<h1>결과 및 고찰</h1><h2>Agarivorans sp. JA-1의 \( \beta \)-agarase agaJA3 유전자 클로닝</h2><p>신규 agarase 유전자를 Agarivorans sp. JA-1 균주에서 확보하고 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열을 분석한 결과, 신규 agarase 유전자는 GC 함량이 \(44.13\%\)이며 \( 1362 \mathrm{bp} \)의 길이였고 ATG로 시작되어 TAG로 끝나는 구조를 나타냈다. 이는 453아미노산으로 구성된 분자량 49,830 dalton (Da)의 단백질을 합성할 수 있다. 염기서열은 Vibriosp. PO-303의 \(\beta\)-agarase agaD 유전자(GenBank: AB221476)와 \(97\%\) 그리고 Pseudoalteromonas sp. CY24의 \( \beta \)-agarase agaA 유전자(AY150179)와 \(98\%\)의 유사도를 보였다.</p><p>신규 agarase의 아미노산 서열은 Vibrio sp. PO-303의 \( \beta \)-agarase AgaD (BAF34350)와 \(98\%\), Pseudaalteromonas sp. CY24의 \( \beta \)-agarase AgaA와 \( 99 \% \) 유사한 것으로 나타났다. 또한, Agarivorans albus YKW-34의 GH-16 \( \beta \)-agarase와 \( 88 \% \)의 유사성을 보였다. 현재까지 보고된 \( \beta \)-agarase는 서열의 유사성을 기준으로 glycosyl hydlorase (GH) family 즉, GH-16,-50, -86, -118의 4그룹으로 나눌 수 있다. 아미노산 및 염기서열 유사도가 \( 97 \% \) 이상인 2개의 \( \beta \)-agarase는 GH-16에 속하여 본 연구에서 확보한 신규 agarase 유전자를 GH-16에 속하는 것으로 분류하고 \( \beta \)-agaraseagaJA3 유전자로 명명하였다. 본 연구를 통하여 저자들이 제주도 연안에서 분리한 Agarivorans sp. JA-1 균주에서 GH-50, GH-118 외에 GH-16에 속하는 새로운 \( \beta \)-agarase 유전자를 확보하였다.</p><h2>재조합 \( \beta \)-agarase agaJA3의 발현과 정제</h2><p>SignalP 4.0 Server를 이용하여 \( \beta \)-agarase agaJA3 유전자의 신호서열을 조사한 결과, N말단에서부터 24개의 아미노산이 신호서열로 나타나 이를 제외한 429개의 아미노산 서열을 재조합 발현시켰다. E. coli BL21 (DE3) 숙주에서 pTXB1-A_sp-\( \beta \)-agaJA3E 플라스미드는 높은 수준의 재조합 \( \beta \)-agarase agaJA3을 생산하였다.</p><p>재조합 \( \beta \)-agarase agaJA3는 affinity chromatography를 거쳐 85배 농축되었으며 비활성(specific activity)은 \( 67.6 \mathrm{U} / \mathrm{mg} \)이었고 최종 \( 15 \% \)의 수율을 보였다. 정제된 효소의 SDS-PAGE에서 분자량 \( 47 \mathrm{kDa} \)의 단일밴드를 보이는 것으로 나타났고, 이는 염기서열을 토대로 추산한 것과 일치하였다.</p>
신규 agarase 유전자의 길이는 얼마인가?
\( 1362 \mathrm{bp} \)