Condicionar a penalização pelo valor do lote, embora não detalhe como proceder caso não seja possível de definir um valor de mercado.
Reduz ação do serviço público frente a não conformidades do ente privado que pode ser danosa ao consumidor. A implantação de notificação sem penalização por deficiências que ferem o direto do consumidor que resulta em  impunidade e pode estimular atos ilícitos. Implanta a terceirização para avaliação de registro de produtos, havendo risco de conflito de interesse. Não deixa claro os critérios para definir a penalização financeira em casos que não é possível determinar o valor do lote.
Só querem ferrar os funcionários do executivo. ABSURDO
Só querem beneficiar os banqueiros 
As empresas produzem e não fazer autocontrole, isto não existe no Brasil. Irão perder exportação. 
Deixa de exigir a licença ambiental pra o registro dos estabelecimentos no Mapa 
Favorece a terceirização da fiscalização agropecuária, uma atividade exclusiva de Estado.
Desculpa eu não fiz o registro correto de minha opinião e na  verdade eu considero um ponto negativo a dispensa da licença ambiental pra o registro junto ao Mapa.  Por gentileza pode corrigir!?
Infelizmente, mesmo na presença do agente fiscalizador já ocorrem várias falhas, a maioria delas de cunho operacional. E essas falhas, podemos observar, decorrem da redução de pessoas para operar as fábricas que produzem os produtos de origem animal, com a justificativa por parte do empresariado de redução de custos. A falta de manutenção também é outra problemática. Novamente, em decorrência de redução de custos, tanto dos materiais quanto de mão de obra para monitorar esse parâmetro. 
Desde a aprovação do Código de Defesa do Consumidor, qualquer agente econômico tem a obrigação legal de implantar e implementar o AUTOCONTROLE ou o controle interno de qualidade. Para que mais uma lei de autocontrole? A realidade é que esse PL foi redigido para retirar grande parte do poder de polícia dos Affa's do MAPA e para diminuir o valor da multa , impondo um teto de R$ 300.000,00 para todas as demais leis e regulamentos de atividades do MAPA. Azar do consumidor.
Fragiliza, mais do que já está, a fiscalização agropecuária federal, estadual e municipal. Aumentará o risco da segurança dos alimentos consumidos no país e exportados. Aumentará os problemas de saúde pública, inclusive o risco de mortes, em razão do consumo de produtos não conformes oi contaminados. Cria instância julgadora de autuação por infração com forte ingerência do setor regulado. As penalidades não serão aplicadas.
Delega atividades fiscais para terceiros contratados custeados pelos fiscalizados, o que não confere isenção para a tomada de decisões. Deverá estimular as fraudes, pelo estabelecimento de registros de produtos e habilitação de estabelecimentos de forma automática, promovendo a concorrência desleal entre os produtores. Além de trazer riscos para a segurança dos alimentos e dos insumos agropecuários, comprometerá a confiabilidade dos produtos brasileiros junto aos mercados internacionais. 
Coibe as ações cautelares necessárias para proteção do consumidor brasileiro e proporciona impunidade ao permitir que os estabelecimentos aderidos sejam apenas notificados e não autuados.  
A atividade de defesa agropecuária é um dos pilares que garantem a soberania alimentar nacional, uma vez que é atividade que previne e controla doenças de animais e vegetais, garante insumos adequados aos agricultores e qualidade e segurança dos alimentos produzidos. Portanto não deve ser delegada a terceiros e sim realaizada pelo poder público.
Infelizmente a população brasileira, de forma geral, não tem "educação" p se manifestar contra absurdos como este, entre outros, nem p cobrar depois. Muitos empresários tendem à se aproveitar das situações em ganho próprio, com isso, o consumidor q se lasque. O lucro é mais importante e, neste caso, não haverá fiscalização em cima, eles se aproveitarão mais ainda. Pq a tendência é se alastrar p outras esferas de inspeção, onde a briga é maior e cada um quererá ter mais vantagem q o outro. 
Fragilização das atividades da fiscalização de produtos que podem interferir na saúde das pessoas e dos animais.
É a mesma coisa da raposa tomar conta do galinheiro... Privatizar a fiscalização torna-a totalmente susceptível aos interesses do fiscalizado.
Vai dar poder de barganha a outros países para disputas comerciais
Não há vantagens para o consumidor. Haverá maior risco. Deveriamos aumentar a fiscalização, isso sim!
Terceira instância de análise de recurso a ser feita por uma pessoa com indicação política é simplesmente desastrosa.
Como na nossa cultura o ente fiscalizado vai administrar a sua própria fiscalização? A intenção dessa proposta não me parece nada boa, especialmente para o consumidor final.
A credibilidade da fiscalização ficaria extremamente prejudicada, abrindo precedentes para críticas internacionais e fechando portas de mercados exigentes como Europa e Japão por exemplo. A Fiscalização deve ser isenta, realizada por servidores públicos com estabilidade.
A crise da Carne Fraca foi a gota d'água a mais para transbordar o copo da nossa defesa sanitária brasileira que, como é de conhecimento de todos, tem perdido a credibilidade ao longo dos anos desde a crise de febre aftosa no MS em 2005. Não é a toa que ainda temos a Lista Traces em vigor para exportações de carne bovina in natura para a UE! O estado e o setor privado colaborando pode ser a única resposta viável nesta área também!  Seja muito bem-vinda a proposta de Auto Controle do MAPA. 
Vai aumentar o risco sanitário! As empresas mais fiscalizadas serão as de médio e grande porte, que normalmente já tem sistemas de autocontrole e certificações e vai ocultar ainda mais os clandestinos (que só são fiscalizados via denúncia, o que demora ou nunca acontece) e estimular a venda ilegal de produtos que teoricamente seriam p/ uso próprio. Portanto, "presunção de boa-fé do particular" na cultura brasileira é um risco para a segurança dos produtos. 
Vai aumentar o risco sanitário! As empresas mais fiscalizadas serão as de médio e grande porte, que normalmente já tem sistemas de autocontrole e certificações e vai ocultar ainda mais os clandestinos (que só são fiscalizados via denúncia, o que demora ou nunca acontece) e estimular a venda ilegal de produtos que teoricamente seriam p/ uso próprio. Portanto, "presunção de boa-fé do particular" na cultura brasileira é um risco para a segurança dos produtos. 
A desproporcionalidade de penalizações de PJ e PF
Desburocratização, maior liberdade e agilidade dos processos.