平成２８年６月３０日判決言渡同日原本領収    裁判所書記官平成２７年（ワ）第２０３３８号商標権侵害差止等請求事件
口頭弁論の終結の日平成２８年４月２２日
判         決
原        告      Ａ
（以下「原告Ａ」という。）
原告       有限会社マス大山エンタープライズ（以下「原告会社」という。）
原告ら訴訟代理人弁護士      柴       谷               晃同               小       林       永       治同               古       橋       い   ぶ   き同               鈴       木       俊       行原告ら訴訟復代理人弁護士      寺田伸   子
同              早川俊   明
被告       株式会社国際空手道連盟極真会館
同訴訟代理人弁護士      鳥       飼       重       和同              渡       辺               拓同              神       田       芳       明
主         文
１原告らの請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１請求
１被告は，別紙被告ウェブサイト目録記載の各ウェブサイトに別紙被告標章目録記載の各標章（以下，順に「被告標章１－１」ないし「被告標章６」といい，これらを併せて「被告各標章」という。）を付してはならない。２被告は，空手の教授を受ける者の利用に供する道着に被告各標章を付してはならない。
３被告は，被告各標章が付された空手道着，帯，帯留，Ｔシャツ，トレーナー，ベンチコート，トレーニングウェア等の販売をしてはならない。４被告は，原告Ａに対し，２１６０万円及びこれに対する平成２７年７月３１日（訴状送達の日の翌日）から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
５被告は，原告会社に対し，４０５万円及びこれに対する平成２７年７月３１日（訴状送達の日の翌日）から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。
第２事案の概要
本件は，原告らが，被告において，原告らそれぞれの有する商標権に係る登録商標と類似した被告各標章をウェブサイトに付し，被告各標章を付した道着等の商品を販売し，当該道着をもって空手の教授を行うなどしており，これらの被告の行為が原告らそれぞれの商標権を侵害する旨主張して，①原告Ａが，被告に対し，商標法３６条１項に基づき，被告標章１－１ないし３－３の使用等の差止めを，②原告会社が，被告に対し，商標法３６条１項に基づき，被告標章４ないし６の使用等の差止めを，③原告Ａが，被告に対し，不法行為による損害賠償請求権に基づき，損害賠償金２１６０万円及び   これに   対する   平成２７年７月３１日（訴状送達の日の翌日）から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損   害金の   支払を   ，④原   告会社   が，被   告に対   し，不   法行為による   損害賠   償請求   権に基   づき，   損害賠   償金４   ０５万   円及び   これに   対する同日（訴状送達の日の翌日）から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払をそれぞれ求める事案である。
１前提事実（証拠を掲記したほかは，当事者間に争いがない。なお，以下，証拠の記載は枝番を省略する。）
(1)当事者等
ア原告Ａは，国際空手道連盟極真会館（以下「極真会館」という。）を設立したＣ（以下「Ｃ」という。平成６年４月２６日死亡。）の子であり，相続により同人の権利義務を単独で承継した（甲７，８，１２，１９）。イ原告会社は，スポーツ，芸能の興行及び出演，空手道場の経営等を目的とする特例有限会社であり，その代表取締役は原告Ａである。ウ被告は，スポーツ，芸能の興行及び企画，スポーツ施設の経営，空手関連商品の企画，制作，販売等を目的とする株式会社であり，その代表取締役はＢ（以下「Ｂ」という。）である。
(2)極真会館の設立及び分派後の経緯等
アＣは，フルコンタクトルール（直接打撃制ルール）を特徴とする空手として極真空手を創始し，昭和３９年６月，東京に総本部を置く極真会館を設立し，その館長ないし総裁と称された（乙６）。
イＢは，昭和５１年，極真会館に入門し，平成４年５月，極真会館の直轄道場である浅草道場を開設して支部長に就任し，極真会館を示す被告各標章を使用していた（乙１）。
ウ極真会館は，平成６年当時，日本国内に，総本部，関西本部，５５か所の支部（３つの直轄道場を含む。）を設置していたが（乙１５），同年４月２６日のＣの死後，極真空手を教授する多数の団体に分派した。被告各標章は，遅くとも同日時点から現在まで，国内外において，空手及び格闘技に関心を有する者らの間で極真会館又はその活動を表す標章として広く認識されている。なお，Ｃは生前，被告各標章を含めて，極真会館を示す標章（以下「極真関連標章」という。）につき，商標登録出願をしていなかった。
エＢは，平成６年５月，極真会館の館長に就任し，同年１０月３日，被告を設立した（乙１）。
オ被告は，平成２２年時点において，日本国内においては，１０１か所の支部（直轄道場を含む。），９００の道場，実働会員数５万人，累計会員数６０万人の規模で，海外においては，１７０か所の支部，６５００の道場，実働会員数８０万人，累計会員数１２５０万人との規模で，極真空手の教授等を行っている（甲９）。
カ原告らは，平成２８年３月６日時点において，日本国内において，総本部のほか，７か所の国内道場（友好道場を除く。）を運営し，極真空手の教授等を行っている（甲２３）。
(3)原告らの有する商標権
ア原告Ａの有する商標権
原告Ａは，次の商標権（以下，順に「本件商標権１」ないし「本件商標権３」といい，これらに係る商標を，順に「本件商標１」ないし「本件商標３」という。）を有している（甲１ないし３）。
(ア)本件商標権１
登録番   号    第５２０７７０５号
出願日     平成１６年１０月１５日
登録日     平成２１年２月２７日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載１のとおり商品及び役務の区分・指定商品    第２５類被服，空手衣商品及び役務の区分・指定役務   第４１類空手の教授，空手の興行の企画・運営又は開催
(イ)本件商標権２


登録番   号    第５２０７７０６号
出願日     平成１６年１０月１５日
登録日     平成２１年２月２７日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載２のとおり商品及び役務の区分・指定商品    第２５類被服，空手衣商品及び役務の区分・指定役務   第４１類空手の教授，空手の興行の企画・運営又は開催
(ウ)本件商標権３
登録番   号    第５２８４７６０号
出願日     平成１６年１０月１５日
登録日     平成２１年１２月４日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載３のとおり商品及び役務の区分・指定商品    第２５類被服，空手衣商品及び役務の区分・指定役務   第４１類空手の教授，空手の興行の企画・運営又は開催
イ原告会社の有する商標権
原告会社は，次の商標権（以下，順に「本件商標権４」ないし「本件商標権６」といい，これらに係る商標を，順に「本件商標４」ないし「本件商標６」という。また，本件商標権１ないし本件商標権６を併せて「本件各商標権」といい，これらに係る商標を併せて「本件各商標」という。）を有している（甲４ないし６）。
(ア)本件商標権４
登録番   号    第５３６２５０７号
出願日     平成１５年７月１７日
登録日     平成２２年１０月２２日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載４のとおり商品及び役務の区分・指定役務   第４１類空手の教授，空手の興行の企画・運営又は開催
(イ)本件商標権５
登録番   号    第５４９０９３８号
出願日     平成１５年７月１７日
登録日     平成２４年５月１１日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載５のとおり商品及び役務の区分・指定商品    第２５類被服，空手衣
(ウ)本件商標権６
登録番   号    第５５５１４７９号
出願日     平成２４年６月    ６日
登録日     平成２５年１月２５日
登録商   標    別紙原告ら商標目録記載６のとおり商品及び役務の区分・指定商品    第２５類被服，空手衣商品及び役務の区分・指定役務   第４１類空手の教授，空手の興行の企画・運営又は開催
(4)被告の行為
被告は，次のとおり，被告各標章を業として使用している。ア   被告の管理するインターネット上のウェブサイトホームページ（http://以下省略）に，被告標章１－１ないし被告標章４及び被告標章６を付している。
イ被告の管理するインターネット上のウェブサイト「一撃オフィシャルショップ」（http://以下省略）に，被告標章１－２及び被告標章３－２を付し，また，被告標章５及び被告標章６を付した道着，帯，帯留め，Ｔシャツ等の販売を行っている。
ウ被告の運営する空手道場において，空手の教授を受ける者の利用に供する道着に被告標章５を付したものを用いて空手の教授を行った。エ平成２７年４月１９日及び同月２０日，被告標章４及び被告標章５を付した道着を着用した選手を「２０１５国際親善空手道選手権大会」に参加させた。
(5)本件各商標と被告各標章の類否
ア被告標章１－１及び被告標章１－２は，本件商標１に類似する。イ被告標章２は，本件商標２に類似する。
ウ被告標章３－１ないし３－３は，本件商標３に類似する。エ被告標章４は，本件商標４に類似する。
オ被告標章５は，本件商標５に類似する。
カ被告標章６は，本件商標６に類似する。
２争点
(1)原告らの本件請求が権利濫用に当たるか否か
(2)損害の有無及び額
３争点に関する当事者の主張
(1)争点１（原告らの本件請求が権利濫用に当たるか否か）について
（被告の主張）
ア商標は自らの役務と他人の役務を区別するために付けられる標章であるところ，複数の事業者から構成されるグループが特定の役務を表す主体として需要者の間で認識されている場合，その中の特定の者が当該表示の独占的な表示主体であるといえるためには，需要者に対する関係において，その表示の周知性・著名性の獲得がほとんどその特定の者に集中して帰属しており，グループ内の他の者は，その者から使用許諾を得て初めて当該表示を使用できるという関係にあることを要する。そして，そのような関係が認められない場合には，グループ内の者が商標権を取得したとしても，グループ内の他の者に対して当該表示の独占的な表示主体として商標権に基づく権利を行使することは権利濫用として許されない（大阪地裁平成１５年９月３０日判決・判例タイムズ１１４５号２５５頁。以下「別件判決」という。）。
極真会館は複数の会派から構成され，特定の役務である極真空手を教授等する主体として需要者の間で広く認識されており，原告ら及び被告は，いずれも極真会館の一会派である。そして，Ｃの生前においては，長年にわたる極真空手の教授や空手大会の開催等により，極真会館及び極真空手を普及させたＣ，Ｂ並びに極真会館の総本部，関西本部，直轄道場及び支部に属する各構成員が被告各標章の周知性及び著名性の獲得に寄与している。また，Ｃの死後においては，被告が，国内では９００の道場，実働会員数５万人，累計会員数６０万人の規模で，国外では６５００の道場，実働会員数８０万人，累計会員数１２５０万人を超える規模で空手の教授や空手大会の開催等を行うほか，テレビ番組に被告の道場に所属する選手を出演させるなどして，原告らに比して，被告各標章の周知性，著名性の維持，獲得及び拡大に大きく寄与している。したがって，少なくとも需要者に対する関係において，被告各標章の周知性，著名性の獲得が原告らに集中して帰属しているとはいえない。


また，原告らは，Ｃの死後，被告各標章を被告が使用していることを認識していたにもかかわらず，Ｃの死亡から９年経過した平成１５年以降になって本件各商標に係る商標登録出願をし，更にその一部について商標登録を受けた平成２１年から６年以上経過してから本件訴訟を提起している。このように，本件各商標に係る商標登録出願を長期間放置していた原告らが，被告各標章の周知性及び著名性の獲得に対する寄与がはるかに大きい被告に対して本件各商標権を行使することは，極めて不当であり，別件判決の判断枠組みに照らしても，本件請求は権利濫用として許されない。イなお，原告Ａは極真会館の総裁ないし館長であったＣの後継者ではなく，極真関連標章の主体たる地位を承継したことはない。すなわち，極真関連標章の主体たる地位は，相続の対象となる独立の財産権ではなく極真会館の事業を行う者のみに帰属する法的利益にすぎず，社団性を有する極真会館の総裁及び構成員全体に共有又は総有的に帰属するものであり，仮にそうでなくても，総裁たる地位に含まれるものである。そして，総裁たる地位は被相続人Ｃの一身専属権であり，極真会館において世襲制が採用されておらず，原告Ａが総裁ないし館長であったＣの後継者であると定められたことはないから，原告Ａは総裁たる地位を承継しておらず，Ｃの死亡当時，極真会館の事業活動に一切関与していなかったから原告Ａに極真関連標章の主体たる地位が帰属することはない。
また，Ｃの死後におけるＢの行動をもって，被告各標章の周知性及び著名性に対するＢないし被告の寄与が失われることはない。すなわち，Ｂは，後にＣの真意に基づいて作成されたものと認めることはできないとされたＣの平成６年４月１９日付け危急時遺言（以下「本件遺言」という。）に基づいて自らを同人の後継者であると称していたが，第三者を誤解させたり，他の支部長らによる事業の拡大を妨害したことはない。加えて，Ｂは，自己名義で極真関連標章に係る商標登録を受けて商標権に基づく権利行使を行い，後に当該商標登録が無効とされたが，上記権利行使は，極真会館の団体の利益を守るという正当な目的によるものである。さらに，被告は，空手道のオリンピック種目化を目指して強打が禁止されるセミコンタクトのポイント制ルールを採用する世界空手連盟の傘下にある公益財団法人全日本空手道連盟と友好関係を構築して互いに協力することを表明する記者会見を行ったが，極真空手に関する活動を従前どおり継続することを前提としており，フルコンタクトルールを放棄する旨を表明したことはない。
したがって，原告らの本件請求を正当化する事情はない。
（原告らの主張）
ア本件に別件判決の判断枠組みは当てはまらない。すなわち，本件は，一定の法的保護が図られた財産権である極真関連標章の主体たる地位を含めて，Ｃの一切の権利義務を相続により承継した原告Ａ及び同人が代表取締役を務める原告会社が，極真関連標章である本件各商標に係る商標権を行使する事案であるが，別件判決の事案は，Ｃの許諾を得て極真関連標章を使用していた極真会館の構成員が無断で商標登録を受けて商標権を行使した事案であり，前提事実が異なる。
イ仮に，本件に上記判断枠組みが当てはまるとしても，原告らの本件請求は権利濫用に該当しない。すなわち，別件判決において商標権者による権利行使が権利濫用であると判断された理由は，当該商標権者が極真会館の後継者であるとの根拠がなかったことにあるが，原告Ａは，Ｃの権利義務を単独で承継した相続人であり後継者である。また，Ｃの生前の極真会館は，法人格及び社団性を有しないＣの個人事業であり，極真会館の総本部はＣ個人にほかならないから，総本部の指揮命令下にあった本部直轄道場の支部長のＢはＣ個人の被用者にすぎなかった。したがって，Ｃの生前において極真関連標章の周知性及び著名性の維持等にＢの寄与があったとしても，それはＣに帰属するものである。さらに，Ｃの死後，極真関連標章の周知性及び著名性の維持等にＢの寄与があったとしても，それは自らをＣの正当な後継者であると称して第三者を誤解させ，無効な商標登録を受けて原告Ａの親族や他の支部長らの事業拡大を妨害したＢの不当な行為による結果であるから保護に値しない。
これらの事情に加えて，被告が極真空手の最大の特徴であるフルコンタクトルールを放棄することを表明していることなどを考慮すれば，原告らの本件請求は商標権の行使として正当であり，権利濫用に当たらない。
(2)争点２（損害の有無及び額）について
（原告らの主張）
ア原告Ａの損害
本件商標権１ないし本件商標権３の侵害行為によって被告が受けた利益は原告Ａの利益であると推定される（商標法３８条２項）ところ，平成２４年７月から平成２７年６月までの間に本件商標権１ないし本件商標権３の侵害行為により被告が得た利益は，空手の教授によるものは２２００万円を下らず，空手大会の開催によるものは諸経費を控除しても５００万円を下らない。そして，上記各利益に対する本件商標１ないし本件商標３が寄与した割合は８０パーセントを下らない。
よって，原告Ａの損害は，少なくとも２１６０万円と推定される。
イ原告会社の損害
原告会社は，本件商標４ないし６の使用料相当額について損害賠償を請求できるところ（商標法３８条３項），当該使用料相当額は，平成２４年７月から平成２７年６月までの間に空手の教授や空手大会の開催により被告の得た利益（上記アによれば合計２７００万円を下らない。）の１５パーセントに相当する。
よって，原告会社の損害は，少なくとも４０５万円である。ウなお，原告らと被告は，いずれも空手の道場を運営し，極真関連標章を使用して空手の教授や空手大会の開催を行っており，対象とする市場及び需要者は完全に一致している。また，被告の有する空手道場は，その数に照らして一定程度周知性があるところ，原告らの空手道場の近隣には，被告の空手道場が存在するが他に周知性を有する空手道場は存在しない。したがって，被告の行為がなければ，需要者が原告らの空手道場や空手大会を選択したといえるから，商標法３８条２項による推定が覆される事情はないし，上記の使用料相当額も妥当である。
（被告の主張）
否認ないし争う。


空手の教授は，指導者が直接対面で指導する役務の提供であり，道場の存否や教授方法等によって得られる利益が大きく異なるところ，被告は，本件各商標の商標出願前から，国内道場の数，開催する空手大会の頻度や規模において原告らを上回っており，指導の質的側面等に照らしても，被告と原告らの顧客誘引力に極めて大きな差がある。また，上記(1)（被告の主張）アのとおり，被告各標章の周知性及び著名性に対する被告の寄与は，原告らに比して圧倒的に大きい。加えて，原告ら以外にも極真会館を称する団体が多数存在していることなどを考慮すれば，被告各標章に誘引された被告の道場の会員や被告の開催した空手大会への参加者が，原告らが侵害行為と主張する行為がなければ原告らの道場や空手大会を選択したはずであると推定することはできない。同様の理由により，原告らの主張する使用料相当額も認められない。
第３当裁判所の判断
１争点１（原告らの本件請求が権利濫用に当たるか否か）について(1)前記前提事実に加えて，証拠（甲１６ないし１８，２０，２２，２４，乙１～３，６，７，１０ないし１２，１５，１６）及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。
アＣの生前における極真会館の組織等
(ア)Ｃは，昭和３９年６月，東京に総本部を置く極真会館を設立し，その館長ないし総裁と称された。極真会館は，設立後，総本部及び関西本部の下，全国各地に支部を設置し，世界各国にも本部及び支部を設置し，昭和４１年以降，オープントーナメント全日本空手道選手権大会（以下「全日本大会」という。）やオープントナーメント世界空手道選手権大会（以下「全世界大会」という。）等の各種大会を開催するなどしてその規模を拡大させ，Ｃの死亡した平成６年４月当時，国内において，総本部，関西本部のほか，５５か所の支部（３つの直轄道場を含む），５５０の道場，会員数５０万人を有し，世界１３０か国，会員数１２００万人を超える規模となっていた。
(イ)極真会館の組織及び運営については「国際空手道連盟・規約」（乙１０）や「国際空手道連盟極真会館・道則」（乙１１。以下「道則」という。），「国内支部（大学も含む）規約」（甲２４。以下「国内支部規約」という。）等が定められ，これらには，極真会館が道場生，委員，師範，相談役，総裁，理事，顧問，理事長，会長から構成され（道則３条），その日常の組織運営が委員会又は理事会の決議により行われること（道則６条），道場生に入会金，道場使用料及び会費の納入義務があること（道則１２条），総本部の認可を受けて全国各地に支部が設置され，Ｃの任命を受けた支部長において道場を開設し，入門した道場生に対して，極真空手を教授し，級位や初段の段位を与えることができ，認可料や支部会費等を総本部に納入する義務や，各種大会へ選手を派遣して大会の運営に協力する義務，支部長会議及び支部長講習への出席義務等を負うこと（国内支部規約）などが定められていた。また，支部長による極真関連標章の使用については「既に登録してある極真のマーク（カンク，連盟マーク，胸章等）を委員会の承認なしに無断で使用できない」（国内支部規約１５項）と定められていた。なお，極真会館の館長や総裁の地位の決定や承継に関する定めはなかった。もっとも，具体的な組織運営では，上記諸規定によらずにＣの個別的裁量によって判断されることもあった。また，支部長は，物品の販売等を制限する定めはあるものの，上記義務を果たす限り，道場や各種大会等において極真関連標章を自由に使用することができた。
イＣの生前におけるＢの地位
(ア)Ｂは，昭和５１年に極真会館に入門した後，昭和５５年に初めて出場した全日本大会では４位に，昭和５６年，５７年の全日本大会では３位に，昭和５８年の全日本大会では８位に，昭和５９年の全世界大会では３位にそれぞれ入賞し，昭和６０年，６１年の全日本大会及び昭和６２年の全世界大会ではいずれも優勝し，昭和６１年には百人組手を完遂した。
また，Ｂは，極真会館の開催する各種大会において，審判員，模範演技や大会運営委員会の支部長代行委員などを務め，世界２０か国余りの道場に指導員として訪れ，各国で演武を披露するなどした。(イ)Ｂは，平成４年，極真会館の本部直轄道場を開設して支部長に就任し，上記ア(イ)の運用のとおり，被告各標章を使用していた。
ウＣの死亡
(ア)Ｃは，自らの後継者を公式に指名することなく，平成６年４月２６日に死亡したが，同月１９日付けで，Ｂを後継者とする旨が記載されたＣの危急時遺言（本件遺言）が作成されていた。
(イ)Ｂは，本件遺言書に従い，同年５月１０日に開催された支部長会議での承認を経て，極真会館の館長に就任した。しかし，その後，極真会館の内部で対立が生じ，極真会館は極真空手を教授する多数の団体に分裂した。
(ウ)本件遺言の証人の一人は，本件遺言の確認を求める審判を申し立てたが，東京家庭裁判所は，平成７年３月３１日，本件遺言がＣの真意に出たものと確認することが困難であるとして上記申立てを却下し，東京高等裁判所の平成８年１０月１６日付け抗告棄却決定及び最高裁判所の平成９年３月１７日付け決定を経て，上記却下決定は確定した。
エＣの死亡後におけるＢ及び被告の活動等
(ア)被告（平成６年１０月３日設立）は，Ｃの死後，極真会館が開催していた上記各大会の開催を継続するともともに，全世界女子空手道選手権大会，青少年空手道選手権大会，極真祭，アメリカズカップ，ロシアンカップ，極真ワールドカップ，ロシア青少年大会，全ヨーロッパ選手権大会，全アジア選手権大会など，国内外を問わず，新たな空手大会や国際親善試合を多数開催し，平成１６年１０月以降，極真専門番組「一撃入魂」の放送をスタートさせ，テレビ放映される格闘技イベント「Ｋ－１」に被告の道場に所属する選手を出場させるなどした。(イ)被告は，平成２２年時点において，日本国内においては，１０１か所の支部（直轄道場を含む。），９００の道場，実働会員数５万人，累計会員数６０万人の規模で，海外においては，１７０か所の支部，６５００の道場，実働会員数８０万人，累計会員数１２５０万人の規模で，極真空手の教授等を行っている。


(ウ)被告は，平成２７年４月１６日，平成３２年に開催が予定されている東京オリンピック・パラリンピックにおける空手道種目の採用に向けて，公益財団法人全日本空手道連盟との間で友好関係を構築し，互いに協力することを記者会見により発表した。なお，同連盟は，フルコンタクトルールを採用していない。
オＣの死亡後における原告らの活動
(ア)原告Ａは，Ｃの死亡当時，極真会館の事業活動に全く関与していなかった。
(イ)原告Ａは，母親と共に，平成８年ないし平成９年，Ｂらを被告として，同人らの占有していた極真会館の総本部の建物の明渡しを求める訴訟を提起し，平成１１年２月１７日に成立した裁判上の和解に基づき，同年３月３１日，Ｂらから上記建物の引渡しを受け，その後，同建物を利用して極真会館の事業を行うようになった。
(ウ)原告らは，平成２８年３月６日時点において，日本国内において，総本部のほか，７か所の国内道場（友好道場を除く。）を運営し，極真空手の教授等を行っている。
カ極真関連標章に関する紛争等
(ア)Ｂは，Ｃの死亡後も被告各標章の使用を継続し，平成６年ないし平成７年までの間，複数の極真関連標章について商標登録出願をし，自己名義の商標登録を受けた。
(イ)Ｂは，平成１１年頃，東日本電信電話株式会社及び西日本電信電話株式会社に対し，上記商標登録に係る商標権に基づき，極真関連標章を使用する広告の掲載禁止を申し入れた。
(ウ)Ｃの生前に極真会館に属していた者らは，平成１４年，Ｂを被告として，空手の教授等に際して極真関連標章を使用することにつき，Ｂの商標権に基づく差止請求権が存在しないことの確認等を求める訴訟を大阪地方裁判所に提起した（同庁同年(ワ)第１０１８号）。同裁判所は，平成１５年９月３０日，Ｂの上記商標権の行使が権利濫用であるとして上記不存在確認請求を認容し，その控訴審である大阪高等裁判所も，平成１６年９月２９日，同旨の理由によりＢの控訴を棄却した。
(エ)Ｃの生前に極真会館に属していた者らは，平成１６年，Ｂを被告として，人格権に基づき「極真会館館長」の名称の使用差止め等を求める訴訟を大阪地方裁判所に提起した（同庁同年(ワ)第９６１６号）。同裁判所は，平成１８年９月１１日，上記差止め請求を認容した。(オ)原告Ａは，平成１６年，Ｂが商標登録を受けた極真関連商標の一部について無効審判を請求したところ，特許庁は，Ｂの受けた商標登録が商標法４条１項７号に反するものであるとして，同年９月２２日付けで登録を無効とするとの審決をした。これに対し，Ｂは，上記審決の取消を求める訴訟を知的財産高等裁判所に提起したが（同庁平成１７年（行ケ）第１００２８号），同裁判所は，平成１８年１２月２６日，Ｂの請求を棄却した。
(2)前記前提事実及び上記認定事実を踏まえて，原告らの本件請求が権利濫用に当たるか否かについて検討する。
ア前記第２の１前提事実によれば，本件各商標に類似する被告各標章は，遅くともＣの死亡した平成６年４月２６日時点から現在まで空手及び格闘技に関心を有する者の間において極真会館又はその活動を表すものとして広く知られているところ，上記(1)認定事実ア，イ及びエによれば，このような被告各標章の周知性及び著名性の形成，維持及び拡大に対し，Ｃの生前においては，長年にわたり極真空手の教授や空手大会の開催等を行ってきたＣ及び同人から認可を受けたＢを含む支部長らの寄与があり，Ｃの死後においては，国内外において大規模に極真空手の教授や空手大会の開催等を行い，その普及に努めてきたＢ及び同人が代表取締役を務める被告の大きな寄与があったと認められる。
また，原告らは，極真関連標章である本件各商標に係る商標権を取得して極真空手の教授等を行っているが，Ｃは後継者を公式に指名することなく死亡しており（上記(1)認定事実ウ），極真会館において館長や総裁の地位の決定や承継に関する定めはなく（上記   (1)認定事実ア(イ)及びウ(ア)），世襲制が採用されていたこともうかがわれず，他に相続人である原告ＡをＣの後継者であると認めるに足りる証拠はない。そうすると，原告らは，極真会館を称して極真空手の教授等を行う複数の団体の一つにすぎないというべきである。そして，極真会館の分裂後にＢにより設立された被告も，上記のような団体の一つというべきである。以上の点に加えて，原告らは，Ｃの死亡後，Ｂ及び被告が国内外で被告各標章を使用して大規模に極真空手の教授等を行っていたことを認識していたにもかかわらず，合理的な理由もなく早期に本件各商標に係る商標登録出願を行っていないことも考慮すれば，原告らが被告に対し，本件各商標権に基づき，極真関連商標である本件各商標やこれと類似する商標の使用を禁止することは権利の濫用に当たると解すべきである。イこれに対し，原告らは，①原告Ａが極真関連標章の主体たる地位を承継したこと，②極真関連標章の周知性及び著名性の維持等に対する寄与について，Ｃの生前におけるＢの寄与はＣに帰属するものであり，Ｃの死後におけるＢ及び被告の寄与はＢの不当な行為による結果であるから保護に値しないこと，③被告は極真空手の最大の特徴であるフルコンタクトルールを放棄する旨表明したことなどから，原告らの権利行使が正当であると主張する。
しかしながら，①については，Ｃは生前，極真関連標章に係る商標登録出願をしておらず，極真関連標章の主体たる地位が相続の対象となる財産権であるとはいえない。また，周知に至った極真関連標章があったとしても，それは被告各標章と同様に極真会館又はその活動を示すものとして周知になったものというべきであるから，それは少なくともＣ個人ではなく極真会館の総裁に帰属する法的利益であると解すべきであるところ，上記アのとおり，原告Ａを極真会館の総裁であったＣの後継者であると認めることはできない以上，原告Ａが，極真関連標章の主体たる地位を承継したと認めることはできない。


