
A Rede Vírus-MCTI comunica que a Rede Corona-Ômica BR-MCTI, através do Laboratório de Biologia Integrativa (Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais) e do Laboratório de Virologia Molecular (Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro), em colaboração com o Instituto Hermes Pardini e a Prefeitura de Belo Horizonte (PBH), sequenciou 85 genomas de SARS-CoV-2 de amostras clínicas coletadas da região metropolitana de Belo Horizonte e identificou dois novos genomas com uma coletânea de mutações ainda não descrita, caracterizando uma possível nova variante de SARS-CoV-2.
Os nossos resultados demonstram uma preponderância das variantes de preocupação (VOCs) e interesse (VOIs) de SARS-CoV-2 na região metropolitana de Belo Horizonte. As amostras investigadas correspondem ao período compreendido entre 28 de outubro de 2020 e 15 de março de 2021, provenientes do diagnóstico de COVID-19 realizados por três diferentes instituições: i - Laboratório de Biologia Integrativa, participante do Programa de Laboratórios de Campanha do MCTI; ii - Instituto Hermes Pardini e iii - Laboratório Municipal de Referência de Belo Horizonte (PBH).
A análise de classificação inicial indica que dos 85 genomas sequenciados, as seguintes linhagens foram encontradas: P.1 (30 amostras; 35,29%), P.2 (41 amostras; 48,23%), B.1.1.28 (8 amostras; 9,41%), B.1.1.7 (3 amostras; 3,53%), B.1.1.143 (1 amostra; 1,17%), B.1.235 (1 amostra; 1.17%) e B.1.1.94 (1 amostra; 1.17%). Estes achados demonstram um crescente predomínio das variantes P.1 e P.2 na região metropolitana de Belo Horizonte, substituindo as linhagens oriundas da primeira onda epidêmica. As variantes P.1, P.2 e B.1.1.7 possuem mutações críticas no gene codificante da proteína de espícula (S), como E484K ou N501Y, envolvidas no aumento da transmissibilidade e no escape imunológico. Salientamos ainda que a mutação N501Y, presente nas linhagens P.1 e B.1.1.7, foi recentemente associada ao aumento de aproximadamente 60% no risco de mortalidade em indivíduos infectados no Reino Unido.
Os nossos dados também mostraram a identificação de uma possível nova variante de SARS-CoV-2 na cidade de Belo Horizonte. Dois dos genomas descritos, oriundos de amostras não relacionadas geograficamente, demonstram a presença de um conjunto único de 18 mutações nunca anteriormente descrito em genomas de SARS-CoV-2 (tabela 1). Inferências filogenéticas mostram que esses dois novos genomas se agrupam em um ramo único dentro da linhagem B.1.1.28, possivelmente compondo uma nova linhagem definida por estas mutações. É notável que estas ocorrem em diversas regiões do genoma, inclusive ocasionando mudanças de aminoácidos em sítios funcionalmente importantes da proteína de espícula (E484Q e N501T), tal como VOCIs previamente descritas.
 Tabela 1: Substituições sinônimas e não-sinônimas identificadas.





Gene


Mudança de bases


Mudança de aminoácidos 


Presença em outras VOCIs




ORF1ab


C1627U


-





ORF1ab


G5180A


D1639N





ORF1ab


G9929A


D3222N





ORF1ab


A10888G


-





ORF1ab


11288-11296


3675-3677 del (SGF)


B.1.1.7, B.1.351, P.1




ORF1ab


C12664U


-





S


C21614U


L18F


P.1




S


G23012C


E484Q


B.1.351, P.1, P.2




S


A23064C


N501T


B.1.1.7, B.1.351, P.1




S


C24374U


L938F


P.1




S


G24410A


D950N


P.1




S


C24904U


-


 




ORF7b


C27807U


-


 




ORF8


C28253U


-


P.2




 


A28271U


-


 




N


C28311U


P13L





N


28881-28889


203-206 RGTS para  T





ORF10


U29581


frame shift deletion [(U)4 -> (U)3]


 





 
Estas amostras foram coletadas nos dias 27 e 28 de fevereiro de 2021 e não existem evidências de ligação epidemiológica entre ambas, como parentesco ou região residencial, o que reforça a plausibilidade de circulação desta novo possível variante. No entanto, novos genomas compartilhando estas mutações são necessários para corroborar a classificação formal de uma nova linhagem, o que enfatiza a urgência de esforços de vigilância genômica na região. Novas amostras das mesmas regiões já estão sendo analisadas e os resultados serão divulgados em breve.
Salientamos aqui que a descoberta de novos genomas contendo mutações de possível relevância funcional, como E484Q e N501T na proteína da espícula, é de especial relevância, considerando o impacto epidemiológico causado por outras mutações no mesmo sítio exibidas nas linhagens P.1, P.2, B.1.1.7 e B.1.351. Assim, estudos funcionais são necessários para avaliação do impacto biológico destas novas mutações.
 
Tabela 2: Relação dos genomas de SARS-CoV-2 sequenciados. 
 





