<h1>결과 및 고찰</h1><h2>Indel marker의 선정</h2><p>연구에 이용한 indel marker의 고안을 위해 한우의 cDNA library sequencing을 통해 얻은 EST 염기서열을 NCBI data-base 상에 보고된 Bovine Genome 서열을 대상으로 BLAST분석을 통해 삽입/결실 다형성을 확인하였다. 다형성을 나타내는 총 958 개의 영역을 검출하였다. 검출된 영역 중 단백질을 암호화하는 영역에 해당되는 것은 총 51 종으로 확인되었고, 이 중 삽입/결실된 단위서열의 길이가 5-nt 이상, 50-nt이하인 42 종을 다시 선별했다. 선발한 42 종의 marker들은 한우 96 두를 대상으로 PCR 효율과 다형성의 빈도를 사전평가하였다(자료 미기재). 사전평가를 통해 유전자 marker의 PIC 수준이 0.25 이상인 9 종의 indel marker들을 최종 선발하였다(Table 1).<h2>Indel marker의 다형성</h2><p>제주흑우와 한우를 포함한 소 6 품종에서 indel marker 9 종의 다형성을 PCR 산물에 대한 agarose gel 전기영동으로 확인하였다. 각각의 indel marker에 대한 PCR 증폭산물은 oli-go nucleotide의 삽입/결실을 보여주는 두 가지의 동형접합자형들(LL, SS)과 하나의 이형접합자형(LS)으로 구분되었다. 전체 9 종의 marker 중에서 Indel-15를 제외한 8 종의 marker들은 모두 다형성을 나타내었고, Indel-15는 Holstein과 Charolais 품종에서는 조사에 이용한 모든 시료에서 결실형인 유전자형이 전혀 발견되지 않았다.</p><p>Indel-15의 경우 BTA5에 위치하는 염기서열로 확인되었으며, 시험에 사용된 품종 중 대표적인 외국산 소 품종인 Holstien과 Charolais에서 결실형 유전자형이 없다는 점은 비록 본 연구에서 사용한 품종별 개체 수가 충분히 많다고 단정할 수는 없으나, Iindel-15 marker의 유전자형 분포가 해당 품종을 검출할 수 있는 분자 표지인자로 활용할 수 있다는 점을 보여준다고 하겠다.</p><h2>Indel marker의 다형정보량(PIC)</h2><p>Table 2는 각각의 indel marker에 대한 PIC를 나타낸 것이다. 전체적으로는 제주흑우의 PIC가 평균 0.362로 가장 높고, Charolais는 0.246으로 가장 낮은 수준을 나타내었다. 제주흑우에서는 HW_G04 marker의 PIC가 0.373으로 가장 높고, Indel_06 marker가 0.305로 가장 낮은 수준을 보였다. 한우에서는 HW_G04에서 0.374로 가장 높고 Indel_29 marker에서 0.269로 가장 낮은 수준을 보였다. 외국 소 품종 중에서 Angus와 Hereford는 Indel_32에서 각각 0.088과 0.083, Charolais와 Holstein은 Indel_15에서 0.000으로 가장 낮은 수준을 나타내었다. 모든 품종에서 PIC가 0.300 이상인 marker는 HW_G01과 HW_G04로 확인되었다.</p><h2>제주흑우에서 Indel marker의 다형성</h2><p>Table 3은 제주흑우 집단에서 9 종의 marker에 대한 대립인자 빈도와 이형접합율, HWE 등을 조사한 결과이다. MAF가 가장 높은 marker는 HW_G04 (0.435), 가장 낮은 marker는 Indel_06 (0.189)로 확인되었다. Ho는 HW_G01 (0.604)에서 가장 높고, Indel_29 (0.274)에서 가장 낮았다. Indel_29 marker는 \( x^{2} \) value가 13.6257, P-value 0.0002로 HWE 가 매우 유의한 수준으로 나타났으며, HW_G01은 \( x^{2} \) value가 7.7336, P-value 0.0054로 HWE 가 유의한 수준임을 나타내었다. 성염색체 상에 위치한 Indel_29 marker에서 가장 높은 수준의 HWE 유의성을 보인 점은 현재 제주흑우 원종 집단들이 국립축산과학원 난지축산시험장과 제주도 축산진흥원에서만 유지되고 있으며, 이들 두 집단 내에서 발생할 수 있는 근친을 피하기 위한 전략으로 각각의 집단에서 보유한 종모우의 인공수정용 정액을 교차하여 사용함으로 인해 나타난 결과로 추정된다. 특히, 제주흑우의 종모우들이 1990년대 농가에서 수집하여 복원할 당시에 고능력을 보였던 2 마리의 핵심 종모우에서 유래되었다는 점 또한 무시할 수 없다. 즉, 두 집단에서 유래된 소수의 종모우가 보유한 유전자형들만이 집단 간 교차를 통한 인공수정을 통해 전달되기 때문에 임의적 자연교배 유전집단을 추정할 수 있는 HWE 상에서는 유의성이 높아지는 결과를 나타낸다고 하겠다.</p>
연구에 이용한 indel marker의 고안을 위해서 cDNA library sequencing을 통해 얻은 EST 염기서열의 삽입/결실 다형성을 확인하는 과정은 어떻게 되지?
Bovine Genome 서열을 대상으로 BLAST분석