Naiku (İç Tapınak), Güneş Tanrıçası ve Shinto'nun yüce tanrısı olan Amaterasu'ya adandığı için iki türbelerin daha önemlisidir.
Naiku, Ise Büyük Tapınağı'nın en önemli parçasıdır.
Naiku tapınaklarla ilgili olarak önemli değildir ve hiçbir tanrıya adanmamıştır.