法人税法上の公益法人等が普通法人に移行する場合、移行日前の収益事業以外の事業（以下「非収益事業」という。）から生じた所得の金額又は欠損金額の累積額としてそれぞれ政令で定めるところにより計算した金額（累積所得金額又は累積欠損金額。以下、併せて「累積所得金額等」という。）に相当する金額は、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金又は損金の額に算入される（同法６４条の４第１項）。これにより、移行前の公益法人等としての非収益事業から生じた所得の累積額等につき、清算的な課税がされることとなる。
ただし、特例民法法人である公益法人等が普通法人に移行する場合には、移行日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額は、累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額に加算することとされている（法人税法６４条の４第３項、施行令１３１条の５第１項３号）。これにより、当該政令で定める金額については、清算的な課税の対象から除外されることとなる。
イ移行日の属する事業年度以後の各事業年度における課税特例民法法人である公益法人等から移行した普通法人は、公益目的支出計画に従い、公益目的財産額に相当する金額から、各事業年度末日における公益目的収支差額（整備法施行規則２３条２項）を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出を続けることとなる（整備法１１９条１項、２項、１２３条、１２４条）。そして、移行日の属する事業年度以後の各事業年度においては、公益目的支出の額（整備法１１９条２項１号）が公益目的支出計画に係る公益事業から生ずる実施事業収入の額（同項２号）を超えるときは、その超える部分の金額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額（施行令１３１条の５第７項）を超えない限り、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入されない（同条５項）。他方、実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（調整公益目的財産残額がある場合に限る。）は、その超える部分の金額（収入超過額）は、当該法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入されない（同条６項）。このような課税関係は、当該法人が、公益目的財産残額が零となったとして認可行政庁から受ける、公益目的支出計画の実施が完了したことの確認（整備法１２４条）に係る事業年度まで継続される。
２前提事実
原告の法人格等
原告は、Ｂ寺伝承の文化等を興隆する事業を行い、広く国民の教化善導を図ること等を目的とする一般財団法人である（甲１）。原告は、整備法４２条２項に定める特例民法法人であったが、整備法４５条に基づく内閣府の認可を受け、平成２３年２月３日（以下「本件移行日」という。）に登記を経て、一般財団法人へと移行するとともに、その名称を現在のものへと変更した（以下、同移行前の原告を「移行前の原告」、同移行後の原告を「移行後の原告」ということがある。）。移行前の原告の最終の事業年度は、平成２２年４月１日から本件移行日の前日である平成２３年２月２日までであった（以下「移行前最終事業年度」という。）。また、移行後の原告の最初の事業年度は同月３日（本件移行日）から同年３月３１日まで（以下「平成２３年３月期」という。）であったが、その後の事業年度は毎年４月１日から翌年３月３１日までである。
原告における本件移行日前後の会計処理等
ア有価証券に関する会計処理等
原告の保有する有価証券
原告は、本件移行日より前に、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「銘柄」欄記載の有価証券（以下「本件各譲渡有価証券」という。）を、「移行前取得価額②」欄記載の金額の対価を支払うなどして取得し、本件移行日の前日の時点で、これらを非収益事業に属する資産として保有していた（以下、本件各譲渡有価証券を含め、本件移行日の前日の時点で原告が非収益事業に属する資産として保有していた有価証券を「本件各移行有価証券」といい、移行前の原告がこれを取得した対価の額を「移行前取得価額」という。）。原告は、本件移行日より前には、本件各移行有価証券につき、移行前取得価額をもってその帳簿価額としていた。
有価証券の評価替え
原告は、本件各移行有価証券につき、平成２３年３月１３日及び同年４月１３日、平成２２年４月１日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上し、さらに、平成２３年３月２１日及び同年４月１３日、本件移行日の前日である同年２月２日付けの会計処理として、同日の時価に基づいて算出した評価損を計上した。これらの会計処理を行う前は、原告の貸借対照表上の本件各譲渡有価証券の帳簿価額は移行前取得価額であったが、これらの会計処理を行った結果、別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の「被告主張譲渡原価の額⑤」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券処理後価額」という。）となった。
有価証券の譲渡等
原告は、本件各譲渡有価証券のうち、別紙４の１「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２５年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２５年３月期に、別紙４の２「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２６年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２６年３月期に、別紙４の３「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成２７年３月期）」の「銘柄」欄記載の有価証券を平成２７年３月期に、各「譲渡対価の額①」欄記載の金額（以下「本件各譲渡有価証券譲渡対価額」という。）の対価をもって譲渡し、又はその償還を受けた。前記の評価損が計上された後、上記の譲渡又は償還（以下、併せて「譲渡等」という。）までの間に、本件各譲渡有価証券の帳簿価額が変動したことはなく、また、原告が本件各譲渡有価証券と同一の銘柄の有価証券を取得したこともなかったため、上記の各譲渡等の時点における本件各譲渡有価証券の帳簿価額は、本件各譲渡有価証券処理後価額であった。
イ減価償却資産に関する会計処理
原告の保有する減価償却資産


原告は、本件移行日の前日の時点で、減価償却資産（以下、本件移行日の前日の時点で原告が保有していた減価償却資産を「本件各減価償却資産」という。）を保有しており、その帳簿価額（以下「本件各減価償却資産処理前価額」という。）の合計額は１８０億９７２９万１２８２円であった。本件各減価償却資産の中には、本件移行日の前日の時点で、収益事業に属していた減価償却資産（以下「本件各収益事業帰属減価償却資産」という。）と、非収益事業に属していた減価償却資産（以下「本件各移行減価償却資産」という。）との双方が含まれていた。
移行前最終事業年度における減価償却費の計上
原告は、平成２３年３月１２日、平成２２年４月１日付けの会計処理として、本件各減価償却資産の「過年度減価償却費」として５２億８６２３万３１０７円を計上し、さらに、平成２３年３月１５日及び同月２１日、本件移行日の前日である同年２月２日付けの会計処理として、減価償却費として合計２億１６３４万０４１８円を計上した。これらの会計処理の結果、本件移行日の前日における本件各減価償却資産の帳簿価額（以下「本件各減価償却資産処理後価額」という。）の合計額は、上記の「過年度減価償却費」及び減価償却費を合計した５５億０２５７万３５２５円減額され、１２５億９４７１万７７５７円となった。
本件各事業年度における減価償却費の計上
原告は、本件各事業年度において、本件各減価償却資産処理後価額を基に計算される償却限度額と同額の減価償却費の額を正味財産増減計算書に計上した。
確定申告及びその後の手続
ア確定申告
原告は、本件各事業年度の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期及び平成３０年３月期の地方法人税につき、各法定申告期限内に、処分行政庁に対する確定申告（その内容は、別表１－１から７まで、別表２－１及び２並びに別表３－１及び２（以下、併せて「別表」という。）の各「確定申告」欄記載のとおりである。以下、併せて「本件各確定申告」という。）を行った（乙１３から２１まで）。
イ有価証券の譲渡損益に関する確定申告の内容及びその後の手続
本件各確定申告の内容
原告は、本件各確定申告においては、本件各譲渡有価証券の譲渡に際し、移行前取得価額を譲渡原価とし、移行前取得価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額である別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各「原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③（①－②）」欄記載の金額をもって譲渡損益とした。
更正処分
処分行政庁は、平成３０年５月３０日付けで、原告に対し、平成２５年３月期から平成２７年３月期まで及び平成２９年３月期の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期の地方法人税（以下、併せて「本件各更正処分対象法人税等」という。）について、それぞれ更正処分及び過少申告加算税の賦課決定処分（ただし、平成２９年３月期の地方法人税については、更正処分のみ。それらの内容は、別表の各「更正・賦課決定処分」欄又は「更正処分」欄記載のとおりである。以下、併せて「本件各更正処分等」という。）を行った。本件各更正処分等の理由は、本件各譲渡有価証券処理後価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額をもって本件各譲渡有価証券の譲渡損益とすべきであったにもかかわらず、本件各確定申告においては、前記のとおり、移行前取得価額と本件各譲渡有価証券譲渡対価額との差額をもって譲渡損益とされているから、本件各譲渡有価証券処理後価額と移行前取得価額との差額に相当する金額の譲渡損益の計上漏れがある、というものであった（甲５の１から７まで）。
本件各更正処分等に対する不服申立て
原告は、平成３０年８月２９日、処分行政庁に対し、本件各更正処分等の全部の取消しを求めて再調査を請求した（乙２４）。処分行政庁は、平成３１年４月２３日付けで、同請求を棄却する旨の決定を行った（甲８）。
原告は、令和元年５月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各更正処分等の全部の取消しを求めて審査請求を行ったが（甲９）、本件訴えの提起後である同年１１月１８日、同請求を取り下げた（乙２）。ウ減価償却額に関する確定申告の内容及びその後の手続
本件各確定申告の内容
原告は、本件各確定申告においては、前記イのとおり、本件各減価償却資産につき、本件各減価償却資産処理後価額を基に計算される償却限度額と同額の減価償却費の額を正味財産増減計算書に計上した。
更正の請求
原告は、平成３０年１２月１０日、処分行政庁に対し、本件各事業年度の法人税、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税並びに平成２９年３月期及び平成３０年３月期の地方法人税について、本件各減価償却資産に係る減価償却費の損金算入不足額があるとして、その損金算入を求める内容の各更正の請求（その内容は、別表の各「更正の請求」欄記載のとおりである。）を行った。同請求の理由は、本件各事業年度における減価償却は、前記イの「過年度減価償却費」及び減価償却費の計上前の帳簿価額である本件各減価償却資産処理前価額に基づいて行うべきであるにもかかわらず、同計上後の帳簿価額である本件各減価償却資産処理後価額に基づいて行った本件各確定申告における減価償却は誤りであったというものであった（甲６の１から９まで）。処分行政庁は、平成３１年４月２４日付けで、原告に対し、上記各更正の請求に対して、いずれについても更正をすべき理由がない旨の通知処分（以下「本件各通知処分」といい、本件各通知処分のうち、本件各更正処分対象法人税等の各更正の請求に対する処分を「本件各更正処分対象法人税等通知処分」という。）を行った。その理由は、本件各事業年度の間における減価償却に係る償却限度額は、本件減価償却資産処理後価額を基に計算するのが正しく、本件各確定申告における減価償却費の損金算入額に誤りがあるとは認められないというものであった（甲７の１から１１まで）。
本件各通知処分に対する不服申立て


原告は、令和元年５月２４日、国税不服審判所長に対し、本件各通知処分の全部の取消しを求めて審査請求を行ったが（甲１０）、本件訴えの提起後である同年１１月１８日、同請求を取り下げた（乙２）。
エ本件訴えの提起
原告は、令和元年１０月１５日、本件訴えを提起した。
３争点
本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益
本件各更正処分等の適法性
ア施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係
イ施行令１３１条の６の適法性
政令委任の限界
法人税法による委任の範囲の逸脱の有無
ウ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義エ施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額
本件各通知処分の適法性
ア本件各移行減価償却資産について
損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）
償却限度額
ａ施行令４８条１項１号イ   の意義及び本件における適用関係
ｂ施行令１３１条の６の適法性
⒜政令委任の限界
⒝法人税法による委任の範囲の逸脱の有無
ｃ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義ｄ施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額
イ本件各収益事業帰属減価償却資産について
４争点に対する当事者の主張
本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益
ア原告の主張
同一事業年度の法人税又は同一課税事業年度の復興特別法人税若しくは地方法人税について、増額更正処分がされるとともに、更正の請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分がされた場合、増額更正処分は、同処分により納税者の納付すべき税額を改めて確定するものであって、納税者が更正の請求の手続を行うことなくその取消しを求めることができるのは、同処分に係る税額のうち納税者の申告に係る税額を超える部分のみであるのに対し、更正をすべき理由がない旨の通知処分は、納税者からの更正の請求において理由とされたところをもって減額更正処分をすることを拒否し、納付すべき税額が申告により既に確定したとおりであることを確認する意味を持つものであるから、これらの処分は、内容を異にし別個の効果を有する処分である。したがって、このような場合であっても、通知処分の取消しを求める訴えの利益はある。
本件においては、本件各更正処分対象法人税等については、本件各更正処分等がされるとともに、本件各事業年度の法人税等の各更正の請求に対して本件各通知処分がされており、原告はその双方の処分の取消しを求めているところ、この点を理由として、本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求めるにつき訴えの利益が否定されることにはならない。
イ被告の主張
同一事業年度の法人税又は同一課税事業年度の復興特別法人税若しくは地方法人税について、増額更正処分がされるとともに、更正の請求に対して更正をすべき理由がない旨の通知処分がされた場合、通知処分は、申告税額の減少のみに関わるのに対し、増額更正処分は、納付すべき税額の全体に関わり、実質的には申告税額等を正当でないものとして否定し、これに増額変更を加えて税額の総額を確定するものであるから、増額更正処分の内容は、通知処分の内容を包摂する関係にある。したがって、そのような場合、その税額等を争う納税者は、増額更正処分に対する取消訴訟の中で、通知処分における減額更正をしない旨の判断に存する違法を主張し、申告税額等を下回る額にまで増額更正処分の取消しを求めれば足りるから、通知処分の取消しを求める訴えの利益は認められない。本件においては、本件各更正処分対象法人税等につき、本件各更正処分等がされるとともに、本件各事業年度の法人税等の各更正の請求に対して本件各通知処分がされており、原告はその双方の処分の取消しを求めているところ、上記の理由から、本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求める訴えは、訴えの利益を欠くものであり不適法である。
本件各更正処分等の適法性
ア施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係
被告の主張
公益法人等の非収益事業から生じた所得については法人税が課されない（法人税法７条）ため、同法第２編及び第３編の規定は適用されないことからすると、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することは、施行令１１９条１項及び１１９条の２第１項１号にいう「取得」に含まれない。また、公益法人等が、普通法人への移行前に、非収益事業に属する資産として同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得し、普通法人への移行後、さらに同一銘柄の有価証券を取得した場合においては、当該移行後の取得に係る同号にいう「その取得の直前の帳簿価額」とは、当該移行後の取得の直前の税務上の帳簿価額を意味し、同取得後の「一単位当たりの帳簿価額」は、同取得の直前の税務上の帳簿価額と、同取得に係る取得価額との合計額を、当該有価証券の総数で除した平均単価をもって計算されることになる。そうすると、公益法人等が、普通法人への移行前に、非収益事業に属する資産として同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得し、普通法人への移行後、同一銘柄の有価証券を追加取得することなく、当該有価証券を譲渡した場合、「その取得の直前の帳簿価額」とは、当該有価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味すると解すべきである。本件各譲渡有価証券については、公益法人等であった移行前の原告が非収益事業に属する資産として取得し、本件移行日後には同一銘柄の有価証券を追加取得することなく、譲渡したものであり、本件各譲渡有価証券に係る「その取得の直前の帳簿価額」とは、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するから、譲渡直前の税務上の帳簿価額をその有価証券の総数で除した平均単価が「一単位当たりの帳簿価額」となる。そして、原告は、本件移行日以降、本件各譲渡有価証券を譲渡するまでの間に、帳簿価額の増減を伴う評価替えをしていないから、本件各譲渡有価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額は、本件移行日における税務上の帳簿価額と同額である。したがって、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」は、本件移行日における税務上の帳簿価額であることになる。
施行令１１９条の２第１項１号につき上記のとおり解すべき理由は、以下のとおりである。
ａ二重の所得金額の減少の防止


法人税法６１条の２第１項２号は、有価証券の譲渡損益額の算定の基礎となる譲渡原価の額につき、取得価額ではなく、一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額とする旨定めている。これは、有価証券の保有期間中における評価替えにより生ずる課税関係と整合した形で譲渡原価を定めることにより、有価証券の譲渡に伴う譲渡損益額に対する課税の際に、評価益の額に相当する金額を二重に益金の額に算入させ又は損金の額に算入させず、もって、所得の金額を二重に増額させ、あるいは、評価損の額に相当する金額を二重に損金の額に算入させ又は益金の額に算入させず、もって、所得の金額を二重に減少させること（以下「二重の所得減少」という。）を防止し、課税の公平を図るためである。
そして、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額されている場合には、当該評価損の額相当額につき、調整公益目的財産残額が少額となり、それゆえ支出超過額の損金への算入額が多額となることによって、移行後の各事業年度において所得の金額が減少することがあり得る。一方で、原告の主張するように、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得の直前の帳簿価額」を、評価損の額を計上する前の会計上の取得価額を意味するものと解すると、当該評価損の額相当額が譲渡原価の額に含まれたままとなる結果、譲渡利益額が少額となり、又は譲渡損失額が多額となることによって、上記評価損の額相当額につき、有価証券の譲渡の際においても所得の金額が減少するため、この点において、二重の所得減少が生じ得る。このような事態は、課税上の公平性を欠き、法人税法６１条の２第１項２号の趣旨に反するものである。したがって、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額されている場合には、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するものと解すべきである。
なお、評価損の額の計上による減額部分につき、調整公益目的財産残額が少額となることによっては、所得の金額が減少しない場合があり得るとしても、そのような不明確かつ不確定な予測にすぎない事情をもって、上記解釈の正当性が左右されるものではない。
ｂ取得価額が判明しない可能性
公益法人等が有価証券を取得した後、長期間経過した後に普通法人に移行する場合、取得時及びその後の会計上の帳簿が全て保存されていない可能性があり、かつ、移行時点で保存されている会計上の帳簿の記載のみから、各取得時における取得価額を特定した上、各取得時の取得価額及び各取得の直前又は各取得の日の属する事業年度開始時の帳簿価額を基礎として、移行後の譲渡時の譲渡原価の額を納税者及び課税庁において算定することは、事実上不可能であることが十分あり得る。一方、法人税法６４条の４第６項及び６５条の委任を受けた施行令１３１条の６は、累積所得金額等を計算する場合の移行時資産等（同条に定める移行時資産等をいう。以下同じ。）の帳簿価額を定めるのみならず、その定められた移行時資産等の移行時の帳簿価額を前提としてその後記帳がされ、その帳簿価額が、同法２２条から６４条までの各規定のうち帳簿価額をその課税要件の計算の基礎等とするものにおける帳簿価額として用いられると解すれば、上記のような問題は生じない。それゆえ、移動平均法を定める施行令１１９条の２第１項１号も、このような仕組みを前提として定められているものとみるのが相当であり、同号にいう「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味するものと解釈すべきである。
ｃ原告の指摘するその余の問題点について
原告は、被告の主張する解釈の問題点を指摘するが、かかる指摘は、以下のとおり、いずれも失当である。
⒜原告は、後記   ｃ⒜のとおり主張するが、施行令１１９条の２第１項１号の定める移動平均法は、当該有価証券の譲渡の直前の帳簿価額をその総数で除して平均単価を算出するのと同義である以上、同号にいう「取得」がない場合に上記のとおり解することが文理解釈として無理があるとはいえない。また、「取得」が存在しないことと、移行法人が移行時資産等に該当する有価証券（以下「移行時資産等有価証券」という。）を保有しないこととは同義ではないから、被告の主張が「背理」であるとはいえない。
⒝原告が後記   ｃ⒝のとおり指摘する法人税法６４条の４第１項に定める累積所得金額等の計算は、公益法人等から普通法人に移行することで非収益事業に係る所得の累積額が課税対象となる局面であって、移行前の公益法人等の非収益事業につき同法第２編の規定を適用しているものではない。
原告の主張
公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得する場合も、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に当たり、施行令１１９条によって計算されるその取得価額が、同号にいう「その取得をした有価証券の取得価額」である。したがって、本件各譲渡有価証券に係る「その取得をした有価証券の取得価額」とは、施行令１１９条に基づき計算されるその取得価額、すなわち移行前取得価額であり、これを当該銘柄の有価証券の総数で除して算出される平均単価が、法人税法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」となる。
被告は、公益法人等であった移行前の原告が、非収益事業に属する資産として有価証券を取得し、本件移行日後に同一銘柄の有価証券を追加取得することなく譲渡した場合においては、当該有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」とは、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味する旨主張するが、かかる解釈は以下のとおり誤りである。
ａ二重の所得減少の防止
有価証券の譲渡損失については損金の額に算入できるのが原則であることなどからすれば、調整公益目的財産残額が少額になることによって、評価損の額相当額につき所得の金額が減少すると評価することはできない。


