クエリ: 生物学でRNAからたんぱく質を合成することと、ある言語の文章を他の言語に変換することに共通する言葉は何でしょう?
文章: 翻訳 翻訳(ほんやく、とは、ある形で表現されている対象を、異なる形で改めて表現する行為である。 特に、自然言語において、起点言語による文章を、別の目標言語による文章に変換する行為をさす。例えば、英語文から日本語文へ翻訳された場合は、起点言語が英語であり、目標言語が日本語である。起点言語による文を原文といい、目標言語による文を訳文・翻訳文と言う。一方で、プログラミング用語としては形式言語の変換という意味でも用いられる。なお、文ではなく発話を翻訳する行為は、通訳とも呼ばれる。 翻訳という行為自体を研究する学問として、翻訳学がある。
文章: 母語 「母語」という表現をジェンダー論的に批判し、「母」を別の言葉、例えば「親」に置き換えて、「親語」などとすべきだとする主張もある。しかしながら、人間は誰もが生物学的に一人の母親から生まれ出でるという事実がありまた、出生から言語の発達に至る期間において母親が主なケア・ギバーであることはヒトの生活史の中で極めて普遍的な事象でもあるため、普及・定着には至っていない。 言語学においては、他の言語の習得によって相対化された母語を捉えて「継承語(英語版)」という表現を用いることがある。 文章: 化学合成 (生命科学) 生化学において、化学合成(かがくごうせい、英: chemosynthesis)とは、一つかそれ以上の炭素含有分子(一般に二酸化炭素やメタン)と栄養素を生物学的に有機物に変換することであり、エネルギー源として、光合成のような太陽光ではなく、無機化合物(水素ガス、硫化水素など)または第一鉄イオンの酸化を利用するものである。化学合成によって二酸化炭素から炭素を得る生物である化学合成独立栄養生物は系統学的に多様である。著名な分類群あるいは生物地球化学的に重要な分類群として、硫黄酸化細菌ガンマプロテオバクテリア、イプシロンプロテオバクテリア、水素酸化細菌アクウィフェクス、メタン生成古細菌、好中球性鉄酸化細菌が含まれる。 海洋深部に生息する多くの微生物は、化学合成を行って単一の炭素分子からバイオマスを生産している。その仕組みは2つのカテゴリーに分けることができる。水素分子(H2)を利用できるまれな場所では、CO2とH2の反応(メタン、CH4の生成につながる)から得られるエネルギーが、バイオマスの生成を推進するのに十分な大きさになりうる。あるいは、ほとんどの海洋環境では、化学合成のためのエネルギーは、硫化水素やアンモニアなどの物質が酸化される反応から得られる。これは酸素の有無にかかわらず起こる可能性がある。 化学合成微生物の多くは、海洋で他の生物によって消費され、化学合成生物と呼吸する従属栄養生物との共生関係は極めて一般的である。熱水噴出孔、メタンクラスレート、冷水湧出帯、鯨骨生物群集、隔離された洞窟水では、化学合成による二次生産によって動物の大規模な個体群が維持されることがある。 火星や、木星の月エウロパ、およびその他の惑星の地下では、嫌気性化学合成が生命を支えているという仮説がある。また、化学合成は、地球上で最初に進化した代謝の種類であり、その後に発達した細胞呼吸や光合成の先導役となった可能性がある。 文章: 自己スプライシング テトラヒメナの核ゲノムrRNAからトーマス・チェックとシドニー・アルトマンによって発見された。ほかに、酵母など菌類のミトコンドリアrRNA、葉緑体 rRNAや、細菌 tRNAに見られる。最初に見つかった自己スプライシングイントロンであり、また初めてリボザイムであることが確認された RNA でもある。この発見が RNA 分子が生命の元となったという RNAワールド仮説提唱のきっかけの一つとなった。スプライスサイトのコンセンサス配列は特に見当たらないが、ある程度共通の二次構造モチーフがある。反応には Mg++ とグアノシンを必要とし、その過程では、まず遊離のグアノシンが5' スプライスサイトを求核攻撃し、RNA の切断を行う。その結果切断された上流配列(上流エクソン)と、5' 末端にグアノシンが付加された下流配列(イントロンと下流エクソン)ができる。 