３１号要件のうちの４号基準の充足の有無（争点(2)イ）について(1)原告らは，①    本件空港の滑走路直下に洞窟ないし空洞が存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし崩壊するおそれがあること，②本件空港の滑走路において強い乱気流が発生するおそれがあること，③本件空港の滑走路が津波により水没するおそれがあることを理由に，本件許可処分が航空法３９条１項１号及び航空法施行規則７９条１項４号に違反した違法なものであるとして種々の主張をしている。(2)ア航空法３８条１項は，処分行政庁以外の者が飛行場を設置しようとするときは処分行政庁の許可を受けなければならないと定め，同法３９条１項１号は，当該飛行場の位置，構造等の設置の計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであることを飛行場設置許可の要件としている。そして，航空法施行規則７９条１項４号は，陸上飛行場にあっては，滑走路，誘導路及びエプロン（以下「滑走路等」ということがある。）が，これらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度（以下「十分な強度」という。）を有するものであることを航空法３９条１項１号の基準の一つとする。他方，航空法４２条は，飛行場の設置者は，当該許可に係る施設の工事が完成したときは，遅滞なく処分行政庁の検査を受けなければならず（１項），処分行政庁は，この検査の結果当該施設が申請書に記載した設置の計画に適合していると認めるときはこれを合格としなければならないこと（２項），飛行場の設置者は，同条１項の検査の合格があったときは遅滞なく供用開始の期日を定めてこれを処分行政庁に届け出なければならず（３項），この規定により届け出た供用開始の期日以後でなければ当該施設を供用してはならないこと（４項）を定めている。これらによれば，航空法は，第１段階として，飛行場を設置しようとする者に飛行場設置許可を受けることを義務付け，飛行場設置許可申請の審査において，飛行場の施設の設置の計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであることを基準として審査することを定めるとともに，第２段階として，設置許可を受けた飛行場の施設の工事が完成したときに，当該施設が申請書に記載された設置の計画に適合するものであるかどうかを審査することとし，この審査に合格した後に飛行場の設置者が定めて処分行政庁に届け出た供用開始の期日より前に当該施設を供用することを禁じている。このように，第１段階の飛行場設置許可申請の審査の段階では，施設の設置の計画が基準に適合するものであるかについて審査して，基準に適合しない計画による飛行場の施設の設置工事が行われることを防ぐとともに，第２段階の完成検査の審査の段階では，完成した施設がその設置の計画に適合するものであるかについて審査することにより，設置の計画に適合せず，ひいては基準に適合しない施設が供用されることを防ぐことによって，航空機の航行の安全及び航空機の航行に起因する障害の防止（航空法１条参照）を図ろうとしているものと解される。
航空法施行規則７６条１項５号は，飛行場の設置の許可の申請書の記載事項として「滑走路の強度」を掲げているが，その記載は，例えば，本件でいえば「単車輪荷重３１．５ｔ，舗装体の設計強度ＬＡ－１２」といったものであり，第１段階の飛行場設置許可申請の審査における４号基準についての審査は，このように申請書に記載された設置が計画されている滑走路の強度が，使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に照らして，十分な強度を有するものであるかどうか等について審査するものである。
イ他方，航空法施行規則の一部を改正する省令（平成２０年国土交通省令第５４号）が平成２０年７月１日に施行されたことにより（同省令附則１項参照），自然災害等に対する安全を担保するため，航空法施行規則の定める空港の設置基準に，滑走路等の自重，地震動，水圧，波浪等による損傷等が当該施設の機能を損なわず，継続して使用することに影響を及ぼさないことを追加する内容の改正が行われた（甲１１５，１１６参照）。このことに照らしても，「滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること。」（航空法施行規則７９条１項４号）とは，航空機の運航による外力，すなわち航空機の荷重による外力が繰り返し加わることに対する滑走路等の属性としての強さの程度について，予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけのものを求める趣旨であると解される。
(3)ア以上によれば，原告らの前記主張のうち，②    本件空港の滑走路において強い乱気流が発生するおそれがあることをいうものはもとより，③本件空港の滑走路が津波により水没するおそれがあることをいうものも，４号基準とは何ら関係しないというべきであって，いずれも失当である（乱気流の発生が航空機の荷重による外力に対する滑走路の属性としての強さの程度に何ら関係しないことはいうまでもないことであるし，津波による滑走路の水没は，これにより滑走路等が損傷を受けることをいうものであるとしても，前記のように航空法施行規則が改正された経過に照らし，当該改正前の規定に基づく基準である４号基準とは関係しないことが明らかである。）。
イまた，原告らの前記主張のうち，①    本件空港の滑走路直下に洞窟ないし空洞が存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路等が陥没ないし崩壊するおそれがあることをいうものは，これが実際に設置される滑走路等が強度不足となるおそれがあることをいうものであれば，実際に設置される滑走路，誘導路及びエプロンが計画された当該強度を有するものであるかどうかは第２段階の完成検査の際の審査事項であることに照らし，失当であるといわざるを得ない（滑走路直下の洞窟等の崩落のおそれの有無は，今後第２段階の完成検査の際に慎重に審査されるべきものということができる。）。
ウこれに対し，原告らは，４号基準においては滑走路等の直下の地盤の強度も当然に問題となり，飛行場設置許可処分がされた当時の計画が実現した場合における滑走路等の直下の客観的強度（補強等がある場合はそれを含めた強度）と飛行場における航空機滑走の頻度，滑走する航空機等の荷重，滑走路等の建造物の構造との相関関係によって，その適合性が判断されると主張している。


確かに，滑走路等が十分な強度を有することを基準として定める航空法施行規則７９条１項４号の「滑走路，誘導路及びエプロン」にはそれらの基礎地盤が当然に含まれ，４号基準に関する審査において滑走路等が基礎地盤の点を含めて十分な強度を有することが審査の対象となるものと解することができる（航空法施行規則の一部を改正する省令（平成２０年国土交通省令第５４号）による同号の改正は，その趣旨を明確にするものであると解される。また，同様の観点から，航空法施行規則７６条１項５号に基づいて飛行場の設置の許可の申請書に記載される「滑走路の強度」は，基礎地盤の点も含めて設置を計画する滑走路の強度を記載することが求められているものと解される。）が，それは，基礎地盤を含めた滑走路等の計画される強度がその基準を満たすかどうか（十分な強度を有することを予定する計画となっているかどうか）を審査するものであるというべきである。
これに対し，原告らの上記主張が，滑走路等の設置の計画と滑走路等の直下の地盤の客観的強度とを対比，区別して考えるというものであるとすれば，その場合，滑走路等の直下の地盤の強度が明らかにならなければ４号基準の審査をすることができないはずであるが，飛行場の設置の許可の申請書の記載事項及び添付書類等について定める航空法施行規則７６条及び７７条の規定に照らしても滑走路等の直下の地盤の強度についての記載又は資料の添付を求める趣旨の規定は見当たらないことに鑑みても，航空法及び航空法施行規則はそのような対比，区別を予定するものではないと解さざるを得ない（本件申請書についてみても，本件空港の滑走路等の直下の地盤の強度を明らかにする記載も，これを明らかにする添付資料も存しない（なお，原告らは，本件申請書の記載事項及び添付書類について，争点(2)アに関するものの他には特段の主張をしておらず，争点(2)アに関わるもの以外の記載事項及び添付書類に不足がないことにつき当事者間に争いはないものと認められる。）。）。結局，平成２０年国土交通省令第５４号による改正前の航空法施行規則において，４号基準は，設置を計画する滑走路等が基礎地盤の点も含めて十分な強度を有するものであることを求めるものであるというべきであるが，この場合の滑走路等（基礎地盤も含む。以下同じ。）の設置の計画とは，具体的には，設置しようとする滑走路等が有すべき性能としての強度そのものについての計画を指すものと解される（飛行場の設置の許可の申請書の記載事項を定める航空法施行規則７６条１項５号は「滑走路の強度」とするのみであって，「滑走路の強度を実現するための構造等の計画」などとの定めは置いていないこと，飛行場の設置の許可の申請時における滑走路等の直下の地盤の強度について，これを滑走路それ自体等の強度と区別して申請書の記載事項とし又はこれを明らかにする資料を添付書類とする航空法及び航空法施行規則等の関連法令の規定は見当たらないことに加え，飛行場の設置の許可を受けた者（飛行場の設置者）は当該施設について国土交通省令で定める航空の安全のため特に重要な変更を加えようとするときは国土交通大臣の許可を受けなければならないとされ（航空法４３条１項），この規定による許可を受けなければならない重要な変更の一つとして，滑走路，着陸帯，誘導路又はエプロンの強度の変更が定められている一方で（航空法施行規則８５条１号参照），飛行場の設置の許可を受けた者がその許可を受けた際に有していた滑走路等の構造等をどのようなものとするかについての具体的な計画（設計図書等）を変更することについては国土交通大臣の許可を必要としていないこと（飛行場設置許可の申請書に記載すべき飛行場の施設の概要（同規則７６条１項８号参照）や，申請書に添付すべき飛行場の工事設計図書又は仕様書（同条２項３号参照）につき，設置許可を受けた後に変更があった場合にも，その変更の許可は必要とされていない。）に鑑みれば，強度に関する滑走路等の設置の計画とは，例えば単車輪荷重３１．５ｔに耐えられる滑走路等にすることといった滑走路等が有すべき性能の計画を意味するものと解さざるを得ない。）。原告らの前記主張が，上記のような性能の計画を離れて，飛行場の設置の許可の申請時点において設計図書等に基づき一応想定されている工事方法等によって施工がされた場合（補強がある場合にはこれに補強が施された後）における実際の強度を専ら問題とするものであれば，失当であるというべきである。


(4)そして，前提事実に加え，証拠（乙３，８）及び弁論の全趣旨によれば，①本件申請書において，本件空港の滑走路の単車輪荷重は３１．５ｔ，舗装体の設計強度はＬＡ－１２，滑走路の舗装の種類はアスファルトコンクリート舗装，誘導路の舗装の種類はアスファルトコンクリート舗装，エプロンの舗装の種類はセメントコンクリート舗装，滑走路端部中央帯は下層路盤（粒状材修正ＣＢＲ≧３０）厚さ１４０ｍｍ，上層路盤（アスファルト安定処理材）厚さ１３０ｍｍ，基層厚さ３０ｍｍが２層及び表層５０ｍｍ，平行・末端誘導路は下層路盤（粒状材修正ＣＢＲ≧３０）厚さ１４０ｍｍ，上層路盤（アスファルト安定処理材）厚さ１３０ｍｍ，基層厚さ７０ｍｍ及び表層７０ｍｍ，エプロンは上層路盤（粒状材修正ＣＢＲ≧４５）厚さ１５０ｍｍ及びコンクリート３６０ｍｍなどとする計画であることが示されていること（なお，単車輪荷重３１．５ｔは，沖縄県空港の設置及び管理に関する条例５条１項本文の規定により，宮古空港及び久米島空港（これらの空港は，Ｂ７６７等の中型ジェット機が就航するのに対応した滑走路を有している。）について，単車輪荷重がそれ以上となる場合には，空港の施設を使用してはならないとされている航空機の単車輪荷重と同じである。），②本件申請書上，本件空港の利用を予定する航空機の種類及び形式はＢ７６７－３００，Ｂ７３７－４００，ＤＨＣ－８及びＢＮ－２Ｂ型旅客機，平成２８年度の年間旅客数は合計２２３８千人，機材別ピーク日便数は中型ジェット（Ｂ７６７－３００）が１４便，小型ジェット（Ｂ７３７－４００）が３８便，プロペラ機１（ＤＨＣ－８）が２便，プロペラ機（ＢＮ－２Ｂ）が２便の合計５６便，平成３３年度の年間旅客数は合計２５９７千人，機材別ピーク日便数は中型ジェット（Ｂ７６７－３００）が１６便，小型ジェット（Ｂ７３７－４００）が４４便，プロペラ機１（ＤＨＣ－８）が２便，プロペラ機（ＢＮ－２Ｂ）が２便の合計６４便などとされていること，③国土交通省航空局監修の航空土木施設設計基準（乙８）によれば，滑走路等の基本施設及びそれに付帯する施設の舗装の設計荷重は，設計の対象となる舗装上の設計年数にわたる推計交通（通常は１０年を標準とする。）を基に，設計荷重の区分のいずれかの中から選ぶことを標準とし，また，設計反復作用回数は，設計の対象となる舗装上の設計年数にわたる交通量と交通分布から求める方法等により算定し，設計反復作用の回数の区分のいずれかを選ぶことを標準とするなどとされた上，解説において，設計荷重としては，アスファルト舗装の場合，対象機材の中で最も厚い舗装厚を必要とする荷重区分を選ぶのが一般的などとされていること，④同基準における設計荷重の区分ＬＡ－１２は，Ｂ７６７を対象機種としていることが認められる。また，原告らは，本件申請書に示された上記のような滑走路等の設置の計画それ自体の４号基準への適合性に関しては特段の問題点を指摘していない。以上によれば，本件空港の滑走路は，本件空港の利用を予定する航空機のうち単車輪荷重が最も大きいと認められるＢ７６７－３００の荷重に耐えられる単車輪荷重に対応するものとして計画されており，また，滑走路等の基本施設及びそれに付帯する施設の舗装は，航空土木施設設計基準に基づき最も厚い舗装厚等を必要とするＢ７６７－３００に対応した設計荷重の区分ＬＡ－１２により推計交通に応じた設計反復作用回数の区分を選択して計画されているものであって，これらの計画は，基礎地盤を含めてそうした計画の実現を企図するものであると認められる。(5)これらによれば，本件空港において設置が計画されている滑走路等は十分な強度を有するものと認められる（原告らの前記(3)ウに摘示した主張が，前述したような設計図書等に基づき想定されている工事方法等によって施工された場合の実際の強度を問題とするのではなく，基礎地盤を含めた滑走路等の設置の計画を問題にしており，当該計画が十分な強度を有しないことをいうものであるとしても，本件空港における滑走路等の強度の計画は以上に説示したとおりであり，十分な強度を有するものと認められるのであって，原告らの上記主張は失当であるといわざるを得ない。また，この判断は，原告らが前記①の主張に関連して様々に主張するところ及び本件空港予定地の地盤等に関して提出した種々の証拠のいずれによっても左右されない。）。
なお，航空法が飛行場の設置に関して前記のような２段階の審査を予定している趣旨等に鑑みたとしても，飛行場設置許可の申請書及びその添付書面から当該性能の計画におよそ実現可能性がないことが明らかであるときには，それを４号基準の審査というかどうかはともかく，当該飛行場設置許可をすることができず，これに反してされた飛行場設置許可処分は不適法であると解する余地はあるが，高度に発達した現代の土木技術の水準に鑑みて，そのことが認められるのは特別の事情がある例外的な場合に限られるというべきであり，本件申請書及びその添付書面（乙３）に照らし，本件許可処分についてはこのような事情を認めることができない（むしろ，本件許可処分後の調査により空洞に崩落する可能性がある箇所があることが判明したことを受けて平成１９年７月に行われた第１０回Ｐ１２委員会において，空洞対策工法として，場所に応じてアーチ（直接基礎）工法又はスラブ（直接基礎）工法が最適であるとされた経過（甲１１）等に照らしても，当該性能の計画は十分に実現可能性があるというべきである。）。以上によれば，本件申請における本件空港の位置，構造等の設置の計画は４号基準に適合しており，この点に関する１号要件を充足するものとした処分行政庁の判断に違法はないというべきである。
４２号要件充足の有無（争点(2)ウ）について


(1)航空法３９条１項２号は当該飛行場の設置によって他人の利益を著しく害することとならないものであることを飛行場設置許可の要件としているところ（２号要件），同号の趣旨が飛行場の設置によって私的利益が受忍すべき限度を超えて侵害される事態の発生を防止しようとするものであって，この「他人の利益」とは，飛行場の設置によって害され得るもので，当該飛行場を設置しようとする者以外の特定の個々人に帰属する法律上保護された私的利益をいうものであると解されることは既に説示したとおりである（なお，「他人」の利益である以上，自然物それ自体の利益を観念することができたとしてもこれが含まれないことはいうまでもないことである。）。この点，原告らは，航空法３９条１項２号の「他人の利益」には，原告らの環境的利益，特に，コキクガシラ及びアオサンゴのような貴重な野生生物を生存させていくという生物多様性を確保することによる利益が当然に含まれるなどというが，この主張が失当であることも既に説示したとおりである。
また，上記のような２号要件の趣旨に照らせば，他人の利益を著しく害することとならないものであるかどうかは，当該飛行場の公共性の有無やその程度，当該飛行場の設置によって侵害される他人の利益の性質及び内容，その侵害の態様及び程度，侵害に対する補償措置の有無やその内容等を総合的に考慮してこれを判断すべきものと解され，その判断は処分行政庁の合理的な裁量に委ねられているものと考えられる。
そうすると，２号要件の充足を認めた処分行政庁の判断が違法となるのは，その判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用があるというべき事情が認められる場合に限られるというべきである。
(2)原告らは，上記の環境的利益が侵害されると主張するばかりであり（この主張が失当であることは，上述したところから明らかである。），他に処分行政庁の判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用があることを示す事情を何ら主張立証していない。他方，本件空港予定地の土地（被告及び県が所有するものを除く。）全２９５筆中２８９筆について，その所有者から知事に対し譲渡同意書が提出されていることは，既に説示したとおりである。また，前提事実に加え証拠（乙３，１０）及び弁論の全趣旨によれば，本件空港予定地やその周辺には畑や牧草地，荒地，山林等が広がっており，航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は付近に存しないこと（Ｐ１委員会の資料上，α４岳陸上案により新空港を設置した場合に航空機騒音の及ぶ対象は，畜舎１５件（ＷＥＣＰＮＬ７５が１件，同７０が１４件），養鶏場１件（ＷＥＣＰＮＬ７５），倉庫５件（ＷＥＣＰＮＬ７５が２件，同７０が３件），肉用牛センター１件（ＷＥＣＰＮＬ７５）のほかに，民家が５件（ＷＥＣＰＮＬ７０）の合計２７件であるとされている。），本件空港の制限表面の上に出る高さの物件は，α４岳及び原野を除くと，樹木合計１７３本，電柱合計９本，樹林合計１１件及びサイロ２本（それらの所有者は合計１１人）のみであること，平成１７年１１月１０日に石垣市に所在する県八重山支庁において開催された本件空港設置許可に係る公聴会においては，公述の申込みをした１６人全員が公述したところ（一部代読等がある。），県を代表した公述人を除く１５人の公述人の中には，本件空港の設置により自ら又は第三者の利益が害される旨を訴えた者は一人もなく，α３の住民の自治組織である公民館の館長を含めたその全員が本件空港の設置に賛成する趣旨の公述をしたことが認められる。以上によれば，むしろ，処分行政庁が本件空港の設置によって他人の利益を著しく害することとならないと認めたことには相当な理由があるということができ，その判断が裁量権の範囲の逸脱又は濫用に出たものであるとはおよそ認めることができない。
よって，本件申請が２号要件を充足するものと認めた処分行政庁の判断に違法はないというべきである。
５５号要件充足の有無（争点(2)エ）について
(1)５号要件は，申請者が飛行場の敷地について所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得することができると認められることを要件としている。確実に取得することができると認められることとは，取得しようとすれば取得の結果が確実に実現することになるという客観的な見込みが存在することをいうものと解される。
この点，原告らは，航空法が土地収用法の制定後に制定された法律であり，立法者が土地収用法が存在することを前提にあえて権原を確実に取得することができると認められるとの要件を規定したことなどを理由に，原則として，土地収用法による手続ではない任意取得の方法により取得しようとすれば取得が確実に実現することとなるという見込みが存在することが申請時までに証明されなければならないなどと主張している。しかし，５号要件が定められた趣旨は，次のように考えられる。すなわち，飛行場の設置は相当な規模の敷地を必要とするものであり，その設置のための工事も相当な規模のものとなるところ，敷地全部の使用権原を確実に取得できる見込みもないのに設置工事に着手することを認めた場合，相当な費用のほか社会的コスト（工事に伴い発生する様々な支障を関係する地域社会が受忍することを含む。）を掛けることになるのに，使用権原の一部でも取得できなければ飛行場の設置そのものが不能となってしまうが，このような事態は社会経済的にみて望ましいものとはいえない。また，特に，公共の用に供する飛行場については，一旦その設置許可がされた場合には航空法４９条による制限が課され，また，当該飛行場が供用されるかどうかはその利用者の利害に強く関係することになる。このように，一旦飛行場設置許可がされるとそのことに起因して種々の公共の利益に関わる問題を胚胎する状況となることに鑑み，飛行場を設置しようとする者が敷地の使用権原を取得できない結果飛行場の設置をすることが不能となる事態が生じないように，敷地使用の権原を現に有さず，かつ，これを確実に取得することができるとは認められない場合には飛行場の設置を認めないこととするものであると解される。このような５号要件が定められた趣旨に照らしても，飛行場を設置しようとする者が敷地使用の権原を取得する方法のいかんは，何ら問われるものではない（多くの敷地について任意取得の見込みがほとんどない場合には，確実に取得することができると認められるとはいい難いことにはなるが，部分的に任意取得ができず，土地収用法による収用の方法が想定されるというにとどまる場合には，常に５号要件を欠くということはできない。）。


そして，土地収用法３条１２号は，航空法による飛行場で公共の用に供するものを同法の適用対象事業として明示する一方，航空法３９条１項５号は，同法が原告らの主張のとおり土地収用法制定後に制定されたにもかかわらず，土地収用法により土地を収用する方法を敷地使用の権原を取得する方法から除外してはおらず，同号につき，土地を収用する方法を除外する趣旨は認められない。
そうすると，敷地使用の権原を取得する方法を原告らの主張するような任意買収等の交渉によることに限定して解する必要性は認められず，また，その相当性もないというべきである（原告らは，土地収用法による収用によれば敷地の取得が当然に可能となるにもかかわらず，あえて５号要件が定められたとして上記の主張をしているようであるが，土地収用法による収用は同法所定の要件を満たさなければ不可能であることや収用手続によることの相当性等も考慮されるべきであることに鑑みれば，この主張はそもそも前提を誤っており理由がないというべきである。なお，原告らが引用するＰ１３運輸大臣（当時）の地域振興連絡協議会に対する文書による回答，運輸省航空局が成田空港問題円卓会議に提出した「基本的な考え方」及びＰ１４運輸省航空局飛行場部計画課長（当時）の静岡空港建設反対運動をしている団体の質問に対する平成６年１０月２４日の回答は，運用上の対応方針を示したものにとどまり，いずれも法令には当たらないことが明らかであって，以上の判断を何ら左右しない。）。(2)以上によれば，使用の権原を確実に取得することができると認められるためには，前記のとおり，これを取得しようとすればその取得が確実に実現することになるという見込みが存在するといえることが必要であり，そのためには，売買契約を締結することによって所有権を譲り受けるといった方法のほか，土地収用法による収用をする方法も含めて，使用の権原を取得するために採ることができる現実的な方法があり，その方法を採った場合に権原取得の目的を達することが実際に期待できるといえる合理的な根拠の存在が認められることが必要であるというべきである。そこで，この観点から，本件申請について検討する。
ア前記２において認定した事実に加え，証拠（乙３，１１）及び弁論の全趣旨によれば，①本件申請書及びその添付書類上，本件事業の総事業費は４２０億円（国直轄事業費合計３３億０３００万円を除くと３８６億９７００万円であり，うち沖縄振興開発特別措置法による国庫補助対象事業（国庫の補助の割合が１０分の９）が３４１億９７００万円（うち国庫補助の額３０７億７７３０万円），県単独事業が４５億円）であり，平成１７年度からの８か年計画で，同年度に５億２０５０万円（うち国庫補助対象事業３億２０５０万円，県単独事業２億円），平成１８年度に６１億０７３７万６０００円（うち国庫補助対象事業４８億０６００万円，県単独事業１３億０１３７万６０００円），平成１９年度に５９億７５０１万５０００円（うち国庫補助対象事業４９億２１００万円，県単独事業１０億５４０１万５０００円），平成２０年度に５１億９３３２万２０００円（うち国庫補助対象事業４９億２６００万円，県単独事業２億３２３２万２０００円），平成２１年度に５０億９８４６万１０００円（うち国庫補助対象事業４８億６３００万円，県単独事業１億１１４６万１０００円），平成２２年度に６８億５７９９万１０００円（うち国庫補助対象事業６３億８４００万円，県単独事業１億７１９９万１０００円），平成２３年度に８１億０８７２万９０００円（うち国庫補助対象事業５８億２４５０万円，県単独事業７億３６２２万９０００円），平成２４年度に４１億３８６０万６０００円（うち国庫補助対象事業２１億５２００万円，県単独事業６億９２６０万６０００円）の支出を見込んでおり，うち県が負担すべき総額７９億１９７０万円は一般県費をもって充てる旨，及び設置による土地の調達は，民有地等買収を要するものは買収し，普通財産である国有財産については国有財産法，空港整備法等の規定に基づき取得を行う旨が記載されていること，②県議会は，平成１６年７月２２日に「新石垣空港の早期事業化に関する要請決議」を，同年１１月２９日に「新石垣空港整備事業の平成１７年度事業化に関する要請決議」をそれぞれ全会一致で議決したこと，③平成１７年度県一般会計予算（歳出予算総額５８５９億３３００万円，うち土木費９６１億９１７３万円）は平成１７年第１回県議会の平成１７年３月２９日の会議において原案どおり可決されたこと，④本件空港の敷地に供する土地（土地の一部である場合を含む。以下同じ。）３６０筆面積合計１４２万０４４２㎡のうち，行方不明であったり既に死亡している上に相続人が不存在であったりしてその所有者の県に対する売渡しを承諾する意思の有無を確認することができない土地４筆面積合計３８２９㎡と本件共有地２筆（α３トラスト運動の参加者６３２名が共有する１４６共有地と，原告Ｐ２らが共有する１４７共有地）面積合計１５５６㎡を除いたもの３５４筆面積合計１４１万５０５７㎡は，被告又は県の所有であるか，石垣市を含めその所有者（共有の場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地で占められていること，⑤１４６共有地の共有者で譲渡同意書を提出している者が９名いること，⑥知事は，本件申請に際して，国土交通省航空局長宛てに，残る同意を得ていない共有地権者に対して，今後ともねばり強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等により，県の責任において当該土地を取得する旨を確約し，また，相続人が不存在の１名及び不在者１名についても，民法上の手続等を通じて事業執行に支障のないよう県の責任において当該土地を取得することを確約する旨記載された確約書（乙１１）を提出していることが認められる。


