Lors de la peste noire , au XIVe siècle , les autorités municipales vont prendre des mesures d'isolement qui s'appuient sur le sens commun d'une contagiosité , notion de peu d'importance pour la médecine médiévale . On enferme les pestiférés et leur famille dans leur maison , où on les l'expulsion hors de la ville . Ces mesures , d'ordre juridique plus que médical , sont adoucies à partir du XVIe siècle . Plus rarement , les malades sont autorisés à circuler , mais en étant porteurs de signes distinctifs . C'est à partir du XVIIe siècle que la locution est utilisée pour désigner la période d'isolement destinée à empêcher la propagation d'une épidémie . Les personnes supposées contaminées sont gardées à l'écart et empêchées de se déplacer , pendant quarante jours . Ainsi , lors d'épidémies ou de soupçons de maladies venues de l'étranger , comme on trouvait à proximité des ports des bateaux mis en quarantaine , signalés par un drapeau particulier interdisant aux autres navires de les approcher . Mais la quarantaine des bateaux n'est pas toujours bien appliquée , comme à Marseille , d'où partira en 1720 , la dernière grande épidémie de peste enregistrée en France . Il n'aura échappé à personne que dans « quarantaine » , il y a « quarante » . Un chiffre qui symbolise les temps de préparation à de nouveaux commencements . Au XIIe siècle , dans la religion catholique , la ( sainte ) quarantaine s'utilisait pour parler de la période de quarante jours - sans compter les dimanches - du Carême . Période de jeûne destinée à préparer la fête de Pâques , c'est-à-dire de la Résurrection du Christ d'entre les morts et donc de la victoire de la vie sur la mort , le Carême commence le Mercredi des Cendres ( cette année le 26 février 2020 ) et s'achève le Jeudi Saint ( le 9 avril 2020 ) . Sa durée fait en particulier référence aux quarante années passées au désert par le peuple d'Israël entre sa sortie d'Égypte et son entrée en terre promise . Elle renvoie aussi aux quarante jours passés par le Christ au désert entre son baptême et le début de sa vie publique .