
O Brasil e diversos outros países tem sido gravemente afetados pela pandemia COVID-19. O surgimento de variantes do SARS-CoV-2 trouxe uma maior complexidade a esse cenário, visto que algumas destas variantes podem estar associadas a maior transmissibilidade, escape de resposta imune, casos mais graves e aumento na mortalidade. Muitas destas variantes possuem mutações no gene S, que codifica a proteína de superfície (“spike”), responsável pela entrada do vírus nas células, além de serem o alvo dos anticorpos neutralizantes produzidos pelas diversas estratégias de vacinação. No Brasil, projetos de vigilância genômica viral tem sido conduzido pelo Ministério da Ciência e Tecnologia, através da RedeVírus MCTI, e pelo Ministério da Saúde. A identificação de novos variantes em todas as regiões brasileiras e realizada por meio do sequenciamento completo de genomas.
Apesar desta iniciativa com abrangência nacional, ser considerada internacionalmente o padrão, a mesma é limitada a poucos laboratórios no país. Assim, faz-se necessário ampliar o mapeamento de variantes através da complementação com outras estratégias mais rápidas e de menor custo capazes de varrer um número maior de amostras positivas de COVID-19 com estimativas acuradas de frequência das variantes de SARS-CoV-2 nas 27 unidades federativas do nosso país. Com esse intuito o CTVacinas e o Laboratório de Biologia Integrativa, ambos da UFMG, e o laboratório de Vírus respiratórios da USP, todos participantes da Rede de diagnósticos e Rede Coronaômica.BR MCTIC, sub redes da RedeVírus MCTI, desenvolveram novas estratégias rápidas e de baixo custo para a detecção em larga escala das variantes de SARS-CoV-2 circulantes no Brasil. Atualmente, as variantes de SARS-CoV-2 circulantes no Brasil incluem a B.1.1.7 (também conhecida como Reino Unido), P.1, P.2 e mais recente a linhagem N.9 (B.1.1.33.2).
A estratégia desenvolvida se baseia no sequenciamento usual de Sanger, direcionado para as regiões do gene S viral onde as mutações (K417T, E484K e N501Y) determinantes de cada linhagem se encontram. Trata-se de uma estratégia muito mais rápida e de custo menor para identificação de variantes utilizando sequenciadores de DNA comumente encontrados em laboratórios de referência e com a possibilidade de identificar novos variantes na região de ligação do vírus ao receptor de nossas células (RDB) da proteína viral “spike”.
A genotipagem das mesmas mutações (K417T, E484K e N501Y) permitem caracterizar por PCR em tempo real as variantes previamente identificadas pelo sequenciamento. Com uma redução de custo e tempo de trabalho, essa abordagem pode ser utilizada pelos laboratórios públicos e privados envolvidos no diagnóstico de COVID-19 na rastreabilidade das variantes de SARS-CoV-2 com uma cobertura nacional. Além da possibilidade de ser constantemente atualizado, caso novos variantes sejam identificados.
Todos os protocolos desenvolvidos no desenvolvimento dessa abordagem serão disponibilizados para os Laboratórios de Campanha de Diagnóstico do MCTI (Rede de 13 laboratórios capacitados a realizar teste RT-PCR em Instituições de Pesquisa) capacitando-os à identificação dos variantes de SARS-CoV-2.
Essas estratégias, aliadas à vigilância genômica viral, serão primordiais para que possamos avaliar as frequências dos novos variantes de SARS-CoV-2 em todo o território nacional a fim de guiar as políticas de vacinação e suporte hospitalar para as regiões mais críticas do nosso país.