イこれらによれば，上記３５４筆の土地面積合計１４１万５０５７㎡について，県が既に所有しているもののほかは，国有財産法，空港整備法等の規定に基づいて取得を行う方法や，売渡しを受ける方法を現に採ることができ，この方法を採ることによってそれらの所有権を取得することが相当程度の確実性をもって期待できるというべきである（特に，被告及び石垣市が所有するものについては確実に取得することができると認められる。）。また，所有者が行方不明であったり既に死亡しておりその相続人が不存在であったりする４筆の土地面積合計３８２９㎡については，不在者の財産の管理人や相続財産の管理人の選任を請求するなどの手続をした上で，当該管理人から売渡しを受ける方法を現に採ることができ，この方法を採ることによってそれらの所有権を取得することができる可能性は十分にあるというべきである。さらに，原告らは，本件共有地の共有者のうち少なくとも約３００名が処分行政庁に対して内容証明郵便により自ら所有する土地を本件空港建設用地に提供しない旨の意思を表示したなどと主張しているが，そうした事情があったとしても，他方においてα３トラスト運動の参加者の中にも１４６共有地について譲渡同意書を提出した者が複数名いることに照らせば，県がねばり強く説得に当たり，事業への理解と協力を求めていくこと等により，その共有持分権の売渡しを受けるに至る可能性を否定することはできない。ウさらに，売渡しを受ける方法によったのでは本件空港の敷地の一部を取得できない事態に至ったとしても，その場合には，土地収用法による土地の収用によりこれを取得することが考えられ，この方法を採ることができれば，権原取得の目的を達することが確実に期待できるといえるから，問題は，土地の収用が使用の権原を取得するために採ることができる現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができるかどうかである。そして，土地収用法１６条及び４７条の２第１項の規定によれば，起業者は，土地の収用をしようとするときは，事業の認定を受けなければならない一方，事業の認定を受けた事業について収用の裁決の申請をすれば，原則として収用の裁決を受けることができる。そうすると，県は，本件事業につき事業の認定を受けることができるといえれば，土地の収用が使用の権原を取得するために採ることができる現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができる。(3)そこで，県が本件事業につき事業の認定を受けることができるといえるか，本件事業につき土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認められるかどうかについて検討する必要がある。もっとも，この検討をするには，同条３号の要件との関係で，本件事業を実施することにより環境的利益が損なわれるかどうかといった点についても検討を加える必要が生じる。そのため，土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認められるかどうかについて検討する前に，便宜上，本件事業の環境的利益に関わる争点である争点(3)についてまず検討することとする。
６評価法３３条１項の審査及びこれについての司法審査の在り方（争点(3)ア）について


(1)ア評価法は，環境影響評価について，土地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらかじめその事業に係る環境への影響について自ら適正に調査，予測又は評価を行い，その結果に基づき，その事業に係る環境の保全について適正に配慮することと規定する環境基本法２０条の規定を受けて制定されたものであり，土地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらかじめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極めて重要であることに鑑み，環境影響評価について国等の責務を明らかにするとともに，規模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある事業について環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他所要の事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果をその事業に係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関する決定に反映させるための措置を採ること等により，その事業に係る環境の保全について適正な配慮がされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に資することを目的としている（評価法１条）。そして，評価法は，環境影響評価につき，事業の実施が環境に及ぼす影響について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予測及び評価を行うとともに，これらを行う過程においてその事業に係る環境の保全のための措置を検討し，この措置が講じられた場合における環境影響を総合的に評価することと定義している（２条１項）。さらに，評価法は，このように環境影響評価を当該事業の実施主体である事業者が自ら行うものであることを前提とした上で（なお，評価法１２条参照），事業者に対し，①環境影響評価の実施に先立って，対象事業の目的及び内容，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法等を記載した方法書（評価法５条１項，本件主務省令２条１項ないし４項）を作成して，それについて有意見者及び対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道府県知事からの意見（この都道府県知事からの意見には実質上当該地域を管轄する市町村長からの意見も含まれ得る。）を受けるための手続を行い（５条ないし１０条），②提出された意見につき勘案・配意して，方法書に記載した環境影響評価の項目等に検討を加えた上で，本件主務省令５条ないし１２条に定めるところにより環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定した上で（評価法１１条），それらに基づいて，本件主務省令１４条ないし１７条に定めるところにより，事業の実施が環境に及ぼす影響について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予測及び評価を行うとともに，これらを行う過程においてその事業に係る環境の保全のための措置を検討し，この措置が講じられた場合における環境影響を総合的に評価するものである環境影響評価を実施し（評価法１２条），③方法書についての上記の意見又はその概要，この意見についての事業者の見解のほか，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法，環境の保全のための措置を含む環境影響評価の結果等を記載した準備書（評価法１４条１項，本件主務省令１８条）を作成して，これについて有意見者及び関係都道府県知事からの意見（関係都道府県知事からの意見には実質上関係市町村長からの意見も含まれ得る。）を受けるための手続を行い（１４条ないし２０条），④上記の意見につき勘案・配意して準備書の記載事項について検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるときは必要に応じて改めて環境影響評価を実施するなどした上で，準備書に記載すべき事項のほか，準備書についての上記の意見又はその概要及びこの意見についての事業者の見解を記載した評価書（評価法２１条２項，本件主務省令１９条）を作成して，免許等を行う者からの意見（免許等を行う者からの意見には環境大臣からの意見も含まれ得る。）を受けるための手続を行い（２１条ないし２４条），⑤免許等を行う者等の意見（２４条意見）を勘案して，評価書の記載事項に検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるときは必要に応じて修正部分について改めて環境影響評価を行うなどした上で，本件主務省令２０条の定めるところにより評価書の補正をし，その上で免許等を行う者等に確定評価書（補正後の評価書）を送付するとともに，関係都道府県知事等に確定評価書，これを要約した書面及び評価法２４条の書面（２４条意見が記載されたもの。以下「２４条書面」という。）を送付し，また，評価書を作成した旨等の公告や確定評価書及び２４条書面（以下「確定評価書等」という。）等の縦覧をすること（２５条ないし２７条）を義務付けている（以下，事業者自らが行う環境影響評価に加え，環境影響評価をめぐり事業者が外部から意見を受けるための手続を含む以上のような評価法の定める一連の手続の全体を「外部手続を含む環境影響評価手続」という。）。
イこのように，評価法が，①方法書の手続，②環境影響評価の実施，③準備書の手続，④評価書の手続，⑤評価書の再検討及び確定の手続という段階を踏む外部手続を含む環境影響評価手続を定め，方法書，準備書及び評価書のそれぞれについて，その段階に応じて有意見者，関係する都道府県知事等又は免許等を行う者等（以下，これらの者を「外部者」ということがある。）からの意見を受けることとしたのは，環境影響評価が，事業者がその事業の実施に当たりあらかじめその事業に係る環境への影響について自ら適正に調査，予測又は評価を行い，その結果に基づき，その事業に係る環境配慮をするものであって，そのために有益な情報は事業者が自ら収集するのが基本であるものの，そうした環境情報は地方公共団体等や一般の人々の間に広く分散して保有されており，これを的確かつ効率的に収集するための仕組みが必要とされることによるものと解される。そして，評価法が用意した環境情報を的確かつ効率的に収集する仕組みが機能するには，外部手続を含む環境影響評価手続が適切に進められることが必要であることに鑑みれば，外部者からの意見には手続の進行に関するものも含まれ，評価法は，事業者が外部者からの意見について配意・勘案してそれを手続の自律的かつ適切な進行に役立てることをも想定しているものと解される。
また，外部手続を含む環境影響評価手続によって最終的に作成される確定評価書等には，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法，環境保全措置等を含む環境影響評価の結果に加え，方法書及び準備書について外部者から提出された意見又はその概要，それらの意見についての事業者の見解，２４条意見等が記載されていることに照らせば，確定評価書等は，外部手続を含む環境影響評価手続の最終成果物であって，当該事業による環境への影響を調査，予測及び評価するとともに，環境保全措置が講じられた場合の環境影響を総合的に評価した結果の集大成であり，環境情報を集積し，これによって環境保全措置の検討を含む環境影響評価及びその再検討を行い，その内容を確定させた過程（外部手続を含む環境影響評価手続の過程）及びその結果の集約物であるということができ，以上のことを逆にいえば，外部手続を含む環境影響評価手続は，このような内容の確定評価書等を作成するための手続であるともいうことができる。


ウさらに，評価法は，事業者に対し，評価法２７条の規定による公告を行うまで，対象事業を実施してはならないとして（３１条），外部手続を含む環境影響評価手続が確実に履践されることを担保し，その上で，対象事業に係る免許等を行う者に，確定評価書等に基づき，当該対象事業につき，環境配慮がされるものであるかどうかの審査（環境配慮審査）をすることを求め（３３条１項），当該規定に定める当該基準に関する審査（以下「免許等基準審査」という。）と環境配慮審査の結果を併せて判断するものとし，免許等基準審査に適合している場合であっても，当該判断に基づき，当該免許等を拒否する処分を行い，又は当該免許等に必要な条件を付することができるものとする（同条２項１号）などしている。
これは，確定評価書等が外部手続を含む環境影響評価手続の最終成果物であって，外部手続を含む環境影響評価手続は確定評価書等を作成するための手続であるともいえること，確定評価書等が，当該対象事業による環境への影響を調査，予測及び評価するとともに，環境保全措置が講じられた場合の環境影響を総合的に評価した結果の集大成であり，環境情報を集積し，これによって環境保全措置の検討を含む環境影響評価及びその再検討等を行い，その内容を確定させる過程（外部手続を含む環境影響評価手続の過程）及びその結果の集約物であることから，確定評価書等に基づいて，当該対象事業が環境配慮をするものであるかどうかを審査し，免許等基準審査の結果のみによれば当該免許等をすべき場合であっても，免許等基準審査の結果と環境配慮審査の結果を併せて判断して当該免許等を拒否する処分等をすることができることとして，外部手続を含む環境影響評価手続の実効性を担保し，そのことをもって環境影響評価が適切かつ円滑に行われ，かつ，その結果が環境保全措置その他の当該対象事業の内容に関する決定に反映されるなどの環境配慮の確保に結び付けられるようにしているものであると解される。更に敷えんすれば，環境配慮審査は，上記のとおり，確定評価書等に基づいて，すなわち確定評価書等の内容を判断材料として，当該対象事業が環境配慮をするものであるかどうかを審査するものであるが，そのためには，前提として確定評価書の内容が環境配慮をするものとなっているかどうかを確認した上，確定評価書において検討された事項等に照らして審査判断をしていくことになる。その結果，外部手続を含む環境影響評価手続の結果（確定評価書に記載された環境影響評価の結果）が環境配慮をするものであり（不合理なものではなく），かつ，当該結果に照らして環境保全措置等を含む当該対象事業の内容が環境配慮をするものであるといえれば，当該対象事業において環境配慮がされるものであるといえることになる。評価法は，このような観点から，外部手続を含む環境影響評価手続の過程及び結果の集約物である確定評価書等に基づき当該対象事業について環境配慮審査をすることとし，もって，当該対象事業につき環境配慮がされることを確保しようとするものであると考えられる。評価法３３条２項各号の文言に照らし，例えば，同項１号の場合に当該免許等を行う者は，免許等基準審査の結果適合性が認められる場合において，環境配慮審査の結果では適合性が認められないときには，当該免許等を拒否する処分又は当該免許等に必要な条件を付することができるものの，必ず当該免許等を拒否する処分等をしなければならないとされているわけではなく，当該免許等を付与する処分をすることも可能である（原告らは，環境配慮は絶対的な考慮要素であるなどと主張しており，その趣旨は，環境配慮審査適合性が認められないときは必ず免許等を拒否する処分をしなければならないというものであると解されるが，評価法及びその関連法令にそのように解し得る根拠は見当たらず，失当といわざるを得ない。）。しかし，評価法が対象事業において環境配慮がされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に資することを目的としていること（１条），環境配慮審査が外部手続を含む環境影響評価手続の実効性を担保するために行われるものであることに加え，当該免許等に必要な条件を付することもできるとされていることに鑑みれば，当該対象事業につき，環境配慮がされるものであるとはいえないにもかかわらず，必要な条件を付することもなく当該免許等を付与することができるのは例外的な場合に限られるというべきであり，免許等基準審査適合性が明白に認められることに加え，免許等基準審査の結果と環境配慮審査の結果を併せて判断したところ環境配慮審査適合性が認められなくても当該免許等を付与すべきやむにやまれざる事情が認められる場合であることを要するものと解される。他方，免許等基準審査適合性に加え，環境配慮審査適合性が認められる場合に，当該免許等を行う者は，当該免許等を付与する処分をすることになるが，環境配慮審査は，環境の保全についての適正な配慮（環境配慮）がされるものであるかどうかの審査であって，包括的な概念である「環境」につき，その構成要素に変動をもたらす程度の規模内容を持つ土地の形状の変更等の事業である対象事業（評価法２条２項ないし４項参照）が行われ，その意味で「環境」の構成要素の一部は必ず変動することを前提に，当該変動の後前を通じて「環境」が「保全」されること，すなわち一定の状態のままに保持されることを問題とするものであることに鑑みれば，環境配慮審査は，全体としては変動がある中で「保全」されるべき対象を取捨選択することの当否の判断を必然的に含む審査であるが，この当否を判断する際によるべき基準について直接定めた法令の規定は見当たらないから，その判断を当該免許等を行う者の合理的な裁量に委ねられたものと解さざるを得ない。また，保全のための手段方法は当然に一つではなく，保全についての「配慮」の内容や程度は多種多様にあり得るところ，そのような中で何をもって「適正な配慮」とするのかの判断も当然に含む審査であるところ，この判断においてよるべき基準を定めた法令の規定も見当たらないから，この点も当該免許等を行う者の合理的な裁量に委ねられたものと解すべきであって，環境配慮審査において当該免許等を行う者には合理的な範囲での裁量権が認められているといわざるを得ない。


そして，この環境配慮審査は，前記のとおり，確定評価書等に基づく審査であり，具体的には，確定評価書等に基づいて環境保全措置等を含む当該対象事業の内容が環境配慮をするものであるといえるかどうかを審査するものであるが，そのためには，外部手続を含む環境影響評価手続の結果が環境配慮をするものであると認められるかどうか（不合理なものでないかどうか）を検討する必要があり，そのためには，これを検証する限度で，当該結果に至る外部手続を含む環境影響評価手続の過程を検討する必要があるから，結局，確定評価書等に基づき，事業者が行った環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法の選定や，それらに基づいて行われた環境の構成要素に係る項目ごとの調査，予測及び評価，それらを行う過程における環境保全措置の検討，当該措置が講じられた場合における環境影響の評価，さらに，これらの事項の再検討等，環境影響評価の結果の確定（外部手続を含む環境影響評価手続の結果の確定でもある。）に至るまでの過程につき，確定評価書等に集約された外部者からの意見をも含めた環境情報に照らして，外部手続を含む環境影響評価手続の各過程を検討することが必要となる。当該免許等を行う者は，このような検討によって，外部手続を含む環境影響評価手続の結果が環境配慮をするものであり，かつ，その結果に照らして，環境保全措置を含む当該対象事業の内容が環境配慮をするものであると認められる場合に，環境配慮審査適合性を認めることになる。
(2)ア以上によれば，免許等を行う者が環境配慮審査適合性を認めて当該免許等を付与した判断が違法であるというためには，少なくとも，確定評価書等に基づき当該対象事業につき環境配慮がされるものであるとしたその判断が事実の基礎を欠き又は社会通念上著しく妥当性を欠くことが明らかであるなど，免許等を行う者に付与された裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用したものであることが明らかであることを要するものと解される（このことが認められる場合でも，さらに，免許等を行う者には，環境配慮審査適合性が認められない場合にも当該免許等を付与することができる前記のような裁量権があるから，当該判断が違法であるというためには，この点からの別段の考慮も必要となる。）。また，この場合，外部手続を含む環境影響評価手続が適正に実施されているかどうかは司法審査の直接の対象ではないが，当該対象事業につき環境配慮がされるものであるかどうか（環境配慮審査適合性）を審査するには，外部手続を含む環境影響評価手続の結果（環境影響評価の結果）が環境配慮の観点から合理的であるかどうかを審査する必要があり，そのためには当該結果が確定されるに至るまでの外部手続を含む環境影響評価手続の過程について検討する必要があるから，この過程の検討も以上のような観点から司法審査の内容に含まれることになる（環境影響評価手続の過程において手続上の瑕疵のために環境影響評価を左右する重要な環境情報が収集されずそのまま環境影響評価の結果が確定された場合等には，免許等を行う者による環境配慮審査適合性が認められるとの判断が違法とされる余地があるものと解される。）。
原告らは，合理的理由なくして２３条意見に沿わない環境配慮審査の結果，許認可等処分がされたときはその判断は違法となるというが，環境配慮審査は確定評価書及び２４条意見に基づいて行われるものであって，これが２３条意見に基づくべきことを求める評価法又はその関連法令の規定は見当たらないことに鑑みても，この主張をそのまま採ることはできない。
また，原告らは，合理的理由を示すことなく２４条意見に対応しなかった場合にされた許認可等処分は当然に違法となるというが，評価法及びその関連法令に２４条意見に従うべきことや２４条意見に従わない場合にはその合理的理由を示すべきことを事業者に義務付ける趣旨の規定は見当たらないこと，２４条意見は，環境保全の見地からより望ましい環境配慮の在り方を含めて幅広く述べられ得るものであり，環境配慮上必要不可欠な事由に限って述べられるものではないことに鑑みても，上記の主張には理由がないというべきである。
イ加えて，これまでに検討したところによれば，外部手続を含む環境影響評価手続は，事業者が，外部者からの環境情報を取り入れて，環境影響評価の実施及びその結果の見直し等を行い，これを確定する手続であるということができ，そこでは，外部者からの環境情報は，評価法所定の手続にのっとって収集・確定され，それらにつき勘案・配意して，環境影響評価の項目や手法の選定が行われた上で環境影響評価が実施され，また，その結果の見直し・再検討が行われた上で，環境影響評価の結果が確定される。そして，環境配慮審査は，このようにして確定された確定評価書等に基づいて対象事業につき環境配慮がされるものであるかどうかを審査するものであり，その一環として，上記の手続の過程についても環境配慮の観点からその合理性を検討するものであるということができる。これらのことに鑑みれば，環境配慮審査についての司法審査も，こうした手続の過程及び結果の集大成である確定評価書等に基づいて行うべきことは制度上当然の要請であると考えられる。もとより，①確定評価書等に現れた事実でなくても，②公知の事実や③公知とまではいえないにしても処分行政庁として知り又は当然知り得た事実（争いのない科学的知見を含む。）であれば，①の事実と共に環境配慮審査の基礎になるとしても，これら①ないし③の事実以外の事実（以下「確定評価書等外の事実」という。）はいわば手続外の情報であるから，環境配慮審査において確定評価書等外の事実が考慮されていないとしても，そのことから免許等を行う者の環境配慮審査適合性が認められるとの判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用が認められるとはいえないというべきである（同様の観点に加え，前述のとおり，外部者からの意見には手続の進行に関するものも含まれ，評価法は，事業者が外部者からの意見について配意・勘案してそれを手続の自律的かつ適切な進行に役立てることを想定しているものと解されることに鑑みれば，環境影響評価手続の過程に手続上の瑕疵があることが確定評価書等に現れていない場合には，当該瑕疵があることを免許等を行う者が考慮していないとしてもそのことをもって裁量権の範囲の逸脱又は濫用を認めることはできないというべきである。ただし，評価法の定める外部者からの意見を受ける手続が履践されておらず，そのため外部者が手続上の瑕疵があることにつき意見を提出することができなかったなど，評価法の定める根幹的手続が実施されずそのため重要な環境情報が収集されなかった場合には，評価法の予定する評価書に基づく環境配慮審査が行われたものということはできないというべきであり，確定評価書等にそのことが現れているか否かにかかわらず，その点が免許等の違法を来すものと解される。）。７評価法３３条との関係での本件許可処分の適法性（争点(3)イ）についてそこで，次に，前記６の観点から原告らの主張を順次検討する。(1)環境影響評価手続違反を理由とする本件許可処分の違法性について原告らが主張する事由は，それに沿う事実が必ずしも確定評価書等に現れていない点をおくとしても，次のようにいうことができる。
ア方法書段階での手続違反について


原告らは，本件方法書の公告縦覧が行われたのが本件事業の基本計画未発表の時点であり，本件事業がどの場所に，自然環境のどの要素に，どの程度の影響を与えるかを判断する材料を与えられなかったなどと主張している。しかし，事業の基本計画が発表された後でなければ方法書の公告縦覧の手続をしてはならない旨の法令の規定は見当たらない。そして，評価法５条１項２号によれば，方法書に対象事業の内容を記載しなければならず，さらに，本件主務省令２条１項によれば，方法書に対象事業の内容を記載するに当たっては，事業の種類，事業が実施されるべき区域の位置，事業の規模，事業に係る飛行場の利用を予定する航空機の種類，事業の内容に関する事項（既に決定されている内容に係るものに限る。）であって，その変更により環境影響が変化することとなるものを記載しなければならないとしているところ，本件方法書がこれらの規定により要求されている内容を備えていなかったとは認められない。また，原告らは，本件方法書には本件空港建設によって設置される航空障害灯や進入灯の記載がないと主張しているが，本件方法書が作成された時点で，航空障害灯や進入灯の設置の計画が既に決定されていたことを認めるに足りる証拠はない。
さらに，原告らは，本件方法書は，これから実施する環境影響評価の方法をどうするかという点が主体のものではなく，大半は既に実施された調査の結果をまとめたものであり，県は，実質上，本件方法書の縦覧前に住民等の意見を聴取することもなく評価法１２条の調査に着手し，ほとんどの調査を終えていたなどと主張している。しかし，対象事業が実施されるべき区域及びその周囲の概況が方法書の記載事項とされていること（評価法５条１項３号）に照らしても，評価法は，当該区域及びその周囲について既に把握している調査結果を方法書に記載することをむしろ求めているものと解すべきであって，本件方法書に既に実施された調査結果を記載することを特に異とすべき理由はなく，このことはその分量にかかわらない。また，評価法は，事業者が方法書につき外部者からの意見を受けた上で，環境影響評価の項目及び調査等の手法を選定し，それらに基づいて環境影響評価を実施することを予定しているが（１１条１項及び１２条１項参照），このことから，環境影響評価の項目及び調査等の選定がされ環境影響評価を実施する段階に至るまで全ての調査を禁じる趣旨であるとまで解することはできないし，他にその趣旨の規定は見当たらない。選定された調査の手法とあらかじめの調査の内容が合致しなければ，事業者としては選定された調査の手法に基づく調査を改めてすることになり手戻りが生じることにはなるが，評価法１１条１項による環境影響評価の項目及び調査等の手法の選定の前に行われるか後に行われるかによって特定の調査対象に対する特定の調査の手法による調査の内容及び結果が左右されるとは考え難いことに照らしても，評価法は，手戻りの可能性があることを前提にあらかじめ特定の調査をすることを許容しているものと解さざるを得ない。
結局，原告らの主張によっても，本件方法書の手続にこれを違法とするような瑕疵があるとは認められない。
イ準備書段階での手続違反について
(ア)原告らは，本件準備書には，平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書の記載よりもコウモリの生息数や洞窟の利用頻度が少なく記載され，本件評価書で平成１５年度コウモリ類調査委託業務報告書の記載に戻されている部分が極めて多数あるが，本件準備書でこれらの点が正しく記載されていれば，コウモリ類が本件事業の影響を受ける洞窟を生活の本拠としていることを外部者が認識して，外部者から様々な意見が提出され，ＡないしＥ洞窟に破壊等の影響を与えることを回避するために計画地の変更や計画地内における施設の配置変更，洞窟への影響をより低くするための保全措置を行う等修正が必要と判断される可能性が十分にあったと主張している。
しかし，新石垣空港につき，昭和５１年の計画策定以来，建設位置が環境保全上や農政上の課題で変更され，２０数年にわたり事業実施に至らなかった経緯があり，本件事業予定地やそこでの施設の配置については，そうした経緯を踏まえて，Ｐ１委員会やＰ１５会議を経て決定されたという経緯があること（本件準備書・本件評価書・本件補正書の各参考資料－１～９頁）に照らして，県によって計画地又は施設の配置が変更される可能性があったとは到底認められない。また，本件補正書に記載されたコウモリ類のための環境保全措置等の内容（７－６３～６５・６８～７３頁，８－９・１０・１４頁参照）は，後記(3)で説示するとおり相応に適切なものと認められることに照らし，さらに，原告らがそれ以上に採り得る措置（事業予定地又は施設の配置の変更を除く。）があることについての具体的な主張を何もしていないことを考え併せても，それ以上の保全措置があるとは認め難く，原告ら主張の点をもって本件補正書に記載されたコウモリ類のための環境保全措置等の内容に変更があり得たと認めることはできない。(イ)原告らは，本件準備書に環境保全措置を講じるという前提を記載せずに「Ａ洞窟やＤ洞窟がコウモリ類に利用されなくなる可能性は低いと考えられる。」とのコウモリ類に与える影響は小さいという評価だけが記載されているのは不当であるなどと主張している。しかし，原告らが指摘する本件準備書の記載（６－１２－２４１頁）は，「環境保全措置」の項（６．１２．１．３の１）(1)）中にあり，当該記載の前後にある記載を見るだけでも，環境保全措置として講じる内容が示されておりその中に原告ら主張の前提に当たる記載があることは明白であるから（６－１２－２４０頁の末尾には，「工事の実施中及び供用後において次に示す環境保全措置を講じコウモリ類の個体群の存続を図る。」との記載があり，この「次に示す環境保全措置」の内容として，６－１２－２４１頁には，「Ａ洞窟及びＤ洞窟は洞口の周囲の樹林が温存されなければ・・・コウモリ類がねぐらを利用しなくなる可能性が高いため洞口周辺の樹林を維持する。」などの記載がある。），評価だけが記載されているなどとは到底いえず，この主張は前提を欠いているといわざるを得ない。
(ウ)原告らは，本件準備書において，絶滅危惧種コウモリ類に関する一部のデータが解析中として記載されていない上，投稿中で学術的な評価を経ていない未発表の「論文」が評価の根拠として引用されていたとした上で，そのため，本件準備書には，評価法１４条１項７号イが求める「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されているとはいえず，また，解析中のデータが記載されていれば絶滅危惧種小型コウモリに対する影響に関する意見が寄せられた可能性があり，この意見に基づき絶滅危惧種小型コウモリに関する環境保全措置が見直される可能性が十分にあったと主張している。


