
Tancredo Neves vence as eleições de 1985, escolhido por um colégio eleitoral. Mas não tem tempo de assumir. Com sua morte, ainda sob forte comoção popular, seu vice, José Sarney, é declarado presidente do Brasil. Era o fim de mais de 20 anos de regime militar. O país já não era o mesmo, a economia desandou, mas o governo Sarney começou o caminho para a consolidação da democracia e da cidadania. No início de 19987, a Assembleia Nacional Constituinte dava início aos trabalhos de aprovar uma nova Constituição para o país, com a preocupação central de garantir os direitos do cidadão. O texto final foi promulgado em 5 de outubro de 1988.
A primeira grande regulamentação do Ministério da Justiça no período democrático ocorreu durante o governo de José Sarney. O governo manteve praticamente todas as atribuições definidas pelo decreto-lei 200 de 1967. De sua esfera de atuação saiu apenas o Ministério Público, que se tornou uma instância autônoma e independente. A nova estrutura também extinguiu o Departamento Federal de Justiça e criou novos órgãos, como a Secretaria de Direitos Humanos, a Secretaria de Justiça e Segurança Pública e a Secretaria de Estudos e Acompanhamentos Legislativos.
No governo de Fernando Henrique Cardoso, o ministério ganhou mais duas secretarias, a Secretaria Nacional de Direito Econômico e a Secretaria de Polícia Federal. E incorporou a função de ouvidoria-geral e de defesa dos direitos do consumidor. Em 1990, por meio de medida provisória, foi criado o Conselho Nacional de Segurança Pública, destinado à formulação de uma política nacional nessa área.
O primeiro Plano Nacional de Segurança Pública entrou em vigor somente em 2000, ainda no governo de FHC, depois do trágico episódio do assalto ao ônibus da linha 174, no Rio de Janeiro, que resultou na morte do sequestrador e de uma refém. Reconhecendo a importância da ´prevenção da violência, o plano tinha o objetivo de desenvolver, por meio da Secretaria Nacional de Segurança Pública (Senasp), condições para a cooperação entre as polícias, apoiar a qualificação dessas e investir na expansão de penas alternativas à privação de liberdade.
A prevenção da violência associada à defesa de uma cultura de paz também foi um dos eixos do governo Lula em relação à segurança, expresso em campanhas de desarmamento e na criação do Programa Nacional de Segurança Pública com Cidadania (Pronasci), em 2007.
Outros assuntos que passaram a receber mais destaque, a partir de 1990, foram os direitos humanos em geral e direitos das minorias em particular, passando a ser uma política de governo.
Ainda relacionado ao tema, com a lei 9.140 de 1995, o Estado reconhecia a responsabilidade dos governos ditatoriais pela morte de pessoas em razão de participação política, concedendo indenização a seus familiares. A mesma lei criou a Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos, que funcionava junto ao Ministério da Justiça.
Em 2011, houve mais uma ampliação das competências do ministério. A primeira foi a atribuição de elaborar a política nacional de arquivos e a segunda foi a de dar assistência ao presidente da República em matérias que não correspondem a outro ministério. Acrescenta-se ainda as relacionadas ao uso, tráfico e produção não autorizada de substâncias entorpecentes e outras drogas causadoras de dependência. Assim, o ministério passou também a tratar de medidas relacionadas com o tratamento, recuperação e reinserção social de usuários e dependentes, com o plano Integrado de enfrentamento ao crack e outras drogas.
No atual governo de Jair Bolsonaro, o ministério da Justiça mantém seu protagonismo frente à segurança pública, passando a se chamar Ministério da Justiça e Segurança Pública. No dia 4 de fevereiro de 2019, o Ministro da Justiça, Sergio Moro, apresentou para governadores e representantes de 25 estados mais o Distrito Federal o Projeto de Lei Anticrime que previa alterações no Código Penal, no Código de Processo Penal e na Lei de Crimes Hediondos. Para Moro, as propostas tratavam de três assuntos: o crime organizado, a criminalidade violenta e a corrupção, que para ele estavam inter-relacionados. O projeto começou a tramitar na Comissão de Constituição e Justiça do Senado, em julho deste ano.  No Senado, o pacote tem três relatores, com pareceres divididos por temas, mas ainda mantém vários pontos do projeto original.