Le virus de l'immunodéficience humaine ( VIH ) , Ebola , et très probablement les coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère ( SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2 ) trouvent leur origine chez des mammifères , pour la plupart sauvages , et ont été transmis à l'homme pour devenir des maladies appelées « zoonoses » , souvent responsables de grandes flambées épidémiques et particulièrement mortelles . Ces virus ( la zoonose concerne aussi les autres microorganismes comme les bactéries et les champignons ) , peuvent être transmis directement par un contact entre l'animal hôte et l'homme , ou indirectement , par voie alimentaire ou en passant par un animal intermédiaire ayant des contacts plus rapprochés avec l'homme , qui aurait été préalablement contaminé par l'animal hôte . À force de mutations , ces virus se propagent rapidement et efficacement chez l'homme , et peuvent être à l'origine de catastrophes sanitaires . L'imprévisibilité de ces émergences pousse les virologues à mieux connaître le virome ( ensemble des virus ) . Mais les obstacles sont nombreux à cette cartographie des virus . La première difficulté tient à l'accès aux animaux hôtes , qui , sauvages pour la plupart , vivent dans des zones impénétrables et trop méconnues pour y faire des analyses . Enfin , un autre point important mentionné par Eric Leroy , Directeur de recherche à l'IRD , « la plupart des virus se répliquent dans des cellules de la lignée monocytaire ( les monocytes sont des cellules immunitaires ) , lesquelles sont principalement présentes dans les organes internes des animaux ( rate et foie ) . Les débusquer nécessite le sacrifice de ces derniers , une pratique inapplicable , car contraire aux règles éthiques en vigueur . » .