クエリ: 生物学でRNAからたんぱく質を合成することと、ある言語の文章を他の言語に変換することに共通する言葉は何でしょう?
文章: 翻訳 (生物学) 遺伝暗号を手作業で翻訳することも(短い配列の場合)または(後述のように適切にプログラミングした)コンピュータで翻訳することもできる。これにより、生物学者や化学者は、コード化タンパク質の化学構造を紙に描いて解釈することができる。まず、下に示すように、鋳型DNAの各塩基をRNA相補体に変換する(アデニン(A)の相補体はウラシル(U)であることに注意すること)。なお、DNAの鋳型鎖はRNAが重合したものであり、もう一方のDNA鎖はRNAと同じであるが、ウラシルの代わりにチミン(T)を持つことに留意すること。次に、RNAをトリプレット(3塩基のグループ)に分割する。コードを読み始める場所によって、3つの翻訳ウィンドウ、すなわちリーディングフレームがあることに注意を要す。最後に、遺伝暗号の翻訳表(英語版)を使用して、上記を化学で使われる構造式に変換する。
文章: RNAポリメラーゼ RNAポリメラーゼ (RNA polymerase) とは、リボヌクレオチドを重合させてRNAを合成する酵素(RNA合成酵素)。 DNAの鋳型鎖(一本鎖)の塩基配列を読み取って相補的なRNAを合成する反応(転写)を触媒する中心となる酵素をDNA依存性RNAポリメラーゼという(単に「RNAポリメラーゼ」とも呼ぶ)。真核生物では、DNAを鋳型にしてmRNAやsnRNA遺伝子の多くを転写するRNAポリメラーゼIIがよく知られる。このほかに35S rRNA前駆体を転写するRNAポリメラーゼI、tRNAとU6 snRNA、5S rRNA前駆体等を転写するRNAポリメラーゼIIIなどがあり、この三種はDNA依存性RNAポリメラーゼと呼ばれる。 また、RNAを鋳型にRNAを合成するRNA依存性RNAポリメラーゼもあり、多くのRNAウイルスで重要な機能を果たす以外に、microRNAの増幅過程にも利用される。 文章: 転写 (生物学) 細菌における転写機構は大腸菌において特に良く調べられている。基本的な機構は他の生物でも同じであるが、細部には違いが見られる。特に真核生物では機構がかなり複雑である。開始段階における特に大きな違いは、細菌のRNAポリメラーゼは単独で転写を始めることができるが、真核生物はプロモーターに結合するのにも様々なタンパク質を要する。 細菌の転写開始は次の4つの段階を経る。1RNAポリメラーゼがプロモーターを認識し、閉鎖型複合体を形成する。この複合体のDNAとの結合は可逆的であり、平衡定数(KB)は10~10 Mである。2閉鎖型プロモーター複合体を開放型複合体に変換する。不可逆的であり、反応速度定数(k2)は10~10である。3さらに初期転写複合体 initial transcribing complex となり、プロモーターに留まっている間に10nt(ヌクレオチド)を合成。4転写産物の先駆けが十分に長くなると、伸長段階に移行するためホロ酵素の立体構造が変化する。この過程をプロモータークリアランス promoter clearance と呼ぶ。4から伸長開始までをプロモータークリアランス時間 promoter clearance time といい、短くても1~2秒はかかる。 1から2への変化は異性化 isomerization または強い結合 tight binding と呼び、融解は-11から3の短い領域で起きる。σと複合体を形成したRNAポリメラーゼの場合、以降にも調節機構があるとはいえ、実質的に不可逆なため済めばほぼ確実に転写が始まる。異性化にはホロ酵素の著しい変化が2つある。第一にホロ酵素のβとβ'サブユニットは下流DNAをしっかり固定する。第二はσの領域1.1が50移動して酵素の外側に出ることである。DNAと結合してないとき、領域1.1はホロ酵素の活性中心溝にあり、開放型複合体にある鋳型鎖の通り道を塞ぐ。DNAと同様に負に荷電しているため、DNAと結合するため強い正荷電の活性中心溝で擬態した分子 molecular mimic として振る舞うためである。移動による開放でDNAは入れるようになる。 