と被嵌合部とからなる接続部を備え，その接続部を幅方向へ移動しないようにそれぞれ嵌合して部材同士を接続するようにすることは，接続構造として一般的なものであって，その接続部の嵌合部と被嵌合部の形成位置に関しては，（ａ）部材に方向性を持たせる形成位置とする，具体的には，部材の一端部に「凸，凸」の嵌合部を設け，他端部に「凹，凹」の被嵌合部を設けるようにするか，（ｂ）部材の方向の向きを逆にしても接続可能となる形成位置とする，具体的には，部材の一端部に「凸，凹」の嵌合部及び被嵌合部を設け，他端部に「凹，凸」の被嵌合部及び嵌合部を設けるようにするかの２通りしかなく，また，上記（ａ）の接続方式と同様に，上記（ｂ）の接続方式も，技術分野に関係なく，嵌合部と被嵌合部とからなる接続部の構造として，本件出願日前に一般的に行われていた周知の技術にすぎない（例えば，甲６～１０）。また，この周知技術は，部材の向きを逆にしても接続可能とすることを目的として，部材や適用箇所等にかかわらず，転用可能な技術であるといえる。


上記（ｂ）の接続方式は，技術分野に関係なく汎用されているものであるが，甲６～９は，土木・建築業界に関する技術であるから，技術分野が大きく異なるものとはいえない。むしろ，土木・建築業界に従事する作業者（当業者）にとっては，課題が共通するごく当たり前の技術にすぎないし，甲１発明の接続形式（凹凸の形状や嵌合の形態など）は，単なる凹凸嵌合であって何ら特段のものではないから，甲１発明に甲６～９に記載された技術を適用することに困難性があるとはいえない。(ｲ)被告らは，甲１発明の台座は通常，単独で敷設されるものであることからすると，接続・係合方法を積極的に改変する動機付けは乏しいと主張するが，前記(1)のとおり，甲１発明は，複数の台座を隣接して配置する構成を備えるものであるから，接続方法を部材の方向の向きを逆にしても接続可能となるようにするために，甲１発明に甲６～８，１０に記載された技術を適用する動機付けはある。イ「基礎上端に隣接して設置される複数の台輪の設置作業を容易に行うことができる」，「台輪の接続部に他の台輪の両接続部のうちのどちらでも嵌合部と被嵌合部とを嵌合接続することで，台輪どうしを接続することができる」との本件発明の課題は，甲１発明の台座を含む，種々の相互に接続して用いられる部材に内在する課題にすぎないから，甲１に本件発明の課題が記載も示唆もされていないとしても，甲１発明の台座にも上記課題は存在しているといえる。ウ甲１発明の突部ｔが「下地材の張設に際しては基盤側壁の突部が測定具の用を兼ねる」という作用効果や下地材を支持できるという作用効果は，任意付加的な機能にすぎないし，接続方法を相違点３に係る本件発明１の構成のように改変しても，突部ｔは間隔を空けて複数必ず存在するから，その技術的意義を減殺するものでもない。
エ本件発明１は，嵌合部及び被嵌合部の態様について何ら特定されていない。
オ以上によると，甲１発明において，相違点３に係る本件発明１の構成とすることは，当業者が容易に想到し得たことである。
２取消事由２（本件発明２に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）相違点１，３に係る本件発明２の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないとの審決の判断は，前記１のとおり，いずれも誤りである。３取消事由３（本件発明３に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）相違点１，３，５に係る本件発明３の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないとの審決の判断は，相違点１，３については前記１のとおり，相違点５については次のとおり，いずれも誤りである。
甲１発明の台座のように，一定の間隔を空けて配置される台座においても，間隔を空けることなく配置される台座と同様に，通気部を設けて通気性を持たせるようにする要請は存在し，一般的に行われていることである（例えば，甲１１〔除湿溝１３〕，甲１２〔通風溝〕，甲１３〔アルミ合金枠体２〕）。甲３には，第２図に通気部を「孔」にした実施形態が記載され，第３図に通気部を「溝」にした実施形態が記載されているように，通気部を「孔」にするか，「溝」にするかは，その目的や構造から，適宜選択可能な設計上の事項にすぎない。
