हालांकि एम्स ने आरोपों को खारिज कर दिया। संस्थान स्पष्ट रूप से कहना चाहेगा कि प्रो. सुधीर गुप्ता पर किसी मामले के लिए उनकी मेडिकल राय के सिलसिले में कभी कोई बाहरी दबाव नहीं डाला गया। एम्स ने एक बयान में कहा है, 'इस सिलसिले में मीडिया में प्रो. गुप्ता द्वारा लगाए गए आरोप बेबुनियाद हैं और इनसे इनकार किया जाता है।'