Acaba com a paridade das partes integrantes das universidades e institutos federais. Diretor geral, que era votado e ajuda no controle das atividades das reitorias, agora é indicado pela reitoria, assim prejudicando a ação de todas as comunidades.
Fere totalmente a autonomia universitária que é garantida pela Constituição Federal
As reitorias ou diretorias das universidades e institutos federais e do colégio Pedro II precisam deixar de ser redutos de militantes políticos e passarem a ser ocupados por pessoas sérias, comprometidas com a qualidade do ensino.  
Tirar o controle da esquerda 
Em geral, o terceiro nome mais votado em uma eleição tem menos de 10% dos votos. Assim, indicar este vai contra a democracia e a autonomia universitárias.
Vai haver mais controle em relação ao dinheiro público 
  nas universidades.
o negativo é que os alunos não poderão escolhe o reitor.
A Medida Provisória carece da Urgência que dispõe o Art. 62 da Constituição Federal, de modo a usurpar do Congresso a prerrogativa de legislar.
Vai haver mais controle em relação ao dinheiro público nas universidades.
Essa MP é uma ofensa a quem faz educação comprometida com a democracia. Essa MP vai acabar com o sistema democratico nas universidade e institutos federais
Acabar com a militância política  nas escolas e voltar com ensino verdadeiro sem ideologia de gênero. 
Aos poucos hão de ser destituídos os ditadores marxistas culturais, que tanto prejudicam nossa educação. 
Respeito ao voto da comunidade, sem manipulação no Conselho Superior
Tentativa de impor as idéias do presidente. Medida anti democrática
Fere a autonomia universitária, cria confusão na nomeação de diretores de campus fora de sede, permitindo que não docentes exerçam o cargo. Deveria-se garatir que o mais vitado na eleição seja de fato nomeado para o cargo de reitor.
Compromete a autonomia das instituições que têm sim é que amadurecer para tomarem melhores decisões e não subordinar-se aos que estão distantes dos enfrentamentos cotidianos da Instituição.
Mudará a lei e autonomia dos IFs, é um retrocesso.
A proposta já tem um erro de origem, fomentada por questões ideológicas que podem engessar ou mesmo descaracterizar as universidades públicas.
Essa medida vai levar a ingerência política  indevida na Academia que normalmente tem critérios científicos e educacionais muito.claros desenvolvimentistas
 e inspirados em países mais desenvolvidos 
A escolha passa a ser direta pelo governo não é democratico
desrespeita a autonomia institucional das instituições, arantidas pela CF e LDB.
Promover um debate mais democrático entre os professores com o fim da proporção 1/3, 1/3, 1/3 nos institutos federais