また，甲１の実用新案登録請求の範囲に「基盤１の片側壁に突部ｔを突設すると共に反対側壁には該突部と係合する凹部ｈを形成し」と記載されているとおり，突部ｔ及び凹部ｈを形成する側壁は，二方の各側壁に限定されず，一方の各側壁の場合もあるし，さらに，突部ｔ及び凹部ｈを形成する側壁が二方の側壁であるとしても，突部ｔ及び凹部ｈにかからないように換気孔を形成することに何ら困難性はない。
したがって，甲１発明の台座に，甲３に開示された換気孔を更に設ける動機付けは存在するから，甲１発明において，相違点５に係る本件発明３の構成とすることは，当業者が容易に想到し得たことである。
４取消事由４（本件発明４に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）相違点１，３，５～７に係る本件発明４の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないとの審決の判断は，相違点１，３については前記１のとおり，相違点５については前記３のとおり，相違点６，７については次のとおり，いずれも誤りである。
(1)理由４－１（相違点６の容易想到性判断の誤り）相違点６は，相違点１と実質的に同じであるから，前記１(1)（理由１－１）のとおりである。
(2)理由４－２（相違点７の容易想到性判断の誤り）甲１には，「方形若しくは長方形基盤１の板面中央部に，平面略太十字状をなすアンカーボルト２の挿通孔Ｈを穿ち・・・前記挿通孔の周辺に釘孔ｒを穿設した建築における基礎と土台間に介装する台座」（甲１発明）が記載されており，どの釘孔ｒに釘を打ち込んで基盤１をコンクリート基礎３に固着するか（その場合，隣接する基盤１と嵌合するため，コンクリート基礎３に固着しない基盤１を設けること）は，単なる設計上の事項（施工上の選択事項）にすぎない。実際の施工現場において，この種の釘孔が設けられた基盤（台輪）を使用するに当たっては，必ずしも釘孔のすべてに釘を打ち込んで使用されてはいない。
したがって，相違点７の「隣接する台輪どうしは接続部どうしを嵌合することで接続され，嵌合した接続部のうちの一方が前記基礎に固定されている」ことは，甲１発明から，当業者が容易に想到し得たことである。
５取消事由５（本件発明５に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）相違点１，３，５，８，９に係る本件発明５の構成にすることは当業者が容易に想到し得たことではないとの審決の判断は，相違点１，３については前記１のとおり，相違点５については前記３のとおり，相違点８，９については次のとおり，いずれも誤りである。
(1)理由５－１（相違点８の容易想到性判断の誤り）相違点８は，相違点１と実質的に同じであるから，前記１(1)（理由１－１）のとおりである。
(2)理由５－２（相違点９の容易想到性判断の誤り）相違点９は，相違点７と実質的に同じであるから，前記４(2)（理由４－２）のとおりである。
第４被告らの主張
１取消事由１（本件発明１に係る甲１を主引例とする進歩性判断の誤り）に対し本件発明１は，相違点３の構成を備える点で容易に想到できるものではなく，相違点１の点でも進歩性が肯定される。


(1)理由１－１（相違点１の容易想到性判断の誤り）に対しア原告は，甲１発明は，「布基礎の長手方向に沿って複数隣接して配置される」構成を備えるものであるか，少なくともこれを排除しないものであると主張するが，次のとおり，誤りである。
(ｱ)「敷き込む」とは，「板状の材料を敷き並べること」の意味であり（乙１），乙１において，タイルや畳が例に挙げられているように，単に敷設するだけではなく，隙間を空けないように並べるという意味が加味されている。本件発明１の相違点１に係る構成の「敷き込まれ」も，本件明細書の【図５】に示されているように，「隙間を空けないように並べる」の意味で用いられている。甲１発明の台座は，甲１の第３図のように，通常，「複数接続して敷き込まれる」ことなく，通気孔部分の間隔を空けて施工されるものであり，甲１の第４図は，布基礎の直線部分における施工状態ではなく，あくまで「角部」における特殊な施工状態にすぎない。