しかし，有意見者には，専門家も含まれることが明らかであるから，評価の根拠として不適当な「論文」が引用されていれば，それに対する環境の保全の見地からの意見が提出されることが期待できることに鑑みても，投稿中の「論文」を引用すること自体をもって直ちに手続上の瑕疵があるとすることはできないというべきである。また，本件準備書の第６章には「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されており，その内容は，生態系に関するもののみでも２６６頁に及んでおり，その中にはコウモリ類に関するものも含まれていることが明らかであって，コキクガシラについて平成１５年冬期の目視若しくは出洞個体数の一部に解析中で具体的な数値が提示されていないものがあるとの一事（６－１２－１６８頁参照）をもって，本件準備書に評価法１４条１項７号イが求める「調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果」が記載されていないなどということはできない。さらに，前記(ア)において説示したところに照らし，当該数値が提示されていれば絶滅危惧種小型コウモリに関する環境保全措置が見直される可能性が十分にあったなどということは困難である。
ウ代替案が検討されていないことについて
原告らは，計画段階において複数の候補地があり，しかも，その段階での環境保全上の検討が不十分であり，環境影響評価手続開始時点においても他の候補地への変更が現実的な選択肢として残されており，候補地を選択するに当たって環境保全上の観点が特に重視されるような場合，環境影響評価手続を行う事業者は，事業計画地の適否を再検討しなければならない義務を負うなどと主張している。
しかし，環境影響評価を行うに当たって事業計画地についての代替案を検討すべきこと，あるいは前提としている事業計画地の適否を再検討すべきことを定める法令の規定は見当たらない（環境保全措置に関する指針を定める本件主務省令１５条は，環境保全措置の検討を行ったときは，環境保全措置についての複数の案の比較検討，実行可能なより良い技術が取り入られているかどうかの検討その他の適切な検討を通じて検討結果の検証をしなければならない旨を定めているが，これは，環境保全措置の検討結果の検証をするための適切な検討の例示として環境保全措置についての複数の案の比較検討を挙げているだけであって，事業計画地について代替案を検討すべきことを定めたものではないことは明らかである。そして，一般的な場合を前提とするにせよ，特定の場合に限定してにせよ，事業計画地について代替案の検討又は一旦定められたものの適否の再検討を義務付ける法令の規定は他に見当たらない。）。なお，Ｐ８・Ｐ９意見書（甲１６４の１）は，「環境影響評価法（平成九年法律第八十一号）第四条第九項の規定により主務大臣及び国土交通大臣が定めるべき基準並びに同法第十一条第三項及び第十二条第二項の規定により主務大臣が定めるべき指針に関する基本的事項」（平成９年環境庁告示第８７号）第二の五(3)アを引いて，環境保全措置についての代替案検討義務があることについて論じているが，そこで論じられているのは環境保全措置（環境影響の回避・低減に係る評価）についての複数案の検討であり，同告示も，「建造物の構造・配置のあり方，環境保全設備，工事の方法等を含む幅広い環境保全対策を対象として，複数の案を時系列に沿って又は並行的に比較検討すること，実行可能なより良い技術がとり入れられているか否かについて検討すること等の方法により，対象事業の実施により選定項目に係る環境要素に及ぶおそれのある影響が回避され，又は低減されているものであるか否かについて評価されるものとすること」と定めているにとどまり，事業計画地の選定等はこの評価の対象に含まれていない（そもそも，この告示は，評価法４条１０項及び１３条に基づき，評価法４条９項又は１１条３項若しくは１２条２項の規定により主務大臣が定めるべき基準又は指針に関する基本的事項を定めるものにすぎず，事業者を名宛て人として拘束するものではないから，事業者に当該義務があることの根拠とすることはできない。また，同告示において「複数の案を時系列に沿って又は並行的に比較検討すること」は，環境影響の回避・低減に係る評価の方法の一例として例示されているものにすぎず，その方法を必ず採るべき趣旨は定められていない。）。したがって，上記意見書の上記論述は原告らの前記主張とは直接関係しないものであるといわざるを得ない。また，上記意見書において「立地について代替案（複数案）が存在する場合，事業者の提案している案の必要性・合理性を検討する作業が不可欠である。」と論述する部分については，その法的根拠が示されておらず，「立地に係る代替案の環境影響評価における検討は，現行法上は義務とまではいえない。」との記述もあることからして，評価法上それが要求されるものと認めるべきことの論拠とすることはできない。
以上のとおり，原告らの主張には理由がないといわざるを得ない。
エ説明責任が果たされていないこと
原告らは，本件補正書に記載された事業者の本件方法書及び本件準備書に対する住民意見に対する見解の中には，住民意見に対する回答になっていないものがあり，また，幾つもの住民意見を無理やり一つの項目にまとめて見解を示す方法を採っているため，事業者の見解が示されていない意見があるから，説明責任の不履行があるなどと主張している。しかし，既に説示したところから明らかなように，評価法が準備書及び評価書に外部者の意見についての事業者の見解を記載することとしたのは，環境影響評価の項目等の検討・選定をし（準備書の場合。評価法１１条１項参照），又は準備書の記載事項の検討・修正をする（評価書の場合。評価法２１条１項参照）に当たって事業者が外部者の意見につき勘案・配意することを確実にさせるためであると解される（原告らが主張するような説明責任を事業者に課したものであると解するべき根拠となる規定は見当たらない。）。したがって，外部者の意見を受けて事業者がこれにつき勘案・配意したことが確認できる程度に事業者の見解が示されていれば足り，外部者の意見に対する事業者の回答を示したり，外部者の意見全てに網羅的に見解を示したりするまでの必要はないというべきである。そして，原告らが指摘する個別の事情（別紙争点に関する当事者の主張６（原告ら）(2)エ参照）をもってしても，県が外部者の意見につき勘案・配意しなかったと認めることはできないから，原告ら主張の点から手続上の何らかの瑕疵があるということはできない。
オ２４条意見に対応していないこと
評価書における事業者の対応が２４条意見に必ずしも従ったものでなかったとしても，当然に環境配慮がされないものと判断されるものではなく，合理的理由がなく２４条意見に対応しなかった場合にされた許認可処分が当然に違法となる旨の原告らの主張を採用することができないことは，前記６(2)アに説示したとおりである。
この点をおくとしても，以下のとおり，２４条意見に対応していないことを理   由とす   る原告   らの主   張は，   いずれ   も採用   するこ   とがで   きない（(ケ)については，後記(2)のとおり，結論において採用することができない。）。


(ア)原告らは，本件国交大臣意見１が本件国交大臣意見２以下とは別個の取組を求めていることを前提として，本件補正書が本件国交大臣意見１に対応していないと主張している。
しかし，本件国交大臣意見１は「小型コウモリ類が出産・ほ育の場として利用しているＡ洞窟及びＤ洞窟については，その保全に万全を期すること。」というまでにすぎず（乙２１），これとは別途，本件国交大臣意見２以下の意見が付されているからといって，直ちに本件国交大臣意見１が本件国交大臣意見２以下で求めるものに対する取組とは別個独立の取組を求める趣旨であると解することはできない（そのような趣旨の意見であれば，そのことが明示されたはずである。）。よって，原告らの上記主張は前提を欠く。
(イ)原告らは，本件国交大臣意見２が工事期間中にコウモリ類の利用がなくなってしまった空洞や滑走路の直下に残された空洞にいかにしてコウモリ類を戻ってこさせるかという方策を要求しているのに，本件補正書はこれに対応していないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見２は「本事業の実施に伴い消失するとしているＢ洞窟，Ｃ洞窟及びＥ洞窟については，できる限り小型コウモリ類が継続してこれらの洞窟を利用できるよう，実態，機能等について専門家の指導・助言を得た上で，可能な限り保全すること。また，検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」というものであり（乙２１），それらの洞窟を可能な限りコウモリ類が利用できる状態で（利用するようにではない。）保全することを求める趣旨であることは明らかである。
そうすると，本件国交大臣意見２が一旦コウモリ類の利用がなくなってしまったところにコウモリ類を戻ってこさせる方策までを求める趣旨であるとは認められないから，原告らの上記主張は前提を欠く。(ウ)原告らは，コウモリ類の生態を調査する場合に，通常は複数年にわたる調査，最低でも１年を通じた調査が不可欠であるのに，平成１７年５月及び６月の時期のみの追加調査だけをしても，本件国交大臣意見３に対応したことにはならないなどと主張している。しかし，本件国交大臣意見３（乙２１）は，事業実施区域及びその周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認されている洞窟について，コウモリ類の利用につき追加調査を行い，その結果利用が確認された場合には，その洞窟をコウモリ類が利用できる状態で可能な限り保全することを求めるものと解されるところ，本件補正書（６－１２－１８１頁）によれば，事業実施区域及びその周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認されている１１の洞窟のうち９つは，コウモリ類の利用の有無にかかわらず保全されることが認められる（原告らは，コウモリ類が継続利用するようにするための方策がなければ，本件国交大臣意見３の求める保全とはいえない旨主張しているが，本件国交大臣意見３は，本件国交大臣意見２について説示したところと同様，洞窟をコウモリ類が利用できる状態で可能な限り保全することを求めるまでであると認められるから，洞口から飛行場の外へボックスカルバートで結ばれる計画である洞窟番号②及び④の洞窟についても，本件国交大臣意見３にいうとおりの保全がされるものというべきである。）。そして，消失する残り二つの洞窟は，奥行きが約４ｍ又は約２ｍと極めて規模の小さい人工洞であること（しかも，本件補正書（６－１２－１８０頁）によれば，平成１４年に行われた調査の際にも，それらの洞窟をコウモリ類が利用していることは確認されていない。）に鑑みても，重要な洞窟とは到底認められないから，以上によれば，本件補正書は，事業実施区域及びその周辺でＡないしＥ洞窟以外に確認されている洞窟につき，コウモリ類が利用するものであるか否かにかかわらず，重要性が認められないものを除いてその全てをコウモリ類が利用できる状態で保全するものといえる。そうすると，本件補正書は，本件国交大臣意見３に対応していないとは認め難い。
(エ)原告らは，本件国交大臣意見４で要求されている浸透方法についての再検討は行われておらず，また，ドレーン層から流入した赤土を含む雨水がＡ洞窟奥部に影響を与えることを回避するための方策は一切採られていないから，本件補正書は本件国交大臣意見４に全く対応していないに等しいなどと主張している。
しかしながら，本件補正書（６－１２－２５６～２５８頁）によれば，①ドレーン層近傍の地下水位の変化とＡ洞窟との関係について，Ｐ１２委員会を開催し，次のとおりドレーン層の位置，浸透方法及び影響等について検討を行ったこと，②ドレーン層はＡ洞窟の奥部より海側にあり，地下水の下流側に位置し，地下水・浸透水等は透水性の異なる地層境界や透水性の大きいところを流動していくことから，ドレーン層に浸透した雨水はフィルター層を通じ，面的に地下浸透が促され，線的にドレーン層が設置されたとしても，その一帯にほぼ現況と同様に徐々に浸透するものと考えられ，また，ドレーン層設置による地下水位の変化の予測では，一部に若干の水位低下が見られるものの，Ａ洞窟側の着陸帯直下付近では，現況とほぼ同様な水位を示しており，地下水位の変化は見られないこと，③検討の結果，ドレーン層の設置がコキクガシラが出産・ほ育に利用しているＡ洞窟の奥部に影響を及ぼすことはないと考えられるが，より万全な対策として，洞窟への影響をより確実に回避するため，Ａ洞窟の範囲に相当する部分についてドレーン層を更に下流側に移動する措置を講じることとしたことが認められる。これらによれば，浸透方法についての検討等をした上で，Ａ洞窟奥部の地下水に影響を与えないためにより万全な対策が検討され，これが講じられることとされたというべきである。これに対し，原告らは，本件国交大臣意見４がＡ洞窟奥部への影響を懸念して適切な措置を講じることを指示した以上，県は，Ａ洞窟奥部への影響があり得ることを前提として適切な措置を講じなければならなかったなどというが，仮にそうであるとしても，上記のとおり，ドレーン層の設置がＡ洞窟の奥部に影響を与える可能性を考慮して，より万全な対策が検討され，上記のような措置を講じることとされているのであって，本件補正書及び本件国交大臣意見（以下「本件補正書等」という。）によっても，これが適切な措置でないというべき事情は認められない（原告らは，ドレーン層を１０ｍ下流に動かしたところで，Ａ洞窟内に赤土を含む雨水が流入することに変わりはないなどというが，本件補正書等にその裏付けは見当たらない。）。そうすると，本件補正書が本件国交大臣意見４に対応していないということはできない。
(オ)原告らは，本件補正書において本件国交大臣意見５への対応として記載されたところは，本件評価書に記載されていたところと基本的に何らの変わりもないものであり，新たな対応ではなく，また，その対応では本件国交大臣意見５が求めるコウモリ類の生息継続を達成できない可能性があるなどと主張している。


しかし，本件国交大臣意見５は「小型コウモリ類が生息する洞窟の周辺において樹林，草地等の改変を行う場合には，移動経路及び餌場を確保すること。また，移動経路及び餌場が出来る限り早く確保されるよう樹林，草地等の改変の工程を工夫すること。これらの検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」というものである（乙２１）。本件事業がコウモリ類が生息する洞窟の周辺において樹林，草地等の改変を行うものであることは明らかであるのに，「この改変を行う場合には」としていることに鑑みても，本件国交大臣意見５は，本件評価書に記載された措置に加えて新たな措置を求める趣旨ではなく，本件評価書に記載された措置にはかかわらず，そのような場合に移動経路及び餌場を確保するという対応を求めるものであると解される。したがって，新たな対応でないとしても，そのことから本件国交大臣意見５への対応に当たらないということはできない。また，本件国交大臣意見５がコウモリ類の生息継続を達成すること自体を直接求めているわけではないことは，上記記載に照らして明白であるが，その点をおくとしても，原告らがいうように，本件補正書に記載された措置によったのではコウモリ類が緑地の利用を放棄し，生息し続けられなくなると認めるに足りる根拠は少なくとも本件補正書等には見当たらない。さらに，上記のとおり，本件国交大臣意見５が本件評価書に記載された措置以上の措置を求める趣旨であるとは認められず，本件補正書に記載された措置により創出される緑地面積では「餌場を確保すること」にならないと認めるに足りる根拠も見当たらない。そうすると，本件補正書が本件国交大臣意見５に対応していないということはできない。
(カ)原告らは，本件補正書で本件国交大臣意見６への対応とするところは，本件国交大臣意見５に対する対応と全く同じものと，既に本件評価書に記載されている新たな措置とはいえないものとを併せたものでしかなく，本件国交大臣意見６への対応とはいえないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見６は「本事業の実施に当たっては，専門家の指導・助言を得た上で，工事の施工方法，時期等を検討し，これら小型コウモリ類の生息環境に急激な変化を与えないように配慮すること。特に，工事中の騒音・振動に対する環境保全措置については，小型コウモリ類の出産・ほ育の時期における工事を避けることも含め，適切な措置を講じること。また，これらの検討の過程及び講じる措置を評価書に記載すること。」とするものであるところ（乙２１），これが，本件国交大臣意見のうちのその余の意見に対する対応とは切り離した別個独立の対応を求める趣旨であるとは認められない。また，本件補正書は，専門家の技術的な助言・指導を得た上で，出産・ほ育の時期（５月ないし８月）及び冬期の休眠時期（１２月ないし３月）は，Ａ洞窟最奥部及びＤ洞窟から半径４０ｍ以内での振動ローラと同等の振動を出す作業及び半径１００ｍの範囲での大型ブレーカと同等の騒音・振動を出す作業を避けること（７－６５頁）に加え，新たに，Ａ及びＤ洞窟を対象として，工事の実施により建設機械の稼働による騒音・振動レベルが最大となる３年次ないし５年次（なお，１年次は大規模な土工事は行われず，２年次及び６年次はＡ及びＤ洞窟から相当程度離れた位置でしか土工事は行われない（６－１－１０・１１頁）。）の出産・ほ育時期及び冬期の冬眠時期にＡ及びＤ洞窟の洞口及び洞内において騒音・振動レベルを測定する事後調査を行い，その結果環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，洞窟付近での作業を一旦休止し，専門家の指導・助言を得た上で適切な措置を講じることとしている（８－９～１１頁）。
これらによれば，環境保全措置に加えて事後調査及びその結果により環境影響の程度が著しいことが明らかとなった場合の対応の方針による対処という形ではあるが，本件国交大臣意見６を踏まえた対応が図られているということができる（上記の事後調査等の措置につき，本件補正書には，本件国交大臣意見６に対する対応である旨の記載はないが，評価法及び本件主務省令等の関係法令を精査しても，２４条意見への対応であることが補正書で明示されなければ２４条意見への対応に当たらないと解すべき根拠は認められない。なお，原告らが論じている確定評価書等外の事実に基づく主張は，その点を考慮していなくとも処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結するものではない。）。本件補正書が本件国交大臣意見６に対応していないということはできない。
(キ)原告らは，本件補正書は，本件国交大臣意見９の内容に対し，抽象的なレベルで従うとの趣旨を述べるものにとどまり，具体的な対応内容は示されていない，本件国交大臣意見９は，検討することを要求しているのではなく整備することを要求しているのに，この点に関する本件補正書の記載は，整備は困難である可能性があるが検討するというだけのものであって，本件国交大臣意見９に対応したとは評価できないなどと主張している。
しかし，本件国交大臣意見９は「人工洞窟については，専門家の指導・助言を得た上で，補正評価書の公告後のできる限り早い段階で設置すること。また，小型コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状及び気温・湿度等の生息条件，周辺の地形・地質や植生などの立地条件等を考慮しつつ，適切なものを整備すること。」というものであって（乙２１），要するに，本件補正書の公告後のできる限り早い段階で，コウモリ類の習性を踏まえ，他の洞窟の形状等を考慮しつつ，適切なものを設置整備することを求めるにとどまり，それ以上に，どのような内容の人工洞窟を設置整備するのが相当かの検討経過や具体的な設置整備の内容を評価書に示すことまでは求めていない。そして，本件補正書には，上記のとおり設置整備することを実施する旨の記載があること（７－７１頁）に照らせば，本件補正書が本件国交大臣意見９に対応していることは明らかである。また，原告らは，県には適切な人工洞窟を整備することができないかのような主張もしているが，そのことを認めるに足りる証拠はない。
よって，本件補正書が本件国交大臣意見９に対応していないということはできない。


(ク)原告らは，本件補正書には，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場所としての林地に該当するいかなる区域において，潜在的なものも含めいかなる形態の土地利用について，いかなる権限を有するいかなる機関の部署に対して，いかなる土地利用上の配慮を要請したのか具体的な記載が全くないから，本件国交大臣意見１０への対応としては不十分であると主張している。しかし，本件国交大臣意見１０は，「小型コウモリ類の保全については，事業実施区域や事業者が取得する地域の周辺の洞窟の保全や採餌場としての林地の保全等周辺の土地利用が極めて重要であり，小型コウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるよう，小型コウモリ類の保全，保全に関する情報の提供，石垣市や県等の関係機関への要請などを行うこと。また，その旨を評価書に記載すること。」というものであり（乙２１），要するに，当該情報の提供，関係機関への要請などを行う措置を採ることとして，その旨を評価書に記載することを求めるにとどまるものである。本件補正書を作成する前の時点で，実際に関係機関に要請することまでを求めるものではないことが明らかであるから，原告らが指摘するような記載がないとしても，そのことをもって本件国交大臣意見１０への対応が不十分であるということはできない（原告らは，少なくとも県が想定している情報提供や要請がコウモリ類の生息に影響を与えないような土地利用が図られるという目的達成に十分なものであるかどうかを判断できるだけの具体的な記載は不可欠であるというが，本件国交大臣意見１０の上記文言からそこまでの記載を求める趣旨を読み取ることはできない。）。
(ケ)原告らは本件国交大臣意見１１は，事業実施区域全体への降雨の海域への浸出の主要な経路である地下川（洞窟内を流れる地下水の流れ）の走り方（経路）及びそこの流量を，事業実施区域及びその周辺区域全体にわたって調査し，把握することを要求していることが明らかといえるのに，本件補正書はこれに対応していないと主張している。しかし，本件国交大臣意見１１は「事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水が，α５川に流入し，又は海域に浸出する経路及びその量について把握し，その結果を評価書に記載すること。」というものであり（乙２１），その文言上，事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水がα５川に流入し，又は海域に浸出するに至る過程でたどる道すじと，α５川への流入量及び海域への浸出量について把握し，評価書に記載することを求めたものであって，この海域への浸出量は総量の意味であると解され，また，特定事項の調査を求める旨の明示もない以上，地下川（洞窟内を流れる地下水の流れ）の走り方（経路）及びそこの流量を調査すべきことまでを求めたものと解することはできない。
ところで，本件補正書では，事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び表流水の流動について，新石垣空港地下水調査結果に基づき，α４岳南地下水流域及びその他３流域について水収支を算出し，その結果を６－６－２５及び２６頁に追記したことをもって，本件国交大臣意見１１に対する対応であるとしている（１３－７頁）。そして，６－６－２６頁には，上記の水収支に加えて，表流水の向きが示された図面が付されており，α５川左岸地下水流域（西側）及び同流域（東側）についてはその向きのほとんど，又は多くがα５川に向かっているから，水収支によるこれらの流域の地表流出量とあいまって，α５川に流入する道すじと流入量のおおよそが把握できるものとなっている。
他方，本件事業予定地及びその付近の地下水の状況等（６－６－４～７頁），地形（６－７－３頁），地質（６－７－１３～１８頁），海岸部の浸出水の存在（６－６－２２・２３頁）等に照らし，上記４流域の地下水流出の相当部分は海域への浸出によっていると考えるのが合理的であるから，水収支による地下水流出量によって海域への浸出量は相当程度把握できるものというべきである。また，地下水流出は地表からの浸透によるところ，付近に分布する不透水層であるトムル層，透水層である琉球石灰岩等（６－６－３３頁の表参照）の分布状況は把握されており（６－６－７頁），前記４流域それぞれの地層割合も把握されているから（６－６－２６頁），海域に浸出するに至る過程の道すじのうちいわば入口の段階については一応把握されているということができる。しかし，本件補正書には，海域に浸出するに至る過程でたどるその後の道すじに関する記載は見当たらないから，この点において，本件補正書の本件国交大臣意見１１に対する対応は不十分であるといわざるを得ない。
もっとも，事業者に対し２４条意見に対して必ず対応すべきことを義務付ける評価法又は関連法令の規定は見当たらず，確定評価書において２４条意見に対応していない場合であっても，そのことから直ちに環境配慮審査適合性が否定されるということはできないことは既に説示したとおりである。２４条意見に対応しない結果，外部手続を含む環境影響評価手続の結果（環境影響評価の結果）の合理性が損なわれることが明らかであるといった場合には，環境配慮審査適合性を認めた免許等を行う者の判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用が認められる余地が認められ，上記のような本件国交大臣意見１１に対する不十分な対応についてもこのような観点から検討すべきであると解されるが，この点については，後記(2)において，α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全に関する原告らの主張を検討する中で，検討することとする。
(2)α３のサンゴ類ないしα３サンゴ礁生態系の保全に関する本件許可処分
の違法性について
ア原告らは，サンゴ類ないしサンゴ礁生態系の保全に関し，本件補正書の赤土等流出防止対策を問題として，種々の主張をしているので，これらについて検討する。本件補正書は，次のような赤土等流出防止対策を採ることとしている（２－９・１０頁（以下，単に特定の頁を示す場合は本件補正書の該当頁を示すものである。））。
(ア)基本方針
ａ赤土等の流出防止対策に当たっては，濁水の発生から工事区域外への流出に至る一連の流出過程に応じた対策を実施する。ｂ赤土等の流出防止対策は，県の赤土等流出防止条例や赤土等の対策に関わる技術基準・指針に準拠するだけでなく，本件空港の地域特性，自然特性を十分に考慮した対策を実施する。
ｃ工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施する。


ｄ工事中においては，赤土等の流出防止対策が所要の機能を発揮していることを確認するためのモニタリング調査を実施するとともに，現場状況に応じた適切な施工を行うため，情報化施工（施工段階における進ちょく状況，施工範囲，裸地面積等の情報を逐次把握し，予測される台風等の降雨による影響を予測し，迅速な赤土流出防止対策を行う。）及び観測施工（施工中における海岸周辺の地下水状況の観測を通し，予測結果との比較を行いながら，施工による影響を把握するとともに，環境保全のための措置を講じながら施工を行う。）を実施する。
ｅ空港供用後に当たっては，これらの赤土等の流出防止対策による効果を適切に評価するため，「Ｐ１７委員会」（仮称）を設置し，逐次報告を行う。
ｆ空港供用後に不測の問題が発生した場合には，Ｐ１７委員会において協議を行い，必要な対処策を実施する。
(イ)赤土等流出防止対策
工事中の赤土等流出防止対策は，「赤土等流出防止対策技術指針（案）（平成７年，沖縄県土木建築部）」に基づき，赤土等の流出を防止することを基本として，各種の現場状況に応じ適切な発生源対策を実施する。発生源対策によって抑制された濁水については，地下浸透方式や機械処理方式の濁水処理対策を実施する。発生源対策及び濁水処理対策は次のとおりである。
ａ発生源対策
・降雨が多い時期（梅雨時期等）には盛土工事・切土工事を集中させないように工事工程を調整する。
・広域的な掘削エリアの出現を極力避ける施工を実施する。そのために施工エリアを分割し，エリアごとに施工することで裸地面積を抑え，裸地部の浸食と土砂の流出を抑える。
・裸地の状態の出現期間を短縮するような施工を実施する。・長期間放置される掘削面に対しては，流出抑制工を実施し，赤土等の流出を抑制する。
・盛立面，掘削面においては，それぞれのエリアの中で雨水を処理するものとし，隣接エリアへの濁水の流出を極力抑えるものとする。
・事業実施区域外からの雨水の侵入を避けるため，事業実施区域外周に排水路を設置する。
ｂ濁水処理対策
・工事区域内の抑制された濁水の処理については，浸透ゾーンを利用した地下浸透方式を主とするが，地質等の状況により実施できない場合は，機械処理方式を併用する。
・機械処理方式の施設規模を設定するための降雨は，１０年確率降雨を対象とする。
・機械処理方式（凝集処理を検討しているが，その凝集剤の種類等については，環境への負荷を考慮して選定する。）を適用する場合の排水基準は，生活環境の保全に関する環境基準（河川の水産１級）を準用し，浮遊物質（ＳＳ）濃度を２５ｍｇ／ｌ以下とする。
そして，本件補正書によれば，工事工程の１年次は試験盛土，７年次は建築工事を中心とし，土工事が行われる２年次から６年次は，６－１－１０及び１１頁の記載（特に，「年次毎の土工展開（その１）」及び「年次毎の土工展開（その２）」と題する図面）のとおり，年次ごとに施工エリアを決めて進め，広域的な掘削エリアが出現するのを極力避けるという年次ごとの土工展開がされる（もっとも，以下に示すものを含め，これらの計画は概略のものであり，詳細設計の際に変動することがあり得る。）。また，これらの図面と６－７－１３ないし１８頁の記載（特に，ボーリング地点及び地質図並びに推定地形断面図）とを対比すると，２年次及び４年次ないし６年次の工程は主として難透水層で本件事業実施区域の基盤岩であるトムル層から切土をしこれを透水層である琉球石灰岩上に盛土するものであり（ただし，２年次には，浸透ゾーンⅠ及びⅢを作るために主に琉球石灰岩及び沖積層を切土する部分もある。），３年次の工程は主として琉球石灰岩を（一部では琉球石灰岩の下層にあるトムル層までを）切土して琉球石灰岩及び沖積層上に盛土するものであることが明らかである。６－１－２１頁の記載によれば，切土区域の面積は琉球石灰岩が１２．０ｈａ，トムル層が５２．８ｈａである。


