
A primeira medida tomada pelo governo militar no Brasil foi a decretação do ato institucional nº 1, de 9 de abril de 1964. O ato manteve a Constituição de 1946, mas determinou que as eleições presidenciais fossem indiretas, realizadas pelo congresso nacional em sessão pública e votação nominal. O Poder Executivo também foi reforçado, com a autorização para cassação de mandatos em qualquer nível e a suspensão de direitos políticos pelo prazo de 10 anos. Iniciou-se um longo período de perseguições políticas no País.
No período de 1964 a 1985, do início do regime militar à redemocratização, o Ministério da Justiça passou por grandes transformações. O órgão perdeu as competências dos assuntos interiores e passou a ser chamado de Ministério da Justiça no governo do presidente Artur da Costa e Silva, em 1967.
O Ministério da Justiça compunha com o das Relações Exteriores o setor político fixado pelo decreto-lei 200. Suas competências abrangiam a ordem jurídica, nacionalidade, cidadania, direitos políticos e garantias constitucionais; segurança interna e Polícia Federal; administração penitenciária; Ministério Público e, por último, a documentação, publicação e arquivamento de atos oficiais.
No ministério havia uma Divisão de Segurança e Informações, que era subordinada também ao Serviço Nacional de Informação (SNI), e reproduzia, em âmbito ministerial as orientações do SNI.
Em 1968, um decreto regulamentou suas competências, definindo o estudo e preparo dos atos relativos à ordem jurídica, nacionalidade, cidadania, direitos políticos, garantias constitucionais, reconhecimento de utilidade pública e entidades privadas, medalhas de distinção graça, indulto, comutação de pena e política penitenciária. Assim, o ministério desempenhou papel importante no governo instalado em 1964, haja vista a constante cassação de direitos políticos em quase todo esse período.
A censura também foi objeto de ações do ministério. Em 1968, a lei 5.536, de 21 de novembro, instituiu o Conselho Superior de Censura, cujas competências abrangiam a revisão, em grau de recurso, das decisões finais relativas à censura de espetáculos e diversões públicas dadas pelo diretor-geral do departamento de Polícia Federal e a elaboração de normas e critérios que orientassem o exercício da censura, submetendo-os à aprovação do ministro.
Assim, o período da ditadura civil-militar foi marcado pela intensificação da censura, que nunca deixara se existir desde a época colonial, mas que assumiu um caráter eminentemente político, incluindo a censura prévia e a presença de censores nas redações de alguns jornais.
Outro tema contemplado nas ações do ministério foi o combate à corrupção, com a criação da Comissão Geral de Investigações. Esta tinha a incumbência de promover investigações para o confisco de bens relacionados ao enriquecimento ilícito de servidores públicos.
Durante este período, o Ministério da Justiça concentrou-se em ações que auxiliaram a manutenção da ditadura militar, atuando na cassação de direitos políticos, no fechamento de partidos, na proibição de manifestações de protesto político e no cerceamento da liberdade de expressão.