Đầu năm 2009, bà Lý Thị Dạ Lan ký hợp đồng cho Công ty Cấp thoát nước Lâm Đồng thuê nhà làm văn phòng và xuất hóa đơn khi thực hiện thu tiền nhà. Bà Lan đề nghị hướng dẫn áp dụng tỷ lệ giá trị gia tăng trên doanh thu đối với trường hợp nhà cho thuê. Nhà của bà Lan đã sử dụng trước khi cho thuê nên chỉ kê khai nộp thuế theo doanh thu phát sinh trên hóa đơn cho thuê nhà hàng tháng. Do không có đầy đủ hóa đơn, chứng từ sổ sách nên trường hợp nhà cho thuê của bà Lan không xác định được chi phí kinh doanh.
Căn cứ điểm 2.c, Mục III, Phần B, Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính về thuế giá trị gia tăng (GTGT) hướng dẫn: "Hoạt động kinh doanh, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật thì nộp thuế theo tỷ lệ (%) GTGT do Bộ Tài chính quy định". Tại điểm c, khoản 2, Điều 13, Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính về thuế GTGT hướng dẫn: "Hoạt động kinh doanh; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật thì nộp thuế theo tỷ lệ (%) GTGT do Bộ Tài chính quy định". Tại điểm 3, Công văn số 763/BTC-TCT ngày 16/1/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn tỷ lệ GTGT áp dụng đối với hoạt động kinh doanh, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn chứng từ theo quy định của pháp luật áp dụng từ ngày 1/1/2009 hướng dẫn như sau: “Căn cứ tỷ lệ quy định của Bộ Tài chính, Cục trưởng Cục thuế đối chiếu với tình hình kinh tế xã hội tại địa phương để nghiên cứu và ban hành tỷ lệ GTGT áp dụng tại địa phương, không tiếp tục mở rộng thành nhiều nhóm nhỏ (riêng đối với ngành thương mại bán các mặt hàng trong trường hợp cần thiết có thể phân thành 2 nhóm: bán buôn, bán lẻ) và không vượt quá khung tỷ lệ trần, sàn theo hướng dẫn của Bộ Tài chính”. Căn cứ các hướng dẫn nêu trên thì cá nhân kinh doanh, hộ kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật (bao gồm hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp có sử dụng hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ hoặc có hợp đồng xác định được doanh số nhưng không xác định được chi phí; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán có sử dụng hóa đơn lẻ; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán không sử dụng hóa đơn) thuộc đối tượng áp dụng Biểu tỷ lệ GTGT theo hướng dẫn tại Công văn số 763/BTC-TCT.