続いて、管理サーバ３００は、電子証明書情報受付処理部３８５により、（１）復号化された第１の電子証明書と顧客マスタ格納部３５０に格納されている第１の電子証明書とが対応しているか否か、および（２）復号化された第２の電子証明書のデジタル署名と顧客マスタ格納部３５０に格納されている第２の電子証明書のデジタル署名とが対応しているか否かを判断する（ステップＳ５０７）。また、管理サーバ３００は、電子証明書情報受付処理部３８５により、（３）第２の電子証明書のデジタル署名の送信元が端末Ａ（第１の電子証明書に対応している端末）であるか否かを判断する（ステップＳ５０８）。
【０１４８】
続いて、管理サーバ３００は、送受金要求受付処理部３８７により、前記受取額が管理サーバ３００の口座データ格納部３６０に格納されているユーザＡの口座残高内であるか否か、より具体的には、端末Ａの表示画面１３０に表示されているカード番号（口座番号）の口座（以下、口座ａと称する）の残高内であるか否かを判断する（ステップＳ５０９）。
【０１４９】
続いて、前記ステップＳ５０９で残高内であると判断されると、前記管理サーバ３００は、送受金処理部３８８により、口座データ格納部３６０に格納されているユーザＡの口座ａの口座データの残額を前記受取額の分だけ減額すると共に、口座データ格納部３６０に格納されているユーザＢの口座（以下、口座ｂと称する）の口座データの残額を前記受取額の分だけ増額する（ステップＳ５１０）。
【０１５０】
本実施形態のように構成した場合でも、端末Ａが端末Ｂから第２の電子証明書の少なくとも一部の情報であるデジタル署名を受信する。このように端末Ａが端末Ｂからデジタル署名を受信した上で、管理サーバ３００が、端末Ａから端末Ｂのデジタル署名を受信し、端末Ａから受信した端末Ａの電子証明書と端末Ｂのデジタル署名が管理サーバ３００に格納されている端末Ａおよび端末Ｂの電子証明書の情報と対応しているか否かを判断する。つまり、端末Ｂのデジタル署名が端末Ａから管理サーバ３００に送られるので、この時点で取引を行おうとしている２つの端末が特定され、さらに、端末Ａから送信される取引両者の証明情報の照合が管理サーバ３００によって行われる。これにより、管理サーバ３００は、電子マネーの送受金を行おうとしている端末を確実に認証することができる。
【０１５１】
ここで、端末Ａが有する第１の電子証明書は端末Ａと管理サーバ３００のみが有するユニーク情報であり、端末Ｂが有する第２の電子証明書は端末Ｂと管理サーバ３００のみが有するユニーク情報である。そして、第２の電子証明書の少なくとも一部の情報が端末Ａによって管理サーバ３００に送信される。そして、管理サーバ３００では端末Ａから取引両者の証明情報を受け付けることにより、電子マネーの送受金を行おうとしている端末を認証する。このため、例えば端末Ｂが端末Ａの電子証明書を不正に入手して何らかの手段でユーザＡの有する電子マネーを入手しようとしても、端末Ａから管理サーバ３００に取引両者の証明情報の送信が行われない限り、ユーザＡからユーザＢへの電子マネーの送金が行われることがない。
【０１５２】
また、本実施形態では、各ユーザの電子マネーは管理サーバ３００内に格納されるものであるため、例えば端末Ａを紛失し回収することができない場合でも、その一事をもってユーザＡの電子マネーが減ることはない。
【０１５３】
さらに、本実施形態では、端末Ａに端末Ｂからその証明情報が送信されることや、電子マネーの送金指示および受取指示が送信されることで、電子マネーの送金の安全性を確保しつつ、ユーザＡからユーザＢに電子マネーを直接に送ることができる。このため、電子マネーを現金に極めて近い感覚でやりとりすることが可能になる。
【０１５４】
尚、この発明は上記一実施形態に限定されるものではなく、発明の要旨を変更しない範囲で種々変形可能である。
【０１５５】
その他、本発明は、さまざまに変形可能であることは言うまでもなく、上述した一実施形態に限定されず、発明の要旨を変更しない範囲で種々変形可能である。
本件各発明の意義
本件明細書に記載された本件各発明の意義は次のとおりである。従来のキャッシュレス決済としては、ＩＣチップが埋め込まれたカードや携帯端末を用いる電子マネーを用いる決済と、クレジットカードやデビットカードを用いる決済があった。デビットカードを用いる決済には、カード情報や暗証番号が盗まれて悪用されると、銀行口座にあるはずの現金がなくなり、また、その現金を取り戻すことができない場合もあるので、被害が大きくなる可能性があるところ、ＩＣチップを利用した電子マネー決済の場合には、ＩＣチップが埋め込まれた媒体が盗まれない限りは電子マネーを使用することができないため、デビットカードよりも安全といえた（【０００２】～【０００５】、【０００７】～【０００９】）。
しかし、ＩＣチップを利用する電子マネー決済には、①ＩＣチップが埋め込まれたＩＣカードや携帯端等の媒体が紛失等した場合には、発行会社等に連絡することにより、使用に制限をかけることはできるが、「ＩＣカードや携帯端末自体を回収しない限り、そこに格納されている電子マネーを回収することはできない」（【００１０】）という課題（以下、この課題を「課題①」ということがある。）があり、②ＩＣチップを利用する決済の場合には、ＩＣチップから決済額相当の電子マネーが減額され、他方で、店舗には現金を支払うための処理が行われることによって利用者から店舗へ支払がされたものとみなされるため、「一見電子マネーによる支払がされているように見えるが、実は裏で現金のやりとりがされており、電子マネーが完全に現金の代用として使われているものではない」（【００１１】、【００１２】）といった課題（以下、この課題を「課題②」ということがある。）があった。


本件各発明は、これらの課題の解決を目的とする電子マネーの送金方法及びそのシステムの提供を目的とするものであり（【００１３】）、本件各発明の構成をとることによって、課題①について、送金に係る各ユーザの電子マネーをＩＣチップではなく電子マネー管理サーバ内に格納することによって、送金に利用する端末を紛失等して回収できなくなった場合であっても、そのことのみではユーザが保有する電子マネーが減少することがなくなり（【００２１】、【００３３】、【００３８】）、課題②について、各ユーザ端末が互いに有する電子証明書の内容を交換することや電子マネー管理サーバから発行されるアクセスキーと共に電子マネーの送金指示及び受取指示を送ることで、電子マネーの送金の安全性を確保しつつ、各ユーザに電子マネーを直接送ることができるため、電子マネーを現金に極めて近い感覚でやり取りすることが可能になる（【００２２】、【００３４】、【００３９】）。
２争点１－１（被告方法は、「電子マネーの送金」を行っているといえるか（構成要件Ａ、Ｆ）について
「電子マネーの送金」、「電子マネー送金方法」の意義ア本件各発明は、「電子マネーの送金」を行う「電子マネー送金方法」である（構成要件Ａ、Ｆ）。これらからは、本件各発明は「電子マネー」を送金する方法であると理解できるが、記載特許請求の範囲には、本件各発明における「電子マネーの送金」、「電子マネーの送金方法」自体を定義する記載はない。
イ「電子マネー」について、一般に、「貨幣価値をデジタルデータとしてＩＣカードやインターネットに接続されたサーバに記録し、貨幣価値の授受を電子的に行う仕組み。」（広辞苑第７版）という説明がされるなどし、また、貨幣とは「①商品交換の媒介物で、価値尺度・流通手段・価値貯蔵手段の３つの機能を持つもの。本来はそれ自身が交換されるものと等価な商品で、昔は貝殻・獣皮・宝石・布・農産物など、のち貨幣商品として最も適した金・銀のような貴金属が漸次用いられようになった。②広義には、本位貨幣のほか、法律によって強制通用力を認められた信用貨幣および預金通貨をも含めていう。」（広辞苑第７版）という説明がされる。
ウ「電子マネーの送金」を行う「電子マネーの送金方法」である本件各発明の技術的意義は前記１のとおりである。
そのうち、前記１の課題②は、従来技術について、ＩＣチップが埋め込まれたＩＣカードやＩＣチップがあり、ＩＣチップ自体が電子マネー（金銭的価値）を保持しているところ（【０００２】、【０００４】）、ＩＣチップを利用する決済の場合には、ＩＣチップから決済額相当の電子マネーが減額され、他方で、店舗には現金を支払うための処理が行われることによって利用者から店舗へ支払がされたものとみなされるため、一見電子マネーによる支払がされているように見えるが、実は裏で現金のやりとりがされており、電子マネーが完全に現金の代用として使われているものではない（【００１１】、【００１２】）ことを課題としている。そして、本件各発明は、この課題について、各ユーザ端末が互いに有する電子証明書の内容を交換することや電子マネー管理サーバから発行されるアクセスキーと共に電子マネーの送金指示及び受取指示を送ることで、電子マネーの送金の安全性を確保しつつ、各ユーザに電子マネーを直接送ることができるため、電子マネーを現金に極めて近い感覚でやり取りすることが可能になる（【００２２】、【００３４】、【００３９】）ことによって解決したとしている。これらによれば、利用者が利用するＩＣチップから決済相当額の電子マネーが減額されるが、その利用を行った店舗に対して現金の支払がされるものは、本件各発明とは異なる従来技術であり、本件各発明は、そのような従来技術の課題を解決した「電子マネーを直接送る」ものである。したがって、本件各発明の「電子マネーの送金」とは、利用者が電子マネーを利用してその後に利用先の店舗等に対する現金の支払等がされるようなものではない。そして、「電子マネーを直接送る」という文言は、送金元のユーザが保有している電子マネーの数額が減少すると同時に、送金先のユーザにおいて、電子マネーの数額を同額だけ増加させ、その数額について送金元のユーザと同様に利用できることと整合的である。このような解釈は電子マネーが電子マネーとして流通するものであるともいえるところ、電子マネーや貨幣については、上記イのような説明がされ、貨幣には流通手段としての側面があるとされる。本件各発明は、課題②との関係では、従前のＩＣチップ等の技術とは異なり、電子マネーが利用された場合にその利用先においてもそれを電子マネーとして利用できるという貨幣の流通手段の側面についても着目してされたものと解することができる。そして、本件明細書には、本件各発明の「電子マネーの送金」について、上記のような意味で電子マネーの数額の増減がされていることと矛盾する記載もない。
エこれらによれば、本件各発明の「電子マネーの送金」は、その文言や、本件明細書に記載された従来技術と比較した本件各発明の技術的意義等に照らして、送金元の電子マネーの数額に係るデジタルデータが、送金額分だけ減少した数額に係るデジタルデータに置き換わり、送金先において、送金元と同じ電子マネーについて、その数額に係るデジタルデータが、送金額分だけ増加した値に置き換わることを意味するものと解され、そのような送金に係る方法が本件各発明の「電子マネー送金方法」といえる。本件各発明は、課題①について、送金に係る各ユーザの電子マネーをＩＣチップではなく電子マネー管理サーバ内に格納することにより解決し、また、「一見電子マネーによる支払がされているように見えるが、実は裏で現金のやりとりがされており、電子マネーが完全に現金の代用として使われているものではない」といった課題②を解決するため、本件各発明において各ユーザ端末が互いに有する電子証明書の内容を交換することや電子マネー管理サーバから発行されるアクセスキーと共に電子マネーの送金指示及び受取指示を送るなどの構成をとり（前記１）、このような各ユーザ端末等に関係する構成により、「電子マネーの安全性」を確保しながらも、上記のとおり、送金元のユーザが保有している電子マネーの数額に係るデジタルデータが減少した値に置き換わるのと同時に、送金先において、送金元と同じ電子マネーについて、その数額に係るデジタルデータが、送金額分だけ増加した値に置き換わり、送金先のユーザにおいてその増加した数額分を電子マネーとして利用できることとして「電子マネーの送金」をすることを実現したものと解される。
各被告方法は、前記第２の２ないしのとおりであり、これらに関係する規約等について、証拠及び弁論の全趣旨によれば、次の事実が認められる。アＰａｙＰａｙ残高利用規約（以下「利用規約」という。）の記載（乙１）被告と利用者の間で適用されるＰａｙＰａｙ残高利用規約には、次の記載がある。
第１編総則
第２条定義


本規約において、以下の用語は、以下に定める意味を有するものとします。
「ＰａｙＰａｙ残高」とは、ＰａｙＰａｙマネー、ＰａｙＰａｙマネーライト、ＰａｙＰａｙボーナスおよびＰａｙＰａｙボーナスライトの総称をいいます。
「ＰａｙＰａｙ残高アカウント」とは、ＰａｙＰａｙ残高を電磁的に記録し、保管するために必要な口座をいいます。
第３条
１利用者は、ＰａｙＰａｙ残高を、１単位１円として加盟店における対象商品等の購入に際しての代価の決済に利用することができます。・・・２利用者は、対象商品等を購入するときにＰａｙＰａｙ残高での決済を希望する場合には、当社所定の方法でＰａｙＰａｙ残高による支払いを指定するものとします。対象商品等の代金の金額が利用者のＰａｙＰａｙ残高アカウントに記録されたＰａｙＰａｙ残高の範囲内である場合、当社は、当該残高から対象商品等の代金に相当する額のＰａｙＰａｙ残高を、次項に定める方法により、当該利用者のＰａｙＰａｙ残高アカウントから減算します。当該減算がなされた時点で、利用者は、加盟店に対する対象商品等の代金の支払義務を免れるものとします。４利用者は、ＰａｙＰａｙ残高で決済した取引に関し、加盟店（当社を除きます。以下、本項において同じものとします。）との間で対象商品等の瑕疵、債務不履行その他の事由に基づき問題が生じた場合、利用者と当該加盟店との間で解決するものとします。この場合、利用者と加盟店との間で決済を取り消す必要が生じたときでも、加盟店は利用者に対して対象商品等の代金を直接返金せず、対象商品等の代金に相当するＰａｙＰａｙ残高をＰａｙＰａｙ残高アカウントに加算する方法により返金がなされることに利用者は同意するものとします。
イＰａｙＰａｙ残高加盟店規約の記載（乙２）
被告と加盟店の間に適用されるＰａｙＰａｙ残高加盟店規約（以下「加盟店規約」という。）には次の記載がある。
第１条総則
本規約は、商品等（第２条第５項に定義）の販売または提供（以下「販売等」といいます。）をする者がその販売等の代価を決済するにあたり、ＰａｙＰａｙ株式会社（以下「当社」といいます。）が発行するＰａｙＰａｙ残高（第２条第１項に定義）による決済を可能にすることを希望する場合に適用される条件を定めるものです。
第２条定義
１「ＰａｙＰａｙ残高」とは、以下の   およびの総称をいいます。商品等の代価の弁済の為に使用することができ、また譲渡することができる電磁的方法により記録される前払式支払手段であって、当社がＰ
ａｙＰａｙマネーライトという名称で発行するもの
商品等の代価の弁済のために使用することができ、また譲渡及び出金することができる電磁的記録であって、当社がＰａｙＰａｙマネーという名称で発行するもの。
２「ＰａｙＰａｙ残高アカウント」とは、ＰａｙＰａｙ残高を電磁的に記録し、保管するために必要な口座をいいます。
３「利用者」とは、別途当社が定めるＰａｙＰａｙ残高利用規約に従って、ＰａｙＰａｙ残高を利用する者または利用を希望する者をいいます。４「加盟店」とは、本規約に同意のうえ、ＰａｙＰａｙ残高による商品等の販売等の代価の決済を可能にすることを当社に申し込み、当社がこれを承認した者をいいます。
５「商品等」とは、加盟店によって販売または提供される商品、役務および権利をいいます。
第５条ＰａｙＰａｙ残高取引
１本サービスの利用にあたり、加盟店は、当社に対し、対象商品等の代価（税金、送料等を含みます。以下同じ。）の代理受領権限を授与するものとします。
２利用者が加盟店との間での対象商品等の取引に係る決済について、当社所定の方法でＰａｙＰａｙ残高による支払を選択した場合であって、当該対象商品等の代価が、当該利用者が保有するＰａｙＰａｙ残高の範囲内である場合、当社は、対象商品等の代価に相当するＰａｙＰａｙ残高を利用者のＰａｙＰａｙ残高アカウントから減算します。当該減算が完了したときに、加盟店の利用者に対する対象商品等の代価に係る債権は消滅するものとし、当社は、本契約に従い、当該対象商品等の代価を加盟店に支払うものとします。
第６条商品の引渡し等
１加盟店は、ＰａｙＰａｙ残高取引を受け付けた場合、遅滞なく利用者に対し対象商品等を引渡しまたは提供するものとします。・・・
第８条返品等の取扱い
１加盟店は、利用者との間に生じた対象商品等の瑕疵、欠陥その他ＰａｙＰａｙ残高取引上の一切の問題については、自己の責任において加盟店と利用者との間で当該問題を解決するものとします。ただし、加盟店は、利用者に対して対象商品等の代金を直接返還してはならないものとします。２加盟店は、利用者とのＰａｙＰａｙ残高取引を取消す必要が生じた場合、当社に通知し、当社の指示に従うものとします。
第１２条


１当社は、当社所定の期間に係る決済額の合計金額から、当該期間に係る決済システム利用料およびこれに対する消費税を控除した残額を当社所定の時期までに加盟店が届け出た振込指定金融機関口座に振り込む方法により支払うものとします（以下ここで支払う金銭を「精算金」といいます。）。ただし、当該支払日が銀行休業日に該当するときは、翌銀行営業日を支払日とするものとします。
２当社が加盟店に対し決済システム利用料に係る支払請求権以外の債権（本契約に基づく債権に限りません。）を有している場合、当社は、前項に定める支払を行う際に、当該債権に係る代金についても控除したうえで支払うことができるものとします。
３加盟店が決済額に係る請求額以外に当社に対する支払債権を有している場合、当社は、第１項に定める支払を行う際に、当該債権に係る債務をあわせて支払うことができるものとします。
ア本件各発明は、「電子マネーの送金」を行う「電子マネー送金方法」である（構成要件Ａ、Ｆ）とされている。そして、本件各発明の「電子マネーの送金」とは、送金元の電子マネーの数額に係るデジタルデータが、送金額分だけ減少した数額に係るデジタルデータに置き換わり、送金先において、送金元と同じ電子マネーについて、その数額に係るデジタルデータが、送金額分だけ増加した値に置き換わることを意味し（前記エ）、本件各発明は、そのような「電子マネーの送金」についての方法である。そして、前記で述べたところによれば、仮に送金元と送金先で増減する対象が別の性質を有するものであれば、送金先で取得できるものは送金元が保有していたものとは別のものなのであるから、送金先では同一条件でこれを利用することはできず、流通性が確保されていないことになってしまい、本件各発明の趣旨に反するものであるといえる。
イ各被告方法が、前記   のとおりの「電子マネーの送金」を行っているか否かについて検討すると、原告は、各被告方法で用いられているＰａｙＰａｙ残高が電子マネーに当たり、各被告方法ではＰａｙＰａｙ残高の送金が行われていると主張する。
各被告方法には、いずれも利用規約及び加盟店規約が適用されるところ、各被告方法はいずれもＰａｙＰａｙ残高を用いた加盟店からの商品、役務、権利の販売、提供に関する代金の決済に係る方法である（加盟店規約１条参照）。利用者は、決済に先立ち、ＰａｙＰａｙ残高を保有しておき、ＰａｙＰａｙ残高は、ＰａｙＰａｙ残高アカウントにおいて、電磁的に記録、保管される（利用規約２条１項）。利用者は、代金の額がＰａｙＰａｙ残高（１単位１円相当）の範囲内であれば、各被告方法を用いてＰａｙＰａｙ残高を用いた決済をすることができ、このとき、利用者のＰａｙＰａｙ残高アカウントで電磁的に記録されていたＰａｙＰａｙ残高が代金分だけ減算され、利用者は加盟店に対する代金の支払義務を免れる（利用規約３条１項、２項、３項）。他方で、加盟店は、あらかじめ被告に対して代金の代理受領権限を授与しており（加盟店規約５条１項）、利用者によるＰａｙＰａｙ残高を用いた決済が実行されると、後日、被告から代金の支払を受けることになる（加盟店規約５条２項）。加盟店は、被告から、所定の期間に係るＰａｙＰａｙ残高を用いた決済の合計金額から、決済システム利用料及びこれに対する消費税を控除した残額（清算金）を、金融機関に対する振込みの方法で受領する（加盟店規約１２条１項）。
ＰａｙＰａｙシステムについての以上の仕組みを前提にすると、ＰａｙＰａｙ残高は、ＰａｙＰａｙ残高アカウントにより、記録されているデジタルデータであり、利用者が決済に利用する場合には、１単位１円相当でその数額が減少し、代わりに同額分だけ代金の支払を免れることができる。そうすると、ＰａｙＰａｙ残高は貨幣価値がデジタルデータとして対応するサーバ（ＰａｙＰａｙサーバ）に記録されているものであるといえる。しかし、各被告方法を用いた決済の場合には、利用者のＰａｙＰａｙ残高アカウントに記録されたＰａｙＰａｙ残高は決済額分だけ減算されるものの、決済の相手方である加盟店は、後に同額から支払手数料等を控除した残金（清算金）の支払を受け取ることとされており、加盟店のＰａｙＰａｙ残高アカウントに記録されたＰａｙＰａｙ残高が代金額分だけ増加するという処理が行われることとはされていない。
加盟店に対しては、ＰａｙＰａｙ残高を用いた決済の合計額から決済手数料等を控除した残金が支払われるため、ＰａｙＰａｙサーバまたはその他の記録媒体では、当該加盟店に係る決済額またはその累計額を電磁的に記録していることが推認できる。しかし、前記のとおり、加盟店は同額に対応するＰａｙＰａｙ残高を取得するものとされていないのであるから、同累計額をもってＰａｙＰａｙ残高による決済が可能な他の加盟店との取引で利用することができるとは認められない。そうすると、各被告方法によって、利用者については、そのＰａｙＰａｙ残高の数額に係るデジタルデータは決済額分だけ減額されたものに置き換わるものの、加盟店については、仮に決済額分だけ何らかのデジタルデータ上の数額が増加したとしても、これはＰａｙＰａｙ残高とは別の価値、機能を有するものに係る数額であり、各被告方法により利用者に係る電子マネーの数額が減算された分だけ、加盟店に係る同一の価値・機能を有する電子マネーの数額が増加したと評価することはできない。
よって、原告が上記で主張する各被告方法においては、ＰａｙＰａｙ残高について、本件各発明にいう「電子マネーの送金」がされているとはいえず、他に、各被告方法が「電子マネーの送金」に当たると認めるに足りる証拠はない。


令和２年３月１０日判決言渡同日原本領収    裁判所書記官平成２２年(ワ)第２０７号，同第２０８号，同第２０９号，平成２３年(ワ)第２１
２号開門請求事件
口頭弁論終結の日令和元年９月２４日
判   決
主文
１原告らの請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１章請求
被告は，原告らとの関係で，国営諫早湾土地改良事業によって建設された潮受堤防の北部及び南部に設置されている各排水門の開門に関し，諫早湾の海水を調整池内に流入させ，海水交換できるように開門操作をせよ。
第２章事案の概要等
第１事案の概要
本件は，被告が国営諫早湾土地改良事業（以下「本件事業」という。）を行い，諫早湾の湾奥部に諫早湾干拓地潮受堤防（以下「本件潮受堤防」という。）を設置し，海洋を締め切るとともに，締め切った部分の内側を調整池（以下「本件調整池」という。）として淡水化したところ，諫早湾内で漁業を営む原告らが，前記締切りにより，諫早湾内の漁場環境が悪化し，原告らが有する漁業法（平成３０年１２月１４日法律第９５号による改正前のもの。以下同じである。）８条１項所定の「漁業を営む権利」（以下「漁業行使権」という。）を侵害されたと主張し，被告に対し，漁業行使権に基づく妨害排除請求として，原告らの漁業被害を回復させるため，本件潮受堤防の北部及び南部に設置されている各排水門について，本件潮受堤防により締め切られた本件調整池に海水を流入させ，海水交換できるように上記各排水門の開門操作をすること（以下「本件開門操作」という。）を求めている事案である。第２前提事実（争いのない事実並びに後掲各証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実）
１当事者等
原告らは，諫早湾内に漁業権を有する小長井町漁業協同組合（以下「小長井町漁協」という。），国見漁業協同組合（以下「国見漁協」という。）又は瑞穂漁業協同組合（以下「瑞穂漁協」といい，小長井町漁協及び国見漁協〈合併前を含む。〉と併せて「本件３漁協」という。）の組合員であり，その所属する漁協，正組合員・准組合員の別，加入時期等は，別紙４漁業行使権等目録のとおりである。なお，国見漁協は，平成２０年４月１日，国見町神代漁協と国見町土黒漁協との合併により設立された。（甲Ａ１，甲Ｂ４１の１，乙Ａ２，本件３漁協に対する平成３１年３月２７日付け各調査嘱託の結果，弁論の全趣旨）
被告は，本件事業の事業主体であり，本件開門操作を行う権限を有する（争いがない。）。
２有明海及び諫早湾の概況
有明海及び諫早湾
有明海は，九州の西部にあり，福岡県，熊本県，長崎県及び佐賀県の４県に囲まれた，南から入り込んだ内湾であり，南西部において幅約５ｋｍで東シナ海と，南東部において幅約２００ｍで八代海と通じている。有明海（本件調整池を含む。）は，湾軸延長９６ｋｍ，平均幅１８ｋｍ，海域面積約１７００ｋ㎡，容積約３４０億㎥，平均水深約２０ｍである。湾口の幅が狭く，八代海と並んで閉鎖性が極めて高いことが特徴である。諫早湾（本件調整池を含まない。）は，有明海湾奥の西側にある支湾で，水域面積は約７５ｋ㎡，容積約５億㎥であり，それぞれ有明海の４．４％，１．５％を占めている。本件潮受堤防により締め切られた面積は約３６ｋ㎡である。
これに対し，本件調整池は，面積（管理水位標高マイナス〈以下「－」と表記する。〉１ｍ時）約２０ｋ㎡，容積０．２９億㎥であり，それぞれ有明海の１．２％，０．０８％を占めている。
これらの位置関係は，別紙５「図３－１有明海の全体位置」（乙Ｃ９[１２頁]）のとおりである。
（甲Ｅ１[３，１３頁]，甲Ｅ１４[２２，２３頁]，乙Ｃ９[１２，１３頁]）
有明海の潮汐による干潟の形成と干拓の歴史
有明海の潮汐は，我が国の他の海域に比べて大きく，有明海湾奥部で最大６ｍに及ぶ干満差があり，このため，湾奥部では，干潮時に海岸線から５ないし７ｋｍの沖合まで干潟となる。有明海は，全国の干潟面積の約４割に当たる約２０７ｋ㎡の広大な干潟を有している。
なお，本件事業によって消失した諫早湾の干潟面積は，約１５．５ｋ㎡であり，有明海の干潟面積の約７．５％に当たる。
有明海では，多いところでは１年に約５㎝の砂や泥（ガタ土）が堆積し，干潟が成長する。このため，河川の河口域や背後低平地に設置された排水樋門などの前面にガタ土が堆積し，年々，背後低平地からの排水が困難となり，排水不良の原因となる。そのため有明海沿岸域では，発達した干潟を干拓により干陸化し，新たな水路（水みち）を確保することで，ガタ土の堆積による排水不良を解消してきた。有明海沿岸では古くから，このように干潟の発達に伴う背後低平地の排水不良を改善するため，併せて，干潟を農地として利用するため干拓が行われ，これまで有明海全体で２６０ｋ㎡を超える面積の干拓が行われた。
諫早湾の湾奥部沿岸においても，江戸時代以前に干拓が始まり，排水改良と農地造成という２つの目的を兼ねて，干拓を繰り返し，約３５ｋ㎡が農地となって諫早平野を形成した。
（甲Ｅ１[３，１３頁]，乙Ｃ１０[３，５頁]，乙Ｅ５[３３頁]，乙Ｅ１０[４―６頁]，乙Ｅ１９７[１３８頁]）
有明海及び諫早湾に流入する河川
有明海の湾奥部には，筑後川，矢部川，六角川，塩田川など佐賀県と福岡県の比較的大きな河川から淡水が流入しており，有明海の中央部東側には，菊池川，白川，緑川など熊本県の大きな河川から淡水が流入する。本件調整池には，本明川から淡水が流入しており，本明川を含む本件調整池の流域からの流入水量は，有明海全体の約１ないし２％である。（乙Ｃ９[１４頁]，乙Ｅ１０[４－３]頁，乙Ｅ１９７[３頁]）
３本件３漁協の漁業権及び原告らの漁業行使権


