O grande perigo de uma dotação orçamentária garantida é o risco de tornar esses órgãos um escoadouro de dinheiro público; o referido projeto precisa garantir os mecanismos de controle inclusive, impedindo o uso político de cargos nessas instituições. Considerando o tamanho do patrimônio histórico, a possibilidade de aparelhamento é grande.
Ainda precisa de maior detalhamento quanto as estruturas da instituições públicas federais, inclusive naqueles que não compõem os poderes Executivo, Legislativo e Judiciário. É necessário uma instituição arquivística máxima em todos os Poderes para apoiar o Arquivo Nacional em suas ações e nas instituições que não compõem os três poderes.