<h1>재료 및 방법</h1><h2>홍해삼 시료에서 게놈 DNA 분리 및 서열 분석 준비</h2><p>홍해삼 시료는 제주, 남해, 울주, 울진, 울릉도 양식(일반) 및 토착종 등을 포함하여 다양하게 포획하여 본 연구에 사용하였다.</p><p>홍해삼의 게놈 DNA 추출은 QuickGene DNA Whole Blood Kit S, (KURABO, Osaka, Japan)을 사용하여 분리하였고, 이 DNA를 DNA-Seq (DNA sequencing)에 사용하였다.</p><h2>DNA Library 구축 및 sequencing</h2><p>분리된 DNA는 Covaris S2 ultra sonicator system을 이용하여 fragmentation 단계를 거친 후, Truseq Nano DNA sam-ple prep kit (Illumina, Inc., San Diego, CA)을 이용하여 \( 350\mathrm{bp} \)의 DNA 단편으로 구성된 라이브러리를 구축하였다. 이러한 최종 산물은 2100 BioAnalyzer를 이용하여 확인하였다. DNA 단편들은 blunt end로 제작되었고, 인산화한 후에, single "A" 뉴클레오티드가 single "T" overhang을 가지는 어뎁터에 라이게이션을 위해 3-말단에 추가되었다. 게놈 DNA 단편의 양 말단에 어뎁터 라이게이션은 게놈 단편에 각 가닥의 5'-와 3'-말단에 다른 서열을 제공했다. 라이브러리의 질은 capillary electrophoresis (Bioanalyzer, Agilent)에 의해 입증되었다.</p><p>구축된 라이브러리는 QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad)에 의해 정량 후에, Whole-genome se-quencing을 Illumina NovaSeq 6000 system (Illumina)에 의해 수행하였다.</p><h2>유전체 정보 확보를 위한 생물정보학 분석</h2><p>확보된 sequence reads은 sickle (v1.33)와 BWA ver.0.7.12.을 사용하여 고품질의 reads만 필터하여 얻었고, 이것은 홍해삼에 대해 mapping 및 genome assembly을 하는데 사용되었다. Mapping이후, local realignment는 GATK ver. 3.1-1을 사용하여 수행하였고, duplicates는 Picard ver.1.98 (http://picard.sourceforge.net)을 사용하였다. 서열상의 변이들은 GATK ver 3.1-1을 통해 calling이 이루어 졌으며, 변이에 대한 annotation은 SnpEff (v.4.1)에 의해서 수행되었다.</p>
DNA 단편으로 구성된 라이브러리는 어떻게 구축해?
Truseq Nano DNA sam-ple prep kit (Illumina, Inc., San Diego, CA)을 이용