したがって，甲１の第４図に関する記載から，相違点１に係る本件発明１の「基礎上端に複数接続して敷き込まれる」との構成を認定することはできない。原告は，相違点１に係る本件発明１の「敷き込まれる」は，「所定の位置に水平に据え付ける」の広義の意義で解釈すべきであると主張するが，本件発明１の特許請求の範囲の文言からすると，単に所定の位置に据え付けるだけではなく，基礎と建造物本体の間に「隙間を空けないように敷き並べる」意味であると明確に理解できるし，仮に特許請求の範囲の文言から一義的に理解できないとしても，本件明細書（【０００１】～【０００３】，【００３８】，【図８】，【図１６】）の記載を参酌すると，単に「所定の位置に水平に据え付ける」という意味ではなく，「隙間を空けないように並べる」という意味であると理解できる。また，原告は，被告らが示した被告城東テクノ株式会社の本件発明１の実施品の施工現場写真（被告第２準備書面２頁）を見ても，基礎上端面には台輪が敷かれていない部分が存在するとも主張するが，原告主張の「台輪が敷かれていない部分」は，台輪の長手方向ではなく，幅方向の部分であるところ，本件発明１の接続部の構成等から，隙間なく並べるのは台輪の長手方向であって，幅方向ではない。
(ｲ)また，主引例が副引例の記載を排除しないだけでは，副引例の記載を主引例に適用する動機付けがあるとはいえない。
イ次のとおり，甲１発明の台座に甲２事項を適用する動機付けはない。甲２の土台保護板は，土台となる角材をコンクリート基礎からの湿気から保護し，コンクリート基礎と土台の間に侵入する雨水を排除することを解決課題として，コンクリート基礎上に隙間なく連設されることにより，コンクリート基礎から角材への湿気の到達の防止，角材・コンクリート基礎間の雨水の排除という効果を奏するものである（【０００４】，【０００７】，【００１１】，【００１２】）。他方，甲１発明の台座は，土台とコンクリート基礎との間にあえて空間（通気孔部分）を設けることにより，通気を確保するものであるから，甲２記載の上記課題は意図されていない。甲１には，甲２事項を適用する契機となる課題が開示されておらず，これを適用する動機付けがない。
また，甲２の開示に接した当業者が甲２記載の上記課題に着目したとすれば，甲１発明の台座のような間隔を空けて通気孔を確保することが前提となっているものを改変して，上記課題を解決しようとは考えない。
ウ次のとおり，甲３～５には，相違点１に係る本件発明１の構成は開示されていないから，この構成が周知技術であるとはいえない。甲３には，台輪２を「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる」構成についての開示がなく，甲５にも，プラスチック台輪３を「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる」構成についての開示がない。甲３の台輪２及び甲５のプラスチック台輪３のいずれの形状を見ても「基礎上端に複数接続されて敷き込まれる」ものであると認識する根拠がない。
甲４の第２図からは，土台１を布基礎の長手方向に複数（２本）配置することが読み取れるが，第２図を含め，甲４には，これらの土台１を「接続されて敷き込まれる」構成については何ら記載されていない。
(2)理由１－２（相違点３の容易想到性判断の誤り）に対しア甲１発明に原告主張の周知技術を適用して，相違点３に係る本件発明１の構成にする動機付けはない。
(ｱ)甲１発明の台座は，甲１の第３図記載のとおり，通常，等間隔に埋設されるアンカーボルトの挿入部分に設置されることが想定されている。これは，基礎３と土台４間に等間隔の通気孔を設けるためである（甲１の明細書３頁４行～５行）。甲１の第４図には，布基礎の「角部」において，甲１発明の台座が３個順次係合されている図が記載され，甲１の明細書には「基礎３及び土台４が長間であったり，或はこれらが平面楔形若しくはＴ字形に構成されてある場合は第４図に示したように上記突部と凹部を順次係合して接続することにより耐荷力を増大したり各形状に順応して介在固着せられる利点をも具有する」（３頁１２行～１９行）と記載されているが，甲１発明の台座が接続して使用されるのは「角部」など例外的な部分に施工する場合に限られる。
このように，甲１発明の台座は通常，単独で敷設されるものであることからすると，接続・係合方法を積極的に改変する動機付けは乏しい。(ｲ)甲１発明の台座は，側壁に突部ｔを設けることにより，壁の下地材となるラス等を柱に張設するに際して，下地材の下端部を当接させ，測定具としても使えるという機能を有する。
このような甲１発明の台座の機能に鑑みると，側壁に突部ｔが並列している方が下地材の張設や測定という観点で有用であり，あえて，この接続方法を相違点３に係る本件発明１の構成のように改変して，甲１に明示されている技術的意義を減殺する動機付けはない。