<h1>결과 및 고찰</h1><h2>감자 아생종 S. demissum 엽록체 전장유전체 완성</h2><p>NGS (Next-Generation Sequencing) 기술에 의해 완성된 S. demissum의 엽록체 전장유전체(cpDNA)는 앞서 간략히 보고된 바 있다. 전체 염기서열의 완성 과정을 추가해 기술하자면 Illumina의 PE 표준 프로코콜에 의해 평균 길이가 \( 288.5 \mathrm{bp} \) 인 염기서열 정보 총 \( 3,163,006,686 \mathrm{bp} \)를 얻은 후, Trimmed read를 CLC de novo assembler 프로그램을 이용하여 엽록체 유전체 유래 컨티그만을 선별하고, 이를 확장하고 gap-filling 과정을 거쳐 완성 되었다. 완성된 염기서열은 S. berthaultii cpDNA 전체 염기서열(KY419708, Park 2017; Kim et al. 2018)과 비교하고 BLASTZ 분석의 결과를 종합하여 엽록체 전장 유전체를 조립하여 3개의 대표 컨티그를 형성하였다(Fig. 1). 추정 되는 염기서열의 오류는 1,195.07 x의 데이터를 맵핑하는 과정과 한 쌍의 inverted repeat 영역(IRs), small single copy 영영(SSC), large single copy 영역(LSC) 간의 경계 부분의 염기서열을 포함하는 다수의 영역을 대상으로 한 PCR과 ABI3730에 의한 BigDye Terminator Cycle Sequencing에 의해 수정되었다. 최종적인 S. demissum의 cpDNA는 대다수 일반적인 식물의 cpDNA와 같이 원형의 이중가닥 분자로 이루어져 있으며 총 cpDNA의 크기는 155,558 bp였다. 세부적인 구조는 \( 18,373 \mathrm{bp} \) 의 SSC 영역과 \( 85,999 \mathrm{bp} \) 의 LSC 영역을 연결하는 \( 25,593 \mathrm{bp} \)의 IR 영역으로 구성된 전형적인 4 분할 구조이며, 다른 Solamum 속의 다른 종들과 비교할 때 약간 긴 편이나, S. stoloniferum 보다는 \( 9 \mathrm{bp} \) 짧은 것으로 나타났다(Table 1).</p><p>S. demissum의 전체 cpDNA에는 105 개의 단백질 코딩 유전자, 45 개의 tRNA, 8 개의 rRNA 등, 총 158 개의 유전자를 포함하고 있으며, 이 중 각각 11 개, 9 개, 4 개 등 총 24 개가 한 쌍의 IR 영역에서 역배열로 중복되어 있었다(Table 1, Fig. 2). 전체 염기서열 중 \( 59.2 \% \) 가 평균 \( 583.1 \mathrm{bp} \)의 크기로 코딩 영역이었으며, 단백질 코딩유전자와 RNA(tRNA 및 rRNA)가 각각 평균 \( 764.6 \mathrm{bp}\), \(223.6 \mathrm{bp} \)의 크기로 \( 51.6 \% \)와 \(7.6\%\)의 비율로 분포 되어 있었다. GC의 함량은 \( 37.25 \% \) 이며, 유전자, tRNA, rRNA 등의 개수, 순서 등이 모두 다른 Solamum 속의 종들과 유사한 것으로 나타났다(Table 1).</p>
inverted repeat 영역(IRs), small single copy 영역(SSC), large single copy 영역(LSC)을 포함해 오류로 추정되는 염기서열을 수정할 때 사용된 기술은 무엇인가?
PCR과 ABI3730에 의한 BigDye Terminator Cycle Sequencing