इस पूरे विवाद की शुरुआत बीजेपी सांसद सतीश गौतम के खत से हुई थी. सतीश गौतम ने एएमयू के वीसी को पत्र लिखकर पूछा था कि यूनिवर्सिटी में जिन्ना की तस्वीर क्यों लगाई गई है. इसके बाद इस मामले में एक के बाद एक कई सवाल उठाए गए. यूनिवर्सिटी की तरफ से कहा गया कि जिन्ना की तस्वीर आजादी से पहले आजीवन सदस्यता मिलने के कारण लगाई गई थी.