平成２４年１０月３１日判決言渡同日原本受領    裁判所書記官平成２３年（行ケ）第１０２７５号審決取消請求事件
口頭弁論終結日平成２４年９月２６日
判        決
原              告        株式会   社ダナ   フォー   ム同訴訟代理人弁護士        山      上      和      則
藤      川      義      人
同          弁理士        辻      丸      光一    郎
中      山      ゆ      み
吉      田      玲      子
伊佐    治              創
被              告        栄研化   学株式   会社同訴訟代理人弁護士        永      島      孝      明
安      國      忠      彦
明      石      幸二    郎
朝      吹      英      太
浅      村      昌      弘
同訴訟復代理人弁護士      安      友      雄一    郎同          弁理士        磯      田      志      郎
浅      村              
池      田      幸      弘
主        文
１特許庁が無効２０１０－８００１９７号事件につ
いて平成２３年７月２５日にした審決のうち，特許
第３９７４４４１号の請求項１及び２に係る発明に
ついての審判請求は成り立たないとの部分を取り消
す。
２原告のその余の請求を棄却する。
３訴訟費用はこれを５分し，その４を原告の，その余を被告の負担とする。
事実及び理由
第１請求
特許庁が無効２０１０－８００１９７号事件について平成２３年７月２５日にした審決を取り消す。
第２事案の概要
本件は，原告が，後記１のとおりの手続において，被告の後記２の本件発明に係る特許に対する原告の特許無効審判の請求について，特許庁が同請求は成り立たないとした別紙審決書（写し）の本件審決（その理由の要旨は後記３のとおり）には，後記４のとおりの取消事由があると主張して，その取消しを求める事案である。
１特許庁における手続の経緯
(1)被告は，平成１１年１１月８日，発明の名称を「核酸の合成方法」とする特許出願（特願２０００－５８１２４８号。国内優先権主張日：平成１０年１１月９日（特願平１０－３１７４７６））をし，平成１４年４月１２日，その一部を新たな出願とした特願２００２－１１０５０５号を特許出願した。そして，同出願については，同年１１月１９日の出願公開を経て，平成１９年６月２２日，設定の登録（特許第３９７４４４１号）を受けた。以下，この特許を「本件特許」といい，本件特許に係る明細書（甲３６）を「本件明細書」という。(2)原告は，平成２２年１０月２５日，本件特許に係る発明の全てである請求項１ないし１０に係る発明（以下，請求項の番号に応じて「本件発明１」ないし「本件発明１０」といい，これらを併せて「本件発明」という。）について特許無効審判を請求し，無効２０１０－８００１９７号事件として係属した。(3)特許庁は，平成２３年７月２５日，「本件審判の請求は，成り立たない。」旨の本件審決をし，その謄本は，同年８月４日，原告に送達された。
２特許請求の範囲の記載
本件発明に係る特許請求の範囲の記載は，次のとおりである。なお，「／」は，【請求項５】の不等式内のものを除き，本文中の改行箇所を示す。【請求項１】以下の工程を含む１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法。／ａ）同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸を与える工程，／ｂ）Ｆ１ｃにアニールしたＦ１の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，／ｃ）領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｂ）で合成された相補鎖を置換する工程，／ｄ）工程ｃ）で置換され塩基対結合が可能となった相補鎖における任意の領域に相補的な配列を３′末端に含むポリヌクレオチドをアニールさせ，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｃ）で合成された相補鎖を置換する工程
【請求項２】工程ｄ）において，合成起点が領域Ｒ１ｃにアニールすることができる同一鎖上の３′末端に存在する領域Ｒ１であり，Ｒ１がＲ１ｃにアニールすることによって塩基対結合が可能な領域Ｒ２ｃを含むループが形成される請求項１に記載の方法
【請求項３】工程ａ）における核酸が，以下の工程によって提供される第２の核酸である請求項１に記載の方法。／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドの領域Ｆ２を鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃにアニールさせる工程，／ⅱ）オリゴヌクレオチドのＦ２を合成起点とし，鋳型に相補的な塩基配列を持つ第１の核酸を合成する工程，／ⅲ）前記Ｆ２ｃの更に３′側の任意の領域Ｆ３ｃにアニールするオリゴヌクレオチドＦ３を合成起点とする鎖置換相補鎖合成を行うことにより，工程ⅱ）で合成された第１の核酸の任意の領域を塩基対結合が可能な状態とする工程，／ⅳ）工程ⅲ）における第１の核酸の塩基対結合を可能とした領域に相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチドをアニールさせ，それを合成起点として第２の核酸を合成し，前記合成起点より更に３′側の任意の領域Ｒ３ｃにアニールするオリゴヌクレオチドＲ３を合成起点とした鎖置換相補鎖合成を行うことにより，その３′末端のＦ１を塩基対結合が可能な状態とする工程


【請求項４】工程ⅲ）の塩基結合を可能とする領域がＲ２ｃであり，前記Ｒ２ｃの５′側に存在する領域をＲ１ｃとしたとき，工程ⅳ）におけるオリゴヌクレオチドが，前記Ｒ２ｃに相補的な塩基配列Ｒ２を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドである請求項３に記載の方法【請求項５】反応に用いる各オリゴヌクレオチドと鋳型におけるその相補領域との融解温度が，同じストリンジェンシーの下で次の関係にある請求項４に記載の方法。／（Ｆ３ｃ／Ｆ３およびＲ３ｃ／Ｒ３）≦（Ｆ２ｃ／Ｆ２およびＲ２ｃ／Ｒ２）≦（Ｆ１ｃ／Ｆ１およびＲ１ｃ／Ｒ１）
【請求項６】鋳型となる核酸がＲＮＡであり，工程ⅱ）における相補鎖合成を逆転写酵素活性を持つ酵素で行う請求項３～５のいずれかに記載の方法【請求項７】次の工程を繰り返すことによる１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の増幅方法。／Ａ）請求項４に記載の方法によって３′末端と５′末端において，それぞれ末端領域に相補的な塩基配列からなる領域を同一鎖上に備え，この互いに相補的な塩基配列がアニールしたときに両者の間に塩基対結合が可能となるループが形成される鋳型を提供する工程，／Ｂ）同一鎖にアニールさせた前記鋳型の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，／Ｃ）前記ループのうち３′末端側に位置するループ内に相補的な塩基配列を３′末端に含むオリゴヌクレオチドを，ループ部分にアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程Ｂ）で合成された相補鎖を置換してその３′末端を塩基対結合が可能な状態とする工程，および／Ｄ）工程Ｃ）において３′末端を塩基対結合が可能な状態とした鎖を工程Ａ）における新たな鋳型とする工程
【請求項８】以下の要素を含む，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成用キット。／領域Ｆ３ｃ，領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含む鋳型核酸に対し，／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチド，／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含むオリゴヌクレオチド，／ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，／ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，／ⅴ）鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質となるヌクレオチド
【請求項９】ⅱ）のオリゴヌクレオチドが，ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃとその５′側に位置する領域Ｒ１ｃに対し，前記Ｒ２ｃに相補的な塩基配列Ｒ２を持つ領域の５′側に前記Ｒ１ｃと同じ塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチドである請求項８に記載のキット
【請求項１０】請求項８または９に記載のキットに，更に付加的に核酸合成反応の生成物を検出するための検出剤を含む，標的塩基配列の検出用キット
３本件審決の理由の要旨
(1)本件審決の理由は，要するに，①本件発明１ないし３，６，８及び１０（以下「本件発明１等」という。）は発明の詳細な説明に記載されたものであり，当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているから，本件特許が平成１４年法律第２４号による改正前の特許法（以下「法」という。）３６条６項１号（いわゆるサポート要件）及び同条４項（いわゆる実施可能要件）に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものとはいえず，②本件発明１ないし７は後記アないしエの引用例１ないし４に記載の発明に基づいて，本件発明８ないし１０は引用例１ないし４及び後記オの引用例５に記載の発明に基づいて，いずれも当業者が容易に発明することができたものではないから本件特許が特許法２９条２項に違反してされたものとはいえず，③後記カの先願明細書に記載の発明は本件発明と同一ではないから本件特許が同法２９条の２に違反してされたものとはいえない，というものである。
ア引用例１：THE   JOURNALOFBIOLOGICAL   CHEMISTRYVol.266,No.21,   pp.14031-14038（平成３年（１９９１年）刊行。甲１の１・２）イ引用例２：DNA   REPLICATIONSECONDEDITION,   ARTHURKORNBERG,TANIA   A.BAKER,W.H.FREEMAN    ANDCOMPANY,    pp.700-703,pp.713-716,    pp.492-493&pp.504（平成４年（１９９２年）刊行。甲２の１～４）ウ引用例３：国際公開第９６／０１３２７号（平成８年公開。甲３の１・２）エ引用例４：国際公開第９７／０４１３１号（平成９年公開。甲４の１・２）オ引用例５：特開平７－２８９２９８号公報（甲５）カ先願明細書：特開２０００－３７１９４号公報（本件優先権主張日よりも前である平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，本件出願公開日よりも前である平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初に添付された明細書及び図面。甲８の１）
(2)本件審決が認定した引用例１ないし５に記載の発明（以下「引用発明１」ないし「引用発明５」という。），本件発明１と引用発明１ないし４との相違点（以下「相違点１」という。）及び本件発明８と引用発明５との相違点（以下「相違点２」という。）は，次のとおりである（本件発明１とこれらの各引用発明との一致点については，明確な認定の記載がない。）。


ア引用発明１：ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構を開発することを課題とするものであり，その増幅機構は図８に記述され，Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央にヘアピンを有する長い２本鎖ＤＮＡが合成され，これに二重鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして伸長し鎖置換相補鎖合成を行うというものイ引用発明２：種々のウイルスの生体内におけるＤＮＡ複製機構を明らかにすることを課題とするものであり，例えば，アデノ随伴ウイルスの増幅機構は，図１９－６に詳述されているが，３′末端と５′末端の双方にループが形成された１本鎖核酸（鋳型）において，その３′末端から自己を鋳型とする相補鎖合成が開始され，２本鎖の複製型が一旦形成され，その親鎖の３′末端の反対側でニックが生じ，ニックからの伸長反応の結果，ヘアピン構造への転移が生じ，末端ヘアピンの再構成によって，どちらかの末端に３′末端が形成され，当該末端からの自己を鋳型とする相補鎖合成によって，次の新しい鋳型が提供されるというものウ引用発明３：ヘアピン構造を形成し得るプライマーを使用し，核酸を等温増幅する方法の提供を課題とするものであり，２本鎖ＤＮＡの末端にあるパリンドローム配列は動的平衡によってヘアピン構造を形成し，折り曲げられた末端はプライマーとして機能し，自己を鋳型とする相補鎖合成を行って，核酸の伸長反応が継続
的に生じるというもの
エ引用発明４：単一のプライマーを用いて，ヘアピン構造を有する核酸を増幅することを課題とするものであり，その詳細は，図１７に示されるとおり，標的ポリヌクレオチドの領域Ａに相補的な配列と，標的ポリオヌクレオチドの領域Ｂと同一の配列を有するプライマー（ＴＰ）を標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズさせ，３′末端からの伸長反応によって伸長生成物を生じさせ，これを熱変性によって鎖分離し，該伸長生成物が５′末端にヘアピン構造を形成した後に，ＰＣＲプライマー（Ｄ）をハイブリダイズさせ，該生成物を増幅するというものオ引用発明５：好熱性のポリメラーゼおよび制限エンドヌクレアーゼの両方が効率的に機能する等温鎖置換増幅法（好熱ＳＤＡ）の反応条件を提供することであり，その解決手段は，特定の好熱性のポリメラーゼや制限エンドヌクレアーゼを用いることであり，好熱ＳＤＡを行う前段階として，制限エンドヌクレアーゼ認識／開裂部位を含む標的核酸を増幅するために，２つのＳＤＡ増幅プライマーと，２つのバンパープライマー（ＯＰ（アウタープライマー）に相当）を用いるというものカ相違点１：本件発明１には，３′末端側に位置するループ部分にプライマーをアニールさせる工程（工程ｃ））があるのに対し，引用発明１ないし４には，いずれもこの工程がない点
キ相違点２：本件発明８には，３′末端側に位置するループ部分にプライマーをアニールさせる工程（工程ｃ））があるのに対し，引用発明５には，この工程がない点
(3)本件審決が認定した本件発明１と先願明細書に記載の発明との一致点及び相違点（以下「相違点３」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：ａ）同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸を与える工程を含む，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法イ相違点３：本件発明１では，さらに，「ｂ）Ｆ１ｃにアニールしたＦ１の３′末端を合成起点として相補鎖合成を行う工程，ｃ）領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ，これを合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｂ）で合成された相補鎖を置換する工程，ｄ）工程ｃ）で置換された塩基対結合が可能となった相補鎖における任意の領域に相補的な配列を３′末端に含むポリヌクレオチドをアニールさせ，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成を行って，工程ｃ）で合成された相補鎖を置換する工程」を含んでいるのに対し，先願明細書に記載の発明について，先願明細書には工程ｂ）ないしｄ）（特に，工程ｂ））を含むことが明記されていない点(4)本件審決が認定した本件発明８と先願明細書に記載の発明との一致点及び相違点（以下「相違点４」という。）は，次のとおりである（先願明細書に記載の発明自体については，明確な認定の記載がない。）。
ア一致点：以下の要素を含む，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成用キット。／領域Ｆ２ｃ，および領域Ｆ１ｃを３′側からこの順で含む鋳型核酸に対し，／ⅰ）前記Ｆ２ｃに相補的な塩基配列Ｆ２を持つ領域の５′側に前記Ｆ１ｃと同一の塩基配列を持つ領域を連結して含むオリゴヌクレオチド／ⅱ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃに相補的な塩基配列を含むオリゴヌクレオチド／ⅴ）鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼ，および／ⅵ）要素ⅴ）の基質となるヌクレオチド
イ相違点４：本件発明８では，さらに，該鋳型核酸において，領域Ｆ２ｃの３′末端側に領域Ｆ３ｃが含まれており，ＯＰとして「ⅲ）前記Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド，ⅳ）ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」を含んでいるのに対し，先願明細書に記載の発明について，先願明細書にはこのような領域Ｆ３ｃや前記ⅲ）及びⅳ）のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を含むことが記載されていない点４取消事由


(1)実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り（取消事由１）(2)引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り（取消事由２）
ア引用発明１についての認定の誤り
イ相違点１及び２に係る判断の誤り
(3)拡大先願に係る認定・判断の誤り（取消事由３）
第３当事者の主張
１取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，本件発明１等ではリバースプライマーとしてＰＣＲプライマーが用いられており，２つのＴＰ（ターンバックプライマー）が使用されていないから，本件明細書の図６（Ｄ）及び（Ｅ）のような核酸ができあがり，加熱変性を利用しなければそれ以上の合成反応を進めることができないところ，①加熱変性を利用すれば相当程度効率のよい核酸の合成が行われると認められるから，２つのＴＰが必須のものではなく，また，②本件発明では２つのＯＰ（アウタープライマー）が鋳型の合成のために使用されており（本件明細書の図１～３），工程ａ）における核酸がいったん合成されればその後の増幅反応が２つのＯＰを使用しなくても進行するから，２つのＯＰが必須のものではないとする。(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，本件明細書の図６（Ｄ）及び（Ｅ）の核酸が合成された以上，等温増幅用の酵素であるＢｓｔ酵素を利用する場合，加熱変性により酵素が失活するので，１サイクルごとに加熱変性を繰り返し，かつ，酵素を再添加しなければ合成が進まない。そして，このような加熱変性による合成は，等温増幅とはいえないし，ＰＣＲ法のほうがプライマーの設計も簡便で使いやすい。すなわち，本件発明１等において，一対のＴＰを用いず，ＴＰ及びＰＣＲプライマーを用いた場合，単一の酵素で特異性が高い等温増幅の提供という本件発明の課題を解決できないばかりか，本件出願当時の周知技術であるＰＣＲ法よりも劣った核酸合成方法になる。
さらに，本件出願の親出願に当たる発明の公開公報には，そこに記載の図６の方法が等温増幅反応ではない旨が明記されている（甲４４）。したがって，等温増幅を提供することを課題とする本件発明１等では，２つ（一対）のＴＰが必須である。
次に，前記(1)②についてみると，本件発明１等の工程ａ）の鋳型核酸の製造方法については，２つのＯＰを用いた方法以外に本件明細書には記載がない。したがって，当業者は，これ以外の上記鋳型核酸の製造方法の記載がない限り，これを容易に実施できないのであり，本件発明１等の特許請求の範囲の記載は，本件明細書のサポートを超えたものとなっている。また，本件発明１等は，いわゆるＬＡＭＰ法と呼ばれる等温増幅法であるが，ＬＡＭＰ法は，２つのＴＰと２つのＯＰとを必須としている（甲４０～４２）。
このように，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増幅反応は，熱変性を必要とし，特異性も高いとはいえず，煩雑な酵素の添加工程を必要とするから，フォワードとリバースのうち少なくとも一方にＴＰを用いた増幅反応を含む点で，本件発明１は，サポート要件及び実施可能要件に違反する。しかも，本件明細書には，本件発明１の反応が起きていることを示す実証データが必要であるのに，本件発明１の増幅反応が本当に起きることを示す実証データの記載がない。
(3)以上のとおり，本件発明１等において２つのＴＰ及びＯＰは，必須であり，これに反する本件審決の判断は，誤りである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１は，工程ａ）ないしｄ）を含む「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」の「合成方法」であるところ，本件明細書の図５（Ｂ）に記載の核酸を使用する場合，図６に記載の工程を経て図６（Ｄ）に記載の産物を合成する旨が明記されており，当該産物（図６（Ｄ））が，本件発明１が目的とする核酸である（本件明細書【００３７】）から，本件発明１は，実施可能要件及びサポート要件を満たすものである。
(2)原告は，加熱変性を利用しなければそれ以上の増幅反応を継続することができない旨を主張するが，本件発明１は，本件明細書の図６（Ｄ）の産物からそれ以上の増幅反応を継続することを対象としていないばかりか，本件明細書は，当該産物から加熱変性を利用して更なる増幅を行う場合にも「たいへん効率的な反応となる」旨（【００３７】）のほか，当該産物からＳＤＡ法を利用した増幅が可能になることや，転写も行われることを記載している（【００６４】【００６５】）から，加熱変性は，必須のものではなく，実施可能要件及びサポート要件とは無関係である。
このように，本件発明１の合成方法において２つのＴＰは，必須ではないし，このことは，本件発明２，３，６，８及び１０についても同様であるから，原告の主張には理由がない。
(3)本件発明１は，工程ａ）の鋳型の合成方法に関するものではなく，工程ａ）において提供される鋳型を出発物質として，工程ａ）ないしｄ）を繰り返すことによって，「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」を増幅する方法である。かかる本件発明１の増幅方法においては，２つのＯＰは，必須の構成要件ではないから，請求項に記載する必要はなく，現に，本件明細書の図２(7)から図３に例示された増幅機構においてもＯＰを使用していない。本件明細書にも，「本発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上のＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。」との記載があるとおり，核酸の合成方法は，限定されていない。
よって，本件発明１等が２つのＯＰを必須とするものではないと認定した本件審決には何らの認定・判断の誤りもなく，本件特許は，法３６条４項及び同条６項１号に違反するものではない。
２取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
〔原告の主張〕


(1)本件審決は，①引用発明１が解決課題及び課題解決手段において，特に工程ｃ）において，本件発明１とは全く異なる発明であり，引用例１ないし４にはループ部分にプライマーをアニールさせることも記載されておらず，したがって，②引用例１ないし４に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明１ないし７は当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。(2)しかしながら，前記(1)①についてみると，引用例１は，ウイルスの遺伝子の複製機能に関する学術論文であるが，そこには，等温での増幅方法を提供するという本件発明１と共通の課題を明確に記載しており，かつ，ステムループ構造を「ヘアピン構造」（甲２５）と呼び，プライマーを「直鎖ｓｓＤＮＡ」と呼んでいる（引用例１のFig.８の説明）。そして，本件明細書は，「アニール」を「核酸がワトソン－クリックの法則に基づく塩基対結合によって２本鎖構造を形成することを意味する。」と定義していることから，ここにいう「アニール」は，酵素の作用によるものも含む全ての結合を介した２本鎖の形成を意味する。以上によれば，引用例１におけるヘアピン構造に直鎖ｓｓＤＮＡが侵入してＤループを形成するということは，プライマーがループにアニールすることを意味することが明らかである。このように，引用例１には，ループ部分にプライマーをアニールさせることが記載されている。
(3)前記(1)②についてみると，まず，本件審決は，引用例１のステップ５では，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いて反応を起こしているから，酵素を用いなければ引用例１に記載された鋳型にフリーループを形成するはずがない（阻害要因）と当業者が考えるであろうとする。
しかしながら，酵素を用いなくても，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることや，そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得ることは，いずれも周知である（引用例２，甲５４～５９）。したがって，引用例１においてフリーループを形成して，酵素（ｕｖｓＸタンパク質）を用いないようにしても，Fig.８ステップ５の反応は起こり得るし，引用例１にも，その旨の記載がある（Fig.１）。したがって，引用例１には上記阻害要因はない。次に，本件発明のポイントは，①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるところ，①は，周知技術であり（引用例２，３，甲４７～５２，６０），②については，前記(2)に記載のとおり，引用例１に記載がある。そして，引用例１には，②のループにアニールしたプライマーの伸長反応が等温増幅反応のモデルになるという教示があり，この教示に従って①の３′末端から自己伸長反応するループに②を組み合わせて本件発明１の等温増幅法を想到することは，当業者には容易であるというべきである。
(4)本件審決は，①引用例１ないし５にはいずれも３′末端側に位置するループ部分にプライマーがアニールすることが記載されておらず，したがって，②引用例１ないし５に記載された発明をどのように組み合わせたとしても，本件発明８ないし１０を当業者が容易に発明できないものというべきであるとする。しかしながら，前記のとおり，引用例１にはループにプライマーがアニールすることについて記載がある。
また，本件審決は，引用発明５においてＯＰを用いても増幅が連続して続くといったものではなく，数倍に増幅される程度にすぎないものであり（引用例５図１），引用発明４が熱変性を利用して単一のプライマーにより非直線的に増幅しようとするものであるから，当業者が引用例４の図１７Ｃに記載のプライマーＤにＯＰを組み合わせようとするはずがないばかりか，引用発明５のＯＰを引用発明４に記載のＴＰにすると，次の増幅に用いられなくなることが明らかであるとする。しかしながら，前記１〔原告の主張〕(2)に記載のとおり，本件発明８ないし１０は，１サイクルごとに加熱変性を用いなければ増幅が進行しない部分を含んでおり，その部分では，加熱変性で２倍に増幅される程度にすぎないから，引用発明５と引用発明４とを組み合わせることに阻害要因はない。なお，遺伝子の増幅方法であるＰＣＲ法は，生体内の細胞分裂において起こっているところ，生体内での複製反応では，２本鎖のＤＮＡを分離して１本鎖にする際に，生体に害を及ぼさないように複雑なプロセスを要するが，人工的に実施する場合には，このような考慮を要しないため，試験管内で簡単に再現することが可能である。むしろ，引用例１のFig.８の説明には，同図の反応が試験管での増幅方法のモデルとなることが明確に記載されているから，引用例１の増幅機構が生体内での反応であることを根拠とする被告の主張は，失当である。また，前記１〔原告の主張〕(2)に記載のとおり，本件発明１等は，熱変性が必要であって，「単一の酵素で特異性が高い等温増幅の提供」という本件発明の課題を解決できないばかりか，本件特許出願当時の周知技術であるＰＣＲ法よりも劣った核酸合成方法になるから，産業の発達に寄与するという特許法１条の目的に反するので，同法２９条２項所定の進歩性がないというべきである。(5)以上のとおり，本件審決は，引用発明１の認定を誤り，相違点１及び２の判断を誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)本件発明１では，工程ａ）において，「同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸」を提供することが必要となるが，引用発明１では，そのようなループが形成されない。引用例１のFig.８は，単に折り返しを有する２本鎖を図示されているにすぎない。
(2)本件発明１の工程ｃ）では，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ」ることが必要になるが，引用例１のFig.８の工程１から２は，２本鎖であるヘアピン構造に対し，組換え酵素（リコンナーゼ）により，２本鎖ヘアピン生成物や２本鎖の二量体中間体の切断，プロセシング，対合（組換え），合成及び解離という各反応を経て直鎖ｓｓＤＮＡを導入しているにすぎず，塩基対結合可能な領域を有するループが存在しないことが明白であり，塩基対結合が可能となるループにプライマーをアニールさせることとは明らかに異なる。


