<h2>유전자 단위의 tag-SNP 분석 (non-synonymous SNP 탐색 및 tag-SNP 선발)</h2><p>각 유전자의 haplotype은 여러 개의 SNP로 구성되어 있는 block 의 기본단위로 볼 수 있다. Haplotype을 실험적으로 활용하기 위해서 각 유전자의 haplotype을 대변할 수 있는 tag-SNP를 선발하였다. 유전자의 haplotype을 구별할 수 있는 SNP 중에서 정보력이 높은 SNP를 tag-SNP로 선발하기 위하여 아미 노산 변화를 야기하여 유전자 기능에 영향을 미칠 가능성이 높은 non-synonymous SNP를 우선 선발하였다. 그 결과, 13,845개의 유전자가 선발되었고, 해당 유전자에서 발생한 non-synonymous SNP를 tag-SNP로 선정하였다. 유전자 내에 존재하는 SNP 중 non-synonymous SNP가 없는 경우, synonymous SNP 중에서 haplotype을 구분할 수 있는 SNP를 선발하여 13,694 개의 유전자를 대변할 수 있는 tag-SNP로 선발하였다 (Table 3). 따라서 총 27,539개 유전자를 대변하는 tag-SNP를 선발하여 웹 데이터베이스에 공개하였다. 이는 전체 32,567 개의 유전자들 중 \( 85 \% \) 에 해당하는 haplotype block 확장을 위 한 기본단위로 활용될 수 있을 것이다.</p><h2>토마토 계동 간 LD (Linkage Disequilibrium) 분석</h2><p>LD block은 분자 마키 수를 효과적으로 줄일 수 있는 방법이 다. 재배종이 포함되어 있는 Solamum lycopersicum 계통들을 대상으로 LD 분석을 실시한 결과, 1 번, 2 번, 4 번, 6 번, 10 번, 11 번, 12번 염색체에서 큰 범위의 LD block이 관찰되었다(Fig. 3).</p><p>염색체의 진정염색질(euchromatic) 혹은 이질염색질(heterochromatic) 영역별 LD의 분포 경향이 나뉘기보다는 염색체별 혹은 특정 부위에 LD가 크게 형성되어 있음을 확인할 수 있었다. 이러한 현상은 육종 과정 중에서 인위적인 선발을 거쳐온 Solamum lycopersicum 그룹의 경우 육종가들의 목적에 따라 유용 형질을 포함하고 있는 유전자군을 인위적으로 선발했기 때문에 일어나는 영향으로 추측할 수 있다. 유전체 내에서 임의로 선발되는 SNP 를 이용하는 기술에 비하여 단위가 규정되어 있는 유전자 단위의 tag-SNP와 함께 LDblock의 tag-SNP를 활용하면 교배조합이 바뀌는 다양한 유 전집단에 대하여 표준화된 tag-SNP를 구축하여 haplotype block을 데이터베이스화 할 수 있을 것으로 예상된다.</p><h2>Web database 구축</h2><p>정보 활용을 증대하기 위해 기존에 구축된 가지과(Solanaceae) 작물 유전체 데이터베이스인 TGsol (http:/tgsol.seeders.co.kr/)웹 사이트 내에 사용된 자원의 상세 정보, SNP, haplotype, tag-SNP 정보를 탐색할 수 있도록 구현하였다. 유전자별 haplotype은 genome browser를 통해 탐색하고자 하는 유전자를 유전자 명 혹은 위치 정보를 검색하여 web interface 환경하에 해당 유전자로 접근하도록 하였다. 검색하고자 하는 유전자를 선택하면, 유전자의 상세정보가 제공되며 확인하고자 하는 계통을 선발할 수 있도록 선택 옵션창을 구성하였다. 모든 계통을 비교하고자 할 경우에는 'All' 버튼을 선택하면 된다. SNP 는 MAF filtering을 적용한 경우와 그렇지 않은 경우를 선택하여 확인할 수 있다. 이 과정은 'Re-align'버튼을 통해 실행시킬 수 있으며, 실행 후 하단에 해당 유전자에 속한 haplotype 결과를 확인할 수 있으며'Tree view'를 통 해 phylogenetic tree를 분석할 수 있다. Phylogenetic tree는 옵 션을 변경하여 그림의 크기, tree의 type 등을 결정하여 사용 하기에 적합한 목적에 맞는 이미지가 생성될 수 있도록 구현 하였다(Fig. 4). 분자 마키 개발을 위해 필요한 염기서열 정보는 유전자 단위로 다운로드 하거나 혹은 SNP 주변 서열을 이용하여 사용하고자 하는 장비에 맞도록 분자 마커를 개발하는데 사용할 수 있다.</p>
유전자별 haplotype를 탐색할 수 있는 browser 이름은 무엇인가요?
genome browser