5 % des sites ont été classés de qualité insuffisante , même s'il s'agit d'une amélioration par rapport à 2015 ( 97 sites sur 3345 au total ) et 2014 ( 105 sites sur 3344 au total ) . La principale problématique concerne le risque infectieux associé à la baignade dans une eau de mauvaise qualité microbiologique , c'est-à-dire lié à la présence de micro-organismes pathogènes . C'est pourquoi les contrôles visent en premier lieu l'évaluation de deux indicateurs de contamination fécale : Escherichia coli et les entérocoques intestinaux . " Les eaux usées provenant des habitations , les déjections des animaux et les effluents d'élevages rejetés dans le milieu et qui pollueraient des sites de baignades , peuvent être la cause d'une mauvaise qualité de l'eau " , explique le ministère de la Santé . Plus ces germes sont retrouvés en quantité importante dans les eaux de baignade plus la probabilité de présence de germes pathogènes plus dangereux d'origine bactérienne ( salmonella , shigella , . ) ou virale ( virus entériques , hépatite A . ) est élevée . Les risques , généralement bénins , se traduisent par des gastro-entérites plus ou moins sévères , des mycoses , des affections des yeux , de la sphère ORL et de la peau , comme des dermatites . Des risques microbiologiques particuliers existent également en eau douce , tels que la leptospirose . Une maladie causée par la bactérie leptospire qui provoque une fièvre élevée avec frissons , maux de tête , douleurs musculaires et douleurs articulaires , mais dont l'évolution est généralement favorable avec un traitement adapté . Dans les eaux de mer comme dans les eaux douces , les conditions d'ensoleillement et de température , mais aussi la composition de l'eau , peuvent favoriser la prolifération d'algues microscopiques . Parmi ces algues , certaines génèrent des toxines qui peuvent provoquer à certaines concentrations des troubles de santé , dont la gravité varie selon les espèces d'algues présentes .