(3)そもそも，引用例１は，人工的な核酸増幅方法に関するものではなく，単に生体内におけるＴ４バクテリオファージの相同遺伝子組換え機構を観察して報告したものであって，特定の標的核酸を増幅させる核酸増幅反応に関するものではないばかりか，Ｔ４－ホロ酵素やｕｖｓＸタンパク質等の生体内に存在する物質の関与を必須とするものであるから，核酸の増幅方法への応用の可能性は，極めて抽象的なものである。
以上のように，引用発明１は，解決課題及び課題解決手段において，特に工程Ｃ）において，本件発明と比較自体が困難なほどに相違した発明であって，引用例２及び３に適用できるものでもない。
(4)原告は，ループ３′末端からの自己伸長反応が周知技術である旨（引用例２，３，甲４７～５２，６０）を主張するが，引用例２に記載されているのは，アデノ随伴ウイルスの生体内での反応機構のモデルにすぎず，本件発明１とは解決課題及び解決手段が全く異なるし，引用例３の図５は，いわゆるヘアピン構造を有するプライマー及びそのプライマー由来の折り返し構造であって塩基対結合が可能な領域を有するループではない（本件明細書【００１２】）。したがって，本件発明１におけるループ構造からの自己伸長反応（工程Ｂ））は，公知でも周知でもない。原告が援用するその余の証拠も，いずれも異なるウイルス等の複製機構に関するものなどであって，周知技術を認定する根拠たり得るものではない。また，原告は，ループにプライマーがアニールすることが周知技術である旨（甲５４～５９）を主張するが，これらの証拠に記載の技術は，いずれも引用例１ないし３に適用し得る周知技術とは到底認められないものばかりである。(5)さらに，引用例１には，核酸におけるループの形成やループへのプライマーのアニールが記載されていないから，これを引用例２ないし５の記載とどのように組み合わせても本件発明８ないし１０には到達できない。また，引用発明４は，従来のＰＣＲにおいて２つのプライマーが必要であったことを課題として，単一のプライマーによって増幅を行うためにポリヌクレオチドヘアピンと単一のプライマーＤとを使用したものであるから，これに加えて引用発明５のプライマーをさらに使用することは，引用発明４の目的に反するものであり，当業者にとって明白な阻害事由になる。そもそも，引用例４には，等温条件下で増幅を進めるための手段や，どのようにＯＰを使用すればよいかについても，記載も示唆もない。
したがって，引用例４及び５を組み合わせることは，困難である。なお，前記のとおり本件発明の実施に加熱変性は不要である。(6)以上に加えて，引用例１は，本件発明８ないし１０とは解決課題及び解決手段が異なり，先行技術文献とはならないし，引用例４に記載の発明は，プライマー数を減らすことを解決課題とする発明であるから，仮に引用例５にＯＰが記載されているとしても，これを引用発明４に採用することには阻害事由が存在する。(7)以上のとおり，原告の主張に理由はなく，本件発明の進歩性を肯定した本件審決の認定・判断は，至極正当である。
３取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
〔原告の主張〕
(1)本件審決は，相違点３として，先願明細書に記載の発明について，先願明細書には工程ｂ）ないしｄ）（特に，工程ｂ））を備えることが明記されておらず，これらを繰り返して核酸を増幅することが記載されていない点を認定し，その理由として，①先願明細書の実施例１の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，②先願明細書の実施例２の記載から本件発明１の反応が読み取れないこと，③先願明細書の記載（【０１０６】【０１０７】【０１５９】【０１８３】）の解釈，④被告が別件訴訟で本件発明と先願明細書に記載の発明とが同一であると認めているとしても，そのこと自体が本件特許が無効であるか否かの判断を左右しないことを挙げている。
(2)前記(1)①についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰを用いたＰＣＲ産物，すなわち先願明細書の図３④に記載の核酸（以下「ダンベル型中間体」ともいう。）を提供する工程である（本件発明１の工程ａ）に該当する。）。先願明細書には，本件明細書の図２及び３の「ループが形成される鋳型」に相当するものに対してＴＰがアニールした結果，本件発明１の工程ｂ）ないしｄ）が起きている旨の記載があるところ（【０１８３】），本件審決は，当該反応が起きている可能性を認めているにもかかわらず，先願明細書の図１７が不鮮明であること及び時間経過に伴って分子量の増大を示すための図１７Ａ及びＢの２つの電気泳動のゲルが異なることを挙げて，引用例４の実施例１の記載からは当該反応を読み取ることができないとする。
しかしながら，先願明細書には，ダンベル型中間体が増幅産物の最終生成物という記載はない（【０１３０】参照）から，先願明細書に記載の発明の技術的思想は，図３④のダンベル型中間体を得ることにあるのではなく，これを核にしたＴＰによる等温増幅反応である。そして，先願明細書の図１７Ａ及びＢには，ゲル濃度の相違を考慮したとしても，時間の経過に従った分子量の段階的増大が生じていることを示す複数のバンドが確認できるし（甲３８，３９），仮に，当該図１７Ａが不鮮明であるとしても，中間体の二次構造にはステムループ構造が双方の末端にある場合，片方の末端にある場合及び当該構造がない場合の３種類に限られる一方，当該図１７Ａには３個以上の複数のバンドが確認できる以上，分子量の増大すなわち３′末端からの自己伸長反応が起きていることは，明らかである（甲５３）。また，本件発明の実施例と先願明細書の実施例１とでは，ＯＰの使用の有無を除き反応条件が実質的に同一であって，かつ，ＯＰは，ダンベル型中間体の形成のみに関与してこれからの増幅反応には関与しないから，両者で同一の反応が起きていることは，明らかである（甲３８，３９）。
さらに，先願明細書によれば，先願明細書の実施例１の後段の反応は，一対のＴＰを用いた反応であるから（【００２５】），当該反応では本件発明１の実施例と同じ非直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きているといえる（甲３８）。よって，先願明細書の実施例１からは，本件発明１の自己伸長反応を読み取ることができる（甲２４，４２，４３）。


なお，先願明細書の図９④⑤の配列ａ′ｂ′は，本件発明の３′末端の「Ｆ１」に，ａｂは，本件発明の「Ｆ１ｃ」に，ｘ′ｙ′ｃ′ｄ′は，本件発明のＦ２ｃに，それぞれ該当するから，そこには，本件発明と同一の自己伸長反応（工程ｂ））が記載されているということができ，このことは，先願明細書が図９について「自己伸長を例示する模式図」と記載していることからも明らかである。また，図９のプライマーは，配列ｃ′ｄ′が先願明細書の請求項１に記載の「第１のセグメント」に，配列ａｂが「第２のセグメント」に，それぞれ該当するから，先願明細書の実施例１のプライマーと同じであるから，ここでも自己伸長反応が起こることが明らかである。
(3)前記(1)②についてみると，先願明細書の実施例１は，２つのＴＰと２つのＯＰを用いているのに対し，実施例２は，２つのＴＰのみを用いている点が相違するが，当該ＴＰは，本件発明のＯＰと同じ機能をするものであり，反応条件も本件明細書の実施例１と同様であるところ，本件審決は，先願明細書の実施例２が本件明細書の実施例１と同様の工程の反応が生じる可能性を指摘しつつも，反応条件が全く同じではないために，本件発明１と同じ工程の反応が起きているとまでいえないとする。
しかしながら，本件審決も認定するとおり，先願明細書の実施例２の反応条件は，実質的に本件明細書の実施例１とも先願明細書の実施例１とも同じであるから，本件発明１と同じ反応が起きていないと判断すべき理由はない（甲３８）。しかも，先願明細書には，フォワードとリバースの双方にＴＰを用いた等温増幅反応では非直線的増幅反応（指数関数的増幅反応）が起きることが明記されているから（【００２５】），同じくフォワードとリバースにＴＰを用いた先願明細書の実施例２の増幅反応においては，本件発明１と同じ増幅反応が起きているといえる。よって，先願明細書の実施例２からは，本件発明１の反応を読み取ることができる。
(4)前記(1)③についてみると，本件審決は，先願明細書からは３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応が起こり，次いで，ループにＴＰがハイブリダイズし，鎖置換相補鎖合成反応が起きることを読み取ることができず（【０１０６】【０１０７】【０１８３】等），副反応により高分子量産物の複雑な多様性を形成し得，有害であることが記載されている（【０１５９】）とする。しかしながら，先願明細書の【０１８３】の「アンプリコン」は，実施例１の前段の反応で得られたＰＣＲ産物を意味しており（【０１８０】），【０１８３】の記載は，当該ＰＣＲ産物（ダンベル型中間体。ダンベル型中間体であるアンプリコンは，サイズが小さい１７０ｂｐのものである。）を鋳型核酸としてＴＰを用いて等温増幅を行った結果であって，その実証データは，電気泳動の結果，分子量の異なる複数のバンドの存在を示している（先願明細書の図１７Ａ及びＢ）。そして，先願明細書の【０１８３】には，これらの複数のバンドの存在から導き出される時間経過に伴う分子量サイズの段階的増大の理由が，「おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」旨の記載があり，ここで，アンプリコンの「二次構造」は，ステムループを意味し，かつ，「プライマー」とは，ポリメラーゼが合成を開始する「テンプレート」にアニールして，その３′末端から伸長反応を起こすものを意味するから，当該記載のうち，「アンプリコンをプライマー…として機能させる二次構造」とは，増幅産物（アンプリコン）の３′末端側のループの３′末端からの自己をテンプレートとして伸長反応を意味することが明らかである。
さらに，上記記載のうち，「アンプリコンを…テンプレートとして機能させる二次構造」とは，増幅産物（アンプリコン）の３′末端側のループにプライマーがアニールして伸長反応が起きることを意味するか，又は３′末端からの自己伸長反応そのものを意味する。
以上のとおり，先願明細書の【０１８３】には，本件発明１における①ループの３′末端からの自己伸長反応及び②ループにアニールしたプライマーからの伸長反応の２つの反応が起きていることが記載されている。
次に，先願明細書の【０１０６】及び【０１０７】は，引用例２を引用して「呼吸」という現象を説明しており，そこでは，先願明細書の図２の②から③へと変化する現象，すなわち３′末端にステムループが形成される現象が起これば，その３′末端のステムループ構造から自己伸長反応が起きることは，著名な教科書である引用例２のFigure１９－６にも記載されているとおり，当業者には自明である。さらに，３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応については，先願明細書の図９④⑤や図２④等に記載がある。
また，先願明細書の【０１５９】には，電気泳動の複数のバンド形成が副反応であるという記載はなく，また，先願明細書の実施例１及び２にも，電気泳動の複数のバンドで確認できる増幅反応が副反応であるという記載はないから，両者は，無関係である。そして，先願明細書には，電気泳動の複数のバンドの形成自体が有害である旨の記載はない。
(5)前記(1)④についてみると，被告は，他の訴訟事件における準備書面及び技術説明資料（甲１０～１９）において，いずれも先願明細書に本件発明と同一の発明が記載されていることを自認している。したがって，被告は，信義則に基づき，先願明細書に記載の発明と本件発明の同一性を本件審判及び本件訴訟においては争えないというべきである。
(6)   むしろ   ，本件   明細書   には，「   ヘアピ   ンルー   プを形   成させ   て自身   を鋳型（template）とする相補鎖合成反応の報告は多い」（【００２１】），「３′末端に同一鎖上の塩基配列に相補的な配列を持たせ，末端でヘアピンループを形成させる方法が公知である（Gene71,29-40,1988）。このようなヘアピンループからは，自身を鋳型とした相補鎖合成が行われ，相補的な塩基配列で構成された１本鎖の核酸を生成する。たとえばPCT/FR95/00891では，相補的な塩基配列を連結した末端部分で同一鎖上にアニールする構造を実現している。」（【００１０】）との記載があり，ここで引用されている文献（甲３等）の発行は，先願明細書の優先権主張日よりもはるかに前である。したがって，本件明細書の記載から，ループ３′末端からの自己伸長反応は，周知技術であった。


なお，本件明細書の図２及び３並びに先願明細書の図３には，いずれもダンベル型中間体が記載されており，本件明細書で１本鎖として記載されている部分が先願明細書において２本鎖として記載されているのは，表現上の相違にすぎず，実質的な相違ではない。そして，これらのダンベル型中間体は，いずれもＴＰ伸長鎖によって形成されているから，その機能も同じであることは，明らかである。そして，ダンベル型中間体が同じであるのであれば，ダンベル型中間体及び一対のＴＰ（フォワード及びリバースにＴＰを用いること）を用いた増幅反応も同じであると考えるのが科学的に正しい認定であるというべきである。
(7)本件審決は，相違点４として，先願明細書に記載の発明の鋳型核酸において領域Ｆ２ｃの３′末端側に領域Ｆ３ｃが含まれておらず，また，ＯＰとして，本件発明８のⅲ）及びⅳ）のオリゴヌクレオチド（ＯＰ）を含むことが記載されていない点を認定した。
しかしながら，本件発明の特許請求の範囲の記載において，ＯＰは，領域Ｆ２ｃ又はＲ２ｃの３′末端側にアニールするオリゴヌクレオチドであること以外には，一切の規定がないところ，先願明細書の図１３及び１４に記載のプライマーは，いずれもこれらの要件を満たしている。
また，本件審決は，先願明細書に記載の発明が動的平衡を利用して二次構造を形成し，これにより新たなプライマー結合部位を再生して，テンプレートからの伸長生成物の置換及び分離を行って直線的増幅をしており，ＯＰが使用されていないから，ＯＰを用いることが先願明細書に記載の発明の課題に反するとする。しかしながら，先願明細書に記載の発明は，ＯＰを用いた非直線的増幅（指数関数的増幅）をも課題としていることが明らかである（【００２５】）。なお，被告が先願明細書に本件発明と同一の発明が記載されていることを自認していることは，前記(5)に記載のとおりである。
また，被告は，先願明細書にはＯＰの記載がない旨を主張するが，等温増幅を実現させるためには，等温条件下でテンプレートからプライマー伸長鎖をはがして１本鎖にし，次のプライマーのためのテンプレートにする必要があるところ，そのための技術としてＤＮＡポリメラーゼ及びＯＰを用いた技術は，従前から知られていた（甲５）。そして，先願明細書には，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法に関する記載があり（【０００６】【０１３９】），図１ないし３では，ＴＰがテンプレートにハイブリダイズして伸長した後，ターンバックしてステムループを形成することで，上記の１本鎖を形成し（すなわち，ＴＰがＯＰを同じ役割を果たしている。），図１３では，２つのプライマーを結合させて一方のプライマーをＯＰとして機能させている。このように，先願明細書には，ＯＰについての記載があるといえる。(8)以上のとおり，本件発明（特に，本件発明１）は，先願明細書の実施例において起きている反応の一部である，ダンベル型中間体及び一対のＴＰからの核酸増幅反応を取り出して反応機構を説明したものにすぎず，新たな用途を提供するものでもない。このように，本件発明と先願明細書に記載の発明との間に相違点３及び４は存在せず，本件審決は，先願明細書に記載の発明の認定を誤っているから，取り消されるべきである。
〔被告の主張〕
(1)先願明細書に記載の発明の技術的思想は，ＴＰである「第１のセグメントＢ′及び第２のセグメントＣを含む第１の初期プライマー（核酸構築物）」，ＴＰである「第１のセグメントＦ及び第２のセグメントＥ′を含む続く初期プライマー（核酸構築物）」，基質，緩衝液及びテンプレート依存性重合化酵素を提供する工程と，該特定の核酸配列及び該新規プライマー（核酸構築物）をインキュベートし，該特定の核酸配列を非線形に増幅する工程と，を包含する増幅方法であって（先願明細書の図１～３），各末端において，各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３④のダンベル型中間体）を得ることを目的とするものである（【０１３０】）。(2)原告は，先願明細書の実施例１の図１７Ａ（３０分インキュベーション）及びＢ（１８０分インキュベーション）に現れているバンド移動度の違いから，インキュベーション時間が長いほど分子量の大きなバンドが出現しており，これが「自己伸長反応」が起こったことを示すものであるから，そこには本件発明１の工程ｂ）ないしｄ）が記載されている旨を主張する。
しかしながら，図１７Ａ及びＢは，電気泳動によって分子量の低い産物のバンドがより下方に移動する一方，より分子量の高い産物のバンドがより上方に留まることを示しているといえるが，両者は，異なる組成のアガロースゲルを使用しており（先願明細書【０１８２】），Ｂで用いられたゲル濃度の高いものは，よりサイズの小さいＤＮＡ長の分離に適しているから（甲３５），Ｂの移動度の方が小さいのは当然であって，Ａとの違いから「自己伸長反応」の発生を読み取ることはできない。次に，上記のような移動度の小さいアガロースゲルは，低分子量の増幅産物のバンドをより判別しやすくする目的で使用されるのであるから，先願明細書の実施例１は，分子量の大きな増幅産物を全く想定しておらず，現に，先願明細書は，図１７について，増幅産物の増量について記載するのみで（【０１８３】），その分子量の大小については何ら言及していない。
また，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，標的が存在しないコントロールにおいても増幅産物が生じており（【０１８３】），実施例１において複数のバンドが生じる原因は，分子量が異なる産物が複数存在するというだけではなく，産物が二次構造を形成しているかどうかもその原因となるのであるから（甲２４），図１７Ａ及びＢは，「自己伸長反応」を示すものとはいえない。
さらに，図１７Ａ及びＢは，いずれも不鮮明であり，いずれのバンドが先願明細書に記載の発明の最終産物であるダンベル型中間体に対応するものであるかも記載されていない（Ｂでは，バンド同士の密着により，どのようなバンドが生じているかは，判別不能である。）から，これらの図から段階的な分子量の増大やダンベル中間体の整数倍の伸長反応を読み取ろうとする見解（甲３７，３８）は，本件発明１に基づく後知恵にすぎない。


以上のとおり，先願明細書には，本件発明１の工程ｂ）ないしｄ）を備えていることが明記されておらず，また，「自己伸長反応」の記載がないから本件発明１の「１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸」との構成を開示するものではない。
(3)原告は，先願明細書の実施例２の反応条件から，実施例１と同様の反応が生じているから本件発明１の反応を読み取ることができる旨を主張する。しかしながら，先願明細書の実施例２には，実施例１の記載以上の記載が存在しないから，「自己伸長反応」を含む増幅反応に係る発明が記載されていると解する余地はない。むしろ，実施例１の実験は，そのタイトルが「ＰＣＲ産物の等温増幅」であることから明らかなとおり，ＰＣＲで得られたダンベル型産物を等温でコピーすることを目的としていることが明らかである。
(4)先願明細書【０１８３】の「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載は，先願明細書の作成者が複数のバンドができた原因を抽象的に複数推測しているにすぎないことが明らかであり，先願明細書【０１８０】に記載のとおり，単に二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成されることを原因として移動度が変化し，複数のバンドが形成された可能性を示唆しているにすぎない（現に，ダンベル型中間体は，分子間でアニールして二次構造を形成することもある。）から，原告の主張に係るようなループ部の自己伸長を意味するものとはいえず，特許法２９条の２が求める同一の発明を記載したものとは到底いえない。また，原告は，先願明細書【０１５９】の「副反応」による高分子量産物が有害であるとの本件審決の認定を争っているが，前記(1)に記載のとおり，先願明細書に記載の発明は，ダンベル型中間体を得ることを目的とするものであるからそれ以外の産物を生じる反応は，「副産物」に該当するのであって，現に，複数のバンドがどのような産物に相当するのかの分析はされていない（【０１８３】）。さらに，原告は，引用例２を参照すれば先願明細書【０１０６】【０１０７】の「呼吸」から「自己伸長反応」を読み取れる旨を主張するが，引用例２は，アデノ随伴ウイルスの生体内での予想されるモデルに関するものであり，特許法２９条の２の適用に当たって参酌し得るような周知技術ではない。そして，先願明細書の図９④⑤は，原告が主張の根拠とする実施例１等の反応とは，プライマーの構造自体及び反応機構が異なる別反応であるから，ここに「自己伸長反応」が記載されているということはできない。
(5)別件の訴訟事件は，本件特許とは無関係な別件特許の進歩性が争われたものであって，先願明細書に対する特許法２９条の２の適用とは無関係であるし，被告の主張に矛盾抵触はない。
(6)原告は，被告が本件明細書の記載により「自己伸長反応」が周知であることを自認しており，引用例３にも同旨の記載がある旨を主張する。しかしながら，原告が援用する本件明細書の記載部分は，ループの３′末端からの自己伸長に関するものではなく，むしろ，他の部分ではヘアピンループを相補鎖合成に利用している点において新規である点を明記している。また，引用例３の図５ｉの記載も，ループからの自己伸長反応に関するものではない。そして，他に自己伸長反応が周知であるとする証拠はない。
(7)なお，先願明細書の出願人は，出願経過において「自己伸長反応」に関する記載を付加したところ，これが当初明細書に記載されていない新規事項であると指摘されたために，当該出願を取り下げている。このように，先願明細書に「自己伸長反応」が記載されていないことは，明らかである。(8)本件発明８は，プライマーであるオリゴヌクレオチドⅰ）及びⅲ）並びにＯＰであるオリゴヌクレオチドⅱ）及びⅳ）との４種のプライマーを含む核酸合成用キットに関する発明である。
他方，先願明細書の図１３及び１４に記載されているプライマーは，３′末端を２つ有する特殊なプライマーであって，プライマーの中央において５′末端が連結されており，それを中心に３′末端である矢印が２本出ている構造を有するものであって，図１３及び１４は，このような特殊な構造を有するプライマーに由来する伸長生成物が鋳型核酸から分離されて，順次その特殊な構造により伸長していく一連の反応を示すものであり，ＯＰを含む特定の核酸を合成するキットを開示するものではないし，原告がＯＰとして主張する部分がＯＰとしての機能を果たすものでもない。
しかも，先願明細書の増幅方法では，動的平衡によりループを形成してプライマー結合部位を再生し，新たな初期プライマーをアニールさせ，その伸長により先の伸長プライマーを分離することを特徴とするものであり，プライマー伸長生成物の鋳型からの分離（直線的増幅）が繰り返されるのである。そのため，仮に，初期プライマーの鋳型からの分離方法としてＯＰを使用すると，鋳型とＯＰ伸長生成物との２本鎖構造が形成され，上記プライマー結合部位を再生するという機構が生じなくなるのであるから，先願明細書の増幅方法は，ＯＰを使用する分離方法とは相容れない特徴を持つものである。
(9)以上のとおり，先願明細書には，本件発明１ないし１０が記載されていないというべく，これと同旨の本件審決の認定は，正当である。
第４当裁判所の判断
１本件発明について
(1)本件明細書の記載について
本件発明は，前記第２の２に記載のとおりであるところ，本件明細書には，おおむね次の記載がある。
ア本件発明は，核酸の増幅方法として有用な，特定の塩基配列で構成される核酸を合成する方法に関する（【０００１】）。


キ本件発明において，３′末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを，５′末端側から領域Ｒ３－Ｒ２を備える鋳型となる核酸の領域Ｆ２ｃに対して，３′末端側から領域Ｆ２－Ｆ１ｃを備えるＦＡオリゴヌクレオチドをアニールして，鋳型となる核酸の５′末端側に向かう相補鎖合成の起点とし，次に，鋳型となる核酸の領域Ｆ３ｃに対して，３′末端側に領域Ｆ３を備えるオリゴヌクレオチドをアニールして，ＦＡオリゴヌクレオチドにより形成された相補鎖を置換し，ＦＡオリゴヌクレオチドを１本鎖（Ａ）とした上で，更に当該ＦＡオリゴヌクレオチドの３′末端側の領域Ｒ１ｃに対応する領域Ｒ１から相補鎖合成を行うと，合成された核酸は，３′末端側から領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを持つことになる
この核酸をさらにアウタープライマーによりＲ２を起点とする相補鎖合成によって置換して１本鎖とし，３′末端が塩基対結合が可能な状態となると，３′末端側の領域Ｆ１は，同一鎖上のＦ１ｃにアニールし，自己を鋳型とした伸長反応が進む（Ｂ）
そして，上記３′末端側に位置する領域Ｆ２ｃを塩基対結合を伴わないループとして残す
このループには上記ＦＡオリゴヌクレオチドの領域Ｆ２がアニールし，これを合成起点とする相補鎖合成が行われる（Ｂ）
このとき，先に合成された自身を鋳型とする相補鎖合成反応の生成物が，鎖置換反応によって置換され塩基対結合が可能な状態となる（【００３６】図５）
上記ＦＡオリゴヌクレオチドを１種類及びこれをプライマーとして合成された相補鎖を鋳型として核酸合成を行うことが可能な任意のリバースプライマーを用いた基本的な構成によって，複数の核酸合成生成物を得ることができる
すなわち，上記ＦＡオリゴヌクレオチドにより置換された鋳型となる核酸の３′末端にある領域Ｒ１ｃに対して，３′末端側に領域Ｒ１を備えるＲＡオリゴヌクレオチドをアニールさせ，ＦＡオリゴヌクレオチドを置換することで，合成の目的となっている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸（Ｄ）が生じる
他方，上記置換によって１本鎖となったＦＡオリゴヌクレオチドにより形成された相補鎖にＲＡオリゴヌクレオチドがアニールし，相補鎖合成が行われることによって２本鎖となった生成物（Ｅ）は，加熱変性などの処理によって１本鎖とすれば，再び（Ｄ）を生成するための鋳型となる
また，（Ｄ）は，加熱変性などによって１本鎖にされた場合，もとの２本鎖とはならずに高い確率で同一鎖内部でのアニールが起こり，上記（Ｂ）の状態に戻るので，更にそれぞれが１分子ずつの（Ｄ）及び（Ｅ）を与える
これらの工程を繰り返すことによって，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を次々に合成していくことが可能である
１サイクルで生成される鋳型と生成物が指数的に増えていくので，たいへん効率的な反応となる（【００３７】図６）
ところで上記（Ａ）の状態を実現するためには，はじめに合成された相補鎖を少なくともリバースプライマーがアニールする部分において塩基対結合が可能な状態にしなければならない
このステップは，任意の方法によって達成できる
すなわち，最初の鋳型に対してＦＡオリゴヌクレオチドがアニールする領域Ｆ２ｃよりも更に鋳型上で３′末端側の領域Ｆ３ｃにアニールするアウタープライマー（Ｆ３）を別に用意し，これを合成起点として鎖置換型の相補鎖合成を触媒するポリメラーゼによって相補鎖合成を行えば，上記領域Ｆ２ｃを合成起点として合成された相補鎖は，置換され，やがて領域Ｒ２がアニールすべき領域Ｒ２ｃを塩基対結合が可能な状態とする
鎖置換反応を利用することによって，ここまでの反応を等温条件下で進行させることができる（【００３８】図５）
クアウタープライマーを利用する場合には，領域Ｆ２ｃからの合成よりも後にアウタープライマー（Ｆ３）からの合成が開始される必要があるが，アウタープライマーの融解温度（Ｔｍ）をインナープライマーの領域Ｆ１又はＲ１のＴｍより低くなるように設定することによって合成のタイミングをコントロールすることもできる
すなわち，（アウタープライマーＦ３：Ｆ３ｃ）≦（Ｆ２ｃ／Ｆ２）≦Ｆ１ｃ／Ｆ１）又は（アウタープライマー／鋳型における３′末端側の領域）≦（Ｆ２ｃ又はＲ２ｃ：Ｆ２又はＲ２）≦（Ｆ１ｃ又はＲ１ｃ：Ｆ１又はＲ１）である
なお，ここで（Ｆ２ｃ／Ｆ２）≦（Ｆ１ｃ／Ｆ１）としたのは，Ｆ２がループ部分にアニールするよりも先にＦ１ｃ／Ｆ１間のアニールを行わせるためである
Ｆ１ｃ／Ｆ１間のアニールは，分子内の反応なので優先的に進む可能性が高い
しかし，より望ましい反応条件を与えるためにＴｍを考慮することには意義がある
同様の条件は，リバースプライマーの設計においても考慮すべきであることは，いうまでもない
このような関係とすることにより，確率的に理想的な反応条件を達成することができる
Ｔｍは，他の条件が一定であればアニールする相補鎖の長さと塩基対結合を構成する塩基の組合せによって理論的に算出することができるから，当業者は，本件明細書の開示に基づいて望ましい条件を容易に導くことができる（【００３９】）
領域Ｆ２ｃを持つ鋳型核酸がＲＮＡの場合には，異なる方法により前記（Ａ）の状態を実現することもできる
例えば，このＲＮＡ鎖を分解してしまえば，Ｒ１は，塩基対結合が可能な状態となる
すなわち，領域Ｆ２をＲＮＡの領域Ｆ２ｃにアニールさせ，逆転写酵素によってＤＮＡとして相補鎖合成を行う
次いで，鋳型となったＲＮＡをアルカリ変性やＤＮＡ／ＲＮＡ２本鎖のＲＮＡに作用するリボヌクレアーゼによる酵素処理によって分解すれば，領域Ｆ２から合成したＤＮＡは，１本鎖となる