小長井町漁協所属の原告ら
漁業協同組合（以下，単に「漁協」ということがある。）又は当該漁協を会員とする漁業組合連合会（以下「漁協等」という。）の組合員であって，当該漁協が有する各特定区画漁業権若しくは共同漁業権等ごとに制定する漁業権行使規則等で規定する資格を有する者は，当該特定区画漁業権等の範囲内において漁業行使権を有する（漁業法８条1項参照）ところ，小長井町漁協は，別紙６「漁業権・漁業権行使規則対照表（小長井）」№１ないし２１のとおり，漁業権を有しており，漁業権行使規則を定めている（なお，南共第１号の共同漁業権は，本件３漁協の共有とされている。）。漁業権の設定を受けようとする者は，都道府県知事に申請してその免許を受けなければならない（漁業法１０条参照）ところ，同漁協が各漁業権を設定された日は，別紙６の各設定日のとおりであり，漁業権の期限は，別紙６の各免許期限のとおりである。
また，第１種共同漁業権は，藻類，貝類又は農林水産大臣の指定する定着性の水産動物を目的とする漁業を営む権利であり（漁業法６条５項１号参照。以下同じ），第２種共同漁業権は，網漁具（えりやな類を含む。）を移動しないように敷設して営む漁業であって定置漁業及び内水面等において営む漁業以外のものを営む権利であり（漁業法６条５項２号参照），第１種区画漁業権は，一定の区域内において，石，かわら，竹，木等を敷設して営む養殖業を営む権利であり（漁業法６条４項１号参照），第３種区画漁業権は，一定の区域内において営む養殖業であって，第１種区画漁業及び土，石，竹，木等によって囲まれた一定の区域内において営む養殖業である第２種区画漁業以外のものを営む権利である（漁業法６条４項３号参照）。原告らのうち，小長井漁協の組合員である別紙１原告目録の番号１ないし５，２３ないし３０の各原告は，別紙４漁業行使権等目録のとおり漁業行使権を有している。
小長井町漁協に所属する原告らが有する漁業権の対象である南共第１号の範囲は，別紙７のとおりであり，小長井町漁協に所属する原告らに係る各区画漁業権の対象となっている各区域は，別紙８「連南―１」（甲Ａ１５４）及び別紙９「連南―２」（甲Ａ１５５）のとおりである。（甲Ａ９１，９２，１２３ないし１３０，１５７ないし１７３，小長井漁協に対する平成３１年３月２７日付け調査嘱託の結果，弁論の全趣旨）
国見漁協所属の原告ら
国見漁協は，別紙１０「漁業権・漁業権行使規則対照表（国見）」の№１ないし９のとおり，漁業権を有しており，漁業権行使規則を定めている。同漁協が各漁業権を設定された日及びその期限についても，別紙１０のとおりである。
原告らのうち，国見漁協の組合員である別紙１原告目録の番号６ないし９の各原告は，別紙４漁業行使権等目録のとおり漁業行使権を有している。（甲Ａ１１７ないし１２２，１３８ないし１４９，１７０，国見漁業に対する平成３１年３月２７日付け調査嘱託の結果，弁論の全趣旨）。
瑞穂漁協所属の原告ら
瑞穂漁協は，別紙１１「漁業権・漁業権行使規則対照表（瑞穂）」の№１ないし１４のとおり，漁業権を有しており，漁業権行使規則を定めている（ただし，南区第２０１９ないし２０２１号における第１種又は第３種区画漁業権については，漁業権行使規則の存在及び内容が，証拠上明らかではない。）。同漁協が各漁業権を設定された日及びその期限についても，別紙１１のとおりである。
原告らのうち，瑞穂漁協の正組合員又は准組合員である別紙１原告目録の番号１０ないし２２，３１ないし３３の各原告は，別紙４漁業行使権等目録のとおり漁業行使権を有している。なお，瑞穂漁協に所属する原告らの各区画漁業権の対象となっている各区域は，別紙９（甲Ａ１５５）及び別紙１２「連南―３」（甲Ａ１５６）のとおりである。
（甲Ａ１１１ないし１１６，１３１ないし１３７，１７０，１７１，１７４ないし１８１，瑞穂漁協に対する平成３１年３月２７日付け調査嘱託の結果，弁論の全趣旨）
４本件事業
本件事業の概要等
本件事業は，諫早湾の湾奥部に位置する長崎県北高来郡高来町（現在は同県諫早市である。）と同県南高来郡吾妻町（現在は同県雲仙市である。）との間に長さ７０５０ｍの本件潮受堤防を築造して，諫早湾のうち奥部３５．４２ｋ㎡を締め切り，海水の流入を止めるとともに，長さ約１１ｋｍの内部堤防を設置して本件調整池を造成し，本件潮受堤防に設置した各排水門（以下「本件各排水門」という。そのうち北部の排水門を「北部排水門」といい，南部の排水門を「南部排水門」という。）を操作して，本件調整池の水位を管理することで，背後の低平地における高潮，洪水，常時排水不良等に対する防災機能を強化し，併せて本件調整池を淡水化し，これを水源とするかんがい用水を確保し，大規模で平坦な優良農地を造成し，生産性の高い農業の実現を目的とする事業である。


本件事業においては，海面の一部を本件潮受堤防で締め切り，本件調整池とし，その中に内部堤防を巡らせて干拓する複式干拓方式が採用されている。被告は，本件潮受堤防によって締め切られた区域内に内部堤防を築造して，中央干拓地及び小江干拓地（干陸地の面積合計約９．４２ｋ㎡，うち農地は約８ｋ㎡）を造成し（以下，本件事業により造成された干拓地を併せて「新干拓地」といい，本件事業以前から存在した干拓地を「旧干拓地」といい，併せて単に「干拓地」ということがある。），約２６ｋ㎡を本件調整池とした。本件潮受堤防には，北部排水門（幅２００ｍ）及び南部排水門（幅５０ｍ）が設けられ，これを操作することで，本件各排水門を通じて満潮時に本件調整池に海水が流入することを防ぐとともに，干潮時に河川から本件調整池に流入した淡水を諫早湾に排水し，本件調整池の管理水位を標高－１．０ｍに保っている（以下，本件潮受堤防の設置及び本件各排水門を開門しないことを「本件潮受堤防の締切り」という。）。本件各排水門の管理方法等は，別紙１３「潮受堤防排水門の管理」（乙Ｃ６４）のとおりである。本件事業は，国営干拓事業（土地改良法８７条の２第１項１号，２条２項４号参照）であるため，被告の農林水産省九州農政局（以下「九州農政局」という。）は，本件事業に関し，土地改良事業計画（同法８７条の２第１項参照）を定め，また，本件各排水門を含む本件潮受堤防は，本件事業により設置された「ダムその他のえん提及び用水施設」（同法８７条の２第２項，同法施行規則６０条，５４条の３参照）に当たるため，予定管理方法等（同法８７条の２第２項参照）を定め，九州農政局は，平成２０年４月１日，長崎県に対し，本件潮受堤防及び本件調整池の管理を委託した。（甲Ｃ３８[１５頁]，甲Ｅ１[１頁]，乙Ｃ２[６頁]，乙Ｃ１０，乙Ｃ６４，乙Ｃ８７，乙Ｃ１７７ないし１８０，弁論の全趣旨）
本件事業等の経緯
昭和６１年１２月２日   国営土地改良事業計画の決定・着工平成元年度              本件潮受堤防試験堤工事着手（本件潮受堤防の中央部約２１０ｍの基礎地盤改良工事）
平成２年度              本件潮受堤防のうち南端から南部排水門までの
約８４０ｍ及び北端から北部排水門までの約３８
０ｍの工事に着手
平成２年１１月      小江干拓地堤防工事に着手平成３年度        採砂地において砂採取を開始平成４年度        本件潮受堤防の排水門工事に着手平成５年度        本件潮受堤防の基礎地盤改良工事に着手平成６年度        本件潮受堤防の築堤工事に着手平成９年４月１４日    瞬時締切方式（一枚扉体角落とし）による本件
潮受堤防の開口部１２４０ｍ（潮止区間）の締切
り（以下，この時点の本件潮受堤防による諫早湾
の奥部の締切りを「本件締切り」という。）
平成９年１２月      中央干拓地堤防盛土試験工事に着手平成１１年３月          本件潮受堤防建設工事の完了（被告は，これ以降，本件各排水門を操作し，本件調整池を管理水
位である標高－１．０ｍで管理），中央干拓地の
北部及び南部堤防工事に着手
平成１１年１２月１４日第１回計画変更（工期の延長）平成１２年度       有明海におけるノリ養殖業の不作平成１３年２月２６日   農林水産省有明海ノリ不作等対策関係調査検討委員会（以下「ノリ第三者委員会」という。）の
設置
平成１３年１２月１９日ノリ第三者委員会が「諫早湾干拓地排水門の開
門調査に関する見解」を発表し，短期・中期・長
期開門調査の実施を提言
平成１４年４月１日    短期開門調査開始（同年１２月１０日まで。このうち海水導入期間は，同年４月２４日から同年
５月２０日）
平成１４年６月４日    第２回計画変更（規模縮小）平成１４年７月      中央干拓地前面堤防工事に着手平成１６年８月２６日   佐賀地方裁判所の工事差止仮処分決定により工
事停止
平成１７年５月１７日   福岡高等裁判所の決定により工事再開
平成１９年１１月２０日本件事業の完工式
平成２０年４月１日    新干拓地における営農開始（争いがない。）
本件事業に関する環境アセスメント及び環境モニタリングの実施被告は，本件事業を実施するに当たり，長崎県環境影響評価事務指導要綱に基づいて，環境アセスメント（環境影響評価）を実施し，工事中及び事業完了後の周辺地域環境への影響の予測・評価を行うとともに，工事中及び事業完了後の環境保全が適切に図られるよう環境モニタリング計画（環境監視等）を定めた上で，工事を実施した。
環境モニタリングは，平成元年から継続して実施されており，気象，水質，底質，水生生物などの項目について調査がされている。環境モニタリングにおける水質調査では，別紙１４「水質調査地点位置図（月１回調査）」(甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１])の各地点において調査が行われた。
（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６）
５漁業補償契約の締結等
漁業補償契約
被告（九州農政局長）は，昭和６２年３月１９日，長崎県知事を介し，当時の諫早湾内の１２の漁業協同組合（高来町湯江漁業協同組合，小長井町漁協，小江漁業協同組合，深海漁業協同組合，諫早市長田漁業協同組合，諫早漁業協同組合，小野漁業協同組合，森山町漁業協同組合，吾妻町漁業協同組合，瑞穂漁協，国見町神代漁業協同組合及び国見町土黒漁業協同組合。以下「湾内１２漁協」という。）との間で，本件事業及び本件事業に伴い長崎県が施行する城ノ下港整備事業（以下，併せて「本件事業等」という。）の実施に伴う漁業補償について，漁業補償契約（以下「湾内漁業補償契約」という。）を締結した。
湾内漁業補償契約には，以下のような条項がある。なお，原告らが属する本件３漁協は，本件潮受堤防外に位置する。
ア湾内１２漁協及びその組合員は，本件事業等の実施に同意し，この契約締結後は，農林水産省及び長崎県は，いつでも本件事業等を実施することができるものとする（２条）。
イ本件事業等の実施に伴う湾内１２漁協及びその組合員に対する漁業補償の対象は，次のとおりとする（３条１項）。


本件潮受堤防内に位置する漁協及びその組合員が，諫早湾内における全ての漁業権等（共同漁業権，区画漁業権，許可漁業，自由漁業及びこれらの行使権の全てを含む〈同条２項〉。）を放棄することにより生ずる
損失に対する補償（同条１項１号）
本件潮受堤防外に位置する漁協及びその組合員が，諫早湾内における漁業権等（１号と同じ。）の一部放棄及び制限により生ずる全ての損失
に対する補償（同条１項２号）
３条１項の漁業補償の総額は，２４３億５０００万円とする（４条１項）。
前項の補償金の組合別金額は，以下のとおりとする（同条２項）。ａ小長井町漁協          １５億２５７３万５０００円ｂ高来町湯江漁業協同組合     ４０億７５５１万００００円ｃ小江漁業協同組合        １４億８６９１万８０００円ｄ深海漁業協同組合        ３６億１８２７万５０００円ｅ諫早市長田漁業協同組合     ２２億８７１６万１０００円ｆ諫早漁業協同組合         ８億５８５７万３０００円ｇ小野漁業協同組合        ２４億１７２６万５０００円ｈ森山町漁業協同組合       １８億２０１９万７０００円ｉ吾妻町漁業協同組合       ３６億３４１０万１０００円ｊ瑞穂漁協            １３億００６２万６０００円ｋ国見町神代漁業協同組合      ４億１２６９万９０００円ｌ国見町土黒漁業協同組合      ９億１２９４万００００円エ湾内１２漁協及びその組合員は，この契約締結をもって，本件事業等に伴う漁業補償については，全て解決したものとし，長崎県に対し，今後一切異議，求償等を行わないものとする（５条）。
（乙Ａ２，弁論の全趣旨）
補償金の支払
被告は，諫早湾内の１２漁協に対し，前記アの湾内漁業補償契約に基づく補償金を支払った。
６本件事業に関連する調査研究等
ノリ第三者委員会による検討
平成１２年度の有明海におけるノリ不作を契機として，農林水産省は，平成１３年３月，ノリ第三者委員会を発足させた。同委員会は，有明海の漁業生産の不振の原因を究明し，今後の対策を提言することを目的として設置された委員会である（乙Ｃ９巻末資料３）。
ノリ第三者委員会は，同年１２月１９日，諫早湾干拓地排水門の開門調査に関する見解（以下「ノリ第三者委員会見解」という。）をまとめた。ノリ第三者委員会見解の概要は，本件事業が重要な環境要因である流動（潮位，流速，流向）及び負荷を変化させ，諫早湾のみならず有明海全体の環境に影響を与えていると想定され，開門調査はその影響の検証に役立つと考えられるところ，第１段階として２か月程度の開門調査，次の段階として半年程度の開門調査，さらにそれらの結果の検討を踏まえての数年間の開門調査が望まれ，最終的には水位変動の実現が期待されるが，その条件が整うまでの間も洪水・かんがい期以外は水位管理の条件を緩め，できるだけ毎日の水位変動を大きくし，干潟面積を増やすことが望ましいというものであった。
（乙Ｃ９）
九州農政局による開門総合調査
九州農政局は，平成１４年度から平成１５年度にかけて，ノリ第三者委員会見解の趣旨等を踏まえ，本件事業が有明海の環境に及ぼしているとされる影響についてできる限り量的に推定することを目的として，学識経験者からなる諫早湾干拓事業開門総合調査運営会議の指導・助言の下，開門総合調査を実施した。
上記調査は，①短期開門調査，すなわち，本件調整池に海水を１か月程度導入し，本件調整池及び諫早湾の水質，潮位・潮流，底質，生物について調査を行うもの，②干潟浄化機能調査，すなわち，有明海に現存する諫早干潟に類似した干潟での現地調査等から干潟の物質循環を再現する干潟生態系モデル（コンピュータによる数値シミュレーションモデル）を構築してコンピュータ解析を行い，かつての諫早湾の干潟での水質浄化機能を推定するもの，③流動解析等調査，すなわち，本件締切り前後における有明海の潮汐，水質，底質〈粒度〉の変化及び貧酸素水塊の形成等について，モデルを用いるなどしてコンピュータ解析を行うとともに，短期開門調査及び干潟浄化機能調査により得られる情報を活用し，本件事業による有明海の潮汐，水質及び底質への影響を検討するという手法を総合的に組み合わせて実施するものであり，平成１５年１１月にその結果を「諫早湾干拓事業開門総合調査報告書」（乙Ｃ９）にまとめた。
なお，上記短期開門調査は，平成１４年４月１日から同月２３日までの間，通常の排水門の管理を行った状態での観測（事前）を行った後，本件調整池の水位を標高－１．０ｍないし－１．２ｍの範囲で管理しながら，同月２４日から同年５月２０日までの間，本件調整池に海水約６６００万㎥を導入し，その後の淡水への回復過程の事後調査を行い，同年１２月１０日に現地観測を終了した（甲Ｅ１４）。
（甲Ｅ１４，乙Ｃ９）
有明海・八代海総合調査評価委員会による検討
有明海・八代海総合調査評価委員会（以下「評価委員会」という。）は，平成１２年度の有明海のノリ不作を契機として，国民的資産である有明海及び八代海を豊かな海として再生させることを目的として制定され，平成１４年１１月２９日に施行された「有明海及び八代海を再生するための特別措置に関する法律」（以下「特別措置法」という。）に基づき，平成１５年２月に環境省に設置された委員会である。
評価委員会の所掌事務は，国及び関係県の調査結果に基づいて有明海及び八代海の再生に係る評価を行うこと及びこれらの事項に関して主務大臣等に意見を述べることであり，委員長を含め２１名の学識経験者等が委員として選任された。さらに，評価委員会の所掌事務の効率的遂行に資するため，小委員会が設置され，小委員会は，評価委員会委員３名のほか，有明海，八代海沿岸各県の水産研究機関の長などの専門委員９名で構成された。評価委員会は，有明海及び八代海の両海域で実施されてきた各種調査の結果等を踏まえて検討を重ね，平成１８年１２月に委員会報告（乙Ｅ５。以下「平成１８年委員会報告」という。）を行った。
（乙Ｅ５）
有明海・八代海等総合調査評価委員会による検討


評価委員会は，平成２３年８月，特別措置法の改正の施行に伴い，有明海・八代海等総合調査評価委員会に改称し（以下，改称後も含めて「評価委員会」という。），同改正により，有明海及び八代海に隣接する海域として，橘湾及び熊本県天草市牛深町周辺の海面が対象海域に追加され，委員長を含め２１名の学識経験者が委員として選任された。また，①生物・水産資源・水環境問題検討作業小委員会及び②海域再生対策検討作業小委員会が設置され，①は評価委員７名のほか，専門委員５名，②は評価委員６名のほか，専門委員５名から構成された。評価委員会は，平成１８年委員会報告以降の調査結果等に基づき検討を重ね，平成２９年３月に委員会報告（乙Ｅ１９７。以下「平成２９年委員会報告」という。）を行った。（乙Ｅ１９７）特別措置法に基づく取組ないし中・長期開門調査に代わる取組特別措置法では，被告及び関係県（有明海については，福岡県，佐賀県，長崎県及び熊本県の４県である。）が協力して，海域の環境の保全及び改善並びに水産資源の回復等による漁業の振興を総合的かつ計画的に推進するため，被告が基本方針を策定し（同法４条参照），関係県が当該基本方針に基づく計画を定め（同法５条参照），被告及び地方公共団体等が水質等の保全（同法１３条参照），漂流物の除去（同法１４条参照），河川の流況の調整（同法１５条参照），森林の保全・整備（同法１６条参照），水産動物の種苗の放流（同法１７条参照），酸処理剤の適正な使用（同法１９条参照）などに取り組むほか，調査研究と体制整備等として被告，関係県による調査研究の実施と体制整備，汚濁負荷量削減に資する措置等を行うこと（同法１８条参照）などが規定されている。
また，ノリ第三者委員会見解を前提として，平成１５年３月に農林水産省農村振興局長からの委嘱により設置された中・長期開門調査検討会議では，開門総合調査の結果等を踏まえた論点整理が行われ，その後，被告は，中・長期開門調査の実施に当たっては，本件各排水門の開放により被害が生じることのないようにしつつ調査を行う必要があり，そのためには長い年月（最低でも１０年）を要するが，その成果については必ずしも明らかではないとして，中・長期開門調査を実施するのではなく，これに代わる方策として，有明海の環境変化の更なる解明のための調査等を進めていくこととした。
これらを受けて，被告は，平成１７年から，特別措置法に基づく取組ないし中長期開門調査に代わる取組として，海域環境等の調査（貧酸素現象調査，赤潮調査，水質調査としての調整池排水拡散調査，潮流・潮位調査，低質環境調査及び二枚貝類等生息環境調査），魚介類の増養殖技術の開発，漁場環境改善のための現地実証，漁場環境の整備事業，有明海沿岸４県が協調した取組の推進等の施策を実施している。
（乙Ｃ５，乙Ｆ１２，弁論の全趣旨）
７公害等調整委員会による原因裁定
公害等調整委員会（以下「公調委」という。）は，公害等調整委員会設置法に基づいて設置された行政委員会であり，公害紛争処理法の定めるところにより公害に係る紛争についてあっせん，調停，仲裁及び裁定等を行う機関である（同法３条参照）。
有明海で漁業を営む漁業者及び福岡県有明海漁業協同組合連合会等は，平成１５年４月１６日，公調委に対し，被告を被申請人として，漁業被害が本件事業において行われた工事が原因であるとの裁定を求める申請をした（公調委平成１５年（ゲ）第２・３号。以下「原因裁定事件」という。）。原因裁定事件においては，４名の学識経験者が専門委員に選任され，平成１６年４月以降の審問期日及び現地調査に参加するなどし，被告や県，学会等による有明海の環境・生物・漁業等に関する調査・研究について精査，検討し，同年１２月，その結果を「専門委員報告書」（甲Ｅ１。以下「専門委員報告書」という。）にまとめた。
公調委は，平成１７年８月３０日，原因裁定事件について，申請人らの申請をいずれも棄却する旨の裁定（乙Ｅ１，乙Ｅ４３）をした。
（甲Ｅ１，乙Ｅ１，乙Ｅ４３）
８関連訴訟等
本件事業における内部堤防工事の差止めを求める仮処分申立事件有明海で漁業を営む漁業者等は，平成１４年，佐賀地方裁判所に対し，国を債務者として本件事業における内部堤防の工事を仮に差し止める旨の命令を求める申立て（佐賀地方裁判所平成１４年（ヨ）第７９号）をした。佐賀地方裁判所は，平成１６年８月２６日，一部の債権者による申立てを認める旨の仮処分決定をし，その後，同裁判所は，保全異議申立事件において，これを認可した。これに対し，債務者が，保全抗告をしたところ，福岡高等裁判所は，平成１７年５月１６日，上記仮処分決定を取り消し，申立てを却下する旨の決定をした。さらに，債権者らが許可抗告をしたところ，最高裁判所は，抗告を棄却した。（争いがない。）
佐賀訴訟及び長崎第１陣訴訟
ア長崎県，佐賀県，福岡県及び熊本県の漁業者等は，佐賀地方裁判所に対し，国を被告として，本件事業に伴う工事の差止め等（最終的な請求は，主位的に本件潮受堤防の撤去，予備的に北部排水門及び南部排水門の常時開放を求めるとともに，ノリ第三者委員会による短期・中期・長期の開門調査実施の提言にもかかわらず，中・長期開門調査を実施しないことにより，これらが実施されることについての期待権が侵害されたとして損害賠償金の支払を求めるもの）を求めて訴訟（佐賀地方裁判所平成１４年（ワ）第４６７号外。以下「佐賀訴訟」という。）を提起した。佐賀地方裁判所は，平成２０年６月２７日，被告に対し，諫早湾近傍場の一部の原告（４９名）との関係で，判決確定の日から３年を経過する日までに，防災上やむをえない場合を除き，本件各排水門を開放し，以後５年間にわたってその開放を継続することを命じる判決を言い渡した。（甲Ｆ１８）佐賀訴訟の原告ら及び被告の双方が控訴したところ，福岡高等裁判所は，平成２２年１２月６日，佐賀訴訟の控訴事件（福岡高等裁判所平成２０年（ネ）第６８３号）について，佐賀訴訟の原告らの控訴に基づき同判決を変更し，第１審判決において開門請求が棄却された９名の原告について，被告に対し，判決確定の日から３年を経過する日までに，防災上やむをえない場合を除き，本件各排水門を開放し，以後５年間にわたってその開放を継続することを命じ，その余の控訴をいずれも棄却する旨の判決（甲Ｆ１。以下「前訴判決」という。）を言い渡し，前訴判決は，同月２１日，確定した。


国は，前訴判決について，佐賀地方裁判所に請求異議の訴えを提起し，佐賀地方裁判所は，平成２６年１２月１２日，被告適格を有しない者に対する訴えを却下し，漁業行使権に基づく開門請求権を失った一部原告との関係で請求を一部認容したが，その余の請求を棄却した（甲Ｃ２５４）。国は，これに対し，控訴したところ，福岡高等裁判所は，平成３０年７月３０日，原判決を取り消し，本件被告の請求を認容する旨の判決をした。漁業者らが上告したところ，最高裁判所は，令和元年９月１３日，原判決を破棄し，福岡高等裁判所に差し戻す旨の判決をした。（公知の事実）イ諫早湾ないしその近傍で漁業を営む漁業者らは，長崎地方裁判所に対し，国を被告として，開門及び損害賠償を求める訴訟（長崎地方裁判所平成２０年（ワ）第２５８号。以下「長崎第１陣訴訟」という。）を提起した。長崎地方裁判所は，平成２３年６月２７日，開門を求める請求を棄却し，損害賠償を求める請求を一部認容する判決を言い渡した。長崎第１陣訴訟の原告ら及び被告の双方がこの判決に控訴したところ，福岡高等裁判所は，平成２７年９月７日，その控訴事件（福岡高等裁判所平成２３年（ネ）第７７１号）について，長崎第１陣訴訟の原告らの控訴を棄却し，同被告の控訴に基づき原判決を取り消し，同原告らの損害賠償請求を棄却する旨の判決を言い渡した（乙Ｆ１０）。これに対し，長崎第１陣訴訟の原告らが上告したところ，最高裁判所は，令和元年６月２６日，上告を棄却する旨の決定をした（乙Ｆ９０）。
開門の差止めを求める訴訟及び仮処分申立事件
開門に反対する諫早湾周辺の農業者，漁業者及び住民は，長崎地方裁判所に対し，国を被告として，開門の差止めを求める訴え（長崎地方裁判所平成２３年（ワ）第２７５号，平成２６年（ワ）第１５１号，平成２７年（ワ）第１８１号，同第２３６号事件。以下「開門差止訴訟」という。）を提起するとともに，国を債務者とする開門差止仮処分の申立て（長崎地方裁判所平成２３年（ヨ）第３６号，平成２４年（ヨ）第５号，同２７号事件）をした。長崎地方裁判所は，平成２５年１１月１２日，仮処分の申立てにつき，申立ての一部を認容し，その余を却下する旨の決定（乙Ｃ８８。以下「別件仮処分決定」という。）をした。これに対し，漁業者らである債務者補助参加人が保全異議を申し立てた（長崎地方裁判所平成２５年（モ）第１０４０号）ところ，同裁判所は，平成２７年１１月１０日，別件仮処分決定の一部を認可し，その余を取り消した上で取消しに係る申立てを却下した（乙Ｃ２９４。以下「別件保全異議決定」という。）。
また，長崎地方裁判所は，平成２９年４月１７日，開門差止訴訟につき，同訴訟の原告らの一部との関係で，請求を認容する旨の判決を言い渡したところ，これに対し，漁業者らが独立当事者参加の申出とともに控訴をしたが，福岡高等裁判所は，平成３０年３月１９日，前記申出及び控訴を却下する旨地方裁判所による前記判決は，最高裁判所が令和元年６月２６日に上告を棄却する旨の決定をしたことにより，確定した（乙Ｆ９１）。
間接強制申立事件
前訴判決と別件仮処分決定に関しては，佐賀地方裁判所及び長崎地方裁判所に対し，それぞれこれらに基づく間接強制の申立てがなされた。両裁判所はいずれも，間接強制の申立てを認容する旨の決定をした（甲Ｆ１６，乙Ｆ５）。
これらに対する執行抗告事件につき，福岡高等裁判所は，佐賀地方裁判所に係る決定については平成２６年６月６日，長崎地方裁判所に係る決定については同年７月１８日，執行抗告をいずれも棄却した（甲Ｆ１７，乙Ｆ６）。これらに対する許可抗告事件につき，最高裁判所は，平成２７年１月２２日，いずれも許可抗告を棄却する旨の決定をした（弁論の全趣旨）。
９開門に関する環境アセスメント
被告は，前訴判決が確定したことにより，本件各排水門を開門した場合，有明海にどのような変化や影響が生じるかについて調査，予測，評価を行い，必要に応じてその影響を回避・低減する措置を検討するため，環境アセスメント（環境影響評価）を実施し，平成２４年１１月，諫早湾干拓事業の潮受堤防の排水門の開門調査に係る環境影響評価書を完成させた（乙Ｃ６０，乙Ｃ７２の１，乙Ｃ７５の１及び２。以下，この環境アセスメントを「開門アセス」という。）。
開門アセスでは，開門（本件調整池に海水を流入させ，海水交換できるように本件各排水門の操作をすること）の方法として，本件各排水門の開度や本件調整池の管理水位が異なる以下のないしのケース１，ケース２，ケース３－１及びケース３－２（以下，これらの開門方法を順に，「ケース１」，「ケース２」，「ケース３－１」，「ケース３－２」という。）という４つの方法を設定し，開門方法毎に，海域，本件調整池及び背後低平地への環境影響評価を実施した（乙Ｃ６０[６．１．１・１２０頁]，乙Ｃ６４）。
ケース１
開門当初から本件各排水門を全開とする開門方法
ケース２
本件調整池の水位や本件各排水門近傍の流速を制限した開門方法から開始し，本件調整池への海水導入量及び本件調整池からの排水量を段階的に増加
させ，最終的には本件各排水門を全開とする開門方法
ア第１段階
本件調整池の水位を標高－１．０ｍないし－１．２ｍの範囲内で管理する，平成１４年に実施した短期開門調査と同じ開門方法（ケース３－２と同じ）
イ第２段階
本件調整池の水位を標高－０．５ｍから－１．２ｍの範囲内で管理し，本件各排水門近傍の流速を１．６ｍ毎秒（以下「ｍ／ｓ」と表記することがある。）以下に制限した開門方法（ケース３－１と同じ）
ウ第３段階
ケース１と同じ
ケース３－１
本件調整池の水位を標高－０．５ｍから－１．２ｍの範囲内で管理し，本件各排水門近傍の流速を１．６ｍ／ｓ以下に制限した開門方法
ケース３－２
本件調整池の水位を標高－１．０ｍないし－１．２ｍの範囲内で管理する，
平成１４年に実施した短期開門調査と同じ開門方法
第３争点
１漁業行使権に基づく物権的請求の可否等


