Like other tick-borne infectious diseases, TBE can be prevented by using insect repellents and protective clothing to prevent tick bites.
Podobno kot druge bolezni, ki jih prenašajo klopi, se lahko klopni meningoencefalitis prepreči z uporabo zaščitnih sredstev proti žuželkam in zaščitnimi oblačili, ki preprečujejo ugrize klopov.