<h1>재료 및 방법</h1><h2>재료 및 세포배양</h2><p>본 실험에 사용된 pipernonaline은 우리의 이전 연구에서 분리한 시료를 사용하였다. RNA 분리를 위한 RiboEx_column\( { }^{\mathrm{TM}} \) kit는 GeneAll Biotechology Co. (Seoul, Korea)에서 구입하였다. 인간 전립선 암세포주인 PC-3세포는 American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA)로부터 분양 받아 \( 10 \% \) fetal bovine serum (WelGene Inc., Daegu, Korea), \( 100 \mathrm{unit} / \mathrm{ml} \) penicillin, \( 100 \mu \mathrm{g} / \mathrm{ml} \) streptomycin (WelGene Inc.)이 첨가된 DMEM 배지 (WelGene Inc.)에서 \( 37^{\circ} \mathrm{C}, 5 \% \mathrm{~CO}_{2} \) 조건에서 배양하였다. 본 연구는 cell culture dish에 세포가 \( 70-80\% \) confluent 되었을 때 \( 30 \mu \mathrm{g} / \mathrm{ml} \) pipernonaline을 24시간 처리하여 실험을 진행하였다.</p><h2>Total RNA 분리</h2><p>Total RNA는 RboEx_column \( { }^{\text {TM }} \) kit를 사용하여 분리하였다. 간략히, PC-3세포를 \( 1 \times 10^{5} \) 되도록 6 well cell culture plate에 분주하고 24시간 동안 안정화시킨 후, \( 30 \mu \mathrm{g} / \mathrm{ml} \) pipernonaline을 24시간 처리하여 배양한 뒤, \( 1 \mathrm{~ml} \) RiboEx reagent를 사용하여 harvest하여 이후, 제조사의 protocol에 따라 RNA를 분리하였다.</p><h2>Microarray 실험 및 데이터 분석</h2><p>Microarray 실험은 GenomicTree, Inc. (Daejeon, Korea)에 위탁하여 수행하였다. 간략히, cDNA microarray chip은 Agilent Technologies Inc.의 Human whole genome 44K(Santa Clara, CA, USA) 사용하였다. 분리한 RNA는 Agilent's 2100 Bioanalyzer System (Agilent Technologies Inc.)을 이용하여 total RNA의 quality를 측정하였고, RNA의 증폭과 labeling 과정을 위해 Agilent's Low RNA Input Linear Amplification kit PLUS (Agilent Technologies Inc.)를 이용하였다. Microarray hybridization을 위해 Agilent's Gene Expression Hybridization kit (Agilent Technologies Inc.)를 사용하였고, Agilent's Gene Expression Wash Buffer Kit (Agilent Technologies Inc.)를 이용하여 세척한 후, Agilent's DNA microarray scanner 및 Feature Extraction Software를 이용하여 영상을 스캔하고 분석하였다. Agilent's GeneSpring Software를 이용하여 normalization 및 clustering 통해 유전자의 발현 분석을 하였다. 이후 유전자의 생물학적, 분자학적 기능을 분류하기 위해서 DAVID database(http://david.abcc.ncifcrf.gov/)를 이용하여 clustering하였다.</p>
Agilent's 2100 Bioanalyzer System (Agilent Technologies Inc.)을 이용하여 어떻게 했어?
quality를 측정