Endonezya ordusu, GAM'ın bağımsızlık savaşı sırasında sıklıkla insan hakları ihlalleri ile suçlandı, bu suçlamalar, ayrılıkçıları hak ihlalleri yapmakla suçlarken genel olarak reddetti.
Endonezya ordusu, GAM ile daha önceki savaşlarında insan hakları ihlalleri ile suçlandı, genel olarak reddetti.