बृहत आंकड़ों के साथ काम करने में आने वाली मुख्य चुनौतियाँ ये हैं- विश्लेषण, एकत्रीकरण (capture), खोज करना, भण्डारण, स्थानान्तरण, आँकडों का दर्शन (visualization), आंकड़ों से सूचना निकालना (querying), अद्यतन करना (updating) तथा सूचना की गुप्तता आदि।