ウ被告は、令和４年４月８日付けで、沖縄県に対し、地方自治法２４５条の４第１項に基づき、同月２０日までに、本件変更承認申請について承認するよう勧告した（乙１）。これに対し、原告は、同月２０日、同日までに承認に関する判断ができない旨を回答した（乙２）。エその後、被告は、令和４年４月２８日付けで、沖縄県に対し、地方自治法２４５条の７第１項に基づき、本件変更承認申請について承認するよう指示（本件是正の指示）をした（甲１）。
本件是正の指示の理由の骨子は、本件変更不承認処分の処分理由に係る判断は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、都道府県の法定受託事務の処理が法令の規定に違反していると認められ、又は著しく適正を欠き、かつ、明らかに公益を害していると認められるから、原告は上記の承認をすべきであるというものである。本件是正の指示の理由の内容は、「処分庁」を「沖縄県知事」に、「審査請求人」を「沖縄防衛局」に「事案の概要」を「第１章」にそれぞれ訂正するなど、語句の補正を行うほかは、本件裁決の理由の内容（甲５〔１４頁以下〕）と同一であり、その判断は、本件審査請求において提出された沖縄防衛局及び原告の各主張立証に係る資料に依拠している。
国地方係争処理委員会に対する本件裁決の審査の申出
ア原告は、令和４年５月９日付けで、国地方係争処理委員会に対し、本件裁決が違法な国の関与であるとして、審査の申出をした。イ国地方係争処理委員会は、令和４年７月１２日付けで、原告に対し、上記審査の申出は不適法であるとして、同申出を却下する決定をした（乙３）。
ウ原告は、令和４年８月１２日、国地方係争処理委員会がした上記イの却下決定に不服があるとして、地方自治法２５１条の５第１項に基づき、被告による本件裁決が違法な国の関与であると主張して、その取消しを求める訴訟を提起した（当庁令和４年（行ケ）第２号）。
国地方係争処理委員会に対する本件是正の指示の審査の申出ア原告は、本件是正の指示に不服があるとして、令和４年５月３０日付けで、地方自治法２５０条の１３第１項に基づき、国地方係争処理委員会に対し、審査の申出をした（甲２）。
イ国地方係争処理委員会は、令和４年８月１９日付けで、原告に対し、本件是正の指示が違法でないと認める旨の本件決定をした（甲３）。本件決定の理由の骨子は、本件変更承認申請に対する原告の事務の処理は、本件裁決の拘束力に基づき改めて本件変更承認申請に対する処分をする義務に違反しており、同事務処理が法令の規定に違反しているものと認めてした本件是正の指示は、地方自治法２４５条の７第１項の要件を満たしてされたものといえるというものであり、本件変更不承認処分の処分理由の当否についての直接的な判断はされていない。
ウ原告は、令和４年８月２４日、国地方係争処理委員会がした本件決定に不服があるとして、地方自治法２５１条の５第１項に基づき、本件是正の指示が違法な国の関与であると主張し、その取消しを求めて、本件訴訟を提起した。
４争点及びこれに対する当事者の主張
本件における争点は、①本件裁決の拘束力が本件訴訟に及ぼす作用（争点１）、②本件裁決の有効性（争点２）、③本件是正の指示の有効性（争点３）及び④本件是正の指示の適法性である。
このうち、本件是正の指示の適法性については、本件変更承認申請について災害防止要件（争点４）、環境保全要件（争点５）、第１号要件（争点６）、埋立ての必要性（争点７）及び変更の「正当ノ事由」の要件（争点８）を欠くとした原告の判断（処分理由等）が、その裁量権を逸脱し又は濫用したものとして、法令の規定に違反し又は著しく適正を欠きかつ明らかに公益を害している（以下これらを併せて「法令違反等」という。）と認められるか否かという点であり、これらの争点に対する当事者の主張は以下のとおりである。なお、争点の記載順序は、各争点の内容に照らし上記のとおりとした。
本件裁決の拘束力が本件訴訟に及ぼす作用（争点１）
（被告の主張）
ア原告が本件裁決に拘束されること
本件変更不承認処分を取り消した本件裁決が有効である以上、原告は、関係行政庁（本件裁決の審査対象である本件変更不承認処分の処分庁）として、本件裁決に拘束される（行審法５２条１項）。そして、処分庁である原告は、裁決の趣旨、すなわち、裁決の主文及びこれを根拠づける具体的理由に従った行動を義務づけられ、違法又は不当とされたのと同一の理由により同一の処分を行うことが禁止される（同条２項）。本件裁決は、本件変更承認申請が第１号要件及び第２号要件等に適合しないとした本件変更不承認処分が違法かつ不当であることの具体的理由を明らかにし、本件変更承認申請を不承認とする理由にはならないことを示した上で、本件変更不承認処分を取り消したものであるから、本件裁決の拘束力により、処分庁である原告は本件変更不承認処分と同じ理由で不承認とすることはできない立場にある。しかるに、原告が、本件変更不承認処分と同じ理由を、本件変更承認申請を承認できない理由として繰り返し、それをもって本件変更承認申請を承認するよう指示した本件是正の指示が違法であると主張することは、本件裁決に反する行動であり、裁決の拘束力に反するものといわざるを得ない。本件変更不承認処分の理由は、本件是正の指示の違法性を根拠づける事由にはなり得ないものである。
イ裁決等が「国の関与」から除かれていることの趣旨について地方自治法２４５条３号括弧書きは、行審法に基づく裁決等によるいわゆる裁定的関与を「国の関与」から除外しているところ、その趣旨は、審査請求人に対する手続保障、審査請求人の権利利益の救済及び紛争の早期解決という点を考慮して、裁決等については、それを定めた法律等による手続（本件では、行審法に定められた審査請求手続）で完結させ、準司法的手続における判断を優先させることにあるのであり、国の関与についての係争において、裁決等の適否を審理することは予定されていない。かかる理解は、地方自治法が、限定を付すことなく一律に「裁決等」を除外していることにも合致するところである。


本件訴訟において、本件変更不承認処分が適正な判断であったか否かの点につき審理・判断に及ぶ場合、裁決等が機関訴訟で争われることと全く同様の弊害をもたらすことは明らかであり、審査請求人に対する手続保障、審査請求人の権利利益の救済及び紛争の早期解決という点を考慮して、裁決等については、それを定めた法律等による手続で完結させ、準司法的手続における判断を優先させることとした地方自治法の趣旨に反し、また、裁決の拘束力を規定して審査庁の判断を処分庁の判断に制度上優越させることとした行審法の制度的意義を失わせるもので、同法の趣旨にも反するものであって、許されない。
ウ原告の主張について
違法性の承継が否定されること
違法性の承継は、抗告訴訟（取消訴訟）において原告となった者の私的権利利益を救済するための議論であり、私的権利利益を救済する手続保障の必要性が一つの大きな論拠であるとされている。そのため、私的権利利益を問題とするものではない機関間の争いである本件にはそもそも当てはまらない。
また、①本件変更不承認処分を理由のないものとすることを目的として行われた裁決と、本件変更承認申請を承認すべきとする是正の指示とは、実体法的側面から、同一の目的を達成するためのものでもなければ、裁決が是正の指示と結合して初めてその効果を発揮するという関係にもないこと、②原告は、公権力の行使をする側であって、本件変更不承認処分に関してその手続的保障が問題となる地位にはない上、本件裁決における対審構造による審理手続の過程で、弁明等として処分庁の言い分を述べる機会が十分に与えられていたこと、③地方自治法２４５条３号括弧書きが、裁決等のいわゆる裁定的関与を「国の関与」から除外しており、審査請求人の権利利益を救済する内容の裁決等については、審査請求手続で完結させ、準司法的手続における判断を優先させるという制度となっていることに照らせば、実質的に見ても、本件に違法性の承継の議論は当てはまらない。
行政権限の濫用が否定されること
被告は、本件において、本件変更承認申請の内容と、それに対する沖縄防衛局と原告の双方の主張するところを踏まえた上で、行審法や地方自治法等の法令の規定に従って、裁決、勧告、是正の指示を行ったにすぎず、被告において何ら行政権限の濫用はない。
（原告の主張）
ア行審法５２条の拘束力が関与に係る訴訟に及ばないこと
地方自治法の解釈原理について
憲法９２条は、「地方自治の本旨」、すなわち団体自治（地方公共団体が自律権を有すること）及び住民自治（地方公共団体の支配意思の形成に住民が参画すること）を制度的に保障しているところ、地方自治法の平成１１年改正は、従来上級下級の関係にあった国と地方公共団体の関係を対等化した。すなわち、地方公共団体の長を国の下部機関とみていた機関委任事務は廃止され、国が地方公共団体に対してなし得る関与は法定され（同法２４５条の２）、必要な最小限度のもので、地方公共団体の自主性及び自立性に配慮しなければならないとされる（同法２４５条の３）などした。そして、「地方公共団体に関する法令の規定は、地方自治の本旨に基づいて、かつ、国と地方公共団体との適切な役割分担を踏まえて、これを解釈し、及び運用するようにしなければならない。」（同法２条１２項）とされている。
裁決の拘束力の及ぶ範囲について
行審法５２条に定める裁決の拘束力は、裁決が争訟判断行為であることから認められた特殊な効力であり、裁決の実効性を確保し、審査請求人の権利利益の救済を図るためにあるところ、その効力は、審査請求に係る当該事案において、裁決において違法・不当とされた原処分と同一事情、同一理由による処分を繰り返すことを禁止し、「当該裁決の趣旨に従って行動する義務」を関係行政庁に負わせるという作用に尽きており、拘束力の作用の内容やその作用が及ぶ範囲を必要以上に拡張して理解すべきではない。
そして、地方自治法上の関与制度は、国民の権利利益の救済を図ることを目的とする制度ではなく、法令所管大臣が所管する法令に係る法定受託事務の適法、適正な執行の確保を図ることを目的とする制度であり、関与訴訟においては、当該法定受託事務に係る法令の解釈が司法により示され、広い意味での行政の適法、適正な執行が統一されることが制度的に予定されているのであって、また、そのことが担保されていなければならない。
仮に、関与訴訟において行審法５２条の拘束力により処分庁が所属する地方公共団体の主張が制限され、裁判所の審理範囲が制限されてしまうと、違法な解釈によって法定受託事務の処理の全国的な統一が図られることになりかねず、関与制度の趣旨・目的に正面から反する事態となってしまう。また、地方公共団体の側から見ても、上記のような制限が認められることになると、地方公共団体は、国に劣後し、服従する地位に置かれることとなり、地方自治法が定める地方公共団体の自主性や自律性が侵害される。
関与制度の上記趣旨・目的に照らし、また、地方自治の本旨に適合的に解釈するのであれば、法定受託事務に係る処分について地方自治法２５５条の２に基づく審査請求において取消裁決がされ、その後、当該処分に係る法定受託事務について関与がされた場合に、行審法５２条の拘束力が後者の手続に及び、処分庁が所属する地方公共団体の主張が制限され、関与取消訴訟等における裁判所の審理範囲が限定されることにはならない。
被告の主張について
被告は、地方自治法２４５条３号括弧書きが裁決等を国の関与から除外した趣旨からして、裁決等の内容を踏まえた是正の指示がされたにもかかわらず、是正の指示を争う手続の中で裁決等の適否の審理・判断が行われるとすれば、地方自治法の趣旨や行審法の制度的意義を失わせると主張する。
しかしながら、地方自治法は、裁決等と関与を区別して取り扱っているのであって、裁決等の拘束力が関与取消訴訟等の手続にまで及ぶものとして関与制度が設けられているということはできないし、裁決と是正の指示を連結させることで、裁決の理由中の判断を是正の指示の要件判断に代替させることは、行審法においても、地方自治法においても予定されていない。
また、行審法５２条１項及び２項は、裁決等の拘束力を作用させる時期を明定していないのであるから、対等な関係にある国と地方公共団体の双方が何らかの調整を経た後でなければ、同拘束力が生じないと考えられ、関与取消訴訟等の手続に裁決等の拘束力が及ばないと解しても、地方自治法の趣旨や行審法の制度的意義を失わせることにはならない。その上、原告は、本件裁決の効力を争っているところ、裁決の拘束力を処分庁が争っているにもかかわらず、裁決が確定する以前に、その拘束力によって、裁決に反する主張をなし得ないというのは、どう考えても不合理である。
イ違法性の承継が認められるべきこと


仮に、裁決等の拘束力が関与取消訴訟に及ぶとすれば、是正の指示の適法要件は裁決等の適法要件（理由中の判断）と重複するものとなるから、是正の指示の目的（一定の行政目的）は裁決等における判断によって達成され、裁決等の理由中の判断は、是正の指示と相まって現実化することになる。すなわち、是正の指示が裁決等と結合して、一定の行政目的を達成するための手段となっている。この場合、裁決等と是正の指示との間には、実体法上の先決関係（裁決等の違法が直ちに是正の指示の違法をもたらす関係）が認められる。
そして、裁決等に対して、処分庁が所属する行政主体において争う手段が存在しないとすれば、是正の指示の適法性（裁決等の理由中の判断）を争う手続保障は一切ないことになる。
そうすると、違法性の承継が肯定され、関与取消訴訟において裁決等の違法性を争うことが許されるというべきである。
ウ行政権限の濫用として裁決の違法性が審査されるべきこと被告は、本件埋立事業を推進するという目的のために、審査庁としての立場で、沖縄防衛局の審査請求に対して裁決を行うという権限を行使しつつ、関与庁としての立場で、沖縄県に対する是正の指示として特定の処分をすることを指示するという権限を行使しているが、このような権限の行使は、権限を不当に連結し、仕組みを濫用して、それぞれの立場単独では得られない法的効果を得ようとするものである。仮に、違法性の承継が肯定されないとしても、上記のように行政権の濫用があることから、本件裁決の違法性は、本件是正の指示を違法ならしめるものといえるから、本件訴訟において、本件裁決の違法性が審査の対象となるというべきである。
本件裁決の有効性（争点２）
（原告の主張）
本件裁決は、次の理由により無効なものであり、本件変更不承認処分は失効していないから、本件是正の指示は、原告が処分をすることができないにもかかわらず処分の指示をしたものであり、違法な関与として取り消されるべきである。
ア本件裁決が行審法の適用がない処分についてされた裁決であること本件変更不承認処分は、以下の点からして、沖縄防衛局がその「固有の資格」において相手方になったものと解すべきであり、行審法が適用されない（行審法７条２項）から、本件裁決は無効である。前件関与取消訴訟における令和２年最高裁判決の判断は、免許・承認処分に紐づけられた免許・承認処分後の規律について、「固有の資格」該当性の判断の考慮から除外している。しかし、国民の権利利益の救済を目的とする行政不服審査制度において、「国民」に「国」を読み込めるケースは、本来、例外的でなければならない。そして、本件で問題となっている本件変更不承認処分は、埋立承認処分後の段階を必然的に伴う時点でなされたものであるところ、国の立場と一般私人との立場とを全く均質・対等なものとする前提から出発してよいかについては、十分な検討がされるべきである。
手続や要件等の差異について
埋立法は、埋立承認（埋立法４２条１項所定の都道府県知事の承認をいう。以下同じ。）に基づいて公有水面の埋立て（以下、単に「埋立て」という。）をする場合について、指定期間内における工事の着手及び竣功の義務に係る規定（同法１３条）や違法行為等に対する監督に係る規定（同法３２条、３３条）、埋立免許（同法２条１項所定の都道府県知事の免許をいう。以下同じ。）の失効に係る規定（同法３４条、３５条）を準用していない。また、国に対する変更承認（同法４２条３項に基づく都道府県知事の承認をいう。以下同じ。）の対象については、埋立地の用途の変更又は設計の概要の変更に係る部分に限るとしている。このような埋立承認がされた後の規律が埋立免許の場合と相違するのは、国が本来的に公有水面の支配管理権を有していること等に由来するものである。すなわち、国は、埋立承認がされた後は、自律的に埋立てを施行することができ、竣功期間に制限がなく、都道府県知事の監督も受けない。竣功期間に制限がない結果、その伸長につき変更承認を得る必要性はなく、埋立承認により大枠で要件の充足が判断されている以上、より環境負荷が少ない埋立区域の縮少についても自律的に施行できる。これに対し、仮に、本件が、国以外の者が事業主体であった場合、竣功期間の伸長と埋立区域の縮少も伴っていることから、それらの点の変更許可申請が必要である。また、実際にいつ完成するか不明確となり変更許可が不許可とされるならば、埋立免許が失効し、原状回復義務を負うこととなる。しかし、本件では国が事業主体であるため、これらの規律を受けず、竣功期間の伸長と埋立区域の縮少については変更承認申請がされず、これらの点は、変更承認において考慮されない。以上のとおり、国が公有水面の支配管理権を有しており、埋立承認を受けた後の異なる規律の法効果が既に生じているという背景から、国以外の者が変更許可を受ける場合と、国の機関が変更承認を受ける場合とでは手続及び要件に差異があり、この差異によって、「国の機関等が一般私人に優先するなど特別に取り扱われている」（令和２年最高裁判決）ところ、沖縄防衛局は、一般私人が立ち得ないような立場において変更承認処分の相手方となるもの、すなわち、「固有の資格」において本件変更不承認処分の名宛人となったものである。
上記の点に関し、被告は、本件変更不承認処分の審査対象である埋立地の用途又は設計の概要の変更の手続や要件等には何ら差異が設けられていない旨主張するが、令和２年最高裁判決においても、具体的な処分の規律のみを考慮する判断枠組みは採用されておらず、比較されるべきは制度としての変更承認と変更許可（埋立法１３条ノ２第１項所定の都道府県知事の許可をいう。以下同じ。）の手続や要件等の規律（免許基準以外の規律も広く含む。）である。
工事の着手及び竣功の時期の指定（附款）に関する埋立法１３条や埋立免許後の失効に関する同法３４条は、埋立免許には適用される一方、埋立承認には適用されず、その結果、国が変更承認を受けるべき場合が限定されることとなるのであるから、変更承認と変更許可とではその処分要件その他の規律に実質的な差異があるというべきである。期間の指定の附款についての規律の相違は、処分要件その他の規律に当たると解されるから、その限度では、令和２年最高裁判決の判断には見落としがあると言わなければならない。
法的効果について
被告は、埋立承認と埋立免許はいずれも同じく埋立てをなし得る地位の取得に係る処分で、埋立承認処分については「固有の資格」該当性が否定されているところ、その内容の一部を変更する処分である変更承認処分・変更許可処分についても同様に解される旨主張している。しかし、令和２年最高裁判決は、法的効果が同じであることから「固有の資格」該当性を否定したわけではない。埋立承認処分と埋立免許処分の規律と、埋立変更承認処分と埋立変更許可処分の規律が異なる以上、前者の法的効果と後者の法的効果が共通するからといって、後者についても「固有の資格」該当性が当然に否定されるという関係にないことは明らかである。


イ本件裁決が本件審査請求の審査庁になり得ない行政庁によってされた裁
決であること
仮に本件変更不承認処分に行審法の適用があるとしても、行審法９条２項が審理員について除斥事由を定めている趣旨からすれば、地方自治法２５５条の２第１項１号に基づいて法定受託事務に関する都道府県知事の処分についての審査請求を担当する「大臣」とは、審査請求に係る処分について利害関係を有しない大臣を指すと解すべきである。しかるに、被告は、国土交通省の長として内閣の一構成員の地位にあり、「閣議にかけて決定した方針に基いて」（内閣法６条）される内閣総理大臣の指揮監督下にあるとともに、「特定の内閣の重要政策」に関する「閣議において決定された基本的な方針」（国土交通省設置法４条２項）に拘束される立場にあり、本件裁決の審査請求をした沖縄防衛局と一体化したものというべきであって、地方自治法２５５条の２第１項１号の「大臣」として審査庁になり得ないから、本件裁決は無効というべきである。ウ本件裁決が審査庁の立場を放棄して行審法上の審査請求制度を著しく濫
用してされた裁決であること
被告は、上記イのとおり、本件埋立事業を推進してきた内閣の一員であり、同事業に関する従前の被告の対応（特に、①平成２７年の前件取消しにつき沖縄防衛局が審査請求をした際、被告が執行停止決定をするとともに、閣議了解の下、裁決を保留して地方自治法に基づく代執行等をし、審査請求の取下げまで審査を行わなかったこと、②平成３０年にも前件撤回処分につき執行停止決定をしたこと）からしても、沖縄防衛局と役割分担をしてその時々に政府にとって都合のよい手続を濫用してきたことは明らかであって、本件審査請求を中立・公正に判断できる立場にはない。そして、本件では、国土交通省水管理・国土保全局水政課が本件裁決及びこれと同趣旨の勧告を同時にしているところ、法定受託事務や自治事務における個別の処分に対して直接主務大臣が関与することは通常あり得ない上、当事者である沖縄防衛局が審査請求をしており、審査庁としての権限は原処分の取消しにとどまるのに、主務大臣が別途地方自治法上の勧告という前代未聞の対応をしたものである（なお、被告は、勧告に至る検討経過等の回答を拒否しており、審査庁として得た資料を基に審査と並行して勧告の発出を検討するなど中立性を毀損する行動をしていたと考えられる。）。
よって、本件裁決は、被告が、内閣の一致した方針に従い、沖縄県名護市辺野古に普天間飛行場の代替施設を建設するために本件変更不承認処分を覆滅させることを一義的な目的として、中立的判断者たる審査庁の立場を放棄して行ったものであり、行政不服審査に名を借りた濫用的関与として違法無効なものであるから、地方自治法２４５条３号括弧書きの「裁決」に当たらず、「国の関与」から除外されないというべきである。
（被告の主張）
本件裁決は、沖縄防衛局による行審法に基づく審査請求に対する裁決であって、これが地方自治法２４５条３号括弧書きの「裁決」に当たることは明らかであるから、「国の関与」から除外される。したがって、本件訴えは、「国の関与」を対象としない不適法なものであり却下されるべきである。本件裁決が無効であるとの原告の主張は、次のとおり理由がない。ア本件裁決が行審法の適用がない処分についてされた裁決であるとの主張
について
前件関与取消訴訟において、令和２年最高裁判決は、埋立法４２条１項に基づく埋立承認は、国の機関が行審法７条２項にいう「固有の資格」において相手方となるものということはできない旨の判決をしているところ、この法理判断に従えば、次のとおり、変更承認の処分も、国の機関が同項にいう「固有の資格」において相手方となるものということはできない。
法的効果について
埋立法上の変更許可・変更承認の制度は、既にされた埋立免許・承認を前提に、これを事業の完遂のために必要な範囲・事項につき、その内容の一部を変更し、事業者が、当該事業全体につき、変更後の内容でもって埋立てを適法に実施し得る地位を得ることに関するものである。そして、変更承認は、これを受けて初めて変更後の設計の概要等に基づいて埋立てを適法に実施し得る地位を取得できるという法的効果が生じるという点において、当初の埋立承認による法的効果と同様であり、また、これは、国以外の者が、変更許可によって、初めて変更後の設計概要等に基づいて埋立てを適法に実施し得る地位を取得できるという法的効果が生じる場合とも、何ら異ならない。
埋立承認と埋立免許が、いずれも埋立てをなし得る地位の取得に係る処分であり、埋立承認が一般人が立ち得ないような立場において処分の相手方になるものとはいえない以上、そこで得られた当該埋立てをなし得る地位の内容の一部を変更する処分である変更承認が、一般人が立ち得ないような「固有の資格」において相手方となるものとはなり得ないし、国が受ける変更承認も、国以外の事業者が受ける変更許可も、同様に埋立てをなし得る地位の内容の一部を変更する処分であることからしても、変更承認が「一般人が立ち得ないような立場において処分の相手方になるもの」とならないことは明らかである。
手続や要件等の差異について
埋立法４２条３項は、埋立地の用途又は設計の概要の変更に係る部分に限って同法１３条ノ２の規定を変更承認に準用しているところ、変更承認の対象となる埋立地の用途又は設計の概要の変更に係る手続や要件等は、国以外の者が埋立免許につきそれらの変更許可を受ける場合と何ら差異はなく、変更承認と変更許可のいずれについても、同様の手続及び要件により、変更後の設計の概要等に基づいて埋立てを適法に実施し得る地位を得られることに変わりはないから、国の機関が一般私人が立ち得ないような立場において処分の相手方になるものとはいえない。原告は、埋立法４２条３項が同法１３条ノ２のうち埋立区域の縮少や竣功期間の伸長に係る部分を準用していないことを理由に国の機関等が一般私人に優先するなど特別に取り扱われていると主張するが、「固有の資格」該当性の判断に当たっては、対象となる処分に対する不服申立てにおいて審査の対象となるべきもの、つまりは、不承認とされた変更事項が何かに着目し、それを審査する際に適合性が問題となる要件に着目することになるはずであって、審査対象ではない竣功期間の伸長等に着目して、その「固有の資格」該当性を判断すること自体が失当である。なお、埋立区域の縮少及び竣功期間の伸長の許可に係る規定は、国が公有水面について本来的な支配管理権能を有していること等に鑑みて国による埋立てには準用されていないものである。


また、工事の着手及び竣功に関する期間の指定の有無をもって、国の機関が一般私人に優先するなど特別に取り扱われているわけではなく、当該期間の指定が公有水面の埋立てを適法に実施し得る地位を受けるための処分の処分要件その他の規律自体に関係するものではないから、国の機関と国以外の者との間で、上記の規律につき実質的な差異はない。すなわち、工事の着手及び竣功に関する期間の遵守等に関する埋立法１３条や３４条の規定は利権屋の排除を趣旨とするものであり、これらの規定が国の機関による埋立てに準用されないのは、上記趣旨を考慮する必要がないからであって、国の機関を特別優先する趣旨に出たものではない。また、工事の着手及び竣功に関する期間の指定は、飽くまで附款であり、公有水面の埋立てを適法に実施し得る地位を付与するための処分を受けるための処分要件等の規律の本質的内容を構成するものではなく、一般私人が設計の概要や埋立地の用途の変更に併せて竣功期間の伸長について許可を得る必要があるとしても、設計の概要や埋立地の用途の変更申請の審査において異なる規律が及ぶこととなるわけではないから、上記期間の指定に関する規律の差異は、「固有の資格」該当性を肯定すべき事情にはなり得ない。
したがって、変更承認について国の機関が「固有の資格」において相手方となるものでない以上、本件変更不承認処分は沖縄防衛局が「固有の資格」において相手方となった処分とはいえないことは明らかであるから、本件裁決は行審法の適用がある処分についてされた有効なものである。
イ本件裁決が本件審査請求の審査庁になり得ない行政庁によってされた裁
決であるとの主張について
行審法では審査庁の除斥事由などを定めておらず、行審法上の審理員の規定を審査庁に適用する余地がないのは明らかである。また、行審法にいう「利害関係人」とは、審査請求に対する裁決の主文によって直接自己の権利利益を侵害される者をいうと解されるところ、本件変更不承認処分の根拠法令である埋立法に照らせば、被告は、正に当該法令を所管する大臣であり、公益の観点（行政による公権力の行使の適正という観点）でこれに関与し、所管法令に基づく処分の違法性ないし相当性という範囲において準司法的な裁定機関として裁決を行う機関そのものであって、行審法にいう利害関係人に該当すると解する余地はないから、被告が審査庁になり得ないことを理由に本件裁決の違法無効をいう原告の主張には理由がない。
ウ本件裁決が審査庁の立場を放棄して行審法上の審査請求制度を著しく濫
用してされた裁決であるとの主張について
国の機関であってもその「固有の資格」によらずに相手方となった処分について審査請求ができ、それを審査庁が裁決できることは明らかである。また、閣議決定は、内閣の重要政策に関する基本的な方針として決定されるものであり（内閣法４条２項）、個別の処分の法令適合性の判断を拘束するようなものではあり得ない。被告は、法律を誠実に執行する義務を負っており（憲法７３条１号）、具体的な不承認理由を基にされた本件変更不承認処分について、埋立法の適用の見地から不承認とされるべきかどうかを判断したものであって、普天間飛行場の移設が基本方針だとしても、それが個別の法令に反して行われることが許されるわけではない。行審法や地方自治法上、裁決と勧告を同日で行うこと等についての禁止や制約はなく、被告は、本件変更承認申請の内容及びそれに対する沖縄防衛局と処分庁（原告）の言い分を踏まえた上で、法令の規定に従って、裁決、勧告、是正の指示を行ったにすぎず、上記一連の経緯をもって、被告の中立性や公平性が損なわれるものではない。被告は、本件裁決に当たって、埋立法の所管大臣の立場において、行審法上の審査庁として、所管法令上の法定受託事務である処分について審理及び判断を行ったものであり、被告が内閣の一員であることによって、その中立性や公正性を損なうものではないから、本件裁決が審査請求制度を著しく濫用してされた違法なものであるとする原告の主張には理由がない。
本件是正の指示の有効性（争点３）
（原告の主張）
国は、公有水面埋立をなす事業者としての立場、地方自治法２５５条の２における審査庁の立場、及び同法２４５条の７の法令所管大臣すなわち関与庁としての立場という三つの立場を併有するものであるが、以下で述べるとおり、本件埋立事業を実現することを目的として、上記三つの立場を連結させて、一つの立場ではなし得ない権限を行使してきたという事実関係があり、本件是正の指示は、その一環をなすものであるから、権限を不当に連結し、行政作用の法的仕組みを濫用するものとして、違法、無効である。すなわち、本件埋立事業は、普天間飛行場の辺野古移設を唯一の解決策とする閣議決定に基づき推進されている事業であり、「特定の内閣の重要政策」に該当し、被告は、内閣の構成員として、かかる政策について内閣補助事務を行う立場にある（内閣法３条、国家行政組織法４条、５条２項、国土交通省設置法３条２項、３項、４条２項）。
その一方で、被告は、埋立法を所管し、分担管理事務を行う立場として、地方自治法２４５条の７等の関与や、同法２５５条の２に基づく審査請求の審査庁となるが（国家行政組織法４条、国土交通省設置法３条１項、４条１項５７号）、その場合も内閣法６条の「閣議にかけて決定した方針に基づいて」行われる内閣総理大臣の指揮監督下に置かれることになる。そして、本件埋立事業に関する従前の被告の対応（特に、①平成２７年の前件取消しにつき沖縄防衛局が審査請求をした際、被告が執行停止決定をするとともに、閣議了解の下、裁決を保留して地方自治法に基づく代執行等をし、被告は審査請求の取下げまで審査を行わなかったこと、②平成３０年にも前件撤回処分につき被告が執行停止決定をしたこと）からすると、沖縄防衛局と役割分担をして、その時々に政府にとって都合のよい手続を濫用してきたことは明らかである。


