<h2>MeJA 처리에 의해 변화하는 Differentially expressed genes (DEGs) 분석</h2><p>식물에 MeJA 를 처리하면 에틸렌 생합성과 옥신 반응성 및 수송을 저해하고, 세포 내에서 이차대사계를 활성화시키는 것으로 알려져 있다. TO1000DH3와 Early big에 MeJA 를 처리하여 발현이 변하는 전사체를 분석하기 위하여, MeJA 처리 전 샘플과 비교했을 때 MeJA 처리에 의해 발현이 2 배 이상 변하는 전사체를 TO1000DH3에서 12,020 개(up-regulated transcript 5,887개, down-regulated transcript 6,133개), Early big에서 13,510개(up-regulated transcript 6,955개, down-regulated transcript 6,555개)를 선발하였다. TO1000DH3와 Early big에서 MeJA 처리 후 12,24,48 시간에 따라 2 배 이상 발현이 변한 전사체의 GO 분석을 수행하였다. Up-regulated된 전사체를 비교해보면 TO1000DH3 와 Early big에서 공통적으로 response to stimulus (GO:0050896), response to chemical (GO:0042221), response to oxygen-containing compound (GO: 1901700), response to acid chemical (GO:0001101) 및 oxidoreductase activity (GO:0016491)에 GO enrichment 되었다. 2 배 이상 발현이 증가한 전사체의 GO enrichment 결과 response to organic substance (GO:0010033), organic acid metabolic process (GO:0006082), oxoacid metabolic process (GO:0043436), tetrapyrrole binding(GO:0046906), oxygen binding (GO:0019825) 및 dioxygenase activity (GO:0051213)는 TO1000DH3 에서만 확인되었다. 반면에 response to organic substance (GO:0010033), response to jasmonic acid (GO:0009753), ion binding (GO:0043167), transferase activity (GO:0016740) 및 transcription factor activity (GO:0003700)는 Early big에서만 확인되었다. MeJA 처리에 의해 2 배 이상 발현이 감소한 전사체의 GO enrichment 결과 single-organism process (GO:0044699), response to stimulus (GO:0050896), ribosome biogenesis (GO:0042254), protein binding (GO:0005515), DNA binding (GO:0003677), transcription factor activity (GO:0003700), protein dime-rization activity (GO:0046983), transferase activity (GO:0016741), structural constituent of ribosome (GO:0003735), rRNA binding (GO:0019843) 및 snoRNA binding (GO:0030515)는 TO1000DH3 와 Early big 공통적으로 enrichment 되었다. MeJA 처리 후 2 배 이상 발현이 감소한 전사체 중 TO1000DH3에서는 regulation of transcription (GO:0006355)과 binding 관련(ion binding, ADP binding), metabolic process (nucleic acid metabolic process, RNA metabolic process, ncRNA metabolic process, rRNA metabolic process) 관련 GO term이 주로 enrichment 되었다. Early big에서는 스트레스 관련(response to abiotic stimulus, response to organic substance, response to chemical, response to hormone), 광합성 관련(photosynthesis, plastid organization, carbon fixation), 펩타이드 합성 관련(amide biosynthetic process, translation) GO 가 enrichment 되었다.</p><p>유묘기 TO1000DH3와 Early big에 MeJA 를 처리하였을 때 글루코시놀레이트 함량과 연관되어 발현이 변화하는 전사체를 선발하기 위하여, 글루코시놀레이트 분석 결과 유의하게 함량이 증가하거나 감소한 샘플에서 MeJA 처리 전보다 발현이 2 배 이상 증가 또는 감소하는 전사체를 선발하였다. MeJA 에 의해 glucobrassicin, neoglucobrassicin 함량과 연관되어 발현이 2 배 이상 증가한 434 개의 전사체는 secondary metabolic process (GO:0019748), glucosinolate metabolic process (GO:0019760), response to wounding (GO:0009611) 및 response to jasmonic acid (GO:0009753)에 enrichment되었다. 특히 인돌릭 글루코시놀레이트 생합성과 관련된 MYB34 (Bo7g098110), IGMT2 ( Bo8g070650), CYP81D1 (Bo6g056440), CYP81D4 (Bo7g118500), CYP81F4 (Bo1g004730, Bo01007s020), CYP81G1 (Bo4g154660), CYP83B1 (Bo8g024390) 및 CYP91A2 (Bo1g003710)가 MeJA 에 의해 발현이 TO1000DH3와 Early big에서 모두 증가하였다. 산화를 통해 핵심구조 (core structure)를 형성하는 Cytochrome P450 (CYP) 는 heme을 prosthetic group으로 갖는 superfamily 효소군으로 환경 자극이나 외부 물질에 대해 산화 대사 작용을 수행하는 필수 촉매 효소로 알려져 있다. BrCYP79F1은 청색광과 적색광에 노출된 배추 유묘에서 발현이 유도되었으며 글루코시놀레이트 합성을 촉진시킬 수 있다는 연구 결과가 보고되었다. Glucobrassicin, neoglucobrassicin 함량 연관되게 MeJA 처리 후 모든 샘플에서 발현이 2 배 이상 감소한 전사체 10개는 intracellular signal transduction (GO:0035556), phosphorelay signal transduction system(GO:0000160) 및 cytokinin-activated signal pathway (GO:0071368)에 enrichment 되었다. 4-methoxyglucobrassicin 함량이 유의하게 변한 TO1000DH3의 24 시간 샘플과 Early big 24, 48시간에서 발현이 증가한 전사체 808개는 주로 chemical에 반응하는 전사체였고(G0:0042221, GO: 0001101), 발현이 감소한 218 개 전사체는 호르몬에 반응하고(GO:0009725), cytokinin-activated signaling pathway (GO:0009736)에 포함되며 carbon fixation (GO:0015977)에 관련된 기능을 하였다. TO1000DH3에만 분포하는 gluconapin 함량과 관련하여 발현이 증가한 전사체 166 개는 regulation of nitrogen compound metabolic process (GO:0051171), regulation of shoot system development (GO:0048831) 및 transcription factor activity (GO:0003700)에 관련되었고, 발현이 감소한 395개 전사체는 세포분열(GO:0051301, GO:0000280, GO:1903047)과protein-disulfide reductase activity (GO:0047134)에 enrichment 되었다. Sinigrin 함량과 관련하여 발현이 증가한 28개 전사체는 phosphorelay signal transduction system (GO:0000160), ethylene-activated signaling pathway (GO:0009873) 및 calcium ion binding (GO:0005509) 기능을 하였고, 발현이 감소한 6개 전사체는 신호전달 (GO: 0044700 ), (GO: 0007154)과 protein binding (GO:0005515)에 관련되었다. Progoitrin 함량과 연관되게 발현이 증가한 76개 전사체는 gly-phosate metabolic process (GO:0018920), 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity (GO:0003866)에 enrichment하였고, 발현이 감소한 175개 전사체는 cell cycle (GO:0007049), nucleic acid metabolic process (GO:0090304), nuclear division (GO:0000280), maintenance of inflorescence meristem identity (GO:0010077), organelle fission (GO:0048285), organic cyclic com-pound metabolic process (GO:1901360), meiotic chromosome segregation (GO:0045132) 및 protein dimerization activity (GO:0046983 ) 기능에 관련되었다.</p>
Up-regulated된 전사체에서 TO1000DH3 와 Early big에서 공통적으로 다섯 형태에 go enrichment 됐어?
YES