２原告らの漁業行使権の前提となる本件３漁協が有する漁業権が，本件締切り後に免許された権利であることを前提として，本件事業や本件潮受堤防の締切りによる漁業行使権侵害は生じ得るか。
３漁業行使権侵害の有無等及び本件潮受堤防の締切りとの因果関係の有無４本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）の違法性
５湾内漁業補償契約の効力
６原告らの本件請求は憲法２９条等に定められた公共事業と私権との調整における憲法秩序に反するか。
７原告らの本件請求は公法秩序に反するものとして権利の濫用に当たるか。
第４争点に関する当事者の主張
１漁業行使権に基づく物権的請求の可否等
【原告らの主張】
漁業行使権に基づく物権的請求権の可否について
漁業権は，物権とみなされる（漁業法２３条１項参照）から，物権的請求権を行使することができる。そして，前記前提事実３のとおり，漁協等の組合員は，当該漁協等の制定する漁業権行使規則において規定される一定の資格を満たす場合には，当該漁協等の有する漁業権の範囲内において，漁業行使権を有するところ，漁業行使権は漁業権と不可分であり，かつ，これが具体化された形態であるから，漁業権と同様に物権的性格を有しており，漁業行使権を有する者は，これを侵害する者に対し，物権的請求権を行使することができる。
タイラギ潜水器漁業について
タイラギ潜水器漁業は，都道府県知事等の許可を必要とする許可漁業であるものの，本件３漁協は，タイラギ漁業について第１種共同漁業権を有しているから，漁業権を有していない者による許可漁業とは区別され，漁業権に基づく物権的請求権を行使し得る。
すなわち，タイラギ潜水器漁業は，知事による許可を要し，この許可は，漁業権を有していない者をも対象としているものの，潜水器漁業が許可漁業とされているのは，潜水器が人力を超えた長時間かつ深度の深い潜水を可能とすることで制限なく資源を採取できることから，資源保護のため潜水器による採取を制限するためである。その結果，漁業権漁業としてタイラギ漁業を営む場合であっても，潜水器を使用するためには重畳的に知事の許可を要するが，このことは，タイラギ漁業の漁業権漁業としての性格を変じるものではないから，漁業行使権に基づく物権的請求権の有無に影響を及ぼすものではない。
そもそも，タイラギ潜水器漁業は，漁業法上は魚種に着目するタイラギ漁業という漁業権漁業と，漁法に着目する潜水器漁業という許可漁業を包含する概念であるところ，原告らは，「タイラギ」という魚種に対する侵害を訴えているのであって，潜水器漁業という漁法に対する侵害を主張しているのではない。
【被告の主張】
漁業行使権に基づく物権的請求権の可否について
漁業権は漁協等に帰属するものであって（漁業法１４条８項参照），組合員は，漁業権そのものではなく，漁業行使権，すなわち，社員権的権利としての性格を有する漁業行使権を有するにすぎない。
そして，漁業行使権に基づく物権的請求の可否について，これを認めた明文規定や最高裁判例は存在しないが，漁業権は，特定の水面において特定の漁業を独占的排他的に営み，利益を享受する権利であるところ，その利益の享受を第三者に対抗し得る権利である点において，性質において物権と同一の面があることから，物権とみなすこととされてはいる（同法２３条１項参照）。しかし，公益上必要があるときは，変更，取消し，又はその行使が停止されうるような極めて限定された権利であること（同法３９条１項参照），物権的請求権は物権の直接的支配に対する障害を排除する権利であることに照らすと，漁業行使権は組合員に一定の漁獲量のあることを担保する権利とまではいえず，漁業行使権に基づく物権的請求権が認められるのは，漁業権に基づく排他的支配を侵害するような態様での直接的かつ具体的な侵害又は侵害のおそれが認められる場合に限られる。
本件事業における本件締切りによって原告らの漁獲量や漁業高の減少があったとしても，原告らがその漁業行使権を有する特定の漁場において，特定の漁業を独占的排他的に営むことができていることには変わりはないのであるから，漁業権に基づく排他的支配を侵害するような態様での直接的かつ具体的な侵害又は侵害のおそれが認められず，漁業行使権に基づく物権的請求権は認められない。
タイラギ潜水器漁業について
タイラギ潜水器漁業は，漁業法及び水産資源保護法に基づき定められた長崎県漁業調整規則第６条⑵サにおいて，知事の許可を要する漁業（許可漁業）とされている。許可漁業は，水産資源の保護，漁業調整の目的から自由に漁業を営むことを一般的に禁止し，行政庁が出願を審査して特定の者に禁止を解除するものであって，本来の自由の回復であるので，他の漁業を排他して独占的に営む漁業権とはその性格を本質的に異にするものであり，漁業権という法的権利に基づく漁業ではない。したがって，許可漁業であるタイラギ潜水器漁業について，物権的請求権は発生しない。
この点に関し，タイラギ漁業は，共同漁業権の対象の一つとされているものの，漁業権の排他性は，特定の漁法に着目して付与されたものであり，共同漁業権に基づく漁業としてタイラギを採捕することができるのは，潜水器を用いない態様における場合に限られる。したがって，タイラギ潜水器漁業は，漁業行使権に基づく漁業（漁業権漁業）ではないから，タイラギ潜水器漁業について漁業被害が認められたとしても，漁業行使権に基づく物権的請求権は認められない。長崎県漁業調整規則では，タイラギ潜水器漁業につき長崎県知事の「許可」を得られる者の範囲を，共同漁業権を有する漁協等に所属する組合員に限定しておらず，組合員ではない者（したがって，漁業行使権を有しない者）も許可を得さえすればタイラギ潜水器漁業を営むことができるところ，共同漁業権の内容にタイラギ潜水器漁業をも含むとすれば，共同漁業権の排他性と矛盾することになることからも明らかである。２原告らの漁業行使権の前提となる本件３漁協が有する漁業権が，本件締切り後に免許された権利であることを前提として，本件事業や本件潮受堤防の締切りによる漁業行使権侵害は生じ得るか。
【原告らの主張】
原告らが現在有する漁業行使権を基礎づける本件３漁協の漁業権は，いずれも本件締切りよりも後に，当時の漁場環境等を前提に免許されたものである。しかし，漁業権は形式的には一定の期間ごとに新しく免許されるものであるとはいえ，実質的には，同じ漁業権が継続して認められているのであり，このことは，漁業権から派生する権利である漁業行使権についても同様である。したがって，たとえ原告らの漁業行使権を基礎づける漁業権が本件締切りより後に免許されたものであったとしても，本件事業への着工又は本件締切りより前に免許された漁業権を基礎とする漁業行使権と比較して，原告らの漁業行使権が侵害されているのであれば，原告らは，漁業行使権に基づく物権的請求権を行使できる。
【被告の主張】


原告らの漁業行使権を基礎づける本件３漁協の漁業権は，いずれも，本件締切りから１６年余りもの年月が経過した平成２５年９月１日以後に，当時の漁場環境等を前提に，新たに免許された権利であるから，本件事業や，本件各排水門を締め切り，これを開門しないことによる漁業権の侵害を観念することはできない。したがって，漁業権から派生する権利である漁業行使権についても，本件事業や，本件各排水門を締め切り，これを開門しないことによる漁業行使権の侵害なるものを観念することはできない。なお，漁業権は，都道府県知事の免許という一方的な行政行為によって設定される権利であるから，原告らが本件締切りや漁場環境の変化，漁獲量の減少等を認識していたか否かという事情によって，その権利の性質や内容が影響されるものではない。３漁業行使権侵害の有無等及び本件潮受堤防の締切りとの因果関係の有無
【原告らの主張】
漁業行使権侵害の意義について
原告らの漁業行使権に基づく妨害排除請求権が発生する根拠となる漁業行使権の侵害とは，漁業者が占有する漁場において円満な漁業を営むことを侵害されていることであり，具体的には，漁場環境の悪化，すなわち漁業者が各漁場において従来の環境での漁業ができなくなったという事実である。漁獲量の減少は，漁場環境悪化の重要な判断要素の一つであり，各原告らの個別の漁獲量の減少は，漁業行使権侵害の有無において不可欠の要件ではない。また，漁業行使権を有する者は，漁業権が認められた一定の水面であればその全体を利用でき，漁業権の内容となった魚種であればそのすべてを漁の対象とできるのであるから，漁業権の内容となっている魚種について漁場環境の悪化が生じれば，原告らが実際に当該漁場で当該魚種について漁業を営んでいるか否かに関わりなく，漁業被害が認められる。漁業行使権侵害と本件潮受堤防の締切りとの因果関係について
ア総論
被告による本件事業及び本件潮受堤防締切りによって，本件調整池が諫早湾から分断され，有明海の支湾である諫早湾の奥部約３５．４２ｋ㎡の海域（うち干潟１５．５０ｋ㎡）が減少した。本件潮受堤防の締切り，すなわち，本件潮受堤防を設置し，本件各排水門を開門しないことが，被告による現在の侵害行為であり，原告らの現在及び将来の漁業被害（漁場環境の悪化）と因果関係を有する行為である。
本件潮受堤防の締切りは，①本件潮受堤防の締切りによって諫早湾内の潮流速が低下したことにより，成層化（塩分濃度の低い水や水温の高い水が上層を，塩分濃度の高い水や水温の低い水が下層を成し，互いに混合しない状態を指す。）しやすくなったこと（海洋構造の変化），②本件調整池から，水質が悪化した水が排水されることによる影響，③魚類の重要な産卵場所・成育場所であった諫早湾の干潟の喪失という環境の変化をもたらし，このうち，前記①及び②は，諫早湾内において，赤潮（プランクトンの異常増殖）の発生，貧酸素水塊（魚介類が生存できないほどに溶存酸素濃度〈以下「ＤＯ」と表記することがある。〉が低下した水の塊）の発生，底質環境の悪化という漁場環境の悪化（漁業被害）を生じさせており，前記③はそれ自体が漁場環境の悪化に当たる。
イ諫早湾の環境変化について
潮流速の低下及び成層化について
ａ本件潮受堤防の設置によって，諫早湾の約３分の１が締め切られ，湾内に出入りする海水の総量が減少したため，本件潮受堤防近傍では８０％以上，湾央部では４０ないし６０％，湾口部でも２０ないし３０％程度潮流速が低下した。
ｂ潮流速が低下すれば，鉛直混合力（鉛直方向に海水を混合する力）が弱まるため，河川から流入した淡水及び雨水と海水が混ざりにくくなり，海域が成層化しやすくなる。また，本件潮受堤防の存在により干潟の潮汐がなくなったという点でも混合力が低下し，本件調整池から排水された淡水が諫早湾の表層に拡散し，表層と底層の塩分濃度の差が広がることになり，このような成層化の傾向はより一層強められる。
本件調整池からの排水による影響について
本件調整池では，本件締切り後，水中の有機物等の量の指標となる化学的酸素要求量（以下「ＣＯＤ」と表記することがある。）や，植物プランクトンの含有量を示す指標であるクロロフィルa濃度が急激に上昇し，水質が悪化して大量の植物プランクトンが発生している。本件調整池からの排水により諫早湾内に放出されたこれらの植物プランクトンは，淡水性であることから海水の浸透圧に耐えきれず死滅し，沈殿して底層に大量の有機物を供給することになる。
ウ漁場環境の悪化について
赤潮の発生
赤潮が発生すると，水質が悪化するほか，有機物が底層に供給され，貧酸素水塊の発生の原因となる。諫早湾では，平成９年の本件締切りまでは，赤潮の発生件数・日数ともに少なかったが，平成１０年以降，著しく増加しており，シャットネラ属を含むラフィド藻を原因種とする赤潮も増加している。このような赤潮の増加は，次のとおり，本件潮受堤防の締切りによってもたらされたものである。
ａ潮流速の低下
赤潮は植物プランクトンの増殖により生じるところ，潮流による拡散力が植物プランクトンの成長速度よりも小さければ赤潮が発生し，大きければ分散されて赤潮は発生しない。前記ａのとおり，諫早湾内の潮流速が低下したことで，潮流による拡散力が弱まり，植物プランクトンの成長速度に追い付かなくなるため，赤潮が発生しやすくなった。
ｂ本件調整池からの排水による影響
本件調整池内の水では，植物プランクトンが大量発生しており，本件調整池から植物プランクトンを大量に含む水が排水されることによって，諫早湾内の赤潮を増加させている可能性がある。ｃシャットネラ属の赤潮（以下「シャットネラ赤潮」という。）につ
いて


諫早湾では，本件潮受堤防の締切り後，とくに，ラフィド藻の一種であるシャットネラ赤潮が増加しているが，後記のとおり，本件潮受堤防の締切りは貧酸素水塊の発生の原因となっているところ，貧酸素水塊の形成によって海域底層の底泥から鉄や栄養塩類が溶解し，貧酸素水塊の崩壊に際して窒素やリンと共に鉄が供給されることで，シャットネラ赤潮の発生が促進されることが指摘されている。また，本件調整池内では，本件締切り後，植物プランクトンの構成種に影響する無機態窒素と無機態リンの比（以下「ＤＩＮ／ＤＩＰ比」という。）が，植物プランクトンの発生により大きく減少しているところ，このような相対的に無機態窒素（以下「ＤＩＮ」と表記することがあり，無機態リンを「ＤＩＰ」と表記することがある。）が少ない水が本件調整池から排水されることにより，諫早湾内では，珪藻以外の植物プランクトン（シャットネラ属を含む。）が増加しやすい環境が形成されている。
ｄ以上に加えて，諫早湾内における赤潮の増加と本件締切りが時期的に一致していることに照らせば，本件潮受堤防の締切りと赤潮の発生との間には因果関係があるといえる。
貧酸素水塊の発生
貧酸素水塊は，漁業の対象となる生物が酸素を必要とすることから，その生存に大きな打撃となり，また，生物の呼吸毒となる硫化水素を発生させる。諫早湾では，本件締切り後の平成９年６月から貧酸素水塊の発生が確認され，平成１３年以降は毎年のようにその発生が報告されており，有明海の中でもとりわけ多くの貧酸素水塊が発生している海域となっている。このような貧酸素水塊の発生は，次のとおり，本件潮受堤防の締切りによってもたらされたものである。
ａ成層化
海域の成層化は，前記イ潮流速の低下及び本件調整池からの排水による成層化（塩分濃度の差による成層化であり，塩分成層である   。）と並   行して   ，表層の   水温が   上昇する   ことに   よる成   層化（水温成層である。）が発生する夏季に深刻化し，表層の酸素が底層に供給されにくくなる。
ｂ底層への有機物負荷
他方，前記のとおり，本件潮受堤防の締切りにより発生した赤潮（植物プランクトン）は，その終息後，沈殿して底層に大量の有機物を供給することになる。また，前記イのとおり，本件調整池からの排水により諫早湾内に放出されたこれらの植物プランクトンは，沈殿して底層に大量の有機物を供給することになる。赤潮及び本件調整池からの排水によって底層に供給された有機物は，好気性バクテリアによって分解されるが，この際，底層の酸素が消費される（特に夏季にはバクテリアの代謝活性が上がり，酸素消費量が増加する。）。ｃ以上のとおり，諫早湾の底層においては，表層からの酸素の供給が減る一方で好気性バクテリアにより酸素が消費されることになり，溶存酸素濃度が低下して貧酸素水塊が発生する。
底質環境の悪化
ａ底質の泥化
前記のとおり，①本件潮受堤防の締切りにより発生した赤潮の終息及び②本件調整池からの排水に含まれていた淡水性の植物プランクトンの死滅によって，諫早湾の海底に大量の有機物が沈殿する。また，前記イａのとおり，本件潮受堤防の締切りによって諫早湾内の潮流速が低下したところ，潮流速の低下は，底泥の移動量の減少，堆積量の増加を生じさせ，底質の泥化を進行させる。このような有機物（浮泥）の堆積は，底層に生息する生物にとって生存が困難な環境を形成する底質環境の悪化を生ずる。諫早湾の底質環境が悪化していることは，本件締切り以降，諫早湾内の底質が細粒化していることによっても裏付けられている。
ｂ硫化水素の発生
さらに，前記のとおり，本件潮受堤防の締切りによって底層において貧酸素水塊が発生するところ，嫌気性バクテリアである硫酸還元菌は，酸素が欠乏することにより活性化し，有毒な硫化水素を発生させる。硫化水素は生物にとって強烈な呼吸毒であり，底層に生息する生物の生存に深刻な影響を及ぼす。
魚類の産卵場所及び成育場所の喪失
ａ産卵場所の喪失
産卵のために必要な条件は魚種ごとに決まっているから，産卵場所は魚種毎に特定の場所に決まっている。過去に諫早湾内を産卵場所としていた魚種は，本件潮受堤防の締切りによって諫早湾の湾奥部が干陸化されたことから，産卵場所の全部又は一部を喪失した。例えば，諫早湾の湾奥部を産卵場所としていたムツゴロウ，ワラスボ，ハゼクチは全滅し，湾奥部以外を産卵場所としていたコノシロ，コイチについても産卵場所が減少した。産卵が行われない限り，魚類資源の増加はあり得ないから，産卵場所としての諫早湾干潟が消滅したことは，有明海における漁業資源減少の要因である。
ｂ成育場所の喪失
有明海においては，河川感潮域，河口域及び有明海湾奥部の浅海にわたる広い範囲の水深５ｍ以浅が，様々な魚種の稚魚の初期成育場所として重要である。そして，その重要な成育場所の一つであった諫早湾の湾奥部が，本件潮受堤防の締切りによって干陸化されたため，成育場所としての機能を喪失した。稚魚は，成長に伴って沖の深いところに移動するから，このように成育場所の源というべき諫早湾の湾奥部が消滅したことは，諫早湾全体が魚類の成育場所としての機能を喪失し，或いは機能不全に陥ったことを意味する。
他の要因について
被告は，諫早湾における漁獲量の減少は，有明海と同様に漁獲量の長期的な減少傾向がみられる八代海，瀬戸内海等の全国の漁場と，共通の要因により生じていると考えられる旨主張して，様々な他要因を列挙する。
しかし，漁場ごとに魚種や漁場環境は異なる（八代海や瀬戸内海といった閉鎖性海域という点では有明海と共通する海域であっても同様である。）のであるから，仮に他の漁場においても漁獲量の減少傾向がみられるとしても，それが有明海の漁獲量の減少と共通の原因に基づくなどということはできない。
また，被告の挙げる他要因の多くは，平成２９年委員会報告において，漁獲量減少の原因として言及されていないか，漁獲量減少の原因であることを否定する方向で結論づけられており，いずれも諫早湾における漁獲量減少の原因とはなり得ない。
エ本件潮受堤防の締切りによる漁業種ごとの漁場環境の悪化及び漁業被害
について
アサリ養殖業について


アサリは，海底に降り，着底した後ほとんど移動しないことから，その成育は稚貝が放流された場所の環境条件に大きく影響を受ける。アサリの成育に影響を与える要素としては，水温，溶存酸素，潮汐周期，風向風速，シャットネラ赤潮の発生状況等が挙げられるが，アサリの斃死の中心要因は溶存酸素の欠乏である。なお，一般にアサリは，有酸素呼吸ができないときは，グリコーゲン等をエネルギー貯蔵物質として利用し，コハク酸やプロピオン酸などの代謝産物を得る嫌気代謝に切り替え，無酸素でも一定期間生存できるが，その状態が３，４日程度続くと斃死する。また，貧酸素或いは無酸素環境下において，硫化水素や高水温の影響が加わると，アサリは短時間で死亡する。
前記ウ
おいて貧酸素水塊や赤潮が発生している。貧酸素水塊や貧酸素水塊の発生原因となる赤潮（特にシャットネラ赤潮）が発生すると，アサリ養殖場の漁場に酸素が供給されなくなるから，アサリは有酸素呼吸ができなくなって，その状態が継続した場合には死滅する。現に，本件潮受堤防の締切り後，後記ａ及びｂのようなアサリの大量斃死が度々発生している。アサリの養殖業者らは，アサリの斃死を回避するために，種入れの時期を変更したり，底質環境改善のために砂を入れ替えたりするなどの漁業努力を行っているが，このような対策が必要になることや，対策をとったにもかかわらずアサリの大量斃死が発生していることは，アサリ養殖業の漁場環境が悪化したことを裏付けている。
ａ平成１６年のアサリ大量斃死
平成１６年８月１２日，長崎県諫早市小長井町（以下「小長井町」という。）釜地区のアサリが全滅した。この大量斃死は，同月５日のシャットネラ赤潮の発生後，シャットネラ属のプランクトンの呼吸や，プランクトンが死後分解される際の酸素消費により，アサリが貧酸素ないし無酸素状態におかれ，嫌気代謝の最終段階で生成されるプロピオン酸が上昇し，それでも対応しきれなかったために発生したものと考えられる。なお，同地区において同月１３日，底層水の硫化水素濃度を観測した結果，０．９ｍｇ-Ｓ/Ｌであり，無酸素に硫化水素の影響が加わったことで，極めて短時間にプロピオン酸濃度が上昇して死亡したものと考えられる。
ｂ平成１９年のアサリ大量斃死
平成１９年８月中旬から同月下旬にかけて，小長井町地先のアサリが大量に斃死した。この大量斃死は次のような機序によって発生したものと考えられる。すなわち，底層に貧酸素水塊が発生した状況で本件各排水門からの大量排水があると，底層の貧酸素水塊がエスチュアリー循環（一般に河川からの淡水が湾内に流入するときに起きるもので，本件では淡水が諫早湾に放流されると，放流水が海面の表層水を沖方向へ流出させ，それを補う形で底層水が本件潮受堤防へ向かって流れ，堤防にぶつかって表層に上昇し，沖側に流れるという循環を指す。）によって表層に運ばれ（このことは同月２５日の表層の水温が下がり，塩分が上昇したことからも示される。），アサリ漁場に至り，日射による３０ないし３２℃の高水温とこの貧酸素水塊によって，アサリの大量斃死が引き起こされた。
タイラギ漁業について
タイラギは，海中で孵化した浮遊幼生が３０ないし４０日間海中を浮遊し，着底した後は移動することなく砂地の底質に体の大半を潜らせて成長し，その成育には，①底質がタイラギの成育に適した砂地であること，②底層の酸素濃度がタイラギの成育に適したものであることが必要である。ところが，後記ａ及びｂのとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾内において浮泥（海底表面上に堆積した粒径の細かい懸濁物質）の堆積が進行して底質環境が悪化するとともに，底層において貧酸素化が発生し，その結果，タイラギ漁業の漁場環境が悪化した。諫早湾内のタイラギ漁業は，本件締切り前の平成３年から漁獲量が減少し，平成５年度の漁期からは，タイラギ資源の枯渇を理由に現在まで連続で休漁となっているところ，このように，タイラギ漁業資源が激減している事実も，タイラギ漁業の漁場環境が悪化したことを裏付けている。なお，タイラギの休漁は，本件締切りの前である平成５年度の漁期から連続しているが，本件締め切りの前の休漁は，タイラギ漁場における採砂，地盤改良工事におけるサンドコンパクションパイル打ち込み等の本件締切り前に行われた工事によって，ガタ土の堆積や濁りの発生が生じて底質環境が悪化し，また，タイラギの漁場が窪地になったことにより底層の貧酸素化が進行したことが原因である。タイラギは，元々漁獲量が年ごとに大きく増減し，一時期漁獲量が減じたとしても２，３年経てば回復してきた。それにもかかわらず，前記の工事が終了した後も漁獲資源に変化がなく，２５年間にわたり休漁が続いているのは異常な事態であり，これは，本件潮受堤防の締切りにより深刻な漁場環境の悪化が生じたからにほかならず，本件締め切りの前の原因とは異なるものである。本件潮受堤防の締切り以前からタイラギの漁獲がないことは，本件潮受堤防の締切りとタイラギ漁業の漁場環境の悪化との因果関係を否定するものではない。
ａ底質環境の悪化
底質環境の悪化に関しては，単に砂の中央粒径が小さくなる細粒化ではなく，浮泥の堆積による泥化，ヘドロ化が問題となる。前記ウａのとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾の海底に大量の有機物（浮泥）が沈殿するようになるとともに，潮流速が低下したことにより，浮泥の堆積が進行した。タイラギの幼生は，着底基質が浮泥で覆われていると着底を阻害されることから，このような浮泥の堆積は，タイラギの成育を阻害するものといえる。
ｂ底層の貧酸素化
前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾の底層において貧酸素水塊の発生が増加しており，底層の貧酸素化が進行した。タイラギは，貧酸素状態の観測後に生残率が急激に低下する傾向が確認されており，底層の貧酸素化が当該海域の生残率低下の主因であることが確認されていることから，底層の貧酸素化は，タイラギの成育を阻害するものといえる。
カキ養殖業について
諫早湾では，多くの漁業者の生計を支えてきたタイラギがとれなくなり，本件締切りの頃から養殖アサリの水揚げも徐々に落ち込んでいった。そこで，平成１１年頃から，海面に浮かべた鉄製若しくは竹製の筏からロープを海中に吊るし，そこに懸架したカキの稚貝を育成する養殖法であるカキの筏垂下式養殖を始めた。


このように，カキ養殖は，諫早湾において平成１１年頃から徐々に広まっていったが，毎年のように斃死が発生し，とりわけ，平成１９年には８割ないし９割，平成２４年には７割ないし８割が死滅するという壊滅的な被害が発生した。このような被害の原因としては，①溶存酸素の低下（貧酸素化）と②低塩分化があるが，後記ａ及びｂのとおり，これらはいずれも本件潮受堤防の締切りにより生じたものであるから，本件潮受堤防の締切りにより，カキ養殖業の漁場環境が悪化しているといえる。
なお，被告は，カキ養殖業は本件締切り後の状況を前提として漁業が開始されたから，本件潮受堤防の締切りによる悪影響はないと主張する。しかし，原告らは，タイラギ漁業，アサリ養殖業，漁船漁業など他の漁業種を営んでいたが，本件潮受堤防の締切りによって生活が成り立たなくなったため，徐々にカキ養殖業に移行した。しかし，移行したカキ養殖業でさえ，漁場環境悪化の影響による権利侵害を受けているのであり，カキ養殖業についても本件事業の悪影響があるのである。
ａ貧酸素化
成貝期（４月末ないし５月上旬から１１月末ないし翌年４月にかけての育成期間）のカキの成育に適した溶存酸素濃度（ＤＯ）は，６．５ないし８．６ｍｇ/Ｌであるところ，諫早湾の別紙１４（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１]）のＢ３地点では，夏季（７ないし９月）にＤＯが３ｍｇ/Ｌ以下となる貧酸素状態が毎年のように確認されており，平成１９年８月２６日から同年９月１日には，同地点における，カキの垂下式養殖を行っている水深２．５ｍのＤＯが３ｍｇ/Ｌ以下となり，これに伴い，同海域において養殖されていたカキの８ないし９割が斃死した。このように，諫早湾内においては，カキの成育を阻害する貧酸素化が多発しているが，このような貧酸素化は前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りによって生じている。
ｂ低塩分
成貝期のカキの至適塩分は，２５．５ないし３３．７ｐｓｕ（電気伝導度を測定して推定される海水の塩分を表すpractical   salinityunitの略語）であるところ，諫早湾の別紙１４（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１]）のＢ３地点では，平成１９年７月８日から同月１０日にかけて，水深０．５ｍの塩分が８．９ｐｓｕとなるなど，至適塩分を頻繁に下回る状態が生じている。このような低塩分は，本件調整池からの排水と諫早湾内の塩分低下が相関関係にあることに照らすと，本件調整池から大量の淡水が排水されることにより生じている。
漁船漁業について
ａ漁船漁業は，漁船及び刺網，カゴ等一定の漁具を用いて魚類を捕る漁業であるから，魚類の成育を阻害するような漁場環境の悪化があれば，漁業被害が認められる。そして，漁船漁業において必要とされる漁場環境は，①産卵場所の確保，②成育場所の確保，③成育場への仔魚の移送を十全化する生息環境，④成魚の季節回遊を十全化する生息環境が挙げられるが，次のないし⒞のとおり，本件潮受堤防の締切りによって，漁船漁業において必要とされる漁場環境が悪化しており，漁業被害が生じている。
産卵場所及び魚類初期成育場所の一部消滅
前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りによって，諫早湾の湾奥部ないしその付近を産卵場所或いは初期成育場所としていた魚類は，その産卵場所が消滅し，また，諫早湾の湾奥部は，初期成育場所としての機能を喪失した。
⒝成育場への仔魚の移送機構の悪化
魚類の孵化後の大きさは５ｍｍ程度と非常に小さく，遊泳力が非常に弱い（この状態の魚を仔魚という。）ため，仔魚の産卵場所から成育場所への移送には潮流が利用されている。本件潮受堤防の締切り後，諫早湾内において潮流や流向の変化が観測されている。仔魚は，ほんのわずかの流れの違いにより本来の成育場所へ移送されないことがあり，本来の成育場所へ移送されない仔魚は，成育条件が整ったところにたどり着けないことから，結局死んでしまい，魚類資源の減少を来している。
また，前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りによって，シャットネラ赤潮を含む赤潮が増加したところ，仔魚の移送経路に諫早湾がある場合，仔魚は，シャットネラ赤潮によって死んでしまう。
⒞成長後の季節回遊を十全化させる環境の悪化
魚類は，各生活史を送るに適した諸条件を備える場所を求めて，産卵や越冬などをする季節回遊を行うところ，①餌生物の減少，②諫早湾内の水質環境と底質環境の悪化により，成魚の季節回遊を十全化する成育環境が悪化した。
すなわち，①本件潮受堤防の締切りにより，潮流や底質環境が変化し，魚類の季節回遊を支えてきた餌生物が減少した。そのため，魚類が餌を十分に摂取することができないため，越冬できなかったり，十分に成長できなかったりするなど，資源量を決める大本である産卵に悪影響を及ぼす。また，②魚類の回遊経路に諫早湾が含まれるところ，諫早湾においては，前記ないしのとおり，本件潮受堤防の締切りによって赤潮や貧酸素水塊が発生するとともに底質環境の悪化が生じており，諫早湾を回遊する魚類に悪影響を及ぼしている。
ｂ本件潮受堤防の締切りによって，漁船漁業の漁場環境が悪化したことは，次のとおり，魚類の漁獲量が，本件事業への着工以後，有意に減少していることによって裏付けられている。小長井町漁協の漁船漁業の漁獲量は，別紙１５「③小長井町漁協・魚類」（甲Ｅ１０２[４頁]）のとおりであり，本件事業着工後の平成６年には過去最低水準の７６トン（昭和５９年）を下回り，以後，これを上回ることなく漁獲量は低迷し，本件締切り後は，６ないし２７トンと低迷している。また，瑞穂漁協の漁船漁業の漁獲量は，別紙１６「瑞穂漁協」（甲Ｅ１０３）のとおりであり，主力魚種のタイラギが本件事業着手後に採れなくなり，アサリや魚類の漁船漁業に転換せざるを得なくなったにもかかわらず，魚類の漁船漁業の漁獲量は上がっておらず，平成１７年には１９トンとなっている。国見漁協の漁船漁業の漁獲量は，本件事業着手後に徐々に減少し，特に本件締切り後に激減した。
ノリ養殖業について