具体的な工事中の赤土等流出防止対策は，６－１－１２ないし４６頁に記載されている。地下浸透方式の濁水処理対策を実施する区域については，事前に工事区域内にろ過処理施設を設けて，濁水濃度の低減を図り，濁水のＳＳ濃度を沖縄県赤土等流出防止条例の排出基準濃度である２００ｍｇ／ｌ以下まで低下させて浸透処理する。具体的には，発生源対策（表土保護工）や流出抑制工を行い，続いて場内仮設調整池において自然沈降によりＳＳ濃度をある程度低減し，当該処理水をコルゲート管等により浸透ゾーンの直前に設置するろ過沈殿処理施設に導入する。年次ごとの場内仮設調整池，ろ過沈殿処理施設等配置や排水の流れは６－１－３４ないし３６頁の図面に示されている。切土・盛土工事は，表土を除去した後に行われ，表土を除去した後に工事区域には高濃度の濁水の発生原因となる赤土等はなく，岩だけとなり，濁水の原因となるのは岩盤の切土の切削時や盛土の転圧時に発生する石粉だけとなる（６－１－２１頁）。浸透ゾーンを利用した赤土等流出防止対策は，久米島空港建設工事等で施工された実績がある（１１－２・５頁）。本件補正書によれば，浸透ゾーンは，ほぼ北東から南西に細長く設けられる本件空港の北東側に二つ（浸透ゾーンⅠ及びⅢ），南西側に一つ（浸透ゾーンⅡ）が設けられる（より具体的な位置については，６－１－１９頁の図面参照）。６－１－５０ないし５２頁のとおり，浸透ゾーンⅠは，空港海側法尻の細長い部分（南西から北東に延びている）の琉球石灰岩，沖積層及び名蔵れき層面を利用するもので，琉球石灰岩分布ゾーン（最も南西側）から名蔵れき層分布ゾーン（中間部分）までは傾斜地形となっており貯水ポケットを確保することが困難であるため，沖積層ゾーン（最も北東側）にフラット面を設けて必要容量を確保する。また，浸透ゾーンⅢは，浸透ゾーンⅠの北側の付け替え農道と空港本体に囲まれた部分で，浸透面には沖積層とトムル層が分布する。さらに，浸透ゾーンⅡは，空港山側の切土面のうち北側に広く分布する琉球石灰岩を利用するものである。琉球石灰岩は南西側に行くほど分布が浅くなり，その下に名蔵れき層，トムル層が分布している。なお，浸透ゾーンの設置に当たっては，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう設置位置を検討する。浸透ゾーンと洞窟の位置関係は，６－１－５５頁の図面のとおりである（もっとも，前記のとおり，そこに示されている計画は概略のものであり，詳細設計の際には変動があり得る。）。本件補正書によれば，実験の結果，石灰岩の上面に砂を敷設した場合，浸透機能を維持する上での効果が高いことが明らかになったため，浸透ゾーンには厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設する。また，室内実験による浸透試験により導いた浸透係数に基づき，浸透ゾーンⅠの浸透面積は４万５６００㎡（琉球石灰岩１万６８００㎡，名蔵れき層６５００㎡，沖積層２万２３００㎡），浸透ゾーンⅡのそれは２万０９００㎡（琉球石灰岩１万４０００㎡，名蔵れき層３１００㎡，トムル層３８００㎡），浸透ゾーンⅢのそれは６３００㎡（沖積層１８００㎡，トムル層４５００㎡）とするが，実施に当たっては，工事着手前に現地において面的な浸透試験を実施し，検証することとし，必要に応じて対策を講ずることとする（６－１－２３～２７頁）。浸透ゾーンの効果（ろ過機能）についての室内実験（ＳＳ濃度２００ｍｇ／ｌの濁水を用いた浸透試験において，供試体下面より流出する水を採取して濃度を測定）によると，沖積砂層（沖積層の砂）直径１０．６ｃｍ，厚さ１００ｃｍの供試体の場合がろ過率９８．０％（流出水のＳＳ濃度が４ｍｇ／ｌ），琉球石灰岩直径５ｃｍ，厚さ１０ｃｍ及びその上面に厚さ１０ｃｍの砂を載せた供試体の場合がろ過率は９７．０ないし９７．５％（流出水のＳＳ濃度が５ないし６ｍｇ／ｌ）であったことから，いずれも濁水のろ過機能があり，現地の層厚を考えるとより高い効果が期待できると考えられるとされている（６－１－２３～２８頁）。６－７－１５ないし１８頁の地質図及び推定地層断面図（その１～３）によれば，各浸透ゾーンの琉球石灰岩，名蔵れき層又は沖積層は１０数ｍから２０ｍ以上の厚さを有しているものと認められる。
本件補正書によれば，浸透ゾーン等の施設の維持管理については，沖縄県土木建築部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき計画することとし，詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切に行うものとするとされている。そして，浸透ゾーンの浸透能を計画どおりに維持していくための浸透ゾーンの管理を行うほか，降雨前の集水施設について，点検簿を整備し，浸透ゾーンの各構成部分につき点検し，必要に応じて維持管理補修を行うことや，場内仮設調整池及びろ過沈殿処理施設の点検，ろ過沈殿処理施設と浸透ゾーンを結ぶ導水管等の管理を行い，加えて，降雨中は，浸透ゾーン，場内仮設調整池，ろ過沈殿処理施設，場内の導水路や沈殿池等をパトロールし，浸透ゾーンやろ過沈殿処理施設の濁水の濁度を監視するとともに，各施設が機能しているか監視し，その結果を記録して緊急時対応などに活用し，また，必要に応じて適切な対応を採るとされている（６－１－４４・４５頁）。また，地下水に対する環境監視として，水位のほかに，ＳＳ濃度を調査し，また，浸透ゾーンの設置後の初期段階において，大雨により浸透ゾーンに濁水の流入があった場合，地下水の濁りについて観測を実施し，その結果環境影響の程度に著しい変化が認められる場合は，浸透ゾーンへの濁水の流入を一時中断した上で，工事区域内の調整池等の容量を増やし，濁水を貯留，濁水の前処理の強化，浸透ゾーンの底面への敷き砂の補強などの適切な赤土等流出防止対策を，専門家から指導・助言を得た上で講じるとされている（８－１２頁）。


さらに，本件補正書は，難透水性の区域については，工事区域で発生した濁水を南側仮設調整池に貯留し，機械処理方式の濁水処理対策を実施する。南側仮設調整池は，空港南側の付け替え国道と空港本体に囲まれた部分でα５川側に流出する雨水排水処理を行うとしている。その概要は６－１－４０ないし４２頁に示されたとおりであり，使用を計画する凝集剤は，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本件事業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合的に検討して決定し，凝集剤の決定に当たっては，生物への毒性実験等を参考にするとしている。また，工事中，機械処理設備は，降雨終了後にα５川が平常流量に戻った時点で稼働させるほか（平常時），降雨が連続し，南側仮設調整池の貯留能力を超えるおそれのある場合に稼働させるとしている（６－５－４０頁）。
本件補正書によれば，赤土等流出防止対策の実施を前提として検討した結果，機械処理水の混合後の河川のＳＳ濃度は，平常時においては生活環境の保全に関する環境基準（河川の水産１級）の２５ｍｇ／ｌ以下に対して約半分の１３．１ｍｇ／ｌであり，降雨時においては希釈される効果がみられるとされている（６－５－４０～４４頁）。本件補正書では，南側仮設調整池及び機械処理施設の維持管理については，沖縄県土木建築部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき計画することとし，詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切に行うものとするとされ，降雨前の集水施設の点検，降雨時の監視は浸透ゾーンの場合に準じて行い，また，プラント設備については，機械処理施設の稼働中は処理水のＳＳ濃度が目標値を満足しているか常時記録し，必要に応じて適切な措置を行うほか，処理に必要な薬剤などは常時確保し，また，台風等により電源の供給が不能となる事態を考慮して，動力は発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備えるとされている（６－１－４６頁）。
イ以上のような赤土等流出防止対策に対して，原告らは，次のように種々の主張をしているが，以下に説示するとおり，いずれも採用することができない。
(ア)原告らは，本件補正書の工事期間中の赤土等流出防止対策は，台風や豪雨の場合でも，赤土の微粒子は，事業予定地の浸透ゾーンの地盤ないしその他の琉球石灰岩層に浸透し，時間が経過しても目詰まりは起こさず，浸透能力が低下することはないという仮定を前提としているが，その担保はなく，これがそのとおり実現されると考えることには多大なリスクを伴う，濁水を地下浸透させるという手法を採る以上，工事期間を通じて浸透能力が維持されるか，目詰まりを起こして能力が低下しないかは通常危惧される問題であり，その科学的根拠が立証されないとしても，それが生じた場合の重大なリスクを考慮し，慎重な予防措置として対策を講じることが必要であるなどと主張している。しかし，前記のとおり，浸透ゾーンの浸透能力を維持するため，浸透ゾーンには厚さ１０ｃｍ以上の砂を敷設され，また，浸透ゾーンの浸透能を計画どおりに維持していくための浸透ゾーンの管理が行われるほか，降雨前の点検，降雨中の監視がされ，必要に応じて適切な対応が採られるというのであるから，相応の対策は講じられるものであるというべきである。
(イ)原告らは，α９地域は豊富な地下水流によって既に浸食を受けている地帯であり，琉球石灰岩は均質性に欠けるモザイク状の地質であって，直接洞窟地下川に濁水が流れ込むような切れ目が地表にあれば，ろ過機能は働かない，本件補正書は，工事により発生した濁水を水路を通じてろ過沈殿池，浸透ゾーンに集めることを計画しているが，その途中には，石灰岩層の表面の亀裂や土で覆われている部分の無数の割れ目や穴があるし，仮に，浸透ゾーンではろ過機能が効果を生じたとしても，全ての濁水を浸透ゾーンへ導くことは不可能であり，工事による濁水が洞口や地表に無数にある切れ目から洞窟内（地下川）に流れ込む危険があるなどと主張している。
しかし，本件補正書等に照らしても，浸透ゾーンの琉球石灰岩に直接洞窟に濁水が流れ込むような切れ目があることは認められない。むしろ，前記のとおり，本件補正書によれば，浸透ゾーンの設置に当たっては，浸透した水が直接洞窟に入り込まないよう設置位置を検討するというのであり，また，更に詳細設計によって具体的な位置の確定が行われるのであるから，その際にはそうした切れ目等の有無の確認が行われるものと考えられる。さらに，浸透ゾーンには厚さ１０ｃｍ以上の砂が敷設されるのであって，仮に原告らが主張するような切れ目があるとすればその作業中にもその存在が判明するものと考えられる。他方，浸透ゾーンに至るまでの濁水の流路については，そもそも，主要な土工事が行われる２年次から６年次までのうち，２年次及び４年次ないし６年次の工程は主として難透水層で本件事業実施区域の基盤岩であるトムル層から切土をしこれを琉球石灰岩上に盛土するものであることは前記のとおりであり，この場合，盛土面は，表土保護工として転圧締固等が施される（６－１－１３頁）。３年次の工程では主として琉球石灰岩を切土して琉球石灰岩等に盛土するが，この場合でも，施工の現場においては，切土面についてのシート被覆工を含む発生源対策（表土保護工）等が行われ（６－１－１２・１３頁），また，「赤土等流出防止対策技術指針（案）（平成７年，沖縄県土木建築部）」（乙３４）によれば，流出抑制工として施工される場内仮設水路は，必要に応じてシート等で被覆されるのであるし，場内の導水路等は前記のとおり降雨前の点検や降雨中の監視の対象とされ，必要に応じて適切な対応が採られることに鑑みても，万が一，琉球石灰岩に亀裂や割れ目，穴があり，そこから濁水が洞窟内（地下川）に流れ込むというような事態が生じれば，それが発見され適切な対応が採られるものと考えられる。さらに，地下水への環境監視として，ＳＳ濃度を調査し，また，浸透ゾーンの設置後の初期段階において，大雨により浸透ゾーンに濁水の流入があった場合，地下水の濁りについて観測を実施して，その結果環境影響の程度に著しい変化が認められる場合は，浸透ゾーンへの濁水の流入を一時中断した上で，工事区域内の調整池等の容量を増やし，濁水を貯留，濁水の前処理の強化，浸透ゾーンの底面への敷き砂の補強などの適切な赤土等流出防止対策を，専門家から指導・助言を得た上で講じることとされている。以上によれば，むしろ本件補正書に示された浸透ゾーンによる赤土等流出防止対策の有効性は一応認められるといえ，原告らの上記主張をもって本件補正書の浸透処理方式に瑕疵があり十分に機能しないものであると認めることはできない。


(ウ)原告らは，事業実施区域の海岸には，海岸全体から均等に水が流出しているのではなく，特定の箇所から集中的に地下水が湧き出す海岸湧水帯が存在し，さらに，増水時には水圧が高まり，湧水帯よりも沖合の海底から地下水が湧き出す可能性もある，琉球石灰岩層の地下洞窟を通った地下水は，パイピング空洞を通って，この海岸湧水帯及び海中から湧出するなどと主張している。
しかし，前記(イ)のとおり，本件補正書に示された浸透ゾーンによる赤土等流出防止対策の有効性が一応認められる以上，この主張を前提としても本件補正書の浸透処理方式に瑕疵があるということはできない。
(エ)原告らは，Ｐ１８が実施している赤土等堆積状況の調査の結果，平成２０年冬（３月）の調査（甲８２）では，本件空港建設工事現場に近いα５川河口沖合３００ｍほどのポイント（Ｅ２）の赤土堆積度が最も高いランク８を記録するとともに，α５川河口より北側の３か所（Ｅ点ないしＧ点）すなわち本件空港建設工事現場前面あるいは近傍の海域では，いずれも海岸側直近よりも沖合側で高い堆積度が記録されるという過去と比較して顕著な違いが認められ，また，平成１９年秋以降の調査では，赤土の堆積量が，かつてはα５川河口部のＥ地点の数値が高かったのと比較して，本件空港建設現場前面のＧ地点・Ｆ地点で多くなる傾向が認められており，これらのことは赤土が直接海中から湧き出したものであることを示すなどと主張している。しかし，これらは，本件許可処分後の確定評価書等外の事実であって，その点を考慮していないとしても処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結することはないといわざるを得ない。また，この点をおくとしても，Ｐ１８の平成２０年春の赤土等堆積状況の調査（原告らの指摘する平成２０年冬（３月）調査の次の機会の調査）では，α５川河口より北側の３か所（Ｅ点ないしＧ点）はいずれも海岸側直近から沖合の方に行くに連れて堆積度の値が低くなったことが認められ（乙３８），必ずしも原告らの主張に沿う結果となっていない。さらに，Ｐ１８の赤土等堆積状況の調査は平成１２年夏から行われているから（甲２９），過去との比較を論じるのであれば平成１２年夏以降の調査結果の全てを検討する必要があるというべきところ，平成１７年春より前の調査結果は見当たらないことに照らしても，過去と比較して原告らが主張するような違いや変化が顕著となっており，それが本件空港建設工事による赤土が直接海中から湧き出していることを示すものであるとはにわかに認めることはできない。
さらに，原告らは，Ｐ１９委員会調査報告書（甲１２８）を引いて，平成２０年６月７日の大雨の時に現地調査をしていたＰ１９委員会によって，海岸湧水帯付近の砂浜を掘り下げると濁水が湧き出していること，海岸湧水帯周辺が他の地点と比較しても濁りが著しく，水深３０ｃｍ以深は全く視認できない状況であったことが確認されており，このことも，正に地下の水路を通って濁水が直接海岸・海中に湧き出していることを裏付けるものであるなどと主張している。しかし，これが本件許可処分後の確定評価書等外の事実である点はおくとしても，上記報告書中の「海岸湧水調査報告」は，誰のものかも明らかにされない形で主観的な観察結果が示されたものにすぎず（証人Ｐ２０も，何度か一緒にＰ１９委員会の調査を行った人物が調査した結果であると供述するにとどまる。），湧水等の濁度等も明らかでなく，その記載内容にどれほどの正確性があるものであるかについてさえにわかに確認することができないこと（なお，甲第９０及び第９１号証の写真も，誰が撮影したものであるかさえ不明であり，撮影地点，濁水の濁度等も明らかでない。），濁水の流入・浸出の経路等は確認されているわけではなく，他の可能性もあることに照らしても，この報告内容等から直ちに本件空港設置工事による赤土が地下水路を通って直接海中等に湧き出しているとの事実を認定することはできない。加えて，本件補正書が，後記(ケ)でも説示するとおりのモニタリング調査などの事後調査や環境監視等を行い，これに基づく対策を実施することを予定していることを考慮すれば，これらの点が本件補正書の予定する赤土等流出防止対策を不当とすべき事由になると認めることはできない。
(オ)原告らは，本件の事業実施区域は，大量の地下水が集中し，その結果，多くの地下川・地下洞窟が密集しているという特殊性がある上，その地下には，浸食に弱く，地下水流に浸食された洞窟ができやすい性質のα７と呼ばれる琉球石灰岩層が広がっているところ，このような場所に事業用地から生じた濁水を集中させ，自然の浸透より大量の濁水を流し込むという計画を立てる以上，地下水の流れの経路すなわち地下河川の状況を調査することは必須であるのに，本件補正書は，地下水の流れの調査すら行っていないなどと主張している。しかし，前記(イ)のとおり，本件補正書に示された赤土等流出防止対策の有効性は一応認められ，地下水への環境監視をし，浸透ゾーンに濁水の流入があり，環境影響の程度に著しい変化が認められるような場合は適切な赤土等流出防止対策を講じるなどの事後的対策も採られるというのであるから，原告らの主張するような調査がされていないために本件補正書の赤土等流出防止対策が不十分であるということはできない。また，同様の理由で，本件補正書が前記(1)オ(ケ)のとおり本件国交大臣意見１１に十分に対応していないこと（事業実施区域及びその周辺区域への降雨及び流入水の海域に浸出するに至る過程の入口の段階以降の把握をしていないこと）についても，そのために本件補正書の赤土等流出防止対策が不十分なものにとどまっているという関係があるとはいえない。これらの点から本件許可処分について処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用が帰結されると認めることはできないというべきである。
(カ)原告らは，本件補正書で浸透ゾーンの容量等を定める際の基礎となった浸透係数には誤りがあり，この誤りは，浸透ゾーンで確保する容量の誤りをもたらし，想定内の雨量でも濁水が浸透ゾーンからあふれ出るという結果を生じさせるものである，こうした浸透係数の誤りは，琉球石灰岩のわずか１０ｃｍ径の１サンプルのみだけの実験結果により，しかも，琉球石灰岩とともに浸透ゾーンの地盤を構成する名蔵れき層については実験を行わずに導き出されたことからも十分に予測可能であり，このように誤った浸透係数に基づき算定された容量の浸透ゾーンによる対策で赤土流出防止が図られていると判断したことには，明らかな裁量判断の誤りがあるなどと主張している。


しかし，本件補正書では，浸透ゾーンの容量等を算定する基礎となる浸透係数につき，実施に当たっては，工事着手前に現地において面的な浸透試験を実施し，本件補正書の検討結果を検証し，必要に応じて対策を講ずることとしていることは前記のとおりであり，その結果，本件補正書において示された浸透係数が見直されたとしても，そのことは本件補正書において想定済みのことであるということができ，これをもって本件補正書の浸透係数に誤りがあるということはできない。実施設計をする場合の基礎とする浸透係数につき，室内実験による結果に基づくよりも，実際に工事を行う現場の地質に基づいて導く方が合理的であるが，他方，このような場合に，環境影響評価の段階において，あらかじめ現場の表土を取り除いて（さらには，浸透ゾーンを設置する部分に至るまで切土をして）実験をすることまで求めることは現実的でない。本件補正書の記載によっても，この点に関する対応についての基本的な考え方・方針は十分に提示されているということができ，また，実施段階で更に検討することも明示されている。そして，工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施することとされていることに鑑みても，本件補正書のこうした対応方法は合理的なものであるというべきである。本件補正書において浸透係数，ひいては浸透ゾーンの容量等が最終的なものとして提示されていない点をもって，本件補正書の赤土等流出防止対策の検討が不十分であるということはできない（なお，原告らは，実施設計段階におけるサンプルによる実験結果は，実際の浸透面の１万７２３２分の１あるいは１６万２４２０分の１の面積によるものでしかないことを指摘して，その結果による浸透係数も信用に値するものでないなどと主張しているが，本件許可処分後の事情である点はおくとしても，そのことからにわかに当該実験方法が不当であると認めることはできず，他にこの実験結果によったのでは浸透ゾーンから濁水があふれ出すことを認めるに足りる証拠はない。）。
(キ)原告らは，本件補正書では浸透ゾーンないし調整池の設置規模を策定するに当たり，１日当たりの雨量を基に１０年確率規模の数値（日雨量２５９．４ｍｍ／日）を基準にしているが，このことは石垣島の地域的特性である局所的集中豪雨を過小評価するものであるなどと主張している。
しかし，本件補正書においては，浸透ゾーン等の規模を検討するに当たり，長期降雨強度による容量と短期降雨強度による容量をそれぞれ算定し，その比較により容量の上回る短期降雨強度により規模を定めており，この場合の短期降雨強度は短時間降雨資料により県河川課が作成した「石垣島における短時間確率降雨曲線」により算定したものであって，原告らが主張するような１０年確率規模の日降雨量のみによったものではない（６－１－１４～１７頁参照）。さらに，本件補正書においては，１０年確率規模による工事中の所要規模の検討のほかに，５０年確率規模による空港供用後の所要規模の検討も行い，結局，５０年確率規模の短期降雨強度に基づいた検討結果により浸透ゾーン等の規模を定めているのであって（６－１－１６・４９・５０頁参照），原告らの上記主張は前提を誤っているといわざるを得ない。そして，所要規模の検討においては安全率が考慮されていること，浸透ゾーンの容量を超える場合の対応として場内に仮設調整池を設けるとされていること（６－１－１６頁参照）も併せ考慮すれば，本件補正書の浸透ゾーン等の規模の検討が石垣島の地域的特性を過小評価する不当なものであると認めることはできない。
(ク)原告らは，本件補正書の記載は，凝集剤を使用した機械処理方式を採用するということ以上には何も述べていないに等しく，凝集剤の配合や，その凝集効果，環境負荷等について全く検討されていない，機械処理方式には作業ミスあるいは機械の作動不良等が生じる可能性があるのに，それらの場合の対応が何もないか，抽象的な記載があるのみで，必要なマニュアル等の検討も欠いているなどと主張している。しかし，本件補正書は，前記のとおり，工事中の赤土等流出防止対策につき「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づくことを基本としており，同指針（案）（乙３４）は，自然沈殿方式による排水基準を満足することができないおそれのある場合は，薬剤等を用いて強制的に沈殿させるものとし，使用する薬剤は無公害のものを用いるとともに，放流水はｐｈ調整を行うことなどとした上で，凝集剤による濁水処理フロー，凝集剤の種類と機能等についての技術指針を示している。また，本件補正書は，前記のとおり，機械処理方式の場合の凝集剤の種類等については，環境への負荷を考慮して選定するとし，具体的には，使用を計画する凝集剤は，生物への毒性実験等を参考に，無機凝集剤，有機高分子凝集剤のうち，実験等により本件事業実施区域の土質条件に適合し，環境への負荷が小さい種類，使用量などを総合的に検討して決定するとしているほか，工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施するとしている。以上によれば，凝集剤を使用した機械処理方式の技術は相当に確立されているものと認められるところ，本件補正書において，凝集剤の選定に当たっての方針等が提示されており，また，必要に応じて「Ｐ１６委員会」（仮称）から提言を受けることができることに鑑みても，凝集剤の配合等が具体的に示されていないことをもって直ちに，機械処理方式による赤土等流出防止対策が検討されていないに等しいとも，環境への配慮がされていないともいうことはできない。


また，前記のとおり，機械処理設備は，平常時においては，降雨が終わった後にα５川が平常流量に戻るまで稼働しないとされている（降雨時に稼働させるのは，降雨が連続し，南側仮設調整池の貯留能力を超えるおそれが生じた場合だけである。）。さらに，本件補正書は，南側仮設調整池及び機械処理施設の維持管理については，県土木建築部「赤土等流出防止対策技術指針（案）」に基づき計画することとし，詳細については各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切に行うものとすること，降雨前の集水施設の点検，降雨時の監視は浸透ゾーンの場合に準じて行い，加えて，プラント設備については，機械処理施設の稼働中は処理水のＳＳ濃度が目標値を満足しているか常時記録し，必要に応じて適切な措置を行うこと，処理に必要な薬剤などは常時確保し，台風等により電源の供給が不能となる事態を考慮して，動力は発電機を用い，緊急時に対応するよう十分に備えることを記載していることは前記のとおりである。さらに，「赤土等流出防止対策技術指針（案）」（乙３４）では，機械処理方式（凝集沈殿方式）の濁水処理フローシートにおいて，凝集沈殿地で処理された処理水につき排水基準を確認した上で，基準を満たさない処理水は再度調整池に戻され，再びプラント設備において処理されるものとすることが示されている。以上によれば，処理水が基準を満たさない場合や機械の作動不良の場合への対応を含め，機械処理設備の管理方法の大枠は本件補正書において示されており，その上で，詳細につき各現場条件に応じた管理マニュアル等を作成し，適切に行うこととされているのであって，一応の維持管理方法が検討され，その結果が記載されているということができ（したがって，本件補正書において，このことに関する本件国交大臣意見１３への対応もされているというべきである。），この関係から機械処理方式に赤土流出防止対策として欠陥があるとは認めることができない。
(ケ)原告らは，環境保全のための最後の安全装置として事後調査ないしは環境監視が必要であるのに，本件補正書は，判断の誤りや作業ミスはないとして，事後の調査ないし監視は不要と断じているなどと主張している。
しかし，本件補正書は，前記のとおり，赤土等流出防止対策の基本方針として，工事に当たっては，施工や環境の専門家から成る「Ｐ１６委員会」（仮称）を設置し，工事の状況について評価・提言を受けるとともに，提言を踏まえた対策案を検討し，実施すること，工事中においては，赤土等の流出防止対策が所要の機能を発揮していることを確認するためのモニタリング調査を実施すること，空港供用後には，これらの赤土等の流出防止対策による効果を適切に評価するため，「Ｐ１７委員会」（仮称）を設置し，逐次報告を行い，不測の問題が発生した場合には，Ｐ１７委員会において協議を行って必要な対処策を実施すること，浸透ゾーンや集水施設，機械処理設備等の降雨前の点検，降雨中の監視等を行い，浸透ゾーン等の濁水の濁度の監視，地下水のＳＳ濃度の調査等，機械処理施設稼働中における処理水のＳＳ濃度の常時記録化などを行うことを記載しているのであり，これらによれば，本件補正書が事後の調査ないし監視は不要と断じているわけでないことは明白であるから，原告らの上記主張は明らかに失当である。
(3)本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関する本件許可処
分の違法性について
ア次に，原告らは，本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類等の保全に関し種々の主張をしているので，これらについて検討する。本件補正書は，コウモリ類に係る環境影響評価の結果について次のように記載している（９－２９・３０頁）。
(ア)事業実施区域及びその周辺の洞窟でコウモリ類の生息が観察された。利用時期は洞窟や種によって異なり，通年にわたる利用も観察されたが，一時的若しくは稀な利用も観察された。利用形態は出産・ほ育や冬期の休眠場所，この他の時期の昼間の休息場所としての利用が観察された。事業実施区域周辺のＡないしＥ洞窟の利用状況及び集団遺伝学的分析の結果から，石垣島のカグラの個体群にとってＡ及びＤ洞窟は，冬期の休眠場所として島の南東部に存在するコロニーの中では非常に重要であることが示唆された。また，コキクガシラの個体群にとって，Ａ洞窟は島の南東部の個体群では中心的な出産・ほ育場所であることが示唆された。ユビナガはＡ洞窟を利用しているが，出産・ほ育場所や冬期の集団での休眠場所としての利用は確認されず，また，個体数の変動が大きかった。ＡないしＥ洞窟以外に確認された１１か所の洞窟等については，平成１７年５月及び６月の調査で，事業実施区域内の４洞窟ではコウモリ類が確認されなかった。事業実施区域及びその周辺においてコウモリ類の採餌活動が確認された場所は，コキクガシラ，カグラでは樹林の林内や林縁，ユビナガでは樹林の上空や林縁が多かった。採餌活動時間帯における環境別の利用状況をみても，コキクガシラとカグラは樹林地を多く利用している。事業実施区域内の樹林はＡ，Ｃ及びＤ洞窟に生息するコキクガシラやカグラが採餌場所として利用していることが確認され，特に両種の採餌場所として樹林の重要性が高いことが示唆された。
(イ)本件事業の工事実施による環境影響について，石垣島全体がコウモリ類の生息地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく，維持するためには事業実施区域周辺のみにとどまらず，石垣島全体で考慮していく視点が重要であることから，長期的な視野で，環境保全配慮として，①Ｂ，Ｃ及びＤ洞窟の保全対策，②人工洞の設置，③水みちとなるボックスカルバートの工夫，④α８ダムのトンネルをより有効に活用するための工夫を行う。なお，環境保全配慮の検討・実施に当たっては，専門家の指導・助言を得ながら，適切に講ずるものとする。
(ウ)以上によっても，造成等の施工による一時的な影響として，①ねぐらの消失，②ねぐら周辺における生息環境の変化に伴う生息状況の変化，③樹林の消失による生息状況の変化，④建設機械の稼働による生息状況の変化，⑤生態系の基盤環境，生態系の機能と構造の変化に伴う影響がある。