文章: 化学合成 (生命科学) 生化学において、化学合成(かがくごうせい、英: chemosynthesis)とは、一つかそれ以上の炭素含有分子(一般に二酸化炭素やメタン)と栄養素を生物学的に有機物に変換することであり、エネルギー源として、光合成のような太陽光ではなく、無機化合物(水素ガス、硫化水素など)または第一鉄イオンの酸化を利用するものである。化学合成によって二酸化炭素から炭素を得る生物である化学合成独立栄養生物は系統学的に多様である。著名な分類群あるいは生物地球化学的に重要な分類群として、硫黄酸化細菌ガンマプロテオバクテリア、イプシロンプロテオバクテリア、水素酸化細菌アクウィフェクス、メタン生成古細菌、好中球性鉄酸化細菌が含まれる。 海洋深部に生息する多くの微生物は、化学合成を行って単一の炭素分子からバイオマスを生産している。その仕組みは2つのカテゴリーに分けることができる。水素分子(H2)を利用できるまれな場所では、CO2とH2の反応(メタン、CH4の生成につながる)から得られるエネルギーが、バイオマスの生成を推進するのに十分な大きさになりうる。あるいは、ほとんどの海洋環境では、化学合成のためのエネルギーは、硫化水素やアンモニアなどの物質が酸化される反応から得られる。これは酸素の有無にかかわらず起こる可能性がある。 化学合成微生物の多くは、海洋で他の生物によって消費され、化学合成生物と呼吸する従属栄養生物との共生関係は極めて一般的である。熱水噴出孔、メタンクラスレート、冷水湧出帯、鯨骨生物群集、隔離された洞窟水では、化学合成による二次生産によって動物の大規模な個体群が維持されることがある。 文章: 朝鮮語族 朝鮮語は系統において様々に議論があるものの、比較言語学的にいずれかの他言語と共通の語族に属すことは証明されておらず、孤立言語とする立場がある。ただし済州道の言葉を、別の言語である「済州語」とする考えもあり、その論をとれば朝鮮語の同系言語が存在することになる。 文章: 生産性 (言語学) 生産性(せいさんせい、英: productivity)という用語は、言語学において、次の2つの意味で使われる。この項では主に文法項目の生産性について扱う。生産性の研究は主として形態論の分野でなされてきたが、統語論にも当てはまると考える学者もいる (Bybee 2010: 95)。 文章: 非言語コミュニケーション 非言語コミュニケーションを最初に研究対象としたのはチャールズ・ダーウィンの『人及び動物の表情について』(1872)とされ、以来非常に多岐にわたる研究がなされている。 文章: RNAワールド 現在の生物は、酵素を触媒としてDNAやRNAといった核酸を合成し、核酸の配列を基に酵素を合成している。このどちらが起源なのかは長らくの疑問であった。 しかし、酵素ではなくRNAでありながら自己スプライシング機能を持つリボザイムやRNAを基にDNAを合成する逆転写酵素が発見されたことで、RNAが酵素(ポリペプチド)と遺伝情報(DNA)両方の起源となりうることが証明され、RNAワールド仮説が提唱されるようになった。 RNAワールドからDNAワールドへの発展は、RNAからタンパク質に生化学反応の触媒が移行し、RNAはタンパク質の配列を示す遺伝暗号としての機能を持つようになり、RNAが不安定な分子なので、RNAからDNAがその機能を担うようになり、おこったとされている。 文章: 類推 類推(るいすい)または類比(るいひ)、アナロジー(analogy)とは、特定の事物に基づく情報を、他の特定の事物へ、それらの間の何らかの類似に基づいて適用する認知過程である。古代ギリシャ語で「比例」を意味する ναλογα アナロギアーといった概念に由来し、広義においてこれはロゴスに含有する。類推は、問題解決、意思決定、記憶、説明(メタファーなどの修辞技法)、科学理論の形成、芸術家の創意創造作業などにおいて重要な過程であるが、論理的誤謬の排除が難しい場合も多く、脆弱な論証方法である。科学的な新概念の形成過程は、チャールズ・パースによるアブダクション理論として区別されることもある。異なる事象に対し類推することで、共通性を見出す言語的作業が比喩である。 