<h1>결과 및 고찰</h1><h2>Genome-wide SNP</h2><p>수집한 토마토 234 계통 SRA의 총길이는 \( 1.58 \mathrm{Tbp} \) 였으며, 유 전체 단편 염기서열(short read)의 품질을 측정하고 기준 품 질 이하의 염기서열을 제거하여 원 데이터(raw data) 대비 \( 79 \% \) 인 \( 1.24 \mathrm{Tbp} \) 길이의 염기서열을 확보하였다. 토마토 계통 별로 정제된 염기서열들을 토마토 표준 유전체 ( S. lycopersicum \( 2.4 \mathrm{v}) \) 에 정렬한 결과, 전처리 된 단편 서열 중 \( 89.97 \% \) 가 표준 유전체에 정렬되어 변이정보를 탐색할 수 있었다. 토마토 234계통의 각각의 SNP 발생 정보를 통합하여 정 리한 결과, 통합 29,504,960개의 SNP 정보를 확보하였다. 토 마토 234개 계통 중 주요 3종별 SNP 발생 경향을 조사한 결과, 현재 표준유전체와 재배종이 포함되어 있는 Solamum lycopersicum에 속하는 126개 계통은 1개 계통(SRR1572666)을 제 외하고 대부분 1 만 10 만여 개의 SNP가 탐색되었다. Solamum lycopersicum var. cerasiforme에 속하는 68개 계통은 적게는10 만여 개에서 많게는 250 만 여개에 이르는 등 Solamum lycopersicum에 비해 계통 간 발생한 SNP 개수의 범위가 넓었 다. Solanum pimpinellifolium 에 속하는 33개 계통은 표준 유전 체 대비 250 만에서 3 백만여개의 SNP가 추출되어 품종별 현 격한 차이가 있음을 확인하였다(Fig. 1).</p><p>추출한 SNP 정보를 기반으로 토마토 234개의 계통수 분 석을 실시하였다. SNP 개수와 상응하게 Solanum lycopersicum, Solamum lycopersicum var. cerasiforme, Solamum pimpinellifolium 그룹을 명확하게 구분할 수 있었으며 종내 변이의 폭도 확인 할 수 있었다. Solanum lycopersicum의 경우 대부분 변이의 폭 이 적게 나타난 것에 비해 Solamum lycopersicum var. cerasiforme, Solamum pimpinellifolium에서는 계통간 변이의 폭이 크게 나타났다(Fig. 1).</p><p>유전자 단위의 haplotype 분석</p><p>유전자별 SNP를 분류하기 위해 토마토 표준 유전체 내 유전자 위치(physical position) 정보를 이용해 34,727개의 유전자 내에 발생한 SNP를 선발하여 유전자 별로 SNP를 분류하였 다. 유전자별 SNP의 발생정도를 조사한 결과 약 \( 6.2 \% \) 에 해 당하는 2,160 개의 유전자 내에는 SNP가 발생하지 않는 것으 로 조사되었다. 나머지 32,567 개의 유전자에서 \( \mathrm{MAF} \leq 0.2 \) 조 건에 해당하는 SNP를 제거하여 27,630 개의 유전자에서 175,287 개의 정제된 SNP를 확보하여 향후 분석에 사용하였다. 따라 서, 유전자 내에 SNP가 존재하지 않는 2, 160 개의 유전자와 \( \mathrm{MAF} \leq 0.2 \) 필터조건을 만족하지 못하는 소수의 SNP를 가진 유전자가 제외되면서 4,930 개의 유전자가 haplotype 분석에 서 제외되었다(Table 2).</p><p>유전자 당 SNP 발생 빈도를 살펴보면, 1 개에서 10 개 이내 의 SNP가 발생하는 경우가 가장 높은 비율을 차지했고, 50 개 이상의 SNP가 발생한 유전자도 2,189개 탐색 되었다(Fig. 2).</p><p>선발된 SNP의 유전자 haplotype 분석은 multiple alignment를 통해 유전자별로 크게 2개의 단상형으로 구분할 수 있음을 확인하였다. Phylogenetic tree 분석을 통해 살펴보면 Solanumlycopersicum과 Solanum lycopersicum var. cerasiforme가 한 종류의 haplotype으로 묶이고 Solanum pimpinellifolium이 또 다른 haplotype으로 분류되는 경향을 보였으나 반드시 일치하지는 않았다. 표준유전체와 동일한 유형을 ‘type 1’으로 분류하고 다음으로 많이 나오는 유형을 ‘type 2’로 분류하였다.SNP 중 30% 이상 차이를 보이는 경우에는 ‘other’로 분류하였다. Solanum lycopersicum 각 계통의 유전자를 타입별로 분류해보면 대부분의 염색체가 ‘type 1’으로 구성되어 있으나Solanum lycopersicum var. cerasiforme의 경우는 계통별로 ‘type1’과 ‘type 2’ 구성의 변이차가 큰 것을 확인하였다. Solanumpimpinellifolium의 경우는 대부분의 계통이 ‘type 2’의 구성으로 되어 있으나 ‘other’ 구성이 계통에 따라 차이가 있었다(Fig. 2).</p>
Solanum pimpinellifolium 에 속하는 33개 계통의 품종별 현격한 차이 확인할 수 있었던 이유는 무엇인가요?
표준 유전 체 대비 250 만에서 3 백만여개의 SNP가 추출되어