<h1>재료 및 방법</h1><h2>공시동물</h2><p>우리나라의 한우품종은 고유품종으로써 외부로부터의 유전자원이 도입되지 않는 폐쇄된 집단이며, 한우 수소의 개량은 농협 중앙회 한우개량사업소를 통해 국가에서 실시하고 있다. 또한 우리나라에서 사육되고 있는 \(95\%\) 이상의 대부분의 한우개체는 한우개량사업소에서 생산된 종모우의 반형매 집단이며, 수소의 개량은 암소의 개량보다 효율적인 측면에서 높기 때문에 본 연구의 공시동물은 농협중앙회 한우개량사업 소의 46-47차 후보종모우 35두 및 이들 후보종모우의 자손인 후대검정우 253두를 포함해 총 288두의 혈액정보를 이용하여 연관불평형 및 한우 유효집단의 크기를 추정하였다.</p><h2>유전자형분석</h2><p>공시동물로부터 얻어진 288두의 혈액은 Bovine SNP 50 DNA Chip 을 이용하여 유전자형분석을 실시하였으며, 여기서 얻어진 유전자형 원시자료는 Illumina회사의 GenomeStudio software v. 1.0.2.20706를 이용하여 시각화 및 수치 데이터로 변환하였다. 본 연구에서 A, T, G, C의 염기서열로 구성된 유전자형을 소수대립유전자(Minor allele)가 동형일 경우 0, 이형 대립유전자는 1, 다수대립유전자(Major allele)의 동형에서 2로 변환하여 사용하였다. 또한 각 표지인자의 유전자형 정보에 대한 결측률이 \( 10 \% \) 이상이거나 다형성이 없는 표지인자(Monomorphic marker)의 경우, 본 연구에서 제거하였으며, 남아있는 표지인자의 결측데이터는 fastPHASE 1.2 프로그램을 활용하여 추정 후 보정을 실시하여 염색체별 표지 인자간 연관불평형을 추정하였다.</p><h2>연관불평형 추정</h2><p>일반적으로 연관불평형의 크기는 서로 다른 두 대립유전자가 서로 연관되어 유전되는 정도를 나타내는 값으로 \D\)를 표준화시킨 \(D^{\prime} \) 또는 \(r^{2} \)로 추정할 수 있다. 그러나 \( D^{\prime} \)을 통한 연관불평형 추정은 집단의 크기가 작거나 대립유전자빈도가 적을 경우 과대추정(Overestimate)될 수 있기 때문에 \( r^{2} \)를 이용하여 연관불평형을 추정하였다.</p><p>동일 염색체에 존재하는 두 개의 대립유전자가 존재하는(biallelic) 서로 다른 두 좌위 \(A, B\) 의 연관불평형 크기 (\(r^{2} \))는 다음과 같이 계산하였다.</p><p>\[ r^{2}=\frac{D^{2}}{p\left(A_{1}\right) \times p\left(A_{2}\right) \times p\left(B_{1}\right) \times p\left(B_{2}\right)} \]</p><p>여기서, \( p\left(A_{1}\right) \) 과 \( p\left(A_{2}\right) \) 및 \( p\left(B_{1}\right) \) 과 \( p\left(B_{2}\right) \) 는 집단 내 \(A\) 또는 \(B\) 두 좌위의 각 대립유전자 빈도를 나타내며, \(D\) 는 다음과같다.</p><p>\[ D=p\left(A_{1} B_{1}\right) \times p\left(A_{2} B_{2}\right)-p\left(A_{1} B_{2}\right) \times p\left(A_{2} B_{1}\right) \]</p><p>여기서, \( p\left(A_{1} B_{1}\right) \) 과 \( p\left(A_{2} B_{2}\right) \) 및 \( p\left(A_{1} B_{2}\right) \) 과 \( p\left(A_{2} B_{1}\right) \) 는 집단내 \( \mathrm{A} \) 및 \( \mathrm{B} \) 두 좌위의 각 대립유전자로 구성된 일배체형 (Haplotype)의 빈도를 나타낸다.</p><p>두 좌위가 각각 동형이거나 두 좌위 중 하나의 유전자형이 동형일 경우 일배체형의 빈도를 계산할 수 있으나, 두 좌위 모두 이형일 경우(double heterozygotes)는 DNA chip의 분석결과로는 상인상태 \( \left(A_{1} B_{1} / A_{2} B_{2}\right) \), 상반상태 \( \left(A_{1} B_{2} / A_{2} B_{1}\right) \) 를 구분하지 못하기 때문에 EM algorithm (Expectation Maximization Algorithm)를 이용하여 \( p\left(A_{1} B_{1}\right) / p\left(A_{2} B_{2}\right) \) 와 \( p\left(A_{1} B_{2}\right) / p\left(A_{2} B_{1}\right) \)의 조건부 확률을 계산하여 변화량이 일정량 이하 (\( 10^{-5} \)) 감소할 때까지 반복 연산하여 연관불평형의 값을 추정하였다.</p>
한우 수소의 개량은 어느 기관을 통하여 대한민국에서 실시하고 있어?
농협 중앙회 한우개량사업소