
Juntando-se ao esforço do governo federal para combater a epidemia da COVID-19 no País, a CAPES lançou no início de 2020, logo após o aparecimento da doença, o Programa Estratégico Emergencial de Combate a Surtos, Endemias, Epidemias e Pandemias. Sua ação é direcionada ao estímulo de projetos de pesquisa e à formação de profissionais qualificados, no âmbito dos programas de pós-graduação stricto sensu. Com um grande aporte de recursos financeiros, a Fundação preparou três editais e financiou 1.248 bolsas de mestrado, doutorado e pós-doutorado, em 109 projetos em diversas universidades públicas e privadas do Brasil.
Os editais lançados em 2020 tinham como meta incentivar a ciência nas áreas de epidemiologia, infectologia, microbiologia, imunologia, bioengenharia e bioinformática.
O desenvolvimento de estudos inovadores sobre prevenção, diagnóstico e estratégias terapêuticas estiveram no cerne das propostas. A criação de sistemas inteligentes de informação e comunicação para assistências e consultas médicas remotas e a busca de vacinas e produtos imunobiológicos direcionados à COVID-19 também fazem parte dos projetos apresentados.
Em setembro de 2021, a CAPES lançou um quarto edital, desta vez voltado aos projetos de pesquisa que avaliam os impactos sociais, econômicos, culturais e históricos da pandemia no Brasil. Além disso, a Fundação  concedeu, de forma emergencial, outras 1.189 bolsas para programas de pós-graduação com notas 5, 6 e 7 que apresentam potencial de investigação e formação de pessoal qualificado para a atender à iniciativa contra a COVID-19. Os recursos foram destinados diretamente às universidades e instituições de ensino superior.
Programas EstratégicosPara estimular a pesquisa científica nos Estados brasileiros, a CAPES abriu, em 2020 e 2021, três editais específicos voltados às soluções de questões fundamentais para o Brasil: a sustentabilidade ambiental, a preservação da Amazônia e o fim das diferenças regionais no desenvolvimento da ciência.
O Programa de Desenvolvimento da Pós-Graduação na Amazônia Legal pretende incentivar propostas de cursos de mestrado e doutorado em áreas estratégicas, apresentadas por Instituições de Ensino Superior localizadas naquela região.
Já o Programa de Parcerias Estratégicas com os Estados, construído a partir de acordos de cooperação técnica com Fundações de Amparo à Pesquisa Estaduais, tem como meta promover o desenvolvimento de programas de pós-graduação emergentes e estratégicos em áreas prioritárias. 
Por fim, o Programa de Apoio ao Desenvolvimento da Região Semiárida Brasileira, apoiará projetos voltados ao desenvolvimento da Agroindústria e da Biotecnologia naquela região.
Assessoria de Comunicação Social do MEC com informações da CAPES