Ancak ikinci dönem bölgesel huzursuzluk sorunlarıyla doldu, özellikle ülkenin kuzeydoğu bölgesinde, yerel katliamların 3.000 ölü bıraktığı Assam'da ve Sih militanlarının daha fazla özerklik ve hatta bağımsızlık için şiddet gösterileri düzenlediği Pencap'ta.
İkinci dönem, katliamlardan şiddet gösterilerine kadar sorunlarla boğulmuştu.
İkinci dönem, bölgenin yaşadığı en huzurlu dönemdi.