निपाह वायरस इन्सेफलाइटिस को फैलाने वाला आरएनए या रिबोन्यूक्लिक एसिड वायरस पैरामाइक्सोविरिडे, जीनस हेनिपावायरस प्रजाति का होता है। यह हेन्ड्रा वायरस से संबंधित है जो घोड़ों और मनुष्यों के वायरल सांस संक्रमण से संबन्‍धित होता है।