言語学では、言語自体に対する類推が言語の変化の大きな要因とされる。 文章: スプライシング 生物学におけるスプライシング (splicing) とは、ある直鎖状ポリマーから一部分を取り除き、残りの部分を結合すること。 リボ核酸(RNA)の自然修飾はRNAスプライシングと呼ばれ、タンパク質でインテインが除去される過程はプロテインスプライシング(英語版)と呼ばれる。 なおスプライシングが起きるのは真核生物の転写の場合のみで、原核生物の転写の場合ではこの過程はない。 文章: 異星言語学 異星言語学(いせいげんごがく、英: exolinguistics, xenolinguistics)は、いわゆる宇宙人の言語を研究する言語学の部門でのことある。英語ではexolinguisticsとxenolinguisticsという二語が(ex-は外、xeno-は異客の意)並存している。 宇宙人(地球外生命体)が発見されていないため現在(21世紀初頭)のところ空想の領域ではあるが、他の文明へのメッセージは数学や物理学といった全宇宙に共通の定理を基礎にしたものが用いられるだろうと考えられ、そうしたメッセージの捜索が続けられている。また、地球側からもそのようなメッセージが何度か発信されている。 文章: タンパク質生合成 転写とは、DNAを鋳型としてmRNAを生成することで、細胞の核内で行われる。真核生物では、このmRNA分子はpre-mRNAと呼ばれ、核内で転写後修飾を受けて成熟mRNA分子となる。ただし、原核生物では転写後修飾は必要ではなく、転写によって直接に成熟mRNA分子が生成される。 最初にヘリカーゼと呼ばれる酵素がDNA分子に作用する。DNAは、2本の相補的なポリヌクレオチド鎖から構成される逆平行の二重らせん構造を持っており、塩基対間の水素結合によって結びついている。ヘリカーゼがこの水素結合を切断すると、遺伝子に相当するDNAの領域がほどけて2本のDNA鎖が分離し、一連の塩基が露出する。DNAは二本鎖分子であるにもかかわらず、片方の鎖のみがpre-mRNA合成の鋳型として機能する - この鎖は鋳型鎖(テンプレート鎖)と呼ばれる。もう一方のDNA鎖(鋳型鎖と相補的である)はコード鎖と呼ばれる。 DNAとRNAはどちらも固有の方向性(英語版)を持っている。つまり、分子の両端は別個である。この方向性の特性は、基礎となるヌクレオチドサブユニットの非対称性によるもので、五炭糖の片側にリン酸基が、もう片側に塩基が存在する。五炭糖の5つの炭素には、1'('はプライムを意味する)から5'までの番号が付けられている。したがって、ヌクレオチドをつなぐホスホジエステル結合は、あるヌクレオチドの3'炭素上のヒドロキシ基と別のヌクレオチドの5'炭素上のリン酸基が結合することで形成される。ゆえに、コードDNA鎖は5'から3'の方向に走り、相補的な鋳型DNA鎖は3'から5'の逆方向に走ることになる。 文章: 言語新作 言語新作(げんごしんさく、英: neologism)または造語症(ぞうごしょう)とは、造語(新語)や口から出まかせな言葉の使用、いくつかの語や語の一部から新語が合成される症状。精神医学・臨床心理学上は、統合失調症に多い症状とされる。 文章: 認知言語学 個々の研究者によってさまざまな違いはあるものの、以下の点で多くの認知言語学者はその理念を共有している(Croft and Cruse 2004)。 1.を重視するため、記号化、カテゴリー化、ゲシュタルト知覚、イメージスキーマ、身体性、メタファー・メトニミーなどから言語を記述説明する。また2.のテーゼより、図と地の分化、焦点化、プロファイル、推論などの作用によって言語の意味が発現するというスタンスにつながる。また3.はいわゆる「用法基盤モデル」で、言語単位の定着・慣習化、頻度などの面から言語現象を分析し直すものである。その言語運用の立場から記述することで、これまでいわゆる言語知識(competence)と考えられてきたものが実は言語運用(performance)から説明可能であることを示すモデルである。よって語用論・談話分析とも近接性を有するパラダイムであるといえる。 