<h2>엽록체 전장유전체의 비교</h2><p>S. hougasii의 cpDNA와 다른 가지과 (Solanaceae)에 속한 다양한 종들과의 유연관계 확인을 위해 계통수 분석을 진행하였다. 분석에는 본 연구 결과로 얻은 S. hougasii의 cpDNA 를 포함하여 NCBI (the National Center for Biotechnology Information) 로부터 얻은 S. tuberosum (KM489056 및 NC008096), S. berthaultii (KY419708), S. commersonii (KM489054), S. chacoense(MF471371), S. bulbocastanum (DQ347958), S. lycopersicum (NC007898), S. nigrum (KM489055), Capsicum annuum (JX270811) 및 본 연구와 동시에 진행되어 얻은 S. stoloniferum (MF471373)의 cpDNA 등, 전체 11 종의 cpDNA가 이용되었으며, MEGA 6.0 을 이용하여 엽록체 코딩 서열을 분석하고(Tamura et al. 2013), 이를 기반으로 Swofford (2001)에 의해 제안된 방법에 따라 계통수 분석을 수행하였다.</p><p>또한, S. hougasii 특이적 마커 개발을 위해 S. hougasii 의 cpDNA와 함께 S. chacoense (MF471371), S. berthaultii (KY419708), S. commersonii (KM489054), S. nigrum (KM489055), S. tuberosum (KM489056)의 cpDNA 등 총 6종을 대상으로 EMBL (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2)의 ClustalW2에 의 해 다중 정렬이 수행되었으며, 이를 통해 InDel과 SNP영역을 구명하였다.</p><h2>PCR 기반의 분자마커 개발</h2><p>S. hougasii (MF471372), S. chacoense (MF471371), S. berthaultii (KY419708), S. commersonii (KM489054), S. nigrum (KM489055), S. tuberosum (KM489056) 등 전체 6종의 cpDNA 다중 정렬을 통해 구명된 S. hougasii 특이적 InDel과 SNP를 대상으로 S. hougasii 특이 마커 개발이 수행되었다.</p><p>확인된 InDel 영역에서의 S. hougasii 특이성을 검증하기 위하여 InDel 영역 특이적인 프라이머를 디자인하여 PCR 을 진행하였다. PCR은 총 18 개의 유전자형 계통(PT56, TR, SH2, SA, SP, SB1, SM1, SC1, SK, SM2, SC2, SC3, SC4, SB2, SV2, SR, SJ, ST2)을 대상으로 Cho와 Park (2016)에 의한 방법으로 수행 되었다. Thermocycler (Biometra, Göttingen, Germany)를 이용하여 총 \( 25 \mathrm{ul} \) 볼륨(20 ng genomic DNA, \( 0.5 \mathrm{mM} \) dNTPs, 10 pMol each primer, 1 U Taq polymerase (Genetbio, Daejeon, South Korea))으로 PCR 후, 핵산염색용액인 RedSafe (Intron Bio-technology, Seongnam, South Korea)를 이용하여 \( 1 \% \) agarose gel에서 확인하였다.</p><p>SNP 마커의 경우, 우선 S. hougasii 특이적 SNP 를 대상으로 dCAPS Finder 2.0 (http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html)을 이용하여 6종의 염기서열 다중 비교에서 S. hougasii의 단편만을 절단하고 나머지 5 종의 단편은 절단하지 못하거나, 반대로 5 종의 단편은 절단하나 S. hougasii의 단편은 절단하지 못하는, 즉 각각의 SNP 영역에 S. hougasii 특이적으로 PCR 단편을 절단할 수 있는 적합한 제한효소가 존재하는지를 확인하였다. 이후 SNP 영역을 포함하여 PCR에 의한 DNA 단편이 증폭될 수 있도록 프라이머를 디자인하여 PCR과 전기 영동을 앞서 언급된 바와 같이 진행하였고, 특정 SNP 영역을 대상으로 한 프라이머가 PCR에 의해 18 개 계통의 DNA를 모두 증폭하였을 때, 확인된 제한효소를 처리하여 반응시킨 후 \( 1 \% \) agarose gel에서 DNA 단편의 다형성을 확인하였다.</p>
다른 가지과에 속한 다양한 종들과 S. hougasii의 cpDNA와의 유연관계 확인을 위하여 무엇을 분석 하였는가?
계통수