ノリの生育には，①栄養塩（窒素，リン，カリウム等を含む無機化合物）が供給されること，②ノリが排泄する老廃物質が，海水交換としての流れによって取り除かれること，③淡水の影響を受けないこと，④赤潮の発生によって栄養塩が消費しつくされないことが必要である。ところが，次のａないしｄのとおり，本件潮受堤防の締切りによって，諫早湾内におけるノリ養殖業の漁場環境が悪化した。
ａ栄養塩の減少
本件潮受堤防の締切り以前は，本明川を中心とする河川から栄養塩が供給され，それが潮流によって拡散されていた。しかし，本件潮受堤防の締切りにより，本明川は，直接諫早湾に流れ込むのではなく，一旦本件調整池で滞留してから，排水により諫早湾に流れ込むことになった。そのため，栄養塩は本件調整池内の植物プランクトンに消費されてしまい，諫早湾内のノリ養殖場への供給量が減少して，ノリの生育が阻害されるようになった。また，前記イのとおり，本件潮受堤防の締切りによって諫早湾内の潮流速が低下したことで，栄養塩の拡散がかつてほど進まなくなった。
ｂ潮流速の低下
前記イ
流速が低下したところ，これにより，海水交換の作用が低下し，ノリが排泄する老廃物質の除去が滞って，ノリの生育が阻害されるようになった。
ｃ本件調整池からの排水による影響
本件調整池からの排水は，諫早湾外の近傍場まで到達するため，その途中に位置する諫早湾内のノリ養殖場を通過する。これにより諫早湾内に流入する淡水は，河川から流入する淡水とは異なり，河口付近で徐々に海水と混ざることなく一度に排水されるため，海水で生育するノリの養殖場に淡水が大量に流入することになり，ノリの生育が阻害されるようになった。
ｄ赤潮の発生
前記ウ
いて赤潮が増加したところ，赤潮は植物プランクトンの大量発生であることから，ノリの生育に必要な栄養塩が消費されつくしてしまい，ノリの生育が阻害されるようになった。
オ原告らの個別の漁業被害
前記のとおり，漁業行使権侵害（漁業被害）の立証としては，漁場環境の悪化の事実だけで足りるが，原告らの個別の漁業被害は漁場環境の悪化を推認させる事実であり，この点についての原告らの主張は，別紙１７「個別の漁業被害」の「原告らの主張」欄記載のとおりである。
【被告の主張】
漁業行使権侵害の意義について
漁業権及び漁業行使権の本質は，一定の期間・漁場において漁業を営むことにあり，権利の目的たる利益の性質は，経済的利益（財産権）である。このように漁業権ないし漁業行使権が財産権である以上，原告らが本件事業によって漁業行使権が侵害されているといえるためには，端的に原告らの経済的利益が損なわれていること，すなわち，個々の原告らが現に従事する漁業について漁獲量の減少が生じていることを，原告らそれぞれについて個別に具体的数値をもって証明しなければならず，漁場環境の悪化のみでは足りない。
なお，原告らは，漁業権行使規則に定める資格を満たしさえすれば，現在行っていない種類の漁業についても，漁業被害が認められ得ると主張するが，前記のとおり，漁業被害とは漁獲量の減少をいうのであるから，現在行っていない種類の漁業の漁業被害を観念することはできない。したがって，漁業行使権に基づく物権的請求権が認められ得るのは，原告らが現に行っている漁業に限られる。
また，本件３漁協への加入が本件潮受堤防の締切り後である原告らについては，本件潮受堤防の締切りによる漁獲量の減少を観念することができず，本件潮受堤防の締切りによる漁業行使権の侵害もない。漁業行使権侵害と本件潮受堤防の締切りとの因果関係について
ア総論
諫早湾においては，昭和５０年代からの長期的な漁獲量の減少傾向がみられる。原告らが主張するように，本件潮受堤防の締切りによって原告らに漁業被害（漁獲量の減少）が生じたのであれば，本件３漁協の漁獲量の統計において，平成元年の本件事業の着工や平成９年の本件締切り以降，漁獲量の減少傾向が強まるなどの傾向がみられるはずであるが，本件３漁協の漁獲量（魚類，タイラギ，アサリ，養殖カキ）の推移にはそのような傾向はみられない。環境モニタリング調査等によれば，本件締切りの前後で，諫早湾内の海域環境の変化は認められていないか，或いはほとんど変化がなかったのであり，このような海域環境の変化によって，原告らの主張するような漁場環境の悪化が生じたとは認められない。むしろ，諫早湾における長期的な漁獲量の減少傾向は，本件潮受堤防の締切り以外の複数の要因により引き起こされた可能性が考えられるが，原告らはその可能性を排斥できていない。
イ本件潮受堤防の締切りによる諫早湾の環境変化について
海域環境の変化について
被告が平成元年から行っている環境モニタリング等の実証的な研究によって，本件締切り前後で諫早湾の海域環境に変化がなかったこと，或いは，ほとんど変化しなかったことが明らかにされている。具体的には，環境モニタリングの結果，諫早湾において，水質汚濁の指標となる化学的酸素要求量（ＣＯＤ），富栄養化の指標となる全窒素（以下「Ｔ―Ｎ」と表記することがある。）及び全リン（以下「Ｔ―Ｐ」と表記することがある。），底質の悪化の指標となる硫化物，底質の堆積状況の目安となる中央粒径値（Ｍｄφ），水質や底質の環境変化を示すバロメーターである水生生物や底生生物の種数は，本件締切りの前後で，いずれも変化がないか，或いは，ほとんど変化がなかった。諫早湾における海域環境の変化がなかったか，あったとしても限定的であったことは，被告が平成２０年３月に諫早湾干拓事業環境影響評価のレビューに加え環境モニタリングの結果等を踏まえて本件事業による諫早湾への影響を取りまとめた「諫早湾干拓事業環境影響評価レビューのフォローアップ報告書」（乙Ｅ２６。以下「フォローアップ報告書」という。）や，平成２９年委員会報告の潮汐，潮流及び底質環境の変化に係る報告においても，確認されている。
潮流速の低下及び成層化について
本件潮受堤防の締切りにより諫早湾内の潮流速が低下し，成層化しやすくなったということはない。
ａ潮流速に関し，これに影響を及ぼす潮汐の潮位差の減少傾向は，月の引力による潮位変動の振幅の減少が有明海においても諫早湾においても主な原因であり，本件締切りが潮流に与えた影響は，諫早湾内から島原半島沿いの限定された海域に限られ，その程度も極めて小さいものである。
ｂ成層化は，海水の入れ替わりが緩慢な閉鎖性海域においては，夏季を中心に大雨による河川流入量の増大及び晴天が続くことによる水温の上昇等の気象条件が重なることにより頻繁に発生するものであり，諫早湾に限って発生する現象ではない。仮に本件潮受堤防の締切りによって成層化が引き起こされているとすれば，本件締切りの前後において，諫早湾の各層の海水密度に顕著な差がみられるはずであるが，このような変化は認められなかった。


本件調整池から諫早湾の表層に淡水が排水され，表層と底層の塩分濃度の差が広がることにより，成層化が促進されたということもない。すなわち，本件各排水門からの排水拡散状況についての調査結果によれば，排水の影響による塩分濃度の低下は諫早湾湾奥部から湾央部までの限られた範囲においてしか生じず，それも排水終了後には解消するのであるから，本件調整池からの排水によって成層化が促進されることはない。
本件調整池からの排水による影響について
前記のとおり，諫早湾においては，本件締切りの前後で，ＣＯＤ，Ｔ―Ｎ及びＴ―Ｐ等の海域における水質汚濁の評価に利用される指標の測定値に特段の変化はみられなかった。また，本件調整池について同様の指標をみても，有明海に流入する河川等と比較して特段悪い状況にはないし，本件調整池におけるアオコの発生日数が他の大規模な淡水性湖沼と比較して多いともいえない。したがって，本件調整池からの排水ないし本件潮受堤防の締切りによって，諫早湾内の水質が悪化しているとはいえない。
ウ本件潮受堤防の締切りによる漁場環境の悪化についてか，あったとしてもほとんどなかったから，原告らの主張するような漁場環境の悪化を引き起こすほどのものではなかった。
次のとおり，赤潮の発生，貧酸素水塊の発生，底質環境の悪化という現象は，いずれもその存在が認められないか，仮に認められたとしても本件潮受堤防の締切りによって発生したものではなく，他の原因によるものである。
赤潮の発生について
ａ本件潮受堤防の締切りにより赤潮が発生しやすくなったということはない。
まず，赤潮の発生件数の増加は，平成１０年頃に，着色の認められない程度のものであっても赤潮として報告するよう検知方法の運用が変更されたことに伴い，発見機会が増大したことによる可能性があることが指摘されている。
ｂ本件調整池内でＤＩＮ／ＤＩＰ比やＤＩＮ濃度が減少したことにより，諫早湾内でシャットネラ赤潮が増加したともいえない。すなわち，ＤＩＮ／ＤＩＰ比やＤＩＮ濃度の減少が植物プランクトンの種類を変化させると認めるべき科学的根拠は存在しないこと，本件締切り後に本件調整池内のＤＩＮ／ＤＩＰ比やＤＩＮ濃度が減少傾向にあるとは認められないこと，本件調整池と諫早湾内のＤＩＮ／ＤＩＰ比やＤＩＮ濃度は連動しておらず，諫早湾内に流入する栄養塩のほとんどは諫早湾外の有明海から流入したものであり，その起源は筑後川等の河川水であること，シャットネラ赤潮の発生件数や時期とＤＩＮ／ＤＩＰ比の推移に関連性は認められないことなどからすると，本件調整池からの排水によってシャットネラ赤潮が増加したとはいえない。ｃ近年の人口及び産業の集中等に伴い，窒素，リン等の栄養塩類が海域へ流入し，富栄養化が進むことによって植物プランクトンが大量発生し，赤潮の発生が増加している。
諫早湾や有明海では，赤潮の増加傾向がみられるものの，本件事業への着手や本件締切りのあった年にも諫早湾の赤潮発生件数の著しい増加はみられず，本件締切りの後の平成１５年以降に減少傾向に転じたこともある。また，八代海においても，同様に赤潮の増加傾向がみられる。そうすると，諫早湾や有明海における赤潮の発生の要因は八代海と共通の要因であると考えられ，赤潮の増加が本件潮受堤防の締切りの影響であるとはいえない。
以上によれば，諫早湾における赤潮の増加は，有明海全体や八代海と共通する要因によって招来されたと考えるべきである。以上に加えて，赤潮の増加傾向の原因はいまだ解明されておらず，降雨，日射量等の自然現象や諫早湾外からの栄養塩の流入という複数の他要因が指摘されていることを考慮すると，諫早湾における赤潮の増加が本件潮受堤防の締切りによって引き起こされたとはいえない。
貧酸素水塊の発生について
本件潮受堤防の締切りにより貧酸素水塊が発生しているとはいえない。すなわち，一般に，河川から流入するＣＯＤ（化学的酸素要求量）負荷の増大や赤潮の発生により異常に増殖したプランクトンが死滅して海底に沈降し，底質中のＣＯＤ，窒素，リン等の有機物が増加し，これらの有機物がバクテリアによって分解され，溶存酸素濃度が急激に低下することにより発生するとされている。
しかしながら，貧酸素水塊の発生については，前記の点だけでは説明することができず，その発生機序や原因がいまだ解明されておらず，日射量，降雨，風向及び風量等の自然現象が重要な要因であることが指摘されていることや，有明海湾奥部において本件潮受堤防の締切りとは無関係に発生した貧酸素水塊が諫早湾に移流し，諫早湾内で貧酸素水塊を形成することが確認されていることからすれば，諫早湾における貧酸素水塊の発生が本件潮受堤防の締切りによって促進されているとはいえない。
また，一般に，海水の入れ替わりが緩慢な閉鎖性海域では，河川からの流入や降雨などによる淡水が表層に停滞しやすく，表層水の水温が上昇しやすいため，上層の海水密度が小さくなる傾向にあるところ，洪水時に大量の淡水が海域に流入したときや夏季の高温時に，広い範囲で表層とその下層の密度に差が生じる成層化が発生する。成層化が起こると，風波や潮汐による鉛直方向の海水の動きが底層まで伝わりにくくなるため，底層における海水流動が低下し，有機物が底質に堆積しやすくなり，低層における貧酸素水塊の発生の原因となり得る。成層化は，一度起こると台風などによる強い鉛直方向の攪拌が起こらない限り，長期にわたって継続することから，貧酸素水塊が継続する要因として指摘されている。このような現象は，他の閉鎖性海域においても気象条件が重なることにより頻繁に発生しており，諫早湾を含む有明海に限って生じうる現象ではない。
底質環境の悪化について
環境に変化はなく，本件潮受堤防の締切りによって底質環境が悪化したということもない。


底質が細粒化すると，砂質を好む魚介類がその生息場所を移したり，底生生物の種が入れ替わったりするという変化が起こると考えられているが，底質の細粒化は，河川からの土砂供給が河川工作物の設置等により減少するとともに，海域からの河川感潮域へのシルト粘土の堆積が相対的に増加することなどを要因として生じていると考えられている。また，内陸部の都市化，農薬使用等に伴う河川流入負荷の増大，赤潮により増殖した植物プランクトンが海底に沈降，堆積することにより底質中のＣＯＤ（化学的酸素要求量），窒素，リン等の有機物が増加すること，貧酸素水塊が発生し，底質が嫌気的環境になり硫化物が増加することが底質環境の悪化の一因であると考えられているが，これは，諫早湾を含む有明海特有の要因ないし傾向ではない。
他の要因の存在
特定の結果発生につき，複数の要因が合理的に考えられる場合には，加害行為として主張されている要因以外の他要因の不存在もまた，因果関係の存在について立証責任を負っている原告らにおいて，高度の蓋然性をもって立証しなければならない。漁獲量の長期的な減少傾向は，本件事業の着工以前から，有明海のみならず，八代海及び瀬戸内海等の全国の漁場において一様にみられる現象である。その要因としては，次のとおり，全国的に共通する要因や有明海に特有の要因が指摘されている。また，原告らが本件潮受堤防の締切りにより生じた漁場環境の悪化として主張する赤潮，貧酸素水塊及び底質環境の悪化等については，他の閉鎖性海域においても確認されている現象であり，本件潮受堤防の締切り以外の閉鎖性海域に共通する原因によって生じたと考えられる。
ａ過剰な漁獲圧（乱獲）
全国的に過剰な漁獲圧（乱獲）が指摘されており，諫早湾を含む有明海においても，漁獲圧の問題が危惧されている。
ｂ温暖化による海水温の上昇
海水温は，０．１℃変化しただけで海洋生態系に大きな影響を与えるとされており，アサリは水温が上がると繁殖力が落ちるとの指摘がされている。そして，全国的にみても温暖化による海水温の上昇傾向がみられるところ，有明海においても年平均水温は長期的に高くなる傾向を示している。
ｃ貝類特有の減少要因（ナルトビエイ，ウイルス，寄生虫，漁獲圧等）貝類特有の減少要因としては，海水温の上昇に伴って生息域を拡大させたナルトビエイによる食害や，ウイルス及び寄生虫の影響が指摘されており，とくにナルトビエイによる食害は，アサリやタイラギ資源の減少の大きな要因の一つであるとされている。また，タイラギについては，過剰な漁獲圧が主因であるとされている。
ｄ有明海特有の減少要因（ノリの酸処理剤，河口堰，熊本港の新設，廃坑の陥没，漁業者数の減少等）
有明海特有の要因としては，ノリの酸処理剤（ノリの葉体や網に付着する珪藻類や細菌類などの雑物を除去するため，有機酸が主成分の酸処理剤を，ｐＨ２．０ないし２．５になる程度に海水で薄め，これにノリ網を５ないし１０分間漬け込むことで，ノリの健全度や品質の向上を図っているが，過剰な使用がされた場合，底質の富栄養化の原因となる可能性がある。）のほか，河口堰による河川感潮域の環境変化，新設の熊本港による潮流の遮断，廃坑となった炭坑の落盤による有明海湾奥部の浅海底の陥没が指摘されている。
また，本件３漁協の正組合員数は，平成９年度末から平成３０年度末までの間に，２３１名から１５１名まで減少しており，このような漁業者数の減少も漁獲量の減少に影響していると考えられる。エ本件潮受堤防の締切りによる漁業種ごとの漁場環境の悪化及び漁業被害
について
アサリ養殖業について
本件潮受堤防の締切りにより諫早湾内で貧酸素水塊や赤潮が発生した結果，アサリの斃死が発生したということはなく，本件潮受堤防の締切りによってアサリ養殖業の漁場環境が悪化したこともない。すなわち，前記のとおり，本件潮受堤防の締切りによって赤潮が増加したとは認められない。この点を措いても，仮に赤潮がアサリの斃死を生じさせているのであれば，赤潮の発生日数が増えればアサリの漁獲量は減少するはずであるところ，赤潮（シャットネラ赤潮を含む。）の発生日数とアサリの漁獲量及び被害額との間には相関関係がない。また，原告らが本件潮受堤防の締切り後に発生したアサリ大量斃死の事例として挙げる平成１６年及び平成１９年のアサリの斃死については，後記ａ及びｂのとおり，これらはいずれも本件潮受堤防の締切りによって生じたものではない。そもそも，アサリは貧酸素耐性を有しており，アサリの斃死原因としては貧酸素化以外にも様々なものがあると指摘されているところであって，アサリ斃死の原因は科学的データ及び知見の得られる一部の事例を除きいまだ解明されていないことに照らせば，本件潮受堤防の締切りによってアサリ養殖業の漁場環境が悪化したとはいえない。
ａ平成１６年のアサリ斃死事例について
平成１６年のアサリ斃死事例においてアサリが斃死した場所は，小長井町漁協のアサリ漁場の中でも，本件潮受堤防からもっとも遠い釜地区であり，風，潮汐，赤潮，塩分濃度差による密度流等の自然条件が影響し合って斃死が発生したものである。本件潮受堤防の締切りがこのような自然条件に影響を与えたということはできないから，本件潮受堤防の締切りによって平成１６年のアサリ斃死が生じたものとはいえない。
シャットネラ赤潮が貧酸素化を引き起こしたことがアサリ斃死の原因であるということもない。なぜなら，シャットネラ赤潮は単独でアサリ斃死をもたらすものとはされておらず，自然条件による影響が伴ってはじめてアサリの成育に影響を及ぼすものであるからである。
ｂ平成１９年のアサリ斃死事例について
エスチュアリー循環は，常時相当量の河川水が海域に流れ込む河口域で生じ得る現象とされている。本件潮受堤防のように，適時に一定量だけを排出する場所においてエスチュアリー循環という現象が生じるのか，仮に生じるとしても，底層の水塊が表層まで上昇した後に湾口部に向かって移流することがあるかは全く不明であるが，約３５０万トンの排水がされた際にもエスチュアリー循環がみられなかったことに照らせば，平成１９年８月２５日昼頃に約４６０万トンの排水がされた際にもエスチュアリー循環が生じたとは考え難い。むしろ，平成１６年のアサリ斃死事例と同じく，自然条件が影響し合って斃死が発生した可能性が高く，本件潮受堤防の締切りによって平成１９年のアサリ斃死が生じたものとはいえない。
タイラギ漁業について


本件潮受堤防の締切りによって，底質環境の悪化，すなわち浮泥の堆積が進行したことや，底層の貧酸素化が進行したことにより，タイラギの成育が阻害され，タイラギ漁業の漁場環境が悪化したということはない。すなわち，後記ａ及びｂのとおり，本件潮受堤防の締切りによって底質環境の悪化や底層の貧酸素化が進行したとは認められない上，タイラギ漁獲量減少の原因となり得る要因としては，底質環境の悪化や貧酸素化以外にも様々なものがあると指摘されているところであって，漁獲量減少の原因はいまだ解明されていないことに照らせば，本件潮受堤防の締切りによってタイラギ漁業の漁場環境が悪化したとはいえない。また，本件３漁協におけるタイラギの漁獲量の推移は，本件事業着工後の平成２年にそのピークを迎えていること，タイラギの漁獲量がピークを迎えた後にほとんど漁獲がなくなるという現象は，有明海全体に共通するものであること，増減を繰り返しつつ長期的に減少していくという漁獲量の傾向は八代海においてもみられることに照らすと，諫早湾におけるタイラギ漁獲量の減少は，本件潮受堤防の締切り以外の，有明海全体や八代海と共通する要因によって引き起こされたものと考えるのが自然である。
なお，本件締切りの前である平成５年度の漁期からタイラギ漁が休漁となっていることの原因が，採砂，サンドコンパクションパイル打ち込み等の本件締切り前に行われた工事によるガタ土の堆積や濁りの発生という底質環境の悪化及び底層の貧酸素化である旨の原告らの主張について，サンドコンパクションパイルの打ち込みによってガタ土が堆積したことを示す客観的根拠はない上，打ち込み工事のあった平成元年の翌年の平成２年には小長井漁業地域で過去最高の豊漁を記録していることに照らせば，同工事によって底質環境が悪化したとは認められない。また，タイラギは，濁りへの耐性が強く，そもそも諫早湾では自然現象により日常的に水中の濁度が上昇していることに加え，被告は，採砂工事に当たり，できる限り濁りが出ないような工法をとり，濁りの拡散防止を実施した。さらに，採砂地で窪地ができ，貧酸素水塊が発生したという点については，科学的データないし知見に基づくものではないし，環境モニタリングの結果等によれば，採砂地が特段貧酸素化しやすいとか，貧酸素水塊の主要な発生場所になっているとはいえない。
ａ底質環境の悪化について
本件潮受堤防の締切りにより底質の泥化が進行したことによって，タイラギの成育が阻害され，漁場環境が悪化したとはいえない。すなわち，環境モニタリング調査の結果によれば，本件締切りの前後で諫早湾の底質の中央粒径値（Ｍｄφ）に変化はみられないから，諫早湾の底質が泥化したとはいえないし，仮に泥化が進行していたとしても，それは数十年以上前から有明海全体にみられる傾向であり，しかも，その原因は筑後川からの流入物質の変化にあると考えられているのであるから，本件潮受堤防の締切りによって生じたとはいえない。さらに，泥分率が極めて高い海域でタイラギの豊漁が確認されていることや，わずかでも底質に砂粒等が残っていればタイラギの生存は可能であるとされていることに照らせば，中央粒径値や含泥率によって評価される泥化が直ちにタイラギの斃死を生じさせるとはいえない。原告らは，底質環境の悪化に関しては，単に砂の中央粒径が小さくなる細粒化ではなく，浮泥の堆積が問題となると主張するが，浮泥厚，すなわち，海底表層部分にある極めて密度が細かく流動性の高い海底に沈降するが圧密していない状態のものの厚さは，６ｍｍを超えるとタイラギの成育に影響すると指摘されているところ，浮泥厚の分布状況は調査の時期によって全く異なること，浮泥厚は筑後川から流入する懸濁物質の量に影響を受けているとの調査結果が出されていることに照らすと，本件潮受堤防の締切りと浮泥の堆積とは何ら関連性がない。
ｂ底層の貧酸素化について
本件潮受堤防の締切りにより底層の貧酸素化が進行したことによって，タイラギの成育が阻害され，漁場環境が悪化したということもない。前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りによって貧酸素化が生じたとはいえないからである。
カキ養殖業について
小長井町漁協では平成１１年度から，瑞穂漁協では平成１４年度から，カキ養殖業に取り組み始めたものであり，これらのカキ養殖業が本件締切り後に，その状況を前提として開始されたことからすれば，本件潮受堤防の締切りが原因となって，小長井町漁協及び瑞穂漁協のカキ養殖業における漁獲量の減少が生じたという関係にはない。
この点を措いても，長崎県有明海区のカキ収穫量は，平成１１年から平成１８年までほぼ右肩上がりに増大しているのであり，原告らが主張するように毎年のように斃死が発生しているとはいえない。また，二枚貝の養殖においては，貧酸素或いは低塩分の状況にない場合であっても，成長に伴う減耗を原因とする斃死が一定の割合で不可避的に生じるものである上，平成１９年に減少したカキの漁獲量はその後回復しており，本件潮受堤防の締切りとは全く無関係に増減していること，平成２４年の斃死の原因は不明というほかないことに照らせば，本件潮受堤防の締切りによってカキの大量斃死が生じているなどとはいえず，貧酸素化或いは低塩分によってカキの漁場環境が悪化しているとの原告らの主張も，後記ａ及びｂのとおり理由がない。長崎県有明海区におけるカキの漁獲量が長崎県全体の漁獲量と極めて似通った推移で増減していることを考慮すると，諫早湾におけるカキの漁獲量の増減は，長崎県全体に共通する要因によって生じていると考えるのが自然である。
ａ貧酸素化について
前記ウのとおり，本件潮受堤防の締切りによって諫早湾内において貧酸素化が進行したとはいえないから，本件潮受堤防の締切りによって，諫早湾内において貧酸素化が進行し，カキの大量斃死の原因となっているということはない。
ｂ低塩分について
本件調整池からの排水によって，諫早湾においてカキの至適塩分を下回る低塩分が発生している旨の原告らの主張について，原告らが主張する２５．３ないし３３．７ｐｓｕという数値がカキの適塩分域ないし至適塩分域として定説となっているものではない。また，仮に原告らの主張する至適塩分を前提としても，排水終了直後にはカキの至適塩分に回復していることが認められる上，湾内の塩分の低下の原因としては，降雨やそれに伴う有明海湾奥部からの低塩分水の流入が挙げられるから，原告らの主張は当たらない。なお，カキの斃死については，高水温の影響も指摘されているが，原告らの主張は，これらを一切論じておらず，恣意的である。
漁船漁業について