そして、本件裁決及び本件是正の指示は、極めて短期間で、かつ同内容によって行われており、被告が、審査庁としての立場に基づく権限行使とは別に、関与庁としての立場に基づく権限行使について検討した形跡はない。また、本件是正の指示は、本件裁決により本件変更不承認処分が取り消されていることを前提として、審査庁としての立場ではなし得ない、特定の処分を指示しているもので、審査庁して本件変更不承認処分を取り消すに当たって、地方公共団体が国とは対等な関係にあって上級下級の関係にないことから行審法上自ら承認処分をすることができないという制度の限界があることを没却し、他の権限を利用することによって地方公共団体の自律性を否定し、行審法の脱法を図るものである。結局、事業者として公益実現という目的のために、関与庁としての立場と審査庁としての立場で権限を行使し、それぞれの立場では許容されない法効果を得ようとしたものといわざるを得ない。このような権限行使は、権限を不当に連結し、仕組みを濫用したものであって、違法・無効である。
被告の権限の濫用は、被告が本訴における答弁書において、原告の法定受託事務の処理が本件裁決の拘束力に反し違法である旨主張したことにより、一層裏付けられたものといえる。
（被告の主張）
本件裁決は、被告が、本件変更不承認処分を受けた者（沖縄防衛局）からの不服申出たる審査請求を受け、審査庁として、行審法に基づき、埋立法による当該処分の違法不当を審査する見地から行ったものであり、その有効性に何ら疑義がない。そして、本件是正の指示は、被告が、地方自治法に基づき、埋立法の所管大臣として、法定受託事務に係る法適用の適正確保の見地から、勧告を経てしたものであって、本件変更承認申請について、本件裁決と整合する内容の勧告や是正の指示をしたことをもって、濫用であるとされる理由はない。
また、本件是正の指示等に当たってされるべき原告に係る事務処理の法適合性という個別・具体的判断は、閣議決定等から直接帰結されるものではない。普天間飛行場の移設が基本方針であるとしても、それが個別の法令に反して行われることが許されるわけではなく、移設事業の一環として公有水面の埋立てが必要な場合において、その法令の適合性について所管大臣が判断する必要性が生じた場合に、これについて法令の規定に基づき判断することは当然というべきである。
したがって、本件是正の指示に関与権限の濫用は認められない。災害防止要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無（争点４）
（被告の主張）
原告の処分理由等のうち本件変更承認申請につき災害防止要件を満たさないとした部分はいずれも理由がなく、本件変更不承認処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、かつ、不適切な裁量判断によるものとして不当であるから、本件是正の指示は適法である。アＢ－２７地点の力学調査の必要性がないこと（処分理由・４   イ及び同イ関係）
Ｂ－２７地点の力学調査が不要であること
基準告示を解説している国土交通省港湾局監修、公益社団法人日本港湾協会発行「港湾の施設の技術上の基準・同解説（上・中・下巻）平成３０年５月」（以下「港湾基準・同解説」という。）には、港湾施設の性能照査の方法に関し、自重に関する永続状態における基礎地盤の円弧すべり（斜面等が円弧状のすべり面によって破壊する現象）に対して安定性を検討する際の性能照査式として、「式（２．２．２）」が掲げられている（１０６９及び１０７０頁）ところ、本件変更承認申請では、改良地盤の下部に未改良地盤が存在するＣ－１－１－１工区（Ｃ－１護岸のうち、直下において、改良地盤の下部に未改良地盤（Ａｖｆ－ｃ２層及びＡｖｆ－ｃ層の一部）が存在することとなる工区）について、港湾基準・同解説に適合する手法に基づいてせん断強さ（せん断強度）等の土質定数を算出し、これらの値を上記「式（２．２．２）」に代入して安定性能照査が行われているもので、Ａｖｆ－ｃ２層及びＡｖｆ－ｃ層が一定の強度を有することから、予定されている範囲でＳＣＰ工法による地盤改良を行えば、Ｃ－１－１－１工区の下部の地盤を通る円弧のせん断強さが増し、それによってＢ－２７地点の下部を通る円弧全体としてのせん断強さ（せん断強度）が強くなり、最も作用耐力比の値が高くなる円弧であっても、その作用耐力比は１以下となって、港湾基準・同解説に基づく安定性能照査基準を満たすのであるから、改良地盤の下部に未改良地盤が残ることそれ自体が特別な不確実性をもたらすものではない。そして、このＣ－１－１－１工区の安定性能照査をするに際し、検討断面の設定、部分係数・調整係数の設定、土質定数における補正、完成時の安定計算における変動係数の最も大きなＡｖｆ－ｃ２層を代表とした部分係数・調整係数の設定及び動態観測の実施によって不確定性が考慮されているのであるから、局所的にＢ－２７地点の力学調査が行われていなくても安定性能照査の実施は可能であり、その技術的な確実性が否定される理由はない。
この点、港湾基準・同解説は、「式（２．２．２）」の性能照査式に代入するせん断強さ等の土質定数の設定方法に関し、各地層に存在する導出値から算出して得られる推定値と比較して得られる変動係数（推定値に対する導出値のばらつき）が０．６以上であれば信頼性に乏しく性能照査が行えず、試験結果の解釈を見直す必要があるとし、必要に応じて地層区分を再検討したり、地盤調査をやり直したりすることを示唆している一方、変動係数が０．６未満であれば、地層区分をやり直したり、更なる地盤調査を実施すべき必要はないとし、変動係数を踏まえた補正は、区分された地層全体に対して行われるものとしているところ、本件変更承認申請において設計に用いたＡｖｆ－ｃ２層の土質定数の変動係数につき、０．６以上となるものはないのであるから、港湾基準・同解説上、地層区分（地盤のモデル化）について再検討する必要や、土質調査（地盤調査）をやり直す必要はない。


また、Ｂ－２７地点を含む大浦湾側の地盤調査については、港湾基準・同解説の記載に準拠し、地盤調査地点を機械的に設定することなく、①護岸法線及び海底地形を基に設定した各調査エリアの両端部、中央部付近及び法線変化点等を対象として調査地点を設定し、ボーリング調査を実施し、②ボーリング調査地点間の地層の成層状態を把握することを目的として音波探査を実施し、③ボーリング調査地点間及び音波探査において、地層境界が不明瞭な箇所の把握等を目的として更に電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）及びボーリング調査を実施している。その結果、６１か所のボーリング調査、１５か所の電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）、２２測線の音波探査及び２測線の弾性波探査が行われた。このように、ボーリング調査等が高い調査密度で実施されており、調査地点の設定等も港湾基準・同解説に適合する適切かつ合理的なものであったから、Ｂ－２７地点周辺の地盤の性状等は適切に考慮されている。したがって、本件変更承認申請においてＢ－２７地点のボーリング調査に基づく力学的試験を欠くことから、災害防止につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。
Ｂ－２７地点の最下部が地層区分Ａｖｆ－ｃ２に属するとしてその
せん断強さを設定したことが適切であること
設計上の地層区分は、本来不均質性等がみられる地盤について、正確にモデル化することは現実的に難しいことから、設計段階で単純化するものであり、精密科学を追求するものではない。設計上の地層区分を設定する場合には、ある程度のばらつきが出ることはやむを得ない事態であり、他方で、そのようなばらつきが安定性能照査に与える影響を踏まえ、港湾基準・同解説上、ばらつきを示す変動係数が０．６未満であれば、変動係数の大きさに応じて補正を行った上で、各地層の代表値（特性値）を設定することとされている。
本件変更承認申請書においては、地盤から採取した試料の目視観察、物理的特性及び力学的特性等を総合的に判断し、設計上の地層区分として単純化して、当該地盤につきＡｖｆ－ｃ層とＡｖｆ－ｃ２層を分けて設定したのであるから、必ずしも、Ａｖｆ－ｃ層とＡｖｆ－ｃ２層内の全ての場所において、これらの傾向の全てが満たされるわけではない。しかし、上記のとおり、これは、設計上の地層区分を設定する場合に想定されているものである。
そして、本件変更承認申請では、上記のとおり、せん断強さ（せん断強度）を含む土質定数の変動係数がいずれも０．６未満なのであるから、本件変更承認申請における地層区分は、港湾基準・同解説に適合して行われた適正なものであるといえる。
この点、原告は、Ｂ－２７地点におけるＧ．Ｌ．（海底面からの深度）－５９ｍからＧ．Ｌ．－６１ｍまでは、Ａｖｆ－ｃ２層に分類する理由はなく、Ｇ．Ｌ．－５９ｍよりも上の部分のＢ－２７地点のＡｖｆ－ｃ２層の細粒分含有率は、他のボーリング調査を行った３地点（Ｓ－３、Ｓ－２０及びＢ－５８）と異なるので、地層区分はあいまいであり、妥当でないと主張するが、粘性土の力学的特性は、細粒分含有率等の粒度構成よりも、コンシステンシー（土の変形のしやすさの程度）に関連するものとされており、粒度構成のみで地層区分を判断するものではないから、これを重視することは相当ではない。
なお、本件変更承認申請では、Ｂ－２７地点におけるＧ．Ｌ．－５９ｍからＧ．Ｌ．－６１ｍまでの区間においては、薄層で腐植物（有機物の一種）と砂の互層状となっており、有機物を含むとするＡｖｆ－ｃ２層の傾向が確認できることから、より安全側の検討とする観点から、当該区間の層について、砂礫層であるＡｇ層ではなく、強度が低い粘性土層であるＡｖｆ－ｃ２層とされたものであり、この地層区分の判断は適正である。
また、原告は、ボーリング調査を行ったＳ－３、Ｓ－２０及びＢ－５８の各地点におけるＡｖｆ－ｃ２層のせん断強さ（せん断強度）の数値（導出値）をこれらの地点ごとにグラフ化して評価した上、深さと地盤強度との関係がばらばらであって、地層区分の設定について総合的な判断が適切かつ合理的なものとはいえないと主張するが、港湾基準・同解説では、地層ごとに数値（導出値）のばらつきを確認するものとされており、当該地層内の各調査地点内又は各調査地点間の数値（導出値）の比較は必要とされていないから、当を得ない。
なお、ボーリング調査が行われたＢ－５８地点について、目視観察の結果、物理的特性及び力学的特性等を総合的に判断して、Ｇ．Ｌ．－３７ｍ以深をＡｖｆ－ｃ２層に区分したことは合理性がある。以上を踏まえ、Ａｖｆ－ｃ２層の地盤強度の主要な支配要因が土の自重であるという特性があることから、力学試験を行ったＳ－３、Ｓ－２０及びＢ－５８の各地点のＡｖｆ－ｃ２層のせん断強さの導出値から、Ｂ－２７地点を含むＡｖｆ－ｃ２層全体のせん断強さ（せん断強度）を推定することには合理性がある。その上で、Ａｖｆ－ｃ２層の変動係数を確認し、統計的な平均値の推定誤差を勘案した補正を、Ｂ－２７地点を含むＡｖｆ－ｃ２層全体に対するものとして行っている。したがって、本件変更承認申請においてＢ－２７地点の最下部が地層区分Ａｖｆ－ｃ２に属するとしてそのせん断強さを設定したことから、災害防止につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。


イ施工時の斜面における安定性の評価に関し、調整係数ｍを１．１０と設定したことが適切であること（処分理由・４ウ関係）港湾基準・同解説７４９頁は、施工中の安定計算に用いる調整係数について、地盤の変位及び応力を観測する計測施工を行うことを前提とした場合には、γＳ＝１．００、γＲ＝１．００と設定すれば、調整係数ｍを１．１０以上のいずれの値に設定してもよいとしており、設定する調整係数ｍを不確実性に応じて変更しなければならないとの見解を採用していない。調整係数ｍを１．１０とすれば、港湾基準・同解説に適合し、基準告示３条にも適合することになる。
しかも、本件変更承認申請においては、上記アのとおり、①Ｂ－２７地点を含むＣ－１－１－１工区の安定性能照査に際して不確実性が考慮され、②設計に用いた地層区分と、その地層区分に基づいて各地層に設定された、せん断強さ（せん断強度）を含む土質定数（地盤物性値）は、基準告示１３条及び港湾基準・同解説に基づく適正なものであるから、調整係数ｍを１．１０よりも大きな値にしなければ、施工時における最大の作用耐力比が１以上となる可能性があるとはいえない。したがって、本件変更承認申請において施工時の斜面における安定性の評価に関し、調整係数ｍを一律に１．１０と設定したことから、災害防止につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。ウ地盤改良工法に実績があること（処分理由・４   エ関係）サンドコンパクションパイル（ＳＣＰ）工法は、地盤改良の工法として一般的な工法であり、施工実績が豊富で、沖縄県内においても施工実績がある。その規模についても、本件埋立事業と同程度又はそれ以上の規模のＳＣＰ工法を行った前例は複数存在する。砂杭を打設する深度についても、国内においてはＣ．Ｄ．Ｌ．（港湾管理用基準面。１年以上の実測値を基に設定された最低水面（Ｄ.Ｌ．）と同じ高さのもの。）－６５ｍまでの、海外においてはＣ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍまでのそれぞれ施工実績があり、国内のサンドコンパクション船を改造することによって、Ｃ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍまでのＳＣＰ工法を施工することができる技術的な確実性が認められる。このように、地盤改良工法が実績を欠くとした原告の処分理由等には理由がない。
したがって、本件変更承認申請において実績のない地盤改良工法を採用したことから、災害防止につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。
エ原告の主張に対する反論
原告は、埋立地の護岸の安定性に関し、本件変更承認申請が港湾基準・同解説に適合しているだけでは足りず、港湾基準・同解説以上の事項を要求することも原告の裁量の範囲内である旨を主張する。しかしながら、本件変更承認申請に係る護岸の安定性については、港湾基準・同解説に適合していることが認められれば、設計上、護岸下部の地盤で円弧すべりが惹起される可能性がなく、所要の安定性を備えていることが認められるのであるから、災害防止に対する配慮に不足はないのであって、更に上乗せして何らかの事項を求めることは、災害防止上、必要でない措置を講じることを要求するものであり、そのような措置が講じられないことを理由に第２号要件の充足を否定することは、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用するものである。
（原告の主張（処分理由等））
ア本件変更承認申請は、処分理由等（別紙３の第３及び別紙４）に記載のとおり、以下の各点において、災害防止要件に関して原告が設けた審査事項に適合しておらず、同要件を満たさないとした原告の裁量判断は適法であるから、同要件に関する原告の上記の判断に裁量権の逸脱又は濫用があるとした本件是正の指示は違法である。
Ｂ－２７地点の力学的試験が必要であるのにこれを欠いており、同地点の最下部が地層区分Ａｖｆ－ｃ２に属するとしてそのせん断強さを設定したことが不適切であること（処分理由・４イ及び同イ）施工時の斜面における安定性の評価に関し、調整係数ｍを１．１０と設定したことが地盤の不確実性を十分に考慮しておらず不適切である
こと（処分理由・４ウ）
地盤改良工法につきＣ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍまでしか実績がなく、約
２０ｍの未改良部が残ること（処分理由・４エ）
イ本件訴訟における主張の要旨
埋立法４条１項各号の要件は、平成２８年最高裁判決が判示するとおり、埋立承認処分が裁量的な判断であることを前提に、最小限の要件を定めたものであり、第１号要件、第２号要件の充足に関する知事の判断は、その判断が事実の基礎を欠いたり社会通念に照らし明らかに妥当性を欠いたりするものである場合に初めて、裁量権の逸脱・濫用が認められ、違法とされるから、本件においても、上記のような場合であるといえるかどうかが審査されなければならない。
本件では、原告審査基準のうち、免許禁止基準に係る審査事項２のとが問題となっている。同にいう「海岸護岸築造基準」は、港湾法５６条の２の２第１項が定める技術基準であるところ、この技術基準は、法、省令、告示により構成されており、本件では基準告示３条、１３条、４９条１項１号が問題となっている。技術基準を解説する文献として、港湾基準・同解説があるが、当然のことながら、同解説自体は技術基準を構成するものではなく、審査事項も「例えば、少なくとも海岸護岸築造基準に適合している」との表現を用いている。原告は、港湾基準・同解説の最低ラインをクリアしていれば要件を充足していると扱わなければならないよう義務付けられているわけではない。
以上を踏まえると、災害防止要件の充足性の審査は、港湾法の技術基準を参照しつつも、あくまでも、埋立承認申請ないし変更承認申請において、公有水面の埋立てにより生じ得る災害防止上の問題が的確に把握され、これに対する措置が適正に講じられているか否かを知事の専門技術的な知見から審査するというものであり、本件においては、港湾基準・同解説を参照した上で、上記アの各点に関する知事の判断が、事実の基礎を欠き、あるいは社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くと認められるか否かが審査されることになる。


しかし、本件において、上記の場合であるとは認められない。すなわち、知事は、Ｂ－２７地点の力学的試験の必要性については、前提となる地層区分が総合的な判断で、不適切であるとまでは主張しないが、どうしてもあいまいさが残ること、Ｓ－３、Ｓ－２０、Ｂ－５８の各地点における深さと地盤強度の関係が地点間で乖離していること、変動係数はこれらの３地点とＢ－２７地点との間のばらつきを調整するものではないこと、Ａｖｆ－ｃ層及びＡｖｆ－ｃ２層が水面下９０ｍに達し、地盤未改良の粘性土が残置される計画になっていること、同地点が設計上重要であることなどに鑑み、Ｂ－２７地点の力学的試験を実施すべきと判断したものであり、同試験のコストと総工費とを比較すれば、過大な要求ではないことからすると、このような知事の判断が、事実の基礎を欠くとか、社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くなどとは到底いえない。調整係数についても、そもそも港湾基準・同解説の「１．１０」との記述は、その元となっている論文が地盤の不確定性等に応じて１．１０以上の数値を挙げていることからすると、１．１０であればどのような場合でも問題がないという意味ではなく、地盤の不確定性等に応じて１．１０以上の数値から適切な数値を選択することを求めている趣旨であることが明らかである。そして、知事は、極めて膨大な土砂を投入して国内では例のない深度の地盤改良工事を行う本件においては、１．１０以上の数値の中で適切な数値を選択することが必要と判断したのであり、このような知事の判断が、事実の基礎を欠くとか、社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くといえないことは明らかである。
環境保全要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無（争点５）
（被告の主張）
原告の処分理由等のうち本件変更承認申請につき環境保全要件を満たさないとした部分はいずれも理由がなく、本件変更不承認処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、かつ、不適切な裁量判断によるものとして不当であるから、本件是正の指示は適法である。
アジュゴンへの影響について
本件埋立事業の実施がジュゴンに及ぼす影響についての情報収集や予測が適切であること（処分理由・４ア、   ア関係）ａ本件埋立事業の実施がジュゴンに及ぼす影響については、本件願書に添付された環境保全図書においても、当時、ジュゴンが国指定天然記念物で、既に環境省のレッドリストにおいて絶滅危惧ⅠＡ類と評価されていたことが前提とされており、そのことも踏まえて、航空機による生息状況調査、監視用プラットフォーム船による監視、水中録音装置による監視、海草藻場の利用状況の調査などの各種調査が実施されてきた。
実際に行われた海上工事の作業実績を基に、ジュゴンに影響を及ぼす可能性が考えられる水中音や振動を発する工事は、平成２９年１１月から平成３０年８月までの期間がピークであったと推定することができるが、この期間には、嘉陽沖において、個体Ａが定期的に確認されている。他方で、個体Ａが嘉陽周辺海域の海草藻場を利用しなくなったと考えられる平成３０年１０月１８日から同年１２月５日までの間に行われていた工事は、工事再開に伴う復旧作業（台風影響による一部損傷等からの復旧）に限られており、護岸の造成等の水中音や振動を発する工事は実施されていなかった。したがって、個体Ａが確認されなくなったことについて、水中音や振動を発する工事の影響によるものとまで認めることはできない。
また、令和２年２月から同年６月まで及び同年８月に、大浦湾内に設置した水中録音装置から、ジュゴンの鳴音のような音が検出されたところ、各種の追加調査を実施したにもかかわらず、ジュゴンの姿や痕跡は捉えられていないことなどから、水中録音装置から検出された音がジュゴンの鳴音であると確定するには至っておらず、地域特性の変化があったとは認められない。なお、沖縄防衛局は、上記の音がジュゴンの鳴音であり得ることを前提に、追加調査を実施し、継続するという対策を講じている。
ｂ本件願書及び本件変更承認申請書に添付された各環境保全図書においては、国内の測定事例における実測データにより発生源の音圧レベルを推定し、水中音の予測を行っており、その際、近距離音場の不規則性を考慮して、距離減衰量を減衰する方向で補正する予測モデルを用いており、より安全側に予測及び評価を行っている。そして、水中音の予測を行うに当たって同種の海中土木工事及び船舶騒音に関する実測データが基にされている上、水中音の発生レベルが大きくなると予測される時期に至っておらず、既存文献資料に基づく一般的な手法により適切に水中音の予測が行われていることを考慮すれば、現時点において、工事に伴う水中音を実測し、予測値と比較する実益は大きくないと認められ、また、工事に伴う水中音は本件承認処分に際しても事後調査の対象とされておらず、その調査を沖縄防衛局に行わせなければならないような事情までは認められない。本件承認処分に際しても工事に伴う水中音は事後調査の対象とされていなかったことに加え、本件願書に添付された環境保全図書については、当時の沖縄県知事等の意見も踏まえて作成され、本件承認処分の段階で採り得ると考えられる環境保全措置及び対策が講じられており、環境保全に十分配慮した対策が採られていると判断されているところ、本件変更承認申請について、本件変更承認申請書に添付された環境保全図書における予測の結果は、本件願書に添付された環境保全図書における予測の結果と比較して、おおむね同程度又はそれ以下であると評価されているから、本件願書に添付された環境保全図書における環境保全措置の内容を変更しなければならないような事情までは認められない。
ｃしたがって、本件埋立事業の実施がジュゴンに及ぼす影響についての情報収集や予測が不適切であることから、環境保全につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。
本件埋立事業の実施により生じ得る環境への影響を回避又は軽減するために採り得る措置の検討や当該措置を講じた場合の効果の評価が適
切であること（処分理由・４ア、   ア関係）
ａ本件願書及び本件変更承認申請書に添付された各環境保全図書において、Ｈら（２００７）が提案した評価基準は、ジュゴンとクジラ目とでは常時海中で生活する生活様式が類似していること、中周波数帯域のクジラ目に係る可聴音域の中でも聞こえやすい周波数帯の範囲にジュゴンの可聴音域が含まれていること、海外の他の環境影響評価においても中周波数帯域のクジラ目の評価基準がジュゴンへの影響の予測に用いられていることを考慮して、水中音がジュゴンに及ぼす影響についての評価基準の設定に当たり参考にされたものであり、そのことには合理的な根拠があると認められる。


また、沖縄防衛局は、Ｈら（２００７）の整理による行動阻害に関する実験データを参考にしつつ、大浦湾内の水中音の測定結果による音圧レベルが１１３ｄＢから１２４ｄＢまでであったことや、ジュゴンの鳴音の音圧レベルが平均１２２ｄＢ程度と推定されることを総合的に判断した上、水中音の影響が及ぶ範囲の予測は、ジュゴンの鳴音について想定した平均音圧レベル（１２２ｄＢ）よりも低く想定して行う必要があるなどの当時の沖縄県知事の意見を踏まえて、行動阻害に関する影響レベルの評価基準を１２０ｄＢに設定したもので、そのことには合理性が認められる。
そうすると、Ｈら（２０１９）において、海牛類グループに係る障害及び一時的な聴覚障害の影響についての評価基準が提案されたことを踏まえても、本件願書に添付された環境保全図書において設定された評価基準を変更しなければならないような事情までは認められない。なお、本件変更承認申請書に添付された環境保全図書においては、Ｈら（２０１９）の評価基準を踏まえた評価基準によっても、予測及び評価が行われているところ、本件願書に添付された環境保全図書における予測の結果と比較して、おおむね同程度又はそれ以下と評価されている。
原告は、本件埋立工事に伴う水中音につき沖縄防衛局が設定した評価基準の範囲内であったとしても、ジュゴンに行動変化を生じさせている可能性を否定することができない旨を指摘するが、個体Ａが嘉陽海域において確認されなくなったこと及びジュゴンの鳴音のような音が検出されたことなどの事情は、ジュゴンに対し何らかの工事による影響があったと認めるに足るものではなく、水中音の評価基準についても既往知見等を参考として合理的に設定されていること等を踏まえれば、ジュゴンの行動変化について本件埋立事業の影響があったとは認められない。
ｂ沖縄防衛局が環境保全措置の一つとして構築しているジュゴンの監視・警戒システムは、ヘリコプターからの生息確認、監視用プラットフォーム船による監視及び水中録音装置による機器観測から構成されており、複数の異なる手法から多角的な観察をし、ジュゴンの状況をより適切に把握しようとするものである。このうち、監視用プラットフォーム船による監視は、ジュゴンの工事海域への来遊（接近）状況を監視するため、３隻のプラットフォーム船により、目視観察、曳航式ハイドロホンによる鳴音探知及びスキャニングソナーによる映像探知を実施し、工事期間中、毎日、工事の着手前においては、施工区域全域をできる限り短時間で調査し、又は監視し、工事の着手後においては、大浦湾東側海域を中心に終日継続して監視している。このように、ジュゴンの監視・警戒システムは、複数の異なる手法から多角的な観察をし、ジュゴンの状況をより適切に把握するものであり、一部の手法によりジュゴンの姿や痕跡が確認された際に、一部の手法ではこれらが確認されなかったとしても、直ちに同システムの有効性に疑義が生じるべき性質のものではない。
原告の指摘するように、令和２年３月に、ジュゴンの鳴音のような音が確認された際、監視用プラットフォーム船による監視ではジュゴンが確認されていないが、鳴音のような音が検出された同年２月以降、ジュゴンの姿や、映像、食跡が全く確認されていないことなどからすれば、鳴音のような音が検出された工事実施日の工事実施時間中において、監視用プラットフォーム船による監視によってジュゴンを確認することができなかったことなどをもって、同船による監視が機能していないとまではいうことができない。したがって、監視用プラットフォーム船による監視の有効性に疑義を生じさせる事情はない。ｃしたがって、本件埋立事業の実施により生じ得る環境への影響を回避又は軽減するために採り得る措置の検討や当該措置を講じた場合の効果の評価が不適切であることから、環境保全につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。
イ地盤改良に伴う地盤の盛り上がりが環境に及ぼす影響についての情報収
集が適切であること（処分理由・４イ関係）
本件変更承認申請に当たり、設計概要変更により地盤改良工事の実施に伴って生じる、海底面の盛り上がり箇所を含めた改変範囲は、約１．８ｈａで、設計概要変更の前から約１％の増加となっており、かつ、増加した範囲は設計概要変更の前の海底面の改変範囲に隣接している。原告が指摘する「大浦湾に向かって急激に深くなる斜面部かつ外洋からの潮流が流れ込む」箇所は、Ｃ－１護岸東側の新たに海底改変範囲となる箇所を指しているものと考えられるが、そのような環境条件の箇所は、必ずしも護岸外側の新たに海底改変範囲となる箇所にとどまるものではなく、本件変更承認申請によって、新たな環境条件の地点が海底改変範囲に加わったということはできない。
沖縄防衛局は、本件願書に添付された環境保全図書に係る調査やその後の調査において、ＳＣＰ工法による地盤改良工事の実施対象となる海底面と同一の環境条件を有する調査地点イ２６９において、インベントリー調査（海藻草類、サンゴ類、大型底生動物（貝類、甲殻類、棘皮類等）、魚類を対象とした、標本、写真記録等に基づく生物種の目録作成）その他の底生生物の調査を実施しており、それらの調査において、特異な生物の生息や、普天間飛行場の代替施設の存在及び供用により個体群の存続が困難となる種の存在は確認されていない。
また、沖縄防衛局は、平成１９年以降、大浦湾において水深２０ｍ以深の底生生物の調査を多数の地点で繰り返し実施してきており、その調査結果によれば、ＳＣＰ工法による地盤改良工事の実施対象となる海底面における生物の生息状況は、これに隣接する、設計概要変更の前から改変範囲となっていた海底面における生物の生息状況と大きな差異はない。したがって、地盤改良に伴う地盤の盛り上がりが環境に及ぼす影響についての情報収集が不適切であることから、環境保全につき十分配慮していないとする原告の処分理由等には理由がない。
（原告の主張（処分理由等））
ア本件変更承認申請は、処分理由等（別紙３の第３及び別紙４）に記載のとおり、以下の各点において、環境保全要件に関して原告が設けた審査事項に適合しておらず、同要件を満たさないとした原告の裁量判断は適法であるから、同要件に関する原告の上記の判断に裁量権の逸脱又は濫用があるとした本件是正の指示は違法である。
ジュゴンへの影響について
ａ本件埋立事業の実施がジュゴンに及ぼす影響についての情報収集や予測が不適切であること（処分理由・４ア、   ア）ｂ本件埋立事業の実施により生じ得る環境への影響を回避又は軽減するために採り得る措置の検討や当該措置を講じた場合の効果の評価が
不適切であること（処分理由・４ア、   ア）
地盤改良に伴う盛り上がりが環境に及ぼす影響についての情報収集
が不適切であること（処分理由・４イ）
イ本件訴訟における主張の要旨


