<h1>결과 및 고찰</h1><p>Table 1의 결과를 보면, SNP 표지인자 유전자형의 결측률이 \( 10 \% \) 이상인 것은 한 개의 표지인자에서 나타났으며(15번 염색체), 다형성이 없는 표지인자의 경우 유전체 전장에서 총 10,730개로 나타났으며, Hardy-Weinberg chi-square value 가 600 미만인 표지인자는 없는 것으로 나타났다. 이러한 요인들은 연관불평형의 추정에 영향을 미칠 수 있는 요인이므로 사전에 제거하여 총 40,851개의 표지인자가 본 분석에 사용되었으며, 염색체별로 동일 염색체 상에 존재하는 모든 표지인자쌍(Syntenic SNP pairs)간의 연관불평형 정도(\(r^{2}\))를 계산하였다. 또한 Table 1에 보면 다형성이 나타나지 않은 표지인자의 비율이 전체 표지인자의 약 \( 20 \% \)를 차지하였는데, 이러한 원인으로 ①실제 SNP가 아닌 경우, ②국내 한우 집단의 집단유전학적 특성으로 다른 품종에서는 다형성이 존재하나 한우에서는 다형성이 없는 경우, ③소수의 대립유전자(Minor allele)의 빈도가 매우 낮을 경우, ④본 연구에 사용된 표본두수 부족으로 인한 집단의 특성을 반영하지 못하거나 연구에 사용된 표본집단의 근친도가 높을 경우 등으로 추론해 볼 수 있을 것으로 사료된다. 또한 이러한 결과에 대해서는 추가적인 연구를 통해 검증되어야 할 부분으로 사료되며, 한우품종에서만 변이성이 없는 표지인자가 존재한다면 DNA chip 제조 시 앵거스, 헤어포드, 홀스타인등의 여러 품종에 대한 유전변이를 총체적으로 수집하여 제조하였으므로, 동일한 DNAchip을 이용하였을 경우 다른 품종과의 비교 연구를 통하여 한우와 타육우품종을 구별하는 표지인자로 사용이 가능할 것으로 사료된다. 이와 관련하여 Dadi 등은 Illumina 50K SNP chip을 이용하여 한우와 6개의 다른 소 품종과 다형성을 비교 연구를 하였는데 그 결과 한우에서 6개의 다른 품종에 다형성이 없는 7개의 표지인자를 찾았다고 보고하였다.</p><h2>SNP표지인자 정보</h2><p>염색체별 SNP표지인자 정보에 대한 요약은 Table 2에 나타내었다. 성염색체를 제외한 상염색체에서 서로 거리가 가장 먼 표지인자쌍의 총합으로 계산된 총 길이는 \( 2,541.6 \mathrm{Mb} \)이며, 염색체별로는 25번 염색체가 \( 43.3 \mathrm{Mb} \)로 가장 짧았으며, 1번 염색체가 \( 161 \mathrm{Mb} \)로 가장 길이가 길게 나타났다. 또한 염색체별 SNP표지인자간의 평균 거리는 \( 0.055 \sim 0.074 \mathrm{Mb} \)로 분포하였으며, 표지인자간 거리에 대한 표준편차에서도 알 수 있듯이 표지인자간 거리가 균일하지 않게 나타났고, 이 중 5번 염색체에서 \( 0.074 \mathrm{Mb} \)로 표지인자간 거리가 가장 긴 것으로 추정되었다.</p><p>Fig. 1은 40,851개의 SNP 표지인자에 대해 소수 대립유전자 빈도(Minor allele frequency, MAF)를 나타냈다. MAF는 표지인자의 변이성을 간접적으로 나타내며, MAF가 0.2보다 적은 표지인자의 비율이 전체의 약 \( 40 \% \)를 차지하였는데, 이 낮은 지역의 MAF로 인해 전체적인 연관불평형의 값을 축소시킬 가능성이 있는 것으로 사료되었다.</p>
다형성이 없는 표지인자의 경우 유전체 전장에서 총 몇 개 나타났어?
10,730개