本件３漁協の漁獲量は昭和５０年以降長期的な減少傾向にあり，増減を繰り返しつつ緩やかに減少していたところ，本件締切りのあった平成９年から平成１１年までは増加傾向を示していたこと，各漁協の個別の漁獲量の推移を見ても，漁獲量の減少は本件事業の着工以前から生じているか，本件締切り後にも本件締切り前と同程度かそれ以上で推移していることからすれば，本件締切りによって，漁船漁業の対象となる魚類に被害をもたらしたとはいえない。
本件潮受堤防の締切りによって，産卵場所及び魚類初期成育場所の一部消滅，成育場への仔魚の移送機構悪化，成長後の季節回遊を十全化させる環境の悪化という漁船漁業の漁場環境の悪化が生じた旨の原告らの主張について，その根拠とするＦの供述は，調査や分析が不十分であったり，漁獲量統計の見方が偏っているなど，科学的知見としての信用性を欠いている。また，原告らが，魚類の成長後の季節回遊を十全化させる環境が悪化したと主張するに当たり前提とする，赤潮の増加，貧酸素水塊の発生，諫早湾の底質環境の悪化という漁場環境の悪化が本件潮受堤防の締切りに起因するものではないことは，前記ウのとおりである。
ノリ養殖業について
ノリの生育に影響を与える要素は気象条件，海象条件等の多岐にわたり，特に気象条件による影響が大きい。栄養塩の供給等の海象条件は気象条件の微妙な違いによって大きく変化することからも，気象条件に関する精緻な検討を経ることなく，ノリ養殖業の収穫量の減少を本件潮受堤防の締切りに起因するものと結論付けることはできない。原告らは，本件潮受堤防の締切りによってノリ養殖業の漁場環境が悪化したと主張するが，次のとおり理由がない。
ａ栄養塩の減少について
本明川から供給される栄養塩が本件調整池内で消費されることで，諫早湾の栄養塩が減少した旨の原告らの主張について，諫早湾に流入する淡水ないし栄養塩の大半は，本件調整池からの排水ではなく，有明海から流入するものであり，その供給源は筑後川等の河川水にあるから，前提とする事実が誤っている。また，ノリ養殖が行われる１０月頃から３月頃までは，有明海湾奥部の水が有明海湾央部を介して諫早湾に流入するところ，有明海湾奥部の栄養塩濃度は，筑後川等の河川からの流入負荷量の増減のほか，珪藻類による赤潮や佐賀県及び福岡県におけるノリ養殖によっても増減するものであるから，これらの点について精緻な検討を経ることなく，栄養塩の減少を本件潮受堤防の締切りに起因するものと結論付けることはできない。さらに，本件調整池内の栄養塩が経年的に減少しているとの傾向は認められず，本件調整池と諫早湾の栄養塩濃度の変動に関連性も認められないから，本件調整池内の栄養塩が減少したことにより諫早湾内の栄養塩が減少したなどとはいえない。
ｂ潮流速の低下について
本件潮受堤防の締切りによって諫早湾の潮流速が低下したことで，海水交換の作用が低下し，ノリの生育が阻害される旨の原告らの主張について，本件潮受堤防の締切りによる潮流速への影響は同一の海域内でも一律ではなく，ノリ養殖場の立地，地形条件，出水の有無，潮汐等によって異なってくるものであるところ，原告らのノリ養殖場の立地も明らかではなく，当該養殖場における潮流速の具体的な変化やそれがノリの生育にいかなる影響を及ぼすものであったかも明らかではないから，潮流速の低下によってノリの生育が阻害されたとはいえない。
ｃ本件調整池からの排水による影響について
本件調整池から排水される淡水がノリの養殖場に流入することでノリの生育が阻害される旨の原告らの主張について，ノリ養殖には通常の外海の塩分濃度よりもやや低い塩分濃度が適しており，本件調整池からの排水による淡水の流入は，河川水に含まれる栄養塩が供給されることも相まって，むしろノリ養殖にとって良い影響を与えるものである。この点を措いても，原告らのうち，現にノリ養殖業を営む者の漁場は諫早湾湾央部に位置するところ，本件調整池からの排水は湾央部に到達するまでに下げ潮と上げ潮によって海水と混合されることから，湾央部で営まれるノリ養殖業に影響を与えることはない。
ｄ赤潮の発生について
本件潮受堤防の締切りによって増加した赤潮により，ノリの生育に必要な栄養塩が消費しつくされてしまう旨の原告らの主張について，前記のとおり，本件潮受堤防の締切りによって諫早湾における赤潮が増加したとはいえないから，前提を欠く。
オ原告らの個別の漁業被害について
原告らは，個別の漁業被害の発生を具体的に立証できていない。この点に関する原告らの各陳述録取書は，客観的裏付けを欠いている上，本件３漁協からの調査嘱託回答書に記載された原告らの個別の漁獲量の記録や本件３漁協の漁獲量の推移（平成元年の本件事業の着工や平成９年の本件締切り以降に漁獲量の減少傾向が強まるなどの傾向はみられない。）とも矛盾しているため，信用性の低いものである。
４本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）の違法性
【原告らの主張】
違法性の考慮要素及び判断枠組みについて
ア違法性及び公共性の位置付け並びに主張立証責任について人の生命，身体及び健康等の身体的人格権の侵害の場合には，被害の程度や侵害行為の態様の如何を問わず差止請求が可能とされているところ，漁業行使権は，漁業を営む権利である以上，漁業に基づいて生きていくことまでその内容としており，身体的人格権の側面ないし生活の基盤を維持する権利としての平穏生活権の側面も含まれている。そして，本件潮受堤防の締切りによる漁業行使権の侵害は，前記のとおり漁業行使権の内容であるところの原告らの身体的人格権ないしは平穏生活権にまで及んでいるのであるから，本件においては公共性を違法性判断の要素として考慮すべきではない。
仮に，公共性が違法性判断の要素となるとしても，物権的請求権は権利の円滑な実現が妨げられただけで当然に発生するものであるから，違法性要件は，物権的請求権の成否の問題ではなく行使要件（違法性阻却事由）の問題となるのであり，その主張立証責任は被告が負う。
イ違法性の判断枠組みについて
本件において，物権的請求権の行使要件として公共性を含めた利益衡量を行う場合，その判断は，①本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）が地域住民の日常生活の維持存続に必要か，②一部周辺住民が本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）によって利益を受けているとしても，その利益とこれによる被害との間に，後者の増大に必然的に前者の増大が伴うというような彼此相補の関係があるか，③被告において，本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）が周辺住民（漁業者）に及ぼす影響を考慮し，当初から対策を講じた場合，当該対策がいかなる効果を上げているかという要素について，被告が主張立証責任を尽くしているかという観点から慎重に検討し，尽くされていない場合には違法であると判断すべきである。
違法性について


ア被侵害利益の性質及びその内容について
前記⑴アのとおり，漁業行使権は，漁業を営む権利として，生命，身体及び健康等の身体的人格権の側面ないし生活の基盤を維持する権利としての平穏生活権の側面も含まれている。また，漁業行使権は，歴史的にみて，漁民自らが獲得してきた固有性，不可侵性を有しており，単なる財産権や経済的利益として評価できるものではない重要な権利である。原告らは，平成９年に行われた本件締切り以降，日々このような重要な権利を侵害されており，原告ら以外にも漁業を廃業した者もいるが，新干拓地における営農者は漁業者に比して従事者数も従事期間も少ない。また，原告らの損害と本件事業及び本件潮受堤防の締切りによって得られる利益との間に，そもそも前者の増大に必然的に後者の増大が伴うというような彼此相補の関係もない。
イ本件事業，とくに本件潮受堤防の締切りに公共性ないし公益上の必要性
がないことについて
ケース１の場合であっても，本件開門操作を実施しないことに公共性はなく，ケース３－２の場合は，防災機能にも何らの影響もない上，営農とも両立するものであるから，本件潮受堤防の締切りの公共性ないし公益上の必要性は皆無である。
本件潮受堤防の果たす防災機能及び本件事業の営農効果について本件事業，とくに本件潮受堤防の果たす防災機能及び本件事業の営農効果は，限定されたものであり，本件潮受堤防の締切りには高度の公共性ないし公益上の必要性はない。
ａ本件潮受堤防の果たす防災機能について
高潮時の防災機能及び洪水時の湛水被害軽減機能について本件潮受堤防が高潮時の防災機能を有するとしても，高潮の襲来は事前に予測できるから，高潮の襲来が予測される場合に本件各排水門を閉門すれば足り，本件各排水門を常時閉鎖しておく必要はない。
また，諫早水害誌は，諫早市街地等における過去の降水記録等から本明川計画高水流量を求め，河口において１４５０㎥／ｓの流量と算出した上で，同流量では，本明川河口から２ｋｍ遡った地点の水位は，河口の潮位にかかわらず一定としている。したがって，本明川河口から３．５ｋｍ以上離れている諫早市街地の本明川水位は，洪水時にも河口（諫早湾）の潮位の影響を受けないため，本件潮受堤防は，諫早大水害で多くの死者が出た諫早市街地における洪水被害防止とは関係がない。諫早市街地における洪水被害の防止は河川の治水対策（河川の氾濫防止）によるほかなく，本明川河口から２ｋｍ上流までの地域の洪水被害防止も，基本的には治水対策によって行われるべきものである。
⒝常時排水効果及び排水施設の管理作業軽減機能について背後低平地においては，本件潮受堤防の締切り以前も，平常時（晴天時ないし災害には至らない降雨時）には湛水被害は生じていなかったのであるから，本件開門操作を実施しても平常時の排水に支障を来すことはない。そして，非常時（洪水時）において，本件調整池の水位管理は，大雨の初期にこそ旧干拓地の排水を容易にする効果が認められるものの，大雨が続くとむしろ湛水被害を増加させる可能性がある。すなわち，本件調整池の水位よりも本件潮受堤防外側の潮位が高い場合には本件調整池の水を外海へ排水することができないから，大雨が続くと本件調整池の水位が高くなり，旧干拓地は雨水を本件調整池に排水することができないどころか，逆に本件調整池の水が旧干拓地に逆流することになる。加えて，本件各排水門の延長が２５０ｍしかなく，本件調整池から外海への排水に時間がかかるため，潮位が下がって排水が可能となってもなかなか本件調整池の水位が下がらず，湛水被害が長引く要因となり，実際に，本件潮受堤防の締切り前の１５年間では湛水被害が７回しか発生しなかったのに，本件潮受堤防の締切り後の１１年間で１７回も発生している。背後低平地における洪水時の湛水防止は，本件開門操作を実施するか否かに関わらず，排水機場を設置して排水を行うほかない。
また，被告は，本件潮受堤防により，排水施設の管理作業（水みちの確保）が大幅に軽減されたと主張するが，仮に本件開門操作を実施することにより排水樋門の前面にガタ土が堆積することがあるとしても，定期的に重機で取り除けば背後低平地の常時排水に何ら支障はない。
ｂ営農に与える効果について
次のとおり，新干拓地は優良農地ではなく，本件事業に高い営農効果はない。
農業用水に使用する本件調整池の水質が劣悪である上，自由な使
用を制限されていること
本件調整池の水質は，水質汚濁の指標となる化学的酸素要求量（ＣＯＤ），浮遊物質量（ＳＳ），全窒素（Ｔ―Ｎ）及び全リン（Ｔ―Ｐ）の数値について，基準を下回っており劣悪であり，水域の富栄養化の指標生物であるユスリカやホテイアオイが異常発生して繁殖し，有毒なミクロシスチン等を含むアオコが毎年発生していることからも明らかである。アオコが発生した水をレタスやキャベツなどの農作物の栽培に使用すると，農作物に有毒物質が吸収され，残留するところ，水質の劣悪な本件調整池の水を農業用水として用いるには，個々の営農者において水のろ過，希釈等を行うなど水質浄化の負担が発生する。さらに，かんがい用水の利用については，圃場内で散水順を決めるローテーション方式が採用されていることから，営農者らは本件調整池の水を自由にかんがい用水に使用することすらできない状況にある。
⒝排水不良が生じていること
新干拓地では，その土壌が細粒灰色低地土壌であることから，暗渠排水が必要であるが，当初設置された暗渠排水管の管径が小さく，補助暗渠も設置されていなかったことなどにより，平成２０年の営農開始以降，圃場の排水不良が生じ，これまでに暗渠排水管の補完整備や排水路の拡張工事，暗渠排水管の逆流防止弁設置等の実施を余儀なくされ，その間，地盤沈下によるさらなる工事も必要となった。新干拓地は，畑作地であるが，排水性の悪い土地は畑作には適さない。
⒞カモ食害
新干拓地の営農者らは，平成２０年以降，本件調整池に集まるカモにより，新干拓地の農作物について大規模な食害を被っている。カモ食害は，本件調整池がカモの生息場になっているものの，本件調整池自体にはカモ類の餌がないことにより，カモが隣接する新干拓地の作物を餌とすることにより発生しているものである。
⒟冷害及び熱害について


干拓地が属する諫早湾の沿岸地域は，本来は，夏に涼しく，冬に暖かい気候であったのに，本件調整池により農地が海から隔てられたため，海による気候の緩和作用が遮断された上，本件調整池が，夏には熱を，冬には冷気をため込むことによって，寒暖差を増強させたことにより，ダイコン，レタス及びブロッコリー等に冷害が生じ，白ネギに熱害が生じている。
リース方式や多額の補助金によって成り立ち，計画通りに進行し
ていないこと
新干拓地は，大量の税金を投入してリース方式を採用し，入植する営農者の負担を軽くすることによって入植者を集めることができたのであり，そのほかにも複数の経営体に多額の補助金が交付されていることに照らすと，リース方式や補助金なしには成り立たない程度のものである。
とから，代表的な作物の収量や生産額が営農計画で試算された収量や農業粗生産額を達成できていない。複数の経営体でリース料の滞納が発生していることや，多くの経営体が撤退していることも，新干拓地営農の収量や生産額が低調であることを裏付けている。本件開門操作の実施による防災機能及び営農効果に対する影響について本件開門操作を実施した場合，次のとおり，防災機能に問題が生ずることはなく，営農と両立する。
ａ防災機能に対する影響について
原告が本件訴訟で求めている本件開門操作は，段階的開門，すなわち，第１段階はケース３－２に準拠し，第２段階では徐々に海水導入量を増加させ，様々な条件下でテストを行いながら本件調整池の水位を標高－１ｍから徐々にあげていき，第３段階で常時開門（常時全開門又は制限的開門と全開門を組み合わせる方法）を実現するというものであるところ，第１段階であるケース３－２では本件調整池の管理水位は現状と変わらないから，防災機能に何ら影響はない。また，ケース１の場合であっても，次のとおり，本件開門操作を実施したところで現在の防災機能は失われず，被告の主張するような防災上の支障が生じることもない。
高潮及び洪水に対する防災機能や常時排水効果への影響本件各排水門を閉門すれば足りること，本件潮受堤防は洪水時の諫早市街地における湛水被害防止とは無関係であること，背後低平地における洪水時の湛水被害対策には本件開門操作を実施するか否かに関わらず排水機場を設置するほかないことに照らせば，本件開門操作を実施することによって，現在の防災機能が失われることはない。
切り以前も，平常時には湛水被害は生じていなかったのであるから，背後低平地の排水悪化防止のための常時排水ポンプは不要である。また，洪水時排水ポンプは，本件開門操作を実施するか否かに関わらず必要なものである。被告が必要であると主張する事前対策には，本件潮受堤防の締切りによる防災機能に対する評価が過大であるために，本来不要なものや，本件開門操作の実施とは無関係に必要になるものが含まれている上，工事費用が過大に見積もられている。
⒝堤防の安定性への影響
ⅰ本件潮受堤防
本件開門操作を実施した場合の本件各排水門の基礎部における洗掘及び本件調整池への海水導入時に本件各排水門で強制振動による本件各排水門の安全性に対する影響について，短期開門調査時には，毎秒５．２ｍもの潮流が生じていたにもかかわらず洗掘が生じず，本件各排水門の安全性に影響を生じるような振動は生じなかったのであるから，本件各排水門の開度を拡大して本件開門操作を実施しても，洗掘や本件各排水門の安全性に影響を生じるような振動が生じるとは考えられない。
ⅱ既設堤防
本件開門操作を実施した場合の既設堤防（旧干拓地ないし背後低平地に設置されている堤防）の損壊部分や止水が不可能な樋門・樋管からの海水の浸入による浸水のおそれについて，既設堤防のクラックの補修，老朽化した樋門及び樋管の補修の事前対策より，防止することが十分可能である。
ⅲ新干拓地の内部堤防
新干拓地の内部堤防の法面の浸食について，降雨によっても浸食は発生していないのであるから，本件開門操作を実施したとしても，本件調整池の水位変動により浸食が発生するとは考えられない。仮に浸食が発生した場合には，堤防が損壊する前に補強工事を行えば足り，法面の浸食によって損害し，新干拓地等の湛水被害は生じるということはない。
⒞その他の防災上の支障
本明川系の河川整備計画及び防災対策の立て直しについて，これらは，本件開門操作を実施するか否かに関わらず定期的にその再策定が予定されているものであるから，本件開門操作の実施による防災上の支障として考慮することは相当でない。また，本件開門操作を実施した場合の橋梁等に塩害が発生するおそれについて，塩害が発生すると考えるべき根拠は存在しないし，飛来塩分による塩害の発生は本件開門操作の実施とかかわりなく全国の沿岸で生じている問題であり，本件開門操作の実施による防災上の支障として考慮することは相当でない。
ｂ営農効果に対する影響について
干拓地における水源の確保
国営諫早湾土地改良事業変更計画書（干拓）における用水計画では，新干拓地の消費水量として年間４９２万㎥を予定し，そのうち３３０万㎥を本件調整池から確保するとされているが，過大な見積りであり，実際の取水実績は計画用水量を大きく下回っている。そして，実際の取水実績を前提とすれば，被告が本件調整池に代わる代替水源として採用していた海水淡水化施設の造設のほか，①ため池を設置する方法，②下水処理施設の処理水を利用する方法，③本明川の河口付近に堰を設置する方法，④仁反田川や小江川等の河川の余剰水を利用する方法及びこれらを組み合わせる方法により十分対応が可能である。具体的に，即時の本件開門操作の実施のた費用は約１３億円である。
なお，被告は，旧干拓地で使用する農業用水の喪失も本件開門操作による弊害であると主張する。しかし，本件潮受堤防の締切りによる本件調整池の淡水化は，旧干拓地への農業用水の供給を事業の目的としたものではないから，旧干拓地の農業用水喪失を開門による影響として考慮することは相当でなく，この点を措いても，前記代替水源案①ないし④を講じれば，新干拓地同様，十分に対応可能である。
⒝塩害について


短期開門調査の際の塩害対策として被告が講じた対策は，排水樋門に土のうや簡易木製ゲートを設置するといった簡単なもののみであった。それにもかかわらず，ほとんどの潮遊池では塩化物イオン濃度の上昇は回避できており，塩化物イオン濃度が上昇した一部の潮遊池についても，塩害は一切生じていないのであるから，本件各排水門の開度を拡大して本件開門操作を実施しても塩害は生じない。また，干拓地の標高が朔望平均満潮位より低いとしても，同様の条件の農地の広がる佐賀平野において，海岸保全事業の一環としての堤防の補強によって海水浸透はほぼ防ぐことができているのであるから，干拓地においても，通常の技術による工事によって海水浸透を防ぐことが可能である。
⒞潮風害について
短期開門調査期間中の飛来塩分量は，おおむね１ないし１０ｍｇ／㎡程度にとどまっており，本件調整池の塩化物イオン濃度の上昇に伴い飛来塩分量が増加するという相関は示されていないし，被告は，短期開門調査期間中に何ら潮風害対策を講じていないが，潮風害は一切報告されていないのであるから，本件各排水門の開度を拡大して本件開門操作を実施しても潮風害は生じない。なお，台風の場合は，海水の飛散域は広くなるから，本件調整池が淡水であるかどうかは潮風害の発生とは関係がなく，干拓地において受忍すべきものである。
ｃ漁業への影響について
被告は，事前対策を施さずに本件開門操作を行えば，本件各排水門の近傍で生じた速い流れや，それに起因して洗掘が生じ，底質が巻き上げられることによって，漁業被害が生じると主張する。しかし，本件各排水門から大量の排水がされている現状においても，被告の主張するような速い流れ，洗掘及び底質の巻き上げは発生していないのであるから，本件開門操作を実施してもこのような現象が発生するとは考えられない。
仮に，底質の巻き上げが発生するとしても，短期開門調査でされたのと同様に，本件各排水門からの導排水量を徐々に増やしていく方式を採用すれば，本件調整池内で巻き上げられた濁りは海水の凝集効果によって沈降するため最小限度に抑制され，開門初期の濁りの拡散による周辺海域への悪影響も抑えられる。
ｄ生態系等への影響について
被告は，本件開門操作を実施すれば，本件潮受堤防の締切りにより形成された生態系が失われるなどと主張する。しかし，本件潮受堤防の締切りにより，干潟を消滅させ豊かな生態系を破壊しておきながら，その後に形成された生態系や地域住民の憩いの場としての価値を主張することなど到底認められない。
被告の主張に対する反論
被告は，関係自治体及び地元関係者の強硬な反対や事前対策費用が過大であることにより，必要な事前対策を行うことができないため，本件開門操作を実施すれば防災機能や営農効果の喪失，漁業被害の発生等の被害が避けられず，公共性ないし公益上の利益が著しく損なわれると主張する。
しかし，事前対策が必要なことは前訴判決の時点で明らかであって，被告は，これを行おうと思えば直ちに実施できたにもかかわらず，意義に乏しい環境アセスの実施に固執し，関連自治体等の反対や別件仮処分決定によって開門の禁止が命じられたことを口実として自ら事前対策を怠ったといえる。また，別件仮処分決定等及び別件保全異議決定は事前対策を実施することを禁止するものではない。
また，事前対策のための費用は，被告が不要な事前対策や本件開門操作の実施とは無関係に行われるべき事前対策に要する費用を計上したことにより，過大なものとなっている。すなわち，被告は，佐賀訴訟の控訴事件の審理中には，常時開門の対策工事費用として６３１億円程度と主張していたことからすれば，本件においてケース１の場合について，被告が主張する費用は，そもそもその算定根拠は客観的な根拠を欠く恣意的なものである。また，ケース３－２の場合についても，開門アセスの段階では８２億円であったのに，その後，被告が本件開門操作の実施に伴う被害を誇大に見積もったために，２００億円以上の金額となっているが，不要な費用が含まれている。
以上の事情からすれば，事前対策やその費用を，違法性を否定する事情として考慮すべきではない。
小括
以上のとおり，本件潮受堤防の締切りに公共性ないし公益上の必要性はない。
ウ本件開門操作の効果について
総論
原告らは，本件潮受堤防の締切りにより，前記アのとおり，漁業行使権という重要な権利を侵害されているところ，本件開門操作を実施した場合，次のとおり原告らに対するもののみにとどまらない大きな効果が得られる。
漁場環境に対する効果
諫早湾内の漁場環境の悪化（赤潮，貧酸素水塊の発生，底質環境の悪締切りによって諫早湾内の潮流速が低下し海域の成層度が強化されたこと，本件調整池から水質の悪い水が排水されること，魚類の産卵場所，成育場所が失われたことにあるところ，本件開門操作の実施はこれらの原因を除去ないし緩和するものである。本件開門操作の実施により，諫早湾内の潮流速が回復して海域の成層化が弱まり，赤潮や貧酸素水塊の発生が抑制され，本件調整池内に二枚貝が回復し，底質環境が改善し，ひいては漁業資源の回復につながることは複数の研究者によって指摘され，科学的根拠によって裏付けられており，開門の効果について被告の主張の根拠となる開門アセスにおいてさえ，ケース３－２の開門がされれば漁業資源が回復すること（本件調整池が特定魚種の生育場所になること）が予測されている。
現に，短期開門調査の結果，本件調整池の水質改善，諫早湾内の潮流速の回復，干潟の生態系回復が確認され，翌年度のアサリやタイラギの漁獲量が増加するなど漁業資源も回復しているのであり，わずか１か月足らずの開門であっても，漁場環境改善効果を有することが実証されているといえる。
また，本件開門操作を実施することにより，有明海奥部海域の潮流速の分布が変化して，同海域における赤潮や貧酸素水塊の発生が抑制されることが明らかになっており，漁場環境に対する効果は諫早湾内及びその近傍場にとどまらない。
営農に対する効果
本件開門操作の実施は，営農と両立するばかりか，むしろ営農に利するものである。
ａ干拓地における水源の確保
式により制限されているところ，本件開門操作を実施したうえで，前方が，甚大な漁業被害に比べわずかな費用で対策を取ることが可能であり，本件調整池の劣悪な水質の水を使用しないでよいことになり，営農に利する。
ｂカモ食害に対する効果
カモは，広大で静穏な水域である本件調整池に集まるのであるから，本件各排水門を開放して潮流を本件調整池内に導入することにより，カモが集まりにくくすることができ，また，本件調整池の干満差を復元し，干潟を復活させることにより，カモの餌を新干拓地外に確保することができることになり，新干拓地の農作物に対するカモ食害を防止することができる。
ｃ冷害及び熱害に対する効果


本件各排水門を開放し，本件調整池に海水を入れることにより，海による気候の緩和作用を取り入れることになり，農作物への冷害及び熱害は解消することができる。
ｄ排水不良対策
干拓地における排水不良についても，被告が提案する漁業振興基金案の財源を利用して，排水路の拡張工事，地盤沈下の原因究明及び暗渠排水設備の改善などの排水不良対策を行う方が営農に利するものである。
小括
以上のとおり，本件開門操作の実施について，漁場環境に対しても営農に対しても効果が高いことからすれば，ケース３－２については，これを実施することこそが本件事業の違法性を阻却するものである。
エ被害防止措置の有無，内容及び効果について
被告が，これまで有明海全体の漁場資源回復のために取り組んできたと主張する①開門総合調査や，②特別措置法に基づく取組ないし中・長期開門調査に代わる再生事業について，①は，単なる侵害行為の原因ないし結果の調査と調査結果の考察にすぎず，被害の防止又は軽減を目的とした措置ではない。また，②についても，１２年間にわたり，１０００億円近い国費が投じられ，貧酸素水塊及び赤潮の発生の抑制，本件調整池の水質改善及び種苗放流の拡大等様々な取組が実施されてきたにもかかわらず，現に発生している漁場環境の悪化を抑制ないし除去し，改善するような成果は上げることができていない。したがって，これらの取組は被害防止に関する措置には当たらず，違法性の判断に当たり考慮することはできない。そして，多額の費用をかけた被告の取組によっても漁業被害を防止し得ないことが明らかになった以上，被害の根本原因を取り除くことが不可欠であり，その唯一の方法が本件開門操作の実施である。
オ漁業補償について
原告らは，漁業権等の一部放棄及び制限に対して漁業補償を受けたものの，本件潮受堤防の締切りにより，漁業補償に際して予測されていた漁業被害を大幅に超える被害をこれまで受け，現在も受け続けているから，湾内漁業補償契約の締結と漁業補償金の支払は，原告らの開門請求権を否定するものではない。したがって，違法性を判断する上でこれらの事実を考慮すべきではない。
【被告の主張】
違法性の考慮要素及び判断枠組みについて
ア違法性及び公共性の位置付け並びに主張立証責任について漁業行使権に基づく物権的請求である本件請求が認容されるためには，要件として違法性（一要素として公共性を含む。）が認められることを要し，その主張立証責任は原告らが負う。そして，本件請求のような妨害排除請求等を認容すべき違法性があるかを判断するに当たっては，公共性の要素は，損害賠償請求における違法性の判断における場合とは異なり，種々の事実によってその評価が減殺されることのない，より大きな位置付けを与えられるべきである。
イ違法性の判断枠組みについて
本件事業のような国の行う公共事業が第三者に対する関係において違法な権利侵害ないし法益侵害となるかどうかを判断するに当たっては，侵害行為の態様と侵害の程度，被侵害利益の性質と内容，侵害行為の持つ公共性ないしは公益上の必要性の内容と程度等を比較検討するほか，被害の防止に関してとりうる措置の有無及びその内容，効果等の事情をも考慮し，これらを総合的に考察して決すべきである。そして，本件のような開門という作為請求については，現状の固定にとどまる不作為を求める差止請求と異なり，相応の費用負担や労力を伴うことは避けられない上，施設の供用方法及び海域環境の現状を変更させることを当然に含むなど，強力すぎる効果を持つものといえるから，違法性判断における利益衡量は，差止請求における場合と比べても，より一層慎重に行われる必要がある。
違法性の有無について
ア被侵害利益の性質及びその内容について
前記２【被告の主張】のとおり，そもそも本件潮受堤防の締切りによる原告らの漁業行使権侵害は観念できないこと，②被告は，本件３漁協に対して適切に補償を行っていること，③本件請求は，限られた地域の少数の漁業者に帰属する経済的利益に対する侵害を訴えるにすぎないものであることを考慮すれば，原告らが被侵害利益として主張する原告らの漁業行使権は，本件潮受堤防の締切りの違法性を根拠付ける事情とはならない。
イ侵害行為の態様と程度について
原告らの請求が本件各排水門の本件開門操作であることからすれば，侵害行為は，本件各排水門を締め切り，本件開門操作をしないことと解されるが，開門アセスによっても開門した場合の漁獲量を増加させる効果があるかどうか不明であるとされており，仮に何らかの漁場環境の改善がみられるとしても，海域環境の変化の程度及びその海域の範囲が限定的であることに照らすと，その改善効果も極めて小さなものであると考えられる。そうすると，上記の侵害行為による侵害の程度は大きいとはいえず，かえってごく小さいものであるといえる。
本件３漁協に属する漁業者の中には，本件締切り後の漁場環境を前提として新たにカキ養殖業を開始し，これによって生計を立てている者がいることからすれば，侵害があるとしてもその程度も大きいものではない。
以上によれば，開門しないことによる侵害もあるかどうか不明であり，あったとしても限定的なものである。
ウ本件潮受堤防の締切りの公共性ないし公益上の必要性について本件潮受堤防の果たす防災機能及び本件事業の営農効果について本件事業は，本件潮受堤防の締切りにより高潮や洪水の被害から諫早市民等の生命や身体，財産を保護する防災機能を有するとともに，本件調整池の貯留水を農業用水に利用することによって，先進的で生産性の高い大規模環境保全型農業を実現する営農効果があり，高度の公共性ないし公益性の必要性がある。
ａ防災機能について
高潮時の防災機能及び洪水時の湛水被害軽減機能
本件潮受堤防は，背後低平地等から本件調整池への流入量を考慮しつつ，海域水位が本件調整池の水位を下回る範囲で本件各排水門を開け，背後低平地等からの流入水を安全に海側に排水するとき以外は閉じておくことによって，高潮被害を防止する機能を果たしているところ，近時の海面水位の上昇傾向により，このような高潮時の防災機能の重要性はより一層高まっている。
また，本件潮受堤防は，本件各排水門の開閉操作によって本件調整池の水位を標高－１．０ｍないし－１．２ｍに維持し，洪水時においても潮の干満に影響されることなく流域からの流入水を一旦本件調整池に貯留することで，洪水時に流入水を安全に処理し，湛水被害を軽減する機能を果たしているところ，近時の予測困難な短時間強雨の増加傾向や，本明川の河川整備が進展した結果，降雨時に河川水が堤防を越えて河川の周囲に溢水する可能性が低下した一方，河川水が従前よりも直接的に本件調整池に流入するようになったことにより，標高が低い位置に存在する旧干拓地や背後地の湛水被害を防止するために，本件調整池の水位を低く保つことが必要であり，本件潮受堤防の締切りによるこのような洪水時の防災機能（湛水被害の軽減機能）の重要性はより一層高まっている。