ＤＮＡ／ＲＮＡ２本鎖のＲＮＡを選択的に分解する酵素には，ＲＮａｓｅＨや，一部の逆転写酵素が備えているリボヌクレアーゼ活性を利用することができる
こうして塩基対結合を可能とした領域Ｒ１ｃにリバースプライマーをアニールさせることができるから，領域Ｒ１ｃを塩基結合可能な状態とするためのアウタープライマーが不要となる（【００４１】）
あるいは，逆転写酵素が備えている鎖置換活性を利用して，先に述べたアウタープライマーによる鎖置換を行うこともできるが，この場合は，逆転写酵素のみで反応系を構成することができる
すなわち，ＲＮＡを鋳型として，その領域Ｆ２ｃにアニールする領域Ｆ２からの相補鎖合成，更にその３′末端側に位置する領域Ｆ３ｃにアニールするアウタープライマーＦ３を合成起点とする相補鎖合成と置換とが，逆転写酵素で可能となる
逆転写酵素がＤＮＡを鋳型とする相補鎖合成反応を行うものであれば，置換された相補鎖を鋳型としてその領域Ｒ１ｃにアニールする領域Ｒ１を合成起点とする相補鎖合成，そして３′末端側に位置する領域Ｒ３ｃにアニールする領域Ｒ３を合成起点とする相補鎖合成と置換反応をも含めて全ての相補鎖合成反応が逆転写酵素によって進行する
あるいは，先に述べた鎖置換活性を持ったＤＮＡポリメラーゼと組み合わせて用いてもよい
以上のように，ＲＮＡを鋳型として第１の１本鎖核酸を得るという態様は，本件発明における望ましい態様を構成する
逆に，鎖置換活性を有し，逆転写酵素活性を併せ持つＢｃａＤＮＡポリメラーゼのようなＤＮＡポリメラーゼを利用しても，同様にＲＮＡからの第１の１本鎖核酸の合成のみならず，以降のＤＮＡを鋳型とする反応も同一の酵素によって行うことができる（【００４２】）
以上のような反応系は，リバースプライマーとして特定の構造を持つものを利用することによって，本件発明に固有の様々なバリエーションをもたらす
すなわち，領域Ｆ２をプライマーとして合成される相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃ及びＲ１ｃを備えるオリゴヌクレオチドをリバースプライマーとして利用することにより，ループの形成とこのループ部分からの相補鎖合成及び置換という一連の反応が，フォワード側とリバース側の両方で起きるようになる結果，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法の合成効率が飛躍的に向上するとともに，一連の反応を等温で実施可能とする（【００４３】）
ケ本件発明において，１本鎖核酸の３′末端側には，同一鎖上の領域Ｆ１ｃに相補的な領域Ｆ１が存在するので，当該領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃとは，速やかにアニールして相補鎖合成が始まるが，その際，領域Ｆ２ｃが塩基対結合が可能な状態で維持されたループを形成する
そして，上記領域Ｆ２ｃに相補的な塩基配列を持つ本件発明のオリゴヌクレオチドＦＡは，上記ループ部分にアニールして，相補鎖合成の起点となり，先に開始した領域Ｆ１からの相補鎖合成の反応生成物を置換しながら進む結果，自身を鋳型として合成された相補鎖は，再び３′末端において塩基対結合が可能な状態となる
この３′末端は，同一鎖上の領域Ｒ１ｃにアニールし得る領域Ｒ１を備えており，やはり同一分子内の速やかな反応により，両者は，優先的にアニールする
このようにして，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸は，次々と相補鎖合成と置換とを継続し，その３′末端Ｒ１を起点とする伸長を続けることになるが，当該３′末端Ｒ１の同一鎖へのアニールによって形成されるループには常に領域Ｒ２ｃが含まれることから，以降の反応で３′末端のループ部分にアニールするのは，常に領域Ｒ２を備えたオリゴヌクレオチドＲＡとなる（【００４８】）
一方，自分自身を鋳型として伸長を継続する１本鎖の核酸に対して，そのループ部分（領域Ｆ２ｃ）にアニールするオリゴヌクレオチドを合成起点として相補鎖合成される核酸（ＦＡ）に着目すると，ここでも，本件発明による１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成が進行している
そして，この核酸の合成によって置換された核酸が（領域Ｒ２ｃを含むループを経て）相補鎖合成を開始すると，やがてその反応は，かつて合成起点であったループ部分（領域Ｆ２ｃ）に達して再び置換が始まる
こうして，ループ部分（領域Ｆ２ｃ）から合成を開始した核酸も，置換され，その結果，同一鎖上にアニールすることができる３′末端Ｒ１を得て，当該３′末端Ｒ１は，同一鎖の領域Ｒ１ｃにアニールして，次の相補鎖合成を開始する（【００４９】）
このように，本件発明においては，１つの核酸の伸長に伴って，これとは別に伸長を開始する新たな核酸を供給し続ける反応が進行し，更に，鎖の伸長に伴い，末端のみならず，同一鎖上に複数のループ形成配列がもたらされる
これらのループ形成配列は，鎖置換反応により塩基対形成可能な状態となると，オリゴヌクレオチドがアニールし，新たな核酸の生成反応の起点となる
末端のみならず，鎖の途中からの合成反応も組み合わされることにより，更に効率のよい増幅反応が達成されるのである
以上のようにリバースプライマーとして本件発明に基づくオリゴヌクレオチドＲＡを組み合わせることによって，伸長とそれに伴う新たな核酸の生成が起きる
さらに，本件発明においては，この新たに生成した核酸自身が伸長し，それに付随する更に新たな核酸の生成をもたらすが，一連の反応は，理論的には永久に継続し，極めて効率的な核酸の増幅を達成することができるし，本件発明の反応は，等温条件のもとで行うことができる（【００５０】）


イ核酸の塩基配列の相補性に基づく分析方法は，遺伝的な特徴を直接に分析することが可能なため，遺伝的疾患等には非常に有力な手段であるが（【０００２】），試料中に存在する目的の遺伝子量が少ない場合の検出は，一般に容易ではなく，標的遺伝子そのもの等を増幅することが必要となる。ＰＣＲ法は，invitroにおける核酸の増幅技術として，現在最も一般的な方法であるが，実施のために特別な温度調節装置が必要であるし（【０００３】），１塩基多型（ＳＮＰｓ）の解析では，誤って混入した核酸を鋳型として相補鎖合成が行われた場合，誤った結果を与える原因となるので，ＰＣＲ法をＳＮＰｓの検出に利用するには，特異性の改善が必要とされている（【０００４】）。ＬＣＲ法も，合成した相補鎖と鋳型との分離に温度制御が必要であり（【０００５】），ＳＤＡ法は，温度制御を省略できるが（【０００６】），鎖置換型のＤＮＡポリメラーゼに加えて，ニックをもたらす制限酵素を組み合わせる必要があり，コストアップの要因となっているほか，一方の鎖には酵素消化に耐性を持つように基質としてｄＮＴＰ誘導体を利用しなければならないので，増幅産物の応用が制限される（【０００７】）。さらに，ＮＡＳＢＡ法は，複雑な温度制御を不要とするが，複数の酵素の組合せが必須であり，コストの面で不利であるし，複数の酵素反応を行わせるための条件設定が複雑なので，一般的な分析方法として普及させることは，難しい。このように，公知の核酸増幅反応においては，複雑な温度制御の問題点や複数の酵素が必要となることといった課題が残されている（【０００８】）。
ウ本件発明の課題は，新規な原理に基づき，低コストで効率的に配列に依存した核酸の合成を実現することができる方法，すなわち，単一の酵素を用い，しかも，等温反応条件の下でも核酸の合成と増幅を達成することができる方法の提供である。さらに，本件発明は，公知の核酸合成反応原理では達成することが困難な高い特異性を実現することができる核酸の合成方法及びこの合成方法を応用した核酸の増幅方法の提供を課題とする（【００１３】）。
エ本件発明の発明者らは，鎖置換型の相補鎖合成を触媒するポリメラーゼの利用が，複雑な温度制御に依存しない核酸合成に有用であることに着目し（【００１４】），従来技術とは異なる角度から合成起点となる３′－ＯＨの供給について検討した結果，特殊な構造を持ったオリゴヌクレオチドを利用することによって，付加的な酵素反応に頼らずとも３′－ＯＨの供給が可能となることを見出し，本件発明を完成した（【００１５】）。
オ本件発明が合成の目的としている１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸とは，１本鎖上に互いに相補的な塩基配列を隣り合わせに連結した核酸を意味する。さらに，本件発明は，相補的な塩基配列の間にループを形成するための塩基配列を含まなければならないが，これをループ形成配列と呼ぶ。本件発明によって合成される核酸は，実質的に，上記ループ形成配列によって連結された互いに相補的な塩基配列で構成される（【００１６】）。すなわち，本件発明における１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結した核酸とは，同一鎖上でアニールすることが可能な相補的な塩基配列を含み，そのアニール生成物は，折れ曲がったヒンジ部分に塩基対結合を伴わないループを構成する１本鎖核酸と定義することもできる（【００１７】）。
カ本件発明の特徴となっている，３′末端に同一鎖上の一部領域Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を備え，この領域Ｆ１が同一鎖上の領域Ｆ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸は，様々な方法によって得ることができる。最も望ましい態様においては，少なくとも，特定の塩基配列を持つ核酸の領域Ｘ２ｃに相補的な塩基配列を持つ領域Ｘ２及び当該領域Ｘ２ｃの５′末端側に位置する領域Ｘ１ｃと実質的に同じ塩基配列を持つ領域Ｘ１ｃとで構成され，領域Ｘ２の５′末端側に領域Ｘ１ｃが連結されたオリゴヌクレオチドを利用した，相補鎖合成反応に基づいてその構造を与えることができる（【００２３】）。
本件発明に基づくオリゴヌクレオチドとしては，３′末端側から領域Ｆ２－Ｆ１ｃを備えるＦＡと，同じく領域Ｒ２－Ｒ１ｃを備えるＲＡとがあるが（【００４４】【００４５】），まず，鋳型となる核酸（３′末端側からＦ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ－鋳型領域－Ｒ１－Ｒ２－Ｒ３）の領域Ｆ２ｃに対してＦＡの領域Ｆ２をアニールさせ，これを合成起点として相補鎖合成を行う。次に，３′末端側から領域Ｆ３を有するアウタープライマーを鋳型となる核酸の領域Ｆ３ｃにアニールさせ，鎖置換型の相補鎖合成をＤＮＡポリメラーゼで行うことにより，ＦＡから合成した相補鎖は，置換され，塩基対結合が可能な状態となる（【００４６】図１）。そして，リバースプライマーとしてのＲＡの領域Ｒ２が，塩基対結合が可能となったＦＡの領域Ｒ２ｃにアニールして相補鎖合成が，ＦＡの５′側末端である領域Ｆ１ｃに至る部分まで行われる。この相補鎖合成反応に続いて，やはり置換型のアウタープライマーＲ３がアニールし，鎖置換を伴って相補鎖合成を行うことにより，ＲＡを合成起点として合成された相補鎖が置換される。このとき置換される相補鎖は，ＲＡを５′末端側に持ち，ＦＡに相補的な配列が３′末端に位置する（【００４７】図２）。なお，鋳型とすべき核酸が２本鎖である場合には，少なくともオリゴヌクレオチドがアニールする領域を塩基対結合が可能な状態とする必要があり，そのためには，一般に加熱変性が行われるが，これは，反応開始前の前処理として一度だけ行えばよい（【００５４】）。


コ本件発明の方法により蓄積する反応生成物は，領域Ｆ１－Ｒ１間の塩基配列とその相補配列が交互に連結された構造を持つ。ただし，繰り返し単位となっている配列の両端には，領域Ｆ２－Ｆ１（領域Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃ）又は領域Ｒ２－Ｒ１（領域Ｒ２ｃ－Ｒ１ｃ）の塩基配列で構成される領域が連続している。これは，本件発明に基づく増幅反応が，オリゴヌクレオチドを合成起点として領域Ｆ２又はＲ２から開始し，続いて自身の３′末端を合成起点とする領域Ｆ１又はＲ１からの相補鎖合成反応によって伸長するという原理のもとに進行しているためである（【００５１】）。
サ一連の反応は，鋳型となる１本鎖の核酸に対して，４種類のヌクレオチド（ＦＡ，ＲＡ，アウタープライマーＦ３及びアウタープライマーＲ３），鎖置換型の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ及びＤＮＡポリメラーゼの基質となるヌクレオチドを加え，ＦＡ及びＲＡを構成する塩基配列が相補的な塩基配列に対して安定な塩基対結合を形成することができ，かつ，酵素活性を維持し得る温度でインキュベートするだけで進行する（【００５３】）。したがって，ＰＣＲ法のような温度サイクルは必要ない（【００５４】）。
シ本件発明による核酸の合成方法を支えているのは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるが，そのようなものとして知られているポリメラーゼ（１１種類の既存のポリメラーゼを列挙。【００６７】）のうち，ＢｓｔＤＮＡポリメラーゼ等は，ある程度の耐熱性を持ち，触媒活性も高いことから特に望ましい酵素である。本件発明の反応は，望ましい態様においては等温で実施することができるが，融解温度の調整などのために必ずしも酵素の安定性に相応しい温度条件を利用できるとは限らないから，酵素が耐熱性であることは，望ましい条件の一つである。また，等温反応が可能とはいえ，最初の鋳型となる核酸の提供のためにも加熱変性は行われる可能性があり，その点においても耐熱性酵素の利用は，アッセイプロトコールの選択の幅を広げる（【００６８】）。ス本件発明による核酸の合成方法又は増幅方法に必要な各種の試薬類は，あらかじめパッケージングしてキットとして供給することができる。具体的には，本件発明のために，相補鎖合成のプライマーとして，あるいは置換用のアウタープライマーとして必要な各種のオリゴヌクレオチド，相補鎖合成の基質となるｄＮＴＰ，鎖置換型の相補鎖合成を行うＤＮＡポリメラーゼ，酵素反応に好適な条件を与える緩衝液，更に必要に応じて合成反応生成物の検出のために必要な試薬類で構成されるキットが提供される。特に，本件発明の望ましい態様においては，反応途中で試薬の添加が不要なことから，１回の反応に必要な試薬を反応容器に分注した状態で供給することにより，サンプルの添加のみで反応を開始できる状態とすることができる。発光シグナルや蛍光シグナルを利用して反応生成物の検出を反応容器のままで行えるようなシステムとすれば，反応後の容器の開封を全面的に廃止することができる（【００７１】）。
セ本件発明の特徴は，ごく単純な試薬構成で容易に達成できることにある。例えば，本件発明によるオリゴヌクレオチドは，特殊な構造を持つとはいえ，それは，塩基配列の選択の問題であって，物質としては単なるオリゴヌクレオチドである。また，望ましい態様においては，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼのみで反応を進めることができるなど，全ての酵素反応を単一の酵素によって行うことができる。したがって，本件発明による核酸合成方法は，コストの点においても有利である。このように，本件発明の合成方法及びそのためのオリゴヌクレオチドは，操作性（温度制御不要），合成効率の向上，経済性そして高い特異性という，複数の困難な課題を同時に解決する新たな原理を提供する（【０１１２】）。
(2)本件発明の課題，課題解決手段及び作用効果について以上の本件明細書の記載によれば，本件発明は，核酸の合成に当たり，従来技術では，複雑な温度調節又は複数の酵素の組合せが必要であったという課題を解決するため，本件発明の構成，特に，３′末端側から領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを備える鋳型となる核酸を基にして，３′末端（第１の３′末端）に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃの塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有する核酸を提供し，当該第１の３′末端がこれを鋳型として相補鎖合成を行う一方で，当該合成起点となったループ内の塩基配列部分（Ｆ２ｃ）に別の３′末端（第２の３′末端）を含むオリゴヌクレオチドの相補的な塩基配列部分（Ｆ２）をアニールさせることで，これを第２の合成起点として相補鎖合成を行い，その際，鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼによる相補鎖合成により，第１の３′末端から合成され相補鎖を１本鎖に置換し，さらに，当該置換により１本鎖となった第１の３′末端側の任意の領域に対して相補的な塩基配列を３′末端側に備えるオリゴヌクレオチドをアニールさせることで，これを第３の合成起点として相補鎖合成を行い，その際，第３の３′末端が第２の３′末端を含むオリゴヌクレオチドと鋳型核酸との相補鎖を置換することで，１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸を，等温条件かつ単一の酵素を利用するだけで合成させることを可能とし，これによって操作性，合成効率の向上，経済性及び高い特異性を実現するという作用効果を有するものであるほか，上記３′末端（第１の３′末端）に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃの塩基配列で構成される領域（ループ形成配列）を有する核酸を合成するキットについてのものであるといえる。
２取消事由１（実施可能要件及びサポート要件に係る判断の誤り）について
(1)実施可能要件について


ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条４項が適用されるところ，同項には，「発明の詳細な説明は，…その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に，記載しなければならない。」と規定している。特許制度は，発明を公開する代償として，一定期間発明者に当該発明の実施につき独占的な権利を付与するものであるから，明細書には，当該発明の技術的内容を一般に開示する内容を記載しなければならない。法３６条４項が上記のとおり規定する趣旨は，明細書の発明の詳細な説明に，当業者が容易にその実施をすることができる程度に発明の構成等が記載されていない場合には，発明が公開されていないことに帰し，発明者に対して特許法の規定する独占的権利を付与する前提を欠くことになるからであると解される。
そして，物の発明における発明の実施とは，その物を生産，使用等をする行為をいうから（特許法２条３項１号），物の発明については，明細書にその物を製造する方法についての具体的な記載が必要であり，方法の発明における発明の実施とは，その方法の使用をする行為をいうから（同法２条３項２号），方法の発明については，明細書にその発明の使用を可能とする具体的な記載が必要であるが，そのような記載がなくても明細書及び図面の記載並びに出願当時の技術常識に基づき当業者がその物を製造し又はその方法を使用することができるのであれば，上記の実施可能要件を満たすということができる。
イ本件発明１ないし６についてみると，本件明細書には，前記１(1)カ及びキに記載のとおり，本件発明１の工程ａ）の鋳型を提供する方法について，後記のとおり本件発明３の方法を含めて，具体例を挙げつつ，様々な方法が可能である旨の記載があり，かつ，そこに記載の具体例は，いずれも一般的な技術に基づくものであるから，本件出願日当時の技術常識に照らして，当業者が使用可能であると認められる。
次に，本件発明１の工程ｂ），工程ｄ）のうち相補鎖合成を行うこと及び本件発明３の工程ⅱ）それ自体は，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖合成を行うということであって，本件出願日当時の当該分野における技術常識にほかならない（引用例２参照）。
本件発明１の工程ｃ）のうち，既存の核酸のループ形成配列（領域Ｆ２ｃ）と相補的な塩基配列（領域Ｆ２）を有するオリゴヌクレオチドをループ部分にアニールさせることそれ自体は，ループ部分に塩基対結合を生じていない塩基配列が存在すれば発生し得ることであるし，当該工程ｄ）のうちポリヌクレオチドをアニールさせること並びに本件発明３の工程ⅰ），ⅲ）及びⅳ）のうちオリゴヌクレオチドをアニールさせることそれ自体も，アニールさせる部分がループ部分でないだけであるから，これらもまた，本件出願日当時の当業者の技術常識であったものと認められる。また，上記工程ｃ）及びｄ）並びにⅲ）及びⅳ）のうち，特定のＤＮＡポリメラーゼが触媒となって，他の核酸にアニールしたオリゴヌクレオチドの３′末端（プライマー）が塩基対結合の置換による相補鎖合成反応を示すことは，本件明細書でも多数の既存のＤＮＡポリメラーゼが鎖置換型ポリメラーゼとして紹介されていること（前記１(1)イ及びシ）から，やはり本件出願日当時の当業者の技術常識であったものと認められる。
以上に加えて，本件発明２及び４ないし６は，いずれも，本件発明１又は３に他の構成が追加されたものであるが，これらの追加された各構成は，前記１(1)に記載の本件明細書の記載によれば，いずれも既存ないし既知の技術に立脚するものと認められ，当該各構成を使用することが本件発明２及び４ないし６の場合において不可能であると認めるに足りる証拠もないから，いずれも，本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用可能であるものといえる。ウ本件発明８ないし１０は，本件発明３及び４の方法を実施するためのキットであるが，前記イに説示のとおり，本件発明３及び４が実施可能であることに加えて，本件明細書の記載（前記１(1)ス。【００７１】）によれば，当該キットを構成する部材等は，いずれも本件出願日当時の技術常識により製造ないし調達が可能なものであると認められるから，当業者は，本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして本件発明８ないし１０のキットを製造することができたものと認められる。
エよって，本件発明１等は，いずれも本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能なものであるといえる。
(2)サポート要件について
ア本件特許は，平成１１年１１月８日出願に係るものであるから，法３６条６項１号が適用されるところ，同号には，特許請求の範囲の記載は，「特許を受けようとする発明が発明の詳細な説明に記載したものであること」でなければならない旨が規定されている（サポート要件）。
特許制度は，発明を公開させることを前提に，当該発明に特許を付与して，一定期間その発明を業として独占的，排他的に実施することを保障し，もって，発明を奨励し，産業の発達に寄与することを趣旨とするものである。そして，ある発明について特許を受けようとする者が願書に添付すべき明細書は，本来，当該発明の技術内容を一般に開示するとともに，特許権として成立した後にその効力の及ぶ範囲（特許発明の技術的範囲）を明らかにするという役割を有するものであるから，特許請求の範囲に発明として記載して特許を受けるためには，明細書の発明の詳細な説明に，当該発明の課題が解決できることを当業者において認識できるように記載しなければならないというべきである。法３６条６項１号の規定する明細書のサポート要件が，特許請求の範囲の記載を上記規定のように限定したのは，発明の詳細な説明に記載していない発明を特許請求の範囲に記載すると，公開されていない発明について独占的，排他的な権利が発生することになり，一般公衆からその自由利用の利益を奪い，ひいては産業の発達を阻害するおそれを生じ，上記の特許制度の趣旨に反することになるからである。
そして，特許請求の範囲の記載が，明細書のサポート要件に適合するか否かは，特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し，特許請求の範囲に記載された発明が，発明の詳細な説明に記載された発明で，発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否か，あるいは，その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲内のものであるか否かを検討して判断すべきものである。


イこれを本件発明についてみると，本件明細書は，前記１(1)カ及びキに記載のとおり，本件発明１の工程ａ）の鋳型核酸の製造方法（本件発明３による製造方法を含む。）について記載した上で，本件発明１及び２については，前記１(1)キ，ケ及びコに，本件発明３ないし６については，前記１(1)キ及びクにその作用機序及び技術的思想に関する詳細な説明を記載しており，本件発明８ないし１０については，以上に加えて前記１(1)スに，それぞれその構成及びその技術的意義に関する詳細な説明を記載しており，これらの記載は，いずれも当業者が本件発明の課題を解決できると認識できるものであると認められる。
(3)原告の主張について
ア原告は，本件明細書には本件発明１の工程ａ）の鋳型核酸の製造方法として２つのＯＰを用いた方法以外には記載がないから，当業者がこれを実施できず，また，本件発明１等のＬＡＭＰ法では２つのＯＰ及びＴＰが必須である旨を主張する。しかしながら，本件明細書には，原告も自認するとおり，上記工程ａ）の鋳型核酸の製造方法が記載されている（前記１(1)カ及びキ）から，この点を問題として実施可能要件又はサポート要件違反を指摘する主張は，そもそも失当である。また，本件発明がそれ自体実施可能であり，本件明細書に記載のものであることは，前記(1)及び(2)に説示のとおりであるところ，本件発明１の特許請求の範囲には，原告主張に係る２つのＯＰ又はＴＰについての記載はないものの，上記工程ａ）の一つの方法である本件発明３の特許請求の範囲には，２つのＯＰについての記載があるばかりか，当該工程ａ）は，本件明細書の記載（前記１(1)カ）によれば，それ以外の方法でもそれ自体実施可能であるとされているから，本件発明がＬＡＭＰ法であるか否かや，ＬＡＭＰ法において２つのＯＰ及びＴＰが必要であるか否かは，実施可能要件及びサポート要件とは関係がないものというほかなく，これらの要件に関する前記判断を左右するものではない。
よって，原告の上記主張は，採用できない。
イ原告は，本件発明１における工程ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，一対のＴＰを用いない限り加熱変性が必要であることから，本件発明１等が実施可能要件又はサポート要件に違反する旨を主張するもののようである。しかしながら，本件明細書は，前記(1)カ及びシに記載のとおり，本件発明１における工程ａ）の鋳型核酸を作るに当たり，加熱変性を用いることについて記載しているものの，当該鋳型核酸の製造方法は，これに限られるものではなく（本件発明３参照），加熱変性を用いる当該鋳型核酸の製造それ自体は，本件発明の特許請求の範囲には属していない。したがって，本件発明１等の方法以前の段階で加熱変性が実施される場合があり得るからといって，本件発明１等が実施不可能となり，あるいは本件明細書に記載されたものでなくなるというものではない。したがって，原告の上記主張は，採用できない。
ウ原告は，本件発明１の反応が起きていることを示す実証データが必須であるのに，本件明細書には当該実証データが記載されていない旨を主張する。しかしながら，前記(1)に説示のとおり，本件発明１は，本件明細書の記載及び本件出願日当時の技術常識に照らして当業者が使用又は製造可能なものであるから，当業者は，本件発明１で生じている反応を理解することが可能であり，かつ，本件明細書には，本件発明１で特定される領域を含むプライマーとＤＮＡポリメラーゼを使用した相補鎖合成反応について実施例として記載されている（【００７８】以下）。
したがって，原告の上記主張は，失当であり，採用できない。
(4)小括
よって，本件発明１等は，いずれも実施可能要件及びサポート要件を満たすものというべきである。
３取消事由２（引用発明１に基づく容易想到性に係る判断の誤り）について
(1)引用例１の記載について
本件審決が認定した引用発明１は，前記第２の３(2)アに記載のとおりであるところ，引用例１は，「THEJOURNALOF   BIOLOGICALCHEMISTRYVol.266,   No.21,pp.14031-14038」に掲載された「Ｔ４バクテリオファージ由来ｕｖｓＸリコンビナーゼによるスナップバックＤＮＡ合成における増幅反応」と題する学術論文であり，そこには，おおむね次の記載がある。
ア観察に基づき，スナップバックＤＮＡ合成における増幅に関して，次のモデルを提案する。
(ア)工程１：Ｔ４ホロ酵素が，スナップバック機構により，直鎖ｓｓＤＮＡ鋳型を複製する。この反応の生成物は，長い２本鎖のヘアピンであり，それは，出発物質である直鎖ｓｓＤＮＡに対して相同である。
(イ)工程２：ｕｖｓＸタンパク質が，直鎖ｓｓＤＮＡ分子と工程１における２本鎖ヘアピン化合物との間の結合を触媒する。ｕｖｓＸタンパク質によって触媒されるＤＮＡ分岐点移動の，５′から３′への方向性（ｓｓＤＮＡへの侵入に関する）により，当該３′末端は，Ｄ－ループ構造に組み込まれ，そこで，ＤＮＡ複製を開始できる状態を保つ（脚注６：ヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっている。）。
(ウ)工程３及び４：このように開始されるＤＮＡ合成により，Ｄ－ループ中間体を，ダイマー長の直鎖２本鎖に分解し，当該直鎖２本鎖は，複製開始ＤＮＡ合成における鋳型としてもよい。