また、少なくとも、移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合は、調整公益目的財産残額より先に公益目的財産残額が零になり、公益目的支出計画の実施完了の確認を受けることによって、調整公益目的財産残額を限度とする損金算入制限が終了することからすれば、調整公益目的財産残額が少額となることによって、所得の金額が評価損の額相当額分減少することにはならず、二重の所得減少も生じ得ないから、このような場合にあっては、被告の主張する解釈は、むしろ法人税法６１条の２第１項２号の趣旨である二重の損益算入の防止に適合しないことになる。
ｂ取得価額が判明しない可能性
被告は、公益法人等が普通法人へと移行する前に取得した有価証券について、会計上の帳簿が全て保存されていない可能性がある点を指摘するが、抽象的な可能性に過ぎず、移行前に取得した有価証券一般について被告の主張する解釈を採用すべき理由とはならない。
ｃその余の問題点
⒜被告の主張する前記   の解釈は、施行令１１９条の２第１項１号の文言から読み取ることができないし、仮にかかる解釈をしたとしても、同号及び法人税法６１条の２第１項２号の文言上、「その有価証券のその取得の直前の帳簿価額」が「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」となるものではない。また、被告の解釈によると、移行法人の移行前の非収益事業に属する有価証券の「取得」が存在しないにもかかわらず当該有価証券を保有していることになり、背理である。
⒝被告は前記   のとおり主張するが、法人税法７条は、公益法人等における収益事業から生じた所得以外の所得について法人税を課さないことを定めるに過ぎず、公益法人等の非収益事業に同法第２編及び第３編の規定が適用されないことを定めるものとは解されない。また、被告の主張によっても、同法６４条の４第１項に定める累積所得金額等の計算に当たっては、移行法人の非収益事業に属する資産の帳簿価額が累積所得金額等に含まれるとされ、公益法人等の非収益事業に同法第２編の規定を適用している。したがって、同法７条の規定を根拠として、移行前の非収益事業に属する有価証券の取得が施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に該当しないと解することはできない。
イ施行令１３１条の６の適法性
政令委任の限界
ａ被告の主張
前記アのとおり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」とは本件移行日における税務上の帳簿価額であるところ、ここでいう本件移行日における税務上の帳簿価額の算定に当たっては、施行令１３１条の６が適用されるから、本件移行日における「その帳簿に記載されていた金額」が、本件移行日における税務上の帳簿価額となる。
憲法の採用する租税法律主義の趣旨からすれば、課税要件等の定めを一般的又は包括的に政令に委任することは許されず、課税要件等に係る基本的事項については法律において定めることを要するが、その技術的細目的事項については、政令に委任することが許される。そして、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、同法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」を算出するための技術的細目的事項を定めたものであって、かかる委任は、租税法律主義に違反するものではない。なお、施行令１３１条の６は、累積所得金額等の計算に用いる移行時資産等の帳簿価額に関して定める部分については、同法６４条の４第６項の委任を受けている。
また、後記ｂの原告の主張は、以下のとおりいずれも失当である。
⒜法人税法６５条の文言
施行令には、法人税法６５条を含む複数の条項からの委任を受けて、当該各条項の適用場面で機能する規定が複数存在するから、施行令１３１条の６が同法６４条の４第６項の委任を受けているからといって、同法６５条の委任を受けることがあり得ないとはいえない。
⒝法令の体系上の位置付け
法人税法６５条の委任を受けた施行令の規定は、施行令第２編第１章第１節第４款以外にも存在するから、施行令１３１条の６が同款に存在しないことをもって、同法６５条の委任を受けていないことにはならない。
⒞施行令１３１条の６の内容
移行法人が、移行後の事業年度において所得の金額を計算するに当たり、移行前の法人が有していた非収益事業に属する資産の帳簿価額を基礎とする場合は、法人税法６１条の２第１項２号が適用される場合に限られない。施行令１３１条の６は、移行時の帳簿価額を定め、移行法人の所得計算において、移行時資産等の移行時の会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることを前提として、施行令の各種計算規定を具体的にどのように適用するかは、解釈に委ねたものと解するのが相当である。したがって、同条が、委任を受けた規定であることを明示する文言を用いるなどの定め方をしていないことをもって、同条が同法６５条の委任を受けた規定ではないということはできない。
⒟法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項との関係移行法人が移行時資産等有価証券を移行後に譲渡し、移動平均法により譲渡原価の額の算定の基礎となる「一単位当たりの帳簿価額」を算出する場合、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」とは、移行後の同一銘柄の有価証券の追加取得を指し、移行時資産等有価証券について移行後の追加取得がない場合には、「その有価証券のその取得の直前の帳簿価額」は、譲渡直前の税務上の帳簿価額を意味すると解すべきであって、施行令１３１条の６は、当該「譲渡直前の税務上の帳簿価額」について、移行時の帳簿価額を基礎に算定するというものであるから、同条は、法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項の委任を受けた施行令１１９条の２第１項１号の内容を変更するものではない。
ｂ原告の主張
施行令１３１条の６は、以下のとおり、法人税法６５条の委任を受けて、同法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」を算出するための技術的細目的事項を定めたものということはできず、法律の委任を受けずに課税要件を定めるものであるから、憲法８４条に違反し、無効である。したがって、本件各更正処分等は、無効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。
⒜法人税法６５条の文言


法人税法６５条は、同法２２条から６４条の４まで「に定めるもののほか、各事業年度の所得の金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。」とするものであるから、同法２２条から６４条の４までの各規定が定める事項について、重複して政令に委任することはその文言上想定されていない。したがって、同法６４条の４第６項の委任を受けて定められた施行令１３１条の６が、同法６５条の委任を重複して受けていることはあり得ない。
⒝法令の体系上の位置付け
施行令１３１条の６は、施行令第２編第１章第１節第３款の４「公益法人等が普通法人等に移行する場合の所得の金額の計算」に置かれた規定であるところ、これが対応するのは、同じ款名を持つ法人税法第２編第１章第１節第１０款である。一方で、同法６５条が置かれているのは同節第１１款であって、同款に対応するのは、施行令第２編第１章第１節第４款である。したがって、施行令１３１条の６が同法６５条の委任を受けた規定であるとは解し得ない。
⒞施行令１３１条の６の内容
施行令１３１条の６は、移行時資産等の移行時の帳簿価額について規定するのみであり、委任を受けた規定であることを明示する文言を欠くことに加え、その文言及び内容は法人税法６１条の２第２３項の委任を受けて同条１項２号の「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法」の一つである移動平均法の具体的内容を定める施行令１１９条の２第１項１号と関係しないし、同方法による算出の基礎となる「取得価額」（施行令１１９条）について定めるものでもないのであるから、同法６１条の２第１項２号を適用するために必要な技術的細目的事項を規定したものと解する余地はない。⒟法人税法６１条の２第１項２号及び同条２３項との関係法人税法６１条の２第１項２号の定める「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法」は、同条２３項の委任を受けた施行令１１９条以下の規定においてその具体的内容が文言上一義的に定められているのであって、同法６５条は、これらの規定の内容を変更することを政令に委任したものとは解されない。被告の主張によれば、移行前の単一の取得しかない非収益事業に属する有価証券については、施行令１３１条の６の適用により決まる移行時の帳簿価額が「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」になるというのであり、これは、上記の規定の内容を変更するものにほかならないから、同条は同法６５条の委任を受けた規定ではあり得ない。
法人税法による委任の範囲の逸脱の有無
ａ被告の主張
前記アａのとおり、公益法人等が非収益事業に属する資産として取得した有価証券について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上した場合、調整公益目的財産残額が少額となることにより、所得の金額が評価損の額相当額分減少し得るのであるから、この場合に施行令１３１条の６を適用することは、法人税法６１条の２第１項２号の趣旨に反せず、同法６５条の委任の範囲を超えるものではないし、二重の所得減少が生じない場合があり得るとしても、かかる結論を左右するものではない。
ｂ原告の主張
仮に、施行令１３１条の６が法人税法６５条の委任を受けた規定であるとしても、前記アａのとおり、一般的に、あるいは少なくとも移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合は、調整公益目的財産残額が少額になることによって、所得の金額が評価損の額相当額分減少するとはいえないことからすれば、施行令１３１条の６は、修正公益目的財産残額の計算の基礎に含まれる資産に対して適用される限度で、あるいは、少なくとも同資産に対して適用され、かつ、移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合に適用される限度では、同法６５条の委任の範囲を超えており、無効である。
そして、本件各譲渡有価証券は、全て修正公益目的財産残額の計算の基礎に含まれる資産であり、かつ、本件移行日における調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回っていたから、本件各更正処分等は、無効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。ウ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義
被告の主張
前記アのとおり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」（施行令１１９条の２第１項１号）とは、税務上の帳簿価額であり、施行令１３１条の６により定まる。そして、同条にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、以下のとおり、移行時の会計上の帳簿価額、すなわち評価損益の計上を含む決算整理仕訳の結果を反映した帳簿価額を意味するものと解釈すべきである。したがって、本件各譲渡有価証券に係る「その帳簿に記載されていた金額」とは、本件各譲渡有価証券処理後価額である。
ａ施行令１３１条の６の趣旨は、公益法人等が普通法人に移行する場合、非収益事業に属していた資産及び負債には会計上の帳簿価額しか付されていないため、この場合における税務上の帳簿価額に関する規定を明確化することにある。その趣旨及び同条の文言からすれば、同条にいう「帳簿」とは、決算整理を反映した会計上の帳簿をいうことは明らかである。
前記イａのとおり、移行法人が移行時資産等有価証券を移行後に譲渡した場合における譲渡原価の額は、移行時の税務上の帳簿価額を基礎として算定すべきであるところ、上記の解釈はこれと整合するものである。さらに、移行日における調整公益目的財産残額は、移行前の法人の最終事業年度の末日を基準とした決算整理後の貸借対照表を基礎として計算することを前提としているところ、上記の解釈はこれとも整合する。
ｂ原告の主張するように、「その帳簿に記載されていた金額」とは実際の帳簿に実際に記載されていた金額をいうものと解釈するとすれば、決算整理前の金額をもって帳簿価額とすることになるから、決算整理における有価証券の評価替えや減価償却資産の償却費の計上が反映されないだけでなく、例えば決算整理において当初誤って入力されていた仕訳の修正入力を行った場合、当該誤った仕訳に基づく金額が帳簿価額となることになるものであって、最終的に財務諸表に記載された帳簿価額による資産等の移行ができないことになり、不合理である。
原告の主張


仮に、被告の主張するとおり、施行令１３１条の６が有効であり、本件各譲渡有価証券の「その取得の直前の帳簿価額」、すなわち税務上の帳簿価額の算定において適用されるものであるとしても、以下のとおり、同条にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行日において実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味するものと解釈すべきであって、被告の主張する解釈は、同条の文言に反するものである。したがって、本件各譲渡有価証券に係る「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行前取得価額である。
ａ施行令１３１条の６の趣旨が、累積所得金額等の計算方法が納税者ごとに区々となることを防止し、課税の公平を図ることにあるとすれば、原告の主張するように「その帳簿に記載されていた金額」は移行日において実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味するものと解釈すれば、同金額を直接かつ一義的に導くことのできる明確な基準となり、上記趣旨に沿うのに対し、被告の主張するように決算整理を反映した会計上の帳簿価額を意味するものと解釈すれば、決算整理により移行日の資産の会計上の帳簿価額が明らかになるわけではないから、同価額を一義的に明確に決めることができず、かえって上記趣旨に反することになる。
ｂ決算整理は、そもそも財務諸表の作成という帳簿外の手続のために行われるものであり、帳簿上の手続の中で、移行日における資産及び負債の帳簿価額を算定するために行われるものではない。また、決算整理を経て作成される財務諸表には、期首の帳簿価額とは全く異なることもある期末の帳簿価額のみが表示されるものであって、決算整理により、移行日の属する事業年度の期首、すなわち移行日における資産の会計上の帳簿価額が明らかになるものではない。
エ施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額
被告の主張
仮に、施行令１３１条の６が無効又は本件に適用されないとした場合であっても、本件各譲渡有価証券の譲渡原価の額は、決算整理後の貸借対照表を用いて税務上の帳簿価額を算定するものと解すべきである。なぜなら、移行法人は、整備法６０条に基づき作成が義務付けられる貸借対照表の資産の額を基礎として公益目的財産額を算定し、移行登記の日から３か月以内に、公益目的財産額及び算定日における貸借対照表等を提出することが義務付けられ、行政庁がその金額に誤りがないことを確認することで、公益目的財産額が確定する仕組みとなっているのであるから、公益目的財産額は、移行後に決算整理を行って確定した貸借対照表に基づき確定することが当然の前提とされているのであって、移行時資産等に係る税務上の帳簿価額についても、決算整理後の貸借対照表を用いて算定するのが合理的であるからである。このような方法は、法人税法の定める確定決算主義（同法７４条）や一般に公正妥当と認められる会計処理の基準（同法２２条４項）に反するものでもない。そして、前記アのとおり、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」とは、移行後の同一銘柄の有価証券の追加取得を指すと解すべきであり、移行後に同一銘柄の追加取得がない移行時資産等有価証券については、「その取得の直前の帳簿価額」とは、移行時に付された税務上の帳簿価額を基礎とする、譲渡直前の帳簿価額を指すと解すべきである。したがって、施行令１３１条の６が無効又は本件に適用されないとしても、決算整理後の貸借対照表に基づく移行時資産等有価証券の帳簿価額をもって譲渡原価とすべきであるから、これと同旨の計算に基づく本件各更正処分等はその結論において誤りがない。
原告の主張
前記の被告の解釈は、法令の根拠なく有価証券の譲渡損益額の算定の基礎となる「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」（法人税法６１条の２第１項２号）という課税要件を定めているものにほかならないから、租税法律主義（憲法８４条）の内容である課税要件法定主義に照らして、正当化される余地がない。
本件各通知処分の適法性
ア本件各移行減価償却資産について
損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）
ａ被告の主張
移行前の原告は、公益法人等に該当し又は該当するとみなされていたため、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないものとされていた（法人税法７条）。そのため、本件移行日前である移行前最終事業年度の原告においては、非収益事業に属する減価償却資産であった本件各移行減価償却資産につき、同法３１条４項にいう「所得の金額の計算」が存在しないから、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」も存在しない。したがって、原告が本件移行日前に計上した減価償却費は、同項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」には含まれない。仮に、公益法人等が、移行前に、非収益事業に属する減価償却資産につき計上した減価償却費が、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に該当するとすれば、当該金額は、税務上の帳簿価額からの減額がされなかったものとみなされる（法人税法３１条６項、施行令６２条）ため、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることとなる。一方、累積所得金額等を計算する場面においては、同法６４条の４第６項の委任に基づく施行令１３１条の６により、移行時資産等については移行時の会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることとなるのであるから、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることは予定されていない。その点に鑑みても、原告の主張する解釈は採用の余地がない。
したがって、本件各移行減価償却資産について、移行前最終事業年度の決算整理において計上された減価償却費を、移行後の事業年度において損金の額に算入することはできない。
ｂ原告の主張
法人税法７条は、公益法人等の収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないことを定めるにとどまり、公益法人等であっても、内国法人に該当する限りは同法第２編の規定が適用され、「所得の金額の計算」が発生する。
また、被告の主張を前提としても、被告の主張する税務上の帳簿価額は、償却限度額の計算に影響を及ぼすものであって、損金経理額の計算に影響を及ぼすものではないから、累積所得金額等を計算する場面に関する点を理由として、損金経理額に関する規定の解釈を基礎付けることはできない。
したがって、被告の主張は理由がなく、原告が本件移行日前に計上した償却費は、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に当たり、移行後の事業年度において損金の額に算入することができる。
償却限度額


ａ施行令４８条１項１号イ   の意義及び本件における適用関係
⒜被告の主張
移行法人の移行後最初の事業年度においては、移行法人が各事業年度の終了の時において有する減価償却資産のうち、移行前において非収益事業に係るものとして保有していた移行時資産等である減価償却資産（以下「移行時資産等減価償却資産」という。）につき、施行令４８条１項１号イにいう「既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額」は存在しない。しかしながら、前記アａと同様、移行時資産等減価償却資産について、普通法人への移行までの間に評価損の額を計上し、移行時の会計上の帳簿価額が会計上の取得価額より減額されている場合には、当該評価損の額相当額につき、調整公益目的財産残額が少額となり、それゆえ支出超過額の損金への算入額が多額となることによって、移行後の各事業年度において所得の金額が減少することがあり得る。そのため、移行時資産等減価償却資産について、施行令５４条により計算される取得価額の全額を旧定率法における償却限度額の計算の基礎とし得るとすれば、当該評価損の額相当額につき、所得の金額が減少することにより、当該年度において償却限度額が過大に計算されることになり、普通法人との間で税負担の公平性が大きく阻害される。
そのことに加え、減価償却の趣旨や、旧定率法の性質に照らせば、移行後の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」と規定するのは、当該事業年度の期首における税務上の帳簿価額に旧定率法の償却率を乗じて償却限度額を計算することを定めた趣旨であると解すべきである。
⒝原告の主張
施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を控除した金額を意味する。移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合、移行法人の移行後最初の事業年度においては、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は存在しないから、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」は、施行令５４条に基づき計算される取得価額と同額となる。
前記アａと同様、被告の主張するような二重の所得減少が生ずるとは評価できず、仮に生ずるとしても限られた場合において発生するものにすぎないから、施行令４８条１項１号イについて被告の主張する解釈を採用すべき理由とはならない。
被告の主張する解釈は、施行令４８条１項１号イに明確に定められた「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」の内容や、法人税法３１条６項の委任を受けた施行令５４条の内容を、合理的理由なく変更するものであり、許されるものではない。
ｂ施行令１３１条の６の適法性
⒜政令委任の限界
ⅰ被告の主張
前記ａ⒜のとおり、移行法人の移行後最初の事業年度においては、移行時資産等減価償却資産に係る施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、移行日における税務上の帳簿価額を意味するところ、ここでいう税務上の帳簿価額の算定に当たっては、施行令１３１条の６が適用されるから、本件各移行減価償却資産の「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、移行日における「その帳簿に記載されていた金額」となる。
施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、同法３１条１項の「償却限度額」を旧定率法により計算するための技術的細目的事項を定めたものであって、かかる委任は、租税法律主義に違反するものではない。
また、後記ⅱの原告の主張は、以下のとおりいずれも失当である。
ⅰ   法人税法６５条の文言
前記イａ⒜のとおり、施行令１３１条の６が、法人税法６４条の４第６項に加えて同法６５条の委任も重ねて受けることはあり得ないものではない。
ⅱ   法令の体系上の位置付け
前記イａ⒝のとおり、施行令１３１条の６が施行令第２編第１章第１節第４款に存在しないことをもって、法人税法６５条の委任を受けていないことにはならない。
ⅲ   施行令１３１条の６の内容
前記イａ⒞と同様、施行令１３１条の６が、委任を受けた規定であることを明示する文言を用いるなどの定め方をしていないことをもって、同条が法人税法６５条の委任を受けた規定ではないということはできない。
ⅳ   法人税法３１条１項等との関係
被告の主張は、普通法人が減価償却資産を取得した場合であれば、取得価額が減価償却を開始した最初の事業年度の帳簿価額となることに加え、減価償却の意義並びに定率法及び旧定率法の計算方法を根拠とするものであって、独自に「税務上の帳簿価額」に関して概念を創設するものではないし、かかる解釈が、施行令５４条の内容を変更する結果となるものでもない。
ⅱ原告の主張
施行令１３１条の６は、以下のとおり、法人税法６５条の委任を受けて、同法３１条１項の「償却限度額」を旧定率法により計算するための技術的細目的事項を定めたものということはできず、法律の委任を受けずに課税要件を定めるものであるから、憲法８４条に違反し、無効である。したがって、本件各通知処分は、無効な施行令１３１条の６を適用するものであり、違法である。
ⅰ   法人税法６５条の文言
前記イｂ⒜のとおり、施行令１３１条の６は、法人税法６４条の４第６項の委任を受けているものであるから、同法６５条の文言に照らして、重複して同条の委任を受けることはあり得ない。
ⅱ   法令の体系上の位置付け