このうち，①ねぐらの消失について，消失するねぐらを利用するコウモリ類の個体への影響をみると，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を現在利用しているコウモリ類は，他事例において洞窟間における移動が確認されていること，これまでの調査の結果，標識調査で事業実施区域周辺の５洞窟間では移動事例が多く確認され，５洞窟とその他の石垣島の洞窟の間でも移動が確認されていること，集団遺伝学的分析のうち遺伝子交流集団の分析結果では，分析に用いた全てのコロニーは約９８％の確率で一つの個体群とみなすことができることから，Ａ及びＤ洞窟を含むその他の洞窟に移動できるものと考えられ，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を利用する個体が消失するおそれはないと予測される。他方，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の３か所のねぐらの消失によって，コウモリ類にとってねぐらの多様性が低下し，選択肢が減るという変化がある。Ｃ及びＥ洞窟の利用頻度が高いことと個体数割合の面から考えて，コキクガシラの個体群に生息状況に大きな変化があると予測される。一方，カグラの個体群にとって，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟は平均個体数や確認頻度，石垣島内の個体群の中での個体数割合という面からみて比較的重要性は低いと考えられる。このため，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟が利用できなくなることによる石垣島のカグラ個体群の生息状況の変化は小さいと予測される。また，ユビナガにとって，Ｃ洞窟が利用できなくなる点は，石垣島の個体群の中での個体数割合という面からみて比較的重要性は低いと考えられる。このため，Ｃ洞窟が利用できなくなることによる石垣島のユビナガ個体群の生息状況の変化は小さいと予測される。カグラ及びユビナガについて，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟を利用する個体数は少ないことから，これらの洞窟がなくなることによってＢ，Ｃ及びＥ洞窟以外のねぐらの個体数が激変することはなく，受入可能であると考えられる。コキクガシラについては，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟で通年あるいは冬期の休眠時期に観察された個体数は，移動先として考えられる洞窟において観察されている個体数の変動幅の範囲内であることから，移動先のねぐら及び餌場の環境収容力の範囲内であると考えられ，移動先のねぐらの個体数が増加しても長期的な影響は少ないと考えられる。②ねぐら周辺における生息環境の変化に伴う生息状況の変化について，ねぐらとして利用できる洞窟は，Ａ及びＤ洞窟である。周辺の土地利用及び植生の変化に伴う洞窟内の環境変化の一つとして，一般的に地下水量の減少に伴う洞内の乾燥化が懸念されるが，Ａ及びＤ洞窟は事業実施区域外の上流側に位置していること，Ａ及びＤ洞窟の洞口周辺の樹林は伐採しないことから，Ａ及びＤ洞窟内の地下水は変化しないと考えられ，洞内の乾燥化は生じないものと予測される。また，Ａ及びＤ洞窟の洞口付近は改変されないことから，洞窟へのコウモリ類の出入りについては支障は起きないものと予測される。
③樹林の消失による生息状況の変化について，土地の改変により，事業実施区域の樹林が約３０ｈａ消失し，採餌活動を行う場が消失することとなる。また，樹林の消失によって，洞窟から北東の餌場（海岸林）へ移動するルートである北東ルート及びＡ洞窟から南の餌場（海岸林）へ移動するルートである南ルートが分断される。さらに，その途中にあるコウモリ類の採餌場所が減少し，コウモリ類のうち特に樹林環境を移動経路として利用するコキクガシラ及びカグラについて，Ａ洞窟やＤ洞窟をねぐらとする個体の生息環境が変化すると予測される。コウモリ類にとっての主要な餌場であるα１０山方面の樹林やその餌場へ移動するルートは改変されない。
④建設機械の稼働による生息状況の変化について，騒音・振動の調査結果，作業場所直下の地表から約３ｍの深さの洞奥部では，発生源から約７ｍの距離で騒音は最大約８７．６ｄｂ（Ａ），振動は最大６０．５ｄｂであった。このとき，洞窟内のカグラについては一斉に飛び立つというような顕著な反応は観察されなかった。また，建設機械稼働日と非稼働日についてカグラの行動を観察し検定にかけた結果，建設作業騒音及び振動によってカグラの行動が活発になるという結果は得られなかった。このことから建設機械による作業騒音・振動は，この調査では特にカグラの行動に顕著な影響を与えていないと判断された。しかしながら，騒音・振動の発生時に可聴音が聞こえることがあったことから，警戒音が含まれている可能性が考えられた。また，出洞個体数は，建設機械稼働日と翌日で大きな変化はみられなかったものの，建設機械稼働日の出洞開始時間は翌日に比べて約３０分遅かった。騒音・振動に長時間さらされたときの影響を考慮すると，Ａ洞窟では，出産・ほ育の時期にＡ洞窟の最奥部直上付近において建設作業を実施すると，コキクガシラの出産・ほ育に利用されないおそれがあると予測される。また，Ｄ洞窟では，出産・ほ育の時期や冬期の休眠の時期にＤ洞窟付近で建設作業を行うと，カグラの出産・ほ育や冬期の休眠に利用されないおそれがあると予測される。
⑤生態系の基盤環境，生態系の機能と構造の変化に伴う影響の程度について，生態系の基盤環境の変化の予測結果によると，コウモリ類がねぐらとして利用している５か所の洞窟のうち３か所の洞窟が消失し，採餌場所の一部としての二次林環境がある「段丘－樹林地（亜高木林）」の改変の程度は中程度である。コウモリ類に利用されている３か所のねぐら（Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟）が失われ，採餌場所の一部としての二次林が失われ，主要な餌場までの移動経路の一部の二次林が分断されることになるものと予測される。しかし，ねぐら及び出産，ほ育の場として利用されている２か所の重要な洞窟（Ａ及びＤ洞窟）は残存し，失われる３か所の洞窟を利用するコウモリ類は，これらの残存する２洞窟を含む事業実施区域周辺の他の洞窟に移動できるものと予測されている。一方，主要な採餌場としての「段丘－樹林地」，「砂丘－海岸林」の改変はほとんどないが，採餌場所の一部としての二次林が失われ，また，主要な採餌場への移動経路の一部の二次林が分断されることにより，特殊性を指標するコウモリ類の餌環境が変化することが予測される。


(エ)以上に対し，①    Ａ及びＤ洞窟周辺の土地を取得し，Ａ及びＤ洞窟周辺の環境が改変されないよう維持すること，②Ａ及びＤ洞窟周辺の餌場への移動経路の樹林を補完し，ねぐらと餌場とを連絡することによりねぐらの向上を図ること，③事業によって事業実施区域北東部の樹林，事業実施区域南西部のゴルフ場内の樹林といった餌場が減少することによる影響を低減するため，採餌場所となり得る緑地を早期に創出すること，④事業によって分断されるねぐらから採餌場所に至る移動経路が分断される影響を低減するため，「事業によって減少する採餌場所の創出」に併せて，事業実施区域の北東側の樹林に至る移動経路を早期に創出すること，⑤出産・ほ育及び冬期の休眠時期の工事中の騒音・振動の影響を低減すること（Ａ洞窟の最奥部は着陸帯端部の直下に当たり，出産・ほ育の時期にコキクガシラの幼獣のコロニーが観察されている。出産・ほ育の時期以外の多くの時期にはコウモリ類は着陸帯端部から直線距離で１００ｍ以上離れた場所を利用していた。また，Ｄ洞窟は浸透ゾーンⅡから最短で約４０ｍの距離であることから，建設機械の同時期稼働台数の調整や専門家の意見を踏まえて工事を実施する。）を，環境保全措置として行う。(オ)また，個体群の存続について環境保全措置の効果に係る知見が不十分であることから，①餌昆虫等調査，②生息状況及び利用状況，並びに建設機械の稼働及び航空機の離発着に伴う騒音・振動レベル，③洞内環境（温度，湿度），④移動状況の事後調査を行うとともに，工事の実施及び施設の供用後に，生息状況及び利用状況の環境監視を行う。(カ)なお，本件補正書には，本件空港の存在又は供用による環境影響に対する環境保全配慮としても前記(イ)の措置を採ること，本件空港の存在又は供用による環境影響評価の結果として，航空機の運航に伴う騒音・振動による生息状況の変化について，航空機騒音の周波数分析では，中心周波数１Ｈｚないし１００ｋＨｚの範囲について調査を行った結果，コウモリ類がエコロケーション（反響定位。鼻や口から出した超音波の反響をとらえることによって周囲の状況を把握すること）に使用する超音波の周波数帯が含まれる中心周波数２０ｋＨｚ以上の範囲では音圧レベルは約４１ないし５９ｄＢで推移する傾向にあったこと，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの飛行経路直下にあるコキクガシラの生息が確認されている洞窟において航空機の着陸及び離陸時の騒音・振動の調査を行ったところ，着陸及び離陸時に通過したときの騒音は洞口で９５．９ないし９８．４ｄＢ（Ａ）であり，洞内では洞口から奥に進むに連れて騒音の値は小さくなり，縦穴を下りた中間地点及び最奥部では暗騒音と変わらなかったこと，他方，振動は，洞口では同機種の離陸時及び着陸時に３３．５ないし３５．７ｄＢであり，洞内の最奥部では暗振動と変わらなかったこと，コキクガシラが出産・ほ育場所として利用するＡ洞窟やカグラが出産・ほ育場所及び冬期の休眠場所として利用するＤ洞窟では，航空機の離発着に伴う騒音や振動は伝搬しないことから，航空機の離発着に伴う騒音・振動に起因してＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況が変化することはないと予測されることなどが記載されている。イ以上のような本件補正書に対して，原告らは，次のように種々の主張をしているが，以下に説示するとおり，いずれも採用することができない。(ア)原告らは，本件補正書の洞窟保全策は，物理的な空間（空洞）を空港の地下に残すことにはなるが，温度や湿度，そして，空気の流れなど洞内の微気象は激変することが予測され，また，そうして保全された洞窟のコウモリ類による利用は，工事中の建設機械の稼動や供用後の航空機の離発着に伴う騒音・振動等により困難であるから，絶滅危惧種コウモリ類の保護には何の役にも立たない，コウモリ類は，環境変動や人為的なアクシデント等によってねぐらを変えていると予想され，利用している洞窟が複数存在することでかろうじて現在の個体数が維持されているといわれているから，相互利用できる洞窟が減ってしまえば，選択幅が減少し，環境収容力は低下してしまって，それらを利用する地域個体群は減少することが予測され，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟の消失により，コウモリ類の生存にとってかけがえのないα７地域洞窟群の一体性は完全に損なわれ，その影響は決して小さいとはいえないなどと主張している。
しかし，本件補正書７－６８頁及び１３－５頁の記載によれば，原告らが指摘する本件補正書の洞窟保全策は，本件国交大臣意見２への対応として，前記アの記載では消失するとしているＢ，Ｃ及びＥ洞窟についてもできる限りコウモリ類が継続してそれらを利用できるよう，専門家の指導・助言を受けて検討した結果であると認められる。そして，その洞窟保全策により，Ｂ洞窟の洞口は閉鎖され，新たに洞口が設けられ，Ｃ洞窟の洞口側約半分は覆土され，洞奥側にトンネルが設けられた上で，新たに洞口が創出されるなどの変更が加えられることになるものの，新たな洞口は採餌場所や移動経路とのつながりに配慮して設けられるのであり，実施に向けては，更に専門家の指導・助言を得た上で具体的な形状等を決定するとされていること（７－６８～７０頁参照）に照らしても，他に特段の事情も認められない以上，この洞窟保全策が単に物理的な空間（空洞）を空港の地下に残すことになるだけのもので，およそコウモリ類の継続利用にはつながらないものであるとは認めることができない。
また，保全された洞窟は，工事中の建設機械の稼動や供用後の航空機の離発着に伴う騒音・振動等によりコウモリ類により利用されることはないとの点については，本件補正書等を精査してもこれを認めるに足りる根拠は見当たらない（６－１２－２６０頁以下の建設機械の稼働による生息状況の変化についての記載及び６－１２－３０８頁以下の航空機の運航に伴う騒音・振動による生息状況の変化についての記載はもとより，外部者からの意見によっても，このことは認められない。）。


さらに，本件補正書６－１２－１５７，１６３ないし１６７，２４４及び２５１ないし２５３頁の記載によれば，コウモリ類がねぐらを変えていることが認められ，また，利用できる洞窟が減ればねぐらの選択幅が減少するものと考えられるが，このことが直ちに個体数の減少につながるとまでいえる根拠は本件補正書等に見当たらない。一方，例えば，Ａ洞窟についていえば，コキクガシラが最大約２２００個体，カグラが最大約２３０個体，ユビナガが最大１０００個体通年利用していることなどや，集団遺伝学的分析の結果から，石垣島のカグラの個体群にとってＡ洞窟やＤ洞窟は，冬期の休眠場所として島の南東部に存在するコロニーの中では非常に重要であることが示唆されており，また，コキクガシラの個体群にとって，Ａ洞窟は島の南東部の個体群では中心的な出産・ほ育場所であることが示唆されているとされ，特にコキクガシラとカグラについては，ＡないしＥ洞窟のうちの特定の洞窟から他の洞窟に移動することが，これらのうちのどれかの洞窟からこれら以外の他の洞窟に移動するよりも多いことが認められる（本件補正書６－１２－１５６・１７２・１７３・２５２・２５３頁）。しかし，他方において，コウモリ類は，本件事業予定地から相当距離のある洞窟にも移動していることが認められ（同６－１２－１６３～５頁），また，その移動の状況は，ＡないしＥ洞窟相互間のものとこれらの洞窟からそれ以外の洞窟へのものとの間で，格段の違いがあるとまではみえず，他にコウモリ類が本件事業予定地及びその周辺のみで完結的に生息していることを認めるに足りる根拠は見当たらない。さらに，本件事業予定地及びその周辺にある洞窟の一つでも欠ければコウモリ類が直ちに絶滅あるいは激減するといった関係にあることを認めるに足りる根拠も本件補正書等には見当たらないのであって，原告らが主張するα７地域洞窟群の一体性が，このような完結的，一体的な関係にあることを意味するものであるならば，そのような一体性を認めることはできないというべきである。この点に関連して，本件補正書では，石垣島全体がコウモリ類の生息地であり，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく，維持するためには事業実施区域周辺のみにとどまらず，石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとしていることに対し，原告らは，これは，本件補正書の環境保全措置で足りると強弁するため，コウモリ類は石垣島で単一の地域個体群を成しているから石垣島の一部（α９地域）からコウモリが消失しても地域個体群が絶滅したことにはならないと言おうとしているものであるなどと主張している。しかし，本件補正書は，コキクガシラにつき石垣島全体で一つの個体群を形成していると考えられるとしつつも，更に二つの個体群に分けた場合，Ａ洞窟はより大きなグループに入り個体群間の移動が頻繁に行われたと考えられたとし，また，カグラについても，島全体で一つの個体群を形成していると考えられるとしつつも，更に三つの個体群に分けるとＤ洞窟は南東部のコロニーに含まれたとしているのであって（６－１２－１５６頁），コウモリ類が石垣島で単一の地域個体群を成していると断定しているわけではない。また，本件事業予定地及びその周辺に生息するコウモリ類が本件事業予定地から相当距離のある洞窟にも移動していることが認められ，その移動先には，出産・ほ育に利用された洞窟や冬期に１００個体以上の集団で利用された洞窟も存在すること（本件補正書６－１２－１６３～１６５頁参照。ただし，ユビナガの出産・ほ育に利用された洞窟は除く。）に照らし，本件事業予定地及びその周辺に生息するコウモリ類のねぐらの選択肢が本件事業予定地及びその周辺に存在する洞窟に限られるという理由はなく，このことはコウモリ類が石垣島全体で一つの個体群を形成しているかどうかにかかわらない。そして，移動先のねぐら及び餌場の条件が移動してきた個体数を受け入れることができるとされていること（同６－１２－２５１・２５２頁），本件事業予定地及びその周辺にある洞窟の一つでも欠ければコウモリ類が直ちに絶滅あるいは激減するといった関係にあるという意味でのα７地域洞窟群の一体性が認められないことを併せ考慮すれば，本件補正書が，コウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく維持するためには，事業実施区域周辺のみにとどまらず石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとしている点には一応の合理性が認められるというべきである（よって，原告らの上記主張は失当である。なお，原告らは，「地域個体群」と明確に枠決めがされるかどうかにかかわらず，地域的な遺伝的変異が喪失すると，その総和としての地域個体群，さらに，その総和としての種の絶滅確率が加速度的に高まってしまうなどというが，α７地域洞窟群のコウモリ類の地域的な遺伝的変異が喪失することを認めるに足りる根拠は見当たらない。）。
(イ)原告らは，人工洞の設置について，作った直後の人工洞にはコウモリ類は入らないから，生息場所を奪った後の保全対策にはならないなどと主張している。
しかし，作った直後の人工洞にはコウモリ類が入らないとしても，また，コウモリ類に利用されやすい代替施設を創設する技術はまだ確立されておらず，コウモリ類をそこに誘導する技術も同様であるとしても，他方において，人工洞をコウモリ類が利用している事例が相当程度あることが認められること（本件補正書６－１２－１５７・１７８頁参照）に照らせば，相応の条件が整えばコウモリ類が利用することが期待できるというべきであって，これが前記のように専門家の指導・助言を得ながら講じられるものであることを併せ考慮すれば，ねぐらの選択肢を増やすための保全対策としての有効性を否定することはできないというべきである（なお，原告らは，平成２１年度には人工洞に入洞しているコウモリがほとんどいない状態であったというが，確定評価書等外の事実である点をおくとしても，人工洞の設置が長期的な視野での環境保全配慮であって，本件空港の存在又は供用による環境影響に対するものでもあることに照らして，以上に説示したところは左右されない。）。


(ウ)原告らは，わずか１日だけ建設機械各１台だけを使って実際とかけ離れた条件の下で比較的鈍感とされるカグラだけが生息する洞窟において行われた調査のデータに基づき考えられた出産・ほ育及び冬期の休眠時期の工事中の騒音・振動の影響の低減の措置（前記ア(エ)⑤）が適切かつ有効なものでないことは明らかであるなどと主張している。しかし，実際の場合と全く同様の条件を設定して調査をすることは実際上不可能であり，また，そのような調査をしない限り適切かつ有効な措置を導くことができないとは考え難い。しかも，本件補正書は，上記の措置に加え，Ａ及びＤ洞窟を対象として，工事の実施により建設機械の稼働による騒音・振動レベルが最大となる３年次ないし５年次の出産・ほ育時期及び冬期の冬眠時期にＡ及びＤ洞窟の洞口及び洞内において騒音・振動レベルを測定する事後調査を行い，その結果環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，洞窟付近での作業を一旦休止し，専門家の指導・助言を得た上で適切な措置を講じることとしていることは前記(1)オ(カ)のとおりである。これらによれば，原告らの主張を踏まえても，本件補正書の採用した工事中の騒音・振動に対する措置の有効性を否定することはできないというべきである。
なお，原告らは，Ｐ１９委員会の報告書（甲４）に基づき上記のような主張をしているが，これは確定評価書等外の事実であり処分行政庁がこの点を考慮していないとしても裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結することはないといわざるを得ない。また，原告らは，Ｐ２１意見書（甲１２２の資料６）や証人Ｐ２１の供述に基づき，平成１６年１月から平成２１年１月にかけてコウモリ類の個体数は減少傾向を示している状態になっているというが，このことが確定評価書等外の事実であり，かつ，本件許可処分後の事情であることはおくとしても，上記資料に示された平成２０年１月における県の調査結果とＰ１８のそれとの間に大幅な違いがあることに照らしても二つの調査結果を同列に扱って傾向をみることに妥当性があるのか疑問があること，他方，証人Ｐ２２は，コウモリ類の生息状況について有意な減少は認められていないと供述しており，平成１８年度から平成２０年度までのＰ１６調査業務委託（その４）報告書（乙４４～４５）にその裏付けがあると認められることなどに鑑みれば，コウモリ類の個体数が減少傾向であるとにわかに認めることはできない。
(エ)原告らは，現空港近くのコキクガシラの生息する洞窟で行われた騒音・振動測定結果に基づき，航空機の離発着に伴う騒音・振動が残存するＡ及びＤ洞窟を利用するコウモリ類の生息状況を変化させることはないとした本件補正書の結論は，その調査，予測及び評価の手法そのものに重大な瑕疵があり，到底適切なものではないなどと主張している。
しかし，本件補正書６－１２－３０８ないし３１２頁によれば，当該騒音・振動測定は，現空港の滑走路北側端から約２５０ｍの飛行経路直下にある洞窟の洞口や洞内において，航空機の離着陸時の騒音・振動を調査した結果に基づき，航空機の離着陸時のＡ及びＤ洞窟における騒音・振動の状況を予測した結果（６－１２－３０８頁）に基づくものであり，相応に合理的な内容であると認められる（原告らは，本件補正書が光が届かないから音も伝播しないという不合理な前提で予測しているというが，本件補正書は，現空港近くの洞窟での調査において，洞内の屈曲により洞口が見通せない位置ではほぼ暗騒音に近い状態となったという結果に基づき，Ａ及びＤ洞窟においても，洞内の屈曲により洞口からの光が届かず当然洞口を見通すこともできない位置で同様の状態になるものと予測したものであることが明らかであって，原告らが主張するような前提に立つものとは認められない。また，原告らは，現空港近くの当該洞窟はＡ洞窟やＤ洞窟とは全く異なり，洞口から急に落ち込む音の入り込みにくい構造をしているなどというが，６－１２－３１０頁の記載に照らしても，これがＡ及びＤ洞窟についての予測をする前提とはできないほど全く異なる形状であるとは認められない。さらに，原告らは，繁殖集団への影響について何も検証されていないというが，本件補正書は，コウモリ類がねぐらとして実際に使用している洞窟内の場所は航空機の離発着の際にも暗騒音・暗振動の状態にあることを予測し，その点から生息状況に影響がないとしているのであり，このことは当該場所を使用するのが繁殖集団であるかどうかにかかわらないというべきである。）。そして，コウモリ類が洞内で生息するだけではなく出洞することを考慮に入れても，現空港近くの当該洞窟をコウモリ類が利用している実態があることに照らせば（６－１２－３０８頁参照），航空機の離発着に伴う騒音・振動を原因として，現にねぐらとしており，洞窟内のねぐらとして使用する場所では暗騒音・暗振動の状態がある洞窟の利用をコウモリ類が放棄することはないものとの予測が一応でき，少なくとも，航空機の離発着の際の騒音・振動から，コウモリ類がＡ及びＤ洞窟の利用を放棄する蓋然性が高いということはできない。そして，本件補正書は，事後調査として，Ａ及びＤ洞窟の洞口及び洞内において航空機の離発着に伴う騒音・振動レベルの測定を行い，その結果環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，専門家の指導・助言を得た上で，遮音壁の設置や植林を行う等の適切な措置を講じることとしていること（８－９・１１頁）を加味すれば，本件補正書は，航空機の離発着に伴う騒音・振動によるコウモリ類に対する影響に関して，相応に適切な対応を採ることとしているということができる（なお，８－１４頁は，Ａ及びＤ洞窟につき事後調査（著しい変化が認められた場合の対応を含む。）として行うのと同様の措置を，Ｂ，Ｃ及びＥ洞窟について環境監視として行うこととしている。）。
(オ)原告らは，本件補正書が採用する採餌場所となる緑地と移動経路の創出のための樹木を植栽する環境保全措置は，創出される移動経路が１ルートのみで，また，創出される樹林面積は消失するそれの３分の１にも満たないから，餌量不足が生じ，個体群の維持に重大な影響が生じるおそれがあるなどと主張している。


