पाकिस्तानी जेआईटी का नेतृत्व पंजाब के अतिरिक्त पुलिस महानिरीक्षक (आतंकवाद निरोधक विभाग) मोहम्मद ताहिर राय कर रहे हैं जिसमें आईएसआई के लेफ्टिनेंट कर्नल तनवीर अहमद भी हैं. रक्षा मंत्रालय ने जेआईटी सदस्यों को ले जाने वाले विशेष विमान को पठानकोट एयरबेस में उतरने की अनुमति नहीं दी थी.