ジュゴンへの影響に関し、本件願書に添付された環境保全図書は、工事着手前の本件承認処分の段階で採り得ると考えられる環境保全措置及び対策が講じられたものであったとしても、本件変更承認申請に際して添付された環境保全図書を作成する時点においては、沖縄防衛局が平成２９年４月に護岸工事に着手したこと、嘉陽海域を主要な生育域としてきたジュゴンの個体Ａが平成３０年９月以降確認されていないこと、令和２年２月から６月まで、及び同年８月に鳴音のような音が検出され、専門家からジュゴンの鳴音の可能性が高いという意見が得られたことなど、本件出願の時点からは地域特性が変化している。ＩＵＣＮが令和元年１２月に南西諸島のジュゴンに特化してレッドリスト絶滅危惧ⅠＡ類と評価を変更したことも、地域特性の変化の一つである。
しかるに、本件変更承認申請に添付された環境保全図書においては、上記の地域特性の変化について適切な情報収集が行われていないこと、ジュゴンの個体Ａの行動変化に工事の影響が否定されないこと、ジュゴンの鳴音のような音が録音されたことへの対応が不十分であること、ジュゴンの行動監視も十分とはいえないこと、水中音に関し地域特性の変化を踏まえた適切な予測及び評価をすべきであったこと、水中音の評価基準に不確実性があることについて誤りはないから、知事がこれに基づいて上記アａ及びｂのとおり判断したことは、事実の基礎を欠くとか、社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くとはいえない。また、新たに地盤改良が加わることによって、海底地盤が盛り上がることによる環境影響を検討する必要が生じたところ、盛り上がる箇所は水深が深くなる斜面部に位置しており、変更前の海底面改変範囲と隣接しているとしてもそれとは異なる環境も含まれており、一般的に環境が異なると生息している生物も異なると考えられるにもかかわらず、当該箇所については調査が実施されていないこと、沖縄防衛局が実施した６地点の調査は主に護岸法線上であり、大浦湾側の護岸外側の海底生物への影響調査としては環境条件の類似性を欠き不十分であること、既に実施された調査でも種や個体数について統一した傾向がみられないことなどからすれば、知事がこれに基づいて上記アのとおり判断したことは適切であり、事実の基礎を欠くとか、社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くとはいえない。
第１号要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無（争点６）
（被告の主張）
第１号要件について、原告（仲井眞知事）は、本件承認処分をするに当たり、普天間飛行場の使用状況や、同飛行場の返還及び代替施設の設置に関する日米間の交渉経過等を踏まえた上で、騒音被害等により同飛行場の周辺住民の生活に深刻な影響が生じていることや、同飛行場の危険性の除去が喫緊の課題であることを前提として、①普天間飛行場の代替施設の面積や埋立面積が同飛行場の施設面積と比較して相当程度縮小されること、②沿岸域を埋め立てて滑走路延長線上を海域とすることにより航空機が住宅地の上空を飛行することが回避されること及び上記代替施設が既に米軍に提供されているキャンプ・シュワブの一部を利用して設置されるものであることなどに照らし、埋立ての規模及び位置が適正かつ合理的であるなどとして、本件埋立事業が第１号要件に適合すると判断したものであり、当該判断に違法又は不当な点はない。
このことを前提として、本件変更承認申請の内容、すなわち、①埋立地の用途につき、名護市辺野古地区地先の配置及び規模を削除すること、②所要の箇所に地盤改良を追加して行うことに加え、全般について、より合理的な設計、施行方法等とすることという申請の内容その他の事実関係等を考慮すれば、本件変更承認申請は本件埋立事業が第１号要件に適合するとの判断を覆すようなものではなく、本件変更承認申請は第１号要件に適合すると認められる。
したがって、上記の判断と異なる原告の処分理由等には理由がなく、本件変更不承認処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、かつ、不適切な裁量判断によるものとして不当であるから、本件是正の指示は適法である。
（原告の主張（処分理由等））
ア本件変更承認申請は、処分理由等（別紙３の第３及び別紙４）に記載のとおり、以下の各点において、「埋立ての位置」に関する合理性を欠き、同要件を満たさないとした原告の裁量判断は適法であるから、同要件に関する原告の上記の判断に裁量権の逸脱又は濫用があるとした本件是正の指示は違法である。
埋立てをしようとする場所につき、災害防止に十分配慮した検討が行
われていないこと（処分理由・３）
「埋立ての位置」として選定された場所が、早期に着工して短期間で確実に埋立工事を完成させるという目的にとって著しく不適切な土層・土質が存在するため、否定的な評価を免れないこと（処分庁の主張の要旨・第１）
イ本件訴訟における主張の要旨
埋立法４２条３項により準用される同法１３条ノ２第２項が同法４条１項を準用しているところ、変更許可申請に対する免許権者の第１号要件適合性の判断においては、埋立てにより失われる利益の有無や程度だけではなく、埋立ての目的、必要性、公共性やその他の埋立てを実施することにより得られる国土利用上の効用などの公有水面を廃止するに足りる積極的価値を考慮しなければならない。このことは、平成２８年最高裁判決が判示するとおりである。
本件承認処分において、原告（仲井眞知事）は、本件出願を審査し、埋立対象区域の地盤が設計土層・土質に示されたものであることを前提として、第２号要件に適合すると認めるとともに、５年次に本件埋立事業の工程を確実に終えることができ、「埋立工事を早期に着手して普天間飛行場の代替施設を一日でも早く完成」させるために「極力短期間で移設」し、「移設を着実に実施」することを確実に実現するものと認めたことから、埋立てにより失われる利益を上回る価値があり、埋立法４条１項１号所定の「国土利用上適正且合理的ナルコト」の要件（第１号要件）に適合すると判断した。すなわち、５年次までに埋立ての工程を終えることができる場所を埋立ての位置として選定したことが、第１号要件の判断の前提であった。
そして、このような前提があるからこそ、自然環境及び生活環境等に重大な悪影響を与え、地域振興の深刻な阻害要因となり、沖縄県における長年にわたる過重な基地負担を更に将来に向かって固定化するものであるという埋立てにより失われる大きな不利益を上回る価値があるという判断がなされたものである。


しかしながら、本件変更承認申請の内容からすると、埋立ての位置として選定された場所において確実に埋立工事を行うためには、前例がないような大規模かつ大深度の地盤改良工事が必要となり、本件変更承認申請に係る変更後の工事に着手した時点を起点として、完成までに９年１か月（本件変更承認申請までの期間も合わせると１６年超）を要することや、確実に埋立工事を行うためには著しく不向きな軟弱地盤があって、災害防止要件に適合するものではないことなどが明らかになったから、当該場所において普天間飛行場の危険性を早期に除去するためにその代替施設を一日でも早く完成させるという前提が成り立たなくなった。このように、本件変更承認申請の内容に照らし、第１号要件に適合していると認めた本件承認処分の判断の前提は、覆滅しており、埋立てにより失われる利益を上回る積極的価値があるとはいえないから、本件変更承認申請につき、第１号要件に適合しているとは認められないとした原告の判断に、裁量権の逸脱又は濫用は認められないものである。埋立ての必要性を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無（争点７）
（被告の主張）
ア埋立法の規定ぶりに照らすと、同法は、出願事項の変更承認申請に係る審査においては、申請者が、既に埋立ての承認を受けており、埋立てに関する工事を適法に実施し得る地位を有していることを前提として、出願事項を部分的に変更する変更承認申請の変更内容について、４条１項の要件への適合性や１３条ノ２第１項の正当の事由の有無を判断することとしているものと解されるから、本件変更承認申請においては、本件変更部分が審査の対象であって、埋立ての必要性は、第１号要件、第２号要件等から独立した審査事項にはならないというべきである。この点、原告審査基準を見ても、埋立地の用途及び設計の概要の変更の承認についての判断に当たり、当然に埋立ての必要性についての審査が行われることが予定されていることはうかがわれない。
イ本件変更承認申請において、変更前後を通じて埋め立てることとなる埋立区域にはその用途の変更がなく、設計概要の変更に係る変更内容は、埋立地を完成させるための手段及び方法を変更するものであって、いずれも埋立ての必要性に影響を及ぼすようなものではない。この点、埋立法は、４２条３項において、国が行う埋立てに関しては、埋立てに関する工事の着手及び竣功の期間の伸長に係る１３条ノ２を準用していないから、本件出願における埋立てに関し、工事の施行に要する期間が伸長されたとしても、そのことが承認に係る審査の対象となるものではない。ウ以上の点を措くとしても、本件承認処分において本件埋立事業につき埋立ての必要性が認められていたことや、本件変更承認申請の内容が上記のとおりであることなどに加え、現在も普天間飛行場の周辺に学校や住宅、医療施設等が密集し、騒音被害等により住民生活に深刻な影響が生じており、また、過去に同飛行場周辺で航空機の墜落事故が発生しており、同飛行場の危険性の除去が喫緊の課題であり、本件埋立事業を着実に進め、同飛行場の移転先を確保し、同飛行場の移設及び返還を実現する必要があることについては、本件承認処分の時から何ら変わりがないことが認められること等からすれば、埋立てに関する工事の施行に要する期間が変更されたからといって、埋立ての必要が失われたり、本件承認処分の時に認められた埋立ての必要性と整合性を欠いたりしていないことは明らかである。したがって、埋立ての動機となった土地利用が可能となるまで不確実性が生じており、普天間飛行場の危険性の早期除去にはつながらないなどとして、本件変更承認申請につき埋立ての必要性が認められないとする原告の処分理由等には理由がなく、本件変更不承認処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、かつ、不適切な裁量判断として不当であるから、本件是正の指示は適法である。
（原告の主張（処分理由等））
ア本件変更承認申請は、処分理由等（別紙３の第３及び別紙４）に記載のとおり、以下の各点において「埋立ての必要性」を欠き、同要件を満たさないとした原告の裁量判断は適法であるから、同要件に関する原告の上記の判断に裁量権の逸脱又は濫用があるとした本件是正の指示は違法である。地盤の安定性等に係る設計において災害防止に十分配慮した検討がされておらず、埋立ての動機となった土地利用が可能となるまで不確実性が生じており、埋立ての必要性に関する審査事項１のからまでに該
当するといえないこと（処分理由・２～）
設計の概要に変更があった場合、改めて、変更後の設計概要説明書を前提とした必要性の審査がされるべきところ、変更後の工期は９年１か月とされ、不確実性もあって、普天間飛行場の危険性の早期除去につながらないため、本件承認処分時に認められた必要性の前提が失われてい
ること（処分庁の主張の要旨・第４）
イ本件訴訟における主張の要旨
国が行う公有水面埋立の変更承認について、埋立法４２条３項により準用される同法１３条ノ２第２項が同法４条１項を準用していることから、埋立免許等出願に対する審査と同様の審査がされることは当然であり、埋立ての必要性は変更承認における審査事項となる。そして、原告審査基準では、第１号要件の審査のうち「埋立ての必要性」を独立の審査項目として、積極的な価値が乏しい埋立ては総合評価を待つまでもなく認めないという裁量判断を定式化している。
本件変更承認申請は、主として設計の概要の変更を内容とするものであるが、その場合でも、当初の承認の際に埋立ての必要性を認めたこととの整合性が問題となり、その意味で埋立ての必要性が審査対象となる。すなわち、本件変更承認申請の判断時においては、設計の概要の変更が本件承認処分時に認められた埋立ての必要性に沿ったものか否かという視点での審査がされるべきである。
本件承認処分においては、本件埋立事業が早期に、かつ、確実に完成することを前提として、同事業が普天間飛行場の危険性の早期除去に資するか否かという観点から、埋立ての必要性が判断されていたところ、本件変更承認申請における設計の概要の変更内容に照らすと、上記（原告の主張（処分理由等））イのとおり、本件埋立事業に係る埋立てが、普天間飛行場の危険性の早期除去につながるものであるとはいえず、本件出願時に説明された埋立ての必要性とは全く異なる事態を招来するものであって、上記説明とは整合性を欠いており、本件承認処分時に認められた本件埋立事業に係る埋立ての必要性は妥当しなくなっている。そして、上記の説明は、沖縄防衛局が本件出願時に大浦湾側の地盤調査をしなかったという不作為を伴うものであったことにも照らせば、上記アのとおり、本件変更承認申請については埋立ての必要性が認められないというべきである。
変更の「正当ノ事由」を欠くとした原告の判断の法令違法等の有無（争点８）
（被告の主張）


ア埋立法を通覧すると、埋立免許（承認）の変更許可（承認）については「正当ノ事由」（１３条ノ２第１項）が求められる一方で、埋立地に関する権利の移転又は設定若しくは埋立地の用途と異なる利用については当該権利の移転等につき「已ムコトヲ得ザル事由」（２７条２項２号、２９条２項２号）が、また、失効した埋立免許の効力を復活させる場合につき「宥恕スヘキ事由」（３４条１項柱書き）が求められるものとされ、それぞれに必要とされる「事由」に係る用語が明確に使い分けられている。また、それぞれの効果を対比すると、埋立免許（承認）の変更許可（承認）については、当初の埋立免許（承認）の中核部分を維持しつつ、「埋立区域ノ縮少」、「埋立地ノ用途若ハ設計ノ概要ノ変更」、「期間ノ伸長」という法定された一部の事項のみを変更するものであって、かつ、当初の埋立免許後にこうした内容の変更を認める必要が生じることは十分に想定されるのに対し、後二者は、埋立権の帰属や効力の復活など権利そのものの本質的変動にかかわるもので、かつ、当初の免許の際には本来的には予定していない例外的なものといえる。こうした違いが、求められる事情の違いに反映され、埋立免許（承認）の変更については、その申請の理由が様々であることから、事業者の帰責性といった観点が問題とされないのに対し、後二者は、権利者の側の事情を考慮することも想定して事由の内容がより厳しく判断されることを法令上予定したものと解される。
そうすると、当初の埋立免許（承認）の変更許可（承認）申請についての「正当ノ事由」は、同法上の「宥恕スヘキ事由」や「已ムコトヲ得ザル事由」よりも緩やかな事情で足り、変更する理由に一定の合理性を求めたものであって、すなわち、変更の理由が相当なものであって、その内容がその理由に対応した相当なものであることを求める趣旨のものと解される。出願事項変更の許可に関する原告審査基準も、上記の趣旨に合致するものとして解釈されるべきであり、「正当ノ事由」の判断に当たり、当初の出願時に事業者に帰責性がないことを要求し、変更許可（承認）申請に際して、その瑕疵を糾すことを求めるなどすることは、原告審査基準からも導くことができない。
イ本件変更承認申請については、その内容、すなわち、①埋立地の用途につき、名護市辺野古地区地先の配置及び規模を削除すること、②本件承認処分の後に実施した土質調査により、大浦湾側の水域の海底地盤に粘性土及び中間土が堆積していることが判明したことを踏まえ、所要の箇所に地盤改良を追加して行うことに加え、全般について、より合理的な設計、施行方法等とすることという申請の内容等からすれば、本件変更承認申請に係る埋立地の用途及び設計の概要の変更の理由及び内容は、承認を得た埋立区域における埋立事業を完遂するために必要かつ相当なもので、「正当ノ事由」があると認められる。
したがって、本件変更承認申請における変更の内容はやむを得ないと認められないなどとして、「正当ノ事由」があるとは認められないとする原告の処分理由等には理由がなく、本件変更不承認処分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用したものとして違法であり、かつ、不適切な裁量判断として不当であるから、本件是正の指示は適法である。
（原告の主張（処分理由等））
ア本件変更承認申請は、処分理由等（別紙３の第３及び別紙４）に記載のとおり、以下の点において、「正当ノ事由」を欠き、同要件を満たさないとした原告の裁量判断は適法であるから、同要件に関する原告の上記の判断に裁量権の逸脱又は濫用があるとした本件是正の指示は違法である。変更に至った理由は、客観的見地からやむを得ないと考えられるが、変更内容は、埋立ての必要性及び災害防止要件を充足せず、やむを得ないとは認められない（処分理由・１、処分庁の主張の要旨・第５）。
イ本件訴訟における主張の要旨
出願事項の変更許可又は変更承認（以下「変更の承認等」という。）は、当初出願に対する審査と判断がされていることや、埋立免許処分又は埋立承認処分（以下「免許等処分」という。）を受けて埋立事業のために資本投下がされていることなどを考慮して、免許等処分時には想定し得なかった事態に直面した事業者の利益のため、免許等処分に係る出願に対して行われた審査と判断を前提として、改めて当該出願をすることに代えて、より簡略化された手続を設けたものと解される。このように、変更の承認等の制度は、免許等処分時には想定し得なかった事態に直面した事業者を救済する趣旨のものであるから、埋立法４２条３項が準用する１３条ノ２第１項にいう「正当ノ事由」は、簡略化した手続を用いることを許容するための要件と解され、単に変更の承認等が必要であるというだけでは足りず、これを許容することの相当性が認められる場合をいうものと解される。
そして、変更の承認等の相当性については、①免許等処分後に新たに生じた事情や判明した事実の程度、②出願事項の変更の程度等より処分要件により保護されている法益に鑑みて事情の変更があるにもかかわらず手続を簡略化し、免許等処分の判断に一定の拘束性をもたせることの合理性、③免許等出願時における調査の程度、④工事の進捗の程度、⑤事情変更が生じたにもかかわらず工事が進行した理由等からの変更の承認等の申請者の要保護性の程度等を総合的に考慮して判断がされるべきものである。
原告審査基準が「変更の内容・理由が客観的見地から、やむを得ないと認められるもの。」としているのは、「正当ノ事由」を上記のように解釈することを受けて、上記の必要性及び相当性を審査することを示している。
しかるに、本件変更承認申請については、出願事項の変更の規模・程度が免許等処分時の審査・判断を流用して手続を簡便化して免許等処分時の判断に拘束されることを相当とする範囲に収まっているとは到底いえないものであり、また、本件出願の内容と比較したとき、本件変更承認申請に示された工事の内容は不確実性が著しく高まった内容へと変更されているから、変更後の内容により工事が確実に実施できるかという点についても疑義を生じさせる要素が認められる。


また、本件変更承認申請が埋立承認出願時に埋立事業の内容・規模・影響等に照らして事業者としてなすべき調査を尽くしても予期し得なかったものか否かについてみても、①大浦湾側について、軟弱地盤が存在しないとする内容で設計概要説明書を作成したことがどのような合理的根拠に基づくものであったのかが一切明らかにされていないこと、②本件出願に係る設計概要説明書は、１年次にＣ－１護岸からＣ－３護岸までの基礎工に着工し、５年次に埋立工事が完成するという内容になっていたにもかかわらず、沖縄防衛局が、本件承認処分を受けた後、Ｃ－１護岸からＣ－３護岸までの実施設計すらも行わなかったことなどからすれば、沖縄防衛局は、大浦湾側の海底地盤が設計概要説明書に示された土質・土層と異なる可能性を認識していたものと認められるから、大浦湾側の海底に軟弱地盤があることを前提とした本件変更承認申請の内容は、本件出願時に埋立事業の内容・規模・影響等に照らして事業者としてなすべき調査を尽くしても予期し得なかったものであるとは認められない。
したがって、「正当ノ事由」に関する原告審査基準に適合しないとした判断に法令違反等はない。
第３当裁判所の判断
１争点１（本件裁決の拘束力が本件訴訟に及ぼす作用）について
本件是正の指示に関する原告の主張内容等
前記の前提事実及び当事者の主張で記載したとおり、原告が、本件訴訟において本件是正の指示が違法である根拠として主張する事実及び法律上の事項（争点４から８までに関するもの）は、本件変更不承認処分の処分理由等としていたが本件裁決において排斥されたものと、大筋において同一である。この点に関し、被告は、①本件変更不承認処分は本件裁決により取り消されたから、本件裁決の拘束力（行審法５２条）により、原告は同処分においてその適法性の根拠とした理由をもって本件変更承認申請を不承認とすることは法律上できないこととなり、原告が本件訴訟において上記の理由をもって本件是正の指示が違法であると主張することはできず、当該主張は主張自体失当である旨、②本件裁決で取り消された部分に係る処分理由と同旨の主張を認めることは、裁決等を「国の関与」から除外した地方自治法及び行審法の趣旨に反する旨を主張する。
検討
ア行審法に基づく裁決の拘束力の趣旨と内容
行審法に基づく審査請求は、行政庁のした処分に対し不服を有する国民の権利利益の救済を図るとともに、行政の適正な運営を確保することを目的とする手続であり（同法１条）、審査請求に理由がある場合、審査庁は処分の取消し等の裁決を行う（同法４６条１項）。そして、審査庁のした裁決は関係行政庁を拘束し（同法５２条１項）、申請を却下又は棄却した処分が裁決により取り消された場合、処分庁は裁決の趣旨に従って改めて申請に対する処分をすべきこととなる（同条２項）。審査請求に係る裁決につき上記の拘束力が設けられた趣旨は、裁決は、行政処分の一種ではあるが、争訟手続を通じてされる処分であることから、これに由来する特別の効力を付与することとし、処分庁を含む関係行政庁をして、速やかに審査請求の裁決に示された内容を実現させることにある。このように、裁決の拘束力は、処分庁及びその関係行政庁と当該処分に不服のある審査請求人との間の公法上の法律関係に関する紛争につき一定の解決をもたらすために認められた効力であり、この拘束力は、裁決主文を導き出すのに必要な、裁決理由中の要件事実の認定及び法律判断について生じると解される。
以上を前提として、本件訴訟において本件裁決の拘束力が及ぶか否かを判断するのに必要な事項を順次検討する。
イ法定受託事務に係る審査請求における審査庁の地位都道府県知事その他の都道府県の執行機関がした処分が法定受託事務（地方自治法２条９項１号）に係るものである場合、審査請求は、当該都道府県知事に対してではなく、当該処分に係る事務を規定する法律又はこれに基づく政令を所管する大臣（以下「所管大臣」という。）に対してするものとされ（同法２５５条の２）、所管大臣が審査庁となる。その趣旨は、法定受託事務は、地方公共団体の事務ではあるものの、「国が本来果たすべき役割に係るものであって、国においてその適正な処理を特に確保する必要があるもの」という性質を有すること（同法２条９項１号）を踏まえ、当該事務に係る判断の全国的な統一を図ることなどにあると解される。
しかし、所管大臣は、都道府県知事に対して一般的な指揮監督権を有する上級行政庁たる関係にはないことから、審査庁として審査請求に理由があると認めたとしても、裁決により処分の取消しができるにとどまり、審査請求人の簡易迅速な救済を図るなどの制度趣旨を考慮して、裁決に一定の終局性が付与されている（最高裁令和４年（行ヒ）第９２号同年１２月８日第一小法廷判決参照）とはいえ、当該処分を変更して自ら処分をすることができず（行審法４６条１項ただし書）、法定受託事務に属する埋立法４２条１項に基づく事務を自ら行うことはできない。そうすると、上記の法定受託事務に関しては、所管大臣と都道府県知事との間で、当該処分に係る事務の適正な処理を巡り、審査請求手続とは異なる場面において、さらなる係争が生じる余地があるところ、その場合には、審査請求手続において審査請求人の救済のために認められた裁決の拘束力が、当該係争にいかなる作用を及ぼすかについて、その係争の内容に応じ、別途の検討を要することになる。
ウ地方自治法に基づく是正の指示の趣旨と内容
地方自治法は、普通地方公共団体の事務に対する「国の関与」に関する制度を定め、都道府県の法定受託事務の処理に関して、所管大臣は、都道府県に対して是正の指示（同法２４５条の７）を行うことができるとされている。その趣旨は、上記のような法定受託事務の性質に照らし、それが適正に処理されることを確保することにある。したがって、是正の指示は、公益の実現を目的とするものであり、都道府県知事が行う特定の処分の名宛人等が享受すべき権利利益の保護を目的とするものではない。そして、所管大臣が、この権限を行使して、都道府県に対し、法定受託事務に係る特定の処分を行うべきことを指示した場合、当該処分の権限を有する都道府県知事と所管大臣との間において、当該処分を対象とした新たな公法上の法律関係が生じるが、是正の指示をしたことそれ自体により、直ちに処分の名宛人等の権利利益の変動がもたらされることはない。