文章: 伝令RNA メッセージが分解される機構は他にも、ノンストップ分解(英語版)(non-stop decay、NSD)や、Piwi結合RNA(英語版)(Piwi-interacting RNA、piRNA)によるサイレンシングなど、さまざまなものがある。 文章: 言語哲学 ハンス・ゲオルク・ガダマーはハイデッガーの思想を発展させて完成された解釈学的存在論を提示した。『真理と方法』において、ガーダマーは言語を「本質的な理解と承認が二人の人の間で起こるための媒体」であるとした。また、世界は言語によって構成されており、言語を離れては存在できないとガーダマーは主張した。例えば、言語の助けなしには記念碑や彫像は自身の持つ意味を伝達できない。世界の言語的本性は個々の物を対象的環境から解放するので、全ての言語は一つの世界観を構成するともガーダマーは主張している: 「[...]私たちが完全に[言語]に依存した世界を持っていてその中にそれ自体を現前させているという事実。世界としての世界は世界の他の生物のためとしてではなく人のために存在する。」 一方ポール・リクールは解釈学(仏:Hermneutique)をギリシア語における言葉の本来の意味と再連結した形で提示し、日常言語の曖昧な言葉(あるいは「象徴」)の中の隠れた意味を発見することを重視した、この流れに属する哲学者にはほかにルイジ・パレイゾンとジャック・デリダがいる。 記号学は一般的に記号や象徴による情報伝達、反応、意味を研究する。この分野では、(自然にしろ人工にしろ)人間の言語は人間(や他の知的生命体)が情報伝達するのに使える多くの手段のうちの一つにすぎないとされる。この考えをとることにより、自分たちのために意味を作り他者に意味を伝達するために利点を得て外的世界を効率的に操作できるようになる。あらゆる対象、あらゆる人、あらゆる出来事そしてあらゆる力が情報伝達(あるいは「表現」)し続けている。例えば電話が鳴るのは電話「である」。地平線上に煙が立つのを見たらそれは火事をあらわす記号である。煙は表現している。この観点では世の中に存在する物事は人間がそうするのと同様にそれらを解釈することだけを求めている知的存在にとって正確に符号を貼られているように思われる。全ての物は意味である。しかしながら人間の言語の使用を含む真の情報伝達は受け手に対して何らかの信号において「メッセージ」つまり「文書」を送る者(「送り手」)を要求している。言語はこういった情報伝達形式(の中でも最も洗練された形式)の一つである限りで研究される。記号学の歴史の中で重要な人物としてチャールズ・サンダース・パース、ロラン・バルト、ロマーン・ヤーコブソンがいる。近代においてはそのもっともよく知られた人物としてウンベルト・エーコ、アルジルダス・ジュリアン グレマス(英語版)、ルイス・イェルムスレウ、トゥッリオ・デ・マウロがいる。人間以外の情報伝達における記号の研究は生物記号学の主題である。生物記号学は20世紀後半にセボーク・トマスとトゥーレ・フォン・ユフクエルによって創始された。 文章: ポリアデニル化 ポリA化はあらゆる生物に見られるわけではない。だが、全ドメインの大部分の生物がこの機能を持つことから、全生物の共通祖先がおそらく何らかのポリA化機構を持っていたと推定される。mRNAをポリA化しない生物は、進化の過程でこの機能を喪失したと考えられる。その実例は細菌Mycoplasma gallisepticum ・高度好塩菌Haloferax volcaniiから得られたmRNAのみで、真核生物では確認されていない。 最も古いポリA化酵素は、RNAを分解する複合体(細菌ではデグラドソーム、古細菌ではエキソソーム複合体)の一部であるPNPaseである。この酵素はRNAを3' 末端から加リン酸分解し、NDPに変換する。この反応は可逆なため、RNAにヌクレオチドを付加して伸長させることもできる。エネルギー通貨であるATPが他のNTPより高濃度であるため、伸長した鎖はAリッチである。RNA分解へのAリッチ鎖の関与が、その後のポリAポリメラーゼ(純粋なポリA鎖の合成酵素)の進化を促したことが示唆されている。 