गृह मंत्रालय में अतिरिक्त सचिव बी के प्रसाद ने केंद्रीय गृह सचिव राजीव महर्षि को जमा की गयी अपनी जांच रिपोर्ट में कहा है कि गृह मंत्रालय से गुम हो गये इशरत जहां कथित फर्जी मुठभेड़ मामले से संबंधित पांच दस्तावेजों में से केवल एक कागज मिला है. जांच समिति ने कहा है, ”जाहिर है कि दस्तावेज जानबूझकर या अनजाने में हटाये गये या खो गये.”