また、地方自治法は、所管大臣が都道府県に対して行った是正の指示の適否について、機関訴訟（行政事件訴訟法６条）としての関与取消訴訟（地方自治法２５１条の５）の制度を設けている。その趣旨は、代執行に係る訴訟（同法２４５条の８第３項）と同様に、地方公共団体の長本来の地位の自主独立の尊重と、国の法定受託事務に係る適正な確保との間の調和を図る趣旨であると解され（最高裁昭和３３年（オ）第７７６号同３５年６月１７日第二小法廷判決・民集１４巻８号１４２０頁参照）、是正の指示に関し不服を有する都道府県知事は、関与取消訴訟を提起することにより司法審査を受けることができる。したがって、都道府県知事がした法定受託事務に係る処分に関し、所管大臣が是正の指示を行い、これに関して都道府県知事と所管大臣との間で係争が生じる事態が生じた場合は、当該係争は、審査請求人との間で行われる審査請求の手続とは別に、上記の訴訟手続により解決されることとなる。エ裁決と是正の指示との相違及び関与取消訴訟との関係もっとも、地方自治法は、行審法に基づく審査請求について審査庁が行った裁決については「国の関与」から除外しており（２４５条３号）、そのため、都道府県知事は、所管大臣が審査庁として行った裁決を対象として、地方自治法上の関与取消訴訟を提起することができない。その趣旨は、処分の相手方と処分庁との紛争を簡易迅速に解決する審査請求の手続における最終的な判断である裁決について、さらに関与取消訴訟の対象とすることは、処分の相手方を不安定な状況に置き、当該紛争の迅速な解決が困難となることから、このような事態を防ぐことにある。しかしながら、地方自治法は、所管大臣が、法定受託事務に関して審査庁として行った裁決（処分を取り消す旨のもの）に重ねて、地方自治法に基づき、是正の指示（特定の内容の処分を行うべきことを命じるもの）を行った場合について、都道府県知事が是正の指示を対象として関与取消訴訟を提起することを禁止していない（このこと自体については当事者間に争いがない。）。また、裁決の拘束力により都道府県知事の主張立証が制限される旨の明文の規定も、置かれていない。これらの点は、上記のような場合であっても、関与取消訴訟の判断の対象は、裁決の適否ではなく、是正の指示の適否であることを前提とした上で、①単に処分の取消しを命じる裁決と特定の内容の処分を行うことを命じる是正の指示とでは、その内容において異なる点や、②是正の指示は、その根拠として示された判断内容を問わず、都道府県知事に対し当該処分を行うべき義務を負わせるものであり、上記アで述べた裁決の拘束力（行審法５２条）を超える法的効果を有する点などにおいて、両者には行政行為として本質的な相違があることを踏まえたものであると解される。そして、関与取消訴訟の手続においては、処分の名宛人たる私人の手続関与など、その権利利益の保護を企図した規定は見当たらず、また、判決効については、是正の指示の取消しを命じる判決には第三者効がないとされており（地方自治法２５１条の５第８項は行政事件訴訟法３２条の準用を排除している。）、処分の名宛人に対しては効力が及ばない。このように、地方自治法は、所管大臣が、法定受託事務に関して審査庁として行った裁決に重ねて、特定の内容の処分を行うべきことを命じる是正の指示を行った場合については、是正の指示によって新たに生じた公法上の法律関係につき、都道府県知事が関与取消訴訟を提起して争うことを許容しており、この場合の関与取消訴訟においては、審査請求人の関与を必要とせず、地方公共団体の長本来の地位の自主独立の尊重と、国の法定受託事務に係る適正な確保との間の調和を図るという制度趣旨に基づき、行審法上の争訟手続とは独立して、国と普通地方公共団体との間で生じた法定受託事務に関する係争を解決するための司法審査が行われることを予定している。
オ小括
以上で判示したところによれば、①行審法５２条が定める裁決の拘束力は、処分庁と審査請求人との間の法律関係に関する紛争につき、審査請求人の簡易迅速な救済を図ることなどを目的として、一定の解決をもたらすために認められた効力であり、審査請求とは異なる場面で生じた他の係争に関していかなる作用を及ぼすかについては、その係争の内容に応じて別途検討を要すること、②地方自治法は、所管大臣が、法定受託事務の適正な処理を確保することを目的として、都道府県に対して是正の指示をすることを認めているところ、是正の指示と裁決とでは、それぞれの制度に違いに即して、内容及び法的効果を異にする上、是正の指示については、裁決とは異なり、都道府県知事が所管大臣を相手方として関与取消訴訟を提起することが許容されており、同訴訟においては、処分庁と所管大臣との間の法律関係に関し、行審法上の争訟手続とは独立して、司法審査が行われることが予定されていることに照らすと、所管大臣が審査庁として法定受託事務に係る処分の取消しの裁決を行った上、それに重ねて特定の内容の処分を行うことを命じる内容の是正の指示を行ったのに対し、都道府県知事がこれを争う関与取消訴訟を提起した場合において、行審法５２条が規定している裁決の拘束力を、行審法上の争訟手続に関する規律としての効果を超えて、関与取消訴訟にまで及ぼし、是正の指示の適法性に関する都道府県知事の主張の内容を制限することは、十分な根拠を欠いていると解すべきである。したがって、法定受託事務に係る本件変更不承認処分をした都道府県知事である原告が、本件是正の指示に関する関与取消訴訟において、審査請求の手続では行政庁として主張していた処分適法理由を主張して、是正指示の適法性を争うことは、本件裁決の拘束力に反するとはいえず、また、裁決を関与から除外した地方自治法の趣旨に反するとはいえないと解するべきである。
被告の主張について
ア被告は、裁決の拘束力とは、本件変更不承認処分を取り消した本件裁決の処分庁自身に対する拘束力であり、裁決の主文及びこれを根拠付ける具体的な理由に従った行動を義務付けられ、処分庁である原告は本件変更不承認処分と同じ理由で不承認とすることはできない以上、本件訴訟において、同じ理由により本件変更承認申請を承認できない旨を是正の指示に対する違法事由として主張立証することは許されない旨主張する。しかし、行審法が定める審査請求手続における裁決と地方自治法が定める是正指示とでは、その制度の目的、規律する法律関係及び法的効果が異なり、また、法定受託事務に関する是正の指示については、行審法が定める争訟手続とは独立したものとして関与取消訴訟が設けられ、司法審査が予定されていることは上記で判示したとおりであるところ、上記の主張は、このような制度及び法律関係の違いを適切に考慮せず、行審法が定める審査請求手続における裁決の拘束力の作用を拡張し、地方自治法により認められた関与取消訴訟の制度において司法審査を受けることができる普通地方公共団体の手続上の利益を害するものであって、採用することはできない。


イ被告は、行審法に基づく裁決等が「国の関与」から除外されている趣旨は、審査請求人の権利利益の救済及び紛争の早期解決という点を考慮したものであり、国の関与についての係争において、裁決等の適否を審理することは予定されておらず、本件訴訟において本件変更不承認処分が適正かどうかの審理判断に及ぶことは、裁決等が機関訴訟で争われることと全く同様の弊害をもたらす旨主張する。
しかし、裁決に重ねて行われた是正の指示に関する関与取消訴訟は、裁決自体の適否を判断対象とするのものではなく、是正の指示の適否を判断対象とするものであり、是正の指示の取消しを命じる判決には第三者効がなく、処分の名宛人である審査請求人に対しては効力が及ばないから、是正の指示を対象とした関与取消訴訟が提起されることによって審査請求人の地位が間接的に不安定になり得るとしても、その権利利益に及ぼす影響は、裁決自体が関与取消訴訟の対象となる場合に比較して相当程度限定的である。
また、都道府県知事が裁決に従った処分を直ちに行わない場合に、所管大臣が裁決に重ねて是正の指示をすることは、実質的にみて、審査請求人の権利利益の実現に資するものであり、かつ、審査請求人と都道府県知事との間の紛争の早期解決の実現にも適うという利益があることを勘案すれば、その反面において、是正の指示を争う関与取消訴訟が提起されることに伴い、間接的に審査請求人の地位が不安定となり得るという不利益があるとしても、それは上記の利益との均衡からして受忍すべき範囲内の不利益であるといえる。とりわけ、審査請求人である沖縄防衛局において、被告が是正の指示を行うことに異議を唱えていることがうかがわれない本件のような場合は、審査請求人の不利益を重く取り上げることは適切でない。
加えて、被告が主張するように裁決の拘束力を及ぼして関与取消訴訟における主張の制限をしてみたところで、是正の指示を対象とする関与取消訴訟においては、都道府県知事が審査請求の手続での主張とは異なる処分理由を主張することは妨げられず、また、当該審査請求の裁決に明白かつ重大な瑕疵があることや是正の指示に固有の違法性があることを主張することも妨げられないから、一定の審理が行われることになることは不可避であって、主張の制限が紛争の早期解決に資する程度は、この点においても限定的なものである。
以上のとおりであるから、本件訴訟において原告が本件変更不承認処分の理由と同じ理由を主張して本件是正の指示が違法であると主張することは、裁決等が機関訴訟で争われることと全く同様の弊害をもたらすとはいえず、この点に関する被告の主張は採用することができない。
補充的な検討
仮に、本件裁決の拘束力が本件訴訟に及ぶことを認め、原告が本件変更不承認処分においてそれを適法とした理由につき、原告が本件是正の指示の違法事由として主張できないと解するべきであるとしても、当該拘束力が受訴裁判所にまで及ぶと解する理由はなく、また、原告が、本件訴訟を適法に提起し、本件是正の指示が違法である旨を（その具体的な理由についてはともかく）適法に主張していると認められる以上、本件是正の指示の適否に関しては、被告において、それが適法であることにつき主張立証責任を負うことになるから、結局のところ、本件訴訟における審査の範囲は、本件是正の指示においてその理由とされた事実関係及び法律判断の全般に及ぶこととなり、実質的にみると、本件裁決の拘束力によって限定されることにはならないと解される。
２争点２（本件裁決の有効性）について
本件裁決の対象である本件変更不承認処分への行審法の適用の有無（同処分の相手方である沖縄防衛局の「固有の資格」該当性）について
ア令和２年最高裁判決の判断内容等
地方自治法２５１条の５第１項の訴えの対象は、「国の関与」（同法２５０条の７第２項）とされているところ、同法２４５条３号括弧書きにより、「審査請求その他の不服申立てに対する裁決、決定その他の行為」は上記「国の関与」から除かれている。
もっとも、行審法７条２項は、国の機関又は地方公共団体その他の公共団体若しくはその機関（以下「国の機関等」という。）に対する処分で、国の機関等がその「固有の資格」において当該処分の相手方となるものについては、行審法の規定は適用しない旨を規定している。そうすると、国の機関等が「固有の資格」において当該処分の相手方となる処分について、同法に基づくものとして審査請求がされ、これに対して裁決がされたとしても、当該裁決は、同法に基づく審査請求に対する裁決とはいえず、上記「国の関与」から除かれる裁決等には当たらないというべきである。
行審法７条２項にいう「固有の資格」とは、国の機関等であるからこそ立ち得る特有の立場、すなわち、一般私人（国及び国の機関等を除くものをいう。以下同じ。）が立ち得ないような立場をいうものと解するのが相当である。
また、上記「固有の資格」は、国の機関等に対する処分がこの手続の対象となるか否かを決する基準であることからすれば、国の機関等が一般私人が立ち得ないような立場において相手方となる処分であるか否かを検討するに当たっては、当該処分に係る規律のうち、当該処分に対する不服申立てにおいて審査の対象となるべきものに着目すべきである。埋立承認のような特定の事務又は事業を実施するために受けるべき処分について、国の機関等が上記立場において相手方となるものであるか否かは、当該事務又は事業の実施主体が国の機関等に限られているか否か、また、限られていないとすれば、当該事務又は事業を実施し得る地位の取得について、国の機関等が一般私人に優先するなど特別に取り扱われているか否か等を考慮して判断すべきである。そして、国の機関等と一般私人のいずれについても、①処分を受けて初めて当該事務又は事業を適法に実施し得る地位を得ることができるものとされ、②かつ、当該処分を受けるための処分要件その他の規律が実質的に異ならない場合には、国の機関等に対する処分の名称等について特例が設けられていたとしても、国の機関等が一般私人が立ち得ないような立場において当該処分の相手方となるものとはいえず、当該処分については、等しく行審法が定める不服申立てに係る手続の対象となると解するのが相当である。この点に関し、国の機関等と一般私人との間で、当該処分を受けた後の事務又は事業の実施の過程等における監督その他の規律に差異があっても、当該処分に対する不服申立てにおいては、直接、そのような規律に基づいて審査がされるわけではないから、当該差異があることは、それだけで国の機関等に対する当該処分について行審法の適用を除外する理由となるものではなく、上記の解釈を左右するものではないというべきである。


公有水面は国の所有に属するものであり、国は、本来、公有水面に対する支配管理権能の一部として、自らの判断によりその埋立てをする権能を有すると解されるが、埋立法は、埋立てにより周囲に生ずる支障の有無等についてはその地域の実情に通じた都道府県知事が審査するのが適当であること等から、埋立ての可否の第一次的な判断を都道府県知事が一元的に行うこととし、国においても都道府県知事の処分を受けるべきものとしている。そして、国の機関が埋立承認を受けることにより埋立てを適法に行うことができるようになるという効果は、国以外の者が埋立免許を受ける場合と異ならない。このように、埋立法は、国の機関と国以外の者のいずれについても、埋立ての主体となり得るものとし、また、都道府県知事の処分である埋立承認又は埋立免許を受けて初めて、埋立てを適法に実施し得る地位を得ることができるものとしている。そして、埋立法においては、埋立承認及び埋立免許を受けるための手続や要件等に差異は設けられておらず、名称の差異にかかわらず、当該処分を受けるための処分要件その他の規律は実質的に異ならない。他方、埋立法は、国以外の者が埋立免許に基づいて埋立てをする場合に適用される規定のうち、指定期間内における工事の着手及び竣功の義務に関する規定（１３条）等を、国が埋立承認に基づいて埋立てをする場合について準用していないが、これは、埋立免許がされた後の埋立ての実施の過程等を規律する規定であるところ、埋立法は、特定の区域の公有水面について一旦埋立承認がされ、国の機関が埋立てを適法に実施し得る地位を得た場合における、その埋立ての実施の過程等については、国が公有水面について本来的な支配管理権能を有していること等に鑑み、国以外の者が埋立てを実施する場合の規定を必要な限度で準用するにとどめたものと解される。そして、このことによって、国の機関と国以外の者との間で、埋立てを適法に実施し得る地位を得るための規律に実質的な差異があるということはできない。
したがって、埋立承認は、国の機関が行審法７条２項にいう「固有の資格」において相手方となるものということはできず、埋立承認の取消しである本件承認処分の撤回処分（前件撤回処分）について、これと別異に解すべき理由は見当たらない。
イ変更承認についての検討
上記アの埋立承認に関する令和２年最高裁判決の判断内容を踏まえ、国の機関が変更承認を受ける場合について検討する。
変更許可及び変更承認に係る規律について
埋立法は、埋立ての免許に関し、免許を受けようとする者は、氏名住所等の事業主体を特定する事項のほか、埋立区域、埋立地の用途、設計の概要といった事項を記載した願書等を都道府県知事に提出すべきことを定めているところ（２条２項１号から４号まで、３項）、都道府県知事による免許は、上記の各事項によって特定された内容の埋立てにつき、同法３条所定の手続を行い、また、同法４条所定の要件の適合性の有無を審査するなどした上、当該内容の埋立てを適法に実施し得る地位をその出願者に対して与えるものであるといえる。なお、願書には、埋立てに関する工事の施行に要する期間を記載することとされているが（２条２項５号）、これは、都道府県知事は、免許を与える処分において、その条件（附款）として、工事の着手及び竣功の期間（以下これらを「着手及び竣功期間」という。）を指定することができることから（１３条、公有水面埋立法施行令６条）、その判断の参考にする趣旨であると解される。
そして、埋立法は、埋立てに関する事項の変更及び着手及び竣功期間の伸長に関し、①都道府県知事は、正当の事由があると認めるときは、埋立免許をした埋立てに関し、埋立区域の縮少、埋立地の用途若しくは設計の概要の変更又は同法１３条所定の着手及び竣功期間の伸長を許可することができるとし（１３条ノ２第１項）、②埋立地の用途の変更の許可については同法３条、４条１項及び２項等を準用し、埋立区域の縮少又は設計の概要の変更の許可について、同法４条１項及び２項の規定を準用することを定めているところ（１３条ノ２第２項）、都道府県知事による上記の変更の許可は、既に埋立免許が得られている埋立てを同法１３条ノ２第１項記載の各事項に係る変更をした内容で行うことについて、その変更につき正当の事由がある場合において、同条２項所定の事項については同項で準用する各規定の定める手続や要件の適合性を審査するなどした上、変更された内容において埋立てを適法に実施し得る地位等をその出願者に対して与えるものといえる。
他方、埋立法は、国が埋立てを施行する場合について、２条２項及び３項、３条ないし１１条は準用するが、１３条は準用せず、１３条ノ２については、埋立地の用途又は設計の概要の変更に係る部分に限って準用し、都道府県知事の許可に代えてその承認を受けるべきものとしている（４２条３項）。
以上のような埋立法の諸規定に照らすと、その文言上は、既に免許又は承認を受けた内容の埋立てにつき、埋立地の用途又は設計の概要に係る事項のみに関する変更をしようとする場合は、国と国以外の者のいずれについても、その手続及び要件に関する規律は同じであり、かつ、都道府県知事の処分（変更許可又は変更承認）を受けて初めて当該変更後の内容の埋立てを適法に実施し得る地位を得ることができることになる一方、埋立区域の縮少又は着手及び竣功期間の伸長に係る事項に関しても変更しようとする場合は、国以外の者においては、その変更につき正当の事由の有無や同法４条１項及び２項の適合性の審査を受けることになるのに対し、国においては、その審査を受ける必要がない点で、国と国以外の者との間で適用される規律に差異があり、このような差異は、変更許可と変更承認の各処分に対する不服申立てがされた場合において、その審査の対象となるべきものの差異をもたらすといえる。もっとも、埋立区域の縮少となる変更を行おうとする場合は、設計の概要についても、当該埋立区域の縮少を前提とした変更を行う必要が生ずるのが通常であり、必然的に設計の概要に係る変更を伴うことになるから、埋立区域の縮少となる変更については、国と国以外の者との間で、適用される規律に実質的な差異があるとはいえないと解される。したがって、同法１３条ノ２については、着手及び竣功期間の伸長に係る事項の変更の規律の差異の存在をどのように解するかが問題となる。
具体的な変更承認申請の内容との関係


前提事実エのとおり、本件変更承認申請は、本件願書等に記載されていた事項との比較において、埋立てに関する工事の施行に要する期間を延長するという内容を含む。したがって、仮に本件埋立事業を国以外の者が施行する場合には、竣功期間の伸長に関し、埋立法１３条ノ２第１項所定の審査を受けることになるのに対し、本件におけるように国の機関が施行する場合には、その審査を受ける必要がないこととなる。この点に関し、被告は、「固有の資格」該当性の判断に当たっては、対象となる処分に対する不服申立てにおいて審査の対象となるべきもの、つまりは、不承認とされた変更事項が何かに着目し、それを審査する際に適合性が問題となる要件に着目することになるはずであり、本件裁決で審査の対象とされていない竣功期間の伸長等の点において「固有の資格」該当性を判断すべきではないと主張する。
しかし、令和２年最高裁判決が、国の機関等が一般私人が立ち得ないような立場において相手方となる処分であるか否かを検討するに当たって、当該処分に係る規律のうち当該処分に対する不服申立てにおいて「審査の対象となるべきもの」に着目すべきとしている（上記ア）のは、国の機関等と一般私人との対比がその前提となっていることが明らかであり（同）、また、埋立法における変更許可申請又は変更承認申請一般につき、「審査の対象となるべきもの」の相違を検討する趣旨のものと解されるから（同、）、国の機関等が行った具体的な変更承認申請に含まれている変更事項及びそれに対する不承認処分や裁決における審査事項を取り上げても、それだけでは、一般私人との対比にはならないことが明らかである。したがって、被告の上記主張は、採用することができない。
着手及び竣功期間に関する規律について
そこで、改めて、着手及び竣功期間の伸長に係る事項の変更の規律の差異の趣旨等について検討する。
ａ埋立法は、都道府県知事は埋立免許を受けた者に対して埋立工事の着手及び竣功を一定の期間内に行うべきことを指定することができること（１３条）、その期間内に埋立てに関する工事の着手又は竣功をしないときは原則として埋立免許はその効力を失うこと（３４条１項２号）、その期間の伸長について正当の事由があるときはその許可を受けることができること（１３条ノ２第１項）を定める。そして、これらの規定は、国が埋立てを施行する場合には準用されない（４２条３項括弧書き）。
国以外の者が行う埋立てに関して着手及び竣功期間に係る上記の各規定が設けられた趣旨は、埋立権（埋立てを適法に実施し得る地位）はそれ自体一つの価値ある財産権として経済取引の対象となるものであることを踏まえ、埋立てを行う意思がないにもかかわらず埋立免許を受けた上で埋立権を譲渡して利益を得ようとする者（いわゆる利権屋）を排除するとともに、埋立権者をしてできるだけ速やかに工事を完成させて埋立地という新しい経済価値の造成を期するため、期間内に工事に着手しない場合又は竣功しない場合には、埋立権を失効させることにし、他方で、実際に埋立てを行う意思を有していてもやむを得ない事情のために工事の着手や竣功に至らない場合があることから、着手及び竣功期間の伸長に係る許可の制度を設けたものと解される。そして、国については、その性格からして上記の趣旨（いわゆる利権屋の排除等）を考慮する必要がないことから、国が行う埋立てについては埋立法１３条の規定を準用しないこととし、同法１３条ノ２の規定のうち着手及び竣功期間の伸長に係る部分についても、上記期間の指定を前提とするものであることから、同様に、国が埋立てを実施する場合には準用しないこととしたものと解される（乙３４）。ｂしかるところ、上記の規律は、単に工事の期間を指定するものではなく、利権屋等に対して埋立てを適法に実施する地位を与えないことを目的とするものであって、期間の指定が、埋立免許との関係ではその失効をもたらし得る解除条件たる附款となっており、埋立てを適法に実施する地位の得喪に連結されていることからすると、埋立ての実施の段階に入った場面のみを規律するにとどまるものとみることは困難である。また、この附款については、例えば、国以外の者が、指定を受けた期間が短すぎることを理由として、行審法に基づく不服申立てをすれば、その審査の対象となると解される。
とはいえ、上記の規律の趣旨は、埋立免許の濫用的な取得という弊害を除去することを目的とするものであり、埋立てを適法に実施し得る地位の取得につき、国以外の者に対して、国よりも実質的にみて重い要件を課すものとまではいえない。このことに照らせば、令和２年最高裁判決の判断内容に含まれる「固有の資格」か否かの判定基準に照らしても、上記の規律は、埋立ての実施における監督措置に属するものと解することができる。
以上のような解釈を前提とした場合、同法１３条ノ２第１項は、その文言において、①埋立地の用途・設計の概要の変更と、②着手及び竣功期間の変更とを並列的に規定しているものの、変更許可の法的効果という観点からみれば、変更された内容の埋立てを適法に実施し得る地位を付与するものと、従前の地位又は変更後の地位を前提としてその実施に関する事項（着手及び竣功期間）を定めるものという、段階を異にする二つのものがあるものと解すべきこととなり、前者については、変更承認の法的効果と同様であって、国と国以外の者との間で差異があるとはいえないといえることとなる（なお、上記の場面の区別の存在は、昭和４８年法律８４号による改正により１３条ノ２が設けられる以前は、上記改正により削除された１３条２項が、専ら着手及び竣功期間の伸長に関する規定として設けられていたことからもうかがわれる。）。
ｃ以上のとおり、上記の規律の差異は、実質的にみて、埋立てを実施し得る地位の取得について、国の機関等を一般私人に優先するなどして特別に取り扱う趣旨に出たものとは解されないから、当該差異をもって、都道府県知事の処分（変更承認又は変更許可）を受けるための処分要件その他の規律について実質的な差異があるとはいえず、当該差異があることは、国の機関等に対する当該処分について行審法の適用を除外する理由となるものではないというべきである。上記と異なる原告の主張は、採用することができない。
ウ小括
以上によれば、本件変更不承認処分は、国の機関である沖縄防衛局がその「固有の資格」において相手方となった処分とはいえず、当該処分は行審法の適用を受ける処分であるというべきである。
本件裁決が本件審査請求の審査庁になり得ない行政庁によってされた無効
な裁決であるとの主張について


原告は、被告が国土交通省の長として内閣の一構成員の地位にあり、閣議の方針に拘束される立場にあるから、本件裁決の審査請求をした沖縄防衛局と一体化したものというべきであって、地方自治法２５５条の２第１項１号の「大臣」として審査庁になり得ないなどとして、本件裁決は無効である旨主張し、これに沿うものとして甲６９（Ｇ意見書）を提出する。そこで検討するに、①行審法は、国の機関であっても、その「固有の資格」によらずに相手方となった処分については、行審法に基づく審査請求ができるものとしていること（同法７条２項参照）、②地方自治法は、法定受託事務に係る都道府県知事の処分についての審査請求は、当該処分に係る事務を規定する法律又はこれに基づく政令を所管する各大臣とすることとしていること（同法２５５条の２第１項１号）を勘案すれば、法定受託事務に係る都道府県知事の処分については、審査請求人と審査庁のいずれもが国の機関となる場合が生じることは、行政不服審査制度上、当然に予定されているといえる。
これに対し、原告は、行審法９条２項が審理員について除斥事由を定めている趣旨からすれば、上記の各「大臣」とは審査請求に係る処分について利害関係を有しない大臣を指すと解すべきである旨主張する。しかし、行審法は、審査請求に係る審理の公正性・透明性を確保するため、一定の場合に審理員（審査庁に所属する職員のうちから審理手続を行う者として指名されたもの）による審理や行政不服審査会への諮問を義務付けているものの（行審法９条、４３条）、それを超えて、審査請求人が審査庁と同一の行政主体（国）に所属する場合における審査庁について除斥事由その他の規律を何ら設けていない。
したがって、法定受託事務に係る都道府県知事の処分について国の機関から審査請求がされた場合において、国の機関である当該処分に係る事務を規定する法令の所管大臣が審査庁となり得ないものとは解されないから、そのことをもって本件裁決の違法無効をいう原告の上記主張は採用することができない。
本件裁決が審査庁の立場を放棄して行審法上の審査請求制度を著しく濫用
してされた無効な裁決であるとの主張について
原告は、被告が本件審査請求を中立・公正に判断できる立場にないことは本件埋立事業に関する従前の被告の対応からして明らかであり、被告が本件裁決及びこれと同旨の勧告を同時に行い、都道府県知事を下級庁の立場に貶めていることからすると、被告は、内閣の一致した方針に従って本件変更不承認処分を覆滅させることを一義的な目的として、中立的判断者としての審査庁の立場を放棄し本件裁決を行ったものというべきであって、行政不服審査に名を借りた濫用的関与として違法無効である旨主張し、これに沿うものとして甲７０（Ａ意見書）を提出する。
しかしながら、法定受託事務に係る都道府県知事の処分については、審査請求人と審査庁のいずれもが国の機関となる場合が生じることが行審法及び地方自治法において当然に予定されていることは、前記のとおりであるし、被告が本件埋立事業に関する紛争につき審査庁として関与した際に本件承認処分の職権取消しや前件撤回処分につき執行停止決定をしたなどの従前の経緯があるとしても、その後、当初の出願に係る本件承認処分が適法であると判断され（平成２８年最高裁判決）、軟弱区域外における埋立てに関する工事は適法に実施し得ると判断されたこと（最高裁令和３年（行ヒ）第７６号同年７月６日第三小法廷判決・民集７５巻７号３４２２頁参照）に照らすと、被告が審査庁としての中立的な立場を放棄しているとの評価は当たらないというべきである。
また、被告が内閣の構成員であり、閣議にかけて決定した方針に基づいてされる内閣総理大臣の指揮監督下にあること（内閣法２条１項、６条）や、内閣が本件埋立事業を推進していく旨の閣議決定をしていることなどについては原告が指摘するとおりであるものの、他方で、閣議決定は、内閣の重要政策に関する基本的な方針として決定されるものであって（同法４条２項）、個別の処分についての所管大臣による法令適合性の判断を直ちに拘束するものとは解されず、本件裁決について、内閣や内閣総理大臣による具体的な指示があったことなどをうかがわせる的確な証拠も見当たらない。したがって、本件裁決が審査庁としての立場を放棄し行政不服審査に名を借りた権限の濫用である旨の原告の主張は、採用することができない。以上によれば、本件裁決は、地方自治法２４５条３号括弧書きの「裁決」として有効なものと解される。
３争点３（本件是正の指示の有効性）について
原告は、国が、普天間飛行場の辺野古移設を唯一の解決策とする閣議決定に基づき本件埋立事業を推進する目的で、公有水面埋立をなす事業者としての立場、地方自治法２５５条の２における審査庁の立場、及び同法２４５条の７の所管大臣すなわち関与庁としての立場における権限を連結し、被告が審査庁として本件裁決を行った上で、関与庁として直ちに本件裁決と同内容の本件是正の指示をしたことは、仕組みを濫用したものであって、違法無効である旨を主張し、これに沿う甲７０（Ａ意見書）を提出する。
しかしながら、本件埋立事業に係る閣議決定の存在や行審法上等の紛争における従前の経緯を勘案したとしても、本件裁決が行政不服審査に名を借りた権限の濫用であると認めることができないことは、上記２で判示したとおりである。


