<h2>유효집단크기 추정</h2><p>연관불평형은 돌연변이 및 재조합(Recombination)에 의해 발생되며, 재조합의 경우 염기서열간의 거리가 먼 좌위쌍(locus pair)에서 발생할 확률이 높기 때문에, 거리와 연관불평형의 값(\(\mathrm{r}^{2}\))을 안다면 돌연변이가 없다는 가정하에 Sved가 제안한 아래 공식을 통해 세대에 따른 유효집단의 크기를 추정하였다. 본 연구에서는 단순하게 \( 1 \mathrm{cM} \)(물리적 거리)과 \( 1 \mathrm{Mb} \)(유전적 거리)와 동일하다라고 가정하여 분석하였다.</p><p>\[ E\left(r_{c}^{2}\right)=\frac{1}{1+4N_{e, t}c} \]</p><p>여기서, \(t\)는 이전세대(Generation ago), \( N_{e} \)은 유효집단 크기, \(c\)는 Morgan 단위에서 표지인자간 거리(distance)이며, 세대별 \(N_{e} \) 추정은 \(t=\frac{1}{2 c} \) 의 함수식으로 추정하였다. 즉, 표지인자 간 거리가 보다 가까운 위치에서 발생한 연관불평형 값은 보다 더 오래전 세대에 발생했음을 나타낸다고 할 수 있다. 따라서 한우의 세대별 유효집단의 크기는 세대의 간격을 설정하고 해당 세대의 \( r^{2} \)값의 평균값으로 유효집단의 크기 추정하였으며, 아래의 계산식에 의해 세대(Generation)당 감소율을 계산하였다.</p><p>\(\text{세대당 감소율(Decreasing rate / generation)} =100-100 \times \sqrt[n]{\frac{b}{a}} \)</p><p>여기서 \(a\) 는 이전세대의 유효집단 크기이고 \(b\)는 \(a\)세대에서 \(n\)세대 지난 후의 유효집단의 크기이며 \(n\)는 \(a\)와 \(b\)간의 세대간격이다.</p>
연관불평형은 무엇에 의해 발생해?
돌연변이 및 재조합