<h1>재료 및 방법</h1><h2>식물 재료</h2><p>본 연구에 사용된 식물 재료로는 엽록체 전장 유전체 분석을 위해 감자 야생종 S. hougasii (SH2)가 사용되었으며, 이후 S. hougasii 특이적 마커 개발을 위해 감자 품종 육성 계통 중 하나인 PT56와 감자 품종 '탐라'('Tamra', TR)와 S. hougasii (PI161174, SH2)를 포함한 감자 야생종 16개 계통 - S. acaule (PI310970, SA), S. pinnatisectum (PI190115, SP), S. berthaultii (PI310981, SB1), S. mochiquense (PI338616, SM1), S. cardiophyllum (PI341233, SC1), S. kurtzianum (PI498422, SK), S. microdontum (PI310979, SM2), S. commersonii (PI558050, SC2), S. chacoense (PI201846, SC3), S. candolleanum (PI210035, SC4), S. brevicaule (PI205394, SB2), S. vernei (PI230468, SV2), S. raphanifolium (PI246488, SR), S. jamesii (PI578236, SJ) and S. tuberosum subsp. andigenum (PI566805, ST2) - 이 이용되었다. 실험에 이용된 모든 식물 재료는 국립식량과학원 고령지농업연구소로부터 분양 받아 이용되었다.</p><h2>DNA 추출</h2><p>DNA 분리에는 Genomic DNA Extraction kit (Plants) (RBC, New Taipei City, Taiwan)가 이용되었으며, 기 내 식물체 또는 온실에서 유지되고 있는 모든 식물 재료를 대상으로 약 \( 100 \mathrm{mg} \) 의 잎을 채취하여 수행되었다.</p><h2>엽록체 전장유전체 분석</h2><p>S. hougasii 계통 중 하나인 SH2-10을 대상으로 엽록체 DNA 의 전장유전체(cpDNA) 분석이 수행되었다. SH2-10의 genomic DNA를 추출하고 Macrogen (Macrogen, Seoul, South Korea)의 Illumina Hiseq2000 (Illumina, SanDiego, CA, USA)의 플랫폼을 이용하여 전체 염기서열 정보를 얻은 후 파이젠의 생물정보학 파이프라인(http://phyzen.com) (Cho et al. 2015), 4.06 beta version CLC genome assembler (CLC Inc, Rarhus, Denmark), Nucmer (Kurtz et al. 2004) 등을 이용하여 엽록체 유전체의 염기서열을 추출하고 유전체 서열을 조립하였다. 이후, 전장 유전체의 완성은 보고된 S. commersonii cpDNA (KM489054) 와의 비교, 대표 콘티그들은 BLASTZ 분석 결과, 그리고 일부 영역에서의 편집을 토대로 하여 순서대로 정렬되었으며, 구조와 염기서열을 확인하였다(Cho et al. 2016; Schwartz et al. 2003).</p><p>S. hougasii 의 cpDNA에 포함되어 있는 유전자 분석은 DOGMA (Dual Oranellar Genome Annotator) 프로그램을 통 해 1차적인 유전자 부위를 확인하고, Blast search를 기반하여 최종 유전자를 확인하였다(Wyman et al. 2004). 원형의 S. hougasii cpDNA 전체 유전자지도는 OGDraw (OrganellarGenomeDRAW; http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de) 프로그램을 이용하였다 (Lohse et al. 2013).</p>
DNA 분리를 위해 Genomic DNA Extraction kit를 사용하였는가?
YES