また、本件是正の指示は、法定受託事務が適正に処理されることを確保するという公益の実現を目的として、所管大臣が都道府県知事に対して特定の内容の処分を行うべきことを命じるものであり、行審法上の審査庁としては付与されていない権限を行使するものであるが、是正の指示が上記の制度目的に基づいて行われるものであることに加え、是正の指示については、地方公共団体の長本来の地位の自主独立の尊重と、国の法定受託事務に係る適正な確保との間の調和を図る趣旨から、関与取消訴訟制度が設けられ、行審法上の争訟手続とは独立して、国と普通地方公共団体との間で生じた法定受託事務に関する係争を解決するための司法審査が行われることを勘案すると、裁決の後、公益上の必要性からさらに是正の指示が行われる場合があることは、法の予定するところであるというべきである。したがって、本件裁決の後に行われた本件是正の指示の内容が、結果的に本件変更不承認処分の名宛人の保護に資することになることがあるとしても、直ちに、是正の指示の本来の制度目的や制度趣旨を逸脱して他の目的を実現するために行われたものとなるとはいえない。さらに、前記１で判示したとおり、本件是正の指示に関する関与取消訴訟においては、それに先行する本件裁決の拘束力の作用は及ばないと解され、審査庁としてした裁決の効力と連結する仕組みとはなっていないことをも勘案すると、本件是正の指示は、権限を不当に連結し仕組みを濫用したものということもできず、その内容の適法性を問わずに、当然に違法無効であると断ずることはできない。したがって、原告の上記の主張は採用することができない。４争点４（災害防止要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無）について
判断枠組み
ア埋立法は、４２条１項において、国が行う埋立てにつき、当該事業を施行する官庁が都道府県知事から承認を受けるべきことを定め、同条３項において、同法４条１項を準用している。
同項は、同項各号に適合すると認める場合を除いては埋立ての承認又は免許（以下「承認等」という。）をすることができない旨を定めているところ、同項２号の「其ノ埋立ガ（中略）災害防止ニ付十分配慮セレタルモノナルコト」という要件（災害防止要件）は、公有水面の埋立てにより生じ得る災害防止上の問題を的確に把握するとともに、これに対する措置が適正に講じられていることを承認等の要件とするものと解され、その審査に当たっては、専門技術的な知見に基づいて検討することが求められているということができる。そうすると、裁判所が、公有水面の埋立てが災害防止要件に適合するとし又は適合しないとした都道府県知事の判断に違法等があるか否かを審査するに当たっては、専門技術的な知見に基づいてされた上記都道府県知事の判断に不合理な点があるか否かという観点から行われるべきであると解される（平成２８年最高裁判決参照）。
イ埋立法における災害防止要件の審査の性格
埋立法は、承認等の申請に際し、「設計ノ概要」を記載した願書及び添付資料として「設計ノ概要ヲ表示シタル図書」の提出を求めるにとどまり（２条２項４号、３項２号）、設計が依拠した地盤調査等の詳細にまで及んだ文書の提出は求められていない（公有水面埋立法施行規則２条２号、別記様式第１の４項）。また、実施設計に関しては、承認等の申請に対する審査とは別に、私人に対する免許の場合は免許条件としてその認可申請を要する場合を定めることができ（埋立法３４条１項１号参照）、国に対する承認の場合（同法４２条３項は３４条を準用していない。）は承認条件としてその内容について協議を行うことができると解され、いずれにせよ、承認等の申請に対する審査の後に、実施設計を行う段階において、より詳細な審査又は協議が行われることが予定されている。さらに、埋立法は、承認等を得た後であっても、「設計ノ概要」の変更が許されることとし、当初の設計では災害防止要件を充足できないことが後に判明した事情により明らかとなった場合に、新たな事情に基づいて設計を変更することを認めている。これらの規律は、海底等の情報が不確定性を有する段階で災害防止要件の審査がなされることを想定し、その審査が、承認等の時点で確実に判断することが困難な内容を含むものとならざるを得ないことを踏まえたものであると解される。
ウ港湾法における技術基準の内容
本件埋立事業で建設される護岸は、港湾法上の外郭施設（２条５項２号）に当たり、外郭施設は、同法５６条の２の２第１項所定の「技術基準対象施設」として、同施設に必要とされる性能に関しては国土交通省令が定める技術上の基準（技術基準）に適合するように、建設し、改良し、又は維持しなければならないものであるところ、「港湾の施設の技術上の基準を定める省令」６条に基づき、「港湾の施設の技術上の基準の細目を定める告示」（基準告示）が定められ、性能照査の基本、自然状況等の設定（地盤に関する事項を含む）などの総則規定のほか、個別の外郭施設に関する性能規定が置かれている。そして、基準告示の内容を具体化したものとして、国土交通省港湾局監修の下において、公益社団法人日本港湾協会により「港湾の施設の技術上の基準・同解説」（港湾基準・同解説）が作成されているところ、この港湾基準・同解説は、技術的な知見の蓄積や社会的な情勢の変更等を踏まえて改訂が行われ、現時点では平成３０年改訂版が最新のものとなっており、港湾施設の設計に関する技術的な知見を集約したものとして、一般的な合理性を有していると認められる。（乙６、弁論の全趣旨）


基準告示３条は、技術基準対象施設に関する性能照査（性能規定を満足していることを確認する行為）は、作用、供用に必要な要件及び当該施設の保有する性能の不確定性を考慮できる方法又はその他の方法であって信頼性の高い方法によって行わなければならないと定めており、性能照査につき、地盤自体の不均質性、試験や評価の手法に起因する不確実性等に起因する不確定性を前提としているところ、港湾基準・同解説は、総論として、性能照査では、特定の手法が義務付けられているものではなく、具体的な性能照査の手法の選択や許容される安全性余裕を表す指標等の設定は、設計者の判断を尊重するものとしつつ（１３頁）、各論として、不確定性を考慮できる方法等を詳細に記述している。性能照査に関する上記のような考え方は、一定の社会的必要性を満たすことを目的として海底の地盤の上に人工的に築かれる護岸等に関する設計の手法（システム）が、以下のような性格を有していることを反映したものと考えられる。すなわち、地盤を含む構造物設計は、水平方向に不連続な離散した調査地点によって得られる限定的な点情報を収集することから始まり、対象地盤の三次元空間の地盤特性を評価するに当たっては、地質学、地形学、土質力学、地盤工学等の知識を援用して、当該地盤をモデル化し、構造物設計に用いる設計地盤図を作成するものであり、地盤調査・土質試験・設計地盤図作成そして設計計算を行うという一連の設計システムからなるところ、これらは、精密科学を追求したものではなく、社会が要求する構造物の構築を実現可能とする工学的手法であり、この設計システムの中での地盤調査の目的は、各地層構成等の幾何学的境界条件を把握し、土質試験等から得られる各地層の力学的係数の代表値を抽出することにあるというものである（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）、乙１７）。
エ原告審査基準の内容
原告審査基準においては、護岸に関し、「埋立地の護岸の構造が、少なくとも海岸護岸築造基準に適合している等」を審査すると定められているところ（別紙３の第１の５Ｂ２）、ここでいう海岸護岸築造基準は、技術基準（基準告示）を指すものと解される。そして、原告審査基準は、国土交通省港湾局埋立研究会が編集し公刊されている実務便覧に掲載された「チェックポイント」の内容に準拠する一般的なものであり、基準告示の規律を具体化した港湾基準・同解説が記述する個別の項目につき、沖縄県が独自の専門的知見に基づいてこれを補完する審査内容を具体的に定めたものではないことを勘案すると、原告審査基準は、港湾基準・同解説が記述する性能照査の手法等を参照して災害防止要件の審査をすることを表明したものと解される。
オ小括
以上で判示したとおり、①埋立法における災害防止要件の審査は、申請者から設計の概要として示された概略的な内容の図書等に基づき、確実に判断することが困難な内容について行われることが想定されていること、②建設する施設が港湾法上の「技術基準対象施設」に該当する場合、技術基準に適合するように建設される必要があるところ、技術基準（基準告示）の規律を具体化したものとして作成されている港湾基準・同解説には、一般的な合理性が認められること、③護岸に関する原告審査基準は、災害防止要件につき、技術基準（基準告示）に適合していること等を審査することなどを定めているが、港湾基準・同解説の内容を補完するような審査内容を具体的に定めるものではないことを踏まえると、原告が、技術基準対象施設の建設等が災害防止要件に適合する又は適合しないとした判断に違法等があるか否かについては、当該判断につき、基準告示の規律を具体化した港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法等に照らし、不合理な点がないか否かという観点から行われるべきものと解される。
このことに、港湾基準・同解説が、護岸等に関する設計の手法は、必ずしも精密科学を追求したものではなく、社会が要求する構造物の構築を実現可能とする工学的手法であるとの性格を踏まえた内容となっていることを勘案すると、原告が、上記の審査に関し、基準告示の規律を具体化した港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法等を超えてより厳格な判断を行うことは、特段の事情がない限り、法の予定するところではなく、そのような判断は、裁量権の行使における公正かつ平等な取り扱いの要請や、港湾基準・同解説を想定した審査基準に係る相手方の信頼の保護の観点から、考慮すべきではない事項を過剰に考慮したものとして、裁量権の範囲の逸脱又は濫用に当たるというべきである。以上の理は、埋立法１３条ノ２第２項において同法４条１項が準用される場合においても同様であると解される。
カ原告の主張について
以上に対し、原告は、災害防止要件の充足性の審査は、港湾法の技術基準を参照しつつも、飽くまで、埋立承認申請ないし変更承認申請において、公有水面の埋立てにより生じ得る災害防止上の問題が的確に把握され、これに対する措置が適正に講じられているか否かを知事の専門技術的な知見から審査することであるところ、港湾基準・同解説との関係では不適切とはいえない調査や設計であったとしても、より確実性を高めるような調査や設計を求めることは許容されるべきであり、そのような知事の判断は、直ちに、事実の基礎を欠き、あるいは社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くために裁量権の逸脱又は濫用となるとはいえない旨を主張する。
この点、埋立法４条１項各号の要件は、同条に係る承認等が都道府県知事の裁量的な判断であることを前提に、上記承認等をするための最小限の要件を定めたものであると解されるところであるが、このことを踏まえたとしても、個別の要件における裁量判断の在り方は、各要件の性格やその審査対象に関する関係法令等の規律の内容等によって自ずと異なるものとなるというべきである。
しかるに、上記イからオまでで判示したとおり、①災害防止要件の審査は、申請者から設計の概要として示された概略的な内容の図書等に基づき、確実に判断することが困難な内容について行われることが想定されていること、②護岸の建設等については、これを規律する港湾法所定の技術基準を具体化し、技術的な知見を集約したものとして、一般的な合理性を有する港湾基準・同解説が作成されているところ、その内容は、精密科学を追求したものではなく、社会が要求する構造物の構築を実現可能とする工学的手法であること、③原告審査基準には、港湾基準・同解説を補完するような審査内容が定められていないことを勘案すれば、港湾基準・同解説の記述する性能照査の方法等が「専門技術的な知見」に当たると解すべきであり、これを離れてより厳格な審査を行うことは、特段の事情がない限り、法の予定するところではないというべきである。したがって、原告の上記主張は採用することができない。地盤調査等（Ｂ－２７地点の力学的試験の必要性）について
ア港湾基準・同解説の概要


基準告示１３条は、地盤条件につき、地盤調査及び土質試験の結果をもとに、土の物理的性質、力学的特性等を適切に設定するものとする旨を定める。そして、港湾基準・同解説は、地盤調査に当たっては、技術基準対象施設の構造、規模及び重要度並びに当該施設を設置する地点周辺の地盤の性状を適切に考慮すべきであるとした上で（３００頁）、地盤調査等に関する具体的な方法に関し、概要、以下の記述をしている（甲３５、乙Ａ５４～Ａ５７、Ａ５９、Ａ６８、Ａ７７、弁論の全趣旨）。
地盤調査
性能照査及び施工計画を決定する際に必要な地盤条件として、支持層の深さ、軟弱層の厚さなどの地盤の成層状態、物理特性、せん断特性、圧密特性、透水性、液状化特性などがある。土は、応力依存性の強い材料であって、圧密などにおける時間の経過や上載圧の変化によってその力学的特性が著しく変化することから、状況に応じて必要と判断されれば新たな地盤調査を計画・実施することが重要である。調査地点の位置、間隔及び深度については、対象とする施設の大きさ、重量、地盤の成層状態の均質性等のほか、施設の工費や重要度も考慮して決定すべきである。調査地点の数やその間隔及び深度を一概に規定することはできないが、地盤の均質性・不均質性が考慮されるべき最も重要な事項である（３００頁）。
地盤の調査方法の選定については、調査範囲、施設の重要度及び経済性などを考慮して、調査目的に最も適した方法を選択すべきである。①成層状態の確認という調査目的に適うのは、ボーリング、サウンディング、物理探査（弾性波探査、表面波探査等）であり、これにより基盤深度、軟弱層厚等を調査する。②土の物理的性質（土質分類及び透水性）の調査目的に適うのは、乱れの少ないサンプリング等であり、これにより単位体積重量、含水比、土粒子の密度、粒度、コンシステンシー、透水係数等を調査する（ただし単位体積重量以外の指標については乱れたサンプリングでも可能である）。③力学的特性（支持力、斜面安定、圧密特性など）の調査目的に適うのは、乱れの少ないサンプリング、サウンディング等であり、これにより非排水せん断強さ、粘着力、圧密係数等を調査する。
ボーリングによる調査においては、ボーリング孔掘削時に揚がってくる泥水を観察し、地盤の成層状態と土の種類を知り、柱状図を作成する。また、ボーリング孔を利用して、試料の採取（サンプリング）や、標準貫入試験などのサウンディングが実施される。高品質の試料のサンプリングを行うためには、地盤を極力乱さない状態でボーリングを行う必要がある。粘性土の性質につき、せん断強さや圧密特性を調べるための力学的試験（室内における土質試験）を行う場合には、乱さない試料を用いることが望ましい。（３０１～３０３頁）
サウンディング（標準貫入試験や電気式コーン貫入試験など）は、測定器を直接地盤に挿入し、回転、載荷などを行い、Ｎ値などの地盤の定数を求め、これを土質定数と関連付ける関係式を用いて土質定数を間接的に推定する方法であり、コストが少なくて済むが、得られた結果の解釈は経験的なものにとどまり、地盤の種類や成層状態、求めようとしている定数、その必要精度によって適切に選択する必要がある（３０３頁）。なお、粘性土地盤については、Ｎ値の信頼度が低く、力学的な物性値をＮ値から決定することはできない（３３６頁）。
土の物理的特性の調査
土質分類に関しては、単位体積重量、含水比、土粒子の密度、粒度、コンシステンシーなどを調査する（３０２頁）。
土及び岩石の分類法として、「地盤材料の工学的分類方法」があり、粒径により、粗粒分（粒径７５μｍ以上７５ｍｍ未満）が５０％を超えるものを砂質土・礫質土と分類し、細粒分（粒径７５μｍ未満）が５０％以上のものを粘性土などと分類する。
土の強度や変形などの力学特性は、粗粒土については粒度、細粒土についてはコンシステンシー（含水比によって変化する土の硬軟の程度）と密接な関係がある。そして、コンシステンシーは、「土の液性限界・塑性限界試験方法」により測定される液性限界（土が塑性状から液状に変化するときの境界の含水比）などの指標で表現され、粘性土は、低液性限界のものと高液性限界のものに分類される。（３１１～３１５頁）
土の力学的特性の調査
土の力学的特性を示す指標には、①支持力に関するものとして、非排水せん断強さ、せん断強さ、粘着力、せん断抵抗角などがあり、②圧密特性に関するものとして、圧密係数などがある（３０２頁）。せん断強さは、一般に、砂質土と粘性土に分けて設定される。粘性土地盤については、透水性が低いために施工中に排水が生じず、せん断強さは施工前後でほとんど変化しないことから、施工前における非排水せん断強さを強度定数として用いる（３２６～３２７頁）。なお、粘性土の非排水せん断強さは圧密の進行に伴って増大するところ、地盤改良工法を行う場合には、圧密による強度増加率が重要な定数となる（３３３頁）。
粘性土の非排水せん断強さを求める方法には、サンプリング試料につき室内において力学的試験を行うものとして、①ｑｕ法（一軸圧縮試験によるもの）、②三軸非排水圧縮試験によるもの、③これらを併用する方法などがあり、地盤の特性や施設の重要性等を総合的に判断して、方法を選択すべきである（３２９～３３１頁）。なお、粘性土の非排水せん断強さは、圧密荷重が大きいほど大きく、したがって、土被り圧が大きな深部ほど圧密圧力が大きくなっていることから、深度とともに増大することが一般的であり、性能照査に用いる式はこれを踏まえたものによることが多い（３３２頁）。
地盤物性値の推定


性能照査に用いる地盤物性値の設計用値は、「性能設計概念に基づいた基礎構造物等に関する設計原則」に基づき推定する。具体的には、地盤調査や土質試験には、誤差や地盤そのものの不均質性などによる不確定要因が存在することに照らし、以下の手順で行われる。①ボーリング調査等を実施して行われる各種の地盤調査・試験等により「計測値」（直接的な結果）を得る。②計測値に、理論及び経験等を適用して、「導出値」（推定された地盤物性値）を決定する。③地層区分を行って地盤のモデル化を行い、「推定値」の設定を行う。④導出値のばらつき（変動係数ＣＶ）が０．６未満となるときは、統計的な平均値の推定誤差を勘案し、推定値に対し、導出値のばらつきを考慮して補正を行い、また、データ数が１０未満のときはその補正を行って、「特性値」（地盤物性値の代表値）を求める。⑤変動係数ＣＶが０．６以上のときは、信頼性に乏しく性能照査が行えないので、試験結果の解釈を見直し、必要があれば地盤のモデル化についても再検討し、場合によっては地盤調査をやり直す。（３０４～３０７頁）
イ設計変更の前提となった地盤調査等の概要
本件変更承認申請の際に提出された設計概要説明書には、本件承認処分後に行った地盤調査等の内容及び結果として、土質条件一覧表、土質調査の調査箇所平面図、地層断面図が掲載されている（乙Ａ６〔８５、８９～９１頁〕）。
設計変更の詳細については、６回にわたって行われた技術検討会（前提事実ア）の資料及び議事録（甲１８（第１回）、乙Ａ５１（第２回）、Ａ４５（第３回）、Ａ４０（第４回）、Ａ５８（第５回）、Ａ７４（第６回））として公表されているところ、これらの内容と、沖縄県が沖縄防衛局に対して行った質問に対する回答（前提事実ア）によれば、設計変更の前提となった地盤調査等の概要は、以下のとおりである。
地盤調査
大浦湾側水域に設けられる東護岸（Ｃ護岸等及びＡ護岸）については、①護岸法線及び海底地形を基に設定した各調査エリアの両端部、中央部付近及び法線変化点等を対象として、調査地点を設定し、ボーリング調査を実施し、また、②ボーリング調査地点間の地層の成層状態を把握することを目的として音波探査を実施し、さらに、③ボーリング調査地点間及び音波探査において、地層境界が不明瞭な箇所の把握等を目的として更に電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）及びボーリング調査を実施した。以上により、ボーリング調査６１か所（乱れの少ない試料を採取した地点は３４か所）、電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）１５か所（乱された試料を採取）、音波探査２２測線、弾性波探査２測線が実施された（甲１８資料３の１２頁（別紙図面１）、同議事録４～５頁）。このうち、Ｃ－１護岸付近については、法線平行方向につき、①当該調査エリアの両端部及び中央部付近を対象として、Ｂ－２５、Ｂ－２６、Ｂ－２８及びＢ－３０の各調査地点を設定し、ボーリング調査を実施し（いずれも乱れの少ない試料を採取）、また、②当該調査エリアの法線平行方向の地層の成層状態を把握することを目的として、Ｌ－０１の測線を設定し、音波探査を実施し、さらに、③上記①の各調査地点間を補間する調査地点として、Ｂ－２７及びＢ－２９の各調査地点を設定し、電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）を実施し、加えて、④ボーリング調査及び音波探査の結果から、地層境界が不明瞭な箇所の確認を目的として、Ｓ－１の調査地点を設定し、ボーリング調査を実施した（乱れの少ない試料を採取）。そして、法線直角方向につき、南側滑走路位置に当たるＢ－２８の調査地点を基点として、法線直角方向の地層の成層状態を把握することを目的として、Ｌ－１２の測線を設定し、音波探査を実施するとともに、Ｓ－２及びＳ－３の各地点でボーリング調査（乱れの少ない試料を採取）、Ｓ－２２、Ｓ－４’及びＳ－２８の各地点でボーリング調査（乱された試料を採取）、Ｂ－６４及びＳ－３０の各地点で電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）を実施した。（甲１８資料３の１４頁）
土質試験（土の物理的特性及び力学的特性の調査）
上記の地盤調査によって得られた試料について、その基本的な物理的特性、せん断特性、圧密特性及び動的特性を把握することを目的として、各種の土質試験（物理的試験又は力学的試験）を実施した（甲１８資料３の２６頁）。
このうち、粘性土（Ａｖｆ－ｃ層及びＡｖｆ－ｃ２層）のせん断強さ（せん断強度）については、一軸圧縮試験による方法（ｑｕ法）が一般的であるが、砂分を多く含んだ中間土的な性状を示す部分があることから、上記試験では過小評価するおそれがあるため、ｑｕ法でなく、現地盤の有効土被り圧相当まで圧密させた後に試験を行う再圧縮法による簡易ＣＵｂａｒ試験による方法により設定した。ただし、Ａｖｆ－ｃ２層については、比較的塑性の高い粘性土であることから、ｑｕ法も併用し、破壊状況を確認の上、異常値と認められなければ、せん断強さ（せん断強度）として採用した。なお、簡易ＣＵｂａｒ試験及びｑｕ法により得られた値は、それぞれ独立したものとして、データのばらつきに関する補正及びデータ数に関する補正に供された。（甲１８資料３の３８、４０頁、乙Ａ７４資料の１頁、同議事録２頁）
地層区分の設定


上記の地盤調査において実施された音波探査及び電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）により把握された成層状態と、ボーリング調査により採取された試料の色調や混入物、土質試験で得られた土粒子の密度、細粒分含有率、自然含水比及び間隙比等の物理的特性、せん断強さ（せん断強度）、強度増加率及び圧密降伏応力等の力学的特性並びに透水係数等の各種調査及び試験の結果とを総合的に判断し、地層の空間的な分布の把握が可能な「三次元地盤モデル」を作成し、これにより、地層区分を設定した。（甲１８資料３の２８頁～４３頁、４５頁、乙Ａ５１資料２の２頁、乙Ａ６１別紙９頁、１０頁、乙Ａ１０４別紙３頁、１０頁、乙Ａ１２０）。
上記の地盤調査により、大浦湾の埋立計画地内には、埋没谷があり、それを埋める形で主要な沖積層が堆積していることが判明した（甲１８資料３の２８頁（別紙図面２））。Ｃ－１護岸付近においては、Ｂ－２７地点及びＳ－３地点に深い谷地形（埋没谷）があることが確認され、東護岸全体では、上記の他にＳ－２０地点及びＢ－５８地点（乱れの少ない試料を採取）、Ｂ－５９地点及びＳ－１３地点（乱された試料を採取）において、深い谷地形があることが確認された（以下、上記の六つの調査地点を「埋没谷６地点」という。）。
そして、埋没谷６地点（Ｂ－２７、Ｓ－３、Ｓ－２０、Ｂ－５８、Ｂ－５９及びＳ－１３）についてみると、下層には、有機物を含み、色調が黒灰色を主体とし、土粒子の密度が上層に比べて小さい粘性土が堆積している層があって、この層は、混入物や、色調、土粒子の密度、飽和単位体積重量といった物理的特性が、その上部の層（Ａｖｆ－ｃ層）とは異なり（甲１８資料３の２９頁（別紙図面３）、３５頁、３７頁、６２頁※１３）、また、大部分が高液性限界に区分されるなど工学的特性にも違いがあること（同３４頁）等から、総合的に判断して、Ａｖｆ－ｃ２層として細分した。（乙Ａ５２別紙６頁、乙Ａ６１別紙１９頁、乙Ａ９９別紙８頁、乙Ａ１０３別紙２の６頁）
地盤物性値の推定
上記の地層区分を通じ、Ａｖｆ－ｃ２層に関して設定された推定値に係る導出値の変動係数（ＣＶ）は、①飽和密度（密度に重力加速度を乗じ算出した飽和単位体積重量）が０．０４（甲１８資料３の３７頁）、②強度特性（非排水せん断強さ（せん断強度））が０．１８（同４０頁表２．２－１５）、③圧密後の強度増加率が０．１３（同４２頁図２．２－２７）、④圧密特性（圧密係数Ｃｖ）がΔｐ６００（ｋＮ／㎡）で０．０９、Δｐ４００（ｋＮ／㎡）で０．０８、Δｐ２００（ｋＮ／㎡）で０．０８（同４３頁図２．２－２９）、⑤圧密特性（過圧密比ＯＣＲ）が０．０２（同４５頁図２．２－３２）、⑥透水係数が室内透水試験で０．０６（同３８頁表２．２－１４、乙Ａ５１資料２の２頁表１．２－２）、⑦圧密特性（二次圧縮指数Ｃα）が二次圧密の前半（Ｃα１）で０．２９、二次圧密の後半（Ｃα２）で０．２３（同表１．２－３）であり、港湾基準・同解説において信頼性が乏しいとされるばらつき（変動係数ＣＶ）が０．６以上となる地盤物性値の推定値はなかった。そのため、地層区分について再検討する必要や、地盤調査をやり直す必要はないと判断した。
そして、推定値に対する補正については、上記のばらつきに応じて、非排水せん断強さについては補正係数ｂ１を０．９０と設定し、強度増加率について補正係数ｂ１を０．９５と設定するなどした（甲１８資料３の３６頁表２．２－１１）。なお、非排水せん断強さの導出値は１３
個であった（同４０頁表２．２－１５）
以上により、Ａｖｆ－ｃ２層の非排水せん断強さとして設計に用いる値Ｃｕは５３．０＋１．５８Ｚ（Ｚの基準はＧＬ±０．０）と設定された。なお、Ａｖｆ－ｃ層のＣｕは１１．４＋１．６２Ｚと設定され、いずれの層も海底面からの深さに応じてせん断強さは増加するが、同じ深度であればＡｖｆ－ｃ２層の方がせん断強さが強いことが示されている（甲１８資料３の４０頁（別紙図面４））。
Ｂ－２７地点のせん断強さの設定
一般に、土質定数（地盤物性値）は、地層区分に基づき、地層ごとに設定され、同じ地層であれば、同じ強度特性を有しているものと扱うことができること、また、Ｂ－２７地点とＳ－３地点との距離は約１５０ｍ、Ｓ－３地点とＳ－２０地点との距離は約１５０ｍ、Ｓ－２０地点とＢ－５８地点との距離は約４５０ｍであること（甲１８資料３の１２、１４、１８、２９、３０頁、甲５５別紙の１０頁）を勘案し、主としてＳ－３、Ｓ－２０及びＢ－５８の各調査地点（以下、これらを「Ｓ－３ほか２地点」という。）の土質試験の結果から設定された力学的特性（上記）を、Ｂ－２７地点を含む埋没谷６地点のＡｖｆ－ｃ２層の力学的特性として設定した（乙Ａ５８資料２頁、議事録２２～２４頁））。ウＢ－２７地点の力学的試験の必要性等について