前記イｂ⒝のとおり、施行令１３１条の６は、法人税法６５条が置かれている款に対応する施行令第２編第１章第４款とは異なる款に置かれているから、施行令１３１条の６が同法６５条の委任を受けた規定であるとは解し得ない。
ⅲ   施行令１３１条の６の内容
施行令１３１条の６は、移行時資産等の移行時の帳簿価額について規定するのみであり、その文言及び内容は施行令４８条１項１号イが減価償却資産の償却限度額の計算の基礎とする「取得価額」や「既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額」について定めるものでもないのであるから、法人税法３１条１項を適用するために必要な技術的細目的事項を規定したものと解する余地はない。
ⅳ   法人税法３１条１項等との関係
法人税法３１条１項にいう「償却限度額」の内容は、同条６項の委任を受けた施行令４８条１項１号イにおいて文言上一義的かつ具体的に定められており、かつ、同規定にいう「取得価額」は施行令５４条に基づき決まることも明確に定められているのであって、同法６５条は、これらの規定の内容を変更することを政令に委任したものとは解されない。
⒝法人税法による委任の範囲の逸脱の有無
ⅰ被告の主張
前記アａと同様の理由から、減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算すると、二重の所得減少を生じさせる結果となり得るのであって、このことは、移行後に修正公益目的財産残額（施行令１３１条の５第１項３号イ）の計算に含まれる減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算する場合であっても同様である。
したがって、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任の範囲を逸脱するものではない。
ⅱ原告の主張
前記アａと同様の理由から、移行後に修正公益目的財産残額（施行令１３１条の５第１項３号イ）の計算に含まれる減価償却資産について取得価額を基に償却限度額を計算しても、二重の所得減少は生じない。
したがって、仮に、施行令１３１条の６が法人税法６５条の委任を受けて、償却限度額を計算するための技術的細目的事項を定めた規定であるとしても、施行令１３１条の６は、修正公益目的財産残額の計算に含まれる資産について「償却限度額」を算定する限度においては、あるいは、少なくとも、調整公益目的財産残額の計算に含まれる資産に対して適用され、かつ、当初調整公益目的財産残額が、公益目的財産残額を上回る場合に、修正公益目的財産残額の計算に含まれる資産について「償却限度額」を計算する限度においては、同法３１条１項の趣旨に適合しないから、その限度においては同法の委任の範囲を逸脱したものであり、無効である。
ｃ施行令１３１条の６の「その帳簿に記載されていた金額」の意義
⒜被告の主張
前記ウのとおり、施行令１３１条の６にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味する。
⒝原告の主張
前記ウのとおり、施行令１３１条の６にいう「その帳簿に記載されていた金額」とは、移行日に実際の帳簿に実際に記載されていた金額を意味する。
ｄ施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額
⒜被告の主張
前記ａ⒜のとおり、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、税務上の帳簿価額を意味するところ、仮に、施行令１３１条の６が無効又は適用されないとした場合であっても、ここにいう税務上の帳簿価額とは、移行時の会計上の帳簿価額、すなわち決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味すると解されるから、これに所定の償却率を乗じた金額が、旧定率法により計算される償却限度額となる。
⒝原告の主張
施行令１３１条の６が無効又は適用されない場合、移行時資産等減価償却資産に係る法人税法３１条１項にいう「償却限度額」は、移行前の取得時の取得価額を基礎として計算される。
イ本件各収益事業帰属減価償却資産について
原告の主張
ａ損金の額に算入されるべき償却費の増加額
本件各収益事業帰属減価償却資産の減額処理に係る金額は「当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）に当たる。


そして、本件各収益事業帰属減価償却資産は、別紙５の１から８までの各表記載の各減価償却資産のうち「移行日に属していた事業区分」欄に「収益事業」とある資産である。原告は、本件各収益事業帰属減価償却資産を、「①取得価額」欄記載の取得価額により取得した後、「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことにより、その会計上の帳簿価額は「③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額」欄記載の金額となった。⒜旧定率法が適用される本件各収益事業帰属減価償却資産本件各収益事業帰属減価償却資産のうち、旧定率法が適用されるもの（別紙５の１から７までの各表に記載したもの）につき、原告は、本件各確定申告においては、誤って、減価償却費の一括計上後の会計上の帳簿価額、すなわち別紙５の１から７までの各表の「③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額」欄記載の金額を基に償却限度額に計算し、その金額は「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であるものとして申告をした。ところが、本来は、これらの資産に係る償却限度額は、移行前の原告による取得価額、すなわち「①取得価額」欄記載の取得価額を基に計算すべきであり、その償却限度額は「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額である。そのため、損金の額に算入されるべき償却費は、本件各確定申告において損金に算入した償却費と比べて、別紙５の１から７までの各表の「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額分増加する。⒝旧定額法が適用される本件各収益事業帰属減価償却資産本件各収益事業帰属減価償却資産のうち、旧定額法が適用されるもの（別紙５の８の表に記載したもの）につき、原告は、本件各確定申告においては、誤って、平成３０年３月期に会計上減価償却費として計上した金額、すなわち別紙５の８の表の「④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）」のみを損金経理額に計上した。ところが、原告が一括計上した減価償却費の金額のうち、損金に計上しなかった金額は、「当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）として、損金経理額に算入すべきである。そのため、平成３０年３月期においては、同表の「減価償却資産」欄記載の減価償却資産につき、損金の額に算入されるべき償却費は、本件各確定申告において計上した償却費と比べて、同表の「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額分増加する。
ｂ被告の主張について
前記ａの原告の主張が更正の請求の排他性に反するから許されない旨の被告の主張は、時機に後れた主張であるから、却下を求める。更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しの訴えにおける実体上の審判の対象は当該処分によって確定された税額等の適否であるから、更正の請求をした納税者が更正の請求書に記載した「更正の請求をする理由」以外の事項を、当該処分の取消訴訟において主張することが制限されるものではない。また、仮に更正の請求をする理由として記載した事項と異なる主張が制限されると解するとしても、原告が更正の請求書において理由として記載したのは、要するに、減価償却資産の償却費に関して、損金の額への算入漏れがあり、法人税額が過大になっているというものであって、原告の上記主張は、これと異なる理由をもって本件各通知処分の違法を主張するものではないから、その主張が制限されることはない。
被告の主張
ａ原告の更正の請求における主張は、本件各移行減価償却資産が収益事業に属しないことを前提としつつ、移行時に実際に帳簿に記載されていた価額を移行時の帳簿価額として減価償却を行うべきとするものであったのに対し、前記ａの原告の主張は、本件各移行減価償却資産の一部が収益事業に属するものであったというのであるから、重要な前提事実及び法令の適用関係において異なるものである。それゆえ、本件訴訟においてこれを理由として本件各通知処分の違法を主張することは、更正の請求の排他性に反し、許されない。
ｂ原告の主張する、本件各収益事業帰属減価償却資産の減額処理に係る金額は、否認する。原告が移行前最終事業年度に会計上減価償却費として経理された金額は６８０１万９４０３円であり、その全額が法人税の所得の金額の計算上損金に算入済みである一方、同金額を超えて計上された減価償却費の存在は立証されていない。また、本件各事業年度終了の時において有する減価償却資産としては、原告が主張するもの以外にも存在することが証拠上うかがわれ、原告の主張する収益事業に帰属する減価償却資産の範囲は不分明である。さらに、各事業年度における原告の所得の金額の計算上損金の額に算入されるべき各償却費の額を計算するには、原告が本件各事業年度終了の時において有する全ての各減価償却資産につき、その税務上の取得価額及び耐用年数等が明らかにされなければならないところ、原告はそれらにつき何らの主張も立証もしていない。
第３裁判所の判断
１本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しの訴えの利益
更正の処分と更正の請求との関係等
更正の処分は、納税者の提出した納税申告書について、税務署長において、課税標準、税額等が、その調査した結果と異なる場合に、徴税権者の立場から、その課税標準、税額等を更正する処分であり、調査により得た資料等に基づき、課税の要件に係る事実を全体的に見直し、申告された税額をも含め、納税義務の総額を確定することを目的とするものであり、増額更正処分は、単に、申告された税額に対し、更正された税額との差額分の税額を追加するだけのものではなく、申告により一応確定した税額を変更し、申告された税額を含めて納税者の納税額の総額を確定するものと解される。他方、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、納税者の申告による税額の減額等を求める更正の請求に対し、その税額等の減額を拒否する旨の処分であり、これにより、申告された税額等について減額を認めないことを確定させる効果を有するものである。


そうすると、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分は、手続的には別個独立の処分であるが、いずれも法人税の納税義務の確定に関わる処分であるところ、更正の請求に理由がない旨の通知処分は、申告された税額の減少のみに関わるのに対し、増額更正処分は、課税要件事実を全体的に見直し、申告に係る税額を含めて、全体としての納付すべき税額の総額を確定するものであって、実質的には申告に係る税額を減額しないという趣旨も含むものであるから、両者が同一の法人税の納税義務について行われた場合、増額更正処分の内容が更正の請求に理由がない旨の通知処分の内容を実質的に包摂するものということができる。
したがって、増額更正処分と更正の請求に理由がない旨の通知処分がされた場合、税額等を争う納税者は、これらの処分の前後を問わず、増額更正処分の取消しを求める訴えを提起して更正の請求に理由がない旨の通知処分の違法も併せて主張して争うことにより、更正の請求に係る税額を超える部分の取消しを求めることができるものと解され、税額の全体を争うことができるのであって、これと別個に更正の請求に理由がない旨の通知処分を争う利益を有しないものと解すべきである。そして、このように解することが、同一の法人税の納税義務に関わる２つの処分の取消訴訟が別個に係属することにより生ずる審理及び判断の重複又は抵触を避けるためにも相当である。
本件各更正処分対象法人税等通知処分について
本件各更正処分対象法人税等については、前記前提事実イのとおり、処分行政庁による本件各更正処分等がされるとともに、同ウのとおり、原告が更正の請求を行い、処分行政庁による本件各更正処分対象法人税等通知処分がされたものであり、原告の請求の趣旨第１項及び第２項の請求は、本件各更正処分対象法人税等について本件各更正処分等の取消しを求める（請求の趣旨第１項）とともに、本件各通知処分の取消しをも求めている（同第２項）ものであるから、請求の趣旨第２項の請求のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分の取消しを求める部分は、訴えの利益を欠き、不適法である。
なお、原告は、請求の趣旨第１項及び第２項の請求と選択的併合の関係にある請求として、同第３項及び第４項の請求をしているところ、後者の請求においては、前記の解釈を前提に、本件各更正処分等に加え、本件各通知処分のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分以外のものに限ってその取消しを求めているものであるから、審理の重複及び判断の抵触が生ずるおそれはなく、不適法な点は存在しない。
２本件各更正処分等の適法性
施行令１１９条の２第１項１号の意義及び本件における適用関係
ア規定の内容
施行令１１９条の２第１項１号は、有価証券の譲渡に係る原価の額を計算する場合におけるその一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の一つとして移動平均法を定めるとともに、その内容を定義する規定である。同号によると、移動平均法とは、「有価証券をその銘柄の異なるごとに区別し、その銘柄を同じくする有価証券の取得（中略）をする都度その有価証券のその取得の直前の帳簿価額とその取得をした有価証券の取得価額（中略）との合計額をこれらの有価証券の総数で除して平均単価を算出し、その算出した平均単価をもつてその一単位当たりの帳簿価額とする方法をいう。」とされている。
イ文理解釈
憲法は、国民は法律の定めるところにより納税の義務を負うことを定め（３０条）、新たに租税を課し又は現行の租税を変更するには、法律又は法律の定める条件によることを必要としており（８４条）、それゆえ、課税要件及び租税の賦課徴収の手続は、法律で明確に定めることが必要である（最高裁昭和５５年（行ツ）第１５号同６０年３月２７日大法廷判決・民集３９巻２号２４７頁参照）。そして、このような租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきである（最高裁昭和４３年（行ツ）第９０号同４８年１１月１６日第二小法廷判決・民集２７巻１０号１３３３頁、最高裁平成１９年（行ヒ）第１０５号同２２年３月２日第三小法廷判決・民集６４巻２号４２０頁、最高裁平成２６年（行ヒ）第１９０号同２７年７月１７日第二小法廷判決・裁判集民事２５０号２９頁参照）。
このことを前提として施行令１１９条の２第１項１号の文言を見ると、同号にいう「取得」について、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得する場合がこれに含まれないと限定的に解すべき文言上の根拠は見当たらない。加えて、被告の主張によると、原告は、同号にいう「取得」によらずに、本件各譲渡有価証券を保有するに至ったことになるところ、同号の定める移動平均法は、「その銘柄を同じくする有価証券の取得」をする都度、「その取得の直前の帳簿価額」と「その取得をした有価証券の取得価額」とに基づいて、新たな一単位当たりの帳簿価額を算出するというものであり、同号の文言上、「取得」以外の方法によって有価証券を保有するに至った場合の一単位当たりの帳簿価額の計算方法に関する定めを読み取ることができないことからすれば、かかる場合自体が想定されていないものと解するほかなく、「取得」との文言につき、上記のとおり限定的に解釈することは困難である。
また、「内国法人が有価証券の取得をした場合」における「その取得価額」の計算方法については、施行令１１９条１項各号において定められているところ、同項にいう「取得」についても、上記のように限定的に解すべき文言上の根拠は見当たらないから、これに該当しない有価証券を想定し、当該有価証券について、「その取得をした有価証券の取得価額」が算出されないとする根拠はない。
そうすると、公益法人等が非収益事業に属する資産として同一銘柄の有価証券を１回又は複数回にわたり取得した場合であって、当該公益法人等が普通法人に移行した後、同一銘柄の有価証券を追加取得せずに、当該有価証券を譲渡したときであっても、当該公益法人等による有価証券の取得は施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に当たるものと解するのが同号の規定の文言に沿う解釈であって、これに反する被告の主張する解釈を採用すべき文言上の根拠はないというほかない。
ウ二重の所得減少
被告の主張の内容


被告は、施行令１１９条の２第１項１号につき、被告の主張する解釈を採用しないと、移行前の公益法人等が計上した評価損の額相当額につき、二重の所得減少が生ずることがあり得る結果、法人税法６１条の２第１項２号が有価証券の譲渡損益額の算定に当たり、有価証券取得後の評価替えにより生ずる課税関係と整合する形で譲渡原価を定めるため、取得価額ではなく、帳簿価額を基礎として算定した金額をもって譲渡原価とした趣旨に反することとなる旨主張する。
公益法人等が移行前に取得した有価証券を移行後に譲渡した場合における譲渡損益の計算に当たり、原告の主張するように、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することも、施行令１１９条の２第１項１号にいう「取得」に該当するものと解すると、当該有価証券につき、取得から移行日までの間に評価損を計上した場合であっても、当該評価損の計上前の取得価額を基礎として譲渡原価の額が算定されることとなる。そうすると、当該評価損の額相当額分、譲渡利益の額が減少し、又は譲渡損失の額が増加することにより、所得の金額が減少することになる。これに対し、被告の主張するように、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得することは、同号にいう「取得」に該当せず、「取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の帳簿価額を意味するものと解すると、当該有価証券につき、取得から移行日までの間に評価損を計上したときには、当該評価損の計上後の帳簿価額が譲渡原価となるため、この点においては、所得の金額が、当該評価損の額相当額分減少することはないことになる。
被告の主張は、上記の譲渡利益又は譲渡損失の額の計算以外の場面において、所得の金額が上記評価損の額相当額分減少することがあるから、上記原告の主張する解釈を採用すると、二重の所得減少が生じてしまうことがあり、不当であるというものである。
二重の所得減少が生ずる場合
ａ前記第２の１   アのとおり、累積所得金額等に相当する金額は、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金又は損金の額に算入される（法人税法６４条の４第１項）ところ、累積所得金額等は、以下のように計算される。
①累積所得金額等については、原則として、移行日における資産の帳簿価額と負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額（負債帳簿価額等）とを比較し、前者が後者を超える場合はその差額が累積所得金額とされ、後者が前者を超える場合はその差額が累積欠損金額とされている（施行令１３１条の４第１項）が、当該法人が整備法１２３条１項に規定する移行法人である場合には、移行日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額、すなわち、○ⅰ当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額と、○ⅱ当該内国法人の移行日における資産の帳簿価額から負債帳簿価額等を控除した金額（簿価純資産価額）とのいずれか少ない方に相当する金額は、政令で定めるところにより、累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額に加算することとされている（法人税法６４条の４第３項、施行令１３１条の５第１項３号）。
②修正公益目的財産残額とは、公益目的財産残額及び公益目的収支差額の収入超過額の合計額に、移行前の法人の最終事業年度の末日における時価評価資産の帳簿価額が時価を超える部分の額（評価損の額）を加算し、時価評価資産の時価が帳簿価額を超える部分の額（評価益の額）を控除した金額とされている（法人税法施行規則２７条の１６の４第１項）。
③公益目的財産残額とは、公益目的財産額から当該事業年度の末日における公益目的収支差額を減算して得た額とされている（整備法施行規則２３条１項）。公益目的収支差額とは、各事業年度の前事業年度の末日における公益目的収支差額（移行日の属する事業年度にあっては、零）に当該事業年度の公益目的支出の額を加算して得た額から、当該事業年度の実施事業収入の額を減算して得た額とされている（同条２項）ため、移行日の時点では零であり、移行日における公益目的財産残額は、公益目的財産額と同額である。④公益目的財産額は、移行前の法人の最終事業年度の末日における貸借対照表上の純資産の部の額を基礎に、時価評価資産につき帳簿価額に評価益の額を加算し、帳簿価額から評価損の額等を控除して、時価評価額に引き直した額とされている（整備法施行規則１４条１項）。
以上によると、時価評価資産については、公益目的財産額の計算（④）に際し、評価益の額を加算し、評価損の額を控除する、すなわち時価に引き直すが、修正公益目的財産残額の計算（②）に際し、評価益の額を控除し、評価損の額を加算することにより、再び帳簿価額へと戻すこととなる。そして、累積所得金額等の計算（①）に際し、移行日における時価評価資産を含む資産の帳簿価額から、上記のとおり時価評価資産の帳簿価額を含む修正公益目的財産残額を控除することになるため、時価評価資産の移行時の帳簿価額が、評価損の額相当額を減額した後のものであるか否かによって、移行後最初の事業年度における累積所得金額等の金額は影響を受けないこととなる。したがって、移行時の清算的な課税においては、益金に算入する額が評価損の額相当額分減少し、又は損金に算入する額が同金額分増加することはなく、所得の金額は減少しない。


ｂその一方、整備法に基づく移行法人は、公益目的財産額から、事業年度末日の公益目的収支差額を減算した額である公益目的財産残額が零になるまで、公益目的支出計画に従い、公益の目的のための支出をすることになる（整備法１１９条１項）ところ、法人税法６４条の４第３項の適用を受ける移行法人は、移行後の各事業年度において、整備法１１９条２項１号に定められる公益の目的のための支出の額（公益目的支出の額）が、同項２号に定められる当該支出をした事業に係る収入の額（実施事業収入の額）を超えるときは、当該超過額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額を超えない限度で、損金の額に算入されず（施行令１３１条の５第５項）、実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるときは、当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限り、当該超過額（収入超過額）は益金の額に算入されない（同条６項）。ここでいう調整公益目的財産残額とは、①当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額と、②当該内国法人の移行日における簿価純資産価額とのいずれか少ない方に相当する金額（以下「当初調整公益目的財産残額」という。）から、当該事業年度前の各事業年度の支出超過額の合計額を減算し、収入超過額の合計額を加算した金額をいう（同条７項）。
移行法人の有する時価評価資産につき、時価評価資産の移行時の帳簿価額が、取得時から移行時までの期間に係る評価損の額相当額を減額した後のものである場合、取得価額がそのまま帳簿価額となっている場合と比べると、評価損の額相当額分、公益目的財産額が少なくなるから、これに所定の金額の加減等をすることで計算される当初調整公益目的財産残額も評価損の額相当額分少なくなり、移行後の各事業年度における調整公益目的財産残額も同様に少なくなる。そして、上記のとおり、公益目的支出の額が実施事業収入の額を超える場合における当該超過額（支出超過額）は、調整公益目的財産残額の限度でのみ損金に算入されないものであるから、調整公益目的財産残額が零になるまで支出超過額を損金不算入とした場合、評価損の額相当額分、損金に算入される金額が多くなり、移行後の各事業年度において、所得の金額が減少することになる。
もっとも、移行後のいずれかの事業年度において、公益の目的のための支出により公益目的財産残額が零となると、当該事業年度の末に、認可行政庁から、公益目的支出計画の実施が完了したことの確認を求めることができ（整備法１２４条）、この確認後の事業年度においては、公益目的支出の額が実施事業収入の額を超える場合における当該超過額（支出超過額）の損金算入制限は解除され、支出超過額も損金に算入されることになる。そして、上記及び前記ａの③のとおり、支出超過額は、調整公益目的財産残額及び公益目的財産残額の双方から減額されるものであるから、当初調整公益目的財産残額が、移行時における当初の公益目的財産残額を上回る場合には、公益目的財産残額が先に零となることになる。そうすると、この場合には、調整公益目的財産残額及び公益目的財産残額が同一事業年度に零となったときや、当該法人が調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を下回る法人と合併したとき等を除き、調整公益目的財産残額が零になる前に、支出超過額の損金算入が開始されるから、時価評価資産の評価損の額相当額分、調整公益目的財産残額が減少したとしても、所得の金額が減少することはないことになる。
したがって、評価損の額相当額が、調整公益目的財産残額から減額されることによって、所得の金額が減少するのは、原則として、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合に限られるということができる。
施行令１１９条の２第１項１号の解釈に与える影響
前記で検討したところによると、施行令１１９条の２第１項１号について原告の主張する解釈を採用すると、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合には、原則として、二重の所得減少が生ずることとなる一方、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合には、原則として、二重の所得減少は生じない。これに対し、同号について被告の主張する解釈を採用すると、二重の所得減少は生じ得ない一方、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回る場合には、所得の金額が一度も評価損の額相当額分減少しない事態が生じ得るということができる。
評価損の額相当額は、公平な課税の観点からは、一度に限り所得の金額から控除されるのが相当であり、二重の所得減少が生ずるのも、又は一度も控除されないのも、いずれも望ましくない。調整公益目的財産残額と公益目的財産残額との大小は、移行前の法人の最終事業年度の末日における時価評価資産の評価損又は評価益の額等によって決まるものであって、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回るのが原則であり、そうではないのが例外であるということはできない以上、二重の所得減少を防ぐために、評価損の額相当額につき、一度も所得の金額を減少させないという事態を招来することは、法律上の根拠なく当然に正当化されるものではないというほかない。
そうすると、被告の主張する点は、施行令１１９条の２第１項１号につき、前記イのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき積極的な根拠とはならない。
エ取得価額が判明しない可能性
被告は、公益法人等が、有価証券を取得してから長期間経過した後に普通法人に移行する場合、移行前における各取得時の取得価額を把握できないことがあり得る旨主張する。


