<h2>Soraphen 생합성 유전자 탐색</h2><p>Ligon 등에 의해 보고된 S. cellulosum So ce26의 soraphen A 생합성 유전자군 염기서열(GenBank accession number, U24241)을 이용하여 sorA와 sorB 유전자 중간부위를 각각 PCR 증폭할 수 있는 두 쌍의 oligonucleotide primer들을 디자인하여 합성하였다(Fig. 1). 그리고 이들 oligonucleotide 들을 primer로 하고, 점액세균의 유전체 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행한 후, PCR 산물을 확인함으로써 soraphen 생합성 유전자군을 갖는 새로운 균주를 탐색하였다. Oli-gonucleotide 5'-GCTCCACGCAAGGTCTCCCT-3'(C155)과 5'-TGGGGTCGGCTGTGAAGAGA-3'(C156)은 sorA 유전자의 중간부위 \( 422 \mathrm{bp}\)(PCR1)를 증폭할 수 있는 primer쌍이고, 5'-GCCCTCTCGCTTTCTCTCGC-3'(C157)과 5'-CGGCTGATGAGGACGAGGTG-3'(C158)은 sorB 유전자의 중간부위 \( 452 \mathrm{bp}\)(PCR2)를 증폭할 수 있는 primer쌍이다(Fig.1).</p><h2>16S rRNA 유전자 염기서열의 분석</h2><p>16S rRNA 유전자 DNA는 야생점액세균으로부터 분리된 유전체 DNA를 주형으로 하고, 두 개의 oligonucleotide 5'-GAGTTGTCCGGCGAG-3'(27f), 5'-AGAAGGGGTATCAGC-3'(1525 r)를 사용하여 증폭하였다. PCR을 통해 증폭된 DNA 단편은 Solgent Co.(Korea)에 의뢰하여 DNA 염기서열을 결정하였다. 염기서열 결정에 사용된 DNA oligonecleotide는 Rainey 등에 의해 보고된 것을 사용하였다. 결정된 염기서열은 미국 National Center for Biotechnology Information(NCBI)의 GenBank에 등록하였으며, KYC3047과 KYC3076의 GenBank accession number는 각각 FJ176770과 FJ176771이다. 16S rRNA 유전자 염기서열 분석에는 Clustal W 프로그램을 사용하였다.</p><h2>형태학적 특성조사</h2><p>단일세포 관찰에는 Nikon ECLIPSE E600 위상차현미경을 사용하였으며, 집락과 자실체의 관찰에는 Nikon SMZ1000 입체현미경을 사용하였다. 관찰된 영상은 Nikon D50 디지털 카메라를 사용하여 촬영하였다.</p><h2>생리활성 물질의 추출</h2><p>ST21P 배지에서 7일간 배양한 점액세균을 Amberlite XAD-16(Sigma) \( 1 \mathrm{~g} \)을 함유한 CSG/1 배지 \( 50 \mathrm{~mL} \)에 접종하여 \( 32^{\circ} \mathrm{C} \)에서 5일간 진탕 배양하였다. 배양 후, XAD-16 레진만을 회수하여 증류수로 3회 세척하고, \( 2 \mathrm{~mL} \) methanol로 3회 반복 추출하였다. 그리고 추출물을 모두 합하여 증발 건조시킨 후, \( 1 \mathrm{~mL} \)의 methanol에 녹여 \( -80^{\circ} \mathrm{C} \)에 보관하였다.</p><h2>배양추출물의 활성조사</h2><p>추출물 \( 20 \mu \mathrm{L} \)를 흡수시킨 \( 6 \mathrm{~mm} \) paper disc (AVANTEC)를 건조시킨 후, \( 1 \times 10^{6} \)개의 C. albicans 세포가 도말된 NA 배지 중앙에 올려놓고 \( 32^{\circ} \mathrm{C} \)에서 3일간 배양하면서 성장이 억제되어 생성되는 투명환을 관찰하였다.</p>
oligonucleotide를 이용해 새 균주를 조사하고자 어떤 방법을 사용했나요?
oligonucleotide 들을 primer로 하고, 점액세균의 유전체 DNA를 주형으로 하여 PCR을 수행한 후, PCR 산물을 확인