上記アのとおり、港湾基準・同解説は、①地盤調査に関し、調査地点の位置、間隔等につき、一概に規定することはできないものの、地盤の成層状態の均質性・不均質性を最も重要な考慮事項とし、②また、土の物理的特性や力学的特性の調査に関し、その調査の目的ごとに、それぞれ適切とされる各種の方法を選定すべきことを述べ、③さらに、得られた試料や土質試験による計測値などから、地層区分とモデル化を行い、④導出値のばらつき（変動係数ＣＶ）が０．６未満のときは、必要に応じて補正を行い、０．６以上のときは、見直し等を行うという方法を定めている。
しかるに、上記イのとおり、設計変更の前提となった調査においては、①大浦湾水域に設けられる東護岸については、多数の箇所でボーリング調査、音波探査等を実施し、また、これを補完するために電気式コーン貫入試験（ＣＰＴ）を行い、これらによって、地層の成層状態を把握するとともに、②上記の調査によって採取された試料につき、土の物理的特性や力学的特性を把握するため、各種の土質試験を行い、③そのようにして得られた情報を基礎として、地層区分を総合的に判断し、埋没谷の存在と、埋没谷を埋めている粘性土に係る二つの地層区分（Ａｖｆ－ｃ層とＡｖｆ－ｃ２層）などを措定し、④各種の推定値に係る導出値のばらつき（変動係数ＣＶ）が０．６未満であり、上記判断につき一定の信頼性が認められることから、さらに、ばらつきの程度に応じた補正を行って、上記各地層などの特性値（地盤物性値の代表値）を求め、これらの結果、埋没谷の下流部分にあり護岸の直下に当たるＢ―２７地点には、粘性土としてＡｖｆ－ｃ層とその下部にＡｖｆ－ｃ２層が存すると判断しているところ、このような調査手法と判断・推定内容は、港湾基準・同解説が記述する上記の方法に沿ったものであると認めることができる。
原告の処分理由等について
原告は、処分理由等において、①Ａｖｆ－ｃ層とＡｖｆ－ｃ２層の地層区分は「総合的に判断」されたものであり、⒜Ｂ－２７地点でＡｖｆ－ｃ２層に属するとされた地層は、細粒分含有率に関し、Ｓ－３ほか２地点での同層と相違がみられる点や、⒝Ｂ－５８地点でのボーリングで得られた試料Ｔ－３１、Ｔ－３４及びＴ－３６のデータの取扱いが変更されている点など、あいまいさが残ること、②Ｂ－２７地点においてＡｖｆ－ｃ２層とされる部分の粘性土のせん断強さを、同点から距離が離れたＳ－３ほか２地点における力学的試験の結果から類推して求めることは、Ｓ－３ほか２地点における深さと地盤強度の関係がばらばらであることなどからして疑義があること、③Ｂ－２７地点では粘性土が水面下約９０ｍ（Ｃ．Ｄ．Ｌ．－９０ｍ）に達しているところ、同地点付近は、外周護岸の設置場所であり、災害防止に関して最も重要であると考えられることなどを指摘し、同地点において三軸圧縮試験等の力学的試験を実施しないことは、施設の重要度や周辺の性状等を適切に考慮しているとはいい難いから、基準告示１３条の規定に適合せず、また、原告審査基準の免許禁止基準に係る審査事項２及びに適合しないとする（処分理由・４イ及びイ、主張要旨第２の１）。
そこで検討するに、変更後の設計においては、前記イのとおり、埋立計画地内に存在することが判明した埋没谷の下部の粘性土につき、混入物、色調、土粒子密度、飽和単位体積重量、液性限界といった観点からみて差異がある二つの層を認め得ることから、総合的に判断して、Ａｖｆ－ｃ層とその下部のＡｖｆ－ｃ２層とに区分し、Ｂ－２７地点の粘性土もそのように区分されるとしている。
この区分に関して、原告の処分理由等が指摘する上記①⒜の点は、Ｂ－２７地点の最下部の砂礫の直上にある砂質系の部分に属する試料Ｃ－１５（乙Ａ６２参照）の属する範囲（Ｇ．Ｌ．－５９ｍからＧ．Ｌ．－６１ｍまで）をＡｖｆ－ｃ２層には含めないことを前提として、Ｓ－３ほか２地点との細粒分含有率の相違をいうものであるが、変更後の設計においては、試料番号Ｃ－１５につき、薄層で腐食物と砂の互層状となっていることを勘案し、これを安全側に評価して粘性土とするという処理がされており（弁論の全趣旨〔答弁書７９頁〕）、前提を異にしているものと考えられる（なお、同様の処理は、Ｓ－３地点についても行われている（乙Ａ５８資料２頁（注２）、乙Ａ６３参照）。）。また、上記①⒝の点は、本件変更承認申請に係る設計変更の検討過程において、当初は、Ｂ－５８地点の試料Ｔ－３１、Ｔ－３４、Ｔ－３６の部分がＡｖｆ－ｃ２層に属するとされていたが、その後、三次元地盤モデル等で確認し、埋没谷の前後の調査地点における地層区分と連続性があるように（別紙図面３参照）、同部分（Ｇ．Ｌ．－３７ｍ以深）をＡｖｆ－ｃ層に分類し直し、さらに、同部分はＡｖｆ－ｃ層とＡｖｆ－ｃ２層の中間的な性状にあるためＡｖｆ－ｃ層の強度を過大評価する可能性があることからデータとしては棄却する処理としたこと（乙Ａ７４資料１頁、７頁、同議事録３、４頁）に関する指摘であるが、このような処理は、地盤自体の不均質性や試験や評価の手法に起因する不確実性があることを前提に、地層の区分を設けて地盤のモデル化を行うという港湾基準・同解説の性能照査の手法の範囲内にあり、上記の処理がＡｖｆ－ｃ２層にとって危険側となるとしても、地層の区分としては、直ちに不合理なものとはいえないと考えられる。


次に、上記②の点は、変更後の設計では、力学的試験が実施されたＳ－３ほか２地点においてＡｖｆ－ｃ２層とされた部分のデータを、地点ごとに分けずに評価していることに関して、これを地点ごとにみれば、試料数が少なく、かつ、深さと地盤強度の関係がばらばらであることを指摘するものである。しかし、港湾基準・同解説は、地層区分による地盤のモデル化に当たり、個々の調査地点ごとに評価することを予定しておらず、地盤物性値を求める地層ごとに１０以上のデータを集めることを基本とする旨の内容であるから（前記ア）、原告の処分理由等における上記の指摘は、港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法に沿わない考え方であるといわざるを得ない。
また、変更後の設計において、埋没谷６地点のうちの一つであるＢ－２７地点のＡｖｆ－ｃ２層の力学的特性が、同じく埋没谷６地点を構成するＳ－３ほか２地点のＡｖｆ－ｃ２層の力学的特性と相関性があると推認したことについては、埋没谷６地点のＡｖｆ－ｃ２層が同じ土質特性を有するといい得る地層に属するとされ、蛇行する一つの埋没谷の上流から下流を構成する位置にあり、Ｂ－２７地点とその直近のＳ－３地点（力学的試験の実施対象）との水平方向の距離が約１５０ｍであること（前記イ）に照らすと、相応の合理性が認められ、港湾基準・同解説が記述する地盤のモデル化の手法に反するものではないと考えられる。以上によれば、原告の処分理由等が指摘する上記の①及び②の点は、港湾基準・同解説が記述する性能照査の手法等において想定されている不均質性ないし不確実性の範囲内にある事象であるといえる。このことに加え、①Ｓ－３ほか２地点についての力学的試験の結果から得られた深さ方向に関する非排水せん断強度は、Ａｖｆ－ｃ層、Ａｖｆ－ｃ２層共に海底面からの深さの一次関数で示され（前記イ）、当該地盤の強度は主として土の自重により支配されており、深度５０ｍにおいてＡｖｆ－ｃ２層と同程度の非排水せん断強度を持つ粘性土地盤は、理論上「非常に硬い」に分類される地盤であるとの指摘や、護岸の安定問題は平均値問題の類型に属し、すべり面上の特定の局所的な強度ではなく、すべり面に沿った抵抗力の総和あるいは平均値が支配する現象であるとの指摘があること（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）〔５～６頁〕）、②他方において、原告が提出する意見書等（甲５３、８４（Ｃ意見書）、８３（Ｄ意見書）、８５（Ｅ意見書））は、いずれも、より慎重な調査の必要性を指摘するものであるが、現時点での調査不足が原因となって今後の護岸の構築工事等において災害が発生する具体的な危険性が高いなどの特段の事情があるとまで断定するものではないことを併せ考慮すれば、本件変更承認申請における護岸に係る災害防止要件の審査において、あらかじめＢ－２７地点において採取した乱れの少ないサンプルの力学的試験を経ていなければ、地盤特性値に関し基準告示に適合する性能照査が行われていないと判断することは、原告の処分理由等が指摘する上記③の点を踏まえたとしても、特段の事情がないにもかかわらず、港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法等を超えてより厳格な判断を行うものであり、考慮すべきではない事項を過剰に考慮したものというべきである。
なお、原告は、Ｂ－２７地点における力学的試験が必要であるとの判断をすることは、社会通念に照らし妥当であり、処分庁としての原告の裁量の範囲内である旨を主張するが、この主張を採用することができないことは、上記カで判示したとおりである。
地盤の安定性の照査（施工時の照査における調整係数ｍの設定）について
ア港湾基準・同解説の概要
性能照査の方法（部分係数法）
基準告示３条１項は、技術基準対象施設の性能照査につき、作用、供用に必要な要件及び当該施設の保有する性能の不確定性を考慮できる方法又はその他の方法であって信頼性の高い方法によって行わなければならない旨を定める。
港湾基準・同解説は、上記の方法の一つとして、部分係数法による性能照査、すなわち、構造物への作用により生じる応答値の設計用値と、構造物の抵抗（耐力）に基づく限界値の設計用値との比（作用耐力比）に、調整係数（ｍ）等を乗じた値が１．０以下であることを確認することによって構造物の性能を照査する方法を示し、施設の構造形式や改良地盤ごとに提示される具体的な照査式や、作用耐力比の計算時に用いる部分係数（γ）等を定めている。ここで、部分係数とは、対象構造物の目標とする性能を確保するために特性値に乗ずる係数として統計的解析又は信頼性の高い手法により算出された値であり、調整係数とは、過去の経験に基づく方法によって規定される安全性の水準と同等の構造断面となるように調整するための係数である。調整係数は、従来の安全率法や許容応力度法における許容安全率に対応する値であるとされ、調整係数を用いる場合は全ての部分係数を便宜上１．０として計算する。（２４～２８頁、７４９～７５０頁）（乙６、乙Ａ４６、Ａ４７、Ａ７６）
護岸の地盤の安定性に関する性能照査
護岸に関し準用されている基準告示４９条（４３条１項、３９条１項参照）は、重力式係船岸（ケーソン式係船岸など）に関し、主たる作用が自重である永続状態に対して、地盤のすべり破壊の生じる危険性が限界値以下であることなどの性能を求めている。
港湾基準・同解説は、自重の作用（水圧、載荷重による従たる作用を含む。）に関し、「地盤の円弧すべり」を照査項目とし、限界値を定める標準的な指標として、円弧すべりに関する作用耐力比を挙げ（１０６２頁）、これに関する部分係数法による性能照査式（「式（２．２．２）」）を定めるとともに、性能照査に用いる部分係数を提示している。また、部分係数は、地盤物性値の算出過程で得られる変動係数に応じて設定し、円弧が通過する土層のうち最大の変動係数を有する土層を代表層とすることができるとされている。（１０６９～１０７０頁。同照査式が採用する修正フェレニウス法につき７５０～７５１頁。）


なお、従来の安全率法による設計において、安全率は、永続状態に対しては１．３０以上、同一の地盤における実績等から照査に用いる定数の信頼性が高いと考えられる場合や施工中に地盤の変位及び応力を観測する計測施工を実施する場合には１．１０以上の値を用いることができるとしていたことに倣い、部分係数が設定されていない場合には、調整係数ｍは、従来の安全率相当の値に設定して安定性を照査することができるとしている（７４９頁）。（乙６、弁論の全趣旨）
地盤改良工法
港湾基準・同解説は、地盤改良工法の基本原理としては、置換、圧密・排水、締固め、化学的・熱的固化などがあり、工法の種類としては数十種にも達するが、工法の選定に当たっては、改良対象地盤の物理的及び力学的性質を正確に把握するとともに、施設の種類・機能・重要性と規模等の諸条件から改良の目的を明確にし、施工の難易、工期、経済性、環境への影響等を考慮すべきであるとする（７５５頁）。そして、粘性土地盤の改良については、バーチカルドレーン法（粘性土層中に鉛直の排水層を人為的に設ける方法。砂を排水材とするサンドドレーン（ＳＤ）工法とプラスチック製の排水材を用いるペーパードレーン（ＰＤ）工法がある。）やサンドコンパクションパイル（ＳＣＰ）工法（大径の良く締め固めた砂杭を地中に造成して地盤を改良する方法）などを挙げる（７５６～７５７頁、弁論の全趣旨）。
また、港湾基準・同解説は、ＳＣＰ工法により地盤改良が行われた場合の円弧すべりの検討において、置換率が５０％から８０％となるときに適用する部分係数（８２６頁）や、置換率が５０％未満となるときに適用する調整係数（７４９頁）を提示している（乙Ａ７４資料８頁）。
イ変更後の設計における検討内容
変更後の護岸の設計とその地盤の安定性の性能照査の概要は、以下のとおりである。
護岸の設計工区
Ｃ護岸等については、護岸法線の形状、護岸法線位置における海底地形（海底面が平坦な区間か否か）及び地層構成（深い谷地形に粘性土及び中間土が厚く堆積している区間か否かなど）を基に、設計工区を設定し、設計工区ごとに、護岸の安定の検討を行う断面（検討断面）の位置を設定した。
Ｃ－１護岸については、上記の考慮要素により、さらに三つに区分した工区（Ｃ－１－１－１工区、Ｃ－１－１－２工区及びＣ－１－２－１工区）を設け、Ｂ－２７の調査地点付近は、Ｃ－１－１－１工区として区分した。そして、Ｃ－１－１－１工区の検討断面は、粘性土及び中間土が堆積する最深箇所を設定し、さらに、この最深箇所を検討に反映させて安全側の設計とするため、検討断面の方向を、護岸法線直角方向そのものとしないで、Ｂ－２７の調査地点からＳ－３の調査地点までの断面の谷地形が護岸法線直角方向に埋立地背後に続くものと仮定した。（乙Ａ５１資料２の９、１０頁（別紙図面５））。
他方、護岸構造としては、スリットケーソン式の護岸を構築することとした（乙Ａ５１資料２の１１頁）。
護岸直下の地盤改良
Ｃ護岸等（Ｃ－２護岸の一部を除く。）の直下の部分については、ＳＣＰ工法により、Ｃ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍ（水面下７０ｍ）まで地盤改良を行うこととした（乙Ａ５１資料２の３３頁（別紙図面６））。また、上記護岸よりも内側の部分については、ＳＤ工法又はＰＤ工法による地盤改良を行うこととした（乙Ａ４５資料４７頁（別紙図面７））。なお、Ｃ－１－１－１工区にあるＢ－２７地点においては、ＳＣＰ工法による上記地盤改良を経た後も、約２０ｍの未改良部分が残ることとなる（甲１８資料３の１５頁、５３頁、乙Ａ４１資料３－１の２頁、乙Ａ４５資料２～７頁、乙Ａ５１資料２の１５頁）。
地盤の安定性に関する性能照査
以上を前提に、Ｃ護岸等の地盤の円弧すべりに関して、修正フェレニウス法により照査を行った。
完成時（永続状態）の安定計算については、未改良の粘性土層のみを円弧が通過する場合には、通過する粘性土層のうち、非排水せん断強さ（せん断強度）の変動係数（ＣＶ）が最も大きな粘性土層を代表層として、その粘性土層の変動係数（ＣＶ）に応じた部分係数を適用した。Ｃ－１－１－１工区については、Ａｖｆ－ｃ２層を代表層として、その変動係数（ＣＶ）＝０．１８に対応してγＲ＝０．８０、γＳ＝１．０２と設定したところ、完成時において最も作用耐力比が大きくなる照査結果は、０．９９２であり、１を下回った。
施工時の安定計算については、施工中に動態観測を行う前提で、部分係数（γ）を１．００、調整係数（ｍ）を１．１０に設定したところ、施工時において最も作用耐力比が大きくなる照査結果は、０．９２８であり、１を下回った。（乙Ａ６〔１０７頁〕、乙Ａ４５資料６７頁（別紙図面８）、乙Ａ５１資料２の１４頁、２５頁、２９頁、乙Ａ７４資料１～３頁）
なお、施工の過程においては、護岸部では、①ＳＣＰ工法の施工に伴う盛り上がり土の荷重、②基礎捨石の設置による荷重、③スリットケーソンの据付による荷重、④根固・被覆・裏込石の設置による荷重、⑤上部工の施工による荷重があり、埋立部では、⑥埋立土砂（海上埋立）の投入による荷重があるが、施工時の安定計算では、重量構造物であるケーソン及び裏込石を設置した段階を最も危険な状態とし、また、盛り上がり土の荷重による未改良部の強度の増加を考慮していない（乙Ａ４５資料６５～６７頁、乙Ａ７４資料３頁）。
また、施工時には、地盤の変位及び応力の動態観測を実施することとし、仮設工を含む構造物の施工中の安全性の確認、施工前に見込んでいた構造物の沈下量・変位量等の検証と設計・施工へのフィードバックなどを行うこととしているが、具体的な方法は施工の実施段階に決定するとしている（乙Ａ４０資料２頁、同議事録１３～１４頁）。


ＳＣＰ工法の実績等
ＳＣＰ工法による打込深度は、国内においてはＣ．Ｄ．Ｌ．－６５ｍまで、海外においてはＣ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍまでの施工実績がある（乙Ａ５２添付資料４）。また、国内のサンドコンパクション船には、改造によりＣ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍに対応可能なものがある（乙Ａ４５資料８４頁）。
なお、本件埋立事業において予定されているＳＣＰ工法による地盤改良の本数は、約１万６０００本である（乙Ａ４３）が、神戸港ＰＩ（Ⅱ期）地区国際海上コンテナターミナル整備事業等は、ＳＣＰ工法による地盤改良の本数が約１万８０００本であり、東京国際空港再拡張事業の同本数が約７万本、関西国際空港第Ⅰ期事業の同本数が約２万６０００本である（乙Ａ４２）。
ウ施工時の安定性照査における調整係数ｍの設定について上記アのとおり、港湾基準・同解説において、調整係数とは、過去の経験に基づく方法によって規定される安全性の水準と同等の構造断面となるように調整するための係数であるとされ、施工中に地盤の変位及び応力を観測する計測施工を実施する場合には、調整係数ｍを１．１０以上とするものとされている。そして、調整係数ｍについては、部分係数とは異なり、地盤調査等を経て設定された各種の地盤特性値の変動係数の大きさと関連づけてその値を決定すべきことを求める旨の記述はない。
そうすると、変更後の設計において、施工時の安定性照査について、調整係数ｍにつきその下限とされる１．１０を用いたことは、港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法等に直ちに反するものとまではいえないと考えられる。
原告の処分理由等について
原告は、処分理由等において、施工時の地盤の安定性照査に関し、①Ｃ－１－１－１護岸付近には深い谷地形があり、護岸設置箇所において唯一粘性土のＡｖｆ－ｃ２層が存在し、護岸毎の地盤条件が異なるのに、Ｃ護岸等について一律に調整係数ｍ=１．１０と設定していること、②完成時（永続状態）に関しては、粘性土の変動係数等で区分して部分係数を設定し、部分係数において土質のばらつきのリスク等を考慮しているが、施工時に関しては、下限値である調整係数ｍ=１．１０と設定していることは、地盤の安定性の評価において、地盤条件の不確定性を考慮したものとはいえないとし、③港湾基準・同解説が引用している甲乙論文（甲５２）が、地盤の均一性や地盤定数の信頼度に応じた安全率を提案していることや、④Ｂ－２７地点の力学的試験がされておらず地盤条件が適切に設定されていないこと、⑤Ｃ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍ以深の地盤改良には約２０ｍの未改良部が残ることにも照らすと、上記設定は不適切であり、基準告示３条に適合していると判断できず、原告審査基準の免許禁止基準に係る審査事項２に適合しないとする（処分理由・４ウ及び同エ、主張要旨第２の２）。
そこで検討するに、港湾基準・同解説は、①性能照査の方法として、信頼性設計法（レベル１ないし３）、数値解析に基づく方法、模型実験又は現地試験に基づく方法、過去の経験に基づく方法を併記し、性能照査の方法が単一ではないことを示し、②このうち、「レベル１信頼性設計法」に当たるのが部分係数法であるが、この方法では評価パラメータを設計用値としているため、設計要因や設計モデル等の不確定性を適切に評価するとともに、目標とする破壊確率又は信頼性指標を反映した部分係数を適切に設定する必要があるとし、③他方、「過去の経験に基づく方法」とは、従来から利用されてきた安全率法など、過去の適用事例が多く、十分に実績のある方法を指すが、信頼性設計法の場合とは異なり、限界状態を超過する可能性を定量的に評価できないとし、この場合に使用される調整係数は、過去の経験に基づく方法によって規定される安全率の水準と同等の構造断面になるように調整するための係数となるとしている（２４～２８頁。乙Ａ４６、Ａ４７、乙Ａ７６。）。これらの記述に照らすと、調整係数を「地盤条件の不確定要素を調整するための係数」と理解することは必ずしも正確ではなく、事例の積み重ねによって確立した設計システムが成立するための係数と理解すべきものと解される（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）〔１３頁〕。なお、信頼性設計は、期待総費用（＝（１－破壊確率）×初期建設費＋破壊確率×破壊損失費）を最小とする場合の破壊確率を指標として、安全性と経済性という、相反する社会的な要求を調整するものであり（同〔１４頁〕）、単に安全性を追求するものではないと考えられる。）。


また、港湾基準・同解説は、性能照査に当たっては、「設計状態」を設定するとし、設計状態として、永続状態、変動状態及び偶発状態の区別を設けた上、それぞれにおいて要求される性能（使用性、修復性、安全性）を説明している（１９～２１頁）。港湾基準・同解説は、設計状態の一つとして明示的に「施工時状態」を取り上げていないが、各論には、それに関連する記述があり、例えば、段階施工により強度増加を見込む場合の非排水せん断強度を取り上げていること（３２８頁）に照らせば、施工時の安全率と完成時の安全率には差異があり、施工時状態では、許容される損傷の程度が大きいとの考え方が採用されているといえる（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）〔１６頁〕、弁論の全趣旨）。以上のことを踏まえれば、港湾基準・同解説の「従来の安全率法による設計において、安全率は、永続状態に対しては１．３０以上、同一の地盤における実績等から照査に用いる定数の信頼性が高いと考えられる場合や施工中に地盤の変位及び応力を観測する計測施工を実施する場合には１．１０以上の値を用いることができるとしていた」旨の記述（７４９頁。甲５１、乙６。）には、①調整係数が必ずしも個別の地盤条件の不確定性を調整するための係数ではないことから、その差異を反映しなくとも適用できる旨の内容と、②完成時と施工時とでは安全率を別々に設定し、施工時の安全率を低く設定できる旨の内容が含まれているものと解釈することができる。また、港湾基準・同解説は、上記の記述に関し、参考文献として甲乙論文を挙げているが、同論文の内容は主として完成時の安全率を議論しているものと解されること（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）〔１７頁〕）や、同論文が「地盤の不均一性を考慮した信頼性解析を行うことにより」最適な安全率について検討したとしており（甲５２〔１１７頁〕）、信頼性設計の立場での研究成果であることに照らすと、同論文は、必ずしも「従来の安全率法」に関する上記の記述の内容をなすものではないと考えられる。
以上に加え、①公益社団法人日本道路協会の「道路土工盛土工指針（平成２２年度版）」（乙Ａ１２１）において、修正フェレニウス法による盛土の性能照査に関し、軟弱地盤上の盛土で詳細な土質試験を行い適切な動態観測による情報化施工を適用する場合には、盛土施工直後の安全率を１．１としてよいとされていること、②粘性土地盤上の護岸の建設は、各施工段階直後の安全率が最も小さい短期安定問題であり、一定期間荷重の変動がなければ時間経過と共に粘性土層の圧密の進行により粘性土の強度が増加するところ、変更後の設計における施工時の安定性の計算ではこの強度増加を見込んでいないことからして、計画された動態観測を着実に行うなどすれば調整係数に１．１０を採用することに異論はない旨の指摘があること（乙Ｂ８（Ｂ鑑定書）〔１７頁、２１頁、２２頁〕）、③上記で判示したとおり、Ｂ－２７地点において力学的試験を経ていなければ地盤特性値に関し基準告示に適合する性能照査が行われているとはいえないとまでは解されず、地盤条件が適切に設定されていないという指摘は当らないこと、④地盤改良工事においてＣ．Ｄ．Ｌ．－７０ｍ以深に未改良部分が残ることについても考慮して性能照査が行われていることを勘案すれば、原告の処分理由等が指摘する上記の各点を理由として調整係数ｍの設定が不適切であると判断することは、特段の事情がないにもかかわらず、港湾基準・同解説の記述する性能照査の手法等を超えてより厳格な判断を行うものであり、考慮すべきではない事項を過剰に考慮したものというべきである。
なお、原告は、調整係数ｍに関し、港湾基準・同解説は「１．１０以上」という幅のある判断を許容する内容となっているから、原告がその幅の中で安全側の判断をすることは、処分庁としての原告の裁量の範囲内である旨を主張するが、港湾基準・同解説の上記の記載の前提となっている調整係数の概念や施工時状態の安全率の考え方を正解しないものである上、Ｂ－２７地点の地盤条件の設定等が不適切であるとする誤認を前提とするものであり、専門技術的な知見に基づく判断として合理性を欠くといわざるを得ないことは、上記のとおりである。
小括
以上のとおり、原告の処分理由等のうち、災害防止要件に適合しないとした部分は、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用した違法があるというべきである。したがって、これと同旨の本件是正の指示の理由は正当なものということができる。
５争点５（環境保全要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無）について
判断枠組み
ア埋立法４条１項は、同項各号に適合すると認める場合を除いては埋立ての承認又は免許（承認等）をすることができない旨を定めているところ、同項２号の「其ノ埋立ガ環境保全（中略）ニ付十分配慮セラレタルモノナルコト」という要件（環境保全要件）は、公有水面の埋立て自体により生じ得る環境保全上の問題を的確に把握するとともに、これに対する措置が適正に講じられていることを承認等の要件とするものと解され、その審査に当たっては、埋立ての実施が環境に及ぼす影響について適切に情報が収集され、これに基づいて適切な予測がされているか否かや、事業の実施により生じ得る環境への影響を回避又は軽減するために採り得る措置の有無や内容が的確に検討され、かつ、そのような措置を講じた場合の効果が適切に評価されているか否か等について、専門技術的な知見に基づいて検討することが求められているということができる。そうすると、裁判所が、公有水面の埋立てが環境保全要件に適合するとし又は適合しないとした都道府県知事の判断に違法等があるか否かを審査するに当たっては、専門技術的な知見に基づいてされた上記都道府県知事の判断に不合理な点があるか否かという観点から行われるべきであると解される（平成２８年最高裁判決参照）。
イ本件承認処分における審査及び判断の内容


