<h1>재료 및 방법</h1><h2>치매환자에서 획득한 EST (Expressed Sequence Tags)분류</h2><p>치매와 transposable elements와의 상관관계를 분석하기 위하여 우선 공개된 유전자 데이터베이스인 NCBI의 dbEST 서열을 이용하여 치매환자의 뇌 조직에서 클로닝하여 만들어낸 유전자 조각인 EST (expressed sequence tags)를 분류하였다. 치매에 관련된 EST를 분리하는 기준으로는 NCBI의 genbank파일에서 조직정보가 Alzheimer cortex 이거나 Alzheimer brain 정보를 가지는 EST를 정보를 이용하였으며 조직정보가 명확하지 않은 EST서열은 분석하는데 사용하지 않았다. 결과적으로 치매환자의 뇌 조직에서 만들어진 11,381 개의 EST를 분류하였다.</p><h2>EST 클러스터링</h2><p>치매환자의 뇌에서 유래한 11,381 개의 EST를 클러스터링하기 위하여 우선 전처리 작업으로 각 EST서열에 있는 벡터서열을 제거하였다. 벡터서열을 제거하기 위한 방법으로 RepeatMakser (http://repeatmasker.genome.washington.edu) 프로그램을 이용하였으며 사용한 벡터서열은 NCIB (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)데이터베이스에서 UniVec 서열을 이용하였다. 전처리 작업을 수행한 EST를 클러스터링하기 위한 방법으로는 슈퍼바이저 방법을 이용하여 잘 정리된 인간의 지놈에 EST서열을 맵핑하는 방법을 채택하였다. EST 서열을 정렬하는데 MegaBlast 프로그램을 이용하여 서열의 유사도가 \(97\%\) 이상 되게 하여 EST서열을 클러스터링 하였다. 또한 클러스터링된 EST의 유전자의 구조를 분석하기 위하여 SIM4 프로그램을 이용하여 지놈상에서 엑손과 인트론의 구조를 분석하였다. 또한 인간의 지놈에 유전자의 위치를 찾기 위하여 NCBI의 RefSeq서열을 이용하였으며 이때 사용한 프로그램은 SIM4프로그램을 이용하였다. 우리는 EST가 클러스터링된 영역이 인간 유전자 영역에 포함되는 클러스터와 유전자 영역이 아닌 영역에 정렬된 EST클러스터를 분류하였으며 우리는 유전자 영역이 아인 다른 영역에서 정렬된 EST 클러스터는 분석하는데 사용하지 않았다.</p><h2>치매 전사체에서의 transposable elements 분석</h2><p>치매 환자의 뇌조직에서 만들어진 EST에서의 trans-posable elements의 발현을 분석하기 위하여 우리는 EST클러스터가 포함된 유전자의 영역의 앞뒤 서열을 \( 5 \mathrm{~kb} \)를 확장하여 유전자 서열을 얻었다. Transposable elements가 유전자의 앞뒤에서 유전자의 발현에 영향을 주어 발생할 수 있기 때문에 우리는 유전자의 앞뒤로 \( 5 \mathrm{~kb} \)를 확장하여 분석하는데 사용하였다. 획득한 유전자 서열을 RepeatMasker 프로그램을 이용하여 유전자서열 내에 존재하는 모든 transposable elements를 찾아 내었다. 유전자 내에서 분포하고 있는 transposable elements 가 치매에 결린 환자에서 발현되는지를 분석하기 위하여 치매 EST서열의 정렬된 결과와 trans-posable elements의 영역과의 비교를 통해서 transposable elements 가 치매 EST에서 부분적으로 발현되는 결과만을 분류하였다. 이때 우리가 사용한 기준은 EST가 적어도 인트론에 의해서 2개의 엑손으로 분리가 되어야 하며 또한 엑손과 인트론으로 나눨 때 스플라이싱 사이트인 (AG-GT)를 가지는 것만을 분석에 사용하였다.</p><h2>Dual coding 유전자에서 발현하는 transposable elements</h2><p>일반적인 유전자들 중에서 인류의 진화과정 동안 유전자의 인트론에 삽입된 transposable elements가 유전자가 전사체를 만드는 과정에서 splicing out되지 않고 유전자의 일부분처럼 발현되어 transposable elements에 의해 다양한 전사체를 만들어내는 유전자를 찾기 위해서 우리는 NCBI의 RefSeq서열에서 2개이상 다양한 전사체를 가지는 유전자를 얻었다. 이렇게 얻어진 유전자를 인간 지놈서열에 정렬하기 위하여 SIM4프로그램을 이용하였으며 이때 사용한 기준은 \( 97 \% \)이상의 서열의 유사성을 가지도록 하였다. SIM4결과를 이용하여 transposable elements의 일부분의 서열이 유전자의 엑손처럼 발현되는 것을 찾기 위하여 유전자서열을 RepeatMasker를 실행하여 유전자 위치정보와 transposable elements의 위치정보를 이용하여 transposable elements의 일부분이 엑손으로 발현되는 유전자의 정보를 얻었다.</p>
치매환자의 뇌 조직에서 NCBI의 dbEST 서열을 이용하여 클로닝을 하여 만든 유전자 조각은 무엇인가?
EST