Historia bibliotek w Zamościu sięga czasów Akademii Zamojskiej. Bibliotekę Akademii tworzyły księgozbiory: Jana Zamoyskiego, profesorów, Szymona Szymonowica – współtwórcy i organizatora Akademii. Po kasacie Akademii biblioteka stała się własnością Ordynacji Zamojskiej. W 1811 roku XII ordynat Stanisław Kostka Zamoyski przeniósł księgozbiór do Warszawy i tam ustanowił Bibliotekę Ordynacji Zamojskiej, która do wybuchu II wojny światowej była czołową placówką naukową. Znaczącą w Zamościu była Biblioteka Kolegiacka. Pierwsze biblioteki publiczne powstawały w 3 ćwierci XIX i na początku wieku XIX. Były to zwykle księgarnie, które także wypożyczały książki. W wieku XIX książki udostępniały także szkoły i bractwa religijne.
W 1906 r. otwarto w Zamościu „bezpłatną czytelnię i bibliotekę” przy stowarzyszeniu Polska Macierz Szkolna. Wraz z rozwiązaniem stowarzyszenia, biblioteka oficjalnie przestała istnieć. Jej działalność zalegalizowano w roku 1908, rejestrując „publiczną bibliotekę i czytelnię” na nazwisko Marii Jaśkiewicz. Po jej śmierci w 1915 r. księgozbiór przejęła – Regina Kłossowska.
Zamysł, aby miejską bibliotekę prowadził samorząd pojawił się w 1920 r. Regulacje prawne z tym związane, przydział lokalu i jego urządzenie oraz zakup książek były tematem obrad Rady Miasta w latach 1920-1921. W 1921 roku powołano stowarzyszenie Biblioteka Publiczna im. Jana Zamoyskiego w Zamościu, którego rejestracji dokonano w roku następnym. Bibliotekę utworzono w oparciu o księgozbiór przekazany przez Towarzystwo Akcyjne „Ziemianin” i bibliotekę zarządzaną przez Reginę Kłossowską. Przejęcie biblioteki przez władze miejskie zapewniło jej coroczne finanse na utrzymanie lokalu i zakup książek. Fundusze na działalność przydzielał zarówno Zarząd Miejski, jak i Wydział Powiatowy. W pierwszych latach bibliotekę prowadziła Regina Kłossowska, następnie Stanisława Lewicka, w 1934 r. zarząd biblioteki objął mecenas Henryk Rosiński. Kolejnymi kierownikami były: Ludwika Gołkowska (1934-1937) i Halina Górczyńska (1937-1941). Z czasem działalność biblioteki była niewystarczająca w stosunku do potrzeb społecznych. Powołane do wspierania działalności biblioteki stowarzyszenie było tworem formalnym i w 1927 roku uległo rozwiązaniu. Majątek biblioteki w formie darowizny przejęło zamojskie Koło Miłośników Książki. Zmiana ta dokonała się, m. in. z inicjatywy Zygmunta Klukowskiego.
21 września 1928 Koło Miłośników Książki przejęło Bibliotekę Publiczną w Zamościu – mamy ten akt w oryginale
Po wybuchu II wojny światowej Biblioteka Publiczna im. Jana Zamoyskiego w Zamościu zachowała swój dotychczasowy lokal w gmachu magistratu. Z czasem Niemcy rozpoczęli systematyczne kontrole księgozbioru. Ich efektem było zniszczenie części książek szkodliwych zdaniem okupanta, przez zatopienie w bagnie za miejską elektrownią. Bibliotekę zamknięto z końcem 1941 roku. Poprzedziła je akcja wypożyczania cenniejszych książek na przechowanie u czytelników. Duży zbiór książek przechował we własnym domu Władysław Kabat – kustosz zamojskiego muzeum.
Po wojnie, decyzję o powołaniu biblioteki podjęło Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w dniu 18 listopada 1944 r. Prowadzenie biblioteki miejskiej powierzono Towarzystwu Uniwersytetu Robotniczego. Podjęto prace nad katalogowaniem książek, akcję zbierania książek (w dniach 3-4 grudnia 1944 r. zebrano 2 tysiące egzemplarzy) oraz zbiórkę pieniędzy na cele biblioteczne. Otwarcie biblioteki miało miejsce 8 maja 1945 roku, w lokalu przy ul. Kołłątaja 6. Kierownictwo i prowadzenie biblioteki powierzono Annie i Irenie Todys (1945-1047).