埋立法は、願書に添付すべき図書として、「其ノ他国土交通省令ヲ以テ定ムル図書」（２条３項５号）を挙げ、その一つとして「環境保全に関し講じる措置を記載した図書」（同法施行規則３条８号）（環境保全図書）が定められているところ、埋立法に基づく承認等の申請に対する環境保全要件の審査は、環境影響評価法に基づいて作成された環境影響評価書等を用いて行われることとされているから（同法３３条３項、同法２条２項１号ト、同法施行令別表第１の欄７）、上記の環境保全図書として、環境影響法所定の手続により作成された環境影響評価書等の内容が提出されることとなる。そして、環境影響評価法では、事業者が、評価項目並びに調査、予測及び評価の手法等を記載した環境影響評価方法書を作成し（５条）、これについての公告及び縦覧（７条）を行うとともに都道府県知事等の意見を求め（１０条）、その意見を勘案するなどして所要の検討を加えて選定した項目及び手法（１１条）に基づいて対象事業に係る環境影響評価を行った上で（１２条）、その結果を踏まえて環境影響評価準備書を作成し（１４条）、これについての公告及び縦覧（１６条）を行うとともに関係都道府県知事等の意見を求め（２０条）、その意見を勘案するなどして所要の検討を加えて最終的な環境影響評価書を作成し（２１条）、これを許認可等をする機関に送付し（２２条）、許認可等の審査を受けることとされているところ、都道府県知事は、環境影響評価法の上記の規律に沿って作成された環境影響評価書等の内容を踏まえて、環境保全要件の該当性を判断することとなる。
本件承認処分においても、沖縄防衛局長がその承認申請（本件出願）に先立って環境影響評価法に基づいて環境影響評価書を作成して当時の沖縄県知事に送付するなどし、その後にされた本件出願において、沖縄県知事は、本件願書に添付された環境保全図書（以下「変更前環境保全図書」という。）の内容を審査し、それが環境保全要件に適合すると判断して、本件承認処分をしたことが認められる（前提事実、乙Ａ２）。そうすると、本件承認処分においては、変更前環境保全図書の内容が、本件埋立事業において求められる環境保全配慮の水準を満たすものであるとの判断がなされたものと認められる。なお、本件承認処分には、沖縄防衛局は、実施設計に基づく環境保全対策等を詳細検討し、環境監視等委員会の助言を受ける旨の留意事項が付されているから（前提事実エ）、これによる検討結果も事後的に上記の環境保全配慮の水準の内容に含まれることになると解される。
ウ変更の承認等の法的性格等
埋立法は、正当の事由があると認めるときは、埋立地の用途や設計の概要の変更に関し、変更を許可することができる旨規定するところ（１３条ノ２第１項）、これは、当初の埋立ての免許に係る願書により特定された内容の埋立てにつき、その同一性を失わない範囲において、埋立地の用途や設計の概要を変更しようとする場合において、変更の許可をすることを可能としたものと解され、このことは、国が行う埋立てに関する変更の承認についても同様であるといえる。
また、当該変更に関する部分については、上記の変更の許可又は承認（変更の承認等）を受けて初めて、当該部分に含まれる範囲の工事を適法に実施し得る地位が得られる一方、当該変更に関する部分に含まれない範囲の工事については、特段の事情のない限り、当初の願書に記載された設計の概要に基づいて適法に実施し得る地位が存続しているものと解される（最高裁令和３年（行ヒ）第７６号同年７月６日第三小法廷判決・民集７５巻７号３４２２頁参照）。
さらに、環境影響評価法は、評価書の公告後に対象事業の内容を変更する場合、政令で定める軽微な変更その他の政令で定める変更に該当するときは、改めて環境影響評価の手続を経ることを要しない旨を規定しており（同法３１条２項）、埋立法に基づく埋立ての事業においては、事業の諸元（埋立干拓区域となる部分の面積又は対象事業実施区域の位置）の変更が一定の基準以内のもの及び事業の諸元以外の変更については、原則として再度の環境影響評価手続が不要とされている（同法施行令１８条１項、２項２号、別表第３の１８の項）。
以上のとおり、埋立法上の変更の承認等は、当初の承認等と同一性を失わない範囲で行われるものとして位置付けられており、新たな承認等を行うという性格を有するものではなく、当初の承認等の内容を一部変更するという性格を有すること、変更申請に関する部分に含まれない範囲の工事を適法に実施し得る地位は、変更の承認等を申請したことによって当然に失われるわけではないことに照らすと、変更申請の内容が再度の環境影響評価の手続が不要とされる変更にとどまる場合、変更申請に対して行われる環境保全要件の適合性の審査においては、特段の事情のない限り、当初の承認等において都道府県知事が設定していた環境保全配慮の水準（前記イ参照。以下同じ。）と同じものが適用されることが予定されていると解される。
エ小括
以上で判示したとおり、当初の承認等の申請に対する環境保全要件の適合性の審査は、環境影響評価法の規律に沿って作成された環境影響評価書等の内容を踏まえて行われることとされており、上記の適合性を肯定すると判断された場合は、環境影響評価書等の内容が、当該申請に係る埋立事業において求められる環境保全配慮の水準を満たすものであるとの判断がなされたものと解され（前記イ）、その後になされた変更申請に対する環境保全要件の適合性の審査においては、変更申請の内容が再度の環境影響評価の手続が不要とされる変更にとどまる場合であれば、特段の事情のない限り、当初の承認等において設定されていた環境保全配慮の水準と同じものが適用されることが予定されていると解される（前記ウ）。
そして、上記の特段の事情としては、①当初の承認等の申請後、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼしその見直しが必要となるような知見や基準等の変化や、地域特性等に係る事情の変化が生じたことが認められる場合や、②設計の概要等の変更に伴って生じる工事内容の変更が、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼすことが認められる場合などが考えられ、これらの場合であれば、変更申請に対する審査において、従前の環境保全配慮の水準を変更する合理性を認め得るといえる。しかるに、本件変更承認申請の内容は、再度の環境影響評価の手続が不要である変更にとどまると認められるから（環境影響評価法３１条２項、同法施行令１８条２項２号、別表第３の１８の項）、本件変更承認申請に対する審査において、上記の特段の事情が認められるとすることに合理性を欠いているのに、それが認められるとして、本件承認処分において変更前環境保全図書の内容に基づいて設定された環境保全配慮の水準を変更して、環境保全要件に適合しないとすることは、変更申請に対する判断として、裁量権の範囲の逸脱又はその濫用となるというべきである。
工事の実施がジュゴンに及ぼす影響について


ア本件願書に添付された環境保全図書（変更前環境保全図書）の概要（ジュゴン関係部分）
調査の手法とその結果
変更前環境保全図書においては、環境省等が平成１７年度までに行った航空機による目視調査によれば、沖縄県の東海岸（金武湾、宜野座沖、嘉陽沖等）及び西海岸（古宇利海域等）で年間延べ３ないし１０頭程度が確認され、海草藻場で食跡が確認されていることや、ジュゴンが国の天然記念物に指定され、環境省のレッドリストにおいて平成１９年に絶滅危惧ⅠＡ類に選定されていることなどを指摘した上で（乙Ａ２〔３－７２～８０頁、８７頁〕）、ジュゴンについては、生息状況と海草藻場の利用状況を調査すべき情報とし、生息状況の調査範囲については、事業実施区域のみならず沖縄島周辺海域とし、海草藻場の利用状況については、金武湾から嘉陽地先にかけての海域に重点調査区域を設定した（乙Ａ２〔５－２５頁、９７～１０３頁〕）。
そして、上記の海域における調査の結果については、平成１９年度から平成２３年度までに行った生息状況に係る航空機による目視調査によれば、沖縄島周辺のジュゴンは、嘉陽沖に１頭（個体Ａ）と古宇利島沖に親子と考えられる２頭（個体Ｂ及びＣ）がおり、個体Ｃは平成２０年度から嘉陽沖等でも確認され、最小個体数は上記の３頭と推定されること、また、海草藻場の利用状況に係る潜水目視観察（マンタ法）による調査によれば、嘉陽沖の海草藻場でジュゴンの食跡が頻繁に確認されたとした。あわせて、当該利用状況に係る補足調査として平成２１年度に行った水中ビデオ調査及びパッシブソナー調査によれば、嘉陽沿岸域において、個体識別まではできないもののジュゴンが遊泳する様子が確認されるとともに、ジュゴンの咀嚼音や鳴音の可能性が高い音が確認されたとした。（乙Ａ２〔６－１６－３０～５０頁、６０～９４頁、１０６～１６４頁、９－２１頁〕）
予測の手法と評価基準
工事の実施がジュゴンに及ぼす影響については、工事中の水の濁り、騒音（水中音）・振動、夜間照明及び作業船の航行を取り上げて、その影響を予測することとした（乙Ａ２〔６－１６－２２１頁〕）。このうち、水中音に関しては、ジュゴンに及ぼす影響についての知見が少なく、逃避等の影響を及ぼす音圧レベルを直接的に調査した事例はほとんどなく、ジュゴンに関する知見のみでは水中音の影響についての評価基準を設定することが困難と考えられたため、クジラ類やイルカ類等の海産哺乳類の水中音に関する影響レベルの知見を収集整理し、それらを参考として、水中音がジュゴンに及ぼす影響を検討することとした。そして、水中音が海産哺乳類に及ぼす影響については、これまでのデータを総合的に整理し、騒音がクジラ目及び鰭脚類に及ぼす影響についての評価基準が提案されているところ（Ｈら〔２００７〕）、(a)この評価基準は海産哺乳類の可聴域の周波数特性を考慮して設定されているため、ジュゴンに対してもジュゴンの可聴域の周波数特性に関する知見を基にすることにより適用することができるものと考えられること、(b)海外の海洋土木工事に係る環境影響評価において、この基準を参考に水中音がジュゴンに及ぼす影響を評価している事例もみられたことから、本件埋立事業における水中音がジュゴンに及ぼす影響を評価する基準については、この評価基準の考え方を参考として、おおむね以下のとおり設定
した（乙Ａ２〔６－１６－２２３～２２６頁〕）
①水中音の影響を、上記の研究を参考にして、「障害」と「行動阻害」の二つの観点から評価する。
②本件埋立事業での主要な音源のうち、杭打ちはパルス音として、捨て石、浚渫及び船舶音は非パルス音として扱う。
③ジュゴンの可聴音域は、鳴音の周波数特性から、３ｋＨｚから１８ｋＨｚまでの範囲を含むと推定されているため、中周波数帯域のクジラ目について提案されている基準値を参考とする。
④基準値は、音圧レベル（ＳＰＬ。ピーク値（障害の影響を評価する項目）及びＲＭＳ（行動阻害の影響を評価する項目）。）と、音響曝露レベル（ＳＥＬ。累積した音による障害及び行動阻害の影響を評価する項目。）により設定する。
⑤障害に関する影響レベルは、音圧レベルにつき２３０ｄＢに設定し、音響曝露レベルにつき杭打ち音１９８ｄＢ、捨て石・浚渫・船舶音２１５ｄＢに設定する。
行動阻害に関する影響レベルは、大浦湾内の水中音の測定結果による音圧レベルが平均１１９ｄＢ（１１３〜１２４ｄＢ）であったこと、ジュゴンの鳴音の音圧レベルが平均１２２ｄＢ程度と推定されること及び上記の研究が整理した行動阻害に関する実験データを参考として、音圧レベルにつき１２０ｄＢに設定し、音響曝露レベルにつき杭打ち音１８３ｄＢに設定する（捨て石・浚渫・船舶音は適用外とする。）。なお、行動阻害に関する上記の実験データ上は、１２０ｄＢ未満の非パルス音であっても、それにも反応した中周波数帯域のクジラ目が相当数存在したことが示されていた。
予測対象の工種・時期と予測方式等


工事に伴う水中音の主な発生源については、海中土木工事（二重締切矢板式護岸工、進入灯等の工事における杭打ち工事、ケーソン式護岸等における捨て石投入工事及び作業船水深確保等のための浚渫工事）及び船舶騒音を想定し、水中音が発生する海中土木工事の実施時期並びに埋立工に用いるガット船及び土運搬船が同時に稼働する隻数を踏まえ、水中音の発生レベルが高くなる時期を予測時期として設定した（１年次３〜４か月目、２年次１０か月目、３年次１２か月目とした。）。そして、同種の海中土木工事及び船舶騒音に関する実測データを基にし、水中音の距離減衰、リーフ等の地形による回折減衰（遮音効果）及び海況や底質に依存する近距離音場の不規則性による効果を考慮して工事中の水中音圧レベルを推定し、水中音の音圧レベル（ピーク値とＲＭＳ）及び音響曝露レベル（ＳＥＬ）について、水中音の予測式により、工事音の発生地点から大浦湾内及び安部から嘉陽地先までの海域において音圧レベル等の強さがどの程度減衰するかについて予測を行うこととした。その際、水中音の予測条件としては、各工事につき、作業船の種類、稼働隻数、施工位置、施工能力、発生源の音圧レベル、周波数特性、水深等を具体的に設定した。（以上につき、乙Ａ２〔６－１６－２２３〜２４９頁〕）
予測及び評価の結果
上記で得られた水中音圧レベル（ピーク値とＲＭＳ）と音響曝露レベル（ＳＥＬ）の予測の結果を、水中音がジュゴンに及ぼす影響についての上記の評価基準と対比し、次のとおり評価した（乙Ａ２〔６－１６－２５０頁〕）。
「障害」の観点では、いずれの予測時期においても、工事中の水中音圧レベル（ピーク値）が評価基準を上回る範囲はみられず、工事中の水中音のうち瞬時の音がジュゴンに障害を与える可能性はないと考えられたが、音響曝露レベル（ＳＥＬ）については、設定された予測時期のうち１年次３か月目及び４か月目に、同時に杭打ち工事を施工する箇所を５か所とした場合には、施工区域近傍における杭打ち音に関する値が評価基準（１９８ｄＢ）を上回るレベル（２０５ｄＢ以上）となっていたことから、ジュゴンが施工区域近傍に来遊して長時間にわたって音の曝露を受けると障害を受ける可能性があると考えられた。また、「行動阻害」の観点では、①ジュゴンが高頻度で確認される安部から嘉陽地先西側までの海域においては、予測時期のうち１年次３か月目及び４か月目に工事中の水中音圧レベル（ＲＭＳ）が評価基準（１２０ｄＢ）を一部上回るものの（１０５〜１２５ｄＢ）、２年次１０か月目及び３年次１２か月目には評価基準をおおむね下回っており、音響曝露レベルについては、いずれの予測時期においても評価基準を下回っていたことから、１年次３か月目及び４か月目における瞬時の音がジュゴンの行動に影響を与える可能性があると考えられた。②他方で、大浦湾内においては、水中音圧レベルが１年次３か月目及び４か月目には湾全域で、２年次１０か月目及び３年次１２か月目には同湾の西半分で評価基準を上回っており、また、音響曝露レベルについても、１年次３か月目及び４か月目には同湾の西半分で、２年次１０か月目及び３年次１２か月目には施工地点近傍の範囲で評価基準を上回っており、同湾内では長期的にジュゴンの行動に影響を与える可能性があると考えられた。
環境保全措置
以上のような水中音の予測の結果を踏まえ、工事中において、水中音がジュゴンに及ぼす影響の低減を十分に図る保全対策が必要であり、特に水中音の発生レベルが高い１年次３か月目及び４か月目に水中音の発生源としての寄与が大きな杭打ち工事について、極力騒音発生の少ない工法を採用するなどの対策が必要であると考えられた。そこで、①同時に杭打ち工事を施工する箇所を上記の予測における想定のとおりの５か所ではなく２か所とした場合には、ジュゴンの生息範囲における水中音圧レベルはおおむね評価基準を下回ると考えられたことから、杭打ち工事においては、最初の杭打ち工事が行われる際には水中音の測定を行い、予測した音圧レベルを検証するとともに、測定結果を基に、杭打ち工事の同時施工箇所の数を調整するなど、工事に伴う水中音がジュゴンの行動に及ぼす影響を低減する措置を講ずることとした。また、②工事中は、ジュゴンの生息範囲に変化がみられないかを監視し、変化がみられた場合には、工事との関連性を検討し、工事による影響と判断された場合には、速やかに施工方法の見直しを行うなどの対策を実施することとした。さらに、③工事中は、大浦湾内の広い範囲が長期的に行動阻害の評価基準を上回る音圧レベルになると予測され、ジュゴンが大浦湾内に来遊してきた場合には、ジュゴンの行動に変化を与える可能性があると考えられるため、工事中はジュゴンの生息位置を監視し、ジュゴンが施工区域内において確認された場合には、施工区域から離れたことを確認した後、工事に着手することとし、また、ジュゴンが施工区域内に接近していることが確認された場合には、工事関係者に連絡し、水中音を発する工事を一時的に休止するなどの対策を講ずることとした。加えて、④杭打ち工事による急激な音の発生は、ジュゴンの行動に変化を及ぼすおそれがあるため、杭打ちの開始時は弱く打撃し、一定時間経過後に所定の打撃力で杭打ちを行うことにより、ジュゴンへの水中音の影響を低減する措置を講ずることとした。
このほか、作業船の航行に当たっては、ジュゴンが頻繁に確認されている区域内をできる限り回避し、沖縄島沿岸を航行する場合は岸から１０ｋｍ以上離れて航行すること、ジュゴンとの衝突を回避するための見張りを励行し、衝突を回避できる速度で航行することなどの措置を講ずることとした。
なお、工事中における上記のジュゴンの生息位置の確認に当たっては、「工事海域監視・警戒サブシステム」「生息・移動監視・警戒サブシステム」を構築し、ヘリコプターによる生息確認、ジュゴン監視用プラットフォームによる監視、水中録音装置による監視を行い、これらにより得られたデータを工事関係者に伝達するとともに、一般市民に公開することとした。
そして、上記の環境保全措置は、沖縄県環境基本計画に記載のある「自然性の高い地域にあっては、工事計画、飛行計画の工夫等により、騒音や光等による野生生物への影響の低減に努める」などの環境保全の基準又は目標との関係で、整合が図られていると評価した。（以上につき、乙Ａ２〔６－１６－２５１〜２５２頁、６－１６－２７９～２８３頁、７－９頁、９－２１頁〕）
事後調査


環境影響評価に係る選定項目としたものについて、予測の不確実性の程度が大きい場合、効果に係る知見が不十分な環境保全措置を講じる場合等においては、環境への影響の重大性に応じ、工事中及び供用後の環境の状態を把握するための調査として、事後調査を行い、この調査は、専門家による検討委員会の監視体制のもとに行うとした。そして、ジュゴンについては、環境影響の回避、低減に係る措置を講ずるものの、その効果に係る知見が必ずしも十分ではなく、効果が発揮されない場合には、環境影響の程度が著しいものとなるおそれがあるため、次のとおり、工事期間中の事後調査を行うとした。（以上につき、乙Ａ２〔８－１頁、６〜９頁、９－２１頁〕）
①ヘリコプターからの監視
調査項目   ジュゴンの生息状況、工事海域への来遊（接近）状況調査地点   工事海域周辺（辺野古地先〜安部地先）及び他の生息
海域（古宇利島沖）
調査時期・期間   工事期間中、毎月３〜４回
調査方法   工事実施時間帯にヘリコプターからの目視調査
②監視プラットフォームによる監視
調査項目   ジュゴンの工事海域への来遊（接近）状況（工事海域への接近を監視する。）
調査地点   工事海域及びその周辺（大浦湾内）
調査時期・期間   工事期間中、毎日調査
調査方法   船舶を利用した監視プラットフォームに水中録音装置、
スキャニングソナー及び見張り櫓を装備し、機器観測
による存在確認及び目視調査（ウミガメ類と併せて実
施）
③嘉陽周辺海域及び他の生息海域における生息状況
ａ目視調査
調査項目   嘉陽周辺海域におけるジュゴンの生息状況
調査地点   安部及び嘉陽地先の海草藻場
調査時期・期間   工事期間中、毎月１〜２回調査
調査方法   潜水目視観察（マンタ法）による食跡記録
ｂ機器観測
調査項目   嘉陽周辺海域及び他の生息海域（古宇利島沖など）
におけるジュゴンの生息状況
調査地点   サンゴ礁礁縁を中心とした海域
調査時期・期間   工事期間中、毎日調査
調査方法   水中録音装置による来遊記録
イ本件変更承認申請書に添付された環境保全図書（以下「変更後環境保全図書」という。）の概要（ジュゴン関係部分）
予測の手法と評価基準
変更後環境保全図書においては、工事に伴う水中音がジュゴンに及ぼす影響につき、変更前環境保全図書とおおむね同様の手法により予測し、予測項目（音圧レベル（ピーク値、ＲＭＳ）と音響曝露レベル）及び評価基準については、前記アと同じ内容のものを採用した（前提事実カ、乙Ａ７〔２－１４－３頁〕、乙Ａ８８資料３－１〔２１８頁〕、資料３－７〔１頁〕）。
予測対象の工種・時期等に関する変更等
予測の対象となる工種については、変更前のものに加えて、地盤改良工事の施工を行うサンドコンパクション船及びサンドドレーン船を水中音の主要な発生源として追加した。また、変更前から計画されていた杭打ち工事の一部について、環境影響を軽減する観点から、施工方法を油圧ハンマからより音圧レベルが小さいバイブロハンマに変更した。予測時期については、水中音が発生する海中土木工事の実施時期及びガット船の稼働隻数を踏まえ、水中音の発生レベルが高くなる時期を設定した（３年次１１か月目、７年次１１か月目、９年次６か月目とした）。（以上につき、前提事実カ、乙Ａ７〔２－１４－３〜２６頁〕、乙Ａ８８資料３－１〔２２０〜２２２頁〕、資料３－７〔１〜１２頁、参考資料１〜４頁〕）
予測及び評価の結果
「障害」の観点では、いずれの予測時期においても、工事中の水中音圧レベル（ピーク値）、音響曝露レベルともに評価基準を上回る範囲はみられなかった。
「行動阻害」の観点では、ジュゴンが高頻度で確認される安部から嘉陽地先西側までの海域においては、いずれの予測時期においても、工事中の水中音圧レベル、音響曝露レベルともに評価基準を下回っていた。また、大浦湾内においては、水中音圧レベルが評価基準を上回る範囲は変更前に係る前記アの予測結果（１年次３か月目及び４か月目につき同時に杭打ち工事を施工する箇所を２か所とした場合）とおおむね同様又は狭くなる範囲であり、音響曝露レベルについては、予測時期のうち９年次６か月目に施工区域近傍で評価基準を上回るほかは、同湾の広い範囲で全般に評価基準を下回っていた。（以上につき、乙Ａ７〔２－１４－２７頁〕、乙Ａ８８資料３－１〔２２３〜２２４頁〕、資料３－７〔１〜１６頁〕）
環境保全措置
以上から、水中音の影響は、変更前環境保全図書における予測の結果と比較して、おおむね同程度又はそれ以下であり、変更前よりも軽減されているが、環境保全措置については、変更前と同じ環境保全措置（前記ア参照）を講ずることとした（前提事実カ   、乙Ａ７〔２－１４－３０〜３３頁、３－１頁、３－５〜８頁〕、乙Ａ８８資料３－１〔３１９〜３２１頁〕）。
事後調査
変更後においても、変更前と同様の方針に従って事後調査を実施していくこととされ、環境影響の程度や状況の変化、その他必要に応じて、専門家等の指導・助言を受け、更なる改善や見直しを図っていくこととされた（乙Ａ７〔２－１４－３３頁、４－１頁〕）。
ウ本件承認処分後のジュゴンの生息状況の監視又は事後調査（乙Ａ８５）
沖縄島周辺での目視観察調査
航空機からの生息状況調査としては、①沖縄島北部の西海岸側から辺戸岬、沖縄島中部の東海岸側を対象とする年４回の「季別調査」が行われ、②平成２６年８月からは、大浦湾、嘉陽沖、古宇利島沖を対象とする「ヘリ監視」が併用されて、おおむね毎月（各回４日程度）の調査が行われ、③平成２９年２月からは「事後調査（ヘリ監視）」が実施されているところ、個体Ｃについては、平成２７年７月以降確認されなくなり、個体Ａについては平成３０年１０月以降確認されなくなった。また、個体Ｂについては平成３１年２月が最後の確認となり、同年３月に死体が発見され、死因はオグロオトメエイによる刺傷と判明した。（乙Ａ５２〔６４頁〕、乙Ａ８０資料４〔７頁、８頁〕、乙Ａ８９別添資料１）
海草藻場の利用状況の調査
潜水目視観察（マンタ法）による海草藻場の利用状況の調査は、月１、２回、安部地先、嘉陽地先等の海草藻場を対象に実施しているところ、平成３０年１２月以降、食跡は発見されなくなった（乙Ａ８０資料４〔１２頁〕、乙Ａ８８資料２〔８頁〕、乙Ａ８９別添資料２）。


水中録音装置による監視
水中録音装置による監視は、平成２９年４月から嘉陽地先海域のうち大浦湾内（施行区域内）の２地点、平成３０年３月から嘉陽地先海域、安田地先海域、辺戸岬地先海域及び古宇利島沖の１８地点の合計２０地点において、水中録音装置を設置し、毎日２４時間の連続観測を実施しているところ、平成３１年３月に古宇利島沖で検出された以降、鳴音が確認されない状況となった。もっとも、令和２年２月から同年６月まで及び同年８月に、施行区域内の２地点における録音データから、鳴音のような音が検出された。（乙Ａ８０資料４〔６頁、１０頁、１１頁〕、乙Ａ８４〔１３～１７頁〕）
監視用プラットフォーム船による監視
ジュゴンの工事海域への来遊（接近）状況を監視するため、３隻のプラットフォーム船により、①目視観察、②曳航式ハイドロホンによる鳴音探知及び③スキャニングソナーによる映像探知を実施し、工事期間中、毎日、工事の着手前においては、施工区域全域をできる限り短時間で調査又は監視してジュゴンの存在確認を行い、工事の着手後においては、大浦湾東側海域を中心に終日継続して同湾内への移動の有無を監視している（乙Ａ８７）。
本件変更承認申請以後に追加された調査
令和２年における鳴音のような音の検出（上記）を契機として、環境監視等委員会の指導及び助言を踏まえ（乙Ａ９２〔１８頁〕）、以下の調査が追加で実施された。
ａ航空機による生息状況調査の範囲の追加
航空機による生息状況調査のうち、①「事後調査（ヘリ監視）」の範囲について、令和２年５月以降は、久志沖を追加し、②「季別調査」（セスナ）の範囲について、令和２年度の春季調査からは、金武湾から嘉陽までの海域を「重点海域」として調査を実施した（乙Ａ８４〔１９頁、２２頁〕、乙Ａ８９別添資料１）。
ｂ海草藻場の利用状況の調査（上記   ）の範囲の追加令和２年４月から、過去（平成２１年度）にジュゴンの食跡を発見した大浦湾奥部の海草藻場が生育している箇所において、補足的に海草藻場の利用状況の調査を実施し、令和２年５月から、大浦湾東部の調査を追加し、同年５月から８月までの間、久志、松田、宜野座、漢那、金武並びに海中道路において、同調査を実施した（乙Ａ８９別添資料２、乙Ａ９２〔１７頁、１９頁、２０頁〕、乙Ａ９３〔１０～１２頁〕）。
ｃ水中録音装置及び水中カメラの追加設置
令和２年６月以降、鳴音のような音が検出された地点付近に水中録音装置５台を追加して設置し、また、同年７月以降、当該地点に水中カメラを設置し、撮影を実施している（乙Ａ８４〔１９頁、２３頁〕、乙Ａ９０〔２７～２９頁〕、乙Ａ９３〔１４頁〕、乙Ａ９４〔２４頁、２８頁〕、乙Ａ９５〔２３頁、２８頁〕）。
ｄ監視用プラットフォーム船による監視方法の変更令和２年４月以降、監視用プラットフォーム船による監視を４隻体制とし、工事着手前においては、追加した１隻により大浦湾奥部の監視を行い、工事着手後においては、鳴音のような音が検出された地点付近に当該１隻を追加配置し、合計４隻を配置して監視を実施している（乙Ａ８４〔１３頁〕、乙Ａ８８資料２〔１０頁〕、乙Ａ９２〔２３頁〕）。
エ工事の実施がジュゴンに及ぼす影響についての情報収集や予測の適切さ
について
水中音の実測調査
原告は、処分理由等において、本件承認処分がされた後、本件変更承認申請がされるまでの間に、⒜令和元年１２月に公表された国際自然保護連合（ＩＵＣＮ）のレッドリストにおいて日本の南西諸島に生息するジュゴンの地域個体群が絶滅危惧ⅠＡ類にあると評価され、その保護の重要性が高まっていること、⒝ジュゴンについては、平成３０年９月以降に嘉陽海域を主要な生息域としていた個体Ａが確認されない状況が続く一方で、令和２年２月から６月まで及び８月にジュゴンの可能性の高い鳴音のような音が施行区域内で水中録音されていることなどを指摘して、その地域特性が変化していることを理由に、工事の水中音による影響を検証するため、工事等の水中音を実測調査しなければ、調査の手法について必要な水準が確保されているとはいえず（環境保全省令２４条参照）、適切な予測が行われていないとして、このことを環境保全要件に適合しない理由としている。
しかし、変更前環境保全図書において、ジュゴンについては、国指定天然記念物であり、かつ、平成１９年に環境省のレッドリストで絶滅危惧ⅠＡ類に選定されていることや、調査の結果、沖縄島周辺のジュゴンの最小個体数は３頭であることが判明したことなどを前提として、環境影響評価がなされており（前記ア）、変更後環境保全図書においても同様であること（同イ）からすると、令和元年１２月に公表された国際自然保護連合（ＩＵＣＮ）のレッドリストにおいて日本の南西諸島に生息するジュゴンの地域個体群が絶滅危惧ⅠＡ類にあるとされたとしても、そのことは、保護の重要性に関し、上記の各環境保全図書が想定していた程度と実質的に異なるものとはいえないと考えられる。したがって、上記⒜の点が、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼしその見直しが必要となるような事情の変化に当たるとすることは必ずしも合理的ではないというべきである。
また、ジュゴンの生息状況については、確かに、前記ウのとおり、本件承認処分後に実施された各種調査において、従前確認されていた個体ＡないしＣのいずれもが、航空機からの目視観察では平成３１年３月以降確認できなくなり、海草藻場の目視観察では平成３０年１２月以降食跡が発見されず、水中録音装置による監視では平成３１年４月以降鳴音が検出されなくなっており（ただし、令和２年２月から６月まで及び８月に施行区域内においてジュゴンの可能性の高い鳴音のような音が録音された。）、生息状況に変化が生じていることが認められ、個体Ａについては、海上工事開始後の生息域が変化していること（甲７４、７５）などに照らすと、評価基準の行動阻害の基準値に達していない大きさの水中音の影響を受けた可能性があるとの疑いは否定できないと考えられる。
（甲５８、６３（Ｆ意見書））