確かに、原告の主張する施行令１１９条の２第１項１号の解釈によると、「その取得の直前の帳簿価額」を算定するためには、移行前に当該移行時資産等有価証券を取得した際の帳簿価額を明らかにする必要がある。ところが、公益法人会計基準においては、満期保有目的の債券並びに子会社株式及び関連会社株式以外の有価証券のうち市場価格のあるものについては、時価をもって貸借対照表価額とすることが規定されており（乙２８・４頁）、各事業年度の末日においてその有価証券の時価評価を行った額を帳簿価額とすることとされているため、公益法人等が、普通法人に移行する前の各事業年度においてこの会計基準にのっとって会計処理を行い、かつ、切放法（事業年度末日で時価評価して算出された帳簿価額が翌事業年度にそのまま引き継がれる方式（甲１９））によっていた場合は、移行前に移行時資産等有価証券を取得した際の帳簿価額は、取得した事業年度の帳簿上にしか表示されない。そのため、そのような場合において、移行時資産等有価証券の取得から移行までの間に長期間が経過したときには、会計帳簿の保存期間が満了することにより、移行時点において、「その購入の代価」（施行令１１９条１項１号）を特定できない事態が生じ得る。もっとも、公益法人等は、上記公益法人会計基準にのっとった会計処理を行うべき法令上の義務を負うものではなく（乙３２・４頁）、現に原告においては、前記前提事実アのとおり、移行前最終事業年度に至るまで、移行時資産等有価証券について、各事業年度の末日においてその有価証券の時価評価を行った額を帳簿価額とする処理は行われていなかった。しかも、公益法人会計基準にのっとった会計処理を行う場合であっても、上記切放法ではなく、洗替法（事業年度末日で時価評価するものの、翌事業年度の当初に取得時の価額で再度計上する方式（甲１９））を選択することもでき（甲２０）、洗替法による場合には、移行前に移行時資産等有価証券を取得した際の帳簿価額が取得した事業年度の帳簿上にしか表示されないものではない。
そうすると、被告の指摘する、移行時点において「その購入の代価」を特定できない事態は、仮に原告の主張する施行令１１９条の２第１項１号の解釈を採用したとしても、上記のような特定の場合に生じ得るものにすぎないということができるから、そのような事情をもって、施行令１１９条の２第１項１号の適用される場面一般につき、前記イのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき根拠とはならない。
オ小括
以上によれば、施行令１１９条の２第１項１号につき、被告の主張する解釈の根拠はいずれも採用できず、公益法人等が非収益事業に属する資産として有価証券を取得する場合であっても、かかる取得は同号にいう「有価証券の取得」に該当し、当該公益法人等が普通法人に移行した後、同一銘柄の有価証券を追加取得せずに、当該有価証券を譲渡したときには、施行令１１９条１項に基づき計算されるその取得価額をもって、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得をした有価証券の取得価額」として、移動平均法を適用すべきものと解するのが相当である。施行令１３１条の６は本件各更正処分等に適用されるか被告は、施行令１１９条の２第１項１号にいう「その取得の直前の帳簿価額」の意義につき、移行法人が移行時資産等有価証券について、同一銘柄の有価証券を移行後に追加取得することのないまま譲渡する場合には、当該有価証券の譲渡直前の税務上の帳簿価額であると解することを前提に、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、上記の譲渡直前の税務上の帳簿価額を移行時の会計上の帳簿価額と定めた規定である旨主張するが、前記で説示したとおり、施行令１１９条の２第１項１号の解釈につき被告の主張を採用することはできないから、施行令１３１条の６の解釈に関する被告の主張はその前提を欠き、採用できない。
なお、施行令１３１条の６は、公益法人等が普通法人に移行した時において有する移行時資産等の帳簿価額は、移行時においてその帳簿に記載されていた金額とすることを定める規定であって、その文言からすると、法人税法６１条の２第２３項の委任を受けて定められた施行令１１９条及び１１９条の２第１項１号の規定の適用を排除し、あるいはその文言を読み替えて、移行法人について同法６１条の２第１項２号にいう「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法」の特則を定めた規定であると解することは困難である。したがって、施行令１１９条の２第１項１号に係る前記の解釈を前提として、移行時資産等有価証券に係る「一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額」の算出に当たり、施行令１３１条の６が適用される余地もない。
施行令１３１条の６が適用されない場合の譲渡原価の額被告は、仮に施行令１３１条の６が本件に適用されないとしても、決算整理後の貸借対照表に基づく移行時資産等有価証券の帳簿価額をもって譲渡原価とすべき旨主張する。
しかしながら、かかる主張は、施行令１１９条の２第１項１号の「その取得の直前の帳簿価額」とは譲渡直前の税務上の帳簿価額を指すとする解釈を前提とするものであり、そのような解釈が採用できないことは前記のとおりであるから、上記主張もまた採用できない。
本件各譲渡有価証券に係る譲渡利益又は譲渡損失の額
以上によれば、本件各譲渡有価証券に係る譲渡原価の額は、移行前取得価額、すなわち別紙４の１から３までの「本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧」の各表の「移行前取得価額②」欄記載の金額であり、譲渡対価の額は同各表の「譲渡対価の額①」欄記載の金額であるから、譲渡利益又は譲渡損失の額は、本件各譲渡有価証券譲渡対価額から移行前取得価額を控除した額、すなわち、同各表の各「原告主張譲渡利益額又は譲渡損失額③（①－②）」欄記載の金額であるということができる。したがって、これらの金額をもって譲渡利益又は譲渡損失の額とした本件各確定申告は、この点においては誤りがなく、これに反し、本件各更正処分等は、本件各譲渡有価証券譲渡対価額から本件各譲渡有価証券処理後価額を控除した額をもって譲渡利益又は譲渡損失の額としたものであるから、その点において違法である。
３本件各通知処分の適法性
本件各移行減価償却資産について


ア損金経理額（法人税法３１条４項の意義及び本件における適用関係）法人税法３１条４項は、内国法人が償却費として損金経理をした事業年度における損金経理額は、当該事業年度前の各事業年度の「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」を含むことを定める規定である。法人税法上、公益法人等は、収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課されていないから、公益法人等が普通法人への移行前に収益事業に属しない減価償却資産について減価償却費を計上した場合であっても、当該減価償却費は、損金に算入されることもないのであって（同法７条）、そうである以上、当該減価償却費の金額は、同法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」に該当するというべきである。
これに対し、被告は、移行前最終事業年度の原告においては、非収益事業に属する減価償却資産であった本件各移行減価償却資産につき、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算」が存在しないから、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」も存在しない旨主張する。しかしながら、法人税法は、各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とすることを原則とし（同法２１条）、ここでいう「各事業年度の所得の金額」は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とすることとする（同法２２条１項）一方、公益法人等の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については法人税を課さないことを定めている（同法７条）。これらの規定からすれば、法人税法にいう「所得」とは、収益事業から生じた所得以外のものも含むことは明らかであって、収益事業から生じた所得以外の所得に法人税が課されないことを理由として、当該所得については「所得の金額の計算」が存在しないと解することはできない。
また、法人税法３１条６項の委任を受けた施行令６２条は、内国法人がその有する減価償却資産についてした償却の額のうち各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額がある場合には、当該資産については、その償却をした日の属する事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、当該資産の帳簿価額は、当該損金の額に算入されなかった金額に相当する金額の減額がされなかったものとみなす旨定めており、所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額の限度で、減価償却資産につき、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることになる。一方、同法６４条の４第１項は、普通法人に移行する公益法人等に係る累積所得金額等に相当する金額を、移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する旨を定め、また、同条６項の委任を受けた施行令１３１条の６は、同法６４条の４第１項から３項までの規定の適用に関し必要な事項の一つとして、公益法人等が普通法人に該当することとなった場合の移行時資産等の帳簿価額は、当該移行時資産等の価額としてその該当することとなった時においてその帳簿に記載されていた金額とする旨を定めており、これらの規定によれば、移行時資産等の移行時における会計上の帳簿価額が税務上の帳簿価額となることとなり、上記の帰結と整合しないとも思われる。しかしながら、後記イｃのとおり、移行前に移行時資産等減価償却資産について計上された減価償却費の金額は、累積所得金額等に直接影響しないことに鑑みれば、移行時資産等減価償却資産につき、会計上の帳簿価額と税務上の帳簿価額との間に差異が生ずることと、累積所得金額等の計算において、移行時資産等の移行時における会計上の帳簿価額を税務上の帳簿価額とすることとが矛盾するということはできない。そうすると、この点は、同法３１条４項につき被告の主張する解釈を採用すべき根拠とはならない。したがって、法人税法３１条４項にいう「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」には、公益法人等が普通法人への移行前に収益事業に属しない減価償却資産について計上し、損金に算入されなかった減価償却費が含まれると解すべきである。それゆえ、原告が移行前最終事業年度に一括計上した別紙５の１から８までの各「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の減価償却費は、原告の損金経理額に含まれる。
イ償却限度額
施行令４８条１項１号イの意義及び本件における適用関係
ａ規定の内容
施行令４８条は、減価償却資産の償却の方法を定める規定であり、このうち同条１項は、法人税法３１条１項の委任を受けて、平成１９年３月３１日以前に取得をされた減価償却資産の償却限度額の計算上選定することができる償却の方法を定めるものである。そして、施行令４８条１項１号イは、平成１０年３月３１日以前に取得をされた建物に係る上記方法は、旧定額法又は旧定率法であるとして、これらの各方法の内容を定めている。同号イは、このうち旧定率法につき、「当該減価償却資産の取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。」と定めている。
ｂ文理解釈
前記２イのとおり、租税法律主義の原則に照らすと、租税法規はみだりに規定の文言を離れて解釈すべきものではないというべきであるところ、このことを前提として施行令４８条１項１号イの文言を見ると、同規定にいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額等の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額を意味するものと解するほかなく、移行時資産等減価償却資産についてかかる金額を計算する場合であっても、これと異なる解釈を採用する文言上の根拠は存在しない。したがって、上記の解釈に反し、移行法人の移行後最初の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）」とは、施行令１３１条の６に基づいて計算される移行日における税務上の帳簿価額を意味するものと解釈する文言上の根拠はないというほかない。
ｃ二重の所得減少


被告は、移行時資産等減価償却資産について、施行令５４条により計算される取得価額の全額を旧定率法における償却限度額の計算の基礎とし得るとすれば、当該評価損の額相当額につき、二重の所得減少が生ずるとして、これを避けるためには、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈を採用する必要がある旨主張する。施行令４８条１項１号イにつき原告の主張する解釈を採用すると、移行前に減価償却費を計上した移行時資産等減価償却資産について旧定率法による償却限度額を計算する際、当該計上済みの減価償却費相当額を控除せずに「取得価額」が計算されることとなるため、当該計上済みの減価償却費相当額については、「所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額」（法人税法３１条４項）として、移行後の事業年度において損金算入が認められる結果、所得の金額が減少することになる。
一方、前記２ウａと同様、移行前に移行時資産等減価償却資産について減価償却費を計上して会計上の帳簿価額を減額すると、同計上をせずに取得価額を帳簿価額としている場合に比して、累積所得金額等に影響はないものの、当初調整公益目的財産残額がその減額分だけ少額となる。そのため、移行前の減価償却費の計上による調整公益目的財産残額の減少によって、所得の金額が当該減価償却費相当額分減少する場合には、二重の所得減少が生ずることになる。しかしながら、前記２ウｂのとおり、調整公益目的財産残額の減少によって、所得の金額が当該減価償却費相当額分減少するのは、原則として、調整公益目的財産残額が公益目的財産残額を上回らない場合に限られるから、二重の所得減少が生ずるのも、かかる場合に限られることになる。そうすると、前記２ウと同様の理由から、この点は、施行令４８条１項１号イにつき、前記ｂのとおり文言上の根拠を欠く被告の主張する解釈を採用すべき積極的な根拠とはならない。
ｄ減価償却の趣旨等
被告は、減価償却の趣旨や、旧定率法及び定率法の性質に照らせば、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈を採用すべき旨主張する。
しかしながら、移行前に計上された減価償却費相当額につき、移行後にこれを損金算入することを認めることは、減価償却の趣旨又は旧定率法等の性質に反することにはならないから、被告の主張は採用できない。
ｅ小括
以上によれば、施行令４８条１項１号イにつき、被告の主張する解釈の根拠はいずれも採用できず、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、施行令５４条に基づき計算される取得価額から、既にした償却の額で各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を控除した金額を意味するものと解される。
施行令１３１条の６は本件各通知処分に適用されるか
被告は、施行令４８条１項１号イにいう「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」の意義につき、移行後の事業年度において、移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額を、旧定率法を用いて計算する場合には、当該事業年度の期首における税務上の帳簿価額に旧定率法の償却率を乗じて償却限度額を計算することを定めた趣旨であると解することを前提に、施行令１３１条の６は、法人税法６５条の委任を受けて、上記の事業年度の期首における帳簿価額を移行時の会計上の帳簿価額と定めた規定である旨主張するが、前記で説示したとおり、施行令４８条１項１号イの解釈につき被告の主張を採用することはできないから、施行令１３１条の６の解釈に関する被告の主張はその前提を欠き、採用できない。
なお、前記２と同様、施行令１３１条の６の文言からすると、法人税法３１条６項の委任を受けて定められた施行令４８条１項１号イ及び５４条の規定の適用を排除し、あるいはその文言を読み替えて、移行法人について同法３１条１項にいう償却限度額の計算方法の特則を定めた規定であると解することは困難である。したがって、施行令４８条１項１号イに係る前記の解釈を前提として、旧定率法を用いた移行時資産等減価償却資産に係る償却限度額の計算に当たり、施行令１３１条の６が適用される余地もない。
施行令１３１条の６が適用されない場合の償却限度額
被告は、仮に施行令１３１条の６が本件に適用されないとしても、決算整理後の貸借対照表に基づく本件各移行減価償却資産の帳簿価額をもって「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とすべき旨主張する。しかしながら、かかる主張は、施行令４８条１項１号イの「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは本件移行日における税務上の帳簿価額を指すとする解釈を前提とするものであり、そのような解釈が採用できないことは前記のとおりであるから、上記主張もまた採用できない。
本件各収益事業帰属減価償却資産について
ア更正の請求の理由との関係
被告は、本件各収益事業帰属減価償却資産に係る減価償却費についての原告の主張は、更正の請求の理由とされていなかったから、これを理由に本件各通知処分の違法を主張することは許されない旨主張するので、まずこの点につき検討する。なお、原告は、この被告の主張につき、時機に後れた攻撃防御方法として却下することを申し立てたが、当該主張に関する審理経過に鑑みると、これが訴訟の完結を遅延させることとなるとは認められないから、上記原告の申立ては却下し、上記被告の主張は却下しないこととする。


原告は、更正の請求において、施行令１３１条の６の趣旨等に照らすと、原告の本件各事業年度における減価償却は、本件移行日における帳簿価額（本件各減価償却資産処理前価額）に基づいて行うべきであり、平成２３年３月１２日、同月１５日及び同月２１日の減価償却費の一括計上に伴い減額された後の帳簿価額（本件各減価償却資産処理後価額）に基づいて減価償却を行ったのは誤りであったとして、前者の帳簿価額に基づく減価償却費と後者の帳簿価額に基づく減価償却費との差額分、所得の金額を減少させ、欠損金額を増加させることを求めていた（甲６の１から９まで）。各更正の請求書においては、これらの減価償却の対象となった減価償却資産が、移行前に収益事業に属するものであったか、非収益事業に属するものであったかについては記載されておらず、「減価償却資産の帳簿価額の減額処理に関する資料」として、本件各移行減価償却資産と本件各収益事業帰属減価償却資産との双方に係る振替整理伝票及び伝票訂正履歴一覧表が添付されていた。
そして、原告は、本件訴訟において、本件各移行減価償却資産及び本件各収益事業帰属減価償却資産のいずれに係る減価償却についても施行令１３１条の６が適用されるべきでないことなどから、本件各減価償却資産処理前価額に基づいて減価償却を行うべき旨主張している。そうすると、本件各収益事業帰属減価償却資産に関し、原告が更正の請求において主張した更正をすべき理由と、原告が本件において主張する更正をすべき理由がない旨の通知処分の違法事由とは、同一の資産を対象として、本件各減価償却資産処理前価額に基づいて減価償却すべきであるとする点において共通するということができる。したがって、仮に、更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の取消しの訴えにおいて、更正の請求において理由としていなかった点をもって、当該通知処分の違法を主張することは許されないと解するとしても、本件各収益事業帰属減価償却資産の減価償却に係る原告の主張は、更正の請求において理由としていなかった点には当たらないから、本件各通知処分の違法事由としてこれを主張することが許されないということはできず、この点に関する被告の主張は採用できない。
イ本件各収益事業帰属減価償却資産に係る損金経理額及び償却限度額
損金経理額
ａ原告が、本件各収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却資産につき、別紙５の１から８までの各表の「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことについては、「減価償却資産の帳簿価額の減額処理に関する資料」として取りまとめられた振替整理伝票及び伝票訂正履歴一覧表（甲３）に記載があるところ、これらの資料の内容が不正確であることを疑わせる事情は特段見当たらないから、これらの資料については信用性を認めることができ、原告が上記金額の減価償却費を計上した事実を認めることができる。
ｂこれに対し被告は、原告が移行前最終事業年度に会計上減価償却費として計上した金額は６８０１万９４０３円であり、その全額が法人税の所得の金額の計算上損金に算入済みである一方、同金額を超えて経理上計上された減価償却費の存在は立証されていない旨主張する。しかしながら、上記金額が記載された収支決算書は、移行前最終事業年度分の原告の確定申告書（甲３０）に添付されたものである。原告は、当該確定申告の時点では、本件各収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却資産の償却限度額は本件各減価償却資産処理後価額を基に計算されるべきであると認識していたのであるから、この時点における収支決算書に減価償却費が６８０１万９４０３円と記載されていることは、同金額を超えて経理上計上された減価償却費が存在しないことを意味しない。原告が、その主張する金額の減価償却費を計上した事実が認められることは前記ａのとおりであって、被告の主張は採用できない。
ｃまた、被告は、本件各事業年度終了の時において有する減価償却資産としては、原告が主張するもの以外にも存在することが証拠上うかがわれ、原告の主張する収益事業に帰属する減価償却資産の範囲は不分明である旨主張する。
しかしながら、仮に、原告が本件各事業年度終了の時において有する収益事業に帰属する減価償却資産が、原告が主張するもの（本件各収益事業帰属減価償却資産）以外にも存在していたとしても、かかる資産の存在は、損金経理額がより大きい金額である可能性があることを意味するにすぎず、原告の主張する本件各減価償却資産の損金経理額が過大であることをうかがわせるものではない。そして、他に、原告の主張する本件各減価償却資産の損金経理額（別紙５の１から８までの各表の「損金経理額」欄記載の金額）の正確性を疑わせる事情はないから、上記被告の主張は採用できない。
償却限度額