Na mocy dekretu o bibliotekach i opiece nad zbiorami bibliotecznymi Zarząd Miasta Zamościa przejął bibliotekę 16 maja 1947 r. Decyzja ta spowodowała włączenie zamojskiej biblioteki do jednolitego systemu bibliotecznego w Polsce. Na jej siedzibę przeznaczono pomieszczenia w ratuszu. Kierownictwo biblioteką objął Władysław Kabat (1947). Kolejno placówką kierowali: Helena Górczyńska-Tokarz (1947-1948), Józefa Ociepko-Kuchnicka (1948-1953), Lucyna Bernacka (1953-1955), Jan Knybel (1955-1956) i Bolesława Jadwiga Darska (1956-1962). W 1959 roku bibliotekę – na 46 lat przeniesiono z ratusza do synagogi.
W 1962 roku powołano Powiatową i Miejską Bibliotekę Publiczną w Zamościu. Jej kierownikiem została Janina Mędrys (1962-1968). Prawdopodobnie wówczas biblioteka przestała używać imienia dotychczasowego patrona – Jana Zamoyskiego, choć książki jeszcze przez jakiś czas stemplowano starą pieczęcią. Kierownikiem biblioteki w 1968 roku został Bernard Borowski, który pełnił tę funkcję do 1975 roku.
Wraz z utworzeniem województwa zamojskiego, 1 lipca 1975 roku powołano Wojewódzką i Miejską Bibliotekę Publiczną w Zamościu, wraz z zespołami terenowymi w Biłgoraju, Hrubieszowie, Tomaszowie Lubelskim i Zamościu. Zespoły pełniły funkcję koordynacyjną i instruktażową dla bibliotek gminnych. Zadaniem biblioteki, jako głównej publicznej biblioteki województwa, oprócz obsługi mieszkańców Zamościa, było także rozwijanie i zaspokajanie potrzeb czytelniczych oraz informacyjnych regionu. Biblioteką kolejno kierowali dyrektorzy: Kazimierz Buczek (1976-1991) i Krystyna Gruszka (1991-2008) oraz ich zastępcy: Irmina Szyper (1975-1979), Witold Tkaczyk (1980-1982), Regina Pałczyńska (1982-1988) oraz Halina Biniek (1996-2008).
Kolejną reorganizację przeszła biblioteka publiczna w 1999 roku, wraz z likwidacją województwa zamojskiego. Biblioteka straciła status biblioteki wojewódzkiej. Powiatowa i Miejska Biblioteka Publiczna w Zamościu stała się samorządową instytucją kultury prowadzoną przez Urząd Miasta Zamość, z zadaniami biblioteki powiatowej. W czerwcu 2005 roku placówka przeniosła się do nowej siedziby przy ul. Kamiennej 20, zlokalizowanej w adaptowanym dla jej potrzeb dawnym budynku koszarowym z początku XX wieku. Dnia 19 maja 2006 roku, podczas jubileuszu 85-lecia biblioteki publicznej w Zamościu, nadano jej imię Stanisława Kostki Zamoyskiego, twórcy Biblioteki Ordynacji Zamojskiej. Podczas tej uroczystości zamojska biblioteka została odznaczona medalem Bibliotheca Magna-Perennisque, przyznanym przez Zarząd Główny Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich.
Uchwałą Rady Miejskiej z 26 maja 2008 r. biblioteka zmieniła nazwę na: Książnica Zamojska im. Stanisława Kostki Zamoyskiego w Zamościu. Do 23 października 2008 r. dyrektorem Książnicy była Krystyna Gruszka, od 24 października 2008 r. do 15 czerwca 2009 r. obowiązki dyrektora pełniła Halina Zielińska. Od 16 czerwca 2009 r. do 27 grudnia 2017 r. dyrektorem była Danuta Regina Kawałko. 2 stycznia 2018 r. stanowisko dyrektora objął Piotr Bartnik.
W roku 2021 biblioteka świętowała Jubileusz 100-lecia istnienia.