ECDC работи в тясно сътрудничество с 27-те държави-членки на ЕС, както и със страните от ЕИП/ЕАСТ (Норвегия, Исландия и Лихтенщайн), страните-кандидатки (Хърватия, Бивша югославска република Македония и Турция) и потенциалните страни-кандидатки (Албания, Босна и Херцеговина, Сърбия и Черна гора, и Косово съгласно Резолюция 1244 на Съвета за сигурност на ООН).
ECDC will work closely with the 27 EU Member States, but also with the EEA/EFTA countries (Norway, Iceland and Liechtenstein), candidate countries (Croatia, Former Yugoslav Republic of Macedonia and Turkey) and potential candidate countries (Albania, Bosnia and Herzegovina, Serbia and Montenegro, and Kosovo under UN Security Council Resolution 1244).