⒝背後地の常時排水効果及び排水施設の管理作業軽減機能本件潮受堤防の締切り以前は，低平地である本件調整池の周辺では，潮汐の干満に合わせて通常時において１日２回の排水が行われていたが，小潮時の潮位によっては，干潮時であっても排水を行うことができないことがあった。ところが，本件潮受堤防の締切り後は，本件調整池の水位が標高－１．０ｍないし－１．２ｍに維持されるようになったことにより，潮汐の干満に影響されることなく，常時排水が可能となった。
また，本件潮受堤防の締切り以前は，排水施設の管理作業として，排水樋門前面に堆積したガタ土を除去して水みちを確保することや，潮の干満に応じて１日４回，人力で排水樋門の開閉操作を行うことが必要であったが，本件潮受堤防の締切り後は，ガタ土の堆積が解消され，排水樋門の開閉操作も降雨の状況に応じて行えば足りるようになった結果，排水施設の管理作業が大幅に軽減された。
ｂ営農効果について
本件事業によって造成された大規模で平坦な農地である新干拓地では，平成２８年３月時点で３９の経営体が農業を営んでおり，大規模経営（平均経営規模が全国の都府県平均の約８．６倍）という特徴を生かし，大型農業機械等への設備投資が盛んにおこなわれた結果，農業生産額が営農開始後間もない平成２１年度から平成２７年度までの６年間で約１５０％近く増加しており，高い耕地利用率（平成２８年度は長崎県全体の田畑の平均の約１．７５倍）を維持している。また，新干拓地の農業者は，全員が，持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律４条に基づく認定農業者（エコファーマー）であり，長崎県知事が定めた適正農業規範（GoodAgriculturalPractice）に取り組むとともに，営農開始後５年以内に長崎県特別栽培農産物又は有機栽培農産物の認証取得を目指し，環境と調和した先進的な農業を推進することとされている。このように，新干拓地においては先進的で生産性の高い大規模環境保全型農業が実現されているところ，同所における農業用水は，淡水化した本件調整池からの取水によって確保されている。
また，旧干拓地の一部の背後低平地（湯田川地区，釜ノ鼻地区，白浜地区，湯江・宇良地区）においても，本件調整池の推移が標高－１．０ｍ以下で管理されることで常時排水が改善されるとともに，潮風害のおそれもなくなったことにより，湿害や塩害・潮風害に弱いものの収益性の高い農作物の栽培が可能となり，新たに収益性の高い農業が進展しているほか，本件調整池の淡水化に伴い淡水化した潮遊地（排水路）の水を農業用水として循環利用することが可能になった。本件開門操作の実施による防災機能及び営農効果に対する影響について仮に，事前対策を実施せずに本件開門操作を行った場合，甚大な被害が生じることとなり，本件事業の公共性ないし公益上の必要性が著しく害される。
ａ防災機能への影響について
必要な事前対策を行わずに本件開門操作を実施した場合，防災機能への影響が生じ，本件潮受堤防の締切りの有する公共性ないし公益上の利益が著しく損なわれる。なお，原告らは，原告らが本件で求めているのはケース３－２から開始して徐々に開門の幅を広げていく段階的開門であるところ，ケース３－２では本件調整池の水位が現状と変わらないから防災機能に影響が生じるはずはないと主張するが，被告としては，原告らが請求において限定をしていない以上，全開門を前提とした主張をするものである。
高潮及び洪水に対する防災機能や常時排水効果への影響本件開門操作を実施すれば，本件各排水門を開閉することで本件調整池の水位を調整することができなくなる（ただし，本件調整池の管理水位が現状よりも高くなるケース１又はケース３－１を前提ａ⒜のとおりの高潮，洪水及び湛水防
止機能や常時排水効果が失われる。また，諫早湾の潮位に連動して本件調整池の水位が排水樋門等の敷高を上回っている場合には，本件調整池からの水の流入を防ぐために排水樋門等を閉じざるを得なくなり，その結果，旧干拓地にたまった雨水や河川水を本件調整池に自然排水することができず，湛水被害が生じるおそれがある。
⒝堤防等の安定性への影響
ⅰ本件潮受堤防及び本件各排水門
本件各排水門が解放されると，その近傍で最大毎秒４ないし５ｍの速い潮流が生じるところ，底泥の洗掘に対する許容速度を超えるため，本件各排水門近傍で洗掘が発生する可能性がある。このような洗掘は既設の護床工周辺部で生じるため，仮に事前対策を施さずに本件開門操作を実施した場合，護床工の構造が維持できず，本件各排水門の安定性に影響を生じて本件潮受堤防の高潮時及び洪水時の防災機能が維持されなくなるおそれがある。また，本件各排水門のゲートの本件調整池側に設けられた電気防食棒が本件調整池の塩水化により早期に溶出したり，本件各排水門の開度によっては，本件調整池への海水導入時に強制振動が発生するなどして，本件各排水門の安全性に影響が生じるおそれがある。
ⅱ既設堤防
既設堤防の法面には多数のクラックが認められており，本件開門操作の実施に伴い本件調整池が塩水化されれば，このクラックから既設堤防内部の土質材料が外部に流出するなどして，同堤防の安全性に影響が生じる可能性がある。また，既設堤防に設けられた樋門・樋管の一部は，老朽化等のため，事前対策を施さなければ止水が不可能な状態にある。仮に事前対策を施さずに本件開門操作を実施した場合，既設堤防の損壊部分や止水が不可能な樋門・樋管から旧干拓地及び背後低平地に浸水が生じることとなり，大潮の満潮時に，旧干拓地及び背後低平地の広い範囲で湛水が生じるおそれがある。
ⅲ新干拓地の内部堤防
新干拓地の内部堤防の法面は，通常時に水と接することを想定しておらず，植生による保護措置が講じられているにすぎない。そのため，仮に事前対策を施さずに本件開門操作を実施した場合，本件調整池の水位の連日の変動により浸食等を受ける可能性が高く，仮に法面の浸食が促進され内部堤防が損壊した場合には，新干拓地等に湛水被害が生じるおそれがある。
⒞その他の防災上の支障
そのほか，本件開門操作を実施した場合，本件潮受堤防の締切りを前提に策定された本明川水系の河川整備計画及び防災対策の立て直しが必要になる，本件調整池を含む河川に塩水が遡上したり，塩水化した本件調整池から塩分が飛来するなどして，本明川の塩水遡上区間にある橋梁等に塩害が生じるなどの防災上の支障が生じるおそれがある。
⒟必要な事前対策


防止するためには，背後低平地の排水悪化防止のための常時排水ポンプの設置，湛水被害の拡大を防止するための洪水時排水ポンプの設置，本件調整池の水位管理を前提として河川整備が実施された二反田川における常時排水ポンプの設置，堤防補修，ゲート補修，空洞部充填及びフラップゲートの設置，水位変動による堤防の浸食防止のための内部堤防の法面保護及び堤防天端の越波防止のための波返の設置等の事前対策を講じる必要があり，これらの対策には，合計約５８８億円の費用を要する（なお，以上はケース１の場合であるが，ケース３－２の場合であっても，背後地排水悪化防止のための常時排水ポンプの設置費用約１６億円，既設堤防及び樋門の補修費用約３億円の合計約１９億円の費用を要する。）。
ｂ営農効果への影響について
必要な事前対策を施さずに本件開門操作を実施した場合，干拓地で営まれている農業経営の実施が事実上不可能となって，営農効果が失われ，本件潮受堤防の締切りの有する公共性ないし公益上の利益が著しく損なわれる。
農業用水の喪失
前記のとおり，新干拓地及び旧干拓地・背後低平地の一部地区においては，淡水化された本件調整池又は潮遊池から農業用水を確保しているところ，本件開門操作を実施すれば，本件調整池及び潮遊池に海水が混入して塩水化し，農業用水に用いることができなくなる。したがって，本件調整池及び潮遊池に代わる代替水源を確保するための事前対策を施さずに本件開門操作を実施すれば，新干拓地及び旧干拓地・背後低平地において農業用水が確保できず，営農に著しい支障を生じる。
⒝塩害
事前対策を施さずに本件開門操作を実施すれば，前記ａ⒝のとおり，既設堤防の法面に生じたクラックや排水樋門・樋管から塩水が浸入したり，内部堤防や既設堤防の安定性に影響が生じて損壊し，塩水による湛水被害が生じることにより，干拓地において農作物に塩害による被害が発生するおそれがある。仮にこのような事態に至らないとしても，本件調整池及び潮遊池（ないし排水路）を介して土壌に塩水が浸入し，農作物に塩害による被害が発生するおそれがある。
干拓地等に塩害が生じた場合，再びこれを農地として使用するためには，農地に十分な量の真水を湛水させ，その浸透水により土壌中の塩分を排除することを繰り返すという復旧作業が必要となり，相当の月日と費用を要することになる。
⒞潮風害
仮に事前対策を施さずに本件開門操作を実施した場合，本件調整池及び潮遊池が塩水化するため，干拓地において，農作物に潮風害による被害が発生するおそれがある。
⒟新干拓地における農業生産に対する信頼性の失墜における農業生産の安定性が損なわれるおそれがあるところ，このことが世間に知れ渡れば，取引先からの信用が低下して契約栽培の契約更新や新規契約締結等が困難になったり，実際に被害が生じた場合に契約不履行に陥って取引先からの信用を失うなどして，農業者の経営に甚大な被害を生じさせるおそれがある。
必要な事前対策
に防止するためには，海水淡水化施設の設置，堤防から潮遊池への塩水浸入を防止する鋼矢板の打設，潮風により飛来塩分が農作物に蓄積するおそれがある中央干拓地における多孔ホース等の設置等の事前対策を講じる必要があり，これらの対策には，合計約２００億円の費用を要する（なお，ケース３－２の場合であっても，同様の事前対策が必要であり，同額の費用を要する。）。
ｃ漁業への影響について
開門による影響
仮に事前対策を施さずに本件開門操作を実施すれば，諫早湾内の漁場環境について，次のような変化が生じることが予測されている。ⅰ本件潮受堤防設置前は，諫早湾湾奥部においては約７０００ｍの開口部をゆっくりと潮が満ち引きしていたのに対し，本件潮受堤防設置後に本件各排水門を常時開門した場合，わずか２５０ｍの本件各排水門の幅から潮を出し入れすることになることから，
非常に速い流れが生じる
ⅱⅰにより，本件各排水門近傍における潮流速が顕著に増加するため，底質の巻き上げが発生して，諫早湾全域で濁り（ＳＳ濃度）が上昇する。
ⅲ本件各排水門前面ではⅰの早い潮流により洗掘が生じ，北部沿岸，本件潮受堤防中央前面付近及び湾央部から湾口部ではⅱの巻き上げられた底質が流入して堆積が生じるなど，地形の変化が生じる。
⒝開門による漁場環境の変化がカキ養殖業等に与える影響諫早湾内の漁業者は，本件潮受堤防の締切り後，その漁場環境に応じた漁業を実施するため，カキの垂下式養殖を開始し，生産実績を増加させ，全体的に増加傾向を示しており，また，品質についてもブランドカキとして取引されるなどし，生産額が増加している。また，諫早湾の漁業者は，本件潮受堤防の締切り後，アサリ養殖のための養殖場の整備を行ってきたほか，収益性の高い垂下式養殖によるアサリ養殖の取り組みが行われている。
しかし，本件各排水門が開門された場合に生じると考えられる前
境に応
じて新たに発展し，軌道に乗っているカキ養殖業や他の漁業に影響を及ぼすおそれがある。具体的には，濁りの上昇によりカキの摂取餌活動が低下して成長に悪影響を与えること，カキ養殖用のロープが早い潮流に流されてカキの稚貝が脱落すること，巻き上げられた底質の堆積や濁りの上昇によりアサリの生息環境が悪化することなどが予測され，諫早湾内の漁業に多大な被害を与えるおそれがある。
⒞必要な事前対策
るためには，底泥の巻き上げや洗掘を防止するために，洗掘が発生するおそれがあると予測され，既設の護床工がなく，かつ限界流速約１．６ｍを超える約１４７ｈａの範囲で，新たに護床工を設置し，濁りの拡散防止のための汚濁防止膜を設置する必要があり，これらの対策には，合計約４０１億円の費用を要する（なお，以上は，ケース１の場合であるが，ケース３－２の場合であっても，護床工の実施は不要であるものの，汚濁防止膜の設置費用約６億円及び本件各排水門の電食対策費用約２億円の合計約８億円の費用が必要である。）。
ｄ生態系等への影響について
本件開門操作を実施すれば，本件潮受堤防の締切りにより形成された生態系等にも重大な影響を及ぼすことになる。すなわち，開門アセスにより，本件開門操作を行った場合，諫早湾内の濁りの上昇や，本件調整池の水位の上昇，塩分の増加等により，湾内の水生生物や本件調整池及びその周辺に生息する水生生物・陸生生物の生息状況が影響を受けることが明らかになっている（なお，本件調整池及びその周辺では，開門アセス後に，より多様で多量の生態系が形成されている。）また，本件調整池及びその周辺は，市民の憩いの場として活用されているところ，本件開門操作が実施されれば，これらが失われることになる。


事前対策の実施が不可能であること
⒞の各事前対策が必要であるが，これらの対策は現時点において不可能である。
被告は，前訴判決の確定後，事前対策の準備等を進めるために関係自治体及び地元関係者の理解を得るべく，開門アセスの手続において，また，その後も，意見聴取を実施し，丁寧な回答を行い，関係自治体の長ほか関係者らと面会し，地元住民に対する説明会や戸別訪問を実施し，関係者の理解を得るための真摯な努力を続けてきたが，関係自治体及び地元関係者は一貫して強硬な反対の姿勢を崩さず，協力や協議を一切拒絶した。
被告は，事前対策の実施に必要な予算を確保した上で（ケース３－２の場合を前提として，平成２４年度ないし平成２６年度について，事前対策工事，調査費用及び海水淡水化施設に関する費用として合計３６２億円余りの予算を計上した。），工事請負業者を選定し，契約締結まで至っていたにもかかわらず，関係者の阻止行動により，工事の実施はおろかその準備としての調査にすら着手することができず，長崎県は関係する河川法上の協議にも応じなかった。
被告が，平成２５年１１月１２日の別件仮処分決定により本件各排水門の開放禁止義務を負うことになった後，関係自治体及び地元関係者の反対姿勢はより一層強固なものとなった。くわえて，開門アセス手続の過程において，関係自治体や地元関係者の懸念等が反映され，事前対策の実施に要する費用が過大なものになった（合計約１１８９億円。但しケース１の場合である。）という事情も相まって，事前対策の実施はおよそ不可能となっており，本件開門操作を行った場合，前記の被害が発生して公共性ないし公益上の利益が著しく損なわれることは避けられない。
小括
以上によれば，本件事業ないし本件潮受堤防の締切りは，高度の公共性ないし公益上の必要性を有するといえる。
エ本件開門操作の効果
本件開門操作を実施したとしても漁場環境が改善するか否かは不明であり，仮にあるとしてもその効果は極めて小さなものである。すなわち，開門アセスの結果，本件各排水門が開門された場合，本件各排水門近傍では潮流速の顕著な増加がみられ，諫早湾内及び島原沖でも潮流速がわずかに増加する（ケース１の場合。ケース３－１ないしケース３－２の場合には，潮流速の増加はより狭い範囲に限られ，その程度も小さい。）ものの，その他の海域においては潮流速に変化は生じない上，潮流速の増加に伴い諫早湾内で濁りが増加するほかは，海域環境について大きな変化はないものと予測されている。そして，そのような限定的な海域環境の変化による漁業資源の回復については，その有無や程度も含めて可能性が指摘されているにとどまり，具体的な改善の程度については不明であるといわざるを得ない。
また，開門アセスでは，本件各排水門を開門した場合における干潟の形成は，ケース１であっても限定的であると予測されていることに加え，本件調整池内の自然干陸地には低木群落が多数生育しているところ，このような自然干陸地において，ガタ土の堆積による干潟が形成されるかは不明であって，開門により本件調整池内に干潟が形成される可能性も大きくない。
オ漁業補償
被告は，前記前提事実５のとおり，本件事業を実施するに際して湾内漁業補償契約を締結し，本件３漁協を含む湾内１２漁協及びその他の近隣漁協等に対し，これらの漁協が有する漁場の一部（南共第１号共同漁業権の一部）が本件潮受堤防内に存在することから，本件締切り後にその漁場の一部が消滅することに伴う漁業権等の一部消滅に対する補償，漁業権等の制限に対する補償及び工事に伴う汚濁による影響補償等として適正な補償金を支払った。そして，本件３漁協に支払われた漁業補償金は，組合員である原告らに配分されるべきものであって，仮に原告らに何らかの漁業被害が発生していたとしてもそれを防止ないし回復，軽減させるものであるから，以上の事情は，違法性の判断において考慮されるべきである。
カ被害防止措置の有無，内容及び効果
被告は，前記前提事実平成１４年度から平成１５年度にかけて，有明海全体としての環境改善の方策を講ずるための総合的な調査の一環として，開門総合調査を実施した。また，
り，平成１７年度から現在まで，特別措置法に基づく取組ないし中・長期開門調査に代わる取組として，多額の費用を拠出して，有明海沿岸４県やその漁協等と連携しながら，海域環境等（貧酸素現象，赤潮，水質，潮流・潮位，底質環境，二枚貝類等生息環境）の調査（費用約３８億円），魚介類の増養殖技術の開発（費用約５８億円），漁場環境改善のための現地実証（費用約５９億円），漁場環境の整備事業（費用約１９３億円），有明海沿岸４県が協調した取組の推進など，有明海全体の漁業資源回復のための様々な施策を実施してきた。これらの施策は，近年，有用二枚貝類（アサリ，タイラギ等）の稚貝が大量発生するなど，着実かつ具体的にその成果が上がってきており，有明海全体の漁業資源の回復が進んでいるといえる。このような事情は，仮に原告らに何らかの漁業被害が発生していたとしても，それを防止ないし回復，軽減させるものであるから，違法性の判断において考慮されるべきである。
５湾内漁業補償契約の効力
【被告の主張】
被告は，本件事業を実施するに当たって，原告らが所属する本件３漁協を含む湾内１２漁協との間で，湾内１２漁協が本件事業に同意し，本件事業に伴う漁業補償については，全て解決したものとし，今後一切異議，求償等を行わないこと，本件事業により将来生じうる全ての損害を受忍すること（漁業権の一部放棄及び制限）と引換えに漁業補償を受けるとの約定の下，湾内漁業補償契約を締結し，被告は同契約に基づいて漁業補償を行った。そして，原告らの漁業行使権は，漁協の漁業権の範囲内において認められる，いわば社員権的な権利であって，その属する漁協の漁業権に存立の基礎を置く以上，その所属する漁協が漁業補償契約を締結し，本件事業に同意して物権的請求権を行使しない旨約した上で漁業補償を受けた場合，各組合員は，漁業補償契約の効力により，物権的請求権の行使として本件開門操作の実施を求めることは許されない。
【原告らの主張】


湾内漁業補償契約の第５条は，この事業に伴う漁業補償については，すべて解決したものとし，長崎県に対して今後一切異議，求償等を行わないものとすると規定しているとおり，同契約はあくまで損失補償としてなされる漁業補償に対して異議，求償等を行わないというものであり，各組合員の漁業行使権を放棄するものではない。また，湾内漁業補償契約における補償は，本件３漁協を含む本件潮受堤防外に位置する漁協及びその組合員については，「漁業権等の一部放棄及び制限」（３条１項⑵）に対するものであり，本件潮受堤防内に位置する漁協が漁業権等をすべて放棄することに対して補償を受けるのと異なり，漁協の組合員は，同契約後も漁業行使権を有するから，物権的請求権を行使できる。仮に，湾内漁業補償契約の効力により，原告らにいかなる被害が発生しても漁業行使権に基づく物権的請求ができないと解されるとすると，漁業を継続できるとする事前の説明とも異なり，同契約の文言とも異なる強力な制約を漁業者に課すこととなるから，そのような解釈は認められない。
原告らは，漁業補償に際して予測されていた漁業被害を大幅に超える被害をこれまで受け，現在も受け続けているから，湾内漁業補償契約の締結によって，原告らの物権的請求権が否定されることはない。６原告らの本件請求は，憲法２９条等に定められた公共事業と私権との調整における憲法秩序に反し，許されないものであるか。
【被告の主張】
憲法２９条２項及び３項ないしそれに基づく損失補償制度の下では，公共の目的のために私有財産に対し特別の犠牲を強要することが当然に予定され，公益と私益の調節を図り，法的安定性を保つことが憲法秩序として要請されている。そのため，一旦，公共事業において私有財産に対し適法に制約が加えられ，特別の犠牲が強要された場合，当該私有財産に基づき，当該公共事業の目的に反するような権利行使をすることは，公益と私益の調節を阻害し，法に基づく損失補償制度の趣旨を没却し，憲法秩序に反するものであるから許されない。また，本件事業は，前記前提事実土地改良法に基づく土地改良事業であるところ，同法は，事業を円滑に遂行するために，事業遂行手続に対する不服申立ての機会及び方法を限定し（同法８７条の３第６項，８７条６項ないし１０項参照），漁業権者の財産権侵害については，上記不服申立ての手段を除き，損失補償により解決することとしている（同法１２２条１，２項，９条１項参照）。特に，本件事業のような大規模な土地改良事業においては，利害関係者が多数である上，災害防止や農業生産力の向上という事業の公共性も高いのであって，行政行為としての事業の安定性を図る必要性が高い。そうすると，本件事業によって財産権である漁業行使権が収用又は制限されたとしても，その制約は土地改良法に基づく適法な制約であって，その制約に対する救済としては，損失補償の問題が生じるにすぎない。
被告は，原告らの所属する本件３漁協に対し，本件事業により生じうる損失の補償として漁業補償を実施している。仮にこのような漁業補償が「正当な補償」（憲法２９条３項参照）として不十分であれば，さらなる補償請求の成否が問題となるにすぎず，公共のために整備された本件潮受堤防の社会基盤としての機能を破壊するような原告らの本件請求は，憲法２９条等に定められた公共事業と私権との調整における憲法秩序に反するものであり，許されない。
【原告らの主張】
憲法の本質は，公権力による人権侵害から国民の権利を守ることにあり，その憲法の人権規定を，国である被告が，国民である原告らの権利を不当に制限する根拠として主張すること自体，到底認められるものではない。また，被告と漁協が湾内漁業補償契約において約した内容は，前記前提事実５のとおり，漁業に影響を与えることに対する損失補償であって，漁業権を喪失させるものではないから，原告らの本件請求が憲法２９条等に反することはない。
さらに，被告は，土地改良法８７条６項ないし１０項，１２２条を引用して，行政不服審査手続の方法と損失補償以外には，争うことができないと主張するが，これらの規定は物権的請求権の行使を否定しているものではない。これまでに人格権や財産権等の権利の侵害を根拠に公共事業の差止等の妨害排除を請求した事案についての判決が多くあり，損失補償を行ったことを含め，公共事業が適法な手続に従って行われたことのみをもって，民事上の請求自体を否定するものはない。
したがって，原告らの本件請求は，憲法２９条等に定められた公共事業と私権との調整における憲法秩序に反することはない。
７原告らの本件請求は，公法秩序に反するものとして権利の濫用に当たるか。
【被告の主張】
本件各排水門を含む本件潮受堤防の管理は，前記前提事実土地改良法及びその関係法令に基づき，土地改良事業計画及び本件潮受堤防に係る予定管理方法等（以下「事業計画等」という。）に従って行われるところ，事業計画等は，国有の土地改良財産の管理に係るものであること，土地改良法及びその関係法令が公法であることから，公法秩序を構成するものといえる。本件事業の事業計画等においては，本件各排水門を本件調整池に海水を流入させるような方法で操作することは一切予定されていないのであるから，漁業行使権に基づく物権的請求権として本件各排水門の開門を求めることは，本件事業の事業計画等に反しており，公法秩序を害するものであって許されない。
【原告らの主張】
被告の主張は，公共事業が事業計画等に従って行われるものである限り，当該公共事業によって国民の財産がどれだけ侵害されても救済されることはないというに等しく，到底認められるものではない。被告が主張する事業計画等の内容や本件潮受堤防及び本件調整池が果たす機能などは，違法性（公共性）の判断において考慮されるべき要素である。
第３章当裁判所の判断


第１争点１（漁業行使権に基づく物権的請求の可否等）について１漁業行使権に基づく物権的請求権の可否について⑴漁業法８条１項は，漁協の組合員（漁業者又は漁業従事者であるものに限る。）であって，当該漁協等がその有する各特定区画漁業権若しくは共同漁業権又は入漁権ごとに制定する漁業権行使規則又は入漁権行使規則で規定する資格に該当する者は，当該漁協等の有する当該特定区画漁業権若しくは共同漁業権又は入漁権の範囲内において漁業を営む権利（漁業行使権）を有する旨規定する。これは，特定区画漁業権若しくは共同漁業権又は入漁権に関しては，漁協等はいわば形式的な権利者としてその管理に当たる一方，漁協等の定める資格をもつ組合員によって実質的，具体的な権利行使がされるのが原則であることを明らかにしたものであると解される。そうすると，漁協の組合員が有する漁業行使権は，漁業権そのものではないものの，漁業権から派生し，これを具体化した権利として，漁業権が物権とみなされる（漁業法２３条１項）のと同様に，物権的性格を有すると解することができる。したがって，漁業行使権を有する者は，第三者が漁業行使権の行使の円満な状態を侵害するときには，漁業行使権に基づく妨害排除請求として侵害行為の除去を求めることができるものと解するのが相当である。これに対し，被告は，漁業行使権に基づく物権的請求権が認められるのは，漁業行使権に基づく直接的排他的支配を侵害するような態様での直接的かつ具体的な侵害又は侵害のおそれが認められる場合に限られ，単に漁獲量が減少したというだけでは認められないと主張する。しかし，漁業行使権に基づく物権的請求権が認められる場合を前記のような場合に限定すべき理由はなく，侵害行為の態様ないし程度といった事情は，侵害行為の違法性に関わる事情の一つとして，具体的な事案において物権的請求権の成否を判断するに当たり考慮すべきものといえる。
したがって，被告の前記主張は，採用することができない。⑶前記前提事実   のとおり，原告らは，本件３漁協のいずれかの組合員であり，各々の所属する漁協の有する漁業権の全部又は一部の範囲内において漁業行使権を有していると認められるから，これらの漁業行使権を第三者に侵害された場合には，当該第三者に対し，妨害排除請求権を行使し得る。
２タイラギ潜水器漁業について
被告は，タイラギ潜水器漁業は許可漁業であって，他の漁業を排他して独占的に営む漁業権漁業とは性格を異にすることから，漁業行使権に基づく物権的請求権は発生しない旨主張する。
タイラギ漁業は，漁業法６条５項１号所定の「貝類」に該当し，第１種共同漁業権の対象である。他方で，同法６５条１項は，都道府県知事は，漁業取締りその他漁業調整のため，特定の種類の水産動植物であって規則で定めるものの採捕を目的として営む特定の漁業の方法であって規則で定めるものにより営む漁業について，規則で定めるところにより，都道府県知事の許可を受けなければならないとすることができるとし，水産資源保護法４条１項も，水産資源保護培養のために必要があると認めるときは，漁業法６５条１項と同様に，都道府県知事の許可を受けなければならない旨定め，長崎県漁業調整規則６条本文は，漁業法第６５条第１項及び水産資源保護法第４条第１項の規定に基づき，潜水器漁業にあっては，当該漁業ごとに知事の許可を受けなければならない旨定め，長崎県漁業調整規則６条ただし書は，漁業法第８条１項の規定により当該漁業を営む権利を有する漁業協同組合の組合員が当該漁業協同組合の有する漁業権の内容たる当該漁業を営む場合は許可を要しないとする漁業を定めるものの，この中に潜水器漁業を挙げていない（乙Ａ９）。


