Kan'eiji, 1868'e kadar büyük bir gücün koltuğuydu ve imparatorluk ordusuna karşı Shogun'un son duruşunda savaş alanı haline geldi ve binaların çoğu yıkıldı.
Kan'eiji'deki binaların çoğu 19. yüzyılın sonlarında yıkıldı.
1868 yılında Kan'eiji'de meydana gelen savaş sırasında hiçbir bina hasar görmedi.