(エ)工程５及び６：ｕｖｓＸタンパク質が直鎖ｓｓＤＮＡ分子（出発物質）と２本鎖の二量体中間体の相同性タンパク質との間のシナプシスを触媒し，ＤＮＡ合成を開始する。「（ＤＮＡ）バブル移動」機構によるこの鋳型の複製によって，内部相補的であり，急速に復元するダイマー長の直鎖ｓｓＤＮＡ分子が生じる。(オ)工程７：この生成物の復元によって，工程１と同一のヘアピン構造が形成される。そして，これらの生成物は，新たなＤＮＡ合成に用いてもよく，それによって，これらの生成物は，増幅される。
イ前記アの方法は，Ｔ４ｕｖｓＸタンパク質の複製開始活性に基づく，当該タンパク質によるスナップバックＤＮＡ合成の増幅モデルであり，ｕｖｓＸタンパク質が触媒する，直線ｓｓＤＮＡプライマー／テンプレート（鋳型）と，スナップバック複製のｄｓＤＮＡ産物との再結合が，スナップバック産物と同じ配列を持つ２倍の長さの２重鎖を産生するＤＮＡ合成を開始する。このテンプレート（鋳型）における再結合で開始されたＤＮＡ合成は，スナップバック産物の産生を増幅させる。ウこのスナップバックのＤＮＡ合成反応は，比較的シンプルな，試験管内システムにおいて，高い精度のＤＮＡポリメラーゼを用いて実施されるＤＮＡの等温増幅プロセスの一例である。
エｕｖｓＸタンパク質の非存在下でも，３種のテンプレート（鋳型）の全てにおいて，ごくわずかながらＤＮＡ合成が起こった。
(2)引用例１に記載の発明及び本件発明１との相違点の各認定についてア前記(1)の引用例１の記載によれば，そこには，「Ｔ４ホロ酵素がスナップバック機構により中央にヘアピン構造を有する長い２本鎖ＤＮＡを合成し，これに当該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入し，当該直鎖ｓｓＤＮＡがプライマーとして機能して鎖置換型の相補鎖合成を行うことによる，ｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存する，Ｔ４ホロ酵素を用いたスナップバックＤＮＡ増幅機構」が記載されており，引用例１に記載の発明は，本件発明１とは，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成する方法である点で一致するものと認められる。
なお，本件審決による引用発明１の認定は，引用例１に記載の発明の構成の一部を課題として認定し，あるいは引用例１に記載の図８をそのまま引用するものであって，引用例１に記載の発明の構成を必ずしも具体的に示しておらず，本件発明との対比をすべき発明を認定するものとしては，措辞が不適切であるが，そのことは，直ちに本件審決を取り消すべき違法を生ずるものではない。イこの点に関して，原告は，引用例１におけるヘアピン構造が本件発明１のループ部分に相当し，同じく直鎖ｓｓＤＮＡがプライマー（オリゴヌクレオチド）に相当するから，本件審決による引用発明の認定には誤りがある旨を主張する。しかしながら，本件発明１の工程ａ）で提供される鋳型となる核酸のループ部分（ループ形成配列）は，前記１(2)に説示のとおり，３′末端に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃの塩基配列で構成されるものであり，かつ，当該領域は，本件発明１における工程ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発明のヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものであるばかりか，前記(1)ア(イ)に記載のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造領域におけるループ部分の２重鎖は，直鎖状ｓｓＤＮＡと非相同的であり，このため，３′末端の対合が困難になっているとされていることからも明らかなように，本件発明１のループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分を欠くものである。
したがって，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，本件発明１のループ部分に相当するということはできず，むしろ，本件発明１のループ部分には領域Ｆ２ｃが存在すること，すなわち，本件発明１が「同一鎖上の一部Ｆ１ｃにアニールすることができる領域Ｆ１を３′末端に備え，この領域Ｆ１がＦ１ｃにアニールすることによって，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループを形成することができる核酸を与える工程（工程ａ））」との構成を有する一方，引用例１に記載の発明にはこれが存在しないことは，両者の実質的な相違点であるというべきである（以下「相違点Ａ」という。）。
また，本件発明１においてアニールされるオリゴヌクレオチドは，前記１(2)に説示のとおり，３′末端側のループ内の領域Ｆ２ｃ部分に相補的な塩基配列部分（領域Ｆ２）を含むもので，当該領域Ｆ２部分が当該領域Ｆ２ｃ部分にアニールするというものであり，かつ，当該オリゴヌクレオチドの構成及びそれに基づくアニールの方法は，いずれも工程ｃ）以下を実現させる上で不可欠の構成である一方，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，アニールされる直鎖ｓｓＤＮＡの構成及びアニール（侵入）の方法が，いずれも本件発明１とは相違するというほかない。


したがって，引用例１に記載の発明における直鎖ｓｓＤＮＡは，本件発明１のオリゴヌクレオチドに相当するということはできず，むしろ，本件発明１が上記のようなオリゴヌクレオチド，すなわち，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチドをアニールさせ（工程ｃ））」るとの構成を有する一方，引用例１に記載の発明が「当該２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの作用によって侵入」するとの構成を有することは，両者の実質的な相違点であるというべきである（以下「相違点Ｂ」という。）。(3)引用例１に記載の発明に基づく本件発明１の容易想到性についてア引用例１に記載の発明と本件発明１とでは，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成する方法である点で一致し，技術分野が同一であるといえる。他方，本件発明１と引用例１に記載の発明との間には，少なくとも前記(2)イに認定の相違点Ａ及びＢが存在する。
イそこで，相違点Ａについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，Ｔ４ホロ酵素のスナップバック機構により生ずるものであって，本件発明のループ形成配列における領域Ｆ２ｃに相当する部分を欠くものであるから，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成するに当たって，本件発明１の相違点Ａに係る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。ウ次に，相違点Ｂについてみると，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては，本件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールと全く異なる原理に基づくものであるから，引用例１には，鋳型となる核酸から新たな核酸を合成するに当たって，引用例１に記載の発明の相違点Ｂに係る構成に代えて，本件発明１の相違点Ａに係る構成を前提とした本件発明１の相違点Ｂに係る構成を採用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，技術分野を同じくする他の文献にも，この点に関する示唆ないし動機付けは見当たらない。
(4)原告の主張について
ア原告は，平衡反応（呼吸）により２本鎖が１本鎖になり得ることが周知であり（引用例２），そのようにして形成されたループにプライマーがアニールし得ることも周知であるから，引用例１に記載の発明においても，ｕｖｓＸタンパク質を用いなくてもＤＮＡの増幅が可能であり，引用例１には，その旨の記載もある（前記(1)エ）と主張する。
そこで検討すると，引用例２は，「DNAREPLICATIONSECOND   EDITION（ＤＮＡ複製第２版）」という学術書であって，そこには，２本鎖の核酸の末端部分における現象であって，末端領域の塩基配列と，これに相補的な塩基配列の領域が内側に存在するという特殊な塩基配列を有する場合の現象として，平衡反応（呼吸）についての記載がある。しかしながら，引用例１にいうＤ－ループは，２本鎖を形成した核酸の中央部分に位置するものであり，かつ，上記平衡反応（呼吸）が生じている場合にみられるような特殊な塩基配列を有しているか否かは明らかではないばかりか，引用例１に記載の発明におけるヘアピン構造は，前記(3)イに説示のとおり，構成として自己完結しているものであって，引用例１には，ＤＮＡの増幅に当たって，引用例１に記載の発明に対して引用例２に記載の上記現象を適用させるに足りる示唆ないし動機付けが見当たらない。また，引用例１には，前記(1)エに記載のとおり，ｕｖｓＸタンパク質の非存在下でもごく僅かながらＤＮＡ合成が起こった旨の記載があるものの，当該ＤＮＡ合成の発生がごく僅かであることに加えて，引用例１には，当該ＤＮＡ合成が発生した理由ないし作用機序については何ら触れるところがないから，単にごく僅かのＤＮＡが発生したという現象を確認できるにとどまり，これをもって，引用例２に記載の技術を適用させるに足りる示唆ないし動機付けがあると認めるには足りない。むしろ，引用例１は，もっぱらｕｖｓＸタンパク質の使用を前提としたＤＮＡ増幅反応について論じた学術論文であるから，当業者は，引用例１の上記記載に基づいて，ｕｖｓＸタンパク質を使用せずに引用例１に記載の発明を実施することを動機付けられるものではない。したがって，原告の上記主張は，いずれも採用できない。イまた，原告は，本件発明１のポイントが，①ループの３′末端からの自己伸長反応と，②引用例１に記載のループにアニールしたプライマーの伸長反応の２つの構成要件の組合せであるが，①及び②が，いずれも周知技術であって，引用例１には，②が等温増幅反応のモデルになるという教示がある（前記(1)ウ）から，両者を組み合わせることが容易である旨を主張する。
しかしながら，前記(2)イに説示のとおり，引用例１に記載の発明は，既存の２本鎖ＤＮＡに相同な直鎖ｓｓＤＮＡがｕｖｓＸリコンビナーゼの組換え反応に依存して侵入するというものであって，相補鎖の置換を開始するための方法としては本件発明１における塩基対結合の相補性を利用したアニールとは全く異なる原理に基づくものであるから，上記②にいうループにアニールしたプライマー（オリゴヌクレオチド）の伸長反応が記載されているとはいえない。したがって，原告の上記主張は，前提を欠くものであって，採用できない。ウ原告は，本件発明が１サイクルごとに加熱変性を用いなければ増幅が進行しない部分を含んでいることを前提として，引用発明４及び５を組み合わせることに阻害要因がなく，また，ＰＣＲ法より劣った合成方法であるとして，本件発明が進歩性を欠く旨を主張する。
しかしながら，前記２(3)イに説示のとおり，加熱変性を用いる鋳型核酸の製造それ自体は，本件発明の特許請求の範囲には属していないから，原告の上記主張は，前提を欠くものである。
したがって，原告の上記主張は，採用できない。
(5)小括
よって，本件優先権主張日当時の当業者は，引用例１に記載の発明に基づき，本件発明１の相違点Ａ及びＢに係る構成を容易に想到することができなかったものというほかない。


また，本件発明２は，本件発明１を引用する発明であり，本件発明３ないし７は，本件発明１の相違点Ａに係る構成を特定したものであるところ，本件発明１の相違点Ａに係る構成は，上記のとおり，引用例１に基づいて当業者が容易に想到することができなかったものであるから，本件発明２ないし７も，同じく容易に想到することができなかったものというべきである。
本件発明８は，本件発明１の鋳型となる核酸の提供方法として特定された本件発明３に使用するキットであり，また，本件発明１の１本鎖上に相補的な塩基配列が交互に連結された核酸の合成方法で使用するものであるが，引用例１に基づいて本件発明１及び３をいずれも当業者が容易に想到することができなかった以上，本件発明８も，同じく容易に想到することができなかったものである。また，本件発明９及び１０は，本件発明８を引用する発明であるところ，引用例１に基づいて本件発明８を当業者が容易に想到することができなかった以上，同じく容易に想到することができなかったものというべきである。
４取消事由３（拡大先願に係る認定・判断の誤り）について
(1)先願明細書の記載について
先願明細書（甲８の１）は，「核酸を増幅するため，核酸配列のための終結後標識プロセス，および減少した熱力学安定性を有する核酸を生成するための新規の方法」という名称の発明について記載された明細書及び図面であるが，そこには，別紙図１ないし３のほか，おおむね次の記載がある。なお，後記カ(ア)の下線は，当裁判所が便宜上付したものである。
ア「特定の核酸配列を非直線的に増幅するためのプロセスであって，以下の工
程：
該特定の核酸配列，
該特定の核酸配列についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物であって，該第１の初期プライマーまたは核酸構築物が，以下の２つのセグメント：（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり，そして（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ⅲ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマー伸長が生成されて第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイクリング条件下で，続く第２のプライマーまたは核酸構築物の第１のセグメントの，該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む；な
らびに，
該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物であって，該続く初期プライマーまたは該核酸構築物が，以下の２つのセグメント，（Ａ）第１のセグメントであって，（ⅰ）該特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，そして（ⅱ）テンプレート依存性の第１の伸長をし得る，セグ
メント，および，
（Ｂ）第２のセグメントであって，（ⅰ）該第１のセグメントに実質的に非同一であり，（ⅱ）該特定の核酸配列の第２の部分に実質的に同一であり，（ⅲ）該第２のセグメントの相補的配列に結合し得，そして（ⅳ）第２のプライマー伸長が生成され，そして第１のプライマー伸長を置換するように，均衡または限定サイクリング条件下で，続くプライマーの第１のセグメントの，該特定の核酸配列の該第１の部分への結合を提供し得る，セグメント，を含む：ならびに基質，緩衝液，およびテンプレート依存性重合化酵素；を提供する工程：ならびに，均衡または限定サイクリング条件下で，該基質，緩衝液，またはテンプレート依存性重合化酵素の存在下で，該特定の核酸配列および該新規プライマーまたは核酸構築物をインキュベートし；それにより，該特定の核酸配列を非線形に増幅する，工程，を包含する，プロセス。」（【請求項１２】）
イ本発明は，組換え核酸技術の分野に関し，より詳細には，核酸増幅，核酸配列決定のための終結後標識及び減少した熱力学安定性を有する核酸の生成のためのプロセスに関する（【０００１】）。
本発明では，「均衡条件」とは，実質的に定常な温度及び／又は化学条件をいい（【００８１】），「限定サイクル条件」とは，使用される最高温度が，そのテンプレートから伸長プライマーを分離するのに必要な温度以下である一連の温度をいい（【００８２】），「初期プライマー」とは，伸長されていないプライマー又はプライマー構築物をいい（【００８６】），「標準的なプライマー」とは，伸長後に合成される配列での二次構造形成に実質的に関与しないプライマーをいう（【００８７】）。ウ本発明は，特定の核酸配列を非直線的に増幅するプロセスを提供する。このプロセスにおいては，増幅されることが求められている目的の特定の核酸配列，第１初期プライマー（以下「第１プライマー」という。），後続の初期プライマー（以下「第２プライマー」という。），基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化酵素が提供される。第１プライマー及び第２プライマーは，いずれも，（ⅰ）特定の核酸配列の第１の部分に実質的に相補的であり，（ⅱ）テンプレート依存性第１伸長が可能であると特徴付けられる第１セグメントのほか，（ⅰ）第１セグメントと実質的に同一でない，（ⅱ）特定の核酸配列の第２部分と実質的に同一である，（ⅲ）第２セグメントの相補配列に結合し得る，（ⅳ）均衡又は限定サイクル条件下で，第１プライマー又は第２プライマーの第１セグメントの，特定の核酸配列の第１部分への続く結合を提供し得る，という４つの特徴を備える第２セグメントを含む。このような条件下及び方法において，先に伸長したプライマーを置換するために，次のプライマー伸長を生成する。このプロセスを行うために，特定の核酸配列及び新規のプライマーが，基質，緩衝液及びテンプレート依存性ポリマー化酵素の存在下で，均衡又は限定サイクル条件下で，インキュベートされることにより，目的の特定の核酸配列が非直線的に増幅される（【００７４】【０１１２】【０１１３】）。


エ本発明の特定の局面において，新規のプライマーは，少なくとも，テンプレートに結合し得，そして伸長のためにそれを使用し得る第１セグメント，及び目的の標的の配列に実質的に同一であり，第１セグメントの伸長配列との自己ハイブリダイゼーションによって形成される二次構造の形成を可能にする第２セグメントの，２つのセグメントを含む（【００９４】）。本発明における新規のプライマーのテンプレート依存性伸長は，自己ハイブリダイゼーションによって形成されるステムループ構造及び新規のプライマーを含む配列に同一又は相補的でない伸長配列を有する産物を作製し得る（【０１０３】）。この産物は，図１に例示され，そこにおける二次構造の形成は，テンプレートからの，伸長した新規のプライマーの第１セグメントの全て又は一部の除去を提供し得る（【０１０４】）。オ前記のとおり，新規のプライマーの結合及び伸長は，均衡又は限定サイクル条件下で，複数のプライマー結合及び伸長事象についてのテンプレートの使用を可能にし得る。新規の結合及び伸長事象は，以前にそのテンプレートに対して伸長している核酸鎖の分離を可能にするため，変性事象に必要ではない第２プライマーの結合についてのテンプレートとして使用され得る１本鎖核酸鎖の生成を生じる。テンプレート依存性結合及び伸長の最終産物は，一方のプライマーが標準的なプライマーであり，他方が新規のプライマーである場合，一方の末端が各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子であり得，両方のプライマーが新規のプライマーである場合，各末端において各鎖のステムループ構造を含む２本鎖分子（図３④）であり得る（【０１３０】）。非直線的増幅産物は，均衡又は限定サイクル条件下で，連続した一連の以下の工程によって，新規のプライマー及び標準的なプライマーによって合成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから第１伸長プライマーが分離する。新規のプライマーは，他方の新規のプライマーの連続する結合及び伸長によって置換されるので，これらの１本鎖産物は，標準的なプライマーに結合し得，そしてそれらを伸長させて，完全な２本鎖アンプリコンを作製し得る。この潜在的な一連の事象を，図２に示す。次いで，１本鎖ループ構造におけるプライマー結合部位の露出は，図１において以前に示した同じプロセスによって，更なる一連のプライマー結合及び置換反応をもたらす（【０１３１】）。非直線的増幅産物は，また，均衡又は限定サイクル条件下で，２つの第１セグメント及び１つの第２セグメントを含む新規の核酸構築物によって合成され得る。第１セグメントの各々には，核酸の鎖又はその相補体に相補的であり，第２セグメントは，第１セグメントの１つの伸長後に，二次構造を形成し得る。この構築物は，一対の相補的な潜在的ステムループ構造を有する産物を作製し得る。この産物は，連続する一連の以下の工程によって形成され得る。まず，図１の直線的増幅があり，テンプレートから第１伸長プライマーが分離する。さらに，この合成の産物は，一連の結合及び伸長工程のためのテンプレートとして，新規のプライマーでの非直線的増幅について上（図２）に記載されているような他方の第１セグメントによって使用され得る。これらの工程が作製し得る潜在的な一連の異なる形態の一つが，図３である（【０１３３】）。
カ実施例１：５３℃及び６３℃でのＢｓｔポリメラーゼによるＰＣＲ産物の等
温増幅
(ア)ＨＢＶプラスミドＤＮＡのＰＣＲ増幅
ＨＢＶマイクロタイタープレートアッセイからのＨＢＶポジティブコントロールを，ＰＣＲによる増幅のための標的として使用した。製造業者によると，このＤＮＡは，８０ｐｇ／ｕｌである。１ｕｌのＨＢＶ標的，１×ＰＥ緩衝液，４ｍＭのＭｇＣｌ２，２５０ｕｍのｄＮＴＰ，６単位のアンプリサーム及び１０ピコモルのＨＢＶオリゴプライマーＦＣ及びＲＣからなる５０ｕｌのＰＣＲ反応を実施した。ＦＣ配列＝５′－ＣＡＴＡＧＣＡＧＣＡＧＧＡＴＧＡＡＧＡＧ    ＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴ    ＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′ＲＣ配列＝５′－ＴＣＣＴＣＴＡＡＴＴＣＣＡＧＧＡＴＣＡＡ    ＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡ    ＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１７８】）この実施例において，ＦＣプライマーの３′末端における２９塩基及びＲＣプライマーの３′末端における３０塩基は，テンプレートとしてＨＢＶ標的ＤＮＡを使用して伸長し得る第１セグメントである。ＦＣ及びＲＣプライマーの５′末端における３０塩基は，テンプレートしてＨＢＶＤＮＡを使用して，プライマーの伸長によって合成された最初の３０塩基に相補的な第２のセグメントである。ＨＢＶ配列に基づいて予想されたＰＣＲ産物は，長さが２１１ｂｐであるべきである。ステムループ構造は，それぞれ，第２のセグメント及びその相補体により与えられる３０塩基のステム並びにＦＣ及びＲＣの第１のセグメントにより与えられる２９及び３０塩基対のループを伴って，この生成物のそれぞれの末端において起こり得る（【０１７９】）。
(イ)ＰＣＲ産物の分析


増幅は，０．５ｕｇ／ｍｌの臭化エチジウムの存在下で，０．５×ＴＢＥ緩衝液を用いて流した４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースゲル中の１０ｕｌのサンプルのゲル電気泳動によってアッセイした。ＵＶ照射下で，３つのバンドが出現し，それらは，ＤＮＡサイズマーカーによる判定で，長さがおよそ２１０，１８０及び１７０ｂｐであった。２１０ｂｐに対応するバンドは，予想された線状ＰＣＲ産物であり，そしておそらく他の２つのバンドは，同じサイズのアンプリコンに対応しており，ここで，二次構造が一方又は両方のいずれかの末端上で形成され，それによってそれらの効果的な移動度が変化している（【０１８０】）。
(ウ)ＰＣＲ産物の等温増幅
前記のＰＣＲ産物の種々の希釈物５ｕｌは，１×ＴｈｅｒｍｏＰｏｌ緩衝液，２００ｕＭのｄＮＴＰ，２０ピコモルの正方向及び逆方向プライマー，８単位のＢｓｔポリメラーゼからなる１００ｕｌの反応混合物中で使用された。正方向プライマーは，ＦＣ又はＬＦＣのどちらかであり，逆方向プライマーは，ＲＣ又はＬＲＣのどちらかであった。ＦＣ及びＲＣプライマーの配列は，前記のとおりであり，ＬＦＣ及びＬＲＣプライマーは，ＦＣ及びＲＣプライマーだけの第１のセグメントに対応する次のような配列を有している。
ＬＦＣ＝５′－ＧＧＡＴＧＴＧＴＣＴＧＣＧＧＣＧＴＴＴ－３′ＬＲＣ＝５′－ＡＧＧＴＴＴＴＧＣＡＴＧＧＴＣＣＣＧＴＡ－３′（【０１８１】）
(エ)インキュベーションは，３０分，１８０分又は終夜のインキュベーションであった。反応温度は，５３℃又は６３℃のどちらかであった。３０分反応したものは，２％アガロースゲルを用いてゲル電気泳動で分析し，１８０分反応したものは，４％Ｍｅｔａｐｈｏｒアガロースを用いて分析した（【０１８２】）。(オ)「この分析結果を図１７に示す。３０分インキュベーションの後に取り出したサンプルの最初の組の中で，ＰＣＲ産物の１０－２希釈物だけが５３℃でいくらかの合成を示すが，６３℃からの反応物は，１０－２，１０－３および１０－４希釈物で合成を示している。これらのデータは，合成量は加えた標的ＤＮＡの量に依存するということを示している。１８０分の合成の後に取り出されたサンプルの組では，実質的により多くの合成が行われている。これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。これは，通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得るか，またはストランドスイッチングの徴候であり得る。５３℃で３時間インキュベーションした後，標的が少しもないようなコントロールでさえ，実質的な合成の証拠を示している。しかし，標的テンプレートを有するすべての５３℃の反応物にみられる，単一の標的依存性パターンが存在し，そして標的なしのコントロールに存在するパターンは実質的に異なることが留意され得る。これはおそらく標的が合成を開始した経路が異なっていることに起因する。６３℃でインキュベーションしたものは，全てのテンプレート希釈物で実質的な合成を示し，そして同じパターンが５３℃の反応によって生成されることを証明する。しかし，本実施例においては，６３℃では，標的非依存性増幅の証拠はない。１０－５の希釈でさえ実質的な量の合成があるということは，この系が実質的な増幅をし得ることを示している。終夜のインキュベーションもまたゲルによって分析され，そして３時間インキュベーションと同じパターンおよび同じ量を示した（データ表示なし）。」
（【０１８３】）
キ図１は，新規のプライマーによる直線的増幅を示す模式図である。図２は，新規のプライマー及び標準的なプライマーによる非直線的増幅を示す模式図である。図３は，一対の新規のプライマーによる非直線的増幅を例示する模式図である。図１７は，ＰＣＲによって作製される標的の等温増幅のゲルアッセイを示す電気泳動写真である。
(2)「二次構造」の意義について
先願明細書にいう「二次構造」とは，前記(1)エ及び図１の記載によれば，ステムループ構造と同義であり，図１③ないし⑤，図２①及び③ないし⑤並びに図３①，③及び④において，領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′，領域Ｃ－Ｂ－Ｃ′，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′及び領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′により形成されるループ部分を意味するものと認められる。(3)本件発明３ないし１０と先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１な
いし３に記載の発明との同一性について
ア先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３に記載の発明（先願発明１）について
(ア)前記(1)ア，ウ及びオに記載のとおり，先願明細書には，「該特定の核酸配列についての第１の初期プライマーまたは核酸構築物」（第１プライマー）及び「該特定の核酸配列の相補体に対する続く初期プライマーまたは核酸構築物」（第２プライマー）を使用した特定の核酸配列を非直線的に増幅する方法が記載されている。