長崎県漁業調整規則６条によれば，タイラギ潜水器漁業については，漁業権を有する漁協の組合員がこれを営む場合であっても，知事の許可を要することになるが，このように，タイラギ潜水器漁業について知事の許可を要するものとした趣旨は，タイラギという魚種に対する漁業については漁業法による共同漁業権漁業の対象となっていることを前提としつつも，漁業取締りその他漁業調整（漁業法６５条１項）及び水産資源の保護培養（水産資源保護法４条１項）の必要から，潜水器漁業という特定の漁法についてのみ，重畳的に知事の許可に係らしめることとしたものと解される。そうすると，このような規制は，タイラギ漁業に係る共同漁業権やそれに基づく漁業行使権の物権的性格を否定ないし制限するものではないと解するのが相当である。この点に関し，被告は，長崎県漁業調整規則上，共同漁業権を有する漁協等に所属する組合員以外の者も許可を得さえすればタイラギ潜水器漁業を営むことができるのであるから，共同漁業権の内容にタイラギ潜水器漁業をも含むとすれば，特定の海域において特定の漁業を独占的排他的に営む権利である共同漁業権の排他性と矛盾することになる旨主張する。しかし，漁業行使権に基づきタイラギ潜水器漁業を行う漁協の組合員と，タイラギ潜水器漁業の許可を得た組合員以外の者が，仮に，同じ海域でタイラギ潜水器漁業を行うという事態が発生した場合には，両者の調整の問題が生ずるにすぎず，権利の性質に影響を与えるものではないというべきである。したがって，タイラギ潜水器漁業について，漁業行使権に基づく物権的請求権は発生しない旨の被告の前記主張は，採用することができない。なお，弁論の全趣旨によれば，原告らの一部が，流し網漁業及び一本釣漁業をも営んでいることが認められるところ，これらの漁業は，いずれも漁業法６条に定める漁業権の対象ではない。他方，長崎県漁業調整規則６条によれば，流し網漁業は知事の許可を受けなければならないとされており，許可漁業であり，また，弁論の全趣旨によれば，一本釣漁業は，自由漁業であると認められる。流し網漁業及び一本釣漁業が漁業権漁業でない以上，これらについて漁業行使権は観念できず，物権的請求権は発生しない。第２争点２（原告らの漁業行使権の前提となる本件３漁協が有する漁業権が，本件締切り後に免許された権利であることを前提として，本件事業や本件潮受堤防の締切りによる漁業行使権侵害は生じ得るか。）について１前記前提事実３のとおり，本件３漁協の漁業権は，いずれも本件締切りよりも後である平成２５年９月１日以後に新たに免許されたものである。原告らは，新たに免許される前の漁業権及びこれに基づく原告らの漁業行使権と，同日以後に新たに免許された漁業権及びこれに基づく漁業行使権は，実質的に同じ漁業権が継続して認められており，漁業権から派生する漁業行使権についても同様であるから，本件事業への着工又は本件締切りより前に免許された漁業権に基づく漁業行使権と比較して，原告らの漁業行使権が侵害されているのであれば，漁業行使権に基づく物権的請求権を行使できる旨主張する。２証拠（甲Ａ１ないし２１，５９ないし７１，９１ないし１２２，１５７ないし１８１）によれば，別紙６，１０及び１１の本件３漁協の有する漁業権は，小長井漁協の南区第２５０１号の第３種区画漁業権及び瑞穂漁協の南区第２０１９号ないし２０２１号の各第３種区画漁業権を除き，共同漁業権については存続期間が１０年であることから平成１５年９月１日に，区画漁業権については，存続期間が５年であることから平成２０年９月１日に（漁業権の存続期間について漁業法２１条１項参照），同一の漁業の種類を対象とする同一の免許番号の漁業権の設定を受けていたこと，これらについて，平成２５年９月１日に存続期間が経過した後，同日のうちに，従来の内容と同内容の免許がされたことが認められる（なお，再度の設定がされなかったものもある。）。また，証拠（甲Ｂ１ないし５，甲Ｂ７ないし１３，甲Ｂ１５ないし１７，甲Ｂ１９，２０及び２２，甲Ｂ２６ないし２８，甲Ｂ３２，３３，３６，３９，４０，４２及び４３〈枝番をすべて含む。〉）及び弁論の全趣旨によれば，原告らのうち，本件締切りの前から，自己が本件３漁協の組合員として，本件締切り及び本件潮受堤防の締切り後に従事した漁業と同一の漁業に従事していた者がいることが認められ，第３種区画漁業権について，時期によってその対象となる区画の一部が異なる（ただし，位置は大きくは移動しない。）ことはあったものの，本件３漁協の有する漁業権は，平成１５年９月１日より前の時点においても，同日において有していたものと同じ内容のものであったと推認することができる。
以上の各事実によれば，本件３漁業に設定された漁業権については，存続期間が経過した後，特段の事情がない限り，直ちに従来の漁業権と同じ内容の漁業権が再度免許され，これが反復継続されてきたものと認められるところ，従来の漁業権及びそれに基づく漁業行使権と，存続期間経過後に改めて免許された漁業権及びそれに基づく漁業行使権との間で，性質や内容に変化が生じると解するべき合理的な理由は存在せず，実質的に同一のものということができる。そうすると，本件３漁協が現在有している漁業権が，本件締切りの後である平成２５年９月１日より後に免許されたものであるとしても，本件締切りより前から実質的に同一の漁業権が存続しているものといえ，これに基づく組合員らの漁業行使権も，それより前から存続していると評価し得るから，本件締切りや本件潮受堤防の締切りによる侵害を観念する余地はあるというべきである。３これに対し，被告は，本件３漁協の漁業権が，いずれも本件締切りよりも後である平成２５年９月１日以後に免許されたものであるから，これらの漁業権やそれに基づく原告らの漁業行使権は，同日当時の諫早湾の漁場環境を前提に設定されたものであり，本件事業や本件締切りによる権利の侵害を観念することはできない旨主張する。しかし，前記のとおり，同日前後において，漁業権及び漁業行使権は実質的に同一のものと認められる。したがって，被告の前記主張は採用することができない。
第３争点３（漁業行使権侵害の有無等及び本件事業との因果関係の有無）について
１漁業行使権侵害の意義について


原告らは，漁業被害について，原告らが漁業行使権を有している漁場について漁場環境の悪化が認められれば，それ自体が漁業被害に当たるのであり，原告らの個別の漁獲量が減少していることまでは要しない旨主張する。しかし，漁業とは，水産動植物の採捕又は養殖の事業をいう（漁業法２条１項参照）ところ，経済的利益の獲得を目的として営まれるものであること，通常，漁業者は漁獲物を市場等において売却することで経済的利益を得るものであることに照らすと，経済的利益の源となる漁獲の量的又は質的な低下を漁業被害と捉えるのが自然であるし，漁場環境の悪化が認められる場合であっても，それによって漁獲の量的又は質的な低下が生じていないのにもかかわらず漁業被害を肯定することは不合理である。また，原告らは，漁場環境の悪化に当たる事実として，赤潮の発生や貧酸素水塊の発生など，複数の現象を主張しているところ，どの現象が，どの程度発生した場合に漁業被害を肯定するかについて明確な基準を設けることは困難である。以上によれば，漁業被害は，漁獲の量的又は質的な低下をその内容とすると解するのが相当であり，かつ，漁獲の多寡や質は，気象条件等の自然現象や，個々の漁業者の経営規模及び漁業努力の多寡などによっても左右されるものであることを考慮すると，個々の漁業者について，従来と同程度の漁業努力を行っても量的又は質的に従来より有意に低い漁獲しか得られない状態になった場合に，漁業被害を肯定することができると解するのが相当である。そして，その被害が，漁業権漁業について生じたものであって，かつ，第三者の行為に起因するものと認められる場合，すなわち，本件においては，本件事業による本件潮受堤防の締切りによって生じたと認められる場合に，漁業行使権に対する侵害を肯定することができるというべきである。なお，漁場環境の悪化は，漁業被害が，本件事業による本件潮受堤防の締切りによって生じたといえるか否かの因果関係の有無の判断に必要な事項であり，これが認められない場合には，漁獲の量的又は質的な低下が認められたとしても，本件潮受堤防の締切りと漁業被害との因果関係は否定されることになる。これに対し，原告らは，漁業被害を個々の漁業者の漁獲の量的又は質的な低下ととらえることは，原告らに不可能ともいうべき不当に高度な立証を強いるものである旨主張する。
しかし，漁業行使権が個々の漁業者に帰属する権利であること，前記のとおり，漁獲の多寡や質は個々の漁業者の経営規模等によっても左右されること，本件では，諫早湾内の環境が変化したことによって漁業被害が生じたか否かが争われているところ，環境の変化による影響は，その性質上，湾内の漁業者全てに一様に生じるようなものではなく，影響の有無及び程度は個々の漁業者ごとに異なってくるものと考えられることに照らせば，漁場環境が悪化しているというその一事から，原告らに漁業被害が生じていると認定することは困難であり，個々の漁業者の漁獲について検討することは不可欠である。他方，原告ら自身が営む漁業の漁獲について主張立証を求めるものであること，漁業上の権利利益の侵害を理由に損害賠償請求を行う訴訟等においては，個々の漁業者の漁獲の減少について主張立証するのがむしろ通常であると考えられることに照らせば，本件において，原告らに対し，それぞれの漁獲の量的又は質的な低下について主張立証を求めることも酷であるとまではいえない。
したがって，原告らの前記主張は採用することができない（ただし，原告オのとおり，原告らの個別の漁業被害について
も主張している。）。
原告らは，さらに，漁業権の内容となっている魚種について漁場環境の悪化が生じれば，実際に当該漁場で当該魚種について漁業を営んでいるか否かに関わりなく漁業被害が認められる旨主張する。
来の漁獲との比較によって判断されるものと解されるところ，原告らが本件事業の前に実際に営んでいなかった漁業については，そもそも従来の漁獲自体が存在しないのであるから，漁業被害の発生を認める余地はないというべきである。したがって，少なくとも本件事業の前に営んでいた漁業であることが前提となるというべきであり，原告らの前記主張は採用することができない。
２漁業被害と本件事業（特に本件潮受堤防の締切り）との因果関係について
因果関係の判断基準について
訴訟上の因果関係の立証は，一点の疑義も許されない自然科学的証明ではなく，経験則に照らして全証拠を総合検討し，特定の事実が特定の結果発生を招来した関係を是認し得る高度の蓋然性を証明することであり，その判定は，通常人が疑いを差し挟まない程度に真実性の確信を持ち得るものであることを必要とし，かつ，それで足りるものと解するのが相当である（最高裁判所昭和５０年１０月２４日第二小法廷判決・民集２９巻９号１４１７頁参照）。
前記１のとおり，漁業被害は，漁獲の量的又は質的な低下をその内容とするというべきところ，本件では，原告らの主張する侵害行為は，本件事業に伴う本件潮受堤防の締切りであり，原告らは，これによって，諫早湾内の漁場が悪化したと主張しているから，本件事業に伴う本件潮受堤防の締切りと原告らの漁業被害，すなわち漁獲の量的又は質的な低下との因果関係を判断するに当たっては，前記のとおり，本件事業に伴う本件潮受堤防の締切りによって，諫早湾内の漁場環境が悪化したといえるかどうかが問題となる。したがって，まず，本件潮受堤防の締切りに起因する諫早湾の環境変化の有無及び程度や，環境変化があるとした場合，これに起因する漁場環境の悪化の有無及び程度について，前記の判断基準に照らして検討する。なお，原告らが主張する環境変化のうち，魚類の産卵場所及び成育場所であった諫早湾の干潟の喪失については，漁船漁業の漁場環境と密接に関連するため，後記の本件潮受堤防の締切りに起因する環境変化が漁業種ごとの漁場環境に与えた影響において検討することとする。
⑵本件潮受堤防の締切りに起因する諫早湾の環境変化の有無及び程度について
ア潮流速の低下とこれに伴う成層化について
原告らは，本件潮受堤防の締切りにより，潮流速が低下し，成層化した旨主張する。
潮流速の低下について
ａ後掲各証拠によれば，次の各事実が認められる。
専門委員報告書


同報告書は，３次元密度流数値シミュレーションにより，小潮・上げ潮時，小潮・下げ潮時，大潮・上げ潮時，大潮・下げ潮時それぞれの表層及び底層の潮流速の変化率を計算したところ，その計算結果は，別紙１８「潮流速差図」（甲Ｅ１[３７ないし４０頁]）のとおりであり，諫早湾内及びその周辺のみならず，対岸の熊本県沿岸や有明海中央部南側海域等にまで及ぶ広い範囲の海域において，潮流速の低下が生じているとした上，諫早湾内及びその周辺では，本件潮受堤防の締切りによって潮流振幅が大きく減少していることは，現地データ及び前記の数値シミュレーションの結果からみて明らかであり，これらの海域における潮流速の低下に関しては，本件潮受堤防の締切りによって直接的な影響があったとほぼ断じてよいとまとめている。（甲Ｅ１[２８ないし３４，３７ないし４０，１０６頁]）
⒝フォローアップ報告書
九州農政局は，別紙１９「調査位置図」（乙Ｅ２６[３－２－４０頁]）記載の湾内（本件調整池を含まない。）及び湾外の１１の観測地点において，平成元年及び平成１０年から平成１９年までの各１月（平成１５年を除く。）に潮流調査を実施し，この調査結果を，フォローアップ報告書において，他のモニタリングの結果等とともに，別紙２０「地点別平均流速の締切前後比較」（乙Ｅ２６[３－２－４１頁]）として示した。
上記比較においては，本件締切りの前後で，湾奥部（Ｓｔ．１，２，７及び１０）では，平均流速の平均値が約２０ｃｍ／ｓから約５ｃｍ／ｓに大きく低下しており，湾央部（Ｓｔ．６）においては，約２０ｃｍ／ｓから約１０ｃｍ／ｓに半減しており，他方で，湾口部（Ｓｔ．３ないし５）及び湾外（Ｓｔ．１２ないし１４）については，湾口部でわずかに平均流速の低下がみられるものの，湾外では大きな変化は認められないとされている。
フォローアップ報告書においては，諫早湾内の本件締切り後の潮流は，本件締切り前に比して，湾奥部や湾央部では流向の変化や潮流速の低下を示したものの，湾奥部から湾口部にかけて，その変化の程度は小さくなっており，湾外では一様な変化の傾向は認められていないとまとめられた。
（乙Ｅ２６[３－２－４０ないし３－２－５９，３－２－２０３頁]）
⒞平成２９年委員会報告
同報告では，有明海の潮流に全体的な影響を及ぼす要因として，干拓・埋立て,海岸線の人工化（護岸化），港湾等の人工構造物の構築及びノリ網の敷設による海水面積の減少並びに地形の変化，東シナ海全体の平均潮位の上昇に伴う有明海湾内の平均潮位の上昇，外洋の潮汐振幅の減少を挙げている。
潮流速に影響する有明海の潮汐に関し，月と太陽の引力から生じる異なる周期を持つ分潮で構成される潮汐のうち，有明海の最も大きな分潮成分である主太陰半日周潮であるＭ２分潮について，月の軌道の昇交点の周期変動により振幅に１８．６年周期の変動があり，昭和５４年頃と平成７年頃に極大となった後，平成１９年にかけて減少し，平成２７年頃に再び極大を迎えると考えられるが，Ｍ２分潮振幅は，過去約４０年間で減少しているとする。その原因について，本件締切りによる地形変化を挙げる報告もあるものの，東シナ海に近い口之津と有明海の西部である大浦（諫早湾より北に位置する。）とでＭ２分潮振幅の増幅率に明らかな変化はみられなかったとの報告もあり，大浦におけるＭ２分潮振幅の減少について，前記の潮流速に関するのと同様に，有明海内の海水面積の減少，平均潮位の上昇，外洋の潮汐振幅の減少等が挙げられているが，その影響度合いに関しては，見解によって異なり，本件締切りの影響を１０ないし２０％とする見解もあれば，過去８０年間ではＭ２分潮振幅減少の大部分は干拓等の海岸線の変化ではなく，外海のＭ２分潮振幅の減少であるとする見解もあるとする。
また，平均流（潮流を除く恒流である。）については，有明海では河川水の流入量の変動や風の影響が大きく，湾奥部では全体として反時計回りの環流がみられるほか，河川流入水の影響について，淡水が流入すると鉛直方向に流れの変化が生じ，夏期を中心に上層で流出，下層で流入のエスチュアリー循環（密度流）が発達し，上層では湾奥部から湾口部，下層では湾口部から湾奥部への流れとなっているとする。
本件潮受堤防の締切りによる諫早湾内における潮流速への影響及び有明海の潮流速については，次のとおりの知見があるとしている。ⅰ平成元年及び平成１０年から平成１６年までの期間に実施された諫早湾内の潮流調査の実測結果から，諫早湾の湾奥部及び湾央部では本件締切り後に潮流速が低下し，湾口部でも，湾奥部や湾央部ほど顕著ではないものの，潮流速が低下する傾向がみられた。また，シミュレーションによると，下げ潮時の潮流速は本件潮受堤防設置により湾口部北側の一部海域で増加し，湾内から島原半島に沿った広い領域では減少するとの結果が得られた。ⅱ諫早湾内の表層での本件潮受堤防がない場合とある場合の潮流速の変化量を数値シミュレーションにより解析した結果，本件潮受堤防による諫早湾の容量の減少により潮流速が全体的に減少し，下げ潮最強から干潮にかけて，島原半島沿いに帯状の増速域と減速域がみられた。
ⅲシミュレーションの結果，諫早湾干拓（本件事業）に伴う地形変化により，諫早湾内で潮流速は２０ないし６０％低下し，有明海中央部では５％低下するとの結果が得られた。
ⅳ数値シミュレーションの結果，本件事業による潮流への影響は，諫早湾から島原半島沿いに限られ，有明海湾奥部においては，１９００年頃以降本件事業前に行われた干拓によって潮流速が大きく減少しており，湾奥部に関して本件事業による流速の変化は，月の昇交点運動による潮汐振幅の変動の影響に比べて非常に小さいことを示している。
なお，平成１８年委員会報告も，潮流速に関し，平成２９年委員会報告とおおむね同じ内容を指摘している。
（乙Ｅ５[２４ないし２６，６４頁]，乙Ｅ１９７[４７ないし７４頁]）
⒟宇野木早苗による文献「河川事業は海をどう変えたか」（平成１７年）


宇野木早苗（日本海洋学会名誉会員）による前記文献は，潮流の観測はデータが少ないこと，地形の影響を受けて局地性が強く，密度成層の影響を受けるため現象が複雑であることから，本件事業に伴う潮流の減少の実態は十分に解明できていないものの，農林水産省の大潮時における潮流観測データに基づいて減少の割合を計算したところ，本件潮受堤防の締切り後，本件潮受堤防の前面では８０ないし９０％潮流速が低下し，湾口部でも１０ないし３０％低下したとしている（甲Ｅ２１[６７頁]）。
田井明らによる「潮汐・潮流および成層強度の長期変化に関する
最新の研究」（平成２１年）
平成２１年１０月３１日に開催された第２１回沿環連ジョイント・シンポジウムで報告された田井明（九州大学大学院）らによる上記論文では，上記⒞ⅳと同旨の内容が報告された（甲Ｅ２６[２１ないし２６頁]）。
ｂ上記ａで掲げた証拠のうち，専門委員報告書（甲Ｅ１），平成１８年委員会報告（乙Ｅ５）及び平成２９年委員会報告（乙Ｅ１９７）は，争点３における問題点の大部分に関係する証拠であるから，その信用性について検討する。
証拠（甲Ｅ１，甲Ｅ
１００，甲Ｅ１０１，甲Ｅ１１０ないし１１２，甲Ｅ１２７，甲Ｅ１３９，甲Ｅ１５７，乙Ｅ５，乙Ｅ１９７，乙Ｅ２００及び２０１，乙Ｅ２１３ないし２１８〈枝番をすべて含む。〉，乙Ｅ２３２ないし２３６〈枝番をすべて含む。〉，乙Ｅ２４２，証人Ｄ）及び弁論の全趣旨を総合すると，専門委員報告書は，原因裁定事件において，専門委員として選任された４名の大学教授及び研究者が，審問期日及び現地調査に参加し，当事者双方の主張，申請人本人や参考人の陳述等を聴取し，１４回の検討会を開催し，検討の上，平成１６年１２月にとりまとめたものであること，平成１８年委員会報告について，評価委員会は，国及び関係県の調査結果に基づいて有明海及び八代海の再生に係る評価を行うことを目的とし，委員会は２６回にわたり，小委員会は９回にわたり，開催され，国，県及び大学等による調査結果の報告，関係者からのヒアリング，各種調査研究文献の報告等を行った上，平成１８年にとりまとめられたものであること，平成２９年委員会報告書について，評価委員会は，国や地方公共団体が行った有明海や八代海の調査結果やその他学識経験者による論文について，再生のための評価を行うことを目的としていたこと（開門の是非や本件事業による影響は対象に含まれていなかった。），小委員会ごとに，関係する分野の研究者や大学教授等の専門家から論文等の功績などを考慮して選任したこと，候補者について，水産庁や環境省から推薦を受けることはあったものの，他省庁からの推薦を要件とはしていなかったこと，選任に当たって開門の是非に対する意見は考慮しなかったこと，平成２３年１０月以降，評価委員会が１４回，各小委員会がそれぞれ１７回開催され，平成１８年委員会報告を前提とし，その間に蓄積された知見も踏まえ，検討が重ねられたこと，その内容は，逐語で記載された議事録により公開されたこと，その結果とりまとめられた報告案について，パブリックコメントの手続に付され，個人及び団体から寄せられた意見を踏まえ，作成されたことが認められる。
以上の各事実によれば，専門委員報告書，平成１８年委員会報告及び平成２９年委員会報告は，その作成に関与した者及び作成過程に照らし，各作成時点における関係分野の専門家が，調査結果や研究に加え，関係者の意見をも聴取した上でとりまとめたものと認められ，いずれも基本的に信用することができる。ただし，その作成時期及び関与した専門家の数に照らせば，三者の比較においては，平成２９年委員会報告が最新かつ最も幅広い知見を踏まえたものであるといえる。ｃ前記ａで認定した各事実によれば，潮流速について，観測データが少なく，また，潮汐や地形等の他に影響を与え得る様々な要因があることから，本件潮受堤防の締切りによる影響についての正確な実態の把握は困難であることが認められるが，正確な割合は不明であるとしても，数値シミュレーションによって本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾内の潮流速が低下したことが示され，実測が行われた範囲でその結果とも合致していることが認められるから，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾内の潮流速が低下し，その低下の程度は諫早湾の湾奥部においてもっとも顕著であり，湾央部から湾口部へと向かうにつれて低下の程度が小さくなると認められる。
成層化について
ａ後掲各証拠によれば，次の各事実が認められる。
専門委員報告書
同報告書は，諫早湾内及びその周辺における潮流速の低下によって鉛直混合が弱まることにより，成層度は増大している可能性が高く，塩分成層度の本件締切り前後の差に関する数値シミュレーションの結果にもその傾向が表れているが，諫早湾内については水深がかなり浅いこともあって，本件締切り後の成層度の強化を明瞭に示す直接的なデータはないことを指摘したほか，諫早湾内の成層度を変化させるメカニズムとしては，潮流速の低下が主要なものと考えられるが，そのほかにも，他海域からの河川起源低塩分水の諫早湾への流入が本件潮受堤防の締切りによって強化されることによる成層度の変化についても可能性としてあり得るとしている（甲Ｅ１[３５，５３ないし５５，１０６，１３２頁]）。
⒝平成２９年委員会報告
同報告は，有明海湾奥部及び諫早湾の貧酸素水塊は潮汐混合の影響を強く受けており，潮流が弱い小潮時に発達しやすく，潮流が強い大潮時に緩和或いは解消することが多いが，これは，潮流が弱まる小潮時に成層が発達するため貧酸素水塊が発達することによるとしている（乙Ｅ１９７[１２７頁]）。


また，３次元シミュレーションによる解析によって，諫早湾の本件潮受堤防建設による鉛直混合能の変化が塩淡成層の発達に対して与えた影響は，大潮期では顕著であるが小潮期では小さいこと，その影響は，諫早湾内と島原半島沿岸で強く，有明海北部ではほとんどないことも指摘している（乙Ｅ１９７[６１頁]）。⒞平成２年から平成１６年までの環境モニタリングにおいて調査された別紙１４(甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１])の諫早湾湾央部のＢ３地点の表層と中層における水温及び塩分の観測データによって，本件締切りの前後の海水密度の平均値を比較したところ，本件締切り前は，表層が２１．１σｔ，中層が２１．７σｔであり，本件締切り後は，表層が２０．８σｔ，中層が２１．４σｔであり，いずれも表層と中層の海水密度の差は０．６σｔであった（乙Ｅ４６［２，３頁］）。
⒟開門アセスのための平成１９年度における鉛直連続観測の結果，同年８月上旬の降雨に伴い，本件調整池からの排水以外の河川水量の増大に伴い，諫早湾湾口部北部や湾央部でも大きな塩分低下が生じていることが確認された。
また，平成１５年に海岸工学論文集第５０巻に掲載された鯉渕幸生（東京大学）らによる「有明海における水質変動の支配要因」と題する論文（平成１５年。以下「鯉渕論文」という。）では，同人らが，平成１３年以降，諫早湾沖において観測を行い，河川水の侵入過程を検討した結果，諫早湾における栄養塩の約８５％が筑後川をはじめとする有明海に流入する河川から供給され，残り１５％が本件調整池からの排水によってなされると推定したとしている。（乙Ｃ７２の１[６．２．３－１５ないし１９]，乙Ｅ７９［２６２頁］）
ｂ前記ａ   の各事実に，証拠（甲Ｅ１９[５４頁]，甲Ｅ２６[３１頁]，証人Ｅ〔以下「Ｅ」という。〕）を総合すると，潮流速が低下すると，鉛直混合力，すなわち，海水を攪拌する力が弱まることにより成層化が進行するという現象は，一般に承認された科学的知見で
あると認められるのとおり，本件潮受堤防の締切り
によって諫早湾内における潮流速が低下したこと自体は認められるこのとおり，数値シミュレーションの結果にも，諫早湾内及びその周辺において，潮流速の低下によって鉛直混合が弱まることにより成層度が増大する傾向が表れていることを考慮すると，少なくとも，潮流速の低下の程度の大きい諫早湾の湾奥部及び湾央部においては，その程度は別として，本件潮受堤防の締切りによって成層化が進行したと認められる。
ｃこれに対し，被告は，仮に本件潮受堤防の締切りによって諫早湾における成層化が進行しているのであれば，本件締切りの前後で，各層の海水密度の平均値に差が拡大しているはずであるが，このような変化はみられないのであるから，本件潮受堤防の締切りによって成層化が進行したとは考えられない旨主張する。
前記ａ⒞の事実は，被告の前記主張に沿うものではあるが，前記観測データは，湾央部の１地点の表層と中層におけるデータにすぎず，複数の地点で表層と底層との海水密度の差に締切り前後で変化がみられないことまで示すものではないから，潮流速が低下すると鉛直混合力が弱まることにより成層化が進行するという一般に承認されている科学的知見による現象の発生を否定するものであるとはいえない。
もっとも，仮に諫早湾において成層化が著しく進行していたとすれば，湾奥部ほど潮流速の低下の程度が大きくない湾央部においても，表層と中層の海水密度の差が拡大するのが自然であると考えられるところ，前記のとおり，本件締切りの前後で湾央部の表層と中層における海水密度の差に変化はみられないことに照らせば，本件潮受堤防の締切りにより諫早湾における成層化が進行しているとしても，その程度は小さなものにとどまると認められる。ｄ他方，原告らは，本件調整池から諫早湾の表層に淡水が排水され，表層と底層の塩分濃度の差が広がることによって，成層化が進行する旨主張し，証人Ｅは，本件潮受堤防があることにより，本件調整池からの排水は，諫早湾の海面の塩分濃度の高い海水に，いわば淡水が投げ入れられることになり，かつ，本件潮受堤防の存在により鉛直混合力も低下し，成層化が進行する旨，また作成に係る「諫早湾潮受け堤防の締切りが諫早湾および有明海奥部海域の環境と生態系に及ぼす影響」（甲Ｅ１４４。以下「Ｅ論文」という。）における佐賀市の日降水量及び本件調整池からの排水量と諫早湾の表層及び底層の塩分濃度の推移の対照（甲Ｅ１４４[添付図２]）を前提として，強い雨が降ると本件調整池から排水がされ，表層の塩分濃度が顕著に低下し，かつ，塩分濃度の低下は１か月近く継続する旨の前記主張に沿う証言をする。
しかし，Ｅ証拠（乙Ｅ５７[５－１－