原告は、本件各収益事業帰属減価償却資産及び本件各移行減価償却資産のうち旧定率法が適用されるものを、別紙５の１から７までの各表の「①取得価額」欄記載の取得価額により取得した後、「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額の減価償却費を一括で計上したことにより、その会計上の帳簿価額は「③決算整理仕訳の後の会計上の帳簿価額」欄記載の金額となったことから、これを基に、償却限度額を「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額として本件各確定申告をしたが、これは誤りであり、正しくは「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額が償却限度額となり、同金額が償却費として損金に算入される旨主張し、また、本件各収益事業帰属減価償却資産のうち旧定額法が適用されるものについて、別紙５の８の「④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）」欄記載の金額を損金経理額に計上して平成３０年３月期の確定申告をしたが、これは誤りであり、一括で計上した減価償却費の金額である「⑥過去の償却不足額の一括償却費（①－③）」欄記載の金額が損金経理額に算入されるから、正しくは「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額が償却費として損金に算入される旨主張する。これに対し被告は、損金経理額のほか、償却限度額の根拠となる各減価償却資産の取得価額及び耐用年数等が明らかにされていない旨主張する。被告の指摘するとおり、各減価償却資産の取得価額や、その耐用年数及び償却率の算定根拠となる取得時期、建物の構造種別など、償却限度額の計算の基礎となるべき情報につき、原告は具体的な主張をしておらず、証拠上もこれらの情報が全て明らかになっているとはいえない。しかしながら、これらの情報の少なくとも相当部分は、被告が原告から提出を受けるなどして入手したと認められる原告の財務諸表等から明らかとなっているし（乙１）、仮に明らかになっていない情報があるとしても、調査により明らかにすることができるものと認められる。それにもかかわらず、被告は、原告による立証が不十分である旨の抽象的な反論に終始し、具体的な主張を何らしていないのであって、かかる事情を弁論の全趣旨として斟酌すれば、本件各収益事業帰属減価償却資産の償却限度額は、別紙５の１から８までの各表の「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額となるものと認めることができる。本件各減価償却資産に係る減価償却費のうち損金に算入できる額以上によれば、本件各事業年度における本件各減価償却資産のうち旧定率法が適用されるものに係る損金経理額及び償却限度額は、それぞれ、別紙５の１から７までの各表の各「損金経理額」欄記載の金額及び「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であると認められ、いずれの事業年度のいずれの減価償却資産についても、後者の金額が前者の金額を下回っているため、本件各事業年度において損金に算入できる額は、その後者の金額となる。したがって、同金額から、原告が本件各確定申告において損金の額に算入した減価償却費の額と同額である「④決算整理仕訳の後の金額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額を控除した金額である、「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額が、本件各事業年度において、原告の所得の金額から減額され、又は欠損金額に加算されるべきであるということができる。
また、平成３０年３月期における本件各減価償却資産のうち旧定額法が適用されるものに係る損金経理額及び償却限度額は、それぞれ、別紙５の８の表の「損金経理額」欄記載の金額及び「②取得価額を基に計算した償却限度額」欄記載の金額であると認められ、後者の金額が前者の金額を下回っているため、平成３０年３月期において損金に算入できる額は、その後者の金額となる。したがって、同金額から、原告が本件各確定申告において損金の額に算入した減価償却費の額と同額である「④当期における会計上の償却費（損金の額に算入した償却費）」欄記載の金額を控除した金額である、「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」欄記載の金額が、平成３０年３月期において、原告の所得の金額から減額され、又は欠損金額に加算されるべきであるということができる。
これらに反し、本件各通知処分は、原告が移行前最終事業年度に一括計上した減価償却費を損金経理額に含めず、かつ、償却限度額の計算に際し、「取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額…の計算上損金の額に算入された金額…を控除した金額）」とは、決算整理を経た後の移行日時点の会計上の帳簿価額を意味すると解することを前提として、本件各減価償却資産の償却限度額を計算するなどしたものであるから、その点において違法である。
４税額等の計算
法人税の額等


原告が本件各確定申告において申告した、本件各事業年度における所得金額又は欠損金額（ただし、平成２４年３月期については、平成２４年１０月３１日付け更正処分による所得金額）は、別紙６「税額計算表」の「申告所得金額等」欄の金額であった（正の金額は所得金額を、負の金額は欠損金額を意味する。）。そして、前記２のとおり、本件各譲渡有価証券の譲渡利益額が過少である又は譲渡損失が過大である旨の被告の主張は理由がない一方、前記３のとおり、損金の額に算入すべき償却費の額が過少である旨の原告の主張は理由があるから、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から、同表の「損金算入償却費増加額」欄記載の金額（別紙５の１から８までの表の各「⑤更正の請求により損金の額に算入される償却費の増加額」の「合計」欄記載の金額と同一である。）が、所得金額については減算され、欠損金額については加算されるべきであって、これらの加減算の結果、原告の本件各事業年度における所得金額又は欠損金額は、別紙６「税額計算表」の「認定できる所得金額又は欠損金額」欄記載の金額となる（正の金額は所得金額を、負の金額は欠損金額を意味する。）。ただし、平成２９年３月期については、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から「損金算入償却費増加額」欄記載の金額を減算すると、２億０９８０万８３６３円の欠損金額が生じていることとなるところ、原告の請求の趣旨において欠損金額とされる金額はこれより少額であり、当該金額の正確性を疑わせる事情もないことを踏まえて、当該金額をもって、同事業年度の欠損金額として認定することとする。また、平成３０年３月期については、同表の「申告所得金額等」欄記載の金額から同表の「損金算入償却費増加額」欄記載の金額を減算すると、同事業年度の所得金額は１億６３４６万７１０５円となるところ、平成３０年３月期の所得金額の計算上控除可能なものとして繰り越された前事業年度以前の欠損金額が同事業年度の損金に算入される結果、同事業年度の所得の金額は０円となり、同事業年度における翌期へ繰り越す欠損金額は、平成２９年３月期における翌期へ繰り越す欠損金額から１億６３４６万７１０５円減少して、同表の「平成３０年３月期」の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額となる（法人税法５７条１項本文）。
その結果、本件各事業年度のいずれにおいても、欠損金額が発生しているか、又は所得金額が０円であるから、法人税の額は０円である（法人税法６６条１項）。
また、平成２４年３月期の「翌期へ繰り越す欠損金額」は、平成２４年３月期に係る欠損金額と同額であり、平成２５年３月期以降の「翌期へ繰り越す欠損金額」は、その前事業年度の「翌期へ繰り越す欠損金額」に、その事業年度の欠損金額を加算した金額（ただし、平成３０年３月期については、平成２９年３月期の「翌期へ繰り越す欠損金額」から１億６３４６万７１０５円を減じた金額）となるから、本件各事業年度の「翌期へ繰り越す欠損金額」は、同表の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額となる（法人税法５７条１項本文）。
そして、本件各事業年度において、法人税額から控除される所得税等の額は、同表の「税額控除の額」欄記載の金額であるから、原告が納付すべき法人税額は、０円から同欄記載の金額を控除した金額である、同表の「納付すべき法人税額」欄記載の金額となる。
復興特別法人税の額等
前記のとおり、原告の平成２５年３月期及び平成２６年３月期における法人税の額はいずれも０円であるから、復興特別法人税に係る基準法人税額は０円であり（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法４４条１号）、復興特別法人税の額も０円である（同法４７条２項本文、４８条）。
そして、平成２５年３月期及び平成２６年３月期において、復興特別法人税額から控除される復興特別所得税（東日本大震災からの復興のための施策を実施するために必要な財源の確保に関する特別措置法４９条１項）の額は、別紙６「税額計算表」の「控除復興特別所得税額」欄記載の金額であるから、原告が納付すべき復興特別法人税額は、０円から同欄記載の金額を控除した金額である、同表の「納付すべき復興特別法人税額」欄記載の金額となる。
地方法人税の額等
前記のとおり、原告の平成２９年３月期及び平成３０年３月期における法人税の額はいずれも０円であるから、地方法人税に係る基準法人税額は０円であり（地方法人税法９条１項、２項、６条１号）、地方法人税の額も０円であるから（平成２８年法律第１５号による改正前の地方法人税法１０条１項）、納付すべき地方法人税の額は０円となる。
５結論


以上によると、本件各更正処分等のうち、平成２５年３月期、平成２６年３月期、平成２７年３月期及び平成２９年３月期の法人税の更正処分については、所得金額が別紙６「税額計算表」の「認定できる所得金額又は欠損金額」欄記載の金額を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金額が同表の「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額を下回る部分、及び納付すべき法人税額が同表の「納付すべき法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法であり、本件各更正処分等のうち、平成２５年３月期及び平成２６年３月期の復興特別法人税の更正処分については、納付すべき復興特別法人税額が同表の「納付すべき復興特別法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法であり、平成２９年３月期の地方法人税については、納付すべき地方法人税額が同表の「納付すべき地方法人税額」欄記載の金額を超える部分において違法である。また、本件各更正処分等のうち、各過少申告加算税の賦課決定処分については、いずれについても、上記の納付すべき法人税及び復興特別法人税の額は、原告が本件各確定申告において納付すべき税額として申告した金額を上回らず、各更正処分に基づき国税通則法３５条２項の規定により納付すべき税額はないから、その全部が違法である。さらに、本件各通知処分のうち本件各更正処分対象法人税等通知処分以外のものについては、平成２８年３月期の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち欠損金額３億７７８０万６１０６円（別紙６「税額計算表」の「平成２８年３月期」の「認定できる所得金額又は欠損金額」欄記載の金額）及び翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円（同「翌期へ繰り越す欠損金額」欄記載の金額）を下回る部分につき更正をすべき理由がないとする部分、平成３０年３月期の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち翌期へ繰り越す欠損金２７億４５３４万６８１９円を下回る部分につき更正をすべき理由がないとする部分並びに平成２４年３月期の法人税及び平成３０年３月期の地方法人税の各更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分の全部が、それぞれ違法である。
そのため、請求の趣旨第３項及び同第４項の請求は全部理由があり、その一方で、同第１項及び同第２項の請求のうち、訴えの利益を欠き不適法である部分を除く部分（前記１参照）は、同第３項及び同第４項の請求と同じであるから、同第１項及び第２項の請求には、同第３項及び同第４項の請求を超えて認容すべき部分はない。
したがって、請求の趣旨第３項及び同第４項の請求を全部認容することとして、主文のとおり判決する。
東京地方裁判所民事第３８部
裁判長裁判官鎌野真   敬
裁判官栗原志   保
裁判官佐藤   貴大
（別紙２の１）
処分一覧表１
１原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス９億１１４８万１１８７円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金９億１１４８万１１８７円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス５３００万１３０３円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課
決定処分
２原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス２０２０万５７１２円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金９億３１６８万６８９９円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３４５２万８９２８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定
処分
３原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス２億９８６８万４６７９円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金１２億３０３７万１５７８円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３５８８万６８１０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦
課決定処分
４原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金１２億２４７８万３１０９円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２６７５万１３２４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分５原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス４７万８２６２円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分６原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス７２万９３９３円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分７原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき地方法人税額０円を超える部分
以上
（別紙２の２）
処分一覧表２
１原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分２原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分３原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分４原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分５原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス３億７７８０万６１０６円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３１２２万５
５４４円を超える部分


６原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス５３１６万０７０２円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２９億０８８１万３９２４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２５９１万３１２
４円を超える部分
７原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２７億４５３４万６８１９円を下回る部
分及び納付すべき法人税額０円を超える部分
８原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分９原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分10原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分11原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分
以上
（別紙２の３）
処分一覧表３
１原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス１２億６９７０万７６０６円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金１５億９５１９万９３８４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス５３００万１３０３円を超える部分並びに過少申告加算税の賦
課決定処分
２原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス３億２３５１万２９０３円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金１９億１８７１万２２８７円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３４５２万８９２８円を超える部分並びに過少申告加算税の賦
課決定処分
３原告の平成２６年４月１日から平成２７年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス５億５９１３万４８２９円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２４億７７８４万７１１６円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３５８８万６８１０円を超える部分並びに過少申告加算税の賦
課決定処分
４原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの事業年度の法人税の更正処分のうち、所得金額マイナス５３１６万０７０２円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２９億０８８１万３９２４円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス２６７５万１３２４円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決
定処分
５原告の平成２４年４月１日から平成２５年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス４７万８２６２円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分６原告の平成２５年４月１日から平成２６年３月３１日までの課税事業年度の復興特別法人税の更正処分のうち、納付すべき復興特別法人税額マイナス７２万９３９３円を超える部分及び過少申告加算税の賦課決定処分７原告の平成２８年４月１日から平成２９年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正処分のうち、納付すべき地方法人税額０円を超える部分
以上
（別紙２の４）
処分一覧表４
１原告の平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分２原告の平成２７年４月１日から平成２８年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額マイナス３億７７８０万６１０６円、翌期へ繰り越す欠損金２８億５５６５万３２２２円を下回る部分及び納付すべき法人税額マイナス３１２２万５５４４円を超
える部分につき更正をすべき理由がないとする部分
３原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの事業年度の法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分のうち、所得金額０円を超える部分、翌期へ繰り越す欠損金２７億４５３４万６８１９円を下回る部分及び納付すべき法人税額０円を超える部分につき更正をすべき理由がないとす
る部分
４原告の平成２９年４月１日から平成３０年３月３１日までの課税事業年度の地方法人税の更正の請求に対する更正をすべき理由がない旨の通知処分
以上
（別紙３）
関係法令の定め
第１法人税法
（定義）
２条
６号公益法人等    別表第二に掲げる法人をいう。９号普通法人    第５号から第７号までに掲げる法人以外の法人をいい、人格のない社団等を含まない。
（内国公益法人等の非収益事業所得等の非課税）
７条【令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。】内国法人である公益法人等又は人格のない社団等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得については、第５条（内国法人の課税所得の範囲）の規定にかかわらず、各事業年度の所得に対する法人税を課さない。
（各事業年度の所得に対する法人税の課税標準）
２１条
内国法人に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の課税標準は、各事業年度の所得の金額とする。
（各事業年度の所得の金額の計算）
２２条
１項内国法人の各事業年度の所得の金額は、当該事業年度の益金の額から当該事業年度の損金の額を控除した金額とする。


２項内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の益金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、資産の販売、有償又は無償による資産の譲渡又は役務の提供、無償による資産の譲受けその他の取引で資本等取引以外のものに係る当該事業年度の収益の額とする。３項内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上当該事業年度の損金の額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、次に掲げる額とする。１号当該事業年度の収益に係る売上原価、完成工事原価その他これらに準
ずる原価の額
２号前号に掲げるもののほか、当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用（償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないものを除く。）の額
３号当該事業年度の損失の額で資本等取引以外の取引に係るもの４項【平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。】第２項に規定する当該事業年度の収益の額及び前項各号に掲げる額は、一般に公正妥当と認められる会計処理の基準に従つて計算されるものとする。
（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）
３１条
１項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては令和２年法律第８号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
内国法人の各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として第２２条第３項（各事業年度の損金の額に算入する金額）の規定により当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額は、その内国法人が当該事業年度においてその償却費として損金経理をした金額（以下この条において「損金経理額」という。）のうち、その取得をした日及びその種類の区分に応じ政令で定める償却の方法の中からその内国法人が当該資産について選定した償却の方法（償却の方法を選定しなかつた場合には、償却の方法のうち政令で定める方法）に基づき政令で定めるところにより計算した金額（次項において「償却限度額」という。）に達するまでの金額とする。
４項損金経理額には、第１項の減価償却資産につき同項の内国法人が償却費として損金経理をした事業年度（以下この項において「償却事業年度」という。）前の各事業年度における当該減価償却資産に係る損金経理額（中略）のうち当該償却事業年度前の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額を含むものと（中略）する。
６項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては現行のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】第１項の選定をすることができる償却の方法の特例、償却の方法の選定の手続、償却費の計算の基礎となる減価償却資産の取得価額その他減価償却資産の償却に関し必要な事項は、政令で定める。
（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）
５７条
１項本文【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては平成２７年法律第９号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
確定申告書を提出する内国法人の各事業年度開始の日前７年以内に開始した事業年度において生じた欠損金額（この項の規定により当該各事業年度前の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されたもの及び第８０条（欠損金の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつたものを除く。）がある場合には、当該欠損金額に相当する金額は、当該各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
（有価証券の譲渡益又は譲渡損の益金又は損金算入）
６１条の２
１項【平成２４年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２８年３月期から平成３０年３月期については平成３０年法律第７号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２７年法律第９号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
内国法人が有価証券の譲渡をした場合には、その譲渡に係る譲渡利益額（第１号に掲げる金額が第２号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）又は譲渡損失額（同号に掲げる金額が第１号に掲げる金額を超える場合におけるその超える部分の金額をいう。）は、第６２条から第６２条の５まで（合併等による資産の譲渡）の規定の適用がある場合を除き、その譲渡に係る契約をした日（中略）の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。１号その有価証券の譲渡に係る対価の額（第２４条第１項（配当等の額とみなす金額）の規定により第２３条第１項第１号（受取配当等の益金不算入）に掲げる金額とみなされる金額がある場合には、そのみなされる金額に相当する金額を控除した金額）
２号その有価証券の譲渡に係る原価の額（その有価証券についてその内国法人が選定した一単位当たりの帳簿価額の算出の方法により算出した金額（算出の方法を選定しなかつた場合又は選定した方法により算出しなかつた場合には、算出の方法のうち政令で定める方法により算出した金額）にその譲渡をした有価証券の数を乗じて計算した金額をいう。）２３項【平成２４年３月期から平成２９年３月期までについては平成２９年法律第４号による改正前のもの、平成３０年３月期については現行の２４項。以下同じ。なお、同改正により項数が繰り下げられたが、規定の内容に変更はない。】
有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の基礎となる取得価額の算出の方法、有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の種類、その算出の方法の選定の手続その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
６４条の４


１項【平成３１年法律第６号による改正前のもの。以下同じ。】一般社団法人若しくは一般財団法人又は医療法人（公益法人等に限る。次項において「特定公益法人等」という。）である内国法人が普通法人に該当することとなつた場合には、その内国法人のその該当することとなつた日（以下この項及び第３項において「移行日」という。）前の収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積所得金額」という。）又は当該移行日前の収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積欠損金額」という。）に相当する金額は、当該内国法人の当該移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
３項【平成２４年３月期から平成２８年３月期までについては平成２８年法律第１５号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月期については現行のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２８年法律第１５号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
第１項の内国法人が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（中略）第２９条第１項又は第２項（公益認定の取消し）の規定によりこれらの規定に規定する公益認定を取り消されたことにより普通法人に該当することとなつた法人である場合、前項の内国法人が公益社団法人又は公益財団法人を被合併法人とする同項に規定する適格合併に係る合併法人である場合その他の政令で定める場合に該当する場合における前二項の規定の適用については、移行日又は当該適格合併の日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、累積所得金額若しくは合併前累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額若しくは合併前累積欠損金額に加算する。６項前二項に定めるもののほか、第３項に規定する政令で定める金額を支出した事業年度における処理その他第１項から第３項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
（各事業年度の所得の金額の計算の細目）
６５条
第２款から前款まで（所得の金額の計算）に定めるもののほか、各事業年度の所得の金額の計算に関し必要な事項は、政令で定める。
（各事業年度の所得に対する法人税の税率）
６６条
１項【平成２４年３月期については平成２３年法律第１１４号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年法律第９号による改正前のもの、平成２８年３月期については平成２８年法律第１５号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月期については令和４年法律第７１号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年法律第１１４号による改正前のものであるが、上記の各改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】内国法人である普通法人、一般社団法人等（別表第二に掲げる一般社団法人及び一般財団法人並びに公益社団法人及び公益財団法人をいう。次項及び第３項において同じ。）又は人格のない社団等に対して課する各事業年度の所得に対する法人税の額は、各事業年度の所得の金額に１００分の３０の税率を乗じて計算した金額とする。
第２法人税法施行令【以下「施行令」という。】
（減価償却資産の償却の方法）
４８条
１項【平成２４年３月期については平成２３年政令第３７９号による改正前のもの、平成２５年３月期から平成３０年３月期までについては令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２３年政令第３７９号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
平成１９年３月３１日以前に取得をされた減価償却資産（中略）の償却限度額（法第３１条第１項（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）の規定による減価償却資産の償却費として損金の額に算入する金額の限度額をいう。以下第７目までにおいて同じ。）の計算上選定をすることができる同項に規定する資産の種類に応じた政令で定める償却の方法は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める方法とする。１号建物（第３号に掲げるものを除く。）    次に掲げる区分に応じそれぞれ
次に定める方法
イ平成１０年３月３１日以前に取得をされた建物    次に掲げる方法旧定額法（当該減価償却資産の取得価額からその残存価額を控除した金額にその償却費が毎年同一となるように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。以下この目及び第７目（減価償却資産の償却限度額等）において同じ。）
旧定率法（当該減価償却資産の取得価額（既にした償却の額で各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がある場合には、当該金額を控除した金額）にその償却費が毎年一定の割合で逓減するように当該資産の耐用年数に応じた償却率を乗じて計算した金額を各事業年度の償却限度額として償却する方法をいう。以下この目及び第７目において同じ。）
ロイに掲げる建物以外の建物    旧定額法
【なお、本項にいう「法」とは、前記第１の法人税法を意味する。以下施行令において同じ。】
（減価償却資産の取得価額）
５４条
１項【令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。】減価償却資産の第４８条から第５０条まで（減価償却資産の償却の方法）に規定する取得価額は、次の各号に掲げる資産の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
１号購入した減価償却資産    次に掲げる金額の合計額イ当該資産の購入の代価（引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税（中略）その他当該資産の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）
ロ当該資産を事業の用に供するために直接要した費用の額
（償却超過額の処理）