先願明細書及び図面の記載によれば，第１プライマーは，第１のセグメントとして鋳型核酸のある領域に相補的な配列を当該プライマーの３′末端に有し，第２のセグメントとして鋳型核酸中の当該領域よりも５′末端側にある領域と実質的に同一であり，かつ，第１のセグメントの配列とは実質的に非同一である配列を有するものと認められ，第２プライマーは，第１のセグメントとして特定の核酸配列の相補体，すなわち，第１プライマーによる伸長物のある領域に相補的な配列を３′末端に有し，第２のセグメントとして当該第１プライマーによる伸長物中の当該領域よりも５′末端側にある領域と実質的に同一であり，かつ，第１のセグメントの配列とは実質的に非同一である配列を有するものと認められる。そして，上記増幅方法は，前記(1)ア及びオ（【請求項１２】【０１３３】）に記載のとおり，第１プライマーを用いた直線的な増幅工程（図１）に，第２プライマーを加えた非直線的な増幅工程（図３）を組み合わせたものである。
(イ)そして，本件優先権主張日当時の当業者は，先願明細書の記載から，先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３に記載の前記増幅方法として，次の方法を読み取ることができたものと認められる。
まず，図１に記載の前記直線的な増幅工程は，①３′末端側から領域ＡないしＧを有する鋳型核酸と，３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと同一の塩基配列Ｃを有する第１プライマーを準備し，第１プライマーを鋳型核酸にアニールさせる（図１①），②第１プライマーにより鋳型核酸の塩基配列に対する相補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図１②），③第１プライマーの５′末端側にある領域Ｃ及びＣ′が自己ハイブリダイゼーションを生じ，二次構造（ステムループ構造）が形成されると同時に，鋳型核酸に１本鎖の部分が再生される（図１③），④第１プライマーを上記③の鋳型核酸に再生された１本鎖の部分にアニールさせる（図１④），⑤上記④の２番目の第１プライマーが，５′末端側に二次構造を有する１番目の第１プライマーを置換する，という工程からなる。次に，図２及び３に記載の前記非直線的な増幅工程は，⑥３′末端に第１セグメントとして，上記⑤で置換されて分離された５′末端側に二次構造を有する１番目の第１プライマーの伸長物の領域Ｆ′に相補的な塩基配列Ｆを有し，５′末端に第２のセグメントとして当該第１プライマーの伸長物の領域Ｅ′と同一の塩基配列Ｅ′を有する第２プライマーを準備し，これを当該第１プライマーにアニールさせる（図３①），⑦第２プライマーにより上記第１プライマーの塩基配列に対する相補鎖が合成され，２本鎖の核酸が得られる（図３②），⑧上記⑦で得られた２本鎖核酸中の自己ハイブリダイゼーション可能な領域で自己ハイブリダイゼーションが生じ，二次構造（ステムループ構造）が形成される（図３③），⑨上記⑧で形成された二次構造のループ部分のうち，領域Ｂを含むものに第１プライマーをアニールさせる（図２④参照），⑩上記⑨でアニールした第１プライマーからの相補鎖合成及び置換により，ダンベル型中間体（図３④）が得られるほか，上記⑥で用いられた５′末端側に二次構造を有する１番目の第１プライマーの伸長物が分離されて得られる，という工程からなる。
したがって，上記⑥ないし⑩の反応を繰り返すことで，ダンベル型中間体を非直線的に増幅することが可能となる。
(ウ)以上のとおり，当業者は，先願明細書の記載に基づき，前記増幅方法を，前記(イ)に説示したものとして理解することが可能であったものと認められるから，先願明細書【請求項１２】【０１３３】及び図１ないし３には，次の発明が記載されているものと認められる。
先願発明１：３′末端側から領域ＡないしＧを有する鋳型核酸，３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｂに相補的な塩基配列Ｂ′を有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｃと同一の塩基配列Ｃを有する第１プライマー及び３′末端に第１のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｆと同一の塩基配列Ｆを有し，５′末端に第２のセグメントとして鋳型核酸の領域Ｅに相補的な塩基配列Ｅ′を有する第２プライマー，テンプレート依存性ポリマー化酵素及び基質となるヌクレオチドを準備し，これらの要素を混合して，ダンベル型中間体を非直線的に増幅する方法であり，上記の各要素を含み以下の工程を含む方法において使用するキット。
工程１：上記鋳型核酸に第１プライマーをアニールさせ，第１プライマーを伸長させて鋳型核酸の塩基配列に対する相補鎖を合成し，当該相補鎖の５′末端においてステムループ構造を形成させ，鋳型核酸中の第１プライマーに１本鎖の結合部位
を再生する工程
工程２：上記工程１で再生された鋳型核酸中の第１プライマーの１本鎖の結合部位に２番目の第１プライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることにより，上記工程１で合成された５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖
分子を鋳型核酸から分離する工程
工程３：上記工程２で鋳型核酸から分離された５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖核酸に第２プライマーをアニールさせ，第２プライマーを伸長させて２本鎖核酸を合成し，得られた核酸にステムループ構造を形成させる工程工程４：上記工程３で形成されたループのうち，領域Ｂを有するループに第１プライマーをアニールさせ，当該プライマーを伸長させることにより，ダンベル型中間体及び５′末端においてステムループ構造を有する１本鎖の核酸を得る工程
イ本件発明８と先願発明１との対比について


(ア)本件発明８の鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ｆ３ｃ－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを備えるほか，領域Ｒ２及びＲ３を備えるのに対して，先願発明１の鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ａ－Ｂ－Ｃを備えるほか，領域Ｆ及びＧを備えるものである。そして，本件発明８の領域Ｆ３ｃは，先願発明１の領域Ａに，本件発明８の領域Ｆ２ｃは，先願発明１の領域Ｂに，本件発明８の領域Ｆ１ｃは，先願発明１の領域Ｃに，本件発明８の領域Ｒ２は，先願発明１の領域Ｆに，本件発明８の領域Ｒ３は，先願発明１の領域Ｇに，それぞれ相当するので，先願発明１の鋳型核酸は，本件発明８の鋳型核酸と一致する。
(イ)次に，本件発明８の酵素は，「鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼ」であるが，先願発明１におけるテンプレート依存性ポリマー化酵素は，その名称及び鎖置換型の相補鎖合成反応を進行させていることから，本件発明８の酵素と一致する。
(ウ)本件発明８のⅰ）のオリゴヌクレオチドは，その塩基配列における鋳型核酸との関係から，先願発明１の第１プライマーに相当する。また，本件発明８のⅱ）のオリゴヌクレオチドは，その領域Ｒ２の５′末端側が特定されていないので，ここに任意の領域が存在することも可能であるから，先願発明１の第２プライマーを包含する。
(エ)しかしながら，先願発明１では，核酸の増幅に当たって本件発明８のⅲ）の「Ｆ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」に相当するプライマー（ＯＰ）及びⅳ）の「ⅰ）のオリゴヌクレオチドを合成起点として合成された相補鎖における任意の領域Ｒ２ｃの３′側に位置する領域Ｒ３ｃに相補的な塩基配列を持つオリゴヌクレオチド」に相当するプライマー（ＯＰ）を使用していない。したがって，本件発明８は，先願明細書に記載された発明ではない。ウ本件発明９及び１０について
本件発明９及び１０は，本件発明８に更に他の構成を付加したものであるところ，本件発明８は，前記イに説示のとおり，先願明細書に記載された発明ではないから，本件発明９及び１０も，先願明細書に記載された発明とはいえない。
エ本件発明３ないし７について
本件発明３ないし７は，いずれも，鋳型核酸にプライマーを適用し，末端に塩基対結合が可能な領域を含むループを形成することができる核酸を与える工程を特許請求の範囲とするものである。
しかるところ，本件発明３及び８の各特許請求の範囲の記載並びに本件明細書の記載（前記１(1)キ及びサ）によれば，本件発明３のオリゴヌクレオチドＦ３は，本件発明８のⅲ）のオリゴヌクレオチドに，本件発明３のオリゴヌクレオチドＲ３は，本件発明８のⅳ）のオリゴヌクレオチドに，それぞれ相当するものと認められる。
他方で，前記イ(エ)に説示のとおり，先願発明１は，上記ⅲ）及びⅳ）の各オリゴヌクレオチドを使用していないから，本件発明３は，先願明細書に記載された発明とはいえない。
また，本件発明４ないし７は，いずれも本件発明３に更に他の構成を付加したものであるところ，本件発明３は，上記のとおり，先願明細書に記載された発明ではないから，本件発明４ないし７も，先願明細書に記載された発明とはいえない。
オ原告の主張について
(ア)原告は，先願明細書の図１３及び１４に記載のプライマーが本件発明８のⅲ）及びⅳ）の各オリゴヌクレオチド（ＯＰ）に該当する旨を主張する。そこで検討すると，先願明細書の図１３①には，３′末端側からから領域ｃ’ｄ’ｂａｃ’を有するプライマーと，３’末端側から領域ｇ’ｈ’ｆｅｇ’を有するプライマーとが，両者の５’末端同士で結合した２つの３’末端を有するプライマーが記載されており，図１３②には，このプライマーが，５’末端側から領域ａないしｈを有する鋳型核酸にアニールした図が記載されている。そして，図１３③では，相補鎖合成が進行した図が示され，図１３④では，伸長した鎖が鋳型から分離された図が示されている。しかしながら，分離された鎖を示す図１３④には，領域ｆ’ｅ’しか示されておらず，それに引き続くべき領域ｄ′以下が記載されていないことに照らすと，これらの図において，上記プライマーのうち領域ｇ’ｈ’からの伸長は，これらの領域が合成された後に鋳型の領域ｅに対する相補鎖（領域ｅ′）が合成された時点で停止しており，当該プライマーからの別の伸長鎖を鋳型から分離させているものとは認められない。したがって，図１３には，先の工程で合成された相補鎖を鋳型から分離するという機能を有するＯＰが記載されているものとは認められない。図１４についても，相補鎖合成が途中で停止しており，図１３の場合と同様に，ＯＰが記載されているということはできない。したがって，原告の上記主張を採用することはできない。(イ)原告は，先願明細書に記載の発明がＯＰを用いた非直線的増幅をも課題とするものである旨を主張する。
しかしながら，先願発明１の工程２において，第１プライマーに代えて領域Ａにアニールするプライマー（ＯＰ）を使用した場合，当該プライマーから伸びた鎖は，その５’末端にステムループを形成することができる領域を有していないためループを形成することができず，鋳型核酸において，プライマーが結合できる部位が再生されなくなる。したがって，先願発明１において上記プライマー（ＯＰ）を使用した場合には，第１プライマーを使用して５’末端においてステムループ構造を有する一本鎖分子を得る工程で直線的増幅ができなくなるのであり，これを前提とする非直線的増幅も実現できなくなる。
したがって，原告の上記主張は，その前提を欠くものとして採用できない。(ウ)原告は，先願明細書には，従来技術としてＯＰを用いたＳＤＡ法に関する記載が存在する旨を主張する。


しかしながら，先願明細書では，ＳＤＡ法は，特殊な制限酵素や改変ヌクレオチドを使用する従来例として記載されているのみであって（前記１(1)イ），ＯＰについての言及はない。また，前記(イ)に説示のとおり，先願発明１では，ＯＰを使用した場合に，第１プライマーを使用した直線的増幅ができなくなるので，たとえ，ＳＤＡ法がＯＰを使用するものであるとしても，先願発明１では，ＯＰを使用することが記載されているに等しいということはできない。したがって，原告の上記主張は，採用できない。
カ小括
以上のとおり，本件発明３ないし１０は，先願発明１とは同一ではないから，本件審決の拡大先願に関する認定・判断に誤りは認められない。(4)本件発明１及び２と先願明細書【０１８３】に記載の発明との同一性につ
いて
ア等温増幅に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーの構成について先願明細書【０１７９】（前記(1)カ(ア)）に記載のＦＣプライマー及びＲＣプライマーの塩基配列は，いずれも同【０１７８】（前記(1)カ(ア)）に記載されており，それによれば，これらの塩基数は，ＦＣプライマーが４９塩基であり，ＲＣプライマーが５０塩基であると認められる一方，同【０１７９】には，ＦＣプライマーの第１セグメントが２９塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨及びＲＣプライマーの第１セグメントが３０塩基で，第２セグメントが３０塩基である旨が記載されており，両者の塩基数の記載は，一致していない。むしろ，先願明細書【０１８１】（前記(1)カ(ウ)）には，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーの第１セグメントに対応する配列として，塩基数が１９のＬＦＣプライマー及び塩基数が２０のＬＲＣプライマーの塩基配列が記載されていることに照らすと，ＦＣプライマーの第１セグメントの塩基数は１９であり，ＲＣプライマーの第１セグメントの塩基数は２０であると認められる。したがって，前記(1)カ(ア)の下線部分のうち，「２９」は「１９」の，「３０」は「２０」の誤記であり，ＰＣＲ産物の等温増幅に使用されたＦＣプライマーは，３′末端側の１９塩基対（第１セグメント）及びこれに連続する３０塩基対（第２セグメント）からなる一方，ＲＣプライマーは，３′末端側の２０塩基対（第１セグメント）及びこれに連続する３０塩基対（第２セグメント）からなるものと認められる。
また，ここで，第１セグメントは，前記(1)カ(ア)（【０１７９】）に記載のとおり，テンプレート（鋳型）としてＨＢＶ標的ＤＮＡ（ＨＢＶプラスミドＤＮＡ）を使用して伸長し得るものとして設計されているから，これと相補的な塩基配列と塩基対結合（アニール）を生じた場合，ＤＮＡポリメラーゼが触媒となって，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，いずれも第１セグメントに隣接する３′末端を合成起点として相補鎖合成反応を開始することになる。他方，第２セグメントは，前記(1)カ(ア)（【０１７９】）に記載のとおり，ＦＣプライマー又はＲＣプライマーの上記相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基に相補的に設計されているから，第１セグメント及び第２セグメントは，第２セグメント及びその相補体により与えられる３０塩基対のステム並びに第１セグメント（ＦＣプライマーの場合１９塩基，ＲＣプライマーの場合２０塩基）からなるループを発生させ，これにより生成物に１個のステムループ構造（二次構造）を生じさせることになる旨が記載されているといえる。
さらに，上記ＦＣプライマーは，前記(1)カ(ウ)（【０１８１】）に記載のとおり，正方向プライマーであるから，その「第１セグメント」は，図１①の太い矢印に記載された領域Ｂ′に対応する一方，上記ＲＣプライマーは，前記(1)カ(ウ)（【０１８１】）に記載のとおり，逆方向プライマーであるから，その「第１セグメント」は，図３①の下側の矢印に記載された領域Ｆに対応するものと認められる。また，これらのプライマーの各「第２セグメント」は，同じく領域Ｃ（ＦＣプライマー）及びＥ′（ＲＣプライマー）にそれぞれ対応するものであり，これらのプライマーの３′末端の相補鎖合成反応により生成するステムループ構造は，例えば，図１③の領域Ｃ－Ｂ′－Ｃ′（ＦＣプライマー）及び図３④の領域Ｅ－Ｆ－Ｅ′（ＲＣプライマー）により形成されるループ部分に対応するものと認められる。イ先願明細書【０１８３】に記載の増幅反応について
(ア)先願明細書の記載について
先願明細書には，前記(1)カ(ウ)及び(エ)（【０１８１】【０１８２】）に記載のとおり，ＨＢＶプラスミドＤＮＡの２１１ｂｐのＰＣＲ産物を，直前のＰＣＲで使用したＦＣプライマー及びＲＣプライマーと同じプライマー及びＢｓｔポリメラーゼを使用して，５３℃及び６３℃で３０分，１８０分又は終夜のインキュベーションを実施した旨の記載があるが，このインキュベーションについて「ＰＣＲ産物の等温増幅」という標題が付されているから，当業者は，先願明細書から，当該インキュベーションにより当該ＰＣＲ産物を鋳型とする等温増幅が行われた旨を記載していることを読み取ることができる。


次に，上記インキュベーションによる等温増幅の結果について，先願明細書には，「これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。これは，通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣ及びＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。」との記載がある（前記(1)カ(オ)。【０１８３】）ところ，「ＰＣＲ産物の等温増幅」という標題の実験の結果が，それまでにみられた「バンドと対照をなしている。」と記載されていることに照らすと，当業者は，上記記載部分から，ＰＣＲ産物の等温増幅により，これに先立つＰＣＲ増幅（前記(1)カ(ア)。【０１７８】【０１７９】）及びこれによる産物の分析結果（前記(1)カ(イ)。【０１８０】）とは異なる独自の等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるものといえる。
そして，上記独自の等温増幅反応が発生した理由について，先願明細書には，「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載がある（前記(1)カ(オ)。【０１８３】）ところ，ここにいう「アンプリコン」とは，ＰＣＲ産物にほかならず，「二次構造」とは，前記(2)に説示のとおり，ステムループ構造を意味するものであるから，ここにいう「二次構造」（ステムループ構造）を有する「アンプリコン」（ＰＣＲ産物）とは，前記(1)カ(イ)（【０１８０】）の記載に図１ないし３を参照すると，ＰＣＲ産物である①２１０ｂｐに対応するバンドで示される線状産物，②１８０ｂｐに対応するバンドで示される，一方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物，③１７０ｂｐに対応するバンドで示される両方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図３④。ダンベル型中間体）のうち，②及び③（ダンベル型中間体）を意味するものといえる。したがって，これらのＰＣＲ産物のうちダンベル型中間体に着目すると，上記記載部分は，「ダンベル型中間体をプライマー及びテンプレート（鋳型）として機能させるステムループ構造の存在」，すなわち，ステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，これが，上記独自の等温増幅反応の理由であると説明しているものと理解することができる。(イ)先願明細書の記載から理解される増幅反応の作用機序について先願明細書に記載の等温増幅反応の鋳型とされたＰＣＲ産物には，前記(ア)に説示のとおり，両方の末端上で二次構造（ステムループ構造）が形成された産物（図３④。ダンベル型中間体）が含まれている。
他方，上記等温増幅の際に使用されたＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，前記アに説示のとおり，第１セグメント（領域Ｂ′又はＦ）が鋳型の相補的な塩基配列（領域Ｂ又はＦ′）と塩基対結合（アニール）を発生させ，第２セグメント（領域Ｃ又はＥ′）が３′末端の相補鎖合成反応によって合成された最初の３０塩基（領域Ｃ′又はＥ）に相補的になるように設計されているものである。さらに，Ｂｓｔポリメラーゼが鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであることや，ＤＮＡポリメラーゼの機能によって，部分的に２本鎖となった鋳型核酸の３′末端が鋳型核酸の１本鎖となっている部分に対して相補鎖合成を行うということは，前記１(1)シ及び２(1)イに説示のとおり，いずれも本件出願日当時，当業者の技術常識であったものと認められるが，同時に，本件優先権主張日当時においても，当業者の技術常識であったものと認められる。したがって，鋳型となる核酸としてダンベル型中間体に着目した場合，先願明細書の「アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との前記記載，すなわちステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物であるダンベル型中間体それ自体が，相補鎖合成により核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させており，これが，上記独自の等温増幅反応の理由であるとの記載部分について，当業者は，上記技術常識及び先願明細書の記載から，次の増幅反応が発生していることを読み取ることが可能であるというべきである。
①Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するＤＮＡポリメラーゼであるから，鋳型であるダンベル型中間体を構成する鎖の各３′末端（例えば，図３④の下側の鎖の領域Ｃ′）を合成起点として，ダンベル型中間体を構成する２本の鎖の塩基対結合部分を置換しながら相補鎖合成を行うことになる。②次に，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーは，いずれも鋳型と塩基対結合（アニール）を発生させる第１セグメントを備えているところ，ダンベル型中間体の下側の鎖を鋳型とする場合を例にとると，ＦＣプライマーの第１セグメント（領域Ｂ′）は，鋳型となる鎖のうち，塩基対結合を生じていないループ部分（図３④の下側の鎖の領域Ｂ）と塩基対結合（アニール）を発生させる。そして，前記のとおり，Ｂｓｔポリメラーゼは，鎖置換型の相補鎖合成反応を触媒するから，ＦＣプライマーの３′末端は，ダンベル型中間体のステム部分及びそれに引き続く塩基対結合を置換しながら相補鎖合成を開始する。


③ダンベル型中間体の下側の鎖の３′末端は，塩基対結合の置換により相補鎖を合成して当該鎖の５′側末端まで到達するが，次いで，ＦＣプライマーの３′末端は，当該相補鎖を５′末端に至るまで置換して相補鎖合成を行うから，ダンベル型中間体の下側の鎖の３′末端が合成してきた塩基配列は，１本鎖となり，その結果，当該鎖は，３′末端に引き続く部分に新たなステムループ構造（３′末端側から，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′となる。）を形成した上で，再び自らを鋳型として３′末端から塩基対結合の置換による相補鎖合成を開始する。他方，ＲＣプライマーは，上記新たなステムループ構造のループ部分（領域Ｆ′）に対してアニールできる領域（領域Ｆ）を第１セグメントに備えているから，当該ループ部分に塩基対結合（アニール）を発生させ，先にＦＣプライマーが行ったのと同じ塩基対結合の置換による相補鎖合成を行うことになる。こうして，ダンベル型中間体は，そのうち１本の鎖の３′末端が，Ｂｓｔポリメラーゼの触媒により塩基対結合の置換による相補鎖合成を行うことに加えて，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーが相次いでアニールを繰り返すことで，それ自身がプライマーであると同時にテンプレート（鋳型）である増幅反応を繰り返す結果，１本鎖上に鋳型核酸の塩基配列が交互に連結された核酸が得られることになる。
ウ先願明細書【０１８３】に記載の発明（先願発明２）について以上のとおり，先願明細書には，ＰＣＲ増幅に引き続くインキュベーションにより「等温増幅」が発生した旨が記載されており，それが先行するＰＣＲ増幅とは異なる独自の増幅反応であって，その理由について「おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載があるが，当該記載は，ステムループ構造が存在することによって，ＰＣＲ産物（ダンベル型中間体を含む。）それ自体が，ＦＣプライマー及びＲＣプライマーと相俟って，塩基対結合の置換による相補鎖合成を繰り返し，核酸を合成するプライマーであると同時にその鋳型になるという増幅反応を発生させているとの趣旨に理解することができる。そして，ここでみられる塩基対結合の置換による相補鎖合成反応は，３′末端からの自己伸長反応と呼んで差し支えない。このように，当業者は，先願明細書の記載及び本件優先権主張日当時の技術常識に基づき，上記増幅反応の作用機序を，前記イ(イ)に説示したものとして理解することが可能であったものと認められるから，先願明細書【０１８３】には，次の発明が記載されているものと認められる。
先願発明２：３′末端側から領域Ｂ′－Ｃという構造を有するＦＣプライマー，３′末端側から領域Ｆ－Ｅ′という構造を有するＲＣプライマー及びＢｓｔポリメ
ラーゼを使用する等温増幅反応であって，
工程１：両方の末端にステムループ構造を有する核酸であって，３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有する核酸（ダンベル型中間体の下側の鎖）を鋳型として，
工程２：その３′末端からの自己伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域Ｂを備えるループを有し，その余の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核
酸を得，
工程３：このループにＦＣプライマーをアニールさせ，自己伸長反応を行うと同時に，上記工程２の自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，その結果，上記工程２の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備える新たなステムループ構造が形成され，工程４：上記工程３で新たに形成された３′末端のステムループ構造からの自己伸長反応により，塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有し，その余の部分が互いに相補的な配列で塩基対結合した核酸を得ると同時に，上記工程３のＦＣプライマーの自己伸長反応により合成された相補的な塩基配列を置換し，３′末端から順に，領域Ｅ－Ｆ′－Ｅ′－Ｄ′－Ｃ′－Ｂ′－Ｃである核酸を得，工程５：上記工程４の塩基対結合を可能とする領域Ｆ′を備えるループを有する核酸に，ＲＣプライマーをアニールさせ，伸長反応を行うと同時に，上記工程４の自己伸長反応によって合成された相補的な塩基配列を置換し，その結果，上記工程４の自己伸長反応によって合成された鎖の３′末端に，塩基対結合を可能とする領
域Ｆを備える新たなステムループ構造が形成され，
工程６：これら一連の，ステムループ構造の３′末端からの自己伸長反応と，その際に形成されるループへのプライマー結合に伴う自己伸長反応を繰り返すことによって，鋳型の領域Ｄとその相補的配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上
に延伸する方法
エ本件発明１と先願発明２との対比について
(ア)本件発明１及び先願発明２の目的物及び材料について①本件発明１及び先願発明２の方法発明における目的物は，いずれも鋳型の有する領域と当該領域に相補的な配列を有する領域が交互に１本鎖の核酸上に連結した核酸である点で一致する。なお，本件発明１では，この目的物が得られることをもって，核酸の合成方法と表現しているが，両者の方法発明における目的物は相違しないから，本件発明１が「合成」という表現を使用しているからといって，本件発明１における目的物と先願発明２における目的物とが相違するということにはならない。
②次に，本件発明１の酵素は，「鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼ」であるが，前記１(1)シに記載のとおり，当該ＤＮＡポリメラーゼは，Ｂｓｔポリメラーゼを含む一方，先願発明２の酵素は，Ｂｓｔポリメラーゼであるから，両者の酵素は，一致する。


