Theo phản ánh của ông Hải, năm 2002 ông nhận chuyển nhượng bằng giấy viết tay một mảnh đất và đã xây dựng nhà ở tại phường Bình Hưng Hòa, quận Bình Tân. Năm 2011, ông làm thủ tục để được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và quyền sở hữu nhà ở. Chi cục Thuế quận Bình Tân thông báo trường hợp của ông Hải phải nộp thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ chuyển nhượng bất động sản là 1.940.000 đồng. Ông Hải cho rằng, việc thu thuế như vậy là không đúng quy định. Ông Hải khiếu nại Thông báo nộp thuế TNCN của Chi cục Thuế quận Bình Tân. Theo Quyết định giải quyết khiếu nại của Chi cục Thuế quận Bình Tân, Chi cục không công nhận toàn bộ nội dung khiếu nại của ông Hải, đồng thời giữ nguyên mức thuế phải nộp. Nay ông Hải tiếp tục có đơn khiếu nại và đề nghị cơ quan chức năng xem xét, giải quyết thỏa đáng.
Ngày 5/7/2010, Chi cục Thuế quận Bình Tân đã phát hành thông báo nộp thuế TNCN thể hiện rõ căn cứ xác định nghĩa vụ tài chính đối với ông Hải. Ông Hải khiếu nại thông báo nộp thuế TNCN nêu trên với lý do việc nộp thuế TNCN từ chuyển nhượng bất động sản là do bên bán nộp, ông là người mua nên không phải nộp. Ngày 12/10/2012, Chi cục Thuế quận Bình Tân đã ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại đối với ông Lê Trường Hải. Tại Điều 3 của Quyết định này đã ghi rõ: “Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được quyết định này nếu không đồng ý với việc giải quyết khiếu nại, ông Lê Trường Hải có quyền khiếu nại đến Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án” Tính từ ngày Chi cục Thuế quận Bình Tân ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại đến ngày 5/8/2013 nhận được đơn khiếu nại lần hai của ông Hải thì đã quá thời hạn khiếu nại lần hai 30 ngày theo quy định tại khoản 1, Điều 33 Luật Khiếu nại số 02/2011/QH13. Do vậy, căn cứ quy định tại khoản 6, Điều 11, Luật Khiếu nại, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh không thụ lý giải quyết khiếu nại lần thứ hai đối với khiếu nại của ông Hải. Ngoài ra, về nội dung khiếu nại của ông Lê Trường Hải, Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh có ý kiến như sau: Trường hợp ông Hải nộp hồ sơ hợp lệ đề nghị cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà cho UBND quận Bình Tân sau ngày 1/1/2009 nên phải thực hiện nghĩa vụ thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản phát sinh trước năm 2009 theo quy định tại Luật Thuế TNCN. Căn cứ quy định tại khoản 2, Điều 8 Thông tư số 02/2010/TT-BTCngày 11/1/2010 hướng dẫn bổ sung Thông tư số 84/2008/TT-BTCngày 30/9/2008 của Bộ Tài chính về thuế TNCN (hiệu lực thi hành từ 25/02/2010): “Đối với trường hợp người sử dụng đất do nhận chuyển nhượng trước ngày 01/01/2009 nay nộp hồ sơ hợp lệ xin cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất chỉ truy thu 01 lần thuế thu nhập cá nhân của lần chuyển nhượng cuối cùng, các lần chuyển nhượng trước đó không thực hiện truy thu thuế. - Từ ngày 01/01/2009 thực hiện Luật thuế thu nhập cá nhân, cá nhân chuyển nhượng bất động sản có hợp đồng có công chứng hoặc không có hợp đồng chỉ có giấy tờ viết tay đều phải nộp thuế thu nhập cá nhân cho từng lần chuyển nhượng”. Theo đó, ông Hải do nhận chuyển nhượng đất trước ngày 1/1/2009 nay nộp hồ sơ hợp lệ xin cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất thì phải nộp thuế TNCN. Việc Chi cục Thuế quận Bình Tân tính thu 1.940.000 đồng thuế TNCN theo thuế suất thuế TNCN 2% đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của ông Hải là thực hiện đúng quy định.