केंद्र की पूर्ववर्ती कांग्रेस नीत संप्रग सरकार ने उच्चतम न्यायालय में एएमयू के अल्पसंख्यक दर्जे के दावे का समर्थन किया था. वहीं, मौजूदा नरेंद्र मोदी सरकार ने इसके ठीक उलटा रुख अपनाते हुए एक हलफनामा दाखिल कर एएमयू के दावे को निरस्त कर दिया है.