しかしながら、①平成３１年２月までの間に、主として古宇利島沖で生息していることから工事の影響を受けにくいと考えられる個体Ｂ及びＣについての生息が確認できなくなっており、個体Ｂは、工事とは直接の関係が認め難い原因で死亡したことが判明していること（前記ウ）、②嘉陽沖で生息していた個体Ａについては、海上工事が平成２９年２月に開始された後、相応の水中音が発生していたと考えられる同年１１月から平成３０年８月までの間も含めて、生息が確認できており（乙Ａ７９〔１４頁、１９頁、２０頁、２４～２９頁〕）、令和２年に鳴音のような音が録音された日の中には海上工事が行われていた日も含まれていたこと（乙Ａ５２〔６４頁、資料３３〕）を勘案すると、個体Ａに関する上記の変化の原因が、海上工事の施工に伴う各種作業や船舶の航行によって生じる水中音であると断定することは困難であると考えられる。他方で、変更前環境保全図書は、参考にしたクジラ目に関する調査では、「行動阻害」の基準以下でも何らかの反応を示すことがある旨のデータを摘示しつつ、ジュゴンについての評価基準を設定し、また、大浦湾内の水中音に関しては長期的にジュゴンの行動に影響を与える可能性があるとの評価をした上で、これらのことを前提として各種の環境保全措置を採ることとしており、工事により一定の影響が生じる可能性を踏まえた内容となっている（前記ア及び）。
これらの点を勘案すると、上記⒝の点が、工事に伴う水中音がジュゴンに与える影響の予測の適切さに関して、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼしその見直しが必要となるような地域特性等に係る事情の変化に当たるとすることは合理性を欠いているというべきである。以上のとおり、上記⒜及び⒝の点は、前記エの「特段の事情」に当たるとはいえないから、上記の各点を理由として、工事等の水中音を実測調査しなければ情報収集及び予測に関し必要な水準が確保されていないとすることは、変更申請に対する判断として、合理性を欠くというべきである。
水中音の予測
原告は、処分理由等において、⒜水中音の伝搬予測の計算はもともと困難なものであり、大浦湾には水深２０ｍ以上の箇所が存在するなど地形が複雑であって不確実性があることを勘案すると、一般的な手法により水中音の予測をするのでは必要な水準が確保されているとはいえないこと、⒝水中音の予測条件について、近距離音場の不規則性に関する誤り（大浦湾の海況や底質を一律同じ評価とし、当該不規則性に係る減衰値を正の値ではなく負の値としていること）や水中音の予測式における回帰係数の設定の問題点（他の海域での単純な平均値を用いていることなど）があることを指摘して、水中音の実測調査をした上で予測値と実測値を比較、検証すべきであるとし、このことを環境保全要件に適合しない理由としている。
しかし、上記の指摘は、本件承認処分後の地域特性等に係る事情の変化とは直接的な関係がなく、工事内容の変更に係る事情の変化に伴うものでもないから、前記エの「特段の事情」に当たるとはいい難い。したがって、上記の指摘を理由として、工事等の水中音を実測調査しなければ情報収集及び予測に関し必要な水準が確保されていないとすることは、変更申請に対する判断として合理性を欠くというべきである。オ環境保全措置や事後調査の検討やその効果の評価の適切さについて
水中音の実測調査（事後調査）
原告は、処分理由等において、⒜近時の研究（Ｈら〔２０１９〕）では水中音の評価基準がより厳しくなっており、研究の進展によりジュゴンの行動阻害に関してもより厳しい評価基準が設定される可能性があって、ジュゴンの水中音の評価基準に不確実性があること、⒝個体Ａの生息状況の変化など地域特性の変化があることを指摘して、それにもかかわらず、変更後環境保全図書においても、杭打ち工事前にジュゴンが大浦湾に来遊した際の水中音の影響や、評価基準値以下の水中音の影響について確認することになっておらず、事後調査の結果と環境影響評価の結果との比較検討ができず（環境保全省令３２条２項２号参照）、検討が適切でないとして、このことを環境保全要件に適合しない理由としている。
上記⒜の点に関し、変更前環境保全図書が採用している水中音に関する予測の手法は、水中音がジュゴンに及ぼす影響についての知見が少ない中で、クジラ類等の知見を参考にして設定された評価基準を基礎とし、水中音の影響に関し、「障害」と「行動阻害」の二つの段階を設けて、それぞれ音圧レベル及び音響曝露レベルの基準値を設けて評価基準とし、これと水中音に関する予測式により得られた予測結果とを比較することで行われており（前記ア～）、評価基準について参考とされた知見がジュゴンのものではないなどの点で、予測の確実性には相応の限界があることを前提としているものと考えられる。そして、このことを補完する措置として、各種の環境保全措置を行うこととし、具体的には、①最初の杭打ち工事が行われる際に、水中音の測定を行い、予測した音圧レベルを検証するとともに、測定結果を基に、杭打ち工事の同時施工箇所の数を調整するなど、工事に伴う水中音がジュゴンの行動に及ぼす影響を低減する措置を講ずること、②工事中は、ジュゴンの生息範囲に変化がみられないかを監視し、変化がみられた場合には、工事との関連性を検討し、工事による影響と判断された場合には、速やかに施工方法の見直しを行うなどの対策を実施すること、③工事中は、大浦湾内の広い範囲が長期的に行動阻害の評価基準を上回る音圧レベルになると予測され、ジュゴンが大浦湾内に来遊してきた場合には、ジュゴンの行動に変化を与える可能性があることを踏まえた対策を講ずることなどが予定されている（前記ア）。そして、本件承認処分においては、以上のような内容を有する環境影響評価につき、環境保全要件に適合するとの判断がされている。
しかるに、本件承認処分後に現れた上記の研究（Ｈら〔２０１９〕）では、ジュゴンを含む「海牛類グループ」について、「障害」と「一時的な聴覚への影響」を及ぼす基準値が提案され、これらは、変更前環境保全図書における「障害」の基準値を下回るものであったため、変更後環境保全図書においては、これらの基準値に基づく検討が行われたところ、水中音の影響は変更前とおおむね同程度又はそれ以下とされた。しかし、同研究においては、「行動阻害」については基準値が示されていない。（乙Ａ７〔２－１４－３４～３５頁〕）
そうすると、上記の研究が出現し、研究の進展によりジュゴンの行動阻害に関してもより厳しい評価基準が提案される将来的な可能性があるとしても、現時点においては、評価基準のうちジュゴンの「行動阻害」に係る基準値に関して、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼしその見直しが必要となる知見や基準等の変化が生じたということは困難であると考えられる。


また、上記⒝の変化の原因が、工事に伴う水中音がジュゴンに与える影響の予測の適切さに関して、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼしその見直しが必要となるような地域特性等に係る事情の変化とまでは認められないというべきことは前記エで判示したとおりである。そうすると、上記⒜及び⒝の点は、前記エの「特段の事情」に当たるとはいえないから、上記の各点を理由として、水中音につき事後調査をしなければ事後調査の項目及び手法に関して適切な検討が行われていないとすることは、変更申請に対する判断として合理性を欠くというべきである。
ジュゴンの行動監視（環境保全措置）
原告は、処分理由等において、個体Ａの生息状況の変化などに関連して、環境保全措置が的確に検討されていないとし、監視用プラットフォーム船によるジュゴンの監視については、これまでジュゴンを発見することができておらず、ヘリコプターによる生息確認でジュゴンが確認された際や、令和２年にジュゴンの可能性の高い鳴音のような音が検出された際に、ジュゴンを確認できていないことなどを指摘して、実効性について疑義があるとし、監視用プラットフォーム船によるジュゴンの監視を基礎としている環境保全措置（前記ア②）もまた実効性がないとして、このことを環境保全要件に適合しない理由としている。しかし、環境保全措置として実施されているジュゴンの監視は、ヘリコプターからの確認、監視用プラットフォーム船による監視、水中録音装置による観測の組み合わせにより行われており、このうち、監視用プラットフォーム船による監視は、ジュゴンの工事海域への接近状況を船上からソナー等の機器及び目視により監視するものであって（前記ア、）、その監視手段としての性質上、監視範囲が限定されるし、工事海域への遊泳を行っている個体数も極めて少ないと考えられることをも勘案すると、通常の監視においてジュゴンを確認できないことや、他の手段でジュゴンが確認された日でも監視用プラットフォーム船による工事海域における監視では確認されないこともあり得るといえる。また、令和２年に鳴音のような音が検出された後、沖縄防衛局は、環境監視等委員会の指導及び助言を踏まえて、監視用プラットフォーム船を１隻追加配置したほか、海草藻場の利用状況調査の範囲の追加、航空機による重点海域としての調査の追加、水中録音装置及び水中カメラの追加設置といった措置を採り、ジュゴンの行動監視に係る調査を強化したが（前記ウ）、未だこれらの調査によってもジュゴンの存在を確認するには至っていない。
そうすると、環境保全措置の一つとして実施されている監視用プラットフォーム船による監視においてジュゴンの存在が確認されていないからといって、直ちにその実効性に疑義が生じたとまではいい難く、その実効性の評価につき事情の変化があるとはいえず、前記エの特段の事情に当たるとはいい難い。したがって、ジュゴンの行動監視に関する上記の点が環境保全措置の的確な検討及びその効果の適切な評価を欠くものとすることは、変更申請に対する判断として、合理性を欠くというべきである。
カ小括
以上によれば、原告が処分理由等においてジュゴンに関し環境保全要件に適合しない理由としていた点は、いずれも変更申請に対する判断として合理性を欠くものであるから、本件変更不承認処分には、裁量権の範囲の逸脱又はその濫用の違法が認められる。
地盤改良に伴う海底面の改変範囲の拡張が環境に及ぼす影響についてア変更前環境保全図書の概要（海域生物、海域生態系等関係部分）変更前環境保全図書においては、埋立て等に伴う海底面の改変等により影響を受け得る生物環境に関して、海域生物、サンゴ類、海藻草類、ジュゴン、海域生態系などの項目を挙げて、それぞれにつき、調査、予測及び評価の手法を定めた上、調査結果を整理し、解析を行っている（乙Ａ２〔総合目次、第５章５．３（表－５．３．１６～１９、２２）、第６章６．１３～１６、１９〕）。
上記の調査の過程において、海藻草類、サンゴ類、大型底生動物（貝類・甲殻類・棘皮類等）、魚類に関しては、２２０地点でインベントリー調査（標本・写真記録等に基づく生物種の目録作成）が行われたところ、上記２２０地点は、名護市辺野古の前面海域及び大浦湾を中心に、海底面の改変範囲の内外を問わず、バン崎から前原地先にかけてのリーフ内（干潟・海岸部を含む。）、リーフ上、リーフ外を調査海域として同海域全域を均等に網羅するように設定されていた（乙Ａ２〔６－１９－１－１～４頁〕、乙Ａ１０６）。
そして、底生動物に関しては、メイオベントス（約０．０４～１㎜のもの）、マクロベントス（１～４㎜のもの）及びメガロベントス（４㎜を超える大型底生動物）を対象として、目視観察、徒手採捕、底質の採泥採集による現地調査が行われた（乙Ａ２・参考資料編第２章２．４．４〔２－５５頁〕）。このうち、メイオベントス及びマクロベントスについては、３７地点において採泥器による表層堆積物の採取により調査が行われ、メガロベントスについては、上記インベントリー調査により生息する種を把握するとともに、サンゴ類のライン調査及びスポット調査（１２８地点）での潜水目視観察の実施時に出現した種及びその概数が記録されるなどした（乙Ａ２〔５－８１頁、６－１３－６～９頁、１１頁、６６～６９頁、６－１４－９～１６頁、６－１９－１－１～６頁、１８～２１頁、６９～９３頁、参考資料編第２章（２－５５～１４６頁）〕）。


上記の調査等を踏まえ、変更前環境保全図書は、海底面の改変区域内に生息する底生動物のうち、主に自力移動能力の低い貝類や甲殻類の重要な種、必要と判断される海藻類の重要な種について、工事の実施段階において、これらに影響を与える工事を実施する前に可能な限り各種の生息に適した周辺の場所に移動させるなどの措置を行うとした（乙Ａ２〔６－１３－３４４頁、３４５頁、７－９頁、９－１４頁〕）。イ変更後環境保全図書の概要（海域生物、海域生態系等関係部分）変更後環境保全図書においては、設計概要変更に伴って変更が生じる環境影響の予測条件の一つとして、地盤改良工の追加を挙げている。そして、①大浦湾側のケーソン式護岸部（Ｃ護岸等）の地盤改良においては、サンドコンパクションパイル（ＳＣＰ）工法が施工されるため、現地盤面が盛り上がる現象が生じるが（乙Ａ５１資料２の１５頁（別紙図面９））、盛り上がり土は撤去せずに、その上に基礎マウンドを構築すること、②上記の地盤改良工の実施などにより、本件埋立事業において行われる海底面の改変範囲の全体（上記護岸部以外の埋立て部分全体や消波ブロック設置範囲を含む。）の面積は、変更前の約１６５ｈａから約１ｈａ増加して約１６６ｈａとなること、③このうち、大浦湾側のケーソン式護岸部における海底面の改変範囲は、東側に約２．２ｈａ拡張し（以下「海底面改変範囲の拡張部分」という。）、他方で約０．４ｈａ減少する部分もあるため、差し引き約１．８ｈａ増加することなどを指摘している。（以上につき、乙Ａ７〔１－５１頁、５２頁〕、乙Ａ５２別紙〔２６頁、５９頁〕及び添付資料２３（別紙図面１０）、添付資料３１、乙Ａ１０３別紙２〔２６頁〕、乙Ａ１０４別紙〔５２頁、５３頁〕）他方、変更後環境保全図書は、海域生物などの項目において、海底地形の変化につき、設計概要変更に伴う地盤改良工事の実施により現地盤の盛り上がりが生じるが、その範囲は代替施設本体近傍１００ｍ以内にとどまると予測されることなどから、局所的な範囲のものであり、海域生物への影響についての予測結果・評価は変更前と変わらないとした（乙Ａ７〔２－１１－３１頁、１０７頁〕）。
なお、環境保全措置については、変更前環境保全図書（前記ア参照）と同様であるとした（乙Ａ７〔３－６頁、８頁〕、乙Ａ１１５）。
ウ水深２０ｍ以深の底生動物の調査
水深２０ｍ以浅の底生生物については環境保全措置として移動を行うこととされていたが、水深２０ｍ以深の底生動物に関しても生息状況の把握が必要であるとする環境監視等委員会の意見があったことから、平成２６年までの間、２８回にわたり、１５地点において採泥器による表層堆積物の採取により実施された過年度調査の結果が整理された。このうち、海底面の改変範囲内のものは３地点（Ｅ１６からＥ１８まで）であり、そのうち２地点（Ｅ１６、Ｅ１７）がＣ－１護岸のほぼ直下の位置にあった（乙Ａ１００（別紙図面１１）、１０５〔１３頁〕）。また、平成３１年４月、大浦湾内の水深２０ｍ以深の（埋在性）底生動物に関し、２２地点において採泥器による表層堆積物の採取による調査が実施された。このうち、海底面の改変範囲内のものは１４地点（既存のＥ１６からＥ１８までの３地点と、新たに設定されたＢＴ１からＢＴ１１までの１１地点）であり、そのうち６地点（Ｅ１６、Ｅ１７、ＢＴ５、ＢＴ６、ＢＴ７及びＢＴ１１）がＣ－１ないしＣ－３護岸の直下の位置にあった（以下、上記の６地点を「護岸直下６地点」という。）。
（乙Ａ１００、１０５〔１６頁〕）
さらに、本件変更承認申請後、環境監視等委員会における意見を受けて、令和２年７月から同年９月までの間、大浦湾内の水深２０ｍ以深４０ｍ以浅の（表在性）底生動物の調査が実施され、上記２２地点のうち２１地点（Ｅ１６からＥ１８まで及びＢＴ１からＢＴ１１までを含む。）において潜水目視観察（写真撮影）が行われた。また、水深４０ｍ以深の底生動物の調査については、４地点（既存のＥ３３地点と新たに設定されたＢＴ１２からＢＴ１４までの３地点）においてＲＯＶ（遠隔操作無人探査機）による表在性底生動物の調査が実施され、上記４地点のうち海底の谷の途中で深みとなっている特徴的な地形の３地点（ＢＴ１２からＢＴ１４まで）において採泥器による表層堆積物の採取による埋在性底生動物の調査が実施された。（以上につき、乙Ａ１００、１０２〔４～８頁〕）
これらの調査の結果によれば、各調査によって記録された種は様々であり、重要な種（環境省レッドリスト２０２０、環境省版海洋生物レッドリスト、沖縄県レッドデータブック第３版、種の保存法、天然記念物）に該当するものが複数確認されたが、大浦湾の水深２０ｍ以深のみに生息が限定される種は確認されなかった（乙Ａ１００、１０１、１０２〔６～１０頁〕、乙Ａ１０５〔１４頁、１５頁、１７～２０頁〕、乙Ａ１０７～Ａ１０９）。


エ地盤改良に伴う盛り上がり部分における調査の要否について原告は、処分理由等において、ＳＣＰ工法の実施に伴う地盤の盛り上がり箇所（Ｃ護岸等の東側に位置する海底面改変範囲の拡張部分をいうものと解される。）と、変更前の海底面改変範囲である護岸直下６地点（Ｅ１６、Ｅ１７、ＢＴ５、ＢＴ６、ＢＴ７及びＢＴ１１）とを比較すると、①Ｃ－１護岸付近（Ｅ１６、Ｅ１７及びＢＴ１１）の拡張部分は、大浦湾中央に向かって水深が深くなる斜面部にあり、外洋からの潮流が斜面部に流れ込む場所となっていて、変更前の海底面改変範囲とは異なる環境条件が含まれていること、②Ｃ－２護岸からＣ－３護岸及び護岸（係船機能付）付近（ＢＴ５、ＢＴ６及びＢＴ７）の拡張部分も、水深が急に深くなり、砂床と泥地の境界付近となっていて、変更前の海底面改変範囲とは異なる環境条件が含まれていることなどから、護岸直下６地点の調査が行われているだけでは、上記各拡張部分の生物の生息状況の把握として不十分であり、環境影響評価において求められる調査の手法について必要な水準が確保されていないことをもって、環境保全要件に適合しない理由としている。しかし、①本件変更承認申請に係る設計概要変更に伴って生じる海底面改変範囲の拡張部分は、変更前の海底面改変範囲に隣接しており、海底面改変範囲全体の面積に占める割合は１％程度にすぎないこと（前記イ）、②拡張部分の幅（法線方向）は、最大でも約５０ｍ程度にすぎず、調査が実施された護岸直下６地点（代替施設本体）と拡張部分の外縁との距離（法線方向）は、最大でも１００ｍ程度にすぎないこと（乙Ａ１００）、③変更前の海底面改変範囲における調査実施地点（護岸直下６地点を含む１４地点。前記ウ参照）の水深は最大で約３９ｍに及んでおり、拡張部分の最大水深（４０ｍ以浅）とさほどの相違がないこと（乙Ａ１００、Ａ１０２、Ａ１０５）、④原告が指摘する外洋からの潮流が流れ込む斜面部であるといった環境条件は、程度の差はあれ、護岸直下６地点付近のいずれにおいても認め得ること（乙Ａ２〔６－９－１２６頁以下〕、乙Ａ１００）、⑤海底面改変範囲内外において実施された種々の調査において、調査ごとに様々な種が記録されたが、大浦湾の水深２０ｍ以深のみに生息が限定される重要な種は確認されなかったこと（前記ウ）、⑥環境監視等委員会では、水深２０ｍ以深の底生生物の調査の実施を示唆する意見があり、これを受けて護岸直下６地点を含む２２地点の調査が行われ、さらに、令和２年に実施された調査の調査地点の選定に当たり、海底の谷の途中で深みとなっている特徴的な地形の３地点（ＢＴ１２からＢＴ１４まで）が新たに選ばれたが、海底面改変範囲の拡張部分を対象とすべきである旨の意見が出されたことはうかがわれず（前記ウ）、原告が指摘する同部分の環境条件の差異に応じた追加調査についてはその必要性の程度が必ずしも明らかではないことを総合勘案すると、地盤改良工事の追加に伴う海底面改変範囲の拡張が、海底生物の生息状況の把握とその保護に関し、環境影響評価の内容に重要な影響を及ぼすものとすることは合理性を欠いていると考えられる。そうすると、地盤改良に伴う盛り上がり箇所が生じるという点は、前記エの「特段の事情」に当たるとはいえないから、上記の点を理由として、当該箇所につき調査しなければ適切な情報収集や予測がされていないとすることは、変更申請に対する判断として合理性を欠くというべきである。
小括
以上のとおり、原告の処分理由等のうち、環境保全要件に適合しないとした部分は、変更申請に対する判断として合理性を欠くから、裁量権の範囲を逸脱し、又はこれを濫用した違法があるというべきである。したがって、これと同旨の本件是正の指示の理由は正当なものということができる。６争点６（第１号要件を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無）及び争点７（埋立ての必要性を欠くとした原告の判断の法令違反等の有無）について
判断枠組み
ア埋立法４条１項１号の「国土利用上適正且合理的ナルコト」という要件（第１号要件）は、埋立ての承認等の対象とされた公有水面の埋立てや埋立地の用途が国土利用上の観点から適正かつ合理的なものであることを承認等の要件とするものと解されるところ、その審査に当たっては、埋立ての目的及び埋立地の用途に係る必要性及び公共性の有無や程度に加え、埋立てを実施することにより得られる国土利用上の効用、埋立てを実施することにより失われる国土利用上の効用等の諸般の事情を総合的に考慮することが不可欠であり、また、同項が、同項各号の要件に適合すると認められる場合を除いては埋立ての承認等をすることができない旨を定めていることなどに照らすと、第１号要件においては、当該埋立てや埋立地の用途が当該公有水面の利用方法として最も適正かつ合理的なものであることまでが求められるものではないと解される。そうすると、上記のような総合的な考慮をした上での公有水面の埋立てが第１号要件に適合するとし、又は適合しないとした判断が、事実の基礎を欠いたり社会通念に照らし明らかに妥当性を欠いたりするものでない限り、その判断に瑕疵があるとはいい難いというべきである（以上につき平成２８年最高裁判決参照）。
イ争点６及び争点７の位置付け


以上のとおり、第１号要件の審査においては、①埋立ての目的、埋立地の用途に係る必要性、その公共性の有無・程度や、②埋立てを実施することにより得られる国土利用上の効用といった積極的な要素と、③埋立てを実施することにより失われる国土利用上の効用といった消極的な要素に係る事情を総合的に考慮することが求められている。そして、原告審査基準は、第１号要件に関するものの一つとして、「埋立ての規模及び位置が適切かつ合理的か」との審査項目を挙げ、また、「埋立ての必要性」に関するものとして、「埋立ての動機となった土地利用が埋立てによらなければ充足されないか」「埋立ての動機となった土地利用に当該公有水面を廃止するに足る価値があると認められるか」「埋立地の土地利用開始予定時期からみて、今埋立てを開始しなければならないか」「埋立てをしようとする場所が、埋立地の用途に照らして適切な場所といえるか」などの審査項目を設けているところ、上記と整合的に解釈すれば、これらの審査項目は、第１号要件の審査における積極的な要素を列挙したものであり、埋立ての必要性の審査を第１号要件の審査から切り離したものではないというべきである。そうすると、原告の処分理由等が指摘している「埋立ての規模及び位置」の点や、「埋立ての必要性」の点は、いずれも、第１号要件の審査で行われる総合考慮において勘案されるべき個別の要素を並列的に取り上げているものと位置付けることが適切であると考えられる。これと異なる原告の主張は採用することができない。そこで、以下では、争点６及び争点７についてまとめて検討を行うこととする。
ウ変更の承認等における第１号要件の審査の在り方前記５ウのとおり、埋立法上の変更の承認等は、当初の承認等と同一性を失わない範囲で行われるものとして位置付けられており、新たな承認等を行うという性格を有するものではなく、当初の承認等の内容を一部変更するという性格を有する。また、変更申請に関する部分に含まれない範囲の工事を適法に実施し得る地位は、変更の承認等を申請したことによって当然に失われるわけではない。
そうすると、変更申請に対して行われる第１号要件の適合性の審査（埋立法４２条３項により準用される同法１３条ノ２第２項において同法４条１項が準用されている。）においては、埋立事業に係る全ての考慮要素を当初の承認等の段階と同様に改めて審査するものではなく、当初の承認等において審査の対象となった考慮要素を踏まえれば「国土利用上適正且合理的ナルコト」という要件に適合するという総合判断が適法にされたことを前提として、「埋立地ノ用途ノ変更」や「設計ノ概要ノ変更」などの内容に従った変更を行った場合に、その変更部分が第１号要件の審査の対象となる考慮要素に重要な変更をもたらし、第１号要件適合性が失われることになるかどうかという観点からの判断が行われることが予定されているものと解される。したがって、上記の判断に合理性を欠いている場合には、変更申請に対する判断として、裁量権の範囲を逸脱し、又は濫用したものとなるというべきである。
以上に対し、原告は、変更申請に対する審査においても、第１号要件の適合性が改めて審査されるべきであり、審査項目は承認等の処分時と異ならず、判断における裁量権の範囲も承認等の処分時と異ならない旨を主張するが、上記で判示したところに照らし、採用することができない。
検討
ア本件承認処分における判断の内容
本件埋立事業は普天間飛行場の代替施設及びその関連施設としての飛行場（以下「本件新施設等」という。）を設置するために実施されるものであるところ、原告（仲井眞知事）は、本件出願を受けて行った本件埋立事業が第１号要件に適合するか否かの審査において、①普天間飛行場の周辺に学校や住宅、医療施設等が密集しており、騒音被害等により住民生活に深刻な影響が生じているほか、過去に同飛行場周辺で航空機の墜落事故が発生しており、同飛行場の危険性の除去が喫緊の課題であるところ、本件埋立計画は、集落等の上空を避け環境問題や危険の回避を図ることになっていることから、「埋立ての動機となった土地利用が埋立てによらねば充足されない」とすることに合理性があり、また、「公有水面を廃止する価値がある」とすることや、「今埋立てを開始しなければならない」とすることに合理性があるとし、②同飛行場の施設面積が約４．８平方ｋｍであるのに対し、本件新施設等の面積が約２平方ｋｍであり、そのうち埋立面積が約１．６平方ｋｍであることなどから、「埋立地の規模が適正」と認められるとし、③沿岸域を埋め立てて滑走路延長線上を海域とすることにより航空機が住宅地の上空を飛行することが回避されることや、本件新施設等が既に米軍に提供されているキャンプ・シュワブの一部を利用して設置されることなどから、「埋立ての位置が適正かつ合理的」であるなどとした上で、「埋立ての必要性」の審査基準（上記①及び②）に適合し、また、免許禁止基準のうち「埋立ての規模及び位置が適正かつ合理的か」の審査基準（上記③）に適合するとして、本件埋立事業が第１号要件に適合すると判断した（乙Ａ１１７〔１～５頁〕）。そして、上記の原告（仲井眞知事）の判断が、普天間飛行場の使用状況や、同飛行場の返還及び代替施設の設置に関する我が国と米国との間の交渉経過等を踏まえた上でのものであることをも勘案すると、それが事実の基礎を欠くものであることや、その内容が社会通念に照らし明らかに妥当性を欠くものであるという事情は認められず、本件埋立事業が第１号要件に適合するとした原告（仲井眞知事）の判断に違法等があるとはいえない（平成２８年最高裁判決参照）。
イ本件変更不承認処分の判断の合理性について