③また，本件発明２で「工程ｄ）において，合成起点が領域Ｒ１ｃにアニールすることができる同一鎖上の３′末端に存在する領域Ｒ１であり」と特定されているので，本件発明１の鋳型核酸が３′末端側から順に領域Ｆ１－Ｆ２ｃ－Ｆ１ｃを備えており，５′末端側から順に領域Ｒ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１を備えることは，排除されていない一方，先願発明２の鋳型核酸は，３′末端側から順に領域Ｃ′－Ｂ－Ｃ－Ｄ－Ｅ－Ｆ－Ｅ′を有するものである。そして，本件発明１の領域Ｆ１は，先願発明２の領域Ｃ′に，本件発明１の領域Ｆ２ｃは，先願発明２の領域Ｂに，本件発明１の領域Ｆ１ｃは，先願発明２の領域Ｃに，それぞれ相当するので，先願発明２の鋳型核酸は，本件発明１の鋳型核酸に包含される。
④さらに，本件発明１のプライマーは，「領域Ｆ２ｃに相補的な配列からなるＦ２を３′末端に含むオリゴヌクレオチド」であるが，この領域Ｆ２は，本件発明１の鋳型核酸の３′末端から２番目の領域Ｆ２ｃに相補的な領域である。他方，先願発明２のＦＣプライマーの３′末端は，領域Ｂ′であるところ，この領域は，先願発明２の鋳型核酸の３′末端から２番目の領域Ｂに相補的な領域である。そして，本件発明１では，プライマー中の領域Ｆ２の５′末端側の領域が特定されていないので，先願発明２のＦＣプライマーは，本件発明１のプライマーと一致する。また，本件発明１の鋳型核酸は，３′末端側の領域Ｆ１と領域Ｆ１ｃがアニールすることにより，塩基対結合が可能な領域Ｆ２ｃを含むループが形成されるところ，先願発明２においても，３′末端側の領域Ｃ′とＣが結合して，領域Ｂを有するループが形成されるものであって，この点でも両者は一致する。⑤以上のとおり，本件発明１と先願発明２とでは，その目的物及び材料の点で一致している。
(イ)本件発明１及び先願発明２の工程について
①本件発明１の工程ａ）は，鋳型を与える工程であるところ，先願発明２の鋳型核酸は，前記(ア)③に説示のとおり，本件発明１の鋳型核酸に包含される。②本件発明１の工程ｂ）は，工程ａ）で与えられた鋳型核酸の３′末端からの自己伸長反応であり，この工程は，先願発明２の工程２と一致する。③本件発明１の工程ｃ）は，鋳型核酸のループにオリゴヌクレオチド（プライマー）がアニールし，その３′末端を合成起点として鎖置換相補鎖合成反応を触媒するポリメラーゼにより相補鎖合成を行うものであり，その際，工程ｂ）で合成された相補鎖を置換しながら相補鎖合成が進行し，その結果，工程ｂ）で合成された相補鎖の３′末端が塩基対結合可能な状態となるという工程であるところ，本件発明１と先願発明２とでは，前記(ア)②及び④に説示のとおり，使用するポリメラーゼ及びプライマーが一致するほか，本件発明１の工程ｃ）のうち，プライマーのアニールと鎖置換型の相補鎖合成及び工程ｂ）で合成された相補鎖の３′末端を塩基対結合可能な状態とする点は，いずれも先願発明２の工程３に包含される。④本件発明１の工程ｄ）は，工程ｃ）の置換により塩基対結合可能な状態となった鋳型と相補的な１本鎖の任意の領域と相補的な塩基配列を有するポリオヌクレオチドが当該領域にアニールし，そこを合成起点とした相補鎖合成が生じるものであるところ，本件発明１では，鋳型核酸が５′末端側から順に領域Ｒ１ｃ－Ｒ２－Ｒ１を備え，あるいは上記相補的な塩基配列を有するポリオヌクレオチドが自己伸長によって鋳型核酸から合成されることは，いずれも排除されていない。そして，工程ｄ）における上記「任意の領域」を鋳型核酸の領域Ｒ１に相補的な領域Ｒ１ｃとするならば，上記ポリオヌクレオチドは，３′末端側に領域Ｒ１を備え，これが当該領域Ｒ１ｃとアニールし，そこを合成起点とした相補鎖合成が生じ，その際，工程ｃ）でアニールしたプライマーの伸長反応で合成された相補鎖が置換されるが，この工程は，先願発明２の工程４に包含される。
⑤以上のとおり，本件発明１が特許請求の範囲に特定して記載した各工程は，先願発明２における各工程と一致する。
オ被告の主張について
(ア)被告は，先願明細書に記載の発明が，ダンベル型中間体を得ることを目的とするものであって，現に，複数のバンドがどのような産物に相当するのかについての分析がされていない旨を主張する。
しかしながら，前記イ(ア)に説示のとおり，先願明細書に記載のＰＣＲ産物にはダンベル型中間体が含まれるところ，先願明細書には，「通常ＰＣＲでみられる単一の分離したバンド，またはＰＣＲ増幅の後でＬＣおよびＲＣプライマーを用いて以前にみられた２つもしくは３つのバンドと対照をなしている。」との記載があり（前記(1)カ(オ)。【０１８３】），当業者は，当該記載から，ＰＣＲ産物の等温増幅により，これに先立つＰＣＲ増幅及びこれによる産物の分析結果とは異なる独自の等温増幅反応が生じていることを読み取ることができるから，先願明細書に記載の発明がダンベル型中間体を得ることを目的とするとはいえず，また，先願明細書には，複数のバンドがＰＣＲ増幅の結果とは異なるものであることが明記されているといえる。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。


(イ)被告は，先願明細書の図１７Ａ及びＢでは，使用されているゲルの条件が異なるから反応時間の経過から自己伸長反応を読み取ることができないし，先願明細書が分子量の大きな産物を想定していない旨を主張する。しかしながら，先願明細書に記載の等温増幅によって鋳型の領域Ｄとその相補的配列を有する領域Ｄ′が交互に１本鎖の核酸上に延伸された様々な分子量を有する核酸が得られていると理解できることは，等温増幅の時間が経過することにより分子量の大きな産物が得られたことを根拠とするものではないから，時間の経過により分子量の大きな産物が生じたことが確認できないからといって，自己伸長反応が読み取れないということにはならない。また，電気泳動の条件から，先願明細書の作成者が分子量の大きな産物を想定していなかったということはできるとしても，そのことは，当業者が先願明細書の記載から先願発明１及び２を読み取ることの妨げになるものではない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
(ウ)被告は，先願明細書の図１７Ａ及びＢが不鮮明であり，いずれのバンドがダンベル型中間体に対応するものであるのかについての記載がなく，また，１８０分後の産物についてのゲルによる分析では標的が存在しないコントロールにおいても増幅する産物が含まれることが示されている旨を主張する。そこで検討すると，先願明細書の図１７Ａ及びＢは，確かに不鮮明であるが，先願明細書には，前記(1)カ(オ)（【０１８３】）に記載のとおり，「これらの反応の生成物は，分離したパターンを形成する一連のバンドである。」との記載があるから，先願明細書の作成者は，図１７Ａ及びＢから「分離したパターンを形成する一連のバンド」を読み取ったものと理解することができる。加えて，先願明細書にはそれに引き続いて，「この複数のバンドは，おそらく，アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる二次構造の存在に起因し得る」との記載があり，先願明細書の作成者が，当該一連のバンドが形成された理由について説明しているのであるから，当業者は，これらの記載から，先願明細書に記載の等温増幅の作用機序を読み取ることができるというべきであって，このことは，図１７Ａ及びＢが不鮮明であり，先願明細書がバンドの同定をしておらず，また，５３℃で１８０分間反応させた系で標的が存在しないコントロールで増幅産物が確認されたからといって，左右されるものではない。
したがって，被告の上記主張は，採用できない。
(エ)被告は，先願明細書にはそこに記載の等温増幅が自己伸長反応とは記載されておらず，当該等温増幅の理由が抽象的な推測や可能性として記載されているにすぎないから，そこから自己伸長反応を含む増幅方法に係る発明を認定できない旨を主張する。
しかしながら，先願明細書では，「自己伸長反応」という用語が使用されていないものの，「アンプリコンをプライマーおよびテンプレートとして機能させる」という記載が存在し，これが自己伸長反応を含む増幅反応を意味するものとして理解可能であることは，前記イに説示のとおりである。また，先願明細書には，「おそらく…起因し得る」という確定的ではない表現が使用されているものの，先願明細書に記載の等温増幅で生じている反応がステムループ構造に起因する自己伸長反応である旨を説明したものと理解することそれ自体には，誤りを見いだせない。したがって，被告の上記主張は，採用できない。
カ小括
以上のとおり，平成１０年１１月９日が優先権主張日であり，平成１４年４月１２日に出願公開された本件発明１は，平成１０年６月２４日が優先権主張日であり，平成１２年２月８日に出願公開された特願平１１－１７９０５６号の願書に最初に添付された明細書及び図面である先願明細書（甲８の１）に記載された先願発明２と同一の発明である。そして，本件発明と先願発明２の発明をした者は，同一ではなく，また，本件発明と先願発明２の出願人も，同一ではないから，本件発明１は，特許法２９条の２の規定により，特許を受けることができないものであるというべきである。
よって，これと判断を異にする本件審決のうち本件発明１に係る部分は，拡大先願に係る認定・判断を誤るものであって，取消しを免れない。また，本件発明２は，本件発明１に他の構成を付加したものであるところ，本件審決は，本件発明１が先願明細書に記載の発明とは同一ではないとの認定・判断を前提として，本件発明２が先願明細書に記載の発明とは同一ではないとしている。しかしながら，本件審決による本件発明１についての拡大先願に係る認定・判断が上記のとおり誤りである以上，本件発明２に係る部分についての上記認定・判断も，誤りであるというべきであって，本件審決のうち当該部分も，取消しを免れない。
５結論
以上の次第であるから，原告主張の取消事由のうち，取消事由３の本件発明１及び２に関する部分には理由があるから，本件審決のうちこれらの発明に係る部分を取り消すこととし，原告主張のその余の取消事由にはいずれも理由がないから，原告のその余の請求を棄却することとして，主文のとおり判決する。
知的財産高等裁判所第４部
裁判長裁判官          土      肥      章      大裁判官          井      上      泰      人裁判官          荒      井      章      光
別紙
１図１
２図２
３図３


平成２８年７月２７日判決言渡同日原本領収    裁判所書記官平成２８年（ネ）第１００２８号不正競争行為差止等請求控訴事件（原審・東京地方裁判所平成２６年（ワ）第２９４１７号）
口頭弁論終結日平成２８年６月１日
判     決
控    訴      人     株式会   社ビリ   ーブ同訴訟代理人弁護士     牧    山    美    香同      弁理士    佐    藤    英    昭被控訴   人    スケー   ター株   式会社同訴訟代理人弁護士    鳥    山    半    六同      弁理士    中    野    収    二
主     文
１本件控訴を棄却する。
２控訴費用は控訴人の負担とする。
事実及び理由
第１控訴の趣旨
１原判決を取り消す。
２被控訴人は，原判決別紙被告商品目録１から２０記載の商品を，製造し，販売してはならない。
３被控訴人は，原判決別紙被告商品目録１から２０記載の商品を廃棄せよ。４被控訴人は，控訴人に対し，１００万円及びこれに対する平成２６年１２月９日から支払済みまで年５分の割合による金員を支払え。５訴訟費用は，第１，２審とも被控訴人の負担とする。６この判決は，仮に執行することができる。
第２事案の概要
１訴訟の概要（略称は，特に断らない限り，原判決に従う。）⑴本件は，控訴人が，被控訴人に対し，控訴人が販売する原判決別紙１の上段の番号１から３４記載の商品及びこれらの各商品に別紙２のようにケースを付属させた形態を有する「エジソンのお箸」という商品名の練習用箸（原告商品）の形態は，控訴人の商品等表示として需要者の間に広く認識されているものであり，被控訴人が製造・販売する原判決別紙被告商品目録１から２０記載の「デラックストレーニング箸」という商品名の箸（被告商品）は，上記原告商品の形態と同一の形態を備えているから，被控訴人による被告商品の販売は，原告商品と混同を生じさせる行為であり，不競法２条１項１号所定の不正競争に該当すると主張して，被告商品の製造・販売の差止め及び廃棄を求めるとともに，損害賠償の一部としての１００万円及びこれに対する訴状送達の日の翌日である平成２６年１２月９日から支払済みまで民法所定の年５分の割合による遅延損害金の支払を求めた事案である。⑵原判決は，①控訴人は，不競法２条１項１号所定の「他人」に当たらず，また，②原告商品の「一対の箸が上端部又は中央より上端側の部分において連結されたいわゆる連結箸であって，うち１本の箸は人差指と中指をそれぞれ入れる２つのリングを有し，他方の１本は親指を入れる１つのリングを有する」という形態（原告商品形態）は，不競法２条１項１号所定の「商品等表示」に当たるということはできないとして，控訴人の請求をいずれも棄却した。
控訴人は，原判決を不服として，控訴を提起した。
２前提事実
以下のとおり付加訂正するほかは，原判決の事実及び理由第２の２記載のとおりである。
⑴原判決２頁２２行目「プラスティック製品」を「プラスチック製品」と改める。
⑵原判決３頁５行目から１０行目までを，以下のとおり改める。「イケイジェイシーは，「エジソンシリーズ」と称する主に幼児向けの食器，衛生用品等の製造・販売を行っており，練習用箸である「エジソンのお箸」の製造・販売は，その一環である。
ケイジェイシーは，平成１５年８月に「エジソンのお箸」の商標登録出願をした後，同年９月に原告商品１から４を「エジソンのお箸」として発売したのを皮切りに，平成１８年４月に原告商品５から７を，平成２１年１月に原告商品８から１１を，平成２３年１１月に原告商品１２及び１３を，平成２４年３月に原告商品１４から１７を，平成２５年３月に原告商品１８から２０を，平成２６年９月に原告商品２１から３４を，いずれも「エジソンのお箸」として発売した。これらの原告商品は，ケイジェイシーが「エジソンのお箸」シリーズとして製造・販売する練習用箸のブランドとして，確立するに至っている。
なお，ケイジェイシーは，平成１６年２月に前記商標登録出願に係る「エジソンのお箸」について設定の登録を受け，現在も，商標権者である（甲２，４２～４６，８５，８８，乙２の１）。」
３争点
⑴控訴人が不競法２条１項１号所定の「他人」に当たるか。⑵原告商品形態が同号所定の「商品等表示」に当たるか。
⑶控訴人の損害の有無及びその額
第３当事者の主張
争点に関する当事者の主張は，以下のとおり当審における当事者の主張を付加するほかは，原判決の事実及び理由第３記載のとおりである。１争点⑴（控訴人が不競法２条１項１号所定の「他人」に当たるか）について
〔当審における控訴人の主張〕
⑴原判決は，仮に原告商品形態に商品等表示性があり，それに化体された信用が認められるとすれば，その主体はケイジェイシーである旨判示した。しかし，①原告商品は，控訴人と製造者であるケイジェイシーがそれぞれ５０％ずつ販売する商品であること，②控訴人は，原告商品を自社のカタログに掲載するなどの広告宣伝活動を行っていること，③控訴人代表者は，ケイジェイシー代表者と個人的な関係があり，原告商品の卸売を最大の目的とする法人として控訴人を設立したこと，④控訴人は，卸売業者等の流通業者に強いパイプを有し，原告商品の信用獲得や売上増に多大な寄与をしてきたことなどから，原告商品形態の商品等表示に化体された信用は，ケイジェイシーと同様に，控訴人にも帰属するものというべきである。
⑵原判決は，ケイジェイシーと控訴人が，原告商品形態という商品等表示の出所識別機能及び顧客吸引力等を保護発展させるという共通の目的の下に結束しているグループであると認めることはできない旨判示した。しかし，控訴人とケイジェイシーは，直販と卸売という２つの流通経路について役割分担し，それぞれが原告商品の半分ずつを取り扱っているのであるから，両社とも原告商品の販売主体であり，その間に主従・軽重はなく，対等な関係にある。また，原告商品の販売促進については，控訴人が流通業者に強いパイプを有していることなどに鑑みると，控訴人の方が主体となって取り仕切ってきたということができる。
以上によれば，控訴人とケイジェイシーが原告商品形態の出所識別機能及び顧客吸引力等を保護発展させるという共通の目的の下に結束したグループであることは，明らかである。
〔当審における被控訴人の主張〕


控訴人は，ケイジェイシーによる原告商品の開発・製造等の商品化に関わっておらず，同社から原告商品を仕入れてそれを販売しているにすぎない。したがって，ケイジェイシーと控訴人との関係は，通常のメーカーと販売代理店との協力関係と異なるものではなく，単に販路を分担しているにすぎないのであるから，たとえ控訴人が多数の原告商品を販売し，結果として原告商品形態など原告商品の品質等に信用が化体したとしても，その信用の主体は，原告商品の品質等を自らの判断と責任において主体的に決定したメーカーのケイジェイシーであり，販売代理店の控訴人ではない。また，両社が原告商品形態の出所識別機能及び顧客吸引力等を保護発展させるという共通の目的の下に結束したグループであると認める余地もない。２争点⑵（原告商品形態が不競法２条１項１号所定の「商品等表示」に当たるか）について
〔当審における控訴人の主張〕
原判決は，原告商品につき，「親指，人差指及び中指をリングに挿入して箸の使用に適した位置で固定するという機能並びに２本の箸を連結するという機能」を有するとした上で，原告商品形態は，これらの機能を達成するための構成に由来する不可避的な形態であるとして，商品等表示に該当しない旨判断した。しかし，「リングに挿入して」は，指を正しい位置に固定するという機能を達成するための構成又は形態であって，機能ではない。したがって，原告商品の機能は，「親指，人差指及び中指を箸の使用に適した位置で固定するという機能並びに２本の箸を連結する機能」とするべきである。
そして，上記機能を有する商品は，原告商品以外にも，複数種類のものが実際に市場に流通しているが，それらはいずれも，指を入れるリングを備えておらず，代わりに親指を載せる部材等を有している。よって，原告商品形態は，上記機能を達成するための構成に由来する不可避的な形態ではない。
〔当審における被控訴人の主張〕
「リングに挿入して」は，動作であり，控訴人が主張するような機能を達成するための構成又は形態ではない。したがって，原判決につき，原告商品の機能に係る認定に誤りはなく，原告商品形態が上記機能を達成するための構成に由来する不可避的な形態であるとの判断にも，誤りはない。
第４当裁判所の判断
本件事案の性質に鑑み，まず，争点⑵（原告商品形態が不競法２条１項１号所定の「商品等表示」に当たるか）について判断する。
１争点⑵（原告商品形態が不競法２条１項１号所定の「商品等表示」に当たるか）について
⑴商品の形態の「商品等表示」該当性について
ア不競法２条１項１号の趣旨は，周知な商品等表示の有する出所表示機能を保護するため，周知な商品等表示に化体された他人の営業上の信用を自己のものと誤認混同させて顧客を獲得する行為を防止することにより，同法の目的である事業者間の公正な競争を確保することにある。
同法２条１項１号所定の「商品等表示」とは，「人の業務に係る氏名，商号，商標，標章，商品の容器若しくは包装その他の商品又は営業を表示するもの」をいう。商品の形態は，商標等とは異なり，本来的には商品の出所を表示する目的を有するものではないが，商品の形態自体が特定の出所を表示する二次的意味を有するに至る場合がある。そして，このように商品の形態自体が特定の出所を表示する二次的意味を有し，「商品等表示」に該当するためには，①商品の形態が客観的に他の同種商品とは異なる顕著な特徴を有しており（特別顕著性），かつ，②その形態が特定の事業者によって長期間独占的に使用され，又は極めて強力な宣伝広告や爆発的な販売実績等により，需要者においてその形態を有する商品が特定の事業者の出所を表示するものとして周知になっていること（周知性）を要するものと解される。イもっとも，商品の形態が商品の技術的な機能及び効用を実現するために他の形態を選択する余地のない不可避的な構成に由来する場合，そのような商品の形態自体が「商品等表示」に当たるとすると，当該形態を有する商品の販売が一切禁止されることになり，結果的に，特許権等の工業所有権制度によることなく，当該形態によって実現される技術的な機能及び効用を奏する商品の販売を特定の事業者に独占させることにつながり，しかも，不正競争行為の禁止には期間制限が設けられていないことから，上記独占状態が事実上永続することなる。したがって，上記のような商品の形態に「商品等表示」該当性を認めると，不競法２条１項１号の趣旨である周知な商品等表示の有する出所表示機能の保護にとどまらず，商品の技術的な機能及び効用を第三者が商品として利用することまで許されなくなり，それは，当該商品についての事業者間の公正な競争を制約することにほかならず，かえって，不競法の目的に反する結果を招くことになる。
したがって，商品の形態が商品の技術的な機能及び効用を実現するために他の形態を選択する余地のない不可避的な構成に由来する場合には，「商品等表示」に該当しないと解するのが相当である。
ウ他方，商品の形態が商品の技術的な機能及び効用に由来するものであっても，他の形態を選択する余地がある場合は，そのような商品の形態が「商品等表示」に当たるとして同形態を有する商品の販売が禁止されても，他の形態に変更することにより同一の機能及び効能を奏する商品を販売することは可能であり，前記イのような弊害は生じない。
したがって，商品の形態が商品の技術的な機能及び効用に由来するものであっても，他の形態を選択する余地がある場合は，当該商品の形態につき，前記アの特別顕著性及び周知性が認められれば，「商品等表示」に該当し得る。もっとも，商品の形態が商品の技術的な機能及び効用に由来する場合，同形態が客観的に他の同種商品とは異なる顕著な特徴を有していることはまれであり，同種商品の中でありふれたものとして特別顕著性が否定されることが多いものと思われる。
⑵認定事実
後掲証拠及び弁論の全趣旨を総合すれば，以下の事実が認められる。ア原告商品は，主として箸の使用に習熟していない幼児に，一般に正しいとされる持ち方で箸を使用する練習をさせる練習用箸であり，控訴人が主張する原告商品形態は，「一対の箸が上端部又は中央より上端側の部分において連結されたいわゆる連結箸であって，うち１本の箸は人差指と中指をそれぞれ入れる２つのリングを有し，他方の１本は親指を入れる１つのリングを有する」ことである。イ原告商品と同一の機能及び効用を奏する練習用箸は，多く市販されており，その中には連結箸ではないもの（甲４，１３），特定の指を固定するために，リングではなく，親指等を載せたり支えたりする突起部や部材が設けられているもの（甲５～１２）がある。
ウ原告商品形態の全てをそのまま備えた商品は，本件証拠上，原告商品及び被告商品以外に見られない。


主文
１原告らの請求をいずれも棄却する。
２訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１請求
厚生労働大臣が原告らに対して平成２５年１２月４日付けでした国民年金，老齢厚生年金又は遺族厚生年金の額を改定する処分をいずれも取り消す。
第２事案の概要
本判決において，次表の法令等欄記載の法令等は，それぞれ略称欄記載の略称により表記する。
法令等略称
国民年金法国年法
厚生年金保険法厚年法
国民法及び厚年法国年法等
厚生年金保険法等の一部を改正する法律（昭和４８年
法律第９２号）
昭和４８年改正法
平成十二年度における国民年金法による年金の額等の
改定の特例に関する法律（平成１２年法律第３４号）
平成１２年特例法
平成十三年度における国民年金法による年金の額等の
改定の特例に関する法律（平成１３年法律第１３号）
平成１３年特例法
平成十四年度における国民年金法による年金の額等の
改定の特例に関する法律（平成１４年法律第２１号）
平成１４年特例法
平成１２年特例法，平成１３年特例法及び平成１４年
特例法
物価スライド特例法
国民年金法等の一部を改正する法律（平成１６年法律
第１０４号）
平成１６年改正法
国民年金法等の一部を改正する法律等の一部を改正す
る法律（平成２４年法律第９９号）
平成２４年改正法
平成十六年度，平成十七年度，平成十九年度及び平成
二十年度の国民年金制度及び厚生年金保険制度並びに
国家公務員共済組合制度の改正に伴う厚生労働省関係
法令に関する経過措置に関する政令及び国民年金法等
の一部を改正する法律の施行に伴う経過措置に関する
政令の一部を改正する政令（平成２５年政令第２６２
号）
平成２５年政令
経済的，社会的及び文化的権利に関する国際規約（昭
和５４年条約第６号）
社会権規約
１事案の要旨
本件は，老齢基礎年金，老齢厚生年金及び遺族厚生年金の受給者である原告らが，平成２４年改正法及び平成２５年政令に基づいて厚生労働大臣が行った原告らの年金額を減額する改定（以下，この各改定を「本件各処分」という。）は，憲法１３条，２５条及び２９条に反する違憲のものであり，又は厚生労働大臣に認められた裁量を逸脱及び濫用するものであって違法のものであるなどと主張して，本件各処分の取消しを求める事案である。２前提事実（証拠原因（掲記した証拠の直後の〔〕内の記載は当該証拠における関係頁番号又は関係部分である。以下同じ。）を掲記しない事実は当事者間に争いがない。）
⑴平成２４年改正法以前の状況
ア昭和４８年，国年法等が改正され，全国消費者物価指数（以下「物価指数」という。）の変動の比率を基準に年金額等（年金額及び年金給付の額をいう。以下同じ。）を改定する制度（以下「物価スライド制」という。）が附則として設けられ（昭和４８年改正法附則２２条。乙７〔１５〕），昭和６０年の改正によって，国年法及び厚年法の本則（平成１６年改正法による改正前の国年法１６条の２及び厚年法３４条）として規定された（乙５〔７，１５〕）。
イ平成１２年から平成１４年にかけて，物価スライド特例法が制定された。これらの特例法においては，上記各年度について物価スライド制による年金額の改定を行わない旨の定めが置かれるとともに，その附則（平成１３年特例法附則２条，平成１４年特例法附則２条）において，物価スライド制を適用しなかったことによる財政への影響を考慮して，年金額の見直しその他の措置及び物価スライド制を定めた規定の見直しについて検討を行い，その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする旨定められた（ただし，平成１２年特例法には，これに相当する附則は定められていない。）。（乙１０〔１３，１４〕，乙１１〔１４８，１４９〕，乙１２〔１２８，１２９〕）
物価スライド特例法が制定された結果，国年法等が法律上予定していた年金額等より１．７％高い水準の年金が支給されることとなった（以下，国年法等が法律上予定していた年金額等の水準のことを「本来水準」といい，物価スライド特例法による年金額等の水準のことを「特例水準」という。）。
ウ平成１６年改正法により，国民年金及び厚生年金保険に関し，最終的な保険料水準を法律上固定した（平成１６年改正法による改正後の国年法８７条，厚年法８１条）上で，年金額等について，物価及び賃金の上昇を基準とした改定率から，公的年金制度の被保険者総数変動率（現役全体で見た保険料負担力の低下の指標としての現役人口の減少の程度）と平均余命の伸び率（受給者全体で見た給付費の増大の指標）とを勘案して自動的に決定された調整率を乗じて年金額の改定を行う仕組み（以下，この仕組みを「マクロ経済スライド」という。）が導入された（平成１６年改正法による改正後の国年法１６条の２，２７条の４，２７条の５，厚年法３４条，４３条の４，４３条の５)。
また，平成１６年改正法においては，本来水準による年金額等は物価・賃金の変動に応じて改定するが，特例水準による年金額等は物価指数の低下時のみに改定を行うものとし，その上で，本来水準と特例水準の額を比較し，特例水準の額が本来水準の額を上回る場合には，なお特例水準に基づく年金額等が支給されることとされた（平成１６年改正法附則７条，２７条）。そして，マクロ経済スライドは，特例水準の解消後に適用されることとされた（平成１６年改正法附則１２条及び３１条）。
⑵平成２４年改正法及び本件各処分