Amostra


Cidade


Data de coleta


Variante


Mutações




LBI51


Betim - MG


17/12/2020


P.2


 




LBI52


Belo Horizonte - MG


06/11/2020


P.2


 




LBI54


Belo Horizonte - MG


19/01/2021


P.2


 




LBI55


Belo Horizonte - MG


22/01/2021


P.2


 




LBI56


Belo Horizonte - MG


25/01/2021


P.2


 




LBI57


Belo Horizonte - MG


27/01/2021


P.2


 




LBI58


Belo Horizonte - MG


28/01/2021


P.2


 




LBI143


Belo Horizonte - MG


28/10/2020


P.2


 




LBI144


Belo Horizonte - MG


03/12/2020


P.2


 




LBI145


Belo Horizonte - MG


08/01/2021


P.2


 




LBI146


Belo Horizonte - MG


11/12/2020


B.1.1.28


 




LBI147


Belo Horizonte - MG


07/01/2021


P.2


 




LBI150


Belo Horizonte - MG


26/11/2020


B.1.1.28


 




LBI151


Belo Horizonte - MG


17/11/2020


P.2


 




LBI153


Belo Horizonte - MG


09/02/2021


P.2


 




LBI154


Belo Horizonte - MG


09/02/2021


P.2


 




LBI172


Contagem - MG


22/02/2021


P.2


 




LBI173


Belo Horizonte - MG


26/02/2021


P.1


 




LBI174


Belo Horizonte - MG


26/02/2021


P.1


 




LBI176


Belo Horizonte - MG


23/02/2021


B.1.1.7


 




LBI177


Belo Horizonte - MG


23/02/2021


P.2


 




LBI178


Belo Horizonte - MG


24/02/2021


P.2


 




LBI179


Belo Horizonte - MG


24/02/2021


P.1


 




LBI180


Belo Horizonte - MG


24/02/2021


P.2


 




LBI181


Belo Horizonte - MG


26/02/2021


P.2


 




LBI185


Belo Horizonte - MG


26/02/2021


P.2


 




LBI190


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI191


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI193


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI194


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI195


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI196


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI198


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI199


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


B.1.1.28


 




LBI200


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI203


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI204


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI205


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI206


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI207


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI208


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI209


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


B.1.1.28


 




LBI210


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI211


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


B.1.1.28


 




LBI213


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


B.1.1.143


 




LBI214


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI215


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


-


ORF1ab: C1627U (sinônima), ORF1ab: G5180A (D1639N), ORF1ab: G9929A (D3222N), ORF1ab: A10888G (sinônima), ORF1ab: deleção 11288-11296 (3675-3677 SGF), ORF1ab: C12664U (sinônima), S: C21614U (L18F), S: G23012C (E484Q), S: A23064C (N501T), S: C24374U (L938F), S: G24410A (D950N), S: C24904U (sinônima), ORF7b: C27807U (sinônima), ORF8: C28253U (sinônima), A28271U, N: C28311U (P13L), N: deleção 28881-28889 (203-206 RGTS para T), ORF10: Deleção U29581 [(U)4 -> (U)3].




LBI216


Belo Horizonte - MG


26/02/2021


P.2


 




LBI217


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.1


 




LBI218


Belo Horizonte - MG


28/02/2021


-


ORF1ab: C1627U (sinônima), ORF1ab: G5180A (D1639N), ORF1ab: G9929A (D3222N), ORF1ab: A10888G (sinônima), ORF1ab: deleção 11288-11296 (3675-3677 SGF), ORF1ab: C12664U (sinônima), S: C21614U (L18F), S: G23012C (E484Q), S: A23064C (N501T), S: C24374U (L938F), S: G24410A (D950N), S: C24904U (sinônima), ORF7b: C27807U (sinônima), ORF8: C28253U (sinônima), A28271U, N: C28311U (P13L), N: deleção 28881-28889 (203-206 RGTS para T), ORF10: Deleção U29581 [(U)4 -> (U)3].




LBI219


Belo Horizonte - MG


27/02/2021


P.2


 




LBI220


Belo Horizonte - MG


01/03/2021


P.2


 




LBI221


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI222


Belo Horizonte - MG


05/03/2021


P.1


 




LBI223


Betim - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI224


Sete Lagoas - MG


03/03/2021


P.2


 




LBI226


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI228


Belo Horizonte - MG


02/03/2021


P.1


 




LBI229


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI233


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.2


 




LBI235


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


B.1.1.7


 




LBI240


Belo Horizonte - MG


02/03/2021


P.1


 




LBI241


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI243


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI244


Belo Horizonte - MG


02/03/2021


P.1


 




LBI245


Belo Horizonte - MG


02/03/2021


P.1


 




LBI246


Belo Horizonte - MG


01/03/2021


P.1


 




LBI247


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI248


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI249


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.2


 




LBI257


Belo Horizonte - MG


11/03/2021


B.1.1.28


 




LBI261


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


B.1.1.7


 




LBI262


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.2


 




LBI263


Belo Horizonte - MG


03/03/2021


P.1


 




LBI266


Belo Horizonte - MG


25/02/2021


P.1


 




LBI267


Belo Horizonte - MG


24/02/2021


P.2


 




LBI268


Belo Horizonte - MG


17/02/2021


P.2


 




LBI270


Belo Horizonte - MG


15/03/2021


P.1


 




LBI271


Belo Horizonte - MG


12/03/2021


P.1


 




LBI272


Belo Horizonte - MG


09/03/2021


P.1


 




LBI273


Belo Horizonte - MG


04/03/2021


P.1


 




LBI279


Belo Horizonte - MG


13/01/2021


B.1.1.28


 




LBI281


Belo Horizonte - MG


12/02/2021


B.1.1.28


 




LBI282


Belo Horizonte - MG


01/02/2021


P.2


 




LBI283


Belo Horizonte - MG


22/02/2021


P.2


 





 Todos os dados estão sendo disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-Ômica.BR – MCTI) e internacionais (GISAID) com a posterior submissão do trabalho ao periódico científico. Na tabela 2 listamos todas os genomas gerados, bem como as mutações encontradas.
Desta forma, recomendamos, que as providências cabíveis sejam tomadas pelos órgãos municipais, estaduais e federais competentes e agradecemos o apoio do Ministério de Ciência e Tecnologia e toda a Rede Vírus pelo suporte.
 
Rede Corona-Ômica.BR-MCTI