ポリAポリメラーゼの起源は古くなく、tRNAの3' 末端を終端するCCA付加酵素から、細菌と真核生物で独立に進化した。その活性ドメインは他のポリメラーゼと相同である。真核生物への、細菌のCCA付加酵素遺伝子の水平伝播により、古細菌様CCA付加酵素がポリAポリメラーゼに機能を変更することができたと推測されている。古細菌や藍藻はポリAポリメラーゼを進化させなかった。 文章: スプライシング 生物学におけるスプライシング (splicing) とは、ある直鎖状ポリマーから一部分を取り除き、残りの部分を結合すること。 リボ核酸(RNA)の自然修飾はRNAスプライシングと呼ばれ、タンパク質でインテインが除去される過程はプロテインスプライシング(英語版)と呼ばれる。 なおスプライシングが起きるのは真核生物の転写の場合のみで、原核生物の転写の場合ではこの過程はない。 文章: 転写因子 転写因子(てんしゃいんし)はDNAに特異的に結合するタンパク質の一群である。DNA上のプロモーター領域に、基本転写因子と呼ばれるものと、RNAポリメラーゼ(RNA合成酵素)が結合し、転写が開始する。DNAの遺伝情報をRNAに転写する過程を促進、あるいは逆に抑制する。転写因子はこの機能を単独で、または他のタンパク質と複合体を形成することによって実行する。ヒトのゲノム上には、転写因子をコードする遺伝子がおよそ1,800前後存在するとの推定がなされている。 基本転写因子 プロモーター エンハンサー RNAポリメラーゼ サイレンサー 文章: 転写 (生物学) 転写産物はRNA合成酵素RNAポリメラーゼ RNA polymerase (DNA依存性RNAポリメラーゼ DNA-dependent RNA polymerase )により合成される。この酵素はssDNAと結合すると、それと相補的なRNA鎖を合成する。したがって、RNAポリメラーゼが結合する方を鋳型鎖template strand または転写鎖;(-)鎖、もう片方は非鋳型鎖 nontemplate strand あるいは非転写鎖;(+)鎖である。また、転写産物が(-)鎖と相補的であるからその塩基配列は(+)鎖に等しい。よって、(+)鎖こそが遺伝情報を保持しているといえ、コード鎖 coding strand またはセンス鎖 sense strand (センス=意味)ともいう。それにちなんで(-)鎖をアンチコード鎖やアンチセンス鎖 antisense strand という。ただし、転写産物と(+)鎖は完全に同じ存在というわけではなく、(+)鎖におけるチミンは転写産物でウラシルに置き換わっているし、DNAとRNAという違いも忘れてはならない。 DNA上のどこからどこまでを転写の範囲とするかは(-)鎖の塩基配列により決まっており、この範囲を転写単位 transcription unit としてオペロン operon という。細菌のDNAには数百のオペロンがあり、真核細胞では数千のオペロンを持つ。 転写における開始段階 initiation ではまずRNAポリメラーゼをはじめ転写に関わる酵素がDNA上の転写開始部位に結合する。この部位はオペロンの5'側末端であり、プロモーター promoter という。結合した各酵素は複合体(ホロ酵素)を成すが、この構造は順序だって変遷するため開始段階はさらに3つに分けられる。初めは組み込んだDNAが二重らせんのままである閉鎖型複合体 closed complex:PRc であるが、転写はssDNAでないと実行できない。第2段階として、プロモーターをほどいた開放型複合体 open complex:PR0 と、ssDNA領域の転写バブル ribonucleoside triphosphate (先端を解離点 unwinding point 、後端を巻き直し点 rewinding point という)を形成する。転写産物の始まりとなる約10nt(ヌクレオチド)の合成も最後の段階として行う。RNAポリメラーゼが初活躍するこの時期は初期転写複合体 initial transcribing complex と呼び、伸長段階に向けてプロモーターから脱出する。 