６２条【令和２年政令第２０７号による改正前のもの。以下同じ。】内国法人がその有する減価償却資産についてした償却の額のうち各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されなかつた金額がある場合には、当該資産については、その償却をした日の属する事業年度以後の各事業年度の所得の金額の計算上、当該資産の帳簿価額は、当該損金の額に算入されなかつた金額に相当する金額の減額がされなかつたものとみなす。
（有価証券の取得価額）
１１９条
１項【平成２４年３月期から平成２７年３月期までについては平成２７年政令第１４２号による改正前のもの、平成２８年３月期については平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成２９年３月期については平成２９年政令第１０６号による改正前のもの、平成３０年３月期については平成３０年政令第１３２号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下に引用した部分の限度では、これらの改正の前後で差異はない。】内国法人が有価証券の取得をした場合には、その取得価額は、次の各号に掲げる有価証券の区分に応じ当該各号に定める金額とする。１号購入した有価証券（中略）    その購入の代価（購入手数料その他その有価証券の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額）
２号金銭の払込み又は金銭以外の資産の給付により取得をした有価証券（中略）その払込みをした金銭の額及び給付をした金銭以外の資産の価額
の合計額（以下略）
（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）
１１９条の２
１項有価証券の譲渡に係る原価の額を計算する場合におけるその一単位当たりの帳簿価額の算出の方法は、次に掲げる方法とする。１号移動平均法（有価証券をその銘柄の異なるごとに区別し、その銘柄を同じくする有価証券の取得（中略）をする都度その有価証券のその取得の直前の帳簿価額とその取得をした有価証券の取得価額（中略）との合計額をこれらの有価証券の総数で除して平均単価を算出し、その算出した平均単価をもつてその一単位当たりの帳簿価額とする方法をいう。）
（累積所得金額又は累積欠損金額の計算）
１３１条の４
１項【平成２４年３月期から平成２８年３月期までについては平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成２９年３月期及び平成３０年３月期については平成３１年政令第９６号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２８年政令第１４６号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
法第６４条の４第１項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の同項に規定する移行日（以下この項及び次条第１項において「移行日」という。）における資産の帳簿価額が負債帳簿価額等（負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額をいう。以下この項において同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項において「累積所得金額」という。）とし、法第６４条の４第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の移行日における負債帳簿価額等が資産の帳簿価額を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項及び第３項において「累積欠損金額」という。）とする。
（累積所得金額から控除する金額等の計算）
１３１条の５
１項【平成２４年３月期から平成２９年３月期までについては平成２８年政令第１４６号による改正前のもの、平成３０年３月期については平成３１年政令第９６号による改正前のもの。以下同じ。なお、以下の条文は平成２８年政令第１４６号による改正前のものであるが、同改正は、本件の判断に影響を及ぼすものではない。】
法第６４条の４第３項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める金額は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
３号法第６４条の４第１項の内国法人が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。以下この号及び第５項において「整備法」という。）第１２３条第１項（移行法人の義務等）に規定する移行法人（中略）である場合次に掲げる
金額のうちいずれか少ない金額
イ当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額（整備法第１１９条第２項第２号（公益目的支出計画の作成）に規定する公益目的財産残額を基礎として財務省令で定めるところにより計算した金額をいう。次号イにおいて同じ。）
ロ当該内国法人の移行日における資産の帳簿価額から前条第１項に規定
する負債帳簿価額等を控除した金額


５項内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合（第１項第３号又は第４号に掲げる場合に該当する場合に限る。次項において同じ。）において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（整備法第１２４条（公益目的支出計画の実施が完了したことの確認）の確認に係る事業年度（次項及び第７項において「確認事業年度」という。）後の事業年度を除く。）の整備法第１１９条第２項第１号の支出の額（以下この条において「公益目的支出の額」という。）が同項第２号の規定により同号に規定する公益目的財産残額の計算上当該公益目的支出の額から控除される同号の収入の額（次項において「実施事業収入の額」という。）を超えるときは、その超える部分の金額（当該内国法人の有する調整公益目的財産残額が当該超える部分の金額に満たない場合には、当該調整公益目的財産残額に相当する金額。第７項において「支出超過額」という。）は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。６項内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（確認事業年度後の事業年度を除く。）の実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限る。）は、その超える部分の金額（次項において「収入超過額」という。）は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。７項前二項に規定する調整公益目的財産残額とは、第１項第３号又は第４号に定める金額から前二項の規定の適用を受ける事業年度（以下この項において「適用事業年度」という。）前の各事業年度の支出超過額の合計額を減算し、これに当該適用事業年度前の各事業年度の収入超過額の合計額を加算した金額（確認事業年度後の事業年度にあつては、零）をいう。（収益事業以外の事業に属していた資産及び負債の帳簿価額）
１３１条の６
内国法人である公益法人等若しくは人格のない社団等のその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債がその収益事業に属する資産及び負債となつた場合のその資産及び負債（以下この条において「転用資産等」という。）又は公益法人等が普通法人若しくは協同組合等に該当することとなつた場合のその該当することとなつた時において有するその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債（以下この条において「移行時資産等」という。）の帳簿価額は、それぞれ当該転用資産等の価額としてその収益事業に関する帳簿に記載された金額又は当該移行時資産等の価額としてその該当することとなつた時においてその帳簿に記載されていた金額とする。
第３法人税法施行規則
２７条の１６の４
１項令第１３１条の５第１項第３号イ（累積所得金額から控除する金額等の計算）に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、公益目的財産残額（中略）及び公益目的収支差額の収入超過額（中略）の合計額に整備府令第１４条第１項第２号（公益目的財産額）に掲げる金額（既に有していない同項第１号に規定する時価評価資産（以下この条において「時価評価資産」という。）に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価損の額」という。）を加算し、これから整備府令第１４条第１項第１号に掲げる金額（既に有していない時価評価資産に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価益の額」という。）を控除した金額とする。
【なお、本項にいう「令」とは前記第２の法人税法施行令を、「整備府令」とは後記第５の一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則を意味する。】
第４整備法（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律）
（社団法人及び財団法人の存続）
４０条
１項第３８条の規定による改正前の民法（以下「旧民法」という。）第３４条の規定により設立された社団法人又は財団法人であってこの法律の施行の際現に存するものは、施行日以後は、この節の定めるところにより、それぞれ一般社団・財団法人法の規定による一般社団法人又は一般財団法人として存続するものとする。
【なお、本項及び４２条１項にいう「一般社団・財団法人法」とは、一般社団法人及び一般財団法人に関する法律を意味する。】
（名称に関する特則）
４２条
１項第４０条第１項又は前条第１項の規定により存続する一般社団法人又は一般財団法人であって第１０６条第１項（中略）の登記をしていないもの（以下それぞれ「特例社団法人」又は「特例財団法人」という。）については、一般社団・財団法人法第５条第１項の規定は、適用しない。２項特例社団法人又は特例財団法人（以下「特例民法法人」と総称する。）については、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成１８年法律第４９号。以下この節及び附則第一項において「公益法人認定法」という。）第９条第４項の規定は、適用しない。
（通常の一般社団法人又は一般財団法人への移行）
４５条
特例社団法人又は特例財団法人は、移行期間内に、第５款の定めるところにより、行政庁の認可を受け、それぞれ通常の一般社団法人又は一般財団法人となることができる。
（公益目的支出計画の作成）
１１９条
１項第４５条の認可を受けようとする特例民法法人は、当該認可を受けたときに解散するものとした場合において旧民法第７２条の規定によれば当該特例民法法人の目的に類似する目的のために処分し、又は国庫に帰属すべきものとされる残余財産の額に相当するものとして当該特例民法法人の貸借対照表上の純資産額を基礎として内閣府令で定めるところにより算定した額が内閣府令で定める額を超える場合には、内閣府令で定めるところにより、当該算定した額（以下この款において「公益目的財産額」という。）に相当する金額を公益の目的のために支出することにより零とするための計画（以下この款において「公益目的支出計画」という。）を作成しなければならない。
２項公益目的支出計画においては、次に掲げる事項を定めなければならない。
１号公益の目的のための次に掲げる支出


イ公益目的事業のための支出
ロ公益法人認定法第５条第１７号に規定する者に対する寄附ハ第４５条の認可を受けた後も継続して行う不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与する目的に関する事業のための支出（イに掲げるものを除く。）その他の内閣府令で定める支出
２号公益目的財産額に相当する金額から前号の支出の額（当該支出をした事業に係る収入があるときは、内閣府令で定めるところにより、これを控除した額に限る。）を控除して得た額（以下この款において「公益目的財産残額」という。）が零となるまでの各事業年度ごとの同号の支出に関
する計画
３号前号に掲げるもののほか、第１号の支出を確保するために必要な事項
として内閣府令で定める事項
【なお、本項にいう「公益法人認定法」とは、公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律を意味する。】
（移行法人の義務等）
１２３条
１項第１２１条第１項において読み替えて準用する第１０６条第１項の登記をした一般社団法人又は一般財団法人であってその作成した公益目的支出計画の実施について次条の確認を受けていないもの（以下この節において「移行法人」という。）は、同条の確認を受けるまで、公益目的支出計画（中略）に定めたところに従って第１１９条第２項第１号の支出をしなければならない。
（公益目的支出計画の実施が完了したことの確認）
１２４条
移行法人は、第１１９条第２項第１号の支出により公益目的財産残額が零となったときは、内閣府令で定めるところにより、認可行政庁に公益目的支出計画の実施が完了したことの確認を求めることができる。第５一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則【以下「整備法施行規則」という。】
１４条
１項整備法第１１９条第１項に規定する公益目的財産額は、第２条第１項ただし書の事業年度（事業年度に関する規定を定める他の法律の規定により移行の登記をした日の属する事業年度の開始の日から移行の登記をした日までの期間が当該法人の事業年度とみなされる場合にあっては、当該期間）の末日（以下「算定日」という。）における貸借対照表の純資産の部に計上すべき額に第１号に掲げる額を加算し、第２号、第３号及び第４号に掲げる額を減算して得た額とする。
１号特例民法法人が算定日において次に掲げる資産（以下「時価評価資産」という。）を有する場合の当該時価評価資産の算定日における時価が算定日における帳簿価額を超える場合のその超える部分の額
イ土地又は土地の上に存する権利
ロ有価証券
ハ書画、骨とう、生物その他の資産のうち算定日における帳簿価額と時
価との差額が著しく多額である資産
２号特例民法法人が算定日において時価評価資産を有する場合の当該時価評価資産の算定日における帳簿価額が算定日における時価を超える場合
のその超える部分の額
３号基金の額
４号前号に掲げるもののほか、貸借対照表の純資産の部に計上すべきもののうち支出又は保全が義務付けられていると認められるものの額２項前項の規定により貸借対照表の純資産の部に加算され、又は減算された時価評価資産については、この章の規定の適用に当たっては、当該時価評価資産の帳簿価額は、当該加算された額が増額され、又は当該減算された額が減額されたものとみなす。
２３条
１項移行法人の各事業年度の末日における公益目的財産残額は、当該移行法人の公益目的財産額から当該事業年度の末日における公益目的収支差額を減算して得た額（公益目的収支差額が零を下回る場合にあっては、減算する額は零）とする。
２項前項に規定する公益目的収支差額は、各事業年度の前事業年度の末日における公益目的収支差額（移行の登記をした日の属する事業年度にあっては、零）に当該事業年度の公益目的支出の額を加算して得た額から、当該事業年度の実施事業収入の額を減算して得た額とする。
以上
別紙４の１
（単位：円）
銘柄譲渡対価の額
①移行前取得価額
原告主張譲渡利益額
又は譲渡損失額
③(①－②)
本件各譲渡銘柄
帳簿価額
被告主張譲渡原価の
額⑤
被告主張譲渡利益額
又は譲渡損失額
⑥(①－⑤)
譲渡損益の差額
⑦(⑥－③)


■■■■■500,000,000493,500,000   6,500,000425,750,000425,750,000   74,250,00067,750,000■■■■■211,250,000203,131,562   8,118,438231,950,000231,950,000   △20,700,000△   28,818,438■■■■■296,839,336610,000,000   △313,160,664319,734,010   319,734,010△22,894,674   290,265,990■■■■■182,258,766429,994,808   △247,736,042197,582,303   197,582,303△15,323,537   232,412,505■■■■■500,000,000500,000,000   0321,400,000321,400,000   178,600,000178,600,000■■■■■500,000,000500,000,000   0392,700,000392,700,000   107,300,000107,300,000■■■■■200,000,000200,000,000   0163,340,000163,340,000   36,660,00036,660,000■■■■■100,000,00099,200,000   800,00061,250,00061,250,000   38,750,00037,950,000■■■■■100,000,00099,200,000   800,00061,250,00061,250,000   38,750,00037,950,000■■■■■300,000,000300,000,000   0192,390,000192,390,000   107,610,000107,610,000■■■■■300,000,000291,300,000   8,700,000193,440,000193,440,000   106,560,00097,860,000■■■■■96,011,017250,000,000   △153,988,983108,260,847   108,260,847△12,249,830   141,739,153■■■■■169,545,085400,000,000   △230,454,915183,799,711   183,799,711△14,254,626   216,200,289■■■■■200,000,000200,000,000   0186,120,000186,120,000   13,880,00013,880,000■■■■■104,642,000313,297,930   △208,655,930110,100,000   110,100,000△5,458,000   203,197,930■■■■■37,308,98397,142,720   △59,833,73742,069,153   42,069,153△4,760,170   55,073,567合　　計3,797,855,1874,986,767,020   △1,188,911,8333,191,136,024   3,191,136,024606,719,1631,795,630,996（注）③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成25年３月期）95
別紙４の２
（単位：円）
銘柄譲渡対価の額
①移行前取得価額
原告主張譲渡利益額又
は譲渡損失額
③(①－②)
本件各譲渡銘柄
帳簿価額
被告主張譲渡原価の額
被告主張譲渡利益額又
は譲渡損失額
⑥(①－⑤)
譲渡損益の差額
⑦(⑥－③)


■■■■■300,000,000300,000,000   0278,160,000278,160,000   21,840,00021,840,000■■■■■71,225,000252,625,000   △181,400,000343,750,000   171,875,000△100,650,000   80,750,000■■■■■200,000,000200,000,000   0140,180,000140,180,000   59,820,00059,820,000■■■■■300,000,000300,000,000   0203,940,000203,940,000   96,060,00096,060,000■■■■■400,000,000400,000,000   0249,360,000249,360,000   150,640,000150,640,000■■■■■300,000,000300,000,000   0192,630,000192,630,000   107,370,000107,370,000■■■■■300,000,000287,100,000   12,900,000163,950,000163,950,000   136,050,000123,150,000■■■■■300,000,000300,000,000   0178,680,000178,680,000   121,320,000121,320,000■■■■■100,000,00098,600,000   1,400,00055,160,00055,160,000   44,840,00043,440,000■■■■■400,000,000400,000,000   0219,520,000219,520,000   180,480,000180,480,000■■■■■200,000,000200,000,000   0104,920,000104,920,000   95,080,00095,080,000■■■■■100,000,000100,000,000   053,680,00053,680,000   46,320,00046,320,000■■■■■100,000,000102,500,000   △2,500,000101,100,000   101,100,000△1,100,000   1,400,000■■■■■110,570,985117,845,475   △7,274,490211,033,422   77,833,42232,737,56340,012,053■■■■■100,000,000100,000,000   053,680,00053,680,000   46,320,00046,320,000■■■■■32,597,01534,418,444   △1,821,42922,732,578   22,732,5789,864,43711,685,866■■■■■100,000,000102,500,000   △2,500,00098,500,000   98,500,0001,500,0004,000,000■■■■■100,000,000102,500,000   △2,500,00098,500,000   98,500,0001,500,0004,000,000■■■■■100,000,000102,500,000   △2,500,00098,500,000   98,500,0001,500,0004,000,000合　　計3,614,393,0003,800,588,919   △186,195,9192,867,976,000   2,562,901,0001,051,492,0001,237,687,919本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成26年３月期）（注）③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。96
別紙４の３
（単位：円）
銘柄譲渡対価の額
①移行前取得価額
原告主張譲渡利益額
又は譲渡損失額
③(①－②)
本件各譲渡銘柄
帳簿価額
被告主張譲渡原価の
額⑤
被告主張譲渡利益額
又は譲渡損失額
⑥(①－⑤)
譲渡損益の差額
⑦(⑥－③)


■■■■■500,000,000500,000,000   0232,550,000232,550,000   267,450,000267,450,000■■■■■53,144,20033,300,000   19,844,20051,400,00051,400,000   1,744,200△18,100,000■■■■■64,247,500252,625,000   △188,377,500343,750,000   171,875,000△107,627,500   80,750,000■■■■■300,000,000300,000,000   0142,290,000142,290,000   157,710,000157,710,000■■■■■500,000,000500,000,000   0227,750,000227,750,000   272,250,000272,250,000■■■■■300,000,000300,000,000   0133,440,000133,440,000   166,560,000166,560,000■■■■■44,769,50021,000,000   23,769,50025,400,00025,400,000   19,369,500△4,400,000合　　計1,762,161,2001,906,925,000   △144,763,8001,156,580,000   984,705,000777,456,200922,220,000本件各譲渡有価証券譲渡損益計算一覧（平成27年３月期）（注）③及び⑥欄の各△表示は，譲渡損失額を表す。97
別紙５の１
【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
9898
減価償却資産①取得価額
②取得価額1
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費   3(①   -
③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    298,383,6753,575,605,534    159,695,482138,688,193    3,105,249,2193,264,944,701    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    385,73347,501    9,500376,233    902,520912,020    収益事業
立退料のうち建
物部分5,289,106    2,147,514264,455    52,8902,094,624    5,024,6515,077,541    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    17,326,79891,026,704    5,941,67711,385,121    180,282,219180,362,145    収益事業Ｄ9,800    6243,650    238386    6,1506,154    収益事業Ｄ4,843,200    308,5211,811,200    118,224190,297    3,032,0003,033,591    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    7,209,87142,572,657    2,778,8874,430,984    70,624,34370,661,724    収益事業1正確には取得価額（既にした償却費のうち損金の額に算入された金額を控除した金額）。以下本別紙の旧定率法に関する表において同じ。2平成２３年２月２日時点のものをいう。以下本別紙において同じ。3平成２３年２月２日期の償却費分を含む。以下本別紙において同じ。4損金経理額は、上記④の金額に上記⑥の金額を加算した金額から、過去の事業年度の上記⑤の累計額及び平成２３年２月２日期において損金の額に算入した金額（収益事業に属するもののみ）の合計額を控除した金額に等しい。以下本別紙において同じ。
別紙５の１
【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
9999
減価償却資産①取得価額
②取得価額1
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費   3(①   -
③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分


共同住宅・Ｅ261,117,537    16,631,39498,204,602    6,410,20710,221,187    162,912,935162,999,163    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    288,438711,874    31,794256,644    5,776,9265,778,092    収益事業Ｆ・共同住宅6,744,800    319,041966,722    46,031273,010    5,778,0785,779,616    収益事業Ｇ建物689,835,513    30,809,778219,022,785    9,782,10521,027,673    470,812,728480,594,833    非収益事業本堂188,854,026    8,434,69259,961,171    2,678,0155,756,677    128,892,855131,570,870    非収益事業管理棟51,060,891    2,832,7227,499,571    416,0562,416,666    43,561,32043,977,376    非収益事業大型仏壇137,400,000    32,918,7506,870,000    1,373,99931,544,751    130,530,000131,903,999    非収益事業新大型仏壇20,769,800    4,976,0981,038,490    207,6974,768,401    19,731,31019,939,007    非収益事業中型仏壇26,425,000    6,330,9891,321,250    264,2496,066,740    25,103,75025,367,999    非収益事業標準仏壇755,253,600    180,946,17537,762,680    7,552,535173,393,640    717,490,920725,043,455    非収益事業御本尊37,900,000    9,080,2081,895,000    378,9998,701,209    36,005,00036,383,999    非収益事業御台座及び光背6,240,000    1,495,000312,000    62,3991,432,601    5,928,0005,990,399    非収益事業須弥壇23,129,000    5,541,3231,156,450    231,2895,310,034    21,972,55022,203,839    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    180,23837,615    7,522172,716    714,685722,207    非収益事業
別紙５の１
【平成２４年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
100100
減価償却資産①取得価額
②取得価額1
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費   3(①   -
③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
須弥壇内部仏具477,200    114,32923,860    4,771109,558    453,340458,111    非収益事業
体内収納用角パ
イプ2,662,000    637,771133,100    26,619611,152    2,528,9002,555,519    非収益事業合計        9,291,563,270627,299,682    4,148,248,871198,071,185    429,228,4975,143,314,399    5,326,266,360
別紙５の２
【平成２５年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    284,956,4103,575,605,534    152,509,185132,447,225    3,105,249,2193,119,070,211    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    216,78247,501    9,500207,282    902,520535,787    収益事業
立退料のうち建


