Não contempla as universidades com toda sua pluralidade, visto que muitas pesquisas de importância social não são de interesse da iniciativa privada, com isso o interesse ou recursos destinados seriam escassos. 
Sucateamento do Ensino Superior Público
O texto é bastante vago. Não há nenhuma indicação clara sobre como será o contrato, como será o acompanhamento, a avaliação de resultados, quais critérios serão analisados, como e de que modo isso será realizado.
maior possibilidade de financiamento
Se as empresas já vão investir nas universidades que aderirem, não tem motivos para o governo vincular bolsas CAPES e maior investimento público em universidades que atinjam as metas do programa. Isso força as universidades a aderirem a um programa que pode ser que nem dê certo em todo o país e, com isso, universidades mais distantes terão ainda menos investimentos públicos. 
Possibilidade de obter recurso externo sem burocracia.
As metas devem ser adequadas a uma instituição em transição cultural. Preocupa-me que as metas estejam além da capacidade instiuicional de cada unidade.
Apoiar o empreededorismo e gerar outras fontes de financiamento.
Praticamente tudo da proposta já é implementado na prática. As IEs já podem ter e implementam empresas juniores, e também já pode receber financiamento por meio de parcerias e execução financeira de projetos de pesquisa, ensino, extensão e inovação.
pensar que pode , saber sobre educação, mesmo sem ter noção
deixar o financiamento para empresas, e esquecer o que tem na constituçãoe deixar de ouvir a comunidade universitaria
Altera o estado atual do ensino brasileiro, procurando favorecer a inovação e o empreendedorismo. 
 Acho que as universidades hoje deixam MUITO a desejar acerca da pesquisa aplicada e do respeito ao aluno (em algumas, professor tem peso MUITO maior na escolha de reitor; às vezes, o aluno é tratado com grosseria e desdém por reitorias).
O projeto não foi debatido com a comunidade universitária, desconsidera as necessidades regionais e locais, trata todas as universidades como iguais, o que não são, e se traduz em grande perigo para manutenção das ciências humanas, que, no geral, possuem uma relação menor de possibilidades de captação de recursos. Tal projeto, em suma, destrói tudo aquilo que vem se construindo desde a implantação do sistema federal de educação superior, ao colocar as IFES sob o crivo único do mercado financeiro
Possibilidade de uma transformação muito grande das universidades públicas brasileiras no sentido de tecnologias e aprimoramento do ensino, aproximando o que tem de melhor no mundo tecnológico e atualizando as universidades, que se encontram atualmente defasadas.
falta recursos públicos para financiar a educação superior.
O governo abdica de uma política nacional de industrialização e incorporação de novas tecnologias para atomizar essas ações com pequenos atores que não têm  poder diante do poder centralizador e concentrador das grandes empresas. Além disso, destroi a cultura da coisa pública para apoiar toda a estrutura de ensino, pesquisa e extensão na controversa figura do empreendedor. É uma privatização das universidades por dentro da estrutura existente.