<h1>결 과</h1><h2>비표지 단백질체 정량 분석</h2><p>실험에 사용한 Azo는 이전에 보고된 내용에 따라 합성하였고 이후 벼 잎 단백질체를 Azo 및 SDS가 포함된 buffer에 녹여 준 뒤 비표지 단백질체 분석법을 활용한 비교 분석을 수행하였다. 이를 통해 3,365개의 단백질체 그룹과 이와 일치하는 22,672개의 peptide 및 21,338개의 unique peptide를 확인하였다. Azo 및 SDS 각각의 3반복 샘플의 CV값은 각각 \( 1.0 \% \) 및 \( 0.5 \% \) 미만이었다. 또한 잠재적 오염인자 및 식별된 unique peptide의 개수가 1개 미만인 단백질과 반복 간에 확인된 intensity 값이 \( 70 \% \) 미만인 단백질을 제거하여 총 2,343 개의 단백질을 최종적으로 식별하였다. 또한, 반복 분석 간의 Pearson 상관계수 분석 결과는 각각 Azo 샘플에서는 0.96 에서 0.99 사이의 값을 SDS 샘플에서는 0.99 값으로 반복 간에 높은 상관관계를 보여주었다. PCA 분석에서 PCl(\(93.5 \%\))의 경우 서로 다른 계면활성제에 가용화된 두 샘플 간의 명확한 차이를 보여주고 있으며, PC2(\(6.5 \%\))의 경우 동일한 샘플의 반복 간의 차이를 보여주고 있다. 최종적으로, multiple sample test (One-way ANOVA,Benjamini-Hochberg \( \mathrm{FDR}<0.05\), \( \mathrm{FC}>1.25 \) ) 분석 결과 총 682개의 통계적으로 유효한 발현 차이를 보이는 단백질을 확인하였다.</p><h2>단백질 기능분석</h2><p>Volcano plot alc HCA 분석걸과 봉계석으로 유의한 차이를 보이는 단백질들은 2개의 주요 cluster로 분류되었다. 각 cluster의 경우 Azo에 가용화된 샘플에서 증가되는 332개 단백질(cluster_1) 과 SDS에 가용화된 샘플에서 증가되는 350개 단백질(cluster_2)인 것으로 학인되었다. 해당 단배질들의 기능 분석을 위하여 GO 분석을 수행하였으며, 그 결과 biological process, molecular function, 및 cellular component에 해당하는 다양한 GO term들을 확인하였다. 특허, cellular component 중 intracellular(각각 cluster_1과_2에서 확인된 220 개 및 279개 단백질)와 cytosol(각각 cluster_1과_2에서 확인된 254개 및 270개 단백질)은 cellular component 범주에서 Azo 및 SDS 샘플 모두에서 특징적으로 농축되어 나타난 GO term들임을 확인하였다. 반면, organelle의 경우 SDS에 가용화된 샘플에서는 237개의 단백질이 포함되었고, Azo에 가용화된 샘플에서는 101개의 단백질이 해당 범주의 GO term에 포함되는 것을 확인하였다.</p><h2>세포 내 단백질체의 위치 확인 분석 및 KEGG 경로 분석</h2><p>유효한 발현차이를 보이는 단백질의 세포 내 위치 확인 및 KEGG 경로 분석을 수행하였다. 그 결과는 Azo (cluster_1)에서 유의미하게 증가한 332개의 단백질 중 136개 (\( 41.0 \% \)) 및 149개 (\( 44.9 \% \))의 단백질이 각각 세포질 및 세포 소기관에 위치하는 것을 확인하였으며, 나머지 47개 (\( 14.2 \% \))의 단백질들은 마이크로솜 막에 위치하는 것으로 나타났다. 반면 SDS (cluster_2)에서는 각각 124개((\ 37.3\% \)), 153개 (\( 46.1 \% \)), 및 56개 (\( 16.6 \% \)) 의 단백질들이 각각 세포질, 세포 소기관, 및 마이크로솜 막에 위치하는 것을 확인하였다. 각각 AzO와 SDS 계면활성제에 가용화된 단백질들의 세포 내 위치 분석의 경우 유사한 결과를 보여주고 있지만, 각 각의 세포소기관 구성요소의 비율이 다름을 확인하였다. AzO에서는 엽록체 (\( 37.5 \% \)), 핵 (\( 32.9 \% \)), 미토콘드리아 (\( 15.8 \% \)), 액포 (\( 6.6 \% \)), 소포체 (\( 3.9 \% \)), 세포골격 (\( 2.6 \% \)), 퍼옥시좀 (\( 0.7 \% \))의 순으로 나타난 반면 SDS에서는 엽록체가 \( 64.0 \% \) 로 큰 비율을 차지하였으며 미토콘드리아 (\( 16.2 \% \)), 핵 (\( 14.2 \% \)), 소포체 (\( 2.0 \% \)) 순으로 나타났고 나머지 세포소기관들이 \( 3.5 \% \) 를 차지하는 것을 추가적으로 확인하였다.</p><p>또한, KEGG brite 데이터베이스를 기반으로 KEGG 경로 분석을 수행하였고, 그 결과 AzO에 가용화한 단백질 샘플의 경우 SDS에 가용화한 단백질 샘플에 비해 많은 수의 단백질들이 다양한 KEGG pathway에 annotation되는 것을 확인하였다. 특히, Azo 샘플의 경우 mRNA 생합성, 막 수송(membrane trafficking) 스플라이소솜, 펩티다아제 억제제 등과 관련된 단백질이 더 많이 검출되었다.</p>
Volcano plot alc HCA 결과 분류한 단백질의 기능 검사를 위해 사용한 방법이 뭐야?
GO 분석