物部分5,289,106    1,206,903264,455    52,8901,154,013    5,024,6512,982,917    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    16,183,23091,026,704    5,549,52610,633,704    180,282,219168,584,873    収益事業Ｄ9,800    5833,650    222361    6,1505,752    収益事業Ｄ4,843,200    288,1591,811,200    110,421177,738    3,032,0002,835,491    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    6,734,02042,572,657    2,595,4814,138,539    70,624,34366,047,334    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    15,533,72298,204,602    5,987,1339,546,589    162,912,935152,354,902    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    275,458711,874    30,363245,095    5,776,9265,520,017    収益事業
別紙５の２
【平成２５年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｆ・共同住宅6,744,800    303,727966,722    43,821259,906    5,778,0785,504,396    収益事業Ｇ建物689,835,513    29,423,338219,022,785    9,341,91020,081,428    470,812,728459,126,965    非収益事業本堂188,854,026    8,055,13159,961,171    2,557,5055,497,626    128,892,855125,693,683    非収益事業管理棟51,060,891    2,674,0897,499,571    392,7572,281,332    43,561,32041,537,411    非収益事業大型仏壇137,400,000    24,689,0626,870,000    1,373,99923,315,063    130,530,000100,359,248    非収益事業新大型仏壇20,769,800    3,732,0731,038,490    207,6973,524,376    19,731,31015,170,606    非収益事業中型仏壇26,425,000    4,748,2421,321,250    264,2494,483,993    25,103,75019,301,259    非収益事業標準仏壇755,253,600    135,709,63137,762,680    7,552,535128,157,096    717,490,920551,649,815    非収益事業御本尊37,900,000    6,810,1561,895,000    378,9996,431,157    36,005,00027,682,790    非収益事業御台座及び光背6,240,000    1,121,250312,000    62,3991,058,851    5,928,0004,557,798    非収益事業須弥壇23,129,000    4,155,9921,156,450    231,2893,924,703    21,972,55016,893,805    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    135,17937,615    7,522127,657    714,685549,491    非収益事業須弥壇内部仏具477,200    85,74723,860    4,77180,976    453,340348,553    非収益事業
体内収納用角パ
イプ2,662,000    478,328133,100    26,619451,709    2,528,9001,944,367    非収益事業合計        9,291,563,270547,517,212    4,148,248,871189,290,793    358,226,4195,143,314,399    4,888,257,471
別紙５の３
【平成２６年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕


訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    272,133,3713,575,605,534    145,646,272126,487,099    3,105,249,2192,979,760,073    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    121,83147,501    9,500112,331    902,520328,505    収益事業
立退料のうち建
物部分5,289,106    678,280264,455    52,890625,390    5,024,6511,828,904    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    15,115,13691,026,704    5,183,2579,931,879    180,282,219157,584,900    収益事業Ｄ9,800    5443,650    207337    6,1505,376    収益事業Ｄ4,843,200    269,1411,811,200    103,133166,008    3,032,0002,650,465    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    6,289,57542,572,657    2,424,1793,865,396    70,624,34361,737,493    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    14,508,49798,204,602    5,591,9828,916,515    162,912,935142,413,162    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    263,062711,874    28,997234,065    5,776,9265,273,556    収益事業
別紙５の３
【平成２６年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分


Ｆ・共同住宅6,744,800    289,148966,722    41,718247,430    5,778,0785,242,387    収益事業Ｇ建物689,835,513    28,099,288219,022,785    8,921,52419,177,764    470,812,728438,625,151    非収益事業本堂188,854,026    7,692,65059,961,171    2,442,4175,250,233    128,892,855120,080,969    非収益事業管理棟51,060,891    2,524,3407,499,571    370,7622,153,578    43,561,32039,234,084    非収益事業大型仏壇137,400,000    18,516,7976,870,000    1,373,99917,142,798    130,530,00077,044,185    非収益事業新大型仏壇20,769,800    2,799,0551,038,490    207,6972,591,358    19,731,31011,646,230    非収益事業中型仏壇26,425,000    3,561,1821,321,250    264,2493,296,933    25,103,75014,817,266    非収益事業標準仏壇755,253,600    101,782,22337,762,680    7,552,53594,229,688    717,490,920423,492,719    非収益事業御本尊37,900,000    5,107,6171,895,000    378,9994,728,618    36,005,00021,251,633    非収益事業御台座及び光背6,240,000    840,937312,000    62,399778,538    5,928,0003,498,947    非収益事業須弥壇23,129,000    3,116,9941,156,450    231,2892,885,705    21,972,55012,969,102    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    101,38437,615    7,52293,862    714,685421,834    非収益事業須弥壇内部仏具477,200    64,31023,860    4,77159,539    453,340267,577    非収益事業
体内収納用角パ
イプ2,662,000    358,746133,100    26,619332,127    2,528,9001,492,658    非収益事業合計        9,291,563,270484,234,108    4,148,248,871180,926,917    303,307,1915,143,314,399    4,521,667,176
別紙５の４
【平成２７年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    259,887,3693,575,605,534    139,092,189120,795,180    3,105,249,2192,846,718,891    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    68,46947,501    9,50058,969    902,520216,174    収益事業
立退料のうち建
物部分5,289,106    381,193264,455    52,890328,303    5,024,6511,203,514    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    14,117,53791,026,704    4,841,1629,276,375    180,282,219147,310,926    収益事業Ｄ9,800    5083,650    194314    6,1505,026    収益事業Ｄ4,843,200    251,3771,811,200    96,326155,051    3,032,0002,477,650    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    5,874,46342,572,657    2,264,1833,610,280    70,624,34357,712,101    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    13,550,93698,204,602    5,222,9118,328,025    162,912,935133,127,576    収益事業
車庫・職安１階


部分6,488,800    251,225711,874    27,692223,533    5,776,9265,038,186    収益事業
別紙５の４
【平成２７年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｆ・共同住宅6,744,800    275,269966,722    39,716235,553    5,778,0784,992,955    収益事業Ｇ建物689,835,513    26,834,820219,022,785    8,520,05518,314,765    470,812,728419,045,918    非収益事業本堂188,854,026    7,346,48159,961,171    2,332,5085,013,973    128,892,855114,720,827    非収益事業管理棟51,060,891    2,382,9777,499,571    350,0002,032,977    43,561,32037,059,744    非収益事業大型仏壇137,400,000    13,887,5976,870,000    1,373,99912,513,598    130,530,00059,901,387    非収益事業新大型仏壇20,769,800    2,099,2911,038,490    207,6971,891,594    19,731,3109,054,872    非収益事業中型仏壇26,425,000    2,670,8861,321,250    264,2492,406,637    25,103,75011,520,333    非収益事業標準仏壇755,253,600    76,336,66737,762,680    7,552,53568,784,132    717,490,920329,263,031    非収益事業御本尊37,900,000    3,830,7131,895,000    378,9993,451,714    36,005,00016,523,015    非収益事業御台座及び光背6,240,000    630,703312,000    62,399568,304    5,928,0002,720,409    非収益事業須弥壇23,129,000    2,337,7451,156,450    231,2892,106,456    21,972,55010,083,397    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    76,03837,615    7,52268,516    714,685327,972    非収益事業須弥壇内部仏具477,200    48,23223,860    4,77143,461    453,340208,038    非収益事業
体内収納用角パ
イプ2,662,000    269,059133,100    26,619242,440    2,528,9001,160,531    非収益事業合計        9,291,563,270433,409,555    4,148,248,871172,959,405    260,450,1505,143,314,399    4,210,392,473
別紙５の５
【平成２８年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    248,192,4383,575,605,534    132,833,041115,359,397    3,105,249,2192,719,664,563    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    38,48047,501    7,91730,563    902,520155,622    収益事業
立退料のうち建


物部分5,289,106    214,231264,455    44,079170,152    5,024,651866,400    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    13,185,78091,026,704    4,521,6468,664,134    180,282,219137,715,035    収益事業Ｄ9,800    4753,650    181294    6,1504,699    収益事業Ｄ4,843,200    234,7861,811,200    89,969144,817    3,032,0002,316,242    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    5,486,74842,572,657    2,114,7473,372,001    70,624,34353,952,385    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    12,656,57498,204,602    4,878,1997,778,375    162,912,935124,454,839    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    239,919711,874    26,446213,473    5,776,9264,813,407    収益事業
別紙５の５
【平成２８年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｆ・共同住宅6,744,800    262,056966,722    37,809224,247    5,778,0784,755,495    収益事業Ｇ建物689,835,513    25,627,253219,022,785    8,136,65317,490,600    470,812,728400,347,751    非収益事業本堂188,854,026    7,015,89059,961,171    2,227,5454,788,345    128,892,855109,601,891    非収益事業管理棟51,060,891    2,249,5307,499,571    330,4001,919,130    43,561,32035,007,167    非収益事業大型仏壇137,400,000    10,415,6986,870,000    1,145,0049,270,694    130,530,00047,158,794    非収益事業新大型仏壇20,769,800    1,574,4681,038,490    173,0851,401,383    19,731,3107,128,666    非収益事業中型仏壇26,425,000    2,003,1651,321,250    220,2121,782,953    25,103,7509,069,659    非収益事業標準仏壇755,253,600    57,252,50137,762,680    6,293,78450,958,717    717,490,920259,220,148    非収益事業御本尊37,900,000    2,873,0351,895,000    315,8372,557,198    36,005,00013,008,139    非収益事業御台座及び光背6,240,000    473,027312,000    52,004421,023    5,928,0002,141,710    非収益事業須弥壇23,129,000    1,753,3091,156,450    192,7451,560,564    21,972,5507,938,397    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    57,02937,615    6,27350,756    714,685258,207    非収益事業須弥壇内部仏具477,200    36,17423,860    3,98032,194    453,340163,786    非収益事業
体内収納用角パ
イプ2,662,000    201,795133,100    22,187179,608    2,528,900913,659    非収益事業合計        9,291,563,270392,044,361    4,148,248,871163,673,743    228,370,6185,143,314,399    3,940,656,661
別紙５の６
【平成２９年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理


仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｃ建物6,680,854,753    237,023,7783,575,605,534    126,855,554110,168,224    3,105,249,2192,598,327,679    非収益事業
借地権付き建物
買取950,021    1,87447,501    01,874    902,520115,268    収益事業
立退料のうち建
物部分5,289,106    10,426264,455    010,426    5,024,651641,743    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    12,315,51991,026,704    4,223,2178,092,302    180,282,219128,752,472    収益事業Ｄ9,800    4433,650    169274    6,1504,393    収益事業Ｄ4,843,200    219,2911,811,200    84,031135,260    3,032,0002,165,487    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    5,124,62342,572,657    1,975,1743,149,449    70,624,34350,440,811    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    11,821,24098,204,602    4,556,2387,265,002    162,912,935116,354,503    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    229,123711,874    25,255203,868    5,776,9264,598,743    収益事業
別紙５の６
【平成２９年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日に属
していた事
業区分
Ｆ・共同住宅6,744,800    249,478966,722    35,994213,484    5,778,0784,529,433    収益事業Ｇ建物689,835,513    24,474,027219,022,785    7,770,50416,703,523    470,812,728382,491,002    非収益事業本堂188,854,026    6,700,17459,961,171    2,127,3064,572,868    128,892,855104,713,307    非収益事業管理棟51,060,891    2,123,5577,499,571    311,8971,811,660    43,561,32033,069,534    非収益事業大型仏壇137,400,000    7,811,7746,870,000    07,811,774    130,530,00036,743,096    非収益事業新大型仏壇20,769,800    1,180,8511,038,490    01,180,851    19,731,3105,554,198    非収益事業中型仏壇26,425,000    1,502,3731,321,250    01,502,373    25,103,7507,066,494    非収益事業標準仏壇755,253,600    42,939,37537,762,680    042,939,375    717,490,920201,967,647    非収益事業御本尊37,900,000    2,154,7761,895,000    02,154,776    36,005,00010,135,104    非収益事業御台座及び光背6,240,000    354,770312,000    0354,770    5,928,0001,668,683    非収益事業須弥壇23,129,000    1,314,9821,156,450    01,314,982    21,972,5506,185,088    非収益事業須弥壇上の仏具752,300    42,77137,615    042,771    714,685201,178    非収益事業須弥壇内部仏具477,200    27,13123,860    027,131    453,340127,612    非収益事業
体内収納用角パ


イプ2,662,000    151,346133,100    0151,346    2,528,900711,864    非収益事業合計        9,291,563,270357,773,702    4,148,248,871147,965,339    209,808,3635,143,314,399    3,696,565,339
別紙５の７
【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日にお
いて属して
いた事業区
借地権付き建物
買取950,021    9,50047,501    09,500    902,520105,768    収益事業
立退料のうち建
物部分5,289,106    52,891264,455    052,891    5,024,651588,852    収益事業Ｄ・共同住宅271,308,923    11,502,69491,026,704    3,944,4857,558,209    180,282,219120,381,438    収益事業Ｄ9,800    4143,650    158256    6,1504,108    収益事業Ｄ4,843,200    204,8171,811,200    78,485126,332    3,032,0002,024,681    収益事業共同住宅・Ｅ113,197,000    4,786,39842,572,657    1,844,8122,941,586    70,624,34347,161,000    収益事業共同住宅・Ｅ261,117,537    11,041,03898,204,602    4,255,5276,785,511    162,912,935108,788,790    収益事業
車庫・職安１階
部分6,488,800    218,812711,874    24,119194,693    5,776,9264,393,739    収益事業
別紙５の７
【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定率法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④決算   整理
仕訳の   後の
金額を   基に
計算し   た償
却限度額
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日にお
いて属して
いた事業区
分Ｆ・共同住宅6,744,800    237,503966,722    34,267203,236    5,778,0784,314,222    収益事業合計        669,949,18728,054,067    235,609,36510,181,853    17,872,214434,339,822    287,762,598
別紙５の８
【平成３０年３月期】本件各減価償却資産のうち、旧定額法を用いて償却限度額を算出したもの単位：円
減価償却資産①取得価額
②取得価額5
を基に計算
した償却限
度額
③決算整理仕
訳の後の会計
上の帳簿価額
④当期におけ
る会計上の償
却費（損金の
額に算入した
償却費）
⑤更正の請求
により損金の
額に算入され
る償却費の増
加額
⑥過去の償却
不足額の一括
償却費(①-③)
損金経理額
移行日にお
いて属して
いた事業区
分建物の賃借権4,761,905    385,7142,734,764    118,100267,614    2,027,1411,885,956    収益事業合計        4,761,905385,714    2,734,764118,100    267,6142,027,141    1,885,956
5正確には、取得価額から残存価額を控除した金額
申告所得金額等損金算入償却費
増加額
認定できる所得金
額又は欠損金額
翌期へ繰り越す
欠損金額税額控除の額納付すべき
法人税額
控除復興特別
所得税額
納付すべき
復興特別法人税額
納付すべき
地方法人税額


平成２４年３月期¥103,736,719¥429,228,497   ¥-325,491,778¥325,491,778¥30,160,800   ¥-30,160,800--   -平成２５年３月期¥-911,481,187¥358,226,419   ¥-1,269,707,606¥1,595,199,384¥53,001,303   ¥-53,001,303¥478,262¥-478,262   -平成２６年３月期¥-20,205,712¥303,307,191   ¥-323,512,903¥1,918,712,287¥34,528,928   ¥-34,528,928¥729,393¥-729,393   -平成２７年３月期¥-298,684,679¥260,450,150   ¥-559,134,829¥2,477,847,116¥35,886,810   ¥-35,886,810--   -平成２８年３月期¥-149,435,488¥228,370,618   ¥-377,806,106¥2,855,653,222¥31,225,544   ¥-31,225,544--   -平成２９年３月期¥0¥209,808,363   ¥-53,160,702¥2,908,813,924¥26,751,324   ¥-26,751,324--   ¥0平成３０年３月期¥181,606,933¥18,139,828   ¥0¥2,745,346,819¥0   ¥0--   ¥0
（以下は検討用コメント：判決書からは除外）
①②③   ④⑤⑥   ⑦⑧⑨
答弁書別表1-1~7、確定
申告書（乙13~21）
原告第３準備書面別紙表
1~8、ただしH28.3、
H29.3については請求減
縮を踏まえて修正
①-②
ただしH29.3については
本文注記のとおり
前年度の④-当年度の③
ただしH30.3については
本文注記のとおり
答弁書別表1-1~7、確定
申告書（乙13~21）
¥0-⑤答弁書別表1-1~7、確定
申告書（乙13~21）
¥0-⑦（別紙６）114
税額計算表別表１－１　平成２４年３月期【単位：円】確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成24年5月30日平成24年8月27日平成24年10月31日   平成30年12月10日平成31年4月24日令和1年5月24日①所得   金額53,090,371   103,736,719103,736,719△   325,491,778②法人   税額14,967,000   30,160,80030,160,8000③控除   所得税   額等0   30,160,80030,160,8000
④差引   所得に   対する
法人税   額14,967,0000   00
⑤還付   所得税   額等0   13,498,10313,498,10343,658,903
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額186,594,60014,967,000   14,967,000△13,498,103
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△171,627,600   △28,465,103△   28,465,103△30,160,800⑧欠損   金の当   期控除   額00   00
⑨翌期   へ繰り   越す
欠損金   額00   0325,491,778⑩過少   申告加   算税の   額―   ――    ―（注１）「所得金額」欄の△は，欠損金額を示す。以下，別表１－２ないし１－７において同じ。（注２）「差引納付すべき法人税額」及び「既に納付の確定した法人税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表１－２ないし１－７において同じ。
別表１－２　平成２５年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成25年5月31日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日①所得   金額△   911,481,187884,149,809△   1,269,707,606②法人   税額0   224,617,9950③控除   所得税   額等0   53,001,3030
④差引   所得に   対する
法人税   額0171,616,600   0
⑤還付   所得税   額等53,001,303   053,001,303
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額7,483,500△   53,001,303171,616,600
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△60,484,803   224,617,900△224,617,903⑧欠損   金の当   期控除   額00   0
⑨翌期   へ繰り   越す


欠損金   額911,481,1870   1,595,199,384⑩過少   申告加   算税の   額―   33,666,500―⑴⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分全部取消し棄却
課税の経緯(法人税)
⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分
年月日
区分
項目
年月日
区分
項目115
別表１－３　平成２６年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成26年5月26日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日①所得   金額△   20,205,7121,132,948,407△   323,512,903②法人   税額0   288,061,7400③控除   所得税   額等0   34,528,9280
④差引   所得に   対する
法人税   額0253,532,800   0
⑤還付   所得税   額等34,528,928   034,528,928
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額0△   34,528,928253,532,800
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△34,528,928   288,061,700△288,061,728⑧欠損   金の当   期控除   額00   0
⑨翌期   へ繰り   越す
欠損金   額931,686,8990   1,918,712,287⑩過少   申告加   算税の   額―   43,184,000―
別表１－４　平成２７年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成27年6月1日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日①所得   金額△   298,684,679510,515,721△   559,134,829②法人   税額0   129,341,3250③控除   所得税   額等0   35,886,8100
④差引   所得に   対する
法人税   額093,454,500   0
⑤還付   所得税   額等35,886,810   035,886,810
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額0△   35,886,81093,454,500
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△35,886,810   129,341,300△129,341,310⑧欠損   金の当   期控除   額00   0
⑨翌期   へ繰り   越す
欠損金   額1,230,371,5780   2,477,847,116⑩過少   申告加   算税の   額―   19,376,000―棄却⑴⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分全部取消し全部取消し棄却更正をすべき理由がない旨の通知処分⑴⑵全部取消し
年月日
年月日
区分
項目
区分
項目116
別表１－５　平成２８年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成28年5月30日平成30年12月10日平成31年4月24日   令和1年5月24日①所得   金額△   149,435,488△377,818,406
②法人   税額0   0
③控除   所得税   額等0   0
④差引   所得に   対する
法人税   額00
⑤還付   所得税   額等31,225,544   31,225,544
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額0△   31,225,544
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△31,225,544   0
⑧欠損   金の当   期控除   額00
⑨翌期   へ繰り   越す
欠損金   額1,379,807,0662,855,665,522
⑩過少   申告加   算税の   額―   ―
別表１－６　平成２９年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成29年6月29日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日①所得   金額0   5,588,469△53,210,793
②法人   税額0   838,2000
③控除   所得税   額等0   838,2000
④差引   所得に   対する
法人税   額00   0
⑤還付   所得税   額等26,751,324   25,913,12426,751,324
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額0△   26,751,324△25,913,124
⑦差引   納付す   べき
法人税   額△26,751,324   838,200△838,200⑧欠損   金の当   期控除   額155,023,9570   0
⑨翌期   へ繰り   越す