確かに，本件事業の実施に伴う土地の改変により，事業実施区域の樹林が約３０ｈａ消失するのに対し（本件補正書６－１２－２５９頁参照），緑地の創出範囲は消失面積に対応するほどの広さはなく（同７－６４頁参照），また，本件事業予定地の東側にある海岸林への移動経路が２ルートあったものが１ルートになるものと認められる（同６－１２－１９０頁，７－６４頁参照）。しかし，本件事業の実施によってＡ及びＤ洞窟の洞口から北西方面のα１１山，α１０山方向の樹林が消失することはないものと認められるから（同６－１２－２４２頁），上記の緑地の創出の環境保全措置のうち，Ａ及びＤ洞窟の洞口からα１１山，α１０山方向の樹林とを結ぶ国道周辺の樹林を連続させるものは，純粋に樹林を増加させるものであって，本件補正書６－１２－１８２・１９２頁及び７－６４頁の図をみても主要な採餌場所の一つであることが明らかなα１１山，α１０山方向に至る移動経路は一部に狭あいな部分があった従来と比較して明らかに充実し，コウモリ類が移動しやすいものとなり，また，それ自体がＡ及びＤ洞窟により近い場所に採餌場所を提供するものとなることが期待できる（同６－１２－２４２頁，７－６４頁参照）。そして，創出される緑地に植栽される樹木は，コウモリ類の餌となる昆虫類の生息が見込める樹種とされ，緑地創出範囲及びその周辺につき餌昆虫等調査の事後調査をして環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合には，Ｐ５６委員会（仮称）の指導・助言を受けて，環境影響の回避・低減措置の強化や改善を図るとされていること（同６－１２－３１８・３１９頁，７－６３頁，８－１０・１１頁）に鑑みれば，面積比で考えた場合，消失する樹林以上の餌昆虫が供給されることも期待できる。さらに，北西方面のα１１山，α１０山の更に先には，採餌環境としては石垣島内では比較的条件のよいα１２岳やα１３岳を中心とした樹林が広がっており（同６－１２－１６５・２５１頁参照），実際にもα１２岳樹林が採餌場所として利用されていること（同６－１２－１８２頁のグラフ参照）に照らして，本件事業予定地周辺に生息するコウモリ類に餌量不足が生じ，その個体群の維持に重大な影響が生ずるとは考え難いというべきである。加えて，本件補正書では，事後調査又は環境監視として，上記の餌昆虫等調査に加え，ＡないしＥ洞窟におけるコウモリ類の生息状況及び利用状況の調査を行い，その結果は事後調査結果などの検討・検証のために設置するＰ５６委員会（仮称）に報告し，指導・助言を受け，また，環境影響の程度が著しいことが明らかになった場合，環境影響の回避・低減措置の強化や改善を図るなどとされていること（８－９～１４頁参照）に鑑みれば，本件補正書のコウモリ類の餌量確保に関する措置は相応に適切なものであるというべきである。
(カ)原告らは，Ａ洞窟はユビナガの出産・ほ育場所でもあり，県は，その可能性を示す調査結果を把握していながら，その事実を黙殺し，意図的に事実を隠ぺいしようとした疑いもあるなどと主張している。確かに，平成１４年度新石垣空港コウモリ類調査業務（その２）報告書（甲３）には，原告らも指摘するとおりユビナガの幼獣が捕獲された旨の記載はあるが（甲３の７－９，１０頁），その捕獲はＡ洞窟洞口であって洞内ではなく，別の機会に入洞して確認調査をした際には幼獣は観察できなかったことから，幼獣が他の洞窟から移動してきた可能性を排除できないこと（甲３の７－１３頁参照）や，原告らも主張するとおりＡ洞窟内にユビナガの出産・ほ育コロニーが確認できていないことから，本件補正書では，Ａ洞窟について出産・ほ育場所としての利用は確認されなかった（６－１２－１７２頁）としたものと考えられ，こうしたことをもって，事実を黙殺したとか，意図的に事実を隠ぺいしたとかいうことはできない。
また，前記のとおり，Ａ洞窟は本件事業が実施された場合でも引き続き利用できるのであり，また，これまでに説示したところに照らして本件補正書のコウモリ類に関する保全策の有効性は否定できないということができ，このことはＡ洞窟がユビナガの出産・ほ育場所であったとしても左右されないというべきである。
原告らの上記主張は，結論において失当といわざるを得ない。(キ)原告らは，予備的工事着手後，Ａ及びＤ洞窟自体並びに事業実施区域周辺（全体）のコウモリ類の生息数が激減し，事業実施区域周辺（全体）の個体数も減少してきており，このことは，本件補正書に重大な瑕疵があり，コウモリ類の保全に適切な配慮がされていないことを証明しているなどとして，種々の主張をしている。
しかし，これらの主張はいずれも，確定評価書等外の事実によるものである。また，この点をおくとしても，本件補正書がコウモリ類の個体数を将来とも衰退させることなく維持するためには，事業実施区域周辺のみにとどまらず石垣島全体で考慮していく視点が重要であるとしている点に一応の合理性が認められること，原告らの提示する証拠（甲１２２の資料６，証人Ｐ２１）によってコウモリ類の個体数が減少傾向であると認めることができないこと（なお，そもそもこれらの証拠は石垣島全体についてのものではない。）は既に説示したとおりであり，他に石垣島のコウモリ類が減少していることを認めるに足りる証拠は見当たらないことに鑑みれば，原告らの上記主張は失当であるといわざるを得ない（原告らが個々の洞窟のコウモリ類の生息数等につき種々論じているところは，これを前提としても，石垣島全体の状況が明らかとはならないから，以上の判断を左右しない。）。(ク)原告らは，県の調査方法に問題があったため，不適切な調査しかされずＡ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞であることを確認できないまま環境影響評価が行われた，Ｐ１９委員会の平成１９年６月の調査等によりこのことが確認されたものの，いまだＡ洞窟内にあるはずのユビナガの出産・ほ育コロニーの場所は確認されていないが，このままでは，本件補正書に保全措置として記載されているコウモリ類の出産・ほ育期及び冬季の休眠期における大型ブレーカの稼動制限区域が確定できず，工事による洞窟破壊の危惧も払しょくできないなどと主張している。


しかし，ほ乳動物学の専門家を含むＰ２３委員会の指導・助言を得て作成された本件方法書に，目撃法による現地調査を行い，夜間踏査中は，飛翔するコウモリを確認するためにバットディテクターを携帯することなどが示され（４－２３・２４頁，４－４５頁），本件準備書には，調査の手法として，洞窟探査を実施し，コウモリ類の生息及び洞窟の利用状況を個体数と観察内容から把握することが示され，洞窟内で懸下しているコウモリ類に赤色光スポットライトを照射し，目視あるいは双眼鏡使用により生息頭数の実数を数える方法を採った旨が示されていること（５－６７頁，６－１２－５頁）に加え，本件方法書及び本件準備書に対する外部者からの意見において原告らが主張するようなコウモリ類の調査方法を採るべき旨あるいは本件方法書等で示された調査方法は不適切である旨を述べたものは見当たらないことに照らし，その調査方法が不適切であったと認めることはできない（なお，原告らは，Ｐ２４委員会において，周年の調査を主張する委員などがいたにもかかわらず，論議はうやむやなものとなって，県の主導により，あえて不適切，不十分な調査が行われた，同委員会は県の早期事業推進の圧力に抗し得ない状況にあったなどと主張しているが，原告らの提示する証拠（甲５２，５３）を検討しても，同委員会自身が周年の調査を行う必要がないと判断してそのような調査まではしないこととしたことが明らかであって，県によって同委員会の議論がゆがめられたといった経緯があることは認められず，その他原告らが主張するところは明確な根拠もなく主観的な疑念を述べるものにすぎない。さらに，同委員会にはコウモリ研究や保護の専門家が２人いるということに照らしても，同委員会が早期事業推進の圧力に抗することができず，不当な指導・助言をしたと認めることは到底できない。）。
また，原告らが確定評価書等外の事実であるＰ１９委員会の平成１９年６月の調査等に基づき論じている点は，処分行政庁の裁量権の範囲の逸脱又は濫用を帰結しない。この点をおくとしても，証人Ｐ２２は，例えば妊娠している雌がいたとしても出産をする際には他の洞窟に行く可能性があり，そうした例があることなどを示した上で，出産・ほ育洞であると認めるためには当該洞窟内で幼獣が確認できる必要がある旨供述しており，この供述内容そのものに不合理な点は認められない。他方，Ｐ２１意見書（甲１２２）には，Ａ洞窟からユビナガの授乳中の雌が出洞したことを確認したことやＣ洞窟洞口でＡ洞窟から移動したと思われる妊娠しているユビナガの雌を捕獲したことのほか，ユビナガの生態観察結果からすると出産に際して多くの個体が集まり出産雌のそばでコロニーを形成して出産するという習性があるところ，平成１８年６月の出産期にＡ洞窟から１０００頭を超えるユビナガが出洞するのを確認したことから，Ａ洞窟はユビナガの出産・ほ育洞窟であると推認される旨記載があり，証人Ｐ２１も同旨の供述をしている。しかし，同証人は，ユビナガの上記の習性について記載した論文を挙げることができず（同証人が多くのコウモリが集まってコロニーを形成していればその洞窟は出産・ほ育洞であることについて記載のある論文として挙げたものは，自らが意見書（甲１２２）でユビナガと別種で，生態も異なっているとする本州のユビナガコウモリに関する論文である。），また，石垣島のユビナガの習性については誰も研究していないと供述していることに照らし，Ｐ２１意見書（甲１２２）や証人Ｐ２１供述を根拠に証人Ｐ２２の上記供述を排斥することは困難である（なお，「Ａ洞におけるリュウキュウユビナガコウモリの授乳雌についてのアンケート結果の報告」と題する書面（甲１３４）には，コウモリの調査研究を行っている者１０名から授乳雌が出洞した洞窟を出産・ほ育洞窟と判断することが妥当であるとのアンケート回答が寄せられたなどとの記載がある。しかし，事柄の性質に鑑みれば多数者の判断が必ずしも妥当であるといえる問題ではそもそもない上，それらの回答者の回答内容をみても，明確な理由を示していない者がいたり，また，Ｐ１９委員会の調査結果（甲４６）により示された事実以外の事実を前提として回答している者が複数認められたりする（例えば，捕食のために出洞したとの事実は認められていないのにこれを前提として回答した者がいたり，授乳痕跡までは認められていないのにこれが認められたとの事実を前提に回答した者がいたりしている。）ことに照らしても，このようなアンケート結果から証人Ｐ２２の前記供述を弾劾することはできないというべきである。また，Ｐ２１意見書（甲２１２）は，特に新事実を付加する内容ではなく，以上に説示したところを左右するものではない。）。そして，Ｐ１９委員会の調査によってもＡ洞窟内でユビナガの出産・ほ育コロニーは発見されていないというのであるから，そのような状況の下で，Ａ洞窟がユビナガの出産・ほ育洞窟であるとはにわかに認められないといわざるを得ず，そうすると，原告らの前記主張は前提を欠いている。(ケ)原告らは，県が温度，湿度の記録を除き洞窟内の空気の流れなどの洞内環境調査をしなかったことに問題があり，そのため，Ａ洞窟に存在する未知の洞口の存在を発見できず，その結果，本件補正書ではＡ洞窟の最奥部を出産・ほ育場所としているコキクガシラについて十分な配慮がされていないとの趣旨の主張をしている。
しかし，ほ乳動物学の専門家を含むＰ２３委員会の指導・助言を得て作成された本件準備書に，洞窟内の環境の調査として，なぜコウモリ類がその洞窟を利用するかを知る一助として温度変化，湿度変化などを一年を通して把握する旨が記載されていること（５－６７頁），Ｐ２３委員会の指導・助言を受けて環境影響評価の手続が進められたこと（本件補正書４－２４頁），本件準備書には，洞窟内のコウモリ類がコロニーを形成していた場所に環境測定器を設置し，温度を測定するとともに，入洞時に湿度を測定した旨が記載されたものの（６－１２－６頁），それ以外の洞内環境調査についての記載はないところ，本件準備書に対する外部者からの意見において原告らが主張するような洞内環境調査を実施すべきである旨を述べたものは見当たらないことに照らし，そのような洞内環境調査を実施しなかったことが不適切であったと認めることはできない。


また，未知の洞口（Ｄ１洞窟付近の亀裂洞口）の発見など，原告らがＰ１９委員会の調査結果等として論じているところは，確定評価書等外の事実によるものであるが，この点をおくとしても，Ｐ１９委員会が発見したという未知の洞口がＡ洞窟とつながっていることを客観的に裏付ける証拠は見当たらない（Ｐ１９委員会の報告書（甲４，４６及び６３）を精査しても，そうした裏付けは示されていない。）。そうすると，結局上記Ｄ１洞窟付近の亀裂洞口がＡ洞窟の洞口であると認めることはできないから，原告らの前記主張は前提を欠いているといわざるを得ない。
(コ)原告らは，Ａ１洞窟について，県が目視調査をしただけで，洞口でのバットディテクターによるカウント調査をしないという極めて不適切な調査方法を採ったため，ほぼ周年を通じて少数ではあるがコキクガシラがねぐら場所として利用していることを把握できず，誤ってコウモリ類の利用は困難であると結論付けたなどと主張している。しかし，これまでに説示したところに加え，Ａ１洞窟は事業実施区域内にあってその洞口は盛土により覆われることとなるが，洞口から飛行場外まで水みち確保のため結ばれるボックスカルバートについてコウモリ類がＡ１洞窟への新たな出入り口として利用できるよう配慮されること（本件補正書６－１２－１７７～１８１頁，７－７０・７１頁），こうした洞窟保全策はＰ２４委員会で検討を行い，基本的な理解が得られていること（同７－６８頁）に鑑みれば，上記主張をもってしても，本件補正書は相応の配慮をしているものというべきである。(サ)原告らは，平成１９年８月２３日に至って，水流があり洞窟延長は３００ｍ（歩行可能範囲は１１０ｍ，狭さく部分は１９０ｍ，うち事業地内９５ｍ）で，洞内には６ないし７ｍのホールもあり，Ｃ洞窟とつながっていると考えられているという大規模な洞窟が見付かったことは，県の洞窟探索調査が極めて不十分だったことを意味しているなどと主張している。
しかし，当該洞窟が発見されたことは本件許可処分後の確定評価書等外の事実である。また，本件準備書に，地質の調査として，４５地点で地質ボーリング調査を，２１地点で電気探査を行うことなどや，コウモリ類の生態系調査としてではあるが，事業実施区域周辺での洞窟探査を実施することが示され（５－４４・６７頁），調査地域の地形や地質及び既存洞窟の水脈を参考に，事業実施区域を中心に踏査し，洞窟を探索したことが記載されていること（６－１２－５頁参照），本件補正書では，洞窟の分布調査の結果が記載されていること（６－７－５～１８頁），本件準備書に対する外部者からの意見において洞窟探索調査の方法が相当ではないことを指摘したり，別途の探索調査方法を提案したり，場所を特定して未発見の洞窟が存在することを指摘したりするものは見当たらないことに照らしても，県が行った探索調査が洞窟探査調査の方法として不相当であったということはできない。
そして，本件補正書において，新たに洞窟が見付かった場合はコウモリ類の利用状況を調査し，利用が確認された場合はコウモリ類が継続してそれらの洞窟を利用できるよう専門家の指導・助言を得た上で可能な限り保全を図るとされていることなどのこれまでに説示したところによれば，上記主張を前提としても，本件補正書は相応の配慮をしているものというべきである。
(シ)原告らは，平成１８年以降に至って，Ｐ１９委員会がＤ洞窟などにおいてコウモリ類以外の好洞窟性動物等を複数種発見したことは，県の調査が不十分である証拠であるなどと主張している。しかし，そうした発見は本件許可処分後の確定評価書等外の事実である。そして，本件準備書は，事業実施区域周辺の地域特性及び資料調査から把握した動物相を踏まえ，「自然環境保全基礎調査（環境庁）」などに準拠するなどして，洞窟性生物調査を見付け採り法，目撃法により実施する旨を記載しており（５－５０頁。なお，本件方法書４－４５・４６頁参照），また，ＡないしＥ洞窟（５洞窟）にて，洞窟生物につき，洞窟地表面や壁面，鍾乳石上で活動する個体について目視観察及び見付け採りにより種名・個体数，確認地点を記録し，種名不詳の個体のみ最低限の採取を行い液浸標本を作製し室内での種同定を行ったこと，洞窟踏査は洞内に生息するコウモリ類への影響を考慮し，時期や時間等に配慮し，なお，通常踏査の可能な範囲の踏査を行い，調査員の立入りが困難な小穴内は行っていないこと，さらに，調査洞窟の開口部周辺の地形や植生，周辺地域の環境特性，及び温湿度，相対照度の記録を行ったこと，温湿度と照度は天候のよい晴れた日中に各洞窟の開口部と近隣のゴルフ場コースで同時測定を行い，開口部の温湿度，日照条件の概要の把握を行ったこと（温湿度は１洞窟当たり１地点，照度は１洞窟当たり３地点で実施し，各項目とも３回測定した。）を記載していること（６－９－４・７），本件準備書に対する外部者からの意見において，洞窟性生物調査の場所や方法として別異のものを提案したり他にも把握されていない洞窟性動物が存在することを具体的に摘示したりするものは見当たらないことに照らしても，県が行った洞窟性生物調査が適切なものでなかったということはできない。
また，本件補正書は，重要な生物が新たに確認された場合は，専門家の指導，助言を得た上で，必要な調査を実施し，Ｐ５６委員会（仮称）に諮り，適切な措置を講じることとするとしていること（８－４頁）に鑑みれば，本件補正書が保全措置を一切示していないということはできず，むしろ，本件補正書は，相応の配慮をしているものというべきである。
(4)まとめ
結局，本件事業に係る外部手続を含む環境影響評価手続の結果（環境影響評価の結果）につき環境配慮がされるものであると判断することに裁量権の範囲の逸脱又は濫用があると認めることはできず，また，前提事実のとおり，県が本件補正書に記載された本件事業に関する環境保全措置等の全てを本件事業において実施する計画であることを併せて考慮すれば，本件事業につき環境配慮審査適合性を認めた処分行政庁の判断に裁量権の範囲の逸脱又は濫用があるとは認められない。そうすると，環境配慮審査との関係では本件許可処分は適法である。
そして，これまでに検討したところによれば，本件事業において実施することが予定されている赤土等流出防止対策やコウモリ類の保全のための措置は，事業者である県により実行可能な範囲内で本件事業に係る環境影響をできる限り回避又は低減するものであると一応認められ，他に特段の主張立証がないことに鑑みても，本件事業において実施することが予定されているその余の環境保全措置等と相まって，本件事業の実施が本件事業予定地周辺に及ぼす環境影響の程度は小さいものとなることが十分に期待できるというべきである。


８５号要件の充足の有無（争点(2)エ）について（承前）(1)次に，前記５(3)での検討に引き継いで，本件事業につき土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認められるかどうかを検討する。(2)前提事実並びに前記４及び５において認定した事実に加え，証拠（甲５４～５６，６７の２，乙２，３，１０，１１，２３，３０）及び弁論の全趣旨によれば，次の事実が認められる。
ア本件事業によって設置される本件空港は，公共の用に供されるものである。本件空港予定地の土地は，石垣市α１４又はα３に所在する。イ本件空港予定地の土地（合計３６０筆，面積合計１４２万０４４２㎡）の現況は，公衆用道路のほか，ゴルフ場（総面積４７万４７４５．０２㎡），牧草地（総面積２９万２２５０．６４㎡），畑（総面積２４万３１０４．８㎡），牧場（総面積１８万５８３８．６２㎡），牧草地・畑（総面積５万５０５４．３３㎡），荒地（１万９０２３．３６㎡），田（総面積９８６２．６２㎡）等であり，そのうち本件共有地（２筆，面積合計１５５６㎡，現況はいずれも牧場），行方不明のＰ１１が所有する土地（３筆，所在はいずれも石垣市α２，地番は×番ないし×番，地積は順に１９７８㎡，１１２０㎡，７１５㎡，現況はいずれも荒地）及び所有者Ｐ２５が既に死亡しており相続人が不存在の土地（１筆，所在石垣市α１５，地番×番，地積１６㎡，現況は公衆用道路）を除いた３５４筆面積合計１４１万５０５７㎡は，被告又は県の所有であるか，その所有者（共有の場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地によって占められている。
また，本件空港予定地の周辺には畑や牧草地，荒地，山林等が広がっており，付近に航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は存しない。ウ沖縄県は，東西約１０００ｋｍ，南北約４００ｋｍの広大な海域に３９の有人離島を含む１６０余の島々が点在する島しょ県である。このような地理的特性から，沖縄県においては離島間の交通手段として空路が極めて重要な役割を担っている。
特に，石垣島を含む３２の島しょ（うち１１が有人島）から成る八重山地域は，沖縄県の南西部，日本の最西南端に位置し，沖縄本島から石垣島までの距離で４１０ｋｍ程離れており，地域と那覇，東京，大阪等の地域外との間の移動，特に人の移動はほとんど空路に頼っている状況にある。八重山地域は，石垣市，沖縄県八重山郡α１６町（以下，単に「α１６町」という。）及びα１７町（以下，単に「α１７町」という。）の１市２町によって構成され，地域内人口は５万２０００人で，石垣島を中心に交通アクセスが作られ（石垣島と地域内のα１６島，α６島等とは海路によって結ばれているほか，α１７島（海路は週２便しかない。）等には空路も設けられている。なお，周辺離島との海路のほか，隣接地域の宮古島（週３便）や台湾（週２便）への海路も設けられている。），地域の産業経済活動，生活圏域が形成されている。地域の産業別就業者状況は，第３次産業，第２次産業，第１次産業の順であり，第３次産業の割合が６０％強となっている。日本の最西南端に位置し，α１８湾やα６国立公園に代表される亜熱帯の豊かな自然，独特の文化や芸能，農水産の特産品等が人気を呼んでいて，観光業が地域の主導産業に成長している。平成１６年の観光客の入域は７１万人，観光収入は４９９億円余であり，観光関連雇用は７３００人と推計されている。各種調査やアンケートによれば，八重山地域は，行ってみたい観光地，行ってよかった観光地，ダイビング人気スポット日本一など，常に国内トップクラスを占め続けている（もっとも，県内の観光客シェアは１３％程度であり，需要に十分応えられていない状況にある。）。また，農業については，経営農地面積が８１６０ｈａ余で，県全体の２０％を占め，作目もサトウキビ，水稲，パインアップル，肉用牛等多品目にわたり，特に亜熱帯海洋性気候の有利性を活かしたパインアップル，マンゴー，ドラゴンフルーツ，パッションフルーツ等があり，今後はパパイヤが期待されている。漁業においては，カツオ，マグロ，アカジン，アカマチ等の鮮魚類のほか，近年は養殖クルマエビ等が県内や本土の消費地に出荷されている。
エ現空港は，昭和１８年に旧日本軍により建設された海軍α１９予備飛行場の跡地を民間商業航空路の開設に伴い昭和３０年に整備，建設したものである。昭和３１年から民間航空会社が運航を開始し，昭和４０年にはアスファルト舗装が実施され，昭和４３年には滑走路の延長とともにＹＳ－１１型機が就航し，沖縄が日本に復帰した昭和４７年から３か年で滑走路が延長整備され，昭和４８年には第３種空港として指定された。その後，増大する航空需要に対応するためジェット化が課題となったが，滑走路を延長することが困難であったため，新空港を早期に整備して移転することを条件として現空港周辺住民の理解を得ることで暫定的に，昭和５４年から１５００ｍの滑走路のまま小型ジェット機（Ｂ－７３７型機）を就航させている。
現空港は，現在，那覇，宮古等の県内路線の他，東京，大阪等の本土路線が就航する八重山地域の基幹空港となっており，平成１６年度の利用実績は，乗降客数約１７９万人，貨物取扱量約１万１０００ｔで，全国に５５ある第３種空港の中でいずれも第１位と非常に利用度の高い空港である。


しかし，滑走路が短いため，航空機の着陸時における急ブレーキの衝撃はかなり大きく，利用者から不安な声が上がっている上，昭和５７年には機体のオーバーランによる大破炎上事故（重軽傷者発生），平成９年にはタイヤバーストによる空港全面閉鎖事故が発生しており，航空乗務員から滑走路延長の要請がされている。また，短い滑走路の下で安全航行を確保するため，貨客の重量制限をせざるを得ないほか，中型ジェット機を利用できないためコンテナ・大型貨物の輸送が不可能となっており，乗客数の増減によって貨物の積載量を調整したり，本土便も宮古や那覇で給油をしたり，本土への貨物を那覇空港で積み替える作業が必要となったりして，時間，コストを要するという問題が生じている。さらに，果樹等の生鮮物品の出荷最盛期と観光シーズンが重なるため，積み残しや滞貨が生じるなど，八重山圏の産業振興の大きな制約となっている。さらにまた，視界不良時の発着を可能にするための計器着陸装置が設置されていないため，しばしば欠航が発生し，また，多くの発着便を扱うための平行誘導路が整備されていないという問題点も指摘されている。加えて，市街地に位置するため，航空機騒音が生活環境や教育環境に悪影響を及ぼしており，周辺住民は，現空港の拡張に反対し，新空港の早期建設を求める旨の要請を関係機関に幾度となく行っており，石垣市は，現空港の小型ジェット機就航につき新空港の移設をする前提で周辺住民と合意をした上での暫定措置として受け入れた経緯がある。オ県は，昭和５１年度に石垣空港基本計画調査を実施し，α３海上案，α２０案，現空港の拡張整備案を挙げた上で，昭和５３年度に基本設計を実施し，候補地の比較検討を行った結果，昭和５４年５月，α３海上案を採用することを庁議決定した。県は，昭和５５年１２月，運輸大臣に対し新空港の設置許可を申請し，昭和５７年３月，この設置許可を受けて事業に着手したが，α３の住民の強固な反対運動に遭い，また，国際的な自然保護団体が事業の見直しを求める決議をしたことなどもあり，平成元年４月，建設位置をα３海上案からα４岳東案に変更した。しかし，反対運動が継続されるなどしたこともあり，県は，平成３年２月に建設位置の再検討に着手し，平成４年にはα３海上案・α４岳東案とも撤回した。その後，県は，平成１０年４月にα２１案を決定したが，地元の強い反対にあい，事業は進展しなかった。
そのような中，県は，平成１１年６月２２日，従来の事業実施に至らなかった経緯等を踏まえ，望ましい建設位置の決定に資するため，学識経験者，地元関係機関の代表者及び地元選出の県会議員の合計３６名で構成するＰ１委員会を設置し，全会一致の原則の下，望ましい建設位置を八重山地域の合意の下で選定することにした。建設候補地については，石垣島の地形条件から，それまでに蓄積されたデータを基に，空港建設が可能な場所として，α４岳東案，α４岳陸上案，α２１案，α２０案の４つを対象とすることとした（各案の位置関係は，本件補正書の参考資料－２頁の図－２(2)のとおりである。）。現空港拡張案については，滑走路の北側に文化財保護法により指定されたα２２遺跡があり，南側に既成市街地が広がっており，これらの撤去，移転は現実的でないこと，現空港のジェット化について一時暫定的な措置として周辺住民の理解を得ていたものであり，航空機騒音により既に住環境がかなりの程度悪化していること（環境基準値ＷＥＣＰＡＬ７０を当てはめた場合，基準値を超える住居，施設の数は５２７に及んでいる。）等により地元の合意を得られる可能性がないこと，視界不良時の発着を可能にするための計器着陸装置を設置し，就航率の向上を図るためには空港の幅をおよそ２倍に広げる必要があり，さらに，平行誘導路を整備するためには更に拡幅が必要となるため，単に滑走路を５００ｍ延長するだけでは安定した航空輸送を確保することができないことなどから，対象から外された。Ｐ１委員会は，学識部会４回，地元部会２回，全体会８回，合計１４回の会議を開き，候補地の選定に当たっては，空港計画としての妥当性，環境保全上，農政上の課題を中心に２４項目のデータから比較検討をして，その中で環境保全上の影響が最も大きいα４岳東案，農政上の課題が最も大きいα２１案を除外し，残り２案の比較検討をした。α４岳陸上案には，α３海域の生態系への影響が懸念されること，α４岳の一部が切除され，周辺の自然景観を損なうおそれがあることなどの問題点が指摘される一方，α２０案には，ラムサール条約登録の動きもあるα２３湿地に隣接すること，周辺にカンムリワシの生息の可能性があること，地域のシンボルであるα２４が切除され，滑走路北側の設置のため鳥獣保護区内の海域の埋め立てが必要となること，土工量が膨大となること，漁業権との競合が生じること，土地改良済みの優良農地が含まれることなどの問題点が指摘された上で，委員長を除く３５名の委員の評価の集計をしたところ，α４岳陸上案を支持する者が３１名であった。さらに，再審議を行い，α４岳陸上案を支持しない者の意見を求めた結果，Ｐ１８委員会代表の委員がα４岳陸上案の選定に反対したが，最終的には，α４岳陸上案の選定を尊重するとし，α３海域の自然環境に負荷を与えないよう，位置の調整や工法等を検討するという条件を付すことにして，平成１２年３月，最終的にα４岳陸上案が選定された。これを受け，県は，α４岳陸上案によることを決定した。


