<h2>배추 완전장 cDNA 의 품질확인</h2><h3>cDNA library의 insert DNA 크기 및 분포</h3><p>cDNA library의 품질 평가를 위해 1,700 clone의 plasmid DNA를 추출한 후, sfi I 처리 결과 다양한 크기로 insert DNA가 존재하였다. Insert가 없는 것은 18개 clone이었고, 500-1,000\(\mathrm{bp} \)에서 538개, 1,000-1,500\(\mathrm{bp} \)에서 500개, 1,500-2,000\(\mathrm{bp} \) 에서 301개 clone으로 전체의 \( 78.8 \% \) 였으며, 3,000\(\mathrm{bp} \)이상은 35개 clone 이었다. DNA library의 품질을 평가하기 위하여 염기서열을 분석한 결과 제작된 'Osome' library는 완전장율이 \( 90 \% \), noble 유전자가 \( 23.9 \% \) 로 cDNA library의 품질이 우수하였다 (Table 1).</p><h3>cDNA 5'말단의 sequence 해석</h3><p>상기의 조제 plasmid DNA의 96개의 clone들을 sequence 반응용으로 농도조정한 후, BigDye\( ^{\mathrm{R}} \) Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystem사)를 이용하여 5' 말단을 sequence반응 시킨 후 반응액을 DNA analyzer ABI3700 (Applied Biosystem사)를 이용하여 전기영동 후 해석하였다. Sequence 성공수는 96개 clone중 92개 clone이었으며, 92개의 clone중 중복된 clone은 2개였고 오염된 clone은 없었다. 완전장율 해석에 있어서 배추과 작물 유래의 mRNA에 \(95\%\)이상의 상동성으로 hit한 clone 수는 6개 였으며, 적어도 ORF의 5'측이 포함되어 있는 clone 수는 3개이었다. cDNA 5'측 해석 결과, e-10이하의 significance로 hit한 clone 수는 88개이었다.</p><h2>배추 FOX-Agrobacterium library를 이용한 애기장대 변이체 선발</h2><p>애기장대 (Arabidopsis thatiana)는 배추과 초본식물로서 전형적인 개화식물이면서 그 크기가 작아 좁은 공간의 실험실내에서나 멸균된 배양배지에서도 배양이 가능하다. 또한, 이 종은 고등식물 중에서 게놈 크기가 \( 70,000 \mathrm{~kb} \)로 매우 작을 뿐만 아니라, 반복적인 DNA가 거의 없는 까닭으로 유전자 지도 (genome map) 작성이 용이하며 (Pruitt and Meyerowitz 1986), 돌연변이의 우발과 선택도 용이하다 (Meyerowitz 1985). 애기장대는 이러한 이유 때문에 식물 분화기작을 규명하는 model system으로 이용되고 있으며 (Pattom and Meinke 1988), 또한 life cycle 및 genome organization 등에 있어서도 많은 장점을 가지고 있어 분자유전학적 방법을 이용한 조직배양 또는 원형질체 배양 등의 연구에 많이 이용되고 있다 (Pattom and Meinke 1988; Chaudhury and Signer 1989).</p><p>기능 손실 돌연변이체를 통해서 유전자를 클로닝하고 그 기능을 연구하는 방법은 그 광범위한 활용성에도 불구하고 단점이 존재하여 그 유용성이 제한된다. 그리고 기능 손실 돌연변이체를 제조하는 것은 일반적으로 비교적 쉬운 반면, 해당 유전자를 클로닝 하는 것은 매우 시간이 많이 소요되었다. 그러나 바이러스의 35S 프로모터 enhancer를 이용한 활성 표지 선별 법 (activation tagging screen)은 기능 획득 돌연변이체를 선별함으로써 전술한 제한점을 극복할 수 있게 되었다. 특히 이 활성 표지선별법은 얻어진 기능 획득 돌연변이체로부터 유전자를 분리하는데 걸리는 시간이 상대적으로 매우 짧다. 최근 형질 전환 기술의 발달로 대규모의 활성 표지 형질전환체 집단을 만드는 것이 점점 용이해지고 있기 때문에, 본 연구에서는 'Osome' 유래 FOX-Agrobacterium library를 이용한 애기장대의 변이체 선발 유전자 기능 해석을 하였다. 그 결과 2,500계통의 T1종자를 획득하였으며, 1계통씩 line화하여 파종, 개화를 유도하여 표현형질이 변한 285개의 형질변이체를 선발하였다 (Fig. 4).</p>
cDNA 5'측 해석 결과, e-10이하의 significance로 hit한 clone 수는 몇 개 인가?
88개