وقد بدات الكنيسة السفلى في عام 1228 , بعد سنتين من وفاة فرانسيس والسنة التيته فيها , وتم رسم اللوحات الجدارية في القرن التاسع عشر , ولكن شرفة عصر النهضة تسبق مدخل الجانب القوطي .
الكنيسة السفلى انتهت قبل ثلاث سنوات من وفاة فرانسيس .