ア平成１６年改正法によっても，特例水準の解消は図られず，平成２３年度以降，本来水準と特例水準の差は最大２．５％にまで拡大した。このような状況を受けて，平成２４年２月１７日付けで社会保障・税一体改革大綱が閣議決定され，その中で，特例水準による年金の受給について早急（具体的には３年間）に計画的な解消を図ること，今の受給者の年金額等を本来水準に引き下げることで，年金財政の負荷を軽減し，現役世代（将来の年金受給権者）の年金額等の確保につなげるとともに，その財源を用いて社会保障の充実を図るものとする旨が定められた。（乙１６）イこれを受けて，平成２４年改正法が制定され，特例水準を平成２５年度に１．０％，平成２６年度に１．０％，平成２７年度に０．５％解消することとし（乙１４），上記平成２４年改正法の規定により読み替えられた国年法等の規定の委任を受けて平成２５年政令が制定され，同政令において，平成２４年改正法に基づく読替え後の国年法等の各規定に従い，平成２５年度の年金額の計算過程において乗じる具体的な率が０．９６８と定められた（同政令１条。乙１５）。
ウ厚生労働大臣は，平成２５年１２月４日付けで，平成２４年改正法，平成２５年政令及び国年法等に基づいて，特例水準の１．０％の解消として，個々の年金受給権者の年金額等を改定し（このうち，原告らに係る部分が本件各処分である。改定された年金の種類及び改定前後の年金額等については，別紙年金額一覧表１から３までの「従前の額（円）」欄及び「減額後の額（円）」欄記載のとおり。），各年金受給権者（既に裁定された受給権者）に対し，改定された年金額を通知した。
⑶本件各処分に関する審査請求
原告らは，本件各処分に対してそれぞれ審査請求を申し立てたが，いずれも却下された。原告らは，これを不服として再審査請求を申し立てたが，いずれも別紙「年金額一覧表」記載の「裁決日」記載の日付けで却下された。
⑷本件訴えの提起
平成２７年（行ウ）第１５号事件の原告らは平成２７年４月１５日に，同第２０号事件の原告らは同年５月２０日に，同第２５号事件の原告らは同年６月１６日に，それぞれ本件訴えを提起した（当裁判所に顕著な事実）。
３争点
⑴本件各処分が憲法２５条，社会権規約９条に反するものか。⑵本件各処分が憲法２９条１項に反するものか。
⑶本件各処分が憲法１３条に反するものか。
⑷平成２５年政令は，法の委任の範囲を逸脱し違法・無効であるか。
４争点についての当事者の主張
別紙当事者の主張記載のとおり
第３当裁判所の判断
１認定事実
後掲の証拠及び弁論の全趣旨によれば，国年法等の改正経緯に関し，次の事実が認められる。
⑴厚生大臣は，物価スライド制に基づき，平成６年の物価指数の上昇率に合わせて平成７年度における年金額等を０．７％引き上げ，同年の物価指数が０．１％下落していたものの平成８年度の年金額等は特例措置により据え置き（平成八年度における国民年金法による年金の額等の改定の特例に関する法律（平成８年法律第２９号）による。），同年の物価指数が０．１％上昇したことから平成９年度の年金額を据え置き，同年の物価指数の上昇に合わせて平成１０年度の年金額を１．８％引き上げた（乙２６）。⑵ア厚生大臣は，国年法（昭和６０年法律第３４号による改正後のもの）８７条４項（乙５〔１１〕参照）及び厚年法（昭和２９年法律第１１５号による改正後のもの）８１条４項（乙３〔７〕参照）における，保険料の額が少なくとも５年ごとに再計算された結果に基づいて所要の調整が加えられるべきものとする規定に基づき，平成６年度において財政再計算を行った（乙４３〔９〕）。
イ内閣は，上記結果に基づく審議の結果平成１０年１０月に取りまとめられた意見書及びその後の調整を踏まえ，年金額の給付乗率を５％引き下げる改正（厚年法４３条の改正）などを行う年金制度の改正法案を国会に提出するとともに，消費が落ち込んで景気が悪化することを防ぐために必要であると考えて年金審議会委員の賛同を得（甲共７９），また，厚生年金及び国民年金の保険料ないし保険料率を当面据え置くとの与党の意向を踏まえ，平成１２年度に限定して年金額等の改定をしないこととする法案（平成１２年特例法）を提出した。上記改正法案は平成１２年法律第１８号として，平成１２年特例法は平成１２年法律第３４号として国会において可決し，成立した。（乙１０，２３〔１３〕，４３〔９，１０〕）平成１２年法律第１８号においては，年金額等につき，上記の厚年法４３条の改正前と比較して高い額としておく旨の経過措置が設けられていた（改正附則２０，２１条）。
平成１１年の物価指数が０．３％下落したことから，平成１２年特例法の制定に伴い，特例水準が生じ，特例水準は，本来水準よりも０．３％高い額となった。


ウ厚生労働大臣は，平成１３年度においても同様に年金額の改定をしない法案（平成１３年特例法）を提出するに当たり，こうしたことを続けると平成１２年法律第１８号による改正の意味が問われることになることから，再検討が必要であると考え，「政府は，平成１３年以降において初めて行われる…財政再計算…が行われるまでの間に」年金額「の改定の措置を，平成１２年度に引き続き，平成１３年度において行わなかったことにより，財政に与える影響を考慮して，当該額の見直しその他の措置及び当該規定の見直しについて検討を行い，その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする」旨の規定（附則２条。乙１１〔１４９〕参照）を上記法案に設けた（乙２４〔１３〕）。平成１３年特例法は，平成１３年法律第１３号として国会において可決し，成立した（乙１１〔１４８〕）。⑶ア社会保障審議会（厚生労働省設置法７条１項により設置される厚生労働大臣の諮問機関）は，平成１４年１月３０日，日本の将来推計人口において，６５歳以上の人口割合が，平成９年１月の推計（中位推計）では平成１２年に１７．２％，平成３７年に２７．４％，平成６２年に３２．３％となるとされていたものが，平成１４年１月の推計（中位推計）では平成１２年は１７．４％であり，平成３７年に２８．７％，平成６２年に３５．７％となるとされていることなどを資料として審議するとともに，年金部会を設置して年金制度について議論を進めることとした（乙２９）。イ社会保障審議会及び同年金部会においては，厚生労働省から，年金改革の骨格に関する方向性について，公的年金制度が現役世代の所得の喪失を補塡することにより高齢期の所得保障を行うものであり，老後の生活の支えにふさわしい実質的に価値のある年金を終身にわたって確実に保障することをその役割としていて，この役割を今後とも果たすことができるよう，社会保険方式の下で，①現役世代の年金制度に対する不安感，不信感を解消する，②少子化の進行等の社会経済情勢の変動に対し，柔軟に対応することができ，かつ，恒久的に安定した制度とする，③現役世代の保険料負担が過大にならないよう配慮することに重点を置きつつ，給付水準と現役世代の保険料負担をバランスのとれたものとする，④現役世代が将来の自らの給付を実感することができる分かりやすい制度とする，⑤少子化，女性の社会進出，就業形態の多様化等の社会経済の変化に的確に対応することができるものとするという基本的視点が提示された。また，平成１１年度の国民年金の保険料が月額１万３３００円，厚生年金の保険料率が１３．５８％であるのに対し，平成１６年改正前の給付水準及び基礎年金国庫負担割合３分の１をいずれも維持した場合に保険料等をどの程度まで増加させる必要があるかについての資料（平成１４年１２月１３日に議論を整理した際の資料の数字は，国民年金の保険料が毎年２万９３００円に，厚生年金の保険料率が２６．２％）が提示された（乙２７〔２５〕）。ウ社会保障審議会年金部会は，平成１５年９月１２日付けで，年金制度改正に関する意見をとりまとめた（甲共２５）。
このとりまとめにおいては，次のことが記載されている。平成１２年の法改正において，少子高齢化の進行に対応するため，将来の給付水準を適正化し，最終的な保険料負担を年収の２割程度に抑制したが，凍結された厚生年金，国民年金の保険料の解除，基礎年金の国庫負担割合の２分の１への引上げ等について課題を残していたところ，平成１４年の人口推計によると少子高齢化が一層進行することが予想され，現行の給付水準を維持した場合，厚生年金の最終保険料率は，国庫負担割合を変えなければ，１３．５８％から２６．２％にも上昇すると見込まれ，将来の世代の負担が過重なものとなるおそれがある（甲共２５〔２〕）。
少子高齢化が進む中で，最終的な保険料水準をできるだけ抑制するためにも，保険料負担は適切に引き上げていく必要がある。厚生年金におけるその上限については，２０％程度とするのが相当である。世代間の公平の観点や現役世代の負担についての不安を解消するためには，最終的な保険料水準を法律上も明示し，負担の限度を明確に示すべきである。
（甲共２５〔１１から１３まで〕）
現役世代全体の保険料負担能力とバランスのとれた給付水準とするという観点や，国民生活に急激な影響を及ぼさないよう時間をかけて緩やかに調整していくという観点から，マクロ経済スライドの導入が適当であるが，少子化の進行で給付水準が低下し，高齢期の生活の基本的な部分を支えるものとしての年金の役割が損なわれるおそれがあることなどから導入すべきでないという意見もあった（甲共２５〔１３，１４〕）。基礎年金に対する国庫負担割合の２分の１への引上げについては，将来の保険料水準が過大なものにならないようにし，給付も適切な水準を保つことができるようにするために不可欠なものであることから，安定的な財源を確保し，今回改正で実現すべきである（甲共２５〔１９〕）。エそして，平成１５年１１月１７日までに，厚生労働省は，上記の議論やとりまとめを踏まえ，上記の基本的視点に沿った改正を目指すこととし，その際，公的年金給付が個々人の生活設計に組み込まれていることから，その給付水準の過度の調整や急激な変更を行うことは適切でないと判断した（乙２８）。
オ内閣は，平成１６年２月，平成１６年改正法に係る法案を国会に提出し，そのことを同年３月４日に社会保障審議会年金部会に報告した。当該報告には，同法案の内容に物価スライド特例措置の解消が含まれていること，その解消は平成１７年度以降に物価が上昇する状況の下で解消することが含まれていた。（甲共２６，８０）


平成１６年改正法案は，２条において国年法の保険料額を平成１６年の賃金水準に照らした保険料水準を法定して賃金水準の上限に応じて改定することとし（平成１６年改正法２条により改正される国年法８７条３項から６項まで。乙１３〔１２〕参照），７条において厚年法の最終保険料率を１８．３％と法定し（平成１６年改正法７条により改正される厚年法８１条５項の表。乙１３〔１７〕参照），国年法等の基礎年金に対する国庫負担割合をそれぞれ２分の１と改め（平成１６年改正法１条〔国年法８５条１項１号を改める部分〕，７条〔厚年法８０条１項を改める部分〕。乙１３〔１２，１７〕参照），附則７条１項及び同２７条１項において，改正後の年金額等が改正前の年金額等に満たないときは改正前の年金額等によることとし，附則７条２項及び同２７条２項において，改正前の年金額等の計算については，平成１６年度における特例水準（平成１３年度における特例水準の９８．８％）を前提に，平成１６年以降の物価指数が平成１５年の物価指数を下回ったときはその低下分だけ特例水準を下げ，その後は物価指数が，最後に特例水準を下げた年に比べて更に下がったときはその低下分だけ特例水準を下げる（同項の表下欄）こととし（乙１３〔６５，７０〕参照），その一方で，マクロ経済スライド（改正後国年法２７条の４及び２７条の５，改正後厚年法４３条の４及び４３条の５）は，上記の特例水準が，同法案による改正後の本来水準であってマクロ経済スライドを適用しないで定めたものを超えるときまで，これを適用しないこととしていた（附則１２条１項，同３１条１項。乙１３〔６７，７４〕参照）。カ内閣は，同年２月，平成十六年度における国民年金法による年金の額等の改定の特例に関する法律案（以下「平成１６年特例法」という。）を国会に提出した。同法案においては，平成１６年４月から平成１７年３月までの月分の年金額については，平成１３年の年平均の物価指数に対する平成１５年の年平均の物価指数の比率を基準として改定する旨を規定していた。
キ平成１６年改正法及び平成１６年特例法は，国会において可決し，成立した。
⑷平成１６年改正法及び平成１６年特例法の成立後，物価変動率は平成１７年において０．３％下落し，これに伴って特例水準は平成１８年度に０．３％縮小した。他方，平成１６年改正法以後の本来水準（マクロ経済スライドを適用しないもの。）は，平成２０年度において名目手取り賃金変動率の上昇に伴って０．９％上昇したが，これによっても特例水準を０．８％下回ったことから，特例水準は解消せず，平成２３年度における上記の本来水準は，物価指数等の下落に伴い，特例水準を２．５％下回る水準となった。⑸厚生労働省は，平成２１年に財政検証を行った。その結果，６５歳以上の人口割合が，平成１８年人口推計（中位推計）において，平成１７年に２０．２％であるものが，平成４２（２０３０）年に３１．８％，平成６７（２０５５）年に４０．５％となることが見込まれた。被保険者数に対する老齢年金受給権者数の比率は，厚生年金につき，平成元年に１５．１％であったものが，平成１１年には２６．４％，平成１５年には３３．３％，平成１９年には３６．４％と，国民年金につき，平成元年に１９．４％であったものが，平成１１年には２８．０％，平成１５年には３２．７％，平成１９年には３７．５％とそれぞれ上昇していた。収支差引残が，厚生年金につき平成１５年から赤字となり，赤字額は同年で３３１２億円，平成２０年で３兆０３８０円であり，国民年金につき平成１４年から赤字となり，赤字額は同年で３８２億円，平成２０年で５７７２億円であった。（乙３８〔１３，７８，８０，８２，８５〕）
⑹ア社会保障審議会年金部会は，平成２３年８月２６日から議論を重ね，同年１２月１６日，議論を整理した。ここでは，特例水準については，世代間の公平の観点及び年金財政の早期安定化を図る観点から，３年以内で解消するなど，早急な解消に取り組むべきであるという意見が多数を占めたものであり，また，特例水準が本来水準より２．５％高くなったのは，特例水準の解消が十分に機能しない仕組みとなっていたためであり，特例水準を早期に解消する観点から，少なくとも現行の特例水準と本来水準の差が拡大する仕組みは改め，物価下落時には前年比で必ず引き下げるルールに見直すべきであると整理された。マクロ経済スライドについては，いわゆるデフレ経済下でもマクロ経済スライドを行えるようにすべきである，仮にそうであっても受給者に対して十分な説明が必要である，基礎年金についてこれを行うことは適当ではないなどの意見が出され，特例水準の解消の状況も踏まえながらマクロ経済スライドの見直しについて引き続き検討を進めることが今後の課題として考えられることと整理され，これらの項目については，引き続き検討を加えることとするが，平成２４年の通常国会への法案提出を目指すことが適当と考えるものとされた。（乙４５〔１，２，１４，２０〕，４７）。
イ平成２４年２月１７日には，社会保障・税一体改革大綱が閣議決定された。上記大綱においては，所得比例年金と最低保障年金の組合せからなる一つの公的年金制度に全ての人が加入する新しい年金制度の創設について引き続き実現に取り組むこととされた一方で，現行制度のうち物価スライド特例分について，年金財政の負荷を軽減し，現役世代の将来の年金額の確保につなげるとともに，その財源を用いて社会保障の充実を図るため，特例法により本来の年金額より２．５％高い水準の年金額を支給している措置について，早急に計画的な解消を図ること（乙３０〔１８〕）その他の施策が定められた。（乙３０）
２争点⑴（本件各処分が憲法２５条，社会権規約９条に反するものか。）につ
いて


⑴まず，本件各処分が憲法２５条に反するものか否かについて検討する。ア前記前提事実⑵イ及びウのとおり，本件各処分は，平成２４年改正法による改正後の国年法等（平成２４年改正法１条による改正後の平成１６年改正法附則７条１項，７条の２，２７条１項，２７条の２により平成２５年度について適用される国年法等の各規定。乙１４〔４８，４９〕参照）及びこれを受けた平成２５年政令（１条。乙１５参照）に基づいてされたもので，特例水準のうち一部の減額を内容とするものである。しかして，国年法は，憲法２５条２項に規定する理念に基づき，老齢，障害又は死亡によって国民生活の安定がそこなわれることを国民の共同連帯によって防止し，もって健全な国民生活の維持及び向上に寄与することを目的とするものであり（同法１条），また，厚年法は，労働者の老齢，障害又は死亡について保険給付を行い，労働者及びその遺族の生活の安定と福祉の向上に寄与することを目的とするものであって（同法１条），その目的に照らし，憲法２５条２項の趣旨を受けたものと解される。イところで，憲法２５条における「健康で文化的な最低限度の生活」は，極めて抽象的・相対的な概念で，その具体的内容は，その時々における文化の発達の程度，経済的・社会的条件，一般的な国民生活の状況等との相関関係において判断決定されるべきものであるとともに，この規定を法律において具体化するに当たっては，国の財政事情を無視することができず，また，複雑多様で高度の専門技術的な考察とそれに基づいた政策的判断を必要とするものである。このことに照らすと，同条の趣旨に応えて上記各制度につき具体的にどのような立法措置を講じるかの選択決定は，立法府の広い裁量に委ねられており，それが著しく合理性を欠き明らかに裁量の逸脱，濫用とみざるを得ないような場合を除き，裁判所が審査判断するのに適しない事柄である（最高裁昭和５７年７月７日大法廷判決・民集３６巻７号１２３５頁，最高裁平成１９年９月２８日第二小法廷判決・民集６１巻６号２３４５頁参照）。
したがって，本件各処分の根拠となった国年法等の規定に係る立法府の選択決定が著しく合理性を欠き，明らかに裁量の逸脱，濫用とみざるを得ないときは，当該規定及びこれに依拠する本件各処分が同条に違反するものと解するのが相当である。
⑵ア平成２４年改正法は，特例水準を段階的に解消することを内容とするものであり，平成２５年政令は，これを受けて特例水準を一部解消するための具体的な減少率を踏まえて具体的な年金額等の算定に必要な割合を定めるものである。
イ前記認定事実によれば，こうした特例水準は，物価スライド制に基づくと平成１２年度においては年金額等を０．３％減額改定すべきところを，年金受給者の購買力を維持して景気を維持する政策の実現を目的としてこうした改定をしないことを内容とする平成１２年特例法を制定したことにより創設されたものであり（前記認定事実⑵イ），国年法等が予定する年金額等の給付水準を是正するものではなく，景気の維持という他の政策の実現の手段の一つとして採用されたものであるといえる。また，特例水準は，国年法等とは別の「平成十二年度における国民年金法による年金の額等の改定の特例に関する法律」（平成１２年特例法）によって設けられたものであり，その法律の題名からして年金額等の改定をしないことは通常の措置でないことが明らかであるといえる上，その特例措置は平成１２年度に限られていたのであるから，新たな法律が制定されなければ特例水準は平成１２年度末で解消されていたのである。そして，こうした特例措置は，平成８年にも同様の特例法により講じられており，当該特例措置は翌年度の物価指数の変動に伴い，新たな措置が講じられなかったこと（前記認定事実⑴）からすれば，平成１２年特例法の制定時においては，平成８年当時と同様に，平成１２年度末をもって特例水準が解消されることとし，翌年度以降の特例水準の在り方は，将来の情勢変化に委ねられていたものである。
こうした内閣及び国会による政策判断は，平成１３年度及び平成１４年度においても継続されたが，その一方で，２度目の特例法を平成１３年に制定する際に，更に翌年度の特例法が制定され得ることに鑑み，特例水準に係る措置その他の見直しについて検討を行うべき旨の再検討規定を設ける（前記認定事実⑵ウ）ことで，国会において，特例水準が安易に継続されないこととする意思が表明されたものということができる。そうすると，特例水準は，これが創設された時点及びこれを一度継続することを決した時点において，将来的には解消されるべきものであることが想定されていたものとみるのが相当である。
ウそして，上記再検討規定を受けて厚生労働大臣が検討した結果，年金の原資に対する国庫負担率を上昇させる一方で保険金に係る保険料額及び保険料率を固定することとし，併せてマクロ経済スライドを導入して物価水準の上昇割合に比較して給付水準の上昇割合を抑えることとし，これに沿った法案（平成１６年改正法）が内閣から国会に提出され，国会において可決されたものである（前記前提事実⑴ウ，前記認定事実⑶オ）が，平成１６年改正法は，経過措置として，その法案の提出時における特例水準（平成１３年当時の特例水準）を固定化しつつ，その後の物価指数の上昇によってこれを解消することを予定し，その際，マクロ経済スライドの規定を考慮しないこととして，解消の時期が可及的に早期になるよう想定していたものであり（前記認定事実⑶ウからオまで），平成２４年改正法は，平成１６年改正法による改正後の国年法等の規定を受けて行った財政検証の結果判明した状況の変化を踏まえ，特例水準の解消を，平成１６年改正法によれば実現される時期よりも早期に実現するという政策判断に基づいたものである（前記認定事実⑸，⑹）。


上記のとおり，平成１６年改正法においては，特例水準が解消されればその改正法の内容が実現されるという関係にあること（前記認定事実⑶オ参照）に照らすと，平成２４年改正法は，特例水準の早期解消とともに，保険料額及び率の固定並びにマクロ経済スライドの早期実現を図ることを目的としたものであるところ，この政策判断は，前記認定事実⑶から⑹までによれば，社会保障審議会において，人口推計，財政状況その他の客観的情報（前記認定事実⑶ア，⑷及び⑸）を参照した結果，少子高齢化が平成１６年改正法について検討した時点に比べて更に進行しており，年金の原資を保険料及び国庫負担金とし一部を積立金とする一方で，残部を直ちに年金の給付に充てることとしている制度においては，将来世代の負担が過重となるという課題があり，こうした課題を極力解消するための検討をした結果策定されたものということができる。こうした検討過程における客観的情報に鑑みると，保険料を負担すべき世代の人口の減少と同時に年金額等の給付を受ける世代の人口の増加が見込まれるのみならず，財政状況の赤字額が拡大していることが明らかであり，上記政策判断につき，こうした事情との合理的関連性や専門的知見との整合性に誤りがあるということはできない。また，平成２４年改正法を立案して国会に提出した厚生労働大臣ないし内閣の判断，また，これを受けて法案を審議し，可決した国会の判断は，専門委員会のこのような検討を経た結果出された意見に基づくものであり，その判断の過程及び手続に過誤，欠落があるというべき事情はうかがわれない。
エこのように，特例水準は，年金給付の水準とは異なる政策目的のために創設されたもので，その創設時から将来における解消が予定されていたものであり，また，その解消の判断に至る過程における判断及び手続に誤りがあるということもできない。そうすると，平成２４年改正法の内容の策定について，国会に明らかな裁量権の逸脱又はその濫用があるということはできないから，憲法２５条に反するということはできない。また，平成２４年改正法を受けて制定された平成２５年政令は，年金額等を算定するための技術的事項に関するものであり，その内容に照らして内閣に裁量の余地はない。したがって，これらに基づく本件各処分が同条に反するということはできない。
⑶次に，本件各処分が社会権規約に違反するか否かについて検討する。社会権規約９条は，この規約の締約国は社会保険その他の社会保障についてのすべての者の権利を認める旨規定しているが，これは，締約国において，社会保障についての権利が国の社会政策により保護されるに値するものであることを確認し，この権利の実現に向けて積極的に社会保障政策を推進すべき政治的責任を負うことを宣明したものであって，個人に対し即時に具体的権利を付与すべきことを定めたものではない。このことは，社会権規約２条１項が締約国において「立法措置その他のすべての適当な方法によりこの規約において認められる権利の完全な実現を漸進的に達成する」ことを求めていることからも明らかである。（最高裁平成元年３月２日第一小法廷判決・裁判集民事１５６号２７１頁参照）
そうすると，社会権規約９条に基づいて社会保険その他の社会保障に関する権利が原告らに与えられたものということはできないから，本件各処分が同条に基づく権利を侵害するということはできない。
⑷以上に対し，原告らは，次のとおり主張するが，それぞれにおいて説示するとおり，いずれも採用することができない。
ア原告らは，社会権規約２条１項の規定に加え，社会権規約委員会においては同項が締約国に対して社会権規約の定める権利の実現に関する明確な法的義務を課したものである旨の見解を示していることからすれば，社会保障に係る権利について取られた後退的な措置は規約上禁じられると解すべきであり，本件各処分は上記の後退的な措置に当たるから，被告においてその正当性を立証することができない限り本件各処分が社会権規約９条に反すると主張する。
しかし，社会権規約９条の定めは締約国の国民に権利を付与するものではなく，また，社会権規約委員会の見解が直ちに締約国を法的に拘束すると解すべき根拠はないことからすれば，社会保障についての権利を定める立法府の裁量を法的に羈束するものと解することはできない。イ原告らは，憲法９８条２項にいう条約遵守義務の趣旨に照らせば，憲法２５条の合憲性判断においても社会権規約９条の趣旨が反映されるべきであることや，憲法９８条２項によれば，国は社会保障制度を後退させてはならない義務があるといえるから，年金受給権の切下げについても，規制の目的が正当で，規制の手段がその目的を達成するために必要最小限の手段であるといえなければ憲法２５条に違反すると主張する。しかし，社会権規約は，２条１項及び９条を併せみると，憲法２５条と同趣旨を定めたものと解される。また，前記⑴イにおいて説示したとおり，憲法２５条にいう健康で文化的な最低限度の生活という概念の具体的内容を決するに当たっては，複雑多様で高度の専門技術的な考察とそれに基づいた政策的判断を必要とするものと解される。そして，国年法等は，その制度によって生活の維持又は安定に寄与することを目的とし（国年法１条，厚年法１条），これによって上記の最低限度の生活を保持することを目的としていない。
こうしたことに鑑みると，本件各処分前の年金額等の水準が憲法２５条によって保障される上記の最低限度の水準であると解することはできないし，これを下回ることが同条によって保障される水準を侵害するものであると解することもできない。そうすると，本件各処分やその根拠となった平成２４年改正法及び平成２５年政令が，憲法上の保障する権利ないし水準に対する規制であるとして，その目的及び手段の相当性を判断することにより同条の適合性を判断することは相当でない。
加えて，憲法２５条２項は，国が社会保障の向上及び増進に努めなければならない旨を定めており，国に対して努力する義務を定めているにとどまる。そうすると，同項において，社会保障制度を後退させることが禁じられていると解することはできず，制度の後退が原則として同行に違反するということもできない。
したがって，原告らの主張する上記の解釈基準を採用することはできない。
ウ原告らは，公的年金制度はそれ自体で健康で文化的な最低限度の生活を営むことができる程度の生活を保障するものでなければならないことを前提に，平成２４年改正法が，健康で文化的な最低限度の生活を営むことのできる水準を下回る程度に年金額等を切り下げるものであるから，憲法２５条に違反すると主張する。
しかし，前記イにおいて説示したとおり，憲法２５条にいう健康で文化的な最低限度の生活という概念の具体的内容を決するに当たっては，複雑多様で高度の専門技術的な考察とそれに基づいた政策的判断を必要とするものと解され，また，国年法等は，その制度によって生活の維持又は安定に寄与することを目的とし（国年法１条，厚年法１条），これによって上記の最低限度の生活を保持することを目的としていない。原告らの主張は，前提を欠くものといわざるを得ない。