１ないし５－１－１４頁]）によれば，平成１７年７月５日に実施された調整池排水拡散調査及び同年１０月２７日から同月３１日にかけて実施された自動昇降式観測装置による観測の結果，排水による塩分濃度の低下が生じるのは諫早湾湾央部辺りまでにとどまり，排水が終了すると塩分濃度も回復することが認められ，証拠（乙Ｃ７２の１[６．２．３－１５ないし１９]）によれば，開門アセスのための平成１９年度における鉛直連続観測の結果，排水後の塩分低下は湾奥部において顕著であるが，それも排水後には回復したことが認められ，これらの各事実に照らし，直ちには採用することができない。この点に関し，原告らは，前記の自動昇降式観測装置による観測は，観測期間が短い上，水温差によって鉛直混合が起こることにより成層化が発生しにくい１０月に実施されたものであるから，本件調整池からの排水による成層化の進行を否定するものではない旨主張するが，証拠（乙Ｅ５７[５－１－１２頁]）によれば，平成１７年１０月２７日から同月３１日の観測結果が抽出されたのは，降雨やそれに伴う河川水等による塩分濃度の低下と区別するために，前後に降雨がない排水日として選定されたからであることが認められ，これによれば，時期の選定が恣意的であるとはいえず，また，前記のとおり，平成１７年７月に実施された調整池排水拡散調査及び平成１９年度の開門アセスのための鉛直連続観測においても排水終了後に塩分濃度の低下範囲が縮小していく傾向が確認されていることに照らしても，原告らの前記主張によって，証人Ｅの前記証言の信用性が高いということはできない。なお，原告らは，調整池排水拡散調査に関し，「「諫早湾干拓事業環境影響評価レビューのフォローアップ報告書」に対する環境省の見解について」と題する文書において，環境省が否定的な見解を示している旨主張するが，証拠（甲Ｅ２の２）によれば，前記文書は，排出水に伴う負荷量（水質，排出量等）について調査を実施し，検討すべきであるとしていることが認められ，拡散調査の実施方法又は結果自体に問題があることを指摘しているものとはいえない。
前記ａ⒟の事実によれば，本件調整
池からの排水量よりも筑後川等からの流量の方がはるかに多量であると認められるところ，この事実に，証拠（乙Ｅ２２８の１及び２）を総合すると，強い雨が降った後には，雨水が湾内に直接降りこむ上，増水した筑後川等の河川からの流入量も増加すると認められ，本件調整池からの排水により塩分濃度が低下し，これが継続する旨の証人Ｅの前記証言は採用することができない。
他に，本件調整池からの排水による塩分濃度の低下が諫早湾の成層化を進行させていると認めるに足りる証拠はない。
ｅ以上によれば，本件締切りにより，潮流速が低下して鉛直混合力が低下した結果，少なくとも諫早湾の湾奥部及び湾央部においては，成層化が進行した可能性があると認められるが，その進行の程度は小さなものにとどまると認められる。
イ本件調整池からの排水による影響について
原告らは，本件調整池から，水質が悪化した水が排水されることが，諫早湾の環境を悪化させている旨主張する。
本件調整池の水質について
証拠（甲Ｅ１[８４頁]，甲Ｅ１９[７７頁]，甲Ｅ２５，甲Ｅ３６[添付図２]，甲Ｅ１４４[添付図３，４]）によれば，本件調整池における化学的酸素要求量（ＣＯＤ）及びクロロフィルａ濃度（Ｃｈｌａ）の推移は，それぞれ，別紙２１及び２２「調整池の水質（Ｓｔ．Ｂ１）」（甲Ｅ１４４[添付図３，４]）のとおりであり，ＣＯＤは，平成８年までは，平均値（別紙２１の黒い丸）及び標準偏差（別紙２１の黒い丸から上下に伸びる線の幅）ともにほぼ横ばいであったが，平成９年から標準偏差が大きくなるとともに，平成９年から平成１０年にかけて平均値が増加し，その後も増加傾向にあり，クロロフィルａ濃度も，平成９年以降に標準偏差が大きくなり，平均値が増加傾向にあったことが認められる（別紙２２参照）。
ＣＯＤ及びクロロフィルａ濃度のこのような変化は，本件締切り（平成９年）と時期を同じくしていること，締め切られた本件調整池における有機物や植物プランクトンの含有量を変化させるような要因が他に認められないことに照らせば，本件潮受堤防の締切りによって生じたものと認められる。
本件調整池からの排水による影響が及ぶ範囲について
証拠（乙Ｅ５７[５－１－１ないし５－１－１４頁]）によれば，２２回にわたって実施された外縁追跡調査の結果確認された排水量と最大到達距離との関係は別紙２３「排水量と最大到達距離の整理」（乙Ｅ５７[５－１－１０頁・表５－１－２]）及び「排水量別外縁分布の比較」（乙Ｅ５７[５－１－１０頁・図５－１－７]）のとおりであり，本件調整池からの排水による濁りの影響は，大規模な排水の場合においても，本件潮受堤防から約６ｋｍの範囲内にとどまったことが認められる。また，証拠（乙Ｅ５７[５－１－１５ないし５－１－２０頁]）によれば，本件調整池に由来する珪藻プランクトンの中の優占種である汽水性珪藻プランクトンの殻（珪酸質）の分布状況を調査した結果，本件調整池からの排水に含まれている殻（珪酸質）の大部分が湾奥部において沈降・堆積していたことが認められ，この事実によれば，本件調整池からの排水による湾内の底質に対する影響は，ほぼ諫早湾湾奥部の範囲内にとどまったと認められる。
諫早湾の底質の有機物含有量について
ａ後掲各証拠によれば，次の各事実が認められる。
専門委員報告書
同報告書は，平成１０年以降，諫早湾湾奥部，湾央部及び湾口部の別紙１４（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１]）のＢ４地点のＣＯＤについては，本件調整池とほぼ同様の濃度レベルと経年的傾向を示しているが，湾口部のＢ６，Ｓ１０及びＢ５は，横ばいないしゆるやかな上昇傾向にあるとし，前者について，本件調整地内で淡水性の植物プランクトンが高濃度に増殖し（ＣＯＤの内部生産），陸起源粒子を含むデトリタス（有機物砕片）などとともに排出され，その多くは本件各排水門近傍に沈降することを指摘した（甲Ｅ１[８３，８４，１１６頁]）。
⒝平成１８年委員会報告


同報告は，平成元年及び平成１２年の底質調査の結果，諫早湾湾奥部から湾央部の測点で底質のＣＯＤが増加傾向を示していること，有明海湾奥部から諫早湾にかけて，表層堆積物中の有機炭素量が有明海湾奥部西側や諫早湾で高い値を示し，これらの海域ではクロロフィルａ値も大きく，また，有機炭素安定同位体比から，表層堆積物中の有機炭素量は植物プランクトン起源の有機物の影響を強く受けていると推測されるとし，潮流速の低下が認められる海域において，有機物を含むより微細な粒子が沈降・堆積しやすい状態が生じたことが推察されるとしている（乙Ｅ５[６９，７０頁]）。
⒞フォローアップ報告書
九州農政局は，本件事業に係る環境モニタリングの一環として，別紙１４（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－１０８頁]）記載の湾内の１１の観測地点（本件締切り前については９地点）において，平成元年度から平成１８年度にかけて年４回，海域底質のモニタリングを実施した。その調査結果は，ＣＯＤの推移として別紙２４ないし２６「ＣＯＤの経年変化」（乙Ｅ２６[３－２－１１７ないし１１９頁]）のとおりであり，湾奥部北側（Ｓ１，Ｓ７地点），湾奥部南側（Ｓ６，Ｓ８地点），湾央部（Ｂ３地点）及び湾口部北側（Ｂ４地点）の全ての地点において，本件締切りの後ＣＯＤが上昇傾向にあり，締切後平均値が締切前平均値を上回っていたが，他方で，湾口部北側以外の湾口部（Ｂ５，Ｂ６，Ｓ１０）では，本件締切りの前後で有意な変化はみられなかった。
フォローアップ報告書は，ＣＯＤは湾奥部のほか，湾央部及び湾口部北側で増加がみられ，その原因としては本件調整池からの排水中のＣＯＤの増加，流速低下による有機粒子の沈降などが考えられるとしている（乙Ｅ２６[３－２－１０８，１１５ないし１１９，２０５頁]）。
⒟環境省は，平成１３年６月上旬から同年９月上旬にかけて，浮泥の堆積状況等に係る現地調査をした結果，諫早湾の湾口南部では浮泥はほとんど堆積していなかったが，湾奥部で約２５ないし３０ｃｍの，湾央部で約２０ないし３０ｃｍの，湾口北部では１０ないし２０ｃｍの浮泥の堆積を確認したと報告した（甲Ｅ８７）。九州農政局は，平成２１年度の柱状採泥調査結果によれば，筑後川の河川流量及び濁度が高くなる同年７月下旬から同年９月上旬に，筑後川沖及び塩田川沖等の海底水道西側斜面に浮泥が厚く分布し，その後，河川流量が少なくなる同年１０月以降は浮泥厚が全域で薄くなる傾向があったとした（乙Ｅ１９５）。
⒡平成２９年委員会報告
同報告では，環境モニタリングの結果，諫早湾の別紙１４（甲Ｅ１４８，乙Ｅ２６[３－２－６１]）のＢ３地点における底質のＣＯＤは，本件締切り後増加傾向にあったものの，平成１４年頃以降平成２３年頃までは減少傾向にあったことを指摘している（乙Ｅ１９７[３４６頁]）。
ｂ前記   のとおり，本件調整池においては本件潮受堤防の締切りによって有機物等の含有量が増加したこと，前記のとおり，本件調整池からの排水は，諫早湾内の濁りや底質に影響を及ぼすものの，その影響の範囲はほぼ湾奥部までに限定されていること，前記⒜ないし⒟のとおり，本件締切り後に諫早湾湾奥部及び湾央部の底質においてＣＯＤの値が上昇傾向にあり，しかも，底質中の有機物は，本件調整池からの排水に含まれていた植物プランクトンに由来するものと認められることや，平成１８年委員会報告が，潮流速の低下が認められる海域において，有機物を含むより微細な粒子が沈降・堆積しやすい状態が生じたことが推察されるとしているところ，実際に諫早湾の湾奥部及び湾央部で浮泥の堆積が確認されたことを総合すれば，諫早湾の湾奥部及び湾央部では，本件潮受堤防の締切りによって潮流速が低下したことにより，本件調整池からの排水に含まれる有機物等が沈殿しているものと認められる。
もっとも，前記アａ⒟のとおり，筑後川から有明海に流入する栄養塩を含んだ河川水の流量は，本件調整池から排水される水量よ
りもはるかに多量であることに，総
合すると，諫早湾の底層に堆積する浮泥（有機物）は，本件調整池からの排水に含まれていたもののみならず，河川水に含まれていたものもあり，かつ，後者が占める割合が相当に大きいものと推認できる。
したがって，本件調整池からの排水による影響は，諫早湾の湾奥部から湾央部にかけて生じていると認められるものの，これが重大なものであるとは認められない。
諫早湾の環境変化に起因する漁場環境の悪化の有無及び程度について
ア赤潮の発生について
原告らは，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾の環境が変化し，赤潮の発生が増加した旨主張する。
赤潮の発生件数及び日数について


証拠（甲Ｅ１４４[添付図１６]，乙Ｅ５[３８，３９頁]，１８，６９，７４，１３２，１３３，１９７[１４８頁]）によれば，有明海，八代海及び諫早湾における赤潮の発生件数及び日数の推移は，それぞれ別紙２７及び２８（乙Ｅ１３３[２，３頁]）のとおりであり，諫早湾における赤潮の発生件数及び日数は，平成９年から平成１０年にかけて大きく増加しており，その後も，平成１８年に減少したほかは，発生件数及び日数のいずれも，平成９年以前に比して顕著に高い数値を維持していること，諫早湾におけるラフィド藻赤潮の発生日数も，年によって増減するものの全体としては増加傾向にあること，他方，有明海（諫早湾を含む。）においては，平成９年以降，平成１４年にピークを迎えるまで，発生件数，日数共に一貫して増加を続けており，その後平成１８年まで減少が続くも，平成１９年には再度増加に転じたこと，また，八代海においても，平成９年から平成１０年にかけて発生件数，日数共に大きく増加しており，その後は増減を繰り返すも，おおむね，平成９年以前より顕著に高い数値を維持していることが認められる。これらの事実によれば，諫早湾における赤潮の発生件数及び日数は，いずれも平成９年以降増加傾向にあるが，有明海及び八代海についても同様の増加傾向にあるといえる。
なお，証拠（甲Ｅ１４３，乙Ｆ２２）によれば，赤潮の定義について，平成８年に開催された赤潮に関する研究協議会では，海水中で微小な生物（主に植物プランクトン）が異常に増殖して，そのために海水の色が変わる現象とされたが，赤潮有害種として知られるシャットネラ類が海水１ｍＬに１細胞観察されるだけで，海水が赤く着色していなくても赤潮として判断する行政上及び学術上の取扱いもあることが認められ，確立されていない状況にあると認められる。
赤潮の性質，発生機序及び発生要因について
後掲各証拠によれば，次の各事実が認められる。
ａ専門委員報告書
同報告書は，諫早湾では，本件潮受堤防の締切りにより潮流速の低下が起きたことは確実であり，これによって鉛直混合が起こりにくくなったと考えられること，諫早湾には，締切りによって湾外の筑後川などからの河川起源低塩分水がより多く輸送されるようになった可能性があることが数値シミュレーションの結果から示されており，それによっても成層度は上昇し得ること，鉛直的に安定した水塊では，日周鉛直移動により底層の栄養塩を利用できる鞭毛藻の成長に有利となることが，諫早湾における夏期を中心とした鞭毛藻赤潮の発生頻度の著しい増加の理由であると考えられることを指摘しているほか，浮泥の厚さが増していることから，底からの栄養塩の溶出が赤潮発生を促した可能性が大きいとしている（甲Ｅ１[１２９頁]）。
ｂ平成１８年委員会報告
同報告は，有明海における赤潮全般に関する問題として，次のとおり検討した（ただし，次の⒞のうち貧酸素水塊は，シャットネラ赤潮に関してのみの検討である。）上，「解明すべき課題」として赤潮発生の増加，植物プランクトンの増殖に関するメカニズムを掲げている。
⒜水温の上昇
一般的に水温の上昇により植物プランクトンの増殖速度は増加することが知られている。水温上昇の影響は種類ごとに異なり，主要な赤潮プランクトンに関し，水温と成長速度のモデル式が作成されており，有明海の水温の長期的変化をこのモデル式に入れて計算すると，増殖速度は季節によって一定程度増加する結果となった。実際に，冬季の珪藻赤潮の発生日数を見ると，モデル式では佐賀県・福岡県海域より増殖速度が低い熊本県海域で赤潮発生日数が大きく増加しており，また，冬季以外の季節においても珪藻赤潮の発生日数に増加傾向がみられた。水温上昇は，赤潮の増加要因の一つである可能性があるとは考えられるが，水温上昇以外の要因も大きく影響している可能性がある。
⒝透明度の上昇
透明度の上昇は，光制限を緩和し，植物プランクトンの増殖に有利に働くと一般的には考えられている。有明海の平均透明度は，ほとんどの海域で上昇が認められ，特に海域では熊本県海域の，季節では冬季における上昇率が高い。また，有明海では透明度の上昇率の大きい海域（佐賀県沖や熊本市沖）において，赤潮の発生日数が増加していることから，透明度の上昇は赤潮の発生の増加の要因の一つであると考えられる。
⒞富栄養化，貧酸素化
降雨等による淡水及び栄養塩類の流入が珪藻赤潮の発生につながるとされているが，有明海に流入する主要河川の流量に明確な傾向は認められず，負荷量も昭和５０年代に高い傾向がみられたが，その後は減少傾向にある。また，水質の栄養塩濃度（ＤＩＮ及びＤＩＰ）についても，近年増加傾向はみられない。淡水や栄養塩の流入と珪藻赤潮の長期的な増加との関係については，現在ある情報では判断ができず，陸域からの影響を大きくする他の要因（成層化等）を含めた検討が必要と思われる。
シャットネラ赤潮は，富栄養化した流速の低い海域における貧酸素水塊の形成，底泥からの栄養塩の供給と関係すると考えられ，また，鉄がシャットネラ属の増殖を促進することが知られている。有明海の湾奥西部海域や諫早湾湾奥部では底層環境の悪化が推測されているが，これらの海域においては，貧酸素水塊の形成によって底泥から鉄や栄養塩類が溶解し，貧酸素水塊の崩壊の際に窒素やリンと一緒に鉄が供給されてシャットネラ属の増殖を促進していると考えられ，貧酸素水塊の発生がシャットネラ属の赤潮の増加の一因となっているものと思われる。
⒟浄化能力の低下
平成２年以前の二枚貝による一日当たりの濾水量（夏季）は，４ないし１０億㎥であり，大潮時の干潟への海水交流量に匹敵し，アサリの最盛期における濾水量は４ないし６億㎥に達するとの推定がされている。アサリ等の二枚貝の減少は，懸濁物の除去能力を低下させ，海域の浄化能力の低下を招き，赤潮を増大させる要因の一つと考えられる。
⒠潮流の低下・潮位差の減少
一般的に，流動が弱まり，海水が滞留しやすくなると，植物プランクトンの集積が促され，赤潮が発生しやすくなる。有明海においても，小潮時にシャットネラ赤潮の発生が多いことや，クロロフィルの増加がみられることが報告されている。有明海では長期的な潮流速の低下や潮位差の減少が生じている可能性が高く，赤潮発生を増加させる要因の一つと考えられる。
（乙Ｅ５[７１ないし７４頁，８０頁]）
ｃ平成２９年委員会報告


同報告は，有明海における赤潮について，次のとおりとしている。⒜赤潮は，主に微細藻類が異常増殖することにより海水が変色する現象を総称する。赤潮の発生そのものは自然現象であるが，その発生頻度や規模は，海域の富栄養化の進行に伴って変化することが指摘されている。
有明海における海域への直接負荷量を含めた汚濁負荷量（ＣＯＤ，Ｔ―Ｎ及びＴ―Ｐ）は，昭和５０年度ないし昭和５５年度は，平成２１年度ないし平成２５年度と比較して高く，赤潮発生件数の増加時期である１９９０年代後半から減少して現在は横ばいとなっており，汚濁負荷量と赤潮発生件数の間に長期的な連動性はみられない。⒝赤潮生物は，種類によってその生理的・生態的性質や水産生物への影響が異なる。
珪藻は，昭和５９年から平成２７年までの全期間を通じ有明海における赤潮の構成種数の半数程度を占めるが，河川から栄養塩が供給されて塩分が減少し，強い照度を与える晴天が続くと底泥中の珪藻の休眠期細胞が発芽，増殖して赤潮となる。海水の透明度の上昇は，珪藻の発芽を促進して赤潮発生の原因となると考えられる。小型珪藻は，ノリ漁期に赤潮を形成すると，色落ちを引き起こす場合がある。また，気象や海象等，特殊な環境条件が整うと，秋季から冬季に大型珪藻による赤潮が発生し，ノリの色落ちによりノリ養殖業に甚大な被害を与える。
ラフィド藻赤潮は，有明海においては昭和６３年頃までほとんど確認されなかったが，その後徐々に増加している。ラフィド藻赤潮の一種であるシャットネラ赤潮は，魚類へ被害を与えるほか，発生時にアサリやサルボウ等の大量死が発生したことがあり，有明海湾奥部や諫早湾で発生頻度や規模が顕著である。一般的にラフィド藻赤潮の発生には休眠胞子からの発芽，富栄養化や貧酸素水塊の発生，競合する珪藻の衰退等が関係している。また，シャットネラ赤潮の発生時は，海底への有機物負荷が増大することにより，海域の貧酸素化が急速に進行することが知られている。さらに，遊泳能力を有しており，夜間海底近くへ沈降することが可能であるため，底層からの栄養塩の溶出はシャットネラ赤潮の栄養源となっている。渦鞭毛藻は，有明海の赤潮の構成種数において珪藻に次ぐ割合を占め，一部の種が赤潮を形成するものの，大きな漁業被害や貧酸素水塊の誘発はほとんどみられない。
（乙Ｅ１９７[１４７ないし１６４頁]）
ｄ松岡數充による「諫早湾における赤潮原因プランクトンの最近の変化」（以下「松岡論文」という。）
平成１５年４月に月刊海洋に掲載された松岡數充（長崎大学）による上記論文には，諫早湾の赤潮原因種は，珪藻，渦鞭毛藻及びラフィド藻であったが，それぞれ原因種が多様化していること，夏季に出現する貧酸素水塊は，好気性底棲生物の生息を妨げるとともに，有機物に富んだ浮泥から窒素やリンの溶出を促進することから，富栄養化が進行し，植物プランクトンの増殖に適した環境が出現していること，海外の研究により，潮流速の低下により，鞭毛を用いて鉛直移動を行う渦鞭毛藻類やラフィド藻類は，下層での栄養塩摂取が可能であるが，珪藻類は自力移動ができないため，珪藻類は，海水の攪拌が強く，栄養塩が豊富な環境で増殖が促進され，渦鞭毛藻類やラフィド藻類は，栄養塩類が豊富で海水の攪拌が弱い成層化した環境で優勢となるとされていることなどが掲げられている（甲Ｅ２３）。
ｅ市川敏弘による「諫早湾調整池内外の栄養塩とクロロフィルａ濃度の変化」（以下「市川論文」という。）
平成１８年に「海洋と生物」２８巻６号に掲載された市川敏弘（鹿児島大学）による上記論文では，本件調整池は珪酸の濃度が高く，高濃度の珪酸を含んだ水が海水によって供給されると，珪藻プランクトンの増殖を促し，珪藻赤潮の発生を加速しているとされている（甲Ｅ２５）。
ｆ磯部雅彦らによる「連続観測による有明海の水環境の現状把握」（以下「磯部論文」という。）
平成１６年８月に日本海洋学会沿岸海洋研究部会が刊行した沿岸海洋研究に掲載された磯部雅彦（東京大学大学院）らによる上記論文では，諫早湾口に近い有明海の１地点における水質の連続観測結果を中心に，有明海における赤潮の発生と貧酸素化について考察したところ，栄養塩，特に窒素が蓄積され，ある程度の濃度になること，日射が高レベルで安定することが極めて重要であることが明らかになり，栄養塩の供給には降雨が支配的であり，また，移流や鉛直混合をはじめとする流れに対する風の影響が大きいことも含めて年度ごとの赤潮や貧酸素化などの水環境を支配するのは気象条件であるとされている（乙Ｅ７０）。
検討
ａ前記   のとおり，諫早湾における赤潮の発生件数及び日数は，平成９年以降いずれも増加傾向にある。
ｂ潮流速の低下による影響について
前記ｃのとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾内，特に湾奥部及び湾央部において潮流速が低下したところ，前記ｂ⒠のとおり，平成１８年委員会報告は，有明海における赤潮発生の要因の一つとして，潮流の低下・潮位差の減少を挙げ，一般的に，流動が弱まり海水が滞留しやすくなると，植物プランクトンの集積が促され，赤潮が発生しやすくなるとしており，潮流速の低下は，赤潮発生の原因となり得るといえる。また，専門委員報告書及び松岡論文は，前記ａ及びｄのとおり，本件潮受堤防の締切りによって成層化が進行したことで，鞭毛藻の成長に有利な環境が作られ，鞭毛藻赤潮の頻発化が生じた可能性を指摘しているところ，
のとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾の湾
奥部及び湾央部において成層化が進行した可能性があることに照らせば，本件潮受堤防の締切りにより諫早湾において鞭毛藻等の成長に有利な環境が作られ，鞭毛藻赤潮が増加した可能性はあると認められる。
しかし，平成１８年委員会報告は，潮流速の低下は，あくまでも，赤潮発生の増加の原因の一つとして挙げているにすぎず，潮流速の低下が有明海の赤潮発生の主な原因であることを示しているものではない。また，専門委員報告書及び松岡論文で言及されている鞭毛
藻赤潮の増加について，本件潮受堤防の締
切りによる成層化の進行の程度は小さなものにとどまることに鑑みると，増加の主な原因であるということはできない。


かえって，前記のとおり，有明海においても八代海においても各種の赤潮の発生が増加しているところ，前記ｃ⒝のとおり，平成２９年委員会報告においては，有明海における赤潮の構成種数の半数程度を占める珪藻に関し，河川から栄養塩が供給されて塩分が減少し，強い照度を与える晴天が続くことによって赤潮となる旨指摘されていることに加え，前記ｆのとおり，赤潮の発生に必要な栄養塩の供給には降雨が支配的であって，移流や鉛直混合をはじめとする流れに対する風の影響が大きいことも含めて，年度ごとの赤潮発生等を支配するのは気象条件であるとされていることを考慮すると，諫早湾内において潮流速が低下したことによって赤潮が増加しているとまでは認められない。
この点に関し，証人Ｅは，有明海では，本件潮受堤防の締切りにより，上げ潮時に，諫早湾に満ちるはずの潮流の行く手が遮断され，行き場を失った海水が，有明湾奥部から諫早湾方向へ移流する上げ潮に押されて，結果的に有明海奥部海域の西側へ移流する潮流に合流するしかなくなり，その結果，有明海奥部海域では，反時計回りの恒流が減少し，その結果，有明海に対する河川水等からの負荷が減少しているにもかかわらず，赤潮の発生が増加しているとして本件潮受堤防の締切りにより有明海の流速にも影響が生じている旨の証言をし，Ｅ論文及び同人による「長崎地裁の尋問を踏まえた追加意見書」（甲Ｅ１６６）にも同旨の記載がある。しかし，前記ａ⒞の事実に照らせば，有明海奥部海域において反時計回りの還流があることは認められるが，本件潮受堤防の締切りによって有明海奥部海域において反時計回りの恒流が減少したという点及びその結果，赤潮の発生が増加しているという点については，前記ａ
とおり，有明海湾奥部に関して本件事業による流速の
変化は，月の昇交点運動による潮汐振幅の変動の影響に比べて非常に小さいとする見解があることに照らしても，また，本件事業による潮流速に対する影響が生じたとは認められない八代海においても赤潮発生が増加していることに照らしても，直ちには採用することができない。
ｃ本件調整池からの排水による影響について
前記のとおり，本件調整池内の水質は，本件潮受堤防の締切りによってＣＯＤの値及びクロロフィルａ濃度が上昇している。また，前記ｅの市川論文の内容は，本件調整池からの排水が珪藻赤潮の発生を増加させているとするものである。
しかし，ａ⒟のとおり，諫早湾における栄養塩の   約８５％は筑後川をはじめとする有明海に流入する河川によって供給されていると推定されていることに加え，証拠（乙Ｅ２６，１９６）によれば，平成２９年委員会報告（乙Ｅ１９７[９０頁]）及びフォローアップ報告書（乙Ｅ２６[３－２－７８ないし８２，３－２－１０３ないし１０７頁]）において，諫早湾の水質（表層，中層及び下層）は，本件締切りの直後にＣＯＤが一時的に上昇したほかは，本件締切りの前後で諫早湾内におけるＣＯＤの値やクロロフィルａ濃度について有意な変化はなかったとされたことが認められる。さらに，前記の赤潮の発生件数について，珪藻類による赤潮が恒常的に多いとか，増加傾向にあるとも認められず，このことは，市川論文の内容とは整合しない。また，前記ｃ⒜のとおり，有明海全体に関する報告であるとはいえ，汚濁負荷量と赤潮発生件数の間に長期的な連動性はみられない旨指摘されていることに照らせば，本件調整池からの排水が諫早湾における赤潮を増加させているとは認められない。ｄ原告らは，ラフィド藻赤潮の一種であるシャットネラ赤潮について，①本件潮受堤防の締切りが貧酸素水塊形成の原因となっているところ，貧酸素水塊の形成により海域底層の底泥から鉄や栄養塩類が溶解し，貧酸素水塊の崩壊に際して窒素やリンと共に鉄が供給されることでシャットネラ赤潮の発生が促進されている旨，②本件調整池から，ＤＩＮ／ＤＩＰ比が低い，すなわち，相対的にＤＩＮ（無機態窒素）が少ない水が排水されることにより，諫早湾内で珪藻以外の植物プランクトン（シャットネラ属を含む。）が増加しやすい環境が形成されている旨主張する。
原告らの主張のうち①に関し，前記ｂ⒞のとおり，平成１８年委員会報告において，諫早湾湾奥部では底質環境の悪化が推測されており，貧酸素水塊の形成によって底泥から鉄や栄養塩類が溶解し，貧酸素水塊の崩壊の際に窒素やリンと一緒に鉄が供給されてシャットネラ属の増殖を促進していると考えられる旨の指摘がされている。そして，前記ｃ⒝のとおり，平成２９年委員会報告では，有明海においてはシャットネラ赤潮が増加しており，特に諫早湾で発生頻度が顕著であると指摘されていること，前記のとおり，諫早湾におけるラフィド藻赤潮の発生日数も，年によって増減するものの全体としては増加傾向にあること，後記イのとおり，本件潮受堤防の締切りにより，諫早湾の湾奥部及び湾央部において貧酸素化が進行したと認められることに照らせば，本件潮受堤防の締切りによる貧酸素化の進行がシャットネラ赤潮の発生に影響を与えている可能性があると認められる。しかし，後記イのとおり，本件潮受堤防の締切りは，貧酸素化の進行の一因にすぎず，その寄与の程度も大きなものとは認められないこと，前記のとおり，有明海及び八代海，とりわけ八代海においてもラフィド藻類による赤潮が増加していることに鑑みると，前記の可能性は大きいとはいえず，本件潮受堤防の締切りによってシャットネラ赤潮が増加したとまでは認められない。