文章: 生物言語学 生物言語学 (せいぶつげんごがく) (生物学, 言語学) 生物学等の知見によって言語能力の起源などを解明しようとしている分野。 文章: 類推 類推(るいすい)または類比(るいひ)、アナロジー(analogy)とは、特定の事物に基づく情報を、他の特定の事物へ、それらの間の何らかの類似に基づいて適用する認知過程である。古代ギリシャ語で「比例」を意味する ναλογα アナロギアーといった概念に由来し、広義においてこれはロゴスに含有する。類推は、問題解決、意思決定、記憶、説明(メタファーなどの修辞技法)、科学理論の形成、芸術家の創意創造作業などにおいて重要な過程であるが、論理的誤謬の排除が難しい場合も多く、脆弱な論証方法である。科学的な新概念の形成過程は、チャールズ・パースによるアブダクション理論として区別されることもある。異なる事象に対し類推することで、共通性を見出す言語的作業が比喩である。 言語学では、言語自体に対する類推が言語の変化の大きな要因とされる。 文章: スプライシング 生物学におけるスプライシング (splicing) とは、ある直鎖状ポリマーから一部分を取り除き、残りの部分を結合すること。 リボ核酸(RNA)の自然修飾はRNAスプライシングと呼ばれ、タンパク質でインテインが除去される過程はプロテインスプライシングと呼ばれる。 なおスプライシングが起きるのは真核生物の転写の場合のみで、原核生物の転写の場合ではこの過程はない。 RNAの場合にはいくつかの異なるスプライシング機構が知られている。 pre-mRNA スプライシング: 単にスプライシングというときには、このことを指していることが多い。典型的な真核生物において、DNAから転写されたmRNA前駆体には、イントロンと呼ばれる直接タンパク質のアミノ酸配列を決定していない部分が存在する。pre-mRNA スプライシングは、このイントロンを除き、残りの部分を結合して完全なタンパク質配列を示すmRNAを作ることをいう。 pre-tRNA スプライシング: いくつかのtRNA前駆体はアンチコドンループにイントロンを持つ。ヌクレアーゼによってこれが切断除去され、ライゲースによって再結合される。この他に自己スプライシングイントロンを持つtRNAもある。 自己スプライシング: タンパク質因子が必須ではないスプライシング。テトラヒメナのグループI自己スプライシングイントロンはrRNAで発見されたが、rRNAには他の形式のイントロンを持つ物もある。 文章: シンダール語 シンダール語あるいはシンダリン(Sindarin)は、J・R・R・トールキンが開発した人工言語である。トールキンの神話では、かつて最も使われたエルフの言語だった。また、エルフの「大いなる旅」の後に残されたテレリであるシンダール(エゼル)の言語だった。共通テレリ語と呼ばれる初期の言語から派生した。ノルドールが中つ国に戻った時、生来のクウェンヤの方が美しいと考えたが、シンダール語を採用した。没落の前、ヌーメノールのほとんどの人間もまたこの言葉を使った。それについての知識はヌーメノールの亡国の民の王国ゴンドールの特に学識者の間で維持された。 もとは、ノルドール(エルフの第二の氏族)の言葉にしようと考えていたが(そのため、語源学的に名前もノルドール語だった)、トールキンはその後シンダールの言語であると決定した。このために、古い資料ではノルドール語(Noldorin)と呼ばれている。ノルドール語をシンダール語にした時、さらに、それはもとは無関係なイルコール語(Ilkorin)のいくつかの特徴を採用した。トールキンは、いくらかウェールズ語に基づいてノルドール語/シンダール語の文法および音を作り、確かに、シンダール語にはケルト語を特徴づける音変異が多く見られる。 大概においてシンダール語の複数形は母音交替によって作られ、i-ウムラウトによって特徴づけられる。これはノルドール語ではprestanneth(母音変化)と呼ばれる。名詞の複数形は、英語のman/menやgoose/geeseのように母音を変化させて形成される。この母音変化は複数形標識の-に起因する。