थरूर के हिंदू पाकिस्तान’ और हिंदुवाद में तालिबान’ जैसे बयानों से हाल में विवाद पैदा हो गया था जिस पर उन्होंने कहा कि उन्हें इन टिप्पणियों पर खेद नहीं है। उन्होंने कहा कि चुनौती इस बात की है कि कोई भी बात कहने पर भाजपा और मीडिया इसे संदर्भ से बाहर पेश कर विवाद पैदा कर देते हैं। उन्होंने स्पष्ट किया, ‘‘मैंने यह नहीं कहा कि भारत हिंदू पाकिस्तान है। मैंने कहा कि अगर भाजपा फिर से जीतती है और संसद के दोनों सदनों में उसके पास संख्या बल होता है तो हिंदू राष्ट्र के निर्माण की उनकी परियोजना को कोई नहीं रोक सकता जो पाकिस्तान की तरह होगा और इस तरह हम एक हिंदू पाकिस्तान बनकर रह जाएंगे।’’