さらに，具体的な位置を検討するため，平成１２年９月５日，地元の代表者で構成するＰ１５会議が設置され，α４岳陸上案を基にした合計７案が検討され，航空機騒音の観点から飛行経路が集落の間を抜ける，α４岳をできるだけ削らない，海域からできるだけ離す，優良農地をできるだけ残す，土工量のバランスをよくする，小型コウモリ類の生息が確認された洞窟から離すなどの周辺への考慮をして，原案から約１８０ｍ南側に移動した案が選ばれた。その上で，地元からの要望，将来の土地利用計画，優良農地，α４岳の切削等についての配慮をした審議を経て，ターミナルを当初の建設予定位置であった西側から東側に移した案で地元合意が得られた。そして，α４岳の切削量をできるだけ少なくすることや土工量のバランスに配慮して，本件空港の形状が決定された。カ県議会は，県が本件空港を設置し，管理することを議決しており，空港整備法５条１項による関係地方公共団体との協議も完了しており，関係地方公共団体である石垣市は，石垣市議会の議決を経た上で，県が本件空港を設置，管理することに同意している。また，本件事業は８か年計画とされ，その総事業費４２０億円のうち，３４０億８０３０万円が国費により，残り７９億１９７０万円を県が負担するものとされ，８か年のうち県の負担が最大となる平成１８年度でも県の負担総額はせいぜい１８億円程度である。このうち平成１７年度分２億５２０５万円を含むと認められる平成１７年度県一般会計予算（歳出予算総額５８５９億３３００万円，うち土木費９６１億９１７３万円）は平成１７年第１回県議会の平成１７年３月２９日の会議において原案どおり可決されている。さらに，県は，本件空港の供用開始期日までに石垣市に新石垣空港管理事務所を設置し，管理事務所に管理要員１０名を配置して，航空法施行規則９２条に規定される保安上の基準に適合するよう管理する（管理の詳細は，国土交通省作成のガイドラインに基づき作成する飛行場手引き書による）計画である。県は，既に１２の空港を設置，管理しており，その中には，滑走路の規模が本件空港と同等又はそれ以上と認められる下地島空港，久米島空港及び宮古空港が含まれる。キ本件事業の環境影響評価法に基づく手続は実施済みであるほか，α５川上の架橋架設・場内排水取付，国有財産（里道）廃止，潮害防備保安林の解除，森林区域の開発行為の許可等の本件空港設置事業を実施する上で必要な関係行政機関との諸法令手続等について，県からの協議に対し平成１７年２月までに全ての関係行政機関から回答があり，その中には特段の支障があることを指摘するものはない。
ク県議会（平成１６年１１月２９日），石垣市議会（同年３月８日全会一致），α１６町議会（同月１２日）及びα１７町議会（同日）が本件空港の早期設置を要請する旨等の決議をしたほか，沖縄県市議会議長会及び九州市議会議長会も本件空港の早期建設を要請する決議をした。また，Ｐ２６連合会が新空港早期建設に関する要請決議をしたほか，Ｐ２７協議会，Ｐ２８協議会，Ｐ２９協議会などの２３団体より構成されるＰ３０会は，石垣市民の６６％に当たる３万０２３５名（有権者である石垣市民の７５％に当たる２万４４４２名）の本件空港早期建設の署名を集めた上で，現空港周辺のα１９，α８，α２５及びα２６の各地区の公民館に加えてα３の公民館（具体的には，各公民館の公民館長）ともども，平成１４年１１月６日，処分行政庁に対し，本件空港の早期建設につき要請をした。さらに，Ｐ３０会は，平成１６年には，１万人意見広告運動を展開し，本件空港の早期建設を訴えたほか，新石垣空港早期建設郡民総決起大会を開催し，本件空港の早期建設に関する要請を決議した。加えて，航空会社３社が関係機関に対し新石垣空港整備事業の早期着工を要請している。
他方，空港建設に反対しＰ３１会（在石垣），Ｐ３２会（在那覇），Ｐ３３会（在東京）及びＰ３４会（在大阪）は，平成１３年６月３日に，Ｐ３５ネットワークを結成し，本件空港の建設に反対している（そうした運動の一環として行われているα３トラスト運動には，本件申請時に６３０名程度の参加者があり，そのうち２２名が石垣市に住所を有し，うち１６名がα３に住所を有している。）。また，Ｐ３６ネットワーク，財団法人Ｐ３７協会，財団法人Ｐ３８研究センター，Ｐ３９連合，財団法人Ｐ４０，Ｐ４１会，Ｐ４２（発行者Ｐ４３ほか），Ｐ４４グループ及びＰ４５会が，本件空港建設について環境保全に関する意見を示している。
平成１７年１１月１０日に石垣市に所在する県八重山支庁において開催された本件空港設置許可に係る公聴会においては，公述の申込みをした１６人全員が公述したところ，県を代表した公述人を除く１５人の公述人の中には，本件空港の設置により自ら又は第三者の利益が害される旨を訴えた者は一人もなく，α３の住民の自治組織である公民館の館長を含めたその全員が本件空港の設置に賛成する趣旨の公述をした。また，α３の住民である原告Ｐ４６，元原告Ｐ５らの陳述書（甲５４～５６）においても，α３の住民の反対運動により計画見直しを勝ち取ったα３海上案やα４岳東案のときと比べると，本件空港予定地の地元といえるα３の住民の中で本件空港の設置について表立って反対する者は少なくなった，前回のようには反対運動が盛り上がらなかったなどとされている。


ケ本件申請書においては，路線別に過去の輸送実績と経済指標との相関分析により求めることを基本とした上で，東京を始めとする本土路線について分析に必要とされる十分なデータがないこと，那覇路線は，過去の実績に那覇を出発地・到着地とする旅客と，本土を出発地・到着地とし那覇を経由する旅客の双方が混在しており，那覇路線のみを対象として分析することは適切でないと考えられることから，本土路線及び那覇路線の需要予測については，一旦「那覇路線＋本土路線」という形で相関分析による予測を行い，その後，旅客流動の実体（本土からの旅客と那覇からの旅客の割合）や本土における地域別将来人口を考慮して地域別・地域間需要を算定し，これらを路線別に集約して各路線の需要を予測するという手法による検討により，平成２８年度の旅客需要を２２３万８０００人，航空貨物の需要を１万２５００ｔと，平成３３年度の旅客需要を２５９万７０００人，航空貨物の需要を１万３７３６ｔと予測した上で，この予測を基礎として，本件空港の必要計画規模として，エプロンのバース数を８，面積を７万５１４５㎡と，旅客ターミナル延べ床面積を１万８２００㎡と，貨物ターミナル地区用地面積を７３５０㎡と，駐車場を１万９６００㎡と，給油施設用地面積を７６５０㎡としている（なお，最も広さを必要とする着陸帯の面積（６３万６０００㎡）は，空港土木施設設計基準により滑走路の長さに応じて定められているため，この旅客需要とは直ちに関係しない。）。
コ国際民間航空条約第１４附属書（ＩＣＡＯ   ＡＮＮＥＸ１４飛行場第１巻第３章３．１）では，飛行場の滑走路の本数及び方位を決めるに当たっては，当該飛行場の使用が予想される飛行機について，飛行場の予想就航率を９５％以上とすることを基準とすべきであることを勧告しており，この勧告の適用において，横風成分が滑走路長１５００ｍ以上の飛行場の場合で３７ｋｍ／ｈ（２０ｋｔ）を超えるとき（横風限界２０ｋｔ），通常の環境では，飛行機の離着陸が不可能となると想定すべきであるとしている。本件空港の横風限界２０ｋｔの場合のウィンドカバレッジは，通年が９８．３０％，冬季が９９．８４％，春季が９９．９２％，夏季が９９．６１％，秋季が９７．６９％であり，本件空港の予想就航率は上記基準を満足していると認められる。
(3)以上の事実によれば，本件空港は，土地収用法３条１２号に規定する航空法による飛行場で公共の用に供するものに当たるから，本件事業は，同法２０条１号の要件を満たす。
(4)次に，土地収用法２０条２号は，起業者が事業を遂行する充分な意思と能力を有する者であることを要件としており，意思の点については法令上必要な意思決定がされているかどうか，能力の点については法的，経済的，企業的観点から客観的にこの能力があるかどうかという観点から検討すべきものと解される（もっとも，この場合の法的能力があるかどうかは本件許可処分が適法であるかどうかによることになることに鑑みれば，ここでは法的能力の有無の点は問題とはならない。）。
この点，前記(2)の事実によれば，本件事業の起業者である県が法令上必要とする県議会の議決を経た意思決定をしていることは明らかである。また，県が経済的，企業的観点から本件事業を遂行する能力を有することも明らかであるというべきであり，本件事業は，同条２号の要件も満たす。(5)さらに，土地収用法２０条３号は「事業計画が土地の適正且つ合理的な利用に寄与するものであること。」を規定しているところ，「公共の利益の増進と私有財産との調整を図り，もって国土の適正且つ合理的な利用に寄与する」という同法の目的（１条参照）に照らすと，この要件は，その土地がその事業の用に供されることによって得られる公共の利益とその土地がその事業の用に供されることによって失われる公共的又は私的利益とを比較衡量し，前者が後者に優越すると認められる場合にその存在が認められるものと解すべきである。そして，この要件の存否についての具体的な判断は，事業認定に係る事業計画の内容，事業計画の達成によってもたらされるべき公共の利益，事業計画において収用の対象とされる土地の状況等諸要素の比較衡量に基づく総合判断として行われるベきものと解される。
そこで，この観点から検討すると，前記(2)の事実によれば，次のようにいうことができる。
ア本件事業は，島しょ県である沖縄の南西部，日本の最西南端部に位置する離島地域である八重山地域の交通の中心にある石垣島に中型ジェット機が就航可能な２０００ｍ滑走路を有する空港を設置しようとするものである。地域外との交通，特に人の移動はほとんど空路に頼らざるを得ない八重山地域において，空港は電気，水道にも比すべき極めて基礎的な社会基盤といえる。特に，現空港は，第３種空港の中で乗降客数，貨物取扱量とも全国第１位という極めて利用度の高い空港であるというのに，小型ジェット機の運航上貨客の重量制限をしなければならない１５００ｍ滑走路しかなく，また，計器着陸装置や平行誘導路がないことから，円滑で効率的な航空輸送に支障を来す事態が生じている。その上，航空機の着陸時における急ブレーキの衝撃はかなり大きく，利用者から不安な声が上がっているほか，現に機体の滑走路オーバーランによる人身事故も発生しているなど，交通の安全・安心の面からも万全とはいえない状況にある。さらに，貨客の重量制限をしなければならず，また，現に生鮮品の積み残し・滞貨が生じていることに照らしても，現空港のままでは様々な航空需要に応じ切れていない状態にあることは明らかであって，地域の主導産業である観光業や地域を特徴付ける産業といえる農漁業の振興という観点からも，早急な空港整備が要請される状況にある。
イ空港整備については，昭和５１年度に石垣空港基本計画調査が行われるなど，比較的早い段階から検討され，昭和５４年４月にはα３海上案の採用決定（昭和５７年３月には同案に基づく空港設置許可）があったものの，建設予定地周辺の住民の強固な反対があり，また，環境保全上の問題があって，結局計画は見直しに至った。その後も何度か建設位置の決定があったものの，その都度，建設予定地周辺の住民の反対があり，また，環境保全上や農政上の問題等があって，空港整備は進展しなかった経緯がある。


他方，本件空港の設置位置は，望ましい位置を八重山地域の住民の合意の下で選定するために，地元関係機関の代表者等から構成されたＰ１委員会，Ｐ１５会議における審議検討を経て決定されたものであり，石垣市議会が全会一致で本件空港の早期設置を要請する旨等の決議をしたこと，石垣市の有権者の４分の３が本件空港の早期建設を求める署名をしていること，α３の自治組織であるα３公民館の館長が処分行政庁に対する本件空港早期建設の要請行動に加わったことなど前記認定の諸事情があることに鑑みても，本件空港予定地の地元であるα３を含め，八重山地域の住民の大半は，本件事業に賛成しているものと認められる。その意味で，本件事業の実施には八重山地域住民の社会的合意があり，離島住民にとって生命線ともいうべき極めて基礎的な社会基盤である本件空港を現実のものとするよう求める地域住民の声は非常に大きいというべきである。
ウまた，新空港の設置位置の決定においては，昭和５１年度に行われた石垣空港基本計画調査以降に蓄積されたデータを基に，空港建設が可能な４か所を対象として，空港計画の妥当性，環境保全上，農政上の課題を中心に２４項目のデータから比較検討がされ，環境保全上の影響が最も大きいα４岳東案，農政上の課題が最も大きいα２１案が除外され，残された２案につき，問題点の検討がされた上で，Ｐ１委員会によってα４岳陸上案が選定され，その結果に基づき同案によることが決定された。さらに，Ｐ１５会議において，航空機騒音の観点から飛行経路が集落の間を抜ける，α４岳をできるだけ削らない，海域からできるだけ離す，優良農地をできるだけ残す，土工量のバランスをよくする，コウモリ類の生息が確認された洞窟から離すなどの周辺への考慮をして，原案から約１８０ｍ南側に移動した案が選ばれ，この案を基本に，地元からの要望，将来の土地利用計画，優良農地，α４岳の切削量をできるだけ減らすことなどに配慮して，ターミナルの位置などが定められ，新空港の設置位置やその形状が決定され，本件空港設置の事業計画に至った。これに対し，原告らは，Ｐ１委員会の環境保全の観点からの審議は，過去に何らの環境調査も行われていないα４岳陸上案について，α４岳東案及びα２１案のデータをほぼ機械的に足し合わせたデータしかなく，環境影響評価実施以降その保全が重要な議論の対象になっているコウモリ類やカンムリワシのことは一切記載されていない不十分な資料に基づいてされたずさんなものであるなどという。しかし，Ｐ１委員会の設置に至るまでの新空港の設置位置をめぐる経過に照らしても，新空港を建設することが可能な場所の現実的な選択肢として考えられるのは上記の４か所のみであったというべきところ，このうちからまずα４岳東案とα２１案が除外されたことは，当該案が環境保全上又は農政上の課題が重大であることに加え，一旦設置位置と決定されたものの付近住民の反対等のため計画が進まなかった従来の経緯に照らしても妥当といえる。また，α２０案は，土地改良済みの優良農地を含んだ場所を計画地とし，滑走路北側の設置のため鳥獣保護区内の海域を埋め立てるというものであり，ラムサール条約登録の動きもあるα２３湿地に隣接することや土工量が膨大になることに鑑みても，α４岳東案に類似した問題点があるというべきであって，原告らが指摘する点を踏まえ，原告らがいうように自然環境保全上の観点を重視したとしても，α２０案がα４岳陸上案よりも新空港の設置位置として合理的なものであったとは認め難い。また，現空港拡張案は，Ｐ１委員会の検討の対象から外されているが，航空需要の大きい離島の基幹空港として整備するには，単に滑走路の延長のみでは足りず，その場合空港の幅を２倍を超える規模で拡張する必要があると考えられるところ，現空港の周囲の状態（滑走路の北側には文化財保護法により指定された遺跡があり，南側に既成市街地が広がっている。），周辺住民との関係（航空機騒音により既に住環境がかなりの程度悪化しており，ジェット化に際しても一時暫定的な措置として周辺住民の理解を得た。）等の前記の事情に照らして，これが現実的な選択肢として採り得ないとの判断は合理的でやむを得ないものであるというべきであり，仮に，形式的にＰ１委員会の検討の対象とされたところで，結果としてこの案が選定されることがあり得ないことは明白である。新空港の設置位置をめぐる従来の経過や，Ｐ１委員会の検討の内容，本件空港を設置することに八重山地域住民の社会的合意があると認められること等に照らして，他に特段の事情の主張立証もない以上，新空港の設置位置が本件空港のとおりと定められたことは，その選定過程及び選定結果ともに合理的であるというべきである（原告らは，Ｐ１委員会の決定は，あくまでも全員一致とするというルールを踏みにじり，多数の意見で自然環境に配慮すべきであるという意見を押しつぶしたものであり，十分な議論がなされたものとはいい難いなどというが，α４岳陸上案の選定に反対した委員も，最終的には，α４岳陸上案の選定を尊重するとし，α３海域の自然環境に負荷を与えないよう，位置の調整や工法等を検討するという条件を付すことにして，最終的にα４岳陸上案が選定されたことは前記のとおりであり，この選定結果に基づく本件空港の設置について八重山地域住民の社会的合意があると認められることに照らしても，Ｐ１委員会の選定過程が不合理なものであったということはできない。なお，国及び地方公共団体に対し，沖縄における住民の生活の利便性の向上及び産業の振興を図るため，航空を含んだ交通の総合的かつ安定的な確保及びその充実に特別の配慮をすることを義務付けている沖縄振興特別措置法９１条の規定に照らし，新空港の設置が「住民の生活の利便性の向上及び産業の振興を図るため」の方策であることが明らかであることに鑑みても，県が新空港の設置位置の選定に当たって地元である八重山地域の住民の合意を重視したことはもっともなことであるというべきである。）。
エ本件空港の予想就航率は，国際民間航空条約第１４附属書において勧告されている基準を満足している。
オ特に前記(2)エの事実によれば，２０００ｍの滑走路を設けることとした本件空港の事業計画は相当というべきである。なお，原告らは，近隣にα１７空港，宮古空港といった２０００ｍ級の飛行場が多く存在していること，石垣島の観光資源はサンゴ礁などの自然環境であるところ，近年の急速なリゾート開発により，近い将来石垣島の自然環境が破壊され，観光資源が失われるおそれが大きいことなどからすれば，県の航空需要予想は明らかに過大であるなどというが，そもそも，空路を除けば石垣島とは週数便の海路によって結ばれているだけのα１７島や宮古島に２０００ｍ滑走路を有するα１７空港や宮古空港があることと，八重山地域の交通の中心である石垣島の航空需要がどのように関係するというのか原告らの主張はにわかに理解できないし，その主張の裏付けとなるような証拠も見当たらない。そして，他に特段の事情も認められない以上，県の航空旅客及び航空貨物の予測の合理性を否定することはできない。


以上によれば，本件空港の規模は適正であるというべきである。カ本件事業を実施する上で必要な関係行政機関との諸法令手続によって計画が変更されるものを除き，本件空港予定地につき，本件事業と相反する土地利用の計画の存在は認められない。そして，それらの手続を行う上で特段の支障があることは認められないから，当該計画の変更も滞りなく実施されることが期待できる。
キ前記第２の３並びに前記第３の２ないし４及び７によれば，５号要件を除き，本件申請につきこれを許可すべき要件が認められる。ク本件事業予定地の土地の現況は，ゴルフ場，牧場，畑，牧草地等であり，社会経済的効用としての観点からみた場合，本件事業予定地の土地それ自体がこれらの用途に用いられることによる利益と比較して，本件事業の実施によってもたらされる利益は明らかに大きいものというべきである。
また，本件事業予定地の土地の大多数（筆数比によれば９８．３％以上，面積比によれば９９．６％以上）は，被告又は県の所有地であるか，その所有者（共有の場合共有者全員）が譲渡同意書を提出した土地によって占められており，譲渡同意書を提出した者は，その所有地が本件空港の敷地とされることを基本的に了解しているものと認められる。さらに，本件事業予定地付近に航空機騒音の被害を及ぼす人口密集地等は存しないこと，本件空港設置許可に係る公聴会において，本件空港の設置により自ら又は第三者の利益が害される旨を訴えた者は一人もなく，公述人全員が本件空港の設置に賛成する趣旨の公述をしたこと，前記４のとおり処分行政庁が本件空港の設置によって他人の利益を著しく害することとならないと認めたことは相当であることを併せ考慮すれば，本件事業の実施によって私的な利益が大きく害されることはないというべきである。
他方，原告らは，本件事業が実施され，更に本件空港が供用されることにより，本件事業予定地周辺にあるα９地域やα３海域の自然環境が破壊され，殊にコキクガシラ，アオサンゴなどが死滅してしまうと主張している。しかし，本件事業において実施することが予定されている環境保全措置等によって，本件事業の実施が本件事業予定地周辺に及ぼす環境影響の程度は小さいものとなることが十分に期待できることは前記７において説示したとおりであり，これらの環境保全措置等が実施されたとしても，本件事業の実施の結果，本件事業予定地及びその周辺のα９地域やα３海域の自然環境が破壊され，コキクガシラ，アオサンゴなどの野生生物が死滅してしまうことの証明はない（なお，原告らは，平成１９年８月１日よりα３が海中公園に指定された趣旨から考えても，その環境は現状のまま保護・保全が図られるべきであるなどというが，本件許可処分の違法性判断に当たって本件許可処分後の事情を考慮に入れることはできないといわざるを得ない。）。そして，原告らは，他に本件事業の実施によって害される公共の利益があることについて特段の主張立証をしておらず，本件全証拠によってもそうした公共の利益があるとは認められない。
ケなお，原告らは，本件事業予定地に関して，次のように主張しているが，いずれも失当である。
(ア)原告らは，本件空港の滑走路予定地直下に洞窟ないし空洞が存在し，それらが崩壊することなどにより本件空港の滑走路が陥没ないし崩壊するおそれがあるから，本件事業予定地は空港としての適地性を欠いているという。
確かに，証拠（甲１１等）によれば，本件空港の滑走路予定地直下に洞窟が存在することが認められる。しかし，何らの対応もせずに滑走路を設けた場合にはこれが崩壊するおそれがあるとしても，現代の土木技術の水準（被告は，本件空港設置予定地のように地下に空洞が存在する土地の強度を確保するための工法として，例えば，地下空洞の規模が比較的大きい場合や空洞の形状や浸食状況等から充てん材料による空洞内への充てんが難しい場合には，開削工法により地下空洞部の上部及び不安定な地盤部を掘削除去し，空洞部を全て土砂等で埋戻し，転圧を行うことにより地盤の所要強度を確保する方法が，また，地下空洞が比較的小さい場合や開削工法が条件により採用できない場合には，空洞外部から，けい砂，セメントミルクやモルタル等の充てん材料を充てんし，地下空洞内部を全て埋めることにより地盤の所要強度を確保する充てん工法がそれぞれ確立されていると主張しており，原告らは，この点につき争っていない。さらに，第１０回石垣空港建設工法検討委員会においては，空洞対策工法として，①上載荷重を受ける工法である構造物工（構造物としては，コンクリート版（ＲＣ），コンクリート版（ＰＣ），ボックス構造（ＲＣ），アーチ構造（ＲＣ）その他が，基礎形式としては，直接基礎と杭基礎がその具体例である。），②上載荷重を軽減する工法である軽量盛土工（ＦＣＢ（気泡混合処理軽量土工），ＳＧＭ（軽量混合処理土工），ＥＰＳ（発泡スチロール土木工法）がその具体例である。），③空洞上部の土質強度を増加させる工法である地盤改良工（高圧噴射かくはん工法，ジェット切   削＋モ   ルタル   充てん   ，恒久   グラウ   ト注入   がその   具体例   である。），④空洞内部から補強する工法である補強工（ロックボルト，内壁補強がその具体例である。）が検討された上で，①及び②が選定され，さらに，ボックスカルバート（直接基礎）工法（ボックスカルバートを構築し，これにより盛土・上載荷重を支持し直接基礎から地盤に荷重伝達する方法），アーチ（直接基礎）工法（コンクリートアーチにより，盛土・上載荷重を支持し直接基礎から地盤に荷重伝達する方法），アーチカルバート（直接基礎）工法（アーチカルバートを構築し，コンクリートアーチにより，盛土・上載荷重を支持し直接基礎から地盤に荷重伝達する方法）及びスラブ（直接基礎）工法（スラブ（板状の構造物）を構築し，これにより盛土，上載荷重を支持し直接基礎から地盤に荷重を伝達する方法）が検討され，その結果，場所に応じてアーチ（直接基礎）工法又はスラブ（直接基礎）工法が最適であるとされている（甲１１，弁論の全趣旨）。）によれば，十分に対応可能であるというべきであり，この点についての対応が不可能であって，本件事業予定地がおよそ空港としての適地性を欠くとみるべき根拠は見当たらない（原告らは，本件許可処分後に県が採用した対策が不十分であることを主張しているところ，それが本件許可処分後の事情である点はおくとしても，その主張をもってしても現代の土木技術では上記の崩落のおそれについて対応ができないということはできず，他に対応が不可能であることを認めるに足りる証拠はない。）。(イ)原告らは，乱気流発生のため，本件事業予定地は空港としての適地性を欠いているという。