これは一種の母音調和により他の母音を高舌・前舌にするものだが、後に語尾の-は消失した。 シンダール語には複雑な一連の音変異がある。変異した単語の前に(冠詞あるいは前置詞のような)緊密に関連する言葉があると、変異した単語の最初の子音を変更する。しばしば、前置詞も変わる。さらに、変異が他の多くの場所(わずかな例をしめすと、合成語や、あるいは直接目的語の中で現れる)で生じる。 さらに、シンダール語動詞は全く複雑である。それぞれi-語幹およびa-語幹と呼ばれる強動詞と弱動詞がある。ちょうど英語の(またドイツ語)強動詞と弱動詞のように、強動詞は弱動詞より「不規則」である。シンダール語にはまったく多くの不規則動詞がある。 シンダール語は、トールキンが十分に開発して本当に大きな文章を書ける二つの言語のうちの一つである(もう一つはクウェンヤ)。 第一紀に、シンダール語にはいくつかの方言があった。 ドリアス語(Doriathrin)多くの古い形式を保存した言語。 ファラス語(Falathrin)後にナルゴスロンドでも使った。 北シンダール語(North Sindarin)、もとはドルソニオンとヒスルムでシンダールが話した方言、これらの方言には多くの独特な言葉があり、本来のベレリアンドのシンダール語とは完全には分かりあえなかった。 ドルソニオンを例外として、方言はノルドール語の影響の下で変化し、クウェンヤの特徴と同様に、(言語を変更することを愛していた)ノルドールが考案した独特な音変化も多くを採リ入れた。ノルドールやシンダールがベレリアンドの戦役で散り散りになった後、はっきりした方言は消えた。パラール島やシリオンの河口の避難所では、新しい方言が、難民の間で発生し、それはファラス語に似ていた。第二紀および第三紀には、(シンダール語によって極度に影響を受けたアドゥーナイクAdnaicの子孫である西方語の共通語に置き換えられるまで、シンダール語はすべてのエルフおよびそれらの友達のための混成国際語であった。 文章: 転写 (生物学) 3のRNA合成は伸長段階でのそれと比べ、次に紹介する2つの理由により複雑な過程を経る。ほとんどの転写はAから始まるが、合成された直後にこれを支えるのはDNAとの2本の弱い水素結合だけである。このためホロ酵素は1番目と2番目のリボヌクレオチドを、次に来るNTPが化学攻撃できる状態で固定しなければならない。常に同じリボヌクレオチドから始まるのはホロ酵素が特異的に結合するためであろう。 第二の理由は転写開始の失敗 abortive initiation である。開始段階で10nt以上のRNAが合成されるが、しばしばホロ酵素はこれに満たないRNAを放出して、最初から合成をやり直す。放棄された転写産物をアボーティブ転写産物 abortive transcripts といい、この実りのない(意義はよくわかっていない)過程を繰り返さなければ次の伸長段階へと移れない。この間にホロ酵素がどのようにDNA上を移動しているかははっきりしておらず、3つのモデルが提唱されている。 現在ではしわ寄せモデルが真実に近いと予想されている。根拠の一つは、転写初期のRNAポリメラーゼはDNA上を静止し、下流DNAをほどいて内部へ引き込むという単分子解析の結果である。 文章: リボソーム リボソームは、RNAと関連タンパク質からなる微粒子で、タンパク質を合成する機能を持っている。これらのタンパク質は、損傷の修復や化学プロセスの制御など、多くの細胞機能に必要である。リボソームは、細胞質内を浮遊しているか、小胞体に付着しているかのどちらかである。リボソームの主な機能は、遺伝暗号をアミノ酸配列に変換し、アミノ酸モノマーからタンパク質ポリマーを構築することである。リボソームは、ペプチジル転移とペプチジル加水分解という2つの極めて重要な生物学的プロセスにおいて触媒として機能している。ペプチジルトランスフェラーゼ(ペプチド転移酵素)中心は、タンパク質の伸長時にタンパク質結合を生成する役割を担っている。まとめると、リボソームにはメッセージの解読とペプチド結合の生成という2つの大きな機能がある。この2つの機能は、リボソームのサブユニットに存在する。