両者の共通点は、言語習得や言語使用を可能にしている知識のあり方を解明することを目的としており、その言語知識を心の仕組みの一環として捉えている点である。生成文法では、言語知識は他の心的機能と密接に関係しながらも、自立した機能の単位(「心的器官」)を形成していると考える。対して、認知言語学では、言語能力は他の心の動きと分かち難く結びついているため、言語知識のあり方を解明するためには、言語以外の心の動きまで考慮に入れる必要があると考える。 また、生成文法と認知言語学では、そもそも何を問題と考えるかにも違いがある。 文章: 言語哲学 ハンス・ゲオルク・ガダマーはハイデッガーの思想を発展させて完成された解釈学的存在論を提示した。『真理と方法』において、ガーダマーは言語を「本質的な理解と承認が二人の人の間で起こるための媒体」であるとした。また、世界は言語によって構成されており、言語を離れては存在できないとガーダマーは主張した。例えば、言語の助けなしには記念碑や彫像は自身の持つ意味を伝達できない。世界の言語的本性は個々の物を対象的環境から解放するので、全ての言語は一つの世界観を構成するともガーダマーは主張している: 「[...]私たちが完全に[言語]に依存した世界を持っていてその中にそれ自体を現前させているという事実。世界としての世界は世界の他の生物のためとしてではなく人のために存在する。」 一方ポール・リクールは解釈学(仏:Hermneutique)をギリシア語における言葉の本来の意味と再連結した形で提示し、日常言語の曖昧な言葉(あるいは「象徴」)の中の隠れた意味を発見することを重視した、この流れに属する哲学者にはほかにルイジ・パレイゾンとジャック・デリダがいる。 記号学は一般的に記号や象徴による情報伝達、反応、意味を研究する。この分野では、(自然にしろ人工にしろ)人間の言語は人間(や他の知的生命体)が情報伝達するのに使える多くの手段のうちの一つにすぎないとされる。この考えをとることにより、自分たちのために意味を作り他者に意味を伝達するために利点を得て外的世界を効率的に操作できるようになる。あらゆる対象、あらゆる人、あらゆる出来事そしてあらゆる力が情報伝達(あるいは「表現」)し続けている。例えば電話が鳴るのは電話「である」。地平線上に煙が立つのを見たらそれは火事をあらわす記号である。煙は表現している。この観点では世の中に存在する物事は人間がそうするのと同様にそれらを解釈することだけを求めている知的存在にとって正確に符号を貼られているように思われる。全ての物は意味である。しかしながら人間の言語の使用を含む真の情報伝達は受け手に対して何らかの信号において「メッセージ」つまり「文書」を送る者(「送り手」)を要求している。言語はこういった情報伝達形式(の中でも最も洗練された形式)の一つである限りで研究される。記号学の歴史の中で重要な人物としてチャールズ・サンダース・パース、ロラン・バルト、ロマーン・ヤーコブソンがいる。近代においてはそのもっともよく知られた人物としてウンベルト・エーコ、アルジルダス・ジュリアン グレマス(英語版)、ルイス・イェルムスレウ、トゥッリオ・デ・マウロがいる。人間以外の情報伝達における記号の研究は生物記号学の主題である。生物記号学は20世紀後半にセボーク・トマスとトゥーレ・フォン・ユフクエルによって創始された。 文章: 転移RNA HGNC(英語版)は、ゲノムtRNAデータベース(GtRNAdb)やこの分野の専門家と共同で、tRNAをコードするヒト遺伝子に対する固有の名称を承認した。tRNAの上半分(Tアームと、5'末端リン酸基と3'末端CCA基を持つアクセプターステムからなる)と下半分(Dアームと、アンチコドンアームからなる)は、構造的にも機能的に独立したユニットである。上半分は、初期のRNAワールドにおける複製用のtRNA様分子を標識付けていた可能性がある3′末端のゲノムタグを含めて、最初に進化したかもしれない。下半分は、たとえばRNAワールドでタンパク質合成として始まり、リボ核タンパク質ワールド(英語版)に変わったように、後から拡張する形で進化したのかもしれない。これはゲノムタグ仮説(genomic tag hypothesis)として提案されたシナリオである。