<h2>Polymerase Chain Reaction (PCR)</h2><p>누룩으로부터 얻어진 총 genomic DNA를 주형으로 하여 16S rRNA와 28S rRNA gene을 증폭하여 PCR 산물을 획득하였다. 세균은 16S rRNA gene 증폭을 위한 universal primer인 27F primer (5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3')와 1492R primer (5'-GGY TAC CTT GTT ACG ACT T-3')를 이용하여 증폭하였으며, 증폭을 위한 프로그램은 다음과 같다: \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 5분 동안 pre-denaturation 한 후, \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 denatu-ration 30초, \( 56^{\circ} \mathrm{C} \)에서 annealing 15초, \( 74{ }^{\circ} \mathrm{C} \)에서 extension 1분 과정을 \(30 \mathrm{~cycle}\) 반복한 후, \( 74^{\circ} \mathrm{C} \)에서 5분 동안 post-extension하였다. 진균은 28S rRNA gene의 증폭을 위한 D1/D2영역의 eukaryotic universal primer인 LROR primer (5'-ACC CGC TGA ACT TAA GC-3')와 LR5 primer (5'-TCC TGA GGG AAA CTT CG-3')를 이용하여 증폭하였으며(Vilgalys, http://www.biology.ducke.edu/fungi/mycolab/primers.htm), 증폭을 위한 프로그램은 다음과 같다: \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 5분 동안 pre-denaturation 한 후, \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 denaturation 30초, \( 56^{\circ} \mathrm{C} \)에서 annealing 15초, \( 74^{\circ} \mathrm{C} \)에서 extension 50초 과정을 \(30 \mathrm{~cycle}\) 반복한 후, \( 74^{\circ} \mathrm{C} \)에서 5분 동안 post-extension하였다. 반응산물은 \( 1.5 \% \) agarose gel 상에서 전기영동을 실시하여 EtBr로 염색하여 확인 한 다음 Gel Purification Kit (Bioneer, Korea)를 사용해 정제하였다.</p><h2>DGGE-PCR</h2><p>DGGE-PCR은 세균과 진균의 경우 모두16S rRNA와 28S rRNA gene의 증폭산물을 주형으로 nested-PCR과 touch down PCR을 병행하여 수행하였다. 16S rRNA gene으로 부터 DGGE-PCR을 위한 primer는 GC-clamp인 338F-GC primer(5'-CGC CCG CCG CGC CCC GCG CCC GTC CCG CCG CCC CCG CCC GAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG-3')와 518R primer (5'-ATT ACC GCG GCT GCT GG-3')이었으며 PCR을 위한 조건은 다음과 같다. \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 3분 동안 pre-denaturation 한 후, \( 94^{\circ} \mathrm{C} \)에서 denaturation 30초, \( 64 \sim 55^{\circ} \mathrm{C} \) touchdown으로 30초, \( 74^{\circ} \mathrm{C} \)에서 extension 30초 과정을 \( 30 \mathrm{~cy-cle}\) 반복한 후, \( 74^{\circ} \mathrm{C} \)에서 7분 동안 post-extension하였다. 28S rRNA gene으로 부터 DGGE-PCR을 위한 primer는 GC-clamp인 NL-1 primer (5'-GCA TAT CAA TAA GCG GAG GAA AAG-3')와 LS-2 primer (5'-ATT AAA CAA CTC GAC TC-3') 이었으며 PCR을 위한 조건은 16S rRNA의 경우와 동일하게 수행하였다.</p>
PCR 산물을 16S rRNA와 28S rRNA gene로 증폭시에 어떤것을 주형으로하였어?
genomic DNA