Ce qui donne le tempo aux organismes , ce sont donc leurs gènes , qui sont activés ou inhibés de manière cyclique . Chez la drosophile , au niveau moléculaire , les protéines CLOCK ( CLK ) et CYCLE ( CYC ) forment un hétérodimère qui , dans le noyau des cellules , se lie à la région promotrice des gènes period ( per ) et timeless ( tim ) . Ces gènes sont alors transcrits en ARN , exportés dans le cytoplasme puis traduits en protéines . Ces protéines forment à leur tour un hétérodimère ( PER :TIM ) , sont transportées dans le noyau , et inhibent les protéines activatrices CLOCK et CYCLE . En journée , la lumière dégrade la protéine TIM via l'action d'un photorécepteur ( une autre protéine , « cryptochrome » ) , et en l'absence de TIM , PER sera également dégradée . La dégradation des protéines PER et TIM permet aux protéines CLK et CYC d'assurer à nouveau leur action activatrice , démarrant ainsi un nouveau cycle . Enfin , une deuxième boucle , liée à la première , fait intervenir des gènes qui contrôlent l'expression du gène clock . Ces gènes sont au cœur du mécanisme horloger , qui , dans son ensemble , repose sur un réseau moléculaire complexe . C'est la régulation fine de l'ensemble des molécules de l'horloge qui en assure le timing et la précision . Il n'y a pas une seule horloge circadienne , les gènes horlogers varient en fonction des espèces . Mais le principe reste le même : des gènes dont l'expression oscille . Les rythmes biologiques ont été décrits dans tous les taxa ( groupes d'organismes ) étudiés jusqu'à présent , ce qui inclut les cyanobactéries , les champignons , les plantes , et les animaux , humains compris . Le mécanisme de l'horloge des mésanges charbonnières a aussi été étudié . L'arbre sur lequel ces mésanges sont posées , comme les plantes et champignons , ont aussi des horloges biologiques .