İ.Ö 494'te Persler Milet'i yok ettiklerinde Didyma'daki Apollo Tapınağı'na da yerle bir ettiler.
Apollo Tapınağı Persler tarafından tamamen yok edildi.
Persler, Milet'i yok etmesine rağmen Didyma'daki Apollo Tapınağı'yı güvende tuttular.