欠損金   額1,224,783,1090   2,908,876,315⑩過少   申告加   算税の   額―   99,500―更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し更正をすべき理由がない旨の通知処分⑴⑵全部取消し全部取消し棄却
年月日
区分
項目
年月日
区分
項目117
別表１－７　平成３０年３月期【単位：円】
確定申告更正の請求更正処分   ⑴更正・賦課決定処分再調査の請求更正の請求   再調査決定処分⑵通知処分審査請求平成30年7月2日平成30年12月10日平成31年4月24日   令和1年5月24日
①所得   金額181,606,933   0
②法人   税額41,823,804   0
③控除   所得税   額等0   0
④差引   所得に   対する
法人税   額41,823,8000
⑤還付   所得税   額等0   0
⑥既に   納付の   確定し   た
法人税   額00
⑦差引   納付す   べき
法人税   額41,823,8000
⑧欠損   金の当   期控除   額0163,467,105
⑨翌期   へ繰り   越す
欠損金   額02,745,409,210
⑩過少   申告加   算税の   額―   ―
更正をすべき理由がない旨の通知処分⑵全部取消し
区分
項目
年月日118
【単位：円】
確定申告⑴更正・賦課決定処分再調査の請求   更正の請求再調査決定処分⑵通知処分   審査請求平成25年5月31日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日
①0224,617,000   0
②022,461,700   0
③0478,262   0
④021,983,400   0
⑤478,2620   478,262
⑥0△   478,26221,983,400
⑦△478,262   22,461,600△22,461,662
⑧―   3,344,000―
（注）「差引納付すべき税額」及び「既に納付の確定した復興特別法人税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表２－２において同じ
【単位：円】
確定申告⑴更正・賦課決定処分再調査の請求   更正の請求再調査決定処分⑵通知処分   審査請求平成26年5月26日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日
①0288,061,000   0
②028,806,100   0
③0729,393   0
④028,076,700   0
⑤729,3930   729,393
⑥0△   729,39328,076,700
⑦△729,393   28,806,000△28,806,093
⑧―   4,295,000―
年月日
⑴⑵全部取消し
年月日
差引復   興特別
法人税   額
更正をすべき理由がない旨の通知処分
課税標   準法人   税額
復興特   別法人   税額
差引納   付
すべき   税額
課税の経緯（復興特別法人税）
区分
項目
区分
項目
別表２－１　平成２５年３月課税事業年度
別表２－２　平成２６年３月課税事業年度
還付復   興特別
所得税   額
既に納   付の確   定した
復興特   別法人   税額
控除税   額
過少申   告加算   税の額
全部取消し棄却⑴⑵全部取消し
復興特   別法人   税額
控除税   額
差引復   興特別
法人税   額
還付復   興特別
所得税   額
既に納   付の確   定した
復興特   別法人   税額
差引納   付
すべき   税額
過少申   告加算   税の額
更正をすべき理由がない旨の通知処分
課税標   準法人   税額
全部取消し棄
却119
【単位：円】
確定申告⑴更正処分再調査の請求   更正の請求再調査決定処分⑵通知処分   審査請求平成29年6月29日平成30年5月30日平成30年8月29日   平成30年12月10日平成31年4月23日平成31年4月24日   令和1年5月24日
①0838,000   0
②036,800   0
③00   36,800
④036,800   △36,800
（注）「差引納付すべき税額」欄の△は，還付金の額に相当する税額を示す。以下，別表３－２において同じ。
【単位：円】
確定申告⑴更正処分再調査の請求   更正の請求再調査決定処分⑵通知処分   審査請求平成30年7月2日平成30年12月10日平成31年4月24日   令和1年5月24日
①41,823,0000
②1,840,2000
③01,840,200
④1,840,200△   1,840,200
差引納   付すべ   き
地方法   人税額
既に納   付の確   定した
地方法   人税額
差引納   付すべ   き
地方法   人税額
既に納   付の確   定した
地方法   人税額
差引納   付
すべき   税額


令和5年   8月21   日判決言渡同日原本領収    裁判所書記官令和3年(ワ)第   13692号   損害賠償請求事件
口頭弁論終結日令和   5年6   月1日
判決
原告                ミライラボバイオサイエンス株式会社
同訴訟代理人弁護士    石井藤次郎
同                      前里康平被告                  ディアモビューティー株式会社（以下「被告会社」という。）
同訴訟代理人弁護士    大江洋平
同                      加藤久雄
住居所不明
被告                    Ａ
（以下「被告Ａ」といい、被告会社と同Ａとを併せて「被告ら」という。）
主文
1被告らは、原告に対し、22万円及びこれに対する以下の日付からそれぞれ支払済みまで年3％の割合による金員（ただし、22万円及びこれに対する後記(2)の日付から支払済みまで年3％の割合による金員の限度で連帯して）を支払え。
(1)被告会社につき、令和3年7月14日から
(2)被告Ａにつき、令和5年2月5日から
2原告のその余の請求をいずれも棄却する。
3訴訟費用は、これを50分し、その1を被告らの負担とし、その余は原告の負担とする。
4この判決は、第1項に限り、仮に執行することができる。
事実及び理由
第1請求の趣旨
被告らは、原告に対し、1100万円及びこれに対する以下の日付からそれぞれ支払済みまで年3％の割合による金員（ただし、1100万円及びこれに対する後記2の日付から支払済みまで年3％の割合による金員の限度で連帯して）を支払え。
1被告会社につき、令和3年7月14日から
2被告Ａにつき、令和5年2月5日から
第2   事案の概要等
本件は、別紙原告商品目録記載の商品（以下「原告商品」という。）を製造・販売する原告が、被告会社による原告商品の商品名や包装を模倣した別紙被告商品目録記載の商品（以下「被告商品」という。）の製造・販売により損害を受けた旨主張し、被告らに対し、被告会社については不法行為（民法709条、710   条又は715条   1項）に基づき、被告会社代表取締役である被告Ａについては会社法429条   1項に基づき、原告の損害の一部である1100万円及びこれに対する訴状送達の日の翌日（被告会社につき令和3年   7月14   日、被告Ａにつき令和5年   2月5   日）からそれぞれ支払済みまで民法所定の年3%の割合による遅延損害金の連帯支払を求める事案である。
1前提事実（掲記証拠等により容易に認められる事実）(1)原告は、健康食品及びそれらの原材料の輸出入及び販売等を目的とする株式会社である。なお、原告は、令和2年   12月28   日、「新興和製薬株式会社」から現商号に変更した。（甲1）
被告会社は、健康食品の販売及び輸出入等を目的とする株式会社であり、被告Ａはその代表取締役である。（甲2）
(2)被告Ａは、公示送達による呼出しを受けたが、本件口頭弁論期日に出頭せず、答弁書その他の準備書面を提出しなかった（当裁判所に顕著な事実）。
2原告の主張
(1)権利侵害
ア原告は、平成   29年6   月から原告商品の製造・販売を開始した。原告商品は高齢者向けの健康食品であり、1瓶あたり60   粒の白色粒（カプセル）が入ったものである。カプセル1粒には、ニコチンアミドモノヌクレオチド（NMN。以下「NMN」という。）が150mg配合されている。イ被告会社は、令和   2年2   月頃から被告商品の製造・販売（中国向け輸出を含む。）を始めた。
被告商品は、原告商品と同様に1瓶単位で販売されており、その商品名及び外箱の外観は原告商品と同一である。しかし、被告商品の瓶及び底面の各ラベル並びに外箱（の材質等）はいずれも原告商品のものとは異なり、また、被告商品には、NMNが含まれていないか、含まれているとしても4mgであって、その性状は原告商品とは異なる。
ウ被告会社の責任原因
(ｱ)原告商品と外観上同一の被告商品の製造・販売は、被告商品を原告商品と誤信して購入した顧客の原告に対する信用を低下させ、原告の信用を毀損する。また、原告は、別紙商標一覧表記載の各商標（以下、これらを併せて「原告各商標」という。）につき、同別紙記載の商標権者から使用許諾を受け、又は自らが商標権者として商標権を有するところ、被告商品に貼付されたラベル及び外箱の各記載は、これらの商標権を侵害するものである危険性が高い。さらに、被告会社による被告商品の製造・販売は、不正競争（不正競争防止法2条   1項1   号～3号）に該当する可能性も高い（なお、原告は、当初、商標権侵害の不法行為及び不正競争に基づく損害賠償請求権を訴訟物として主張していたが、その後、「請求原因のうち、商標法違反、不正競争防止法違反の主張を撤回する。」とした。もっとも、その後の原告の主張に鑑みると、上記撤回の趣旨は、訴訟物としての商標権侵害又は不正競争に基づく損害賠償請求権の主張を撤回する趣旨であり、信用毀損等に係る不法行為に基づく損害賠償請求権の請求原因としては、原告各商標に係る商標権侵害及び不正競争（形態模倣）を依然として主張するものと理解される。）。このため、被告会社による被告商品の製造・販売ないしその準備行為は、原告の正当な経済活動である原告商品の販売業務を妨害する権利侵害行為である。(ｲ)仮に、被告会社代表者である被告Ａが被告商品の製造・販売を知らなかったとしても、被告商品の製造・販売は被告会社の従業員により被告会社の事業の執行としてされたものである。
(2)故意
被告会社又はその従業員は、原告により原告商品が製造・販売されていることを認識しながら被告商品を製造・販売したものであるから、被告会社又はその従業員には、原告の権利侵害について故意があるといえる。
(3)被告Ａの悪意又は重過失
被告Ａは、被告会社の唯一の取締役であり、かつ、代表取締役である。また、被告商品の製造・販売は、被告Ａが中心となって、その悪意又は重過失のもとに行われたものである。
(4)損害
ア無形損害
被告商品の製造・販売は原告の信用を毀損するものであるところ、原告においては売上のほとんどを原告商品の売上が占めていることから、その信用毀損の程度は著しい。また、被告会社は、原告商品の集客力が強いことを利用して利益を得ようとしていたものであり、被告商品の売却に対応して原告商品の売上が低下することになる点でも、被告会社の行為は極めて悪質である。


加えて、原告は、被告商品の製造・販売による信用毀損の現実的危険に対処するため、原告は、取締役Ｂ（以下「Ｂ」という。）を責任者とし、その下にスタッフ1名を参加させ、外部弁護士の協力をも得て、様々な調査・交渉活動を行った。これらの活動も、原告の信用毀損を防止するための活動として、無形損害算定にあたり考慮されるべきである。
さらに、原告のNMN関連商品の売上は   1～10億円の間である（令和3   年度）。しかも、原告商品は1瓶約   34万円で販売される高額商品であるところ、被告会社は被告商品500個を中国市場向けに販売済みであることから、被告会社は、粗悪な被告商品を中国で販売することにより、1億7000   万円という巨額の原告の取引機会を失わせただけでなく、原告の取引上の信用を毀損した。これらの事情を考慮すれば、被告会社の行為により原告が受けた無形損害は1000万円を下らないところ、本件においては、その一部である945万円の賠償を請求する。
イ調査活動に費やした費用
原告は、被告商品の製造・販売阻止のために、被告会社や被告商品のラベルを製作していた会社からの聞取り等の調査、弁護士及び警察への相談等の活動を行った。このような調査活動に費やした費用も、賠償されるべき原告の損害に当たる。その額について、調査活動に要した時間は、Ｂにおいては50時間を下らず、部下のスタッフについても30時間は下らない。年間報酬に基づき算定すると、その実働実費は、Ｂにつき50時間で   43万円、部下のスタッフにつき30   時間で12万   9000円である。上記各時間は、これらの者が原告における本来の業務を遂行できなかった時間であるから、上記各人件費相当額（ただし、1万円未満を切り捨てた55   万円）が原告に生じた損害といえる（なお、原告は、弁護士に対する相談に係る費用等の実費につき明示的に原告の損害として主張していないものの、その主張全体の趣旨から、これを含めた主張をしているものと理解される。）。
ウ弁護士費用
本訴の提起及び追行に係る弁護士費用は、100万円を下らない。
エ小括
以上より、本件においては、原告の損害額合計1155万円の一部である   1100万円の損害賠償を求める。
3被告会社の主張
上記2(1)アは不知。同イ及びウ並びに同(2)及び(3)はいずれも否認する。同(4)は不知ないし否認する。
第3   当裁判所の判断
1認定事実
前提事実（前記第2の   1）、証拠（各段落の末尾に掲記のもの。なお、断りのない限り枝番を含む。）及び弁論の全趣旨によれば、以下の事実が認められる。(1)原告は、旧商号「新興和製薬株式会社」であった平成   29年6   月から原告商品を「NMN9000＋   PUREVIP」との商品名で販売している。原告商品は、カプセル1粒に約   150mgのNMN   が含まれた健康食品であり、別紙原告商品目録添付写真1の外観・形状の容器（瓶）が同目録添付写真   2の外観・形状の外箱に入れられて販売されている。その販売価格は、1商品あたり34   万5600円（令和   3年3   月当時）である。（甲5～7、35）
(2)原告は、令和   3年3   月1日頃、被告会社代表者の被告Ａが原告商品の模倣品を販売している旨のメールによる連絡を受け、これに対応した結果、「被告会社従業員のＣ」と称する人物（以下「Ｃ」という。）が友人を介して連絡したものであること、被告Ａらが原告商品の模倣品（被告商品）を製造していること、Ｃは、被告Ａから指示されて被告商品用のラベルの発注等をしていたが、後に犯罪であることを理解するようになったことなどを確認した。また、原告取締役であるＢは、同月2日、Ｃと面会し、被告会社が原告の名前を勝手に使い、原告商品の容器及び外箱等と全く同一の被告商品を日本で製造し、中国向けに販売していること、既に508個が販売済みであることなどを聴取した。さらに、原告は、同日までに、被告会社の社内を撮影したという動画の提供をＣから受けていたところ、そのうちの1つ（甲34の3）には、「MIRAI   LAB」の文字及び金色の正八角形（その中に、各角部の頂点付近に4つの欧文字「M」の上部の   2つの頂点が配置されるように組み合わせた白色の図案が存在するもの）が表示された白色の外箱が大量に段ボールに入っている状況が撮影されている。（甲34、35、証人Ｂ）(3)上記面会の際、Ｂは、Ｃに対し、被告会社が販売している被告商品の実物の提供を求めた。Ｃは、これに応じて、同日、Ｂに対し被告商品3個を引き渡した。これらの被告商品は、別紙被告商品目録記載のとおり、同目録添付写真1の外観・形状の容器の中にカプセルが詰められており、同容器が同目録添付写真2の外観・形状の外箱に入っていた。これによれば、原告商品と被告商品の各外箱・容器は、文字や標章の内容、色合い、配置等の点において一致しており、その外観・形状はほぼ同一といえる。
また、原告が、原告商品と被告商品の外箱及び容器に貼付されたラベルの同一性及び被告商品のNMN含有量等について、原告商品の外箱及びラベルの各製作業者並びに試験機関に対して鑑定を依頼したところ、その結果は次のとおりである。（甲3～11、33、35、証人Ｂ）
ア外箱について
被告商品の外箱は、外側の紙が原告商品のものと類似品であるものの、色及び厚みにおいて異なるなど、原告商品の外箱に酷似するものの、原告商品の外箱の製造業者の商品ではない。
イ容器のラベルについて
被告商品の容器（瓶）の瓶ラベル及び底面ラベルは、瓶ラベルは原告商品のものと目の粗さや印刷技法において異なり、底面ラベルは台紙幅の設定が異なるため、原告商品のラベルに酷似するものの、原告商品のラベルの製造業者の商品ではない。
ウNMN   含有量等について
カプセル1粒当たりの   NMNの含有量は、原告商品が164mg   であるのに対し、被告商品には含有されていないか、含まれていたとしても4mgであった。また、被告商品の粉末は、原告商品とはその性状が全く異なっていた。(4)原告は、令和   3年3   月22日頃、被告商品に関する法律相談につき、弁護士に対し、着手金（25万円（税別））及び行政書士に対する告訴相談料（15万円）等として、合計42万   5440円（税込）を支払った。また、原告は、同年5   月31日頃、本訴の提起を弁護士に委任し、着手金（64万円（税別））等として77   万1350円（税込）を支払った。（甲36）


令和4年   9月27   日判決言渡同日原本領収    裁判所書記官令和2年（ワ）第   28363号   意匠権侵害差止等請求事件
口頭弁論終結日令和   4年7   月21日
判決
原告             アイデス株式会社
同訴訟代理人弁護士            矢野千秋同                            山岸勇紀同訴訟代理人弁理士            大塚   忠被告             21テクノロジー株式会社同訴訟代理人弁護士            前田   牧同                            村岡隼介
主文
1    被告は、別紙被告製品目録記載の製品を製造し、譲渡し、貸し渡し、輸出し、若しくは輸入し、又はその譲渡若しくは貸渡しの申出（譲渡又は貸渡しのための展示を含む。）をしてはならない。2    被告は、別紙被告製品目録記載の製品を廃棄せよ。3    原告のその余の請求を棄却する。
4    訴訟費用は、これを2分し、その   1を被告の負担とし、その余は原告の負担とする。
事実及   び理由
第1   請求
1    主文第1項及び第   2項と同旨
2    被告は、原告に対し、517万9200   円及びうち239万   0400円に対する令和2年11月   19日から支払済みまで年5％の割合による金員を、うち   278万8800   円に対する同日から支払済みまで年3％の割合による金員をそれぞれ支払え。
第2   事案の概要
本件は、意匠に係る物品を「子供用乗用玩具」とする登録意匠に係る意匠権（以下「本件意匠権」といい、本件意匠権に係る登録意匠を「本件意匠」という。）を有する原告が、被告の製造、販売する別紙被告製品目録記載の製品（以下「被告製品」という。）に係る意匠（以下「被告意匠」という。）は本件意匠に類似することから、その製造、販売は本件意匠権を侵害すると主張して、被告に対し、意匠法37条   1項及び2   項に基づき、被告製品の製造、譲渡等の差止め及び廃棄を求めると共に、本件意匠権侵害の不法行為による損害賠償請求権（民法709条、損害額につき意匠法   39条2   項）に基づき、517万9200   円の損害賠償及びうち239万   0400円に対する同年11   月19日（本件訴状送達の日の翌日）から支払済みまで平成29年法律第   44号による改正前の民法所定の年5％の割合による遅延損害金、うち278万   8800円に対する同日から支払済みまで民法所定の年3％の割合による遅延損害金の各支払を求める事案である。1前提事実（当事者間に争いがないか、末尾の証拠及び弁論の全趣旨により容易に認められる事実。なお、枝番号の記載を省略したものは、枝番号を含む（以下同じ。）。）
(1)当事者
原告は、幼児用・小児用乗物の製造、販売等を目的とする会社であり、幼児用・小児用乗物等を製造、販売している。
被告は、自転車及びその周辺部品の製造販売等を目的とする会社であり、自転車等を製造、販売している。
(2)本件意匠権及びその構成
ア原告は、次の登録意匠（本件意匠）に係る意匠権（本件意匠権）を有している。
登録番   号   意匠登録第1513381号
出願日    平成26年   6月18   日
登録日    同年11月   7日
意匠に係る物品    子供用乗用玩具
登録    意匠     別紙意匠公報の図面のとおりイ本件意匠は、別紙本件意匠目録記載のとおりの構成態様を有する（以下、その各構成態様を「構成態様A」などと記載する。）。なお、本件意匠の各部の名称は、別紙対比説明書記載のとおりである。
ただし、構成hについては、これを基本的構成態様又は具体的構成態様のいずれと見るかについて、当事者間に争いがある。
(3)被告の行為
ア被告は、令和元年   7月頃から被告製品を輸入し、販売していたが、令和2年11   月15日に販売を停止した。
イ被告意匠の構成態様は、別紙被告意匠目録記載のとおりである（以下、その各構成態様を「構成態様A’」などと記載する。）。なお、被告意匠の各部の名称は、別紙対比説明書記載のとおりである。
ただし、構成h’については、これを基本的構成態様又は具体的構成態様のいずれと見るかについて、当事者間に争いがある。
(4)    公知意匠
本件意匠の登録出願前に、別紙公知意匠目録記載の各意匠が存在した（乙1、3～5。以下、証拠番号に従い、「乙1意匠」などということがある。）。なお、被告は、これらのほかに意匠登録第1658399号公報（乙   2）及び「YVeloFlippa–   2in1Triketo   BalanceBike」と題する投稿動画（乙6）も本件意匠との関係で公知意匠である旨主張する。しかし、前者は、本件意匠の意匠登録に後れる令和元年10月   11日に出願されたものであり、後者も、本件意匠の意匠登録出願に後れる平成26年   10月14   日にYouTube上で公開されたものである。このため、これらは、いずれも本件において参酌すべき公知意匠とは認められない。
2争点
(1)本件意匠と被告意匠の類否（争点   1）
(2)損害の発生及びその額（争点   2）
3争点に関する当事者の主張
(1)    争点1（本件意匠と被告意匠の類否）について
（原告の主張）
ア本件意匠の要部
本件意匠に係る物品である子供用乗用玩具の需要者は保護者（親）である。需要者は、乗用玩具での幼児の遊び方を想定し、安全性の見地から全体観察を行う。特に、物品が小型であることと、前後が定まった乗り物である性質上、需要者は、乗り物の顔ともいうべき前方斜め上方からの観察を中心としつつ、前輪の転倒しにくい安定性、フレームによってもたらされる強固な駆体、サドルの着座安定性､小児の体形に適した寸法比率、柔らかい表面形状等の安全性に係る部分に着目して全体的な観察を行うと考えられる。
このような観点によれば、本件意匠において需要者の注意を惹き付ける部分は、上記安全性に関連する部分に係る基本的構成態様A～Dである。また、基本的構成態様A～Dの組合せにより表される全体としてまとまりのある意匠は、本件意匠の出願前には存在せず、新規な創作部分である。したがって、本件意匠の基本的構成態様A～Dは、公知意匠には見られない新規な創作性のある態様であって、本件意匠の根幹をなし、需要者の注意を惹き付ける要部ということができる。
イ本件意匠と被告意匠の差異点
本件意匠と被告意匠とは、基本的構成態様全てにおいて共通し、具体的構成態様において以下の差異点がある。