しかし，原告らがその証拠として提示する新石垣空港における乱気流気象調査（沖縄県委託業務）に対する検証結果報告書（甲７）及び「新石垣空港乱気流問題強い乱気流の発生で危険な空港」と題する書面（甲８）においても，乱気流が航空機の運航に影響を及ぼす可能性もあるというにとどまり，また，この結論が同書面それ自体において不十分であるとする観測結果に基づいたものであることに照らしても，この結論を直ちに採ることはできず，他に乱気流が航空機の運航に重大な影響を及ぼすことを認めるに足りる証拠はないから，乱気流発生のため本件事業予定地には空港用地としての適地性がないと認めることはできない。
(ウ)原告らは，滑走路が津波で水没するため，本件事業予定地は空港としての適地性を欠いているという。
しかし，本件における証拠関係から本件空港の滑走路が想定される津波で水没することを認めることはできない（甲第７２号証，乙第４３号証によっても，このことは認められず，他にこのことを認めるに足りる証拠はない。）。なお，一般論として，想定外の規模の地震による津波が発生し本件空港の滑走路が水没する可能性があり得ることは否定できない（したがって，本件空港の供用に当たり，そのような事態に備えるための対策を講じることは，十分に検討されてしかるべきであるということができる。）としても，そのことを理由に本件事業予定地が空港としての適地性を欠くということはできない。以上によれば，本件事業予定地が本件事業の用に供されることによって失われる利益と比較して，本件事業予定地が本件事業の用に供されることによって得られる利益は明らかに大きいというべきであるから，本件事業は，土地収用法２０条３号の要件を満たす。
(6)さらに，土地収用法２０条４号は「土地を収用し，又は使用する公益上の必要があるものであること。」を規定しているところ，事業計画自体の公益性は同条３号における検討事項であることに照らし，これは，同条１号ないし３号の要件が認められ，収用等の方法によることの相当性がある場合において，さらに，収用等の方法を採ることの必要性があり，それが公益上も是認されることを要件とするものと解される。この点，５号要件の充足の有無を検討するために土地収用法２０条４号の要件について検討している以上，収用等の方法を採る必要がある場合であることは当然の前提となっている。また，同条３号の要件が認められる以上，工事の完成が余りにも遠い将来のことであるといった特段の事情がなければ，収用等の方法を採る必要があることが公益上も是認されるというべきところ，本件においてそのような特段の事情は認められない。原告らは，成田空港のような第１種空港とは公益的必要性において比すべきもののない第３種空港である本件空港のために，強固な反対意思を示している第１原告を含めた地権者に対して土地収用制度を利用するほどの公益的必要性があるとは到底認められないというが，以上に説示したところに照らし失当といわざるを得ない。
よって，本件事業は土地収用法２０条４号の要件を満たす。(7)以上によれば，本件事業につき，土地収用法２０条の定める事業の認定の要件が認められるから，県は，事業の認定を受けることが可能である。よって，県にとって土地の収用が使用の権原を取得するために採ることができる現実的な方法であるといえる合理的な根拠があるということができる。
そうすると，本件空港の敷地の大部分について，県が既に所有しているもののほかは，国有財産法，空港整備法等の規定に基づいて取得を行う方法や，売渡しを受ける方法を現に採ることができ，この方法を採ることによってそれらの所有権を取得することが相当程度の確実性をもって期待でき（特に，被告及び石垣市の所有するものについては確実に取得することができる。），その余についても売渡しを受ける方法によってその所有権を取得できる可能性があるということができ，さらに，この方法によったのでは所有権を取得することができないものについては，土地の収用によってこれをすることが可能であるから，県は，本件空港の敷地について，所有権を有するか又はこれを確実に取得することができると認められる。よって，本件申請が５号要件を充足するものとした処分行政庁の判断に違法はないというべきである。
９本件許可処分の適法性について
本件の争点に関する部分を除き，本件許可処分が飛行場設置許可の要件を充足していることについて当事者間に争いはなく，本件の争点に関してはこれまでに説示したとおりであるから，本件許可処分は適法ということができる。
第５結論
以上の次第で，第２原告らの本件訴えはいずれも不適法であるから却下し，その余の原告ら（第１原告ら）の請求はいずれも理由がないから棄却することとし，訴訟費用の負担について行政事件訴訟法７条，民訴法６１条，６５条を適用して，主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第２部
裁判長裁判官          川神    裕
裁判官          小海隆   則
裁判官          須   賀   康太郎
(別紙）
関係する法令の定め
１航空法
(1)飛行場又は航空保安施設の設置（３８条）
ア国土交通大臣以外の者は，飛行場又は政令で定める航空保安施設を設置しようとするときは，国土交通大臣の許可を受けなければならない。（１項）
イ上記アの許可の申請をしようとする者は，当該施設について，位置，構造等の設置の計画，管理の計画，工事完成の予定期日その他国土交通省令で定める事項及び飛行場にあっては公共の用に供するかどうかの別を記載した申請書を提出しなければならない。（２項）
ウ国土交通大臣は，飛行場の設置の許可の申請があったときは，飛行場の位置及び範囲，公共の用に供するかどうかの別，着陸帯，   進入区   域，進入表面   ，転移   表面，   水平表   面，供   用開始   の予定   期日そ   の他国   土交通   省令で定   める事   項を告   示する   ととも   に，現   地にお   いてこ   れを掲   示しな   ければならない。（３項）
(2)申請の審査（３９条）
ア国土交通大臣は，前記(1)アの許可の申請があったときは，その申請が次の(ア)ないし(オ)に適合しているかどうかを審査しなければならない。
（１項）
(ア)当該飛行場又は航空保安施設の位置，構造等の設置の計画が国土交通省令で定める基準に適合するものであること。（１号）(イ)当該飛行場又は航空保安施設の設置によって，他人の利益を著しく害することとならないものであること。（２号）
(ウ)当該飛行場又は航空保安施設の管理の計画が航空法４７条１項の保安上の基準に適合するものであること。（３号）
(エ)申請者が当該飛行場又は航空保安施設を設置し，及びこれを管理するに足りる能力を有すること。（４号）
(オ)飛行場にあっては，申請者が，その敷地について所有権その他の使用の権原を有するか，又はこれを確実に取得することができると認められること。（５号）


イ国土交通大臣は，飛行場の設置の許可に係る上記アの審査を行う場合には，公聴会を開き，当該飛行場の設置に関し利害関係を有する者に当該飛行場の設置に関する意見を述べる機会を与えなければならない。（２項）
(3)公共用飛行場の告示等（４０条前段）
国土交通大臣は，公共の用に供する飛行場について設置の許可をしたときは，当該飛行場の位置及び範囲，着陸帯，進入区域，進入表面，転移表面，水平表面並びに供用開始の予定期日を告示するとともに，現地においてこれを掲示しなければならない。
２航空法施行規則（平成２０年国土交通省令第４４号による改正前のもの。以下同じ。）
(1)設置の許可申請（７６条）
ア航空法３８条２項の規定（前記１(1)イ）により，飛行場の設置の許可を申請しようとする者は，次に掲げる事項を記載した飛行場設置許可申請書３通を国土交通大臣に提出するものとする。（１項）
(ア)設置の目的（公共の用に供するかどうかの別を附記すること。）
（１号）
(イ)氏名及び住所（２号）
(ウ)     飛行場   の名称   及び位   置並び   に標点   の位置   （標高   を含む   。以下   同じ。）（３号）
(エ)飛行場予定地又は予定水面並びにそれらの所有者の氏名及び住所
（４号）
(オ)飛行場の種類，着陸帯の等級及び滑走路の強度又は着陸帯の深さ
（５号）
(カ)計器着陸又は夜間着陸の用に供する飛行場にあっては，その旨（６号）
(キ)飛行場の利用を予定する航空機の種類及び型式（７号）(ク)国土交通大臣の指定を受けようとする進入区域の長さ，進入表面の勾配，水平表面の半径の長さ又は転移表面の勾配（７号の２）
(ケ)飛行場の施設の概要（８号）
(コ)設置予定の航空保安施設の概要（９号）
(サ)設置に要する費用（１０号）
(シ)工事の着手及び完成の予定期日（１１号）
(ス)管理の計画（管理に要する費用を附記すること。）（１２号）(セ)予定する飛行場の進入表面，転移表面若しくは水平表面の上に出る高さの物件又はこれらの表面に著しく近接した物件がある場合には，次
に掲げる事項（１３号）
ａ当該物件の位置及び種類（イ）
ｂ当該物件の進入表面，転移表面若しくは水平表面の上に出る高さ又
はこれらの表面への近接の程度（ロ）
ｃ当該物件の所有者その他の権原を有する者の氏名及び住所（ハ）
ｄ当該物件を除去するかどうかの別（ニ）
ｅ当該物件の除去に要する費用（ホ）
ｆ当該物件の除去に係る工事の着手及び完了の予定期日（ヘ）イ前記アの申請書には，次に掲げる書類及び図面を添付するものとする。
（２項）
(ア)次に掲げる事項の調達方法を記載した書類（１号）
ａ設置に要する費用，土地，水面及び物件（イ）
ｂ前記ア(セ)の物件の除去に要する費用（ロ）
(イ)管理に要する費用の内訳及びその調達方法を記載した書類（２号）(ウ)申請者が，飛行場の敷地について所有権その他の使用の権原を有するか又はこれを確実に取得することができることを証明する書類（２号の２）
(エ)飛行場の工事設計図書，仕様書及び工事予算書（３号）
(オ)実測図（４号）
(カ)公共の用に供する飛行場にあっては，風向風速図（飛行場の予定地若しくは予定水面又はその付近の場所における風向及び風速を，陸上飛行場及び水上飛行場にあっては３年以上，ヘリポートにあっては１年以上の資料に基づいて作成すること。）（５号）
(キ)公共の用に供する飛行場にあっては，飛行場の予定地若しくは予定水面又はその付近の場所における気温を記載した書類（国土交通大臣が定める基準に従い，５年以上の資料に基づいて作成すること。）（５号の２）
(ク)公共の用に供する飛行場にあっては，１年間に利用することが予想される航空機の種類，型式及び数並びにその算出の基礎を記載した書類
（６号）
(ケ)削除（７号）
(コ)地方公共団体にあっては，設置に関する意思の決定を証する書類
（８号）
(サ)（略）（９号以下）
(2)実測図（７７条）
上記(1)イ(オ)の実測図は，次のとおりとする。
ア平面図    縮尺は，５千分の１以上とし，次に掲げる事項を明示するものとする。（１号）
(ア)縮尺及び方位（イ）
(イ)飛行場の敷地の境界線（ロ）
(ウ)飛行場の周辺百メートル以上にわたる区域内の地形及び市町村名
（ハ）
(エ)予定する飛行場の施設の位置（ニ）
(オ)主要道路、市街及び交通機関と連絡するための道路（ホ）イ着陸帯縦断面図    縮尺は、横を５千分の１以上、縦を５百分の１以上とし、次に掲げる事項を明示するものとする。（２号）
(ア)測点番号、測点間距離（百メートルとすること。）及び逓加距離
（イ）
(イ)測点ごとの中心線の地面、施工基面、盛土の高さ及び切土の深さ
（ニ）
ウ着陸帯横断面図    滑走路の両端及び中央の３箇所における着陸帯の横断面図とし，且つ，縮尺は横を千分の１以上及び縦を５０分の１以上とし，次に掲げる事項を明示するものとする。（３号）
(ア)測点番号及び測点間距離（イ）
(イ)測点ごとの地面，施工基面，盛土の高さ及び切土の深さ（ロ）エ附近図    縮尺１万分の１の図面（縮尺１万分の１の図面がない場合は，縮尺２万５千分の１又は５万分の１の図面とする。）に前記(1)ア(セ)の物件及び予定する飛行場の進入表面，転移表面及び水平表面の投影面を明示し，並びに当該物件の存する地域についての縮尺５千分の１以上の図面に前記(1)ア(セ)ａ及びｂに掲げる事項を明示するものとする。（４号）
(3)設置許可等の申請の告示（７８条１項）
航空法３８条３項の規定（前記１(1)ウ）により，飛行場の設置の許可の申請があった場合において告示し，及び掲示しなければならない事項は，同条同項に掲げる事項並びに前記(1)ア(ア)から(オ)まで，(ケ)及び(コ)に掲げる事項とする。
(4)設置基準（７９条）
ア航空法３９条１項１号（前記１(2)ア(ア)）の基準は，次のとおりとする。
（１項）


(ア)飛行場の周辺にある建造物，植物その他の物件であって，国土交通大臣が航空機の離陸又は着陸に支障があると認めるものがないこと。ただし，当該飛行場の工事完成の予定期日までに，当該物件を確実に除去できると認められる場合は，この限りでない。（１号）
(イ)滞空旋回圏（飛行場に着陸せんとする航空機の滞空旋回のために安全最小限と認められる飛行場上空の所定の空域をいう。以下同じ。）が既存の飛行場に設定された滞空旋回圏と重ならないものであること。（２号）
(ウ)陸上飛行場にあっては，特別の理由があると認められる場合を除き，着陸帯の等級別に，次に掲げる規格に適合した滑走路，着陸帯及び誘導路を有するものであること。（３号）
（着陸帯の等級Ｃについての規格は次のとおりである。）
ａ滑走路
幅４５ｍ以上
最大縦断こう配
滑走路の末端から滑走路の長さの四分の一以下の距離にある部分
０．８％
上記部分以外の部分１％
最大横断こう配１．５％
ｂ着陸帯
長さ滑走路の長辺を両短辺の側にそれぞれ６０ｍに延長して得た
もの
滑走路の縦方向の中心線から着陸帯の長辺までの距離
計器用１５０ｍ以上
非計器用７５ｍ以上
非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分の最大縦断こう
配１．７５％
最大横断こう配
非計器用の着陸帯として必要な最小の区域内の部分２．５％
上記部分以外の部分５％
ｃ誘導路
幅２３ｍ以上
最大縦断こう配１．５％
最大横断こう配１．５％
ｄ誘導路縁と固定障害物との間隔    ３０ｍ以上
(エ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路，誘導路及びエプロンがこれらを使用することが予想される航空機の予想される回数の運航に十分耐えるだけの強度を有するものであること。（４号）(オ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路及び誘導路が，これらの上を航行する航空機の航行の安全のため，相互の間の十分な距離並びに接続点における適当な角度及び形状を有するものであること。
（５号）
(カ)陸上飛行場及び陸上ヘリポートにあっては，滑走路及び誘導路の両側並びにエプロンの縁に適当な幅，強度及び表面を有するショルダーを設けること。（５号の２）
(キ)所定の区分により，飛行場標識施設（所定の様式による。）を有するものであること。ただし，舗装されていない滑走路又は誘導路で滑走路標識又は誘導路標識を設けることが困難なものについては省略してもよい。（９号）
(5)利害関係人（８０条）
航空法３９条２項の規定（前記１(2)イ）による利害関係を有する者とは，次に掲げる者をいう。
ア許可の申請者（１号）
イ飛行場の区域，進入区域又は転移表面，水平表面，延長進入表面，円錐表面若しくは外側水平表面の投影面内の区域の土地又は建物について所有権，地上権，永小作権，地役権，採石権，質権，抵当権，使用貸借又は賃貸借による権利その他土地又は建物に関する権利を有する者（２号）ウ上記イの区域内に鉱業権，温泉を利用する権利，漁業権，入漁権又は流水，海水その他の水を利用する権利を有する者（３号）
エ上記イの区域を管理する地方公共団体（４号）
オ飛行場を利用する者（５号）
３評価法
(1)目的（１条）
評価法は，土地の形状の変更，工作物の新設等の事業を行う事業者がその事業の実施に当たりあらかじめ環境影響評価を行うことが環境の保全上極めて重要であることに鑑み，環境影響評価について国等の責務を明らかにするとともに，規模が大きく環境影響の程度が著しいものとなるおそれがある事業について環境影響評価が適切かつ円滑に行われるための手続その他所要の事項を定め，その手続等によって行われた環境影響評価の結果をその事業に係る環境の保全のための措置その他のその事業の内容に関する決定に反映させるための措置をとること等により，その事業に係る環境の保全について適正な配慮がなされることを確保し，もって現在及び将来の国民の健康で文化的な生活の確保に資することを目的とする。
(2)定義（２条）
ア評価法において「環境影響評価」とは，事業（特定の目的のために行われる一連の土地の形状の変更（これと併せて行うしゅんせつを含む。）並びに工作物の新設及び増改築をいう。以下同じ。）の実施が環境に及ぼす影響（当該事業の実施後の土地又は工作物において行われることが予定される事業活動その他の人の活動が当該事業の目的に含まれる場合には，これらの活動に伴って生ずる影響を含む。以下単に「環境影響」という。）について環境の構成要素に係る項目ごとに調査，予測及び評価を行うとともに，これらを行う過程においてその事業に係る環境の保全のための措置を検討し，この措置が講じられた場合における環境影響を総合的に評価することをいう。（１項）
イこの法律において「第一種事業」とは，次に掲げる要件を満たしている事業であって，規模（形状が変更される部分の土地の面積，新設される工作物の大きさその他の数値で表される事業の規模をいう。後記ウにおいて同じ。）が大きく，環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあるものとして政令で定めるものをいう。（２項）
(ア)次に掲げる事業の種類のいずれかに該当する一の事業であること。
（１号）
ａ（略）（イないしハ）
ｂ空港整備法２条１項に規定する空港その他の飛行場及びその施設の設
置又は変更の事業（ニ）
ｃ（略）（ホ以下）
(イ)次のいずれかに該当する事業であること（２号）。ａ法律の規定であって政令で定めるものにより，その実施に際し，免許，特許，許可，認可，承認若しくは同意又は届出（当該届出に係る法律において，当該届出に関し，当該届出を受理した日から起算して一定の期間内に，その変更について勧告又は命令をすることができることが規定されているものに限る。）が必要とされる事業（イ）
ｂ（略）（ロ以下）
ウ評価法において「第二種事業」とは，前記イ(ア)及び(イ)に掲げる要件を満たしている事業であって，第一種事業に準ずる規模（その規模に係る数値の第一種事業の規模に係る数値に対する比が政令で定める数値以上であるものに限る。）を有するもののうち，環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあるかどうかの判定（以下単に「判定」という。）を評価法４条１項各号に定める者が同条の規定により行う必要があるものとして政令で定めるものをいう。（３項）
エ評価法において「対象事業」とは，第一種事業又は評価法４条３項１号の措置がとられた第二種事業をいう。（４項）
オ評価法において「事業者」とは，対象事業を実施しようとする者をいう。


（５項）
(3)国等の責務（３条）
国，地方公共団体，事業者及び国民は，事業の実施前における環境影響評価の重要性を深く認識して，評価法の規定による環境影響評価その他の手続が適切かつ円滑に行われ，事業の実施による環境への負荷をできる限り回避し，又は低減することその他の環境の保全についての配慮が適正になされるようにそれぞれの立場で努めなければならない。
(4)第二種事業に係る判定（４条）
ア（略）（１項ないし５項）
イ第二種事業を実施しようとする者は，評価法４条１項の規定にかかわらず，判定を受けることなく評価法（同条を除く。）の規定による環境影響評価その他の手続を行うことができる。この場合において，当該第二種事業を実施しようとする者は，同項４号又は５号に定める主任の大臣以外の者にあっては評価法（同条を除く。）の規定による環境影響評価その他の手続を行うこととした旨を同項各号に掲げる第二種事業の区分に応じ当該各号に定める者に書面により通知し，これらの主任の大臣にあってはその旨の書面を作成するものとする。（６項）
ウ（略）（７項，８項）
(5)方法書の作成（５条１項）
事業者は，対象事業に係る環境影響評価を行う方法（調査，予測及び評価に係るものに限る。）について，主務省令で定めるところにより，次に掲げる事項を記載した環境影響評価方法書（以下「方法書」という。）を作成しなければならない。
ア事業者の氏名及び住所（法人にあってはその名称，代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）（１号）
イ対象事業の目的及び内容（２号）
ウ対象事業が実施されるべき区域（以下「対象事業実施区域」という。）
及びその周囲の概況（３号）
エ対象事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法（当該手法が決定されていない場合にあっては，対象事業に係る環境影響評価の項目）（４号）
(6)方法書の送付等（６条１項）
事業者は，方法書を作成したときは，主務省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域を管轄する都道府県知事及び市町村長（特別区の区長を含む。以下同じ。）に対し，方法書を送付しなければならない。
(7)方法書についての公告及び縦覧（７条）
事業者は，方法書を作成したときは，環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法について環境の保全の見地からの意見を求めるため，環境省令で定めるところにより，方法書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公告し，上記(6)に規定する地域内において，方法書を公告の日から起算して一月間縦覧に供しなければならない。
(8)方法書についての意見書の提出（８条１項）方法書について環境の保全の見地からの意見を有する者は，上記(7)の公告の日から，上記(7)の縦覧期間満了の日の翌日から起算して２週間を経過する日までの間に，事業者に対し，意見書の提出により，これを述べることができる。
(9)方法書についての意見の概要の送付（９条）事業者は，上記(8)の期間を経過した後，上記(6)に規定する地域を管轄する都道府県知事及び当該地域を管轄する市町村長に対し，上記(8)の規定により述べられた意見の概要を記載した書類を送付しなければならない。(10)方法書についての都道府県知事等の意見（１０条）ア上記(9)に規定する都道府県知事は，上記(9)の書類の送付を受けたときは，政令で定める期間内に，事業者に対し，方法書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べるものとする。（１項）イ上記アの場合において，当該都道府県知事は，期間を指定して，方法書について上記(9)に規定する市町村長の環境の保全の見地からの意見を求めるものとする。（２項）
(11)環境影響評価の項目等の選定（１１条）
ア事業者は，上記(10)アの意見が述べられたときはこれを勘案するとともに，上記(8)の意見に配意して前記(5)エに掲げる事項に検討を加え，主務省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法を選定しなければならない。（１項）イ上記アの主務省令は，環境基本法１４条各号に掲げる事項の確保を旨として，既に得られている科学的知見に基づき，対象事業に係る環境影響評価を適切に行うために必要であると認められる環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査，予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針につき主務大臣（主務大臣が内閣府の外局の長であるときは、内閣総理大臣）が環境大臣に協議して定めるものとする。（３項）
(12)環境影響評価の実施（１２条）
ア事業者は，上記(11)アの規定により選定した項目及び手法に基づいて，主務省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響評価を行わなければならない。（１項）
イ上記(11)イの規定は、上記アの主務省令について準用する。この場合において、上記(11)イ中「環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針」とあるのは、「環境の保全のための措置に関する指針」と読み替えるものとする。
（２項）
(13)準備書の作成（１４条１項）
事業者は，上記(12)の規定により対象事業に係る環境影響評価を行った後，当該環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を聴くための準備として，主務省令で定めるところにより，当該結果に係る次に掲げる事項を記載した環境影響評価準備書（以下「準備書」という。）を作成しなければならない。
ア前記(5)アからウまでに掲げる事項（１号）
イ前記(8)の意見の概要（２号）
ウ前記(10)アの都道府県知事の意見（３号）
エ上記イ及びウの意見についての事業者の見解（４号）オ環境影響評価の項目並びに調査，予測及び評価の手法（５号）カ評価法１１条２項の助言がある場合には，その内容（６号）キ環境影響評価の結果のうち，次に掲げるもの（７号）(ア)調査の結果の概要並びに予測及び評価の結果を環境影響評価の項目ごとにとりまとめたもの（環境影響評価を行ったにもかかわらず環境影響の内容及び程度が明らかとならなかった項目に係るものを含む。）
（イ）
(イ)環境の保全のための措置（当該措置を講ずることとするに至った検討の状況を含む。）（ロ）


(ウ)上記(イ)に掲げる措置が将来判明すべき環境の状況に応じて講ずるものである場合には，当該環境の状況の把握のための措置（ハ）(エ)対象事業に係る環境影響の総合的な評価（ニ）ク環境影響評価の全部又は一部を他の者に委託して行った場合には，その者の氏名及び住所（法人にあってはその名称，代表者の氏名及び主たる事務所の所在地）（８号）
(14)準備書の送付等（１５条）
事業者は，準備書を作成したときは，前記(6)の主務省令で定めるところにより，対象事業に係る環境影響を受ける範囲であると認められる地域（前記(8)及び(10)アの意見並びに前記(12)アの規定により行った環境影響評価の結果に鑑み前記(6)の地域に追加すべきものと認められる地域を含む。以下「関係地域」という。）を管轄する都道府県知事（以下「関係都道府県知事」という。   ）及び   関係地   域を管   轄する   市町村   長（以   下「関   係市町   村長」   という。）に対し，準備書及びこれを要約した書類（後記(15)及び(16)において「要約書」という。）を送付しなければならない。
(15)準備書についての公告及び縦覧（１６条）事業者は，上記(14)の規定による送付を行った後，準備書に係る環境影響評価の結果について環境の保全の見地からの意見を求めるため，環境省令で定めるところにより，準備書を作成した旨その他環境省令で定める事項を公告し，関係地域内において，準備書及び要約書を公告の日から起算して一月間縦覧に供しなければならない。
(16)説明会の開催等（１７条）
ア事業者は，環境省令で定めるところにより，上記(15)の縦覧期間内に，関係地域内において，準備書の記載事項を周知させるための説明会（以下「説明会」という。）を開催しなければならない。この場合において，関係地域内に説明会を開催する適当な場所がないときは，関係地域以外の地域において開催することができる。（１項）
イ事業者は，説明会を開催するときは，その開催を予定する日時及び場所を定め，環境省令で定めるところにより，これらを説明会の開催を予定する日の一週間前までに公告しなければならない。（２項）(17)準備書についての意見書の提出（１８条１項）準備書について環境の保全の見地からの意見を有する者は，上記(15)の公告の日から，同条の縦覧期間満了の日の翌日から起算して２週間を経過する日までの間に，事業者に対し，意見書の提出により，これを述べることができる。
(18)準備書についての意見の概要等の送付（１９条）事業者は，上記(17)の期間を経過した後，関係都道府県知事及び関係市町村長に対し，上記(17)の規定により述べられた意見の概要及び当該意見についての事業者の見解を記載した書類を送付しなければならない。(19)準備書についての関係都道府県知事等の意見（２０条１項）関係都道府県知事は，上記(18)の書類の送付を受けたときは，政令で定める期間内に，事業者に対し，準備書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べるものとする。
(20)評価書の作成（２１条）
ア事業者は，上記(19)の意見が述べられたときはこれを勘案するとともに，前記(17)の意見に配意して準備書の記載事項について検討を加え，当該事項の修正を必要とすると認めるとき（当該修正後の事業が対象事業に該当するときに限る。）は，次の各号に掲げる当該修正の区分に応じ当該各号に定める措置をとらなければならない。（１項）
(ア)前記(5)イに掲げる事項の修正（事業規模の縮小，政令で定める軽微な修正その他の政令で定める修正に該当するものを除く。）前記(5)から後記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を経ること。
（１号）
(イ)前記(5)ア又は前記(13)イからエまで，カ若しくはクに掲げる事項の修正（上記(ア)に該当する場合を除く。）後記イ及び後記(21)から後記(26)までの規定による環境影響評価その他の手続を行うこと。（２号）
(ウ)上記(ア)又は(イ)に掲げるもの以外のもの    前記(11)ア及び(12)アの主務省令で定めるところにより当該修正に係る部分について対象事業に係る環境影響評価を行うこと。（３号）
イ事業者は，上記ア(ア)に該当する場合を除き，上記ア(ウ)の規定による環境影響評価を行った場合には当該環境影響評価及び準備書に係る環境影響評価の結果に，上記ア(ウ)の規定による環境影響評価を行わなかった場合には準備書に係る環境影響評価の結果に係る次に掲げる事項を記載した環境影響評価書（以下後記(25)までにおいて「評価書」という。）を，主務省令で定めるところにより作成しなければならない。（２項）
(ア)前記(13)に掲げる事項（１号）
(イ)前記(17)の意見の概要（２号）
(ウ)前記(19)の関係都道府県知事の意見（３号）(エ)上記(イ)及び(ウ)の意見についての事業者の見解（４号）
(21)免許を行う者等への送付（２２条）
ア事業者は，評価書を作成したときは，速やかに，次の(ア)及び(イ)に掲げる評価書の区分に応じ当該(ア)又は(イ)に定める者にこれを送付しなければならない。（１項）
(ア)前記(2)イ(イ)ａに該当する対象事業（免許等に係るものに限る。）
に係る評価書当該免許等を行う者（１号）
(イ)（略）（２号ないし６号）
イ上記ア(ア)又は(イ)に定める者（環境大臣を除く。）が次の(ア)又は(イ)に掲げる者であるときは，その者は，評価書の送付を受けた後，速やかに，当該(ア)又は(イ)に定める措置をとらなければならない。（２項）(ア)内閣総理大臣若しくは各省大臣又は委員会の長である国務大臣（後記(25)アにおいて「内閣総理大臣等」という。）環境大臣に当該評価書の写しを送付して意見を求めること（１号）。
(イ)（略）（２号）
(22)環境大臣の意見（２３条前段）
環境大臣は，上記(21)イ(ア)又は(イ)の措置がとられたときは，必要に応じ，政令で定める期間内に，当該(ア)又は(イ)に掲げる者に対し，評価書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べることができる。
(23)免許等を行う者等の意見（２４条）
上記(21)イ(ア)又は(イ)に定める者は，上記(21)アの規定による送付を受けたときは，必要に応じ，政令で定める期間内に，事業者に対し，評価書について環境の保全の見地からの意見を書面により述べることができる。この場合において，上記(22)の規定による環境大臣の意見があるときは，これを勘案しなければならない。